forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 229         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NH parsing: " );
 238         if ( Test.testNHParsing() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 247         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "NHX parsing: " );
 256         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 265         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 274         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 292         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 301         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 310         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 319         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 337         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 346         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 355         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 364         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Copying of node data: " );
 373         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 382         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Tree methods: " );
 391         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 400         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 409         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 418         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Re-id methods: " );
 427         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 436         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 445         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 454         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 463         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 472         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Rerooting: " );
 481         if ( Test.testRerooting() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 490         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "Node removal: " );
 499         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Support count: " );
 508         if ( Test.testSupportCount() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Support transfer: " );
 517         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 526         if ( Test.testGetLCA() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 535         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 544         if ( Test.testGetDistance() ) {
 545             System.out.println( "OK." );
 546             succeeded++;
 547         }
 548         else {
 549             System.out.println( "failed." );
 550             failed++;
 551         }
 552         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 553         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 562         if ( Test.testDataObjects() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "Properties map: " );
 571         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "SDIse: " );
 580         if ( Test.testSDIse() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 589         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "GSDI: " );
 598         if ( TestGSDI.test() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "RIO: " );
 607         if ( TestRIO.test() ) {
 608             System.out.println( "OK." );
 609             succeeded++;
 610         }
 611         else {
 612             System.out.println( "failed." );
 613             failed++;
 614         }
 615         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 616         System.out.println();
 617         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 618             System.out.println( "OK." );
 619             succeeded++;
 620         }
 621         else {
 622             System.out.println( "failed." );
 623             failed++;
 624         }
 625         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 626         System.out.println();
 627         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 628             System.out.println( "OK." );
 629             succeeded++;
 630         }
 631         else {
 632             System.out.println( "failed." );
 633             failed++;
 634         }
 635         System.out.print( "GO: " );
 636         System.out.println();
 637         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Modeling tools: " );
 646         if ( TestPccx.test() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 655         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Split Matrix: " );
 664         if ( Test.testSplit() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 673         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Basic table: " );
 682         if ( Test.testBasicTable() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "General table: " );
 691         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 700         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "General MSA parser: " );
 709         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 718         if ( Test.testFastaParser() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 727         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 736         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 745         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 754         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 755             System.out.println( "OK." );
 756             succeeded++;
 757         }
 758         else {
 759             System.out.println( "failed." );
 760             failed++;
 761         }
 762         //----
 763         String path = "";
 764         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 765         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 766             path = "/usr/local/bin/mafft";
 767         }
 768         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 769             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 770         }
 771         else {
 772             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 773         }
 774         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 775             path = "mafft";
 776         }
 777         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 778             path = "/usr/local/bin/mafft";
 779         }
 780         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 781             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 782             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 783                 System.out.println( "OK." );
 784                 succeeded++;
 785             }
 786             else {
 787                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 788             }
 789         }
 790         //----
 791         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 792         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 793             System.out.println( "OK." );
 794             succeeded++;
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "failed." );
 798             failed++;
 799         }
 800         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 801         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 802             System.out.println( "OK." );
 803             succeeded++;
 804         }
 805         else {
 806             System.out.println( "failed." );
 807             failed++;
 808         }
 809         System.out.println();
 810         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 811         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 812         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 813         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 814                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 815         System.out.println();
 816         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 817         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 818         System.out.println();
 819         if ( failed < 1 ) {
 820             System.out.println( "OK." );
 821         }
 822         else {
 823             System.out.println( "Not OK." );
 824         }
 825     }
 826
 827     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 828         try {
 829             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 830                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 834                     .equals( "RAT" ) ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
 841                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 842                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 843                 return false;
 844             }
 845             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445",
 846                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 847                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
 851                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 852                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
 856                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
 860                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
 864                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445",
 868                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
 872                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
 876                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
 880                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 884                     .equals( "RAT" ) ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 888                     .equals( "PIG" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !ParserUtils
 892                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 893                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 894                 return false;
 895             }
 896             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 897                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE_", TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE )
 901                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE_", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 905                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE_", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ) != null ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "x_MOUSE_x", TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE )
 912                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 913                 return false;
 914             }
 915         }
 916         catch ( final Exception e ) {
 917             e.printStackTrace( System.out );
 918             return false;
 919         }
 920         return true;
 921     }
 922
 923     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 924         try {
 925             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 929             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 930                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 931             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 932                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 933             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 934                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 935             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !n3.isExternal() ) {
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( !n3.isRoot() ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956         }
 957         catch ( final Exception e ) {
 958             e.printStackTrace( System.out );
 959             return false;
 960         }
 961         return true;
 962     }
 963
 964     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 965         try {
 966             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 967             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 968             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 969                                                               xml_parser );
 970             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 971                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 978             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 979             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 980             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 981             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !t1.isRooted() ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( t1.isRerootable() ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1015                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1019                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1035                 return false;
1036             }
1037             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1047                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1048                 return false;
1049             }
1050             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1051                 return false;
1052             }
1053             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1060                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1064                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1068                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1072                     .equals( "experimental" ) ) {
1073                 return false;
1074             }
1075             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1076                     .equals( "function" ) ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1080                     .getValue() != 1 ) {
1081                 return false;
1082             }
1083             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1084                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1085                 return false;
1086             }
1087             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1088                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1092                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1096                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1097                 return false;
1098             }
1099             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1100                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1104                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1105                 return false;
1106             }
1107             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1108                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1112                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1116                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1117                 return false;
1118             }
1119             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1120                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1127                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1131                 return false;
1132             }
1133         }
1134         catch ( final Exception e ) {
1135             e.printStackTrace( System.out );
1136             return false;
1137         }
1138         return true;
1139     }
1140
1141     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1142         try {
1143             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1144             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1145             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1146                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1147             }
1148             else {
1149                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1150             }
1151             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1152                                                               xml_parser );
1153             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1154                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1161             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1162             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1166             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1179             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1180             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1181             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1194                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1198                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1202             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1203             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1204             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1205             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1209             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1225                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1235                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1239                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1243                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1247                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1251                     .equals( "experimental" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1255                     .equals( "function" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1259                     .getValue() != 1 ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1263                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1267                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1271                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1275                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1279                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1283                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1287                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1291                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1295                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1299                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1306                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1316                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1332                     .equals( "ncbi" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1339                     .getName().equals( "B" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1343                     .getFrom() != 21 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1350                     .getLength() != 24 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1354                     .getConfidence() != 2144 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1358                     .equals( "pfam" ) ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1374             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1411                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1412                 ;
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1434                 return false;
1435             }
1436             //
1437             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1441                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1448                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1458                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461         }
1462         catch ( final Exception e ) {
1463             e.printStackTrace( System.out );
1464             return false;
1465         }
1466         return true;
1467     }
1468
1469     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1470         try {
1471             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1472             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1473             try {
1474                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1475             }
1476             catch ( final Exception e ) {
1477                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1478             }
1479             if ( xml_parser == null ) {
1480                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1481                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1482                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1483                 }
1484                 else {
1485                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1486                 }
1487             }
1488             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1489                                                               xml_parser );
1490             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1491                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1498             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1499             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1500             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1501             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1520                 return false;
1521             }
1522             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1523             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1524             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1525                 System.out.println( "errors:" );
1526                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1533                                                               xml_parser );
1534             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1535                 System.out.println( "errors:" );
1536                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1546                                                               xml_parser );
1547             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1548                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1549                 return false;
1550             }
1551             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1552                 return false;
1553             }
1554             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1555             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1565                 return false;
1566             }
1567             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1568                                                               xml_parser );
1569             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1570                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1577             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             s.getNode( "first" );
1581             s.getNode( "<>" );
1582             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1583             s.getNode( "'''\"" );
1584             s.getNode( "\"\"\"" );
1585             s.getNode( "dick & doof" );
1586         }
1587         catch ( final Exception e ) {
1588             e.printStackTrace( System.out );
1589             return false;
1590         }
1591         return true;
1592     }
1593
1594     private static boolean testBasicTable() {
1595         try {
1596             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1597             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1604             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1605             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1606             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1607             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1608             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1609             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1610             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1611             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1642             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1643             source.append( "" + l );
1644             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1645             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1646             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1647             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1648             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1649             source.append( "40 41 42 43" + l );
1650             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1651             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1652             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1653             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1672             source1.append( "" + l );
1673             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1674             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1675             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1676             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1677             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1678             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1679             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1680             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1681             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1682             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1707             source2.append( "" + l );
1708             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1709             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1710             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1711             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1712             source2.append( "                     " + l );
1713             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1714             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1715             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1716             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1717             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1718                                                                         ";",
1719                                                                         false,
1720                                                                         false,
1721                                                                         "comment:",
1722                                                                         false );
1723             if ( tl.size() != 2 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1727             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1728             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746         }
1747         catch ( final Exception e ) {
1748             e.printStackTrace( System.out );
1749             return false;
1750         }
1751         return true;
1752     }
1753
1754     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1755         try {
1756             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1757             final TolParser parser = new TolParser();
1758             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1759             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1760                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1761                 return false;
1762             }
1763             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1767             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( !t1.isRooted() ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1786             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1787                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1788                 return false;
1789             }
1790             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1794             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t2.isRooted() ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1816                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1820             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1821                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1828             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1841             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1842                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1849             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1862             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1863                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1870             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882         }
1883         catch ( final Exception e ) {
1884             e.printStackTrace( System.out );
1885             return false;
1886         }
1887         return true;
1888     }
1889
1890     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1891         try {
1892             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1893             final Phylogeny t1 = factory.create();
1894             if ( !t1.isEmpty() ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1898             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             if ( t2.isEmpty() ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1911             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1912                 return false;
1913             }
1914             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1921             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1922             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1932             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1933             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1934                 return false;
1935             }
1936             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1940             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1941             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1945             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1946             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1947                 return false;
1948             }
1949             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1950             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1951             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1955                 return false;
1956             }
1957             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1958             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1959             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1963             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1964             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1965                 return false;
1966             }
1967         }
1968         catch ( final Exception e ) {
1969             e.printStackTrace( System.out );
1970             return false;
1971         }
1972         return true;
1973     }
1974
1975     private static boolean testTreeMethods() {
1976         try {
1977             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1978             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
1979             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
1980             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
1981                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
1982                 return false;
1983             }
1984             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
1985             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
1986             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995         }
1996         catch ( final Exception e ) {
1997             e.printStackTrace( System.out );
1998             return false;
1999         }
2000         return true;
2001     }
2002
2003     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2004         try {
2005             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2006             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2007             final Phylogeny[] ev0 = factory
2008                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2009                              new NHXParser() );
2010             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2011             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2012                 return false;
2013             }
2014             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2018             final Phylogeny[] ev1 = factory
2019                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2020                              new NHXParser() );
2021             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2022             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2029             final Phylogeny[] ev_b = factory
2030                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2031                              new NHXParser() );
2032             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2033             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039             //
2040             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2041             final Phylogeny[] ev1x = factory
2042                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2043                              new NHXParser() );
2044             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2045             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2046                 return false;
2047             }
2048             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2052             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2053                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2054                              new NHXParser() );
2055             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2056             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             //
2063             final Phylogeny[] t2 = factory
2064                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2065                              new NHXParser() );
2066             final Phylogeny[] ev2 = factory
2067                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2068                              new NHXParser() );
2069             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2070                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2071             }
2072             //
2073             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2074                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2075             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2076             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2077             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086         }
2087         catch ( final Exception e ) {
2088             e.printStackTrace();
2089             return false;
2090         }
2091         return true;
2092     }
2093
2094     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2095         try {
2096             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2097                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2098             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2099             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102         }
2103         catch ( final Exception e ) {
2104             e.printStackTrace();
2105             return false;
2106         }
2107         return true;
2108     }
2109
2110     private static boolean testDataObjects() {
2111         try {
2112             final Confidence s0 = new Confidence();
2113             final Confidence s1 = new Confidence();
2114             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2118             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2119             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2126             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2127                 return false;
2128             }
2129             s3.asSimpleText();
2130             s3.asText();
2131             // Taxonomy
2132             // ----------
2133             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2134             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2135             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2136             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2137             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2138             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2139             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2140             t1.setScientificName( "E. coli" );
2141             t1.setCommonName( "coli" );
2142             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2143             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2147             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2148             t2.setScientificName( "what" );
2149             t2.setCommonName( "something" );
2150             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2154             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2155                 return false;
2156             }
2157             t1.setIdentifier( null );
2158             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2159             t3.setScientificName( "what" );
2160             t3.setCommonName( "something" );
2161             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             t1.setIdentifier( null );
2165             t1.setTaxonomyCode( "" );
2166             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2167             t4.setCommonName( "something" );
2168             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2172             t4.setCommonName( "something" );
2173             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             t1.setIdentifier( null );
2177             t1.setTaxonomyCode( "" );
2178             t1.setScientificName( "" );
2179             t5.setCommonName( "COLI" );
2180             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             t5.setCommonName( "vibrio" );
2184             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             // Identifier
2188             // ----------
2189             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2190             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2191             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             id1.asSimpleText();
2201             id1.asText();
2202             // ProteinDomain
2203             // ---------------
2204             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2205             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2206             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2207                 return false;
2208             }
2209             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2210                 return false;
2211             }
2212             pd1.asSimpleText();
2213             pd1.asText();
2214             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2215             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2216             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             pd3.asSimpleText();
2226             pd3.asText();
2227             // DomainArchitecture
2228             // ------------------
2229             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2230             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2231             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2232             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2233             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2234             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2235             domains0.add( d2 );
2236             domains0.add( d0 );
2237             domains0.add( d3 );
2238             domains0.add( d1 );
2239             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2240             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2244             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2254             domains1.add( d1 );
2255             domains1.add( d2 );
2256             domains1.add( d4 );
2257             domains1.add( d0 );
2258             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2259             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             ds1.asSimpleText();
2263             ds1.asText();
2264             ds1.toNHX();
2265             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2266             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2267                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             // Event
2274             // -----
2275             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2276             if ( e1.isDuplication() ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             if ( !e1.isFusion() ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2289             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2296             if ( e2.isDuplication() ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2315             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2319             if ( e3.isDuplication() ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             if ( e3.isSpeciation() ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2332             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2333             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             e3 = null;
2337             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2341             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2348             e4 = null;
2349             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2350             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2351                 return false;
2352             }
2353             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             final Event e5 = new Event();
2357             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2367             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2374             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2381             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2385                 return false;
2386             }
2387         }
2388         catch ( final Exception e ) {
2389             e.printStackTrace( System.out );
2390             return false;
2391         }
2392         return true;
2393     }
2394
2395     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2396         try {
2397             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2398             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2399             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2400             if ( t0.isEmpty() ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2407             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             if ( !t0.isEmpty() ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2414             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2418             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2425             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2429             if ( !t1.isEmpty() ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2437             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             t2.toNewHampshireX();
2441             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2442             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2446             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2450             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2454             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2458             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             n = t3.getNode( "A" );
2462             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             n = n.getNextExternalNode();
2466             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2470             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             n = t3.getNode( "C" );
2474             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2478             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2482             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2486             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2490             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2494             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2498             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2502             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             n = t4.getNode( "A" );
2506             n = n.getNextExternalNode();
2507             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             n = n.getNextExternalNode();
2511             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2515             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2519             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2520             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2524             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2528             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2529             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2530                 return false;
2531             }
2532             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2533             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2537             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2538             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2542             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2546             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2547             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2551             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2555             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2556             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2560             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2564             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2565             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2569             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2573             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2574             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2578             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2582             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2586             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2590             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2591             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2595             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2599             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2603             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2607             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2611             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2615             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2619             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2623             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2627             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2631             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2635             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2639             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2643             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2647             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2648             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2652             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2656             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2657             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2661             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2665             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2666             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2670             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2674             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2678             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2679                 return false;
2680             }
2681             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2682             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2686             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2687                 return false;
2688             }
2689         }
2690         catch ( final Exception e ) {
2691             e.printStackTrace( System.out );
2692             return false;
2693         }
2694         return true;
2695     }
2696
2697     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2698         try {
2699             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2700             dss1.addValue( 82 );
2701             dss1.addValue( 78 );
2702             dss1.addValue( 70 );
2703             dss1.addValue( 58 );
2704             dss1.addValue( 42 );
2705             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             dss1.addValue( 123 );
2742             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2752             dss2.addValue( -1.85 );
2753             dss2.addValue( 57.5 );
2754             dss2.addValue( 92.78 );
2755             dss2.addValue( 57.78 );
2756             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2763             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2764                 return false;
2765             }
2766             dss2.addValue( -100 );
2767             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2771                 return false;
2772             }
2773             final double[] ds = new double[ 14 ];
2774             ds[ 0 ] = 34;
2775             ds[ 1 ] = 23;
2776             ds[ 2 ] = 1;
2777             ds[ 3 ] = 32;
2778             ds[ 4 ] = 11;
2779             ds[ 5 ] = 2;
2780             ds[ 6 ] = 12;
2781             ds[ 7 ] = 33;
2782             ds[ 8 ] = 13;
2783             ds[ 9 ] = 22;
2784             ds[ 10 ] = 21;
2785             ds[ 11 ] = 35;
2786             ds[ 12 ] = 24;
2787             ds[ 13 ] = 31;
2788             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2789             if ( bins.length != 4 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2805             ds1[ 0 ] = 10.0;
2806             ds1[ 1 ] = 19.0;
2807             ds1[ 2 ] = 9.999;
2808             ds1[ 3 ] = 0.0;
2809             ds1[ 4 ] = 39.9;
2810             ds1[ 5 ] = 39.999;
2811             ds1[ 6 ] = 30.0;
2812             ds1[ 7 ] = 19.999;
2813             ds1[ 8 ] = 30.1;
2814             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2815             if ( bins1.length != 4 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2822                 return false;
2823             }
2824             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2828                 return false;
2829             }
2830             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2831             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2832                 return false;
2833             }
2834             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2835                 return false;
2836             }
2837             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2844             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2845                 return false;
2846             }
2847             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2848                 return false;
2849             }
2850             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2854                 return false;
2855             }
2856             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2857             dss3.addValue( 1 );
2858             dss3.addValue( 1 );
2859             dss3.addValue( 1 );
2860             dss3.addValue( 2 );
2861             dss3.addValue( 3 );
2862             dss3.addValue( 4 );
2863             dss3.addValue( 5 );
2864             dss3.addValue( 5 );
2865             dss3.addValue( 5 );
2866             dss3.addValue( 6 );
2867             dss3.addValue( 7 );
2868             dss3.addValue( 8 );
2869             dss3.addValue( 9 );
2870             dss3.addValue( 10 );
2871             dss3.addValue( 10 );
2872             dss3.addValue( 10 );
2873             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2874             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2875             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2876         }
2877         catch ( final Exception e ) {
2878             e.printStackTrace( System.out );
2879             return false;
2880         }
2881         return true;
2882     }
2883
2884     private static boolean testDir( final String file ) {
2885         try {
2886             final File f = new File( file );
2887             if ( !f.exists() ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             if ( !f.isDirectory() ) {
2891                 return false;
2892             }
2893             if ( !f.canRead() ) {
2894                 return false;
2895             }
2896         }
2897         catch ( final Exception e ) {
2898             return false;
2899         }
2900         return true;
2901     }
2902
2903     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2904         try {
2905             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2906             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2907             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = n.getNextExternalNode();
2917             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             n = t1.getNode( "B" );
2921             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2922                 n = n.getNextExternalNode();
2923             }
2924             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2925             n = t2.getNode( "A" );
2926             n = n.getNextExternalNode();
2927             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             n = n.getNextExternalNode();
2931             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             n = n.getNextExternalNode();
2935             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             n = t2.getNode( "B" );
2939             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2940                 n = n.getNextExternalNode();
2941             }
2942             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2943             n = t3.getNode( "A" );
2944             n = n.getNextExternalNode();
2945             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             n = n.getNextExternalNode();
2949             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             n = n.getNextExternalNode();
2953             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             n = n.getNextExternalNode();
2957             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             n = n.getNextExternalNode();
2961             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             n = n.getNextExternalNode();
2965             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             n = n.getNextExternalNode();
2969             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             n = t3.getNode( "B" );
2973             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2974                 n = n.getNextExternalNode();
2975             }
2976             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2977             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2978                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2979             }
2980             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2981             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2982                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2983             }
2984             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2985             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2986             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( iter.hasNext() ) {
3005                 return false;
3006             }
3007         }
3008         catch ( final Exception e ) {
3009             e.printStackTrace( System.out );
3010             return false;
3011         }
3012         return true;
3013     }
3014
3015     private static boolean testGeneralTable() {
3016         try {
3017             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
3018             t0.setValue( 3, 2, "23" );
3019             t0.setValue( 10, 1, "error" );
3020             t0.setValue( 10, 1, "110" );
3021             t0.setValue( 9, 1, "19" );
3022             t0.setValue( 1, 10, "101" );
3023             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
3024             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
3025             t0.setValue( 0, 0, "00" );
3026             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3054             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3055             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3056             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3057             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3058             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3059             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3060             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3061             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3062             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3063             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3091                 return false;
3092             }
3093         }
3094         catch ( final Exception e ) {
3095             e.printStackTrace( System.out );
3096             return false;
3097         }
3098         return true;
3099     }
3100
3101     private static boolean testGetDistance() {
3102         try {
3103             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3104             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3105                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3106             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3167                 return false;
3168             }
3169             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3179                 return false;
3180             }
3181             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3200                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3201             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3232                 return false;
3233             }
3234         }
3235         catch ( final Exception e ) {
3236             e.printStackTrace( System.out );
3237             return false;
3238         }
3239         return true;
3240     }
3241
3242     private static boolean testGetLCA() {
3243         try {
3244             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3245             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3246                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3247             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3248             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3252             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3256             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3260             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3264             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3268             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3272             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3276             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3280             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3284             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3288             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3292             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3296             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3300             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3304             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3308             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3312             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3316             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3320             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3324             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3328             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3332             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3336             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3340             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3341             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3345             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3349             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3350                 return false;
3351             }
3352             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3353             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3357             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3361             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3365             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3369             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final Phylogeny p3 = factory
3373                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3374                              new NHXParser() )[ 0 ];
3375             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3376             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3380             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3384             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3388             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3392             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3399             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             if ( !al_3.isRoot() ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3406             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3413             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3420             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3424             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3425             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3429             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3430             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3434             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3435             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3436                 return false;
3437             }
3438             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3439             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3440             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443         }
3444         catch ( final Exception e ) {
3445             e.printStackTrace( System.out );
3446             return false;
3447         }
3448         return true;
3449     }
3450
3451     private static boolean testGetLCA2() {
3452         try {
3453             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3454             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3455             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3456             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3457                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3458             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3462             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3463             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3464                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3465             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3469                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3470             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3474             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3475             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3476                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3477             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3478                 return false;
3479             }
3480             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3481                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3482             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3483                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3484                 System.exit( -1 );
3485                 return false;
3486             }
3487             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3488                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3489             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3493                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3494             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3498                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3499             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3500             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3501                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3502             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3506                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3507             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3511                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3512             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3516                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3517             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3521                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3522             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3526                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3527             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3531                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3532             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3536                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3537             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3541                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3542             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3546                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3547             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3551                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3552             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3556                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3557             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3561                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3562             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3566                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3567             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3571                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3572             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3576                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3577             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3581                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3582             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3586                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3587             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3591                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3592             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3596                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3597             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3601                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3602             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3606                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3607             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3611                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3612             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3616             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3617             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3618                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3619             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3623                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3624             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3628                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3629             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3633                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3634             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3638                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3639             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3643                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3644             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3648                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3649             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3653                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3654             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final Phylogeny p3 = factory
3658                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3659                              new NHXParser() )[ 0 ];
3660             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3661             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3662                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3663             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3667                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3668             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3672                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3673             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3677                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3678             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3682                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3683             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3690                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3691             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             if ( !al_3.isRoot() ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3698                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3699             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3706                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3707             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3714                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3715             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3719             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3720             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3721                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3722             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3726             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3727             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3728                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3729             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3733             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3734             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3735                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3736             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3737                 return false;
3738             }
3739             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3740             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3741             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3742                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3743             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3747                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3748             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3752                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3753             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3757                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3758             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3762                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3763             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3767                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3768             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771         }
3772         catch ( final Exception e ) {
3773             e.printStackTrace( System.out );
3774             return false;
3775         }
3776         return true;
3777     }
3778
3779     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3780         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3781         try {
3782             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3783                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3784             parser1.parse();
3785             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3786                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3787             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3788             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( proteins.size() != 4 ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3804             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3811             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3818             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3822             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852         }
3853         catch ( final Exception e ) {
3854             e.printStackTrace( System.out );
3855             return false;
3856         }
3857         return true;
3858     }
3859
3860     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3861         try {
3862             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3863             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3864             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3865             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3866             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3867                 return false;
3868             }
3869             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3870             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3874             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3878             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3879                 return false;
3880             }
3881         }
3882         catch ( final Exception e ) {
3883             e.printStackTrace( System.out );
3884             return false;
3885         }
3886         return true;
3887     }
3888
3889     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3890         try {
3891             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3892             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3893             PhylogenyNodeIterator it0;
3894             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3895                 it0.next();
3896             }
3897             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3898                 it0.next();
3899             }
3900             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3901             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( it.hasNext() ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3926                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3927             PhylogenyNodeIterator it2;
3928             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3929                 it2.next();
3930             }
3931             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3932                 it2.next();
3933             }
3934             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3935             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( it3.hasNext() ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4014             PhylogenyNodeIterator it4;
4015             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
4016                 it4.next();
4017             }
4018             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
4019                 it4.next();
4020             }
4021             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
4022             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
4038             PhylogenyNodeIterator it6;
4039             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
4040                 it6.next();
4041             }
4042             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
4043                 it6.next();
4044             }
4045             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
4046             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( it.hasNext() ) {
4050                 return false;
4051             }
4052         }
4053         catch ( final Exception e ) {
4054             e.printStackTrace( System.out );
4055             return false;
4056         }
4057         return true;
4058     }
4059
4060     private static boolean testNodeRemoval() {
4061         try {
4062             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4063             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4064             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
4065             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
4066                 return false;
4067             }
4068             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
4069             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4070             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4074             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4075             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078         }
4079         catch ( final Exception e ) {
4080             e.printStackTrace( System.out );
4081             return false;
4082         }
4083         return true;
4084     }
4085
4086     private static boolean testMidpointrooting() {
4087         try {
4088             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4089             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4090             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4091             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4098                            1 ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4102                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4103             if ( !t1.isRooted() ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4107             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4126             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4127             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4140                 System.exit( -1 );
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146         }
4147         catch ( final Exception e ) {
4148             e.printStackTrace( System.out );
4149             return false;
4150         }
4151         return true;
4152     }
4153
4154     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4155         try {
4156             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4157             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4158             parser.parse();
4159             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4160             if ( labels.length != 7 ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4185             parser.parse();
4186             labels = parser.getCharStateLabels();
4187             if ( labels.length != 7 ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4209                 return false;
4210             }
4211         }
4212         catch ( final Exception e ) {
4213             e.printStackTrace( System.out );
4214             return false;
4215         }
4216         return true;
4217     }
4218
4219     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4220         try {
4221             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4222             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4223             parser.parse();
4224             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4225             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4229                 return false;
4230             }
4231             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4241                 return false;
4242             }
4243             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             //            if ( labels.length != 7 ) {
4253             //                return false;
4254             //            }
4255             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4256             //                return false;
4257             //            }
4258             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4259             //                return false;
4260             //            }
4261             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4262             //                return false;
4263             //            }
4264             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4265             //                return false;
4266             //            }
4267             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4268             //                return false;
4269             //            }
4270             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4271             //                return false;
4272             //            }
4273             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4274             //                return false;
4275             //            }
4276             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4277             //            parser.parse();
4278             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4279             //            if ( labels.length != 7 ) {
4280             //                return false;
4281             //            }
4282             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4283             //                return false;
4284             //            }
4285             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4286             //                return false;
4287             //            }
4288             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4289             //                return false;
4290             //            }
4291             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4292             //                return false;
4293             //            }
4294             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4295             //                return false;
4296             //            }
4297             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4298             //                return false;
4299             //            }
4300             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4301             //                return false;
4302             //            }
4303         }
4304         catch ( final Exception e ) {
4305             e.printStackTrace( System.out );
4306             return false;
4307         }
4308         return true;
4309     }
4310
4311     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4312         try {
4313             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4314             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4315             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4316             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             phylogenies = null;
4326             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4327             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             phylogenies = null;
4337             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4338             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             phylogenies = null;
4351             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4352             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4419                 return false;
4420             }
4421             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4428                 return false;
4429             }
4430             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4473                 return false;
4474             }
4475         }
4476         catch ( final Exception e ) {
4477             e.printStackTrace( System.out );
4478             return false;
4479         }
4480         return true;
4481     }
4482
4483     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
4484         try {
4485             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
4486             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
4487             if ( !p.hasNext() ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             Phylogeny phy = p.next();
4491             if ( phy == null ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             if ( p.hasNext() ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             phy = p.next();
4504             if ( phy != null ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             //
4508             p.reset();
4509             if ( !p.hasNext() ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             phy = p.next();
4513             if ( phy == null ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( p.hasNext() ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             phy = p.next();
4526             if ( phy != null ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             ////
4530             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
4531             if ( !p.hasNext() ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             phy = p.next();
4535             if ( phy == null ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( p.hasNext() ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             phy = p.next();
4548             if ( phy != null ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             //
4552             p.reset();
4553             if ( !p.hasNext() ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             phy = p.next();
4557             if ( phy == null ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             if ( p.hasNext() ) {
4567                 return false;
4568             }
4569             phy = p.next();
4570             if ( phy != null ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             ////
4574             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
4575             if ( !p.hasNext() ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             phy = p.next();
4579             if ( phy == null ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( phy.isRooted() ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             if ( p.hasNext() ) {
4592                 return false;
4593             }
4594             phy = p.next();
4595             if ( phy != null ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             //
4599             p.reset();
4600             if ( !p.hasNext() ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             phy = p.next();
4604             if ( phy == null ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4611                 return false;
4612             }
4613             if ( p.hasNext() ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             phy = p.next();
4617             if ( phy != null ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             ////
4621             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
4622             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
4623             //                return false;
4624             //            }
4625             //0
4626             if ( !p.hasNext() ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             phy = p.next();
4630             if ( phy == null ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             //1
4640             if ( !p.hasNext() ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             phy = p.next();
4644             if ( phy == null ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             //2
4654             if ( !p.hasNext() ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             phy = p.next();
4658             if ( phy == null ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( phy.isRooted() ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             //3
4671             if ( !p.hasNext() ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             phy = p.next();
4675             if ( phy == null ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !phy.isRooted() ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             //4
4688             if ( !p.hasNext() ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             phy = p.next();
4692             if ( phy == null ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4696                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( !phy.isRooted() ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             //5
4706             if ( !p.hasNext() ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             phy = p.next();
4710             if ( phy == null ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( phy.isRooted() ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             //6
4723             if ( !p.hasNext() ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             phy = p.next();
4727             if ( phy == null ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( !phy.isRooted() ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             //7
4740             if ( !p.hasNext() ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             phy = p.next();
4744             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             if ( !phy.isRooted() ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             //8
4754             if ( !p.hasNext() ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             phy = p.next();
4758             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             //9
4768             if ( !p.hasNext() ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             phy = p.next();
4772             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             //10
4782             if ( !p.hasNext() ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             phy = p.next();
4786             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4790                 return false;
4791             }
4792             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
4793                 return false;
4794             }
4795             if ( !phy.isRooted() ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             //11
4799             if ( !p.hasNext() ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             phy = p.next();
4803             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( phy.isRooted() ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             //12
4816             if ( !p.hasNext() ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             phy = p.next();
4820             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( !phy.isRooted() ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             //13
4833             if ( !p.hasNext() ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             phy = p.next();
4837             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( !phy.isRooted() ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             //14
4850             if ( !p.hasNext() ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             phy = p.next();
4854             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4855                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( !phy
4859                     .toNewHampshire()
4860                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4861                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             if ( !phy.isRooted() ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             //15
4871             if ( !p.hasNext() ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             phy = p.next();
4875             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4876                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( !phy
4880                     .toNewHampshire()
4881                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4882                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( phy.isRooted() ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             //16
4892             if ( !p.hasNext() ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             phy = p.next();
4896             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4897                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( !phy
4901                     .toNewHampshire()
4902                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4903                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4904                 return false;
4905             }
4906             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( !phy.isRooted() ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             //17
4913             if ( !p.hasNext() ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             phy = p.next();
4917             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4918                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( !phy
4922                     .toNewHampshire()
4923                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4924                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( phy.isRooted() ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             //
4934             if ( p.hasNext() ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             phy = p.next();
4938             if ( phy != null ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             p.reset();
4942             //0
4943             if ( !p.hasNext() ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             phy = p.next();
4947             if ( phy == null ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             //1
4957             if ( !p.hasNext() ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             phy = p.next();
4961             if ( phy == null ) {
4962                 return false;
4963             }
4964             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             //2
4971             if ( !p.hasNext() ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             phy = p.next();
4975             if ( phy == null ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             if ( phy.isRooted() ) {
4985                 return false;
4986             }
4987             //3
4988             if ( !p.hasNext() ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             phy = p.next();
4992             if ( phy == null ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( !phy.isRooted() ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             //4
5005             if ( !p.hasNext() ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             phy = p.next();
5009             if ( phy == null ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
5013                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             if ( !phy.isRooted() ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             //5
5023             if ( !p.hasNext() ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             phy = p.next();
5027             if ( phy == null ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             if ( phy.isRooted() ) {
5037                 return false;
5038             }
5039         }
5040         catch ( final Exception e ) {
5041             e.printStackTrace( System.out );
5042             return false;
5043         }
5044         return true;
5045     }
5046
5047     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
5048         try {
5049             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5050             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
5051             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
5052             if ( phylogenies.length != 1 ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5068                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             phylogenies = null;
5072             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
5073             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5077                 return false;
5078             }
5079             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5086                 return false;
5087             }
5088             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5092                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5111                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5130                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             phylogenies = null;
5134             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
5135             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5154                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5158                 return false;
5159             }
5160             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5167                 return false;
5168             }
5169             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5173                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5192                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195         }
5196         catch ( final Exception e ) {
5197             e.printStackTrace( System.out );
5198             return false;
5199         }
5200         return true;
5201     }
5202
5203     private static boolean testNHParsing() {
5204         try {
5205             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5206             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5207             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
5211             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
5212             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
5213             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
5214             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             final Phylogeny p1b = factory
5221                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
5222                              new NHXParser() )[ 0 ];
5223             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5230             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
5231             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
5232             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5233             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
5234             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
5235             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
5236             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
5237             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
5238             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
5239             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
5240                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
5241                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
5242                                                     new NHXParser() );
5243             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
5256             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
5257             final String p16_S = "((A,B),C)";
5258             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
5259             if ( p16.length != 1 ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             final String p17_S = "(C,(A,B))";
5266             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
5267             if ( p17.length != 1 ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
5274             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
5275             if ( p18.length != 1 ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
5282             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
5283             if ( p19.length != 1 ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
5290             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
5291             if ( p20.length != 1 ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
5298             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
5299             if ( p21.length != 1 ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
5306             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
5307             if ( p22.length != 1 ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5314             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
5315             if ( p23.length != 1 ) {
5316                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
5317                 System.exit( -1 );
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5324             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
5325             if ( p24.length != 1 ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5332             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5333             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
5334             if ( p241.length != 2 ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
5344                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
5345                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
5346                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
5347                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
5348                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
5349                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
5350                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
5351             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
5352             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             final String p26_S = "(A,B)ab";
5356             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
5357             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5361             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
5362             if ( p27s.length != 1 ) {
5363                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
5364                 System.exit( -1 );
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5368                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
5369                 System.exit( -1 );
5370                 return false;
5371             }
5372             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
5373                                                     new NHXParser() );
5374             if ( p27.length != 1 ) {
5375                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
5376                 System.exit( -1 );
5377                 return false;
5378             }
5379             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5380                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
5381                 System.exit( -1 );
5382                 return false;
5383             }
5384             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5385             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5386             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
5387             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
5388             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
5389                                                     new NHXParser() );
5390             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
5394                 return false;
5395             }
5396             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
5397                 return false;
5398             }
5399             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             if ( p28.length != 4 ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
5406             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
5407             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
5411             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
5412             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
5413                 return false;
5414             }
5415             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
5416             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
5417             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             final String p33_S = "A";
5421             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
5422             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             final String p34_S = "B;";
5426             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
5427             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             final String p35_S = "B:0.2";
5431             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
5432             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             final String p36_S = "(A)";
5436             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
5437             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             final String p37_S = "((A))";
5441             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
5442             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5446             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
5447             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5451             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
5452             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             final String p40_S = "(A,B,C)";
5456             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
5457             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
5461             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
5462             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
5466             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
5467             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5471             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
5472             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5476             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
5477             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
5478                 return false;
5479             }
5480             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
5481             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
5482             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             final String p46_S = "";
5486             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
5487             if ( p46.length != 0 ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5491             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5495             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498             final Phylogeny p49 = factory
5499                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
5500                              new NHXParser() )[ 0 ];
5501             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5502                 return false;
5503             }
5504             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5505             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5509                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
5516                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5520             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5524             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             final Phylogeny p53 = factory
5528                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
5529                              new NHXParser() )[ 0 ];
5530             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             //
5534             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5535             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5539                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542         }
5543         catch ( final Exception e ) {
5544             e.printStackTrace( System.out );
5545             return false;
5546         }
5547         return true;
5548     }
5549
5550     private static boolean testNHParsingIter() {
5551         try {
5552             final String p0_str = "(A,B);";
5553             final NHXParser p = new NHXParser();
5554             p.setSource( p0_str );
5555             if ( !p.hasNext() ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             final Phylogeny p0 = p.next();
5559             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
5560                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( p.hasNext() ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( p.next() != null ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             //
5570             final String p00_str = "(A,B)root;";
5571             p.setSource( p00_str );
5572             final Phylogeny p00 = p.next();
5573             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
5574                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
5575                 return false;
5576             }
5577             //
5578             final String p000_str = "A;";
5579             p.setSource( p000_str );
5580             final Phylogeny p000 = p.next();
5581             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
5582                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
5583                 return false;
5584             }
5585             //
5586             final String p0000_str = "A";
5587             p.setSource( p0000_str );
5588             final Phylogeny p0000 = p.next();
5589             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
5590                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
5591                 return false;
5592             }
5593             //
5594             p.setSource( "(A)" );
5595             final Phylogeny p00000 = p.next();
5596             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
5597                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
5598                 return false;
5599             }
5600             //
5601             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
5602             p.setSource( p1_str );
5603             if ( !p.hasNext() ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             final Phylogeny p1_0 = p.next();
5607             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
5608                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !p.hasNext() ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             final Phylogeny p1_1 = p.next();
5615             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5616                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( !p.hasNext() ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             final Phylogeny p1_2 = p.next();
5623             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
5624                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !p.hasNext() ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             final Phylogeny p1_3 = p.next();
5631             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5632                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( p.hasNext() ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( p.next() != null ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             //
5642             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5643             p.setSource( p2_str );
5644             if ( !p.hasNext() ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             Phylogeny p2_0 = p.next();
5648             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5649                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !p.hasNext() ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             Phylogeny p2_1 = p.next();
5656             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5657                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !p.hasNext() ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             Phylogeny p2_2 = p.next();
5664             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5665                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5666                 return false;
5667             }
5668             if ( !p.hasNext() ) {
5669                 return false;
5670             }
5671             Phylogeny p2_3 = p.next();
5672             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5673                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !p.hasNext() ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             Phylogeny p2_4 = p.next();
5680             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5681                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( p.hasNext() ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( p.next() != null ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             ////
5691             p.reset();
5692             if ( !p.hasNext() ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             p2_0 = p.next();
5696             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5697                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5698                 return false;
5699             }
5700             if ( !p.hasNext() ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             p2_1 = p.next();
5704             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5705                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !p.hasNext() ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             p2_2 = p.next();
5712             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5713                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5714                 return false;
5715             }
5716             if ( !p.hasNext() ) {
5717                 return false;
5718             }
5719             p2_3 = p.next();
5720             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5721                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !p.hasNext() ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             p2_4 = p.next();
5728             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5729                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( p.hasNext() ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( p.next() != null ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             //
5739             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5740             p.setSource( p3_str );
5741             if ( !p.hasNext() ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5745             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( p.hasNext() ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( p.next() != null ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             //
5755             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5756             p.setSource( p4_str );
5757             if ( !p.hasNext() ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5761             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( p.hasNext() ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( p.next() != null ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             //
5771             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5772             p.setSource( p5_str );
5773             if ( !p.hasNext() ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5777             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.hasNext() ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( p.next() != null ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             //
5787             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5788             p.setSource( p6_str );
5789             if ( !p.hasNext() ) {
5790                 return false;
5791             }
5792             Phylogeny p6_0 = p.next();
5793             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( p.hasNext() ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( p.next() != null ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             p.reset();
5803             if ( !p.hasNext() ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             p6_0 = p.next();
5807             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             if ( p.hasNext() ) {
5811                 return false;
5812             }
5813             if ( p.next() != null ) {
5814                 return false;
5815             }
5816             //
5817             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5818             p.setSource( p7_str );
5819             if ( !p.hasNext() ) {
5820                 return false;
5821             }
5822             Phylogeny p7_0 = p.next();
5823             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( p.hasNext() ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( p.next() != null ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             p.reset();
5833             if ( !p.hasNext() ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             p7_0 = p.next();
5837             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( p.hasNext() ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( p.next() != null ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             //
5847             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5848             p.setSource( p8_str );
5849             if ( !p.hasNext() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             Phylogeny p8_0 = p.next();
5853             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             if ( !p.hasNext() ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             if ( !p.hasNext() ) {
5860                 return false;
5861             }
5862             Phylogeny p8_1 = p.next();
5863             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( p.hasNext() ) {
5867                 return false;
5868             }
5869             if ( p.next() != null ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             p.reset();
5873             if ( !p.hasNext() ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             p8_0 = p.next();
5877             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5878                 return false;
5879             }
5880             if ( !p.hasNext() ) {
5881                 return false;
5882             }
5883             p8_1 = p.next();
5884             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( p.hasNext() ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( p.next() != null ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             p.reset();
5894             //
5895             p.setSource( "" );
5896             if ( p.hasNext() ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             //
5900             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5901             if ( !p.hasNext() ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             Phylogeny p_27 = p.next();
5905             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5906                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5907                 System.exit( -1 );
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( p.hasNext() ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( p.next() != null ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             p.reset();
5917             if ( !p.hasNext() ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             p_27 = p.next();
5921             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5922                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5923                 System.exit( -1 );
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( p.hasNext() ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( p.next() != null ) {
5930                 return false;
5931             }
5932         }
5933         catch ( final Exception e ) {
5934             e.printStackTrace( System.out );
5935             return false;
5936         }
5937         return true;
5938     }
5939
5940     private static boolean testNHXconversion() {
5941         try {
5942             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5943             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5944             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5945             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5946             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5947                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5948             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5949                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5950             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5966                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
5967                 return false;
5968             }
5969         }
5970         catch ( final Exception e ) {
5971             e.printStackTrace( System.out );
5972             return false;
5973         }
5974         return true;
5975     }
5976
5977     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5978         try {
5979             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
5980                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5981             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
5985                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5986             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5987                 System.out.println( n1.toString() );
5988                 return false;
5989             }
5990             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
5991                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
5992             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5993                 System.out.println( n2.toString() );
5994                 return false;
5995             }
5996             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
5997                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5998             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5999                 return false;
6000             }
6001             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
6002                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6003             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6004                 System.out.println( n3.toString() );
6005                 return false;
6006             }
6007             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
6008                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6009             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6010                 System.out.println( n4.toString() );
6011                 return false;
6012             }
6013             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6014                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6015             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6016                 System.out.println( n5.toString() );
6017                 return false;
6018             }
6019             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
6020                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6021             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6022                 System.out.println( n6.toString() );
6023                 return false;
6024             }
6025             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
6026                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6027             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6028                 System.out.println( n7.toString() );
6029                 return false;
6030             }
6031             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6032                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6033             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6034                 System.out.println( n8.toString() );
6035                 return false;
6036             }
6037             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6038                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6039             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6040                 System.out.println( n9.toString() );
6041                 return false;
6042             }
6043             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
6044                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6045             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6046                 System.out.println( n10x.toString() );
6047                 return false;
6048             }
6049             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
6050                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6051             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6052                 System.out.println( n10xx.toString() );
6053                 return false;
6054             }
6055             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6056                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6057             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
6058                 System.out.println( n10.toString() );
6059                 return false;
6060             }
6061             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6062                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6063             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
6064                 System.out.println( n11.toString() );
6065                 return false;
6066             }
6067             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6068                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
6069                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6070             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
6071                 System.out.println( n12.toString() );
6072                 return false;
6073             }
6074             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6075                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
6076                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6077             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6078                 System.out.println( n13.toString() );
6079                 return false;
6080             }
6081             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6082                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
6083                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6084             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6085                 System.out.println( n14.toString() );
6086                 return false;
6087             }
6088             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6089                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
6090                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6091             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
6092                 System.out.println( n15.toString() );
6093                 return false;
6094             }
6095             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6096                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
6097                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6098             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6099                 System.out.println( n16.toString() );
6100                 return false;
6101             }
6102             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6103                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
6104                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6105             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6106                 System.out.println( n17.toString() );
6107                 return false;
6108             }
6109         }
6110         catch ( final Exception e ) {
6111             e.printStackTrace( System.out );
6112             return false;
6113         }
6114         return true;
6115     }
6116
6117     private static boolean testNHXNodeParsing() {
6118         try {
6119             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
6120             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
6121             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
6122             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
6123             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6124                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
6125             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( n3.isDuplication() ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
6135                 return false;
6136             }
6137             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !n5.isDuplication() ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6165                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6166             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6173                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
6174                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6175             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6182                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6183             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
6187                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6188             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
6195                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6196             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
6203                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6204             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
6211                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6212             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
6219                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6220             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
6227                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6228             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
6235                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6236             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
6243                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6244             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
6251                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6252             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
6259                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6260             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
6267                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6268             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
6275                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
6276                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6277             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
6284                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
6285                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6286             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
6293                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
6294                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6295             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
6302                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6303             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
6310                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6311             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
6318                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6319             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
6326                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6327             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6334                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
6335                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6336             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6346                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
6347                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6348             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
6358                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6359             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
6366                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6367             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
6392                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
6393             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
6400             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6404                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
6405             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6412                 return false;
6413             }
6414             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6415                 return false;
6416             }
6417             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6418                     .createInstanceFromNhxString( "blah_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6419             if ( !n14.getName().equals( "blah_9QX45/1-2" ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6426                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
6427                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6428             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6438                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
6439                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6440             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6450                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
6451                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6452             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
6459                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6460             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
6470                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6471             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
6478                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
6479                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6480             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
6487                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
6488                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6489             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
6493                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6494             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6495                 return false;
6496             }
6497         }
6498         catch ( final Exception e ) {
6499             e.printStackTrace( System.out );
6500             return false;
6501         }
6502         return true;
6503     }
6504
6505     private static boolean testNHXParsing() {
6506         try {
6507             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6508             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
6509             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
6513             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
6514             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
6518             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
6519             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             final Phylogeny[] p3 = factory
6523                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
6524                              new NHXParser() );
6525             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             final Phylogeny[] p4 = factory
6529                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
6530                              new NHXParser() );
6531             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             final Phylogeny[] p5 = factory
6535                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
6536                              new NHXParser() );
6537             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6541             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6542             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
6543             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6547             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6548             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
6549             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
6553             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
6554             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
6555             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
6559             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             final Phylogeny p10 = factory
6563                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
6564                              new NHXParser() )[ 0 ];
6565             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6566                 return false;
6567             }
6568         }
6569         catch ( final Exception e ) {
6570             e.printStackTrace( System.out );
6571             return false;
6572         }
6573         return true;
6574     }
6575
6576     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
6577         try {
6578             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6579             final NHXParser p = new NHXParser();
6580             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
6581             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
6585             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
6595                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
6608                 return false;
6609             }
6610             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
6611                 return false;
6612             }
6613             final NHXParser p1p = new NHXParser();
6614             p1p.setIgnoreQuotes( true );
6615             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
6616             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6617                 return false;
6618             }
6619             final NHXParser p2p = new NHXParser();
6620             p1p.setIgnoreQuotes( false );
6621             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
6622             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6623                 return false;
6624             }
6625             final NHXParser p3p = new NHXParser();
6626             p3p.setIgnoreQuotes( false );
6627             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
6628             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
6629                 return false;
6630             }
6631             final NHXParser p4p = new NHXParser();
6632             p4p.setIgnoreQuotes( false );
6633             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
6634             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             final Phylogeny p10 = factory
6638                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
6639                              new NHXParser() )[ 0 ];
6640             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6641             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6642                 return false;
6643             }
6644             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6645             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             //
6649             final Phylogeny p12 = factory
6650                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
6651                              new NHXParser() )[ 0 ];
6652             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6653             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6654                 return false;
6655             }
6656             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6657             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
6661             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6662                 return false;
6663             }
6664             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6665             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6666                 return false;
6667             }
6668         }
6669         catch ( final Exception e ) {
6670             e.printStackTrace( System.out );
6671             return false;
6672         }
6673         return true;
6674     }
6675
6676     private static boolean testNHXParsingMB() {
6677         try {
6678             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6679             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6680                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6681                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6682                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6683                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6684                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6685                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6686                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6687                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6688             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6695                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             final Phylogeny p2 = factory
6705                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6706                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6707                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6708                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6709                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6710                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6711                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6712                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6713                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6714                              new NHXParser() )[ 0 ];
6715             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6719                 return false;
6720             }
6721         }
6722         catch ( final Exception e ) {
6723             e.printStackTrace( System.out );
6724             System.exit( -1 );
6725             return false;
6726         }
6727         return true;
6728     }
6729
6730     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6731         try {
6732             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6733             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6734             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6735             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6736             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6746             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6747             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6748             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6755             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6762                 return false;
6763             }
6764         }
6765         catch ( final Exception e ) {
6766             e.printStackTrace( System.out );
6767             return false;
6768         }
6769         return true;
6770     }
6771
6772     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6773         try {
6774             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6775             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6776             try {
6777                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6778             }
6779             catch ( final Exception e ) {
6780                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6781             }
6782             if ( xml_parser == null ) {
6783                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6784                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6785                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6786                 }
6787                 else {
6788                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6789                 }
6790             }
6791             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6792                                                               xml_parser );
6793             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6794                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6801             PhylogenyNode n = null;
6802             Distribution d = null;
6803             n = t1.getNode( "root node" );
6804             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             d = n.getNodeData().getDistribution();
6811             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( d.getPolygons() != null ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6830                 return false;
6831             }
6832             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             n = t1.getNode( "node a" );
6836             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6837                 return false;
6838             }
6839             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6843             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             if ( d.getPolygons() != null ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6859                 return false;
6860             }
6861             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6865                 return false;
6866             }
6867             n = t1.getNode( "node bb" );
6868             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6872                 return false;
6873             }
6874             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6875             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6882                 return false;
6883             }
6884             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6891                 return false;
6892             }
6893             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6894                 return false;
6895             }
6896             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6900             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6919                 return false;
6920             }
6921             p = d.getPolygons().get( 1 );
6922             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             // Roundtrip:
6935             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6936             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6937             if ( rt.length != 1 ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6941             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6942             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             d = n.getNodeData().getDistribution();
6949             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( d.getPolygons() != null ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6974             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6981             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             if ( d.getPolygons() != null ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
7006             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
7013             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             p = d.getPolygons().get( 0 );
7038             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             p = d.getPolygons().get( 1 );
7060             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
7061                 return false;
7062             }
7063             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072         }
7073         catch ( final Exception e ) {
7074             e.printStackTrace( System.out );
7075             return false;
7076         }
7077         return true;
7078     }
7079
7080     private static boolean testPostOrderIterator() {
7081         try {
7082             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7083             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7084             PhylogenyNodeIterator it0;
7085             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
7086                 it0.next();
7087             }
7088             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7089                 it0.next();
7090             }
7091             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7092             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
7093             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7094                 return false;
7095             }
7096             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7097                 return false;
7098             }
7099             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7100                 return false;
7101             }
7102             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7127                 return false;
7128             }
7129             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7130                 return false;
7131             }
7132             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7133                 return false;
7134             }
7135             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             if ( it.hasNext() ) {
7139                 return false;
7140             }
7141         }
7142         catch ( final Exception e ) {
7143             e.printStackTrace( System.out );
7144             return false;
7145         }
7146         return true;
7147     }
7148
7149     private static boolean testPreOrderIterator() {
7150         try {
7151             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7152             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7153             PhylogenyNodeIterator it0;
7154             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
7155                 it0.next();
7156             }
7157             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7158                 it0.next();
7159             }
7160             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
7161             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             if ( it.hasNext() ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7186             it = t1.iteratorPreorder();
7187             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7209                 return false;
7210             }
7211             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7230                 return false;
7231             }
7232             if ( it.hasNext() ) {
7233                 return false;
7234             }
7235         }
7236         catch ( final Exception e ) {
7237             e.printStackTrace( System.out );
7238             return false;
7239         }
7240         return true;
7241     }
7242
7243     private static boolean testPropertiesMap() {
7244         try {
7245             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
7246             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7247             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7248             final Property p2 = new Property( "something:else",
7249                                               "?",
7250                                               "improbable:research",
7251                                               "xsd:decimal",
7252                                               AppliesTo.NODE );
7253             pm.addProperty( p0 );
7254             pm.addProperty( p1 );
7255             pm.addProperty( p2 );
7256             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
7257                 return false;
7258             }
7259             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
7266                 return false;
7267             }
7268             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7269                 return false;
7270             }
7271             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
7275             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284         }
7285         catch ( final Exception e ) {
7286             e.printStackTrace( System.out );
7287             return false;
7288         }
7289         return true;
7290     }
7291
7292     private static boolean testReIdMethods() {
7293         try {
7294             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7295             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7296             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
7297             p.levelOrderReID();
7298             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7311                 return false;
7312             }
7313             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7323                 return false;
7324             }
7325             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7329                 return false;
7330             }
7331             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343         }
7344         catch ( final Exception e ) {
7345             e.printStackTrace( System.out );
7346             return false;
7347         }
7348         return true;
7349     }
7350
7351     private static boolean testRerooting() {
7352         try {
7353             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7354             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
7355                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7356             if ( !t1.isRooted() ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7360             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7361             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7362             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7363             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7364             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7365             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7366             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7367             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7368             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7369             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7370             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7371             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7372             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7373             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7374             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7375             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7376             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7377             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7378             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7379             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7380             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7381             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7382             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7383             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7384             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7385             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7386             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7387             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
7406                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7407             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7408             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7409             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7410             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7411             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7412             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7413             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7414             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7415             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7416             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7417             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7418             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7419             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7420             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7421             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7422             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7423             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7424             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7425             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7426             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7427             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7428             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7429             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7430             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7431             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7432             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7433             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7434             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7435             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7436             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7437             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7438             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7439             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7440             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7441             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7442             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7443             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7444             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7445             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7446             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7447             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7448             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7449             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7450             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7451             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7452             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7459             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7466             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7467                 return false;
7468             }
7469             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7476             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7486             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7490                 return false;
7491             }
7492             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7493             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7494                 return false;
7495             }
7496             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
7500                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7501             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7502             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7503                 return false;
7504             }
7505             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7506                 return false;
7507             }
7508             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7509                 return false;
7510             }
7511             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7512             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             t3.reRoot( t3.getRoot() );
7522             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7529                 return false;
7530             }
7531         }
7532         catch ( final Exception e ) {
7533             e.printStackTrace( System.out );
7534             return false;
7535         }
7536         return true;
7537     }
7538
7539     private static boolean testSDIse() {
7540         try {
7541             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7542             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
7543             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
7544             gene1.setRooted( true );
7545             species1.setRooted( true );
7546             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
7547             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             final Phylogeny species2 = factory
7551                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7552                              new NHXParser() )[ 0 ];
7553             final Phylogeny gene2 = factory
7554                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7555                              new NHXParser() )[ 0 ];
7556             species2.setRooted( true );
7557             gene2.setRooted( true );
7558             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
7559             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
7569                 return false;
7570             }
7571             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
7572                 return false;
7573             }
7574             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
7575                 return false;
7576             }
7577             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
7578                 return false;
7579             }
7580             final Phylogeny species3 = factory
7581                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7582                              new NHXParser() )[ 0 ];
7583             final Phylogeny gene3 = factory
7584                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7585                              new NHXParser() )[ 0 ];
7586             species3.setRooted( true );
7587             gene3.setRooted( true );
7588             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
7589             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
7593                 return false;
7594             }
7595             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
7596                 return false;
7597             }
7598             final Phylogeny species4 = factory
7599                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7600                              new NHXParser() )[ 0 ];
7601             final Phylogeny gene4 = factory
7602                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7603                              new NHXParser() )[ 0 ];
7604             species4.setRooted( true );
7605             gene4.setRooted( true );
7606             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
7607             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7608                 return false;
7609             }
7610             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             final Phylogeny species5 = factory
7626                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7627                              new NHXParser() )[ 0 ];
7628             final Phylogeny gene5 = factory
7629                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7630                              new NHXParser() )[ 0 ];
7631             species5.setRooted( true );
7632             gene5.setRooted( true );
7633             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
7634             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
7653             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
7654             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
7655             final Phylogeny species6 = factory
7656                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7657                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7658                              new NHXParser() )[ 0 ];
7659             final Phylogeny gene6 = factory
7660                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
7661                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
7662                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
7663                              new NHXParser() )[ 0 ];
7664             species6.setRooted( true );
7665             gene6.setRooted( true );
7666             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7667             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7683                 return false;
7684             }
7685             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7692                 return false;
7693             }
7694             sdi6.computeMappingCostL();
7695             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7705                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7706                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7707                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7708                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7709             species7.setRooted( true );
7710             final Phylogeny gene7_1 = Test
7711                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7712             gene7_1.setRooted( true );
7713             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7714             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             final Phylogeny gene7_2 = Test
7742                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7743             gene7_2.setRooted( true );
7744             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7745             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7773                 return false;
7774             }
7775         }
7776         catch ( final Exception e ) {
7777             return false;
7778         }
7779         return true;
7780     }
7781
7782     private static boolean testSDIunrooted() {
7783         try {
7784             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7785             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7786             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7787             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7788             PhylogenyBranch br = iter.next();
7789             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             br = iter.next();
7796             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             br = iter.next();
7803             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             br = iter.next();
7810             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             br = iter.next();
7817             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             br = iter.next();
7824             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7825                 return false;
7826             }
7827             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             br = iter.next();
7831             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7832                 return false;
7833             }
7834             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7835                 return false;
7836             }
7837             br = iter.next();
7838             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             br = iter.next();
7845             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             br = iter.next();
7852             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             br = iter.next();
7859             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             br = iter.next();
7866             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7870                 return false;
7871             }
7872             br = iter.next();
7873             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             br = iter.next();
7880             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7884                 return false;
7885             }
7886             br = iter.next();
7887             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( iter.hasNext() ) {
7894                 return false;
7895             }
7896             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7897             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7898             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7899             br = iter1.next();
7900             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             br = iter1.next();
7907             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             br = iter1.next();
7914             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7915                 return false;
7916             }
7917             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             if ( iter1.hasNext() ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7924             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7925             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7926             br = iter2.next();
7927             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             br = iter2.next();
7934             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7938                 return false;
7939             }
7940             br = iter2.next();
7941             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( iter2.hasNext() ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             final Phylogeny species0 = factory
7951                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7952                              new NHXParser() )[ 0 ];
7953             final Phylogeny gene1 = factory
7954                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7955                              new NHXParser() )[ 0 ];
7956             species0.setRooted( true );
7957             gene1.setRooted( true );
7958             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7959             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7960             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7964                 return false;
7965             }
7966             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             final Phylogeny gene2 = factory
7976                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7977                              new NHXParser() )[ 0 ];
7978             gene2.setRooted( true );
7979             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7980             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             final Phylogeny species6 = factory
7996                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7997                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7998                              new NHXParser() )[ 0 ];
7999             final Phylogeny gene6 = factory
8000                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8001                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8002                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8003                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8004                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8005                              new NHXParser() )[ 0 ];
8006             species6.setRooted( true );
8007             gene6.setRooted( true );
8008             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
8009             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8028                 return false;
8029             }
8030             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8031                 return false;
8032             }
8033             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             p6 = null;
8049             final Phylogeny species7 = factory
8050                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8051                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8052                              new NHXParser() )[ 0 ];
8053             final Phylogeny gene7 = factory
8054                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8055                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8056                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8057                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8058                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8059                              new NHXParser() )[ 0 ];
8060             species7.setRooted( true );
8061             gene7.setRooted( true );
8062             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
8063             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8067                 return false;
8068             }
8069             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8094                 return false;
8095             }
8096             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8097                 return false;
8098             }
8099             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8100                 return false;
8101             }
8102             p7 = null;
8103             final Phylogeny species8 = factory
8104                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8105                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8106                              new NHXParser() )[ 0 ];
8107             final Phylogeny gene8 = factory
8108                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8109                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8110                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8111                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8112                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8113                              new NHXParser() )[ 0 ];
8114             species8.setRooted( true );
8115             gene8.setRooted( true );
8116             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
8117             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8124                 return false;
8125             }
8126             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8127                 return false;
8128             }
8129             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8151                 return false;
8152             }
8153             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             p8 = null;
8157         }
8158         catch ( final Exception e ) {
8159             e.printStackTrace( System.out );
8160             return false;
8161         }
8162         return true;
8163     }
8164
8165     private static boolean testSplit() {
8166         try {
8167             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8168             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8169             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
8170             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8171             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8172             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8173             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8174             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8175             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8176             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8177             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8178             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8179             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8180             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
8181             // System.out.println( s0.toString() );
8182             //
8183             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8186             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8197             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8198                 return false;
8199             }
8200             //
8201             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8205             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             //
8209             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8214             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             //
8218             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8223             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             //
8227             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8231             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             //
8235             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8238             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             //
8242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8246             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8247             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8248             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             //
8252             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8256             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             //
8260             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8265             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             //
8269             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8272             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             //
8276             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8281             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             //
8285             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8291             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8292                 return false;
8293             }
8294             //
8295             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8299             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             //
8303             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8306             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8307                 return false;
8308             }
8309             //
8310             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8313             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8314                 return false;
8315             }
8316             //
8317             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8320             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             //
8324             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8327             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             //
8331             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8334             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             //
8338             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8341             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             //
8345             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8349             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8350                 return false;
8351             }
8352             //
8353             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8357             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             //
8361             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8365             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             //
8369             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8374             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             /////////
8378             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8379             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8380             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8381             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8382             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8383             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8384             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8385             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8386             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8387             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8388             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8389             //                return false;
8390             //            }
8391             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8392             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8393             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8394             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8395             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8396             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8397             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8398             //                return false;
8399             //            }
8400             //            //
8401             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8402             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8403             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8404             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8405             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8406             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8407             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8408             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8409             //                return false;
8410             //            }
8411             //            //
8412             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8413             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8414             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8415             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8416             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8417             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8418             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8419             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8420             //                return false;
8421             //            }
8422             //            //
8423             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8424             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8425             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8426             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8428             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8429             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8430             //                return false;
8431             //            }
8432             //            //
8433             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8436             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8437             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8438             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8439             //                return false;
8440             //            }
8441             //
8442             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8447             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8448                 return false;
8449             }
8450             //
8451             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8453             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8456             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             ///////////////////////////
8460             //
8461             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8462             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8463             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8464             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8465             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8466             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             //
8470             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8475             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8476                 return false;
8477             }
8478             //
8479             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8484             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8485                 return false;
8486             }
8487             //
8488             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8493             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             //
8497             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8502             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             //
8506             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8508             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8510             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8511                 return false;
8512             }
8513             //
8514             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8517             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8520             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8521                 return false;
8522             }
8523             //
8524             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8525             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8526             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8530             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             //
8534             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8540             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             //
8544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8551             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8552                 return false;
8553             }
8554         }
8555         catch ( final Exception e ) {
8556             e.printStackTrace();
8557             return false;
8558         }
8559         return true;
8560     }
8561
8562     private static boolean testSplitStrict() {
8563         try {
8564             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8565             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8566             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8567             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8568             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8569             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8570             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8571             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8572             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8573             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8574             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
8575             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8578             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8589             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             //
8593             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8597             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             //
8601             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8602             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8606             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             //
8610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8613             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8615             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             //
8619             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8620             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8621             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8623             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             //
8627             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8630             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             //
8634             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8638             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8640             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             //
8644             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8648             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             //
8652             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8657             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             //
8661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8664             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             //
8668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8673             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             //
8677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8683             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8684                 return false;
8685             }
8686             //
8687             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8691             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             //
8695             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8698             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             //
8702             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8705             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             //
8709             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8712             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             //
8716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8719             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             //
8723             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8726             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             //
8730             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8733             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             //
8737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8741             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8742                 return false;
8743             }
8744             //
8745             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8749             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             //
8753             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             //
8761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8766             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769         }
8770         catch ( final Exception e ) {
8771             e.printStackTrace();
8772             return false;
8773         }
8774         return true;
8775     }
8776
8777     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8778         try {
8779             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8780             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8781             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8782             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             t1.toNewHampshireX();
8786             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8787             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             t1.toNewHampshireX();
8791             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8792             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             t1.toNewHampshireX();
8796             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8797             t1.toNewHampshireX();
8798             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8802             t1.toNewHampshireX();
8803             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8807             t1.toNewHampshireX();
8808             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8812             t1.toNewHampshireX();
8813             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8817             t1.toNewHampshireX();
8818             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8819                 return false;
8820             }
8821             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8822             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !t1.isEmpty() ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8829             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8830             t2.toNewHampshireX();
8831             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8835             t2.toNewHampshireX();
8836             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8840             t2.toNewHampshireX();
8841             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8842                 return false;
8843             }
8844         }
8845         catch ( final Exception e ) {
8846             e.printStackTrace( System.out );
8847             return false;
8848         }
8849         return true;
8850     }
8851
8852     private static boolean testSupportCount() {
8853         try {
8854             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8855             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8856             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8857                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8858                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8859                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8860                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8861                                                               new NHXParser() );
8862             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8863             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8864             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8865                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8866                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8867                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8868                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8869                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8870                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8871                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8872                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8873                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8874                                                               new NHXParser() );
8875             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8876             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8877             while ( it.hasNext() ) {
8878                 final PhylogenyNode n = it.next();
8879                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8880                     return false;
8881                 }
8882             }
8883             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8884             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8885                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8886             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8887             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8888             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8898                 return false;
8899             }
8900             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8901                 return false;
8902             }
8903             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8904                 return false;
8905             }
8906             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8907                 return false;
8908             }
8909             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8910                 return false;
8911             }
8912             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8913                 return false;
8914             }
8915             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8916                 return false;
8917             }
8918             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8919             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8920                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8921             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8922             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8923             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8930                 return false;
8931             }
8932             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8933                 return false;
8934             }
8935             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8936                 return false;
8937             }
8938             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8939                 return false;
8940             }
8941             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8942                 return false;
8943             }
8944             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8945                 return false;
8946             }
8947             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8954             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8955             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8956             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8960             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8961             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8962             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8966             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8967             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8968             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8972             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8973             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8974             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977         }
8978         catch ( final Exception e ) {
8979             e.printStackTrace( System.out );
8980             return false;
8981         }
8982         return true;
8983     }
8984
8985     private static boolean testSupportTransfer() {
8986         try {
8987             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8988             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8989                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8990             final Phylogeny p2 = factory
8991                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8992             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8996                 return false;
8997             }
8998             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8999             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
9000             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
9001                 return false;
9002             }
9003             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
9004                 return false;
9005             }
9006             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
9007                 return false;
9008             }
9009             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
9010                 return false;
9011             }
9012             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
9013                 return false;
9014             }
9015             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
9016                 return false;
9017             }
9018             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
9019                 return false;
9020             }
9021             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
9022                 return false;
9023             }
9024         }
9025         catch ( final Exception e ) {
9026             e.printStackTrace( System.out );
9027             return false;
9028         }
9029         return true;
9030     }
9031
9032     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
9033         try {
9034             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
9035                                                                                                  10 );
9036             if ( results.size() != 1 ) {
9037                 return false;
9038             }
9039             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9040                 return false;
9041             }
9042             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9043                 return false;
9044             }
9045             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9046                 return false;
9047             }
9048             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9049                 return false;
9050             }
9051             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9052                 return false;
9053             }
9054             results = null;
9055             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
9056             if ( results.size() != 1 ) {
9057                 return false;
9058             }
9059             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9060                 return false;
9061             }
9062             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9063                 return false;
9064             }
9065             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9066                 return false;
9067             }
9068             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9069                 return false;
9070             }
9071             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9072                 return false;
9073             }
9074             results = null;
9075             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
9076             if ( results.size() != 1 ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9086                 return false;
9087             }
9088             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9092                 return false;
9093             }
9094             results = null;
9095             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
9096             if ( results.size() != 1 ) {
9097                 return false;
9098             }
9099             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9100                 return false;
9101             }
9102             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9103                 return false;
9104             }
9105             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9106                 return false;
9107             }
9108             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9109                 return false;
9110             }
9111             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9112                 return false;
9113             }
9114             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
9115                 return false;
9116             }
9117             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
9121                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9122                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
9123                 return false;
9124             }
9125         }
9126         catch ( final IOException e ) {
9127             System.out.println();
9128             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9129             e.printStackTrace( System.out );
9130             return true;
9131         }
9132         catch ( final Exception e ) {
9133             return false;
9134         }
9135         return true;
9136     }
9137
9138     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
9139         //The format for GenBank Accession numbers are:
9140         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
9141         //Protein:    3 letters + 5 numerals
9142         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
9143         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
9144             return false;
9145         }
9146         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
9147             return false;
9148         }
9149         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
9150             return false;
9151         }
9152         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
9153             return false;
9154         }
9155         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
9156             return false;
9157         }
9158         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
9159             return false;
9160         }
9161         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
9162             return false;
9163         }
9164         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
9165             return false;
9166         }
9167         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
9168             return false;
9169         }
9170         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
9171             return false;
9172         }
9173         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9174             return false;
9175         }
9176         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9177             return false;
9178         }
9179         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
9180             return false;
9181         }
9182         return true;
9183     }
9184
9185     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
9186         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9187             return false;
9188         }
9189         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
9190             return false;
9191         }
9192         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
9193             return false;
9194         }
9195         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
9196             return false;
9197         }
9198         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
9199             return false;
9200         }
9201         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
9202             return false;
9203         }
9204         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
9205             return false;
9206         }
9207         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
9208             return false;
9209         }
9210         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
9211             return false;
9212         }
9213         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9214             return false;
9215         }
9216         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9217             return false;
9218         }
9219         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9220             return false;
9221         }
9222         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9223             return false;
9224         }
9225         try {
9226             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
9227             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
9231                 return false;
9232             }
9233             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
9234                 return false;
9235             }
9236             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
9237                 return false;
9238             }
9239             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
9240                 return false;
9241             }
9242         }
9243         catch ( final IOException e ) {
9244             System.out.println();
9245             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9246             e.printStackTrace( System.out );
9247             return true;
9248         }
9249         catch ( final Exception e ) {
9250             return false;
9251         }
9252         return true;
9253     }
9254
9255     private static boolean testWabiTxSearch() {
9256         try {
9257             String result = "";
9258             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
9259             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
9260             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
9261                 return false;
9262             }
9263             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
9264             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
9268             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
9269                 return false;
9270             }
9271             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
9272             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9273                 return false;
9274             }
9275             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9276             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
9277                 return false;
9278             }
9279             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
9280             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
9281                 return false;
9282             }
9283             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
9284             queries.add( "Campylobacter coli" );
9285             queries.add( "Escherichia coli" );
9286             queries.add( "Arabidopsis" );
9287             queries.add( "Trichoplax" );
9288             queries.add( "Samanea saman" );
9289             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
9290             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9291             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
9292             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
9293             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
9294             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
9295             ranks.add( RANKS.FAMILY );
9296             ranks.add( RANKS.GENUS );
9297             ranks.add( RANKS.TRIBE );
9298             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
9299             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
9300             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
9301         }
9302         catch ( final Exception e ) {
9303             System.out.println();
9304             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9305             e.printStackTrace( System.out );
9306             return false;
9307         }
9308         return true;
9309     }
9310
9311     private static boolean testAminoAcidSequence() {
9312         try {
9313             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
9314             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
9315                 return false;
9316             }
9317             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
9318                 return false;
9319             }
9320             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
9321                 return false;
9322             }
9323             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
9324                 return false;
9325             }
9326             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
9327             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
9331             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
9335             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9336                 return false;
9337             }
9338         }
9339         catch ( final Exception e ) {
9340             e.printStackTrace();
9341             return false;
9342         }
9343         return true;
9344     }
9345
9346     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
9347         try {
9348             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
9349             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
9350                 return false;
9351             }
9352             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
9353                 return false;
9354             }
9355             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
9356             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
9357                 return false;
9358             }
9359             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
9360                 return false;
9361             }
9362         }
9363         catch ( final Exception e ) {
9364             e.printStackTrace();
9365             return false;
9366         }
9367         return true;
9368     }
9369
9370     private static boolean testFastaParser() {
9371         try {
9372             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
9373                 return false;
9374             }
9375             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
9376                 return false;
9377             }
9378             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
9379             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
9380                 return false;
9381             }
9382             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
9383                 return false;
9384             }
9385             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
9389                 return false;
9390             }
9391             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
9392                 return false;
9393             }
9394             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
9395                 return false;
9396             }
9397         }
9398         catch ( final Exception e ) {
9399             e.printStackTrace();
9400             return false;
9401         }
9402         return true;
9403     }
9404
9405     private static boolean testGeneralMsaParser() {
9406         try {
9407             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
9408             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
9409             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
9410             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
9411             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
9412             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
9413             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
9414             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
9415             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9419                 return false;
9420             }
9421             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9422                 return false;
9423             }
9424             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9425                 return false;
9426             }
9427             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9437                 return false;
9438             }
9439             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9440                 return false;
9441             }
9442             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9443                 return false;
9444             }
9445             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9446                 return false;
9447             }
9448             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9449                 return false;
9450             }
9451             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
9452             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9453                 return false;
9454             }
9455             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9456                 return false;
9457             }
9458             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9459                 return false;
9460             }
9461             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
9462             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
9463                 return false;
9464             }
9465             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
9466                 return false;
9467             }
9468             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
9469                 return false;
9470             }
9471             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
9472             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9473                 return false;
9474             }
9475             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9476                 return false;
9477             }
9478             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9479                 return false;
9480             }
9481         }
9482         catch ( final Exception e ) {
9483             e.printStackTrace();
9484             return false;
9485         }
9486         return true;
9487     }
9488
9489     private static boolean testMafft( final String path ) {
9490         try {
9491             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
9492             opts.add( "--maxiterate" );
9493             opts.add( "1000" );
9494             opts.add( "--localpair" );
9495             opts.add( "--quiet" );
9496             Msa msa = null;
9497             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
9498             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
9499             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
9500                 return false;
9501             }
9502             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
9503                 return false;
9504             }
9505         }
9506         catch ( final Exception e ) {
9507             e.printStackTrace( System.out );
9508             return false;
9509         }
9510         return true;
9511     }
9512
9513     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
9514         try {
9515             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9516             PhylogenyNode n;
9517             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9518             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9519             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
9520             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9521             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9522             n = t0.getFirstExternalNode();
9523             while ( n != null ) {
9524                 ext.add( n );
9525                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9526             }
9527             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9528                 return false;
9529             }
9530             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9531                 return false;
9532             }
9533             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9534                 return false;
9535             }
9536             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
9537                 return false;
9538             }
9539             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
9540                 return false;
9541             }
9542             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
9543                 return false;
9544             }
9545             ext.clear();
9546             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9547             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
9548             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9549             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9550             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9551             n = t1.getNode( "ab" );
9552             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9553             while ( n != null ) {
9554                 ext.add( n );
9555                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9556             }
9557             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9558                 return false;
9559             }
9560             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9561                 return false;
9562             }
9563             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9564                 return false;
9565             }
9566             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
9567                 return false;
9568             }
9569             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
9570                 return false;
9571             }
9572             //
9573             //
9574             ext.clear();
9575             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9576             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
9577             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9578             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9579             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9580             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9581             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9582             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9583             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9584             n = t2.getNode( "ab" );
9585             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9586             while ( n != null ) {
9587                 ext.add( n );
9588                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9589             }
9590             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9594                 return false;
9595             }
9596             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9597                 return false;
9598             }
9599             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9600                 return false;
9601             }
9602             //
9603             //
9604             ext.clear();
9605             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9606             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
9607             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9608             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9609             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9610             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9611             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9612             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9613             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9614             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9615             n = t3.getNode( "ab" );
9616             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9617             while ( n != null ) {
9618                 ext.add( n );
9619                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9620             }
9621             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9622                 return false;
9623             }
9624             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9625                 return false;
9626             }
9627             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9628                 return false;
9629             }
9630             //
9631             //
9632             ext.clear();
9633             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9634             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
9635             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9636             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9637             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9638             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9639             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9640             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9641             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9642             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9643             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
9644             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
9645             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
9646                 return false;
9647             }
9648             //
9649             //
9650             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9651             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
9652             ext.clear();
9653             n = t5.getFirstExternalNode();
9654             while ( n != null ) {
9655                 ext.add( n );
9656                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9657             }
9658             if ( ext.size() != 8 ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9668                 return false;
9669             }
9670             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9671                 return false;
9672             }
9673             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9674                 return false;
9675             }
9676             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             //
9686             //
9687             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9688             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9689             ext.clear();
9690             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9691             n = t6.getNode( "ab" );
9692             while ( n != null ) {
9693                 ext.add( n );
9694                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9695             }
9696             if ( ext.size() != 7 ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9703                 return false;
9704             }
9705             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9706                 return false;
9707             }
9708             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9709                 return false;
9710             }
9711             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9712                 return false;
9713             }
9714             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9715                 return false;
9716             }
9717             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9718                 return false;
9719             }
9720             //
9721             //
9722             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9723             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9724             ext.clear();
9725             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9726             n = t7.getNode( "a" );
9727             while ( n != null ) {
9728                 ext.add( n );
9729                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9730             }
9731             if ( ext.size() != 7 ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9744                 return false;
9745             }
9746             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9747                 return false;
9748             }
9749             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9750                 return false;
9751             }
9752             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755             //
9756             //
9757             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9758             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9759             ext.clear();
9760             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9761             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9762             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9763             n = t8.getNode( "a" );
9764             while ( n != null ) {
9765                 ext.add( n );
9766                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9767             }
9768             if ( ext.size() != 7 ) {
9769                 return false;
9770             }
9771             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9772                 return false;
9773             }
9774             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9775                 return false;
9776             }
9777             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9778                 System.out.println( "2 fail" );
9779                 return false;
9780             }
9781             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9782                 return false;
9783             }
9784             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9785                 return false;
9786             }
9787             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9788                 return false;
9789             }
9790             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9791                 return false;
9792             }
9793             //
9794             //
9795             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9796             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9797             ext.clear();
9798             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9799             n = t9.getNode( "a" );
9800             while ( n != null ) {
9801                 ext.add( n );
9802                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9803             }
9804             if ( ext.size() != 7 ) {
9805                 return false;
9806             }
9807             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9808                 return false;
9809             }
9810             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9811                 return false;
9812             }
9813             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9814                 return false;
9815             }
9816             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9817                 return false;
9818             }
9819             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9820                 return false;
9821             }
9822             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9823                 return false;
9824             }
9825             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9826                 return false;
9827             }
9828             //
9829             //
9830             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9831             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9832             ext.clear();
9833             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9834             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9835             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9836             n = t10.getNode( "a" );
9837             while ( n != null ) {
9838                 ext.add( n );
9839                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9840             }
9841             if ( ext.size() != 7 ) {
9842                 return false;
9843             }
9844             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9845                 return false;
9846             }
9847             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9851                 return false;
9852             }
9853             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             //
9866             //
9867             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9868             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9869             ext.clear();
9870             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9871             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9872             n = t11.getNode( "a" );
9873             while ( n != null ) {
9874                 ext.add( n );
9875                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9876             }
9877             if ( ext.size() != 6 ) {
9878                 return false;
9879             }
9880             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9881                 return false;
9882             }
9883             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9884                 return false;
9885             }
9886             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9887                 return false;
9888             }
9889             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9890                 return false;
9891             }
9892             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9893                 return false;
9894             }
9895             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             //
9899             //
9900             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9901             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9902             ext.clear();
9903             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9904             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9905             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9906             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9907             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9908             n = t12.getNode( "a" );
9909             while ( n != null ) {
9910                 ext.add( n );
9911                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9912             }
9913             if ( ext.size() != 6 ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9920                 return false;
9921             }
9922             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9923                 return false;
9924             }
9925             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9926                 return false;
9927             }
9928             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             //
9935             //
9936             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9937             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9938             ext.clear();
9939             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9940             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9941             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9942             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9943             n = t13.getNode( "ab" );
9944             while ( n != null ) {
9945                 ext.add( n );
9946                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9947             }
9948             if ( ext.size() != 5 ) {
9949                 return false;
9950             }
9951             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9952                 return false;
9953             }
9954             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9955                 return false;
9956             }
9957             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9958                 return false;
9959             }
9960             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9961                 return false;
9962             }
9963             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9964                 return false;
9965             }
9966             //
9967             //
9968             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9969             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9970             ext.clear();
9971             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9972             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9973             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9974             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9975             n = t14.getNode( "ab" );
9976             while ( n != null ) {
9977                 ext.add( n );
9978                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9979             }
9980             if ( ext.size() != 5 ) {
9981                 return false;
9982             }
9983             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9984                 return false;
9985             }
9986             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9987                 return false;
9988             }
9989             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9990                 return false;
9991             }
9992             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9993                 return false;
9994             }
9995             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9996                 return false;
9997             }
9998             //
9999             //
10000             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
10001             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
10002             ext.clear();
10003             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
10004             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
10005             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
10006             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
10007             n = t15.getNode( "ab" );
10008             while ( n != null ) {
10009                 ext.add( n );
10010                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
10011             }
10012             if ( ext.size() != 6 ) {
10013                 return false;
10014             }
10015             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
10016                 return false;
10017             }
10018             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
10019                 return false;
10020             }
10021             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
10022                 return false;
10023             }
10024             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
10025                 return false;
10026             }
10027             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
10028                 return false;
10029             }
10030             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
10031                 return false;
10032             }
10033             //
10034             //
10035             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
10036             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
10037             ext.clear();
10038             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
10039             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
10040             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
10041             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
10042             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
10043             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
10044             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
10045             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
10046             n = t16.getNode( "ab" );
10047             while ( n != null ) {
10048                 ext.add( n );
10049                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
10050             }
10051             if ( ext.size() != 4 ) {
10052                 return false;
10053             }
10054             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
10055                 return false;
10056             }
10057             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
10058                 return false;
10059             }
10060             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
10061                 return false;
10062             }
10063             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
10064                 return false;
10065             }
10066         }
10067         catch ( final Exception e ) {
10068             e.printStackTrace( System.out );
10069             return false;
10070         }
10071         return true;
10072     }
10073
10074     private static boolean testMsaQualityMethod() {
10075         try {
10076             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
10077             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
10078             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
10079             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
10080             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
10081             l.add( s0 );
10082             l.add( s1 );
10083             l.add( s2 );
10084             l.add( s3 );
10085             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
10086             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
10087                 return false;
10088             }
10089             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
10090                 return false;
10091             }
10092             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
10093                 return false;
10094             }
10095             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
10096                 return false;
10097             }
10098         }
10099         catch ( final Exception e ) {
10100             e.printStackTrace( System.out );
10101             return false;
10102         }
10103         return true;
10104     }
10105
10106     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10107         try {
10108             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10109             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10110                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10111                 if ( id != null ) {
10112                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10113                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10114                 }
10115                 return false;
10116             }
10117             //
10118             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10119             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10120                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10121                 if ( id != null ) {
10122                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10123                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10124                 }
10125                 return false;
10126             }
10127             //
10128             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10129             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10130                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10131                 if ( id != null ) {
10132                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10133                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10134                 }
10135                 return false;
10136             }
10137             //
10138             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
10139             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10140                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10141                 if ( id != null ) {
10142                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10143                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10144                 }
10145                 return false;
10146             }
10147             //
10148             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10149             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10150                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10151                 if ( id != null ) {
10152                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10153                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10154                 }
10155                 return false;
10156             }
10157             //
10158             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10159             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10160                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10161                 if ( id != null ) {
10162                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10163                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10164                 }
10165                 return false;
10166             }
10167             //
10168             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10169             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10170                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10171                 if ( id != null ) {
10172                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10173                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10174                 }
10175                 return false;
10176             }
10177             //
10178             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10179             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10180                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10181                 if ( id != null ) {
10182                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10183                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10184                 }
10185                 return false;
10186             }
10187             //
10188             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10189             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10190                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10191                 if ( id != null ) {
10192                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10193                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10194                 }
10195                 return false;
10196             }
10197             //
10198             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
10199             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10200                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10201                 if ( id != null ) {
10202                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10203                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10204                 }
10205                 return false;
10206             }
10207             //
10208             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
10209             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10210                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10211                 if ( id != null ) {
10212                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10213                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10214                 }
10215                 return false;
10216             }
10217             //
10218             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
10219             if ( id != null ) {
10220                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10221                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10222                 return false;
10223             }
10224             // lcl_91970_unknown_
10225         }
10226         catch ( final Exception e ) {
10227             e.printStackTrace( System.out );
10228             return false;
10229         }
10230         return true;
10231     }
10232 }