forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  67 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  69 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  70 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  73 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  79 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  81 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  82 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  83 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  84 import org.forester.sdi.SDI;
  85 import org.forester.sdi.SDIR;
  86 import org.forester.sdi.SDIse;
  87 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  88 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  89 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  90 import org.forester.sequence.Sequence;
  91 import org.forester.surfacing.Protein;
  92 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  93 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  94 import org.forester.tools.SupportCount;
  95 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  96 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  97 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  98 import org.forester.util.BasicTable;
  99 import org.forester.util.BasicTableParser;
 100 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.ForesterConstants;
 102 import org.forester.util.ForesterUtil;
 103 import org.forester.util.GeneralTable;
 104 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 105 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 106 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 107 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 112
 113 @SuppressWarnings( "unused")
 114 public final class Test {
 115
 116     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 117     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 118                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 120     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 124     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 125                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 127     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130
 131     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 132         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 133         return p;
 134     }
 135
 136     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 137         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 138         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 139     }
 140
 141     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 142         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 143     }
 144
 145     public static void main( final String[] args ) {
 146         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 147         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 148                 + "]" );
 149         Locale.setDefault( Locale.US );
 150         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 151         int failed = 0;
 152         int succeeded = 0;
 153         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 154         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 155             System.out.println( "OK.]" );
 156         }
 157         else {
 158             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 159             System.out.println( "Testing aborted." );
 160             System.exit( -1 );
 161         }
 162         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 163         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 164             System.out.println( "OK.]" );
 165         }
 166         else {
 167             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 168             System.out.println( "Testing aborted." );
 169             System.exit( -1 );
 170         }
 171         final long start_time = new Date().getTime();
 172         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 173         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 174             System.out.println( "OK." );
 175             succeeded++;
 176         }
 177         else {
 178             System.out.println( "failed." );
 179             failed++;
 180         }
 181         System.out.print( "Basic node methods: " );
 182         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 183             System.out.println( "OK." );
 184             succeeded++;
 185         }
 186         else {
 187             System.out.println( "failed." );
 188             failed++;
 189         }
 190         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 191         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 192             System.out.println( "OK." );
 193             succeeded++;
 194         }
 195         else {
 196             System.out.println( "failed." );
 197             failed++;
 198         }
 199         System.out.print( "NH parsing: " );
 200         if ( Test.testNHParsing() ) {
 201             System.out.println( "OK." );
 202             succeeded++;
 203         }
 204         else {
 205             System.out.println( "failed." );
 206             failed++;
 207         }
 208         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 209         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 210             System.out.println( "OK." );
 211             succeeded++;
 212         }
 213         else {
 214             System.out.println( "failed." );
 215             failed++;
 216         }
 217         System.out.print( "NHX parsing: " );
 218         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 219             System.out.println( "OK." );
 220             succeeded++;
 221         }
 222         else {
 223             System.out.println( "failed." );
 224             failed++;
 225         }
 226         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 227         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 228             System.out.println( "OK." );
 229             succeeded++;
 230         }
 231         else {
 232             System.out.println( "failed." );
 233             failed++;
 234         }
 235         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 236         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 237             System.out.println( "OK." );
 238             succeeded++;
 239         }
 240         else {
 241             System.out.println( "failed." );
 242             failed++;
 243         }
 244         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 245         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 246             System.out.println( "OK." );
 247             succeeded++;
 248         }
 249         else {
 250             System.out.println( "failed." );
 251             failed++;
 252         }
 253         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 254         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 255             System.out.println( "OK." );
 256             succeeded++;
 257         }
 258         else {
 259             System.out.println( "failed." );
 260             failed++;
 261         }
 262         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 263         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 264             System.out.println( "OK." );
 265             succeeded++;
 266         }
 267         else {
 268             System.out.println( "failed." );
 269             failed++;
 270         }
 271         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 272         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 273             System.out.println( "OK." );
 274             succeeded++;
 275         }
 276         else {
 277             System.out.println( "failed." );
 278             failed++;
 279         }
 280         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 281         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 282             System.out.println( "OK." );
 283             succeeded++;
 284         }
 285         else {
 286             System.out.println( "failed." );
 287             failed++;
 288         }
 289         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 290         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 291             System.out.println( "OK." );
 292             succeeded++;
 293         }
 294         else {
 295             System.out.println( "failed." );
 296             failed++;
 297         }
 298         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 299         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 300             System.out.println( "OK." );
 301             succeeded++;
 302         }
 303         else {
 304             System.out.println( "failed." );
 305             failed++;
 306         }
 307         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 308         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 309             System.out.println( "OK." );
 310             succeeded++;
 311         }
 312         else {
 313             System.out.println( "failed." );
 314             failed++;
 315         }
 316         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 317         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 318             System.out.println( "OK." );
 319             succeeded++;
 320         }
 321         else {
 322             System.out.println( "failed." );
 323             failed++;
 324         }
 325         System.out.print( "Copying of node data: " );
 326         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 327             System.out.println( "OK." );
 328             succeeded++;
 329         }
 330         else {
 331             System.out.println( "failed." );
 332             failed++;
 333         }
 334         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 335         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 336             System.out.println( "OK." );
 337             succeeded++;
 338         }
 339         else {
 340             System.out.println( "failed." );
 341             failed++;
 342         }
 343         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 344         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 345             System.out.println( "OK." );
 346             succeeded++;
 347         }
 348         else {
 349             System.out.println( "failed." );
 350             failed++;
 351         }
 352         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 353         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 354             System.out.println( "OK." );
 355             succeeded++;
 356         }
 357         else {
 358             System.out.println( "failed." );
 359             failed++;
 360         }
 361         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 362         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 363             System.out.println( "OK." );
 364             succeeded++;
 365         }
 366         else {
 367             System.out.println( "failed." );
 368             failed++;
 369         }
 370         System.out.print( "Re-id methods: " );
 371         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 372             System.out.println( "OK." );
 373             succeeded++;
 374         }
 375         else {
 376             System.out.println( "failed." );
 377             failed++;
 378         }
 379         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 380         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 381             System.out.println( "OK." );
 382             succeeded++;
 383         }
 384         else {
 385             System.out.println( "failed." );
 386             failed++;
 387         }
 388         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 389         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 390             System.out.println( "OK." );
 391             succeeded++;
 392         }
 393         else {
 394             System.out.println( "failed." );
 395             failed++;
 396         }
 397         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 398         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 399             System.out.println( "OK." );
 400             succeeded++;
 401         }
 402         else {
 403             System.out.println( "failed." );
 404             failed++;
 405         }
 406         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 407         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 408             System.out.println( "OK." );
 409             succeeded++;
 410         }
 411         else {
 412             System.out.println( "failed." );
 413             failed++;
 414         }
 415         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 416         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 417             System.out.println( "OK." );
 418             succeeded++;
 419         }
 420         else {
 421             System.out.println( "failed." );
 422             failed++;
 423         }
 424         System.out.print( "Rerooting: " );
 425         if ( Test.testRerooting() ) {
 426             System.out.println( "OK." );
 427             succeeded++;
 428         }
 429         else {
 430             System.out.println( "failed." );
 431             failed++;
 432         }
 433         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 434         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 435             System.out.println( "OK." );
 436             succeeded++;
 437         }
 438         else {
 439             System.out.println( "failed." );
 440             failed++;
 441         }
 442         System.out.print( "Support count: " );
 443         if ( Test.testSupportCount() ) {
 444             System.out.println( "OK." );
 445             succeeded++;
 446         }
 447         else {
 448             System.out.println( "failed." );
 449             failed++;
 450         }
 451         System.out.print( "Support transfer: " );
 452         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 453             System.out.println( "OK." );
 454             succeeded++;
 455         }
 456         else {
 457             System.out.println( "failed." );
 458             failed++;
 459         }
 460         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 461         if ( Test.testGetLCA() ) {
 462             System.out.println( "OK." );
 463             succeeded++;
 464         }
 465         else {
 466             System.out.println( "failed." );
 467             failed++;
 468         }
 469         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 470         if ( Test.testGetDistance() ) {
 471             System.out.println( "OK." );
 472             succeeded++;
 473         }
 474         else {
 475             System.out.println( "failed." );
 476             failed++;
 477         }
 478         System.out.print( "SDIse: " );
 479         if ( Test.testSDIse() ) {
 480             System.out.println( "OK." );
 481             succeeded++;
 482         }
 483         else {
 484             System.out.println( "failed." );
 485             failed++;
 486         }
 487         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 488         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 489             System.out.println( "OK." );
 490             succeeded++;
 491         }
 492         else {
 493             System.out.println( "failed." );
 494             failed++;
 495         }
 496         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 497         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 498             System.out.println( "OK." );
 499             succeeded++;
 500         }
 501         else {
 502             System.out.println( "failed." );
 503             failed++;
 504         }
 505         System.out.print( "GSDI: " );
 506         if ( TestGSDI.test() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 515         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 524         if ( Test.testDataObjects() ) {
 525             System.out.println( "OK." );
 526             succeeded++;
 527         }
 528         else {
 529             System.out.println( "failed." );
 530             failed++;
 531         }
 532         System.out.print( "Properties map: " );
 533         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 534             System.out.println( "OK." );
 535             succeeded++;
 536         }
 537         else {
 538             System.out.println( "failed." );
 539             failed++;
 540         }
 541         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 542         System.out.println();
 543         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 544             System.out.println( "OK." );
 545             succeeded++;
 546         }
 547         else {
 548             System.out.println( "failed." );
 549             failed++;
 550         }
 551         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 552         System.out.println();
 553         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "GO: " );
 562         System.out.println();
 563         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 564             System.out.println( "OK." );
 565             succeeded++;
 566         }
 567         else {
 568             System.out.println( "failed." );
 569             failed++;
 570         }
 571         System.out.print( "Modeling tools: " );
 572         if ( TestPccx.test() ) {
 573             System.out.println( "OK." );
 574             succeeded++;
 575         }
 576         else {
 577             System.out.println( "failed." );
 578             failed++;
 579         }
 580         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 581         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 582             System.out.println( "OK." );
 583             succeeded++;
 584         }
 585         else {
 586             System.out.println( "failed." );
 587             failed++;
 588         }
 589         System.out.print( "Split Matrix: " );
 590         if ( Test.testSplit() ) {
 591             System.out.println( "OK." );
 592             succeeded++;
 593         }
 594         else {
 595             System.out.println( "failed." );
 596             failed++;
 597         }
 598         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 599         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 600             System.out.println( "OK." );
 601             succeeded++;
 602         }
 603         else {
 604             System.out.println( "failed." );
 605             failed++;
 606         }
 607         System.out.print( "Basic table: " );
 608         if ( Test.testBasicTable() ) {
 609             System.out.println( "OK." );
 610             succeeded++;
 611         }
 612         else {
 613             System.out.println( "failed." );
 614             failed++;
 615         }
 616         System.out.print( "General table: " );
 617         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 618             System.out.println( "OK." );
 619             succeeded++;
 620         }
 621         else {
 622             System.out.println( "failed." );
 623             failed++;
 624         }
 625         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 626         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 627             System.out.println( "OK." );
 628             succeeded++;
 629         }
 630         else {
 631             System.out.println( "failed." );
 632             failed++;
 633         }
 634         System.out.print( "General MSA parser: " );
 635         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 636             System.out.println( "OK." );
 637             succeeded++;
 638         }
 639         else {
 640             System.out.println( "failed." );
 641             failed++;
 642         }
 643         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 644         if ( Test.testFastaParser() ) {
 645             System.out.println( "OK." );
 646             succeeded++;
 647         }
 648         else {
 649             System.out.println( "failed." );
 650             failed++;
 651         }
 652         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 653         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 654             System.out.println( "OK." );
 655             succeeded++;
 656         }
 657         else {
 658             System.out.println( "failed." );
 659             failed++;
 660         }
 661         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 662         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 663             System.out.println( "OK." );
 664             succeeded++;
 665         }
 666         else {
 667             System.out.println( "failed." );
 668             failed++;
 669         }
 670         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 671         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 672             System.out.println( "OK." );
 673             succeeded++;
 674         }
 675         else {
 676             System.out.println( "failed." );
 677             failed++;
 678         }
 679         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 680         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 681             System.out.println( "OK." );
 682             succeeded++;
 683         }
 684         else {
 685             System.out.println( "failed." );
 686             failed++;
 687         }
 688         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 689             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 690             if ( Test.testMafft() ) {
 691                 System.out.println( "OK." );
 692                 succeeded++;
 693             }
 694             else {
 695                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 696             }
 697         }
 698         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 699         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 700             System.out.println( "OK." );
 701             succeeded++;
 702         }
 703         else {
 704             System.out.println( "failed." );
 705             failed++;
 706         }
 707         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 708         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 709         //            System.out.println( "OK." );
 710         //            succeeded++;
 711         //        }
 712         //        else {
 713         //            System.out
 714         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 715         //        }
 716         System.out.println();
 717         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 718         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 719         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 720         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 721                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 722         System.out.println();
 723         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 724         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 725         System.out.println();
 726         if ( failed < 1 ) {
 727             System.out.println( "OK." );
 728         }
 729         else {
 730             System.out.println( "Not OK." );
 731         }
 732         // System.out.println();
 733         // Development.setTime( true );
 734         //try {
 735         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 736         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 737         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 738         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 739         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 740         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 741         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 742         // NHXParser() )[ 0 ];
 743         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 744         // }
 745         // catch ( final Exception e ) {
 746         //     e.printStackTrace();
 747         // }
 748         // t1.getRoot().preorderPrint();
 749         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 750         // .getInstance();
 751         // try {
 752         //
 753         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 754         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 755         // factory.create(
 756         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 757         // new NHXParser() );
 758         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 759         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 760         // factory.create(
 761         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 762         // new NHXParser() );
 763         //
 764         //
 765         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 766         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 767         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 768         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 769         // factory.create(
 770         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 771         // new NHXParser() );
 772         // factory.create(
 773         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 774         // new NHXParser() );
 775         //
 776         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 777         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 778         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 779         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 780         //
 781         // factory.create(
 782         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 783         // new NHXParser() );
 784         // factory.create(
 785         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 786         // new NHXParser() );
 787         //
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         //
 794         // }
 795         // catch ( IOException e ) {
 796         // // TODO Auto-generated catch block
 797         // e.printStackTrace();
 798         // }
 799     }
 800
 801     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 802         try {
 803             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 807             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 808                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 809             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 810                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 811             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 812                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 813             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 814                 return false;
 815             }
 816             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             if ( !n3.isExternal() ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( !n3.isRoot() ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 832                 return false;
 833             }
 834         }
 835         catch ( final Exception e ) {
 836             e.printStackTrace( System.out );
 837             return false;
 838         }
 839         return true;
 840     }
 841
 842     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 843         try {
 844             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 845             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 846             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 847                                                               xml_parser );
 848             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 849                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 856             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 857             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 858             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 859             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 860                 return false;
 861             }
 862             if ( !t1.isRooted() ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( t1.isRerootable() ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 893                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 897                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 907                 return false;
 908             }
 909             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 925                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 932                 return false;
 933             }
 934             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 935                 return false;
 936             }
 937             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 938                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 942                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 946                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 950                     .equals( "experimental" ) ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 954                     .equals( "function" ) ) {
 955                 return false;
 956             }
 957             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 958                     .getValue() != 1 ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 962                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 966                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 970                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 974                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 978                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 982                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 983                 return false;
 984             }
 985             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 986                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 990                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 994                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 995                 return false;
 996             }
 997             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 998                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1005                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1012             //     return false;
1013             //}
1014             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1015             //                return false;
1016             //            }
1017             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1018             //                return false;
1019             //            }
1020             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1021             //                return false;
1022             //            }
1023             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1024             //                return false;
1025             //            }
1026             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1027             //                return false;
1028             //            }
1029             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1030             //                return false;
1031             //            }
1032             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1033             //                return false;
1034             //            }
1035             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1039             //                    .equals( "B" ) ) {
1040             //                return false;
1041             //            }
1042             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1043             //                return false;
1044             //            }
1045             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1046             //                return false;
1047             //            }
1048             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1049             //                return false;
1050             //            }
1051             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1052             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1053             //                return false;
1054             //            }
1055             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1056             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1069             //                return false;
1070             //            }
1071             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1072             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1073             //                ;
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1077             //                return false;
1078             //            }
1079             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1080             //                return false;
1081             //            }
1082             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1083             //                return false;
1084             //            }
1085             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1086             //                return false;
1087             //            }
1088             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1089             //                return false;
1090             //            }
1091             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1092             //                return false;
1093             //            }
1094             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1095             //                return false;
1096             //            }
1097             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1098             //                                                              xml_parser );
1099             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1100             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1107             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1108             //                return false;
1109             //            }
1110             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1111             //                return false;
1112             //            }
1113             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1114             //                return false;
1115             //            }
1116             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1117             //                return false;
1118             //            }
1119         }
1120         catch ( final Exception e ) {
1121             e.printStackTrace( System.out );
1122             return false;
1123         }
1124         return true;
1125     }
1126
1127     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1128         try {
1129             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1130             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1131             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1132                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1133             }
1134             else {
1135                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1136             }
1137             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1138                                                               xml_parser );
1139             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1140                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1147             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1148             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1152             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1165             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1166             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1167             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1168                 return false;
1169             }
1170             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1180                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1184                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1188             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1189             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1190             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1191             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1195             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1211                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1218                 return false;
1219             }
1220             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1221                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1225                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1229                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1233                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1237                     .equals( "experimental" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1241                     .equals( "function" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1245                     .getValue() != 1 ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1249                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1253                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1257                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1261                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1265                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1269                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1273                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1277                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1281                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1285                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1292                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1302                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1318                     .equals( "ncbi" ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1325                     .getName().equals( "B" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1329                     .getFrom() != 21 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1336                     .getLength() != 24 ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1340                     .getConfidence() != 2144 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1344                     .equals( "pfam" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1360             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1397                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1398                 ;
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             //
1423             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1427                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1434                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1444                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447         }
1448         catch ( final Exception e ) {
1449             e.printStackTrace( System.out );
1450             return false;
1451         }
1452         return true;
1453     }
1454
1455     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1456         try {
1457             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1458             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1459             try {
1460                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1461             }
1462             catch ( final Exception e ) {
1463                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1464             }
1465             if ( xml_parser == null ) {
1466                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1467                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1468                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1469                 }
1470                 else {
1471                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1472                 }
1473             }
1474             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1475                                                               xml_parser );
1476             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1477                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1484             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1485             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1486             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1487             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1491                 return false;
1492             }
1493             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1494                 return false;
1495             }
1496             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1497                 return false;
1498             }
1499             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1509             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1510             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1511                 System.out.println( "errors:" );
1512                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1519                                                               xml_parser );
1520             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1521                 System.out.println( "errors:" );
1522                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1523                 return false;
1524             }
1525             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1526                 return false;
1527             }
1528             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1529                 return false;
1530             }
1531             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1532                                                               xml_parser );
1533             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1534                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1535                 return false;
1536             }
1537             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1538                 return false;
1539             }
1540             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1541             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1542                 return false;
1543             }
1544             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1554                                                               xml_parser );
1555             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1556                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1563             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1564                 return false;
1565             }
1566             s.getNode( "first" );
1567             s.getNode( "<>" );
1568             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1569             s.getNode( "'''\"" );
1570             s.getNode( "\"\"\"" );
1571             s.getNode( "dick & doof" );
1572         }
1573         catch ( final Exception e ) {
1574             e.printStackTrace( System.out );
1575             return false;
1576         }
1577         return true;
1578     }
1579
1580     private static boolean testBasicTable() {
1581         try {
1582             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1583             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1584                 return false;
1585             }
1586             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1590             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1591             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1592             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1593             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1594             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1595             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1596             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1597             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1604                 return false;
1605             }
1606             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1628             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1629             source.append( "" + l );
1630             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1631             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1632             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1633             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1634             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1635             source.append( "40 41 42 43" + l );
1636             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1637             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1638             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1639             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1658             source1.append( "" + l );
1659             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1660             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1661             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1662             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1663             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1664             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1665             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1666             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1667             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1668             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1678                 return false;
1679             }
1680             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1693             source2.append( "" + l );
1694             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1695             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1696             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1697             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1698             source2.append( "                     " + l );
1699             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1700             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1701             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1702             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1703             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1704                                                                         ";",
1705                                                                         false,
1706                                                                         "comment:",
1707                                                                         false );
1708             if ( tl.size() != 2 ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1712             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1713             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731         }
1732         catch ( final Exception e ) {
1733             e.printStackTrace( System.out );
1734             return false;
1735         }
1736         return true;
1737     }
1738
1739     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1740         try {
1741             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1742             final TolParser parser = new TolParser();
1743             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1744             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1745                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1752             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t1.isRooted() ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1771             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1772                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1779             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t2.isRooted() ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1801                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1805             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1806                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1813             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1834             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1847             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1848                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1855             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867         }
1868         catch ( final Exception e ) {
1869             e.printStackTrace( System.out );
1870             return false;
1871         }
1872         return true;
1873     }
1874
1875     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1876         try {
1877             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1878             final Phylogeny t1 = factory.create();
1879             if ( !t1.isEmpty() ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1883             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t2.isEmpty() ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1896             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1897                 return false;
1898             }
1899             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1900                 return false;
1901             }
1902             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1906             PhylogenyNodeIterator it;
1907             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1908                 it.next();
1909             }
1910             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1911                 it.next();
1912             }
1913             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1914             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( it2.hasNext() ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1927             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1937             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1938             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1945             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1946             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1950             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1951             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1955             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1956             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             final char[] a9 = new char[] {};
1963             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1964             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1968             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1969             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1970                 return false;
1971             }
1972         }
1973         catch ( final Exception e ) {
1974             e.printStackTrace( System.out );
1975             return false;
1976         }
1977         return true;
1978     }
1979
1980     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1981         try {
1982             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1983             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1984             final Phylogeny[] ev0 = factory
1985                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1986                              new NHXParser() );
1987             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1988             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1995             final Phylogeny[] ev1 = factory
1996                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1997                              new NHXParser() );
1998             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1999             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2000                 return false;
2001             }
2002             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2006             final Phylogeny[] ev_b = factory
2007                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2008                              new NHXParser() );
2009             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2010             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2011             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2012                 return false;
2013             }
2014             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             //
2018             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2019             final Phylogeny[] ev1x = factory
2020                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2021                              new NHXParser() );
2022             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2023             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2030             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2031                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2032                              new NHXParser() );
2033             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2034             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             //
2041             final Phylogeny[] t2 = factory
2042                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2043                              new NHXParser() );
2044             final Phylogeny[] ev2 = factory
2045                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2046                              new NHXParser() );
2047             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2048                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2049             }
2050             //
2051             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2052                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2053             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2054             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2055             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2059                 return false;
2060             }
2061             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2062                 return false;
2063             }
2064         }
2065         catch ( final Exception e ) {
2066             e.printStackTrace();
2067             return false;
2068         }
2069         return true;
2070     }
2071
2072     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2073         try {
2074             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2075                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2076             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2077             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080         }
2081         catch ( final Exception e ) {
2082             e.printStackTrace();
2083             return false;
2084         }
2085         return true;
2086     }
2087
2088     private static boolean testDataObjects() {
2089         try {
2090             final Confidence s0 = new Confidence();
2091             final Confidence s1 = new Confidence();
2092             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2096             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2097             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2098                 return false;
2099             }
2100             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2104             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             s3.asSimpleText();
2108             s3.asText();
2109             // Taxonomy
2110             // ----------
2111             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2112             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2113             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2114             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2115             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2116             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2117             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2118             t1.setScientificName( "E. coli" );
2119             t1.setCommonName( "coli" );
2120             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2121             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2125             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2126             t2.setScientificName( "what" );
2127             t2.setCommonName( "something" );
2128             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2132             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             t1.setIdentifier( null );
2136             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2137             t3.setScientificName( "what" );
2138             t3.setCommonName( "something" );
2139             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             t1.setIdentifier( null );
2143             t1.setTaxonomyCode( "" );
2144             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2145             t4.setCommonName( "something" );
2146             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2150             t4.setCommonName( "something" );
2151             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2152                 return false;
2153             }
2154             t1.setIdentifier( null );
2155             t1.setTaxonomyCode( "" );
2156             t1.setScientificName( "" );
2157             t5.setCommonName( "COLI" );
2158             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             t5.setCommonName( "vibrio" );
2162             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             // Identifier
2166             // ----------
2167             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2168             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2169             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             id1.asSimpleText();
2179             id1.asText();
2180             // ProteinDomain
2181             // ---------------
2182             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2183             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2184             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             pd1.asSimpleText();
2191             pd1.asText();
2192             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2193             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2194             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             pd3.asSimpleText();
2204             pd3.asText();
2205             // DomainArchitecture
2206             // ------------------
2207             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2208             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2209             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2210             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2211             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2212             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2213             domains0.add( d2 );
2214             domains0.add( d0 );
2215             domains0.add( d3 );
2216             domains0.add( d1 );
2217             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2218             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2222             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2232             domains1.add( d1 );
2233             domains1.add( d2 );
2234             domains1.add( d4 );
2235             domains1.add( d0 );
2236             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2237             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             ds1.asSimpleText();
2241             ds1.asText();
2242             ds1.toNHX();
2243             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2244             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2245                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             // Event
2252             // -----
2253             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2254             if ( e1.isDuplication() ) {
2255                 return false;
2256             }
2257             if ( !e1.isFusion() ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2267             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2274             if ( e2.isDuplication() ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2293             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2297             if ( e3.isDuplication() ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( e3.isSpeciation() ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2310             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2311             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             e3 = null;
2315             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2319             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2326             e4 = null;
2327             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2328             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             final Event e5 = new Event();
2335             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2345             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2352             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2359             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365         }
2366         catch ( final Exception e ) {
2367             e.printStackTrace( System.out );
2368             return false;
2369         }
2370         return true;
2371     }
2372
2373     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2374         try {
2375             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2376             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2377             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2378             if ( t0.isEmpty() ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2385             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             if ( !t0.isEmpty() ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2396             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2407             if ( !t1.isEmpty() ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2411             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2412                 return false;
2413             }
2414             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2416                 return false;
2417             }
2418             t2.toNewHampshireX();
2419             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2420             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2424             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2425                 return false;
2426             }
2427             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2428             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2429                 return false;
2430             }
2431             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2432             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             n = t3.getNode( "A" );
2440             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             n = n.getNextExternalNode();
2444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             n = t3.getNode( "C" );
2452             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2456             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2460             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2461                 return false;
2462             }
2463             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2464             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2472             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2476             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2480             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             n = t4.getNode( "A" );
2484             n = n.getNextExternalNode();
2485             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             n = n.getNextExternalNode();
2489             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2493             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2497             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2498             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2502             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2506             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2507             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2511             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2515             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2516             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2520             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2524             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2525             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2529             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2533             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2534             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2538             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2542             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2543             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2547             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2551             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2552             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2553                 return false;
2554             }
2555             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2556             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2560             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2564             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2573             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2577             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2581             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2585             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2589             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2593             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2597             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2598                 return false;
2599             }
2600             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2601             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2602                 return false;
2603             }
2604             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2605             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2609             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2613             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2617             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2621             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2625             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2626             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2630             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2634             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2635             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2639             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2645                 return false;
2646             }
2647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2660             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2664             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2665                 return false;
2666             }
2667         }
2668         catch ( final Exception e ) {
2669             e.printStackTrace( System.out );
2670             return false;
2671         }
2672         return true;
2673     }
2674
2675     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2676         try {
2677             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2678             dss1.addValue( 82 );
2679             dss1.addValue( 78 );
2680             dss1.addValue( 70 );
2681             dss1.addValue( 58 );
2682             dss1.addValue( 42 );
2683             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2684                 return false;
2685             }
2686             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2687                 return false;
2688             }
2689             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2711                 return false;
2712             }
2713             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2714                 return false;
2715             }
2716             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             dss1.addValue( 123 );
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2730             dss2.addValue( -1.85 );
2731             dss2.addValue( 57.5 );
2732             dss2.addValue( 92.78 );
2733             dss2.addValue( 57.78 );
2734             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2741             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             dss2.addValue( -100 );
2745             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             final double[] ds = new double[ 14 ];
2752             ds[ 0 ] = 34;
2753             ds[ 1 ] = 23;
2754             ds[ 2 ] = 1;
2755             ds[ 3 ] = 32;
2756             ds[ 4 ] = 11;
2757             ds[ 5 ] = 2;
2758             ds[ 6 ] = 12;
2759             ds[ 7 ] = 33;
2760             ds[ 8 ] = 13;
2761             ds[ 9 ] = 22;
2762             ds[ 10 ] = 21;
2763             ds[ 11 ] = 35;
2764             ds[ 12 ] = 24;
2765             ds[ 13 ] = 31;
2766             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2767             if ( bins.length != 4 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2777                 return false;
2778             }
2779             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2780                 return false;
2781             }
2782             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2783             ds1[ 0 ] = 10.0;
2784             ds1[ 1 ] = 19.0;
2785             ds1[ 2 ] = 9.999;
2786             ds1[ 3 ] = 0.0;
2787             ds1[ 4 ] = 39.9;
2788             ds1[ 5 ] = 39.999;
2789             ds1[ 6 ] = 30.0;
2790             ds1[ 7 ] = 19.999;
2791             ds1[ 8 ] = 30.1;
2792             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2793             if ( bins1.length != 4 ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2797                 return false;
2798             }
2799             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2800                 return false;
2801             }
2802             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2803                 return false;
2804             }
2805             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2806                 return false;
2807             }
2808             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2809             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2822             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2829                 return false;
2830             }
2831             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2832                 return false;
2833             }
2834             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2835             dss3.addValue( 1 );
2836             dss3.addValue( 1 );
2837             dss3.addValue( 1 );
2838             dss3.addValue( 2 );
2839             dss3.addValue( 3 );
2840             dss3.addValue( 4 );
2841             dss3.addValue( 5 );
2842             dss3.addValue( 5 );
2843             dss3.addValue( 5 );
2844             dss3.addValue( 6 );
2845             dss3.addValue( 7 );
2846             dss3.addValue( 8 );
2847             dss3.addValue( 9 );
2848             dss3.addValue( 10 );
2849             dss3.addValue( 10 );
2850             dss3.addValue( 10 );
2851             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2852             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2853             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2854         }
2855         catch ( final Exception e ) {
2856             e.printStackTrace( System.out );
2857             return false;
2858         }
2859         return true;
2860     }
2861
2862     private static boolean testDir( final String file ) {
2863         try {
2864             final File f = new File( file );
2865             if ( !f.exists() ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             if ( !f.isDirectory() ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             if ( !f.canRead() ) {
2872                 return false;
2873             }
2874         }
2875         catch ( final Exception e ) {
2876             return false;
2877         }
2878         return true;
2879     }
2880
2881     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2882         try {
2883             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2884             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2885             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2886             n = n.getNextExternalNode();
2887             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             n = n.getNextExternalNode();
2891             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             n = n.getNextExternalNode();
2895             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2896                 return false;
2897             }
2898             n = t1.getNode( "B" );
2899             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2900                 n = n.getNextExternalNode();
2901             }
2902             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2903             n = t2.getNode( "A" );
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = t2.getNode( "B" );
2917             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2918                 n = n.getNextExternalNode();
2919             }
2920             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2921             n = t3.getNode( "A" );
2922             n = n.getNextExternalNode();
2923             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             n = n.getNextExternalNode();
2927             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             n = n.getNextExternalNode();
2931             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             n = n.getNextExternalNode();
2935             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             n = n.getNextExternalNode();
2939             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2940                 return false;
2941             }
2942             n = n.getNextExternalNode();
2943             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             n = n.getNextExternalNode();
2947             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2948                 return false;
2949             }
2950             n = t3.getNode( "B" );
2951             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2952                 n = n.getNextExternalNode();
2953             }
2954             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2955             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2956                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2957             }
2958             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2959             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2960                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2961             }
2962         }
2963         catch ( final Exception e ) {
2964             e.printStackTrace( System.out );
2965             return false;
2966         }
2967         return true;
2968     }
2969
2970     private static boolean testGeneralTable() {
2971         try {
2972             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2973             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2974             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2975             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2976             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2977             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2978             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2979             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2980             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2981             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2982                 return false;
2983             }
2984             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2985                 return false;
2986             }
2987             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3009             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3010             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3011             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3012             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3013             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3014             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3015             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3016             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3017             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3018             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3028                 return false;
3029             }
3030             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3031                 return false;
3032             }
3033             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3040                 return false;
3041             }
3042             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3043                 return false;
3044             }
3045             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3046                 return false;
3047             }
3048         }
3049         catch ( final Exception e ) {
3050             e.printStackTrace( System.out );
3051             return false;
3052         }
3053         return true;
3054     }
3055
3056     private static boolean testGetDistance() {
3057         try {
3058             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3059             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3060                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3061             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3062             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3063                 return false;
3064             }
3065             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3066                 return false;
3067             }
3068             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3084                 return false;
3085             }
3086             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3108                 return false;
3109             }
3110             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3111                 return false;
3112             }
3113             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3114                 return false;
3115             }
3116             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3117                 return false;
3118             }
3119             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3123                 return false;
3124             }
3125             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3141                 return false;
3142             }
3143             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3156                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3157             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3167                 return false;
3168             }
3169             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3188                 return false;
3189             }
3190         }
3191         catch ( final Exception e ) {
3192             e.printStackTrace( System.out );
3193             return false;
3194         }
3195         return true;
3196     }
3197
3198     private static boolean testGetLCA() {
3199         try {
3200             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3201             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3202                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3203             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3204             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3205             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3209             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3213             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3217             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3221             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3225             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3229             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3233             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3237             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3241             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3245             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3249             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3253             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3257             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3261             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3265             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3269             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3273             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3277             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3281             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3285             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3289             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3293             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3297             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3298             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3302             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3306             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3310             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3311                 return false;
3312             }
3313             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3314             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3315                 return false;
3316             }
3317             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3318             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3322             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3326             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             final Phylogeny p3 = factory
3330                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3331                              new NHXParser() )[ 0 ];
3332             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3333             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3337             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3341             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3345             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3349             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3356             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             if ( !al_3.isRoot() ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3363             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3370             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3377             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3381             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3382             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3386             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3387             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3391             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3392             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3396             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3397             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400         }
3401         catch ( final Exception e ) {
3402             e.printStackTrace( System.out );
3403             return false;
3404         }
3405         return true;
3406     }
3407
3408     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3409         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3410         try {
3411             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3412                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3413             parser1.parse();
3414             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3415                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3416             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3417             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             if ( proteins.size() != 4 ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3433             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3437             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3441             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3445             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475         }
3476         catch ( final Exception e ) {
3477             e.printStackTrace( System.out );
3478             return false;
3479         }
3480         return true;
3481     }
3482
3483     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3484         try {
3485             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3486             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3487             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3488             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3489             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3493             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3497             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3501             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3502                 return false;
3503             }
3504         }
3505         catch ( final Exception e ) {
3506             e.printStackTrace( System.out );
3507             return false;
3508         }
3509         return true;
3510     }
3511
3512     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3513         try {
3514             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3515             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3516             PhylogenyNodeIterator it0;
3517             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3518                 it0.next();
3519             }
3520             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3521                 it0.next();
3522             }
3523             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3524             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( it.hasNext() ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3549                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3550             PhylogenyNodeIterator it2;
3551             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3552                 it2.next();
3553             }
3554             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3555                 it2.next();
3556             }
3557             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3558             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( it3.hasNext() ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3637             PhylogenyNodeIterator it4;
3638             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3639                 it4.next();
3640             }
3641             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3642                 it4.next();
3643             }
3644             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3645             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3658                 return false;
3659             }
3660             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3661             PhylogenyNodeIterator it6;
3662             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3663                 it6.next();
3664             }
3665             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3666                 it6.next();
3667             }
3668             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3669             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3670                 return false;
3671             }
3672             if ( it.hasNext() ) {
3673                 return false;
3674             }
3675         }
3676         catch ( final Exception e ) {
3677             e.printStackTrace( System.out );
3678             return false;
3679         }
3680         return true;
3681     }
3682
3683     private static boolean testMidpointrooting() {
3684         try {
3685             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3686             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3687                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3688             if ( !t1.isRooted() ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3692             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3711             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3712             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3713                 return false;
3714             }
3715             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3728                 return false;
3729             }
3730         }
3731         catch ( final Exception e ) {
3732             e.printStackTrace( System.out );
3733             return false;
3734         }
3735         return true;
3736     }
3737
3738     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3739         try {
3740             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3741             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3742             parser.parse();
3743             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3744             if ( labels.length != 7 ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3769             parser.parse();
3770             labels = parser.getCharStateLabels();
3771             if ( labels.length != 7 ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3793                 return false;
3794             }
3795         }
3796         catch ( final Exception e ) {
3797             e.printStackTrace( System.out );
3798             return false;
3799         }
3800         return true;
3801     }
3802
3803     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3804         try {
3805             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3806             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3807             parser.parse();
3808             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3809             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             //            if ( labels.length != 7 ) {
3837             //                return false;
3838             //            }
3839             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3840             //                return false;
3841             //            }
3842             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3843             //                return false;
3844             //            }
3845             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3846             //                return false;
3847             //            }
3848             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3849             //                return false;
3850             //            }
3851             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3852             //                return false;
3853             //            }
3854             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3855             //                return false;
3856             //            }
3857             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3858             //                return false;
3859             //            }
3860             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3861             //            parser.parse();
3862             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3863             //            if ( labels.length != 7 ) {
3864             //                return false;
3865             //            }
3866             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3867             //                return false;
3868             //            }
3869             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3870             //                return false;
3871             //            }
3872             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3873             //                return false;
3874             //            }
3875             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3876             //                return false;
3877             //            }
3878             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3879             //                return false;
3880             //            }
3881             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3882             //                return false;
3883             //            }
3884             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3885             //                return false;
3886             //            }
3887         }
3888         catch ( final Exception e ) {
3889             e.printStackTrace( System.out );
3890             return false;
3891         }
3892         return true;
3893     }
3894
3895     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3896         try {
3897             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3898             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3899             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3900             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             phylogenies = null;
3910             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3911             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             phylogenies = null;
3921             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3922             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             phylogenies = null;
3935             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3936             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4057                 return false;
4058             }
4059         }
4060         catch ( final Exception e ) {
4061             e.printStackTrace( System.out );
4062             return false;
4063         }
4064         return true;
4065     }
4066
4067     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4068         try {
4069             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4070             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4071             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4072             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4088                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             phylogenies = null;
4092             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4093             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4112                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4131                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4150                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             phylogenies = null;
4154             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4155             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4174                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4193                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4212                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4213                 return false;
4214             }
4215         }
4216         catch ( final Exception e ) {
4217             e.printStackTrace( System.out );
4218             return false;
4219         }
4220         return true;
4221     }
4222
4223     private static boolean testNHParsing() {
4224         try {
4225             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4226             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4227             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4231             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4232             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4233             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4234             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             final Phylogeny p1b = factory
4241                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4242                              new NHXParser() )[ 0 ];
4243             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4250             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4251             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4252             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4253             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4254             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4255             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4256             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4257             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4258             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4259             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4260                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4261                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4262                                                     new NHXParser() );
4263             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4276             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4277             final String p16_S = "((A,B),C)";
4278             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4279             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4283             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4284             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4288             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4289             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4293             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4294             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4298             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4299             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4303             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4304             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4308             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4309             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4313             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4314             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4318             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4319             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4323             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4324             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4325             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4329                 return false;
4330             }
4331             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4332                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4333                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4334                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4335                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4336                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4337                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4338                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4339             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4340             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             final String p26_S = "(A,B)ab";
4344             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4345             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4349             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4350                                                     new NHXParser() );
4351             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4355             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4356             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4357             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4358             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4359                                                     new NHXParser() );
4360             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4373             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4374             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4378             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4379             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4383             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4384             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             final String p33_S = "A";
4388             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4389             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             final String p34_S = "B;";
4393             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4394             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             final String p35_S = "B:0.2";
4398             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4399             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             final String p36_S = "(A)";
4403             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4404             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             final String p37_S = "((A))";
4408             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4409             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4413             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4414             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4418             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4419             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             final String p40_S = "(A,B,C)";
4423             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4424             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4428             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4429             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4433             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4434             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4438             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4439             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4443             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4444             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4448             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4449             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             final String p46_S = "";
4453             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4454             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4458             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4462             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             final Phylogeny p49 = factory
4466                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4467                              new NHXParser() )[ 0 ];
4468             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4472             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4476                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4483                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4487             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4491             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             final Phylogeny p53 = factory
4495                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4496                              new NHXParser() )[ 0 ];
4497             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             //
4501             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4502             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4506                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509         }
4510         catch ( final Exception e ) {
4511             e.printStackTrace( System.out );
4512             return false;
4513         }
4514         return true;
4515     }
4516
4517     private static boolean testNHXconversion() {
4518         try {
4519             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4520             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4521             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4522             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4523             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4524                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4525             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4526                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4527             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             if ( !n5.toNewHampshireX()
4540                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546         }
4547         catch ( final Exception e ) {
4548             e.printStackTrace( System.out );
4549             return false;
4550         }
4551         return true;
4552     }
4553
4554     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4555         try {
4556             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4557             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4558             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4559             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4560             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4561                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4562             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             if ( n3.isDuplication() ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( !n5.isDuplication() ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4608                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4609                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4610             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4617                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4618                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4619             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4623                 return false;
4624             }
4625             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4626                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4627             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4631                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4632             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4639                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4640             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4647                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4648             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4652                 return false;
4653             }
4654             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4655                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4656             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4663                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4664             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4671                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4672             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4679                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4680             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4681                 return false;
4682             }
4683             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4687                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4688             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4695                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4696             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4703                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4704                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4705                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4706                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4707                     return false;
4708                 }
4709                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4710                     return false;
4711                 }
4712                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4713                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4714                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4715                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4716                     return false;
4717                 }
4718                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "" ) ) {
4719                     return false;
4720                 }
4721                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4722                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4723                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4724                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4725                     return false;
4726                 }
4727                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "" ) ) {
4728                     return false;
4729                 }
4730                 final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4731                         .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4732                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4733                 if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4734                     return false;
4735                 }
4736                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4737                     return false;
4738                 }
4739                 final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4740                         .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4741                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4742                 if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4743                     return false;
4744                 }
4745                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4746                     return false;
4747                 }
4748                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4749                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4750                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4751                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4752                     return false;
4753                 }
4754                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4755                     return false;
4756                 }
4757                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4758                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4759                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4760                     return false;
4761                 }
4762                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4763                     return false;
4764                 }
4765             }
4766             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4767                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4768                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4769             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4770                 return false;
4771             }
4772             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4779                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4780                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4781             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4785                 return false;
4786             }
4787             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4791             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4792             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4793                 return false;
4794             }
4795             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4808                 return false;
4809             }
4810             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4835                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4836             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4861             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4865             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4869                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4870                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4871             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4878                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4879                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4880             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4887                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4888                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4889             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4899                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4900                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4901             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4911                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4912                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4913             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4917                 return false;
4918             }
4919             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4920                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4921             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930         }
4931         catch ( final Exception e ) {
4932             e.printStackTrace( System.out );
4933             return false;
4934         }
4935         return true;
4936     }
4937
4938     private static boolean testNHXParsing() {
4939         try {
4940             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4941             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4942             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4946             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4947             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4951             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4952             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             final Phylogeny[] p3 = factory
4956                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4957                              new NHXParser() );
4958             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final Phylogeny[] p4 = factory
4962                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4963                              new NHXParser() );
4964             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             final Phylogeny[] p5 = factory
4968                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4969                              new NHXParser() );
4970             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4974             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4975             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4976             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4977                 return false;
4978             }
4979             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4980             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4981             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4982             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4986             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4987             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4988             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4992             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             final Phylogeny p10 = factory
4996                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4997                              new NHXParser() )[ 0 ];
4998             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001         }
5002         catch ( final Exception e ) {
5003             e.printStackTrace( System.out );
5004             return false;
5005         }
5006         return true;
5007     }
5008
5009     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5010         try {
5011             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5012             final NHXParser p = new NHXParser();
5013             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5014             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5018             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5028                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5047             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5048             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5049             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5053             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5054             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5055             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5059             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5060             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5061             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5065             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5066             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5067             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             final Phylogeny p10 = factory
5071                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5072                              new NHXParser() )[ 0 ];
5073             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5074             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5078             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             //
5082             final Phylogeny p12 = factory
5083                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5084                              new NHXParser() )[ 0 ];
5085             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5086             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5090             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5094             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5098             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101         }
5102         catch ( final Exception e ) {
5103             e.printStackTrace( System.out );
5104             return false;
5105         }
5106         return true;
5107     }
5108
5109     private static boolean testNHXParsingMB() {
5110         try {
5111             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5112             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5113                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5114                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5115                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5116                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5117                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5118                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5119                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5120                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5121             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5128                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final Phylogeny p2 = factory
5138                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5139                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5140                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5141                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5142                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5143                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5144                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5145                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5146                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5147                              new NHXParser() )[ 0 ];
5148             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5152                 return false;
5153             }
5154         }
5155         catch ( final Exception e ) {
5156             e.printStackTrace( System.out );
5157             System.exit( -1 );
5158             return false;
5159         }
5160         return true;
5161     }
5162
5163     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5164         try {
5165             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5166             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5167             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5168             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5169             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5179             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5180             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5181             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5182                 return false;
5183             }
5184             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5188             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197         }
5198         catch ( final Exception e ) {
5199             e.printStackTrace( System.out );
5200             return false;
5201         }
5202         return true;
5203     }
5204
5205     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5206         try {
5207             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5208             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5209             try {
5210                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5211             }
5212             catch ( final Exception e ) {
5213                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5214             }
5215             if ( xml_parser == null ) {
5216                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5217                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5218                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5219                 }
5220                 else {
5221                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5222                 }
5223             }
5224             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5225                                                               xml_parser );
5226             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5227                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5234             PhylogenyNode n = null;
5235             Distribution d = null;
5236             n = t1.getNode( "root node" );
5237             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             d = n.getNodeData().getDistribution();
5244             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( d.getPolygons() != null ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             n = t1.getNode( "node a" );
5269             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5276             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( d.getPolygons() != null ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             n = t1.getNode( "node bb" );
5301             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5308             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5333             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             p = d.getPolygons().get( 1 );
5355             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             // Roundtrip:
5368             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5369             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5370             if ( rt.length != 1 ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5374             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5375             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             d = n.getNodeData().getDistribution();
5382             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( d.getPolygons() != null ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5407             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5414             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( d.getPolygons() != null ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5439             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5446             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             p = d.getPolygons().get( 0 );
5471             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             p = d.getPolygons().get( 1 );
5493             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505         }
5506         catch ( final Exception e ) {
5507             e.printStackTrace( System.out );
5508             return false;
5509         }
5510         return true;
5511     }
5512
5513     private static boolean testPostOrderIterator() {
5514         try {
5515             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5516             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5517             PhylogenyNodeIterator it0;
5518             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5519                 it0.next();
5520             }
5521             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5522                 it0.next();
5523             }
5524             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5525             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5526             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5542                 return false;
5543             }
5544             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5545                 return false;
5546             }
5547             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5548                 return false;
5549             }
5550             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( it.hasNext() ) {
5572                 return false;
5573             }
5574         }
5575         catch ( final Exception e ) {
5576             e.printStackTrace( System.out );
5577             return false;
5578         }
5579         return true;
5580     }
5581
5582     private static boolean testPreOrderIterator() {
5583         try {
5584             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5585             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5586             PhylogenyNodeIterator it0;
5587             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5588                 it0.next();
5589             }
5590             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5591                 it0.next();
5592             }
5593             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5594             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( it.hasNext() ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5619             it = t1.iteratorPreorder();
5620             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( it.hasNext() ) {
5666                 return false;
5667             }
5668         }
5669         catch ( final Exception e ) {
5670             e.printStackTrace( System.out );
5671             return false;
5672         }
5673         return true;
5674     }
5675
5676     private static boolean testPropertiesMap() {
5677         try {
5678             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5679             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5680             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5681             final Property p2 = new Property( "something:else",
5682                                               "?",
5683                                               "improbable:research",
5684                                               "xsd:decimal",
5685                                               AppliesTo.NODE );
5686             pm.addProperty( p0 );
5687             pm.addProperty( p1 );
5688             pm.addProperty( p2 );
5689             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5708             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5715                 return false;
5716             }
5717         }
5718         catch ( final Exception e ) {
5719             e.printStackTrace( System.out );
5720             return false;
5721         }
5722         return true;
5723     }
5724
5725     private static boolean testReIdMethods() {
5726         try {
5727             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5728             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5729             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5730             p.levelOrderReID();
5731             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5774                 return false;
5775             }
5776         }
5777         catch ( final Exception e ) {
5778             e.printStackTrace( System.out );
5779             return false;
5780         }
5781         return true;
5782     }
5783
5784     private static boolean testRerooting() {
5785         try {
5786             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5787             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5788                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5789             if ( !t1.isRooted() ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5793             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5794             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5795             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5796             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5797             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5798             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5799             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5800             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5801             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5802             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5803             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5804             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5805             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5806             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5807             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5808             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5809             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5810             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5811             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5812             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5813             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5814             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5815             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5816             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5817             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5818             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5820             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5839                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5840             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5841             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5842             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5843             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5844             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5845             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5846             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5847             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5848             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5849             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5850             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5851             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5852             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5853             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5854             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5855             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5856             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5857             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5858             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5859             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5860             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5861             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5862             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5863             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5864             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5865             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5885             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5892             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5899             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5909             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5919             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5933                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5934             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5935             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5945             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5952                 return false;
5953             }
5954             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5955             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5959                 return false;
5960             }
5961             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5962                 return false;
5963             }
5964         }
5965         catch ( final Exception e ) {
5966             e.printStackTrace( System.out );
5967             return false;
5968         }
5969         return true;
5970     }
5971
5972     private static boolean testSDIse() {
5973         try {
5974             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5975             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5976             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5977             gene1.setRooted( true );
5978             species1.setRooted( true );
5979             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5980             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             final Phylogeny species2 = factory
5984                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5985                              new NHXParser() )[ 0 ];
5986             final Phylogeny gene2 = factory
5987                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5988                              new NHXParser() )[ 0 ];
5989             species2.setRooted( true );
5990             gene2.setRooted( true );
5991             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5992             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             final Phylogeny species3 = factory
6014                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6015                              new NHXParser() )[ 0 ];
6016             final Phylogeny gene3 = factory
6017                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6018                              new NHXParser() )[ 0 ];
6019             species3.setRooted( true );
6020             gene3.setRooted( true );
6021             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6022             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             final Phylogeny species4 = factory
6032                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6033                              new NHXParser() )[ 0 ];
6034             final Phylogeny gene4 = factory
6035                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6036                              new NHXParser() )[ 0 ];
6037             species4.setRooted( true );
6038             gene4.setRooted( true );
6039             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6040             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6056                 return false;
6057             }
6058             final Phylogeny species5 = factory
6059                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6060                              new NHXParser() )[ 0 ];
6061             final Phylogeny gene5 = factory
6062                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6063                              new NHXParser() )[ 0 ];
6064             species5.setRooted( true );
6065             gene5.setRooted( true );
6066             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6067             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6086             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6087             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6088             final Phylogeny species6 = factory
6089                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6090                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6091                              new NHXParser() )[ 0 ];
6092             final Phylogeny gene6 = factory
6093                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6094                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6095                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6096                              new NHXParser() )[ 0 ];
6097             species6.setRooted( true );
6098             gene6.setRooted( true );
6099             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6100             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6116                 return false;
6117             }
6118             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             sdi6.computeMappingCostL();
6128             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6138                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6139                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6140                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6141                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6142             species7.setRooted( true );
6143             final Phylogeny gene7_1 = Test
6144                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6145             gene7_1.setRooted( true );
6146             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6147             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             final Phylogeny gene7_2 = Test
6175                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6176             gene7_2.setRooted( true );
6177             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6178             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6206                 return false;
6207             }
6208         }
6209         catch ( final Exception e ) {
6210             return false;
6211         }
6212         return true;
6213     }
6214
6215     private static boolean testSDIunrooted() {
6216         try {
6217             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6218             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6219             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6220             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6221             PhylogenyBranch br = iter.next();
6222             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             br = iter.next();
6229             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             br = iter.next();
6236             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             br = iter.next();
6243             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             br = iter.next();
6250             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             br = iter.next();
6257             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             br = iter.next();
6264             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             br = iter.next();
6271             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             br = iter.next();
6278             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             br = iter.next();
6285             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             br = iter.next();
6292             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             br = iter.next();
6299             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             br = iter.next();
6306             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             br = iter.next();
6313             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             br = iter.next();
6320             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( iter.hasNext() ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6330             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6331             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6332             br = iter1.next();
6333             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             br = iter1.next();
6340             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             br = iter1.next();
6347             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( iter1.hasNext() ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6357             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6358             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6359             br = iter2.next();
6360             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             br = iter2.next();
6367             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             br = iter2.next();
6374             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( iter2.hasNext() ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             final Phylogeny species0 = factory
6384                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6385                              new NHXParser() )[ 0 ];
6386             final Phylogeny gene1 = factory
6387                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6388                              new NHXParser() )[ 0 ];
6389             species0.setRooted( true );
6390             gene1.setRooted( true );
6391             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6392             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6393             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             final Phylogeny gene2 = factory
6409                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6410                              new NHXParser() )[ 0 ];
6411             gene2.setRooted( true );
6412             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6413             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             final Phylogeny species6 = factory
6429                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6430                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6431                              new NHXParser() )[ 0 ];
6432             final Phylogeny gene6 = factory
6433                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6434                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6435                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6436                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6437                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6438                              new NHXParser() )[ 0 ];
6439             species6.setRooted( true );
6440             gene6.setRooted( true );
6441             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6442             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             p6 = null;
6482             final Phylogeny species7 = factory
6483                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6484                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6485                              new NHXParser() )[ 0 ];
6486             final Phylogeny gene7 = factory
6487                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6488                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6489                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6490                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6491                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6492                              new NHXParser() )[ 0 ];
6493             species7.setRooted( true );
6494             gene7.setRooted( true );
6495             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6496             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             p7 = null;
6536             final Phylogeny species8 = factory
6537                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6538                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6539                              new NHXParser() )[ 0 ];
6540             final Phylogeny gene8 = factory
6541                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6542                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6543                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6544                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6545                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6546                              new NHXParser() )[ 0 ];
6547             species8.setRooted( true );
6548             gene8.setRooted( true );
6549             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6550             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6563                 return false;
6564             }
6565             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             p8 = null;
6590         }
6591         catch ( final Exception e ) {
6592             e.printStackTrace( System.out );
6593             return false;
6594         }
6595         return true;
6596     }
6597
6598     private static boolean testSplit() {
6599         try {
6600             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6601             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6602             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6603             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6604             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6605             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6606             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6607             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6608             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6609             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6610             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6611             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6612             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6613             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6614             // System.out.println( s0.toString() );
6615             //
6616             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6619             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6630             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             //
6634             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6638             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             //
6642             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6647             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             //
6651             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6656             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             //
6660             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6664             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //
6668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6671             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             //
6675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6681             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             //
6685             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6689             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             //
6693             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6698             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             //
6702             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6705             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             //
6709             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6714             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             //
6718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6724             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6732             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             //
6736             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6739             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             //
6743             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6746             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             //
6750             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //
6757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6760             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             //
6764             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6767             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             //
6771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6774             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //
6778             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6782             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             //
6786             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6790             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             //
6794             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6798             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             //
6802             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             /////////
6811             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6812             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6813             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6814             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6815             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6816             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6817             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6818             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6819             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6820             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6821             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6822             //                return false;
6823             //            }
6824             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6825             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6826             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6827             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6828             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6829             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6830             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6831             //                return false;
6832             //            }
6833             //            //
6834             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6835             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6836             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6837             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6838             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6839             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6840             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6841             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6842             //                return false;
6843             //            }
6844             //            //
6845             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6847             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6848             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6849             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6850             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6851             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6852             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6853             //                return false;
6854             //            }
6855             //            //
6856             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6859             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6862             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6863             //                return false;
6864             //            }
6865             //            //
6866             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6868             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6869             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6870             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6871             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6872             //                return false;
6873             //            }
6874             //
6875             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6876             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6877             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6878             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6879             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6880             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             //
6884             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6886             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6887             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6888             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6889             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             ///////////////////////////
6893             //
6894             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6895             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6896             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6898             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6899             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             //
6903             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6907             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6908             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6909                 return false;
6910             }
6911             //
6912             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6917             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             //
6921             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6926             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6935             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             //
6939             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6943             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6952             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6953             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             //
6957             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6961             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6962             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6963             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             //
6967             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6973             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             //
6977             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987         }
6988         catch ( final Exception e ) {
6989             e.printStackTrace();
6990             return false;
6991         }
6992         return true;
6993     }
6994
6995     private static boolean testSplitStrict() {
6996         try {
6997             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6998             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6999             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7000             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7001             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7002             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7003             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7004             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7005             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7006             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7007             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7008             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7011             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7020             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7022             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025             //
7026             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7028             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7029             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7030             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             //
7034             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7039             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             //
7043             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7048             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             //
7052             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7056             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7063             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             //
7067             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7073             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             //
7077             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7081             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             //
7085             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7090             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             //
7094             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7097             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             //
7101             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7106             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             //
7110             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7116             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             //
7120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7124             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             //
7128             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7131             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             //
7135             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7138             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             //
7142             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7145             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             //
7149             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7152             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             //
7156             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7166             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             //
7170             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7174             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             //
7178             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7182             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             //
7186             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7190             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             //
7194             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202         }
7203         catch ( final Exception e ) {
7204             e.printStackTrace();
7205             return false;
7206         }
7207         return true;
7208     }
7209
7210     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7211         try {
7212             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7213             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7214             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7215             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             t1.toNewHampshireX();
7219             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7220             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             t1.toNewHampshireX();
7224             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7225             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             t1.toNewHampshireX();
7229             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7230             t1.toNewHampshireX();
7231             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7235             t1.toNewHampshireX();
7236             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7240             t1.toNewHampshireX();
7241             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7245             t1.toNewHampshireX();
7246             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7250             t1.toNewHampshireX();
7251             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7255             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( !t1.isEmpty() ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7262             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7263             t2.toNewHampshireX();
7264             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7268             t2.toNewHampshireX();
7269             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7273             t2.toNewHampshireX();
7274             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7275                 return false;
7276             }
7277         }
7278         catch ( final Exception e ) {
7279             e.printStackTrace( System.out );
7280             return false;
7281         }
7282         return true;
7283     }
7284
7285     private static boolean testSupportCount() {
7286         try {
7287             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7288             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7289             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7290                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7291                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7292                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7293                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7294                                                               new NHXParser() );
7295             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7296             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7297             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7298                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7299                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7300                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7301                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7302                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7303                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7304                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7305                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7306                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7307                                                               new NHXParser() );
7308             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7309             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7310             while ( it.hasNext() ) {
7311                 final PhylogenyNode n = it.next();
7312                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7313                     return false;
7314                 }
7315             }
7316             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7317             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7318                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7319             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7320             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7321             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7322                 return false;
7323             }
7324             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7331                 return false;
7332             }
7333             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7337                 return false;
7338             }
7339             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7352             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7353                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7354             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7355             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7356             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7387             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7388             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7389             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7393             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7394             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7395             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7399             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7400             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7401             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7405             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7406             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7407             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7408                 return false;
7409             }
7410         }
7411         catch ( final Exception e ) {
7412             e.printStackTrace( System.out );
7413             return false;
7414         }
7415         return true;
7416     }
7417
7418     private static boolean testSupportTransfer() {
7419         try {
7420             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7421             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7422                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7423             final Phylogeny p2 = factory
7424                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7425             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7432             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7433             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7452                 return false;
7453             }
7454             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7455                 return false;
7456             }
7457         }
7458         catch ( final Exception e ) {
7459             e.printStackTrace( System.out );
7460             return false;
7461         }
7462         return true;
7463     }
7464
7465     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7466         try {
7467             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7468             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7469             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7470             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7471             s0.setRooted( true );
7472             g0.setRooted( true );
7473             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7474             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7484             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7485             g0.setRooted( true );
7486             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7487             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7497             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7498             g0.setRooted( true );
7499             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7500             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7510             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7511             g0.setRooted( true );
7512             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7513             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7523             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7524             g0.setRooted( true );
7525             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7526             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7536             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7537             g0.setRooted( true );
7538             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7539             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7549             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7550             g0.setRooted( true );
7551             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7552             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7562                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7563                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7564                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7565             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7566             s0.setRooted( true );
7567             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7568                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7569                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7570                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7571             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7572             g0.setRooted( true );
7573             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7574             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7590                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7591                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7592                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7593             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7594             g0.setRooted( true );
7595             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7596             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7603                 return false;
7604             }
7605             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7609                 return false;
7610             }
7611             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7612                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7613                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7614                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7615             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7616             g0.setRooted( true );
7617             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7618             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7634                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7635                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7636                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7637             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7638             g0.setRooted( true );
7639             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7640             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7656             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7657             g0.setRooted( true );
7658             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7659             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7669             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7670             g0.setRooted( true );
7671             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7672             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7682                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7683                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7684                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7685             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7686             g0.setRooted( true );
7687             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7688             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7710                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7711                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7712                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7713             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7714             g0.setRooted( true );
7715             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7716             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7738                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7739                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7740                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7741             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7742             g0.setRooted( true );
7743             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7744             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7766                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7767                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7768                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7769             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7770             g0.setRooted( true );
7771             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7772             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7794                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7795                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7796                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7797             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7798             s0.setRooted( true );
7799             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7800                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7801                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7802                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7803             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7804             g0.setRooted( true );
7805             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7806             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7810                 return false;
7811             }
7812         }
7813         catch ( final Exception e ) {
7814             e.printStackTrace( System.out );
7815             return false;
7816         }
7817         return true;
7818     }
7819
7820     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7821         try {
7822             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7823                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7824             if ( results.size() != 1 ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7840                 return false;
7841             }
7842             results = null;
7843             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7844             if ( results.size() != 1 ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             results = null;
7863             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7864             if ( results.size() != 1 ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882             results = null;
7883             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7884             if ( results.size() != 1 ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7894                 return false;
7895             }
7896             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7909                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7910                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7911                 return false;
7912             }
7913         }
7914         catch ( final IOException e ) {
7915             System.out.println();
7916             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7917             e.printStackTrace( System.out );
7918             return true;
7919         }
7920         catch ( final Exception e ) {
7921             return false;
7922         }
7923         return true;
7924     }
7925
7926     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7927         //The format for GenBank Accession numbers are:
7928         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7929         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7930         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7931         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7932             return false;
7933         }
7934         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7935             return false;
7936         }
7937         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7938             return false;
7939         }
7940         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7941             return false;
7942         }
7943         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7944             return false;
7945         }
7946         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7947             return false;
7948         }
7949         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7950             return false;
7951         }
7952         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7953             return false;
7954         }
7955         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7956             return false;
7957         }
7958         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7959             return false;
7960         }
7961         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7962             return false;
7963         }
7964         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7965             return false;
7966         }
7967         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7968             return false;
7969         }
7970         return true;
7971     }
7972
7973     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7974         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7975             return false;
7976         }
7977         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7978             return false;
7979         }
7980         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7981             return false;
7982         }
7983         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7984             return false;
7985         }
7986         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7987             return false;
7988         }
7989         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7990             return false;
7991         }
7992         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7993             return false;
7994         }
7995         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7996             return false;
7997         }
7998         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7999             return false;
8000         }
8001         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8002             return false;
8003         }
8004         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8005             return false;
8006         }
8007         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8008             return false;
8009         }
8010         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8011             return false;
8012         }
8013         try {
8014             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8015             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8028                 return false;
8029             }
8030         }
8031         catch ( final IOException e ) {
8032             System.out.println();
8033             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8034             e.printStackTrace( System.out );
8035             return true;
8036         }
8037         catch ( final Exception e ) {
8038             return false;
8039         }
8040         return true;
8041     }
8042
8043     private static boolean testWabiTxSearch() {
8044         try {
8045             String result = "";
8046             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8047             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8048             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8052             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8056             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8060             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8064             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8068             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8072             queries.add( "Campylobacter coli" );
8073             queries.add( "Escherichia coli" );
8074             queries.add( "Arabidopsis" );
8075             queries.add( "Trichoplax" );
8076             queries.add( "Samanea saman" );
8077             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8078             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8079             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8080             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8081             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8082             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8083             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8084             ranks.add( RANKS.GENUS );
8085             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8086             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8087             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8088             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8089         }
8090         catch ( final Exception e ) {
8091             System.out.println();
8092             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8093             e.printStackTrace( System.out );
8094             return false;
8095         }
8096         return true;
8097     }
8098
8099     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8100         try {
8101             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8102             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8103                 return false;
8104             }
8105             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8106                 return false;
8107             }
8108             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8115             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8119             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8123             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8124                 return false;
8125             }
8126         }
8127         catch ( final Exception e ) {
8128             e.printStackTrace();
8129             return false;
8130         }
8131         return true;
8132     }
8133
8134     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8135         try {
8136             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8137             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8144             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8148                 return false;
8149             }
8150         }
8151         catch ( final Exception e ) {
8152             e.printStackTrace();
8153             return false;
8154         }
8155         return true;
8156     }
8157
8158     private static boolean testFastaParser() {
8159         try {
8160             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8167             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8177                 return false;
8178             }
8179             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185         }
8186         catch ( final Exception e ) {
8187             e.printStackTrace();
8188             return false;
8189         }
8190         return true;
8191     }
8192
8193     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8194         try {
8195             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8196             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8197             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8198             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8199             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8200             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8201             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8202             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8203             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8204             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8214             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8218                 return false;
8219             }
8220             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8224             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8225                 return false;
8226             }
8227             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8228                 return false;
8229             }
8230             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8231                 return false;
8232             }
8233         }
8234         catch ( final Exception e ) {
8235             e.printStackTrace();
8236             return false;
8237         }
8238         return true;
8239     }
8240
8241     private static boolean testMafft() {
8242         try {
8243             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8244             opts.add( "--maxiterate" );
8245             opts.add( "1000" );
8246             opts.add( "--localpair" );
8247             opts.add( "--quiet" );
8248             Msa msa = null;
8249             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8250             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8251             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254         }
8255         catch ( final Exception e ) {
8256             e.printStackTrace( System.out );
8257             return false;
8258         }
8259         return true;
8260     }
8261
8262     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8263         try {
8264             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8265             PhylogenyNode n;
8266             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8267             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8268             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8269             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8270             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8271             n = t0.getFirstExternalNode();
8272             while ( n != null ) {
8273                 ext.add( n );
8274                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8275             }
8276             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             ext.clear();
8295             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8296             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8297             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8298             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8299             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8300             n = t1.getNode( "ab" );
8301             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8302             while ( n != null ) {
8303                 ext.add( n );
8304                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8305             }
8306             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8307                 return false;
8308             }
8309             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8310                 return false;
8311             }
8312             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8316                 return false;
8317             }
8318             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8319                 return false;
8320             }
8321             //
8322             //
8323             ext.clear();
8324             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8325             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8326             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8327             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8328             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8329             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8330             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8331             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8332             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8333             n = t2.getNode( "ab" );
8334             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8335             while ( n != null ) {
8336                 ext.add( n );
8337                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8338             }
8339             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             //
8352             //
8353             ext.clear();
8354             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8355             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8356             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8357             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8358             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8359             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8360             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8361             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8362             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8363             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8364             n = t3.getNode( "ab" );
8365             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8366             while ( n != null ) {
8367                 ext.add( n );
8368                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8369             }
8370             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             //
8380             //
8381             ext.clear();
8382             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8383             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8384             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8385             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8386             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8387             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8388             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8389             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8390             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8391             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8392             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8393             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8394             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             //
8398             //
8399             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8400             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8401             ext.clear();
8402             n = t5.getFirstExternalNode();
8403             while ( n != null ) {
8404                 ext.add( n );
8405                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8406             }
8407             if ( ext.size() != 8 ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             //
8435             //
8436             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8437             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8438             ext.clear();
8439             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8440             n = t6.getNode( "ab" );
8441             while ( n != null ) {
8442                 ext.add( n );
8443                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8444             }
8445             if ( ext.size() != 7 ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             //
8470             //
8471             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8472             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8473             ext.clear();
8474             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8475             n = t7.getNode( "a" );
8476             while ( n != null ) {
8477                 ext.add( n );
8478                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8479             }
8480             if ( ext.size() != 7 ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8493                 return false;
8494             }
8495             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             //
8505             //
8506             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8507             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8508             ext.clear();
8509             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8510             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8511             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8512             n = t8.getNode( "a" );
8513             while ( n != null ) {
8514                 ext.add( n );
8515                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8516             }
8517             if ( ext.size() != 7 ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8527                 System.out.println( "2 fail" );
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             //
8543             //
8544             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8545             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8546             ext.clear();
8547             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8548             n = t9.getNode( "a" );
8549             while ( n != null ) {
8550                 ext.add( n );
8551                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8552             }
8553             if ( ext.size() != 7 ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             //
8578             //
8579             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8580             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8581             ext.clear();
8582             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8583             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8584             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8585             n = t10.getNode( "a" );
8586             while ( n != null ) {
8587                 ext.add( n );
8588                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8589             }
8590             if ( ext.size() != 7 ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             //
8615             //
8616             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8617             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8618             ext.clear();
8619             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8620             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8621             n = t11.getNode( "a" );
8622             while ( n != null ) {
8623                 ext.add( n );
8624                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8625             }
8626             if ( ext.size() != 6 ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8636                 return false;
8637             }
8638             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             //
8648             //
8649             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8650             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8651             ext.clear();
8652             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8653             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8654             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8655             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8656             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8657             n = t12.getNode( "a" );
8658             while ( n != null ) {
8659                 ext.add( n );
8660                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8661             }
8662             if ( ext.size() != 6 ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             //
8684             //
8685             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8686             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8687             ext.clear();
8688             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8689             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8690             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8691             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8692             n = t13.getNode( "ab" );
8693             while ( n != null ) {
8694                 ext.add( n );
8695                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8696             }
8697             if ( ext.size() != 5 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8704                 return false;
8705             }
8706             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             //
8716             //
8717             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8718             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8719             ext.clear();
8720             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8721             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8722             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8723             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8724             n = t14.getNode( "ab" );
8725             while ( n != null ) {
8726                 ext.add( n );
8727                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8728             }
8729             if ( ext.size() != 5 ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             //
8748             //
8749             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8750             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8751             ext.clear();
8752             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8753             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8754             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8755             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8756             n = t15.getNode( "ab" );
8757             while ( n != null ) {
8758                 ext.add( n );
8759                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8760             }
8761             if ( ext.size() != 6 ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8765                 return false;
8766             }
8767             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8771                 return false;
8772             }
8773             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             //
8783             //
8784             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8785             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8786             ext.clear();
8787             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8788             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8789             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8790             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8791             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8792             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8793             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8794             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8795             n = t16.getNode( "ab" );
8796             while ( n != null ) {
8797                 ext.add( n );
8798                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8799             }
8800             if ( ext.size() != 4 ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8807                 return false;
8808             }
8809             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8810                 return false;
8811             }
8812             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8813                 return false;
8814             }
8815         }
8816         catch ( final Exception e ) {
8817             e.printStackTrace( System.out );
8818             return false;
8819         }
8820         return true;
8821     }
8822 }