forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  91 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  92 import org.forester.sequence.Sequence;
  93 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  94 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  95 import org.forester.tools.SupportCount;
  96 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  97 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  98 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.BasicTable;
 100 import org.forester.util.BasicTableParser;
 101 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.ForesterConstants;
 103 import org.forester.util.ForesterUtil;
 104 import org.forester.util.GeneralTable;
 105 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 106 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 108 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 113
 114 @SuppressWarnings( "unused")
 115 public final class Test {
 116
 117     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 118     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 125     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131
 132     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 133         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 134         return p;
 135     }
 136
 137     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 138         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 139         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 140     }
 141
 142     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 143         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 144     }
 145
 146     public static void main( final String[] args ) {
 147         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 148         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 149                 + "]" );
 150         Locale.setDefault( Locale.US );
 151         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 152         int failed = 0;
 153         int succeeded = 0;
 154         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 155         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 156             System.out.println( "OK.]" );
 157         }
 158         else {
 159             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 160             System.out.println( "Testing aborted." );
 161             System.exit( -1 );
 162         }
 163         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 164         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 165             System.out.println( "OK.]" );
 166         }
 167         else {
 168             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 169             System.out.println( "Testing aborted." );
 170             System.exit( -1 );
 171         }
 172         final long start_time = new Date().getTime();
 173         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 174         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 175             System.out.println( "OK." );
 176             succeeded++;
 177         }
 178         else {
 179             System.out.println( "failed." );
 180             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 202         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "NH parsing: " );
 211         if ( Test.testNHParsing() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing: " );
 229         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 238         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 247         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 274         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 292         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 310         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 319         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Copying of node data: " );
 337         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 346         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 373         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Re-id methods: " );
 382         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 391         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 400         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 409         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 418         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 427         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Rerooting: " );
 436         if ( Test.testRerooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 445         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support count: " );
 454         if ( Test.testSupportCount() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Support transfer: " );
 463         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 472         if ( Test.testGetLCA() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 481         if ( Test.testGetDistance() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "SDIse: " );
 490         if ( Test.testSDIse() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 499         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "GSDI: " );
 508         if ( TestGSDI.test() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 517         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 526         if ( Test.testDataObjects() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Properties map: " );
 535         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 544         System.out.println();
 545         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "GO: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "Modeling tools: " );
 574         if ( TestPccx.test() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 583         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Split Matrix: " );
 592         if ( Test.testSplit() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 601         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Basic table: " );
 610         if ( Test.testBasicTable() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "General table: " );
 619         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 628         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "General MSA parser: " );
 637         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 646         if ( Test.testFastaParser() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 655         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 664         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 673         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 682         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         //----
 691         String path = "";
 692         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 693         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 694             path = "/usr/local/bin/mafft";
 695         }
 696         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 697             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 698         }
 699         else {
 700             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 701         }
 702         if ( !Mafft.isInstalled( path ) ) {
 703             path = "mafft";
 704         }
 705         if ( !Mafft.isInstalled( path ) ) {
 706             path = "/usr/local/bin/mafft";
 707         }
 708         if ( Mafft.isInstalled( path ) ) {
 709             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 710             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 711                 System.out.println( "OK." );
 712                 succeeded++;
 713             }
 714             else {
 715                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 716             }
 717         }
 718         //----
 719         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 720         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 729         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 730             System.out.println( "OK." );
 731             succeeded++;
 732         }
 733         else {
 734             System.out.println( "failed." );
 735             failed++;
 736         }
 737         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 738         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 739         //            System.out.println( "OK." );
 740         //            succeeded++;
 741         //        }
 742         //        else {
 743         //            System.out
 744         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 745         //        }
 746         System.out.println();
 747         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 748         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 749         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 750         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 751                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 752         System.out.println();
 753         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 754         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 755         System.out.println();
 756         if ( failed < 1 ) {
 757             System.out.println( "OK." );
 758         }
 759         else {
 760             System.out.println( "Not OK." );
 761         }
 762         // System.out.println();
 763         // Development.setTime( true );
 764         //try {
 765         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 766         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 767         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 768         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 769         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 770         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 771         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 772         // NHXParser() )[ 0 ];
 773         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 774         // }
 775         // catch ( final Exception e ) {
 776         //     e.printStackTrace();
 777         // }
 778         // t1.getRoot().preorderPrint();
 779         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 780         // .getInstance();
 781         // try {
 782         //
 783         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 784         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 785         // factory.create(
 786         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 787         // new NHXParser() );
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         //
 794         //
 795         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 796         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 797         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 798         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 799         // factory.create(
 800         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 801         // new NHXParser() );
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         //
 806         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 807         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 808         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 809         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 810         //
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         // factory.create(
 815         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 816         // new NHXParser() );
 817         //
 818         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 819         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 820         // factory.create(
 821         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 822         // new NHXParser() );
 823         //
 824         // }
 825         // catch ( IOException e ) {
 826         // // TODO Auto-generated catch block
 827         // e.printStackTrace();
 828         // }
 829     }
 830
 831     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 832         try {
 833             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 837             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 838                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 839             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 840                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 841             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 842                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 843             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( !n3.isExternal() ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !n3.isRoot() ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 862                 return false;
 863             }
 864         }
 865         catch ( final Exception e ) {
 866             e.printStackTrace( System.out );
 867             return false;
 868         }
 869         return true;
 870     }
 871
 872     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 873         try {
 874             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 875             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 876             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 877                                                               xml_parser );
 878             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 879                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 886             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 887             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 888             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 889             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t1.isRooted() ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( t1.isRerootable() ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 923                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 927                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 955                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 968                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 972                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 976                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 980                     .equals( "experimental" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 984                     .equals( "function" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 988                     .getValue() != 1 ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 992                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 996                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1000                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1004                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1008                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1012                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1016                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1020                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1024                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1028                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1035                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1042             //     return false;
1043             //}
1044             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1069             //                    .equals( "B" ) ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1073             //                return false;
1074             //            }
1075             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1076             //                return false;
1077             //            }
1078             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1079             //                return false;
1080             //            }
1081             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1082             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1083             //                return false;
1084             //            }
1085             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1086             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1096             //                return false;
1097             //            }
1098             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1099             //                return false;
1100             //            }
1101             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1102             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1103             //                ;
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1119             //                return false;
1120             //            }
1121             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1128             //                                                              xml_parser );
1129             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1130             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1131             //                return false;
1132             //            }
1133             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1134             //                return false;
1135             //            }
1136             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1137             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1141             //                return false;
1142             //            }
1143             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1144             //                return false;
1145             //            }
1146             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1147             //                return false;
1148             //            }
1149         }
1150         catch ( final Exception e ) {
1151             e.printStackTrace( System.out );
1152             return false;
1153         }
1154         return true;
1155     }
1156
1157     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1158         try {
1159             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1160             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1161             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1162                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1163             }
1164             else {
1165                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1166             }
1167             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1168                                                               xml_parser );
1169             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1170                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1177             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1178             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1182             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1195             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1196             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1197             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1210                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1214                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1218             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1219             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1220             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1221             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1225             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1241                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1251                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1255                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1259                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1263                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1267                     .equals( "experimental" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1271                     .equals( "function" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1275                     .getValue() != 1 ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1279                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1283                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1287                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1291                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1295                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1299                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1303                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1307                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1311                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1315                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1322                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1332                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1348                     .equals( "ncbi" ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1355                     .getName().equals( "B" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1359                     .getFrom() != 21 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1366                     .getLength() != 24 ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1370                     .getConfidence() != 2144 ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1374                     .equals( "pfam" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1390             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1427                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1428                 ;
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             //
1453             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1457                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1464                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1474                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1475                 return false;
1476             }
1477         }
1478         catch ( final Exception e ) {
1479             e.printStackTrace( System.out );
1480             return false;
1481         }
1482         return true;
1483     }
1484
1485     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1486         try {
1487             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1488             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1489             try {
1490                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1491             }
1492             catch ( final Exception e ) {
1493                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1494             }
1495             if ( xml_parser == null ) {
1496                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1497                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1498                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1499                 }
1500                 else {
1501                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1502                 }
1503             }
1504             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1505                                                               xml_parser );
1506             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1507                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1514             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1515             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1516             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1517             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1539             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1540             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1541                 System.out.println( "errors:" );
1542                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1543                 return false;
1544             }
1545             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1546                 return false;
1547             }
1548             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1549                                                               xml_parser );
1550             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1551                 System.out.println( "errors:" );
1552                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1553                 return false;
1554             }
1555             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1562                                                               xml_parser );
1563             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1564                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1565                 return false;
1566             }
1567             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1571             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1584                                                               xml_parser );
1585             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1586                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1593             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             s.getNode( "first" );
1597             s.getNode( "<>" );
1598             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1599             s.getNode( "'''\"" );
1600             s.getNode( "\"\"\"" );
1601             s.getNode( "dick & doof" );
1602         }
1603         catch ( final Exception e ) {
1604             e.printStackTrace( System.out );
1605             return false;
1606         }
1607         return true;
1608     }
1609
1610     private static boolean testBasicTable() {
1611         try {
1612             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1613             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1620             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1621             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1622             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1623             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1624             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1625             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1626             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1627             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1658             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1659             source.append( "" + l );
1660             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1661             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1662             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1663             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1664             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1665             source.append( "40 41 42 43" + l );
1666             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1667             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1668             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1669             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1682                 return false;
1683             }
1684             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1688             source1.append( "" + l );
1689             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1690             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1691             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1692             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1693             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1694             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1695             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1696             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1697             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1698             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1723             source2.append( "" + l );
1724             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1725             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1726             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1727             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1728             source2.append( "                     " + l );
1729             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1730             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1731             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1732             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1733             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1734                                                                         ";",
1735                                                                         false,
1736                                                                         "comment:",
1737                                                                         false );
1738             if ( tl.size() != 2 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1742             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1743             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761         }
1762         catch ( final Exception e ) {
1763             e.printStackTrace( System.out );
1764             return false;
1765         }
1766         return true;
1767     }
1768
1769     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1770         try {
1771             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1772             final TolParser parser = new TolParser();
1773             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1774             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1775                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1782             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.isRooted() ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1801             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1802                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1809             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t2.isRooted() ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1831                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1835             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1836                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1843             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1856             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1857                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1864             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1877             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1878                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1885             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897         }
1898         catch ( final Exception e ) {
1899             e.printStackTrace( System.out );
1900             return false;
1901         }
1902         return true;
1903     }
1904
1905     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1906         try {
1907             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1908             final Phylogeny t1 = factory.create();
1909             if ( !t1.isEmpty() ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1913             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( t2.isEmpty() ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1930                 return false;
1931             }
1932             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1933                 return false;
1934             }
1935             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1936             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1937             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1947             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1948             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1955             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1956             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1960             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1961             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1965             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1966             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1970                 return false;
1971             }
1972             final char[] a9 = new char[] {};
1973             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1974             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1978             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1979             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1980                 return false;
1981             }
1982         }
1983         catch ( final Exception e ) {
1984             e.printStackTrace( System.out );
1985             return false;
1986         }
1987         return true;
1988     }
1989
1990     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1991         try {
1992             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1993             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1994             final Phylogeny[] ev0 = factory
1995                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1996                              new NHXParser() );
1997             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1998             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2005             final Phylogeny[] ev1 = factory
2006                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2007                              new NHXParser() );
2008             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2009             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2016             final Phylogeny[] ev_b = factory
2017                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2018                              new NHXParser() );
2019             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2020             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2021             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             //
2028             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2029             final Phylogeny[] ev1x = factory
2030                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2031                              new NHXParser() );
2032             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2033             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2040             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2041                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2042                              new NHXParser() );
2043             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2044             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             //
2051             final Phylogeny[] t2 = factory
2052                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2053                              new NHXParser() );
2054             final Phylogeny[] ev2 = factory
2055                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2056                              new NHXParser() );
2057             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2058                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2059             }
2060             //
2061             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2062                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2063             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2064             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2065             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2072                 return false;
2073             }
2074         }
2075         catch ( final Exception e ) {
2076             e.printStackTrace();
2077             return false;
2078         }
2079         return true;
2080     }
2081
2082     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2083         try {
2084             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2085                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2086             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2087             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090         }
2091         catch ( final Exception e ) {
2092             e.printStackTrace();
2093             return false;
2094         }
2095         return true;
2096     }
2097
2098     private static boolean testDataObjects() {
2099         try {
2100             final Confidence s0 = new Confidence();
2101             final Confidence s1 = new Confidence();
2102             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2106             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2107             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2114             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             s3.asSimpleText();
2118             s3.asText();
2119             // Taxonomy
2120             // ----------
2121             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2122             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2123             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2124             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2125             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2126             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2127             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2128             t1.setScientificName( "E. coli" );
2129             t1.setCommonName( "coli" );
2130             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2131             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2135             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2136             t2.setScientificName( "what" );
2137             t2.setCommonName( "something" );
2138             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2142             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             t1.setIdentifier( null );
2146             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2147             t3.setScientificName( "what" );
2148             t3.setCommonName( "something" );
2149             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             t1.setIdentifier( null );
2153             t1.setTaxonomyCode( "" );
2154             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2155             t4.setCommonName( "something" );
2156             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2160             t4.setCommonName( "something" );
2161             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             t1.setIdentifier( null );
2165             t1.setTaxonomyCode( "" );
2166             t1.setScientificName( "" );
2167             t5.setCommonName( "COLI" );
2168             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             t5.setCommonName( "vibrio" );
2172             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             // Identifier
2176             // ----------
2177             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2178             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2179             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2183                 return false;
2184             }
2185             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             id1.asSimpleText();
2189             id1.asText();
2190             // ProteinDomain
2191             // ---------------
2192             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2193             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2194             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             pd1.asSimpleText();
2201             pd1.asText();
2202             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2203             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2204             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             pd3.asSimpleText();
2214             pd3.asText();
2215             // DomainArchitecture
2216             // ------------------
2217             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2218             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2219             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2220             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2221             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2222             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2223             domains0.add( d2 );
2224             domains0.add( d0 );
2225             domains0.add( d3 );
2226             domains0.add( d1 );
2227             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2228             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2232             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2242             domains1.add( d1 );
2243             domains1.add( d2 );
2244             domains1.add( d4 );
2245             domains1.add( d0 );
2246             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2247             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             ds1.asSimpleText();
2251             ds1.asText();
2252             ds1.toNHX();
2253             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2254             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2255                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             // Event
2262             // -----
2263             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2264             if ( e1.isDuplication() ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e1.isFusion() ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2277             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2284             if ( e2.isDuplication() ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2303             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2307             if ( e3.isDuplication() ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( e3.isSpeciation() ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2320             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2321             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             e3 = null;
2325             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2329             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2336             e4 = null;
2337             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2338             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             final Event e5 = new Event();
2345             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2355             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2362             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2369             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2373                 return false;
2374             }
2375         }
2376         catch ( final Exception e ) {
2377             e.printStackTrace( System.out );
2378             return false;
2379         }
2380         return true;
2381     }
2382
2383     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2384         try {
2385             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2386             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2387             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2388             if ( t0.isEmpty() ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2395             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t0.isEmpty() ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2402             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2406             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2413             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2417             if ( !t1.isEmpty() ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2421             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2425             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t2.toNewHampshireX();
2429             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2430             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2434             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2438             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2446             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             n = t3.getNode( "A" );
2450             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             n = n.getNextExternalNode();
2454             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2458             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             n = t3.getNode( "C" );
2462             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2466             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2470             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2474             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2478             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2482             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2486             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2490             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             n = t4.getNode( "A" );
2494             n = n.getNextExternalNode();
2495             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             n = n.getNextExternalNode();
2499             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2503             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2508             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2512             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2516             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2517             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2525             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2526             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2535             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2543             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2544             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2553             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2561             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2562             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2570             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2574             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2578             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2579             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2583             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2587             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2595             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2599             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2603             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2607             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2611             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2615             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2619             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2623             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2627             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2631             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2635             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2636             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2640             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2644             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2645             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2649             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2653             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2654             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2658             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2662             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2666             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2670             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2674             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677         }
2678         catch ( final Exception e ) {
2679             e.printStackTrace( System.out );
2680             return false;
2681         }
2682         return true;
2683     }
2684
2685     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2686         try {
2687             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2688             dss1.addValue( 82 );
2689             dss1.addValue( 78 );
2690             dss1.addValue( 70 );
2691             dss1.addValue( 58 );
2692             dss1.addValue( 42 );
2693             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             dss1.addValue( 123 );
2730             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2740             dss2.addValue( -1.85 );
2741             dss2.addValue( 57.5 );
2742             dss2.addValue( 92.78 );
2743             dss2.addValue( 57.78 );
2744             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2751             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             dss2.addValue( -100 );
2755             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final double[] ds = new double[ 14 ];
2762             ds[ 0 ] = 34;
2763             ds[ 1 ] = 23;
2764             ds[ 2 ] = 1;
2765             ds[ 3 ] = 32;
2766             ds[ 4 ] = 11;
2767             ds[ 5 ] = 2;
2768             ds[ 6 ] = 12;
2769             ds[ 7 ] = 33;
2770             ds[ 8 ] = 13;
2771             ds[ 9 ] = 22;
2772             ds[ 10 ] = 21;
2773             ds[ 11 ] = 35;
2774             ds[ 12 ] = 24;
2775             ds[ 13 ] = 31;
2776             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2777             if ( bins.length != 4 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2793             ds1[ 0 ] = 10.0;
2794             ds1[ 1 ] = 19.0;
2795             ds1[ 2 ] = 9.999;
2796             ds1[ 3 ] = 0.0;
2797             ds1[ 4 ] = 39.9;
2798             ds1[ 5 ] = 39.999;
2799             ds1[ 6 ] = 30.0;
2800             ds1[ 7 ] = 19.999;
2801             ds1[ 8 ] = 30.1;
2802             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2803             if ( bins1.length != 4 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2819             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2829                 return false;
2830             }
2831             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2832             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2845             dss3.addValue( 1 );
2846             dss3.addValue( 1 );
2847             dss3.addValue( 1 );
2848             dss3.addValue( 2 );
2849             dss3.addValue( 3 );
2850             dss3.addValue( 4 );
2851             dss3.addValue( 5 );
2852             dss3.addValue( 5 );
2853             dss3.addValue( 5 );
2854             dss3.addValue( 6 );
2855             dss3.addValue( 7 );
2856             dss3.addValue( 8 );
2857             dss3.addValue( 9 );
2858             dss3.addValue( 10 );
2859             dss3.addValue( 10 );
2860             dss3.addValue( 10 );
2861             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2862             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2863             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2864         }
2865         catch ( final Exception e ) {
2866             e.printStackTrace( System.out );
2867             return false;
2868         }
2869         return true;
2870     }
2871
2872     private static boolean testDir( final String file ) {
2873         try {
2874             final File f = new File( file );
2875             if ( !f.exists() ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             if ( !f.isDirectory() ) {
2879                 return false;
2880             }
2881             if ( !f.canRead() ) {
2882                 return false;
2883             }
2884         }
2885         catch ( final Exception e ) {
2886             return false;
2887         }
2888         return true;
2889     }
2890
2891     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2892         try {
2893             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2894             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2895             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = t1.getNode( "B" );
2909             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2910                 n = n.getNextExternalNode();
2911             }
2912             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2913             n = t2.getNode( "A" );
2914             n = n.getNextExternalNode();
2915             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             n = n.getNextExternalNode();
2919             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             n = n.getNextExternalNode();
2923             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             n = t2.getNode( "B" );
2927             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2928                 n = n.getNextExternalNode();
2929             }
2930             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2931             n = t3.getNode( "A" );
2932             n = n.getNextExternalNode();
2933             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             n = n.getNextExternalNode();
2937             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             n = n.getNextExternalNode();
2941             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             n = n.getNextExternalNode();
2945             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             n = n.getNextExternalNode();
2949             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             n = n.getNextExternalNode();
2953             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             n = n.getNextExternalNode();
2957             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             n = t3.getNode( "B" );
2961             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2962                 n = n.getNextExternalNode();
2963             }
2964             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2965             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2966                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2967             }
2968             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2969             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2970                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2971             }
2972         }
2973         catch ( final Exception e ) {
2974             e.printStackTrace( System.out );
2975             return false;
2976         }
2977         return true;
2978     }
2979
2980     private static boolean testGeneralTable() {
2981         try {
2982             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2983             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2984             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2985             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2986             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2987             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2988             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2989             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2990             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2991             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3019             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3020             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3021             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3022             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3023             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3024             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3025             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3026             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3027             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3028             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3056                 return false;
3057             }
3058         }
3059         catch ( final Exception e ) {
3060             e.printStackTrace( System.out );
3061             return false;
3062         }
3063         return true;
3064     }
3065
3066     private static boolean testGetDistance() {
3067         try {
3068             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3069             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3070                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3071             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3166                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3198                 return false;
3199             }
3200         }
3201         catch ( final Exception e ) {
3202             e.printStackTrace( System.out );
3203             return false;
3204         }
3205         return true;
3206     }
3207
3208     private static boolean testGetLCA() {
3209         try {
3210             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3211             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3212                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3213             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3214             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3218             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3222             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3226             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3230             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3234             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3238             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3242             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3246             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3250             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3254             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3258             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3262             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3266             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3270             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3274             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3278             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3282             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3286             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3290             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3294             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3298             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3302             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3306             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3307             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3311             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3315             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3319             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3323             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3327             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3331             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3335             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             final Phylogeny p3 = factory
3339                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3340                              new NHXParser() )[ 0 ];
3341             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3342             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3346             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3350             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3354             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3358             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3365             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             if ( !al_3.isRoot() ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3372             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3376                 return false;
3377             }
3378             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3379             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3386             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3390             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3391             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3395             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3396             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3400             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3401             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3405             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3406             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3407                 return false;
3408             }
3409         }
3410         catch ( final Exception e ) {
3411             e.printStackTrace( System.out );
3412             return false;
3413         }
3414         return true;
3415     }
3416
3417     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3418         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3419         try {
3420             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3421                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3422             parser1.parse();
3423             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3424                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3425             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3426             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             if ( proteins.size() != 4 ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3442             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3449             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3456             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3460             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490         }
3491         catch ( final Exception e ) {
3492             e.printStackTrace( System.out );
3493             return false;
3494         }
3495         return true;
3496     }
3497
3498     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3499         try {
3500             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3501             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3502             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3503             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3504             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3508             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3512             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3516             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3517                 return false;
3518             }
3519         }
3520         catch ( final Exception e ) {
3521             e.printStackTrace( System.out );
3522             return false;
3523         }
3524         return true;
3525     }
3526
3527     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3528         try {
3529             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3530             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3531             PhylogenyNodeIterator it0;
3532             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3533                 it0.next();
3534             }
3535             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3536                 it0.next();
3537             }
3538             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3539             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3549                 return false;
3550             }
3551             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( it.hasNext() ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3564                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3565             PhylogenyNodeIterator it2;
3566             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3567                 it2.next();
3568             }
3569             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3570                 it2.next();
3571             }
3572             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3646                 return false;
3647             }
3648             if ( it3.hasNext() ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3652             PhylogenyNodeIterator it4;
3653             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3654                 it4.next();
3655             }
3656             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3657                 it4.next();
3658             }
3659             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3660             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3670                 return false;
3671             }
3672             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3673                 return false;
3674             }
3675             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3676             PhylogenyNodeIterator it6;
3677             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3678                 it6.next();
3679             }
3680             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3681                 it6.next();
3682             }
3683             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3684             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             if ( it.hasNext() ) {
3688                 return false;
3689             }
3690         }
3691         catch ( final Exception e ) {
3692             e.printStackTrace( System.out );
3693             return false;
3694         }
3695         return true;
3696     }
3697
3698     private static boolean testMidpointrooting() {
3699         try {
3700             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3701             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3702                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3703             if ( !t1.isRooted() ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3707             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3726             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3727             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3731                 return false;
3732             }
3733             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3734                 return false;
3735             }
3736             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3737                 return false;
3738             }
3739             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3743                 return false;
3744             }
3745         }
3746         catch ( final Exception e ) {
3747             e.printStackTrace( System.out );
3748             return false;
3749         }
3750         return true;
3751     }
3752
3753     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3754         try {
3755             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3756             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3757             parser.parse();
3758             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3759             if ( labels.length != 7 ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3784             parser.parse();
3785             labels = parser.getCharStateLabels();
3786             if ( labels.length != 7 ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3793                 return false;
3794             }
3795             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3796                 return false;
3797             }
3798             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3802                 return false;
3803             }
3804             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3808                 return false;
3809             }
3810         }
3811         catch ( final Exception e ) {
3812             e.printStackTrace( System.out );
3813             return false;
3814         }
3815         return true;
3816     }
3817
3818     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3819         try {
3820             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3821             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3822             parser.parse();
3823             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3824             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3831                 return false;
3832             }
3833             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3834                 return false;
3835             }
3836             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3837                 return false;
3838             }
3839             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3849                 return false;
3850             }
3851             //            if ( labels.length != 7 ) {
3852             //                return false;
3853             //            }
3854             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3855             //                return false;
3856             //            }
3857             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3858             //                return false;
3859             //            }
3860             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3861             //                return false;
3862             //            }
3863             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3864             //                return false;
3865             //            }
3866             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3867             //                return false;
3868             //            }
3869             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3870             //                return false;
3871             //            }
3872             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3873             //                return false;
3874             //            }
3875             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3876             //            parser.parse();
3877             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3878             //            if ( labels.length != 7 ) {
3879             //                return false;
3880             //            }
3881             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3882             //                return false;
3883             //            }
3884             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3885             //                return false;
3886             //            }
3887             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3888             //                return false;
3889             //            }
3890             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3891             //                return false;
3892             //            }
3893             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3894             //                return false;
3895             //            }
3896             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3897             //                return false;
3898             //            }
3899             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3900             //                return false;
3901             //            }
3902         }
3903         catch ( final Exception e ) {
3904             e.printStackTrace( System.out );
3905             return false;
3906         }
3907         return true;
3908     }
3909
3910     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3911         try {
3912             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3913             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3914             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3915             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             phylogenies = null;
3925             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3926             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             phylogenies = null;
3936             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3937             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             phylogenies = null;
3950             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3951             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4069                 return false;
4070             }
4071             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4072                 return false;
4073             }
4074         }
4075         catch ( final Exception e ) {
4076             e.printStackTrace( System.out );
4077             return false;
4078         }
4079         return true;
4080     }
4081
4082     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4083         try {
4084             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4085             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4086             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4087             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4103                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             phylogenies = null;
4107             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4108             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4127                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4146                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4165                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             phylogenies = null;
4169             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4170             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4189                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4208                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4215                 return false;
4216             }
4217             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4221                 return false;
4222             }
4223             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4227                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230         }
4231         catch ( final Exception e ) {
4232             e.printStackTrace( System.out );
4233             return false;
4234         }
4235         return true;
4236     }
4237
4238     private static boolean testNHParsing() {
4239         try {
4240             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4241             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4242             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4246             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4247             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4248             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4249             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             final Phylogeny p1b = factory
4256                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4257                              new NHXParser() )[ 0 ];
4258             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4265             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4266             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4267             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4268             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4269             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4270             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4271             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4272             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4273             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4274             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4275                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4276                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4277                                                     new NHXParser() );
4278             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4291             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4292             final String p16_S = "((A,B),C)";
4293             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4294             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4298             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4299             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4303             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4304             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4308             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4309             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4313             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4314             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4318             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4319             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4323             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4324             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4328             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4329             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4333             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4334             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4338             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4339             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4340             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4347                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4348                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4349                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4350                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4351                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4352                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4353                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4354             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4355             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             final String p26_S = "(A,B)ab";
4359             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4360             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4364             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4365                                                     new NHXParser() );
4366             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4370             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4371             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4372             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4373             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4374                                                     new NHXParser() );
4375             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4388             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4389             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4393             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4394             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4398             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4399             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             final String p33_S = "A";
4403             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4404             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             final String p34_S = "B;";
4408             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4409             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             final String p35_S = "B:0.2";
4413             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4414             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             final String p36_S = "(A)";
4418             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4419             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             final String p37_S = "((A))";
4423             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4424             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4428             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4429             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4433             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4434             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             final String p40_S = "(A,B,C)";
4438             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4439             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4443             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4444             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4448             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4449             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4453             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4454             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4458             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4459             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4463             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4464             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             final String p46_S = "";
4468             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4469             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4473             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4477             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             final Phylogeny p49 = factory
4481                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4482                              new NHXParser() )[ 0 ];
4483             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4487             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4491                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4498                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4502             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4506             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             final Phylogeny p53 = factory
4510                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4511                              new NHXParser() )[ 0 ];
4512             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             //
4516             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4517             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4521                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524         }
4525         catch ( final Exception e ) {
4526             e.printStackTrace( System.out );
4527             return false;
4528         }
4529         return true;
4530     }
4531
4532     private static boolean testNHXconversion() {
4533         try {
4534             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4535             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4536             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4537             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4538             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4539                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4540             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4541                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4542             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             if ( !n5.toNewHampshireX()
4555                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561         }
4562         catch ( final Exception e ) {
4563             e.printStackTrace( System.out );
4564             return false;
4565         }
4566         return true;
4567     }
4568
4569     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4570         try {
4571             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4572             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4573             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4574             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4575             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4576                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4577             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             if ( n3.isDuplication() ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( !n5.isDuplication() ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4623                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4624                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4625             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4632                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4633                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4641                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4642             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4646                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4647             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4654                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4655             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4662                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4663             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4670                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4671             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4678                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4679             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4686                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4687             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4694                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4695             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4702                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4703             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4710                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4711             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4718                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4719             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4726                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4727                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4728             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4735                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4736                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4737             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4744                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4745                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4746             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4753                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4754                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4755             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4762                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4763             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4770                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4771             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4778                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4779             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4786                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4787             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4794                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4795                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4796             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4806                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4807                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4808             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4818                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4819             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4826                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4827             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4834             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4835             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4878                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4879             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4880                 return false;
4881             }
4882             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4904             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4908             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4912                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4913                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4914             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4921                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4922                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4923             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4930                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4931                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4932             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4942                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4943                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4944             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4954                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4955                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4956             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4963                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4964             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973         }
4974         catch ( final Exception e ) {
4975             e.printStackTrace( System.out );
4976             return false;
4977         }
4978         return true;
4979     }
4980
4981     private static boolean testNHXParsing() {
4982         try {
4983             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4984             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4985             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4989             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4990             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4994             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4995             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final Phylogeny[] p3 = factory
4999                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5000                              new NHXParser() );
5001             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final Phylogeny[] p4 = factory
5005                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5006                              new NHXParser() );
5007             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             final Phylogeny[] p5 = factory
5011                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5012                              new NHXParser() );
5013             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5017             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5018             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5019             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5023             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5024             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5025             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5029             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5030             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5031             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5035             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             final Phylogeny p10 = factory
5039                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5040                              new NHXParser() )[ 0 ];
5041             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044         }
5045         catch ( final Exception e ) {
5046             e.printStackTrace( System.out );
5047             return false;
5048         }
5049         return true;
5050     }
5051
5052     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5053         try {
5054             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5055             final NHXParser p = new NHXParser();
5056             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5057             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5061             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5071                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5072                 return false;
5073             }
5074             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5090             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5091             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5092             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5096             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5097             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5098             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5102             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5103             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5104             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5108             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5109             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5110             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             final Phylogeny p10 = factory
5114                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5115                              new NHXParser() )[ 0 ];
5116             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5117             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5121             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             //
5125             final Phylogeny p12 = factory
5126                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5127                              new NHXParser() )[ 0 ];
5128             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5129             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5133             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5137             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5141             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144         }
5145         catch ( final Exception e ) {
5146             e.printStackTrace( System.out );
5147             return false;
5148         }
5149         return true;
5150     }
5151
5152     private static boolean testNHXParsingMB() {
5153         try {
5154             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5155             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5156                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5157                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5158                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5159                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5160                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5161                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5162                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5163                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5164             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5171                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             final Phylogeny p2 = factory
5181                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5182                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5183                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5184                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5185                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5186                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5187                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5188                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5189                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5190                              new NHXParser() )[ 0 ];
5191             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5195                 return false;
5196             }
5197         }
5198         catch ( final Exception e ) {
5199             e.printStackTrace( System.out );
5200             System.exit( -1 );
5201             return false;
5202         }
5203         return true;
5204     }
5205
5206     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5207         try {
5208             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5209             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5210             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5211             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5212             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5222             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5223             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5224             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5231             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5238                 return false;
5239             }
5240         }
5241         catch ( final Exception e ) {
5242             e.printStackTrace( System.out );
5243             return false;
5244         }
5245         return true;
5246     }
5247
5248     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5249         try {
5250             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5251             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5252             try {
5253                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5254             }
5255             catch ( final Exception e ) {
5256                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5257             }
5258             if ( xml_parser == null ) {
5259                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5260                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5261                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5262                 }
5263                 else {
5264                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5265                 }
5266             }
5267             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5268                                                               xml_parser );
5269             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5270                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5277             PhylogenyNode n = null;
5278             Distribution d = null;
5279             n = t1.getNode( "root node" );
5280             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             d = n.getNodeData().getDistribution();
5287             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( d.getPolygons() != null ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             n = t1.getNode( "node a" );
5312             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5319             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( d.getPolygons() != null ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             n = t1.getNode( "node bb" );
5344             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5351             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5376             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             p = d.getPolygons().get( 1 );
5398             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5399                 return false;
5400             }
5401             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             // Roundtrip:
5411             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5412             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5413             if ( rt.length != 1 ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5417             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5418             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             d = n.getNodeData().getDistribution();
5425             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( d.getPolygons() != null ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5444                 return false;
5445             }
5446             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5450             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5457             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( d.getPolygons() != null ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5482             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5489             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             p = d.getPolygons().get( 0 );
5514             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             p = d.getPolygons().get( 1 );
5536             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548         }
5549         catch ( final Exception e ) {
5550             e.printStackTrace( System.out );
5551             return false;
5552         }
5553         return true;
5554     }
5555
5556     private static boolean testPostOrderIterator() {
5557         try {
5558             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5559             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5560             PhylogenyNodeIterator it0;
5561             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5562                 it0.next();
5563             }
5564             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5565                 it0.next();
5566             }
5567             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5568             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5569             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5585                 return false;
5586             }
5587             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( it.hasNext() ) {
5615                 return false;
5616             }
5617         }
5618         catch ( final Exception e ) {
5619             e.printStackTrace( System.out );
5620             return false;
5621         }
5622         return true;
5623     }
5624
5625     private static boolean testPreOrderIterator() {
5626         try {
5627             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5628             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5629             PhylogenyNodeIterator it0;
5630             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5631                 it0.next();
5632             }
5633             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5634                 it0.next();
5635             }
5636             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5637             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( it.hasNext() ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5662             it = t1.iteratorPreorder();
5663             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( it.hasNext() ) {
5709                 return false;
5710             }
5711         }
5712         catch ( final Exception e ) {
5713             e.printStackTrace( System.out );
5714             return false;
5715         }
5716         return true;
5717     }
5718
5719     private static boolean testPropertiesMap() {
5720         try {
5721             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5722             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5723             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5724             final Property p2 = new Property( "something:else",
5725                                               "?",
5726                                               "improbable:research",
5727                                               "xsd:decimal",
5728                                               AppliesTo.NODE );
5729             pm.addProperty( p0 );
5730             pm.addProperty( p1 );
5731             pm.addProperty( p2 );
5732             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5751             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5758                 return false;
5759             }
5760         }
5761         catch ( final Exception e ) {
5762             e.printStackTrace( System.out );
5763             return false;
5764         }
5765         return true;
5766     }
5767
5768     private static boolean testReIdMethods() {
5769         try {
5770             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5771             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5772             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5773             p.levelOrderReID();
5774             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5787                 return false;
5788             }
5789             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5811                 return false;
5812             }
5813             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5814                 return false;
5815             }
5816             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5817                 return false;
5818             }
5819         }
5820         catch ( final Exception e ) {
5821             e.printStackTrace( System.out );
5822             return false;
5823         }
5824         return true;
5825     }
5826
5827     private static boolean testRerooting() {
5828         try {
5829             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5830             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5831                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5832             if ( !t1.isRooted() ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5847             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5848             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5849             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5850             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5851             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5852             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5853             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5854             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5855             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5856             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5857             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5858             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5859             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5860             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5861             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5862             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5863             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5882                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5912             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5913             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5914             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5916             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5917             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5919             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5920             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5921             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5922             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5923             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5924             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5926             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5927             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5928             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5935             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5942             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5952             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5959                 return false;
5960             }
5961             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5962             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5969             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5976                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5977             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5978             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5988             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5992                 return false;
5993             }
5994             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5995                 return false;
5996             }
5997             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5998             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6005                 return false;
6006             }
6007         }
6008         catch ( final Exception e ) {
6009             e.printStackTrace( System.out );
6010             return false;
6011         }
6012         return true;
6013     }
6014
6015     private static boolean testSDIse() {
6016         try {
6017             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6018             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6019             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6020             gene1.setRooted( true );
6021             species1.setRooted( true );
6022             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6023             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             final Phylogeny species2 = factory
6027                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6028                              new NHXParser() )[ 0 ];
6029             final Phylogeny gene2 = factory
6030                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6031                              new NHXParser() )[ 0 ];
6032             species2.setRooted( true );
6033             gene2.setRooted( true );
6034             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6035             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             final Phylogeny species3 = factory
6057                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6058                              new NHXParser() )[ 0 ];
6059             final Phylogeny gene3 = factory
6060                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6061                              new NHXParser() )[ 0 ];
6062             species3.setRooted( true );
6063             gene3.setRooted( true );
6064             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6065             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             final Phylogeny species4 = factory
6075                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6076                              new NHXParser() )[ 0 ];
6077             final Phylogeny gene4 = factory
6078                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6079                              new NHXParser() )[ 0 ];
6080             species4.setRooted( true );
6081             gene4.setRooted( true );
6082             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6083             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             final Phylogeny species5 = factory
6102                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6103                              new NHXParser() )[ 0 ];
6104             final Phylogeny gene5 = factory
6105                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6106                              new NHXParser() )[ 0 ];
6107             species5.setRooted( true );
6108             gene5.setRooted( true );
6109             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6110             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6129             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6130             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6131             final Phylogeny species6 = factory
6132                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6133                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6134                              new NHXParser() )[ 0 ];
6135             final Phylogeny gene6 = factory
6136                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6137                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6138                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6139                              new NHXParser() )[ 0 ];
6140             species6.setRooted( true );
6141             gene6.setRooted( true );
6142             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6143             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             sdi6.computeMappingCostL();
6171             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6181                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6182                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6183                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6184                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6185             species7.setRooted( true );
6186             final Phylogeny gene7_1 = Test
6187                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6188             gene7_1.setRooted( true );
6189             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6190             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6209                 return false;
6210             }
6211             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6212                 return false;
6213             }
6214             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             final Phylogeny gene7_2 = Test
6218                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6219             gene7_2.setRooted( true );
6220             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6221             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6249                 return false;
6250             }
6251         }
6252         catch ( final Exception e ) {
6253             return false;
6254         }
6255         return true;
6256     }
6257
6258     private static boolean testSDIunrooted() {
6259         try {
6260             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6261             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6262             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6263             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6264             PhylogenyBranch br = iter.next();
6265             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             br = iter.next();
6272             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6276                 return false;
6277             }
6278             br = iter.next();
6279             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             br = iter.next();
6286             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             br = iter.next();
6293             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             br = iter.next();
6300             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             br = iter.next();
6307             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             br = iter.next();
6314             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             br = iter.next();
6321             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             br = iter.next();
6328             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             br = iter.next();
6335             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             br = iter.next();
6342             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             br = iter.next();
6349             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             br = iter.next();
6356             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             br = iter.next();
6363             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( iter.hasNext() ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6373             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6374             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6375             br = iter1.next();
6376             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             br = iter1.next();
6383             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             br = iter1.next();
6390             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( iter1.hasNext() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6400             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6401             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6402             br = iter2.next();
6403             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             br = iter2.next();
6410             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             br = iter2.next();
6417             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6418                 return false;
6419             }
6420             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6421                 return false;
6422             }
6423             if ( iter2.hasNext() ) {
6424                 return false;
6425             }
6426             final Phylogeny species0 = factory
6427                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6428                              new NHXParser() )[ 0 ];
6429             final Phylogeny gene1 = factory
6430                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6431                              new NHXParser() )[ 0 ];
6432             species0.setRooted( true );
6433             gene1.setRooted( true );
6434             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6435             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6436             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             final Phylogeny gene2 = factory
6452                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6453                              new NHXParser() )[ 0 ];
6454             gene2.setRooted( true );
6455             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6456             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             final Phylogeny species6 = factory
6472                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6473                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6474                              new NHXParser() )[ 0 ];
6475             final Phylogeny gene6 = factory
6476                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6477                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6478                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6479                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6480                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6481                              new NHXParser() )[ 0 ];
6482             species6.setRooted( true );
6483             gene6.setRooted( true );
6484             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6485             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             p6 = null;
6525             final Phylogeny species7 = factory
6526                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6527                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6528                              new NHXParser() )[ 0 ];
6529             final Phylogeny gene7 = factory
6530                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6531                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6532                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6533                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6534                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6535                              new NHXParser() )[ 0 ];
6536             species7.setRooted( true );
6537             gene7.setRooted( true );
6538             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6539             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             p7 = null;
6579             final Phylogeny species8 = factory
6580                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6581                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6582                              new NHXParser() )[ 0 ];
6583             final Phylogeny gene8 = factory
6584                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6585                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6586                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6587                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6588                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6589                              new NHXParser() )[ 0 ];
6590             species8.setRooted( true );
6591             gene8.setRooted( true );
6592             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6593             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             p8 = null;
6633         }
6634         catch ( final Exception e ) {
6635             e.printStackTrace( System.out );
6636             return false;
6637         }
6638         return true;
6639     }
6640
6641     private static boolean testSplit() {
6642         try {
6643             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6644             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6645             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6646             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6647             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6648             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6649             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6650             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6651             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6652             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6653             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6654             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6655             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6656             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6657             // System.out.println( s0.toString() );
6658             //
6659             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6662             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6673             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             //
6677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6681             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             //
6685             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6690             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             //
6694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6699             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             //
6703             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6707             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             //
6711             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6714             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             //
6718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6724             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //
6728             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6732             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             //
6736             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6741             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             //
6745             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6748             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             //
6752             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6753             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             //
6761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6767             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             //
6771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6774             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6775             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6776                 return false;
6777             }
6778             //
6779             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6782             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             //
6786             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6789             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             //
6793             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6796             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             //
6800             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6803             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             //
6807             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6810             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             //
6814             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6817             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             //
6821             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6825             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             //
6829             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6830             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6833             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             //
6837             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6838             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6839             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6840             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6841             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             //
6845             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6846             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6847             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6848             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6849             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6850             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             /////////
6854             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6859             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6864             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6865             //                return false;
6866             //            }
6867             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6868             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6869             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6870             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6871             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6872             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6873             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6874             //                return false;
6875             //            }
6876             //            //
6877             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6878             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6879             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6880             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6881             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6882             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6883             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6884             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6885             //                return false;
6886             //            }
6887             //            //
6888             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6889             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6890             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6891             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6892             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6893             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6895             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6896             //                return false;
6897             //            }
6898             //            //
6899             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6900             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6901             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6902             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6903             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6904             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6905             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6906             //                return false;
6907             //            }
6908             //            //
6909             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6910             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6911             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6912             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6913             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6914             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6915             //                return false;
6916             //            }
6917             //
6918             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6923             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             //
6927             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6932             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6933                 return false;
6934             }
6935             ///////////////////////////
6936             //
6937             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6942             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             //
6946             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6951             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             //
6955             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6969             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             //
6973             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6978             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             //
6982             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6986             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6987                 return false;
6988             }
6989             //
6990             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6996             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             //
7000             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7006             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             //
7010             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7016             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             //
7020             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7027             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030         }
7031         catch ( final Exception e ) {
7032             e.printStackTrace();
7033             return false;
7034         }
7035         return true;
7036     }
7037
7038     private static boolean testSplitStrict() {
7039         try {
7040             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7041             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7042             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7043             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7044             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7045             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7046             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7047             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7048             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7049             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7050             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7051             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7054             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7065             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             //
7069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7073             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             //
7077             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7082             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             //
7086             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7091             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             //
7095             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7099             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             //
7103             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7106             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             //
7110             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7116             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             //
7120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7124             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             //
7128             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7133             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             //
7137             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7140             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             //
7144             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7145             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7149             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             //
7153             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7167             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             //
7171             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7174             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             //
7178             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7181             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             //
7185             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7188             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             //
7192             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7195             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             //
7199             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7202             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             //
7206             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             //
7213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             //
7221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7225             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             //
7229             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7233             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             //
7237             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7242             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245         }
7246         catch ( final Exception e ) {
7247             e.printStackTrace();
7248             return false;
7249         }
7250         return true;
7251     }
7252
7253     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7254         try {
7255             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7256             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7257             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7258             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             t1.toNewHampshireX();
7262             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7263             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             t1.toNewHampshireX();
7267             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7268             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7269                 return false;
7270             }
7271             t1.toNewHampshireX();
7272             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7273             t1.toNewHampshireX();
7274             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7275                 return false;
7276             }
7277             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7278             t1.toNewHampshireX();
7279             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7283             t1.toNewHampshireX();
7284             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7288             t1.toNewHampshireX();
7289             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7293             t1.toNewHampshireX();
7294             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7295                 return false;
7296             }
7297             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7298             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( !t1.isEmpty() ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7305             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7306             t2.toNewHampshireX();
7307             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7311             t2.toNewHampshireX();
7312             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7316             t2.toNewHampshireX();
7317             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7318                 return false;
7319             }
7320         }
7321         catch ( final Exception e ) {
7322             e.printStackTrace( System.out );
7323             return false;
7324         }
7325         return true;
7326     }
7327
7328     private static boolean testSupportCount() {
7329         try {
7330             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7331             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7332             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7333                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7334                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7335                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7336                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7337                                                               new NHXParser() );
7338             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7339             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7340             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7341                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7342                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7343                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7344                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7345                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7346                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7347                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7348                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7349                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7350                                                               new NHXParser() );
7351             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7352             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7353             while ( it.hasNext() ) {
7354                 final PhylogenyNode n = it.next();
7355                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7356                     return false;
7357                 }
7358             }
7359             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7360             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7361                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7362             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7363             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7364             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7395             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7396                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7397             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7398             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7399             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7430             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7432             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7436             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7437             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7438             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7439                 return false;
7440             }
7441             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7442             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7443             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7444             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7445                 return false;
7446             }
7447             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7448             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7449             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7450             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7451                 return false;
7452             }
7453         }
7454         catch ( final Exception e ) {
7455             e.printStackTrace( System.out );
7456             return false;
7457         }
7458         return true;
7459     }
7460
7461     private static boolean testSupportTransfer() {
7462         try {
7463             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7464             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7465                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7466             final Phylogeny p2 = factory
7467                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7468             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7475             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7476             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7489                 return false;
7490             }
7491             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7498                 return false;
7499             }
7500         }
7501         catch ( final Exception e ) {
7502             e.printStackTrace( System.out );
7503             return false;
7504         }
7505         return true;
7506     }
7507
7508     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7509         try {
7510             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7511                                                                                                  10 );
7512             if ( results.size() != 1 ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7528                 return false;
7529             }
7530             results = null;
7531             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7532             if ( results.size() != 1 ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             results = null;
7551             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7552             if ( results.size() != 1 ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7562                 return false;
7563             }
7564             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             results = null;
7571             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7572             if ( results.size() != 1 ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7597                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7598                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7599                 return false;
7600             }
7601         }
7602         catch ( final IOException e ) {
7603             System.out.println();
7604             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7605             e.printStackTrace( System.out );
7606             return true;
7607         }
7608         catch ( final Exception e ) {
7609             return false;
7610         }
7611         return true;
7612     }
7613
7614     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7615         //The format for GenBank Accession numbers are:
7616         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7617         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7618         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7619         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7620             return false;
7621         }
7622         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7623             return false;
7624         }
7625         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7626             return false;
7627         }
7628         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7629             return false;
7630         }
7631         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7632             return false;
7633         }
7634         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7635             return false;
7636         }
7637         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7638             return false;
7639         }
7640         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7641             return false;
7642         }
7643         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7644             return false;
7645         }
7646         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7647             return false;
7648         }
7649         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7650             return false;
7651         }
7652         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7653             return false;
7654         }
7655         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7656             return false;
7657         }
7658         return true;
7659     }
7660
7661     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7662         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7663             return false;
7664         }
7665         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7666             return false;
7667         }
7668         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7669             return false;
7670         }
7671         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7672             return false;
7673         }
7674         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7675             return false;
7676         }
7677         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7678             return false;
7679         }
7680         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7681             return false;
7682         }
7683         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7684             return false;
7685         }
7686         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7687             return false;
7688         }
7689         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7690             return false;
7691         }
7692         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7693             return false;
7694         }
7695         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7696             return false;
7697         }
7698         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7699             return false;
7700         }
7701         try {
7702             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7703             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718         }
7719         catch ( final IOException e ) {
7720             System.out.println();
7721             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7722             e.printStackTrace( System.out );
7723             return true;
7724         }
7725         catch ( final Exception e ) {
7726             return false;
7727         }
7728         return true;
7729     }
7730
7731     private static boolean testWabiTxSearch() {
7732         try {
7733             String result = "";
7734             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7735             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7736             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7740             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7744             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7748             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7752             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7756             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7760             queries.add( "Campylobacter coli" );
7761             queries.add( "Escherichia coli" );
7762             queries.add( "Arabidopsis" );
7763             queries.add( "Trichoplax" );
7764             queries.add( "Samanea saman" );
7765             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7766             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7767             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7768             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7769             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7770             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7771             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7772             ranks.add( RANKS.GENUS );
7773             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7774             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7775             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7776             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7777         }
7778         catch ( final Exception e ) {
7779             System.out.println();
7780             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7781             e.printStackTrace( System.out );
7782             return false;
7783         }
7784         return true;
7785     }
7786
7787     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7788         try {
7789             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7790             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7803             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7807             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7811             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814         }
7815         catch ( final Exception e ) {
7816             e.printStackTrace();
7817             return false;
7818         }
7819         return true;
7820     }
7821
7822     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7823         try {
7824             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7825             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7829                 return false;
7830             }
7831             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7832             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7833                 return false;
7834             }
7835             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7836                 return false;
7837             }
7838         }
7839         catch ( final Exception e ) {
7840             e.printStackTrace();
7841             return false;
7842         }
7843         return true;
7844     }
7845
7846     private static boolean testFastaParser() {
7847         try {
7848             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7855             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873         }
7874         catch ( final Exception e ) {
7875             e.printStackTrace();
7876             return false;
7877         }
7878         return true;
7879     }
7880
7881     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7882         try {
7883             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7884             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7885             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
7886             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7887             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7888             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7889             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7890             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7891             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7928             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7938             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7939                 return false;
7940             }
7941             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7948             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957         }
7958         catch ( final Exception e ) {
7959             e.printStackTrace();
7960             return false;
7961         }
7962         return true;
7963     }
7964
7965     private static boolean testMafft( final String path ) {
7966         try {
7967             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7968             opts.add( "--maxiterate" );
7969             opts.add( "1000" );
7970             opts.add( "--localpair" );
7971             opts.add( "--quiet" );
7972             Msa msa = null;
7973             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
7974             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
7975             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
7979                 return false;
7980             }
7981         }
7982         catch ( final Exception e ) {
7983             e.printStackTrace( System.out );
7984             return false;
7985         }
7986         return true;
7987     }
7988
7989     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
7990         try {
7991             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7992             PhylogenyNode n;
7993             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
7994             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
7995             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
7996             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
7997             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
7998             n = t0.getFirstExternalNode();
7999             while ( n != null ) {
8000                 ext.add( n );
8001                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8002             }
8003             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             ext.clear();
8022             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8023             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8024             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8025             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8026             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8027             n = t1.getNode( "ab" );
8028             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8029             while ( n != null ) {
8030                 ext.add( n );
8031                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8032             }
8033             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             //
8049             //
8050             ext.clear();
8051             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8052             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8053             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8054             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8055             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8056             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8057             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8058             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8059             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8060             n = t2.getNode( "ab" );
8061             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8062             while ( n != null ) {
8063                 ext.add( n );
8064                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8065             }
8066             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             //
8079             //
8080             ext.clear();
8081             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8082             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8083             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8084             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8085             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8086             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8087             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8088             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8089             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8090             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8091             n = t3.getNode( "ab" );
8092             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8093             while ( n != null ) {
8094                 ext.add( n );
8095                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8096             }
8097             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             //
8107             //
8108             ext.clear();
8109             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8110             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8111             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8112             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8113             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8114             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8115             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8116             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8117             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8118             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8119             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8120             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8121             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             //
8125             //
8126             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8127             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8128             ext.clear();
8129             n = t5.getFirstExternalNode();
8130             while ( n != null ) {
8131                 ext.add( n );
8132                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8133             }
8134             if ( ext.size() != 8 ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             //
8162             //
8163             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8164             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8165             ext.clear();
8166             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8167             n = t6.getNode( "ab" );
8168             while ( n != null ) {
8169                 ext.add( n );
8170                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8171             }
8172             if ( ext.size() != 7 ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             //
8197             //
8198             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8199             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8200             ext.clear();
8201             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8202             n = t7.getNode( "a" );
8203             while ( n != null ) {
8204                 ext.add( n );
8205                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8206             }
8207             if ( ext.size() != 7 ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             //
8232             //
8233             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8234             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8235             ext.clear();
8236             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8237             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8238             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8239             n = t8.getNode( "a" );
8240             while ( n != null ) {
8241                 ext.add( n );
8242                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8243             }
8244             if ( ext.size() != 7 ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8254                 System.out.println( "2 fail" );
8255                 return false;
8256             }
8257             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             //
8270             //
8271             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8272             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8273             ext.clear();
8274             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8275             n = t9.getNode( "a" );
8276             while ( n != null ) {
8277                 ext.add( n );
8278                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8279             }
8280             if ( ext.size() != 7 ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8296                 return false;
8297             }
8298             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             //
8305             //
8306             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8307             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8308             ext.clear();
8309             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8310             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8311             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8312             n = t10.getNode( "a" );
8313             while ( n != null ) {
8314                 ext.add( n );
8315                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8316             }
8317             if ( ext.size() != 7 ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             //
8342             //
8343             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8344             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8345             ext.clear();
8346             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8347             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8348             n = t11.getNode( "a" );
8349             while ( n != null ) {
8350                 ext.add( n );
8351                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8352             }
8353             if ( ext.size() != 6 ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             //
8375             //
8376             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8377             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8378             ext.clear();
8379             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8380             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8381             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8382             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8383             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8384             n = t12.getNode( "a" );
8385             while ( n != null ) {
8386                 ext.add( n );
8387                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8388             }
8389             if ( ext.size() != 6 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             //
8411             //
8412             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8413             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8414             ext.clear();
8415             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8416             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8417             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8418             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8419             n = t13.getNode( "ab" );
8420             while ( n != null ) {
8421                 ext.add( n );
8422                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8423             }
8424             if ( ext.size() != 5 ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             //
8443             //
8444             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8445             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8446             ext.clear();
8447             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8448             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8449             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8450             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8451             n = t14.getNode( "ab" );
8452             while ( n != null ) {
8453                 ext.add( n );
8454                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8455             }
8456             if ( ext.size() != 5 ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8460                 return false;
8461             }
8462             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             //
8475             //
8476             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8477             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8478             ext.clear();
8479             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8480             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8481             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8482             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8483             n = t15.getNode( "ab" );
8484             while ( n != null ) {
8485                 ext.add( n );
8486                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8487             }
8488             if ( ext.size() != 6 ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             //
8510             //
8511             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8512             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8513             ext.clear();
8514             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8515             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8516             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8517             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8518             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8519             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8520             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8521             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8522             n = t16.getNode( "ab" );
8523             while ( n != null ) {
8524                 ext.add( n );
8525                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8526             }
8527             if ( ext.size() != 4 ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542         }
8543         catch ( final Exception e ) {
8544             e.printStackTrace( System.out );
8545             return false;
8546         }
8547         return true;
8548     }
8549
8550     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8551         try {
8552             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8553             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8554             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8555             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8556             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8557             l.add( s0 );
8558             l.add( s1 );
8559             l.add( s2 );
8560             l.add( s3 );
8561             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8562             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574         }
8575         catch ( final Exception e ) {
8576             e.printStackTrace( System.out );
8577             return false;
8578         }
8579         return true;
8580     }
8581
8582     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8583         try {
8584             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8585             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8586                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8587                 if ( id != null ) {
8588                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8589                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8590                 }
8591                 return false;
8592             }
8593             //
8594             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8595             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8596                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8597                 if ( id != null ) {
8598                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8599                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8600                 }
8601                 return false;
8602             }
8603             //
8604             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8605             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8606                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8607                 if ( id != null ) {
8608                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8609                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8610                 }
8611                 return false;
8612             }
8613             //
8614             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8615             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8616                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8617                 if ( id != null ) {
8618                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8619                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8620                 }
8621                 return false;
8622             }
8623             //
8624             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8625             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8626                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8627                 if ( id != null ) {
8628                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8629                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8630                 }
8631                 return false;
8632             }
8633             //
8634             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8635             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8636                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8637                 if ( id != null ) {
8638                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8639                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8640                 }
8641                 return false;
8642             }
8643             //
8644             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8645             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8646                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8647                 if ( id != null ) {
8648                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8649                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8650                 }
8651                 return false;
8652             }
8653             //
8654             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8655             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8656                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8657                 if ( id != null ) {
8658                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8659                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8660                 }
8661                 return false;
8662             }
8663             //
8664             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8665             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8666                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8667                 if ( id != null ) {
8668                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8669                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8670                 }
8671                 return false;
8672             }
8673             //
8674             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8675             if ( id != null ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             // lcl_91970_unknown_
8679         }
8680         catch ( final Exception e ) {
8681             e.printStackTrace( System.out );
8682             return false;
8683         }
8684         return true;
8685     }
8686 }