forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 229         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NH parsing: " );
 238         if ( Test.testNHParsing() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 247         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "NHX parsing: " );
 256         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 265         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 274         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 292         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 301         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 310         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 319         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 328         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 337         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 346         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 355         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Copying of node data: " );
 364         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 373         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 382         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 391         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 400         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Re-id methods: " );
 409         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 418         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 427         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 436         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 445         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 454         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Rerooting: " );
 463         if ( Test.testRerooting() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 472         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Node removal: " );
 481         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Support count: " );
 490         if ( Test.testSupportCount() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "Support transfer: " );
 499         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 508         if ( Test.testGetLCA() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 517         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 526         if ( Test.testGetDistance() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 535         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 544         if ( Test.testDataObjects() ) {
 545             System.out.println( "OK." );
 546             succeeded++;
 547         }
 548         else {
 549             System.out.println( "failed." );
 550             failed++;
 551         }
 552         System.out.print( "Properties map: " );
 553         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "SDIse: " );
 562         if ( Test.testSDIse() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 571         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "GSDI: " );
 580         if ( TestGSDI.test() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "RIO: " );
 589         if ( TestRIO.test() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 598         System.out.println();
 599         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 600             System.out.println( "OK." );
 601             succeeded++;
 602         }
 603         else {
 604             System.out.println( "failed." );
 605             failed++;
 606         }
 607         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 608         System.out.println();
 609         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 610             System.out.println( "OK." );
 611             succeeded++;
 612         }
 613         else {
 614             System.out.println( "failed." );
 615             failed++;
 616         }
 617         System.out.print( "GO: " );
 618         System.out.println();
 619         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Modeling tools: " );
 628         if ( TestPccx.test() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 637         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Split Matrix: " );
 646         if ( Test.testSplit() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 655         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Basic table: " );
 664         if ( Test.testBasicTable() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "General table: " );
 673         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 682         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "General MSA parser: " );
 691         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 700         if ( Test.testFastaParser() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 709         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 718         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 727         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 736         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         //----
 745         String path = "";
 746         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 747         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 748             path = "/usr/local/bin/mafft";
 749         }
 750         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 751             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 752         }
 753         else {
 754             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 755         }
 756         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 757             path = "mafft";
 758         }
 759         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 760             path = "/usr/local/bin/mafft";
 761         }
 762         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 763             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 764             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 765                 System.out.println( "OK." );
 766                 succeeded++;
 767             }
 768             else {
 769                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 770             }
 771         }
 772         //----
 773         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 774         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 775             System.out.println( "OK." );
 776             succeeded++;
 777         }
 778         else {
 779             System.out.println( "failed." );
 780             failed++;
 781         }
 782         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 783         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 784             System.out.println( "OK." );
 785             succeeded++;
 786         }
 787         else {
 788             System.out.println( "failed." );
 789             failed++;
 790         }
 791         System.out.println();
 792         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 793         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 794         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 795         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 796                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 797         System.out.println();
 798         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 799         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 800         System.out.println();
 801         if ( failed < 1 ) {
 802             System.out.println( "OK." );
 803         }
 804         else {
 805             System.out.println( "Not OK." );
 806         }
 807     }
 808
 809     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 810         try {
 811             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 812                 return false;
 813             }
 814             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 818                 return false;
 819             }
 820             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 821                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 825                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 829                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 830                 return false;
 831             }
 832             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 839                     .equals( "RAT" ) ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 843                     .equals( "RAT" ) ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 847                     .equals( "RAT" ) ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 860                     .equals( "PIG" ) ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 864                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 868                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 869                 return false;
 870             }
 871         }
 872         catch ( final Exception e ) {
 873             e.printStackTrace( System.out );
 874             return false;
 875         }
 876         return true;
 877     }
 878
 879     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 880         try {
 881             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 882                 return false;
 883             }
 884             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 885             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 886                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 887             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 888                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 889             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 890                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 891             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 895                 return false;
 896             }
 897             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !n3.isExternal() ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( !n3.isRoot() ) {
 907                 return false;
 908             }
 909             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 910                 return false;
 911             }
 912         }
 913         catch ( final Exception e ) {
 914             e.printStackTrace( System.out );
 915             return false;
 916         }
 917         return true;
 918     }
 919
 920     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 921         try {
 922             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 923             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 924             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 925                                                               xml_parser );
 926             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 927                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 934             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 935             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 936             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 937             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !t1.isRooted() ) {
 941                 return false;
 942             }
 943             if ( t1.isRerootable() ) {
 944                 return false;
 945             }
 946             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 971                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 975                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1003                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1007                 return false;
1008             }
1009             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1016                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1020                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1024                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1028                     .equals( "experimental" ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1032                     .equals( "function" ) ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1036                     .getValue() != 1 ) {
1037                 return false;
1038             }
1039             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1040                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1044                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1045                 return false;
1046             }
1047             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1048                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1049                 return false;
1050             }
1051             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1052                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1056                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1060                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1064                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1068                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1072                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1073                 return false;
1074             }
1075             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1076                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1083                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1084                 return false;
1085             }
1086             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1087                 return false;
1088             }
1089         }
1090         catch ( final Exception e ) {
1091             e.printStackTrace( System.out );
1092             return false;
1093         }
1094         return true;
1095     }
1096
1097     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1098         try {
1099             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1100             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1101             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1102                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1103             }
1104             else {
1105                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1106             }
1107             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1108                                                               xml_parser );
1109             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1110                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1111                 return false;
1112             }
1113             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1114                 return false;
1115             }
1116             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1117             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1118             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1122             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1126                 return false;
1127             }
1128             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1135             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1136             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1137             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1150                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1151                 return false;
1152             }
1153             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1154                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1158             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1159             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1160             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1161             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1165             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1181                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1191                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1195                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1199                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1200                 return false;
1201             }
1202             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1203                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1207                     .equals( "experimental" ) ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1211                     .equals( "function" ) ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1215                     .getValue() != 1 ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1219                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1223                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1227                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1231                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1235                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1239                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1243                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1247                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1251                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1255                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1262                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1272                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1288                     .equals( "ncbi" ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1295                     .getName().equals( "B" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1299                     .getFrom() != 21 ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1306                     .getLength() != 24 ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1310                     .getConfidence() != 2144 ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1314                     .equals( "pfam" ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1330             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1367                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1368                 ;
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             //
1393             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1397                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1404                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1414                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417         }
1418         catch ( final Exception e ) {
1419             e.printStackTrace( System.out );
1420             return false;
1421         }
1422         return true;
1423     }
1424
1425     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1426         try {
1427             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1428             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1429             try {
1430                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1431             }
1432             catch ( final Exception e ) {
1433                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1434             }
1435             if ( xml_parser == null ) {
1436                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1437                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1438                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1439                 }
1440                 else {
1441                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1442                 }
1443             }
1444             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1445                                                               xml_parser );
1446             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1447                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1451                 return false;
1452             }
1453             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1454             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1455             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1456             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1457             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1479             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1480             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1481                 System.out.println( "errors:" );
1482                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1483                 return false;
1484             }
1485             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1486                 return false;
1487             }
1488             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1489                                                               xml_parser );
1490             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1491                 System.out.println( "errors:" );
1492                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1502                                                               xml_parser );
1503             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1504                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1511             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1524                                                               xml_parser );
1525             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1526                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1533             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             s.getNode( "first" );
1537             s.getNode( "<>" );
1538             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1539             s.getNode( "'''\"" );
1540             s.getNode( "\"\"\"" );
1541             s.getNode( "dick & doof" );
1542         }
1543         catch ( final Exception e ) {
1544             e.printStackTrace( System.out );
1545             return false;
1546         }
1547         return true;
1548     }
1549
1550     private static boolean testBasicTable() {
1551         try {
1552             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1553             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1560             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1561             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1562             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1563             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1564             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1565             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1566             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1567             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1598             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1599             source.append( "" + l );
1600             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1601             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1602             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1603             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1604             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1605             source.append( "40 41 42 43" + l );
1606             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1607             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1608             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1609             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1628             source1.append( "" + l );
1629             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1630             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1631             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1632             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1633             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1634             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1635             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1636             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1637             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1638             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1663             source2.append( "" + l );
1664             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1665             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1666             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1667             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1668             source2.append( "                     " + l );
1669             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1670             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1671             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1672             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1673             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1674                                                                         ";",
1675                                                                         false,
1676                                                                         false,
1677                                                                         "comment:",
1678                                                                         false );
1679             if ( tl.size() != 2 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1683             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1684             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1691                 return false;
1692             }
1693             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702         }
1703         catch ( final Exception e ) {
1704             e.printStackTrace( System.out );
1705             return false;
1706         }
1707         return true;
1708     }
1709
1710     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1711         try {
1712             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1713             final TolParser parser = new TolParser();
1714             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1715             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1716                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1723             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !t1.isRooted() ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1742             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1743                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1750             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !t2.isRooted() ) {
1754                 return false;
1755             }
1756             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1772                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1776             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1777                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1784             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1785                 return false;
1786             }
1787             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1797             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1798                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1799                 return false;
1800             }
1801             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1805             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1812                 return false;
1813             }
1814             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1818             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1819                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1826             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1836                 return false;
1837             }
1838         }
1839         catch ( final Exception e ) {
1840             e.printStackTrace( System.out );
1841             return false;
1842         }
1843         return true;
1844     }
1845
1846     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1847         try {
1848             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1849             final Phylogeny t1 = factory.create();
1850             if ( !t1.isEmpty() ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1854             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( t2.isEmpty() ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1867             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1877             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1878             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1888             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1889             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1896             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1897             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1901             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1902             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1906             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1914             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1915             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1916                 return false;
1917             }
1918             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1919             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1920             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923         }
1924         catch ( final Exception e ) {
1925             e.printStackTrace( System.out );
1926             return false;
1927         }
1928         return true;
1929     }
1930
1931     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1932         try {
1933             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1934             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1935             final Phylogeny[] ev0 = factory
1936                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1937                              new NHXParser() );
1938             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1939             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1946             final Phylogeny[] ev1 = factory
1947                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1948                              new NHXParser() );
1949             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1950             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1957             final Phylogeny[] ev_b = factory
1958                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1959                              new NHXParser() );
1960             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1961             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             //
1968             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1969             final Phylogeny[] ev1x = factory
1970                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1971                              new NHXParser() );
1972             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1973             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1974                 return false;
1975             }
1976             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1977                 return false;
1978             }
1979             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1980             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1981                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1982                              new NHXParser() );
1983             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1984             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1988                 return false;
1989             }
1990             //
1991             final Phylogeny[] t2 = factory
1992                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1993                              new NHXParser() );
1994             final Phylogeny[] ev2 = factory
1995                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1996                              new NHXParser() );
1997             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1998                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1999             }
2000             //
2001             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2002                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2003             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2004             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2005             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2009                 return false;
2010             }
2011             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2012                 return false;
2013             }
2014         }
2015         catch ( final Exception e ) {
2016             e.printStackTrace();
2017             return false;
2018         }
2019         return true;
2020     }
2021
2022     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2023         try {
2024             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2025                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2026             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2027             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030         }
2031         catch ( final Exception e ) {
2032             e.printStackTrace();
2033             return false;
2034         }
2035         return true;
2036     }
2037
2038     private static boolean testDataObjects() {
2039         try {
2040             final Confidence s0 = new Confidence();
2041             final Confidence s1 = new Confidence();
2042             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2043                 return false;
2044             }
2045             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2046             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2047             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2054             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             s3.asSimpleText();
2058             s3.asText();
2059             // Taxonomy
2060             // ----------
2061             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2062             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2063             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2064             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2065             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2066             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2067             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2068             t1.setScientificName( "E. coli" );
2069             t1.setCommonName( "coli" );
2070             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2071             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2072                 return false;
2073             }
2074             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2075             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2076             t2.setScientificName( "what" );
2077             t2.setCommonName( "something" );
2078             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2082             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             t1.setIdentifier( null );
2086             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2087             t3.setScientificName( "what" );
2088             t3.setCommonName( "something" );
2089             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             t1.setIdentifier( null );
2093             t1.setTaxonomyCode( "" );
2094             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2095             t4.setCommonName( "something" );
2096             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2100             t4.setCommonName( "something" );
2101             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             t1.setIdentifier( null );
2105             t1.setTaxonomyCode( "" );
2106             t1.setScientificName( "" );
2107             t5.setCommonName( "COLI" );
2108             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             t5.setCommonName( "vibrio" );
2112             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             // Identifier
2116             // ----------
2117             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2118             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2119             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             id1.asSimpleText();
2129             id1.asText();
2130             // ProteinDomain
2131             // ---------------
2132             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2133             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2134             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2135                 return false;
2136             }
2137             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2138                 return false;
2139             }
2140             pd1.asSimpleText();
2141             pd1.asText();
2142             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2143             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2144             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2145                 return false;
2146             }
2147             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             pd3.asSimpleText();
2154             pd3.asText();
2155             // DomainArchitecture
2156             // ------------------
2157             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2158             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2159             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2160             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2161             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2162             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2163             domains0.add( d2 );
2164             domains0.add( d0 );
2165             domains0.add( d3 );
2166             domains0.add( d1 );
2167             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2168             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2172             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2182             domains1.add( d1 );
2183             domains1.add( d2 );
2184             domains1.add( d4 );
2185             domains1.add( d0 );
2186             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2187             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             ds1.asSimpleText();
2191             ds1.asText();
2192             ds1.toNHX();
2193             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2194             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2195                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             // Event
2202             // -----
2203             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2204             if ( e1.isDuplication() ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !e1.isFusion() ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2217             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2224             if ( e2.isDuplication() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2243             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2247             if ( e3.isDuplication() ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( e3.isSpeciation() ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2260             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2261             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             e3 = null;
2265             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2269             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2276             e4 = null;
2277             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2278             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             final Event e5 = new Event();
2285             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2295             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2302             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2309             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315         }
2316         catch ( final Exception e ) {
2317             e.printStackTrace( System.out );
2318             return false;
2319         }
2320         return true;
2321     }
2322
2323     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2324         try {
2325             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2326             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2327             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2328             if ( t0.isEmpty() ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2335             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !t0.isEmpty() ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2342             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2346             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2353             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2357             if ( !t1.isEmpty() ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2361             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2362                 return false;
2363             }
2364             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2365             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             t2.toNewHampshireX();
2369             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2370             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2374             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2378             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2382             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2386             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             n = t3.getNode( "A" );
2390             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             n = n.getNextExternalNode();
2394             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2398             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             n = t3.getNode( "C" );
2402             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2406             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2410             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2414             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2418             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2422             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2426             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2430             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             n = t4.getNode( "A" );
2434             n = n.getNextExternalNode();
2435             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             n = n.getNextExternalNode();
2439             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2443             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2447             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2448             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2452             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2456             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2457             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2461             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2465             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2466             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2470             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2474             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2475             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2479             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2483             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2484             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2488             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2492             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2493             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2497             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2501             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2502             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2506             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2510             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2514             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2518             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2519             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2523             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2527             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2531             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2532                 return false;
2533             }
2534             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2535             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2543             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2547             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2551             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2555             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2559             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2567             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2571             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2575             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2576             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2580             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2584             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2585             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2589             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2593             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2594             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2598             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2602             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2606             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2610             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2614             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2615                 return false;
2616             }
2617         }
2618         catch ( final Exception e ) {
2619             e.printStackTrace( System.out );
2620             return false;
2621         }
2622         return true;
2623     }
2624
2625     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2626         try {
2627             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2628             dss1.addValue( 82 );
2629             dss1.addValue( 78 );
2630             dss1.addValue( 70 );
2631             dss1.addValue( 58 );
2632             dss1.addValue( 42 );
2633             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             dss1.addValue( 123 );
2670             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2680             dss2.addValue( -1.85 );
2681             dss2.addValue( 57.5 );
2682             dss2.addValue( 92.78 );
2683             dss2.addValue( 57.78 );
2684             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2691             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             dss2.addValue( -100 );
2695             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             final double[] ds = new double[ 14 ];
2702             ds[ 0 ] = 34;
2703             ds[ 1 ] = 23;
2704             ds[ 2 ] = 1;
2705             ds[ 3 ] = 32;
2706             ds[ 4 ] = 11;
2707             ds[ 5 ] = 2;
2708             ds[ 6 ] = 12;
2709             ds[ 7 ] = 33;
2710             ds[ 8 ] = 13;
2711             ds[ 9 ] = 22;
2712             ds[ 10 ] = 21;
2713             ds[ 11 ] = 35;
2714             ds[ 12 ] = 24;
2715             ds[ 13 ] = 31;
2716             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2717             if ( bins.length != 4 ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2733             ds1[ 0 ] = 10.0;
2734             ds1[ 1 ] = 19.0;
2735             ds1[ 2 ] = 9.999;
2736             ds1[ 3 ] = 0.0;
2737             ds1[ 4 ] = 39.9;
2738             ds1[ 5 ] = 39.999;
2739             ds1[ 6 ] = 30.0;
2740             ds1[ 7 ] = 19.999;
2741             ds1[ 8 ] = 30.1;
2742             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2743             if ( bins1.length != 4 ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2759             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2772             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2773                 return false;
2774             }
2775             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2776                 return false;
2777             }
2778             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2785             dss3.addValue( 1 );
2786             dss3.addValue( 1 );
2787             dss3.addValue( 1 );
2788             dss3.addValue( 2 );
2789             dss3.addValue( 3 );
2790             dss3.addValue( 4 );
2791             dss3.addValue( 5 );
2792             dss3.addValue( 5 );
2793             dss3.addValue( 5 );
2794             dss3.addValue( 6 );
2795             dss3.addValue( 7 );
2796             dss3.addValue( 8 );
2797             dss3.addValue( 9 );
2798             dss3.addValue( 10 );
2799             dss3.addValue( 10 );
2800             dss3.addValue( 10 );
2801             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2802             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2803             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2804         }
2805         catch ( final Exception e ) {
2806             e.printStackTrace( System.out );
2807             return false;
2808         }
2809         return true;
2810     }
2811
2812     private static boolean testDir( final String file ) {
2813         try {
2814             final File f = new File( file );
2815             if ( !f.exists() ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             if ( !f.isDirectory() ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             if ( !f.canRead() ) {
2822                 return false;
2823             }
2824         }
2825         catch ( final Exception e ) {
2826             return false;
2827         }
2828         return true;
2829     }
2830
2831     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2832         try {
2833             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2834             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2835             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2836             n = n.getNextExternalNode();
2837             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             n = n.getNextExternalNode();
2841             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             n = n.getNextExternalNode();
2845             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2846                 return false;
2847             }
2848             n = t1.getNode( "B" );
2849             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2850                 n = n.getNextExternalNode();
2851             }
2852             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2853             n = t2.getNode( "A" );
2854             n = n.getNextExternalNode();
2855             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2856                 return false;
2857             }
2858             n = n.getNextExternalNode();
2859             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             n = n.getNextExternalNode();
2863             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2864                 return false;
2865             }
2866             n = t2.getNode( "B" );
2867             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2868                 n = n.getNextExternalNode();
2869             }
2870             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2871             n = t3.getNode( "A" );
2872             n = n.getNextExternalNode();
2873             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2874                 return false;
2875             }
2876             n = n.getNextExternalNode();
2877             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             n = n.getNextExternalNode();
2881             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2882                 return false;
2883             }
2884             n = n.getNextExternalNode();
2885             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2886                 return false;
2887             }
2888             n = n.getNextExternalNode();
2889             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             n = n.getNextExternalNode();
2893             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = t3.getNode( "B" );
2901             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2902                 n = n.getNextExternalNode();
2903             }
2904             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2905             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2906                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2907             }
2908             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2909             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2910                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2911             }
2912             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2913             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2914             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( iter.hasNext() ) {
2933                 return false;
2934             }
2935         }
2936         catch ( final Exception e ) {
2937             e.printStackTrace( System.out );
2938             return false;
2939         }
2940         return true;
2941     }
2942
2943     private static boolean testGeneralTable() {
2944         try {
2945             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2946             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2947             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2948             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2949             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2950             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2951             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2952             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2953             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2954             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2976                 return false;
2977             }
2978             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2979                 return false;
2980             }
2981             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2982             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2983             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2984             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2985             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2986             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2987             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2988             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2989             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2990             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2991             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021         }
3022         catch ( final Exception e ) {
3023             e.printStackTrace( System.out );
3024             return false;
3025         }
3026         return true;
3027     }
3028
3029     private static boolean testGetDistance() {
3030         try {
3031             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3032             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3033                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3034             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3128                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3129             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162         }
3163         catch ( final Exception e ) {
3164             e.printStackTrace( System.out );
3165             return false;
3166         }
3167         return true;
3168     }
3169
3170     private static boolean testGetLCA() {
3171         try {
3172             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3173             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3174                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3175             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3176             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3180             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3184             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3188             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3192             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3193                 return false;
3194             }
3195             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3196             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3200             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3204             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3208             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3212             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3216             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3220             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3224             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3228             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3232             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3236             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3240             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3244             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3248             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3252             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3256             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3260             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3264             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3268             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3269             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3273             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3277             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3281             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3285             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3289             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3293             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3297             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final Phylogeny p3 = factory
3301                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3302                              new NHXParser() )[ 0 ];
3303             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3304             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3308             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3312             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3316             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3320             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3327             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             if ( !al_3.isRoot() ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3334             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3341             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3348             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3352             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3353             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3357             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3358             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3362             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3363             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3367             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3368             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371         }
3372         catch ( final Exception e ) {
3373             e.printStackTrace( System.out );
3374             return false;
3375         }
3376         return true;
3377     }
3378
3379     private static boolean testGetLCA2() {
3380         try {
3381             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3382             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3383             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3384             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3385                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3386             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3390             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3391             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3392                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3393             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3397                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3398             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3402             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3403             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3404                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3405             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3409                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3410             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3411                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3412                 System.exit( -1 );
3413                 return false;
3414             }
3415             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3416                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3417             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3421                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3422             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3426                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3427             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3428             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3429                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3430             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3434                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3435             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3439                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3440             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3444                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3445             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3449                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3450             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3454                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3455             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3459                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3460             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3464                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3465             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3469                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3470             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3474                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3475             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3479                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3480             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3484                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3485             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3489                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3490             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3494                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3495             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3499                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3500             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3504                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3505             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3509                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3510             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3514                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3515             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3519                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3520             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3524                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3525             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3529                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3530             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3534                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3535             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3539                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3540             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3544             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3545             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3546                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3547             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3551                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3552             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3556                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3557             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3561                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3562             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3566                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3567             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3571                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3572             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3576                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3577             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3581                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3582             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             final Phylogeny p3 = factory
3586                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3587                              new NHXParser() )[ 0 ];
3588             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3589             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3590                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3591             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3595                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3596             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3600                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3601             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3605                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3606             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3610                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3611             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3618                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3619             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !al_3.isRoot() ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3626                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3627             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3634                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3635             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3642                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3643             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3647             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3648             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3649                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3650             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3654             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3655             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3656                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3657             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3658                 return false;
3659             }
3660             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3661             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3662             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3663                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3664             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3668             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3669             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3670                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3671             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3675                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3676             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3680                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3681             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3685                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3686             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3690                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3691             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3695                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3696             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699         }
3700         catch ( final Exception e ) {
3701             e.printStackTrace( System.out );
3702             return false;
3703         }
3704         return true;
3705     }
3706
3707     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3708         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3709         try {
3710             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3711                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3712             parser1.parse();
3713             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3714                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3715             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3716             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             if ( proteins.size() != 4 ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3732             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3739             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3746             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3747                 return false;
3748             }
3749             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3750             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780         }
3781         catch ( final Exception e ) {
3782             e.printStackTrace( System.out );
3783             return false;
3784         }
3785         return true;
3786     }
3787
3788     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3789         try {
3790             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3791             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3792             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3793             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3794             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3798             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3799                 return false;
3800             }
3801             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3802             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3806             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3807                 return false;
3808             }
3809         }
3810         catch ( final Exception e ) {
3811             e.printStackTrace( System.out );
3812             return false;
3813         }
3814         return true;
3815     }
3816
3817     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3818         try {
3819             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3820             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3821             PhylogenyNodeIterator it0;
3822             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3823                 it0.next();
3824             }
3825             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3826                 it0.next();
3827             }
3828             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3829             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3833                 return false;
3834             }
3835             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3836                 return false;
3837             }
3838             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3845                 return false;
3846             }
3847             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( it.hasNext() ) {
3851                 return false;
3852             }
3853             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3854                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3855             PhylogenyNodeIterator it2;
3856             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3857                 it2.next();
3858             }
3859             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3860                 it2.next();
3861             }
3862             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3863             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3864                 return false;
3865             }
3866             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3870                 return false;
3871             }
3872             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3897                 return false;
3898             }
3899             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3900                 return false;
3901             }
3902             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( it3.hasNext() ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3942             PhylogenyNodeIterator it4;
3943             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3944                 it4.next();
3945             }
3946             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3947                 it4.next();
3948             }
3949             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3950             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3966             PhylogenyNodeIterator it6;
3967             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3968                 it6.next();
3969             }
3970             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3971                 it6.next();
3972             }
3973             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3974             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( it.hasNext() ) {
3978                 return false;
3979             }
3980         }
3981         catch ( final Exception e ) {
3982             e.printStackTrace( System.out );
3983             return false;
3984         }
3985         return true;
3986     }
3987
3988     private static boolean testNodeRemoval() {
3989         try {
3990             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3991             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3992             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
3993             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
3997             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
3998             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4002             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4003             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006         }
4007         catch ( final Exception e ) {
4008             e.printStackTrace( System.out );
4009             return false;
4010         }
4011         return true;
4012     }
4013
4014     private static boolean testMidpointrooting() {
4015         try {
4016             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4017             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4018             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4019             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4026                            1 ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4030                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4031             if ( !t1.isRooted() ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4035             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4054             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4055             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4068                 System.exit( -1 );
4069                 return false;
4070             }
4071             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4072                 return false;
4073             }
4074         }
4075         catch ( final Exception e ) {
4076             e.printStackTrace( System.out );
4077             return false;
4078         }
4079         return true;
4080     }
4081
4082     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4083         try {
4084             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4085             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4086             parser.parse();
4087             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4088             if ( labels.length != 7 ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4113             parser.parse();
4114             labels = parser.getCharStateLabels();
4115             if ( labels.length != 7 ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139         }
4140         catch ( final Exception e ) {
4141             e.printStackTrace( System.out );
4142             return false;
4143         }
4144         return true;
4145     }
4146
4147     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4148         try {
4149             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4150             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4151             parser.parse();
4152             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4153             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             //            if ( labels.length != 7 ) {
4181             //                return false;
4182             //            }
4183             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4184             //                return false;
4185             //            }
4186             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4187             //                return false;
4188             //            }
4189             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4190             //                return false;
4191             //            }
4192             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4193             //                return false;
4194             //            }
4195             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4196             //                return false;
4197             //            }
4198             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4199             //                return false;
4200             //            }
4201             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4202             //                return false;
4203             //            }
4204             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4205             //            parser.parse();
4206             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4207             //            if ( labels.length != 7 ) {
4208             //                return false;
4209             //            }
4210             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4211             //                return false;
4212             //            }
4213             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4214             //                return false;
4215             //            }
4216             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4217             //                return false;
4218             //            }
4219             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4220             //                return false;
4221             //            }
4222             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4223             //                return false;
4224             //            }
4225             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4226             //                return false;
4227             //            }
4228             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4229             //                return false;
4230             //            }
4231         }
4232         catch ( final Exception e ) {
4233             e.printStackTrace( System.out );
4234             return false;
4235         }
4236         return true;
4237     }
4238
4239     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4240         try {
4241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4242             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4243             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4244             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             phylogenies = null;
4254             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4255             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             phylogenies = null;
4265             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4266             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             phylogenies = null;
4279             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4280             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4329                 return false;
4330             }
4331             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4401                 return false;
4402             }
4403         }
4404         catch ( final Exception e ) {
4405             e.printStackTrace( System.out );
4406             return false;
4407         }
4408         return true;
4409     }
4410
4411     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4412         try {
4413             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4414             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4415             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4416             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4432                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             phylogenies = null;
4436             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4437             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4456                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4475                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4494                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             phylogenies = null;
4498             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4499             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4518                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4537                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4556                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4557                 return false;
4558             }
4559         }
4560         catch ( final Exception e ) {
4561             e.printStackTrace( System.out );
4562             return false;
4563         }
4564         return true;
4565     }
4566
4567     private static boolean testNHParsing() {
4568         try {
4569             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4570             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4571             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4575             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4576             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4577             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4578             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final Phylogeny p1b = factory
4585                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4586                              new NHXParser() )[ 0 ];
4587             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4594             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4595             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4596             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4597             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4598             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4599             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4600             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4601             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4602             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4603             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4604                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4605                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4606                                                     new NHXParser() );
4607             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4620             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4621             final String p16_S = "((A,B),C)";
4622             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4623             if ( p16.length != 1 ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4630             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4631             if ( p17.length != 1 ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4638             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4639             if ( p18.length != 1 ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4646             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4647             if ( p19.length != 1 ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4654             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4655             if ( p20.length != 1 ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4662             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4663             if ( p21.length != 1 ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4670             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4671             if ( p22.length != 1 ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4678             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4679             if ( p23.length != 1 ) {
4680                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
4681                 System.exit( -1 );
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4688             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4689             if ( p24.length != 1 ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4696             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4697             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4698             if ( p241.length != 2 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4708                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4709                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4710                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4711                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4712                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4713                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4714                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4715             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4716             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             final String p26_S = "(A,B)ab";
4720             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4721             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4725             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
4726             if ( p27s.length != 1 ) {
4727                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
4728                 System.exit( -1 );
4729                 return false;
4730             }
4731             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4732                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
4733                 System.exit( -1 );
4734                 return false;
4735             }
4736             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4737                                                     new NHXParser() );
4738             if ( p27.length != 1 ) {
4739                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
4740                 System.exit( -1 );
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4744                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
4745                 System.exit( -1 );
4746                 return false;
4747             }
4748             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4749             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4750             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4751             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4752             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4753                                                     new NHXParser() );
4754             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( p28.length != 4 ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4770             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4771             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4775             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4776             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4780             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4781             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final String p33_S = "A";
4785             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4786             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             final String p34_S = "B;";
4790             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4791             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             final String p35_S = "B:0.2";
4795             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4796             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             final String p36_S = "(A)";
4800             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4801             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             final String p37_S = "((A))";
4805             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4806             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4810             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4811             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4815             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4816             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             final String p40_S = "(A,B,C)";
4820             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4821             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4825             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4826             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4830             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4831             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4835             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4836             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4840             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4841             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4845             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4846             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final String p46_S = "";
4850             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4851             if ( p46.length != 0 ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4855             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4859             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             final Phylogeny p49 = factory
4863                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4864                              new NHXParser() )[ 0 ];
4865             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4869             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4873                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4880                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4884             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4888             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             final Phylogeny p53 = factory
4892                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4893                              new NHXParser() )[ 0 ];
4894             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             //
4898             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4899             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4903                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906         }
4907         catch ( final Exception e ) {
4908             e.printStackTrace( System.out );
4909             return false;
4910         }
4911         return true;
4912     }
4913
4914     private static boolean testNHParsingIter() {
4915         try {
4916             final String p0_str = "(A,B);";
4917             final NHXParser p = new NHXParser();
4918             p.setSource( p0_str );
4919             if ( !p.hasNext() ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             final Phylogeny p0 = p.next();
4923             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
4924                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( p.hasNext() ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( p.next() != null ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             //
4934             final String p00_str = "(A,B)root;";
4935             p.setSource( p00_str );
4936             final Phylogeny p00 = p.next();
4937             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
4938                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
4939                 return false;
4940             }
4941             //
4942             final String p000_str = "A;";
4943             p.setSource( p000_str );
4944             final Phylogeny p000 = p.next();
4945             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
4946                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
4947                 return false;
4948             }
4949             //
4950             final String p0000_str = "A";
4951             p.setSource( p0000_str );
4952             final Phylogeny p0000 = p.next();
4953             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
4954                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
4955                 return false;
4956             }
4957             //
4958             p.setSource( "(A)" );
4959             final Phylogeny p00000 = p.next();
4960             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
4961                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
4962                 return false;
4963             }
4964             //
4965             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
4966             p.setSource( p1_str );
4967             if ( !p.hasNext() ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             final Phylogeny p1_0 = p.next();
4971             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
4972                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
4973                 return false;
4974             }
4975             if ( !p.hasNext() ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final Phylogeny p1_1 = p.next();
4979             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
4980                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
4981                 return false;
4982             }
4983             if ( !p.hasNext() ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final Phylogeny p1_2 = p.next();
4987             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
4988                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
4989                 return false;
4990             }
4991             if ( !p.hasNext() ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             final Phylogeny p1_3 = p.next();
4995             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
4996                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
4997                 return false;
4998             }
4999             if ( p.hasNext() ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             if ( p.next() != null ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             //
5006             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5007             p.setSource( p2_str );
5008             if ( !p.hasNext() ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             Phylogeny p2_0 = p.next();
5012             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5013                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !p.hasNext() ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             Phylogeny p2_1 = p.next();
5020             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5021                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5022                 return false;
5023             }
5024             if ( !p.hasNext() ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             Phylogeny p2_2 = p.next();
5028             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5029                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5030                 return false;
5031             }
5032             if ( !p.hasNext() ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             Phylogeny p2_3 = p.next();
5036             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5037                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( !p.hasNext() ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             Phylogeny p2_4 = p.next();
5044             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5045                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5046                 return false;
5047             }
5048             if ( p.hasNext() ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( p.next() != null ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             ////
5055             p.reset();
5056             if ( !p.hasNext() ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             p2_0 = p.next();
5060             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5061                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( !p.hasNext() ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             p2_1 = p.next();
5068             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5069                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( !p.hasNext() ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             p2_2 = p.next();
5076             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5077                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( !p.hasNext() ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             p2_3 = p.next();
5084             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5085                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5086                 return false;
5087             }
5088             if ( !p.hasNext() ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             p2_4 = p.next();
5092             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5093                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( p.hasNext() ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( p.next() != null ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             //
5103             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5104             p.setSource( p3_str );
5105             if ( !p.hasNext() ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5109             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5110                 return false;
5111             }
5112             if ( p.hasNext() ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( p.next() != null ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             //
5119             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5120             p.setSource( p4_str );
5121             if ( !p.hasNext() ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5125             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( p.hasNext() ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( p.next() != null ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             //
5135             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5136             p.setSource( p5_str );
5137             if ( !p.hasNext() ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5141             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( p.hasNext() ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( p.next() != null ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             //
5151             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5152             p.setSource( p6_str );
5153             if ( !p.hasNext() ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             Phylogeny p6_0 = p.next();
5157             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( p.hasNext() ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( p.next() != null ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             p.reset();
5167             if ( !p.hasNext() ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             p6_0 = p.next();
5171             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( p.hasNext() ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             if ( p.next() != null ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             //
5181             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5182             p.setSource( p7_str );
5183             if ( !p.hasNext() ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             Phylogeny p7_0 = p.next();
5187             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5188                 return false;
5189             }
5190             if ( p.hasNext() ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             if ( p.next() != null ) {
5194                 return false;
5195             }
5196             p.reset();
5197             if ( !p.hasNext() ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             p7_0 = p.next();
5201             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             if ( p.hasNext() ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( p.next() != null ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             //
5211             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5212             p.setSource( p8_str );
5213             if ( !p.hasNext() ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             Phylogeny p8_0 = p.next();
5217             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( !p.hasNext() ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !p.hasNext() ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             Phylogeny p8_1 = p.next();
5227             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( p.hasNext() ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             if ( p.next() != null ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             p.reset();
5237             if ( !p.hasNext() ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             p8_0 = p.next();
5241             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( !p.hasNext() ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             p8_1 = p.next();
5248             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             if ( p.hasNext() ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( p.next() != null ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             p.reset();
5258             //
5259             p.setSource( "" );
5260             if ( p.hasNext() ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             //
5264             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5265             if ( !p.hasNext() ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             Phylogeny p_27 = p.next();
5269             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5270                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5271                 System.exit( -1 );
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( p.hasNext() ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( p.next() != null ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             p.reset();
5281             if ( !p.hasNext() ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             p_27 = p.next();
5285             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5286                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5287                 System.exit( -1 );
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( p.hasNext() ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( p.next() != null ) {
5294                 return false;
5295             }
5296         }
5297         catch ( final Exception e ) {
5298             e.printStackTrace( System.out );
5299             return false;
5300         }
5301         return true;
5302     }
5303
5304     private static boolean testNHXconversion() {
5305         try {
5306             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5307             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5308             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5309             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5310             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5311                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5312             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5313                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5314             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332         }
5333         catch ( final Exception e ) {
5334             e.printStackTrace( System.out );
5335             return false;
5336         }
5337         return true;
5338     }
5339
5340     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5341         try {
5342             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5343                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5344             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345x",
5348                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5349             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5350                 System.out.println( n1.toString() );
5351                 return false;
5352             }
5353             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
5354                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5355             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5356                 System.out.println( n2.toString() );
5357                 return false;
5358             }
5359             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345",
5360                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5361             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5362                 System.out.println( n3.toString() );
5363                 return false;
5364             }
5365             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345",
5366                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5367             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5368                 System.out.println( n4.toString() );
5369                 return false;
5370             }
5371             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345-blag",
5372                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5373             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5374                 System.out.println( n5.toString() );
5375                 return false;
5376             }
5377             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag",
5378                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5379             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5380                 System.out.println( n6.toString() );
5381                 return false;
5382             }
5383             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag",
5384                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5385             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5386                 System.out.println( n7.toString() );
5387                 return false;
5388             }
5389             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag",
5390                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5391             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5392                 System.out.println( n8.toString() );
5393                 return false;
5394             }
5395             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag",
5396                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5397             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5398                 System.out.println( n9.toString() );
5399                 return false;
5400             }
5401             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag",
5402                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5403             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "12X45" ) ) {
5404                 System.out.println( n10.toString() );
5405                 return false;
5406             }
5407             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus",
5408                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5409             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
5410                 System.out.println( n11.toString() );
5411                 return false;
5412             }
5413             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
5414                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5415             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
5416                 System.out.println( n12.toString() );
5417                 return false;
5418             }
5419             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
5420                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5421             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5422                 System.out.println( n13.toString() );
5423                 return false;
5424             }
5425             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
5426                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5427             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5428                 System.out.println( n14.toString() );
5429                 return false;
5430             }
5431             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
5432                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5433             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
5434                 System.out.println( n15.toString() );
5435                 return false;
5436             }
5437             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
5438                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5439             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5440                 System.out.println( n16.toString() );
5441                 return false;
5442             }
5443             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
5444                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5445             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5446                 System.out.println( n17.toString() );
5447                 return false;
5448             }
5449         }
5450         catch ( final Exception e ) {
5451             e.printStackTrace( System.out );
5452             return false;
5453         }
5454         return true;
5455     }
5456
5457     private static boolean testNHXNodeParsing() {
5458         try {
5459             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5460             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5461             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5462             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5463             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5464                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
5465             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             if ( n3.isDuplication() ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             if ( !n5.isDuplication() ) {
5499                 return false;
5500             }
5501             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
5505                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5506             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
5513                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5514             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
5521                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5522             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
5526                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5527             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
5534                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5535             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
5542                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5543             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
5550                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5551             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
5558                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5559             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
5566                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5567             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
5574                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5575             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
5582                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5583             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
5590                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5591             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
5598                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5599             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
5606                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5607             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
5608                 return false;
5609             }
5610             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
5611                 return false;
5612             }
5613             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
5614                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
5615                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5616             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
5623                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
5624                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5625             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
5626                 return false;
5627             }
5628             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
5629                 return false;
5630             }
5631             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
5632                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
5633                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5634             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5641                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5642             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5649                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5650             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5657                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5658             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5665                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5666             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5673                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5674                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5675             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5685                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5686                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5687             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5697                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5698             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5705                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5706             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5731                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5732             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5739             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5743                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5744             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5757                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5758             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5765                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5766                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5767             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5777                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5778             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5788                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5789             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5796                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5797             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej",
5807                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5808             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
5815                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5816             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
5817                 return false;
5818             }
5819             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
5823                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5824             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5828                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5829             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5830                 return false;
5831             }
5832         }
5833         catch ( final Exception e ) {
5834             e.printStackTrace( System.out );
5835             return false;
5836         }
5837         return true;
5838     }
5839
5840     private static boolean testNHXParsing() {
5841         try {
5842             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5843             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5844             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5848             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5849             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5853             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5854             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             final Phylogeny[] p3 = factory
5858                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5859                              new NHXParser() );
5860             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             final Phylogeny[] p4 = factory
5864                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5865                              new NHXParser() );
5866             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             final Phylogeny[] p5 = factory
5870                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5871                              new NHXParser() );
5872             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5876             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5877             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5878             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5882             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5883             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5884             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5888             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5889             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5890             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5894             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             final Phylogeny p10 = factory
5898                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5899                              new NHXParser() )[ 0 ];
5900             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5901                 return false;
5902             }
5903         }
5904         catch ( final Exception e ) {
5905             e.printStackTrace( System.out );
5906             return false;
5907         }
5908         return true;
5909     }
5910
5911     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5912         try {
5913             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5914             final NHXParser p = new NHXParser();
5915             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5916             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5920             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5930                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5949             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5950             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5951             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5952                 return false;
5953             }
5954             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5955             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5956             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5957             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5961             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5962             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5963             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5967             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5968             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5969             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             final Phylogeny p10 = factory
5973                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5974                              new NHXParser() )[ 0 ];
5975             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5976             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5980             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             //
5984             final Phylogeny p12 = factory
5985                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5986                              new NHXParser() )[ 0 ];
5987             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5988             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5992             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5996             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6000             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6001                 return false;
6002             }
6003         }
6004         catch ( final Exception e ) {
6005             e.printStackTrace( System.out );
6006             return false;
6007         }
6008         return true;
6009     }
6010
6011     private static boolean testNHXParsingMB() {
6012         try {
6013             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6014             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6015                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6016                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6017                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6018                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6019                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6020                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6021                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6022                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6023             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6027                 return false;
6028             }
6029             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6030                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6031                 return false;
6032             }
6033             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6034                 return false;
6035             }
6036             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             final Phylogeny p2 = factory
6040                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6041                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6042                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6043                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6044                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6045                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6046                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6047                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6048                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6049                              new NHXParser() )[ 0 ];
6050             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6054                 return false;
6055             }
6056         }
6057         catch ( final Exception e ) {
6058             e.printStackTrace( System.out );
6059             System.exit( -1 );
6060             return false;
6061         }
6062         return true;
6063     }
6064
6065     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6066         try {
6067             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6068             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6069             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6070             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6071             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6081             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6082             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6083             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6090             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099         }
6100         catch ( final Exception e ) {
6101             e.printStackTrace( System.out );
6102             return false;
6103         }
6104         return true;
6105     }
6106
6107     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6108         try {
6109             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6110             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6111             try {
6112                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6113             }
6114             catch ( final Exception e ) {
6115                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6116             }
6117             if ( xml_parser == null ) {
6118                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6119                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6120                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6121                 }
6122                 else {
6123                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6124                 }
6125             }
6126             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6127                                                               xml_parser );
6128             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6129                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6136             PhylogenyNode n = null;
6137             Distribution d = null;
6138             n = t1.getNode( "root node" );
6139             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6140                 return false;
6141             }
6142             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             d = n.getNodeData().getDistribution();
6146             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( d.getPolygons() != null ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             n = t1.getNode( "node a" );
6171             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6178             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( d.getPolygons() != null ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             n = t1.getNode( "node bb" );
6203             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6210             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6235             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             p = d.getPolygons().get( 1 );
6257             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             // Roundtrip:
6270             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6271             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6272             if ( rt.length != 1 ) {
6273                 return false;
6274             }
6275             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6276             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6277             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             d = n.getNodeData().getDistribution();
6284             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( d.getPolygons() != null ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6309             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6316             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( d.getPolygons() != null ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6341             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6348             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             p = d.getPolygons().get( 0 );
6373             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             p = d.getPolygons().get( 1 );
6395             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6396                 return false;
6397             }
6398             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6399                 return false;
6400             }
6401             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6402                 return false;
6403             }
6404             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407         }
6408         catch ( final Exception e ) {
6409             e.printStackTrace( System.out );
6410             return false;
6411         }
6412         return true;
6413     }
6414
6415     private static boolean testPostOrderIterator() {
6416         try {
6417             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6418             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6419             PhylogenyNodeIterator it0;
6420             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
6421                 it0.next();
6422             }
6423             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6424                 it0.next();
6425             }
6426             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6427             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
6428             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6459                 return false;
6460             }
6461             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6462                 return false;
6463             }
6464             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( it.hasNext() ) {
6474                 return false;
6475             }
6476         }
6477         catch ( final Exception e ) {
6478             e.printStackTrace( System.out );
6479             return false;
6480         }
6481         return true;
6482     }
6483
6484     private static boolean testPreOrderIterator() {
6485         try {
6486             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6487             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6488             PhylogenyNodeIterator it0;
6489             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
6490                 it0.next();
6491             }
6492             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6493                 it0.next();
6494             }
6495             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
6496             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             if ( it.hasNext() ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6521             it = t1.iteratorPreorder();
6522             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( it.hasNext() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570         }
6571         catch ( final Exception e ) {
6572             e.printStackTrace( System.out );
6573             return false;
6574         }
6575         return true;
6576     }
6577
6578     private static boolean testPropertiesMap() {
6579         try {
6580             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
6581             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6582             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
6583             final Property p2 = new Property( "something:else",
6584                                               "?",
6585                                               "improbable:research",
6586                                               "xsd:decimal",
6587                                               AppliesTo.NODE );
6588             pm.addProperty( p0 );
6589             pm.addProperty( p1 );
6590             pm.addProperty( p2 );
6591             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
6610             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
6617                 return false;
6618             }
6619         }
6620         catch ( final Exception e ) {
6621             e.printStackTrace( System.out );
6622             return false;
6623         }
6624         return true;
6625     }
6626
6627     private static boolean testReIdMethods() {
6628         try {
6629             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6630             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6631             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6632             p.levelOrderReID();
6633             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6634                 return false;
6635             }
6636             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6640                 return false;
6641             }
6642             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6670                 return false;
6671             }
6672             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6676                 return false;
6677             }
6678         }
6679         catch ( final Exception e ) {
6680             e.printStackTrace( System.out );
6681             return false;
6682         }
6683         return true;
6684     }
6685
6686     private static boolean testRerooting() {
6687         try {
6688             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6689             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6690                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6691             if ( !t1.isRooted() ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6695             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6696             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6697             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6698             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6699             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6700             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6701             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6702             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6703             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6704             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6705             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6706             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6707             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6708             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6709             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6710             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6711             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6712             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6713             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6714             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6715             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6716             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6717             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6718             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6719             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6720             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6721             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6722             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6741                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6742             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6743             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6744             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6745             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6746             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6747             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6748             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6749             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6750             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6751             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6752             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6753             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6754             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6755             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6756             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6757             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6758             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6759             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6760             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6761             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6762             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6763             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6764             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6765             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6766             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6767             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6768             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6769             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6770             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6771             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6772             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6773             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6774             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6775             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6776             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6777             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6778             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6779             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6780             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6781             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6782             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6783             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6784             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6785             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6786             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6787             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6794             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6801             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6811             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6821             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6828             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6835                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6836             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6837             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6847             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6857             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6864                 return false;
6865             }
6866         }
6867         catch ( final Exception e ) {
6868             e.printStackTrace( System.out );
6869             return false;
6870         }
6871         return true;
6872     }
6873
6874     private static boolean testSDIse() {
6875         try {
6876             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6877             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6878             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6879             gene1.setRooted( true );
6880             species1.setRooted( true );
6881             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
6882             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             final Phylogeny species2 = factory
6886                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6887                              new NHXParser() )[ 0 ];
6888             final Phylogeny gene2 = factory
6889                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6890                              new NHXParser() )[ 0 ];
6891             species2.setRooted( true );
6892             gene2.setRooted( true );
6893             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
6894             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             final Phylogeny species3 = factory
6916                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6917                              new NHXParser() )[ 0 ];
6918             final Phylogeny gene3 = factory
6919                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6920                              new NHXParser() )[ 0 ];
6921             species3.setRooted( true );
6922             gene3.setRooted( true );
6923             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
6924             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             final Phylogeny species4 = factory
6934                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6935                              new NHXParser() )[ 0 ];
6936             final Phylogeny gene4 = factory
6937                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6938                              new NHXParser() )[ 0 ];
6939             species4.setRooted( true );
6940             gene4.setRooted( true );
6941             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
6942             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             final Phylogeny species5 = factory
6961                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6962                              new NHXParser() )[ 0 ];
6963             final Phylogeny gene5 = factory
6964                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6965                              new NHXParser() )[ 0 ];
6966             species5.setRooted( true );
6967             gene5.setRooted( true );
6968             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
6969             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6988             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6989             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6990             final Phylogeny species6 = factory
6991                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6992                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6993                              new NHXParser() )[ 0 ];
6994             final Phylogeny gene6 = factory
6995                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6996                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6997                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6998                              new NHXParser() )[ 0 ];
6999             species6.setRooted( true );
7000             gene6.setRooted( true );
7001             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7002             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             sdi6.computeMappingCostL();
7030             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7040                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7041                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7042                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7043                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7044             species7.setRooted( true );
7045             final Phylogeny gene7_1 = Test
7046                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7047             gene7_1.setRooted( true );
7048             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7049             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7053                 return false;
7054             }
7055             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             final Phylogeny gene7_2 = Test
7077                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7078             gene7_2.setRooted( true );
7079             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7080             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7108                 return false;
7109             }
7110         }
7111         catch ( final Exception e ) {
7112             return false;
7113         }
7114         return true;
7115     }
7116
7117     private static boolean testSDIunrooted() {
7118         try {
7119             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7120             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7121             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7122             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7123             PhylogenyBranch br = iter.next();
7124             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7125                 return false;
7126             }
7127             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             br = iter.next();
7131             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             br = iter.next();
7138             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             br = iter.next();
7145             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7149                 return false;
7150             }
7151             br = iter.next();
7152             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             br = iter.next();
7159             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             br = iter.next();
7166             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             br = iter.next();
7173             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             br = iter.next();
7180             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             br = iter.next();
7187             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             br = iter.next();
7194             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7195                 return false;
7196             }
7197             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7198                 return false;
7199             }
7200             br = iter.next();
7201             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             br = iter.next();
7208             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             br = iter.next();
7215             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             br = iter.next();
7222             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( iter.hasNext() ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7232             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7233             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7234             br = iter1.next();
7235             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7236                 return false;
7237             }
7238             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             br = iter1.next();
7242             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             br = iter1.next();
7249             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             if ( iter1.hasNext() ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7259             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7260             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7261             br = iter2.next();
7262             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7266                 return false;
7267             }
7268             br = iter2.next();
7269             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             br = iter2.next();
7276             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7280                 return false;
7281             }
7282             if ( iter2.hasNext() ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             final Phylogeny species0 = factory
7286                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7287                              new NHXParser() )[ 0 ];
7288             final Phylogeny gene1 = factory
7289                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7290                              new NHXParser() )[ 0 ];
7291             species0.setRooted( true );
7292             gene1.setRooted( true );
7293             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7294             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7295             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             final Phylogeny gene2 = factory
7311                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7312                              new NHXParser() )[ 0 ];
7313             gene2.setRooted( true );
7314             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7315             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7316                 return false;
7317             }
7318             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7319                 return false;
7320             }
7321             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7322                 return false;
7323             }
7324             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             final Phylogeny species6 = factory
7331                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7332                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7333                              new NHXParser() )[ 0 ];
7334             final Phylogeny gene6 = factory
7335                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7336                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7337                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7338                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7339                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7340                              new NHXParser() )[ 0 ];
7341             species6.setRooted( true );
7342             gene6.setRooted( true );
7343             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7344             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             p6 = null;
7384             final Phylogeny species7 = factory
7385                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7386                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7387                              new NHXParser() )[ 0 ];
7388             final Phylogeny gene7 = factory
7389                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7390                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7391                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7392                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7393                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7394                              new NHXParser() )[ 0 ];
7395             species7.setRooted( true );
7396             gene7.setRooted( true );
7397             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
7398             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             p7 = null;
7438             final Phylogeny species8 = factory
7439                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7440                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7441                              new NHXParser() )[ 0 ];
7442             final Phylogeny gene8 = factory
7443                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7444                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7445                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7446                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7447                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7448                              new NHXParser() )[ 0 ];
7449             species8.setRooted( true );
7450             gene8.setRooted( true );
7451             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
7452             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7474                 return false;
7475             }
7476             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7489                 return false;
7490             }
7491             p8 = null;
7492         }
7493         catch ( final Exception e ) {
7494             e.printStackTrace( System.out );
7495             return false;
7496         }
7497         return true;
7498     }
7499
7500     private static boolean testSplit() {
7501         try {
7502             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7503             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7504             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
7505             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7506             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7507             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7508             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7509             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7510             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7511             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7512             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7513             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7514             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7515             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
7516             // System.out.println( s0.toString() );
7517             //
7518             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7521             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7532             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             //
7536             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7540             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             //
7544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7549             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             //
7553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7558             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7559                 return false;
7560             }
7561             //
7562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7566             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             //
7570             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7573             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             //
7577             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7583             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7584                 return false;
7585             }
7586             //
7587             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7591             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             //
7595             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7600             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             //
7604             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7607             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             //
7611             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7616             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             //
7620             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             //
7630             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7634             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             //
7638             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7641             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             //
7645             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7648             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             //
7652             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7655             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             //
7659             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7662             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             //
7666             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7669             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             //
7673             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7676             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             //
7680             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7684             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             //
7688             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7691             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7692             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             //
7696             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7700             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             //
7704             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7708             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7709             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             /////////
7713             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7714             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7715             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7716             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7717             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7718             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7719             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7720             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7721             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7722             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7723             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7724             //                return false;
7725             //            }
7726             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7727             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7728             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7729             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7730             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7731             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7732             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7733             //                return false;
7734             //            }
7735             //            //
7736             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7737             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7738             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7739             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7740             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7741             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7742             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7743             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7744             //                return false;
7745             //            }
7746             //            //
7747             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7748             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7749             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7750             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7751             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7752             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7753             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7754             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7755             //                return false;
7756             //            }
7757             //            //
7758             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7759             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7760             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7761             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7762             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7763             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7764             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7765             //                return false;
7766             //            }
7767             //            //
7768             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7769             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7770             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7771             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7772             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7773             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7774             //                return false;
7775             //            }
7776             //
7777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7782             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             //
7786             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             ///////////////////////////
7795             //
7796             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7799             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7800             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7801             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             //
7805             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7807             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7808             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7810             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             //
7814             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7815             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7818             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7819             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             //
7823             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7826             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7827             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7828             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7829                 return false;
7830             }
7831             //
7832             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7834             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7835             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7836             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7837             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             //
7841             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7842             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7843             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7844             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7845             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             //
7849             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7850             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7851             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7852             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7853             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7854             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7855             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             //
7859             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7860             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7861             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7862             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7863             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7864             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7865             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             //
7869             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7870             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7871             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7872             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7873             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7874             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7875             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             //
7879             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7880             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7881             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7882             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7886             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889         }
7890         catch ( final Exception e ) {
7891             e.printStackTrace();
7892             return false;
7893         }
7894         return true;
7895     }
7896
7897     private static boolean testSplitStrict() {
7898         try {
7899             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7900             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7901             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7902             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7903             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7904             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7905             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7906             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7907             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7908             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7909             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7910             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7913             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7917             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7918             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7919             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7924             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             //
7928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7932             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             //
7936             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7941             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             //
7945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7950             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7951                 return false;
7952             }
7953             //
7954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7958             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7959                 return false;
7960             }
7961             //
7962             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7965             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             //
7969             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7975             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7976                 return false;
7977             }
7978             //
7979             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7983             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             //
7987             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7992             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             //
7996             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7999             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             //
8003             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8008             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8009                 return false;
8010             }
8011             //
8012             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             //
8022             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8026             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             //
8030             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8033             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             //
8037             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8040             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8041                 return false;
8042             }
8043             //
8044             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8047             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8048                 return false;
8049             }
8050             //
8051             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8054             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             //
8058             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8061             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8062                 return false;
8063             }
8064             //
8065             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8068             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             //
8072             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8074             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8076             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             //
8080             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8084             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             //
8088             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8092             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             //
8096             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8101             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8102                 return false;
8103             }
8104         }
8105         catch ( final Exception e ) {
8106             e.printStackTrace();
8107             return false;
8108         }
8109         return true;
8110     }
8111
8112     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8113         try {
8114             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8115             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8116             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8117             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             t1.toNewHampshireX();
8121             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8122             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             t1.toNewHampshireX();
8126             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8127             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             t1.toNewHampshireX();
8131             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8132             t1.toNewHampshireX();
8133             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8137             t1.toNewHampshireX();
8138             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8142             t1.toNewHampshireX();
8143             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8147             t1.toNewHampshireX();
8148             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8152             t1.toNewHampshireX();
8153             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8157             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !t1.isEmpty() ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8164             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8165             t2.toNewHampshireX();
8166             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8170             t2.toNewHampshireX();
8171             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8175             t2.toNewHampshireX();
8176             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8177                 return false;
8178             }
8179         }
8180         catch ( final Exception e ) {
8181             e.printStackTrace( System.out );
8182             return false;
8183         }
8184         return true;
8185     }
8186
8187     private static boolean testSupportCount() {
8188         try {
8189             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8190             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8191             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8192                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8193                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8194                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8195                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8196                                                               new NHXParser() );
8197             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8198             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8199             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8200                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8201                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8202                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8203                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8204                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8205                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8206                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8207                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8208                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8209                                                               new NHXParser() );
8210             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8211             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8212             while ( it.hasNext() ) {
8213                 final PhylogenyNode n = it.next();
8214                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8215                     return false;
8216                 }
8217             }
8218             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8219             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8220                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8221             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8222             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8223             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8242                 return false;
8243             }
8244             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8254             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8255                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8256             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8257             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8258             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8262                 return false;
8263             }
8264             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8286                 return false;
8287             }
8288             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8289             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8290             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8291             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8295             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8296             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8297             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8301             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8302             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8303             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8307             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8308             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8309             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8310                 return false;
8311             }
8312         }
8313         catch ( final Exception e ) {
8314             e.printStackTrace( System.out );
8315             return false;
8316         }
8317         return true;
8318     }
8319
8320     private static boolean testSupportTransfer() {
8321         try {
8322             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8323             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8324                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8325             final Phylogeny p2 = factory
8326                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8327             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8331                 return false;
8332             }
8333             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8334             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8335             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
8354                 return false;
8355             }
8356             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
8357                 return false;
8358             }
8359         }
8360         catch ( final Exception e ) {
8361             e.printStackTrace( System.out );
8362             return false;
8363         }
8364         return true;
8365     }
8366
8367     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
8368         try {
8369             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
8370                                                                                                  10 );
8371             if ( results.size() != 1 ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8378                 return false;
8379             }
8380             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8387                 return false;
8388             }
8389             results = null;
8390             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
8391             if ( results.size() != 1 ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8398                 return false;
8399             }
8400             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8401                 return false;
8402             }
8403             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8407                 return false;
8408             }
8409             results = null;
8410             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
8411             if ( results.size() != 1 ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8418                 return false;
8419             }
8420             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8424                 return false;
8425             }
8426             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             results = null;
8430             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
8431             if ( results.size() != 1 ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
8453                 return false;
8454             }
8455             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
8456                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8457                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
8458                 return false;
8459             }
8460         }
8461         catch ( final IOException e ) {
8462             System.out.println();
8463             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8464             e.printStackTrace( System.out );
8465             return true;
8466         }
8467         catch ( final Exception e ) {
8468             return false;
8469         }
8470         return true;
8471     }
8472
8473     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
8474         //The format for GenBank Accession numbers are:
8475         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
8476         //Protein:    3 letters + 5 numerals
8477         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
8478         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
8479             return false;
8480         }
8481         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
8482             return false;
8483         }
8484         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
8485             return false;
8486         }
8487         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
8488             return false;
8489         }
8490         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
8491             return false;
8492         }
8493         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
8494             return false;
8495         }
8496         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
8497             return false;
8498         }
8499         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
8500             return false;
8501         }
8502         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
8503             return false;
8504         }
8505         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
8506             return false;
8507         }
8508         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8509             return false;
8510         }
8511         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
8512             return false;
8513         }
8514         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
8515             return false;
8516         }
8517         return true;
8518     }
8519
8520     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
8521         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8522             return false;
8523         }
8524         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
8525             return false;
8526         }
8527         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
8528             return false;
8529         }
8530         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8531             return false;
8532         }
8533         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8534             return false;
8535         }
8536         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8537             return false;
8538         }
8539         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8540             return false;
8541         }
8542         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8543             return false;
8544         }
8545         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8546             return false;
8547         }
8548         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8549             return false;
8550         }
8551         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8552             return false;
8553         }
8554         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8555             return false;
8556         }
8557         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8558             return false;
8559         }
8560         try {
8561             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8562             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577         }
8578         catch ( final IOException e ) {
8579             System.out.println();
8580             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8581             e.printStackTrace( System.out );
8582             return true;
8583         }
8584         catch ( final Exception e ) {
8585             return false;
8586         }
8587         return true;
8588     }
8589
8590     private static boolean testWabiTxSearch() {
8591         try {
8592             String result = "";
8593             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8594             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8595             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8599             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8603             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8604                 return false;
8605             }
8606             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8607             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8611             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8615             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8619             queries.add( "Campylobacter coli" );
8620             queries.add( "Escherichia coli" );
8621             queries.add( "Arabidopsis" );
8622             queries.add( "Trichoplax" );
8623             queries.add( "Samanea saman" );
8624             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8625             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8626             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8627             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8628             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8629             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8630             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8631             ranks.add( RANKS.GENUS );
8632             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8633             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8634             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8635             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8636         }
8637         catch ( final Exception e ) {
8638             System.out.println();
8639             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8640             e.printStackTrace( System.out );
8641             return false;
8642         }
8643         return true;
8644     }
8645
8646     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8647         try {
8648             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8649             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8656                 return false;
8657             }
8658             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8662             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8666             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8670             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8671                 return false;
8672             }
8673         }
8674         catch ( final Exception e ) {
8675             e.printStackTrace();
8676             return false;
8677         }
8678         return true;
8679     }
8680
8681     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8682         try {
8683             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8684             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8691             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8695                 return false;
8696             }
8697         }
8698         catch ( final Exception e ) {
8699             e.printStackTrace();
8700             return false;
8701         }
8702         return true;
8703     }
8704
8705     private static boolean testFastaParser() {
8706         try {
8707             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8711                 return false;
8712             }
8713             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8714             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732         }
8733         catch ( final Exception e ) {
8734             e.printStackTrace();
8735             return false;
8736         }
8737         return true;
8738     }
8739
8740     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8741         try {
8742             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8743             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8744             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8745             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8746             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8747             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8748             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8749             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8750             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8763                 return false;
8764             }
8765             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8787             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8797             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8798                 return false;
8799             }
8800             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8807             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816         }
8817         catch ( final Exception e ) {
8818             e.printStackTrace();
8819             return false;
8820         }
8821         return true;
8822     }
8823
8824     private static boolean testMafft( final String path ) {
8825         try {
8826             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8827             opts.add( "--maxiterate" );
8828             opts.add( "1000" );
8829             opts.add( "--localpair" );
8830             opts.add( "--quiet" );
8831             Msa msa = null;
8832             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8833             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8834             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8835                 return false;
8836             }
8837             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8838                 return false;
8839             }
8840         }
8841         catch ( final Exception e ) {
8842             e.printStackTrace( System.out );
8843             return false;
8844         }
8845         return true;
8846     }
8847
8848     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8849         try {
8850             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8851             PhylogenyNode n;
8852             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8853             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8854             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8855             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8856             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8857             n = t0.getFirstExternalNode();
8858             while ( n != null ) {
8859                 ext.add( n );
8860                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8861             }
8862             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8863                 return false;
8864             }
8865             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8866                 return false;
8867             }
8868             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8869                 return false;
8870             }
8871             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8875                 return false;
8876             }
8877             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             ext.clear();
8881             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8882             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8883             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8884             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8885             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8886             n = t1.getNode( "ab" );
8887             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8888             while ( n != null ) {
8889                 ext.add( n );
8890                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8891             }
8892             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8896                 return false;
8897             }
8898             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8899                 return false;
8900             }
8901             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8905                 return false;
8906             }
8907             //
8908             //
8909             ext.clear();
8910             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8911             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8912             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8913             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8914             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8915             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8916             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8917             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8918             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8919             n = t2.getNode( "ab" );
8920             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8921             while ( n != null ) {
8922                 ext.add( n );
8923                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8924             }
8925             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8926                 return false;
8927             }
8928             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8929                 return false;
8930             }
8931             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8932                 return false;
8933             }
8934             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8935                 return false;
8936             }
8937             //
8938             //
8939             ext.clear();
8940             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8941             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8942             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8943             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8944             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8945             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8946             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8947             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8948             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8949             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8950             n = t3.getNode( "ab" );
8951             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8952             while ( n != null ) {
8953                 ext.add( n );
8954                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8955             }
8956             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             //
8966             //
8967             ext.clear();
8968             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8969             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8970             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8971             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8972             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8973             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8974             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8975             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8976             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8977             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8978             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8979             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8980             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             //
8984             //
8985             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8986             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8987             ext.clear();
8988             n = t5.getFirstExternalNode();
8989             while ( n != null ) {
8990                 ext.add( n );
8991                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8992             }
8993             if ( ext.size() != 8 ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8997                 return false;
8998             }
8999             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9000                 return false;
9001             }
9002             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9003                 return false;
9004             }
9005             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9006                 return false;
9007             }
9008             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9009                 return false;
9010             }
9011             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9012                 return false;
9013             }
9014             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9015                 return false;
9016             }
9017             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9018                 return false;
9019             }
9020             //
9021             //
9022             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9023             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9024             ext.clear();
9025             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9026             n = t6.getNode( "ab" );
9027             while ( n != null ) {
9028                 ext.add( n );
9029                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9030             }
9031             if ( ext.size() != 7 ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9050                 return false;
9051             }
9052             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9053                 return false;
9054             }
9055             //
9056             //
9057             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9058             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9059             ext.clear();
9060             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9061             n = t7.getNode( "a" );
9062             while ( n != null ) {
9063                 ext.add( n );
9064                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9065             }
9066             if ( ext.size() != 7 ) {
9067                 return false;
9068             }
9069             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9070                 return false;
9071             }
9072             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9073                 return false;
9074             }
9075             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9076                 return false;
9077             }
9078             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9079                 return false;
9080             }
9081             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9082                 return false;
9083             }
9084             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9085                 return false;
9086             }
9087             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9088                 return false;
9089             }
9090             //
9091             //
9092             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9093             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9094             ext.clear();
9095             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9096             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9097             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9098             n = t8.getNode( "a" );
9099             while ( n != null ) {
9100                 ext.add( n );
9101                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9102             }
9103             if ( ext.size() != 7 ) {
9104                 return false;
9105             }
9106             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9107                 return false;
9108             }
9109             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9110                 return false;
9111             }
9112             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9113                 System.out.println( "2 fail" );
9114                 return false;
9115             }
9116             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9117                 return false;
9118             }
9119             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9120                 return false;
9121             }
9122             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9123                 return false;
9124             }
9125             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9126                 return false;
9127             }
9128             //
9129             //
9130             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9131             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9132             ext.clear();
9133             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9134             n = t9.getNode( "a" );
9135             while ( n != null ) {
9136                 ext.add( n );
9137                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9138             }
9139             if ( ext.size() != 7 ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9149                 return false;
9150             }
9151             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9152                 return false;
9153             }
9154             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9155                 return false;
9156             }
9157             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9158                 return false;
9159             }
9160             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9161                 return false;
9162             }
9163             //
9164             //
9165             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9166             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9167             ext.clear();
9168             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9169             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9170             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9171             n = t10.getNode( "a" );
9172             while ( n != null ) {
9173                 ext.add( n );
9174                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9175             }
9176             if ( ext.size() != 7 ) {
9177                 return false;
9178             }
9179             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9180                 return false;
9181             }
9182             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9183                 return false;
9184             }
9185             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9186                 return false;
9187             }
9188             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9189                 return false;
9190             }
9191             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9192                 return false;
9193             }
9194             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9195                 return false;
9196             }
9197             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9198                 return false;
9199             }
9200             //
9201             //
9202             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9203             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9204             ext.clear();
9205             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9206             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9207             n = t11.getNode( "a" );
9208             while ( n != null ) {
9209                 ext.add( n );
9210                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9211             }
9212             if ( ext.size() != 6 ) {
9213                 return false;
9214             }
9215             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9216                 return false;
9217             }
9218             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9219                 return false;
9220             }
9221             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9222                 return false;
9223             }
9224             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9225                 return false;
9226             }
9227             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             //
9234             //
9235             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9236             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9237             ext.clear();
9238             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9239             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9240             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9241             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9242             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9243             n = t12.getNode( "a" );
9244             while ( n != null ) {
9245                 ext.add( n );
9246                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9247             }
9248             if ( ext.size() != 6 ) {
9249                 return false;
9250             }
9251             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9252                 return false;
9253             }
9254             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9255                 return false;
9256             }
9257             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9258                 return false;
9259             }
9260             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9261                 return false;
9262             }
9263             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9264                 return false;
9265             }
9266             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9267                 return false;
9268             }
9269             //
9270             //
9271             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9272             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9273             ext.clear();
9274             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9275             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9276             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9277             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9278             n = t13.getNode( "ab" );
9279             while ( n != null ) {
9280                 ext.add( n );
9281                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9282             }
9283             if ( ext.size() != 5 ) {
9284                 return false;
9285             }
9286             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9287                 return false;
9288             }
9289             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9290                 return false;
9291             }
9292             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9293                 return false;
9294             }
9295             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9296                 return false;
9297             }
9298             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9299                 return false;
9300             }
9301             //
9302             //
9303             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9304             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9305             ext.clear();
9306             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9307             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9308             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9309             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9310             n = t14.getNode( "ab" );
9311             while ( n != null ) {
9312                 ext.add( n );
9313                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9314             }
9315             if ( ext.size() != 5 ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9319                 return false;
9320             }
9321             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9322                 return false;
9323             }
9324             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9325                 return false;
9326             }
9327             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9331                 return false;
9332             }
9333             //
9334             //
9335             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9336             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9337             ext.clear();
9338             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9339             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9340             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9341             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9342             n = t15.getNode( "ab" );
9343             while ( n != null ) {
9344                 ext.add( n );
9345                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9346             }
9347             if ( ext.size() != 6 ) {
9348                 return false;
9349             }
9350             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9351                 return false;
9352             }
9353             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9354                 return false;
9355             }
9356             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9357                 return false;
9358             }
9359             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9360                 return false;
9361             }
9362             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
9363                 return false;
9364             }
9365             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9366                 return false;
9367             }
9368             //
9369             //
9370             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9371             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
9372             ext.clear();
9373             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9374             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9375             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9376             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9377             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9378             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9379             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9380             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
9381             n = t16.getNode( "ab" );
9382             while ( n != null ) {
9383                 ext.add( n );
9384                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9385             }
9386             if ( ext.size() != 4 ) {
9387                 return false;
9388             }
9389             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9390                 return false;
9391             }
9392             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9393                 return false;
9394             }
9395             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
9396                 return false;
9397             }
9398             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9399                 return false;
9400             }
9401         }
9402         catch ( final Exception e ) {
9403             e.printStackTrace( System.out );
9404             return false;
9405         }
9406         return true;
9407     }
9408
9409     private static boolean testMsaQualityMethod() {
9410         try {
9411             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
9412             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
9413             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
9414             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
9415             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
9416             l.add( s0 );
9417             l.add( s1 );
9418             l.add( s2 );
9419             l.add( s3 );
9420             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
9421             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
9422                 return false;
9423             }
9424             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
9431                 return false;
9432             }
9433         }
9434         catch ( final Exception e ) {
9435             e.printStackTrace( System.out );
9436             return false;
9437         }
9438         return true;
9439     }
9440
9441     private static boolean testSequenceIdParsing() {
9442         try {
9443             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
9444             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9445                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9446                 if ( id != null ) {
9447                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9448                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9449                 }
9450                 return false;
9451             }
9452             //
9453             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
9454             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9455                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9456                 if ( id != null ) {
9457                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9458                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9459                 }
9460                 return false;
9461             }
9462             //
9463             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
9464             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9465                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9466                 if ( id != null ) {
9467                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9468                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9469                 }
9470                 return false;
9471             }
9472             //
9473             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
9474             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9475                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9476                 if ( id != null ) {
9477                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9478                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9479                 }
9480                 return false;
9481             }
9482             //
9483             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
9484             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9485                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9486                 if ( id != null ) {
9487                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9488                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9489                 }
9490                 return false;
9491             }
9492             //
9493             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
9494             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9495                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9496                 if ( id != null ) {
9497                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9498                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9499                 }
9500                 return false;
9501             }
9502             //
9503             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
9504             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9505                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
9506                 if ( id != null ) {
9507                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9508                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9509                 }
9510                 return false;
9511             }
9512             //
9513             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
9514             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9515                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9516                 if ( id != null ) {
9517                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9518                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9519                 }
9520                 return false;
9521             }
9522             //
9523             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
9524             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9525                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
9526                 if ( id != null ) {
9527                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9528                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9529                 }
9530                 return false;
9531             }
9532             //
9533             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
9534             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9535                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9536                 if ( id != null ) {
9537                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9538                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9539                 }
9540                 return false;
9541             }
9542             //
9543             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
9544             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
9545                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
9546                 if ( id != null ) {
9547                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9548                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9549                 }
9550                 return false;
9551             }
9552             //
9553             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
9554             if ( id != null ) {
9555                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
9556                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
9557                 return false;
9558             }
9559             // lcl_91970_unknown_
9560         }
9561         catch ( final Exception e ) {
9562             e.printStackTrace( System.out );
9563             return false;
9564         }
9565         return true;
9566     }
9567 }