forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  42 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  43 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  46 import org.forester.go.TestGo;
  47 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.pccx.TestPccx;
  62 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  67 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  69 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  70 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  73 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  78 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  82 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  83 import org.forester.sdi.SDI;
  84 import org.forester.sdi.SDIR;
  85 import org.forester.sdi.SDIse;
  86 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  87 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  88 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  89 import org.forester.sequence.Sequence;
  90 import org.forester.surfacing.Protein;
  91 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  92 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  93 import org.forester.tools.SupportCount;
  94 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  95 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  96 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  97 import org.forester.util.BasicTable;
  98 import org.forester.util.BasicTableParser;
  99 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.ForesterConstants;
 101 import org.forester.util.ForesterUtil;
 102 import org.forester.util.GeneralTable;
 103 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 104 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 106 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 111
 112 @SuppressWarnings( "unused")
 113 public final class Test {
 114
 115     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 116     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 118                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 119     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 123     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 125                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 126     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129
 130     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 131         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 132         return p;
 133     }
 134
 135     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 136         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 137         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 138     }
 139
 140     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 141         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 142     }
 143
 144     public static void main( final String[] args ) {
 145         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 146         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 147                 + "]" );
 148         Locale.setDefault( Locale.US );
 149         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 150         int failed = 0;
 151         int succeeded = 0;
 152         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 153         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 154             System.out.println( "OK.]" );
 155         }
 156         else {
 157             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 158             System.out.println( "Testing aborted." );
 159             System.exit( -1 );
 160         }
 161         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 162         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 163             System.out.println( "OK.]" );
 164         }
 165         else {
 166             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 167             System.out.println( "Testing aborted." );
 168             System.exit( -1 );
 169         }
 170         final long start_time = new Date().getTime();
 171         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 172         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 173             System.out.println( "OK." );
 174             succeeded++;
 175         }
 176         else {
 177             System.out.println( "failed." );
 178             failed++;
 179         }
 180         System.out.print( "Basic node methods: " );
 181         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 182             System.out.println( "OK." );
 183             succeeded++;
 184         }
 185         else {
 186             System.out.println( "failed." );
 187             failed++;
 188         }
 189         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 190         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 191             System.out.println( "OK." );
 192             succeeded++;
 193         }
 194         else {
 195             System.out.println( "failed." );
 196             failed++;
 197         }
 198         System.out.print( "NH parsing: " );
 199         if ( Test.testNHParsing() ) {
 200             System.out.println( "OK." );
 201             succeeded++;
 202         }
 203         else {
 204             System.out.println( "failed." );
 205             failed++;
 206         }
 207         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 208         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 209             System.out.println( "OK." );
 210             succeeded++;
 211         }
 212         else {
 213             System.out.println( "failed." );
 214             failed++;
 215         }
 216         System.out.print( "NHX parsing: " );
 217         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 218             System.out.println( "OK." );
 219             succeeded++;
 220         }
 221         else {
 222             System.out.println( "failed." );
 223             failed++;
 224         }
 225         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 226         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 227             System.out.println( "OK." );
 228             succeeded++;
 229         }
 230         else {
 231             System.out.println( "failed." );
 232             failed++;
 233         }
 234         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 235         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 236             System.out.println( "OK." );
 237             succeeded++;
 238         }
 239         else {
 240             System.out.println( "failed." );
 241             failed++;
 242         }
 243         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 244         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 245             System.out.println( "OK." );
 246             succeeded++;
 247         }
 248         else {
 249             System.out.println( "failed." );
 250             failed++;
 251         }
 252         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 253         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 254             System.out.println( "OK." );
 255             succeeded++;
 256         }
 257         else {
 258             System.out.println( "failed." );
 259             failed++;
 260         }
 261         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 262         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 263             System.out.println( "OK." );
 264             succeeded++;
 265         }
 266         else {
 267             System.out.println( "failed." );
 268             failed++;
 269         }
 270         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 271         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 272             System.out.println( "OK." );
 273             succeeded++;
 274         }
 275         else {
 276             System.out.println( "failed." );
 277             failed++;
 278         }
 279         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 280         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 281             System.out.println( "OK." );
 282             succeeded++;
 283         }
 284         else {
 285             System.out.println( "failed." );
 286             failed++;
 287         }
 288         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 289         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 290             System.out.println( "OK." );
 291             succeeded++;
 292         }
 293         else {
 294             System.out.println( "failed." );
 295             failed++;
 296         }
 297         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 298         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 299             System.out.println( "OK." );
 300             succeeded++;
 301         }
 302         else {
 303             System.out.println( "failed." );
 304             failed++;
 305         }
 306         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 307         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 308             System.out.println( "OK." );
 309             succeeded++;
 310         }
 311         else {
 312             System.out.println( "failed." );
 313             failed++;
 314         }
 315         System.out.print( "Copying of node data: " );
 316         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 317             System.out.println( "OK." );
 318             succeeded++;
 319         }
 320         else {
 321             System.out.println( "failed." );
 322             failed++;
 323         }
 324         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 325         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 326             System.out.println( "OK." );
 327             succeeded++;
 328         }
 329         else {
 330             System.out.println( "failed." );
 331             failed++;
 332         }
 333         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 334         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 335             System.out.println( "OK." );
 336             succeeded++;
 337         }
 338         else {
 339             System.out.println( "failed." );
 340             failed++;
 341         }
 342         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 343         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 344             System.out.println( "OK." );
 345             succeeded++;
 346         }
 347         else {
 348             System.out.println( "failed." );
 349             failed++;
 350         }
 351         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 352         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 353             System.out.println( "OK." );
 354             succeeded++;
 355         }
 356         else {
 357             System.out.println( "failed." );
 358             failed++;
 359         }
 360         System.out.print( "Re-id methods: " );
 361         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 362             System.out.println( "OK." );
 363             succeeded++;
 364         }
 365         else {
 366             System.out.println( "failed." );
 367             failed++;
 368         }
 369         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 370         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 371             System.out.println( "OK." );
 372             succeeded++;
 373         }
 374         else {
 375             System.out.println( "failed." );
 376             failed++;
 377         }
 378         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 379         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 380             System.out.println( "OK." );
 381             succeeded++;
 382         }
 383         else {
 384             System.out.println( "failed." );
 385             failed++;
 386         }
 387         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 388         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 389             System.out.println( "OK." );
 390             succeeded++;
 391         }
 392         else {
 393             System.out.println( "failed." );
 394             failed++;
 395         }
 396         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 397         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 398             System.out.println( "OK." );
 399             succeeded++;
 400         }
 401         else {
 402             System.out.println( "failed." );
 403             failed++;
 404         }
 405         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 406         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 407             System.out.println( "OK." );
 408             succeeded++;
 409         }
 410         else {
 411             System.out.println( "failed." );
 412             failed++;
 413         }
 414         System.out.print( "Rerooting: " );
 415         if ( Test.testRerooting() ) {
 416             System.out.println( "OK." );
 417             succeeded++;
 418         }
 419         else {
 420             System.out.println( "failed." );
 421             failed++;
 422         }
 423         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 424         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 425             System.out.println( "OK." );
 426             succeeded++;
 427         }
 428         else {
 429             System.out.println( "failed." );
 430             failed++;
 431         }
 432         System.out.print( "Support count: " );
 433         if ( Test.testSupportCount() ) {
 434             System.out.println( "OK." );
 435             succeeded++;
 436         }
 437         else {
 438             System.out.println( "failed." );
 439             failed++;
 440         }
 441         System.out.print( "Support transfer: " );
 442         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 443             System.out.println( "OK." );
 444             succeeded++;
 445         }
 446         else {
 447             System.out.println( "failed." );
 448             failed++;
 449         }
 450         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 451         if ( Test.testGetLCA() ) {
 452             System.out.println( "OK." );
 453             succeeded++;
 454         }
 455         else {
 456             System.out.println( "failed." );
 457             failed++;
 458         }
 459         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 460         if ( Test.testGetDistance() ) {
 461             System.out.println( "OK." );
 462             succeeded++;
 463         }
 464         else {
 465             System.out.println( "failed." );
 466             failed++;
 467         }
 468         System.out.print( "SDIse: " );
 469         if ( Test.testSDIse() ) {
 470             System.out.println( "OK." );
 471             succeeded++;
 472         }
 473         else {
 474             System.out.println( "failed." );
 475             failed++;
 476         }
 477         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 478         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 479             System.out.println( "OK." );
 480             succeeded++;
 481         }
 482         else {
 483             System.out.println( "failed." );
 484             failed++;
 485         }
 486         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 487         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 488             System.out.println( "OK." );
 489             succeeded++;
 490         }
 491         else {
 492             System.out.println( "failed." );
 493             failed++;
 494         }
 495         System.out.print( "GSDI: " );
 496         if ( TestGSDI.test() ) {
 497             System.out.println( "OK." );
 498             succeeded++;
 499         }
 500         else {
 501             System.out.println( "failed." );
 502             failed++;
 503         }
 504         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 505         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 506             System.out.println( "OK." );
 507             succeeded++;
 508         }
 509         else {
 510             System.out.println( "failed." );
 511             failed++;
 512         }
 513         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 514         if ( Test.testDataObjects() ) {
 515             System.out.println( "OK." );
 516             succeeded++;
 517         }
 518         else {
 519             System.out.println( "failed." );
 520             failed++;
 521         }
 522         System.out.print( "Properties map: " );
 523         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 524             System.out.println( "OK." );
 525             succeeded++;
 526         }
 527         else {
 528             System.out.println( "failed." );
 529             failed++;
 530         }
 531         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 532         System.out.println();
 533         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 534             System.out.println( "OK." );
 535             succeeded++;
 536         }
 537         else {
 538             System.out.println( "failed." );
 539             failed++;
 540         }
 541         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 542         System.out.println();
 543         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 544             System.out.println( "OK." );
 545             succeeded++;
 546         }
 547         else {
 548             System.out.println( "failed." );
 549             failed++;
 550         }
 551         System.out.print( "GO: " );
 552         System.out.println();
 553         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "Modeling tools: " );
 562         if ( TestPccx.test() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 571         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "Split Matrix: " );
 580         if ( Test.testSplit() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 589         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "Basic table: " );
 598         if ( Test.testBasicTable() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "General table: " );
 607         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 608             System.out.println( "OK." );
 609             succeeded++;
 610         }
 611         else {
 612             System.out.println( "failed." );
 613             failed++;
 614         }
 615         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 616         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 617             System.out.println( "OK." );
 618             succeeded++;
 619         }
 620         else {
 621             System.out.println( "failed." );
 622             failed++;
 623         }
 624         System.out.print( "General MSA parser: " );
 625         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 626             System.out.println( "OK." );
 627             succeeded++;
 628         }
 629         else {
 630             System.out.println( "failed." );
 631             failed++;
 632         }
 633         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 634         if ( Test.testFastaParser() ) {
 635             System.out.println( "OK." );
 636             succeeded++;
 637         }
 638         else {
 639             System.out.println( "failed." );
 640             failed++;
 641         }
 642         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 643         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 644             System.out.println( "OK." );
 645             succeeded++;
 646         }
 647         else {
 648             System.out.println( "failed." );
 649             failed++;
 650         }
 651         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 652         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 653             System.out.println( "OK." );
 654             succeeded++;
 655         }
 656         else {
 657             System.out.println( "failed." );
 658             failed++;
 659         }
 660         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 661         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 662             System.out.println( "OK." );
 663             succeeded++;
 664         }
 665         else {
 666             System.out.println( "failed." );
 667             failed++;
 668         }
 669         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 670         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 671             System.out.println( "OK." );
 672             succeeded++;
 673         }
 674         else {
 675             System.out.println( "failed." );
 676             failed++;
 677         }
 678         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 679             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 680             if ( Test.testMafft() ) {
 681                 System.out.println( "OK." );
 682                 succeeded++;
 683             }
 684             else {
 685                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 686             }
 687         }
 688         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 689         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 690             System.out.println( "OK." );
 691             succeeded++;
 692         }
 693         else {
 694             System.out.println( "failed." );
 695             failed++;
 696         }
 697         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 698         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 699         //            System.out.println( "OK." );
 700         //            succeeded++;
 701         //        }
 702         //        else {
 703         //            System.out
 704         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 705         //        }
 706         System.out.println();
 707         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 708         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 709         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 710         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 711                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 712         System.out.println();
 713         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 714         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 715         System.out.println();
 716         if ( failed < 1 ) {
 717             System.out.println( "OK." );
 718         }
 719         else {
 720             System.out.println( "Not OK." );
 721         }
 722         // System.out.println();
 723         // Development.setTime( true );
 724         //try {
 725         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 726         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 727         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 728         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 729         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 730         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 731         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 732         // NHXParser() )[ 0 ];
 733         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 734         // }
 735         // catch ( final Exception e ) {
 736         //     e.printStackTrace();
 737         // }
 738         // t1.getRoot().preorderPrint();
 739         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 740         // .getInstance();
 741         // try {
 742         //
 743         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 744         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 745         // factory.create(
 746         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 747         // new NHXParser() );
 748         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 749         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 750         // factory.create(
 751         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 752         // new NHXParser() );
 753         //
 754         //
 755         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 756         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 757         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 758         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 759         // factory.create(
 760         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 761         // new NHXParser() );
 762         // factory.create(
 763         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 764         // new NHXParser() );
 765         //
 766         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 767         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 768         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 769         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 770         //
 771         // factory.create(
 772         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 773         // new NHXParser() );
 774         // factory.create(
 775         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 776         // new NHXParser() );
 777         //
 778         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 779         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 780         // factory.create(
 781         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 782         // new NHXParser() );
 783         //
 784         // }
 785         // catch ( IOException e ) {
 786         // // TODO Auto-generated catch block
 787         // e.printStackTrace();
 788         // }
 789     }
 790
 791     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 792         try {
 793             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 794                 return false;
 795             }
 796             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 797             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 798                     .createInstanceFromNhxString( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 799             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 800                     .createInstanceFromNhxString( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 801             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 802                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 803             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 804                 return false;
 805             }
 806             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !n3.isExternal() ) {
 816                 return false;
 817             }
 818             if ( !n3.isRoot() ) {
 819                 return false;
 820             }
 821             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 822                 return false;
 823             }
 824         }
 825         catch ( final Exception e ) {
 826             e.printStackTrace( System.out );
 827             return false;
 828         }
 829         return true;
 830     }
 831
 832     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 833         try {
 834             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 835             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 836             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 837                                                               xml_parser );
 838             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 839                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 846             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 847             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 848             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 849             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( !t1.isRooted() ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( t1.isRerootable() ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 862                 return false;
 863             }
 864             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 883                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 887                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 888                 return false;
 889             }
 890             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 897                 return false;
 898             }
 899             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 900                 return false;
 901             }
 902             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 915                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 928                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 929                 return false;
 930             }
 931             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 932                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 936                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 940                     .equals( "experimental" ) ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 944                     .equals( "function" ) ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 948                     .getValue() != 1 ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 952                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 956                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 960                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 964                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 968                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 972                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 976                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 980                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 984                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 988                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 995                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1002             //     return false;
1003             //}
1004             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1005             //                return false;
1006             //            }
1007             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1008             //                return false;
1009             //            }
1010             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1011             //                return false;
1012             //            }
1013             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1014             //                return false;
1015             //            }
1016             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1017             //                return false;
1018             //            }
1019             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1020             //                return false;
1021             //            }
1022             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1023             //                return false;
1024             //            }
1025             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1029             //                    .equals( "B" ) ) {
1030             //                return false;
1031             //            }
1032             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1033             //                return false;
1034             //            }
1035             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1042             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1043             //                return false;
1044             //            }
1045             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1046             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1047             //                return false;
1048             //            }
1049             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1050             //                return false;
1051             //            }
1052             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1053             //                return false;
1054             //            }
1055             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1056             //                return false;
1057             //            }
1058             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1059             //                return false;
1060             //            }
1061             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1062             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1063             //                ;
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1073             //                return false;
1074             //            }
1075             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1076             //                return false;
1077             //            }
1078             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1079             //                return false;
1080             //            }
1081             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1082             //                return false;
1083             //            }
1084             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1085             //                return false;
1086             //            }
1087             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1088             //                                                              xml_parser );
1089             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1090             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1097             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109         }
1110         catch ( final Exception e ) {
1111             e.printStackTrace( System.out );
1112             return false;
1113         }
1114         return true;
1115     }
1116
1117     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1118         try {
1119             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1120             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1121             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1122                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1123             }
1124             else {
1125                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1126             }
1127             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1128                                                               xml_parser );
1129             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1130                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1138             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1142             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1155             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1156             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1157             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1170                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1174                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1178             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1179             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1180             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1181             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1185             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1201                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1211                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1215                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1219                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1223                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1227                     .equals( "experimental" ) ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1231                     .equals( "function" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1235                     .getValue() != 1 ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1239                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1243                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1247                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1251                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1255                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1259                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1263                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1267                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1271                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1275                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1282                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1292                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1308                     .equals( "ncbi" ) ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1315                     .getName().equals( "B" ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1319                     .getFrom() != 21 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1326                     .getLength() != 24 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1330                     .getConfidence() != 2144 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1334                     .equals( "pfam" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1350             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1387                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1388                 ;
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             //
1413             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1417                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1424                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1434                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437         }
1438         catch ( final Exception e ) {
1439             e.printStackTrace( System.out );
1440             return false;
1441         }
1442         return true;
1443     }
1444
1445     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1446         try {
1447             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1448             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1449             try {
1450                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1451             }
1452             catch ( final Exception e ) {
1453                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1454             }
1455             if ( xml_parser == null ) {
1456                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1457                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1458                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1459                 }
1460                 else {
1461                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1462                 }
1463             }
1464             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1465                                                               xml_parser );
1466             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1467                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1474             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1475             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1476             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1477             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1484                 return false;
1485             }
1486             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1499             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( "errors:" );
1502                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1509                                                               xml_parser );
1510             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1511                 System.out.println( "errors:" );
1512                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1522                                                               xml_parser );
1523             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1524                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1531             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1535                 return false;
1536             }
1537             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1538                 return false;
1539             }
1540             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1544                                                               xml_parser );
1545             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1546                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1553             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             s.getNode( "first" );
1557             s.getNode( "<>" );
1558             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1559             s.getNode( "'''\"" );
1560             s.getNode( "\"\"\"" );
1561             s.getNode( "dick & doof" );
1562         }
1563         catch ( final Exception e ) {
1564             e.printStackTrace( System.out );
1565             return false;
1566         }
1567         return true;
1568     }
1569
1570     private static boolean testBasicTable() {
1571         try {
1572             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1573             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1580             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1581             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1582             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1583             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1584             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1585             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1586             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1587             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1591                 return false;
1592             }
1593             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1618             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1619             source.append( "" + l );
1620             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1621             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1622             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1623             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1624             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1625             source.append( "40 41 42 43" + l );
1626             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1627             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1628             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1629             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1648             source1.append( "" + l );
1649             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1650             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1651             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1652             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1653             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1654             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1655             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1656             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1657             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1658             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1683             source2.append( "" + l );
1684             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1685             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1686             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1687             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1688             source2.append( "                     " + l );
1689             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1690             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1691             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1692             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1693             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1694                                                                         ";",
1695                                                                         false,
1696                                                                         "comment:",
1697                                                                         false );
1698             if ( tl.size() != 2 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1702             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1703             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1719                 return false;
1720             }
1721         }
1722         catch ( final Exception e ) {
1723             e.printStackTrace( System.out );
1724             return false;
1725         }
1726         return true;
1727     }
1728
1729     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1730         try {
1731             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1732             final TolParser parser = new TolParser();
1733             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1734             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1735                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1742             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t1.isRooted() ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1761             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1762                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1769             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( !t2.isRooted() ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1791                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1795             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1796                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1803             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1816             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1817                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1824             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1837             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1838                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1845             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857         }
1858         catch ( final Exception e ) {
1859             e.printStackTrace( System.out );
1860             return false;
1861         }
1862         return true;
1863     }
1864
1865     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1866         try {
1867             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1868             final Phylogeny t1 = factory.create();
1869             if ( !t1.isEmpty() ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1873             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( t2.isEmpty() ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1886             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1896             PhylogenyNodeIterator it;
1897             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1898                 it.next();
1899             }
1900             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1901                 it.next();
1902             }
1903             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1904             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( it2.hasNext() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1927             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1928             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1935             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1936             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1940             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1941             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1945             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1946             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             final char[] a9 = new char[] {};
1953             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1954             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1955                 return false;
1956             }
1957             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1958             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1959             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1960                 return false;
1961             }
1962         }
1963         catch ( final Exception e ) {
1964             e.printStackTrace( System.out );
1965             return false;
1966         }
1967         return true;
1968     }
1969
1970     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1971         try {
1972             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1973             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1974             final Phylogeny[] ev0 = factory
1975                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1976                              new NHXParser() );
1977             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1978             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1985             final Phylogeny[] ev1 = factory
1986                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1987                              new NHXParser() );
1988             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1989             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1996             final Phylogeny[] ev_b = factory
1997                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1998                              new NHXParser() );
1999             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2000             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2001             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             //
2008             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2009             final Phylogeny[] ev1x = factory
2010                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2011                              new NHXParser() );
2012             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2013             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2020             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2021                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2022                              new NHXParser() );
2023             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2024             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             //
2031             final Phylogeny[] t2 = factory
2032                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2033                              new NHXParser() );
2034             final Phylogeny[] ev2 = factory
2035                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2036                              new NHXParser() );
2037             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2038                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2039             }
2040             //
2041             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2042                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2043             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2044             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2045             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2046                 return false;
2047             }
2048             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2052                 return false;
2053             }
2054         }
2055         catch ( final Exception e ) {
2056             e.printStackTrace();
2057             return false;
2058         }
2059         return true;
2060     }
2061
2062     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2063         try {
2064             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2065                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2066             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2067             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2068                 return false;
2069             }
2070         }
2071         catch ( final Exception e ) {
2072             e.printStackTrace();
2073             return false;
2074         }
2075         return true;
2076     }
2077
2078     private static boolean testDataObjects() {
2079         try {
2080             final Confidence s0 = new Confidence();
2081             final Confidence s1 = new Confidence();
2082             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2086             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2087             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2091                 return false;
2092             }
2093             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2094             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2095                 return false;
2096             }
2097             s3.asSimpleText();
2098             s3.asText();
2099             // Taxonomy
2100             // ----------
2101             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2102             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2103             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2104             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2105             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2106             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2107             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2108             t1.setScientificName( "E. coli" );
2109             t1.setCommonName( "coli" );
2110             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2111             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2115             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2116             t2.setScientificName( "what" );
2117             t2.setCommonName( "something" );
2118             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2122             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             t1.setIdentifier( null );
2126             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2127             t3.setScientificName( "what" );
2128             t3.setCommonName( "something" );
2129             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             t1.setIdentifier( null );
2133             t1.setTaxonomyCode( "" );
2134             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2135             t4.setCommonName( "something" );
2136             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2140             t4.setCommonName( "something" );
2141             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2142                 return false;
2143             }
2144             t1.setIdentifier( null );
2145             t1.setTaxonomyCode( "" );
2146             t1.setScientificName( "" );
2147             t5.setCommonName( "COLI" );
2148             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2149                 return false;
2150             }
2151             t5.setCommonName( "vibrio" );
2152             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             // Identifier
2156             // ----------
2157             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2158             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2159             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2160                 return false;
2161             }
2162             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             id1.asSimpleText();
2169             id1.asText();
2170             // ProteinDomain
2171             // ---------------
2172             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2173             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2174             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2175                 return false;
2176             }
2177             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             pd1.asSimpleText();
2181             pd1.asText();
2182             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2183             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2184             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             pd3.asSimpleText();
2194             pd3.asText();
2195             // DomainArchitecture
2196             // ------------------
2197             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2198             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2199             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2200             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2201             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2202             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2203             domains0.add( d2 );
2204             domains0.add( d0 );
2205             domains0.add( d3 );
2206             domains0.add( d1 );
2207             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2208             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2212             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2213                 return false;
2214             }
2215             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2222             domains1.add( d1 );
2223             domains1.add( d2 );
2224             domains1.add( d4 );
2225             domains1.add( d0 );
2226             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2227             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             ds1.asSimpleText();
2231             ds1.asText();
2232             ds1.toNHX();
2233             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2234             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2235                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             // Event
2242             // -----
2243             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2244             if ( e1.isDuplication() ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !e1.isFusion() ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2257             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2264             if ( e2.isDuplication() ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2283             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2287             if ( e3.isDuplication() ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( e3.isSpeciation() ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2300             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2301             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             e3 = null;
2305             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2309             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2316             e4 = null;
2317             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2318             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             final Event e5 = new Event();
2325             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2335             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2342             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2349             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355         }
2356         catch ( final Exception e ) {
2357             e.printStackTrace( System.out );
2358             return false;
2359         }
2360         return true;
2361     }
2362
2363     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2364         try {
2365             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2366             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2367             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2368             if ( t0.isEmpty() ) {
2369                 return false;
2370             }
2371             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2375             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             if ( !t0.isEmpty() ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2382             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2386             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2393             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2397             if ( !t1.isEmpty() ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2401             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2405             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2406                 return false;
2407             }
2408             t2.toNewHampshireX();
2409             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2410             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2414             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2418             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2422             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2426             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             n = t3.getNode( "A" );
2430             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             n = n.getNextExternalNode();
2434             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2438             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             n = t3.getNode( "C" );
2442             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2446             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2450             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2454             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2458             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2462             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2466             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2470             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             n = t4.getNode( "A" );
2474             n = n.getNextExternalNode();
2475             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             n = n.getNextExternalNode();
2479             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2483             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2487             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2488             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2492             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2496             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2497             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2501             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2505             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2506             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2510             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2514             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2515             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2519             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2523             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2524             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2528             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2532             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2533             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2537             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2538                 return false;
2539             }
2540             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2541             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2542             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2546             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2550             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2554             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2558             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2559             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2567             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2571             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2575             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2579             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2583             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2587             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2591             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2595             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2599             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2603             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2607             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2611             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2615             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2616             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2620             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2624             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2625             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2629             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2633             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2634             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2638             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2642             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2646             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2650             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2654             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657         }
2658         catch ( final Exception e ) {
2659             e.printStackTrace( System.out );
2660             return false;
2661         }
2662         return true;
2663     }
2664
2665     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2666         try {
2667             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2668             dss1.addValue( 82 );
2669             dss1.addValue( 78 );
2670             dss1.addValue( 70 );
2671             dss1.addValue( 58 );
2672             dss1.addValue( 42 );
2673             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2689                 return false;
2690             }
2691             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             dss1.addValue( 123 );
2710             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2711                 return false;
2712             }
2713             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2714                 return false;
2715             }
2716             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2720             dss2.addValue( -1.85 );
2721             dss2.addValue( 57.5 );
2722             dss2.addValue( 92.78 );
2723             dss2.addValue( 57.78 );
2724             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2731             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             dss2.addValue( -100 );
2735             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final double[] ds = new double[ 14 ];
2742             ds[ 0 ] = 34;
2743             ds[ 1 ] = 23;
2744             ds[ 2 ] = 1;
2745             ds[ 3 ] = 32;
2746             ds[ 4 ] = 11;
2747             ds[ 5 ] = 2;
2748             ds[ 6 ] = 12;
2749             ds[ 7 ] = 33;
2750             ds[ 8 ] = 13;
2751             ds[ 9 ] = 22;
2752             ds[ 10 ] = 21;
2753             ds[ 11 ] = 35;
2754             ds[ 12 ] = 24;
2755             ds[ 13 ] = 31;
2756             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2757             if ( bins.length != 4 ) {
2758                 return false;
2759             }
2760             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2761                 return false;
2762             }
2763             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2764                 return false;
2765             }
2766             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2770                 return false;
2771             }
2772             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2773             ds1[ 0 ] = 10.0;
2774             ds1[ 1 ] = 19.0;
2775             ds1[ 2 ] = 9.999;
2776             ds1[ 3 ] = 0.0;
2777             ds1[ 4 ] = 39.9;
2778             ds1[ 5 ] = 39.999;
2779             ds1[ 6 ] = 30.0;
2780             ds1[ 7 ] = 19.999;
2781             ds1[ 8 ] = 30.1;
2782             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2783             if ( bins1.length != 4 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2799             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2800                 return false;
2801             }
2802             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2803                 return false;
2804             }
2805             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2806                 return false;
2807             }
2808             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2809                 return false;
2810             }
2811             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2812             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2822                 return false;
2823             }
2824             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2825             dss3.addValue( 1 );
2826             dss3.addValue( 1 );
2827             dss3.addValue( 1 );
2828             dss3.addValue( 2 );
2829             dss3.addValue( 3 );
2830             dss3.addValue( 4 );
2831             dss3.addValue( 5 );
2832             dss3.addValue( 5 );
2833             dss3.addValue( 5 );
2834             dss3.addValue( 6 );
2835             dss3.addValue( 7 );
2836             dss3.addValue( 8 );
2837             dss3.addValue( 9 );
2838             dss3.addValue( 10 );
2839             dss3.addValue( 10 );
2840             dss3.addValue( 10 );
2841             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2842             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2843             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2844         }
2845         catch ( final Exception e ) {
2846             e.printStackTrace( System.out );
2847             return false;
2848         }
2849         return true;
2850     }
2851
2852     private static boolean testDir( final String file ) {
2853         try {
2854             final File f = new File( file );
2855             if ( !f.exists() ) {
2856                 return false;
2857             }
2858             if ( !f.isDirectory() ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             if ( !f.canRead() ) {
2862                 return false;
2863             }
2864         }
2865         catch ( final Exception e ) {
2866             return false;
2867         }
2868         return true;
2869     }
2870
2871     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2872         try {
2873             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2874             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2875             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2876             n = n.getNextExternalNode();
2877             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             n = n.getNextExternalNode();
2881             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2882                 return false;
2883             }
2884             n = n.getNextExternalNode();
2885             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2886                 return false;
2887             }
2888             n = t1.getNode( "B" );
2889             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2890                 n = n.getNextExternalNode();
2891             }
2892             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2893             n = t2.getNode( "A" );
2894             n = n.getNextExternalNode();
2895             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2896                 return false;
2897             }
2898             n = n.getNextExternalNode();
2899             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2900                 return false;
2901             }
2902             n = n.getNextExternalNode();
2903             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2904                 return false;
2905             }
2906             n = t2.getNode( "B" );
2907             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2908                 n = n.getNextExternalNode();
2909             }
2910             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2911             n = t3.getNode( "A" );
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = n.getNextExternalNode();
2917             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             n = n.getNextExternalNode();
2921             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2922                 return false;
2923             }
2924             n = n.getNextExternalNode();
2925             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             n = n.getNextExternalNode();
2929             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             n = n.getNextExternalNode();
2933             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             n = n.getNextExternalNode();
2937             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             n = t3.getNode( "B" );
2941             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2942                 n = n.getNextExternalNode();
2943             }
2944             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2945             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2946                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2947             }
2948             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2949             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2950                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2951             }
2952         }
2953         catch ( final Exception e ) {
2954             e.printStackTrace( System.out );
2955             return false;
2956         }
2957         return true;
2958     }
2959
2960     private static boolean testGeneralTable() {
2961         try {
2962             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2963             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2964             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2965             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2966             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2967             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2968             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2969             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2970             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2971             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2999             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3000             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3001             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3002             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3003             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3004             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3005             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3006             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3007             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3008             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038         }
3039         catch ( final Exception e ) {
3040             e.printStackTrace( System.out );
3041             return false;
3042         }
3043         return true;
3044     }
3045
3046     private static boolean testGetDistance() {
3047         try {
3048             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3049             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3050                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3051             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3146                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3147             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3175                 return false;
3176             }
3177             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3178                 return false;
3179             }
3180         }
3181         catch ( final Exception e ) {
3182             e.printStackTrace( System.out );
3183             return false;
3184         }
3185         return true;
3186     }
3187
3188     private static boolean testGetLCA() {
3189         try {
3190             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3191             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3192                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3193             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3194             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3195             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3199             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3203             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3207             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3211             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3215             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3219             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3223             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3227             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3231             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3235             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3239             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3243             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3247             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3251             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3255             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3259             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3263             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3267             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3271             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3275             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3279             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3283             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3287             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3288             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3292             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3296             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3300             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3304             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3308             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3312             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3316             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final Phylogeny p3 = factory
3320                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3321                              new NHXParser() )[ 0 ];
3322             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3323             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3327             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3331             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3335             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3339             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3346             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             if ( !al_3.isRoot() ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3353             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3360             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3367             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3371             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3372             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3376             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3377             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3381             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3382             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3386             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3387             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390         }
3391         catch ( final Exception e ) {
3392             e.printStackTrace( System.out );
3393             return false;
3394         }
3395         return true;
3396     }
3397
3398     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3399         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3400         try {
3401             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3402                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3403             parser1.parse();
3404             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3405                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3406             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3407             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3420                 return false;
3421             }
3422             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3423             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3427             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3455                 return false;
3456             }
3457         }
3458         catch ( final Exception e ) {
3459             e.printStackTrace( System.out );
3460             return false;
3461         }
3462         return true;
3463     }
3464
3465     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3466         try {
3467             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3468             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3469             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3470             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3471             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3475             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3479             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3483             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3484                 return false;
3485             }
3486         }
3487         catch ( final Exception e ) {
3488             e.printStackTrace( System.out );
3489             return false;
3490         }
3491         return true;
3492     }
3493
3494     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3495         try {
3496             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3497             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3498             PhylogenyNodeIterator it0;
3499             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3500                 it0.next();
3501             }
3502             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3503                 it0.next();
3504             }
3505             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3506             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( it.hasNext() ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3531                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3532             PhylogenyNodeIterator it2;
3533             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3534                 it2.next();
3535             }
3536             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3537                 it2.next();
3538             }
3539             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3540             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( it3.hasNext() ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3619             PhylogenyNodeIterator it4;
3620             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3621                 it4.next();
3622             }
3623             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3624                 it4.next();
3625             }
3626             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3627             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3643             PhylogenyNodeIterator it6;
3644             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3645                 it6.next();
3646             }
3647             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3648                 it6.next();
3649             }
3650             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3651             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( it.hasNext() ) {
3655                 return false;
3656             }
3657         }
3658         catch ( final Exception e ) {
3659             e.printStackTrace( System.out );
3660             return false;
3661         }
3662         return true;
3663     }
3664
3665     private static boolean testMidpointrooting() {
3666         try {
3667             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3668             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3669                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3670             if ( !t1.isRooted() ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3674             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3693             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3694             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3710                 return false;
3711             }
3712         }
3713         catch ( final Exception e ) {
3714             e.printStackTrace( System.out );
3715             return false;
3716         }
3717         return true;
3718     }
3719
3720     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3721         try {
3722             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3723             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3724             parser.parse();
3725             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3726             if ( labels.length != 7 ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3751             parser.parse();
3752             labels = parser.getCharStateLabels();
3753             if ( labels.length != 7 ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777         }
3778         catch ( final Exception e ) {
3779             e.printStackTrace( System.out );
3780             return false;
3781         }
3782         return true;
3783     }
3784
3785     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3786         try {
3787             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3788             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3789             parser.parse();
3790             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3791             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3807                 return false;
3808             }
3809             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             //            if ( labels.length != 7 ) {
3819             //                return false;
3820             //            }
3821             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3822             //                return false;
3823             //            }
3824             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3825             //                return false;
3826             //            }
3827             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3828             //                return false;
3829             //            }
3830             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3831             //                return false;
3832             //            }
3833             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3834             //                return false;
3835             //            }
3836             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3837             //                return false;
3838             //            }
3839             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3840             //                return false;
3841             //            }
3842             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3843             //            parser.parse();
3844             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3845             //            if ( labels.length != 7 ) {
3846             //                return false;
3847             //            }
3848             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3849             //                return false;
3850             //            }
3851             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3852             //                return false;
3853             //            }
3854             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3855             //                return false;
3856             //            }
3857             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3858             //                return false;
3859             //            }
3860             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3861             //                return false;
3862             //            }
3863             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3864             //                return false;
3865             //            }
3866             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3867             //                return false;
3868             //            }
3869         }
3870         catch ( final Exception e ) {
3871             e.printStackTrace( System.out );
3872             return false;
3873         }
3874         return true;
3875     }
3876
3877     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3878         try {
3879             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3880             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3881             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3882             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3889                 return false;
3890             }
3891             phylogenies = null;
3892             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3893             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3897                 return false;
3898             }
3899             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3900                 return false;
3901             }
3902             phylogenies = null;
3903             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3904             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             phylogenies = null;
3917             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3918             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4039                 return false;
4040             }
4041         }
4042         catch ( final Exception e ) {
4043             e.printStackTrace( System.out );
4044             return false;
4045         }
4046         return true;
4047     }
4048
4049     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4050         try {
4051             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4052             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4053             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4054             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4070                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             phylogenies = null;
4074             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4075             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4094                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4113                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4132                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             phylogenies = null;
4136             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4137             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4156                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4175                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4194                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197         }
4198         catch ( final Exception e ) {
4199             e.printStackTrace( System.out );
4200             return false;
4201         }
4202         return true;
4203     }
4204
4205     private static boolean testNHParsing() {
4206         try {
4207             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4208             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4209             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4213             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4214             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4215             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4216             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             final Phylogeny p1b = factory
4223                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4224                              new NHXParser() )[ 0 ];
4225             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4229                 return false;
4230             }
4231             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4232             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4233             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4234             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4235             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4236             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4237             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4238             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4239             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4240             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4241             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4242                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4243                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4244                                                     new NHXParser() );
4245             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4249                 return false;
4250             }
4251             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4258             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4259             final String p16_S = "((A,B),C)";
4260             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4261             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4265             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4266             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4270             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4271             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4275             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4276             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4280             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4281             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4285             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4286             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4290             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4291             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4295             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4296             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4300             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4301             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4305             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4306             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4307             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4314                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4315                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4316                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4317                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4318                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4319                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4320                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4321             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4322             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             final String p26_S = "(A,B)ab";
4326             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4327             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4331             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4332                                                     new NHXParser() );
4333             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4337             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4338             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4339             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4340             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4341                                                     new NHXParser() );
4342             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4355             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4356             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4360             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4361             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4365             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4366             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             final String p33_S = "A";
4370             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4371             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             final String p34_S = "B;";
4375             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4376             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p35_S = "B:0.2";
4380             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4381             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             final String p36_S = "(A)";
4385             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4386             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p37_S = "((A))";
4390             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4391             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4395             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4400             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p40_S = "(A,B,C)";
4405             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4410             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4415             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4420             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4425             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4430             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p46_S = "";
4435             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4436             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4437                 return false;
4438             }
4439         }
4440         catch ( final Exception e ) {
4441             e.printStackTrace( System.out );
4442             return false;
4443         }
4444         return true;
4445     }
4446
4447     private static boolean testNHXconversion() {
4448         try {
4449             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4450             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4451             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4452             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4453             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4454                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4455             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4456                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4457             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( !n5.toNewHampshireX()
4470                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( !n6.toNewHampshireX()
4474                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4475                 return false;
4476             }
4477         }
4478         catch ( final Exception e ) {
4479             e.printStackTrace( System.out );
4480             return false;
4481         }
4482         return true;
4483     }
4484
4485     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4486         try {
4487             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4488             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4489             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4490             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4491             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4492                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4493             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( n3.isDuplication() ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !n5.isDuplication() ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4539                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4540             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4547                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4548                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4549             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4556                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4557             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4561                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4562             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4569                                                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4570             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4577                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4578             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4585                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4586             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4593                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4594             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4601                                                                                  ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4602             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4609                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4610             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4617                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4618             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4625                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4626             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4633                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4634                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4635                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4636                     return false;
4637                 }
4638                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4639                     return false;
4640                 }
4641                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4642                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4643                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4644                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4645                     return false;
4646                 }
4647                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4648                     return false;
4649                 }
4650                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4651                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4652                                                       ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4653                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4654                     return false;
4655                 }
4656                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4657                     return false;
4658                 }
4659                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4660                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4661                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4662                     return false;
4663                 }
4664                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4665                     return false;
4666                 }
4667                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4668                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4669                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4670                     return false;
4671                 }
4672                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4673                     return false;
4674                 }
4675             }
4676             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4677                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4678                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4679             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4689                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4690                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4691             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4701             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4702             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4745                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4746             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4771             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4775             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4779                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4780             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4787                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4788             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4795                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4796                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4797             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4807                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4808                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4809             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4819                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4820                                                   ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4821             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4828                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4829             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838         }
4839         catch ( final Exception e ) {
4840             e.printStackTrace( System.out );
4841             return false;
4842         }
4843         return true;
4844     }
4845
4846     private static boolean testNHXParsing() {
4847         try {
4848             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4849             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4850             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4854             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4855             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4859             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4860             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             final Phylogeny[] p3 = factory
4864                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4865                              new NHXParser() );
4866             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             final Phylogeny[] p4 = factory
4870                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4871                              new NHXParser() );
4872             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final Phylogeny[] p5 = factory
4876                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4877                              new NHXParser() );
4878             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4882             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4883             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4884             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4888             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4889             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4890             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4894             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4895             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4896             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4900             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final Phylogeny p10 = factory
4904                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4905                              new NHXParser() )[ 0 ];
4906             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909         }
4910         catch ( final Exception e ) {
4911             e.printStackTrace( System.out );
4912             return false;
4913         }
4914         return true;
4915     }
4916
4917     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4918         try {
4919             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4920             final NHXParser p = new NHXParser();
4921             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4922             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4926             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4936                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4955             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4956             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4957             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4961             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4962             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4963             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4967             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4968             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4969             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4973             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4974             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4975             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final Phylogeny p10 = factory
4979                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4980                              new NHXParser() )[ 0 ];
4981             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4982             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4986             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             //
4990             final Phylogeny p12 = factory
4991                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4992                              new NHXParser() )[ 0 ];
4993             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4994             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4998             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5002             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5006             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009         }
5010         catch ( final Exception e ) {
5011             e.printStackTrace( System.out );
5012             return false;
5013         }
5014         return true;
5015     }
5016
5017     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5018         try {
5019             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5020             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5021             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5022             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5023             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5033             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5034             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5035             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5042             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5049                 return false;
5050             }
5051         }
5052         catch ( final Exception e ) {
5053             e.printStackTrace( System.out );
5054             return false;
5055         }
5056         return true;
5057     }
5058
5059     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5060         try {
5061             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5062             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5063             try {
5064                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5065             }
5066             catch ( final Exception e ) {
5067                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5068             }
5069             if ( xml_parser == null ) {
5070                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5071                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5072                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5073                 }
5074                 else {
5075                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5076                 }
5077             }
5078             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5079                                                               xml_parser );
5080             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5081                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5088             PhylogenyNode n = null;
5089             Distribution d = null;
5090             n = t1.getNode( "root node" );
5091             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             d = n.getNodeData().getDistribution();
5098             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( d.getPolygons() != null ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             n = t1.getNode( "node a" );
5123             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5130             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( d.getPolygons() != null ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             n = t1.getNode( "node bb" );
5155             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5162             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5187             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5188                 return false;
5189             }
5190             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5194                 return false;
5195             }
5196             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             p = d.getPolygons().get( 1 );
5209             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5210                 return false;
5211             }
5212             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             // Roundtrip:
5222             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5223             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5224             if ( rt.length != 1 ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5228             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5229             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             d = n.getNodeData().getDistribution();
5236             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             if ( d.getPolygons() != null ) {
5243                 return false;
5244             }
5245             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5246                 return false;
5247             }
5248             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5261             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5268             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( d.getPolygons() != null ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5293             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5300             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             p = d.getPolygons().get( 0 );
5325             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             p = d.getPolygons().get( 1 );
5347             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359         }
5360         catch ( final Exception e ) {
5361             e.printStackTrace( System.out );
5362             return false;
5363         }
5364         return true;
5365     }
5366
5367     private static boolean testPostOrderIterator() {
5368         try {
5369             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5370             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5371             PhylogenyNodeIterator it0;
5372             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5373                 it0.next();
5374             }
5375             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5376                 it0.next();
5377             }
5378             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5379             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5380             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5399                 return false;
5400             }
5401             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( it.hasNext() ) {
5426                 return false;
5427             }
5428         }
5429         catch ( final Exception e ) {
5430             e.printStackTrace( System.out );
5431             return false;
5432         }
5433         return true;
5434     }
5435
5436     private static boolean testPreOrderIterator() {
5437         try {
5438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5439             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5440             PhylogenyNodeIterator it0;
5441             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5442                 it0.next();
5443             }
5444             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5445                 it0.next();
5446             }
5447             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5448             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( it.hasNext() ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5473             it = t1.iteratorPreorder();
5474             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5505                 return false;
5506             }
5507             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( it.hasNext() ) {
5520                 return false;
5521             }
5522         }
5523         catch ( final Exception e ) {
5524             e.printStackTrace( System.out );
5525             return false;
5526         }
5527         return true;
5528     }
5529
5530     private static boolean testPropertiesMap() {
5531         try {
5532             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5533             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5534             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5535             final Property p2 = new Property( "something:else",
5536                                               "?",
5537                                               "improbable:research",
5538                                               "xsd:decimal",
5539                                               AppliesTo.NODE );
5540             pm.addProperty( p0 );
5541             pm.addProperty( p1 );
5542             pm.addProperty( p2 );
5543             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5562             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5569                 return false;
5570             }
5571         }
5572         catch ( final Exception e ) {
5573             e.printStackTrace( System.out );
5574             return false;
5575         }
5576         return true;
5577     }
5578
5579     private static boolean testReIdMethods() {
5580         try {
5581             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5582             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5583             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5584             p.levelOrderReID();
5585             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5628                 return false;
5629             }
5630         }
5631         catch ( final Exception e ) {
5632             e.printStackTrace( System.out );
5633             return false;
5634         }
5635         return true;
5636     }
5637
5638     private static boolean testRerooting() {
5639         try {
5640             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5641             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5642                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5643             if ( !t1.isRooted() ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5647             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5648             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5649             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5650             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5651             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5652             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5653             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5654             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5655             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5656             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5657             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5658             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5659             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5660             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5661             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5662             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5663             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5664             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5665             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5666             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5667             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5668             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5669             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5670             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5671             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5672             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5673             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5674             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5693                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5694             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5695             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5696             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5697             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5698             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5699             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5700             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5701             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5702             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5703             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5704             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5705             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5706             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5707             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5709             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5710             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5711             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5712             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5713             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5714             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5715             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5716             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5717             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5719             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5720             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5721             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5722             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5723             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5724             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5725             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5726             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5727             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5728             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5729             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5730             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5731             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5732             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5733             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5734             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5735             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5736             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5737             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5738             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5739             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5746             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5753             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5763             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5773             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5780             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5787                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5788             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5789             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5799             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5809             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5816                 return false;
5817             }
5818         }
5819         catch ( final Exception e ) {
5820             e.printStackTrace( System.out );
5821             return false;
5822         }
5823         return true;
5824     }
5825
5826     private static boolean testSDIse() {
5827         try {
5828             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5829             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5830             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5831             gene1.setRooted( true );
5832             species1.setRooted( true );
5833             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5834             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             final Phylogeny species2 = factory
5838                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5839                              new NHXParser() )[ 0 ];
5840             final Phylogeny gene2 = factory
5841                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5842                              new NHXParser() )[ 0 ];
5843             species2.setRooted( true );
5844             gene2.setRooted( true );
5845             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5846             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             final Phylogeny species3 = factory
5868                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5869                              new NHXParser() )[ 0 ];
5870             final Phylogeny gene3 = factory
5871                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5872                              new NHXParser() )[ 0 ];
5873             species3.setRooted( true );
5874             gene3.setRooted( true );
5875             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5876             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             final Phylogeny species4 = factory
5886                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5887                              new NHXParser() )[ 0 ];
5888             final Phylogeny gene4 = factory
5889                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5890                              new NHXParser() )[ 0 ];
5891             species4.setRooted( true );
5892             gene4.setRooted( true );
5893             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5894             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5898                 return false;
5899             }
5900             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5901                 return false;
5902             }
5903             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5904                 return false;
5905             }
5906             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             final Phylogeny species5 = factory
5913                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5914                              new NHXParser() )[ 0 ];
5915             final Phylogeny gene5 = factory
5916                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5917                              new NHXParser() )[ 0 ];
5918             species5.setRooted( true );
5919             gene5.setRooted( true );
5920             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5921             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5940             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5941             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5942             final Phylogeny species6 = factory
5943                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5944                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5945                              new NHXParser() )[ 0 ];
5946             final Phylogeny gene6 = factory
5947                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5948                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5949                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5950                              new NHXParser() )[ 0 ];
5951             species6.setRooted( true );
5952             gene6.setRooted( true );
5953             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5954             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5955                 return false;
5956             }
5957             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             sdi6.computeMappingCostL();
5982             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5986                 return false;
5987             }
5988             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5992                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5993                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5994                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5995                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5996             species7.setRooted( true );
5997             final Phylogeny gene7_1 = Test
5998                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5999             gene7_1.setRooted( true );
6000             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6001             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6002                 return false;
6003             }
6004             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             final Phylogeny gene7_2 = Test
6029                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6030             gene7_2.setRooted( true );
6031             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6032             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6060                 return false;
6061             }
6062         }
6063         catch ( final Exception e ) {
6064             return false;
6065         }
6066         return true;
6067     }
6068
6069     private static boolean testSDIunrooted() {
6070         try {
6071             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6072             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6073             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6074             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6075             PhylogenyBranch br = iter.next();
6076             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             br = iter.next();
6083             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             br = iter.next();
6090             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             br = iter.next();
6097             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6098                 return false;
6099             }
6100             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             br = iter.next();
6104             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6105                 return false;
6106             }
6107             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             br = iter.next();
6111             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             br = iter.next();
6118             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             br = iter.next();
6125             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             br = iter.next();
6132             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             br = iter.next();
6139             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             br = iter.next();
6146             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             br = iter.next();
6153             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             br = iter.next();
6160             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             br = iter.next();
6167             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             br = iter.next();
6174             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( iter.hasNext() ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6184             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6185             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6186             br = iter1.next();
6187             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             br = iter1.next();
6194             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             br = iter1.next();
6201             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( iter1.hasNext() ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6211             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6212             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6213             br = iter2.next();
6214             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             br = iter2.next();
6221             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             br = iter2.next();
6228             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( iter2.hasNext() ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             final Phylogeny species0 = factory
6238                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6239                              new NHXParser() )[ 0 ];
6240             final Phylogeny gene1 = factory
6241                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6242                              new NHXParser() )[ 0 ];
6243             species0.setRooted( true );
6244             gene1.setRooted( true );
6245             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6246             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6247             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             final Phylogeny gene2 = factory
6263                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6264                              new NHXParser() )[ 0 ];
6265             gene2.setRooted( true );
6266             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6267             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             final Phylogeny species6 = factory
6283                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6284                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6285                              new NHXParser() )[ 0 ];
6286             final Phylogeny gene6 = factory
6287                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6288                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6289                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6290                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6291                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6292                              new NHXParser() )[ 0 ];
6293             species6.setRooted( true );
6294             gene6.setRooted( true );
6295             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6296             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             p6 = null;
6336             final Phylogeny species7 = factory
6337                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6338                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6339                              new NHXParser() )[ 0 ];
6340             final Phylogeny gene7 = factory
6341                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6342                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6343                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6344                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6345                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6346                              new NHXParser() )[ 0 ];
6347             species7.setRooted( true );
6348             gene7.setRooted( true );
6349             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6350             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6369                 return false;
6370             }
6371             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6372                 return false;
6373             }
6374             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6384                 return false;
6385             }
6386             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6387                 return false;
6388             }
6389             p7 = null;
6390             final Phylogeny species8 = factory
6391                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6392                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6393                              new NHXParser() )[ 0 ];
6394             final Phylogeny gene8 = factory
6395                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6396                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6397                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6398                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6399                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6400                              new NHXParser() )[ 0 ];
6401             species8.setRooted( true );
6402             gene8.setRooted( true );
6403             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6404             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             p8 = null;
6444         }
6445         catch ( final Exception e ) {
6446             e.printStackTrace( System.out );
6447             return false;
6448         }
6449         return true;
6450     }
6451
6452     private static boolean testSplit() {
6453         try {
6454             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6455             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6456             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6457             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6458             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6459             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6460             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6461             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6462             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6463             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6464             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6465             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6466             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6467             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6468             // System.out.println( s0.toString() );
6469             //
6470             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6473             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6478             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6479             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6484             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             //
6488             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6492             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             //
6496             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6501             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             //
6505             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6508             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6510             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             //
6514             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6518             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             //
6522             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6525             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             //
6529             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6535             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             //
6539             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6543             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             //
6547             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6552             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             //
6556             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6559             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             //
6563             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6568             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             //
6572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6578             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             //
6582             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6586             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             //
6590             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6593             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             //
6597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6600             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             //
6604             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6607             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             //
6611             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6614             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             //
6618             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6621             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             //
6625             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6628             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6629                 return false;
6630             }
6631             //
6632             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6636             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             //
6640             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6644             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             //
6648             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6652             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             //
6656             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6661             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             /////////
6665             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6666             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6667             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6668             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6671             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6672             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6673             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6674             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6675             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6676             //                return false;
6677             //            }
6678             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6681             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6682             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6683             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6684             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6685             //                return false;
6686             //            }
6687             //            //
6688             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6689             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6690             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6691             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6692             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6693             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6694             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6695             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6696             //                return false;
6697             //            }
6698             //            //
6699             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6700             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6701             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6702             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6703             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6704             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6705             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6706             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6707             //                return false;
6708             //            }
6709             //            //
6710             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6711             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6712             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6713             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6714             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6715             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6716             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6717             //                return false;
6718             //            }
6719             //            //
6720             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6721             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6722             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6723             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6724             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6725             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6726             //                return false;
6727             //            }
6728             //
6729             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6734             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             //
6738             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6742             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6743             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             ///////////////////////////
6747             //
6748             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //
6757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6760             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6762             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             //
6766             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6770             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6771             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             //
6775             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6777             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6780             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             //
6784             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6789             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             //
6793             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             //
6801             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             //
6811             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6817             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             //
6821             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6827             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6828                 return false;
6829             }
6830             //
6831             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6837             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6838             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841         }
6842         catch ( final Exception e ) {
6843             e.printStackTrace();
6844             return false;
6845         }
6846         return true;
6847     }
6848
6849     private static boolean testSplitStrict() {
6850         try {
6851             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6852             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6853             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6854             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6855             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6856             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6857             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6858             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6859             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6860             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6861             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6862             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6865             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6869             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6870             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6871             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6875             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6876             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6877                 return false;
6878             }
6879             //
6880             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6884             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             //
6888             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6890             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6891             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6892             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6893             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6894                 return false;
6895             }
6896             //
6897             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6898             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6899             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6900             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6901             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6902             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             //
6906             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6907             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6909             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6910             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             //
6914             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6917             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             //
6921             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6926             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6927             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             //
6931             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6935             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             //
6939             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6943             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6944             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6945                 return false;
6946             }
6947             //
6948             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             //
6955             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6978             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             //
6982             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6985             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             //
6989             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6992             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             //
6996             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6999             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             //
7003             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7006             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             //
7010             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7013             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             //
7017             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7020             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             //
7024             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7028             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             //
7032             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7036             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             //
7040             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7044             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             //
7048             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7053             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7054                 return false;
7055             }
7056         }
7057         catch ( final Exception e ) {
7058             e.printStackTrace();
7059             return false;
7060         }
7061         return true;
7062     }
7063
7064     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7065         try {
7066             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7067             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7068             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7069             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             t1.toNewHampshireX();
7073             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7074             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             t1.toNewHampshireX();
7078             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7079             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             t1.toNewHampshireX();
7083             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7084             t1.toNewHampshireX();
7085             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7089             t1.toNewHampshireX();
7090             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7094             t1.toNewHampshireX();
7095             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7099             t1.toNewHampshireX();
7100             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7104             t1.toNewHampshireX();
7105             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7109             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7110                 return false;
7111             }
7112             if ( !t1.isEmpty() ) {
7113                 return false;
7114             }
7115             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7116             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7117             t2.toNewHampshireX();
7118             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7119                 return false;
7120             }
7121             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7122             t2.toNewHampshireX();
7123             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7127             t2.toNewHampshireX();
7128             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7129                 return false;
7130             }
7131         }
7132         catch ( final Exception e ) {
7133             e.printStackTrace( System.out );
7134             return false;
7135         }
7136         return true;
7137     }
7138
7139     private static boolean testSupportCount() {
7140         try {
7141             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7142             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7143             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7144                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7145                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7146                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7147                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7148                                                               new NHXParser() );
7149             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7150             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7151             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7152                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7153                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7154                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7155                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7156                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7157                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7158                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7159                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7160                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7161                                                               new NHXParser() );
7162             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7163             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7164             while ( it.hasNext() ) {
7165                 final PhylogenyNode n = it.next();
7166                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7167                     return false;
7168                 }
7169             }
7170             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7171             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7172                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7173             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7174             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7175             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7206             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7207                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7208             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7209             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7210             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7211                 return false;
7212             }
7213             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7214                 return false;
7215             }
7216             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7217                 return false;
7218             }
7219             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7220                 return false;
7221             }
7222             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7232                 return false;
7233             }
7234             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7241             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7242             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7243             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7247             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7248             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7249             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7253             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7254             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7255             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7259             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7260             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7261             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7262                 return false;
7263             }
7264         }
7265         catch ( final Exception e ) {
7266             e.printStackTrace( System.out );
7267             return false;
7268         }
7269         return true;
7270     }
7271
7272     private static boolean testSupportTransfer() {
7273         try {
7274             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7275             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7276                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7277             final Phylogeny p2 = factory
7278                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7279             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7286             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7287             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7294                 return false;
7295             }
7296             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7306                 return false;
7307             }
7308             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7309                 return false;
7310             }
7311         }
7312         catch ( final Exception e ) {
7313             e.printStackTrace( System.out );
7314             return false;
7315         }
7316         return true;
7317     }
7318
7319     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7320         try {
7321             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7322             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7323             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7324             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7325             s0.setRooted( true );
7326             g0.setRooted( true );
7327             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7328             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7329                 return false;
7330             }
7331             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7338             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7339             g0.setRooted( true );
7340             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7341             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7351             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7352             g0.setRooted( true );
7353             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7354             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7364             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7365             g0.setRooted( true );
7366             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7367             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7377             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7378             g0.setRooted( true );
7379             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7380             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7390             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7391             g0.setRooted( true );
7392             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7393             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7403             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7404             g0.setRooted( true );
7405             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7406             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7416                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7417                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7418                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7419             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7420             s0.setRooted( true );
7421             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7422                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7423                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7424                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7425             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7426             g0.setRooted( true );
7427             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7428             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7444                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7445                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7446                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7447             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7448             g0.setRooted( true );
7449             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7450             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7466                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7467                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7468                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7469             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7470             g0.setRooted( true );
7471             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7472             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7488                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7489                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7490                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7491             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7492             g0.setRooted( true );
7493             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7494             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7510             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7511             g0.setRooted( true );
7512             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7513             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7523             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7524             g0.setRooted( true );
7525             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7526             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7536                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7537                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7538                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7539             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7540             g0.setRooted( true );
7541             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7542             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7564                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7565                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7566                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7567             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7568             g0.setRooted( true );
7569             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7570             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7580                 return false;
7581             }
7582             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7592                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7593                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7594                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7595             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7596             g0.setRooted( true );
7597             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7598             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7620                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7621                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7622                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7623             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7624             g0.setRooted( true );
7625             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7626             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7648                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7649                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7650                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7651             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7652             s0.setRooted( true );
7653             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7654                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7655                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7656                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7657             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7658             g0.setRooted( true );
7659             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7660             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666         }
7667         catch ( final Exception e ) {
7668             e.printStackTrace( System.out );
7669             return false;
7670         }
7671         return true;
7672     }
7673
7674     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7675         try {
7676             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7677                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7678             if ( results.size() != 1 ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             results = null;
7697             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7698             if ( results.size() != 1 ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             results = null;
7717             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7718             if ( results.size() != 1 ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             results = null;
7737             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7738             if ( results.size() != 1 ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7748                 return false;
7749             }
7750             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) {
7760                 return false;
7761             }
7762             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) {
7763                 return false;
7764             }
7765         }
7766         catch ( final IOException e ) {
7767             System.out.println();
7768             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7769             e.printStackTrace( System.out );
7770             return true;
7771         }
7772         catch ( final Exception e ) {
7773             return false;
7774         }
7775         return true;
7776     }
7777
7778     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7779         //The format for GenBank Accession numbers are:
7780         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7781         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7782         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7783         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7784             return false;
7785         }
7786         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7787             return false;
7788         }
7789         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7790             return false;
7791         }
7792         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7793             return false;
7794         }
7795         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7796             return false;
7797         }
7798         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7799             return false;
7800         }
7801         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7802             return false;
7803         }
7804         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7805             return false;
7806         }
7807         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7808             return false;
7809         }
7810         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7811             return false;
7812         }
7813         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7814             return false;
7815         }
7816         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7817             return false;
7818         }
7819         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7820             return false;
7821         }
7822         return true;
7823     }
7824
7825     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7826         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7827             return false;
7828         }
7829         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7830             return false;
7831         }
7832         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7833             return false;
7834         }
7835         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7836             return false;
7837         }
7838         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7839             return false;
7840         }
7841         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7842             return false;
7843         }
7844         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7845             return false;
7846         }
7847         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7848             return false;
7849         }
7850         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7851             return false;
7852         }
7853         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7854             return false;
7855         }
7856         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7857             return false;
7858         }
7859         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7860             return false;
7861         }
7862         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7863             return false;
7864         }
7865         try {
7866             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7867             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7880                 return false;
7881             }
7882         }
7883         catch ( final IOException e ) {
7884             System.out.println();
7885             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7886             e.printStackTrace( System.out );
7887             return true;
7888         }
7889         catch ( final Exception e ) {
7890             return false;
7891         }
7892         return true;
7893     }
7894
7895     private static boolean testWabiTxSearch() {
7896         try {
7897             String result = "";
7898             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7899             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7900             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7904             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7908             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7909                 return false;
7910             }
7911             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7912             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7916             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7920             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7924             queries.add( "Campylobacter coli" );
7925             queries.add( "Escherichia coli" );
7926             queries.add( "Arabidopsis" );
7927             queries.add( "Trichoplax" );
7928             queries.add( "Samanea saman" );
7929             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7930             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7931             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7932             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7933             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7934             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7935             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7936             ranks.add( RANKS.GENUS );
7937             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7938             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7939             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7940             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7941         }
7942         catch ( final Exception e ) {
7943             System.out.println();
7944             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7945             e.printStackTrace( System.out );
7946             return false;
7947         }
7948         return true;
7949     }
7950
7951     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7952         try {
7953             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7954             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7964                 return false;
7965             }
7966             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7967             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7971             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7975             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978         }
7979         catch ( final Exception e ) {
7980             e.printStackTrace();
7981             return false;
7982         }
7983         return true;
7984     }
7985
7986     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7987         try {
7988             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7989             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7996             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8000                 return false;
8001             }
8002         }
8003         catch ( final Exception e ) {
8004             e.printStackTrace();
8005             return false;
8006         }
8007         return true;
8008     }
8009
8010     private static boolean testFastaParser() {
8011         try {
8012             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8019             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8020                 return false;
8021             }
8022             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8023                 return false;
8024             }
8025             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8035                 return false;
8036             }
8037         }
8038         catch ( final Exception e ) {
8039             e.printStackTrace();
8040             return false;
8041         }
8042         return true;
8043     }
8044
8045     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8046         try {
8047             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8048             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8049             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8050             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8051             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8052             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8053             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8054             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8055             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8056             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8057                 return false;
8058             }
8059             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8063                 return false;
8064             }
8065             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8066             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8076             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8083                 return false;
8084             }
8085         }
8086         catch ( final Exception e ) {
8087             e.printStackTrace();
8088             return false;
8089         }
8090         return true;
8091     }
8092
8093     private static boolean testMafft() {
8094         try {
8095             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8096             opts.add( "--maxiterate" );
8097             opts.add( "1000" );
8098             opts.add( "--localpair" );
8099             opts.add( "--quiet" );
8100             Msa msa = null;
8101             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8102             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8103             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106         }
8107         catch ( final Exception e ) {
8108             e.printStackTrace( System.out );
8109             return false;
8110         }
8111         return true;
8112     }
8113
8114     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8115         try {
8116             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8117             PhylogenyNode n;
8118             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8119             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8120             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8121             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8122             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8123             n = t0.getFirstExternalNode();
8124             while ( n != null ) {
8125                 ext.add( n );
8126                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8127             }
8128             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8135                 return false;
8136             }
8137             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             ext.clear();
8147             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8148             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8149             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8150             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8151             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8152             n = t1.getNode( "ab" );
8153             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8154             while ( n != null ) {
8155                 ext.add( n );
8156                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8157             }
8158             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             //
8174             //
8175             ext.clear();
8176             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8177             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8178             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8179             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8180             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8181             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8182             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8183             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8184             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8185             n = t2.getNode( "ab" );
8186             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8187             while ( n != null ) {
8188                 ext.add( n );
8189                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8190             }
8191             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8195                 return false;
8196             }
8197             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8201                 return false;
8202             }
8203             //
8204             //
8205             ext.clear();
8206             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8207             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8208             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8209             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8210             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8211             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8212             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8213             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8214             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8215             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8216             n = t3.getNode( "ab" );
8217             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8218             while ( n != null ) {
8219                 ext.add( n );
8220                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8221             }
8222             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             //
8232             //
8233             ext.clear();
8234             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8235             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8236             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8237             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8238             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8239             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8240             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8241             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8242             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8243             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8244             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8245             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8246             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             //
8250             //
8251             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8252             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8253             ext.clear();
8254             n = t5.getFirstExternalNode();
8255             while ( n != null ) {
8256                 ext.add( n );
8257                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8258             }
8259             if ( ext.size() != 8 ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8272                 return false;
8273             }
8274             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8278                 return false;
8279             }
8280             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             //
8287             //
8288             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8289             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8290             ext.clear();
8291             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8292             n = t6.getNode( "ab" );
8293             while ( n != null ) {
8294                 ext.add( n );
8295                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8296             }
8297             if ( ext.size() != 7 ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8301                 return false;
8302             }
8303             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8307                 return false;
8308             }
8309             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8310                 return false;
8311             }
8312             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8316                 return false;
8317             }
8318             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8319                 return false;
8320             }
8321             //
8322             //
8323             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8324             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8325             ext.clear();
8326             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8327             n = t7.getNode( "a" );
8328             while ( n != null ) {
8329                 ext.add( n );
8330                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8331             }
8332             if ( ext.size() != 7 ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             //
8357             //
8358             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8359             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8360             ext.clear();
8361             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8362             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8363             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8364             n = t8.getNode( "a" );
8365             while ( n != null ) {
8366                 ext.add( n );
8367                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8368             }
8369             if ( ext.size() != 7 ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8373                 return false;
8374             }
8375             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8379                 System.out.println( "2 fail" );
8380                 return false;
8381             }
8382             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8383                 return false;
8384             }
8385             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             //
8395             //
8396             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8397             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8398             ext.clear();
8399             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8400             n = t9.getNode( "a" );
8401             while ( n != null ) {
8402                 ext.add( n );
8403                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8404             }
8405             if ( ext.size() != 7 ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8418                 return false;
8419             }
8420             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8424                 return false;
8425             }
8426             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             //
8430             //
8431             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8432             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8433             ext.clear();
8434             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8435             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8436             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8437             n = t10.getNode( "a" );
8438             while ( n != null ) {
8439                 ext.add( n );
8440                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8441             }
8442             if ( ext.size() != 7 ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             //
8467             //
8468             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8469             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8470             ext.clear();
8471             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8472             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8473             n = t11.getNode( "a" );
8474             while ( n != null ) {
8475                 ext.add( n );
8476                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8477             }
8478             if ( ext.size() != 6 ) {
8479                 return false;
8480             }
8481             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8482                 return false;
8483             }
8484             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8485                 return false;
8486             }
8487             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             //
8500             //
8501             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8502             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8503             ext.clear();
8504             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8505             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8506             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8507             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8508             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8509             n = t12.getNode( "a" );
8510             while ( n != null ) {
8511                 ext.add( n );
8512                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8513             }
8514             if ( ext.size() != 6 ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8530                 return false;
8531             }
8532             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8533                 return false;
8534             }
8535             //
8536             //
8537             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8538             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8539             ext.clear();
8540             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8541             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8542             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8543             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8544             n = t13.getNode( "ab" );
8545             while ( n != null ) {
8546                 ext.add( n );
8547                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8548             }
8549             if ( ext.size() != 5 ) {
8550                 return false;
8551             }
8552             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8565                 return false;
8566             }
8567             //
8568             //
8569             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8570             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8571             ext.clear();
8572             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8573             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8574             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8575             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8576             n = t14.getNode( "ab" );
8577             while ( n != null ) {
8578                 ext.add( n );
8579                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8580             }
8581             if ( ext.size() != 5 ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             //
8600             //
8601             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8602             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8603             ext.clear();
8604             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8605             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8606             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8607             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8608             n = t15.getNode( "ab" );
8609             while ( n != null ) {
8610                 ext.add( n );
8611                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8612             }
8613             if ( ext.size() != 6 ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             //
8635             //
8636             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8637             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8638             ext.clear();
8639             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8640             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8641             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8642             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8643             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8644             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8645             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8646             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8647             n = t16.getNode( "ab" );
8648             while ( n != null ) {
8649                 ext.add( n );
8650                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8651             }
8652             if ( ext.size() != 4 ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8656                 return false;
8657             }
8658             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8662                 return false;
8663             }
8664             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8665                 return false;
8666             }
8667         }
8668         catch ( final Exception e ) {
8669             e.printStackTrace( System.out );
8670             return false;
8671         }
8672         return true;
8673     }
8674 }