forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  45 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  48 import org.forester.go.TestGo;
  49 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  58 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  59 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  60 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  61 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  62 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  63 import org.forester.msa.BasicMsa;
  64 import org.forester.msa.Mafft;
  65 import org.forester.msa.Msa;
  66 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  67 import org.forester.msa.MsaMethods;
  68 import org.forester.pccx.TestPccx;
  69 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  80 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  86 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  89 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  90 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  94 import org.forester.protein.BasicDomain;
  95 import org.forester.protein.BasicProtein;
  96 import org.forester.protein.Domain;
  97 import org.forester.protein.Protein;
  98 import org.forester.protein.ProteinId;
  99 import org.forester.rio.TestRIO;
 100 import org.forester.sdi.SDI;
 101 import org.forester.sdi.SDIR;
 102 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 103 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 104 import org.forester.sequence.Sequence;
 105 import org.forester.species.BasicSpecies;
 106 import org.forester.species.Species;
 107 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 108 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 109 import org.forester.tools.SupportCount;
 110 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 111 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 112 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 113 import org.forester.util.BasicTable;
 114 import org.forester.util.BasicTableParser;
 115 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 116 import org.forester.util.ForesterConstants;
 117 import org.forester.util.ForesterUtil;
 118 import org.forester.util.GeneralTable;
 119 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 122 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 127
 128 @SuppressWarnings( "unused")
 129 public final class Test {
 130
 131     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 132                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 134     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 135                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 137     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 138     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 139                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 140                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 141     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 144     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 145     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 146
 147     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 148         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 149     }
 150
 151     public static void main( final String[] args ) {
 152         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 153         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 154                 + "]" );
 155         Locale.setDefault( Locale.US );
 156         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 157         int failed = 0;
 158         int succeeded = 0;
 159         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 160         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 169         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 170             System.out.println( "OK.]" );
 171         }
 172         else {
 173             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 174             System.out.println( "Testing aborted." );
 175             System.exit( -1 );
 176         }
 177         final long start_time = new Date().getTime();
 178         System.out.print( "Basic node methods: " );
 179         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Protein id: " );
 188         if ( !testProteinId() ) {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         else {
 193             succeeded++;
 194         }
 195         System.out.println( "OK." );
 196         System.out.print( "Species: " );
 197         if ( !testSpecies() ) {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         else {
 202             succeeded++;
 203         }
 204         System.out.println( "OK." );
 205         System.out.print( "Basic domain: " );
 206         if ( !testBasicDomain() ) {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         else {
 211             succeeded++;
 212         }
 213         System.out.println( "OK." );
 214         System.out.print( "Basic protein: " );
 215         if ( !testBasicProtein() ) {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         else {
 220             succeeded++;
 221         }
 222         System.out.println( "OK." );
 223         System.out.print( "Sequence writer: " );
 224         if ( testSequenceWriter() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 233         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 242         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 251         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 260             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 261             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 262                 System.out.println( "OK." );
 263                 succeeded++;
 264             }
 265             else {
 266                 System.out.println( "failed." );
 267                 failed++;
 268             }
 269         }
 270         // System.exit( 0 );
 271         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 272             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 273             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 274                 System.out.println( "OK." );
 275                 succeeded++;
 276             }
 277             else {
 278                 System.out.println( "failed." );
 279                 failed++;
 280                 System.exit( -1 );
 281             }
 282         }
 283         // System.exit( 0 );
 284         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 285         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 286             System.out.println( "OK." );
 287             succeeded++;
 288         }
 289         else {
 290             System.out.println( "failed." );
 291             failed++;
 292         }
 293         //
 294         System.out.print( "Overlap removal: " );
 295         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 296             System.out.println( "failed." );
 297             failed++;
 298         }
 299         else {
 300             succeeded++;
 301         }
 302         System.out.println( "OK." );
 303         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 304         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 305             System.out.println( "failed." );
 306             failed++;
 307         }
 308         else {
 309             succeeded++;
 310         }
 311         System.out.println( "OK." );
 312         //
 313         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 314         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "SN extraction: " );
 323         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 332         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 341         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 350         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 359         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "NH parsing: " );
 368         if ( Test.testNHParsing() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 377         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "NHX parsing: " );
 386         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 395         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 404         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 413         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 422         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 431         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 440         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 449         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 458         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 467         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 476         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 485         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 494         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Copying of node data: " );
 503         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "Tree copy: " );
 512         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 521         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "Tree methods: " );
 530         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 539         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 540             System.out.println( "OK." );
 541             succeeded++;
 542         }
 543         else {
 544             System.out.println( "failed." );
 545             failed++;
 546         }
 547         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 548         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 549             System.out.println( "OK." );
 550             succeeded++;
 551         }
 552         else {
 553             System.out.println( "failed." );
 554             failed++;
 555         }
 556         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 557         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 558             System.out.println( "OK." );
 559             succeeded++;
 560         }
 561         else {
 562             System.out.println( "failed." );
 563             failed++;
 564         }
 565         System.out.print( "Re-id methods: " );
 566         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 575         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 584         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 593         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 602         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 611         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Rerooting: " );
 620         if ( Test.testRerooting() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 629         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Node removal: " );
 638         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "Support count: " );
 647         if ( Test.testSupportCount() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Support transfer: " );
 656         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 665         if ( Test.testGetLCA() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 674         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 683         if ( Test.testGetDistance() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 692         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 701         if ( Test.testDataObjects() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Properties map: " );
 710         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         System.out.print( "SDIse: " );
 719         if ( Test.testSDIse() ) {
 720             System.out.println( "OK." );
 721             succeeded++;
 722         }
 723         else {
 724             System.out.println( "failed." );
 725             failed++;
 726         }
 727         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 728         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 729             System.out.println( "OK." );
 730             succeeded++;
 731         }
 732         else {
 733             System.out.println( "failed." );
 734             failed++;
 735         }
 736         System.out.print( "GSDI: " );
 737         if ( TestGSDI.test() ) {
 738             System.out.println( "OK." );
 739             succeeded++;
 740         }
 741         else {
 742             System.out.println( "failed." );
 743             failed++;
 744         }
 745         System.out.print( "RIO: " );
 746         if ( TestRIO.test() ) {
 747             System.out.println( "OK." );
 748             succeeded++;
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "failed." );
 752             failed++;
 753         }
 754         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 755         System.out.println();
 756         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 757             System.out.println( "OK." );
 758             succeeded++;
 759         }
 760         else {
 761             System.out.println( "failed." );
 762             failed++;
 763         }
 764         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 765         System.out.println();
 766         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 767             System.out.println( "OK." );
 768             succeeded++;
 769         }
 770         else {
 771             System.out.println( "failed." );
 772             failed++;
 773         }
 774         System.out.print( "GO: " );
 775         System.out.println();
 776         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 777             System.out.println( "OK." );
 778             succeeded++;
 779         }
 780         else {
 781             System.out.println( "failed." );
 782             failed++;
 783         }
 784         System.out.print( "Modeling tools: " );
 785         if ( TestPccx.test() ) {
 786             System.out.println( "OK." );
 787             succeeded++;
 788         }
 789         else {
 790             System.out.println( "failed." );
 791             failed++;
 792         }
 793         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 794         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 795             System.out.println( "OK." );
 796             succeeded++;
 797         }
 798         else {
 799             System.out.println( "failed." );
 800             failed++;
 801         }
 802         System.out.print( "Split Matrix: " );
 803         if ( Test.testSplit() ) {
 804             System.out.println( "OK." );
 805             succeeded++;
 806         }
 807         else {
 808             System.out.println( "failed." );
 809             failed++;
 810         }
 811         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 812         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 813             System.out.println( "OK." );
 814             succeeded++;
 815         }
 816         else {
 817             System.out.println( "failed." );
 818             failed++;
 819         }
 820         System.out.print( "Basic table: " );
 821         if ( Test.testBasicTable() ) {
 822             System.out.println( "OK." );
 823             succeeded++;
 824         }
 825         else {
 826             System.out.println( "failed." );
 827             failed++;
 828         }
 829         System.out.print( "General table: " );
 830         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 831             System.out.println( "OK." );
 832             succeeded++;
 833         }
 834         else {
 835             System.out.println( "failed." );
 836             failed++;
 837         }
 838         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 839         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 840             System.out.println( "OK." );
 841             succeeded++;
 842         }
 843         else {
 844             System.out.println( "failed." );
 845             failed++;
 846         }
 847         System.out.print( "General MSA parser: " );
 848         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 849             System.out.println( "OK." );
 850             succeeded++;
 851         }
 852         else {
 853             System.out.println( "failed." );
 854             failed++;
 855         }
 856         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 857         if ( Test.testFastaParser() ) {
 858             System.out.println( "OK." );
 859             succeeded++;
 860         }
 861         else {
 862             System.out.println( "failed." );
 863             failed++;
 864         }
 865         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 866         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 867             System.out.println( "OK." );
 868             succeeded++;
 869         }
 870         else {
 871             System.out.println( "failed." );
 872             failed++;
 873         }
 874         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
 875         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
 876             System.out.println( "OK." );
 877             succeeded++;
 878         }
 879         else {
 880             System.out.println( "failed." );
 881             failed++;
 882         }
 883         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 884             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 885             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 886                 System.out.println( "OK." );
 887                 succeeded++;
 888             }
 889             else {
 890                 System.out.println( "failed." );
 891                 failed++;
 892             }
 893         }
 894         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 895             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 896             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 897                 System.out.println( "OK." );
 898                 succeeded++;
 899             }
 900             else {
 901                 System.out.println( "failed." );
 902                 failed++;
 903             }
 904         }
 905         //----
 906         String path = "";
 907         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 908         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 909             path = "/usr/local/bin/mafft";
 910         }
 911         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 912             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 913         }
 914         else {
 915             path = "mafft";
 916             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 917                 path = "/usr/bin/mafft";
 918             }
 919             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 920                 path = "/usr/local/bin/mafft";
 921             }
 922         }
 923         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 924             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 925             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 926                 System.out.println( "OK." );
 927                 succeeded++;
 928             }
 929             else {
 930                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 931             }
 932         }
 933         //----
 934         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 935         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 936             System.out.println( "OK." );
 937             succeeded++;
 938         }
 939         else {
 940             System.out.println( "failed." );
 941             failed++;
 942         }
 943         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 944         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 945             System.out.println( "OK." );
 946             succeeded++;
 947         }
 948         else {
 949             System.out.println( "failed." );
 950             failed++;
 951         }
 952         System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
 953         if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
 954             System.out.println( "OK." );
 955             succeeded++;
 956         }
 957         else {
 958             System.out.println( "failed." );
 959             failed++;
 960         }
 961         System.out.print( "phyloXML parsing from URL: " );
 962         if ( Test.testPhyloXMLparsingFromURL() ) {
 963             System.out.println( "OK." );
 964             succeeded++;
 965         }
 966         else {
 967             System.out.println( "failed." );
 968             failed++;
 969         }
 970         System.out.print( "TreeBase parsing from URL: " );
 971         if ( Test.testTreeBaseReading() ) {
 972             System.out.println( "OK." );
 973             succeeded++;
 974         }
 975         else {
 976             System.out.println( "failed." );
 977             failed++;
 978         }
 979         System.out.println();
 980         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 981         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 982         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 983         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 984                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 985         System.out.println();
 986         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 987         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 988         System.out.println();
 989         if ( failed < 1 ) {
 990             System.out.println( "OK." );
 991         }
 992         else {
 993             System.out.println( "Not OK." );
 994         }
 995     }
 996
 997     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 998         try {
 999             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1000             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1001             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1002             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1003             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1004             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1005             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1006             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1007             covered.add( true ); // 0
1008             covered.add( false ); // 1
1009             covered.add( true ); // 2
1010             covered.add( false ); // 3
1011             covered.add( true ); // 4
1012             covered.add( true ); // 5
1013             covered.add( false ); // 6
1014             covered.add( true ); // 7
1015             covered.add( true ); // 8
1016             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1038             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1039             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1040             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
1041             abc.addProteinDomain( a );
1042             abc.addProteinDomain( b );
1043             abc.addProteinDomain( c );
1044             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
1045             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
1046             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1062             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1063             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1064             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
1065             def.addProteinDomain( d );
1066             def.addProteinDomain( e );
1067             def.addProteinDomain( f );
1068             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
1069             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
1070             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
1086                 return false;
1087             }
1088         }
1089         catch ( final Exception e ) {
1090             e.printStackTrace( System.out );
1091             return false;
1092         }
1093         return true;
1094     }
1095
1096     public static final boolean testPhyloXMLparsingFromURL() {
1097         try {
1098             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/archaeopteryx_a/apaf_bcl2.xml";
1099             final URL u = new URL( s );
1100             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1101             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser() );
1102             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 2 ) ) {
1103                 return false;
1104             }
1105         }
1106         catch ( final Exception e ) {
1107             e.printStackTrace();
1108         }
1109         return true;
1110     }
1111
1112     public static final boolean testTreeBaseReading() {
1113         try {
1114             final String s = "http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr825?format=nexus";
1115             final URL u = new URL( s );
1116             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
1117             parser.setReplaceUnderscores( true );
1118             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1119             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1120             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1121                 return false;
1122             }
1123         }
1124         catch ( final Exception e ) {
1125             e.printStackTrace();
1126         }
1127         return true;
1128     }
1129
1130     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
1131         try {
1132             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
1133             final URL u = new URL( s );
1134             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1135             final Phylogeny[] phys = factory.create( u, new NHXParser() );
1136             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 5 ) ) {
1137                 return false;
1138             }
1139             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1140                 System.out.println( phys[ 0 ].toNewHampshire() );
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( !phys[ 1 ].toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1144                 System.out.println( phys[ 1 ].toNewHampshire() );
1145                 return false;
1146             }
1147             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
1148             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 5 ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1152                 System.out.println( phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
1153                 return false;
1154             }
1155             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1156             final NHXParser p = new NHXParser();
1157             final URL u2 = new URL( s );
1158             p.setSource( u2 );
1159             if ( !p.hasNext() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !p.hasNext() ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             p.reset();
1169             if ( !p.hasNext() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             p.reset();
1179             if ( !p.hasNext() ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188         }
1189         catch ( final Exception e ) {
1190             e.printStackTrace();
1191         }
1192         return true;
1193     }
1194
1195     public static boolean testOverlapRemoval() {
1196         try {
1197             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1198             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1199             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1200             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1201             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1202             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1203             covered.add( true ); // 0
1204             covered.add( false ); // 1
1205             covered.add( true ); // 2
1206             covered.add( false ); // 3
1207             covered.add( true ); // 4
1208             covered.add( true ); // 5
1209             covered.add( false ); // 6
1210             covered.add( true ); // 7
1211             covered.add( true ); // 8
1212             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
1228             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
1229             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
1230             ab.addProteinDomain( a );
1231             ab.addProteinDomain( b );
1232             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
1233             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
1243             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1250             final Domain d = new BasicDomain( "d",
1251                                               ( short ) 10000,
1252                                               ( short ) 10500,
1253                                               ( short ) 1,
1254                                               ( short ) 1,
1255                                               0.0000001,
1256                                               1 );
1257             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1258             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
1259             cde.addProteinDomain( c );
1260             cde.addProteinDomain( d );
1261             cde.addProteinDomain( e );
1262             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
1263             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1270             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1271             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1272             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
1273             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
1274             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
1275             fghi.addProteinDomain( f );
1276             fghi.addProteinDomain( g );
1277             fghi.addProteinDomain( h );
1278             fghi.addProteinDomain( i );
1279             fghi.addProteinDomain( i );
1280             fghi.addProteinDomain( i );
1281             fghi.addProteinDomain( i2 );
1282             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
1283             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
1293             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1300             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1301             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1302             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1303             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1304             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1305             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1306             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
1307             jklm.addProteinDomain( j );
1308             jklm.addProteinDomain( k );
1309             jklm.addProteinDomain( l );
1310             jklm.addProteinDomain( m );
1311             jklm.addProteinDomain( m0 );
1312             jklm.addProteinDomain( m1 );
1313             jklm.addProteinDomain( m2 );
1314             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
1315             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
1325             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1332             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
1333             od.addProteinDomain( only );
1334             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
1335             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1339                 return false;
1340             }
1341         }
1342         catch ( final Exception e ) {
1343             e.printStackTrace( System.out );
1344             return false;
1345         }
1346         return true;
1347     }
1348
1349     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1350         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1351         return p;
1352     }
1353
1354     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1355         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1356     }
1357
1358     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1359         try {
1360             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1361             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1374             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1378             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1379                 return false;
1380             }
1381             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1382             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385         }
1386         catch ( final Exception e ) {
1387             e.printStackTrace();
1388             return false;
1389         }
1390         return true;
1391     }
1392
1393     private static boolean testBasicDomain() {
1394         try {
1395             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1396             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1409             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1410             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1411             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1412             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1413             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1441                 return false;
1442             }
1443         }
1444         catch ( final Exception e ) {
1445             e.printStackTrace( System.out );
1446             return false;
1447         }
1448         return true;
1449     }
1450
1451     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1452         try {
1453             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1457             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1458                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1459             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1460                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1461             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1462                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1463             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !n3.isExternal() ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( !n3.isRoot() ) {
1479                 return false;
1480             }
1481             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484         }
1485         catch ( final Exception e ) {
1486             e.printStackTrace( System.out );
1487             return false;
1488         }
1489         return true;
1490     }
1491
1492     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1493         try {
1494             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1495             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1496             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1497                                                               xml_parser );
1498             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1499                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1503                 return false;
1504             }
1505             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1506             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1507             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1508             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1509             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1510                 return false;
1511             }
1512             if ( !t1.isRooted() ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( t1.isRerootable() ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1543                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1547                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1575                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1576                 return false;
1577             }
1578             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1579                 return false;
1580             }
1581             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1582                 return false;
1583             }
1584             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1588                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1592                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1596                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1600                     .equals( "experimental" ) ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1604                     .equals( "function" ) ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1608                     .getValue() != 1 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1612                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1616                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1620                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1624                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1628                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1632                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1636                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1640                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1641                 return false;
1642             }
1643             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1644                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1648                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1655                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1662             if ( x.size() != 4 ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             int c = 0;
1666             for( final Accession acc : x ) {
1667                 if ( c == 0 ) {
1668                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1669                         return false;
1670                     }
1671                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1672                         return false;
1673                     }
1674                 }
1675                 c++;
1676             }
1677         }
1678         catch ( final Exception e ) {
1679             e.printStackTrace( System.out );
1680             return false;
1681         }
1682         return true;
1683     }
1684
1685     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1686         try {
1687             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1688             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1689             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1690                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1691             }
1692             else {
1693                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1694             }
1695             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1696                                                               xml_parser );
1697             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1698                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1705             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1706             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1710             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1723             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1724             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1725             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1738                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1742                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1746             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1747             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1748             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1749             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1753             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1769                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1779                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1783                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1787                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1791                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1795                     .equals( "experimental" ) ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1799                     .equals( "function" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1803                     .getValue() != 1 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1807                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1811                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1815                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1819                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1823                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1827                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1831                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1835                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1839                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1843                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1850                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1860                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1876                     .equals( "ncbi" ) ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1883                     .getName().equals( "B" ) ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1887                     .getFrom() != 21 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1894                     .getLength() != 24 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1898                     .getConfidence() != 2144 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1902                     .equals( "pfam" ) ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1906                 return false;
1907             }
1908             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1912                 return false;
1913             }
1914             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1918             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1955                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1959                 return false;
1960             }
1961             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1968                 return false;
1969             }
1970             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1974                 return false;
1975             }
1976             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1977                 return false;
1978             }
1979             //
1980             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1984                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1991                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2001                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
2005                     .getCrossReferences();
2006             if ( x.size() != 4 ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             int c = 0;
2010             for( final Accession acc : x ) {
2011                 if ( c == 0 ) {
2012                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
2013                         return false;
2014                     }
2015                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
2016                         return false;
2017                     }
2018                 }
2019                 c++;
2020             }
2021         }
2022         catch ( final Exception e ) {
2023             e.printStackTrace( System.out );
2024             return false;
2025         }
2026         return true;
2027     }
2028
2029     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
2030         try {
2031             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2032             PhyloXmlParser xml_parser = null;
2033             try {
2034                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
2035             }
2036             catch ( final Exception e ) {
2037                 // Do nothing -- means were not running from jar.
2038             }
2039             if ( xml_parser == null ) {
2040                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
2041                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
2042                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
2043                 }
2044                 else {
2045                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
2046                 }
2047             }
2048             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
2049                                                               xml_parser );
2050             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2051                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2052                 return false;
2053             }
2054             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2058             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
2059             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
2060             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
2061             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
2062                 return false;
2063             }
2064             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
2065                 return false;
2066             }
2067             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
2068                 return false;
2069             }
2070             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2083             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2084             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2085                 System.out.println( "errors:" );
2086                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2093                                                               xml_parser );
2094             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2095                 System.out.println( "errors:" );
2096                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2106                                                               xml_parser );
2107             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2108                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2115             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2116                 return false;
2117             }
2118             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2128                                                               xml_parser );
2129             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2130                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2131                 return false;
2132             }
2133             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2134                 return false;
2135             }
2136             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2137             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2138                 return false;
2139             }
2140             s.getNode( "first" );
2141             s.getNode( "<>" );
2142             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2143             s.getNode( "'''\"" );
2144             s.getNode( "\"\"\"" );
2145             s.getNode( "dick & doof" );
2146         }
2147         catch ( final Exception e ) {
2148             e.printStackTrace( System.out );
2149             return false;
2150         }
2151         return true;
2152     }
2153
2154     private static boolean testBasicProtein() {
2155         try {
2156             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2157             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2158             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2159             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2160             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2161             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2162             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2163             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2164             p0.addProteinDomain( y );
2165             p0.addProteinDomain( e );
2166             p0.addProteinDomain( b );
2167             p0.addProteinDomain( c );
2168             p0.addProteinDomain( d );
2169             p0.addProteinDomain( a );
2170             p0.addProteinDomain( x );
2171             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2172                 return false;
2173             }
2174             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             //
2178             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2179             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2180             aa0.addProteinDomain( a1 );
2181             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             //
2188             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2189             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2190             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2191             aa1.addProteinDomain( a11 );
2192             aa1.addProteinDomain( a12 );
2193             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2194                 return false;
2195             }
2196             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2200             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2204                 return false;
2205             }
2206             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2207                 return false;
2208             }
2209             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2210             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2223             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2236             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             //
2249             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2250             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2251             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2252             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2253             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2254             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2255             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2256             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2257             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2258             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2259             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2260             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2261             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2262             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2263             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2264             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2265             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2266             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2267             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2268             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2269             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2270             p00.addProteinDomain( y0 );
2271             p00.addProteinDomain( e0 );
2272             p00.addProteinDomain( b0 );
2273             p00.addProteinDomain( c0 );
2274             p00.addProteinDomain( d0 );
2275             p00.addProteinDomain( a0 );
2276             p00.addProteinDomain( x0 );
2277             p00.addProteinDomain( y1 );
2278             p00.addProteinDomain( y2 );
2279             p00.addProteinDomain( y3 );
2280             p00.addProteinDomain( e1 );
2281             p00.addProteinDomain( e2 );
2282             p00.addProteinDomain( e3 );
2283             p00.addProteinDomain( e4 );
2284             p00.addProteinDomain( e5 );
2285             p00.addProteinDomain( z0 );
2286             p00.addProteinDomain( z1 );
2287             p00.addProteinDomain( z2 );
2288             p00.addProteinDomain( zz0 );
2289             p00.addProteinDomain( zz1 );
2290             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2306             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2307             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2308             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2309             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2310             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2311             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2312             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2313             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2314             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2315             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2316             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2317             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2318             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2319             p.addProteinDomain( B15 );
2320             p.addProteinDomain( C50 );
2321             p.addProteinDomain( A60 );
2322             p.addProteinDomain( A30 );
2323             p.addProteinDomain( C70 );
2324             p.addProteinDomain( B35 );
2325             p.addProteinDomain( B40 );
2326             p.addProteinDomain( A0 );
2327             p.addProteinDomain( A10 );
2328             p.addProteinDomain( A20 );
2329             p.addProteinDomain( B25 );
2330             p.addProteinDomain( D80 );
2331             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2332             domains_ids.add( "A" );
2333             domains_ids.add( "B" );
2334             domains_ids.add( "C" );
2335             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             domains_ids.add( "X" );
2342             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             domains_ids = new ArrayList<String>();
2349             domains_ids.add( "A" );
2350             domains_ids.add( "C" );
2351             domains_ids.add( "D" );
2352             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             domains_ids = new ArrayList<String>();
2359             domains_ids.add( "A" );
2360             domains_ids.add( "D" );
2361             domains_ids.add( "C" );
2362             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             domains_ids = new ArrayList<String>();
2369             domains_ids.add( "A" );
2370             domains_ids.add( "A" );
2371             domains_ids.add( "B" );
2372             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             domains_ids = new ArrayList<String>();
2379             domains_ids.add( "A" );
2380             domains_ids.add( "A" );
2381             domains_ids.add( "A" );
2382             domains_ids.add( "B" );
2383             domains_ids.add( "B" );
2384             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             domains_ids = new ArrayList<String>();
2391             domains_ids.add( "A" );
2392             domains_ids.add( "A" );
2393             domains_ids.add( "B" );
2394             domains_ids.add( "A" );
2395             domains_ids.add( "B" );
2396             domains_ids.add( "B" );
2397             domains_ids.add( "A" );
2398             domains_ids.add( "B" );
2399             domains_ids.add( "C" );
2400             domains_ids.add( "A" );
2401             domains_ids.add( "C" );
2402             domains_ids.add( "D" );
2403             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2407                 return false;
2408             }
2409         }
2410         catch ( final Exception e ) {
2411             e.printStackTrace( System.out );
2412             return false;
2413         }
2414         return true;
2415     }
2416
2417     private static boolean testBasicTable() {
2418         try {
2419             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2420             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2427             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2428             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2429             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2430             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2431             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2432             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2433             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2434             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2441                 return false;
2442             }
2443             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2465             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2466             source.append( "" + l );
2467             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2468             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2469             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2470             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2471             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2472             source.append( "40 41 42 43" + l );
2473             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2474             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2475             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2476             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2495             source1.append( "" + l );
2496             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2497             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2498             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2499             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2500             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2501             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2502             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2503             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2504             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2505             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2530             source2.append( "" + l );
2531             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2532             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2533             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2534             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2535             source2.append( "                     " + l );
2536             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2537             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2538             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2539             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2540             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2541                                                                         ';',
2542                                                                         false,
2543                                                                         false,
2544                                                                         "comment:",
2545                                                                         false );
2546             if ( tl.size() != 2 ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2550             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2551             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569         }
2570         catch ( final Exception e ) {
2571             e.printStackTrace( System.out );
2572             return false;
2573         }
2574         return true;
2575     }
2576
2577     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2578         try {
2579             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2580             final TolParser parser = new TolParser();
2581             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2582             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2583                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2584                 return false;
2585             }
2586             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2590             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             if ( !t1.isRooted() ) {
2594                 return false;
2595             }
2596             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2609             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2610                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2617             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             if ( !t2.isRooted() ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2639                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2643             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2644                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2645                 return false;
2646             }
2647             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2651             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2664             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2665                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2672             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2682                 return false;
2683             }
2684             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2685             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2686                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2687                 return false;
2688             }
2689             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2693             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2703                 return false;
2704             }
2705         }
2706         catch ( final Exception e ) {
2707             e.printStackTrace( System.out );
2708             return false;
2709         }
2710         return true;
2711     }
2712
2713     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2714         try {
2715             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2716             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2717             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( t2.isEmpty() ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2730             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2740             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2741             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2751             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2752             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2759             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2760             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2761                 return false;
2762             }
2763             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2764             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2765             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2769             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2770             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2774                 return false;
2775             }
2776             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2777             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2778             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2782             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2783             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786         }
2787         catch ( final Exception e ) {
2788             e.printStackTrace( System.out );
2789             return false;
2790         }
2791         return true;
2792     }
2793
2794     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2795         try {
2796             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2797             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2798             final Phylogeny[] ev0 = factory
2799                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2800                              new NHXParser() );
2801             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2802             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2803                 return false;
2804             }
2805             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2806                 return false;
2807             }
2808             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2809             final Phylogeny[] ev1 = factory
2810                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2811                              new NHXParser() );
2812             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2813             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2820             final Phylogeny[] ev_b = factory
2821                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2822                              new NHXParser() );
2823             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2824             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2828                 return false;
2829             }
2830             //
2831             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2832             final Phylogeny[] ev1x = factory
2833                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2834                              new NHXParser() );
2835             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2836             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2840                 return false;
2841             }
2842             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2843             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2844                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2845                              new NHXParser() );
2846             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2847             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             //
2854             final Phylogeny[] t2 = factory
2855                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2856                              new NHXParser() );
2857             final Phylogeny[] ev2 = factory
2858                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2859                              new NHXParser() );
2860             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2861                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2862             }
2863             //
2864             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2865                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2866             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2867             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2868             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2875                 return false;
2876             }
2877         }
2878         catch ( final Exception e ) {
2879             e.printStackTrace();
2880             return false;
2881         }
2882         return true;
2883     }
2884
2885     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2886         try {
2887             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2888                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2889             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2890             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2891                 return false;
2892             }
2893         }
2894         catch ( final Exception e ) {
2895             e.printStackTrace();
2896             return false;
2897         }
2898         return true;
2899     }
2900
2901     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2902         try {
2903             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2904             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2908                 return false;
2909             }
2910             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2911             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2915                 return false;
2916             }
2917         }
2918         catch ( final Exception e ) {
2919             e.printStackTrace();
2920             return false;
2921         }
2922         return true;
2923     }
2924
2925     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2926         try {
2927             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2928             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2929             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2933             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             n.setName( "NP_001025424" );
2937             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             n.setName( "_NM_001030253-" );
2941             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             n.setName( "XM_002122186" );
2945             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2949             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             n.setName( "AAA34956" );
2953             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             n.setName( "GI:394892" );
2957             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2958                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2959                 return false;
2960             }
2961             n.setName( "gi_394892" );
2962             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2963                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2964                 return false;
2965             }
2966             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2967             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2968                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2969                 return false;
2970             }
2971             n.setName( "P12345" );
2972             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2973                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2974                 return false;
2975             }
2976             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2977             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2978                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2979                 return false;
2980             }
2981         }
2982         catch ( final Exception e ) {
2983             e.printStackTrace( System.out );
2984             return false;
2985         }
2986         return true;
2987     }
2988
2989     private static boolean testDataObjects() {
2990         try {
2991             final Confidence s0 = new Confidence();
2992             final Confidence s1 = new Confidence();
2993             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2997             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2998             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
3005             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             s3.asSimpleText();
3009             s3.asText();
3010             // Taxonomy
3011             // ----------
3012             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
3013             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
3014             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
3015             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
3016             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
3017             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3018             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3019             t1.setScientificName( "E. coli" );
3020             t1.setCommonName( "coli" );
3021             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
3022             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3026             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
3027             t2.setScientificName( "what" );
3028             t2.setCommonName( "something" );
3029             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
3033             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
3034                 return false;
3035             }
3036             t1.setIdentifier( null );
3037             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3038             t3.setScientificName( "what" );
3039             t3.setCommonName( "something" );
3040             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             t1.setIdentifier( null );
3044             t1.setTaxonomyCode( "" );
3045             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3046             t4.setCommonName( "something" );
3047             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3051             t4.setCommonName( "something" );
3052             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             t1.setIdentifier( null );
3056             t1.setTaxonomyCode( "" );
3057             t1.setScientificName( "" );
3058             t5.setCommonName( "COLI" );
3059             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3060                 return false;
3061             }
3062             t5.setCommonName( "vibrio" );
3063             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             // Identifier
3067             // ----------
3068             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3069             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3070             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             id1.asSimpleText();
3080             id1.asText();
3081             // ProteinDomain
3082             // ---------------
3083             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3084             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3085             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             pd1.asSimpleText();
3092             pd1.asText();
3093             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3094             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3095             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             pd3.asSimpleText();
3105             pd3.asText();
3106             // DomainArchitecture
3107             // ------------------
3108             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3109             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3110             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3111             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3112             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3113             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3114             domains0.add( d2 );
3115             domains0.add( d0 );
3116             domains0.add( d3 );
3117             domains0.add( d1 );
3118             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3119             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3120                 return false;
3121             }
3122             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3123             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3133             domains1.add( d1 );
3134             domains1.add( d2 );
3135             domains1.add( d4 );
3136             domains1.add( d0 );
3137             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3138             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             ds1.asSimpleText();
3142             ds1.asText();
3143             ds1.toNHX();
3144             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3145             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3146                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3147                 return false;
3148             }
3149             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             // Event
3153             // -----
3154             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3155             if ( e1.isDuplication() ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( !e1.isFusion() ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3168             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3175             if ( e2.isDuplication() ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3194             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3198             if ( e3.isDuplication() ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             if ( e3.isSpeciation() ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3211             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3212             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             e3 = null;
3216             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3220             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3227             e4 = null;
3228             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3229             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final Event e5 = new Event();
3236             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3246             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3253             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3260             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266         }
3267         catch ( final Exception e ) {
3268             e.printStackTrace( System.out );
3269             return false;
3270         }
3271         return true;
3272     }
3273
3274     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3275         try {
3276             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3277             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3278             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3279             if ( t0.isEmpty() ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3286             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             if ( !t0.isEmpty() ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3293             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3297             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3304             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3308             if ( !t1.isEmpty() ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3312             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3316             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             t2.toNewHampshireX();
3320             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3321             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3325             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3329             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3333             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3337             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             n = t3.getNode( "A" );
3341             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             n = n.getNextExternalNode();
3345             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3349             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             n = t3.getNode( "C" );
3353             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3357             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3361             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3365             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3369             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3373             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3377             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3381             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             n = t4.getNode( "A" );
3385             n = n.getNextExternalNode();
3386             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             n = n.getNextExternalNode();
3390             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3391                 return false;
3392             }
3393             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3394             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3398             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3399             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3403             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3407             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3408             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3412             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3416             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3417             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3421             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3425             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3426             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3430             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3434             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3435             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3439             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3443             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3444             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3448             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3452             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3453             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3457             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3461             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3465             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3469             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3470             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3474             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3478             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3482             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3486             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3490             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3494             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3498             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3499                 return false;
3500             }
3501             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3502             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3506             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3510             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3514             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3518             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3522             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3526             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3527             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3531             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3535             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3536             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3540             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3544             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3545             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3549             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3553             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3554                 return false;
3555             }
3556             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3557             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3561             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3565             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3566                 return false;
3567             }
3568         }
3569         catch ( final Exception e ) {
3570             e.printStackTrace( System.out );
3571             return false;
3572         }
3573         return true;
3574     }
3575
3576     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3577         try {
3578             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3579             dss1.addValue( 82 );
3580             dss1.addValue( 78 );
3581             dss1.addValue( 70 );
3582             dss1.addValue( 58 );
3583             dss1.addValue( 42 );
3584             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             dss1.addValue( 123 );
3621             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3631             dss2.addValue( -1.85 );
3632             dss2.addValue( 57.5 );
3633             dss2.addValue( 92.78 );
3634             dss2.addValue( 57.78 );
3635             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3642             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             dss2.addValue( -100 );
3646             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final double[] ds = new double[ 14 ];
3653             ds[ 0 ] = 34;
3654             ds[ 1 ] = 23;
3655             ds[ 2 ] = 1;
3656             ds[ 3 ] = 32;
3657             ds[ 4 ] = 11;
3658             ds[ 5 ] = 2;
3659             ds[ 6 ] = 12;
3660             ds[ 7 ] = 33;
3661             ds[ 8 ] = 13;
3662             ds[ 9 ] = 22;
3663             ds[ 10 ] = 21;
3664             ds[ 11 ] = 35;
3665             ds[ 12 ] = 24;
3666             ds[ 13 ] = 31;
3667             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3668             if ( bins.length != 4 ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3684             ds1[ 0 ] = 10.0;
3685             ds1[ 1 ] = 19.0;
3686             ds1[ 2 ] = 9.999;
3687             ds1[ 3 ] = 0.0;
3688             ds1[ 4 ] = 39.9;
3689             ds1[ 5 ] = 39.999;
3690             ds1[ 6 ] = 30.0;
3691             ds1[ 7 ] = 19.999;
3692             ds1[ 8 ] = 30.1;
3693             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3694             if ( bins1.length != 4 ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3710             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3723             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3736             dss3.addValue( 1 );
3737             dss3.addValue( 1 );
3738             dss3.addValue( 1 );
3739             dss3.addValue( 2 );
3740             dss3.addValue( 3 );
3741             dss3.addValue( 4 );
3742             dss3.addValue( 5 );
3743             dss3.addValue( 5 );
3744             dss3.addValue( 5 );
3745             dss3.addValue( 6 );
3746             dss3.addValue( 7 );
3747             dss3.addValue( 8 );
3748             dss3.addValue( 9 );
3749             dss3.addValue( 10 );
3750             dss3.addValue( 10 );
3751             dss3.addValue( 10 );
3752             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3753             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3754             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3755         }
3756         catch ( final Exception e ) {
3757             e.printStackTrace( System.out );
3758             return false;
3759         }
3760         return true;
3761     }
3762
3763     private static boolean testDir( final String file ) {
3764         try {
3765             final File f = new File( file );
3766             if ( !f.exists() ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !f.isDirectory() ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !f.canRead() ) {
3773                 return false;
3774             }
3775         }
3776         catch ( final Exception e ) {
3777             return false;
3778         }
3779         return true;
3780     }
3781
3782     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
3783         try {
3784             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
3785             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
3786                 System.out.println( entry.getAccession() );
3787                 return false;
3788             }
3789             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
3790                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !entry.getSequenceName()
3794                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
3795                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
3796                 return false;
3797             }
3798             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
3799             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
3800             //     return false;
3801             // }
3802             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
3803                 System.out.println( entry.getGeneName() );
3804                 return false;
3805             }
3806             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
3807                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
3811                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
3815                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             //
3822             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
3823             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
3824                 return false;
3825             }
3826             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
3827                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
3828                 return false;
3829             }
3830             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
3831                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
3835                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
3836                 return false;
3837             }
3838             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
3839                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
3840                 return false;
3841             }
3842             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
3843                 return false;
3844             }
3845             //
3846             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
3847             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3851                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
3852                 return false;
3853             }
3854             if ( !entry2.getSequenceName()
3855                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
3856                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
3857                 return false;
3858             }
3859             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3860                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
3861                 return false;
3862             }
3863             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
3864                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             //
3871             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
3872             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
3876                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
3880                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
3884                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
3888                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
3889                 return false;
3890             }
3891             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
3892                 return false;
3893             }
3894             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             //
3898             //
3899             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
3900             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3904                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
3908                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3912                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
3916                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
3917                 return false;
3918             }
3919             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
3920             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
3921             //     return false;
3922             // }
3923             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
3924             //     System.out.println( entry4.getMap() );
3925             //     return false;
3926             // }
3927             //TODO FIXME gi...
3928             //
3929             //TODO fails:
3930             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
3931             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3932             //                return false;
3933             //            }
3934             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
3935             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
3939                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
3943                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
3947                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
3948                 return false;
3949             }
3950         }
3951         catch ( final IOException e ) {
3952             System.out.println();
3953             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
3954             e.printStackTrace( System.out );
3955             return true;
3956         }
3957         catch ( final Exception e ) {
3958             e.printStackTrace();
3959             return false;
3960         }
3961         return true;
3962     }
3963
3964     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3965         try {
3966             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3967             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3968             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3969             n = n.getNextExternalNode();
3970             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             n = n.getNextExternalNode();
3974             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             n = n.getNextExternalNode();
3978             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             n = t1.getNode( "B" );
3982             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3983                 n = n.getNextExternalNode();
3984             }
3985             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3986             n = t2.getNode( "A" );
3987             n = n.getNextExternalNode();
3988             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             n = n.getNextExternalNode();
3992             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             n = n.getNextExternalNode();
3996             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             n = t2.getNode( "B" );
4000             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4001                 n = n.getNextExternalNode();
4002             }
4003             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4004             n = t3.getNode( "A" );
4005             n = n.getNextExternalNode();
4006             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             n = n.getNextExternalNode();
4010             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             n = n.getNextExternalNode();
4014             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             n = n.getNextExternalNode();
4018             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             n = n.getNextExternalNode();
4022             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             n = n.getNextExternalNode();
4026             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             n = n.getNextExternalNode();
4030             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             n = t3.getNode( "B" );
4034             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4035                 n = n.getNextExternalNode();
4036             }
4037             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4038             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4039                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4040             }
4041             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4042             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4043                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4044             }
4045             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4046             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
4047             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             if ( iter.hasNext() ) {
4066                 return false;
4067             }
4068         }
4069         catch ( final Exception e ) {
4070             e.printStackTrace( System.out );
4071             return false;
4072         }
4073         return true;
4074     }
4075
4076     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
4077         try {
4078             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
4082                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
4086                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
4093                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
4094                 return false;
4095             }
4096             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4097                 return false;
4098             }
4099             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus" )
4100                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_123" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106         }
4107         catch ( final Exception e ) {
4108             e.printStackTrace( System.out );
4109             return false;
4110         }
4111         return true;
4112     }
4113
4114     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
4115         try {
4116             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4120                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4124                     .equals( "ARATH" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4128                     .equals( "ARATH" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4141                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4145                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4149                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4153                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4157                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4161                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4165                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4169                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4176                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
4180                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4184                     .equals( "9YX45" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4188                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4189                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4193                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4194                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4198                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4199                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4203                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4207                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4211                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4212                 return false;
4213             }
4214             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4215                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4219                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4223                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4227                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4231                     .equals( "RAT" ) ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4235                     .equals( "PIG" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             if ( !ParserUtils
4239                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4240                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4241                 return false;
4242             }
4243             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4244                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4248                 return false;
4249             }
4250         }
4251         catch ( final Exception e ) {
4252             e.printStackTrace( System.out );
4253             return false;
4254         }
4255         return true;
4256     }
4257
4258     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4259         try {
4260             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4261             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4262             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4266             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4270             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4274             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4278             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4282             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4286             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4290             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4294             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4295                 return false;
4296             }
4297             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4298             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4302             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4306             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             n.setName( "B3RJ64" );
4310             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4314             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4318             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             n.setName( "sp B3RJ64" );
4322             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4326             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4330             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4334             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4338             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4342             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4346             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4350             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4354             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4358             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4362             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4366             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4370             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4374             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             n = new PhylogenyNode();
4378             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4379             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4380             n.getNodeData().addSequence( seq );
4381             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4385             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             n = new PhylogenyNode();
4389             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4390             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4391             n.getNodeData().addSequence( seq );
4392             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4396             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             n = new PhylogenyNode();
4400             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4401             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4402             n.getNodeData().addSequence( seq );
4403             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             n = new PhylogenyNode();
4407             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4408             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4409             n.getNodeData().addSequence( seq );
4410             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             //
4414             n = new PhylogenyNode();
4415             n.setName( "ACP19736" );
4416             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             n = new PhylogenyNode();
4420             n.setName( "|ACP19736|" );
4421             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424         }
4425         catch ( final Exception e ) {
4426             e.printStackTrace( System.out );
4427             return false;
4428         }
4429         return true;
4430     }
4431
4432     private static boolean testFastaParser() {
4433         try {
4434             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4441             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459         }
4460         catch ( final Exception e ) {
4461             e.printStackTrace();
4462             return false;
4463         }
4464         return true;
4465     }
4466
4467     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
4468         //The format for GenBank Accession numbers are:
4469         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
4470         //Protein:    3 letters + 5 numerals
4471         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
4472         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
4473             return false;
4474         }
4475         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
4476             return false;
4477         }
4478         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
4479             return false;
4480         }
4481         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
4482             return false;
4483         }
4484         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
4485             return false;
4486         }
4487         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
4488             return false;
4489         }
4490         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
4491             return false;
4492         }
4493         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
4494             return false;
4495         }
4496         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
4497             return false;
4498         }
4499         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
4500             return false;
4501         }
4502         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
4503             return false;
4504         }
4505         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4506             return false;
4507         }
4508         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4509             return false;
4510         }
4511         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
4512             return false;
4513         }
4514         return true;
4515     }
4516
4517     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4518         try {
4519             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4520             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4521             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4522             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4523             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4524             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4525             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4526             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4527             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4564             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4574             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4584             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593         }
4594         catch ( final Exception e ) {
4595             e.printStackTrace();
4596             return false;
4597         }
4598         return true;
4599     }
4600
4601     private static boolean testGeneralTable() {
4602         try {
4603             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4604             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4605             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4606             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4607             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4608             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4609             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4610             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4611             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4612             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4640             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4641             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4642             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4643             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4644             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4645             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4646             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4647             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4648             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4649             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4677                 return false;
4678             }
4679         }
4680         catch ( final Exception e ) {
4681             e.printStackTrace( System.out );
4682             return false;
4683         }
4684         return true;
4685     }
4686
4687     private static boolean testGetDistance() {
4688         try {
4689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4690             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4691                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4692             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4723                 return false;
4724             }
4725             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4786                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4787             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4818                 return false;
4819             }
4820         }
4821         catch ( final Exception e ) {
4822             e.printStackTrace( System.out );
4823             return false;
4824         }
4825         return true;
4826     }
4827
4828     private static boolean testGetLCA() {
4829         try {
4830             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4831             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4832                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4833             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4834             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4838             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4842             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4846             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4850             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4854             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4858             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4862             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4866             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4870             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4874             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4878             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4882             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4886             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4890             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4894             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4898             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4902             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4906             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4910             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4914             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4918             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4922             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4926             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4927             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4931             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4935             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4939             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4943             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4947             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4951             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4955             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             final Phylogeny p3 = factory
4959                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4960                              new NHXParser() )[ 0 ];
4961             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4962             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4966             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4970             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4974             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4978             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4985             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             if ( !al_3.isRoot() ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4992             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4999             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
5006             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5010             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
5011             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5015             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
5016             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5020             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
5021             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5025             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
5026             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029         }
5030         catch ( final Exception e ) {
5031             e.printStackTrace( System.out );
5032             return false;
5033         }
5034         return true;
5035     }
5036
5037     private static boolean testGetLCA2() {
5038         try {
5039             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5040             // final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
5041             final Phylogeny p_a = NHXParser.parse( "(a)" )[ 0 ];
5042             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
5043             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
5044                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
5045             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final Phylogeny p_b = NHXParser.parse( "((a)b)" )[ 0 ];
5049             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
5050             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
5051                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
5052             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
5056                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
5057             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
5061             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
5062             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
5063                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5064             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5068                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
5069             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
5070                 System.out.println( p_c_2.getName() );
5071                 System.exit( -1 );
5072                 return false;
5073             }
5074             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5075                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
5076             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
5080                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5081             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5085                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5086             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
5087             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5088                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
5089             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
5093                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
5094             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5098                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
5099             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5103                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5104             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5108                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
5109             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
5113                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
5114             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
5118                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5119             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5123                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
5124             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5128                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
5129             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
5133                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
5134             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5138                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
5139             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5143                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
5144             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5148                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
5149             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5153                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
5154             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5158                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
5159             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5163                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
5164             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
5168                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5169             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5173                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
5174             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5178                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
5179             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5183                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
5184             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
5188                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
5189             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5193                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
5194             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5198                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
5199             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5203             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
5204             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5205                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
5206             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5210                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
5211             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5215                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
5216             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
5220                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
5221             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5225                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
5226             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5230                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
5231             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
5235                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5236             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5240                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5241             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             final Phylogeny p3 = factory
5245                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5246                              new NHXParser() )[ 0 ];
5247             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5248             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5249                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5250             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5254                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5255             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5259                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5260             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5264                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5265             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5269                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5270             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5277                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5278             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( !al_3.isRoot() ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5285                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5286             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5293                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5294             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5301                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5302             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5306             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5307             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5308                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5309             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5313             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5314             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5315                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5316             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5320             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5321             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5322                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5323             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5327             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5328             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5329                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5330             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5334                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5335             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5339                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5340             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5344                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5345             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5349                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5350             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5354                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5355             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358         }
5359         catch ( final Exception e ) {
5360             e.printStackTrace( System.out );
5361             return false;
5362         }
5363         return true;
5364     }
5365
5366     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5367         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5368         try {
5369             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5370                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5371             parser1.parse();
5372             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5373                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5374             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5375             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( proteins.size() != 4 ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5394             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5401             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5408             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5412             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436         }
5437         catch ( final Exception e ) {
5438             e.printStackTrace( System.out );
5439             return false;
5440         }
5441         return true;
5442     }
5443
5444     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5445         try {
5446             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5447             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5448             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5449             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5450             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5454             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5458             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5462             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5463                 return false;
5464             }
5465         }
5466         catch ( final Exception e ) {
5467             e.printStackTrace( System.out );
5468             return false;
5469         }
5470         return true;
5471     }
5472
5473     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5474         try {
5475             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5476             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5477             PhylogenyNodeIterator it0;
5478             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5479                 it0.next();
5480             }
5481             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5482                 it0.next();
5483             }
5484             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5485             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( it.hasNext() ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5510                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5511             PhylogenyNodeIterator it2;
5512             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5513                 it2.next();
5514             }
5515             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5516                 it2.next();
5517             }
5518             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5519             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( it3.hasNext() ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5598             PhylogenyNodeIterator it4;
5599             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5600                 it4.next();
5601             }
5602             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5603                 it4.next();
5604             }
5605             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5606             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5622             PhylogenyNodeIterator it6;
5623             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5624                 it6.next();
5625             }
5626             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5627                 it6.next();
5628             }
5629             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5630             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( it.hasNext() ) {
5634                 return false;
5635             }
5636         }
5637         catch ( final Exception e ) {
5638             e.printStackTrace( System.out );
5639             return false;
5640         }
5641         return true;
5642     }
5643
5644     private static boolean testMafft( final String path ) {
5645         try {
5646             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5647             opts.add( "--maxiterate" );
5648             opts.add( "1000" );
5649             opts.add( "--localpair" );
5650             opts.add( "--quiet" );
5651             Msa msa = null;
5652             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5653             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5654             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660         }
5661         catch ( final Exception e ) {
5662             e.printStackTrace( System.out );
5663             return false;
5664         }
5665         return true;
5666     }
5667
5668     private static boolean testMidpointrooting() {
5669         try {
5670             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5671             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5672             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5673             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5680                            1 ) ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5684                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5685             if ( !t1.isRooted() ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5689             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5708             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5709             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5722                 System.exit( -1 );
5723                 return false;
5724             }
5725             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5726                 return false;
5727             }
5728         }
5729         catch ( final Exception e ) {
5730             e.printStackTrace( System.out );
5731             return false;
5732         }
5733         return true;
5734     }
5735
5736     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5737         try {
5738             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJJE-" );
5739             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJJBB" );
5740             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJJ--" );
5741             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ---" );
5742             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5743             l.add( s0 );
5744             l.add( s1 );
5745             l.add( s2 );
5746             l.add( s3 );
5747             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5748             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 10 ) ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 11 ) ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 12 ) ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769         }
5770         catch ( final Exception e ) {
5771             e.printStackTrace( System.out );
5772             return false;
5773         }
5774         return true;
5775     }
5776
5777     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5778         try {
5779             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5780             PhylogenyNode n;
5781             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5782             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5783             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5784             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5785             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5786             n = t0.getFirstExternalNode();
5787             while ( n != null ) {
5788                 ext.add( n );
5789                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5790             }
5791             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             ext.clear();
5810             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5811             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5812             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5813             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5814             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5815             n = t1.getNode( "ab" );
5816             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5817             while ( n != null ) {
5818                 ext.add( n );
5819                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5820             }
5821             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             //
5837             //
5838             ext.clear();
5839             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5840             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5841             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5842             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5843             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5844             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5845             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5846             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5847             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5848             n = t2.getNode( "ab" );
5849             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5850             while ( n != null ) {
5851                 ext.add( n );
5852                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5853             }
5854             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             //
5867             //
5868             ext.clear();
5869             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5870             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5871             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5872             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5873             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5874             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5875             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5876             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5877             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5878             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5879             n = t3.getNode( "ab" );
5880             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5881             while ( n != null ) {
5882                 ext.add( n );
5883                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5884             }
5885             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             //
5895             //
5896             ext.clear();
5897             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5898             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5899             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5900             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5901             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5902             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5903             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5904             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5905             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5906             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5907             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5908             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5909             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             //
5913             //
5914             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5915             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5916             ext.clear();
5917             n = t5.getFirstExternalNode();
5918             while ( n != null ) {
5919                 ext.add( n );
5920                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5921             }
5922             if ( ext.size() != 8 ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             //
5950             //
5951             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5952             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5953             ext.clear();
5954             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5955             n = t6.getNode( "ab" );
5956             while ( n != null ) {
5957                 ext.add( n );
5958                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5959             }
5960             if ( ext.size() != 7 ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             //
5985             //
5986             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5987             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5988             ext.clear();
5989             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5990             n = t7.getNode( "a" );
5991             while ( n != null ) {
5992                 ext.add( n );
5993                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5994             }
5995             if ( ext.size() != 7 ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             //
6020             //
6021             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6022             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
6023             ext.clear();
6024             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6025             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6026             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6027             n = t8.getNode( "a" );
6028             while ( n != null ) {
6029                 ext.add( n );
6030                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6031             }
6032             if ( ext.size() != 7 ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6042                 System.out.println( "2 fail" );
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             //
6058             //
6059             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6060             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
6061             ext.clear();
6062             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6063             n = t9.getNode( "a" );
6064             while ( n != null ) {
6065                 ext.add( n );
6066                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6067             }
6068             if ( ext.size() != 7 ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             //
6093             //
6094             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6095             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
6096             ext.clear();
6097             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6098             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6099             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6100             n = t10.getNode( "a" );
6101             while ( n != null ) {
6102                 ext.add( n );
6103                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6104             }
6105             if ( ext.size() != 7 ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             //
6130             //
6131             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6132             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
6133             ext.clear();
6134             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6135             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6136             n = t11.getNode( "a" );
6137             while ( n != null ) {
6138                 ext.add( n );
6139                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6140             }
6141             if ( ext.size() != 6 ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             //
6163             //
6164             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6165             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
6166             ext.clear();
6167             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6168             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6169             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6170             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6171             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
6172             n = t12.getNode( "a" );
6173             while ( n != null ) {
6174                 ext.add( n );
6175                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6176             }
6177             if ( ext.size() != 6 ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6196                 return false;
6197             }
6198             //
6199             //
6200             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6201             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
6202             ext.clear();
6203             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6204             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
6205             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6206             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6207             n = t13.getNode( "ab" );
6208             while ( n != null ) {
6209                 ext.add( n );
6210                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6211             }
6212             if ( ext.size() != 5 ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             //
6231             //
6232             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6233             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
6234             ext.clear();
6235             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6236             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6237             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6238             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6239             n = t14.getNode( "ab" );
6240             while ( n != null ) {
6241                 ext.add( n );
6242                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6243             }
6244             if ( ext.size() != 5 ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             //
6263             //
6264             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6265             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6266             ext.clear();
6267             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6268             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6269             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6270             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6271             n = t15.getNode( "ab" );
6272             while ( n != null ) {
6273                 ext.add( n );
6274                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6275             }
6276             if ( ext.size() != 6 ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             //
6298             //
6299             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6300             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6301             ext.clear();
6302             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6303             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6304             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6305             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6306             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6307             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6308             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6309             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6310             n = t16.getNode( "ab" );
6311             while ( n != null ) {
6312                 ext.add( n );
6313                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6314             }
6315             if ( ext.size() != 4 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330         }
6331         catch ( final Exception e ) {
6332             e.printStackTrace( System.out );
6333             return false;
6334         }
6335         return true;
6336     }
6337
6338     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6339         try {
6340             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6341             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6342             parser.parse();
6343             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6344             if ( labels.length != 7 ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6369             parser.parse();
6370             labels = parser.getCharStateLabels();
6371             if ( labels.length != 7 ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6390                 return false;
6391             }
6392             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6393                 return false;
6394             }
6395         }
6396         catch ( final Exception e ) {
6397             e.printStackTrace( System.out );
6398             return false;
6399         }
6400         return true;
6401     }
6402
6403     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6404         try {
6405             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6406             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6407             parser.parse();
6408             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6409             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6416                 return false;
6417             }
6418             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             //            if ( labels.length != 7 ) {
6437             //                return false;
6438             //            }
6439             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6440             //                return false;
6441             //            }
6442             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6443             //                return false;
6444             //            }
6445             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6446             //                return false;
6447             //            }
6448             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6449             //                return false;
6450             //            }
6451             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6452             //                return false;
6453             //            }
6454             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6455             //                return false;
6456             //            }
6457             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6458             //                return false;
6459             //            }
6460             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6461             //            parser.parse();
6462             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6463             //            if ( labels.length != 7 ) {
6464             //                return false;
6465             //            }
6466             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6467             //                return false;
6468             //            }
6469             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6470             //                return false;
6471             //            }
6472             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6473             //                return false;
6474             //            }
6475             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6476             //                return false;
6477             //            }
6478             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6479             //                return false;
6480             //            }
6481             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6482             //                return false;
6483             //            }
6484             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6485             //                return false;
6486             //            }
6487         }
6488         catch ( final Exception e ) {
6489             e.printStackTrace( System.out );
6490             return false;
6491         }
6492         return true;
6493     }
6494
6495     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6496         try {
6497             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6498             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6499             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6500             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             phylogenies = null;
6510             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6511             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             phylogenies = null;
6521             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6522             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             phylogenies = null;
6535             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6536             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6654                 return false;
6655             }
6656             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
6660             phylogenies = null;
6661             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex", p2 );
6662             if ( phylogenies.length != 9 ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_spinosula" )
6666                     .getDistanceToParent() ) ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_stanfordensis" )
6670                     .getDistanceToParent() ) ) {
6671                 return false;
6672             }
6673             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae MLT (Imported_tree_0)" ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6680                 return false;
6681             }
6682             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 7 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 8 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6686                 return false;
6687             }
6688         }
6689         catch ( final Exception e ) {
6690             e.printStackTrace( System.out );
6691             return false;
6692         }
6693         return true;
6694     }
6695
6696     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6697         try {
6698             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6699             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6700             if ( !p.hasNext() ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             Phylogeny phy = p.next();
6704             if ( phy == null ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             if ( p.hasNext() ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             phy = p.next();
6717             if ( phy != null ) {
6718                 return false;
6719             }
6720             //
6721             p.reset();
6722             if ( !p.hasNext() ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             phy = p.next();
6726             if ( phy == null ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             if ( p.hasNext() ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             phy = p.next();
6739             if ( phy != null ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             ////
6743             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6744             if ( !p.hasNext() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             phy = p.next();
6748             if ( phy == null ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             if ( p.hasNext() ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             phy = p.next();
6761             if ( phy != null ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             //
6765             p.reset();
6766             if ( !p.hasNext() ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             phy = p.next();
6770             if ( phy == null ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( p.hasNext() ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             phy = p.next();
6783             if ( phy != null ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             //
6787             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6788             if ( !p.hasNext() ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             phy = p.next();
6792             if ( phy == null ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( phy.isRooted() ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( p.hasNext() ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             phy = p.next();
6808             if ( phy != null ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             //
6812             p.reset();
6813             if ( !p.hasNext() ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             phy = p.next();
6817             if ( phy == null ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             if ( p.hasNext() ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             phy = p.next();
6830             if ( phy != null ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             //
6834             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6835             if ( !p.hasNext() ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             //0
6839             phy = p.next();
6840             if ( phy == null ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             //1
6850             if ( !p.hasNext() ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             phy = p.next();
6854             if ( phy == null ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             //2
6864             if ( !p.hasNext() ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             phy = p.next();
6868             if ( phy == null ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6872                 System.out.println( phy.toString() );
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( phy.isRooted() ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             //3
6882             if ( !p.hasNext() ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             phy = p.next();
6886             if ( phy == null ) {
6887                 return false;
6888             }
6889             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             if ( !phy.isRooted() ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             //4
6899             if ( !p.hasNext() ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             phy = p.next();
6903             if ( phy == null ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6907                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.isRooted() ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             //5
6917             if ( !p.hasNext() ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             phy = p.next();
6921             if ( phy == null ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( phy.isRooted() ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             //6
6934             if ( !p.hasNext() ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             phy = p.next();
6938             if ( phy == null ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             if ( !phy.isRooted() ) {
6948                 return false;
6949             }
6950             //7
6951             if ( !p.hasNext() ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             phy = p.next();
6955             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !phy.isRooted() ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             //8
6965             if ( !p.hasNext() ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             phy = p.next();
6969             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             //9
6979             if ( !p.hasNext() ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             phy = p.next();
6983             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6984                 return false;
6985             }
6986             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6987                 return false;
6988             }
6989             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             //10
6993             if ( !p.hasNext() ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             phy = p.next();
6997             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             if ( !phy.isRooted() ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             //11
7010             if ( !p.hasNext() ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             phy = p.next();
7014             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( phy.isRooted() ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             //12
7027             if ( !p.hasNext() ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             phy = p.next();
7031             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             if ( !phy.isRooted() ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             //13
7044             if ( !p.hasNext() ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             phy = p.next();
7048             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             if ( !phy.isRooted() ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             //14
7061             if ( !p.hasNext() ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             phy = p.next();
7065             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7066                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( !phy
7070                     .toNewHampshire()
7071                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7072                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7073                 return false;
7074             }
7075             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( !phy.isRooted() ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             //15
7082             if ( !p.hasNext() ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             phy = p.next();
7086             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7087                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7088                 return false;
7089             }
7090             if ( !phy
7091                     .toNewHampshire()
7092                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7093                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7094                 return false;
7095             }
7096             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
7097                 return false;
7098             }
7099             if ( phy.isRooted() ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             //16
7103             if ( !p.hasNext() ) {
7104                 return false;
7105             }
7106             phy = p.next();
7107             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7108                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !phy
7112                     .toNewHampshire()
7113                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7114                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7115                 return false;
7116             }
7117             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !phy.isRooted() ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             //17
7124             if ( !p.hasNext() ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             phy = p.next();
7128             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7129                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7130                 return false;
7131             }
7132             if ( !phy
7133                     .toNewHampshire()
7134                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7135                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7136                 return false;
7137             }
7138             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             if ( phy.isRooted() ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             //
7145             if ( p.hasNext() ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             phy = p.next();
7149             if ( phy != null ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             p.reset();
7153             //0
7154             if ( !p.hasNext() ) {
7155                 return false;
7156             }
7157             phy = p.next();
7158             if ( phy == null ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             //1
7168             if ( !p.hasNext() ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             phy = p.next();
7172             if ( phy == null ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             //2
7182             if ( !p.hasNext() ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             phy = p.next();
7186             if ( phy == null ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7193                 return false;
7194             }
7195             if ( phy.isRooted() ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             //3
7199             if ( !p.hasNext() ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             phy = p.next();
7203             if ( phy == null ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( !phy.isRooted() ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             //4
7216             if ( !p.hasNext() ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             phy = p.next();
7220             if ( phy == null ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7224                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7225                 return false;
7226             }
7227             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             if ( !phy.isRooted() ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             //5
7234             if ( !p.hasNext() ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             phy = p.next();
7238             if ( phy == null ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247             if ( phy.isRooted() ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             //
7251             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
7252             p2.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex" );
7253             // 0
7254             if ( !p2.hasNext() ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             phy = p2.next();
7258             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             // 1
7265             if ( !p2.hasNext() ) {
7266                 return false;
7267             }
7268             phy = p2.next();
7269             // 2
7270             if ( !p2.hasNext() ) {
7271                 return false;
7272             }
7273             phy = p2.next();
7274             // 3
7275             if ( !p2.hasNext() ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             phy = p2.next();
7279             // 4
7280             if ( !p2.hasNext() ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             phy = p2.next();
7284             // 5
7285             if ( !p2.hasNext() ) {
7286                 return false;
7287             }
7288             phy = p2.next();
7289             // 6
7290             if ( !p2.hasNext() ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             phy = p2.next();
7294             // 7
7295             if ( !p2.hasNext() ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             phy = p2.next();
7299             // 8
7300             if ( !p2.hasNext() ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             phy = p2.next();
7304             if ( !isEqual( 0.065284, phy.getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( p2.hasNext() ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             phy = p2.next();
7311             if ( phy != null ) {
7312                 return false;
7313             }
7314             // 0
7315             p2.reset();
7316             if ( !p2.hasNext() ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             phy = p2.next();
7320             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7321                 return false;
7322             }
7323             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326         }
7327         catch ( final Exception e ) {
7328             e.printStackTrace( System.out );
7329             return false;
7330         }
7331         return true;
7332     }
7333
7334     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
7335         try {
7336             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7337             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
7338             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
7339             if ( phylogenies.length != 1 ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7355                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             phylogenies = null;
7359             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7360             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7379                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7398                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7417                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             phylogenies = null;
7421             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7422             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7441                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7442                 return false;
7443             }
7444             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7445                 return false;
7446             }
7447             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7448                 return false;
7449             }
7450             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7460                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7461                 return false;
7462             }
7463             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7479                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7480                 return false;
7481             }
7482         }
7483         catch ( final Exception e ) {
7484             e.printStackTrace( System.out );
7485             return false;
7486         }
7487         return true;
7488     }
7489
7490     private static boolean testNHParsing() {
7491         try {
7492             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7493             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7494             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7498             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7499             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7500             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7501             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7502                 return false;
7503             }
7504             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             final Phylogeny p1b = factory
7508                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7509                              new NHXParser() )[ 0 ];
7510             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7517             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7518             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7519             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7520             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7521             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7522             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7523             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7524             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7525             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7526             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7527                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7528                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7529                                                     new NHXParser() );
7530             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7543             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7544             final String p16_S = "((A,B),C)";
7545             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7546             if ( p16.length != 1 ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7553             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7554             if ( p17.length != 1 ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7561             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7562             if ( p18.length != 1 ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7569             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7570             if ( p19.length != 1 ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7577             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7578             if ( p20.length != 1 ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7585             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7586             if ( p21.length != 1 ) {
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7593             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7594             if ( p22.length != 1 ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7601             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7602             if ( p23.length != 1 ) {
7603                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7604                 System.exit( -1 );
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7611             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7612             if ( p24.length != 1 ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7619             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7620             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7621             if ( p241.length != 2 ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7631                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7632                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7633                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7634                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7635                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7636                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7637                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7638             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7639             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7640                 return false;
7641             }
7642             final String p26_S = "(A,B)ab";
7643             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7644             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7648             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7649             if ( p27s.length != 1 ) {
7650                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7651                 System.exit( -1 );
7652                 return false;
7653             }
7654             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7655                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7656                 System.exit( -1 );
7657                 return false;
7658             }
7659             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7660                                                     new NHXParser() );
7661             if ( p27.length != 1 ) {
7662                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7663                 System.exit( -1 );
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7667                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7668                 System.exit( -1 );
7669                 return false;
7670             }
7671             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7672             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7673             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7674             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7675             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7676                                                     new NHXParser() );
7677             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             if ( p28.length != 4 ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7693             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7694             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7698             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7699             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7703             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7704             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             final String p33_S = "A";
7708             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7709             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             final String p34_S = "B;";
7713             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7714             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             final String p35_S = "B:0.2";
7718             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7719             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             final String p36_S = "(A)";
7723             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7724             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             final String p37_S = "((A))";
7728             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7729             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7733             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7734             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7735                 return false;
7736             }
7737             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7738             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7739             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             final String p40_S = "(A,B,C)";
7743             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7744             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7748             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7749             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7753             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7754             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7758             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7759             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7763             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7764             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7768             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7769             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             final String p46_S = "";
7773             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7774             if ( p46.length != 0 ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7778             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7782             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             final Phylogeny p49 = factory
7786                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7787                              new NHXParser() )[ 0 ];
7788             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7792             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7796                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7803                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7807             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7811             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             final Phylogeny p53 = factory
7815                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7816                              new NHXParser() )[ 0 ];
7817             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             //
7821             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7822             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7826                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7827                 return false;
7828             }
7829         }
7830         catch ( final Exception e ) {
7831             e.printStackTrace( System.out );
7832             return false;
7833         }
7834         return true;
7835     }
7836
7837     private static boolean testNHParsingIter() {
7838         try {
7839             final String p0_str = "(A,B);";
7840             final NHXParser p = new NHXParser();
7841             p.setSource( p0_str );
7842             if ( !p.hasNext() ) {
7843                 return false;
7844             }
7845             final Phylogeny p0 = p.next();
7846             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7847                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( p.hasNext() ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( p.next() != null ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             //
7857             final String p00_str = "(A,B)root;";
7858             p.setSource( p00_str );
7859             final Phylogeny p00 = p.next();
7860             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7861                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7862                 return false;
7863             }
7864             //
7865             final String p000_str = "A;";
7866             p.setSource( p000_str );
7867             final Phylogeny p000 = p.next();
7868             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7869                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7870                 return false;
7871             }
7872             //
7873             final String p0000_str = "A";
7874             p.setSource( p0000_str );
7875             final Phylogeny p0000 = p.next();
7876             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7877                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7878                 return false;
7879             }
7880             //
7881             p.setSource( "(A)" );
7882             final Phylogeny p00000 = p.next();
7883             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7884                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7885                 return false;
7886             }
7887             //
7888             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7889             p.setSource( p1_str );
7890             if ( !p.hasNext() ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7894             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7895                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !p.hasNext() ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7902             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7903                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !p.hasNext() ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7910             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7911                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7912                 return false;
7913             }
7914             if ( !p.hasNext() ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7918             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7919                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( p.hasNext() ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( p.next() != null ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             //
7929             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7930             p.setSource( p2_str );
7931             if ( !p.hasNext() ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             Phylogeny p2_0 = p.next();
7935             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7936                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !p.hasNext() ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             Phylogeny p2_1 = p.next();
7943             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7944                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( !p.hasNext() ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             Phylogeny p2_2 = p.next();
7951             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7952                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7953                 return false;
7954             }
7955             if ( !p.hasNext() ) {
7956                 return false;
7957             }
7958             Phylogeny p2_3 = p.next();
7959             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7960                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7961                 return false;
7962             }
7963             if ( !p.hasNext() ) {
7964                 return false;
7965             }
7966             Phylogeny p2_4 = p.next();
7967             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7968                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7969                 return false;
7970             }
7971             if ( p.hasNext() ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             if ( p.next() != null ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             ////
7978             p.reset();
7979             if ( !p.hasNext() ) {
7980                 return false;
7981             }
7982             p2_0 = p.next();
7983             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7984                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7985                 return false;
7986             }
7987             if ( !p.hasNext() ) {
7988                 return false;
7989             }
7990             p2_1 = p.next();
7991             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7992                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7993                 return false;
7994             }
7995             if ( !p.hasNext() ) {
7996                 return false;
7997             }
7998             p2_2 = p.next();
7999             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8000                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8001                 return false;
8002             }
8003             if ( !p.hasNext() ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             p2_3 = p.next();
8007             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8008                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8009                 return false;
8010             }
8011             if ( !p.hasNext() ) {
8012                 return false;
8013             }
8014             p2_4 = p.next();
8015             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8016                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8017                 return false;
8018             }
8019             if ( p.hasNext() ) {
8020                 return false;
8021             }
8022             if ( p.next() != null ) {
8023                 return false;
8024             }
8025             //
8026             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
8027             p.setSource( p3_str );
8028             if ( !p.hasNext() ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             final Phylogeny p3_0 = p.next();
8032             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
8033                 return false;
8034             }
8035             if ( p.hasNext() ) {
8036                 return false;
8037             }
8038             if ( p.next() != null ) {
8039                 return false;
8040             }
8041             //
8042             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
8043             p.setSource( p4_str );
8044             if ( !p.hasNext() ) {
8045                 return false;
8046             }
8047             final Phylogeny p4_0 = p.next();
8048             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( p.hasNext() ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( p.next() != null ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             //
8058             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
8059             p.setSource( p5_str );
8060             if ( !p.hasNext() ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             final Phylogeny p5_0 = p.next();
8064             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             if ( p.hasNext() ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             if ( p.next() != null ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             //
8074             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
8075             p.setSource( p6_str );
8076             if ( !p.hasNext() ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             Phylogeny p6_0 = p.next();
8080             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( p.hasNext() ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( p.next() != null ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             p.reset();
8090             if ( !p.hasNext() ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             p6_0 = p.next();
8094             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             if ( p.hasNext() ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             if ( p.next() != null ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             //
8104             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
8105             p.setSource( p7_str );
8106             if ( !p.hasNext() ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             Phylogeny p7_0 = p.next();
8110             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8111                 return false;
8112             }
8113             if ( p.hasNext() ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             if ( p.next() != null ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             p.reset();
8120             if ( !p.hasNext() ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             p7_0 = p.next();
8124             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             if ( p.hasNext() ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( p.next() != null ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             //
8134             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
8135             p.setSource( p8_str );
8136             if ( !p.hasNext() ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             Phylogeny p8_0 = p.next();
8140             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !p.hasNext() ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !p.hasNext() ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             Phylogeny p8_1 = p.next();
8150             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8151                 return false;
8152             }
8153             if ( p.hasNext() ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             if ( p.next() != null ) {
8157                 return false;
8158             }
8159             p.reset();
8160             if ( !p.hasNext() ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             p8_0 = p.next();
8164             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !p.hasNext() ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             p8_1 = p.next();
8171             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             if ( p.hasNext() ) {
8175                 return false;
8176             }
8177             if ( p.next() != null ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             p.reset();
8181             //
8182             p.setSource( "" );
8183             if ( p.hasNext() ) {
8184                 return false;
8185             }
8186             //
8187             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
8188             if ( !p.hasNext() ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             Phylogeny p_27 = p.next();
8192             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8193                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8194                 System.exit( -1 );
8195                 return false;
8196             }
8197             if ( p.hasNext() ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             if ( p.next() != null ) {
8201                 return false;
8202             }
8203             p.reset();
8204             if ( !p.hasNext() ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             p_27 = p.next();
8208             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8209                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8210                 System.exit( -1 );
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( p.hasNext() ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( p.next() != null ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             //
8220             final String p30_str = "(A,B);(C,D)";
8221             final NHXParser p30 = new NHXParser();
8222             p30.setSource( p30_str );
8223             if ( !p30.hasNext() ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             Phylogeny phy30 = p30.next();
8227             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8228                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8229                 return false;
8230             }
8231             if ( !p30.hasNext() ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             Phylogeny phy301 = p30.next();
8235             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8236                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8237                 return false;
8238             }
8239             if ( p30.hasNext() ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( p30.hasNext() ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             if ( p30.next() != null ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( p30.next() != null ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             p30.reset();
8252             if ( !p30.hasNext() ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             phy30 = p30.next();
8256             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8257                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8258                 return false;
8259             }
8260             if ( !p30.hasNext() ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             phy301 = p30.next();
8264             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8265                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8266                 return false;
8267             }
8268             if ( p30.hasNext() ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             if ( p30.hasNext() ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             if ( p30.next() != null ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( p30.next() != null ) {
8278                 return false;
8279             }
8280         }
8281         catch ( final Exception e ) {
8282             e.printStackTrace( System.out );
8283             return false;
8284         }
8285         return true;
8286     }
8287
8288     private static boolean testNHXconversion() {
8289         try {
8290             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8291             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8292             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8293             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8294             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8295                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
8296             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
8297                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8298             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
8308                 return false;
8309             }
8310             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
8311                 return false;
8312             }
8313             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
8314                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
8315                 return false;
8316             }
8317         }
8318         catch ( final Exception e ) {
8319             e.printStackTrace( System.out );
8320             return false;
8321         }
8322         return true;
8323     }
8324
8325     private static boolean testNHXNodeParsing() {
8326         try {
8327             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8328             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8329             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8330             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8331             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8332                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
8333             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8337                 return false;
8338             }
8339             if ( n3.isDuplication() ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
8352                 return false;
8353             }
8354             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
8355                 return false;
8356             }
8357             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
8361                 return false;
8362             }
8363             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
8364                 return false;
8365             }
8366             if ( !n5.isDuplication() ) {
8367                 return false;
8368             }
8369             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
8373                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
8374                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8375             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8379                 return false;
8380             }
8381             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
8382                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
8383                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8384             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8388                 return false;
8389             }
8390             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
8391                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8392             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
8396                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8397             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8401                 return false;
8402             }
8403             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
8404                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8405             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8412                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8413             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8420                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8421             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8422                 return false;
8423             }
8424             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8428                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8429             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8430                 return false;
8431             }
8432             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8436                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8437             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8444                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8445             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8452                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8453             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8454                 return false;
8455             }
8456             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8460                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8461             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8462                 return false;
8463             }
8464             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8468                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8469             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8473                 return false;
8474             }
8475             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8476                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8477                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8478             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8479                 return false;
8480             }
8481             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8482                 return false;
8483             }
8484             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8485                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8486                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8487             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8494                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8495             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8502                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8503                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8504             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8505                 return false;
8506             }
8507             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8508                 return false;
8509             }
8510             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8514                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8515                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8516             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8517                 return false;
8518             }
8519             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8520                 return false;
8521             }
8522             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8523                 return false;
8524             }
8525             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8526                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8527             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8543                 return false;
8544             }
8545             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8546                 return false;
8547             }
8548             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8549                 return false;
8550             }
8551             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8552                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8553             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8560             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8561                 return false;
8562             }
8563             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8564                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8565             if ( !n13.getName().equals( "BLAH_12345/1-2" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8578                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8579             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8586                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8587                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8588             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8595                 return false;
8596             }
8597             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8598                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8599                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8600             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8610                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8611                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8612             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8619                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8620             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8630                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8631             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8638                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1234567-roejojoej",
8639                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8640             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8647                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345678-roejojoej",
8648                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8649             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8653                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8654             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8658                     .createInstanceFromNhxString( "BCL2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8659             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8663                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8664             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8668                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8669             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8673                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8674             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8675                 return false;
8676             }
8677             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8678                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8679             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8680                 return false;
8681             }
8682         }
8683         catch ( final Exception e ) {
8684             e.printStackTrace( System.out );
8685             return false;
8686         }
8687         return true;
8688     }
8689
8690     private static boolean testNHXParsing() {
8691         try {
8692             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8693             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8694             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8698             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8699             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8703             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8704             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             final Phylogeny[] p3 = factory
8708                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8709                              new NHXParser() );
8710             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             final Phylogeny[] p4 = factory
8714                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8715                              new NHXParser() );
8716             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             final Phylogeny[] p5 = factory
8720                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8721                              new NHXParser() );
8722             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8723                 return false;
8724             }
8725             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8726             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8727             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8728             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8732             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8733             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8734             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8738             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8739             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8740             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8744             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             final Phylogeny p10 = factory
8748                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8749                              new NHXParser() )[ 0 ];
8750             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753         }
8754         catch ( final Exception e ) {
8755             e.printStackTrace( System.out );
8756             return false;
8757         }
8758         return true;
8759     }
8760
8761     private static boolean testNHXParsingMB() {
8762         try {
8763             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8764             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8765                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8766                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8767                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8768                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8769                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8770                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8771                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8772                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8773             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8774                 return false;
8775             }
8776             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8777                 return false;
8778             }
8779             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8780                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             final Phylogeny p2 = factory
8790                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8791                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8792                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8793                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8794                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8795                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8796                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8797                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8798                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8799                              new NHXParser() )[ 0 ];
8800             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8804                 return false;
8805             }
8806         }
8807         catch ( final Exception e ) {
8808             e.printStackTrace( System.out );
8809             System.exit( -1 );
8810             return false;
8811         }
8812         return true;
8813     }
8814
8815     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8816         try {
8817             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8818             final NHXParser p = new NHXParser();
8819             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8820             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8824             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8825                 return false;
8826             }
8827             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8828                 return false;
8829             }
8830             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8831                 return false;
8832             }
8833             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8834                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8835                 return false;
8836             }
8837             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8838                 return false;
8839             }
8840             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8844                 return false;
8845             }
8846             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8850                 return false;
8851             }
8852             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8853             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8854             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8855             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8859             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8860             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8861             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8862                 return false;
8863             }
8864             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8865             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8866             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8867             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8868                 return false;
8869             }
8870             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8871             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8872             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8873             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             final Phylogeny p10 = factory
8877                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8878                              new NHXParser() )[ 0 ];
8879             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8880             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8884             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8885                 return false;
8886             }
8887             //
8888             final Phylogeny p12 = factory
8889                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8890                              new NHXParser() )[ 0 ];
8891             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8892             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8896             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8897                 return false;
8898             }
8899             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8900             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8901                 return false;
8902             }
8903             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8904             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8905                 return false;
8906             }
8907         }
8908         catch ( final Exception e ) {
8909             e.printStackTrace( System.out );
8910             return false;
8911         }
8912         return true;
8913     }
8914
8915     private static boolean testNodeRemoval() {
8916         try {
8917             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8918             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8919             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8920             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8924             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8925             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8926                 return false;
8927             }
8928             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8929             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8930             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8931                 return false;
8932             }
8933         }
8934         catch ( final Exception e ) {
8935             e.printStackTrace( System.out );
8936             return false;
8937         }
8938         return true;
8939     }
8940
8941     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8942         try {
8943             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8944             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8945             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8946             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8947             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8957             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8958             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8959             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8966             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975         }
8976         catch ( final Exception e ) {
8977             e.printStackTrace( System.out );
8978             return false;
8979         }
8980         return true;
8981     }
8982
8983     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8984         try {
8985             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8986             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8987             try {
8988                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8989             }
8990             catch ( final Exception e ) {
8991                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8992             }
8993             if ( xml_parser == null ) {
8994                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8995                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8996                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8997                 }
8998                 else {
8999                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
9000                 }
9001             }
9002             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
9003                                                               xml_parser );
9004             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
9005                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
9006                 return false;
9007             }
9008             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
9009                 return false;
9010             }
9011             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
9012             PhylogenyNode n = null;
9013             Distribution d = null;
9014             n = t1.getNode( "root node" );
9015             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9016                 return false;
9017             }
9018             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9019                 return false;
9020             }
9021             d = n.getNodeData().getDistribution();
9022             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( d.getPolygons() != null ) {
9029                 return false;
9030             }
9031             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             n = t1.getNode( "node a" );
9047             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9048                 return false;
9049             }
9050             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9051                 return false;
9052             }
9053             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9054             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9055                 return false;
9056             }
9057             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9058                 return false;
9059             }
9060             if ( d.getPolygons() != null ) {
9061                 return false;
9062             }
9063             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9064                 return false;
9065             }
9066             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9067                 return false;
9068             }
9069             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9070                 return false;
9071             }
9072             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9073                 return false;
9074             }
9075             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9076                 return false;
9077             }
9078             n = t1.getNode( "node bb" );
9079             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9086             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9087                 return false;
9088             }
9089             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9090                 return false;
9091             }
9092             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9093                 return false;
9094             }
9095             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9096                 return false;
9097             }
9098             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9099                 return false;
9100             }
9101             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9102                 return false;
9103             }
9104             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9105                 return false;
9106             }
9107             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9108                 return false;
9109             }
9110             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
9111             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9112                 return false;
9113             }
9114             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9115                 return false;
9116             }
9117             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9121                 return false;
9122             }
9123             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9124                 return false;
9125             }
9126             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9127                 return false;
9128             }
9129             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9130                 return false;
9131             }
9132             p = d.getPolygons().get( 1 );
9133             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9134                 return false;
9135             }
9136             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             // Roundtrip:
9146             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
9147             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
9148             if ( rt.length != 1 ) {
9149                 return false;
9150             }
9151             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
9152             n = t1_rt.getNode( "root node" );
9153             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9154                 return false;
9155             }
9156             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9157                 return false;
9158             }
9159             d = n.getNodeData().getDistribution();
9160             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9161                 return false;
9162             }
9163             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9164                 return false;
9165             }
9166             if ( d.getPolygons() != null ) {
9167                 return false;
9168             }
9169             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9170                 return false;
9171             }
9172             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9173                 return false;
9174             }
9175             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9176                 return false;
9177             }
9178             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9179                 return false;
9180             }
9181             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9182                 return false;
9183             }
9184             n = t1_rt.getNode( "node a" );
9185             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9186                 return false;
9187             }
9188             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9189                 return false;
9190             }
9191             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9192             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9193                 return false;
9194             }
9195             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9196                 return false;
9197             }
9198             if ( d.getPolygons() != null ) {
9199                 return false;
9200             }
9201             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9202                 return false;
9203             }
9204             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9205                 return false;
9206             }
9207             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9208                 return false;
9209             }
9210             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9211                 return false;
9212             }
9213             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9214                 return false;
9215             }
9216             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
9217             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9218                 return false;
9219             }
9220             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9221                 return false;
9222             }
9223             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9224             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9225                 return false;
9226             }
9227             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9234                 return false;
9235             }
9236             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9237                 return false;
9238             }
9239             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9240                 return false;
9241             }
9242             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9243                 return false;
9244             }
9245             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9246                 return false;
9247             }
9248             p = d.getPolygons().get( 0 );
9249             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9250                 return false;
9251             }
9252             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9253                 return false;
9254             }
9255             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9256                 return false;
9257             }
9258             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9259                 return false;
9260             }
9261             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             p = d.getPolygons().get( 1 );
9271             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9272                 return false;
9273             }
9274             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9278                 return false;
9279             }
9280             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9281                 return false;
9282             }
9283         }
9284         catch ( final Exception e ) {
9285             e.printStackTrace( System.out );
9286             return false;
9287         }
9288         return true;
9289     }
9290
9291     private static boolean testPostOrderIterator() {
9292         try {
9293             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9294             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9295             PhylogenyNodeIterator it0;
9296             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
9297                 it0.next();
9298             }
9299             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9300                 it0.next();
9301             }
9302             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9303             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
9304             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9305                 return false;
9306             }
9307             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9308                 return false;
9309             }
9310             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9311                 return false;
9312             }
9313             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9314                 return false;
9315             }
9316             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9317                 return false;
9318             }
9319             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9320                 return false;
9321             }
9322             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9323                 return false;
9324             }
9325             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9344                 return false;
9345             }
9346             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9347                 return false;
9348             }
9349             if ( it.hasNext() ) {
9350                 return false;
9351             }
9352         }
9353         catch ( final Exception e ) {
9354             e.printStackTrace( System.out );
9355             return false;
9356         }
9357         return true;
9358     }
9359
9360     private static boolean testPreOrderIterator() {
9361         try {
9362             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9363             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9364             PhylogenyNodeIterator it0;
9365             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
9366                 it0.next();
9367             }
9368             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9369                 it0.next();
9370             }
9371             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
9372             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9373                 return false;
9374             }
9375             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9376                 return false;
9377             }
9378             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9379                 return false;
9380             }
9381             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9382                 return false;
9383             }
9384             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9385                 return false;
9386             }
9387             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9391                 return false;
9392             }
9393             if ( it.hasNext() ) {
9394                 return false;
9395             }
9396             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9397             it = t1.iteratorPreorder();
9398             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9399                 return false;
9400             }
9401             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9402                 return false;
9403             }
9404             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9405                 return false;
9406             }
9407             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9408                 return false;
9409             }
9410             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9411                 return false;
9412             }
9413             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9414                 return false;
9415             }
9416             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9417                 return false;
9418             }
9419             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9420                 return false;
9421             }
9422             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9423                 return false;
9424             }
9425             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9426                 return false;
9427             }
9428             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9429                 return false;
9430             }
9431             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9432                 return false;
9433             }
9434             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9435                 return false;
9436             }
9437             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9438                 return false;
9439             }
9440             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9441                 return false;
9442             }
9443             if ( it.hasNext() ) {
9444                 return false;
9445             }
9446         }
9447         catch ( final Exception e ) {
9448             e.printStackTrace( System.out );
9449             return false;
9450         }
9451         return true;
9452     }
9453
9454     private static boolean testPropertiesMap() {
9455         try {
9456             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9457             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9458             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9459             final Property p2 = new Property( "something:else",
9460                                               "?",
9461                                               "improbable:research",
9462                                               "xsd:decimal",
9463                                               AppliesTo.NODE );
9464             pm.addProperty( p0 );
9465             pm.addProperty( p1 );
9466             pm.addProperty( p2 );
9467             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9468                 return false;
9469             }
9470             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9471                 return false;
9472             }
9473             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9474                 return false;
9475             }
9476             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9477                 return false;
9478             }
9479             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9480                 return false;
9481             }
9482             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9483                 return false;
9484             }
9485             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9486             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9487                 return false;
9488             }
9489             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9490                 return false;
9491             }
9492             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9493                 return false;
9494             }
9495         }
9496         catch ( final Exception e ) {
9497             e.printStackTrace( System.out );
9498             return false;
9499         }
9500         return true;
9501     }
9502
9503     private static boolean testProteinId() {
9504         try {
9505             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9506             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9507             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9508             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9509             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9510                 return false;
9511             }
9512             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9513                 return false;
9514             }
9515             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9528                 return false;
9529             }
9530             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9531                 return false;
9532             }
9533             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9534                 return false;
9535             }
9536             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9537                 return false;
9538             }
9539             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9540                 return false;
9541             }
9542             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9543                 return false;
9544             }
9545             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9546                 return false;
9547             }
9548             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9549                 return false;
9550             }
9551             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9552             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9553                 return false;
9554             }
9555             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9556                 return false;
9557             }
9558         }
9559         catch ( final Exception e ) {
9560             e.printStackTrace( System.out );
9561             return false;
9562         }
9563         return true;
9564     }
9565
9566     private static boolean testReIdMethods() {
9567         try {
9568             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9569             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9570             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9571             p.levelOrderReID();
9572             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9573                 return false;
9574             }
9575             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9576                 return false;
9577             }
9578             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9579                 return false;
9580             }
9581             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9594                 return false;
9595             }
9596             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9597                 return false;
9598             }
9599             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9600                 return false;
9601             }
9602             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9603                 return false;
9604             }
9605             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9606                 return false;
9607             }
9608             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9609                 return false;
9610             }
9611             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9612                 return false;
9613             }
9614             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9615                 return false;
9616             }
9617         }
9618         catch ( final Exception e ) {
9619             e.printStackTrace( System.out );
9620             return false;
9621         }
9622         return true;
9623     }
9624
9625     private static boolean testRerooting() {
9626         try {
9627             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9628             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9629                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9630             if ( !t1.isRooted() ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9634             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9635             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9636             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9637             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9638             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9639             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9640             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9641             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9642             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9643             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9644             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9645             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9646             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9647             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9648             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9649             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9650             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9651             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9652             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9653             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9654             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9655             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9656             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9657             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9658             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9659             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9660             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9661             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9671                 return false;
9672             }
9673             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9674                 return false;
9675             }
9676             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9680                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9681             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9682             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9683             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9684             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9685             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9686             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9687             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9688             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9689             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9690             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9691             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9692             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9693             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9694             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9695             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9696             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9697             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9698             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9699             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9700             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9701             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9702             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9703             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9704             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9705             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9706             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9707             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9708             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9709             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9710             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9711             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9712             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9713             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9714             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9715             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9716             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9717             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9718             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9719             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9720             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9721             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9722             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9723             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9724             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9725             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9726             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9727                 return false;
9728             }
9729             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9730                 return false;
9731             }
9732             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9733             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9734                 return false;
9735             }
9736             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9737                 return false;
9738             }
9739             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9740             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9744                 return false;
9745             }
9746             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9747                 return false;
9748             }
9749             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9750             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9751                 return false;
9752             }
9753             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9754                 return false;
9755             }
9756             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9757                 return false;
9758             }
9759             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9760             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9767             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9774                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9775             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9776             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9777                 return false;
9778             }
9779             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9780                 return false;
9781             }
9782             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9783                 return false;
9784             }
9785             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9786             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9787                 return false;
9788             }
9789             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9790                 return false;
9791             }
9792             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9796             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9797                 return false;
9798             }
9799             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9803                 return false;
9804             }
9805         }
9806         catch ( final Exception e ) {
9807             e.printStackTrace( System.out );
9808             return false;
9809         }
9810         return true;
9811     }
9812
9813     private static boolean testSDIse() {
9814         try {
9815             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9816             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9817             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9818             gene1.setRooted( true );
9819             species1.setRooted( true );
9820             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9821             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9822                 return false;
9823             }
9824             final Phylogeny species2 = factory
9825                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9826                              new NHXParser() )[ 0 ];
9827             final Phylogeny gene2 = factory
9828                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9829                              new NHXParser() )[ 0 ];
9830             species2.setRooted( true );
9831             gene2.setRooted( true );
9832             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9833             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9834                 return false;
9835             }
9836             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9837                 return false;
9838             }
9839             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9840                 return false;
9841             }
9842             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9843                 return false;
9844             }
9845             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9846                 return false;
9847             }
9848             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9849                 return false;
9850             }
9851             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9852                 return false;
9853             }
9854             final Phylogeny species3 = factory
9855                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9856                              new NHXParser() )[ 0 ];
9857             final Phylogeny gene3 = factory
9858                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9859                              new NHXParser() )[ 0 ];
9860             species3.setRooted( true );
9861             gene3.setRooted( true );
9862             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9863             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9864                 return false;
9865             }
9866             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9867                 return false;
9868             }
9869             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9870                 return false;
9871             }
9872             final Phylogeny species4 = factory
9873                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9874                              new NHXParser() )[ 0 ];
9875             final Phylogeny gene4 = factory
9876                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9877                              new NHXParser() )[ 0 ];
9878             species4.setRooted( true );
9879             gene4.setRooted( true );
9880             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9881             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9882                 return false;
9883             }
9884             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9885                 return false;
9886             }
9887             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9888                 return false;
9889             }
9890             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9891                 return false;
9892             }
9893             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9894                 return false;
9895             }
9896             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9897                 return false;
9898             }
9899             final Phylogeny species5 = factory
9900                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9901                              new NHXParser() )[ 0 ];
9902             final Phylogeny gene5 = factory
9903                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9904                              new NHXParser() )[ 0 ];
9905             species5.setRooted( true );
9906             gene5.setRooted( true );
9907             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9908             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9909                 return false;
9910             }
9911             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9912                 return false;
9913             }
9914             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9915                 return false;
9916             }
9917             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9918                 return false;
9919             }
9920             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9921                 return false;
9922             }
9923             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9927             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9928             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9929             final Phylogeny species6 = factory
9930                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9931                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9932                              new NHXParser() )[ 0 ];
9933             final Phylogeny gene6 = factory
9934                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9935                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9936                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9937                              new NHXParser() )[ 0 ];
9938             species6.setRooted( true );
9939             gene6.setRooted( true );
9940             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9941             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9942                 return false;
9943             }
9944             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9945                 return false;
9946             }
9947             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9948                 return false;
9949             }
9950             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9951                 return false;
9952             }
9953             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9954                 return false;
9955             }
9956             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9957                 return false;
9958             }
9959             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             sdi6.computeMappingCostL();
9969             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9970                 return false;
9971             }
9972             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9973                 return false;
9974             }
9975             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9976                 return false;
9977             }
9978             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9979                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9980                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9981                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9982                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9983             species7.setRooted( true );
9984             final Phylogeny gene7_1 = Test
9985                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9986             gene7_1.setRooted( true );
9987             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9988             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9989                 return false;
9990             }
9991             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9992                 return false;
9993             }
9994             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9995                 return false;
9996             }
9997             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9998                 return false;
9999             }
10000             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10001                 return false;
10002             }
10003             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10004                 return false;
10005             }
10006             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10007                 return false;
10008             }
10009             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10010                 return false;
10011             }
10012             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             final Phylogeny gene7_2 = Test
10016                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10017             gene7_2.setRooted( true );
10018             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
10019             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10020                 return false;
10021             }
10022             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10023                 return false;
10024             }
10025             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10026                 return false;
10027             }
10028             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10029                 return false;
10030             }
10031             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10032                 return false;
10033             }
10034             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10035                 return false;
10036             }
10037             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
10038                 return false;
10039             }
10040             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10041                 return false;
10042             }
10043             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10044                 return false;
10045             }
10046             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10047                 return false;
10048             }
10049         }
10050         catch ( final Exception e ) {
10051             return false;
10052         }
10053         return true;
10054     }
10055
10056     private static boolean testSDIunrooted() {
10057         try {
10058             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10059             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
10060             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
10061             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
10062             PhylogenyBranch br = iter.next();
10063             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10064                 return false;
10065             }
10066             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10067                 return false;
10068             }
10069             br = iter.next();
10070             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10071                 return false;
10072             }
10073             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10074                 return false;
10075             }
10076             br = iter.next();
10077             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10078                 return false;
10079             }
10080             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10081                 return false;
10082             }
10083             br = iter.next();
10084             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10085                 return false;
10086             }
10087             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10088                 return false;
10089             }
10090             br = iter.next();
10091             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10092                 return false;
10093             }
10094             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10095                 return false;
10096             }
10097             br = iter.next();
10098             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10099                 return false;
10100             }
10101             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10102                 return false;
10103             }
10104             br = iter.next();
10105             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10106                 return false;
10107             }
10108             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10109                 return false;
10110             }
10111             br = iter.next();
10112             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10113                 return false;
10114             }
10115             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10116                 return false;
10117             }
10118             br = iter.next();
10119             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10120                 return false;
10121             }
10122             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10123                 return false;
10124             }
10125             br = iter.next();
10126             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10127                 return false;
10128             }
10129             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10130                 return false;
10131             }
10132             br = iter.next();
10133             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10134                 return false;
10135             }
10136             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10137                 return false;
10138             }
10139             br = iter.next();
10140             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
10141                 return false;
10142             }
10143             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
10144                 return false;
10145             }
10146             br = iter.next();
10147             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10148                 return false;
10149             }
10150             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10151                 return false;
10152             }
10153             br = iter.next();
10154             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
10155                 return false;
10156             }
10157             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
10158                 return false;
10159             }
10160             br = iter.next();
10161             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( iter.hasNext() ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10171             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
10172             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
10173             br = iter1.next();
10174             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10175                 return false;
10176             }
10177             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10178                 return false;
10179             }
10180             br = iter1.next();
10181             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10182                 return false;
10183             }
10184             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10185                 return false;
10186             }
10187             br = iter1.next();
10188             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10189                 return false;
10190             }
10191             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10192                 return false;
10193             }
10194             if ( iter1.hasNext() ) {
10195                 return false;
10196             }
10197             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10198             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
10199             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
10200             br = iter2.next();
10201             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10202                 return false;
10203             }
10204             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10205                 return false;
10206             }
10207             br = iter2.next();
10208             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10209                 return false;
10210             }
10211             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10212                 return false;
10213             }
10214             br = iter2.next();
10215             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10216                 return false;
10217             }
10218             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10219                 return false;
10220             }
10221             if ( iter2.hasNext() ) {
10222                 return false;
10223             }
10224             final Phylogeny species0 = factory
10225                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10226                              new NHXParser() )[ 0 ];
10227             final Phylogeny gene1 = factory
10228                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10229                              new NHXParser() )[ 0 ];
10230             species0.setRooted( true );
10231             gene1.setRooted( true );
10232             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
10233             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
10234             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10235                 return false;
10236             }
10237             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
10238                 return false;
10239             }
10240             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
10241                 return false;
10242             }
10243             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
10244                 return false;
10245             }
10246             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10247                 return false;
10248             }
10249             final Phylogeny gene2 = factory
10250                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10251                              new NHXParser() )[ 0 ];
10252             gene2.setRooted( true );
10253             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
10254             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10255                 return false;
10256             }
10257             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10258                 return false;
10259             }
10260             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10261                 return false;
10262             }
10263             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
10264                 return false;
10265             }
10266             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10267                 return false;
10268             }
10269             final Phylogeny species6 = factory
10270                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10271                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10272                              new NHXParser() )[ 0 ];
10273             final Phylogeny gene6 = factory
10274                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10275                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10276                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10277                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10278                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10279                              new NHXParser() )[ 0 ];
10280             species6.setRooted( true );
10281             gene6.setRooted( true );
10282             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
10283             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10284                 return false;
10285             }
10286             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10287                 return false;
10288             }
10289             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10290                 return false;
10291             }
10292             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10293                 return false;
10294             }
10295             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10296                 return false;
10297             }
10298             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10299                 return false;
10300             }
10301             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10302                 return false;
10303             }
10304             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10305                 return false;
10306             }
10307             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10308                 return false;
10309             }
10310             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10311                 return false;
10312             }
10313             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10314                 return false;
10315             }
10316             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10317                 return false;
10318             }
10319             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10320                 return false;
10321             }
10322             p6 = null;
10323             final Phylogeny species7 = factory
10324                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10325                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10326                              new NHXParser() )[ 0 ];
10327             final Phylogeny gene7 = factory
10328                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10329                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10330                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10331                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10332                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10333                              new NHXParser() )[ 0 ];
10334             species7.setRooted( true );
10335             gene7.setRooted( true );
10336             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
10337             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10338                 return false;
10339             }
10340             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10341                 return false;
10342             }
10343             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10344                 return false;
10345             }
10346             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10347                 return false;
10348             }
10349             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
10350                 return false;
10351             }
10352             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10353                 return false;
10354             }
10355             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10356                 return false;
10357             }
10358             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10359                 return false;
10360             }
10361             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10362                 return false;
10363             }
10364             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10365                 return false;
10366             }
10367             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10368                 return false;
10369             }
10370             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10371                 return false;
10372             }
10373             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10374                 return false;
10375             }
10376             p7 = null;
10377             final Phylogeny species8 = factory
10378                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10379                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10380                              new NHXParser() )[ 0 ];
10381             final Phylogeny gene8 = factory
10382                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10383                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10384                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10385                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10386                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10387                              new NHXParser() )[ 0 ];
10388             species8.setRooted( true );
10389             gene8.setRooted( true );
10390             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
10391             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10392                 return false;
10393             }
10394             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10395                 return false;
10396             }
10397             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10398                 return false;
10399             }
10400             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10401                 return false;
10402             }
10403             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10404                 return false;
10405             }
10406             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10407                 return false;
10408             }
10409             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10410                 return false;
10411             }
10412             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10413                 return false;
10414             }
10415             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10416                 return false;
10417             }
10418             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10419                 return false;
10420             }
10421             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10422                 return false;
10423             }
10424             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10425                 return false;
10426             }
10427             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10428                 return false;
10429             }
10430             p8 = null;
10431         }
10432         catch ( final Exception e ) {
10433             e.printStackTrace( System.out );
10434             return false;
10435         }
10436         return true;
10437     }
10438
10439     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
10440         try {
10441             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
10442             n.setName( "NP_001025424" );
10443             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10444             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10445                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10446                 return false;
10447             }
10448             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
10449             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10450             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10451                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10452                 return false;
10453             }
10454             n.setName( "NP_001025424.1" );
10455             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10456             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10457                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10458                 return false;
10459             }
10460             n.setName( "NM_001030253" );
10461             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10462             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10463                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10464                 return false;
10465             }
10466             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
10467             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10468             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10469                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
10470                 System.out.println( acc.toString() );
10471                 return false;
10472             }
10473             n.setName( "P10415" );
10474             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10475             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10476                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10477                 System.out.println( acc.toString() );
10478                 return false;
10479             }
10480             n.setName( " P10415 " );
10481             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10482             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10483                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10484                 System.out.println( acc.toString() );
10485                 return false;
10486             }
10487             n.setName( "_P10415|" );
10488             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10489             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10490                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10491                 System.out.println( acc.toString() );
10492                 return false;
10493             }
10494             n.setName( "AY695820" );
10495             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10496             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10497                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10498                 System.out.println( acc.toString() );
10499                 return false;
10500             }
10501             n.setName( "_AY695820_" );
10502             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10503             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10504                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10505                 System.out.println( acc.toString() );
10506                 return false;
10507             }
10508             n.setName( "AAA59452" );
10509             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10510             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10511                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10512                 System.out.println( acc.toString() );
10513                 return false;
10514             }
10515             n.setName( "_AAA59452_" );
10516             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10517             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10518                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10519                 System.out.println( acc.toString() );
10520                 return false;
10521             }
10522             n.setName( "AAA59452.1" );
10523             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10524             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10525                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10526                 System.out.println( acc.toString() );
10527                 return false;
10528             }
10529             n.setName( "_AAA59452.1_" );
10530             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10531             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10532                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10533                 System.out.println( acc.toString() );
10534                 return false;
10535             }
10536             n.setName( "GI:94894583" );
10537             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10538             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10539                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
10540                 System.out.println( acc.toString() );
10541                 return false;
10542             }
10543             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10544             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10545             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10546                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
10547                 System.out.println( acc.toString() );
10548                 return false;
10549             }
10550             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10551             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10552             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10553                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
10554                 System.out.println( acc.toString() );
10555                 return false;
10556             }
10557         }
10558         catch ( final Exception e ) {
10559             return false;
10560         }
10561         return true;
10562     }
10563
10564     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
10565         try {
10566             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
10567             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
10568             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
10569                 return false;
10570             }
10571             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10572                 return false;
10573             }
10574             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10575                 return false;
10576             }
10577             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10578                 return false;
10579             }
10580             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
10581             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
10582             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
10583                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
10584                 return false;
10585             }
10586             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10587                 return false;
10588             }
10589             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10590                 return false;
10591             }
10592             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10593                 return false;
10594             }
10595             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
10596             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
10597             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
10598                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
10599                 return false;
10600             }
10601             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
10602                 return false;
10603             }
10604             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10605                 return false;
10606             }
10607             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
10608                 return false;
10609             }
10610         }
10611         catch ( final IOException e ) {
10612             System.out.println();
10613             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
10614             e.printStackTrace( System.out );
10615             return true;
10616         }
10617         catch ( final Exception e ) {
10618             e.printStackTrace();
10619             return false;
10620         }
10621         return true;
10622     }
10623
10624     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10625         try {
10626             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10627             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10628                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10629                 if ( id != null ) {
10630                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10631                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10632                 }
10633                 return false;
10634             }
10635             //
10636             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10637             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10638                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10639                 if ( id != null ) {
10640                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10641                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10642                 }
10643                 return false;
10644             }
10645             //
10646             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10647             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10648                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10649                 if ( id != null ) {
10650                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10651                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10652                 }
10653                 return false;
10654             }
10655             //
10656             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10657             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10658                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10659                 if ( id != null ) {
10660                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10661                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10662                 }
10663                 return false;
10664             }
10665             //
10666             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10667             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10668                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10669                 if ( id != null ) {
10670                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10671                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10672                 }
10673                 return false;
10674             }
10675             //
10676             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10677             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10678                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10679                 if ( id != null ) {
10680                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10681                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10682                 }
10683                 return false;
10684             }
10685             //
10686             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10687             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10688                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10689                 if ( id != null ) {
10690                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10691                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10692                 }
10693                 return false;
10694             }
10695             //
10696             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10697             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10698                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10699                 if ( id != null ) {
10700                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10701                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10702                 }
10703                 return false;
10704             }
10705             //
10706             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10707             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10708                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10709                 if ( id != null ) {
10710                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10711                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10712                 }
10713                 return false;
10714             }
10715             //
10716             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10717             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10718                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10719                 if ( id != null ) {
10720                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10721                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10722                 }
10723                 return false;
10724             }
10725             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10726             if ( id != null ) {
10727                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10728                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10729                 return false;
10730             }
10731         }
10732         catch ( final Exception e ) {
10733             e.printStackTrace( System.out );
10734             return false;
10735         }
10736         return true;
10737     }
10738
10739     private static boolean testSequenceWriter() {
10740         try {
10741             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10742             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10743                 return false;
10744             }
10745             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10746                 return false;
10747             }
10748             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10749                 return false;
10750             }
10751             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10752                 return false;
10753             }
10754             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10755                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10756                 return false;
10757             }
10758             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10759                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10760                 return false;
10761             }
10762         }
10763         catch ( final Exception e ) {
10764             e.printStackTrace();
10765             return false;
10766         }
10767         return true;
10768     }
10769
10770     private static boolean testSpecies() {
10771         try {
10772             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10773             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10774             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10775             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10776             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10777                 return false;
10778             }
10779             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10780                 return false;
10781             }
10782             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10783                 return false;
10784             }
10785             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10786                 return false;
10787             }
10788             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10789                 return false;
10790             }
10791             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10792                 return false;
10793             }
10794             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10795                 return false;
10796             }
10797             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10798                 return false;
10799             }
10800             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10801                 return false;
10802             }
10803             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10804                 return false;
10805             }
10806             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10807                 return false;
10808             }
10809             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10810                 return false;
10811             }
10812             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10813                 return false;
10814             }
10815             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10816                 return false;
10817             }
10818             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10819             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10820                 return false;
10821             }
10822             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10823                 return false;
10824             }
10825         }
10826         catch ( final Exception e ) {
10827             e.printStackTrace( System.out );
10828             return false;
10829         }
10830         return true;
10831     }
10832
10833     private static boolean testSplit() {
10834         try {
10835             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10836             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10837             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10838             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10839             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10840             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10841             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10842             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10843             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10844             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10845             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10846             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10847             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10848             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10849             // System.out.println( s0.toString() );
10850             //
10851             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10852             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10853             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10854             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10855                 return false;
10856             }
10857             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10858             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10859             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10860             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10861             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10862             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10865             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10866                 return false;
10867             }
10868             //
10869             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10870             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10871             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10873             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10874                 return false;
10875             }
10876             //
10877             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10878             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10879             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10880             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10882             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10883                 return false;
10884             }
10885             //
10886             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10887             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10888             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10891             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10892                 return false;
10893             }
10894             //
10895             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10896             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10898             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10899             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10900                 return false;
10901             }
10902             //
10903             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10906             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10907                 return false;
10908             }
10909             //
10910             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10916             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10917                 return false;
10918             }
10919             //
10920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10924             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10925                 return false;
10926             }
10927             //
10928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10933             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10934                 return false;
10935             }
10936             //
10937             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10940             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10941                 return false;
10942             }
10943             //
10944             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10945             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10949             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10950                 return false;
10951             }
10952             //
10953             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10959             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10960                 return false;
10961             }
10962             //
10963             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10967             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10968                 return false;
10969             }
10970             //
10971             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10974             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10975                 return false;
10976             }
10977             //
10978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10981             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10982                 return false;
10983             }
10984             //
10985             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10988             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10989                 return false;
10990             }
10991             //
10992             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10995             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10996                 return false;
10997             }
10998             //
10999             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11002             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11003                 return false;
11004             }
11005             //
11006             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11009             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11010                 return false;
11011             }
11012             //
11013             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11017             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11018                 return false;
11019             }
11020             //
11021             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11025             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11026                 return false;
11027             }
11028             //
11029             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11033             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11034                 return false;
11035             }
11036             //
11037             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11042             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11043                 return false;
11044             }
11045             /////////
11046             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11047             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11048             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11049             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11050             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11051             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11052             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11053             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11054             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11055             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11056             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11057             //                return false;
11058             //            }
11059             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11060             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11061             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11062             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11063             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11064             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11065             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11066             //                return false;
11067             //            }
11068             //            //
11069             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11070             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11071             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11072             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11073             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11074             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11075             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11076             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11077             //                return false;
11078             //            }
11079             //            //
11080             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11081             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11082             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11083             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11084             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11085             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11086             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11087             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11088             //                return false;
11089             //            }
11090             //            //
11091             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11092             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11093             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11094             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11095             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11096             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11097             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11098             //                return false;
11099             //            }
11100             //            //
11101             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11102             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11103             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11104             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11105             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11106             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11107             //                return false;
11108             //            }
11109             //
11110             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11115             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11116                 return false;
11117             }
11118             //
11119             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11124             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11125                 return false;
11126             }
11127             ///////////////////////////
11128             //
11129             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11134             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11135                 return false;
11136             }
11137             //
11138             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11143             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11144                 return false;
11145             }
11146             //
11147             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11152             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11153                 return false;
11154             }
11155             //
11156             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11159             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11161             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11162                 return false;
11163             }
11164             //
11165             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11170             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11171                 return false;
11172             }
11173             //
11174             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11178             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11179                 return false;
11180             }
11181             //
11182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11188             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11189                 return false;
11190             }
11191             //
11192             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11198             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11199                 return false;
11200             }
11201             //
11202             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11208             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11209                 return false;
11210             }
11211             //
11212             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11219             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11220                 return false;
11221             }
11222         }
11223         catch ( final Exception e ) {
11224             e.printStackTrace();
11225             return false;
11226         }
11227         return true;
11228     }
11229
11230     private static boolean testSplitStrict() {
11231         try {
11232             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11233             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11234             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11235             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11236             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11237             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11238             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11239             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11240             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11241             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11242             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
11243             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11246             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11247                 return false;
11248             }
11249             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11257             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11258                 return false;
11259             }
11260             //
11261             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11265             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11266                 return false;
11267             }
11268             //
11269             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11274             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11275                 return false;
11276             }
11277             //
11278             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11283             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11284                 return false;
11285             }
11286             //
11287             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11291             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11292                 return false;
11293             }
11294             //
11295             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11298             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11299                 return false;
11300             }
11301             //
11302             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11308             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11309                 return false;
11310             }
11311             //
11312             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11316             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11317                 return false;
11318             }
11319             //
11320             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11325             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11326                 return false;
11327             }
11328             //
11329             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11332             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11333                 return false;
11334             }
11335             //
11336             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11341             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             //
11345             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11351             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11352                 return false;
11353             }
11354             //
11355             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11359             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11360                 return false;
11361             }
11362             //
11363             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11366             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11367                 return false;
11368             }
11369             //
11370             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11373             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11374                 return false;
11375             }
11376             //
11377             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11381                 return false;
11382             }
11383             //
11384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11387             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11388                 return false;
11389             }
11390             //
11391             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11395                 return false;
11396             }
11397             //
11398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11401             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11402                 return false;
11403             }
11404             //
11405             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11409             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11410                 return false;
11411             }
11412             //
11413             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11414             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11417             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11418                 return false;
11419             }
11420             //
11421             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11425             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11426                 return false;
11427             }
11428             //
11429             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11432             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11434             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11435                 return false;
11436             }
11437         }
11438         catch ( final Exception e ) {
11439             e.printStackTrace();
11440             return false;
11441         }
11442         return true;
11443     }
11444
11445     private static boolean testSubtreeDeletion() {
11446         try {
11447             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11448             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11449             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
11450             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11451                 return false;
11452             }
11453             t1.toNewHampshireX();
11454             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
11455             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
11456                 return false;
11457             }
11458             t1.toNewHampshireX();
11459             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
11460             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11461                 return false;
11462             }
11463             t1.toNewHampshireX();
11464             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
11465             t1.toNewHampshireX();
11466             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11467                 return false;
11468             }
11469             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
11470             t1.toNewHampshireX();
11471             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
11472                 return false;
11473             }
11474             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
11475             t1.toNewHampshireX();
11476             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11477                 return false;
11478             }
11479             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
11480             t1.toNewHampshireX();
11481             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11482                 return false;
11483             }
11484             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
11485             t1.toNewHampshireX();
11486             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11487                 return false;
11488             }
11489             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
11490             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
11491                 return false;
11492             }
11493             if ( !t1.isEmpty() ) {
11494                 return false;
11495             }
11496             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11497             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
11498             t2.toNewHampshireX();
11499             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11500                 return false;
11501             }
11502             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
11503             t2.toNewHampshireX();
11504             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11505                 return false;
11506             }
11507             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
11508             t2.toNewHampshireX();
11509             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11510                 return false;
11511             }
11512         }
11513         catch ( final Exception e ) {
11514             e.printStackTrace( System.out );
11515             return false;
11516         }
11517         return true;
11518     }
11519
11520     private static boolean testSupportCount() {
11521         try {
11522             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11523             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
11524             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
11525                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
11526                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11527                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11528                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
11529                                                               new NHXParser() );
11530             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
11531             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
11532             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11533                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
11534                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
11535                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11536                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11537                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11538                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
11539                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11540                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
11541                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
11542                                                               new NHXParser() );
11543             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
11544             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
11545             while ( it.hasNext() ) {
11546                 final PhylogenyNode n = it.next();
11547                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
11548                     return false;
11549                 }
11550             }
11551             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
11552             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
11553                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
11554             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
11555             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
11556             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
11557                 return false;
11558             }
11559             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
11560                 return false;
11561             }
11562             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
11563                 return false;
11564             }
11565             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
11566                 return false;
11567             }
11568             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
11569                 return false;
11570             }
11571             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
11572                 return false;
11573             }
11574             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
11575                 return false;
11576             }
11577             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
11578                 return false;
11579             }
11580             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
11581                 return false;
11582             }
11583             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
11584                 return false;
11585             }
11586             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11587             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
11588                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
11589             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
11590             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
11591             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
11592                 return false;
11593             }
11594             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11595                 return false;
11596             }
11597             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11598                 return false;
11599             }
11600             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11601                 return false;
11602             }
11603             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11604                 return false;
11605             }
11606             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11607                 return false;
11608             }
11609             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11610                 return false;
11611             }
11612             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11613                 return false;
11614             }
11615             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11616                 return false;
11617             }
11618             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11619                 return false;
11620             }
11621             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11622             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11623             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11624             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11625                 return false;
11626             }
11627             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11628             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11629             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11630             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11631                 return false;
11632             }
11633             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11634             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11635             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11636             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11637                 return false;
11638             }
11639             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11640             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11641             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11642             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11643                 return false;
11644             }
11645         }
11646         catch ( final Exception e ) {
11647             e.printStackTrace( System.out );
11648             return false;
11649         }
11650         return true;
11651     }
11652
11653     private static boolean testSupportTransfer() {
11654         try {
11655             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11656             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11657                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11658             final Phylogeny p2 = factory
11659                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11660             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11661                 return false;
11662             }
11663             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11664                 return false;
11665             }
11666             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11667             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11668             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11672                 return false;
11673             }
11674             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11675                 return false;
11676             }
11677             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11678                 return false;
11679             }
11680             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11681                 return false;
11682             }
11683             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11684                 return false;
11685             }
11686             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11687                 return false;
11688             }
11689             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11690                 return false;
11691             }
11692         }
11693         catch ( final Exception e ) {
11694             e.printStackTrace( System.out );
11695             return false;
11696         }
11697         return true;
11698     }
11699
11700     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11701         try {
11702             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11703                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11704             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11705                 return false;
11706             }
11707             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11708                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11709             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11710                 System.out.println( n1.toString() );
11711                 return false;
11712             }
11713             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11714                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11715             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11716                 return false;
11717             }
11718             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11719                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11720             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11721                 System.out.println( n3.toString() );
11722                 return false;
11723             }
11724             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11725                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11726             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11727                 System.out.println( n4.toString() );
11728                 return false;
11729             }
11730             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11731                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11732             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11733                 System.out.println( n5.toString() );
11734                 return false;
11735             }
11736             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11737                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11738             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11739                 System.out.println( n6.toString() );
11740                 return false;
11741             }
11742             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11743                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11744             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11745                 System.out.println( n7.toString() );
11746                 return false;
11747             }
11748             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11749                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11750             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11751                 System.out.println( n8.toString() );
11752                 return false;
11753             }
11754             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11755                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11756             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11757                 System.out.println( n9.toString() );
11758                 return false;
11759             }
11760             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11761                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11762             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11763                 System.out.println( n10x.toString() );
11764                 return false;
11765             }
11766             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11767                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11768             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11769                 System.out.println( n10xx.toString() );
11770                 return false;
11771             }
11772             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11773                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11774             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11775                 System.out.println( n10.toString() );
11776                 return false;
11777             }
11778             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11779                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11780             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11781                 System.out.println( n11.toString() );
11782                 return false;
11783             }
11784             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11785                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11786                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11787             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11788                 System.out.println( n12.toString() );
11789                 return false;
11790             }
11791             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11792                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11793             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11794                 System.out.println( n13.toString() );
11795                 return false;
11796             }
11797         }
11798         catch ( final Exception e ) {
11799             e.printStackTrace( System.out );
11800             return false;
11801         }
11802         return true;
11803     }
11804
11805     private static boolean testTreeCopy() {
11806         try {
11807             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
11808             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
11809             final Phylogeny t1 = t0.copy();
11810             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
11811                 return false;
11812             }
11813             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11814                 return false;
11815             }
11816             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
11817             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
11818             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
11819             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
11820             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
11821                 return false;
11822             }
11823             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11824                 return false;
11825             }
11826             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
11827             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
11828             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
11829             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
11830                 return false;
11831             }
11832         }
11833         catch ( final Exception e ) {
11834             e.printStackTrace();
11835             return false;
11836         }
11837         return true;
11838     }
11839
11840     private static boolean testTreeMethods() {
11841         try {
11842             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11843             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11844             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11845             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11846                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11847                 return false;
11848             }
11849             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11850             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11851             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11852                 return false;
11853             }
11854             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11855                 return false;
11856             }
11857             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11858                 return false;
11859             }
11860         }
11861         catch ( final Exception e ) {
11862             e.printStackTrace( System.out );
11863             return false;
11864         }
11865         return true;
11866     }
11867
11868     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11869         try {
11870             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11871             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11872                 return false;
11873             }
11874             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11875                 return false;
11876             }
11877             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11878                 return false;
11879             }
11880             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11881                 return false;
11882             }
11883             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11884                 return false;
11885             }
11886             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11887                 return false;
11888             }
11889         }
11890         catch ( final IOException e ) {
11891             System.out.println();
11892             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11893             e.printStackTrace( System.out );
11894             return true;
11895         }
11896         catch ( final Exception e ) {
11897             return false;
11898         }
11899         return true;
11900     }
11901
11902     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11903         try {
11904             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11905                                                                                                  10 );
11906             if ( results.size() != 1 ) {
11907                 return false;
11908             }
11909             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11910                 return false;
11911             }
11912             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11913                 return false;
11914             }
11915             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11916                 return false;
11917             }
11918             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11919                 return false;
11920             }
11921             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11922                 return false;
11923             }
11924             results = null;
11925             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11926             if ( results.size() != 1 ) {
11927                 return false;
11928             }
11929             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11930                 return false;
11931             }
11932             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11933                 return false;
11934             }
11935             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11936                 return false;
11937             }
11938             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11939                 return false;
11940             }
11941             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11942                 return false;
11943             }
11944             results = null;
11945             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11946             if ( results.size() != 1 ) {
11947                 return false;
11948             }
11949             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11950                 return false;
11951             }
11952             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11953                 return false;
11954             }
11955             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11956                 return false;
11957             }
11958             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11959                 return false;
11960             }
11961             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11962                 return false;
11963             }
11964             results = null;
11965             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11966             if ( results.size() != 1 ) {
11967                 return false;
11968             }
11969             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11970                 return false;
11971             }
11972             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11973                 return false;
11974             }
11975             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11976                 return false;
11977             }
11978             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11979                 return false;
11980             }
11981             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11982                 return false;
11983             }
11984             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11985                 return false;
11986             }
11987             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11988                 return false;
11989             }
11990             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11991                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11992                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11993                 return false;
11994             }
11995             //
11996             results = null;
11997             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11998             if ( results.size() != 1 ) {
11999                 return false;
12000             }
12001             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12002                 return false;
12003             }
12004             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12005                 return false;
12006             }
12007             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12008                 return false;
12009             }
12010             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12011                 return false;
12012             }
12013             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12014                 return false;
12015             }
12016             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12017                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12018                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12019                 return false;
12020             }
12021             //
12022             results = null;
12023             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
12024             if ( results.size() != 1 ) {
12025                 return false;
12026             }
12027             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12028                 return false;
12029             }
12030             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12031                 return false;
12032             }
12033             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12034                 return false;
12035             }
12036             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12037                 return false;
12038             }
12039             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12040                 return false;
12041             }
12042             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12043                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12044                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12045                 return false;
12046             }
12047             //
12048             results = null;
12049             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
12050             if ( results.size() != 1 ) {
12051                 return false;
12052             }
12053             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12054                 return false;
12055             }
12056             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12057                 return false;
12058             }
12059             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12060                 return false;
12061             }
12062             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12063                 return false;
12064             }
12065             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12066                 return false;
12067             }
12068             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12069                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12070                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12071                 return false;
12072             }
12073         }
12074         catch ( final IOException e ) {
12075             System.out.println();
12076             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12077             e.printStackTrace( System.out );
12078             return true;
12079         }
12080         catch ( final Exception e ) {
12081             return false;
12082         }
12083         return true;
12084     }
12085
12086     private static boolean testWabiTxSearch() {
12087         try {
12088             String result = "";
12089             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
12090             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
12091             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
12092                 return false;
12093             }
12094             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
12095             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
12096                 return false;
12097             }
12098             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
12099             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
12100                 return false;
12101             }
12102             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
12103             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12104                 return false;
12105             }
12106             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12107             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
12108                 return false;
12109             }
12110             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
12111             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
12112                 return false;
12113             }
12114             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
12115             queries.add( "Campylobacter coli" );
12116             queries.add( "Escherichia coli" );
12117             queries.add( "Arabidopsis" );
12118             queries.add( "Trichoplax" );
12119             queries.add( "Samanea saman" );
12120             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
12121             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12122             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
12123             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
12124             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
12125             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
12126             ranks.add( RANKS.FAMILY );
12127             ranks.add( RANKS.GENUS );
12128             ranks.add( RANKS.TRIBE );
12129             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
12130             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
12131             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
12132         }
12133         catch ( final Exception e ) {
12134             System.out.println();
12135             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12136             e.printStackTrace( System.out );
12137             return false;
12138         }
12139         return true;
12140     }
12141 }