forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  42 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  43 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  46 import org.forester.go.TestGo;
  47 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  56 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  57 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  58 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  59 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  60 import org.forester.msa.BasicMsa;
  61 import org.forester.msa.Mafft;
  62 import org.forester.msa.Msa;
  63 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  64 import org.forester.msa.MsaMethods;
  65 import org.forester.pccx.TestPccx;
  66 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  72 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  75 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  81 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  84 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  88 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  89 import org.forester.protein.Protein;
  90 import org.forester.sdi.GSDI;
  91 import org.forester.sdi.RIO;
  92 import org.forester.sdi.SDI;
  93 import org.forester.sdi.SDIR;
  94 import org.forester.sdi.SDIse;
  95 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  96 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  97 import org.forester.sequence.Sequence;
  98 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  99 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 100 import org.forester.tools.SupportCount;
 101 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 102 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 103 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.BasicTable;
 105 import org.forester.util.BasicTableParser;
 106 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 107 import org.forester.util.ForesterConstants;
 108 import org.forester.util.ForesterUtil;
 109 import org.forester.util.GeneralTable;
 110 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 111 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 112 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 113 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 116 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 117 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 118
 119 @SuppressWarnings( "unused")
 120 public final class Test {
 121
 122     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 123     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 127                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 128                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 129     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 130     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 134                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 135                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 136
 137     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 138         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 139         return p;
 140     }
 141
 142     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 143         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 144         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 145     }
 146
 147     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 148         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 149     }
 150
 151     public static void main( final String[] args ) {
 152         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 153         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 154                 + "]" );
 155         Locale.setDefault( Locale.US );
 156         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 157         int failed = 0;
 158         int succeeded = 0;
 159         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 160         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 169         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 170             System.out.println( "OK.]" );
 171         }
 172         else {
 173             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 174             System.out.println( "Testing aborted." );
 175             System.exit( -1 );
 176         }
 177         final long start_time = new Date().getTime();
 178         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 179         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 188         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 189             System.out.println( "OK." );
 190             succeeded++;
 191         }
 192         else {
 193             System.out.println( "failed." );
 194             failed++;
 195         }
 196         System.out.print( "Basic node methods: " );
 197         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 198             System.out.println( "OK." );
 199             succeeded++;
 200         }
 201         else {
 202             System.out.println( "failed." );
 203             failed++;
 204         }
 205         System.out.print( "Taxonomy extraction: " );
 206         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 207             System.out.println( "OK." );
 208             succeeded++;
 209         }
 210         else {
 211             System.out.println( "failed." );
 212             failed++;
 213         }
 214         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 215         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 216             System.out.println( "OK." );
 217             succeeded++;
 218         }
 219         else {
 220             System.out.println( "failed." );
 221             failed++;
 222         }
 223         System.out.print( "NH parsing: " );
 224         if ( Test.testNHParsing() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 233         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "NHX parsing: " );
 242         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 251         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 260         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 261             System.out.println( "OK." );
 262             succeeded++;
 263         }
 264         else {
 265             System.out.println( "failed." );
 266             failed++;
 267         }
 268         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 269         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 270             System.out.println( "OK." );
 271             succeeded++;
 272         }
 273         else {
 274             System.out.println( "failed." );
 275             failed++;
 276         }
 277         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 278         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 279             System.out.println( "OK." );
 280             succeeded++;
 281         }
 282         else {
 283             System.out.println( "failed." );
 284             failed++;
 285         }
 286         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 287         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 288             System.out.println( "OK." );
 289             succeeded++;
 290         }
 291         else {
 292             System.out.println( "failed." );
 293             failed++;
 294         }
 295         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 296         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 297             System.out.println( "OK." );
 298             succeeded++;
 299         }
 300         else {
 301             System.out.println( "failed." );
 302             failed++;
 303         }
 304         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 305         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 306             System.out.println( "OK." );
 307             succeeded++;
 308         }
 309         else {
 310             System.out.println( "failed." );
 311             failed++;
 312         }
 313         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 314         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 323         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 332         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 341         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Copying of node data: " );
 350         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 359         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 368         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 377         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 386         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "Re-id methods: " );
 395         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 404         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 413         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 422         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 431         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 440         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Rerooting: " );
 449         if ( Test.testRerooting() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 458         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "Support count: " );
 467         if ( Test.testSupportCount() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Support transfer: " );
 476         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 485         if ( Test.testGetLCA() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 494         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 503         if ( Test.testGetDistance() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "SDIse: " );
 512         if ( Test.testSDIse() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 521         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "GSDI: " );
 530         if ( TestGSDI.test() ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Ortholog table: " );
 539         if ( Test.testOrthologTable() ) {
 540             System.out.println( "OK." );
 541             succeeded++;
 542         }
 543         else {
 544             System.out.println( "failed." );
 545             failed++;
 546         }
 547         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 548         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 549             System.out.println( "OK." );
 550             succeeded++;
 551         }
 552         else {
 553             System.out.println( "failed." );
 554             failed++;
 555         }
 556         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 557         if ( Test.testDataObjects() ) {
 558             System.out.println( "OK." );
 559             succeeded++;
 560         }
 561         else {
 562             System.out.println( "failed." );
 563             failed++;
 564         }
 565         System.out.print( "Properties map: " );
 566         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 575         System.out.println();
 576         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 577             System.out.println( "OK." );
 578             succeeded++;
 579         }
 580         else {
 581             System.out.println( "failed." );
 582             failed++;
 583         }
 584         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 585         System.out.println();
 586         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 587             System.out.println( "OK." );
 588             succeeded++;
 589         }
 590         else {
 591             System.out.println( "failed." );
 592             failed++;
 593         }
 594         System.out.print( "GO: " );
 595         System.out.println();
 596         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Modeling tools: " );
 605         if ( TestPccx.test() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 614         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Split Matrix: " );
 623         if ( Test.testSplit() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 632         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Basic table: " );
 641         if ( Test.testBasicTable() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "General table: " );
 650         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 659         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "General MSA parser: " );
 668         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 677         if ( Test.testFastaParser() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 686         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 695         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 704         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 713         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         //----
 722         String path = "";
 723         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 724         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 725             path = "/usr/local/bin/mafft";
 726         }
 727         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 728             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 729         }
 730         else {
 731             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 732         }
 733         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 734             path = "mafft";
 735         }
 736         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 737             path = "/usr/local/bin/mafft";
 738         }
 739         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 740             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 741             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 742                 System.out.println( "OK." );
 743                 succeeded++;
 744             }
 745             else {
 746                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 747             }
 748         }
 749         //----
 750         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 751         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 752             System.out.println( "OK." );
 753             succeeded++;
 754         }
 755         else {
 756             System.out.println( "failed." );
 757             failed++;
 758         }
 759         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 760         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 761             System.out.println( "OK." );
 762             succeeded++;
 763         }
 764         else {
 765             System.out.println( "failed." );
 766             failed++;
 767         }
 768         System.out.println();
 769         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 770         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 771         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 772         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 773                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 774         System.out.println();
 775         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 776         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 777         System.out.println();
 778         if ( failed < 1 ) {
 779             System.out.println( "OK." );
 780         }
 781         else {
 782             System.out.println( "Not OK." );
 783         }
 784     }
 785
 786     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 787         try {
 788             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 798                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 802                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 806                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 816                     .equals( "RAT" ) ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 820                     .equals( "RAT" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 824                     .equals( "RAT" ) ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 837                     .equals( "PIG" ) ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 841                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 845                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 846                 return false;
 847             }
 848         }
 849         catch ( final Exception e ) {
 850             e.printStackTrace( System.out );
 851             return false;
 852         }
 853         return true;
 854     }
 855
 856     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 857         try {
 858             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 862             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 863                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 864             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 865                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 866             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 867                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 868             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !n3.isExternal() ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !n3.isRoot() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889         }
 890         catch ( final Exception e ) {
 891             e.printStackTrace( System.out );
 892             return false;
 893         }
 894         return true;
 895     }
 896
 897     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 898         try {
 899             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 900             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 901             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 902                                                               xml_parser );
 903             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 904                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 911             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 912             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 913             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 914             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t1.isRooted() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( t1.isRerootable() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 948                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 952                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 980                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 993                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 997                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1001                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1005                     .equals( "experimental" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1009                     .equals( "function" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1013                     .getValue() != 1 ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1017                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1021                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1025                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1029                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1033                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1037                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1041                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1045                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1049                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1053                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1060                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1064                 return false;
1065             }
1066         }
1067         catch ( final Exception e ) {
1068             e.printStackTrace( System.out );
1069             return false;
1070         }
1071         return true;
1072     }
1073
1074     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1075         try {
1076             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1077             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1078             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1079                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1080             }
1081             else {
1082                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1083             }
1084             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1085                                                               xml_parser );
1086             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1087                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1088                 return false;
1089             }
1090             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1091                 return false;
1092             }
1093             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1094             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1095             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1096                 return false;
1097             }
1098             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1099             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1112             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1113             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1114             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1127                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1131                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1135             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1136             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1138             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1142             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1158                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1168                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1172                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1176                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1180                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1184                     .equals( "experimental" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1188                     .equals( "function" ) ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1192                     .getValue() != 1 ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1196                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1200                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1204                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1208                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1212                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1216                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1220                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1224                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1228                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1232                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1239                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1249                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1265                     .equals( "ncbi" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1272                     .getName().equals( "B" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1276                     .getFrom() != 21 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1283                     .getLength() != 24 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1287                     .getConfidence() != 2144 ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1291                     .equals( "pfam" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1307             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1344                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1345                 ;
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             //
1370             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1374                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1381                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1391                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace( System.out );
1397             return false;
1398         }
1399         return true;
1400     }
1401
1402     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1403         try {
1404             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1405             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1406             try {
1407                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1408             }
1409             catch ( final Exception e ) {
1410                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1411             }
1412             if ( xml_parser == null ) {
1413                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1414                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1415                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1416                 }
1417                 else {
1418                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1419                 }
1420             }
1421             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1422                                                               xml_parser );
1423             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1424                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1431             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1432             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1433             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1434             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1456             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1457             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1458                 System.out.println( "errors:" );
1459                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1466                                                               xml_parser );
1467             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1468                 System.out.println( "errors:" );
1469                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1479                                                               xml_parser );
1480             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1481                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1488             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1501                                                               xml_parser );
1502             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1503                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1510             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             s.getNode( "first" );
1514             s.getNode( "<>" );
1515             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1516             s.getNode( "'''\"" );
1517             s.getNode( "\"\"\"" );
1518             s.getNode( "dick & doof" );
1519         }
1520         catch ( final Exception e ) {
1521             e.printStackTrace( System.out );
1522             return false;
1523         }
1524         return true;
1525     }
1526
1527     private static boolean testBasicTable() {
1528         try {
1529             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1530             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1537             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1538             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1539             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1540             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1541             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1542             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1543             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1544             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1575             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1576             source.append( "" + l );
1577             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1578             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1579             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1580             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1581             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1582             source.append( "40 41 42 43" + l );
1583             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1584             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1585             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1586             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1605             source1.append( "" + l );
1606             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1607             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1608             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1609             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1610             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1611             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1612             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1613             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1614             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1615             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1640             source2.append( "" + l );
1641             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1642             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1643             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1644             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1645             source2.append( "                     " + l );
1646             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1647             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1648             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1649             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1650             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1651                                                                         ";",
1652                                                                         false,
1653                                                                         false,
1654                                                                         "comment:",
1655                                                                         false );
1656             if ( tl.size() != 2 ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1660             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1661             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679         }
1680         catch ( final Exception e ) {
1681             e.printStackTrace( System.out );
1682             return false;
1683         }
1684         return true;
1685     }
1686
1687     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1688         try {
1689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1690             final TolParser parser = new TolParser();
1691             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1692             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1693                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1700             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !t1.isRooted() ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1719             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1720                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1721                 return false;
1722             }
1723             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1727             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !t2.isRooted() ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1749                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1753             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1754                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1761             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1774             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1775                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1782             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1795             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1796                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1803             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815         }
1816         catch ( final Exception e ) {
1817             e.printStackTrace( System.out );
1818             return false;
1819         }
1820         return true;
1821     }
1822
1823     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1824         try {
1825             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1826             final Phylogeny t1 = factory.create();
1827             if ( !t1.isEmpty() ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1831             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( t2.isEmpty() ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1844             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1854             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1865             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1866             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1873             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1874             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1878             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1879             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1883             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1884             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             final char[] a9 = new char[] {};
1891             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1892             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1896             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1897             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900         }
1901         catch ( final Exception e ) {
1902             e.printStackTrace( System.out );
1903             return false;
1904         }
1905         return true;
1906     }
1907
1908     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1909         try {
1910             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1911             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1912             final Phylogeny[] ev0 = factory
1913                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1914                              new NHXParser() );
1915             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1916             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1923             final Phylogeny[] ev1 = factory
1924                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1925                              new NHXParser() );
1926             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1927             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1934             final Phylogeny[] ev_b = factory
1935                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1936                              new NHXParser() );
1937             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1938             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             //
1945             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1946             final Phylogeny[] ev1x = factory
1947                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1948                              new NHXParser() );
1949             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1950             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1957             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1958                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1959                              new NHXParser() );
1960             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1961             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             //
1968             final Phylogeny[] t2 = factory
1969                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1970                              new NHXParser() );
1971             final Phylogeny[] ev2 = factory
1972                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1973                              new NHXParser() );
1974             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1975                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1976             }
1977             //
1978             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1979                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1980             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1981             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1982             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991         }
1992         catch ( final Exception e ) {
1993             e.printStackTrace();
1994             return false;
1995         }
1996         return true;
1997     }
1998
1999     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2000         try {
2001             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2002                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2003             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2004             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007         }
2008         catch ( final Exception e ) {
2009             e.printStackTrace();
2010             return false;
2011         }
2012         return true;
2013     }
2014
2015     private static boolean testDataObjects() {
2016         try {
2017             final Confidence s0 = new Confidence();
2018             final Confidence s1 = new Confidence();
2019             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2023             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2024             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2031             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2032                 return false;
2033             }
2034             s3.asSimpleText();
2035             s3.asText();
2036             // Taxonomy
2037             // ----------
2038             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2039             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2040             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2041             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2042             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2043             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2044             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2045             t1.setScientificName( "E. coli" );
2046             t1.setCommonName( "coli" );
2047             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2048             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2052             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2053             t2.setScientificName( "what" );
2054             t2.setCommonName( "something" );
2055             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2059             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             t1.setIdentifier( null );
2063             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2064             t3.setScientificName( "what" );
2065             t3.setCommonName( "something" );
2066             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             t1.setIdentifier( null );
2070             t1.setTaxonomyCode( "" );
2071             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2072             t4.setCommonName( "something" );
2073             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2077             t4.setCommonName( "something" );
2078             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             t1.setIdentifier( null );
2082             t1.setTaxonomyCode( "" );
2083             t1.setScientificName( "" );
2084             t5.setCommonName( "COLI" );
2085             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             t5.setCommonName( "vibrio" );
2089             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             // Identifier
2093             // ----------
2094             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2095             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2096             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             id1.asSimpleText();
2106             id1.asText();
2107             // ProteinDomain
2108             // ---------------
2109             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2110             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2111             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             pd1.asSimpleText();
2118             pd1.asText();
2119             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2120             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2121             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             pd3.asSimpleText();
2131             pd3.asText();
2132             // DomainArchitecture
2133             // ------------------
2134             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2135             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2136             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2137             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2138             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2139             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2140             domains0.add( d2 );
2141             domains0.add( d0 );
2142             domains0.add( d3 );
2143             domains0.add( d1 );
2144             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2145             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2149             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2159             domains1.add( d1 );
2160             domains1.add( d2 );
2161             domains1.add( d4 );
2162             domains1.add( d0 );
2163             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2164             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             ds1.asSimpleText();
2168             ds1.asText();
2169             ds1.toNHX();
2170             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2171             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2172                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             // Event
2179             // -----
2180             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2181             if ( e1.isDuplication() ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !e1.isFusion() ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2194             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2201             if ( e2.isDuplication() ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2220             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2224             if ( e3.isDuplication() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( e3.isSpeciation() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2237             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2238             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             e3 = null;
2242             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2246             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2253             e4 = null;
2254             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2255             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             final Event e5 = new Event();
2262             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2272             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2279             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2286             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292         }
2293         catch ( final Exception e ) {
2294             e.printStackTrace( System.out );
2295             return false;
2296         }
2297         return true;
2298     }
2299
2300     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2301         try {
2302             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2303             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2304             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2305             if ( t0.isEmpty() ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2312             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.isEmpty() ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2319             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2323             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2330             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2334             if ( !t1.isEmpty() ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2338             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2342             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             t2.toNewHampshireX();
2346             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2347             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2351             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2355             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2359             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2363             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             n = t3.getNode( "A" );
2367             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             n = n.getNextExternalNode();
2371             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2375             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             n = t3.getNode( "C" );
2379             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2383             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2387             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2395             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2399             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2403             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2407             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             n = t4.getNode( "A" );
2411             n = n.getNextExternalNode();
2412             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             n = n.getNextExternalNode();
2416             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2420             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2424             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2425             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2429             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2434             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2438             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2443             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2447             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2451             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2452             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2456             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2460             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2461             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2465             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2469             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2470             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2474             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2478             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2479             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2483             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2487             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2491             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2496             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2504             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2512             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2516             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2520             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2524             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2528             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2532             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2536             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2540             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2544             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2553             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2561             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2562             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2570             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2571             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2575             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2579             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2583             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2587             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2591             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594         }
2595         catch ( final Exception e ) {
2596             e.printStackTrace( System.out );
2597             return false;
2598         }
2599         return true;
2600     }
2601
2602     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2603         try {
2604             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2605             dss1.addValue( 82 );
2606             dss1.addValue( 78 );
2607             dss1.addValue( 70 );
2608             dss1.addValue( 58 );
2609             dss1.addValue( 42 );
2610             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             dss1.addValue( 123 );
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2657             dss2.addValue( -1.85 );
2658             dss2.addValue( 57.5 );
2659             dss2.addValue( 92.78 );
2660             dss2.addValue( 57.78 );
2661             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2668             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             dss2.addValue( -100 );
2672             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             final double[] ds = new double[ 14 ];
2679             ds[ 0 ] = 34;
2680             ds[ 1 ] = 23;
2681             ds[ 2 ] = 1;
2682             ds[ 3 ] = 32;
2683             ds[ 4 ] = 11;
2684             ds[ 5 ] = 2;
2685             ds[ 6 ] = 12;
2686             ds[ 7 ] = 33;
2687             ds[ 8 ] = 13;
2688             ds[ 9 ] = 22;
2689             ds[ 10 ] = 21;
2690             ds[ 11 ] = 35;
2691             ds[ 12 ] = 24;
2692             ds[ 13 ] = 31;
2693             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2694             if ( bins.length != 4 ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2710             ds1[ 0 ] = 10.0;
2711             ds1[ 1 ] = 19.0;
2712             ds1[ 2 ] = 9.999;
2713             ds1[ 3 ] = 0.0;
2714             ds1[ 4 ] = 39.9;
2715             ds1[ 5 ] = 39.999;
2716             ds1[ 6 ] = 30.0;
2717             ds1[ 7 ] = 19.999;
2718             ds1[ 8 ] = 30.1;
2719             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2720             if ( bins1.length != 4 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2736             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2749             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2762             dss3.addValue( 1 );
2763             dss3.addValue( 1 );
2764             dss3.addValue( 1 );
2765             dss3.addValue( 2 );
2766             dss3.addValue( 3 );
2767             dss3.addValue( 4 );
2768             dss3.addValue( 5 );
2769             dss3.addValue( 5 );
2770             dss3.addValue( 5 );
2771             dss3.addValue( 6 );
2772             dss3.addValue( 7 );
2773             dss3.addValue( 8 );
2774             dss3.addValue( 9 );
2775             dss3.addValue( 10 );
2776             dss3.addValue( 10 );
2777             dss3.addValue( 10 );
2778             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2779             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2780             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2781         }
2782         catch ( final Exception e ) {
2783             e.printStackTrace( System.out );
2784             return false;
2785         }
2786         return true;
2787     }
2788
2789     private static boolean testDir( final String file ) {
2790         try {
2791             final File f = new File( file );
2792             if ( !f.exists() ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !f.isDirectory() ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !f.canRead() ) {
2799                 return false;
2800             }
2801         }
2802         catch ( final Exception e ) {
2803             return false;
2804         }
2805         return true;
2806     }
2807
2808     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2809         try {
2810             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2811             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2812             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2813             n = n.getNextExternalNode();
2814             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             n = n.getNextExternalNode();
2818             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             n = n.getNextExternalNode();
2822             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             n = t1.getNode( "B" );
2826             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2827                 n = n.getNextExternalNode();
2828             }
2829             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2830             n = t2.getNode( "A" );
2831             n = n.getNextExternalNode();
2832             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             n = n.getNextExternalNode();
2836             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             n = n.getNextExternalNode();
2840             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             n = t2.getNode( "B" );
2844             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2845                 n = n.getNextExternalNode();
2846             }
2847             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2848             n = t3.getNode( "A" );
2849             n = n.getNextExternalNode();
2850             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n = n.getNextExternalNode();
2854             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n = n.getNextExternalNode();
2858             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             n = n.getNextExternalNode();
2862             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2863                 return false;
2864             }
2865             n = n.getNextExternalNode();
2866             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             n = n.getNextExternalNode();
2870             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2871                 return false;
2872             }
2873             n = n.getNextExternalNode();
2874             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2875                 return false;
2876             }
2877             n = t3.getNode( "B" );
2878             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2879                 n = n.getNextExternalNode();
2880             }
2881             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2882             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2883                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2884             }
2885             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2886             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2887                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2888             }
2889         }
2890         catch ( final Exception e ) {
2891             e.printStackTrace( System.out );
2892             return false;
2893         }
2894         return true;
2895     }
2896
2897     private static boolean testGeneralTable() {
2898         try {
2899             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2900             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2901             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2902             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2903             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2904             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2905             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2906             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2907             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2908             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2936             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2937             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2938             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2939             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2940             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2941             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2942             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2943             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2944             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2945             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975         }
2976         catch ( final Exception e ) {
2977             e.printStackTrace( System.out );
2978             return false;
2979         }
2980         return true;
2981     }
2982
2983     private static boolean testGetDistance() {
2984         try {
2985             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2986             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
2987                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2988             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
2989             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3083                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3084             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117         }
3118         catch ( final Exception e ) {
3119             e.printStackTrace( System.out );
3120             return false;
3121         }
3122         return true;
3123     }
3124
3125     private static boolean testGetLCA() {
3126         try {
3127             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3128             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3129                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3130             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3131             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3135             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3139             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3143             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3147             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3151             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3155             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3159             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3163             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3167             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3171             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3175             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3179             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3183             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3187             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3191             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3195             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3199             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3203             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3207             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3211             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3215             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3219             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3223             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3224             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3228             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3232             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3236             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3240             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3244             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3248             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3252             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final Phylogeny p3 = factory
3256                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3257                              new NHXParser() )[ 0 ];
3258             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3259             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3263             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3267             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3271             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3275             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3282             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             if ( !al_3.isRoot() ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3289             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3296             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3303             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3307             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3308             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3312             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3313             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3317             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3318             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3322             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3323             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326         }
3327         catch ( final Exception e ) {
3328             e.printStackTrace( System.out );
3329             return false;
3330         }
3331         return true;
3332     }
3333
3334     private static boolean testGetLCA2() {
3335         try {
3336             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3337             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3338                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3339             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3340             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3341                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3342             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3346                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3347             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3351                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3352             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3356                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3357             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3361                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3362             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3366                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3367             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3371                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3372             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3376                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3377             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3381                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3382             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3383                 return false;
3384             }
3385             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3386                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3387             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3391                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3392             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3396                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3397             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3401                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3402             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3406                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3407             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3411                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3412             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3416                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3417             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3421                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3422             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3423                 return false;
3424             }
3425             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3426                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3427             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3431                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3432             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3436                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3437             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3441                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3442             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3446                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3447             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3451                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3452             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3456             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3457             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3458                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3459             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3463                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3464             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3468                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3469             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3473                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3474             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3478                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3479             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3483                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3484             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3488                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3489             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3493                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3494             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             final Phylogeny p3 = factory
3498                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3499                              new NHXParser() )[ 0 ];
3500             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3501             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3502                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3503             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3504                 return false;
3505             }
3506             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3507                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3508             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3512                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3513             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3517                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3518             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3522                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3523             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3530                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3531             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !al_3.isRoot() ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3538                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3539             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3546                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3547             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3554                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3555             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3559             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3560             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3561                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3562             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3566             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3567             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3568                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3569             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3573             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3574             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3575                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3576             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3580             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3581             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3582                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3583             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3587                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3588             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3592                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3593             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3597                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3598             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3602                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3603             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3607                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3608             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611         }
3612         catch ( final Exception e ) {
3613             e.printStackTrace( System.out );
3614             return false;
3615         }
3616         return true;
3617     }
3618
3619     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3620         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3621         try {
3622             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3623                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3624             parser1.parse();
3625             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3626                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3627             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3628             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( proteins.size() != 4 ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3644             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3651             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3652                 return false;
3653             }
3654             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3658             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3662             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3663                 return false;
3664             }
3665             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3666                 return false;
3667             }
3668             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692         }
3693         catch ( final Exception e ) {
3694             e.printStackTrace( System.out );
3695             return false;
3696         }
3697         return true;
3698     }
3699
3700     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3701         try {
3702             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3703             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3704             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3705             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3706             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3710             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3714             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3718             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3719                 return false;
3720             }
3721         }
3722         catch ( final Exception e ) {
3723             e.printStackTrace( System.out );
3724             return false;
3725         }
3726         return true;
3727     }
3728
3729     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3730         try {
3731             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3732             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3733             PhylogenyNodeIterator it0;
3734             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3735                 it0.next();
3736             }
3737             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3738                 it0.next();
3739             }
3740             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3741             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( it.hasNext() ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3766                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3767             PhylogenyNodeIterator it2;
3768             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3769                 it2.next();
3770             }
3771             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3772                 it2.next();
3773             }
3774             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3775             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3824                 return false;
3825             }
3826             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3827                 return false;
3828             }
3829             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3833                 return false;
3834             }
3835             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3836                 return false;
3837             }
3838             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3845                 return false;
3846             }
3847             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( it3.hasNext() ) {
3851                 return false;
3852             }
3853             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3854             PhylogenyNodeIterator it4;
3855             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3856                 it4.next();
3857             }
3858             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3859                 it4.next();
3860             }
3861             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3862             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3863                 return false;
3864             }
3865             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3872                 return false;
3873             }
3874             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3875                 return false;
3876             }
3877             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3878             PhylogenyNodeIterator it6;
3879             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3880                 it6.next();
3881             }
3882             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3883                 it6.next();
3884             }
3885             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3886             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( it.hasNext() ) {
3890                 return false;
3891             }
3892         }
3893         catch ( final Exception e ) {
3894             e.printStackTrace( System.out );
3895             return false;
3896         }
3897         return true;
3898     }
3899
3900     private static boolean testMidpointrooting() {
3901         try {
3902             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3903             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3904                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3905             if ( !t1.isRooted() ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3909             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3928             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3929             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947         }
3948         catch ( final Exception e ) {
3949             e.printStackTrace( System.out );
3950             return false;
3951         }
3952         return true;
3953     }
3954
3955     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3956         try {
3957             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3958             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3959             parser.parse();
3960             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3961             if ( labels.length != 7 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3986             parser.parse();
3987             labels = parser.getCharStateLabels();
3988             if ( labels.length != 7 ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4010                 return false;
4011             }
4012         }
4013         catch ( final Exception e ) {
4014             e.printStackTrace( System.out );
4015             return false;
4016         }
4017         return true;
4018     }
4019
4020     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4021         try {
4022             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4023             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4024             parser.parse();
4025             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4026             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             //            if ( labels.length != 7 ) {
4054             //                return false;
4055             //            }
4056             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4057             //                return false;
4058             //            }
4059             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4060             //                return false;
4061             //            }
4062             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4063             //                return false;
4064             //            }
4065             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4066             //                return false;
4067             //            }
4068             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4069             //                return false;
4070             //            }
4071             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4072             //                return false;
4073             //            }
4074             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4075             //                return false;
4076             //            }
4077             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4078             //            parser.parse();
4079             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4080             //            if ( labels.length != 7 ) {
4081             //                return false;
4082             //            }
4083             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4084             //                return false;
4085             //            }
4086             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4087             //                return false;
4088             //            }
4089             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4090             //                return false;
4091             //            }
4092             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4093             //                return false;
4094             //            }
4095             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4096             //                return false;
4097             //            }
4098             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4099             //                return false;
4100             //            }
4101             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4102             //                return false;
4103             //            }
4104         }
4105         catch ( final Exception e ) {
4106             e.printStackTrace( System.out );
4107             return false;
4108         }
4109         return true;
4110     }
4111
4112     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4113         try {
4114             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4115             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4116             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4117             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             phylogenies = null;
4127             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4128             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             phylogenies = null;
4138             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4139             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4146                 return false;
4147             }
4148             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             phylogenies = null;
4152             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4153             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4229                 return false;
4230             }
4231             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4232                 return false;
4233             }
4234             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4241                 return false;
4242             }
4243             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4247                 return false;
4248             }
4249             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4256                 return false;
4257             }
4258             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4259                 return false;
4260             }
4261             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4274                 return false;
4275             }
4276         }
4277         catch ( final Exception e ) {
4278             e.printStackTrace( System.out );
4279             return false;
4280         }
4281         return true;
4282     }
4283
4284     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4285         try {
4286             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4287             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4288             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4289             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4305                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             phylogenies = null;
4309             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4310             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4329                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4339                 return false;
4340             }
4341             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4348                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4367                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             phylogenies = null;
4371             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4372             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4391                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4410                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4414                 return false;
4415             }
4416             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4429                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4430                 return false;
4431             }
4432         }
4433         catch ( final Exception e ) {
4434             e.printStackTrace( System.out );
4435             return false;
4436         }
4437         return true;
4438     }
4439
4440     private static boolean testNHParsing() {
4441         try {
4442             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4443             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4444             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4448             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4449             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4450             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4451             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             final Phylogeny p1b = factory
4458                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4459                              new NHXParser() )[ 0 ];
4460             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4467             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4468             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4469             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4470             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4471             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4472             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4473             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4474             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4475             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4476             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4477                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4478                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4479                                                     new NHXParser() );
4480             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4481                 return false;
4482             }
4483             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4493             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4494             final String p16_S = "((A,B),C)";
4495             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4496             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4500             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4501             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4505             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4506             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4510             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4511             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4515             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4516             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4520             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4521             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4525             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4526             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4530             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4531             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4535             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4536             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4540             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4541             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4542             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4549                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4550                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4551                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4552                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4553                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4554                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4555                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4556             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4557             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final String p26_S = "(A,B)ab";
4561             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4562             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4566             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4567                                                     new NHXParser() );
4568             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4572             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4573             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4574             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4575             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4576                                                     new NHXParser() );
4577             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4590             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4591             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4592                 return false;
4593             }
4594             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4595             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4596             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4600             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4601             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             final String p33_S = "A";
4605             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4606             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             final String p34_S = "B;";
4610             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4611             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final String p35_S = "B:0.2";
4615             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4616             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             final String p36_S = "(A)";
4620             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4621             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final String p37_S = "((A))";
4625             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4626             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4630             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4631             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4635             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4636             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             final String p40_S = "(A,B,C)";
4640             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4641             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4645             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4646             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4647                 return false;
4648             }
4649             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4650             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4651             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4652                 return false;
4653             }
4654             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4655             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4656             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4660             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4661             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4665             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4666             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final String p46_S = "";
4670             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4671             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4675             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4679             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             final Phylogeny p49 = factory
4683                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4684                              new NHXParser() )[ 0 ];
4685             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4689             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4693                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4700                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4704             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4708             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             final Phylogeny p53 = factory
4712                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4713                              new NHXParser() )[ 0 ];
4714             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             //
4718             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4719             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4723                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726         }
4727         catch ( final Exception e ) {
4728             e.printStackTrace( System.out );
4729             return false;
4730         }
4731         return true;
4732     }
4733
4734     private static boolean testNHXconversion() {
4735         try {
4736             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4737             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4738             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4739             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4740             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4741                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4742             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4743                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4744             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             if ( !n5.toNewHampshireX()
4757                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763         }
4764         catch ( final Exception e ) {
4765             e.printStackTrace( System.out );
4766             return false;
4767         }
4768         return true;
4769     }
4770
4771     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4772         try {
4773             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4774             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4775             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4776             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4777             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4778                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4779             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( n3.isDuplication() ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( !n5.isDuplication() ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4825                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4826             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4833                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4834             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4841                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4842             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4846                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4847             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4854                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4855             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4862                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4863             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4870                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4871             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4878                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4879             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4880                 return false;
4881             }
4882             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4886                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4887             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4894                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4895             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4902                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4903             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4910                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4911             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4918                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4919             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4926                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4927             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4934                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4935                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4936             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4943                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4944                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4945             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4952                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4953                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4954             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4961                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4962             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4969                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4970             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
4977                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4978             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
4985                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4986             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4993                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4994                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4995             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5005                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5006                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5007             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5017                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5018             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5025                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5026             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5033             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5034             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5065                 return false;
5066             }
5067             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5077                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5078             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5103             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5107             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5111                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5112             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5119                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5120             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5121                 return false;
5122             }
5123             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5127                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5128                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5129             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5139                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5140             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5150                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5151             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5158                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5159             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168         }
5169         catch ( final Exception e ) {
5170             e.printStackTrace( System.out );
5171             return false;
5172         }
5173         return true;
5174     }
5175
5176     private static boolean testNHXParsing() {
5177         try {
5178             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5179             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5180             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5184             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5185             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5189             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5190             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             final Phylogeny[] p3 = factory
5194                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5195                              new NHXParser() );
5196             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             final Phylogeny[] p4 = factory
5200                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5201                              new NHXParser() );
5202             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5203                 return false;
5204             }
5205             final Phylogeny[] p5 = factory
5206                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5207                              new NHXParser() );
5208             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5212             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5213             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5214             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5215                 return false;
5216             }
5217             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5218             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5219             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5220             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5224             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5225             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5226             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5230             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             final Phylogeny p10 = factory
5234                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5235                              new NHXParser() )[ 0 ];
5236             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239         }
5240         catch ( final Exception e ) {
5241             e.printStackTrace( System.out );
5242             return false;
5243         }
5244         return true;
5245     }
5246
5247     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5248         try {
5249             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5250             final NHXParser p = new NHXParser();
5251             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5252             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5256             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5266                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5285             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5286             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5287             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5291             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5292             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5293             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5297             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5298             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5299             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5303             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5304             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5305             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             final Phylogeny p10 = factory
5309                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5310                              new NHXParser() )[ 0 ];
5311             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5312             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5316             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             //
5320             final Phylogeny p12 = factory
5321                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5322                              new NHXParser() )[ 0 ];
5323             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5324             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5328             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5332             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5336             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339         }
5340         catch ( final Exception e ) {
5341             e.printStackTrace( System.out );
5342             return false;
5343         }
5344         return true;
5345     }
5346
5347     private static boolean testNHXParsingMB() {
5348         try {
5349             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5350             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5351                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5352                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5353                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5354                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5355                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5356                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5357                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5358                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5359             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5366                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             final Phylogeny p2 = factory
5376                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5377                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5378                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5379                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5380                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5381                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5382                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5383                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5384                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5385                              new NHXParser() )[ 0 ];
5386             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5390                 return false;
5391             }
5392         }
5393         catch ( final Exception e ) {
5394             e.printStackTrace( System.out );
5395             System.exit( -1 );
5396             return false;
5397         }
5398         return true;
5399     }
5400
5401     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5402         try {
5403             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5404             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5405             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5406             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5407             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5417             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5418             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5419             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5426             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435         }
5436         catch ( final Exception e ) {
5437             e.printStackTrace( System.out );
5438             return false;
5439         }
5440         return true;
5441     }
5442
5443     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5444         try {
5445             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5446             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5447             try {
5448                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5449             }
5450             catch ( final Exception e ) {
5451                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5452             }
5453             if ( xml_parser == null ) {
5454                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5455                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5456                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5457                 }
5458                 else {
5459                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5460                 }
5461             }
5462             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5463                                                               xml_parser );
5464             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5465                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5472             PhylogenyNode n = null;
5473             Distribution d = null;
5474             n = t1.getNode( "root node" );
5475             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             d = n.getNodeData().getDistribution();
5482             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5483                 return false;
5484             }
5485             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( d.getPolygons() != null ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             n = t1.getNode( "node a" );
5507             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5514             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             if ( d.getPolygons() != null ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             n = t1.getNode( "node bb" );
5539             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5546             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5571             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             p = d.getPolygons().get( 1 );
5593             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             // Roundtrip:
5606             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5607             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5608             if ( rt.length != 1 ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5612             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5613             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             d = n.getNodeData().getDistribution();
5620             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( d.getPolygons() != null ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5645             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5652             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( d.getPolygons() != null ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5677             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5684             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             p = d.getPolygons().get( 0 );
5709             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             p = d.getPolygons().get( 1 );
5731             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5741                 return false;
5742             }
5743         }
5744         catch ( final Exception e ) {
5745             e.printStackTrace( System.out );
5746             return false;
5747         }
5748         return true;
5749     }
5750
5751     private static boolean testPostOrderIterator() {
5752         try {
5753             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5754             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5755             PhylogenyNodeIterator it0;
5756             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5757                 it0.next();
5758             }
5759             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5760                 it0.next();
5761             }
5762             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5763             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5764             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5795                 return false;
5796             }
5797             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( it.hasNext() ) {
5810                 return false;
5811             }
5812         }
5813         catch ( final Exception e ) {
5814             e.printStackTrace( System.out );
5815             return false;
5816         }
5817         return true;
5818     }
5819
5820     private static boolean testPreOrderIterator() {
5821         try {
5822             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5823             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5824             PhylogenyNodeIterator it0;
5825             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5826                 it0.next();
5827             }
5828             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5829                 it0.next();
5830             }
5831             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5832             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5842                 return false;
5843             }
5844             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             if ( it.hasNext() ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5857             it = t1.iteratorPreorder();
5858             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5898                 return false;
5899             }
5900             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5901                 return false;
5902             }
5903             if ( it.hasNext() ) {
5904                 return false;
5905             }
5906         }
5907         catch ( final Exception e ) {
5908             e.printStackTrace( System.out );
5909             return false;
5910         }
5911         return true;
5912     }
5913
5914     private static boolean testPropertiesMap() {
5915         try {
5916             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5917             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5918             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5919             final Property p2 = new Property( "something:else",
5920                                               "?",
5921                                               "improbable:research",
5922                                               "xsd:decimal",
5923                                               AppliesTo.NODE );
5924             pm.addProperty( p0 );
5925             pm.addProperty( p1 );
5926             pm.addProperty( p2 );
5927             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5928                 return false;
5929             }
5930             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5931                 return false;
5932             }
5933             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5946             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5953                 return false;
5954             }
5955         }
5956         catch ( final Exception e ) {
5957             e.printStackTrace( System.out );
5958             return false;
5959         }
5960         return true;
5961     }
5962
5963     private static boolean testReIdMethods() {
5964         try {
5965             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5966             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5967             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5968             p.levelOrderReID();
5969             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
5997                 return false;
5998             }
5999             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014         }
6015         catch ( final Exception e ) {
6016             e.printStackTrace( System.out );
6017             return false;
6018         }
6019         return true;
6020     }
6021
6022     private static boolean testRerooting() {
6023         try {
6024             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6025             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6026                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6027             if ( !t1.isRooted() ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6031             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6032             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6033             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6034             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6035             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6036             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6037             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6038             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6039             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6040             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6041             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6042             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6043             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6044             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6045             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6046             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6047             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6048             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6049             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6050             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6051             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6052             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6053             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6054             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6055             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6056             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6057             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6058             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6059                 return false;
6060             }
6061             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6062                 return false;
6063             }
6064             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6065                 return false;
6066             }
6067             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6077                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6078             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6079             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6080             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6081             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6082             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6083             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6084             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6085             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6086             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6087             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6088             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6089             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6090             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6091             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6092             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6093             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6094             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6095             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6096             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6097             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6098             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6099             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6100             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6101             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6102             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6103             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6104             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6105             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6106             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6107             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6108             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6109             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6110             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6111             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6112             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6113             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6114             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6115             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6116             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6117             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6118             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6119             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6120             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6121             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6122             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6123             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6130             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6137             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6147             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6157             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6164             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6171                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6172             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6173             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6183             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6193             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6194                 return false;
6195             }
6196             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6200                 return false;
6201             }
6202         }
6203         catch ( final Exception e ) {
6204             e.printStackTrace( System.out );
6205             return false;
6206         }
6207         return true;
6208     }
6209
6210     private static boolean testSDIse() {
6211         try {
6212             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6213             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6214             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6215             gene1.setRooted( true );
6216             species1.setRooted( true );
6217             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6218             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             final Phylogeny species2 = factory
6222                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6223                              new NHXParser() )[ 0 ];
6224             final Phylogeny gene2 = factory
6225                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6226                              new NHXParser() )[ 0 ];
6227             species2.setRooted( true );
6228             gene2.setRooted( true );
6229             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6230             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             final Phylogeny species3 = factory
6252                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6253                              new NHXParser() )[ 0 ];
6254             final Phylogeny gene3 = factory
6255                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6256                              new NHXParser() )[ 0 ];
6257             species3.setRooted( true );
6258             gene3.setRooted( true );
6259             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6260             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             final Phylogeny species4 = factory
6270                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6271                              new NHXParser() )[ 0 ];
6272             final Phylogeny gene4 = factory
6273                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6274                              new NHXParser() )[ 0 ];
6275             species4.setRooted( true );
6276             gene4.setRooted( true );
6277             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6278             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6294                 return false;
6295             }
6296             final Phylogeny species5 = factory
6297                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6298                              new NHXParser() )[ 0 ];
6299             final Phylogeny gene5 = factory
6300                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6301                              new NHXParser() )[ 0 ];
6302             species5.setRooted( true );
6303             gene5.setRooted( true );
6304             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6305             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6324             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6325             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6326             final Phylogeny species6 = factory
6327                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6328                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6329                              new NHXParser() )[ 0 ];
6330             final Phylogeny gene6 = factory
6331                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6332                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6333                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6334                              new NHXParser() )[ 0 ];
6335             species6.setRooted( true );
6336             gene6.setRooted( true );
6337             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6338             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6339                 return false;
6340             }
6341             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6342                 return false;
6343             }
6344             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6345                 return false;
6346             }
6347             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6357                 return false;
6358             }
6359             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6360                 return false;
6361             }
6362             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             sdi6.computeMappingCostL();
6366             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6376                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6377                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6378                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6379                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6380             species7.setRooted( true );
6381             final Phylogeny gene7_1 = Test
6382                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6383             gene7_1.setRooted( true );
6384             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6385             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             final Phylogeny gene7_2 = Test
6413                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6414             gene7_2.setRooted( true );
6415             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6416             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446         }
6447         catch ( final Exception e ) {
6448             return false;
6449         }
6450         return true;
6451     }
6452
6453     private static boolean testSDIunrooted() {
6454         try {
6455             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6456             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6457             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6458             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6459             PhylogenyBranch br = iter.next();
6460             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             br = iter.next();
6467             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             br = iter.next();
6474             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             br = iter.next();
6481             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             br = iter.next();
6488             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             br = iter.next();
6495             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             br = iter.next();
6502             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             br = iter.next();
6509             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             br = iter.next();
6516             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             br = iter.next();
6523             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             br = iter.next();
6530             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             br = iter.next();
6537             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             br = iter.next();
6544             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6545                 return false;
6546             }
6547             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6548                 return false;
6549             }
6550             br = iter.next();
6551             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             br = iter.next();
6558             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( iter.hasNext() ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6568             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6569             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6570             br = iter1.next();
6571             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             br = iter1.next();
6578             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             br = iter1.next();
6585             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( iter1.hasNext() ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6595             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6596             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6597             br = iter2.next();
6598             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             br = iter2.next();
6605             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             br = iter2.next();
6612             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( iter2.hasNext() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             final Phylogeny species0 = factory
6622                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6623                              new NHXParser() )[ 0 ];
6624             final Phylogeny gene1 = factory
6625                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6626                              new NHXParser() )[ 0 ];
6627             species0.setRooted( true );
6628             gene1.setRooted( true );
6629             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6630             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6631             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6632                 return false;
6633             }
6634             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6635                 return false;
6636             }
6637             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6638                 return false;
6639             }
6640             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6641                 return false;
6642             }
6643             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             final Phylogeny gene2 = factory
6647                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6648                              new NHXParser() )[ 0 ];
6649             gene2.setRooted( true );
6650             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6651             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6652                 return false;
6653             }
6654             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             final Phylogeny species6 = factory
6667                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6668                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6669                              new NHXParser() )[ 0 ];
6670             final Phylogeny gene6 = factory
6671                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6672                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6673                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6674                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6675                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6676                              new NHXParser() )[ 0 ];
6677             species6.setRooted( true );
6678             gene6.setRooted( true );
6679             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6680             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6711                 return false;
6712             }
6713             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6714                 return false;
6715             }
6716             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             p6 = null;
6720             final Phylogeny species7 = factory
6721                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6722                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6723                              new NHXParser() )[ 0 ];
6724             final Phylogeny gene7 = factory
6725                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6726                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6727                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6728                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6729                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6730                              new NHXParser() )[ 0 ];
6731             species7.setRooted( true );
6732             gene7.setRooted( true );
6733             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6734             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6744                 return false;
6745             }
6746             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             p7 = null;
6774             final Phylogeny species8 = factory
6775                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6776                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6777                              new NHXParser() )[ 0 ];
6778             final Phylogeny gene8 = factory
6779                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6780                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6781                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6782                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6783                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6784                              new NHXParser() )[ 0 ];
6785             species8.setRooted( true );
6786             gene8.setRooted( true );
6787             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6788             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6804                 return false;
6805             }
6806             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6807                 return false;
6808             }
6809             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6810                 return false;
6811             }
6812             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6813                 return false;
6814             }
6815             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             p8 = null;
6828         }
6829         catch ( final Exception e ) {
6830             e.printStackTrace( System.out );
6831             return false;
6832         }
6833         return true;
6834     }
6835
6836     private static boolean testOrthologTable() {
6837         try {
6838             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6839             final Phylogeny s1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "rio_species.xml", new PhyloXmlParser() )[ 0 ];
6840             final NHXParser p = new NHXParser();
6841             p.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6842             final Phylogeny g1[] = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA
6843                     + "rio_Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt" ), p );
6844             for( final Phylogeny gt : g1 ) {
6845                 gt.setRooted( true );
6846                 final GSDI sdi = new GSDI( gt, s1, true, true, true );
6847             }
6848             final IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( g1 );
6849             // System.out.println( m.toString() );
6850         }
6851         catch ( final Exception e ) {
6852             e.printStackTrace();
6853             return false;
6854         }
6855         return true;
6856     }
6857
6858     private static boolean testSplit() {
6859         try {
6860             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6861             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6862             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6863             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6864             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6865             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6866             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6867             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6868             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6869             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6870             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6871             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6872             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6873             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6874             // System.out.println( s0.toString() );
6875             //
6876             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6877             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6878             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6879             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6880                 return false;
6881             }
6882             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6886             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6887             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6888             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6889             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6890             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6891                 return false;
6892             }
6893             //
6894             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6895             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6896             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6898             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             //
6902             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6907             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             //
6911             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6916             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6924             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             //
6928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6931             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             //
6935             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6936             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6937             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             //
6945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6946             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6949             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             //
6953             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6954             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6958             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             //
6962             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6963             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6964             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6965             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             //
6969             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6970             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6971             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6972             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6974             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             //
6978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6992             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             //
6996             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6999             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7000                 return false;
7001             }
7002             //
7003             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7006             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7007                 return false;
7008             }
7009             //
7010             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7011             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7013             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             //
7017             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7018             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7019             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7020             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             //
7024             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7027             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             //
7031             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7034             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             //
7038             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7039             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7040             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7042             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             //
7046             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7047             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7050             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             //
7054             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7057             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7058             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             //
7062             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7067             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             /////////
7071             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7072             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7073             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7074             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7075             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7076             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7077             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7078             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7079             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7080             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7081             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7082             //                return false;
7083             //            }
7084             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7085             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7086             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7087             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7088             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7089             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7090             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7091             //                return false;
7092             //            }
7093             //            //
7094             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7095             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7096             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7097             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7098             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7099             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7100             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7101             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7102             //                return false;
7103             //            }
7104             //            //
7105             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7106             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7107             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7108             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7109             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7110             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7111             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7112             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7113             //                return false;
7114             //            }
7115             //            //
7116             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7118             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7119             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7120             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7121             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7122             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7123             //                return false;
7124             //            }
7125             //            //
7126             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7127             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7128             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7129             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7130             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7131             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7132             //                return false;
7133             //            }
7134             //
7135             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7140             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             //
7144             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7145             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7149             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             ///////////////////////////
7153             //
7154             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7168             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             //
7172             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7177             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             //
7181             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7186             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             //
7190             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7195             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             //
7199             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7203             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             //
7207             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7213             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7214                 return false;
7215             }
7216             //
7217             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7223             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             //
7227             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7233             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             //
7237             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7244             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7245                 return false;
7246             }
7247         }
7248         catch ( final Exception e ) {
7249             e.printStackTrace();
7250             return false;
7251         }
7252         return true;
7253     }
7254
7255     private static boolean testSplitStrict() {
7256         try {
7257             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7258             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7259             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7260             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7261             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7262             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7263             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7264             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7265             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7266             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7267             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7268             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7271             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7282             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7283                 return false;
7284             }
7285             //
7286             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7290             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             //
7294             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7299             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             //
7303             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7308             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             //
7312             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7316             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             //
7320             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7323             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             //
7327             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7329             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7330             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7333             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             //
7337             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7341             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             //
7345             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7350             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             //
7354             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7355             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7356             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7357             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7358                 return false;
7359             }
7360             //
7361             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7364             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7366             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             //
7370             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7376             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             //
7380             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7384             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             //
7388             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7391             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             //
7395             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7398             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7399                 return false;
7400             }
7401             //
7402             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7405             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             //
7409             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7412             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             //
7416             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7419             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             //
7423             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7426             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             //
7430             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7431             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7432             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7434             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             //
7438             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7441             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7442             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             //
7446             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7449             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7450             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             //
7454             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7457             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7459             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462         }
7463         catch ( final Exception e ) {
7464             e.printStackTrace();
7465             return false;
7466         }
7467         return true;
7468     }
7469
7470     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7471         try {
7472             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7473             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7474             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7475             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             t1.toNewHampshireX();
7479             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7480             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             t1.toNewHampshireX();
7484             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7485             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             t1.toNewHampshireX();
7489             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7490             t1.toNewHampshireX();
7491             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7495             t1.toNewHampshireX();
7496             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7497                 return false;
7498             }
7499             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7500             t1.toNewHampshireX();
7501             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7502                 return false;
7503             }
7504             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7505             t1.toNewHampshireX();
7506             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7510             t1.toNewHampshireX();
7511             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7512                 return false;
7513             }
7514             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7515             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !t1.isEmpty() ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7522             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7523             t2.toNewHampshireX();
7524             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7528             t2.toNewHampshireX();
7529             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7533             t2.toNewHampshireX();
7534             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7535                 return false;
7536             }
7537         }
7538         catch ( final Exception e ) {
7539             e.printStackTrace( System.out );
7540             return false;
7541         }
7542         return true;
7543     }
7544
7545     private static boolean testSupportCount() {
7546         try {
7547             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7548             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7549             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7550                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7551                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7552                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7553                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7554                                                               new NHXParser() );
7555             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7556             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7557             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7558                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7559                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7560                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7561                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7562                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7563                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7564                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7565                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7566                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7567                                                               new NHXParser() );
7568             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7569             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7570             while ( it.hasNext() ) {
7571                 final PhylogenyNode n = it.next();
7572                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7573                     return false;
7574                 }
7575             }
7576             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7577             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7578                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7579             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7580             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7581             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7603                 return false;
7604             }
7605             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7609                 return false;
7610             }
7611             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7612             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7613                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7614             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7615             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7616             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7647             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7648             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7649             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7653             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7654             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7655             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7659             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7660             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7661             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7665             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7666             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7667             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7668                 return false;
7669             }
7670         }
7671         catch ( final Exception e ) {
7672             e.printStackTrace( System.out );
7673             return false;
7674         }
7675         return true;
7676     }
7677
7678     private static boolean testSupportTransfer() {
7679         try {
7680             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7681             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7682                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7683             final Phylogeny p2 = factory
7684                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7685             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7689                 return false;
7690             }
7691             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7692             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7693             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7715                 return false;
7716             }
7717         }
7718         catch ( final Exception e ) {
7719             e.printStackTrace( System.out );
7720             return false;
7721         }
7722         return true;
7723     }
7724
7725     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7726         try {
7727             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7728                                                                                                  10 );
7729             if ( results.size() != 1 ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7745                 return false;
7746             }
7747             results = null;
7748             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7749             if ( results.size() != 1 ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             results = null;
7768             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7769             if ( results.size() != 1 ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             results = null;
7788             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7789             if ( results.size() != 1 ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7811                 return false;
7812             }
7813             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7814                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7815                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7816                 return false;
7817             }
7818         }
7819         catch ( final IOException e ) {
7820             System.out.println();
7821             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7822             e.printStackTrace( System.out );
7823             return true;
7824         }
7825         catch ( final Exception e ) {
7826             return false;
7827         }
7828         return true;
7829     }
7830
7831     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7832         //The format for GenBank Accession numbers are:
7833         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7834         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7835         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7836         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7837             return false;
7838         }
7839         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7840             return false;
7841         }
7842         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7843             return false;
7844         }
7845         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7846             return false;
7847         }
7848         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7849             return false;
7850         }
7851         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7852             return false;
7853         }
7854         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7855             return false;
7856         }
7857         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7858             return false;
7859         }
7860         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7861             return false;
7862         }
7863         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7864             return false;
7865         }
7866         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7867             return false;
7868         }
7869         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7870             return false;
7871         }
7872         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7873             return false;
7874         }
7875         return true;
7876     }
7877
7878     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7879         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7880             return false;
7881         }
7882         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7883             return false;
7884         }
7885         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7886             return false;
7887         }
7888         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7889             return false;
7890         }
7891         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7892             return false;
7893         }
7894         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7895             return false;
7896         }
7897         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7898             return false;
7899         }
7900         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7901             return false;
7902         }
7903         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7904             return false;
7905         }
7906         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7907             return false;
7908         }
7909         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7910             return false;
7911         }
7912         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7913             return false;
7914         }
7915         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7916             return false;
7917         }
7918         try {
7919             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7920             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7933                 return false;
7934             }
7935         }
7936         catch ( final IOException e ) {
7937             System.out.println();
7938             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7939             e.printStackTrace( System.out );
7940             return true;
7941         }
7942         catch ( final Exception e ) {
7943             return false;
7944         }
7945         return true;
7946     }
7947
7948     private static boolean testWabiTxSearch() {
7949         try {
7950             String result = "";
7951             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7952             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7953             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7957             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7961             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7965             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7969             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7973             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7977             queries.add( "Campylobacter coli" );
7978             queries.add( "Escherichia coli" );
7979             queries.add( "Arabidopsis" );
7980             queries.add( "Trichoplax" );
7981             queries.add( "Samanea saman" );
7982             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7983             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7984             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7985             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7986             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7987             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7988             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7989             ranks.add( RANKS.GENUS );
7990             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7991             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7992             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7993             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7994         }
7995         catch ( final Exception e ) {
7996             System.out.println();
7997             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7998             e.printStackTrace( System.out );
7999             return false;
8000         }
8001         return true;
8002     }
8003
8004     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8005         try {
8006             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8007             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8020             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8024             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8025                 return false;
8026             }
8027             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8028             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031         }
8032         catch ( final Exception e ) {
8033             e.printStackTrace();
8034             return false;
8035         }
8036         return true;
8037     }
8038
8039     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8040         try {
8041             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8042             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8049             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8053                 return false;
8054             }
8055         }
8056         catch ( final Exception e ) {
8057             e.printStackTrace();
8058             return false;
8059         }
8060         return true;
8061     }
8062
8063     private static boolean testFastaParser() {
8064         try {
8065             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8072             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090         }
8091         catch ( final Exception e ) {
8092             e.printStackTrace();
8093             return false;
8094         }
8095         return true;
8096     }
8097
8098     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8099         try {
8100             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8101             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8102             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8103             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8104             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8105             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8106             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8107             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8108             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8109                 return false;
8110             }
8111             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8124                 return false;
8125             }
8126             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8127                 return false;
8128             }
8129             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8142                 return false;
8143             }
8144             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8145             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8146                 return false;
8147             }
8148             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8155             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8165             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174         }
8175         catch ( final Exception e ) {
8176             e.printStackTrace();
8177             return false;
8178         }
8179         return true;
8180     }
8181
8182     private static boolean testMafft( final String path ) {
8183         try {
8184             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8185             opts.add( "--maxiterate" );
8186             opts.add( "1000" );
8187             opts.add( "--localpair" );
8188             opts.add( "--quiet" );
8189             Msa msa = null;
8190             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8191             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8192             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198         }
8199         catch ( final Exception e ) {
8200             e.printStackTrace( System.out );
8201             return false;
8202         }
8203         return true;
8204     }
8205
8206     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8207         try {
8208             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8209             PhylogenyNode n;
8210             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8211             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8212             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8213             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8214             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8215             n = t0.getFirstExternalNode();
8216             while ( n != null ) {
8217                 ext.add( n );
8218                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8219             }
8220             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8227                 return false;
8228             }
8229             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8233                 return false;
8234             }
8235             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             ext.clear();
8239             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8240             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8241             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8242             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8243             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8244             n = t1.getNode( "ab" );
8245             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8246             while ( n != null ) {
8247                 ext.add( n );
8248                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8249             }
8250             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             //
8266             //
8267             ext.clear();
8268             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8269             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8270             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8271             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8272             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8273             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8274             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8275             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8276             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8277             n = t2.getNode( "ab" );
8278             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8279             while ( n != null ) {
8280                 ext.add( n );
8281                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8282             }
8283             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             //
8296             //
8297             ext.clear();
8298             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8299             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8300             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8301             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8302             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8303             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8304             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8305             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8306             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8307             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8308             n = t3.getNode( "ab" );
8309             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8310             while ( n != null ) {
8311                 ext.add( n );
8312                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8313             }
8314             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8318                 return false;
8319             }
8320             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             //
8324             //
8325             ext.clear();
8326             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8327             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8328             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8329             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8330             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8331             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8332             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8333             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8334             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8335             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8336             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8337             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8338             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             //
8342             //
8343             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8344             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8345             ext.clear();
8346             n = t5.getFirstExternalNode();
8347             while ( n != null ) {
8348                 ext.add( n );
8349                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8350             }
8351             if ( ext.size() != 8 ) {
8352                 return false;
8353             }
8354             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8355                 return false;
8356             }
8357             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8361                 return false;
8362             }
8363             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8364                 return false;
8365             }
8366             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8367                 return false;
8368             }
8369             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8373                 return false;
8374             }
8375             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             //
8379             //
8380             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8381             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8382             ext.clear();
8383             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8384             n = t6.getNode( "ab" );
8385             while ( n != null ) {
8386                 ext.add( n );
8387                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8388             }
8389             if ( ext.size() != 7 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             //
8414             //
8415             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8416             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8417             ext.clear();
8418             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8419             n = t7.getNode( "a" );
8420             while ( n != null ) {
8421                 ext.add( n );
8422                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8423             }
8424             if ( ext.size() != 7 ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             //
8449             //
8450             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8451             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8452             ext.clear();
8453             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8454             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8455             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8456             n = t8.getNode( "a" );
8457             while ( n != null ) {
8458                 ext.add( n );
8459                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8460             }
8461             if ( ext.size() != 7 ) {
8462                 return false;
8463             }
8464             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8468                 return false;
8469             }
8470             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8471                 System.out.println( "2 fail" );
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             //
8487             //
8488             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8489             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8490             ext.clear();
8491             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8492             n = t9.getNode( "a" );
8493             while ( n != null ) {
8494                 ext.add( n );
8495                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8496             }
8497             if ( ext.size() != 7 ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             //
8522             //
8523             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8524             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8525             ext.clear();
8526             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8527             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8528             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8529             n = t10.getNode( "a" );
8530             while ( n != null ) {
8531                 ext.add( n );
8532                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8533             }
8534             if ( ext.size() != 7 ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8544                 return false;
8545             }
8546             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8547                 return false;
8548             }
8549             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8550                 return false;
8551             }
8552             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             //
8559             //
8560             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8561             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8562             ext.clear();
8563             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8564             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8565             n = t11.getNode( "a" );
8566             while ( n != null ) {
8567                 ext.add( n );
8568                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8569             }
8570             if ( ext.size() != 6 ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             //
8592             //
8593             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8594             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8595             ext.clear();
8596             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8597             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8598             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8599             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8600             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8601             n = t12.getNode( "a" );
8602             while ( n != null ) {
8603                 ext.add( n );
8604                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8605             }
8606             if ( ext.size() != 6 ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8610                 return false;
8611             }
8612             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             //
8628             //
8629             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8630             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8631             ext.clear();
8632             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8633             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8634             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8635             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8636             n = t13.getNode( "ab" );
8637             while ( n != null ) {
8638                 ext.add( n );
8639                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8640             }
8641             if ( ext.size() != 5 ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8648                 return false;
8649             }
8650             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             //
8660             //
8661             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8662             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8663             ext.clear();
8664             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8665             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8666             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8667             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8668             n = t14.getNode( "ab" );
8669             while ( n != null ) {
8670                 ext.add( n );
8671                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8672             }
8673             if ( ext.size() != 5 ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             //
8692             //
8693             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8694             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8695             ext.clear();
8696             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8697             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8698             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8699             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8700             n = t15.getNode( "ab" );
8701             while ( n != null ) {
8702                 ext.add( n );
8703                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8704             }
8705             if ( ext.size() != 6 ) {
8706                 return false;
8707             }
8708             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             //
8727             //
8728             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8729             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8730             ext.clear();
8731             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8732             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8733             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8734             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8735             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8736             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8737             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8738             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8739             n = t16.getNode( "ab" );
8740             while ( n != null ) {
8741                 ext.add( n );
8742                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8743             }
8744             if ( ext.size() != 4 ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8748                 return false;
8749             }
8750             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759         }
8760         catch ( final Exception e ) {
8761             e.printStackTrace( System.out );
8762             return false;
8763         }
8764         return true;
8765     }
8766
8767     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8768         try {
8769             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8770             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8771             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8772             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8773             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8774             l.add( s0 );
8775             l.add( s1 );
8776             l.add( s2 );
8777             l.add( s3 );
8778             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8779             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8780                 return false;
8781             }
8782             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8789                 return false;
8790             }
8791         }
8792         catch ( final Exception e ) {
8793             e.printStackTrace( System.out );
8794             return false;
8795         }
8796         return true;
8797     }
8798
8799     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8800         try {
8801             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8802             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8803                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8804                 if ( id != null ) {
8805                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8806                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8807                 }
8808                 return false;
8809             }
8810             //
8811             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8812             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8813                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8814                 if ( id != null ) {
8815                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8816                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8817                 }
8818                 return false;
8819             }
8820             //
8821             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8822             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8823                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8824                 if ( id != null ) {
8825                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8826                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8827                 }
8828                 return false;
8829             }
8830             //
8831             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8832             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8833                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8834                 if ( id != null ) {
8835                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8836                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8837                 }
8838                 return false;
8839             }
8840             //
8841             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8842             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8843                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8844                 if ( id != null ) {
8845                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8846                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8847                 }
8848                 return false;
8849             }
8850             //
8851             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8852             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8853                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8854                 if ( id != null ) {
8855                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8856                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8857                 }
8858                 return false;
8859             }
8860             //
8861             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8862             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8863                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8864                 if ( id != null ) {
8865                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8866                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8867                 }
8868                 return false;
8869             }
8870             //
8871             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8872             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8873                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8874                 if ( id != null ) {
8875                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8876                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8877                 }
8878                 return false;
8879             }
8880             //
8881             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8882             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8883                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8884                 if ( id != null ) {
8885                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8886                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8887                 }
8888                 return false;
8889             }
8890             //
8891             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8892             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8893                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8894                 if ( id != null ) {
8895                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8896                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8897                 }
8898                 return false;
8899             }
8900             //
8901             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8902             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8903                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8904                 if ( id != null ) {
8905                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8906                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8907                 }
8908                 return false;
8909             }
8910             //
8911             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8912             if ( id != null ) {
8913                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8914                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8915                 return false;
8916             }
8917             // lcl_91970_unknown_
8918         }
8919         catch ( final Exception e ) {
8920             e.printStackTrace( System.out );
8921             return false;
8922         }
8923         return true;
8924     }
8925 }