forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  78 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  82 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  83 import org.forester.sdi.SDI;
  84 import org.forester.sdi.SDIR;
  85 import org.forester.sdi.SDIse;
  86 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  87 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  88 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  89 import org.forester.sequence.Sequence;
  90 import org.forester.surfacing.Protein;
  91 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  92 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  93 import org.forester.tools.SupportCount;
  94 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  95 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  96 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  97 import org.forester.util.BasicTable;
  98 import org.forester.util.BasicTableParser;
  99 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.ForesterConstants;
 101 import org.forester.util.ForesterUtil;
 102 import org.forester.util.GeneralTable;
 103 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 104 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 106 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 111
 112 @SuppressWarnings( "unused")
 113 public final class Test {
 114
 115     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 116     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 118                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 119     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 123     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 125                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 126     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129
 130     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 131         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 132         return p;
 133     }
 134
 135     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 136         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 137         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 138     }
 139
 140     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 141         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 142     }
 143
 144     public static void main( final String[] args ) {
 145         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 146         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 147                 + "]" );
 148         Locale.setDefault( Locale.US );
 149         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 150         int failed = 0;
 151         int succeeded = 0;
 152         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 153         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 154             System.out.println( "OK.]" );
 155         }
 156         else {
 157             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 158             System.out.println( "Testing aborted." );
 159             System.exit( -1 );
 160         }
 161         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 162         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 163             System.out.println( "OK.]" );
 164         }
 165         else {
 166             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 167             System.out.println( "Testing aborted." );
 168             System.exit( -1 );
 169         }
 170         final long start_time = new Date().getTime();
 171         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 172         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 173             System.out.println( "OK." );
 174             succeeded++;
 175         }
 176         else {
 177             System.out.println( "failed." );
 178             failed++;
 179         }
 180         System.out.print( "Basic node methods: " );
 181         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 182             System.out.println( "OK." );
 183             succeeded++;
 184         }
 185         else {
 186             System.out.println( "failed." );
 187             failed++;
 188         }
 189         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 190         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 191             System.out.println( "OK." );
 192             succeeded++;
 193         }
 194         else {
 195             System.out.println( "failed." );
 196             failed++;
 197         }
 198         System.out.print( "NH parsing: " );
 199         if ( Test.testNHParsing() ) {
 200             System.out.println( "OK." );
 201             succeeded++;
 202         }
 203         else {
 204             System.out.println( "failed." );
 205             failed++;
 206         }
 207         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 208         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 209             System.out.println( "OK." );
 210             succeeded++;
 211         }
 212         else {
 213             System.out.println( "failed." );
 214             failed++;
 215         }
 216         System.out.print( "NHX parsing: " );
 217         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 218             System.out.println( "OK." );
 219             succeeded++;
 220         }
 221         else {
 222             System.out.println( "failed." );
 223             failed++;
 224         }
 225         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 226         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 227             System.out.println( "OK." );
 228             succeeded++;
 229         }
 230         else {
 231             System.out.println( "failed." );
 232             failed++;
 233         }
 234         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 235         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 236             System.out.println( "OK." );
 237             succeeded++;
 238         }
 239         else {
 240             System.out.println( "failed." );
 241             failed++;
 242         }
 243         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 244         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 245             System.out.println( "OK." );
 246             succeeded++;
 247         }
 248         else {
 249             System.out.println( "failed." );
 250             failed++;
 251         }
 252         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 253         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 254             System.out.println( "OK." );
 255             succeeded++;
 256         }
 257         else {
 258             System.out.println( "failed." );
 259             failed++;
 260         }
 261         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 262         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 263             System.out.println( "OK." );
 264             succeeded++;
 265         }
 266         else {
 267             System.out.println( "failed." );
 268             failed++;
 269         }
 270         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 271         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 272             System.out.println( "OK." );
 273             succeeded++;
 274         }
 275         else {
 276             System.out.println( "failed." );
 277             failed++;
 278         }
 279         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 280         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 281             System.out.println( "OK." );
 282             succeeded++;
 283         }
 284         else {
 285             System.out.println( "failed." );
 286             failed++;
 287         }
 288         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 289         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 290             System.out.println( "OK." );
 291             succeeded++;
 292         }
 293         else {
 294             System.out.println( "failed." );
 295             failed++;
 296         }
 297         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 298         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 299             System.out.println( "OK." );
 300             succeeded++;
 301         }
 302         else {
 303             System.out.println( "failed." );
 304             failed++;
 305         }
 306         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 307         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 308             System.out.println( "OK." );
 309             succeeded++;
 310         }
 311         else {
 312             System.out.println( "failed." );
 313             failed++;
 314         }
 315         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 316         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 317             System.out.println( "OK." );
 318             succeeded++;
 319         }
 320         else {
 321             System.out.println( "failed." );
 322             failed++;
 323         }
 324         System.out.print( "Copying of node data: " );
 325         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 326             System.out.println( "OK." );
 327             succeeded++;
 328         }
 329         else {
 330             System.out.println( "failed." );
 331             failed++;
 332         }
 333         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 334         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 335             System.out.println( "OK." );
 336             succeeded++;
 337         }
 338         else {
 339             System.out.println( "failed." );
 340             failed++;
 341         }
 342         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 343         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 344             System.out.println( "OK." );
 345             succeeded++;
 346         }
 347         else {
 348             System.out.println( "failed." );
 349             failed++;
 350         }
 351         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 352         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 353             System.out.println( "OK." );
 354             succeeded++;
 355         }
 356         else {
 357             System.out.println( "failed." );
 358             failed++;
 359         }
 360         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 361         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 362             System.out.println( "OK." );
 363             succeeded++;
 364         }
 365         else {
 366             System.out.println( "failed." );
 367             failed++;
 368         }
 369         System.out.print( "Re-id methods: " );
 370         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 371             System.out.println( "OK." );
 372             succeeded++;
 373         }
 374         else {
 375             System.out.println( "failed." );
 376             failed++;
 377         }
 378         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 379         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 380             System.out.println( "OK." );
 381             succeeded++;
 382         }
 383         else {
 384             System.out.println( "failed." );
 385             failed++;
 386         }
 387         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 388         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 389             System.out.println( "OK." );
 390             succeeded++;
 391         }
 392         else {
 393             System.out.println( "failed." );
 394             failed++;
 395         }
 396         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 397         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 398             System.out.println( "OK." );
 399             succeeded++;
 400         }
 401         else {
 402             System.out.println( "failed." );
 403             failed++;
 404         }
 405         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 406         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 407             System.out.println( "OK." );
 408             succeeded++;
 409         }
 410         else {
 411             System.out.println( "failed." );
 412             failed++;
 413         }
 414         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 415         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 416             System.out.println( "OK." );
 417             succeeded++;
 418         }
 419         else {
 420             System.out.println( "failed." );
 421             failed++;
 422         }
 423         System.out.print( "Rerooting: " );
 424         if ( Test.testRerooting() ) {
 425             System.out.println( "OK." );
 426             succeeded++;
 427         }
 428         else {
 429             System.out.println( "failed." );
 430             failed++;
 431         }
 432         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 433         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 434             System.out.println( "OK." );
 435             succeeded++;
 436         }
 437         else {
 438             System.out.println( "failed." );
 439             failed++;
 440         }
 441         System.out.print( "Support count: " );
 442         if ( Test.testSupportCount() ) {
 443             System.out.println( "OK." );
 444             succeeded++;
 445         }
 446         else {
 447             System.out.println( "failed." );
 448             failed++;
 449         }
 450         System.out.print( "Support transfer: " );
 451         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 452             System.out.println( "OK." );
 453             succeeded++;
 454         }
 455         else {
 456             System.out.println( "failed." );
 457             failed++;
 458         }
 459         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 460         if ( Test.testGetLCA() ) {
 461             System.out.println( "OK." );
 462             succeeded++;
 463         }
 464         else {
 465             System.out.println( "failed." );
 466             failed++;
 467         }
 468         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 469         if ( Test.testGetDistance() ) {
 470             System.out.println( "OK." );
 471             succeeded++;
 472         }
 473         else {
 474             System.out.println( "failed." );
 475             failed++;
 476         }
 477         System.out.print( "SDIse: " );
 478         if ( Test.testSDIse() ) {
 479             System.out.println( "OK." );
 480             succeeded++;
 481         }
 482         else {
 483             System.out.println( "failed." );
 484             failed++;
 485         }
 486         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 487         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 488             System.out.println( "OK." );
 489             succeeded++;
 490         }
 491         else {
 492             System.out.println( "failed." );
 493             failed++;
 494         }
 495         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 496         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 497             System.out.println( "OK." );
 498             succeeded++;
 499         }
 500         else {
 501             System.out.println( "failed." );
 502             failed++;
 503         }
 504         System.out.print( "GSDI: " );
 505         if ( TestGSDI.test() ) {
 506             System.out.println( "OK." );
 507             succeeded++;
 508         }
 509         else {
 510             System.out.println( "failed." );
 511             failed++;
 512         }
 513         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 514         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 515             System.out.println( "OK." );
 516             succeeded++;
 517         }
 518         else {
 519             System.out.println( "failed." );
 520             failed++;
 521         }
 522         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 523         if ( Test.testDataObjects() ) {
 524             System.out.println( "OK." );
 525             succeeded++;
 526         }
 527         else {
 528             System.out.println( "failed." );
 529             failed++;
 530         }
 531         System.out.print( "Properties map: " );
 532         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 533             System.out.println( "OK." );
 534             succeeded++;
 535         }
 536         else {
 537             System.out.println( "failed." );
 538             failed++;
 539         }
 540         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 541         System.out.println();
 542         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 551         System.out.println();
 552         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 553             System.out.println( "OK." );
 554             succeeded++;
 555         }
 556         else {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         System.out.print( "GO: " );
 561         System.out.println();
 562         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "Modeling tools: " );
 571         if ( TestPccx.test() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 580         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "Split Matrix: " );
 589         if ( Test.testSplit() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 598         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "Basic table: " );
 607         if ( Test.testBasicTable() ) {
 608             System.out.println( "OK." );
 609             succeeded++;
 610         }
 611         else {
 612             System.out.println( "failed." );
 613             failed++;
 614         }
 615         System.out.print( "General table: " );
 616         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 617             System.out.println( "OK." );
 618             succeeded++;
 619         }
 620         else {
 621             System.out.println( "failed." );
 622             failed++;
 623         }
 624         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 625         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 626             System.out.println( "OK." );
 627             succeeded++;
 628         }
 629         else {
 630             System.out.println( "failed." );
 631             failed++;
 632         }
 633         System.out.print( "General MSA parser: " );
 634         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 635             System.out.println( "OK." );
 636             succeeded++;
 637         }
 638         else {
 639             System.out.println( "failed." );
 640             failed++;
 641         }
 642         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 643         if ( Test.testFastaParser() ) {
 644             System.out.println( "OK." );
 645             succeeded++;
 646         }
 647         else {
 648             System.out.println( "failed." );
 649             failed++;
 650         }
 651         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 652         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 653             System.out.println( "OK." );
 654             succeeded++;
 655         }
 656         else {
 657             System.out.println( "failed." );
 658             failed++;
 659         }
 660         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 661         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 662             System.out.println( "OK." );
 663             succeeded++;
 664         }
 665         else {
 666             System.out.println( "failed." );
 667             failed++;
 668         }
 669         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 670         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 671             System.out.println( "OK." );
 672             succeeded++;
 673         }
 674         else {
 675             System.out.println( "failed." );
 676             failed++;
 677         }
 678         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 679         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 680             System.out.println( "OK." );
 681             succeeded++;
 682         }
 683         else {
 684             System.out.println( "failed." );
 685             failed++;
 686         }
 687         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 688             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 689             if ( Test.testMafft() ) {
 690                 System.out.println( "OK." );
 691                 succeeded++;
 692             }
 693             else {
 694                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 695             }
 696         }
 697         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 698         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 699             System.out.println( "OK." );
 700             succeeded++;
 701         }
 702         else {
 703             System.out.println( "failed." );
 704             failed++;
 705         }
 706         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 707         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 708         //            System.out.println( "OK." );
 709         //            succeeded++;
 710         //        }
 711         //        else {
 712         //            System.out
 713         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 714         //        }
 715         System.out.println();
 716         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 717         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 718         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 719         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 720                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 721         System.out.println();
 722         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 723         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 724         System.out.println();
 725         if ( failed < 1 ) {
 726             System.out.println( "OK." );
 727         }
 728         else {
 729             System.out.println( "Not OK." );
 730         }
 731         // System.out.println();
 732         // Development.setTime( true );
 733         //try {
 734         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 735         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 736         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 737         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 738         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 739         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 740         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 741         // NHXParser() )[ 0 ];
 742         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 743         // }
 744         // catch ( final Exception e ) {
 745         //     e.printStackTrace();
 746         // }
 747         // t1.getRoot().preorderPrint();
 748         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 749         // .getInstance();
 750         // try {
 751         //
 752         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 753         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 754         // factory.create(
 755         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 756         // new NHXParser() );
 757         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 758         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 759         // factory.create(
 760         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 761         // new NHXParser() );
 762         //
 763         //
 764         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 765         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 766         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 767         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 768         // factory.create(
 769         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 770         // new NHXParser() );
 771         // factory.create(
 772         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 773         // new NHXParser() );
 774         //
 775         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 776         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 777         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 778         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 779         //
 780         // factory.create(
 781         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 782         // new NHXParser() );
 783         // factory.create(
 784         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 785         // new NHXParser() );
 786         //
 787         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 788         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 789         // factory.create(
 790         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 791         // new NHXParser() );
 792         //
 793         // }
 794         // catch ( IOException e ) {
 795         // // TODO Auto-generated catch block
 796         // e.printStackTrace();
 797         // }
 798     }
 799
 800     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 801         try {
 802             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 806             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 807                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 808             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 809                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 810             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 811                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 812             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 819                 return false;
 820             }
 821             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( !n3.isExternal() ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( !n3.isRoot() ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 831                 return false;
 832             }
 833         }
 834         catch ( final Exception e ) {
 835             e.printStackTrace( System.out );
 836             return false;
 837         }
 838         return true;
 839     }
 840
 841     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 842         try {
 843             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 844             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 845             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 846                                                               xml_parser );
 847             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 848                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 855             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 856             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 857             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 858             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !t1.isRooted() ) {
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( t1.isRerootable() ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 892                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 896                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 924                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 937                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 941                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 945                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 949                     .equals( "experimental" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 953                     .equals( "function" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 957                     .getValue() != 1 ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 961                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 965                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 969                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 973                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 977                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 981                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 985                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 989                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 993                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 997                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1004                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1011             //     return false;
1012             //}
1013             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1014             //                return false;
1015             //            }
1016             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1017             //                return false;
1018             //            }
1019             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1020             //                return false;
1021             //            }
1022             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1023             //                return false;
1024             //            }
1025             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1035             //                return false;
1036             //            }
1037             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1038             //                    .equals( "B" ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1051             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1052             //                return false;
1053             //            }
1054             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1055             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1056             //                return false;
1057             //            }
1058             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1059             //                return false;
1060             //            }
1061             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1062             //                return false;
1063             //            }
1064             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1065             //                return false;
1066             //            }
1067             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1071             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1072             //                ;
1073             //                return false;
1074             //            }
1075             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1076             //                return false;
1077             //            }
1078             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1079             //                return false;
1080             //            }
1081             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1082             //                return false;
1083             //            }
1084             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1085             //                return false;
1086             //            }
1087             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1088             //                return false;
1089             //            }
1090             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1097             //                                                              xml_parser );
1098             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1099             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1100             //                return false;
1101             //            }
1102             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1103             //                return false;
1104             //            }
1105             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1106             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118         }
1119         catch ( final Exception e ) {
1120             e.printStackTrace( System.out );
1121             return false;
1122         }
1123         return true;
1124     }
1125
1126     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1127         try {
1128             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1129             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1130             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1131                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1132             }
1133             else {
1134                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1135             }
1136             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1137                                                               xml_parser );
1138             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1139                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1146             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1147             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1151             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1164             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1165             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1166             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1179                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1183                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1187             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1188             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1189             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1190             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1194             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1210                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1220                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1224                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1228                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1232                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1236                     .equals( "experimental" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1240                     .equals( "function" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1244                     .getValue() != 1 ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1248                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1252                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1256                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1260                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1264                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1268                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1272                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1276                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1280                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1284                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1291                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1301                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1317                     .equals( "ncbi" ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1324                     .getName().equals( "B" ) ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1328                     .getFrom() != 21 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1335                     .getLength() != 24 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1339                     .getConfidence() != 2144 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1343                     .equals( "pfam" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1359             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1396                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1397                 ;
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             //
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1426                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1433                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1437                 return false;
1438             }
1439             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1443                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446         }
1447         catch ( final Exception e ) {
1448             e.printStackTrace( System.out );
1449             return false;
1450         }
1451         return true;
1452     }
1453
1454     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1455         try {
1456             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1457             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1458             try {
1459                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1460             }
1461             catch ( final Exception e ) {
1462                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1463             }
1464             if ( xml_parser == null ) {
1465                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1466                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1467                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1468                 }
1469                 else {
1470                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1471                 }
1472             }
1473             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1474                                                               xml_parser );
1475             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1476                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1483             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1484             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1485             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1486             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1508             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1509             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1510                 System.out.println( "errors:" );
1511                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1518                                                               xml_parser );
1519             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1520                 System.out.println( "errors:" );
1521                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1531                                                               xml_parser );
1532             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1540             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1553                                                               xml_parser );
1554             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1555                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1562             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             s.getNode( "first" );
1566             s.getNode( "<>" );
1567             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1568             s.getNode( "'''\"" );
1569             s.getNode( "\"\"\"" );
1570             s.getNode( "dick & doof" );
1571         }
1572         catch ( final Exception e ) {
1573             e.printStackTrace( System.out );
1574             return false;
1575         }
1576         return true;
1577     }
1578
1579     private static boolean testBasicTable() {
1580         try {
1581             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1582             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1589             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1590             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1591             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1592             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1593             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1594             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1595             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1596             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1627             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1628             source.append( "" + l );
1629             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1630             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1631             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1632             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1633             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1634             source.append( "40 41 42 43" + l );
1635             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1636             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1637             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1638             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1657             source1.append( "" + l );
1658             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1659             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1660             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1661             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1662             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1663             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1664             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1665             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1666             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1667             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1692             source2.append( "" + l );
1693             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1694             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1695             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1696             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1697             source2.append( "                     " + l );
1698             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1699             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1700             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1701             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1702             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1703                                                                         ";",
1704                                                                         false,
1705                                                                         "comment:",
1706                                                                         false );
1707             if ( tl.size() != 2 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1711             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1712             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730         }
1731         catch ( final Exception e ) {
1732             e.printStackTrace( System.out );
1733             return false;
1734         }
1735         return true;
1736     }
1737
1738     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1739         try {
1740             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1741             final TolParser parser = new TolParser();
1742             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1743             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1744                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1751             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !t1.isRooted() ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1770             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1771                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1778             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( !t2.isRooted() ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1800                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1804             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1805                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1812             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1825             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1826                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1833             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1846             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1847                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1854             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866         }
1867         catch ( final Exception e ) {
1868             e.printStackTrace( System.out );
1869             return false;
1870         }
1871         return true;
1872     }
1873
1874     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1875         try {
1876             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1877             final Phylogeny t1 = factory.create();
1878             if ( !t1.isEmpty() ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1882             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             if ( t2.isEmpty() ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1895             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1896                 return false;
1897             }
1898             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1905             PhylogenyNodeIterator it;
1906             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1907                 it.next();
1908             }
1909             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1910                 it.next();
1911             }
1912             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1913             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( it2.hasNext() ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1930                 return false;
1931             }
1932             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1933                 return false;
1934             }
1935             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1936             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1937             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1944             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1945             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1949             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1950             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1954             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1955             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1959                 return false;
1960             }
1961             final char[] a9 = new char[] {};
1962             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1963             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1964                 return false;
1965             }
1966             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1967             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1968             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1969                 return false;
1970             }
1971         }
1972         catch ( final Exception e ) {
1973             e.printStackTrace( System.out );
1974             return false;
1975         }
1976         return true;
1977     }
1978
1979     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1980         try {
1981             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1982             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1983             final Phylogeny[] ev0 = factory
1984                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1985                              new NHXParser() );
1986             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1987             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1994             final Phylogeny[] ev1 = factory
1995                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1996                              new NHXParser() );
1997             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1998             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2005             final Phylogeny[] ev_b = factory
2006                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2007                              new NHXParser() );
2008             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2009             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2010             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             //
2017             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2018             final Phylogeny[] ev1x = factory
2019                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2020                              new NHXParser() );
2021             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2022             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2029             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2030                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2031                              new NHXParser() );
2032             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2033             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039             //
2040             final Phylogeny[] t2 = factory
2041                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2042                              new NHXParser() );
2043             final Phylogeny[] ev2 = factory
2044                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2045                              new NHXParser() );
2046             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2047                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2048             }
2049             //
2050             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2051                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2052             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2053             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2054             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2061                 return false;
2062             }
2063         }
2064         catch ( final Exception e ) {
2065             e.printStackTrace();
2066             return false;
2067         }
2068         return true;
2069     }
2070
2071     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2072         try {
2073             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2074                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2075             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2076             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079         }
2080         catch ( final Exception e ) {
2081             e.printStackTrace();
2082             return false;
2083         }
2084         return true;
2085     }
2086
2087     private static boolean testDataObjects() {
2088         try {
2089             final Confidence s0 = new Confidence();
2090             final Confidence s1 = new Confidence();
2091             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2095             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2096             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2103             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2104                 return false;
2105             }
2106             s3.asSimpleText();
2107             s3.asText();
2108             // Taxonomy
2109             // ----------
2110             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2111             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2112             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2113             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2114             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2115             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2116             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2117             t1.setScientificName( "E. coli" );
2118             t1.setCommonName( "coli" );
2119             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2120             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2121                 return false;
2122             }
2123             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2124             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2125             t2.setScientificName( "what" );
2126             t2.setCommonName( "something" );
2127             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2131             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             t1.setIdentifier( null );
2135             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2136             t3.setScientificName( "what" );
2137             t3.setCommonName( "something" );
2138             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             t1.setIdentifier( null );
2142             t1.setTaxonomyCode( "" );
2143             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2144             t4.setCommonName( "something" );
2145             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2149             t4.setCommonName( "something" );
2150             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             t1.setIdentifier( null );
2154             t1.setTaxonomyCode( "" );
2155             t1.setScientificName( "" );
2156             t5.setCommonName( "COLI" );
2157             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2158                 return false;
2159             }
2160             t5.setCommonName( "vibrio" );
2161             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             // Identifier
2165             // ----------
2166             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2167             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2168             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             id1.asSimpleText();
2178             id1.asText();
2179             // ProteinDomain
2180             // ---------------
2181             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2182             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2183             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             pd1.asSimpleText();
2190             pd1.asText();
2191             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2192             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2193             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2194                 return false;
2195             }
2196             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2200                 return false;
2201             }
2202             pd3.asSimpleText();
2203             pd3.asText();
2204             // DomainArchitecture
2205             // ------------------
2206             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2207             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2208             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2209             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2210             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2211             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2212             domains0.add( d2 );
2213             domains0.add( d0 );
2214             domains0.add( d3 );
2215             domains0.add( d1 );
2216             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2217             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2221             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2222                 return false;
2223             }
2224             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2231             domains1.add( d1 );
2232             domains1.add( d2 );
2233             domains1.add( d4 );
2234             domains1.add( d0 );
2235             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2236             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             ds1.asSimpleText();
2240             ds1.asText();
2241             ds1.toNHX();
2242             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2243             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2244                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             // Event
2251             // -----
2252             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2253             if ( e1.isDuplication() ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( !e1.isFusion() ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2266             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2273             if ( e2.isDuplication() ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2292             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2296             if ( e3.isDuplication() ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( e3.isSpeciation() ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2309             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2310             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             e3 = null;
2314             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2318             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2325             e4 = null;
2326             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2327             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2328                 return false;
2329             }
2330             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             final Event e5 = new Event();
2334             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2344             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2351             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2358             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2362                 return false;
2363             }
2364         }
2365         catch ( final Exception e ) {
2366             e.printStackTrace( System.out );
2367             return false;
2368         }
2369         return true;
2370     }
2371
2372     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2373         try {
2374             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2375             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2376             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2377             if ( t0.isEmpty() ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2384             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             if ( !t0.isEmpty() ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2395             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2402             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2406             if ( !t1.isEmpty() ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2410             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2414             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t2.toNewHampshireX();
2418             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2419             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2423             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2427             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2431             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2435             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             n = t3.getNode( "A" );
2439             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             n = n.getNextExternalNode();
2443             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2447             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             n = t3.getNode( "C" );
2451             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2455             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2459             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2463             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2467             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2471             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2475             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2479             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             n = t4.getNode( "A" );
2483             n = n.getNextExternalNode();
2484             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             n = n.getNextExternalNode();
2488             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2492             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2496             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2497             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2501             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2505             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2506             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2510             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2514             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2515             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2519             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2523             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2524             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2528             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2532             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2533             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2537             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2541             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2542             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2546             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2550             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2551             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2555             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2559             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2563             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2567             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2568             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2572             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2576             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2580             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2584             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2588             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2589                 return false;
2590             }
2591             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2592             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2596             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2600             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2604             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2608             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2612             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2616             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2620             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2624             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2625             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2629             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2633             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2634             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2638             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2642             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2643             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2647             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2651             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2655             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2659             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2663             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666         }
2667         catch ( final Exception e ) {
2668             e.printStackTrace( System.out );
2669             return false;
2670         }
2671         return true;
2672     }
2673
2674     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2675         try {
2676             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2677             dss1.addValue( 82 );
2678             dss1.addValue( 78 );
2679             dss1.addValue( 70 );
2680             dss1.addValue( 58 );
2681             dss1.addValue( 42 );
2682             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2689                 return false;
2690             }
2691             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             dss1.addValue( 123 );
2719             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2729             dss2.addValue( -1.85 );
2730             dss2.addValue( 57.5 );
2731             dss2.addValue( 92.78 );
2732             dss2.addValue( 57.78 );
2733             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2740             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2741                 return false;
2742             }
2743             dss2.addValue( -100 );
2744             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final double[] ds = new double[ 14 ];
2751             ds[ 0 ] = 34;
2752             ds[ 1 ] = 23;
2753             ds[ 2 ] = 1;
2754             ds[ 3 ] = 32;
2755             ds[ 4 ] = 11;
2756             ds[ 5 ] = 2;
2757             ds[ 6 ] = 12;
2758             ds[ 7 ] = 33;
2759             ds[ 8 ] = 13;
2760             ds[ 9 ] = 22;
2761             ds[ 10 ] = 21;
2762             ds[ 11 ] = 35;
2763             ds[ 12 ] = 24;
2764             ds[ 13 ] = 31;
2765             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2766             if ( bins.length != 4 ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2770                 return false;
2771             }
2772             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2773                 return false;
2774             }
2775             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2776                 return false;
2777             }
2778             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2782             ds1[ 0 ] = 10.0;
2783             ds1[ 1 ] = 19.0;
2784             ds1[ 2 ] = 9.999;
2785             ds1[ 3 ] = 0.0;
2786             ds1[ 4 ] = 39.9;
2787             ds1[ 5 ] = 39.999;
2788             ds1[ 6 ] = 30.0;
2789             ds1[ 7 ] = 19.999;
2790             ds1[ 8 ] = 30.1;
2791             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2792             if ( bins1.length != 4 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2808             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2809                 return false;
2810             }
2811             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2818                 return false;
2819             }
2820             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2821             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2822                 return false;
2823             }
2824             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2828                 return false;
2829             }
2830             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2831                 return false;
2832             }
2833             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2834             dss3.addValue( 1 );
2835             dss3.addValue( 1 );
2836             dss3.addValue( 1 );
2837             dss3.addValue( 2 );
2838             dss3.addValue( 3 );
2839             dss3.addValue( 4 );
2840             dss3.addValue( 5 );
2841             dss3.addValue( 5 );
2842             dss3.addValue( 5 );
2843             dss3.addValue( 6 );
2844             dss3.addValue( 7 );
2845             dss3.addValue( 8 );
2846             dss3.addValue( 9 );
2847             dss3.addValue( 10 );
2848             dss3.addValue( 10 );
2849             dss3.addValue( 10 );
2850             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2851             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2852             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2853         }
2854         catch ( final Exception e ) {
2855             e.printStackTrace( System.out );
2856             return false;
2857         }
2858         return true;
2859     }
2860
2861     private static boolean testDir( final String file ) {
2862         try {
2863             final File f = new File( file );
2864             if ( !f.exists() ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             if ( !f.isDirectory() ) {
2868                 return false;
2869             }
2870             if ( !f.canRead() ) {
2871                 return false;
2872             }
2873         }
2874         catch ( final Exception e ) {
2875             return false;
2876         }
2877         return true;
2878     }
2879
2880     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2881         try {
2882             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2883             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2884             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2885             n = n.getNextExternalNode();
2886             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2887                 return false;
2888             }
2889             n = n.getNextExternalNode();
2890             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2891                 return false;
2892             }
2893             n = n.getNextExternalNode();
2894             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n = t1.getNode( "B" );
2898             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2899                 n = n.getNextExternalNode();
2900             }
2901             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2902             n = t2.getNode( "A" );
2903             n = n.getNextExternalNode();
2904             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             n = n.getNextExternalNode();
2908             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = t2.getNode( "B" );
2916             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2917                 n = n.getNextExternalNode();
2918             }
2919             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2920             n = t3.getNode( "A" );
2921             n = n.getNextExternalNode();
2922             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2923                 return false;
2924             }
2925             n = n.getNextExternalNode();
2926             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             n = n.getNextExternalNode();
2930             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = n.getNextExternalNode();
2938             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             n = n.getNextExternalNode();
2942             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2943                 return false;
2944             }
2945             n = n.getNextExternalNode();
2946             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             n = t3.getNode( "B" );
2950             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2951                 n = n.getNextExternalNode();
2952             }
2953             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2954             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2955                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2956             }
2957             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2958             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2959                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2960             }
2961         }
2962         catch ( final Exception e ) {
2963             e.printStackTrace( System.out );
2964             return false;
2965         }
2966         return true;
2967     }
2968
2969     private static boolean testGeneralTable() {
2970         try {
2971             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2972             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2973             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2974             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2975             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2976             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2977             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2978             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2979             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2980             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3008             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3009             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3010             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3011             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3012             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3013             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3014             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3015             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3016             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3017             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047         }
3048         catch ( final Exception e ) {
3049             e.printStackTrace( System.out );
3050             return false;
3051         }
3052         return true;
3053     }
3054
3055     private static boolean testGetDistance() {
3056         try {
3057             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3058             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3059                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3060             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3155                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3156             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3175                 return false;
3176             }
3177             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3187                 return false;
3188             }
3189         }
3190         catch ( final Exception e ) {
3191             e.printStackTrace( System.out );
3192             return false;
3193         }
3194         return true;
3195     }
3196
3197     private static boolean testGetLCA() {
3198         try {
3199             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3200             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3201                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3202             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3203             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3204             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3208             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3212             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3216             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3220             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3224             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3228             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3232             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3236             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3240             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3244             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3248             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3252             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3256             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3260             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3264             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3268             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3272             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3276             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3280             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3284             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3288             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3292             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3296             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3297             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3301             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3305             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3309             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3313             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3317             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3321             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3325             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final Phylogeny p3 = factory
3329                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3330                              new NHXParser() )[ 0 ];
3331             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3332             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3336             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3340             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3341                 return false;
3342             }
3343             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3344             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3348             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3355             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             if ( !al_3.isRoot() ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3362             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3369             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3376             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3380             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3381             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3385             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3386             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3390             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3391             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3395             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3396             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399         }
3400         catch ( final Exception e ) {
3401             e.printStackTrace( System.out );
3402             return false;
3403         }
3404         return true;
3405     }
3406
3407     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3408         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3409         try {
3410             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3411                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3412             parser1.parse();
3413             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3414                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3415             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3416             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             if ( proteins.size() != 4 ) {
3420                 return false;
3421             }
3422             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3432             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3436             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3440             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3444             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474         }
3475         catch ( final Exception e ) {
3476             e.printStackTrace( System.out );
3477             return false;
3478         }
3479         return true;
3480     }
3481
3482     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3483         try {
3484             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3485             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3486             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3487             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3488             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3492             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3493                 return false;
3494             }
3495             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3496             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3500             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3501                 return false;
3502             }
3503         }
3504         catch ( final Exception e ) {
3505             e.printStackTrace( System.out );
3506             return false;
3507         }
3508         return true;
3509     }
3510
3511     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3512         try {
3513             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3514             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3515             PhylogenyNodeIterator it0;
3516             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3517                 it0.next();
3518             }
3519             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3520                 it0.next();
3521             }
3522             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3523             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             if ( it.hasNext() ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3548                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3549             PhylogenyNodeIterator it2;
3550             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3551                 it2.next();
3552             }
3553             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3554                 it2.next();
3555             }
3556             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3557             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3564                 return false;
3565             }
3566             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3621                 return false;
3622             }
3623             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3624                 return false;
3625             }
3626             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             if ( it3.hasNext() ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3636             PhylogenyNodeIterator it4;
3637             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3638                 it4.next();
3639             }
3640             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3641                 it4.next();
3642             }
3643             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3644             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3654                 return false;
3655             }
3656             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3660             PhylogenyNodeIterator it6;
3661             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3662                 it6.next();
3663             }
3664             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3665                 it6.next();
3666             }
3667             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3668             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( it.hasNext() ) {
3672                 return false;
3673             }
3674         }
3675         catch ( final Exception e ) {
3676             e.printStackTrace( System.out );
3677             return false;
3678         }
3679         return true;
3680     }
3681
3682     private static boolean testMidpointrooting() {
3683         try {
3684             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3685             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3686                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3687             if ( !t1.isRooted() ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3691             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3710             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3711             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729         }
3730         catch ( final Exception e ) {
3731             e.printStackTrace( System.out );
3732             return false;
3733         }
3734         return true;
3735     }
3736
3737     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3738         try {
3739             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3740             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3741             parser.parse();
3742             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3743             if ( labels.length != 7 ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3750                 return false;
3751             }
3752             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3768             parser.parse();
3769             labels = parser.getCharStateLabels();
3770             if ( labels.length != 7 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794         }
3795         catch ( final Exception e ) {
3796             e.printStackTrace( System.out );
3797             return false;
3798         }
3799         return true;
3800     }
3801
3802     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3803         try {
3804             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3805             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3806             parser.parse();
3807             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3808             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3824                 return false;
3825             }
3826             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3827                 return false;
3828             }
3829             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3833                 return false;
3834             }
3835             //            if ( labels.length != 7 ) {
3836             //                return false;
3837             //            }
3838             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3839             //                return false;
3840             //            }
3841             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3842             //                return false;
3843             //            }
3844             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3845             //                return false;
3846             //            }
3847             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3848             //                return false;
3849             //            }
3850             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3851             //                return false;
3852             //            }
3853             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3854             //                return false;
3855             //            }
3856             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3857             //                return false;
3858             //            }
3859             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3860             //            parser.parse();
3861             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3862             //            if ( labels.length != 7 ) {
3863             //                return false;
3864             //            }
3865             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3866             //                return false;
3867             //            }
3868             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3869             //                return false;
3870             //            }
3871             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3872             //                return false;
3873             //            }
3874             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3875             //                return false;
3876             //            }
3877             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3878             //                return false;
3879             //            }
3880             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3881             //                return false;
3882             //            }
3883             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3884             //                return false;
3885             //            }
3886         }
3887         catch ( final Exception e ) {
3888             e.printStackTrace( System.out );
3889             return false;
3890         }
3891         return true;
3892     }
3893
3894     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3895         try {
3896             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3897             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3898             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3899             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3900                 return false;
3901             }
3902             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             phylogenies = null;
3909             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3910             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             phylogenies = null;
3920             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3921             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             phylogenies = null;
3934             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3935             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4053                 return false;
4054             }
4055             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4056                 return false;
4057             }
4058         }
4059         catch ( final Exception e ) {
4060             e.printStackTrace( System.out );
4061             return false;
4062         }
4063         return true;
4064     }
4065
4066     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4067         try {
4068             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4069             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4070             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4071             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4081                 return false;
4082             }
4083             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4087                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             phylogenies = null;
4091             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4092             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4111                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4130                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4149                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             phylogenies = null;
4153             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4154             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4173                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4192                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4211                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214         }
4215         catch ( final Exception e ) {
4216             e.printStackTrace( System.out );
4217             return false;
4218         }
4219         return true;
4220     }
4221
4222     private static boolean testNHParsing() {
4223         try {
4224             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4225             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4226             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4230             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4231             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4232             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4233             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             final Phylogeny p1b = factory
4240                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4241                              new NHXParser() )[ 0 ];
4242             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4249             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4250             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4251             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4252             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4253             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4254             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4255             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4256             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4257             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4258             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4259                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4260                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4261                                                     new NHXParser() );
4262             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4275             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4276             final String p16_S = "((A,B),C)";
4277             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4278             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4282             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4283             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4287             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4288             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4292             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4293             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4297             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4298             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4302             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4303             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4307             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4308             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4312             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4313             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4317             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4318             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4322             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4323             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4324             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4331                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4332                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4333                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4334                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4335                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4336                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4337                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4338             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4339             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             final String p26_S = "(A,B)ab";
4343             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4344             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4348             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4349                                                     new NHXParser() );
4350             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4354             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4355             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4356             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4357             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4358                                                     new NHXParser() );
4359             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4372             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4373             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4377             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4378             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4382             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4383             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             final String p33_S = "A";
4387             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4388             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             final String p34_S = "B;";
4392             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4393             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             final String p35_S = "B:0.2";
4397             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4398             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             final String p36_S = "(A)";
4402             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4403             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             final String p37_S = "((A))";
4407             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4408             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4412             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4413             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4414                 return false;
4415             }
4416             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4417             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4418             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             final String p40_S = "(A,B,C)";
4422             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4423             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4424                 return false;
4425             }
4426             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4427             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4428             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4432             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4433             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4437             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4438             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4442             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4443             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4447             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4448             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             final String p46_S = "";
4452             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4453             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4457             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4461             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             final Phylogeny p49 = factory
4465                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4466                              new NHXParser() )[ 0 ];
4467             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4471             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             if ( !p50.toNewHampshire( false, true ).equals( "((A,B)ab:2.0[88.0],C);" ) ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             if ( !p50.toNewHampshire( false, false ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4478                 return false;
4479             }
4480             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4481             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4485             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny p53 = factory
4489                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4490                              new NHXParser() )[ 0 ];
4491             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4492                 return false;
4493             }
4494         }
4495         catch ( final Exception e ) {
4496             e.printStackTrace( System.out );
4497             return false;
4498         }
4499         return true;
4500     }
4501
4502     private static boolean testNHXconversion() {
4503         try {
4504             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4505             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4506             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4507             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4508             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4509                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4510             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4511                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4512             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !n5.toNewHampshireX()
4525                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( !n6.toNewHampshireX()
4529                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4530                 return false;
4531             }
4532         }
4533         catch ( final Exception e ) {
4534             e.printStackTrace( System.out );
4535             return false;
4536         }
4537         return true;
4538     }
4539
4540     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4541         try {
4542             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4543             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4544             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4545             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4546             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4547                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4548             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             if ( n3.isDuplication() ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4567                 return false;
4568             }
4569             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( !n5.isDuplication() ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4594                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4595                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4596             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4603                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4604                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4605             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4612                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4613             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4617                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4618             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4625                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4626             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4633                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4641                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4642             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4649                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4650             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4657                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4658             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4665                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4666             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4673                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4674             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4681                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4682             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4689                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4690                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4691                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4692                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4693                     return false;
4694                 }
4695                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4696                     return false;
4697                 }
4698                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4699                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4700                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4701                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4702                     return false;
4703                 }
4704                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4705                     return false;
4706                 }
4707                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4708                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4709                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4710                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4711                     return false;
4712                 }
4713                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4714                     return false;
4715                 }
4716                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4717                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4718                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4719                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4720                     return false;
4721                 }
4722                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4723                     return false;
4724                 }
4725                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4726                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4727                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4728                     return false;
4729                 }
4730                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4731                     return false;
4732                 }
4733             }
4734             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4735                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4736                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4737             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4747                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4748                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4749             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4759             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4760             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4770                 return false;
4771             }
4772             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4785                 return false;
4786             }
4787             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4803                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4804             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4808                 return false;
4809             }
4810             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4811                 return false;
4812             }
4813             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4829             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4833             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4837                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4838                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4839             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4846                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4847                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4848             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4855                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4856                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4857             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4867                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4868                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4869             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4879                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4880                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4881             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4888                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4889             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898         }
4899         catch ( final Exception e ) {
4900             e.printStackTrace( System.out );
4901             return false;
4902         }
4903         return true;
4904     }
4905
4906     private static boolean testNHXParsing() {
4907         try {
4908             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4909             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4910             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4914             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4915             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4919             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4920             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             final Phylogeny[] p3 = factory
4924                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4925                              new NHXParser() );
4926             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final Phylogeny[] p4 = factory
4930                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4931                              new NHXParser() );
4932             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             final Phylogeny[] p5 = factory
4936                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4937                              new NHXParser() );
4938             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4942             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4943             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4944             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4948             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4949             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4950             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4954             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4955             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4956             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4960             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             final Phylogeny p10 = factory
4964                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4965                              new NHXParser() )[ 0 ];
4966             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969         }
4970         catch ( final Exception e ) {
4971             e.printStackTrace( System.out );
4972             return false;
4973         }
4974         return true;
4975     }
4976
4977     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4978         try {
4979             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4980             final NHXParser p = new NHXParser();
4981             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4982             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4986             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4996                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5015             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5016             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5017             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5021             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5022             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5023             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5027             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5028             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5029             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5033             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5034             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5035             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             final Phylogeny p10 = factory
5039                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5040                              new NHXParser() )[ 0 ];
5041             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
5042             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5046             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             //
5050             final Phylogeny p12 = factory
5051                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5052                              new NHXParser() )[ 0 ];
5053             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
5054             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5058             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5062             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5066             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069         }
5070         catch ( final Exception e ) {
5071             e.printStackTrace( System.out );
5072             return false;
5073         }
5074         return true;
5075     }
5076
5077     private static boolean testNHXParsingMB() {
5078         try {
5079             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5080             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5081                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5082                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5083                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5084                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5085                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5086                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5087                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5088                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5089             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5096                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             final Phylogeny p2 = factory
5106                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5107                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5108                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5109                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5110                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5111                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5112                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5113                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5114                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5115                              new NHXParser() )[ 0 ];
5116             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5120                 return false;
5121             }
5122         }
5123         catch ( final Exception e ) {
5124             e.printStackTrace( System.out );
5125             System.exit( -1 );
5126             return false;
5127         }
5128         return true;
5129     }
5130
5131     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5132         try {
5133             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5134             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5135             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5136             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5137             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5147             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5148             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5149             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5156             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165         }
5166         catch ( final Exception e ) {
5167             e.printStackTrace( System.out );
5168             return false;
5169         }
5170         return true;
5171     }
5172
5173     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5174         try {
5175             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5176             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5177             try {
5178                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5179             }
5180             catch ( final Exception e ) {
5181                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5182             }
5183             if ( xml_parser == null ) {
5184                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5185                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5186                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5187                 }
5188                 else {
5189                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5190                 }
5191             }
5192             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5193                                                               xml_parser );
5194             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5195                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5202             PhylogenyNode n = null;
5203             Distribution d = null;
5204             n = t1.getNode( "root node" );
5205             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             d = n.getNodeData().getDistribution();
5212             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( d.getPolygons() != null ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             n = t1.getNode( "node a" );
5237             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5244             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( d.getPolygons() != null ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5254                 return false;
5255             }
5256             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             n = t1.getNode( "node bb" );
5269             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5276             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5301             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             p = d.getPolygons().get( 1 );
5323             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             // Roundtrip:
5336             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5337             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5338             if ( rt.length != 1 ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5342             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5343             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             d = n.getNodeData().getDistribution();
5350             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( d.getPolygons() != null ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5375             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5382             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             if ( d.getPolygons() != null ) {
5389                 return false;
5390             }
5391             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5407             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5414             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             p = d.getPolygons().get( 0 );
5439             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             p = d.getPolygons().get( 1 );
5461             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473         }
5474         catch ( final Exception e ) {
5475             e.printStackTrace( System.out );
5476             return false;
5477         }
5478         return true;
5479     }
5480
5481     private static boolean testPostOrderIterator() {
5482         try {
5483             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5484             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5485             PhylogenyNodeIterator it0;
5486             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5487                 it0.next();
5488             }
5489             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5490                 it0.next();
5491             }
5492             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5493             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5494             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( it.hasNext() ) {
5540                 return false;
5541             }
5542         }
5543         catch ( final Exception e ) {
5544             e.printStackTrace( System.out );
5545             return false;
5546         }
5547         return true;
5548     }
5549
5550     private static boolean testPreOrderIterator() {
5551         try {
5552             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5553             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5554             PhylogenyNodeIterator it0;
5555             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5556                 it0.next();
5557             }
5558             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5559                 it0.next();
5560             }
5561             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5562             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( it.hasNext() ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5587             it = t1.iteratorPreorder();
5588             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( it.hasNext() ) {
5634                 return false;
5635             }
5636         }
5637         catch ( final Exception e ) {
5638             e.printStackTrace( System.out );
5639             return false;
5640         }
5641         return true;
5642     }
5643
5644     private static boolean testPropertiesMap() {
5645         try {
5646             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5647             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5648             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5649             final Property p2 = new Property( "something:else",
5650                                               "?",
5651                                               "improbable:research",
5652                                               "xsd:decimal",
5653                                               AppliesTo.NODE );
5654             pm.addProperty( p0 );
5655             pm.addProperty( p1 );
5656             pm.addProperty( p2 );
5657             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5676             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5683                 return false;
5684             }
5685         }
5686         catch ( final Exception e ) {
5687             e.printStackTrace( System.out );
5688             return false;
5689         }
5690         return true;
5691     }
5692
5693     private static boolean testReIdMethods() {
5694         try {
5695             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5696             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5697             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5698             p.levelOrderReID();
5699             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5742                 return false;
5743             }
5744         }
5745         catch ( final Exception e ) {
5746             e.printStackTrace( System.out );
5747             return false;
5748         }
5749         return true;
5750     }
5751
5752     private static boolean testRerooting() {
5753         try {
5754             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5755             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5756                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5757             if ( !t1.isRooted() ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5761             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5762             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5763             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5764             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5765             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5766             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5767             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5768             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5769             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5770             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5771             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5772             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5773             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5774             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5775             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5776             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5777             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5778             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5779             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5780             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5781             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5782             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5783             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5784             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5785             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5786             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5787             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5788             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5807                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5808             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5809             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5810             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5811             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5812             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5813             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5814             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5815             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5816             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5817             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5818             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5819             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5820             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5821             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5822             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5823             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5824             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5825             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5826             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5827             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5828             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5829             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5830             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5831             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5832             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5833             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5834             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5835             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5836             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5837             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5838             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5839             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5840             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5841             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5842             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5843             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5844             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5845             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5846             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5847             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5848             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5849             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5850             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5851             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5852             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5853             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5860             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5867             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5877             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5878                 return false;
5879             }
5880             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5881                 return false;
5882             }
5883             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5884                 return false;
5885             }
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5887             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5894             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5898                 return false;
5899             }
5900             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5901                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5902             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5903             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5904                 return false;
5905             }
5906             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5913             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5923             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5930                 return false;
5931             }
5932         }
5933         catch ( final Exception e ) {
5934             e.printStackTrace( System.out );
5935             return false;
5936         }
5937         return true;
5938     }
5939
5940     private static boolean testSDIse() {
5941         try {
5942             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5943             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5944             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5945             gene1.setRooted( true );
5946             species1.setRooted( true );
5947             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5948             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             final Phylogeny species2 = factory
5952                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5953                              new NHXParser() )[ 0 ];
5954             final Phylogeny gene2 = factory
5955                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5956                              new NHXParser() )[ 0 ];
5957             species2.setRooted( true );
5958             gene2.setRooted( true );
5959             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5960             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             final Phylogeny species3 = factory
5982                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5983                              new NHXParser() )[ 0 ];
5984             final Phylogeny gene3 = factory
5985                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5986                              new NHXParser() )[ 0 ];
5987             species3.setRooted( true );
5988             gene3.setRooted( true );
5989             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5990             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             final Phylogeny species4 = factory
6000                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6001                              new NHXParser() )[ 0 ];
6002             final Phylogeny gene4 = factory
6003                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6004                              new NHXParser() )[ 0 ];
6005             species4.setRooted( true );
6006             gene4.setRooted( true );
6007             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6008             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6021                 return false;
6022             }
6023             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             final Phylogeny species5 = factory
6027                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6028                              new NHXParser() )[ 0 ];
6029             final Phylogeny gene5 = factory
6030                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6031                              new NHXParser() )[ 0 ];
6032             species5.setRooted( true );
6033             gene5.setRooted( true );
6034             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6035             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6054             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6055             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6056             final Phylogeny species6 = factory
6057                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6058                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6059                              new NHXParser() )[ 0 ];
6060             final Phylogeny gene6 = factory
6061                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6062                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6063                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6064                              new NHXParser() )[ 0 ];
6065             species6.setRooted( true );
6066             gene6.setRooted( true );
6067             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6068             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6093                 return false;
6094             }
6095             sdi6.computeMappingCostL();
6096             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6106                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6107                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6108                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6109                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6110             species7.setRooted( true );
6111             final Phylogeny gene7_1 = Test
6112                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6113             gene7_1.setRooted( true );
6114             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6115             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6116                 return false;
6117             }
6118             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             final Phylogeny gene7_2 = Test
6143                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6144             gene7_2.setRooted( true );
6145             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6146             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6174                 return false;
6175             }
6176         }
6177         catch ( final Exception e ) {
6178             return false;
6179         }
6180         return true;
6181     }
6182
6183     private static boolean testSDIunrooted() {
6184         try {
6185             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6186             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6187             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6188             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6189             PhylogenyBranch br = iter.next();
6190             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             br = iter.next();
6197             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             br = iter.next();
6204             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             br = iter.next();
6211             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6212                 return false;
6213             }
6214             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             br = iter.next();
6218             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             br = iter.next();
6225             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             br = iter.next();
6232             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             br = iter.next();
6239             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             br = iter.next();
6246             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             br = iter.next();
6253             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             br = iter.next();
6260             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             br = iter.next();
6267             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             br = iter.next();
6274             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             br = iter.next();
6281             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             br = iter.next();
6288             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( iter.hasNext() ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6298             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6299             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6300             br = iter1.next();
6301             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             br = iter1.next();
6308             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             br = iter1.next();
6315             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( iter1.hasNext() ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6325             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6326             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6327             br = iter2.next();
6328             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             br = iter2.next();
6335             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             br = iter2.next();
6342             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( iter2.hasNext() ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             final Phylogeny species0 = factory
6352                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6353                              new NHXParser() )[ 0 ];
6354             final Phylogeny gene1 = factory
6355                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6356                              new NHXParser() )[ 0 ];
6357             species0.setRooted( true );
6358             gene1.setRooted( true );
6359             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6360             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6361             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             final Phylogeny gene2 = factory
6377                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6378                              new NHXParser() )[ 0 ];
6379             gene2.setRooted( true );
6380             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6381             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             final Phylogeny species6 = factory
6397                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6398                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6399                              new NHXParser() )[ 0 ];
6400             final Phylogeny gene6 = factory
6401                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6402                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6403                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6404                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6405                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6406                              new NHXParser() )[ 0 ];
6407             species6.setRooted( true );
6408             gene6.setRooted( true );
6409             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6410             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             p6 = null;
6450             final Phylogeny species7 = factory
6451                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6452                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6453                              new NHXParser() )[ 0 ];
6454             final Phylogeny gene7 = factory
6455                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6456                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6457                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6458                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6459                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6460                              new NHXParser() )[ 0 ];
6461             species7.setRooted( true );
6462             gene7.setRooted( true );
6463             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6464             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             p7 = null;
6504             final Phylogeny species8 = factory
6505                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6506                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6507                              new NHXParser() )[ 0 ];
6508             final Phylogeny gene8 = factory
6509                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6510                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6511                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6512                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6513                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6514                              new NHXParser() )[ 0 ];
6515             species8.setRooted( true );
6516             gene8.setRooted( true );
6517             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6518             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             p8 = null;
6558         }
6559         catch ( final Exception e ) {
6560             e.printStackTrace( System.out );
6561             return false;
6562         }
6563         return true;
6564     }
6565
6566     private static boolean testSplit() {
6567         try {
6568             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6569             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6570             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6571             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6572             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6573             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6574             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6575             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6576             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6577             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6578             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6579             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6580             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6581             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6582             // System.out.println( s0.toString() );
6583             //
6584             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6587             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6598             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             //
6602             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6606             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             //
6610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6615             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             //
6619             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6624             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             //
6628             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6632             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             //
6636             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6639             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6640                 return false;
6641             }
6642             //
6643             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6649             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             //
6653             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6657             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             //
6661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6666             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             //
6670             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6673             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             //
6677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6682             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             //
6686             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6692             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             //
6696             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6700             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             //
6704             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6707             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             //
6711             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6714             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6715                 return false;
6716             }
6717             //
6718             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6721             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             //
6725             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6728             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             //
6732             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6734             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6735             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             //
6739             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6742             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             //
6746             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6750             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             //
6754             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6758             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             //
6762             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6766             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             //
6770             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6774             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6775             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6776                 return false;
6777             }
6778             /////////
6779             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6780             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6781             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6782             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6783             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6784             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6785             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6786             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6787             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6788             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6789             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6790             //                return false;
6791             //            }
6792             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6793             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6794             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6795             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6796             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6797             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6798             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6799             //                return false;
6800             //            }
6801             //            //
6802             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6803             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6804             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6805             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6806             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6807             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6808             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6809             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6810             //                return false;
6811             //            }
6812             //            //
6813             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6814             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6815             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6816             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6817             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6818             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6819             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6820             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6821             //                return false;
6822             //            }
6823             //            //
6824             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6825             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6826             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6827             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6828             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6829             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6830             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6831             //                return false;
6832             //            }
6833             //            //
6834             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6835             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6836             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6837             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6838             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6839             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6840             //                return false;
6841             //            }
6842             //
6843             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6845             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6846             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6847             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6848             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6849                 return false;
6850             }
6851             //
6852             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6853             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6854             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6855             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6856             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6857             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             ///////////////////////////
6861             //
6862             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6865             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6866             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6867             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6868                 return false;
6869             }
6870             //
6871             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6875             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6876             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6877                 return false;
6878             }
6879             //
6880             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6885             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             //
6889             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6892             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6893             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6894             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             //
6898             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6899             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6900             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6901             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6903             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             //
6907             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6909             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6910             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6911             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6912                 return false;
6913             }
6914             //
6915             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6917             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6918             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6921             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             //
6925             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6931             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             //
6935             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             //
6945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955         }
6956         catch ( final Exception e ) {
6957             e.printStackTrace();
6958             return false;
6959         }
6960         return true;
6961     }
6962
6963     private static boolean testSplitStrict() {
6964         try {
6965             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6966             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6967             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6968             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6969             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6970             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6971             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6972             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6973             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6974             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6975             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6976             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6979             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6990             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6998             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             //
7002             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7007             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             //
7011             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7016             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             //
7020             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7021             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7024             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             //
7028             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7029             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7031             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             //
7035             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7041             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             //
7045             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7049             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             //
7053             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7058             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             //
7062             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7065             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             //
7069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7074             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             //
7078             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7084             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             //
7088             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7092             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             //
7096             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7099             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             //
7103             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7106             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7107                 return false;
7108             }
7109             //
7110             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7113             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             //
7117             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7120             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             //
7124             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7125             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7126             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7127             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             //
7131             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7134             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             //
7138             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7142             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             //
7146             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7150             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             //
7154             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7158             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             //
7162             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7167             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170         }
7171         catch ( final Exception e ) {
7172             e.printStackTrace();
7173             return false;
7174         }
7175         return true;
7176     }
7177
7178     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7179         try {
7180             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7181             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7182             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7183             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             t1.toNewHampshireX();
7187             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7188             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             t1.toNewHampshireX();
7192             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7193             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             t1.toNewHampshireX();
7197             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7198             t1.toNewHampshireX();
7199             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7203             t1.toNewHampshireX();
7204             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7208             t1.toNewHampshireX();
7209             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7213             t1.toNewHampshireX();
7214             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7218             t1.toNewHampshireX();
7219             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7220                 return false;
7221             }
7222             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7223             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             if ( !t1.isEmpty() ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7230             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7231             t2.toNewHampshireX();
7232             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7236             t2.toNewHampshireX();
7237             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7241             t2.toNewHampshireX();
7242             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7243                 return false;
7244             }
7245         }
7246         catch ( final Exception e ) {
7247             e.printStackTrace( System.out );
7248             return false;
7249         }
7250         return true;
7251     }
7252
7253     private static boolean testSupportCount() {
7254         try {
7255             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7256             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7257             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7258                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7259                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7260                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7261                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7262                                                               new NHXParser() );
7263             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7264             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7265             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7266                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7267                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7268                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7269                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7270                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7271                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7272                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7273                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7274                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7275                                                               new NHXParser() );
7276             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7277             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7278             while ( it.hasNext() ) {
7279                 final PhylogenyNode n = it.next();
7280                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7281                     return false;
7282                 }
7283             }
7284             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7285             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7286                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7287             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7288             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7289             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7311                 return false;
7312             }
7313             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7320             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7321                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7322             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7323             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7324             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7331                 return false;
7332             }
7333             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7337                 return false;
7338             }
7339             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7355             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7356             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7357             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7361             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7362             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7363             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7367             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7368             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7369             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7373             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7374             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7375             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7376                 return false;
7377             }
7378         }
7379         catch ( final Exception e ) {
7380             e.printStackTrace( System.out );
7381             return false;
7382         }
7383         return true;
7384     }
7385
7386     private static boolean testSupportTransfer() {
7387         try {
7388             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7389             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7390                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7391             final Phylogeny p2 = factory
7392                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7393             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7400             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7401             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7423                 return false;
7424             }
7425         }
7426         catch ( final Exception e ) {
7427             e.printStackTrace( System.out );
7428             return false;
7429         }
7430         return true;
7431     }
7432
7433     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7434         try {
7435             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7436             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7437             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7438             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7439             s0.setRooted( true );
7440             g0.setRooted( true );
7441             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7442             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7452             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7453             g0.setRooted( true );
7454             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7455             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7465             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7466             g0.setRooted( true );
7467             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7468             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7478             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7479             g0.setRooted( true );
7480             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7481             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7491             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7492             g0.setRooted( true );
7493             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7494             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7504             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7505             g0.setRooted( true );
7506             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7507             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7517             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7518             g0.setRooted( true );
7519             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7520             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7530                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7531                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7532                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7533             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7534             s0.setRooted( true );
7535             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7536                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7537                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7538                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7539             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7540             g0.setRooted( true );
7541             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7542             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7558                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7559                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7560                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7561             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7562             g0.setRooted( true );
7563             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7564             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7568                 return false;
7569             }
7570             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7580                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7581                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7582                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7583             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7584             g0.setRooted( true );
7585             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7586             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7602                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7603                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7604                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7605             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7606             g0.setRooted( true );
7607             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7608             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7609                 return false;
7610             }
7611             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7612                 return false;
7613             }
7614             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7615                 return false;
7616             }
7617             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7618                 return false;
7619             }
7620             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7624             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7625             g0.setRooted( true );
7626             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7627             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7631                 return false;
7632             }
7633             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7634                 return false;
7635             }
7636             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7637             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7638             g0.setRooted( true );
7639             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7640             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7650                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7651                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7652                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7653             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7654             g0.setRooted( true );
7655             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7656             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7678                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7679                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7680                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7681             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7682             g0.setRooted( true );
7683             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7684             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7706                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7707                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7708                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7709             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7710             g0.setRooted( true );
7711             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7712             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7734                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7735                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7736                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7737             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7738             g0.setRooted( true );
7739             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7740             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7762                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7763                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7764                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7765             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7766             s0.setRooted( true );
7767             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7768                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7769                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7770                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7771             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7772             g0.setRooted( true );
7773             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7774             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780         }
7781         catch ( final Exception e ) {
7782             e.printStackTrace( System.out );
7783             return false;
7784         }
7785         return true;
7786     }
7787
7788     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7789         try {
7790             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7791                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7792             if ( results.size() != 1 ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             results = null;
7811             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7812             if ( results.size() != 1 ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7822                 return false;
7823             }
7824             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             results = null;
7831             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7832             if ( results.size() != 1 ) {
7833                 return false;
7834             }
7835             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             results = null;
7851             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7852             if ( results.size() != 1 ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7877                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7878                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7879                 return false;
7880             }
7881         }
7882         catch ( final IOException e ) {
7883             System.out.println();
7884             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7885             e.printStackTrace( System.out );
7886             return true;
7887         }
7888         catch ( final Exception e ) {
7889             return false;
7890         }
7891         return true;
7892     }
7893
7894     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7895         //The format for GenBank Accession numbers are:
7896         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7897         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7898         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7899         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7900             return false;
7901         }
7902         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7903             return false;
7904         }
7905         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7906             return false;
7907         }
7908         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7909             return false;
7910         }
7911         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7912             return false;
7913         }
7914         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7915             return false;
7916         }
7917         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7918             return false;
7919         }
7920         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7921             return false;
7922         }
7923         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7924             return false;
7925         }
7926         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7927             return false;
7928         }
7929         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7930             return false;
7931         }
7932         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7933             return false;
7934         }
7935         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7936             return false;
7937         }
7938         return true;
7939     }
7940
7941     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7942         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7943             return false;
7944         }
7945         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7946             return false;
7947         }
7948         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7949             return false;
7950         }
7951         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7952             return false;
7953         }
7954         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7955             return false;
7956         }
7957         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7958             return false;
7959         }
7960         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7961             return false;
7962         }
7963         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7964             return false;
7965         }
7966         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7967             return false;
7968         }
7969         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7970             return false;
7971         }
7972         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7973             return false;
7974         }
7975         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7976             return false;
7977         }
7978         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7979             return false;
7980         }
7981         try {
7982             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7983             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7996                 return false;
7997             }
7998         }
7999         catch ( final IOException e ) {
8000             System.out.println();
8001             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8002             e.printStackTrace( System.out );
8003             return true;
8004         }
8005         catch ( final Exception e ) {
8006             return false;
8007         }
8008         return true;
8009     }
8010
8011     private static boolean testWabiTxSearch() {
8012         try {
8013             String result = "";
8014             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8015             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8016             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8020             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8024             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8028             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8032             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8033                 return false;
8034             }
8035             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8036             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8040             queries.add( "Campylobacter coli" );
8041             queries.add( "Escherichia coli" );
8042             queries.add( "Arabidopsis" );
8043             queries.add( "Trichoplax" );
8044             queries.add( "Samanea saman" );
8045             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8046             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8047             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8048             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8049             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8050             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8051             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8052             ranks.add( RANKS.GENUS );
8053             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8054             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8055             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8056             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8057         }
8058         catch ( final Exception e ) {
8059             System.out.println();
8060             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8061             e.printStackTrace( System.out );
8062             return false;
8063         }
8064         return true;
8065     }
8066
8067     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8068         try {
8069             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8070             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8083             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8087             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8091             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094         }
8095         catch ( final Exception e ) {
8096             e.printStackTrace();
8097             return false;
8098         }
8099         return true;
8100     }
8101
8102     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8103         try {
8104             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8105             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8106                 return false;
8107             }
8108             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8112             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8116                 return false;
8117             }
8118         }
8119         catch ( final Exception e ) {
8120             e.printStackTrace();
8121             return false;
8122         }
8123         return true;
8124     }
8125
8126     private static boolean testFastaParser() {
8127         try {
8128             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8135             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8151                 return false;
8152             }
8153         }
8154         catch ( final Exception e ) {
8155             e.printStackTrace();
8156             return false;
8157         }
8158         return true;
8159     }
8160
8161     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8162         try {
8163             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8164             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8165             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8166             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8167             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8168             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8169             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8170             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8171             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8172             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8173                 return false;
8174             }
8175             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8182             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8192             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201         }
8202         catch ( final Exception e ) {
8203             e.printStackTrace();
8204             return false;
8205         }
8206         return true;
8207     }
8208
8209     private static boolean testMafft() {
8210         try {
8211             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8212             opts.add( "--maxiterate" );
8213             opts.add( "1000" );
8214             opts.add( "--localpair" );
8215             opts.add( "--quiet" );
8216             Msa msa = null;
8217             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8218             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8219             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222         }
8223         catch ( final Exception e ) {
8224             e.printStackTrace( System.out );
8225             return false;
8226         }
8227         return true;
8228     }
8229
8230     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8231         try {
8232             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8233             PhylogenyNode n;
8234             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8235             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8236             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8237             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8238             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8239             n = t0.getFirstExternalNode();
8240             while ( n != null ) {
8241                 ext.add( n );
8242                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8243             }
8244             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             ext.clear();
8263             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8264             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8265             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8266             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8267             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8268             n = t1.getNode( "ab" );
8269             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8270             while ( n != null ) {
8271                 ext.add( n );
8272                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8273             }
8274             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             //
8290             //
8291             ext.clear();
8292             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8293             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8294             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8295             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8296             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8297             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8298             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8299             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8300             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8301             n = t2.getNode( "ab" );
8302             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8303             while ( n != null ) {
8304                 ext.add( n );
8305                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8306             }
8307             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8317                 return false;
8318             }
8319             //
8320             //
8321             ext.clear();
8322             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8323             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8324             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8325             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8326             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8327             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8328             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8329             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8330             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8331             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8332             n = t3.getNode( "ab" );
8333             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8334             while ( n != null ) {
8335                 ext.add( n );
8336                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8337             }
8338             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             //
8348             //
8349             ext.clear();
8350             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8351             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8352             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8353             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8354             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8355             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8356             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8357             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8358             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8359             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8360             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8361             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8362             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             //
8366             //
8367             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8368             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8369             ext.clear();
8370             n = t5.getFirstExternalNode();
8371             while ( n != null ) {
8372                 ext.add( n );
8373                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8374             }
8375             if ( ext.size() != 8 ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8379                 return false;
8380             }
8381             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8382                 return false;
8383             }
8384             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8388                 return false;
8389             }
8390             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8391                 return false;
8392             }
8393             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8394                 return false;
8395             }
8396             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             //
8403             //
8404             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8405             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8406             ext.clear();
8407             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8408             n = t6.getNode( "ab" );
8409             while ( n != null ) {
8410                 ext.add( n );
8411                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8412             }
8413             if ( ext.size() != 7 ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             //
8438             //
8439             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8440             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8441             ext.clear();
8442             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8443             n = t7.getNode( "a" );
8444             while ( n != null ) {
8445                 ext.add( n );
8446                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8447             }
8448             if ( ext.size() != 7 ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472             //
8473             //
8474             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8475             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8476             ext.clear();
8477             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8478             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8479             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8480             n = t8.getNode( "a" );
8481             while ( n != null ) {
8482                 ext.add( n );
8483                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8484             }
8485             if ( ext.size() != 7 ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8489                 return false;
8490             }
8491             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8495                 System.out.println( "2 fail" );
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8502                 return false;
8503             }
8504             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8505                 return false;
8506             }
8507             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             //
8511             //
8512             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8513             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8514             ext.clear();
8515             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8516             n = t9.getNode( "a" );
8517             while ( n != null ) {
8518                 ext.add( n );
8519                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8520             }
8521             if ( ext.size() != 7 ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             //
8546             //
8547             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8548             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8549             ext.clear();
8550             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8551             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8552             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8553             n = t10.getNode( "a" );
8554             while ( n != null ) {
8555                 ext.add( n );
8556                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8557             }
8558             if ( ext.size() != 7 ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             //
8583             //
8584             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8585             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8586             ext.clear();
8587             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8588             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8589             n = t11.getNode( "a" );
8590             while ( n != null ) {
8591                 ext.add( n );
8592                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8593             }
8594             if ( ext.size() != 6 ) {
8595                 return false;
8596             }
8597             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             //
8616             //
8617             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8618             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8619             ext.clear();
8620             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8621             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8622             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8623             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8624             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8625             n = t12.getNode( "a" );
8626             while ( n != null ) {
8627                 ext.add( n );
8628                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8629             }
8630             if ( ext.size() != 6 ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             //
8652             //
8653             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8654             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8655             ext.clear();
8656             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8657             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8658             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8659             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8660             n = t13.getNode( "ab" );
8661             while ( n != null ) {
8662                 ext.add( n );
8663                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8664             }
8665             if ( ext.size() != 5 ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8678                 return false;
8679             }
8680             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             //
8684             //
8685             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8686             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8687             ext.clear();
8688             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8689             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8690             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8691             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8692             n = t14.getNode( "ab" );
8693             while ( n != null ) {
8694                 ext.add( n );
8695                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8696             }
8697             if ( ext.size() != 5 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8704                 return false;
8705             }
8706             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8710                 return false;
8711             }
8712             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             //
8716             //
8717             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8718             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8719             ext.clear();
8720             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8721             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8722             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8723             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8724             n = t15.getNode( "ab" );
8725             while ( n != null ) {
8726                 ext.add( n );
8727                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8728             }
8729             if ( ext.size() != 6 ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8736                 return false;
8737             }
8738             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8739                 return false;
8740             }
8741             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             //
8751             //
8752             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8753             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8754             ext.clear();
8755             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8756             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8757             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8758             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8759             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8760             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8761             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8762             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8763             n = t16.getNode( "ab" );
8764             while ( n != null ) {
8765                 ext.add( n );
8766                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8767             }
8768             if ( ext.size() != 4 ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783         }
8784         catch ( final Exception e ) {
8785             e.printStackTrace( System.out );
8786             return false;
8787         }
8788         return true;
8789     }
8790 }