forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 229         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NH parsing: " );
 238         if ( Test.testNHParsing() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 247         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "NHX parsing: " );
 256         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 265         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 274         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 292         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 301         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 310         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 319         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 337         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 346         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 355         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 364         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Copying of node data: " );
 373         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 382         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Tree methods: " );
 391         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 400         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 409         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 418         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Re-id methods: " );
 427         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 436         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 445         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 454         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 463         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 472         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Rerooting: " );
 481         if ( Test.testRerooting() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 490         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "Node removal: " );
 499         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Support count: " );
 508         if ( Test.testSupportCount() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Support transfer: " );
 517         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 526         if ( Test.testGetLCA() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 535         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 544         if ( Test.testGetDistance() ) {
 545             System.out.println( "OK." );
 546             succeeded++;
 547         }
 548         else {
 549             System.out.println( "failed." );
 550             failed++;
 551         }
 552         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 553         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 562         if ( Test.testDataObjects() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "Properties map: " );
 571         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "SDIse: " );
 580         if ( Test.testSDIse() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 589         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "GSDI: " );
 598         if ( TestGSDI.test() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "RIO: " );
 607         if ( TestRIO.test() ) {
 608             System.out.println( "OK." );
 609             succeeded++;
 610         }
 611         else {
 612             System.out.println( "failed." );
 613             failed++;
 614         }
 615         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 616         System.out.println();
 617         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 618             System.out.println( "OK." );
 619             succeeded++;
 620         }
 621         else {
 622             System.out.println( "failed." );
 623             failed++;
 624         }
 625         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 626         System.out.println();
 627         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 628             System.out.println( "OK." );
 629             succeeded++;
 630         }
 631         else {
 632             System.out.println( "failed." );
 633             failed++;
 634         }
 635         System.out.print( "GO: " );
 636         System.out.println();
 637         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Modeling tools: " );
 646         if ( TestPccx.test() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 655         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Split Matrix: " );
 664         if ( Test.testSplit() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 673         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Basic table: " );
 682         if ( Test.testBasicTable() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "General table: " );
 691         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 700         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "General MSA parser: " );
 709         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 718         if ( Test.testFastaParser() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 727         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 736         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 745         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 754         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762         //----
 763         String path = "";
 764         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 765         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 766             path = "/usr/local/bin/mafft";
 767         }
 768         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 769             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 770         }
 771         else {
 772             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 773         }
 774         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 775             path = "mafft";
 776         }
 777         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 778             path = "/usr/local/bin/mafft";
 779         }
 780         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 781             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 782             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 783                 System.out.println( "OK." );
 784                 succeeded++;
 785             }
 786             else {
 787                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 788             }
 789         }
 790         //----
 791         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 792         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 793             System.out.println( "OK." );
 794             succeeded++;
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "failed." );
 798             failed++;
 799         }
 800         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 801         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 802             System.out.println( "OK." );
 803             succeeded++;
 804         }
 805         else {
 806             System.out.println( "failed." );
 807             failed++;
 808         }
 809         System.out.println();
 810         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 811         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 812         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 813         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 814                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 815         System.out.println();
 816         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 817         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 818         System.out.println();
 819         if ( failed < 1 ) {
 820             System.out.println( "OK." );
 821         }
 822         else {
 823             System.out.println( "Not OK." );
 824         }
 825     }
 826
 827     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 828         try {
 829             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 830                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 834                     .equals( "RAT" ) ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
 841                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 842                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445",
 846                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 847                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
 851                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 852                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
 856                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
 860                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
 864                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445",
 868                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
 872                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
 876                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
 880                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 884                     .equals( "RAT" ) ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 888                     .equals( "PIG" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !ParserUtils
 892                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 893                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 897                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900         }
 901         catch ( final Exception e ) {
 902             e.printStackTrace( System.out );
 903             return false;
 904         }
 905         return true;
 906     }
 907
 908     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 909         try {
 910             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 914             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 915                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 916             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 917                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 918             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 919                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 920             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !n3.isExternal() ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !n3.isRoot() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941         }
 942         catch ( final Exception e ) {
 943             e.printStackTrace( System.out );
 944             return false;
 945         }
 946         return true;
 947     }
 948
 949     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 950         try {
 951             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 952             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 953             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 954                                                               xml_parser );
 955             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 956                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 963             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 964             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 965             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 966             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( !t1.isRooted() ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( t1.isRerootable() ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1000                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1004                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1032                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1045                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1049                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1053                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1057                     .equals( "experimental" ) ) {
1058                 return false;
1059             }
1060             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1061                     .equals( "function" ) ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1065                     .getValue() != 1 ) {
1066                 return false;
1067             }
1068             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1069                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1070                 return false;
1071             }
1072             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1073                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1077                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1078                 return false;
1079             }
1080             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1081                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1082                 return false;
1083             }
1084             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1085                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1089                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1090                 return false;
1091             }
1092             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1093                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1094                 return false;
1095             }
1096             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1097                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1101                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1102                 return false;
1103             }
1104             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1105                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1112                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1116                 return false;
1117             }
1118         }
1119         catch ( final Exception e ) {
1120             e.printStackTrace( System.out );
1121             return false;
1122         }
1123         return true;
1124     }
1125
1126     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1127         try {
1128             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1129             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1130             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1131                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1132             }
1133             else {
1134                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1135             }
1136             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1137                                                               xml_parser );
1138             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1139                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1140                 return false;
1141             }
1142             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1146             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1147             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1151             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1164             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1165             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1166             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1179                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1183                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1187             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1188             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1189             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1190             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1194             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1210                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1214                 return false;
1215             }
1216             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1220                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1224                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1228                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1232                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1236                     .equals( "experimental" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1240                     .equals( "function" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1244                     .getValue() != 1 ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1248                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1252                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1256                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1260                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1264                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1268                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1272                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1276                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1280                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1284                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1291                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1301                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1317                     .equals( "ncbi" ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1324                     .getName().equals( "B" ) ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1328                     .getFrom() != 21 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1335                     .getLength() != 24 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1339                     .getConfidence() != 2144 ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1343                     .equals( "pfam" ) ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1359             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1396                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1397                 ;
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             //
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1426                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1433                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1437                 return false;
1438             }
1439             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1443                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446         }
1447         catch ( final Exception e ) {
1448             e.printStackTrace( System.out );
1449             return false;
1450         }
1451         return true;
1452     }
1453
1454     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1455         try {
1456             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1457             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1458             try {
1459                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1460             }
1461             catch ( final Exception e ) {
1462                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1463             }
1464             if ( xml_parser == null ) {
1465                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1466                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1467                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1468                 }
1469                 else {
1470                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1471                 }
1472             }
1473             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1474                                                               xml_parser );
1475             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1476                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1483             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1484             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1485             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1486             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1508             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1509             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1510                 System.out.println( "errors:" );
1511                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1518                                                               xml_parser );
1519             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1520                 System.out.println( "errors:" );
1521                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1531                                                               xml_parser );
1532             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1540             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1553                                                               xml_parser );
1554             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1555                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1562             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             s.getNode( "first" );
1566             s.getNode( "<>" );
1567             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1568             s.getNode( "'''\"" );
1569             s.getNode( "\"\"\"" );
1570             s.getNode( "dick & doof" );
1571         }
1572         catch ( final Exception e ) {
1573             e.printStackTrace( System.out );
1574             return false;
1575         }
1576         return true;
1577     }
1578
1579     private static boolean testBasicTable() {
1580         try {
1581             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1582             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1589             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1590             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1591             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1592             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1593             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1594             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1595             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1596             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1627             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1628             source.append( "" + l );
1629             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1630             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1631             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1632             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1633             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1634             source.append( "40 41 42 43" + l );
1635             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1636             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1637             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1638             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1657             source1.append( "" + l );
1658             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1659             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1660             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1661             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1662             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1663             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1664             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1665             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1666             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1667             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1692             source2.append( "" + l );
1693             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1694             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1695             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1696             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1697             source2.append( "                     " + l );
1698             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1699             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1700             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1701             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1702             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1703                                                                         ";",
1704                                                                         false,
1705                                                                         false,
1706                                                                         "comment:",
1707                                                                         false );
1708             if ( tl.size() != 2 ) {
1709                 return false;
1710             }
1711             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1712             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1713             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731         }
1732         catch ( final Exception e ) {
1733             e.printStackTrace( System.out );
1734             return false;
1735         }
1736         return true;
1737     }
1738
1739     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1740         try {
1741             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1742             final TolParser parser = new TolParser();
1743             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1744             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1745                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1752             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t1.isRooted() ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1771             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1772                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1779             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t2.isRooted() ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1801                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1805             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1806                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1813             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1834             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1847             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1848                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1855             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867         }
1868         catch ( final Exception e ) {
1869             e.printStackTrace( System.out );
1870             return false;
1871         }
1872         return true;
1873     }
1874
1875     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1876         try {
1877             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1878             final Phylogeny t1 = factory.create();
1879             if ( !t1.isEmpty() ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1883             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( t2.isEmpty() ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1896             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1897                 return false;
1898             }
1899             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1900                 return false;
1901             }
1902             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1906             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1917             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1918             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1922                 return false;
1923             }
1924             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1925             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1930             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1931             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1935             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1936             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1943             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1944             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1948             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1949             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952         }
1953         catch ( final Exception e ) {
1954             e.printStackTrace( System.out );
1955             return false;
1956         }
1957         return true;
1958     }
1959
1960     private static boolean testTreeMethods() {
1961         try {
1962             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1963             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
1964             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
1965             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
1966                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
1967                 return false;
1968             }
1969             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
1970             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
1971             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
1978                 return false;
1979             }
1980         }
1981         catch ( final Exception e ) {
1982             e.printStackTrace( System.out );
1983             return false;
1984         }
1985         return true;
1986     }
1987
1988     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1989         try {
1990             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1991             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1992             final Phylogeny[] ev0 = factory
1993                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1994                              new NHXParser() );
1995             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1996             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2000                 return false;
2001             }
2002             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2003             final Phylogeny[] ev1 = factory
2004                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2005                              new NHXParser() );
2006             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2007             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2014             final Phylogeny[] ev_b = factory
2015                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2016                              new NHXParser() );
2017             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2018             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2019                 return false;
2020             }
2021             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             //
2025             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2026             final Phylogeny[] ev1x = factory
2027                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2028                              new NHXParser() );
2029             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2030             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2031                 return false;
2032             }
2033             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2037             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2038                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2039                              new NHXParser() );
2040             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2041             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             //
2048             final Phylogeny[] t2 = factory
2049                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2050                              new NHXParser() );
2051             final Phylogeny[] ev2 = factory
2052                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2053                              new NHXParser() );
2054             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2055                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2056             }
2057             //
2058             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2059                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2060             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2061             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2062             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071         }
2072         catch ( final Exception e ) {
2073             e.printStackTrace();
2074             return false;
2075         }
2076         return true;
2077     }
2078
2079     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2080         try {
2081             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2082                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2083             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2084             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2085                 return false;
2086             }
2087         }
2088         catch ( final Exception e ) {
2089             e.printStackTrace();
2090             return false;
2091         }
2092         return true;
2093     }
2094
2095     private static boolean testDataObjects() {
2096         try {
2097             final Confidence s0 = new Confidence();
2098             final Confidence s1 = new Confidence();
2099             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2103             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2104             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2105                 return false;
2106             }
2107             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2111             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             s3.asSimpleText();
2115             s3.asText();
2116             // Taxonomy
2117             // ----------
2118             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2119             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2120             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2121             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2122             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2123             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2124             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2125             t1.setScientificName( "E. coli" );
2126             t1.setCommonName( "coli" );
2127             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2128             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2132             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2133             t2.setScientificName( "what" );
2134             t2.setCommonName( "something" );
2135             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2139             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             t1.setIdentifier( null );
2143             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2144             t3.setScientificName( "what" );
2145             t3.setCommonName( "something" );
2146             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             t1.setIdentifier( null );
2150             t1.setTaxonomyCode( "" );
2151             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2152             t4.setCommonName( "something" );
2153             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2157             t4.setCommonName( "something" );
2158             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2159                 return false;
2160             }
2161             t1.setIdentifier( null );
2162             t1.setTaxonomyCode( "" );
2163             t1.setScientificName( "" );
2164             t5.setCommonName( "COLI" );
2165             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             t5.setCommonName( "vibrio" );
2169             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             // Identifier
2173             // ----------
2174             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2175             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2176             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2183                 return false;
2184             }
2185             id1.asSimpleText();
2186             id1.asText();
2187             // ProteinDomain
2188             // ---------------
2189             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2190             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2191             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             pd1.asSimpleText();
2198             pd1.asText();
2199             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2200             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2201             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             pd3.asSimpleText();
2211             pd3.asText();
2212             // DomainArchitecture
2213             // ------------------
2214             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2215             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2216             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2217             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2218             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2219             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2220             domains0.add( d2 );
2221             domains0.add( d0 );
2222             domains0.add( d3 );
2223             domains0.add( d1 );
2224             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2225             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2229             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2239             domains1.add( d1 );
2240             domains1.add( d2 );
2241             domains1.add( d4 );
2242             domains1.add( d0 );
2243             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2244             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             ds1.asSimpleText();
2248             ds1.asText();
2249             ds1.toNHX();
2250             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2251             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2252                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             // Event
2259             // -----
2260             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2261             if ( e1.isDuplication() ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e1.isFusion() ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2274             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2281             if ( e2.isDuplication() ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2300             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2304             if ( e3.isDuplication() ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( e3.isSpeciation() ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2317             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2318             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             e3 = null;
2322             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2326             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2333             e4 = null;
2334             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2335             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             final Event e5 = new Event();
2342             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2352             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2359             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2366             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372         }
2373         catch ( final Exception e ) {
2374             e.printStackTrace( System.out );
2375             return false;
2376         }
2377         return true;
2378     }
2379
2380     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2381         try {
2382             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2383             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2384             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2385             if ( t0.isEmpty() ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2392             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !t0.isEmpty() ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2399             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2410             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2414             if ( !t1.isEmpty() ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2418             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2422             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t2.toNewHampshireX();
2426             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2427             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2431             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2435             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2439             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2443             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             n = t3.getNode( "A" );
2447             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             n = n.getNextExternalNode();
2451             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2455             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             n = t3.getNode( "C" );
2459             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2463             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2467             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2471             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2475             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2479             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2483             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2487             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             n = t4.getNode( "A" );
2491             n = n.getNextExternalNode();
2492             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             n = n.getNextExternalNode();
2496             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2504             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2505             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2506                 return false;
2507             }
2508             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2509             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2513             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2514             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2518             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2522             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2523             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2527             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2531             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2532             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2536             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2540             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2541             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2542                 return false;
2543             }
2544             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2545             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2549             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2550             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2554             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2558             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2559             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2567             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2571             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2575             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2576             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2580             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2584             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2588             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2589                 return false;
2590             }
2591             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2592             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2596             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2600             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2604             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2608             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2612             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2616             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2620             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2624             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2628             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2632             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2633             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2634                 return false;
2635             }
2636             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2637             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2641             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2642             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2646             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2650             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2651             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2655             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2659             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2663             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2667             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2668                 return false;
2669             }
2670             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2671             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2672                 return false;
2673             }
2674         }
2675         catch ( final Exception e ) {
2676             e.printStackTrace( System.out );
2677             return false;
2678         }
2679         return true;
2680     }
2681
2682     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2683         try {
2684             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2685             dss1.addValue( 82 );
2686             dss1.addValue( 78 );
2687             dss1.addValue( 70 );
2688             dss1.addValue( 58 );
2689             dss1.addValue( 42 );
2690             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             dss1.addValue( 123 );
2727             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2737             dss2.addValue( -1.85 );
2738             dss2.addValue( 57.5 );
2739             dss2.addValue( 92.78 );
2740             dss2.addValue( 57.78 );
2741             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2742                 return false;
2743             }
2744             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2748             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             dss2.addValue( -100 );
2752             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             final double[] ds = new double[ 14 ];
2759             ds[ 0 ] = 34;
2760             ds[ 1 ] = 23;
2761             ds[ 2 ] = 1;
2762             ds[ 3 ] = 32;
2763             ds[ 4 ] = 11;
2764             ds[ 5 ] = 2;
2765             ds[ 6 ] = 12;
2766             ds[ 7 ] = 33;
2767             ds[ 8 ] = 13;
2768             ds[ 9 ] = 22;
2769             ds[ 10 ] = 21;
2770             ds[ 11 ] = 35;
2771             ds[ 12 ] = 24;
2772             ds[ 13 ] = 31;
2773             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2774             if ( bins.length != 4 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2790             ds1[ 0 ] = 10.0;
2791             ds1[ 1 ] = 19.0;
2792             ds1[ 2 ] = 9.999;
2793             ds1[ 3 ] = 0.0;
2794             ds1[ 4 ] = 39.9;
2795             ds1[ 5 ] = 39.999;
2796             ds1[ 6 ] = 30.0;
2797             ds1[ 7 ] = 19.999;
2798             ds1[ 8 ] = 30.1;
2799             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2800             if ( bins1.length != 4 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2816             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2829             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2842             dss3.addValue( 1 );
2843             dss3.addValue( 1 );
2844             dss3.addValue( 1 );
2845             dss3.addValue( 2 );
2846             dss3.addValue( 3 );
2847             dss3.addValue( 4 );
2848             dss3.addValue( 5 );
2849             dss3.addValue( 5 );
2850             dss3.addValue( 5 );
2851             dss3.addValue( 6 );
2852             dss3.addValue( 7 );
2853             dss3.addValue( 8 );
2854             dss3.addValue( 9 );
2855             dss3.addValue( 10 );
2856             dss3.addValue( 10 );
2857             dss3.addValue( 10 );
2858             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2859             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2860             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2861         }
2862         catch ( final Exception e ) {
2863             e.printStackTrace( System.out );
2864             return false;
2865         }
2866         return true;
2867     }
2868
2869     private static boolean testDir( final String file ) {
2870         try {
2871             final File f = new File( file );
2872             if ( !f.exists() ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             if ( !f.isDirectory() ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             if ( !f.canRead() ) {
2879                 return false;
2880             }
2881         }
2882         catch ( final Exception e ) {
2883             return false;
2884         }
2885         return true;
2886     }
2887
2888     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2889         try {
2890             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2891             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2892             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2893             n = n.getNextExternalNode();
2894             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n = n.getNextExternalNode();
2898             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n = n.getNextExternalNode();
2902             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n = t1.getNode( "B" );
2906             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2907                 n = n.getNextExternalNode();
2908             }
2909             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2910             n = t2.getNode( "A" );
2911             n = n.getNextExternalNode();
2912             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = n.getNextExternalNode();
2920             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             n = t2.getNode( "B" );
2924             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2925                 n = n.getNextExternalNode();
2926             }
2927             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2928             n = t3.getNode( "A" );
2929             n = n.getNextExternalNode();
2930             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = n.getNextExternalNode();
2938             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             n = n.getNextExternalNode();
2942             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2943                 return false;
2944             }
2945             n = n.getNextExternalNode();
2946             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             n = n.getNextExternalNode();
2950             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2951                 return false;
2952             }
2953             n = n.getNextExternalNode();
2954             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             n = t3.getNode( "B" );
2958             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2959                 n = n.getNextExternalNode();
2960             }
2961             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2962             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2963                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2964             }
2965             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2966             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2967                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2968             }
2969             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2970             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2971             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( iter.hasNext() ) {
2990                 return false;
2991             }
2992         }
2993         catch ( final Exception e ) {
2994             e.printStackTrace( System.out );
2995             return false;
2996         }
2997         return true;
2998     }
2999
3000     private static boolean testGeneralTable() {
3001         try {
3002             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
3003             t0.setValue( 3, 2, "23" );
3004             t0.setValue( 10, 1, "error" );
3005             t0.setValue( 10, 1, "110" );
3006             t0.setValue( 9, 1, "19" );
3007             t0.setValue( 1, 10, "101" );
3008             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
3009             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
3010             t0.setValue( 0, 0, "00" );
3011             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3039             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3040             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3041             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3042             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3043             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3044             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3045             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3046             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3047             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3048             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3052                 return false;
3053             }
3054             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3076                 return false;
3077             }
3078         }
3079         catch ( final Exception e ) {
3080             e.printStackTrace( System.out );
3081             return false;
3082         }
3083         return true;
3084     }
3085
3086     private static boolean testGetDistance() {
3087         try {
3088             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3089             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3090                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3091             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3167                 return false;
3168             }
3169             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3185                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3186             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3187                 return false;
3188             }
3189             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3193                 return false;
3194             }
3195             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3199                 return false;
3200             }
3201             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3217                 return false;
3218             }
3219         }
3220         catch ( final Exception e ) {
3221             e.printStackTrace( System.out );
3222             return false;
3223         }
3224         return true;
3225     }
3226
3227     private static boolean testGetLCA() {
3228         try {
3229             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3230             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3231                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3232             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3233             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3237             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3241             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3245             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3249             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3253             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3257             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3261             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3265             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3269             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3273             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3277             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3281             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3282                 return false;
3283             }
3284             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3285             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3289             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3293             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3297             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3301             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3305             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3309             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3313             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3317             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3321             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3325             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3326             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3327                 return false;
3328             }
3329             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3330             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3334             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3338             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3342             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3346             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3350             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3354             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             final Phylogeny p3 = factory
3358                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3359                              new NHXParser() )[ 0 ];
3360             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3361             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3365             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3369             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3373             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3377             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3384             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             if ( !al_3.isRoot() ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3391             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3395                 return false;
3396             }
3397             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3398             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3405             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3409             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3410             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3411                 return false;
3412             }
3413             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3414             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3415             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3419             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3420             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3424             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3425             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428         }
3429         catch ( final Exception e ) {
3430             e.printStackTrace( System.out );
3431             return false;
3432         }
3433         return true;
3434     }
3435
3436     private static boolean testGetLCA2() {
3437         try {
3438             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3439             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3440             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3441             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3442                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3443             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3447             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3448             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3449                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3450             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3454                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3455             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3459             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3460             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3461                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3462             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3466                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3467             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3468                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3469                 System.exit( -1 );
3470                 return false;
3471             }
3472             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3473                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3474             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3478                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3479             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3483                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3484             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3485             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3486                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3487             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3491                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3492             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3493                 return false;
3494             }
3495             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3496                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3497             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3501                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3502             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3506                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3507             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3511                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3512             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3516                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3517             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3521                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3522             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3526                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3527             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3531                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3532             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3536                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3537             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3541                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3542             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3546                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3547             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3551                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3552             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3556                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3557             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3561                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3562             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3566                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3567             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3571                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3572             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3576                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3577             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3581                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3582             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3586                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3587             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3591                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3592             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3596                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3597             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3601             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3602             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3603                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3604             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3608                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3609             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3613                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3614             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3618                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3619             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3623                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3624             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3628                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3629             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3633                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3634             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3638                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3639             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny p3 = factory
3643                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3644                              new NHXParser() )[ 0 ];
3645             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3646             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3647                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3648             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3652                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3653             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3654                 return false;
3655             }
3656             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3657                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3658             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3662                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3663             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3667                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3668             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3675                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3676             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !al_3.isRoot() ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3683                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3684             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3688                 return false;
3689             }
3690             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3691                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3692             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3699                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3700             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3704             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3705             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3706                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3707             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3711             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3712             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3713                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3714             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3718             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3719             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3720                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3721             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3725             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3726             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3727                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3728             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3732                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3733             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3734                 return false;
3735             }
3736             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3737                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3738             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3742                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3743             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3747                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3748             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3752                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3753             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756         }
3757         catch ( final Exception e ) {
3758             e.printStackTrace( System.out );
3759             return false;
3760         }
3761         return true;
3762     }
3763
3764     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3765         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3766         try {
3767             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3768                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3769             parser1.parse();
3770             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3771                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3772             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3773             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( proteins.size() != 4 ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3789             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3790                 return false;
3791             }
3792             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3793                 return false;
3794             }
3795             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3796             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3803             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3807             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3811                 return false;
3812             }
3813             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837         }
3838         catch ( final Exception e ) {
3839             e.printStackTrace( System.out );
3840             return false;
3841         }
3842         return true;
3843     }
3844
3845     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3846         try {
3847             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3848             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3849             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3850             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3851             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3855             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3859             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3863             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3864                 return false;
3865             }
3866         }
3867         catch ( final Exception e ) {
3868             e.printStackTrace( System.out );
3869             return false;
3870         }
3871         return true;
3872     }
3873
3874     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3875         try {
3876             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3877             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3878             PhylogenyNodeIterator it0;
3879             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3880                 it0.next();
3881             }
3882             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3883                 it0.next();
3884             }
3885             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3886             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( it.hasNext() ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3911                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3912             PhylogenyNodeIterator it2;
3913             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3914                 it2.next();
3915             }
3916             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3917                 it2.next();
3918             }
3919             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3920             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( it3.hasNext() ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3999             PhylogenyNodeIterator it4;
4000             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
4001                 it4.next();
4002             }
4003             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
4004                 it4.next();
4005             }
4006             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
4007             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
4023             PhylogenyNodeIterator it6;
4024             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
4025                 it6.next();
4026             }
4027             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
4028                 it6.next();
4029             }
4030             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
4031             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( it.hasNext() ) {
4035                 return false;
4036             }
4037         }
4038         catch ( final Exception e ) {
4039             e.printStackTrace( System.out );
4040             return false;
4041         }
4042         return true;
4043     }
4044
4045     private static boolean testNodeRemoval() {
4046         try {
4047             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4048             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4049             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
4050             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
4054             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4055             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4059             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4060             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4061                 return false;
4062             }
4063         }
4064         catch ( final Exception e ) {
4065             e.printStackTrace( System.out );
4066             return false;
4067         }
4068         return true;
4069     }
4070
4071     private static boolean testMidpointrooting() {
4072         try {
4073             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4074             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4075             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4076             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4083                            1 ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4087                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4088             if ( !t1.isRooted() ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4092             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4111             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4112             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4125                 System.exit( -1 );
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131         }
4132         catch ( final Exception e ) {
4133             e.printStackTrace( System.out );
4134             return false;
4135         }
4136         return true;
4137     }
4138
4139     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4140         try {
4141             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4142             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4143             parser.parse();
4144             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4145             if ( labels.length != 7 ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4170             parser.parse();
4171             labels = parser.getCharStateLabels();
4172             if ( labels.length != 7 ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196         }
4197         catch ( final Exception e ) {
4198             e.printStackTrace( System.out );
4199             return false;
4200         }
4201         return true;
4202     }
4203
4204     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4205         try {
4206             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4207             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4208             parser.parse();
4209             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4210             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4229                 return false;
4230             }
4231             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             //            if ( labels.length != 7 ) {
4238             //                return false;
4239             //            }
4240             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4241             //                return false;
4242             //            }
4243             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4244             //                return false;
4245             //            }
4246             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4247             //                return false;
4248             //            }
4249             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4250             //                return false;
4251             //            }
4252             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4253             //                return false;
4254             //            }
4255             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4256             //                return false;
4257             //            }
4258             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4259             //                return false;
4260             //            }
4261             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4262             //            parser.parse();
4263             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4264             //            if ( labels.length != 7 ) {
4265             //                return false;
4266             //            }
4267             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4268             //                return false;
4269             //            }
4270             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4271             //                return false;
4272             //            }
4273             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4274             //                return false;
4275             //            }
4276             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4277             //                return false;
4278             //            }
4279             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4280             //                return false;
4281             //            }
4282             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4283             //                return false;
4284             //            }
4285             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4286             //                return false;
4287             //            }
4288         }
4289         catch ( final Exception e ) {
4290             e.printStackTrace( System.out );
4291             return false;
4292         }
4293         return true;
4294     }
4295
4296     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4297         try {
4298             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4299             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4300             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4301             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             phylogenies = null;
4311             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4312             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             phylogenies = null;
4322             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4323             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             phylogenies = null;
4336             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4337             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460         }
4461         catch ( final Exception e ) {
4462             e.printStackTrace( System.out );
4463             return false;
4464         }
4465         return true;
4466     }
4467
4468     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
4469         try {
4470             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
4471             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
4472             if ( !p.hasNext() ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             Phylogeny phy = p.next();
4476             if ( phy == null ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( p.hasNext() ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             phy = p.next();
4489             if ( phy != null ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             //
4493             p.reset();
4494             if ( !p.hasNext() ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             phy = p.next();
4498             if ( phy == null ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( p.hasNext() ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             phy = p.next();
4511             if ( phy != null ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             ////
4515             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
4516             if ( !p.hasNext() ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             phy = p.next();
4520             if ( phy == null ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( p.hasNext() ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             phy = p.next();
4533             if ( phy != null ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             //
4537             p.reset();
4538             if ( !p.hasNext() ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             phy = p.next();
4542             if ( phy == null ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( p.hasNext() ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             phy = p.next();
4555             if ( phy != null ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             ////
4559             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
4560             if ( !p.hasNext() ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             phy = p.next();
4564             if ( phy == null ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( phy.isRooted() ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             if ( p.hasNext() ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             phy = p.next();
4580             if ( phy != null ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             //
4584             p.reset();
4585             if ( !p.hasNext() ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             phy = p.next();
4589             if ( phy == null ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( p.hasNext() ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             phy = p.next();
4602             if ( phy != null ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             ////
4606             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
4607             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
4608             //                return false;
4609             //            }
4610             //0
4611             if ( !p.hasNext() ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             phy = p.next();
4615             if ( phy == null ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             //1
4625             if ( !p.hasNext() ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             phy = p.next();
4629             if ( phy == null ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             //2
4639             if ( !p.hasNext() ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             phy = p.next();
4643             if ( phy == null ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             if ( phy.isRooted() ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             //3
4656             if ( !p.hasNext() ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             phy = p.next();
4660             if ( phy == null ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             if ( !phy.isRooted() ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             //4
4673             if ( !p.hasNext() ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             phy = p.next();
4677             if ( phy == null ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4681                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             if ( !phy.isRooted() ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             //5
4691             if ( !p.hasNext() ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             phy = p.next();
4695             if ( phy == null ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             if ( phy.isRooted() ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             //6
4708             if ( !p.hasNext() ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             phy = p.next();
4712             if ( phy == null ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( !phy.isRooted() ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             //7
4725             if ( !p.hasNext() ) {
4726                 return false;
4727             }
4728             phy = p.next();
4729             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             if ( !phy.isRooted() ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             //8
4739             if ( !p.hasNext() ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             phy = p.next();
4743             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             //9
4753             if ( !p.hasNext() ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             phy = p.next();
4757             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             //10
4767             if ( !p.hasNext() ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             phy = p.next();
4771             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             if ( !phy.isRooted() ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             //11
4784             if ( !p.hasNext() ) {
4785                 return false;
4786             }
4787             phy = p.next();
4788             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( phy.isRooted() ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             //12
4801             if ( !p.hasNext() ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             phy = p.next();
4805             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !phy.isRooted() ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             //13
4818             if ( !p.hasNext() ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             phy = p.next();
4822             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( !phy.isRooted() ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             //14
4835             if ( !p.hasNext() ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             phy = p.next();
4839             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4840                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4841                 return false;
4842             }
4843             if ( !phy
4844                     .toNewHampshire()
4845                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4846                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4847                 return false;
4848             }
4849             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             if ( !phy.isRooted() ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             //15
4856             if ( !p.hasNext() ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             phy = p.next();
4860             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4861                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( !phy
4865                     .toNewHampshire()
4866                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4867                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4868                 return false;
4869             }
4870             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             if ( phy.isRooted() ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             //16
4877             if ( !p.hasNext() ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             phy = p.next();
4881             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4882                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( !phy
4886                     .toNewHampshire()
4887                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4888                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( !phy.isRooted() ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             //17
4898             if ( !p.hasNext() ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             phy = p.next();
4902             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4903                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4904                 return false;
4905             }
4906             if ( !phy
4907                     .toNewHampshire()
4908                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4909                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4910                 return false;
4911             }
4912             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             if ( phy.isRooted() ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             //
4919             if ( p.hasNext() ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             phy = p.next();
4923             if ( phy != null ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             p.reset();
4927             //0
4928             if ( !p.hasNext() ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             phy = p.next();
4932             if ( phy == null ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             //1
4942             if ( !p.hasNext() ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             phy = p.next();
4946             if ( phy == null ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             //2
4956             if ( !p.hasNext() ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             phy = p.next();
4960             if ( phy == null ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             if ( phy.isRooted() ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             //3
4973             if ( !p.hasNext() ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             phy = p.next();
4977             if ( phy == null ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             if ( !phy.isRooted() ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             //4
4990             if ( !p.hasNext() ) {
4991                 return false;
4992             }
4993             phy = p.next();
4994             if ( phy == null ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4998                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             if ( !phy.isRooted() ) {
5005                 return false;
5006             }
5007             //5
5008             if ( !p.hasNext() ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             phy = p.next();
5012             if ( phy == null ) {
5013                 return false;
5014             }
5015             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             if ( phy.isRooted() ) {
5022                 return false;
5023             }
5024         }
5025         catch ( final Exception e ) {
5026             e.printStackTrace( System.out );
5027             return false;
5028         }
5029         return true;
5030     }
5031
5032     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
5033         try {
5034             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5035             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
5036             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
5037             if ( phylogenies.length != 1 ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5053                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             phylogenies = null;
5057             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
5058             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5077                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5081                 return false;
5082             }
5083             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5096                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5115                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             phylogenies = null;
5119             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
5120             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5139                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5158                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5177                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5178                 return false;
5179             }
5180         }
5181         catch ( final Exception e ) {
5182             e.printStackTrace( System.out );
5183             return false;
5184         }
5185         return true;
5186     }
5187
5188     private static boolean testNHParsing() {
5189         try {
5190             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5191             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5192             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
5196             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
5197             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
5198             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
5199             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             final Phylogeny p1b = factory
5206                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
5207                              new NHXParser() )[ 0 ];
5208             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5215             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
5216             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
5217             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5218             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
5219             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
5220             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
5221             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
5222             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
5223             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
5224             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
5225                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
5226                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
5227                                                     new NHXParser() );
5228             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
5241             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
5242             final String p16_S = "((A,B),C)";
5243             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
5244             if ( p16.length != 1 ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             final String p17_S = "(C,(A,B))";
5251             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
5252             if ( p17.length != 1 ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
5259             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
5260             if ( p18.length != 1 ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
5267             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
5268             if ( p19.length != 1 ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
5275             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
5276             if ( p20.length != 1 ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
5283             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
5284             if ( p21.length != 1 ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
5291             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
5292             if ( p22.length != 1 ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5299             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
5300             if ( p23.length != 1 ) {
5301                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
5302                 System.exit( -1 );
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5309             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
5310             if ( p24.length != 1 ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5317             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5318             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
5319             if ( p241.length != 2 ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
5329                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
5330                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
5331                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
5332                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
5333                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
5334                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
5335                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
5336             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
5337             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             final String p26_S = "(A,B)ab";
5341             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
5342             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5346             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
5347             if ( p27s.length != 1 ) {
5348                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
5349                 System.exit( -1 );
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5353                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
5354                 System.exit( -1 );
5355                 return false;
5356             }
5357             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
5358                                                     new NHXParser() );
5359             if ( p27.length != 1 ) {
5360                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
5361                 System.exit( -1 );
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5365                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
5366                 System.exit( -1 );
5367                 return false;
5368             }
5369             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5370             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5371             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
5372             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
5373             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
5374                                                     new NHXParser() );
5375             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( p28.length != 4 ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
5391             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
5392             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
5396             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
5397             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
5398                 return false;
5399             }
5400             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
5401             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
5402             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             final String p33_S = "A";
5406             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
5407             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             final String p34_S = "B;";
5411             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
5412             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             final String p35_S = "B:0.2";
5416             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
5417             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             final String p36_S = "(A)";
5421             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
5422             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             final String p37_S = "((A))";
5426             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
5427             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5431             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
5432             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5436             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
5437             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             final String p40_S = "(A,B,C)";
5441             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
5442             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
5446             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
5447             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
5451             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
5452             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5456             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
5457             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5461             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
5462             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
5466             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
5467             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             final String p46_S = "";
5471             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
5472             if ( p46.length != 0 ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5476             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5480             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5481                 return false;
5482             }
5483             final Phylogeny p49 = factory
5484                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
5485                              new NHXParser() )[ 0 ];
5486             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5490             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5494                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
5501                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5505             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5509             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             final Phylogeny p53 = factory
5513                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
5514                              new NHXParser() )[ 0 ];
5515             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             //
5519             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5520             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5524                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527         }
5528         catch ( final Exception e ) {
5529             e.printStackTrace( System.out );
5530             return false;
5531         }
5532         return true;
5533     }
5534
5535     private static boolean testNHParsingIter() {
5536         try {
5537             final String p0_str = "(A,B);";
5538             final NHXParser p = new NHXParser();
5539             p.setSource( p0_str );
5540             if ( !p.hasNext() ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             final Phylogeny p0 = p.next();
5544             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
5545                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( p.hasNext() ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( p.next() != null ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             //
5555             final String p00_str = "(A,B)root;";
5556             p.setSource( p00_str );
5557             final Phylogeny p00 = p.next();
5558             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
5559                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
5560                 return false;
5561             }
5562             //
5563             final String p000_str = "A;";
5564             p.setSource( p000_str );
5565             final Phylogeny p000 = p.next();
5566             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
5567                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
5568                 return false;
5569             }
5570             //
5571             final String p0000_str = "A";
5572             p.setSource( p0000_str );
5573             final Phylogeny p0000 = p.next();
5574             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
5575                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
5576                 return false;
5577             }
5578             //
5579             p.setSource( "(A)" );
5580             final Phylogeny p00000 = p.next();
5581             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
5582                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
5583                 return false;
5584             }
5585             //
5586             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
5587             p.setSource( p1_str );
5588             if ( !p.hasNext() ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             final Phylogeny p1_0 = p.next();
5592             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
5593                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !p.hasNext() ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             final Phylogeny p1_1 = p.next();
5600             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5601                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
5602                 return false;
5603             }
5604             if ( !p.hasNext() ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             final Phylogeny p1_2 = p.next();
5608             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
5609                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !p.hasNext() ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             final Phylogeny p1_3 = p.next();
5616             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5617                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( p.hasNext() ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( p.next() != null ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             //
5627             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5628             p.setSource( p2_str );
5629             if ( !p.hasNext() ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             Phylogeny p2_0 = p.next();
5633             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5634                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !p.hasNext() ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             Phylogeny p2_1 = p.next();
5641             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5642                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !p.hasNext() ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             Phylogeny p2_2 = p.next();
5649             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5650                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !p.hasNext() ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             Phylogeny p2_3 = p.next();
5657             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5658                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !p.hasNext() ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             Phylogeny p2_4 = p.next();
5665             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5666                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( p.hasNext() ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( p.next() != null ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             ////
5676             p.reset();
5677             if ( !p.hasNext() ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             p2_0 = p.next();
5681             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5682                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !p.hasNext() ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             p2_1 = p.next();
5689             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5690                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !p.hasNext() ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             p2_2 = p.next();
5697             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5698                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !p.hasNext() ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             p2_3 = p.next();
5705             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5706                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !p.hasNext() ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             p2_4 = p.next();
5713             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5714                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( p.hasNext() ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( p.next() != null ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             //
5724             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5725             p.setSource( p3_str );
5726             if ( !p.hasNext() ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5730             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( p.hasNext() ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( p.next() != null ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             //
5740             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5741             p.setSource( p4_str );
5742             if ( !p.hasNext() ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5746             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( p.hasNext() ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             if ( p.next() != null ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             //
5756             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5757             p.setSource( p5_str );
5758             if ( !p.hasNext() ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5762             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( p.hasNext() ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( p.next() != null ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             //
5772             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5773             p.setSource( p6_str );
5774             if ( !p.hasNext() ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             Phylogeny p6_0 = p.next();
5778             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.hasNext() ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.next() != null ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             p.reset();
5788             if ( !p.hasNext() ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             p6_0 = p.next();
5792             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5793                 return false;
5794             }
5795             if ( p.hasNext() ) {
5796                 return false;
5797             }
5798             if ( p.next() != null ) {
5799                 return false;
5800             }
5801             //
5802             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5803             p.setSource( p7_str );
5804             if ( !p.hasNext() ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             Phylogeny p7_0 = p.next();
5808             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( p.hasNext() ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( p.next() != null ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             p.reset();
5818             if ( !p.hasNext() ) {
5819                 return false;
5820             }
5821             p7_0 = p.next();
5822             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5823                 return false;
5824             }
5825             if ( p.hasNext() ) {
5826                 return false;
5827             }
5828             if ( p.next() != null ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             //
5832             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5833             p.setSource( p8_str );
5834             if ( !p.hasNext() ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             Phylogeny p8_0 = p.next();
5838             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !p.hasNext() ) {
5842                 return false;
5843             }
5844             if ( !p.hasNext() ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             Phylogeny p8_1 = p.next();
5848             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( p.hasNext() ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( p.next() != null ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             p.reset();
5858             if ( !p.hasNext() ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             p8_0 = p.next();
5862             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( !p.hasNext() ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             p8_1 = p.next();
5869             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( p.hasNext() ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             if ( p.next() != null ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             p.reset();
5879             //
5880             p.setSource( "" );
5881             if ( p.hasNext() ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             //
5885             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5886             if ( !p.hasNext() ) {
5887                 return false;
5888             }
5889             Phylogeny p_27 = p.next();
5890             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5891                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5892                 System.exit( -1 );
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( p.hasNext() ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             if ( p.next() != null ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             p.reset();
5902             if ( !p.hasNext() ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             p_27 = p.next();
5906             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5907                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5908                 System.exit( -1 );
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( p.hasNext() ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( p.next() != null ) {
5915                 return false;
5916             }
5917         }
5918         catch ( final Exception e ) {
5919             e.printStackTrace( System.out );
5920             return false;
5921         }
5922         return true;
5923     }
5924
5925     private static boolean testNHXconversion() {
5926         try {
5927             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5928             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5929             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5930             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5931             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5932                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5933             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5934                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5935             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5951                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
5952                 return false;
5953             }
5954         }
5955         catch ( final Exception e ) {
5956             e.printStackTrace( System.out );
5957             return false;
5958         }
5959         return true;
5960     }
5961
5962     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5963         try {
5964             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
5965                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5966             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
5970                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5971             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5972                 System.out.println( n1.toString() );
5973                 return false;
5974             }
5975             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
5976                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
5977             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5978                 System.out.println( n2.toString() );
5979                 return false;
5980             }
5981             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
5982                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5983             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
5987                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5988             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5989                 System.out.println( n3.toString() );
5990                 return false;
5991             }
5992             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
5993                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5994             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5995                 System.out.println( n4.toString() );
5996                 return false;
5997             }
5998             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5999                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6000             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6001                 System.out.println( n5.toString() );
6002                 return false;
6003             }
6004             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
6005                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6006             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6007                 System.out.println( n6.toString() );
6008                 return false;
6009             }
6010             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
6011                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6012             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6013                 System.out.println( n7.toString() );
6014                 return false;
6015             }
6016             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6017                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6018             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6019                 System.out.println( n8.toString() );
6020                 return false;
6021             }
6022             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6023                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6024             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6025                 System.out.println( n9.toString() );
6026                 return false;
6027             }
6028             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
6029                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6030             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6031                 System.out.println( n10x.toString() );
6032                 return false;
6033             }
6034             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
6035                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6036             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6037                 System.out.println( n10xx.toString() );
6038                 return false;
6039             }
6040             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6041                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6042             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
6043                 System.out.println( n10.toString() );
6044                 return false;
6045             }
6046             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6047                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6048             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
6049                 System.out.println( n11.toString() );
6050                 return false;
6051             }
6052             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6053                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
6054                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6055             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
6056                 System.out.println( n12.toString() );
6057                 return false;
6058             }
6059             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6060                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
6061                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6062             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6063                 System.out.println( n13.toString() );
6064                 return false;
6065             }
6066             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6067                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
6068                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6069             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6070                 System.out.println( n14.toString() );
6071                 return false;
6072             }
6073             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6074                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
6075                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6076             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
6077                 System.out.println( n15.toString() );
6078                 return false;
6079             }
6080             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6081                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
6082                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6083             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6084                 System.out.println( n16.toString() );
6085                 return false;
6086             }
6087             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6088                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
6089                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6090             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6091                 System.out.println( n17.toString() );
6092                 return false;
6093             }
6094         }
6095         catch ( final Exception e ) {
6096             e.printStackTrace( System.out );
6097             return false;
6098         }
6099         return true;
6100     }
6101
6102     private static boolean testNHXNodeParsing() {
6103         try {
6104             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
6105             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
6106             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
6107             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
6108             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6109                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
6110             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( n3.isDuplication() ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !n5.isDuplication() ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6150                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6151             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6158                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
6159                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6160             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6167                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6168             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
6172                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6173             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
6180                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6181             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
6188                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6189             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
6196                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6197             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
6204                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6205             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
6209                 return false;
6210             }
6211             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
6212                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6213             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
6220                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6221             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
6228                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6229             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
6236                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6237             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
6244                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6245             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
6252                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6253             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
6260                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
6261                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6262             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
6269                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
6270                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6271             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
6278                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
6279                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6280             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
6287                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6288             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
6295                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6296             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6297                 return false;
6298             }
6299             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
6303                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6304             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
6311                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6312             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6319                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
6320                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6321             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6331                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
6332                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6333             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
6343                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6344             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
6351                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6352             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
6377                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
6378             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
6385             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6389                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
6390             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6403                     .createInstanceFromNhxString( "blah_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6404             if ( !n14.getName().equals( "blah_9QX45/1-2" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6411                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
6412                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6413             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6423                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
6424                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6425             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6435                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
6436                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6437             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
6444                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6445             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
6455                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6456             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
6463                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
6464                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6465             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
6472                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
6473                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6474             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
6478                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6479             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6480                 return false;
6481             }
6482         }
6483         catch ( final Exception e ) {
6484             e.printStackTrace( System.out );
6485             return false;
6486         }
6487         return true;
6488     }
6489
6490     private static boolean testNHXParsing() {
6491         try {
6492             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6493             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
6494             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
6498             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
6499             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
6503             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
6504             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             final Phylogeny[] p3 = factory
6508                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
6509                              new NHXParser() );
6510             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             final Phylogeny[] p4 = factory
6514                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
6515                              new NHXParser() );
6516             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             final Phylogeny[] p5 = factory
6520                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
6521                              new NHXParser() );
6522             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6526             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6527             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
6528             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6532             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6533             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
6534             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
6538             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
6539             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
6540             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
6544             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             final Phylogeny p10 = factory
6548                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
6549                              new NHXParser() )[ 0 ];
6550             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6551                 return false;
6552             }
6553         }
6554         catch ( final Exception e ) {
6555             e.printStackTrace( System.out );
6556             return false;
6557         }
6558         return true;
6559     }
6560
6561     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
6562         try {
6563             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6564             final NHXParser p = new NHXParser();
6565             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
6566             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
6570             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
6580                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
6587                 return false;
6588             }
6589             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             final NHXParser p1p = new NHXParser();
6599             p1p.setIgnoreQuotes( true );
6600             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
6601             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             final NHXParser p2p = new NHXParser();
6605             p1p.setIgnoreQuotes( false );
6606             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
6607             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             final NHXParser p3p = new NHXParser();
6611             p3p.setIgnoreQuotes( false );
6612             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
6613             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
6614                 return false;
6615             }
6616             final NHXParser p4p = new NHXParser();
6617             p4p.setIgnoreQuotes( false );
6618             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
6619             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             final Phylogeny p10 = factory
6623                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
6624                              new NHXParser() )[ 0 ];
6625             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6626             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6630             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             //
6634             final Phylogeny p12 = factory
6635                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
6636                              new NHXParser() )[ 0 ];
6637             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6638             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6642             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
6646             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6650             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6651                 return false;
6652             }
6653         }
6654         catch ( final Exception e ) {
6655             e.printStackTrace( System.out );
6656             return false;
6657         }
6658         return true;
6659     }
6660
6661     private static boolean testNHXParsingMB() {
6662         try {
6663             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6664             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6665                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6666                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6667                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6668                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6669                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6670                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6671                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6672                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6673             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6680                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             final Phylogeny p2 = factory
6690                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6691                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6692                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6693                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6694                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6695                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6696                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6697                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6698                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6699                              new NHXParser() )[ 0 ];
6700             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6704                 return false;
6705             }
6706         }
6707         catch ( final Exception e ) {
6708             e.printStackTrace( System.out );
6709             System.exit( -1 );
6710             return false;
6711         }
6712         return true;
6713     }
6714
6715     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6716         try {
6717             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6718             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6719             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6720             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6721             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6731             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6732             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6733             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6740             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749         }
6750         catch ( final Exception e ) {
6751             e.printStackTrace( System.out );
6752             return false;
6753         }
6754         return true;
6755     }
6756
6757     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6758         try {
6759             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6760             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6761             try {
6762                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6763             }
6764             catch ( final Exception e ) {
6765                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6766             }
6767             if ( xml_parser == null ) {
6768                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6769                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6770                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6771                 }
6772                 else {
6773                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6774                 }
6775             }
6776             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6777                                                               xml_parser );
6778             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6779                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6780                 return false;
6781             }
6782             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6783                 return false;
6784             }
6785             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6786             PhylogenyNode n = null;
6787             Distribution d = null;
6788             n = t1.getNode( "root node" );
6789             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             d = n.getNodeData().getDistribution();
6796             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( d.getPolygons() != null ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             n = t1.getNode( "node a" );
6821             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6828             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( d.getPolygons() != null ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             n = t1.getNode( "node bb" );
6853             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6860             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6885             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             p = d.getPolygons().get( 1 );
6907             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             // Roundtrip:
6920             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6921             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6922             if ( rt.length != 1 ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6926             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6927             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             d = n.getNodeData().getDistribution();
6934             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( d.getPolygons() != null ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6959             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6960                 return false;
6961             }
6962             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6966             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( d.getPolygons() != null ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6991             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6998             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             p = d.getPolygons().get( 0 );
7023             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             p = d.getPolygons().get( 1 );
7045             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
7046                 return false;
7047             }
7048             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057         }
7058         catch ( final Exception e ) {
7059             e.printStackTrace( System.out );
7060             return false;
7061         }
7062         return true;
7063     }
7064
7065     private static boolean testPostOrderIterator() {
7066         try {
7067             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7068             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7069             PhylogenyNodeIterator it0;
7070             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
7071                 it0.next();
7072             }
7073             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7074                 it0.next();
7075             }
7076             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7077             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
7078             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7088                 return false;
7089             }
7090             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7094                 return false;
7095             }
7096             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7097                 return false;
7098             }
7099             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             if ( it.hasNext() ) {
7124                 return false;
7125             }
7126         }
7127         catch ( final Exception e ) {
7128             e.printStackTrace( System.out );
7129             return false;
7130         }
7131         return true;
7132     }
7133
7134     private static boolean testPreOrderIterator() {
7135         try {
7136             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7137             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7138             PhylogenyNodeIterator it0;
7139             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
7140                 it0.next();
7141             }
7142             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7143                 it0.next();
7144             }
7145             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
7146             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( it.hasNext() ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7171             it = t1.iteratorPreorder();
7172             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( it.hasNext() ) {
7218                 return false;
7219             }
7220         }
7221         catch ( final Exception e ) {
7222             e.printStackTrace( System.out );
7223             return false;
7224         }
7225         return true;
7226     }
7227
7228     private static boolean testPropertiesMap() {
7229         try {
7230             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
7231             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7232             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7233             final Property p2 = new Property( "something:else",
7234                                               "?",
7235                                               "improbable:research",
7236                                               "xsd:decimal",
7237                                               AppliesTo.NODE );
7238             pm.addProperty( p0 );
7239             pm.addProperty( p1 );
7240             pm.addProperty( p2 );
7241             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7257                 return false;
7258             }
7259             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
7260             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
7261                 return false;
7262             }
7263             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7267                 return false;
7268             }
7269         }
7270         catch ( final Exception e ) {
7271             e.printStackTrace( System.out );
7272             return false;
7273         }
7274         return true;
7275     }
7276
7277     private static boolean testReIdMethods() {
7278         try {
7279             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7280             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7281             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
7282             p.levelOrderReID();
7283             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
7284                 return false;
7285             }
7286             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7311                 return false;
7312             }
7313             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7323                 return false;
7324             }
7325             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328         }
7329         catch ( final Exception e ) {
7330             e.printStackTrace( System.out );
7331             return false;
7332         }
7333         return true;
7334     }
7335
7336     private static boolean testRerooting() {
7337         try {
7338             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7339             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
7340                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7341             if ( !t1.isRooted() ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7345             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7346             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7347             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7348             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7349             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7350             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7351             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7352             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7353             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7354             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7355             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7356             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7357             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7358             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7359             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7360             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7361             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7362             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7363             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7364             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7365             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7366             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7367             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7368             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7369             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7370             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7371             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7372             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
7379                 return false;
7380             }
7381             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
7391                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7392             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7393             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7394             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7395             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7396             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7397             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7398             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7399             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7400             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7401             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7402             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7403             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7404             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7405             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7406             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7407             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7408             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7409             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7410             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7411             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7412             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7413             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7414             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7415             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7416             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7417             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7418             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7419             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7420             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7421             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7422             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7423             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7424             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7425             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7426             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7427             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7428             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7429             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7430             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7431             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7432             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7433             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7434             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7435             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7436             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7437             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7444             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7445                 return false;
7446             }
7447             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7448                 return false;
7449             }
7450             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7451             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7452                 return false;
7453             }
7454             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7455                 return false;
7456             }
7457             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7458                 return false;
7459             }
7460             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7461             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7471             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7478             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
7485                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7486             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7487             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7491                 return false;
7492             }
7493             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7497             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             t3.reRoot( t3.getRoot() );
7507             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7514                 return false;
7515             }
7516         }
7517         catch ( final Exception e ) {
7518             e.printStackTrace( System.out );
7519             return false;
7520         }
7521         return true;
7522     }
7523
7524     private static boolean testSDIse() {
7525         try {
7526             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7527             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
7528             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
7529             gene1.setRooted( true );
7530             species1.setRooted( true );
7531             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
7532             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             final Phylogeny species2 = factory
7536                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7537                              new NHXParser() )[ 0 ];
7538             final Phylogeny gene2 = factory
7539                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7540                              new NHXParser() )[ 0 ];
7541             species2.setRooted( true );
7542             gene2.setRooted( true );
7543             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
7544             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             final Phylogeny species3 = factory
7566                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7567                              new NHXParser() )[ 0 ];
7568             final Phylogeny gene3 = factory
7569                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7570                              new NHXParser() )[ 0 ];
7571             species3.setRooted( true );
7572             gene3.setRooted( true );
7573             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
7574             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             final Phylogeny species4 = factory
7584                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7585                              new NHXParser() )[ 0 ];
7586             final Phylogeny gene4 = factory
7587                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7588                              new NHXParser() )[ 0 ];
7589             species4.setRooted( true );
7590             gene4.setRooted( true );
7591             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
7592             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
7599                 return false;
7600             }
7601             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             final Phylogeny species5 = factory
7611                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7612                              new NHXParser() )[ 0 ];
7613             final Phylogeny gene5 = factory
7614                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7615                              new NHXParser() )[ 0 ];
7616             species5.setRooted( true );
7617             gene5.setRooted( true );
7618             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
7619             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
7638             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
7639             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
7640             final Phylogeny species6 = factory
7641                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7642                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7643                              new NHXParser() )[ 0 ];
7644             final Phylogeny gene6 = factory
7645                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
7646                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
7647                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
7648                              new NHXParser() )[ 0 ];
7649             species6.setRooted( true );
7650             gene6.setRooted( true );
7651             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7652             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             sdi6.computeMappingCostL();
7680             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7690                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7691                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7692                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7693                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7694             species7.setRooted( true );
7695             final Phylogeny gene7_1 = Test
7696                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7697             gene7_1.setRooted( true );
7698             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7699             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             final Phylogeny gene7_2 = Test
7727                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7728             gene7_2.setRooted( true );
7729             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7730             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7758                 return false;
7759             }
7760         }
7761         catch ( final Exception e ) {
7762             return false;
7763         }
7764         return true;
7765     }
7766
7767     private static boolean testSDIunrooted() {
7768         try {
7769             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7770             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7771             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7772             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7773             PhylogenyBranch br = iter.next();
7774             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             br = iter.next();
7781             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             br = iter.next();
7788             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             br = iter.next();
7795             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             br = iter.next();
7802             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             br = iter.next();
7809             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7813                 return false;
7814             }
7815             br = iter.next();
7816             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             br = iter.next();
7823             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             br = iter.next();
7830             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             br = iter.next();
7837             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             br = iter.next();
7844             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             br = iter.next();
7851             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             br = iter.next();
7858             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7859                 return false;
7860             }
7861             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             br = iter.next();
7865             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             br = iter.next();
7872             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7873                 return false;
7874             }
7875             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             if ( iter.hasNext() ) {
7879                 return false;
7880             }
7881             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7882             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7883             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7884             br = iter1.next();
7885             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7886                 return false;
7887             }
7888             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             br = iter1.next();
7892             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             br = iter1.next();
7899             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7900                 return false;
7901             }
7902             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7903                 return false;
7904             }
7905             if ( iter1.hasNext() ) {
7906                 return false;
7907             }
7908             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7909             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7910             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7911             br = iter2.next();
7912             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             br = iter2.next();
7919             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             br = iter2.next();
7926             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             if ( iter2.hasNext() ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             final Phylogeny species0 = factory
7936                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7937                              new NHXParser() )[ 0 ];
7938             final Phylogeny gene1 = factory
7939                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7940                              new NHXParser() )[ 0 ];
7941             species0.setRooted( true );
7942             gene1.setRooted( true );
7943             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7944             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7945             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             final Phylogeny gene2 = factory
7961                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7962                              new NHXParser() )[ 0 ];
7963             gene2.setRooted( true );
7964             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7965             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             final Phylogeny species6 = factory
7981                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7982                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7983                              new NHXParser() )[ 0 ];
7984             final Phylogeny gene6 = factory
7985                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7986                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7987                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7988                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7989                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7990                              new NHXParser() )[ 0 ];
7991             species6.setRooted( true );
7992             gene6.setRooted( true );
7993             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7994             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8001                 return false;
8002             }
8003             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8031                 return false;
8032             }
8033             p6 = null;
8034             final Phylogeny species7 = factory
8035                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8036                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8037                              new NHXParser() )[ 0 ];
8038             final Phylogeny gene7 = factory
8039                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8040                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8041                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8042                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8043                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8044                              new NHXParser() )[ 0 ];
8045             species7.setRooted( true );
8046             gene7.setRooted( true );
8047             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
8048             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             p7 = null;
8088             final Phylogeny species8 = factory
8089                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8090                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8091                              new NHXParser() )[ 0 ];
8092             final Phylogeny gene8 = factory
8093                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8094                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8095                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8096                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8097                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8098                              new NHXParser() )[ 0 ];
8099             species8.setRooted( true );
8100             gene8.setRooted( true );
8101             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
8102             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8103                 return false;
8104             }
8105             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8106                 return false;
8107             }
8108             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8124                 return false;
8125             }
8126             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8127                 return false;
8128             }
8129             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             p8 = null;
8142         }
8143         catch ( final Exception e ) {
8144             e.printStackTrace( System.out );
8145             return false;
8146         }
8147         return true;
8148     }
8149
8150     private static boolean testSplit() {
8151         try {
8152             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8153             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8154             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
8155             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8156             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8157             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8158             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8159             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8160             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8161             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8162             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8163             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8164             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8165             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
8166             // System.out.println( s0.toString() );
8167             //
8168             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8171             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8182             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             //
8186             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8190             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             //
8194             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8199             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             //
8203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8208             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             //
8212             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8216             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             //
8220             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8223             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             //
8227             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8233             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8234                 return false;
8235             }
8236             //
8237             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8241             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8242                 return false;
8243             }
8244             //
8245             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8246             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8247             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8250             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             //
8254             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8257             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             //
8261             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8266             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             //
8270             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8276             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             //
8280             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8284             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8285                 return false;
8286             }
8287             //
8288             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8291             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             //
8295             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8298             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             //
8302             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8305             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             //
8309             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8312             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             //
8316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8319             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8320                 return false;
8321             }
8322             //
8323             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8326             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             //
8330             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8334             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             //
8338             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8342             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             //
8346             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8350             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             //
8354             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8359             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             /////////
8363             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8364             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8365             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8366             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8367             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8368             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8369             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8370             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8371             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8372             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8373             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8374             //                return false;
8375             //            }
8376             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8377             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8378             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8379             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8380             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8381             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8382             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8383             //                return false;
8384             //            }
8385             //            //
8386             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8387             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8388             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8389             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8390             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8391             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8392             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8393             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8394             //                return false;
8395             //            }
8396             //            //
8397             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8398             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8399             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8400             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8401             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8402             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8403             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8404             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8405             //                return false;
8406             //            }
8407             //            //
8408             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8409             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8410             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8411             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8412             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8414             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8415             //                return false;
8416             //            }
8417             //            //
8418             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8419             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8420             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8421             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8422             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8423             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8424             //                return false;
8425             //            }
8426             //
8427             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8428             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8432             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             //
8436             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8441             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8442                 return false;
8443             }
8444             ///////////////////////////
8445             //
8446             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8450             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8451             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             //
8455             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8457             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8460             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             //
8464             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8465             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8466             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8469             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472             //
8473             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8478             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8479                 return false;
8480             }
8481             //
8482             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8487             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             //
8491             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8495             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498             //
8499             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8505             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             //
8509             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8515             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             //
8519             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8525             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             //
8529             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8536             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539         }
8540         catch ( final Exception e ) {
8541             e.printStackTrace();
8542             return false;
8543         }
8544         return true;
8545     }
8546
8547     private static boolean testSplitStrict() {
8548         try {
8549             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8550             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8551             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8552             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8553             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8554             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8555             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8556             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8557             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8558             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8559             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
8560             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8563             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8574             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             //
8578             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8581             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8582             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             //
8586             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8591             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             //
8595             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8600             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             //
8604             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8608             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             //
8612             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8615             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             //
8619             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8625             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             //
8629             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8633             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             //
8637             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8642             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             //
8646             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8649             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             //
8653             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8658             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             //
8662             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8666             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8668             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             //
8672             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8674             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8676             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             //
8680             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8683             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8684                 return false;
8685             }
8686             //
8687             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8690             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             //
8694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8697             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             //
8701             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8704             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             //
8708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8711             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             //
8715             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8716             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8718             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             //
8722             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8726             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             //
8730             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8733             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8734             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             //
8738             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8742             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8743                 return false;
8744             }
8745             //
8746             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8749             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8751             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8752                 return false;
8753             }
8754         }
8755         catch ( final Exception e ) {
8756             e.printStackTrace();
8757             return false;
8758         }
8759         return true;
8760     }
8761
8762     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8763         try {
8764             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8765             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8766             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8767             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             t1.toNewHampshireX();
8771             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8772             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             t1.toNewHampshireX();
8776             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8777             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             t1.toNewHampshireX();
8781             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8782             t1.toNewHampshireX();
8783             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8787             t1.toNewHampshireX();
8788             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8792             t1.toNewHampshireX();
8793             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8797             t1.toNewHampshireX();
8798             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8802             t1.toNewHampshireX();
8803             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8807             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !t1.isEmpty() ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8814             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8815             t2.toNewHampshireX();
8816             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8820             t2.toNewHampshireX();
8821             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8822                 return false;
8823             }
8824             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8825             t2.toNewHampshireX();
8826             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8827                 return false;
8828             }
8829         }
8830         catch ( final Exception e ) {
8831             e.printStackTrace( System.out );
8832             return false;
8833         }
8834         return true;
8835     }
8836
8837     private static boolean testSupportCount() {
8838         try {
8839             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8840             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8841             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8842                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8843                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8844                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8845                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8846                                                               new NHXParser() );
8847             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8848             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8849             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8850                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8851                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8852                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8853                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8854                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8855                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8856                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8857                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8858                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8859                                                               new NHXParser() );
8860             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8861             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8862             while ( it.hasNext() ) {
8863                 final PhylogenyNode n = it.next();
8864                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8865                     return false;
8866                 }
8867             }
8868             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8869             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8870                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8871             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8872             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8873             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8883                 return false;
8884             }
8885             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8886                 return false;
8887             }
8888             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8898                 return false;
8899             }
8900             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8901                 return false;
8902             }
8903             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8904             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8905                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8906             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8907             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8908             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8915                 return false;
8916             }
8917             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8918                 return false;
8919             }
8920             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8930                 return false;
8931             }
8932             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8933                 return false;
8934             }
8935             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8936                 return false;
8937             }
8938             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8939             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8940             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8941             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8942                 return false;
8943             }
8944             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8945             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8946             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8947             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8951             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8952             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8953             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8957             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8958             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8959             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962         }
8963         catch ( final Exception e ) {
8964             e.printStackTrace( System.out );
8965             return false;
8966         }
8967         return true;
8968     }
8969
8970     private static boolean testSupportTransfer() {
8971         try {
8972             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8973             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8974                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8975             final Phylogeny p2 = factory
8976                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8977             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8984             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8985             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8986                 return false;
8987             }
8988             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8989                 return false;
8990             }
8991             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8992                 return false;
8993             }
8994             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8995                 return false;
8996             }
8997             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8998                 return false;
8999             }
9000             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
9001                 return false;
9002             }
9003             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
9004                 return false;
9005             }
9006             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
9007                 return false;
9008             }
9009         }
9010         catch ( final Exception e ) {
9011             e.printStackTrace( System.out );
9012             return false;
9013         }
9014         return true;
9015     }
9016
9017     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
9018         try {
9019             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
9020                                                                                                  10 );
9021             if ( results.size() != 1 ) {
9022                 return false;
9023             }
9024             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9025                 return false;
9026             }
9027             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9028                 return false;
9029             }
9030             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9031                 return false;
9032             }
9033             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9034                 return false;
9035             }
9036             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9037                 return false;
9038             }
9039             results = null;
9040             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
9041             if ( results.size() != 1 ) {
9042                 return false;
9043             }
9044             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9045                 return false;
9046             }
9047             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9048                 return false;
9049             }
9050             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9051                 return false;
9052             }
9053             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9054                 return false;
9055             }
9056             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9057                 return false;
9058             }
9059             results = null;
9060             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
9061             if ( results.size() != 1 ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9068                 return false;
9069             }
9070             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9071                 return false;
9072             }
9073             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9074                 return false;
9075             }
9076             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             results = null;
9080             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
9081             if ( results.size() != 1 ) {
9082                 return false;
9083             }
9084             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9085                 return false;
9086             }
9087             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9088                 return false;
9089             }
9090             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9091                 return false;
9092             }
9093             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9094                 return false;
9095             }
9096             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9097                 return false;
9098             }
9099             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
9100                 return false;
9101             }
9102             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
9103                 return false;
9104             }
9105             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
9106                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9107                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
9108                 return false;
9109             }
9110         }
9111         catch ( final IOException e ) {
9112             System.out.println();
9113             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9114             e.printStackTrace( System.out );
9115             return true;
9116         }
9117         catch ( final Exception e ) {
9118             return false;
9119         }
9120         return true;
9121     }
9122
9123     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
9124         //The format for GenBank Accession numbers are:
9125         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
9126         //Protein:    3 letters + 5 numerals
9127         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
9128         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
9129             return false;
9130         }
9131         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
9132             return false;
9133         }
9134         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
9135             return false;
9136         }
9137         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
9138             return false;
9139         }
9140         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
9141             return false;
9142         }
9143         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
9144             return false;
9145         }
9146         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
9147             return false;
9148         }
9149         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
9150             return false;
9151         }
9152         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
9153             return false;
9154         }
9155         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
9156             return false;
9157         }
9158         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9159             return false;
9160         }
9161         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9162             return false;
9163         }
9164         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
9165             return false;
9166         }
9167         return true;
9168     }
9169
9170     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
9171         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9172             return false;
9173         }
9174         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
9175             return false;
9176         }
9177         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
9178             return false;
9179         }
9180         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
9181             return false;
9182         }
9183         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
9184             return false;
9185         }
9186         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
9187             return false;
9188         }
9189         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
9190             return false;
9191         }
9192         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
9193             return false;
9194         }
9195         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
9196             return false;
9197         }
9198         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9199             return false;
9200         }
9201         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9202             return false;
9203         }
9204         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9205             return false;
9206         }
9207         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9208             return false;
9209         }
9210         try {
9211             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
9212             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
9213                 return false;
9214             }
9215             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
9216                 return false;
9217             }
9218             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
9219                 return false;
9220             }
9221             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
9222                 return false;
9223             }
9224             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
9225                 return false;
9226             }
9227         }
9228         catch ( final IOException e ) {
9229             System.out.println();
9230             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9231             e.printStackTrace( System.out );
9232             return true;
9233         }
9234         catch ( final Exception e ) {
9235             return false;
9236         }
9237         return true;
9238     }
9239
9240     private static boolean testWabiTxSearch() {
9241         try {
9242             String result = "";
9243             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
9244             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
9245             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
9246                 return false;
9247             }
9248             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
9249             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
9250                 return false;
9251             }
9252             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
9253             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
9254                 return false;
9255             }
9256             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
9257             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9258                 return false;
9259             }
9260             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9261             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
9265             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
9266                 return false;
9267             }
9268             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
9269             queries.add( "Campylobacter coli" );
9270             queries.add( "Escherichia coli" );
9271             queries.add( "Arabidopsis" );
9272             queries.add( "Trichoplax" );
9273             queries.add( "Samanea saman" );
9274             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
9275             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9276             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
9277             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
9278             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
9279             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
9280             ranks.add( RANKS.FAMILY );
9281             ranks.add( RANKS.GENUS );
9282             ranks.add( RANKS.TRIBE );
9283             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
9284             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
9285             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
9286         }
9287         catch ( final Exception e ) {
9288             System.out.println();
9289             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9290             e.printStackTrace( System.out );
9291             return false;
9292         }
9293         return true;
9294     }
9295
9296     private static boolean testAminoAcidSequence() {
9297         try {
9298             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
9299             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
9303                 return false;
9304             }
9305             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
9306                 return false;
9307             }
9308             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
9309                 return false;
9310             }
9311             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
9312             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
9313                 return false;
9314             }
9315             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
9316             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9317                 return false;
9318             }
9319             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
9320             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9321                 return false;
9322             }
9323         }
9324         catch ( final Exception e ) {
9325             e.printStackTrace();
9326             return false;
9327         }
9328         return true;
9329     }
9330
9331     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
9332         try {
9333             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
9334             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
9338                 return false;
9339             }
9340             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
9341             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
9345                 return false;
9346             }
9347         }
9348         catch ( final Exception e ) {
9349             e.printStackTrace();
9350             return false;
9351         }
9352         return true;
9353     }
9354
9355     private static boolean testFastaParser() {
9356         try {
9357             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
9358                 return false;
9359             }
9360             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
9361                 return false;
9362             }
9363             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
9364             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
9365                 return false;
9366             }
9367             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
9368                 return false;
9369             }
9370             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
9374                 return false;
9375             }
9376             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
9377                 return false;
9378             }
9379             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
9380                 return false;
9381             }
9382         }
9383         catch ( final Exception e ) {
9384             e.printStackTrace();
9385             return false;
9386         }
9387         return true;
9388     }
9389
9390     private static boolean testGeneralMsaParser() {
9391         try {
9392             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
9393             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
9394             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
9395             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
9396             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
9397             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
9398             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
9399             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
9400             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9401                 return false;
9402             }
9403             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9404                 return false;
9405             }
9406             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9407                 return false;
9408             }
9409             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9419                 return false;
9420             }
9421             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9422                 return false;
9423             }
9424             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
9437             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9438                 return false;
9439             }
9440             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9441                 return false;
9442             }
9443             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9444                 return false;
9445             }
9446             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
9447             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
9448                 return false;
9449             }
9450             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
9451                 return false;
9452             }
9453             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
9454                 return false;
9455             }
9456             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
9457             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9464                 return false;
9465             }
9466         }
9467         catch ( final Exception e ) {
9468             e.printStackTrace();
9469             return false;
9470         }
9471         return true;
9472     }
9473
9474     private static boolean testMafft( final String path ) {
9475         try {
9476             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
9477             opts.add( "--maxiterate" );
9478             opts.add( "1000" );
9479             opts.add( "--localpair" );
9480             opts.add( "--quiet" );
9481             Msa msa = null;
9482             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
9483             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
9484             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
9485                 return false;
9486             }
9487             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
9488                 return false;
9489             }
9490         }
9491         catch ( final Exception e ) {
9492             e.printStackTrace( System.out );
9493             return false;
9494         }
9495         return true;
9496     }
9497
9498     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
9499         try {
9500             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9501             PhylogenyNode n;
9502             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9503             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9504             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
9505             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9506             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9507             n = t0.getFirstExternalNode();
9508             while ( n != null ) {
9509                 ext.add( n );
9510                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9511             }
9512             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9513                 return false;
9514             }
9515             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
9528                 return false;
9529             }
9530             ext.clear();
9531             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9532             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
9533             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9534             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9535             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9536             n = t1.getNode( "ab" );
9537             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9538             while ( n != null ) {
9539                 ext.add( n );
9540                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9541             }
9542             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9543                 return false;
9544             }
9545             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9546                 return false;
9547             }
9548             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9549                 return false;
9550             }
9551             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
9552                 return false;
9553             }
9554             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
9555                 return false;
9556             }
9557             //
9558             //
9559             ext.clear();
9560             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9561             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
9562             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9563             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9564             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9565             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9566             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9567             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9568             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9569             n = t2.getNode( "ab" );
9570             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9571             while ( n != null ) {
9572                 ext.add( n );
9573                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9574             }
9575             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9576                 return false;
9577             }
9578             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9579                 return false;
9580             }
9581             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             //
9588             //
9589             ext.clear();
9590             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9591             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
9592             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9593             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9594             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9595             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9596             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9597             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9598             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9599             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9600             n = t3.getNode( "ab" );
9601             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9602             while ( n != null ) {
9603                 ext.add( n );
9604                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9605             }
9606             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9607                 return false;
9608             }
9609             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9610                 return false;
9611             }
9612             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9613                 return false;
9614             }
9615             //
9616             //
9617             ext.clear();
9618             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9619             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
9620             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9621             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9622             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9623             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9624             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9625             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9626             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9627             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9628             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
9629             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
9630             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             //
9634             //
9635             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9636             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
9637             ext.clear();
9638             n = t5.getFirstExternalNode();
9639             while ( n != null ) {
9640                 ext.add( n );
9641                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9642             }
9643             if ( ext.size() != 8 ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9647                 return false;
9648             }
9649             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9650                 return false;
9651             }
9652             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9653                 return false;
9654             }
9655             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9656                 return false;
9657             }
9658             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             //
9671             //
9672             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9673             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9674             ext.clear();
9675             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9676             n = t6.getNode( "ab" );
9677             while ( n != null ) {
9678                 ext.add( n );
9679                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9680             }
9681             if ( ext.size() != 7 ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9688                 return false;
9689             }
9690             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9691                 return false;
9692             }
9693             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9694                 return false;
9695             }
9696             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9703                 return false;
9704             }
9705             //
9706             //
9707             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9708             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9709             ext.clear();
9710             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9711             n = t7.getNode( "a" );
9712             while ( n != null ) {
9713                 ext.add( n );
9714                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9715             }
9716             if ( ext.size() != 7 ) {
9717                 return false;
9718             }
9719             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9720                 return false;
9721             }
9722             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9723                 return false;
9724             }
9725             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9726                 return false;
9727             }
9728             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9729                 return false;
9730             }
9731             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             //
9741             //
9742             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9743             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9744             ext.clear();
9745             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9746             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9747             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9748             n = t8.getNode( "a" );
9749             while ( n != null ) {
9750                 ext.add( n );
9751                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9752             }
9753             if ( ext.size() != 7 ) {
9754                 return false;
9755             }
9756             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9757                 return false;
9758             }
9759             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9760                 return false;
9761             }
9762             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9763                 System.out.println( "2 fail" );
9764                 return false;
9765             }
9766             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9776                 return false;
9777             }
9778             //
9779             //
9780             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9781             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9782             ext.clear();
9783             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9784             n = t9.getNode( "a" );
9785             while ( n != null ) {
9786                 ext.add( n );
9787                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9788             }
9789             if ( ext.size() != 7 ) {
9790                 return false;
9791             }
9792             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9793                 return false;
9794             }
9795             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9796                 return false;
9797             }
9798             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9799                 return false;
9800             }
9801             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9802                 return false;
9803             }
9804             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9805                 return false;
9806             }
9807             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9808                 return false;
9809             }
9810             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9811                 return false;
9812             }
9813             //
9814             //
9815             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9816             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9817             ext.clear();
9818             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9819             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9820             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9821             n = t10.getNode( "a" );
9822             while ( n != null ) {
9823                 ext.add( n );
9824                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9825             }
9826             if ( ext.size() != 7 ) {
9827                 return false;
9828             }
9829             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9830                 return false;
9831             }
9832             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9833                 return false;
9834             }
9835             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9836                 return false;
9837             }
9838             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9839                 return false;
9840             }
9841             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9845                 return false;
9846             }
9847             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             //
9851             //
9852             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9853             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9854             ext.clear();
9855             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9856             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9857             n = t11.getNode( "a" );
9858             while ( n != null ) {
9859                 ext.add( n );
9860                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9861             }
9862             if ( ext.size() != 6 ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9872                 return false;
9873             }
9874             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9875                 return false;
9876             }
9877             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9878                 return false;
9879             }
9880             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9881                 return false;
9882             }
9883             //
9884             //
9885             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9886             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9887             ext.clear();
9888             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9889             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9890             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9891             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9892             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9893             n = t12.getNode( "a" );
9894             while ( n != null ) {
9895                 ext.add( n );
9896                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9897             }
9898             if ( ext.size() != 6 ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             //
9920             //
9921             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9922             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9923             ext.clear();
9924             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9925             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9926             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9927             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9928             n = t13.getNode( "ab" );
9929             while ( n != null ) {
9930                 ext.add( n );
9931                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9932             }
9933             if ( ext.size() != 5 ) {
9934                 return false;
9935             }
9936             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9937                 return false;
9938             }
9939             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9940                 return false;
9941             }
9942             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9943                 return false;
9944             }
9945             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9946                 return false;
9947             }
9948             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9949                 return false;
9950             }
9951             //
9952             //
9953             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9954             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9955             ext.clear();
9956             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9957             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9958             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9959             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9960             n = t14.getNode( "ab" );
9961             while ( n != null ) {
9962                 ext.add( n );
9963                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9964             }
9965             if ( ext.size() != 5 ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9972                 return false;
9973             }
9974             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9975                 return false;
9976             }
9977             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9978                 return false;
9979             }
9980             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9981                 return false;
9982             }
9983             //
9984             //
9985             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9986             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9987             ext.clear();
9988             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9989             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9990             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9991             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9992             n = t15.getNode( "ab" );
9993             while ( n != null ) {
9994                 ext.add( n );
9995                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9996             }
9997             if ( ext.size() != 6 ) {
9998                 return false;
9999             }
10000             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
10001                 return false;
10002             }
10003             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
10004                 return false;
10005             }
10006             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
10007                 return false;
10008             }
10009             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
10010                 return false;
10011             }
10012             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
10016                 return false;
10017             }
10018             //
10019             //
10020             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
10021             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
10022             ext.clear();
10023             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
10024             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
10025             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
10026             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
10027             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
10028             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
10029             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
10030             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
10031             n = t16.getNode( "ab" );
10032             while ( n != null ) {
10033                 ext.add( n );
10034                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
10035             }
10036             if ( ext.size() != 4 ) {
10037                 return false;
10038             }
10039             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
10040                 return false;
10041             }
10042             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
10043                 return false;
10044             }
10045             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
10046                 return false;
10047             }
10048             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
10049                 return false;
10050             }
10051         }
10052         catch ( final Exception e ) {
10053             e.printStackTrace( System.out );
10054             return false;
10055         }
10056         return true;
10057     }
10058
10059     private static boolean testMsaQualityMethod() {
10060         try {
10061             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
10062             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
10063             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
10064             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
10065             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
10066             l.add( s0 );
10067             l.add( s1 );
10068             l.add( s2 );
10069             l.add( s3 );
10070             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
10071             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
10072                 return false;
10073             }
10074             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
10075                 return false;
10076             }
10077             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
10078                 return false;
10079             }
10080             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
10081                 return false;
10082             }
10083         }
10084         catch ( final Exception e ) {
10085             e.printStackTrace( System.out );
10086             return false;
10087         }
10088         return true;
10089     }
10090
10091     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10092         try {
10093             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10094             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10095                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10096                 if ( id != null ) {
10097                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10098                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10099                 }
10100                 return false;
10101             }
10102             //
10103             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10104             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10105                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10106                 if ( id != null ) {
10107                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10108                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10109                 }
10110                 return false;
10111             }
10112             //
10113             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10114             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10115                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10116                 if ( id != null ) {
10117                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10118                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10119                 }
10120                 return false;
10121             }
10122             //
10123             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
10124             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10125                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10126                 if ( id != null ) {
10127                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10128                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10129                 }
10130                 return false;
10131             }
10132             //
10133             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10134             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10135                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10136                 if ( id != null ) {
10137                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10138                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10139                 }
10140                 return false;
10141             }
10142             //
10143             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10144             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10145                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10146                 if ( id != null ) {
10147                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10148                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10149                 }
10150                 return false;
10151             }
10152             //
10153             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10154             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10155                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10156                 if ( id != null ) {
10157                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10158                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10159                 }
10160                 return false;
10161             }
10162             //
10163             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10164             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10165                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10166                 if ( id != null ) {
10167                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10168                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10169                 }
10170                 return false;
10171             }
10172             //
10173             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10174             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10175                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10176                 if ( id != null ) {
10177                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10178                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10179                 }
10180                 return false;
10181             }
10182             //
10183             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
10184             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10185                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10186                 if ( id != null ) {
10187                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10188                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10189                 }
10190                 return false;
10191             }
10192             //
10193             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
10194             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10195                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10196                 if ( id != null ) {
10197                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10198                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10199                 }
10200                 return false;
10201             }
10202             //
10203             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
10204             if ( id != null ) {
10205                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10206                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10207                 return false;
10208             }
10209             // lcl_91970_unknown_
10210         }
10211         catch ( final Exception e ) {
10212             e.printStackTrace( System.out );
10213             return false;
10214         }
10215         return true;
10216     }
10217 }