forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.archaeopteryx.webservices.WebserviceUtil;
  45 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  46 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  48 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  49 import org.forester.go.TestGo;
  50 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  53 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  58 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  59 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  60 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  61 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  62 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  63 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  64 import org.forester.msa.BasicMsa;
  65 import org.forester.msa.Mafft;
  66 import org.forester.msa.Msa;
  67 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  68 import org.forester.msa.MsaMethods;
  69 import org.forester.pccx.TestPccx;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  78 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  81 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  87 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  90 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  91 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  94 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  95 import org.forester.protein.BasicDomain;
  96 import org.forester.protein.BasicProtein;
  97 import org.forester.protein.Domain;
  98 import org.forester.protein.Protein;
  99 import org.forester.protein.ProteinId;
 100 import org.forester.rio.TestRIO;
 101 import org.forester.sdi.SDI;
 102 import org.forester.sdi.SDIR;
 103 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 104 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 105 import org.forester.sequence.Sequence;
 106 import org.forester.species.BasicSpecies;
 107 import org.forester.species.Species;
 108 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 109 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 110 import org.forester.tools.SupportCount;
 111 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 112 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 113 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 114 import org.forester.util.BasicTable;
 115 import org.forester.util.BasicTableParser;
 116 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 117 import org.forester.util.ForesterConstants;
 118 import org.forester.util.ForesterUtil;
 119 import org.forester.util.GeneralTable;
 120 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 122 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 123 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 127 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 128
 129 @SuppressWarnings( "unused")
 130 public final class Test {
 131
 132     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 133                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 135     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 138     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 139     private static final boolean PERFORM_WEB_TREE_ACCESS   = true;
 140     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 143     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 146     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 147     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 148
 149     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 150         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 151     }
 152
 153     public static void main( final String[] args ) {
 154         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 155         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 156                 + "]" );
 157         Locale.setDefault( Locale.US );
 158         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 159         int failed = 0;
 160         int succeeded = 0;
 161         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 162         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 163             System.out.println( "OK.]" );
 164         }
 165         else {
 166             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 167             System.out.println( "Testing aborted." );
 168             System.exit( -1 );
 169         }
 170         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 171         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 172             System.out.println( "OK.]" );
 173         }
 174         else {
 175             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 176             System.out.println( "Testing aborted." );
 177             System.exit( -1 );
 178         }
 179         final long start_time = new Date().getTime();
 180         System.out.print( "Basic node methods: " );
 181         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 182             System.out.println( "OK." );
 183             succeeded++;
 184         }
 185         else {
 186             System.out.println( "failed." );
 187             failed++;
 188         }
 189         System.out.print( "Protein id: " );
 190         if ( !testProteinId() ) {
 191             System.out.println( "failed." );
 192             failed++;
 193         }
 194         else {
 195             succeeded++;
 196         }
 197         System.out.println( "OK." );
 198         System.out.print( "Species: " );
 199         if ( !testSpecies() ) {
 200             System.out.println( "failed." );
 201             failed++;
 202         }
 203         else {
 204             succeeded++;
 205         }
 206         System.out.println( "OK." );
 207         System.out.print( "Basic domain: " );
 208         if ( !testBasicDomain() ) {
 209             System.out.println( "failed." );
 210             failed++;
 211         }
 212         else {
 213             succeeded++;
 214         }
 215         System.out.println( "OK." );
 216         System.out.print( "Basic protein: " );
 217         if ( !testBasicProtein() ) {
 218             System.out.println( "failed." );
 219             failed++;
 220         }
 221         else {
 222             succeeded++;
 223         }
 224         System.out.println( "OK." );
 225         System.out.print( "Sequence writer: " );
 226         if ( testSequenceWriter() ) {
 227             System.out.println( "OK." );
 228             succeeded++;
 229         }
 230         else {
 231             System.out.println( "failed." );
 232             failed++;
 233         }
 234         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 235         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 236             System.out.println( "OK." );
 237             succeeded++;
 238         }
 239         else {
 240             System.out.println( "failed." );
 241             failed++;
 242         }
 243         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 244         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 245             System.out.println( "OK." );
 246             succeeded++;
 247         }
 248         else {
 249             System.out.println( "failed." );
 250             failed++;
 251         }
 252         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 253         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 254             System.out.println( "OK." );
 255             succeeded++;
 256         }
 257         else {
 258             System.out.println( "failed." );
 259             failed++;
 260         }
 261         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 262         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 263             System.out.println( "OK." );
 264             succeeded++;
 265         }
 266         else {
 267             System.out.println( "failed." );
 268             failed++;
 269         }
 270         System.out.print( "Overlap removal: " );
 271         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 272             System.out.println( "failed." );
 273             failed++;
 274         }
 275         else {
 276             succeeded++;
 277         }
 278         System.out.println( "OK." );
 279         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 280         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 281             System.out.println( "failed." );
 282             failed++;
 283         }
 284         else {
 285             succeeded++;
 286         }
 287         System.out.println( "OK." );
 288         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 289         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 290             System.out.println( "OK." );
 291             succeeded++;
 292         }
 293         else {
 294             System.out.println( "failed." );
 295             failed++;
 296         }
 297         System.out.print( "SN extraction: " );
 298         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 299             System.out.println( "OK." );
 300             succeeded++;
 301         }
 302         else {
 303             System.out.println( "failed." );
 304             failed++;
 305         }
 306         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 307         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 308             System.out.println( "OK." );
 309             succeeded++;
 310         }
 311         else {
 312             System.out.println( "failed." );
 313             failed++;
 314         }
 315         System.exit( -1 );
 316         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 317         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 318             System.out.println( "OK." );
 319             succeeded++;
 320         }
 321         else {
 322             System.out.println( "failed." );
 323             failed++;
 324         }
 325         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 326         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 327             System.out.println( "OK." );
 328             succeeded++;
 329         }
 330         else {
 331             System.out.println( "failed." );
 332             failed++;
 333         }
 334         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 335         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 336             System.out.println( "OK." );
 337             succeeded++;
 338         }
 339         else {
 340             System.out.println( "failed." );
 341             failed++;
 342         }
 343         System.out.print( "NH parsing: " );
 344         if ( Test.testNHParsing() ) {
 345             System.out.println( "OK." );
 346             succeeded++;
 347         }
 348         else {
 349             System.out.println( "failed." );
 350             failed++;
 351         }
 352         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 353         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 354             System.out.println( "OK." );
 355             succeeded++;
 356         }
 357         else {
 358             System.out.println( "failed." );
 359             failed++;
 360         }
 361         System.out.print( "NHX parsing: " );
 362         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 363             System.out.println( "OK." );
 364             succeeded++;
 365         }
 366         else {
 367             System.out.println( "failed." );
 368             failed++;
 369         }
 370         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 371         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 372             System.out.println( "OK." );
 373             succeeded++;
 374         }
 375         else {
 376             System.out.println( "failed." );
 377             failed++;
 378         }
 379         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 380         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 381             System.out.println( "OK." );
 382             succeeded++;
 383         }
 384         else {
 385             System.out.println( "failed." );
 386             failed++;
 387         }
 388         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 389         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 390             System.out.println( "OK." );
 391             succeeded++;
 392         }
 393         else {
 394             System.out.println( "failed." );
 395             failed++;
 396         }
 397         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 398         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 399             System.out.println( "OK." );
 400             succeeded++;
 401         }
 402         else {
 403             System.out.println( "failed." );
 404             failed++;
 405         }
 406         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 407         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 408             System.out.println( "OK." );
 409             succeeded++;
 410         }
 411         else {
 412             System.out.println( "failed." );
 413             failed++;
 414         }
 415         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 416         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 417             System.out.println( "OK." );
 418             succeeded++;
 419         }
 420         else {
 421             System.out.println( "failed." );
 422             failed++;
 423         }
 424         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 425         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 426             System.out.println( "OK." );
 427             succeeded++;
 428         }
 429         else {
 430             System.out.println( "failed." );
 431             failed++;
 432         }
 433         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 434         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 435             System.out.println( "OK." );
 436             succeeded++;
 437         }
 438         else {
 439             System.out.println( "failed." );
 440             failed++;
 441         }
 442         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 443         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 444             System.out.println( "OK." );
 445             succeeded++;
 446         }
 447         else {
 448             System.out.println( "failed." );
 449             failed++;
 450         }
 451         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 452         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 453             System.out.println( "OK." );
 454             succeeded++;
 455         }
 456         else {
 457             System.out.println( "failed." );
 458             failed++;
 459         }
 460         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 461         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 462             System.out.println( "OK." );
 463             succeeded++;
 464         }
 465         else {
 466             System.out.println( "failed." );
 467             failed++;
 468         }
 469         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 470         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 471             System.out.println( "OK." );
 472             succeeded++;
 473         }
 474         else {
 475             System.out.println( "failed." );
 476             failed++;
 477         }
 478         System.out.print( "Copying of node data: " );
 479         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 480             System.out.println( "OK." );
 481             succeeded++;
 482         }
 483         else {
 484             System.out.println( "failed." );
 485             failed++;
 486         }
 487         System.out.print( "Tree copy: " );
 488         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 489             System.out.println( "OK." );
 490             succeeded++;
 491         }
 492         else {
 493             System.out.println( "failed." );
 494             failed++;
 495         }
 496         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 497         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 498             System.out.println( "OK." );
 499             succeeded++;
 500         }
 501         else {
 502             System.out.println( "failed." );
 503             failed++;
 504         }
 505         System.out.print( "Tree methods: " );
 506         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 507             System.out.println( "OK." );
 508             succeeded++;
 509         }
 510         else {
 511             System.out.println( "failed." );
 512             failed++;
 513         }
 514         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 515         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 516             System.out.println( "OK." );
 517             succeeded++;
 518         }
 519         else {
 520             System.out.println( "failed." );
 521             failed++;
 522         }
 523         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 524         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 525             System.out.println( "OK." );
 526             succeeded++;
 527         }
 528         else {
 529             System.out.println( "failed." );
 530             failed++;
 531         }
 532         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 533         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 534             System.out.println( "OK." );
 535             succeeded++;
 536         }
 537         else {
 538             System.out.println( "failed." );
 539             failed++;
 540         }
 541         System.out.print( "Re-id methods: " );
 542         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 551         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 552             System.out.println( "OK." );
 553             succeeded++;
 554         }
 555         else {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 560         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 561             System.out.println( "OK." );
 562             succeeded++;
 563         }
 564         else {
 565             System.out.println( "failed." );
 566             failed++;
 567         }
 568         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 569         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 570             System.out.println( "OK." );
 571             succeeded++;
 572         }
 573         else {
 574             System.out.println( "failed." );
 575             failed++;
 576         }
 577         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 578         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 579             System.out.println( "OK." );
 580             succeeded++;
 581         }
 582         else {
 583             System.out.println( "failed." );
 584             failed++;
 585         }
 586         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 587         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 588             System.out.println( "OK." );
 589             succeeded++;
 590         }
 591         else {
 592             System.out.println( "failed." );
 593             failed++;
 594         }
 595         System.out.print( "Rerooting: " );
 596         if ( Test.testRerooting() ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 605         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Node removal: " );
 614         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Support count: " );
 623         if ( Test.testSupportCount() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Support transfer: " );
 632         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 641         if ( Test.testGetLCA() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 650         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 659         if ( Test.testGetDistance() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 668         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 677         if ( Test.testDataObjects() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Properties map: " );
 686         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "SDIse: " );
 695         if ( Test.testSDIse() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 704         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "GSDI: " );
 713         if ( TestGSDI.test() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         System.out.print( "RIO: " );
 722         if ( TestRIO.test() ) {
 723             System.out.println( "OK." );
 724             succeeded++;
 725         }
 726         else {
 727             System.out.println( "failed." );
 728             failed++;
 729         }
 730         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 731         System.out.println();
 732         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 733             System.out.println( "OK." );
 734             succeeded++;
 735         }
 736         else {
 737             System.out.println( "failed." );
 738             failed++;
 739         }
 740         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 741         System.out.println();
 742         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 743             System.out.println( "OK." );
 744             succeeded++;
 745         }
 746         else {
 747             System.out.println( "failed." );
 748             failed++;
 749         }
 750         System.out.print( "GO: " );
 751         System.out.println();
 752         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 753             System.out.println( "OK." );
 754             succeeded++;
 755         }
 756         else {
 757             System.out.println( "failed." );
 758             failed++;
 759         }
 760         System.out.print( "Modeling tools: " );
 761         if ( TestPccx.test() ) {
 762             System.out.println( "OK." );
 763             succeeded++;
 764         }
 765         else {
 766             System.out.println( "failed." );
 767             failed++;
 768         }
 769         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 770         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 771             System.out.println( "OK." );
 772             succeeded++;
 773         }
 774         else {
 775             System.out.println( "failed." );
 776             failed++;
 777         }
 778         System.out.print( "Split Matrix: " );
 779         if ( Test.testSplit() ) {
 780             System.out.println( "OK." );
 781             succeeded++;
 782         }
 783         else {
 784             System.out.println( "failed." );
 785             failed++;
 786         }
 787         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 788         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 789             System.out.println( "OK." );
 790             succeeded++;
 791         }
 792         else {
 793             System.out.println( "failed." );
 794             failed++;
 795         }
 796         System.out.print( "Basic table: " );
 797         if ( Test.testBasicTable() ) {
 798             System.out.println( "OK." );
 799             succeeded++;
 800         }
 801         else {
 802             System.out.println( "failed." );
 803             failed++;
 804         }
 805         System.out.print( "General table: " );
 806         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 807             System.out.println( "OK." );
 808             succeeded++;
 809         }
 810         else {
 811             System.out.println( "failed." );
 812             failed++;
 813         }
 814         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 815         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 816             System.out.println( "OK." );
 817             succeeded++;
 818         }
 819         else {
 820             System.out.println( "failed." );
 821             failed++;
 822         }
 823         System.out.print( "General MSA parser: " );
 824         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 825             System.out.println( "OK." );
 826             succeeded++;
 827         }
 828         else {
 829             System.out.println( "failed." );
 830             failed++;
 831         }
 832         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 833         if ( Test.testFastaParser() ) {
 834             System.out.println( "OK." );
 835             succeeded++;
 836         }
 837         else {
 838             System.out.println( "failed." );
 839             failed++;
 840         }
 841         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 842         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 843             System.out.println( "OK." );
 844             succeeded++;
 845         }
 846         else {
 847             System.out.println( "failed." );
 848             failed++;
 849         }
 850         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
 851         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
 852             System.out.println( "OK." );
 853             succeeded++;
 854         }
 855         else {
 856             System.out.println( "failed." );
 857             failed++;
 858         }
 859         String path = "";
 860         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 861         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 862             path = "/usr/local/bin/mafft";
 863         }
 864         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 865             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 866         }
 867         else {
 868             path = "mafft";
 869             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 870                 path = "/usr/bin/mafft";
 871             }
 872             if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 873                 path = "/usr/local/bin/mafft";
 874             }
 875         }
 876         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 877             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 878             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 879                 System.out.println( "OK." );
 880                 succeeded++;
 881             }
 882             else {
 883                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 884             }
 885         }
 886         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 887         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 888             System.out.println( "OK." );
 889             succeeded++;
 890         }
 891         else {
 892             System.out.println( "failed." );
 893             failed++;
 894         }
 895         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 896         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 897             System.out.println( "OK." );
 898             succeeded++;
 899         }
 900         else {
 901             System.out.println( "failed." );
 902             failed++;
 903         }
 904         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 905             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 906             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 907                 System.out.println( "OK." );
 908                 succeeded++;
 909             }
 910             else {
 911                 System.out.println( "failed." );
 912                 failed++;
 913             }
 914             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 915             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 916                 System.out.println( "OK." );
 917                 succeeded++;
 918             }
 919             else {
 920                 System.out.println( "failed." );
 921                 failed++;
 922             }
 923             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 924             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 925                 System.out.println( "OK." );
 926                 succeeded++;
 927             }
 928             else {
 929                 System.out.println( "failed." );
 930                 failed++;
 931                 System.exit( -1 );
 932             }
 933             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 934             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 935                 System.out.println( "OK." );
 936                 succeeded++;
 937             }
 938             else {
 939                 System.out.println( "failed." );
 940                 failed++;
 941             }
 942         }
 943         if ( PERFORM_WEB_TREE_ACCESS ) {
 944             System.out.print( "NHX parsing from URL: " );
 945             if ( Test.testNHXparsingFromURL() ) {
 946                 System.out.println( "OK." );
 947                 succeeded++;
 948             }
 949             else {
 950                 System.out.println( "failed." );
 951                 failed++;
 952             }
 953             System.out.print( "phyloXML parsing from URL: " );
 954             if ( Test.testPhyloXMLparsingFromURL() ) {
 955                 System.out.println( "OK." );
 956                 succeeded++;
 957             }
 958             else {
 959                 System.out.println( "failed." );
 960                 failed++;
 961             }
 962             System.out.print( "TreeBase acccess: " );
 963             if ( Test.testTreeBaseReading() ) {
 964                 System.out.println( "OK." );
 965                 succeeded++;
 966             }
 967             else {
 968                 System.out.println( "failed." );
 969                 failed++;
 970             }
 971             //
 972             System.out.print( "ToL access: " );
 973             if ( Test.testToLReading() ) {
 974                 System.out.println( "OK." );
 975                 succeeded++;
 976             }
 977             else {
 978                 System.out.println( "failed." );
 979                 failed++;
 980             }
 981             //
 982             System.out.print( "TreeFam access: " );
 983             if ( Test.testTreeFamReading() ) {
 984                 System.out.println( "OK." );
 985                 succeeded++;
 986             }
 987             else {
 988                 System.out.println( "failed." );
 989                 failed++;
 990             }
 991             //
 992             //
 993             System.out.print( "Pfam tree access: " );
 994             if ( Test.testPfamTreeReading() ) {
 995                 System.out.println( "OK." );
 996                 succeeded++;
 997             }
 998             else {
 999                 System.out.println( "failed." );
1000                 failed++;
1001             }
1002         }
1003         System.out.println();
1004         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1005         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1006         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1007         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1008                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1009         System.out.println();
1010         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1011         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1012         System.out.println();
1013         if ( failed < 1 ) {
1014             System.out.println( "OK." );
1015         }
1016         else {
1017             System.out.println( "Not OK." );
1018         }
1019     }
1020
1021     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
1022         try {
1023             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1024             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1025             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1026             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1027             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1028             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1029             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1030             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1031             covered.add( true ); // 0
1032             covered.add( false ); // 1
1033             covered.add( true ); // 2
1034             covered.add( false ); // 3
1035             covered.add( true ); // 4
1036             covered.add( true ); // 5
1037             covered.add( false ); // 6
1038             covered.add( true ); // 7
1039             covered.add( true ); // 8
1040             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
1047                 return false;
1048             }
1049             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
1056                 return false;
1057             }
1058             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1062             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1063             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1064             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
1065             abc.addProteinDomain( a );
1066             abc.addProteinDomain( b );
1067             abc.addProteinDomain( c );
1068             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
1069             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
1070             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1071                 return false;
1072             }
1073             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
1080                 return false;
1081             }
1082             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1083                 return false;
1084             }
1085             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1086             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
1087             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
1088             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
1089             def.addProteinDomain( d );
1090             def.addProteinDomain( e );
1091             def.addProteinDomain( f );
1092             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
1093             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
1094             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1095                 return false;
1096             }
1097             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
1110                 return false;
1111             }
1112         }
1113         catch ( final Exception e ) {
1114             e.printStackTrace( System.out );
1115             return false;
1116         }
1117         return true;
1118     }
1119
1120     public static final boolean testNHXparsingFromURL() {
1121         try {
1122             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
1123             final URL u = new URL( s );
1124             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1125             final Phylogeny[] phys = factory.create( u, new NHXParser() );
1126             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 5 ) ) {
1127                 return false;
1128             }
1129             if ( !phys[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1130                 System.out.println( phys[ 0 ].toNewHampshire() );
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( !phys[ 1 ].toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1134                 System.out.println( phys[ 1 ].toNewHampshire() );
1135                 return false;
1136             }
1137             final Phylogeny[] phys2 = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
1138             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 5 ) ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             if ( !phys2[ 0 ].toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1142                 System.out.println( phys2[ 0 ].toNewHampshire() );
1143                 return false;
1144             }
1145             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1146             final NHXParser p = new NHXParser();
1147             final URL u2 = new URL( s );
1148             p.setSource( u2 );
1149             if ( !p.hasNext() ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !p.hasNext() ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             p.reset();
1159             if ( !p.hasNext() ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             p.reset();
1169             if ( !p.hasNext() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((((A,B),C),D),(E,F));" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !p.next().toNewHampshire().equals( "((1,2,3),(4,5,6),(7,8,9));" ) ) {
1176                 return false;
1177             }
1178         }
1179         catch ( final Exception e ) {
1180             e.printStackTrace();
1181         }
1182         return true;
1183     }
1184
1185     public static boolean testOverlapRemoval() {
1186         try {
1187             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1188             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1189             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1190             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1191             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
1192             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
1193             covered.add( true ); // 0
1194             covered.add( false ); // 1
1195             covered.add( true ); // 2
1196             covered.add( false ); // 3
1197             covered.add( true ); // 4
1198             covered.add( true ); // 5
1199             covered.add( false ); // 6
1200             covered.add( true ); // 7
1201             covered.add( true ); // 8
1202             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
1218             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
1219             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
1220             ab.addProteinDomain( a );
1221             ab.addProteinDomain( b );
1222             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
1223             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
1230                 return false;
1231             }
1232             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
1233             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1240             final Domain d = new BasicDomain( "d",
1241                                               ( short ) 10000,
1242                                               ( short ) 10500,
1243                                               ( short ) 1,
1244                                               ( short ) 1,
1245                                               0.0000001,
1246                                               1 );
1247             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1248             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
1249             cde.addProteinDomain( c );
1250             cde.addProteinDomain( d );
1251             cde.addProteinDomain( e );
1252             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
1253             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1260             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1261             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1262             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
1263             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
1264             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
1265             fghi.addProteinDomain( f );
1266             fghi.addProteinDomain( g );
1267             fghi.addProteinDomain( h );
1268             fghi.addProteinDomain( i );
1269             fghi.addProteinDomain( i );
1270             fghi.addProteinDomain( i );
1271             fghi.addProteinDomain( i2 );
1272             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
1273             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
1283             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
1290             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
1291             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
1292             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1293             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1294             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
1295             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1296             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
1297             jklm.addProteinDomain( j );
1298             jklm.addProteinDomain( k );
1299             jklm.addProteinDomain( l );
1300             jklm.addProteinDomain( m );
1301             jklm.addProteinDomain( m0 );
1302             jklm.addProteinDomain( m1 );
1303             jklm.addProteinDomain( m2 );
1304             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
1305             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
1315             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
1322             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
1323             od.addProteinDomain( only );
1324             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
1325             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
1329                 return false;
1330             }
1331         }
1332         catch ( final Exception e ) {
1333             e.printStackTrace( System.out );
1334             return false;
1335         }
1336         return true;
1337     }
1338
1339     public static final boolean testPfamTreeReading() {
1340         try {
1341             final URL u = new URL( WebserviceUtil.PFAM_SERVER + "/family/PF" + "01849" + "/tree/download" );
1342             final NHXParser parser = new NHXParser();
1343             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1344             parser.setReplaceUnderscores( false );
1345             parser.setGuessRootedness( true );
1346             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1347             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1348             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354         }
1355         catch ( final Exception e ) {
1356             e.printStackTrace();
1357         }
1358         return true;
1359     }
1360
1361     public static final boolean testPhyloXMLparsingFromURL() {
1362         try {
1363             final String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/archaeopteryx_a/apaf_bcl2.xml";
1364             final URL u = new URL( s );
1365             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1366             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser() );
1367             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 2 ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370         }
1371         catch ( final Exception e ) {
1372             e.printStackTrace();
1373         }
1374         return true;
1375     }
1376
1377     public static final boolean testToLReading() {
1378         try {
1379             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TOL_URL_BASE + "15079" );
1380             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1381             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), new TolParser() );
1382             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "15079" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !phys[ 0 ].getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Protacanthopterygii" ) ) {
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 5 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace();
1397         }
1398         return true;
1399     }
1400
1401     public static final boolean testTreeBaseReading() {
1402         try {
1403             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_TREE_URL_BASE + "825?format=nexus" );
1404             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
1405             parser.setReplaceUnderscores( true );
1406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1407             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1408             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             final URL u2 = new URL( WebserviceUtil.TREEBASE_PHYLOWS_STUDY_URL_BASE + "15613?format=nexus" );
1412             final NexusPhylogeniesParser parser2 = new NexusPhylogeniesParser();
1413             parser2.setReplaceUnderscores( true );
1414             final PhylogenyFactory factory2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1415             final Phylogeny[] phys2 = factory2.create( u2.openStream(), parser2 );
1416             if ( ( phys2 == null ) || ( phys2.length != 9 ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419         }
1420         catch ( final Exception e ) {
1421             e.printStackTrace();
1422         }
1423         return true;
1424     }
1425
1426     public static final boolean testTreeFamReading() {
1427         try {
1428             final URL u = new URL( WebserviceUtil.TREE_FAM_URL_BASE + "101004" + "/tree/newick" );
1429             final NHXParser parser = new NHXParser();
1430             parser.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
1431             parser.setReplaceUnderscores( false );
1432             parser.setGuessRootedness( true );
1433             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1434             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
1435             if ( ( phys == null ) || ( phys.length != 1 ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( phys[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() < 10 ) {
1439                 return false;
1440             }
1441         }
1442         catch ( final Exception e ) {
1443             e.printStackTrace();
1444         }
1445         return true;
1446     }
1447
1448     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1449         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1450         return p;
1451     }
1452
1453     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1454         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1455     }
1456
1457     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1458         try {
1459             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1460             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1473             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1477             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1481             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1482                 return false;
1483             }
1484         }
1485         catch ( final Exception e ) {
1486             e.printStackTrace();
1487             return false;
1488         }
1489         return true;
1490     }
1491
1492     private static boolean testBasicDomain() {
1493         try {
1494             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1495             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1508             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1509             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1510             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1511             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1512             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1522                 return false;
1523             }
1524             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542         }
1543         catch ( final Exception e ) {
1544             e.printStackTrace( System.out );
1545             return false;
1546         }
1547         return true;
1548     }
1549
1550     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1551         try {
1552             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1556             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1557                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1558             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1559                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1560             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1561                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1562             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( !n3.isExternal() ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !n3.isRoot() ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583         }
1584         catch ( final Exception e ) {
1585             e.printStackTrace( System.out );
1586             return false;
1587         }
1588         return true;
1589     }
1590
1591     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1592         try {
1593             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1594             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1595             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1596                                                               xml_parser );
1597             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1598                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1605             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1606             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1607             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1608             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t1.isRooted() ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t1.isRerootable() ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1642                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1646                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1647                 return false;
1648             }
1649             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1674                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1678                 return false;
1679             }
1680             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1687                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1691                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1695                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1699                     .equals( "experimental" ) ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1703                     .equals( "function" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1707                     .getValue() != 1 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1711                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1715                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1719                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1723                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1727                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1731                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1735                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1739                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1743                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1747                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1751                 return false;
1752             }
1753             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1754                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1761             if ( x.size() != 4 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             int c = 0;
1765             for( final Accession acc : x ) {
1766                 if ( c == 0 ) {
1767                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1768                         return false;
1769                     }
1770                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1771                         return false;
1772                     }
1773                 }
1774                 c++;
1775             }
1776         }
1777         catch ( final Exception e ) {
1778             e.printStackTrace( System.out );
1779             return false;
1780         }
1781         return true;
1782     }
1783
1784     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1785         try {
1786             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1787             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1788             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1789                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1790             }
1791             else {
1792                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1795                                                               xml_parser );
1796             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1797                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1804             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1805             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1809             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1822             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1823             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1824             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1837                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1841                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1845             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1846             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1847             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1848             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1852             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1868                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1878                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1882                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1886                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1890                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1894                     .equals( "experimental" ) ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1898                     .equals( "function" ) ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1902                     .getValue() != 1 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1906                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1910                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1914                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1918                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1922                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1926                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1930                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1934                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1938                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1942                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1946                 return false;
1947             }
1948             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1949                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1959                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1975                     .equals( "ncbi" ) ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1982                     .getName().equals( "B" ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1986                     .getFrom() != 21 ) {
1987                 return false;
1988             }
1989             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1993                     .getLength() != 24 ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1997                     .getConfidence() != 2144 ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
2001                     .equals( "pfam" ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
2017             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
2024                 return false;
2025             }
2026             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
2027                 return false;
2028             }
2029             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
2042                 return false;
2043             }
2044             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
2051                 return false;
2052             }
2053             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
2054                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
2055                 return false;
2056             }
2057             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
2061                 return false;
2062             }
2063             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
2073                 return false;
2074             }
2075             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             //
2079             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2083                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
2087                 return false;
2088             }
2089             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
2090                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
2091                 return false;
2092             }
2093             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
2100                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
2104                     .getCrossReferences();
2105             if ( x.size() != 4 ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             int c = 0;
2109             for( final Accession acc : x ) {
2110                 if ( c == 0 ) {
2111                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
2112                         return false;
2113                     }
2114                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
2115                         return false;
2116                     }
2117                 }
2118                 c++;
2119             }
2120         }
2121         catch ( final Exception e ) {
2122             e.printStackTrace( System.out );
2123             return false;
2124         }
2125         return true;
2126     }
2127
2128     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
2129         try {
2130             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2131             PhyloXmlParser xml_parser = null;
2132             try {
2133                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
2134             }
2135             catch ( final Exception e ) {
2136                 // Do nothing -- means were not running from jar.
2137             }
2138             if ( xml_parser == null ) {
2139                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
2140                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
2141                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
2142                 }
2143                 else {
2144                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
2145                 }
2146             }
2147             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
2148                                                               xml_parser );
2149             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2150                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2157             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
2158             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
2159             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
2160             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
2182             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
2183             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2184                 System.out.println( "errors:" );
2185                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
2192                                                               xml_parser );
2193             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2194                 System.out.println( "errors:" );
2195                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2205                                                               xml_parser );
2206             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2207                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2214             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2218                 return false;
2219             }
2220             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2227                                                               xml_parser );
2228             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2229                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2230                 return false;
2231             }
2232             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2236             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             s.getNode( "first" );
2240             s.getNode( "<>" );
2241             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2242             s.getNode( "'''\"" );
2243             s.getNode( "\"\"\"" );
2244             s.getNode( "dick & doof" );
2245         }
2246         catch ( final Exception e ) {
2247             e.printStackTrace( System.out );
2248             return false;
2249         }
2250         return true;
2251     }
2252
2253     private static boolean testBasicProtein() {
2254         try {
2255             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2256             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2257             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2258             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2259             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2260             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2261             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2262             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2263             p0.addProteinDomain( y );
2264             p0.addProteinDomain( e );
2265             p0.addProteinDomain( b );
2266             p0.addProteinDomain( c );
2267             p0.addProteinDomain( d );
2268             p0.addProteinDomain( a );
2269             p0.addProteinDomain( x );
2270             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             //
2277             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2278             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2279             aa0.addProteinDomain( a1 );
2280             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             //
2287             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2288             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2289             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2290             aa1.addProteinDomain( a11 );
2291             aa1.addProteinDomain( a12 );
2292             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2296                 return false;
2297             }
2298             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2299             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2309             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2322             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2332                 return false;
2333             }
2334             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2335             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             //
2348             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2349             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2350             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2351             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2352             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2353             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2354             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2355             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2356             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2357             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2358             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2359             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2360             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2361             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2362             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2363             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2364             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2365             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2366             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2367             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2368             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2369             p00.addProteinDomain( y0 );
2370             p00.addProteinDomain( e0 );
2371             p00.addProteinDomain( b0 );
2372             p00.addProteinDomain( c0 );
2373             p00.addProteinDomain( d0 );
2374             p00.addProteinDomain( a0 );
2375             p00.addProteinDomain( x0 );
2376             p00.addProteinDomain( y1 );
2377             p00.addProteinDomain( y2 );
2378             p00.addProteinDomain( y3 );
2379             p00.addProteinDomain( e1 );
2380             p00.addProteinDomain( e2 );
2381             p00.addProteinDomain( e3 );
2382             p00.addProteinDomain( e4 );
2383             p00.addProteinDomain( e5 );
2384             p00.addProteinDomain( z0 );
2385             p00.addProteinDomain( z1 );
2386             p00.addProteinDomain( z2 );
2387             p00.addProteinDomain( zz0 );
2388             p00.addProteinDomain( zz1 );
2389             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2405             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2406             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2407             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2408             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2409             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2410             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2411             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2412             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2413             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2414             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2415             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2416             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2417             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2418             p.addProteinDomain( B15 );
2419             p.addProteinDomain( C50 );
2420             p.addProteinDomain( A60 );
2421             p.addProteinDomain( A30 );
2422             p.addProteinDomain( C70 );
2423             p.addProteinDomain( B35 );
2424             p.addProteinDomain( B40 );
2425             p.addProteinDomain( A0 );
2426             p.addProteinDomain( A10 );
2427             p.addProteinDomain( A20 );
2428             p.addProteinDomain( B25 );
2429             p.addProteinDomain( D80 );
2430             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2431             domains_ids.add( "A" );
2432             domains_ids.add( "B" );
2433             domains_ids.add( "C" );
2434             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             domains_ids.add( "X" );
2441             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             domains_ids = new ArrayList<String>();
2448             domains_ids.add( "A" );
2449             domains_ids.add( "C" );
2450             domains_ids.add( "D" );
2451             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             domains_ids = new ArrayList<String>();
2458             domains_ids.add( "A" );
2459             domains_ids.add( "D" );
2460             domains_ids.add( "C" );
2461             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             domains_ids = new ArrayList<String>();
2468             domains_ids.add( "A" );
2469             domains_ids.add( "A" );
2470             domains_ids.add( "B" );
2471             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             domains_ids = new ArrayList<String>();
2478             domains_ids.add( "A" );
2479             domains_ids.add( "A" );
2480             domains_ids.add( "A" );
2481             domains_ids.add( "B" );
2482             domains_ids.add( "B" );
2483             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             domains_ids = new ArrayList<String>();
2490             domains_ids.add( "A" );
2491             domains_ids.add( "A" );
2492             domains_ids.add( "B" );
2493             domains_ids.add( "A" );
2494             domains_ids.add( "B" );
2495             domains_ids.add( "B" );
2496             domains_ids.add( "A" );
2497             domains_ids.add( "B" );
2498             domains_ids.add( "C" );
2499             domains_ids.add( "A" );
2500             domains_ids.add( "C" );
2501             domains_ids.add( "D" );
2502             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2506                 return false;
2507             }
2508         }
2509         catch ( final Exception e ) {
2510             e.printStackTrace( System.out );
2511             return false;
2512         }
2513         return true;
2514     }
2515
2516     private static boolean testBasicTable() {
2517         try {
2518             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2519             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2526             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2527             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2528             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2529             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2530             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2531             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2532             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2533             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2534                 return false;
2535             }
2536             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2564             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2565             source.append( "" + l );
2566             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2567             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2568             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2569             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2570             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2571             source.append( "40 41 42 43" + l );
2572             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2573             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2574             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2575             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2594             source1.append( "" + l );
2595             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2596             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2597             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2598             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2599             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2600             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2601             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2602             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2603             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2604             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2629             source2.append( "" + l );
2630             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2631             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2632             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2633             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2634             source2.append( "                     " + l );
2635             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2636             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2637             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2638             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2639             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2640                                                                         ';',
2641                                                                         false,
2642                                                                         false,
2643                                                                         "comment:",
2644                                                                         false );
2645             if ( tl.size() != 2 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2649             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2650             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668         }
2669         catch ( final Exception e ) {
2670             e.printStackTrace( System.out );
2671             return false;
2672         }
2673         return true;
2674     }
2675
2676     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2677         try {
2678             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2679             final TolParser parser = new TolParser();
2680             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2681             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2682                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2689             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !t1.isRooted() ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2708             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2709                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2716             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2717                 return false;
2718             }
2719             if ( !t2.isRooted() ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2726                 return false;
2727             }
2728             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2729                 return false;
2730             }
2731             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2738                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2742             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2743                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2750             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2751                 return false;
2752             }
2753             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2763             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2764                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2771             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2784             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2785                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2792             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804         }
2805         catch ( final Exception e ) {
2806             e.printStackTrace( System.out );
2807             return false;
2808         }
2809         return true;
2810     }
2811
2812     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2813         try {
2814             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2815             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2816             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( t2.isEmpty() ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2829             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2839             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2840             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2850             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2851             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2852                 return false;
2853             }
2854             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2858             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2859             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2863             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2864             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2868             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2869             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2876             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2877             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2878                 return false;
2879             }
2880             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2881             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2882             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2883                 return false;
2884             }
2885         }
2886         catch ( final Exception e ) {
2887             e.printStackTrace( System.out );
2888             return false;
2889         }
2890         return true;
2891     }
2892
2893     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2894         try {
2895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2896             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2897             final Phylogeny[] ev0 = factory
2898                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2899                              new NHXParser() );
2900             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2901             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2905                 return false;
2906             }
2907             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2908             final Phylogeny[] ev1 = factory
2909                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2910                              new NHXParser() );
2911             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2912             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2919             final Phylogeny[] ev_b = factory
2920                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2921                              new NHXParser() );
2922             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2923             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             //
2930             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2931             final Phylogeny[] ev1x = factory
2932                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2933                              new NHXParser() );
2934             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2935             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2942             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2943                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2944                              new NHXParser() );
2945             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2946             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             //
2953             final Phylogeny[] t2 = factory
2954                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2955                              new NHXParser() );
2956             final Phylogeny[] ev2 = factory
2957                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2958                              new NHXParser() );
2959             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2960                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2961             }
2962             //
2963             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2964                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2965             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2966             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2967             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2974                 return false;
2975             }
2976         }
2977         catch ( final Exception e ) {
2978             e.printStackTrace();
2979             return false;
2980         }
2981         return true;
2982     }
2983
2984     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2985         try {
2986             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2987                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2988             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2989             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992         }
2993         catch ( final Exception e ) {
2994             e.printStackTrace();
2995             return false;
2996         }
2997         return true;
2998     }
2999
3000     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
3001         try {
3002             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
3003             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
3010             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016         }
3017         catch ( final Exception e ) {
3018             e.printStackTrace();
3019             return false;
3020         }
3021         return true;
3022     }
3023
3024     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
3025         try {
3026             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
3027             n.setName( "tr|B3RJ64" );
3028             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
3032             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             n.setName( "NP_001025424" );
3036             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
3037                 return false;
3038             }
3039             n.setName( "_NM_001030253-" );
3040             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             n.setName( "XM_002122186" );
3044             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
3048             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3049                 return false;
3050             }
3051             n.setName( "AAA34956" );
3052             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             n.setName( "GI:394892" );
3056             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3057                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3058                 return false;
3059             }
3060             n.setName( "gi_394892" );
3061             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3062                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3063                 return false;
3064             }
3065             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
3066             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
3067                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3068                 return false;
3069             }
3070             n.setName( "P12345" );
3071             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3072                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3073                 return false;
3074             }
3075             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
3076             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
3077                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
3078                 return false;
3079             }
3080         }
3081         catch ( final Exception e ) {
3082             e.printStackTrace( System.out );
3083             return false;
3084         }
3085         return true;
3086     }
3087
3088     private static boolean testDataObjects() {
3089         try {
3090             final Confidence s0 = new Confidence();
3091             final Confidence s1 = new Confidence();
3092             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3096             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
3097             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
3104             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
3105                 return false;
3106             }
3107             s3.asSimpleText();
3108             s3.asText();
3109             // Taxonomy
3110             // ----------
3111             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
3112             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
3113             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
3114             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
3115             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
3116             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3117             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3118             t1.setScientificName( "E. coli" );
3119             t1.setCommonName( "coli" );
3120             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
3121             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
3125             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
3126             t2.setScientificName( "what" );
3127             t2.setCommonName( "something" );
3128             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
3132             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             t1.setIdentifier( null );
3136             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
3137             t3.setScientificName( "what" );
3138             t3.setCommonName( "something" );
3139             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             t1.setIdentifier( null );
3143             t1.setTaxonomyCode( "" );
3144             t4.setScientificName( "E. ColI" );
3145             t4.setCommonName( "something" );
3146             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
3150             t4.setCommonName( "something" );
3151             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             t1.setIdentifier( null );
3155             t1.setTaxonomyCode( "" );
3156             t1.setScientificName( "" );
3157             t5.setCommonName( "COLI" );
3158             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             t5.setCommonName( "vibrio" );
3162             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             // Identifier
3166             // ----------
3167             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3168             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3169             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             id1.asSimpleText();
3179             id1.asText();
3180             // ProteinDomain
3181             // ---------------
3182             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3183             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3184             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             pd1.asSimpleText();
3191             pd1.asText();
3192             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3193             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3194             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             pd3.asSimpleText();
3204             pd3.asText();
3205             // DomainArchitecture
3206             // ------------------
3207             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3208             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3209             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3210             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3211             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3212             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3213             domains0.add( d2 );
3214             domains0.add( d0 );
3215             domains0.add( d3 );
3216             domains0.add( d1 );
3217             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3218             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3222             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3232             domains1.add( d1 );
3233             domains1.add( d2 );
3234             domains1.add( d4 );
3235             domains1.add( d0 );
3236             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3237             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             ds1.asSimpleText();
3241             ds1.asText();
3242             ds1.toNHX();
3243             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3244             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3245                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3246                 return false;
3247             }
3248             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             // Event
3252             // -----
3253             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3254             if ( e1.isDuplication() ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             if ( !e1.isFusion() ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3267             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3274             if ( e2.isDuplication() ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3278                 return false;
3279             }
3280             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3293             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3297             if ( e3.isDuplication() ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             if ( e3.isSpeciation() ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3310             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3311             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             e3 = null;
3315             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3319             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3326             e4 = null;
3327             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3328             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3332                 return false;
3333             }
3334             final Event e5 = new Event();
3335             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3336                 return false;
3337             }
3338             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3345             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3346                 return false;
3347             }
3348             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3352             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3359             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365         }
3366         catch ( final Exception e ) {
3367             e.printStackTrace( System.out );
3368             return false;
3369         }
3370         return true;
3371     }
3372
3373     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3374         try {
3375             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3376             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3378             if ( t0.isEmpty() ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3385             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3386                 return false;
3387             }
3388             if ( !t0.isEmpty() ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3396             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3407             if ( !t1.isEmpty() ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3415             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             t2.toNewHampshireX();
3419             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3420             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3424             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3428             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3432             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3436             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             n = t3.getNode( "A" );
3440             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             n = n.getNextExternalNode();
3444             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3448             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             n = t3.getNode( "C" );
3452             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3456             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3460             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3464             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3468             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3472             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3473                 return false;
3474             }
3475             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3476             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3480             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             n = t4.getNode( "A" );
3484             n = n.getNextExternalNode();
3485             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             n = n.getNextExternalNode();
3489             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3493             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3497             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3498             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3499                 return false;
3500             }
3501             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3502             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3503                 return false;
3504             }
3505             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3506             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3507             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3508                 return false;
3509             }
3510             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3511             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3512                 return false;
3513             }
3514             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3515             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3516             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3520             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3524             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3525             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3529             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3533             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3534             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3538             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3542             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3543             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3547             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3551             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3552             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3556             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3560             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3564             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3568             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3569             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3573             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3577             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3581             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3585             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3589             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3593             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3597             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3601             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3605             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3609             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3613             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3617             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3621             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3625             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3626             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3630             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3634             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3635             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3639             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3643             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3644             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3648             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3649                 return false;
3650             }
3651             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3652             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3656             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3660             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3664             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3665                 return false;
3666             }
3667         }
3668         catch ( final Exception e ) {
3669             e.printStackTrace( System.out );
3670             return false;
3671         }
3672         return true;
3673     }
3674
3675     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3676         try {
3677             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3678             dss1.addValue( 82 );
3679             dss1.addValue( 78 );
3680             dss1.addValue( 70 );
3681             dss1.addValue( 58 );
3682             dss1.addValue( 42 );
3683             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3684                 return false;
3685             }
3686             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3690                 return false;
3691             }
3692             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3708                 return false;
3709             }
3710             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3711                 return false;
3712             }
3713             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3714                 return false;
3715             }
3716             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719             dss1.addValue( 123 );
3720             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3730             dss2.addValue( -1.85 );
3731             dss2.addValue( 57.5 );
3732             dss2.addValue( 92.78 );
3733             dss2.addValue( 57.78 );
3734             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3741             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             dss2.addValue( -100 );
3745             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final double[] ds = new double[ 14 ];
3752             ds[ 0 ] = 34;
3753             ds[ 1 ] = 23;
3754             ds[ 2 ] = 1;
3755             ds[ 3 ] = 32;
3756             ds[ 4 ] = 11;
3757             ds[ 5 ] = 2;
3758             ds[ 6 ] = 12;
3759             ds[ 7 ] = 33;
3760             ds[ 8 ] = 13;
3761             ds[ 9 ] = 22;
3762             ds[ 10 ] = 21;
3763             ds[ 11 ] = 35;
3764             ds[ 12 ] = 24;
3765             ds[ 13 ] = 31;
3766             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3767             if ( bins.length != 4 ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3783             ds1[ 0 ] = 10.0;
3784             ds1[ 1 ] = 19.0;
3785             ds1[ 2 ] = 9.999;
3786             ds1[ 3 ] = 0.0;
3787             ds1[ 4 ] = 39.9;
3788             ds1[ 5 ] = 39.999;
3789             ds1[ 6 ] = 30.0;
3790             ds1[ 7 ] = 19.999;
3791             ds1[ 8 ] = 30.1;
3792             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3793             if ( bins1.length != 4 ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3809             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3816                 return false;
3817             }
3818             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3822             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3835             dss3.addValue( 1 );
3836             dss3.addValue( 1 );
3837             dss3.addValue( 1 );
3838             dss3.addValue( 2 );
3839             dss3.addValue( 3 );
3840             dss3.addValue( 4 );
3841             dss3.addValue( 5 );
3842             dss3.addValue( 5 );
3843             dss3.addValue( 5 );
3844             dss3.addValue( 6 );
3845             dss3.addValue( 7 );
3846             dss3.addValue( 8 );
3847             dss3.addValue( 9 );
3848             dss3.addValue( 10 );
3849             dss3.addValue( 10 );
3850             dss3.addValue( 10 );
3851             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3852             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3853             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3854         }
3855         catch ( final Exception e ) {
3856             e.printStackTrace( System.out );
3857             return false;
3858         }
3859         return true;
3860     }
3861
3862     private static boolean testDir( final String file ) {
3863         try {
3864             final File f = new File( file );
3865             if ( !f.exists() ) {
3866                 return false;
3867             }
3868             if ( !f.isDirectory() ) {
3869                 return false;
3870             }
3871             if ( !f.canRead() ) {
3872                 return false;
3873             }
3874         }
3875         catch ( final Exception e ) {
3876             return false;
3877         }
3878         return true;
3879     }
3880
3881     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
3882         try {
3883             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
3884             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
3885                 System.out.println( entry.getAccession() );
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
3889                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !entry.getSequenceName()
3893                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
3894                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
3895                 return false;
3896             }
3897             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
3898             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
3899             //     return false;
3900             // }
3901             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
3902                 System.out.println( entry.getGeneName() );
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
3906                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
3910                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
3914                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             //
3921             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
3922             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
3926                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
3930                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
3934                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
3938                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             //
3945             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
3946             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
3950                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !entry2.getSequenceName()
3954                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
3955                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
3959                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
3963                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             //
3970             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
3971             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
3975                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
3979                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
3983                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
3987                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             //
3997             //
3998             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
3999             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
4003                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
4007                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
4011                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
4015                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
4016                 return false;
4017             }
4018             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
4019             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
4020             //     return false;
4021             // }
4022             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
4023             //     System.out.println( entry4.getMap() );
4024             //     return false;
4025             // }
4026             //TODO FIXME gi...
4027             //
4028             //TODO fails:
4029             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
4030             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
4031             //                return false;
4032             //            }
4033             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
4034             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
4038                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
4042                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
4046                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
4047                 return false;
4048             }
4049         }
4050         catch ( final IOException e ) {
4051             System.out.println();
4052             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
4053             e.printStackTrace( System.out );
4054             return true;
4055         }
4056         catch ( final Exception e ) {
4057             e.printStackTrace();
4058             return false;
4059         }
4060         return true;
4061     }
4062
4063     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
4064         try {
4065             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4066             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4067             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
4068             n = n.getNextExternalNode();
4069             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             n = n.getNextExternalNode();
4073             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             n = n.getNextExternalNode();
4077             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4078                 return false;
4079             }
4080             n = t1.getNode( "B" );
4081             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4082                 n = n.getNextExternalNode();
4083             }
4084             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
4085             n = t2.getNode( "A" );
4086             n = n.getNextExternalNode();
4087             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n = n.getNextExternalNode();
4091             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n = n.getNextExternalNode();
4095             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n = t2.getNode( "B" );
4099             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4100                 n = n.getNextExternalNode();
4101             }
4102             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4103             n = t3.getNode( "A" );
4104             n = n.getNextExternalNode();
4105             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             n = n.getNextExternalNode();
4109             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             n = n.getNextExternalNode();
4113             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             n = n.getNextExternalNode();
4117             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             n = n.getNextExternalNode();
4121             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             n = n.getNextExternalNode();
4125             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             n = n.getNextExternalNode();
4129             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             n = t3.getNode( "B" );
4133             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
4134                 n = n.getNextExternalNode();
4135             }
4136             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
4137             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4138                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4139             }
4140             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4141             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
4142                 final PhylogenyNode node = iter.next();
4143             }
4144             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
4145             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
4146             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
4150                 return false;
4151             }
4152             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
4153                 return false;
4154             }
4155             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( iter.hasNext() ) {
4165                 return false;
4166             }
4167         }
4168         catch ( final Exception e ) {
4169             e.printStackTrace( System.out );
4170             return false;
4171         }
4172         return true;
4173     }
4174
4175     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
4176         try {
4177             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
4181                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
4185                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
4192                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus" )
4199                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_musculus_bcl2" )
4203                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Mus_musculus_123" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Pilostyles mexicana Mexico Breedlove 27233" ).equals( "Pilostyles mexicana" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_strain_K12/DH10B" )
4213                     .equals( "Escherichia coli strain K12/DH10B" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia_coli_str_K12/DH10B" )
4217                     .equals( "Escherichia coli str K12/DH10B" ) ) {
4218                 return false;
4219             }
4220             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli str. K12/DH10B" )
4221                     .equals( "Escherichia coli str. K12/DH10B" ) ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis_lyrata_subsp_lyrata" )
4225                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" )
4229                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata 395" )
4233                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata bcl2" )
4237                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp. lyrata" ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata bcl2" )
4241                     .equals( "Arabidopsis lyrata subsp lyrata" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata bcl2" )
4245                     .equals( "Arabidopsis lyrata subspecies lyrata" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum bcl2" )
4249                     .equals( "Verbascum sinuatum var. adenosepalum" ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12)" )
4253                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (strain K12) bcl2" )
4257                     .equals( "Escherichia coli (strain K12)" ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12)" )
4261                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4262                 return false;
4263             }
4264             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Escherichia coli (str. K12) bcl2" )
4265                     .equals( "Escherichia coli (str. K12)" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp." )
4269                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4270
4271                  return false;
4272             }
4273             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp. 123" )
4274                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4275
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "Macrocera sp. K12" )
4279                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4280
4281
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "something Macrocera sp. K12" )
4285                     .equals( "Macrocera sp." ) ) {
4286
4287
4288                 return false;
4289             }
4290         }
4291         catch ( final Exception e ) {
4292             e.printStackTrace( System.out );
4293             return false;
4294         }
4295         return true;
4296     }
4297
4298     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
4299         try {
4300             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4304                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4308                     .equals( "ARATH" ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4312                     .equals( "ARATH" ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4325                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4329                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4333                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4337                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4341                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4345                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4349                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4353                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4360                     .equals( "SOYBN" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
4364                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
4368                     .equals( "9YX45" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
4372                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4373                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
4377                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4378                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
4382                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4383                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
4387                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
4391                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4395                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4399                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4403                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4407                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4411                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4415                     .equals( "RAT" ) ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4419                     .equals( "PIG" ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             if ( !ParserUtils
4423                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4424                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4428                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4432                 return false;
4433             }
4434         }
4435         catch ( final Exception e ) {
4436             e.printStackTrace( System.out );
4437             return false;
4438         }
4439         return true;
4440     }
4441
4442     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4443         try {
4444             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4445             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4446             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4450             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4454             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4458             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4462             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4463                 return false;
4464             }
4465             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4466             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4470             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4474             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4478             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4482             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4486             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4490             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             n.setName( "B3RJ64" );
4494             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4498             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4502             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             n.setName( "sp B3RJ64" );
4506             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4510             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4511                 return false;
4512             }
4513             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4514             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4518             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4522             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4526             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4530             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4534             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4538             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4542             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4546             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4550             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4554             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4558             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             n = new PhylogenyNode();
4562             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4563             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4564             n.getNodeData().addSequence( seq );
4565             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4569             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             n = new PhylogenyNode();
4573             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4574             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4575             n.getNodeData().addSequence( seq );
4576             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4580             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             n = new PhylogenyNode();
4584             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4585             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4586             n.getNodeData().addSequence( seq );
4587             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             n = new PhylogenyNode();
4591             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4592             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4593             n.getNodeData().addSequence( seq );
4594             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             //
4598             n = new PhylogenyNode();
4599             n.setName( "ACP19736" );
4600             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             n = new PhylogenyNode();
4604             n.setName( "|ACP19736|" );
4605             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608         }
4609         catch ( final Exception e ) {
4610             e.printStackTrace( System.out );
4611             return false;
4612         }
4613         return true;
4614     }
4615
4616     private static boolean testFastaParser() {
4617         try {
4618             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4625             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4632                 return false;
4633             }
4634             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643         }
4644         catch ( final Exception e ) {
4645             e.printStackTrace();
4646             return false;
4647         }
4648         return true;
4649     }
4650
4651     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
4652         //The format for GenBank Accession numbers are:
4653         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
4654         //Protein:    3 letters + 5 numerals
4655         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
4656         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
4657             return false;
4658         }
4659         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
4660             return false;
4661         }
4662         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
4663             return false;
4664         }
4665         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
4666             return false;
4667         }
4668         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
4669             return false;
4670         }
4671         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
4672             return false;
4673         }
4674         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
4675             return false;
4676         }
4677         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
4678             return false;
4679         }
4680         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
4681             return false;
4682         }
4683         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
4684             return false;
4685         }
4686         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
4687             return false;
4688         }
4689         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4690             return false;
4691         }
4692         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
4693             return false;
4694         }
4695         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
4696             return false;
4697         }
4698         return true;
4699     }
4700
4701     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4702         try {
4703             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4704             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4705             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4706             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4707             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4708             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4709             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4710             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4711             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4748             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4758             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4762                 return false;
4763             }
4764             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4768             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777         }
4778         catch ( final Exception e ) {
4779             e.printStackTrace();
4780             return false;
4781         }
4782         return true;
4783     }
4784
4785     private static boolean testGeneralTable() {
4786         try {
4787             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4788             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4789             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4790             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4791             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4792             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4793             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4794             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4795             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4796             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4797                 return false;
4798             }
4799             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4824             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4825             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4826             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4827             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4828             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4829             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4830             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4831             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4832             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4833             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4861                 return false;
4862             }
4863         }
4864         catch ( final Exception e ) {
4865             e.printStackTrace( System.out );
4866             return false;
4867         }
4868         return true;
4869     }
4870
4871     private static boolean testGetDistance() {
4872         try {
4873             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4874             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4875                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4876             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4880                 return false;
4881             }
4882             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4904                 return false;
4905             }
4906             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4970                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4971             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
5002                 return false;
5003             }
5004         }
5005         catch ( final Exception e ) {
5006             e.printStackTrace( System.out );
5007             return false;
5008         }
5009         return true;
5010     }
5011
5012     private static boolean testGetLCA() {
5013         try {
5014             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5015             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5016                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5017             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
5018             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
5022             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
5026             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
5030             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
5034             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
5038             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
5042             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
5046             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
5050             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
5054             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
5058             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
5062             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
5066             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
5070             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
5074             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
5078             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5082             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
5086             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
5090             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
5094             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
5098             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
5102             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
5106             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5110             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
5111             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
5115             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
5119             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
5123             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
5127             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
5131             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
5135             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
5139             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             final Phylogeny p3 = factory
5143                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5144                              new NHXParser() )[ 0 ];
5145             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
5146             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
5150             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
5154             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
5158             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
5162             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
5169             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5170                 return false;
5171             }
5172             if ( !al_3.isRoot() ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
5176             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
5183             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
5190             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5194             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
5195             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5199             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
5200             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5204             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
5205             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5209             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
5210             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213         }
5214         catch ( final Exception e ) {
5215             e.printStackTrace( System.out );
5216             return false;
5217         }
5218         return true;
5219     }
5220
5221     private static boolean testGetLCA2() {
5222         try {
5223             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5224             // final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
5225             final Phylogeny p_a = NHXParser.parse( "(a)" )[ 0 ];
5226             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
5227             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
5228                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
5229             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             final Phylogeny p_b = NHXParser.parse( "((a)b)" )[ 0 ];
5233             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
5234             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
5235                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
5236             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
5240                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
5241             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
5245             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
5246             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
5247                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5248             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5252                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
5253             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
5254                 System.out.println( p_c_2.getName() );
5255                 System.exit( -1 );
5256                 return false;
5257             }
5258             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
5259                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
5260             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
5264                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
5265             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
5269                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5270             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
5271             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5272                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
5273             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
5277                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
5278             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5282                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
5283             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5287                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5288             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5292                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
5293             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
5297                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
5298             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
5302                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
5303             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5307                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
5308             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5312                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
5313             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
5317                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
5318             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5322                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
5323             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5327                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
5328             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5332                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
5333             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
5337                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
5338             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5342                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
5343             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5347                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
5348             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
5352                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
5353             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
5357                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
5358             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
5362                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
5363             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
5367                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
5368             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
5372                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
5373             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
5377                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
5378             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
5382                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
5383             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5387             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
5388             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5389                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
5390             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5394                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
5395             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5399                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
5400             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
5404                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
5405             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5409                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
5410             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
5414                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
5415             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
5419                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
5420             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
5424                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
5425             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             final Phylogeny p3 = factory
5429                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
5430                              new NHXParser() )[ 0 ];
5431             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
5432             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
5433                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5434             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5438                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
5439             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5443                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
5444             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5448                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5449             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5453                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5454             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5461                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5462             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( !al_3.isRoot() ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5469                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5470             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5477                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5478             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5485                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5486             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5490             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5491             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5492                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5493             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5497             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5498             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5499                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5500             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5504             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5505             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5506                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5507             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5508                 return false;
5509             }
5510             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5511             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5512             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5513                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5514             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5518                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5519             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5523                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5524             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5528                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5529             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5533                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5534             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5538                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5539             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542         }
5543         catch ( final Exception e ) {
5544             e.printStackTrace( System.out );
5545             return false;
5546         }
5547         return true;
5548     }
5549
5550     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5551         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5552         try {
5553             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5554                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5555             parser1.parse();
5556             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5557                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5558             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5559             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( proteins.size() != 4 ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5578             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5579                 return false;
5580             }
5581             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5585             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5592             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5596             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5618                 return false;
5619             }
5620         }
5621         catch ( final Exception e ) {
5622             e.printStackTrace( System.out );
5623             return false;
5624         }
5625         return true;
5626     }
5627
5628     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5629         try {
5630             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5631             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5632             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5633             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5634             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5638             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5642             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5646             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5647                 return false;
5648             }
5649         }
5650         catch ( final Exception e ) {
5651             e.printStackTrace( System.out );
5652             return false;
5653         }
5654         return true;
5655     }
5656
5657     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5658         try {
5659             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5660             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5661             PhylogenyNodeIterator it0;
5662             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5663                 it0.next();
5664             }
5665             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5666                 it0.next();
5667             }
5668             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5669             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5682                 return false;
5683             }
5684             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5685                 return false;
5686             }
5687             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5688                 return false;
5689             }
5690             if ( it.hasNext() ) {
5691                 return false;
5692             }
5693             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5694                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5695             PhylogenyNodeIterator it2;
5696             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5697                 it2.next();
5698             }
5699             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5700                 it2.next();
5701             }
5702             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5703             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5704                 return false;
5705             }
5706             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( it3.hasNext() ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5782             PhylogenyNodeIterator it4;
5783             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5784                 it4.next();
5785             }
5786             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5787                 it4.next();
5788             }
5789             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5790             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5806             PhylogenyNodeIterator it6;
5807             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5808                 it6.next();
5809             }
5810             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5811                 it6.next();
5812             }
5813             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5814             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( it.hasNext() ) {
5818                 return false;
5819             }
5820         }
5821         catch ( final Exception e ) {
5822             e.printStackTrace( System.out );
5823             return false;
5824         }
5825         return true;
5826     }
5827
5828     private static boolean testMafft( final String path ) {
5829         try {
5830             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5831             opts.add( "--maxiterate" );
5832             opts.add( "1000" );
5833             opts.add( "--localpair" );
5834             opts.add( "--quiet" );
5835             Msa msa = null;
5836             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5837             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5838             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5842                 return false;
5843             }
5844         }
5845         catch ( final Exception e ) {
5846             e.printStackTrace( System.out );
5847             return false;
5848         }
5849         return true;
5850     }
5851
5852     private static boolean testMidpointrooting() {
5853         try {
5854             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5855             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5856             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5857             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5858                 return false;
5859             }
5860             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5864                            1 ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5868                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5869             if ( !t1.isRooted() ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5873             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5892             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5893             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5906                 System.exit( -1 );
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912         }
5913         catch ( final Exception e ) {
5914             e.printStackTrace( System.out );
5915             return false;
5916         }
5917         return true;
5918     }
5919
5920     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5921         try {
5922             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJJE-" );
5923             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJJBB" );
5924             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJJ--" );
5925             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ---" );
5926             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5927             l.add( s0 );
5928             l.add( s1 );
5929             l.add( s2 );
5930             l.add( s3 );
5931             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5932             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 10 ) ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 11 ) ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 12 ) ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953         }
5954         catch ( final Exception e ) {
5955             e.printStackTrace( System.out );
5956             return false;
5957         }
5958         return true;
5959     }
5960
5961     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5962         try {
5963             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5964             PhylogenyNode n;
5965             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5966             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5967             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5968             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5969             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5970             n = t0.getFirstExternalNode();
5971             while ( n != null ) {
5972                 ext.add( n );
5973                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5974             }
5975             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             ext.clear();
5994             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5995             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5996             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5997             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5998             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5999             n = t1.getNode( "ab" );
6000             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6001             while ( n != null ) {
6002                 ext.add( n );
6003                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6004             }
6005             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             //
6021             //
6022             ext.clear();
6023             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6024             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
6025             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6026             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6027             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6028             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6029             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6030             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6031             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6032             n = t2.getNode( "ab" );
6033             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6034             while ( n != null ) {
6035                 ext.add( n );
6036                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6037             }
6038             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             //
6051             //
6052             ext.clear();
6053             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6054             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
6055             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6056             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6057             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6058             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6059             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6060             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6061             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6062             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6063             n = t3.getNode( "ab" );
6064             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
6065             while ( n != null ) {
6066                 ext.add( n );
6067                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6068             }
6069             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             //
6079             //
6080             ext.clear();
6081             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6082             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
6083             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6084             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6085             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6086             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6087             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6088             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
6089             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6090             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6091             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
6092             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
6093             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             //
6097             //
6098             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6099             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
6100             ext.clear();
6101             n = t5.getFirstExternalNode();
6102             while ( n != null ) {
6103                 ext.add( n );
6104                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6105             }
6106             if ( ext.size() != 8 ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6116                 return false;
6117             }
6118             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             //
6134             //
6135             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6136             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
6137             ext.clear();
6138             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6139             n = t6.getNode( "ab" );
6140             while ( n != null ) {
6141                 ext.add( n );
6142                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6143             }
6144             if ( ext.size() != 7 ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             //
6169             //
6170             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6171             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
6172             ext.clear();
6173             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6174             n = t7.getNode( "a" );
6175             while ( n != null ) {
6176                 ext.add( n );
6177                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6178             }
6179             if ( ext.size() != 7 ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             //
6204             //
6205             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6206             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
6207             ext.clear();
6208             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6209             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
6210             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6211             n = t8.getNode( "a" );
6212             while ( n != null ) {
6213                 ext.add( n );
6214                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6215             }
6216             if ( ext.size() != 7 ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
6226                 System.out.println( "2 fail" );
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             //
6242             //
6243             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6244             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
6245             ext.clear();
6246             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6247             n = t9.getNode( "a" );
6248             while ( n != null ) {
6249                 ext.add( n );
6250                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6251             }
6252             if ( ext.size() != 7 ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             //
6277             //
6278             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6279             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
6280             ext.clear();
6281             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6282             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6283             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6284             n = t10.getNode( "a" );
6285             while ( n != null ) {
6286                 ext.add( n );
6287                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6288             }
6289             if ( ext.size() != 7 ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             //
6314             //
6315             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6316             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
6317             ext.clear();
6318             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6319             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6320             n = t11.getNode( "a" );
6321             while ( n != null ) {
6322                 ext.add( n );
6323                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6324             }
6325             if ( ext.size() != 6 ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             //
6347             //
6348             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6349             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
6350             ext.clear();
6351             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6352             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6353             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
6354             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
6355             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
6356             n = t12.getNode( "a" );
6357             while ( n != null ) {
6358                 ext.add( n );
6359                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6360             }
6361             if ( ext.size() != 6 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             //
6383             //
6384             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6385             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
6386             ext.clear();
6387             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6388             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
6389             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6390             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6391             n = t13.getNode( "ab" );
6392             while ( n != null ) {
6393                 ext.add( n );
6394                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6395             }
6396             if ( ext.size() != 5 ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6412                 return false;
6413             }
6414             //
6415             //
6416             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6417             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
6418             ext.clear();
6419             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6420             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6421             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6422             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6423             n = t14.getNode( "ab" );
6424             while ( n != null ) {
6425                 ext.add( n );
6426                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6427             }
6428             if ( ext.size() != 5 ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             //
6447             //
6448             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6449             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
6450             ext.clear();
6451             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6452             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6453             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6454             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6455             n = t15.getNode( "ab" );
6456             while ( n != null ) {
6457                 ext.add( n );
6458                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6459             }
6460             if ( ext.size() != 6 ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             //
6482             //
6483             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6484             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6485             ext.clear();
6486             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6487             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6488             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6489             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6490             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6491             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6492             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6493             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6494             n = t16.getNode( "ab" );
6495             while ( n != null ) {
6496                 ext.add( n );
6497                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6498             }
6499             if ( ext.size() != 4 ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6506                 return false;
6507             }
6508             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6512                 return false;
6513             }
6514         }
6515         catch ( final Exception e ) {
6516             e.printStackTrace( System.out );
6517             return false;
6518         }
6519         return true;
6520     }
6521
6522     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6523         try {
6524             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6525             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6526             parser.parse();
6527             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6528             if ( labels.length != 7 ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6553             parser.parse();
6554             labels = parser.getCharStateLabels();
6555             if ( labels.length != 7 ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6577                 return false;
6578             }
6579         }
6580         catch ( final Exception e ) {
6581             e.printStackTrace( System.out );
6582             return false;
6583         }
6584         return true;
6585     }
6586
6587     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6588         try {
6589             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6590             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6591             parser.parse();
6592             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6593             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             //            if ( labels.length != 7 ) {
6621             //                return false;
6622             //            }
6623             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6624             //                return false;
6625             //            }
6626             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6627             //                return false;
6628             //            }
6629             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6630             //                return false;
6631             //            }
6632             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6633             //                return false;
6634             //            }
6635             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6636             //                return false;
6637             //            }
6638             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6639             //                return false;
6640             //            }
6641             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6642             //                return false;
6643             //            }
6644             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6645             //            parser.parse();
6646             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6647             //            if ( labels.length != 7 ) {
6648             //                return false;
6649             //            }
6650             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6651             //                return false;
6652             //            }
6653             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6654             //                return false;
6655             //            }
6656             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6657             //                return false;
6658             //            }
6659             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6660             //                return false;
6661             //            }
6662             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6663             //                return false;
6664             //            }
6665             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6666             //                return false;
6667             //            }
6668             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6669             //                return false;
6670             //            }
6671         }
6672         catch ( final Exception e ) {
6673             e.printStackTrace( System.out );
6674             return false;
6675         }
6676         return true;
6677     }
6678
6679     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6680         try {
6681             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6682             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6683             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6684             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6685                 return false;
6686             }
6687             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             phylogenies = null;
6694             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6695             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             phylogenies = null;
6705             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6706             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6710                 return false;
6711             }
6712             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             phylogenies = null;
6719             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6720             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6721                 return false;
6722             }
6723             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6724                 return false;
6725             }
6726             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6727                 return false;
6728             }
6729             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6748                 return false;
6749             }
6750             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6772                 return false;
6773             }
6774             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6814                 return false;
6815             }
6816             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
6844             phylogenies = null;
6845             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex", p2 );
6846             if ( phylogenies.length != 9 ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_spinosula" )
6850                     .getDistanceToParent() ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phylogenies[ 0 ].getNode( "Diadocidia_stanfordensis" )
6854                     .getDistanceToParent() ) ) {
6855                 return false;
6856             }
6857             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae MLT (Imported_tree_0)" ) ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Family Diadocidiidae BAT (con_50_majrule)" ) ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 7 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( !isEqual( 0.065284, phylogenies[ 8 ].getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
6870                 return false;
6871             }
6872         }
6873         catch ( final Exception e ) {
6874             e.printStackTrace( System.out );
6875             return false;
6876         }
6877         return true;
6878     }
6879
6880     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6881         try {
6882             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6883             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6884             if ( !p.hasNext() ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             Phylogeny phy = p.next();
6888             if ( phy == null ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( p.hasNext() ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             phy = p.next();
6901             if ( phy != null ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             //
6905             p.reset();
6906             if ( !p.hasNext() ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             phy = p.next();
6910             if ( phy == null ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             if ( p.hasNext() ) {
6920                 return false;
6921             }
6922             phy = p.next();
6923             if ( phy != null ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             ////
6927             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6928             if ( !p.hasNext() ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             phy = p.next();
6932             if ( phy == null ) {
6933                 return false;
6934             }
6935             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             if ( p.hasNext() ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             phy = p.next();
6945             if ( phy != null ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             //
6949             p.reset();
6950             if ( !p.hasNext() ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             phy = p.next();
6954             if ( phy == null ) {
6955                 return false;
6956             }
6957             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6958                 return false;
6959             }
6960             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( p.hasNext() ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             phy = p.next();
6967             if ( phy != null ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //
6971             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6972             if ( !p.hasNext() ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             phy = p.next();
6976             if ( phy == null ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6983                 return false;
6984             }
6985             if ( phy.isRooted() ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             if ( p.hasNext() ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             phy = p.next();
6992             if ( phy != null ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             //
6996             p.reset();
6997             if ( !p.hasNext() ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             phy = p.next();
7001             if ( phy == null ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( p.hasNext() ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             phy = p.next();
7014             if ( phy != null ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             //
7018             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
7019             if ( !p.hasNext() ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             //0
7023             phy = p.next();
7024             if ( phy == null ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             //1
7034             if ( !p.hasNext() ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             phy = p.next();
7038             if ( phy == null ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7045                 return false;
7046             }
7047             //2
7048             if ( !p.hasNext() ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             phy = p.next();
7052             if ( phy == null ) {
7053                 return false;
7054             }
7055             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7056                 System.out.println( phy.toString() );
7057                 return false;
7058             }
7059             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             if ( phy.isRooted() ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             //3
7066             if ( !p.hasNext() ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             phy = p.next();
7070             if ( phy == null ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !phy.isRooted() ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             //4
7083             if ( !p.hasNext() ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             phy = p.next();
7087             if ( phy == null ) {
7088                 return false;
7089             }
7090             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7091                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7092                 return false;
7093             }
7094             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             if ( !phy.isRooted() ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             //5
7101             if ( !p.hasNext() ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             phy = p.next();
7105             if ( phy == null ) {
7106                 return false;
7107             }
7108             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( phy.isRooted() ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             //6
7118             if ( !p.hasNext() ) {
7119                 return false;
7120             }
7121             phy = p.next();
7122             if ( phy == null ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7126                 return false;
7127             }
7128             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             if ( !phy.isRooted() ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             //7
7135             if ( !p.hasNext() ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             phy = p.next();
7139             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7143                 return false;
7144             }
7145             if ( !phy.isRooted() ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             //8
7149             if ( !p.hasNext() ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             phy = p.next();
7153             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7154                 return false;
7155             }
7156             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //9
7163             if ( !p.hasNext() ) {
7164                 return false;
7165             }
7166             phy = p.next();
7167             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             //10
7177             if ( !p.hasNext() ) {
7178                 return false;
7179             }
7180             phy = p.next();
7181             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !phy.isRooted() ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             //11
7194             if ( !p.hasNext() ) {
7195                 return false;
7196             }
7197             phy = p.next();
7198             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
7202                 return false;
7203             }
7204             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             if ( phy.isRooted() ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             //12
7211             if ( !p.hasNext() ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             phy = p.next();
7215             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             if ( !phy.isRooted() ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             //13
7228             if ( !p.hasNext() ) {
7229                 return false;
7230             }
7231             phy = p.next();
7232             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
7236                 return false;
7237             }
7238             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             if ( !phy.isRooted() ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             //14
7245             if ( !p.hasNext() ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             phy = p.next();
7249             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7250                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7251                 return false;
7252             }
7253             if ( !phy
7254                     .toNewHampshire()
7255                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7256                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7257                 return false;
7258             }
7259             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             if ( !phy.isRooted() ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             //15
7266             if ( !p.hasNext() ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             phy = p.next();
7270             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7271                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7272                 return false;
7273             }
7274             if ( !phy
7275                     .toNewHampshire()
7276                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7277                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7278                 return false;
7279             }
7280             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             if ( phy.isRooted() ) {
7284                 return false;
7285             }
7286             //16
7287             if ( !p.hasNext() ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             phy = p.next();
7291             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7292                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7293                 return false;
7294             }
7295             if ( !phy
7296                     .toNewHampshire()
7297                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7298                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( !phy.isRooted() ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             //17
7308             if ( !p.hasNext() ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             phy = p.next();
7312             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7313                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( !phy
7317                     .toNewHampshire()
7318                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
7319                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
7320                 return false;
7321             }
7322             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
7323                 return false;
7324             }
7325             if ( phy.isRooted() ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             //
7329             if ( p.hasNext() ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             phy = p.next();
7333             if ( phy != null ) {
7334                 return false;
7335             }
7336             p.reset();
7337             //0
7338             if ( !p.hasNext() ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             phy = p.next();
7342             if ( phy == null ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             //1
7352             if ( !p.hasNext() ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             phy = p.next();
7356             if ( phy == null ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             //2
7366             if ( !p.hasNext() ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             phy = p.next();
7370             if ( phy == null ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             if ( phy.isRooted() ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             //3
7383             if ( !p.hasNext() ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             phy = p.next();
7387             if ( phy == null ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( !phy.isRooted() ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             //4
7400             if ( !p.hasNext() ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             phy = p.next();
7404             if ( phy == null ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7408                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
7409                 return false;
7410             }
7411             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7412                 return false;
7413             }
7414             if ( !phy.isRooted() ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             //5
7418             if ( !p.hasNext() ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             phy = p.next();
7422             if ( phy == null ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             if ( phy.isRooted() ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             //
7435             final NexusPhylogeniesParser p2 = new NexusPhylogeniesParser();
7436             p2.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S15613.nex" );
7437             // 0
7438             if ( !p2.hasNext() ) {
7439                 return false;
7440             }
7441             phy = p2.next();
7442             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             // 1
7449             if ( !p2.hasNext() ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             phy = p2.next();
7453             // 2
7454             if ( !p2.hasNext() ) {
7455                 return false;
7456             }
7457             phy = p2.next();
7458             // 3
7459             if ( !p2.hasNext() ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             phy = p2.next();
7463             // 4
7464             if ( !p2.hasNext() ) {
7465                 return false;
7466             }
7467             phy = p2.next();
7468             // 5
7469             if ( !p2.hasNext() ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             phy = p2.next();
7473             // 6
7474             if ( !p2.hasNext() ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             phy = p2.next();
7478             // 7
7479             if ( !p2.hasNext() ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             phy = p2.next();
7483             // 8
7484             if ( !p2.hasNext() ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             phy = p2.next();
7488             if ( !isEqual( 0.065284, phy.getNode( "Bradysia_amoena" ).getDistanceToParent() ) ) {
7489                 return false;
7490             }
7491             if ( p2.hasNext() ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             phy = p2.next();
7495             if ( phy != null ) {
7496                 return false;
7497             }
7498             // 0
7499             p2.reset();
7500             if ( !p2.hasNext() ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             phy = p2.next();
7504             if ( !isEqual( 0.48039661496919533, phy.getNode( "Diadocidia_spinosula" ).getDistanceToParent() ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !isEqual( 0.3959796191512233, phy.getNode( "Diadocidia_stanfordensis" ).getDistanceToParent() ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510         }
7511         catch ( final Exception e ) {
7512             e.printStackTrace( System.out );
7513             return false;
7514         }
7515         return true;
7516     }
7517
7518     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
7519         try {
7520             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7521             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
7522             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
7523             if ( phylogenies.length != 1 ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7539                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             phylogenies = null;
7543             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
7544             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7563                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7582                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7601                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7602                 return false;
7603             }
7604             phylogenies = null;
7605             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7606             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7625                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7644                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7663                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "S14117.nex", parser );
7667             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !isEqual( phylogenies[ 2 ].getNode( "Aloysia lycioides 251-76-02169" ).getDistanceToParent(),
7671                            0.00100049 ) ) {
7672                 return false;
7673             }
7674         }
7675         catch ( final Exception e ) {
7676             e.printStackTrace( System.out );
7677             return false;
7678         }
7679         return true;
7680     }
7681
7682     private static boolean testNHParsing() {
7683         try {
7684             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7685             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7686             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7690             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7691             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7692             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7693             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             final Phylogeny p1b = factory
7700                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7701                              new NHXParser() )[ 0 ];
7702             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7709             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7710             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7711             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7712             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7713             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7714             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7715             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7716             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7717             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7718             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7719                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7720                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7721                                                     new NHXParser() );
7722             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7735             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7736             final String p16_S = "((A,B),C)";
7737             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7738             if ( p16.length != 1 ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7745             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7746             if ( p17.length != 1 ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7753             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7754             if ( p18.length != 1 ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7761             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7762             if ( p19.length != 1 ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7769             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7770             if ( p20.length != 1 ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7777             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7778             if ( p21.length != 1 ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7785             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7786             if ( p22.length != 1 ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7793             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7794             if ( p23.length != 1 ) {
7795                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7796                 System.exit( -1 );
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7803             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7804             if ( p24.length != 1 ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7811             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7812             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7813             if ( p241.length != 2 ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7823                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7824                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7825                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7826                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7827                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7828                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7829                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7830             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7831             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7832                 return false;
7833             }
7834             final String p26_S = "(A,B)ab";
7835             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7836             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7840             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7841             if ( p27s.length != 1 ) {
7842                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7843                 System.exit( -1 );
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7847                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7848                 System.exit( -1 );
7849                 return false;
7850             }
7851             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7852                                                     new NHXParser() );
7853             if ( p27.length != 1 ) {
7854                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7855                 System.exit( -1 );
7856                 return false;
7857             }
7858             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7859                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7860                 System.exit( -1 );
7861                 return false;
7862             }
7863             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7864             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7865             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7866             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7867             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7868                                                     new NHXParser() );
7869             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7870                 return false;
7871             }
7872             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7873                 return false;
7874             }
7875             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7879                 return false;
7880             }
7881             if ( p28.length != 4 ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7885             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7886             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7890             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7891             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7895             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7896             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             final String p33_S = "A";
7900             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7901             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             final String p34_S = "B;";
7905             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7906             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             final String p35_S = "B:0.2";
7910             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7911             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7912                 return false;
7913             }
7914             final String p36_S = "(A)";
7915             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7916             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             final String p37_S = "((A))";
7920             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7921             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7925             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7926             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7930             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7931             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             final String p40_S = "(A,B,C)";
7935             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7936             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7940             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7941             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7945             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7946             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7947                 return false;
7948             }
7949             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7950             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7951             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7955             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7956             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7960             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7961             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             final String p46_S = "";
7965             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7966             if ( p46.length != 0 ) {
7967                 return false;
7968             }
7969             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7970             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7974             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             final Phylogeny p49 = factory
7978                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7979                              new NHXParser() )[ 0 ];
7980             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7984             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7985                 return false;
7986             }
7987             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7988                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7995                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7996                 return false;
7997             }
7998             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7999             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
8000                 return false;
8001             }
8002             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
8003             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
8004                 return false;
8005             }
8006             final Phylogeny p53 = factory
8007                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
8008                              new NHXParser() )[ 0 ];
8009             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             //
8013             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
8014             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
8015                 return false;
8016             }
8017             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
8018                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021         }
8022         catch ( final Exception e ) {
8023             e.printStackTrace( System.out );
8024             return false;
8025         }
8026         return true;
8027     }
8028
8029     private static boolean testNHParsingIter() {
8030         try {
8031             final String p0_str = "(A,B);";
8032             final NHXParser p = new NHXParser();
8033             p.setSource( p0_str );
8034             if ( !p.hasNext() ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             final Phylogeny p0 = p.next();
8038             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
8039                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( p.hasNext() ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( p.next() != null ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             //
8049             final String p00_str = "(A,B)root;";
8050             p.setSource( p00_str );
8051             final Phylogeny p00 = p.next();
8052             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
8053                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
8054                 return false;
8055             }
8056             //
8057             final String p000_str = "A;";
8058             p.setSource( p000_str );
8059             final Phylogeny p000 = p.next();
8060             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
8061                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
8062                 return false;
8063             }
8064             //
8065             final String p0000_str = "A";
8066             p.setSource( p0000_str );
8067             final Phylogeny p0000 = p.next();
8068             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
8069                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
8070                 return false;
8071             }
8072             //
8073             p.setSource( "(A)" );
8074             final Phylogeny p00000 = p.next();
8075             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
8076                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
8077                 return false;
8078             }
8079             //
8080             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
8081             p.setSource( p1_str );
8082             if ( !p.hasNext() ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             final Phylogeny p1_0 = p.next();
8086             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8087                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
8088                 return false;
8089             }
8090             if ( !p.hasNext() ) {
8091                 return false;
8092             }
8093             final Phylogeny p1_1 = p.next();
8094             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8095                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( !p.hasNext() ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             final Phylogeny p1_2 = p.next();
8102             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
8103                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( !p.hasNext() ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             final Phylogeny p1_3 = p.next();
8110             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8111                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
8112                 return false;
8113             }
8114             if ( p.hasNext() ) {
8115                 return false;
8116             }
8117             if ( p.next() != null ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             //
8121             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
8122             p.setSource( p2_str );
8123             if ( !p.hasNext() ) {
8124                 return false;
8125             }
8126             Phylogeny p2_0 = p.next();
8127             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8128                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !p.hasNext() ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             Phylogeny p2_1 = p.next();
8135             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8136                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( !p.hasNext() ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             Phylogeny p2_2 = p.next();
8143             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8144                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !p.hasNext() ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             Phylogeny p2_3 = p.next();
8151             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8152                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !p.hasNext() ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             Phylogeny p2_4 = p.next();
8159             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8160                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8161                 return false;
8162             }
8163             if ( p.hasNext() ) {
8164                 return false;
8165             }
8166             if ( p.next() != null ) {
8167                 return false;
8168             }
8169             ////
8170             p.reset();
8171             if ( !p.hasNext() ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             p2_0 = p.next();
8175             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
8176                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
8177                 return false;
8178             }
8179             if ( !p.hasNext() ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             p2_1 = p.next();
8183             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8184                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !p.hasNext() ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             p2_2 = p.next();
8191             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
8192                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !p.hasNext() ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             p2_3 = p.next();
8199             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
8200                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
8201                 return false;
8202             }
8203             if ( !p.hasNext() ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             p2_4 = p.next();
8207             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
8208                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
8209                 return false;
8210             }
8211             if ( p.hasNext() ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( p.next() != null ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             //
8218             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
8219             p.setSource( p3_str );
8220             if ( !p.hasNext() ) {
8221                 return false;
8222             }
8223             final Phylogeny p3_0 = p.next();
8224             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
8225                 return false;
8226             }
8227             if ( p.hasNext() ) {
8228                 return false;
8229             }
8230             if ( p.next() != null ) {
8231                 return false;
8232             }
8233             //
8234             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
8235             p.setSource( p4_str );
8236             if ( !p.hasNext() ) {
8237                 return false;
8238             }
8239             final Phylogeny p4_0 = p.next();
8240             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
8241                 return false;
8242             }
8243             if ( p.hasNext() ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             if ( p.next() != null ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             //
8250             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
8251             p.setSource( p5_str );
8252             if ( !p.hasNext() ) {
8253                 return false;
8254             }
8255             final Phylogeny p5_0 = p.next();
8256             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
8257                 return false;
8258             }
8259             if ( p.hasNext() ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             if ( p.next() != null ) {
8263                 return false;
8264             }
8265             //
8266             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
8267             p.setSource( p6_str );
8268             if ( !p.hasNext() ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             Phylogeny p6_0 = p.next();
8272             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             if ( p.hasNext() ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             if ( p.next() != null ) {
8279                 return false;
8280             }
8281             p.reset();
8282             if ( !p.hasNext() ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             p6_0 = p.next();
8286             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( p.hasNext() ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( p.next() != null ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             //
8296             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
8297             p.setSource( p7_str );
8298             if ( !p.hasNext() ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             Phylogeny p7_0 = p.next();
8302             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( p.hasNext() ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             if ( p.next() != null ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             p.reset();
8312             if ( !p.hasNext() ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             p7_0 = p.next();
8316             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8317                 return false;
8318             }
8319             if ( p.hasNext() ) {
8320                 return false;
8321             }
8322             if ( p.next() != null ) {
8323                 return false;
8324             }
8325             //
8326             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
8327             p.setSource( p8_str );
8328             if ( !p.hasNext() ) {
8329                 return false;
8330             }
8331             Phylogeny p8_0 = p.next();
8332             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !p.hasNext() ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !p.hasNext() ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             Phylogeny p8_1 = p.next();
8342             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8343                 return false;
8344             }
8345             if ( p.hasNext() ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( p.next() != null ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             p.reset();
8352             if ( !p.hasNext() ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             p8_0 = p.next();
8356             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !p.hasNext() ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             p8_1 = p.next();
8363             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
8364                 return false;
8365             }
8366             if ( p.hasNext() ) {
8367                 return false;
8368             }
8369             if ( p.next() != null ) {
8370                 return false;
8371             }
8372             p.reset();
8373             //
8374             p.setSource( "" );
8375             if ( p.hasNext() ) {
8376                 return false;
8377             }
8378             //
8379             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
8380             if ( !p.hasNext() ) {
8381                 return false;
8382             }
8383             Phylogeny p_27 = p.next();
8384             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8385                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8386                 System.exit( -1 );
8387                 return false;
8388             }
8389             if ( p.hasNext() ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( p.next() != null ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             p.reset();
8396             if ( !p.hasNext() ) {
8397                 return false;
8398             }
8399             p_27 = p.next();
8400             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
8401                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
8402                 System.exit( -1 );
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( p.hasNext() ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( p.next() != null ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             //
8412             final String p30_str = "(A,B);(C,D)";
8413             final NHXParser p30 = new NHXParser();
8414             p30.setSource( p30_str );
8415             if ( !p30.hasNext() ) {
8416                 return false;
8417             }
8418             Phylogeny phy30 = p30.next();
8419             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8420                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8421                 return false;
8422             }
8423             if ( !p30.hasNext() ) {
8424                 return false;
8425             }
8426             Phylogeny phy301 = p30.next();
8427             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8428                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8429                 return false;
8430             }
8431             if ( p30.hasNext() ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             if ( p30.hasNext() ) {
8435                 return false;
8436             }
8437             if ( p30.next() != null ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             if ( p30.next() != null ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             p30.reset();
8444             if ( !p30.hasNext() ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             phy30 = p30.next();
8448             if ( !phy30.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
8449                 System.out.println( phy30.toNewHampshire() );
8450                 return false;
8451             }
8452             if ( !p30.hasNext() ) {
8453                 return false;
8454             }
8455             phy301 = p30.next();
8456             if ( !phy301.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
8457                 System.out.println( phy301.toNewHampshire() );
8458                 return false;
8459             }
8460             if ( p30.hasNext() ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             if ( p30.hasNext() ) {
8464                 return false;
8465             }
8466             if ( p30.next() != null ) {
8467                 return false;
8468             }
8469             if ( p30.next() != null ) {
8470                 return false;
8471             }
8472         }
8473         catch ( final Exception e ) {
8474             e.printStackTrace( System.out );
8475             return false;
8476         }
8477         return true;
8478     }
8479
8480     private static boolean testNHXconversion() {
8481         try {
8482             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8483             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8484             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8485             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8486             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8487                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
8488             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
8489                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8490             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
8506                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
8507                 return false;
8508             }
8509         }
8510         catch ( final Exception e ) {
8511             e.printStackTrace( System.out );
8512             return false;
8513         }
8514         return true;
8515     }
8516
8517     private static boolean testNHXNodeParsing() {
8518         try {
8519             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
8520             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
8521             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
8522             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
8523             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
8524                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
8525             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( n3.isDuplication() ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
8544                 return false;
8545             }
8546             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
8547                 return false;
8548             }
8549             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
8550                 return false;
8551             }
8552             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
8553                 return false;
8554             }
8555             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
8556                 return false;
8557             }
8558             if ( !n5.isDuplication() ) {
8559                 return false;
8560             }
8561             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
8562                 return false;
8563             }
8564             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
8565                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
8566                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8567             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8568                 return false;
8569             }
8570             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
8574                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
8575                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8576             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
8583                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8584             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
8588                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8589             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
8596                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8597             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
8598                 return false;
8599             }
8600             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
8601                 return false;
8602             }
8603             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
8604                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8605             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
8612                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8613             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
8620                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8621             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8628                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8629             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8636                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8637             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8644                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8645             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8652                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8653             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8660                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8661             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8662                 return false;
8663             }
8664             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8665                 return false;
8666             }
8667             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8668                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8669                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8670             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8671                 return false;
8672             }
8673             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8677                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8678                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8679             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8686                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8687             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8694                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8695                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8696             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8700                 return false;
8701             }
8702             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8703                 return false;
8704             }
8705             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8706                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8707                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8708             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8718                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8719             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8720                 return false;
8721             }
8722             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8723                 return false;
8724             }
8725             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8726                 return false;
8727             }
8728             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8744                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8745             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8746                 return false;
8747             }
8748             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8749                 return false;
8750             }
8751             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8752             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8756                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8757             if ( !n13.getName().equals( "BLAH_12345/1-2" ) ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8770                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8771             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8778                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8779                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8780             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8781                 return false;
8782             }
8783             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8787                 return false;
8788             }
8789             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8790                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8791                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8792             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8802                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8803                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8804             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8811                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8812             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8813                 return false;
8814             }
8815             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8816                 return false;
8817             }
8818             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8819                 return false;
8820             }
8821             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8822                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8823             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8830                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_1234567-roejojoej",
8831                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8832             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8833                 return false;
8834             }
8835             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8836                 return false;
8837             }
8838             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8839                     .createInstanceFromNhxString( "BLAH_12345678-roejojoej",
8840                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8841             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8845                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8846             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8850                     .createInstanceFromNhxString( "BCL2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8851             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8852                 return false;
8853             }
8854             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8855                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8856             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8857                 return false;
8858             }
8859             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8860                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8861             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8862                 return false;
8863             }
8864             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8865                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8866             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8867                 return false;
8868             }
8869             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8870                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8871             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8872                 return false;
8873             }
8874         }
8875         catch ( final Exception e ) {
8876             e.printStackTrace( System.out );
8877             return false;
8878         }
8879         return true;
8880     }
8881
8882     private static boolean testNHXParsing() {
8883         try {
8884             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8885             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8886             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8890             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8891             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8895             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8896             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8897                 return false;
8898             }
8899             final Phylogeny[] p3 = factory
8900                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8901                              new NHXParser() );
8902             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8903                 return false;
8904             }
8905             final Phylogeny[] p4 = factory
8906                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8907                              new NHXParser() );
8908             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             final Phylogeny[] p5 = factory
8912                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8913                              new NHXParser() );
8914             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8915                 return false;
8916             }
8917             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8918             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8919             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8920             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8924             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8925             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8926             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8930             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8931             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8932             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8933                 return false;
8934             }
8935             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8936             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8937                 return false;
8938             }
8939             final Phylogeny p10 = factory
8940                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8941                              new NHXParser() )[ 0 ];
8942             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8943                 return false;
8944             }
8945         }
8946         catch ( final Exception e ) {
8947             e.printStackTrace( System.out );
8948             return false;
8949         }
8950         return true;
8951     }
8952
8953     private static boolean testNHXParsingMB() {
8954         try {
8955             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8956             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8957                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8958                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8959                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8960                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8961                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8962                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8963                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8964                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8965             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8972                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             final Phylogeny p2 = factory
8982                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8983                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8984                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8985                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8986                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8987                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8988                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8989                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8990                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8991                              new NHXParser() )[ 0 ];
8992             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8996                 return false;
8997             }
8998         }
8999         catch ( final Exception e ) {
9000             e.printStackTrace( System.out );
9001             System.exit( -1 );
9002             return false;
9003         }
9004         return true;
9005     }
9006
9007     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
9008         try {
9009             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9010             final NHXParser p = new NHXParser();
9011             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
9012             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
9013                 return false;
9014             }
9015             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
9016             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
9026                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
9027                 return false;
9028             }
9029             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
9030                 return false;
9031             }
9032             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
9039                 return false;
9040             }
9041             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
9042                 return false;
9043             }
9044             final NHXParser p1p = new NHXParser();
9045             p1p.setIgnoreQuotes( true );
9046             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
9047             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9048                 return false;
9049             }
9050             final NHXParser p2p = new NHXParser();
9051             p1p.setIgnoreQuotes( false );
9052             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
9053             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
9054                 return false;
9055             }
9056             final NHXParser p3p = new NHXParser();
9057             p3p.setIgnoreQuotes( false );
9058             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
9059             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
9060                 return false;
9061             }
9062             final NHXParser p4p = new NHXParser();
9063             p4p.setIgnoreQuotes( false );
9064             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
9065             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
9066                 return false;
9067             }
9068             final Phylogeny p10 = factory
9069                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
9070                              new NHXParser() )[ 0 ];
9071             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9072             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9073                 return false;
9074             }
9075             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9076             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             //
9080             final Phylogeny p12 = factory
9081                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
9082                              new NHXParser() )[ 0 ];
9083             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
9084             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9085                 return false;
9086             }
9087             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
9088             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
9092             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9093                 return false;
9094             }
9095             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
9096             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
9097                 return false;
9098             }
9099         }
9100         catch ( final Exception e ) {
9101             e.printStackTrace( System.out );
9102             return false;
9103         }
9104         return true;
9105     }
9106
9107     private static boolean testNodeRemoval() {
9108         try {
9109             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9110             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
9111             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
9112             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
9113                 return false;
9114             }
9115             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
9116             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
9117             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
9121             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
9122             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
9123                 return false;
9124             }
9125         }
9126         catch ( final Exception e ) {
9127             e.printStackTrace( System.out );
9128             return false;
9129         }
9130         return true;
9131     }
9132
9133     private static boolean testPhylogenyBranch() {
9134         try {
9135             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
9136             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
9137             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
9138             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
9139             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
9149             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
9150             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
9151             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
9152                 return false;
9153             }
9154             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
9155                 return false;
9156             }
9157             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
9158             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
9159                 return false;
9160             }
9161             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
9162                 return false;
9163             }
9164             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
9165                 return false;
9166             }
9167         }
9168         catch ( final Exception e ) {
9169             e.printStackTrace( System.out );
9170             return false;
9171         }
9172         return true;
9173     }
9174
9175     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
9176         try {
9177             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9178             PhyloXmlParser xml_parser = null;
9179             try {
9180                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
9181             }
9182             catch ( final Exception e ) {
9183                 // Do nothing -- means were not running from jar.
9184             }
9185             if ( xml_parser == null ) {
9186                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
9187                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
9188                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
9189                 }
9190                 else {
9191                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
9192                 }
9193             }
9194             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
9195                                                               xml_parser );
9196             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
9197                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
9198                 return false;
9199             }
9200             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
9201                 return false;
9202             }
9203             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
9204             PhylogenyNode n = null;
9205             Distribution d = null;
9206             n = t1.getNode( "root node" );
9207             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9208                 return false;
9209             }
9210             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9211                 return false;
9212             }
9213             d = n.getNodeData().getDistribution();
9214             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9215                 return false;
9216             }
9217             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9218                 return false;
9219             }
9220             if ( d.getPolygons() != null ) {
9221                 return false;
9222             }
9223             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9224                 return false;
9225             }
9226             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9227                 return false;
9228             }
9229             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9230                 return false;
9231             }
9232             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9233                 return false;
9234             }
9235             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9236                 return false;
9237             }
9238             n = t1.getNode( "node a" );
9239             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9240                 return false;
9241             }
9242             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9243                 return false;
9244             }
9245             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9246             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9247                 return false;
9248             }
9249             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9250                 return false;
9251             }
9252             if ( d.getPolygons() != null ) {
9253                 return false;
9254             }
9255             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9256                 return false;
9257             }
9258             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9259                 return false;
9260             }
9261             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             n = t1.getNode( "node bb" );
9271             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9272                 return false;
9273             }
9274             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9278             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9279                 return false;
9280             }
9281             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9282                 return false;
9283             }
9284             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9285                 return false;
9286             }
9287             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9288                 return false;
9289             }
9290             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9291                 return false;
9292             }
9293             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9294                 return false;
9295             }
9296             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
9303             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9304                 return false;
9305             }
9306             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9307                 return false;
9308             }
9309             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9310                 return false;
9311             }
9312             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9313                 return false;
9314             }
9315             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9319                 return false;
9320             }
9321             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9322                 return false;
9323             }
9324             p = d.getPolygons().get( 1 );
9325             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             // Roundtrip:
9338             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
9339             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
9340             if ( rt.length != 1 ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
9344             n = t1_rt.getNode( "root node" );
9345             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9346                 return false;
9347             }
9348             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9349                 return false;
9350             }
9351             d = n.getNodeData().getDistribution();
9352             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
9353                 return false;
9354             }
9355             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9356                 return false;
9357             }
9358             if ( d.getPolygons() != null ) {
9359                 return false;
9360             }
9361             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
9362                 return false;
9363             }
9364             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9365                 return false;
9366             }
9367             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9368                 return false;
9369             }
9370             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
9374                 return false;
9375             }
9376             n = t1_rt.getNode( "node a" );
9377             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9378                 return false;
9379             }
9380             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
9384             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
9385                 return false;
9386             }
9387             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
9388                 return false;
9389             }
9390             if ( d.getPolygons() != null ) {
9391                 return false;
9392             }
9393             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
9394                 return false;
9395             }
9396             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
9397                 return false;
9398             }
9399             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
9400                 return false;
9401             }
9402             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
9403                 return false;
9404             }
9405             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
9406                 return false;
9407             }
9408             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
9409             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
9416             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
9417                 return false;
9418             }
9419             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
9420                 return false;
9421             }
9422             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
9423                 return false;
9424             }
9425             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
9426                 return false;
9427             }
9428             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
9429                 return false;
9430             }
9431             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
9432                 return false;
9433             }
9434             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
9435                 return false;
9436             }
9437             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
9438                 return false;
9439             }
9440             p = d.getPolygons().get( 0 );
9441             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9442                 return false;
9443             }
9444             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
9445                 return false;
9446             }
9447             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
9448                 return false;
9449             }
9450             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9451                 return false;
9452             }
9453             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
9454                 return false;
9455             }
9456             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
9457                 return false;
9458             }
9459             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
9460                 return false;
9461             }
9462             p = d.getPolygons().get( 1 );
9463             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
9464                 return false;
9465             }
9466             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
9467                 return false;
9468             }
9469             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
9470                 return false;
9471             }
9472             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
9473                 return false;
9474             }
9475         }
9476         catch ( final Exception e ) {
9477             e.printStackTrace( System.out );
9478             return false;
9479         }
9480         return true;
9481     }
9482
9483     private static boolean testPostOrderIterator() {
9484         try {
9485             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9486             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9487             PhylogenyNodeIterator it0;
9488             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
9489                 it0.next();
9490             }
9491             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9492                 it0.next();
9493             }
9494             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9495             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
9496             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9497                 return false;
9498             }
9499             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9500                 return false;
9501             }
9502             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9503                 return false;
9504             }
9505             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9506                 return false;
9507             }
9508             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9509                 return false;
9510             }
9511             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9512                 return false;
9513             }
9514             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9515                 return false;
9516             }
9517             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9518                 return false;
9519             }
9520             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9521                 return false;
9522             }
9523             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9524                 return false;
9525             }
9526             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9527                 return false;
9528             }
9529             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9530                 return false;
9531             }
9532             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9533                 return false;
9534             }
9535             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9536                 return false;
9537             }
9538             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9539                 return false;
9540             }
9541             if ( it.hasNext() ) {
9542                 return false;
9543             }
9544         }
9545         catch ( final Exception e ) {
9546             e.printStackTrace( System.out );
9547             return false;
9548         }
9549         return true;
9550     }
9551
9552     private static boolean testPreOrderIterator() {
9553         try {
9554             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9555             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9556             PhylogenyNodeIterator it0;
9557             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
9558                 it0.next();
9559             }
9560             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
9561                 it0.next();
9562             }
9563             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
9564             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9565                 return false;
9566             }
9567             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9568                 return false;
9569             }
9570             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9571                 return false;
9572             }
9573             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9574                 return false;
9575             }
9576             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9577                 return false;
9578             }
9579             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9580                 return false;
9581             }
9582             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9583                 return false;
9584             }
9585             if ( it.hasNext() ) {
9586                 return false;
9587             }
9588             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9589             it = t1.iteratorPreorder();
9590             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
9594                 return false;
9595             }
9596             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
9597                 return false;
9598             }
9599             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
9600                 return false;
9601             }
9602             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
9603                 return false;
9604             }
9605             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
9606                 return false;
9607             }
9608             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
9609                 return false;
9610             }
9611             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
9612                 return false;
9613             }
9614             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
9615                 return false;
9616             }
9617             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
9618                 return false;
9619             }
9620             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
9621                 return false;
9622             }
9623             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
9624                 return false;
9625             }
9626             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9627                 return false;
9628             }
9629             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9630                 return false;
9631             }
9632             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9633                 return false;
9634             }
9635             if ( it.hasNext() ) {
9636                 return false;
9637             }
9638         }
9639         catch ( final Exception e ) {
9640             e.printStackTrace( System.out );
9641             return false;
9642         }
9643         return true;
9644     }
9645
9646     private static boolean testPropertiesMap() {
9647         try {
9648             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9649             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9650             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9651             final Property p2 = new Property( "something:else",
9652                                               "?",
9653                                               "improbable:research",
9654                                               "xsd:decimal",
9655                                               AppliesTo.NODE );
9656             pm.addProperty( p0 );
9657             pm.addProperty( p1 );
9658             pm.addProperty( p2 );
9659             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9660                 return false;
9661             }
9662             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9663                 return false;
9664             }
9665             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9666                 return false;
9667             }
9668             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9669                 return false;
9670             }
9671             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9672                 return false;
9673             }
9674             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9675                 return false;
9676             }
9677             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9678             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9685                 return false;
9686             }
9687         }
9688         catch ( final Exception e ) {
9689             e.printStackTrace( System.out );
9690             return false;
9691         }
9692         return true;
9693     }
9694
9695     private static boolean testProteinId() {
9696         try {
9697             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9698             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9699             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9700             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9701             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9702                 return false;
9703             }
9704             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9705                 return false;
9706             }
9707             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9708                 return false;
9709             }
9710             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9711                 return false;
9712             }
9713             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9714                 return false;
9715             }
9716             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9717                 return false;
9718             }
9719             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9720                 return false;
9721             }
9722             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9723                 return false;
9724             }
9725             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9726                 return false;
9727             }
9728             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9729                 return false;
9730             }
9731             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9741                 return false;
9742             }
9743             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9744             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9745                 return false;
9746             }
9747             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9748                 return false;
9749             }
9750         }
9751         catch ( final Exception e ) {
9752             e.printStackTrace( System.out );
9753             return false;
9754         }
9755         return true;
9756     }
9757
9758     private static boolean testReIdMethods() {
9759         try {
9760             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9761             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9762             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9763             p.levelOrderReID();
9764             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9765                 return false;
9766             }
9767             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9774                 return false;
9775             }
9776             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9777                 return false;
9778             }
9779             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9780                 return false;
9781             }
9782             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9783                 return false;
9784             }
9785             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9786                 return false;
9787             }
9788             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9789                 return false;
9790             }
9791             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9792                 return false;
9793             }
9794             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9795                 return false;
9796             }
9797             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9798                 return false;
9799             }
9800             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9801                 return false;
9802             }
9803             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9804                 return false;
9805             }
9806             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9807                 return false;
9808             }
9809         }
9810         catch ( final Exception e ) {
9811             e.printStackTrace( System.out );
9812             return false;
9813         }
9814         return true;
9815     }
9816
9817     private static boolean testRerooting() {
9818         try {
9819             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9820             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9821                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9822             if ( !t1.isRooted() ) {
9823                 return false;
9824             }
9825             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9826             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9827             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9828             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9829             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9830             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9831             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9832             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9833             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9834             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9835             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9836             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9837             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9838             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9839             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9840             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9841             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9842             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9843             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9844             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9845             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9846             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9847             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9848             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9849             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9850             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9851             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9852             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9853             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9872                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9873             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9874             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9875             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9876             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9877             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9878             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9879             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9880             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9881             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9882             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9883             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9884             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9885             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9886             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9887             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9888             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9889             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9890             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9891             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9892             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9893             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9894             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9895             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9896             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9897             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9898             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9899             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9900             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9901             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9902             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9903             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9904             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9905             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9906             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9907             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9908             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9909             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9910             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9911             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9912             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9913             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9914             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9915             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9916             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9917             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9918             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9919                 return false;
9920             }
9921             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9922                 return false;
9923             }
9924             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9925             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9926                 return false;
9927             }
9928             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9932             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9933                 return false;
9934             }
9935             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9936                 return false;
9937             }
9938             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9939                 return false;
9940             }
9941             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9942             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9943                 return false;
9944             }
9945             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9946                 return false;
9947             }
9948             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9949                 return false;
9950             }
9951             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9952             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9953                 return false;
9954             }
9955             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9956                 return false;
9957             }
9958             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9959             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9966                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9967             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9968             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9972                 return false;
9973             }
9974             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9975                 return false;
9976             }
9977             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9978             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9979                 return false;
9980             }
9981             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9982                 return false;
9983             }
9984             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9985                 return false;
9986             }
9987             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9988             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9989                 return false;
9990             }
9991             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9992                 return false;
9993             }
9994             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9995                 return false;
9996             }
9997         }
9998         catch ( final Exception e ) {
9999             e.printStackTrace( System.out );
10000             return false;
10001         }
10002         return true;
10003     }
10004
10005     private static boolean testSDIse() {
10006         try {
10007             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10008             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
10009             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
10010             gene1.setRooted( true );
10011             species1.setRooted( true );
10012             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
10013             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
10014                 return false;
10015             }
10016             final Phylogeny species2 = factory
10017                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10018                              new NHXParser() )[ 0 ];
10019             final Phylogeny gene2 = factory
10020                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10021                              new NHXParser() )[ 0 ];
10022             species2.setRooted( true );
10023             gene2.setRooted( true );
10024             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
10025             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10026                 return false;
10027             }
10028             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
10029                 return false;
10030             }
10031             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
10032                 return false;
10033             }
10034             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
10035                 return false;
10036             }
10037             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
10038                 return false;
10039             }
10040             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
10041                 return false;
10042             }
10043             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
10044                 return false;
10045             }
10046             final Phylogeny species3 = factory
10047                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10048                              new NHXParser() )[ 0 ];
10049             final Phylogeny gene3 = factory
10050                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10051                              new NHXParser() )[ 0 ];
10052             species3.setRooted( true );
10053             gene3.setRooted( true );
10054             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
10055             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10056                 return false;
10057             }
10058             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
10059                 return false;
10060             }
10061             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
10062                 return false;
10063             }
10064             final Phylogeny species4 = factory
10065                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10066                              new NHXParser() )[ 0 ];
10067             final Phylogeny gene4 = factory
10068                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10069                              new NHXParser() )[ 0 ];
10070             species4.setRooted( true );
10071             gene4.setRooted( true );
10072             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
10073             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10074                 return false;
10075             }
10076             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
10077                 return false;
10078             }
10079             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
10080                 return false;
10081             }
10082             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10083                 return false;
10084             }
10085             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10086                 return false;
10087             }
10088             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10089                 return false;
10090             }
10091             final Phylogeny species5 = factory
10092                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10093                              new NHXParser() )[ 0 ];
10094             final Phylogeny gene5 = factory
10095                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
10096                              new NHXParser() )[ 0 ];
10097             species5.setRooted( true );
10098             gene5.setRooted( true );
10099             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
10100             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
10101                 return false;
10102             }
10103             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
10104                 return false;
10105             }
10106             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
10107                 return false;
10108             }
10109             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
10110                 return false;
10111             }
10112             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10113                 return false;
10114             }
10115             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
10116                 return false;
10117             }
10118             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
10119             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
10120             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
10121             final Phylogeny species6 = factory
10122                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10123                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10124                              new NHXParser() )[ 0 ];
10125             final Phylogeny gene6 = factory
10126                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
10127                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
10128                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
10129                              new NHXParser() )[ 0 ];
10130             species6.setRooted( true );
10131             gene6.setRooted( true );
10132             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
10133             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
10134                 return false;
10135             }
10136             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
10137                 return false;
10138             }
10139             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10140                 return false;
10141             }
10142             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10143                 return false;
10144             }
10145             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
10146                 return false;
10147             }
10148             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
10149                 return false;
10150             }
10151             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
10152                 return false;
10153             }
10154             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
10155                 return false;
10156             }
10157             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
10158                 return false;
10159             }
10160             sdi6.computeMappingCostL();
10161             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
10171                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
10172                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
10173                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
10174                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
10175             species7.setRooted( true );
10176             final Phylogeny gene7_1 = Test
10177                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10178             gene7_1.setRooted( true );
10179             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
10180             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
10181                 return false;
10182             }
10183             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10184                 return false;
10185             }
10186             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10187                 return false;
10188             }
10189             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10190                 return false;
10191             }
10192             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10193                 return false;
10194             }
10195             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10196                 return false;
10197             }
10198             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10199                 return false;
10200             }
10201             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10202                 return false;
10203             }
10204             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10205                 return false;
10206             }
10207             final Phylogeny gene7_2 = Test
10208                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
10209             gene7_2.setRooted( true );
10210             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
10211             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
10212                 return false;
10213             }
10214             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
10215                 return false;
10216             }
10217             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
10218                 return false;
10219             }
10220             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
10221                 return false;
10222             }
10223             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
10224                 return false;
10225             }
10226             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
10227                 return false;
10228             }
10229             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
10230                 return false;
10231             }
10232             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
10233                 return false;
10234             }
10235             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
10236                 return false;
10237             }
10238             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
10239                 return false;
10240             }
10241         }
10242         catch ( final Exception e ) {
10243             return false;
10244         }
10245         return true;
10246     }
10247
10248     private static boolean testSDIunrooted() {
10249         try {
10250             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10251             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
10252             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
10253             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
10254             PhylogenyBranch br = iter.next();
10255             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10256                 return false;
10257             }
10258             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
10259                 return false;
10260             }
10261             br = iter.next();
10262             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10263                 return false;
10264             }
10265             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10266                 return false;
10267             }
10268             br = iter.next();
10269             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10270                 return false;
10271             }
10272             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
10273                 return false;
10274             }
10275             br = iter.next();
10276             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10277                 return false;
10278             }
10279             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10280                 return false;
10281             }
10282             br = iter.next();
10283             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10284                 return false;
10285             }
10286             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10287                 return false;
10288             }
10289             br = iter.next();
10290             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10291                 return false;
10292             }
10293             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
10294                 return false;
10295             }
10296             br = iter.next();
10297             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10298                 return false;
10299             }
10300             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10301                 return false;
10302             }
10303             br = iter.next();
10304             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10305                 return false;
10306             }
10307             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10308                 return false;
10309             }
10310             br = iter.next();
10311             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10312                 return false;
10313             }
10314             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10315                 return false;
10316             }
10317             br = iter.next();
10318             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10319                 return false;
10320             }
10321             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
10322                 return false;
10323             }
10324             br = iter.next();
10325             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10326                 return false;
10327             }
10328             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10329                 return false;
10330             }
10331             br = iter.next();
10332             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
10333                 return false;
10334             }
10335             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
10336                 return false;
10337             }
10338             br = iter.next();
10339             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10340                 return false;
10341             }
10342             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
10343                 return false;
10344             }
10345             br = iter.next();
10346             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
10347                 return false;
10348             }
10349             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
10350                 return false;
10351             }
10352             br = iter.next();
10353             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
10354                 return false;
10355             }
10356             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
10357                 return false;
10358             }
10359             if ( iter.hasNext() ) {
10360                 return false;
10361             }
10362             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10363             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
10364             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
10365             br = iter1.next();
10366             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10367                 return false;
10368             }
10369             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10370                 return false;
10371             }
10372             br = iter1.next();
10373             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10374                 return false;
10375             }
10376             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10377                 return false;
10378             }
10379             br = iter1.next();
10380             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10381                 return false;
10382             }
10383             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10384                 return false;
10385             }
10386             if ( iter1.hasNext() ) {
10387                 return false;
10388             }
10389             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
10390             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
10391             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
10392             br = iter2.next();
10393             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
10394                 return false;
10395             }
10396             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
10397                 return false;
10398             }
10399             br = iter2.next();
10400             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
10401                 return false;
10402             }
10403             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
10404                 return false;
10405             }
10406             br = iter2.next();
10407             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
10408                 return false;
10409             }
10410             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
10411                 return false;
10412             }
10413             if ( iter2.hasNext() ) {
10414                 return false;
10415             }
10416             final Phylogeny species0 = factory
10417                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
10418                              new NHXParser() )[ 0 ];
10419             final Phylogeny gene1 = factory
10420                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10421                              new NHXParser() )[ 0 ];
10422             species0.setRooted( true );
10423             gene1.setRooted( true );
10424             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
10425             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
10426             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10427                 return false;
10428             }
10429             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
10430                 return false;
10431             }
10432             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
10433                 return false;
10434             }
10435             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
10436                 return false;
10437             }
10438             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10439                 return false;
10440             }
10441             final Phylogeny gene2 = factory
10442                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
10443                              new NHXParser() )[ 0 ];
10444             gene2.setRooted( true );
10445             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
10446             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10447                 return false;
10448             }
10449             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10450                 return false;
10451             }
10452             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10453                 return false;
10454             }
10455             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
10456                 return false;
10457             }
10458             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10459                 return false;
10460             }
10461             final Phylogeny species6 = factory
10462                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10463                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10464                              new NHXParser() )[ 0 ];
10465             final Phylogeny gene6 = factory
10466                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10467                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10468                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10469                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10470                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10471                              new NHXParser() )[ 0 ];
10472             species6.setRooted( true );
10473             gene6.setRooted( true );
10474             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
10475             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10476                 return false;
10477             }
10478             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10479                 return false;
10480             }
10481             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10482                 return false;
10483             }
10484             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10485                 return false;
10486             }
10487             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10488                 return false;
10489             }
10490             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10491                 return false;
10492             }
10493             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10494                 return false;
10495             }
10496             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10497                 return false;
10498             }
10499             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10500                 return false;
10501             }
10502             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10503                 return false;
10504             }
10505             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10506                 return false;
10507             }
10508             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10509                 return false;
10510             }
10511             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10512                 return false;
10513             }
10514             p6 = null;
10515             final Phylogeny species7 = factory
10516                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10517                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10518                              new NHXParser() )[ 0 ];
10519             final Phylogeny gene7 = factory
10520                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10521                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10522                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10523                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10524                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10525                              new NHXParser() )[ 0 ];
10526             species7.setRooted( true );
10527             gene7.setRooted( true );
10528             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
10529             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10530                 return false;
10531             }
10532             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10533                 return false;
10534             }
10535             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10536                 return false;
10537             }
10538             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10539                 return false;
10540             }
10541             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
10542                 return false;
10543             }
10544             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10545                 return false;
10546             }
10547             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10548                 return false;
10549             }
10550             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10551                 return false;
10552             }
10553             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10554                 return false;
10555             }
10556             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10557                 return false;
10558             }
10559             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10560                 return false;
10561             }
10562             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10563                 return false;
10564             }
10565             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10566                 return false;
10567             }
10568             p7 = null;
10569             final Phylogeny species8 = factory
10570                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
10571                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
10572                              new NHXParser() )[ 0 ];
10573             final Phylogeny gene8 = factory
10574                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
10575                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
10576                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
10577                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
10578                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
10579                              new NHXParser() )[ 0 ];
10580             species8.setRooted( true );
10581             gene8.setRooted( true );
10582             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
10583             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
10584                 return false;
10585             }
10586             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
10587                 return false;
10588             }
10589             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
10590                 return false;
10591             }
10592             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
10593                 return false;
10594             }
10595             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
10596                 return false;
10597             }
10598             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
10599                 return false;
10600             }
10601             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
10602                 return false;
10603             }
10604             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
10605                 return false;
10606             }
10607             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
10608                 return false;
10609             }
10610             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
10611                 return false;
10612             }
10613             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
10614                 return false;
10615             }
10616             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
10617                 return false;
10618             }
10619             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
10620                 return false;
10621             }
10622             p8 = null;
10623         }
10624         catch ( final Exception e ) {
10625             e.printStackTrace( System.out );
10626             return false;
10627         }
10628         return true;
10629     }
10630
10631     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
10632         try {
10633             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
10634             n.setName( "NP_001025424" );
10635             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10636             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10637                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10638                 return false;
10639             }
10640             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
10641             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10642             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10643                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10644                 return false;
10645             }
10646             n.setName( "NP_001025424.1" );
10647             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10648             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10649                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10650                 return false;
10651             }
10652             n.setName( "NM_001030253" );
10653             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10654             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
10655                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10656                 return false;
10657             }
10658             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
10659             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10660             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10661                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
10662                 System.out.println( acc.toString() );
10663                 return false;
10664             }
10665             n.setName( "P10415" );
10666             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10667             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10668                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10669                 System.out.println( acc.toString() );
10670                 return false;
10671             }
10672             n.setName( " P10415 " );
10673             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10674             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10675                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10676                 System.out.println( acc.toString() );
10677                 return false;
10678             }
10679             n.setName( "_P10415|" );
10680             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10681             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
10682                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
10683                 System.out.println( acc.toString() );
10684                 return false;
10685             }
10686             n.setName( "AY695820" );
10687             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10688             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10689                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10690                 System.out.println( acc.toString() );
10691                 return false;
10692             }
10693             n.setName( "_AY695820_" );
10694             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10695             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10696                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
10697                 System.out.println( acc.toString() );
10698                 return false;
10699             }
10700             n.setName( "AAA59452" );
10701             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10702             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10703                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10704                 System.out.println( acc.toString() );
10705                 return false;
10706             }
10707             n.setName( "_AAA59452_" );
10708             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10709             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10710                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
10711                 System.out.println( acc.toString() );
10712                 return false;
10713             }
10714             n.setName( "AAA59452.1" );
10715             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10716             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10717                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10718                 System.out.println( acc.toString() );
10719                 return false;
10720             }
10721             n.setName( "_AAA59452.1_" );
10722             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10723             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10724                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
10725                 System.out.println( acc.toString() );
10726                 return false;
10727             }
10728             n.setName( "GI:94894583" );
10729             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10730             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10731                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
10732                 System.out.println( acc.toString() );
10733                 return false;
10734             }
10735             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10736             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10737             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
10738                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
10739                 System.out.println( acc.toString() );
10740                 return false;
10741             }
10742             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
10743             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
10744             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
10745                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
10746                 System.out.println( acc.toString() );
10747                 return false;
10748             }
10749         }
10750         catch ( final Exception e ) {
10751             return false;
10752         }
10753         return true;
10754     }
10755
10756     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
10757         try {
10758             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
10759             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
10760             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
10761                 return false;
10762             }
10763             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10764                 return false;
10765             }
10766             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10767                 return false;
10768             }
10769             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
10770                 return false;
10771             }
10772             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
10773             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
10774             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
10775                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
10776                 return false;
10777             }
10778             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
10779                 return false;
10780             }
10781             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10782                 return false;
10783             }
10784             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
10785                 return false;
10786             }
10787             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
10788             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
10789             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
10790                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
10791                 return false;
10792             }
10793             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
10794                 return false;
10795             }
10796             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
10797                 return false;
10798             }
10799             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
10800                 return false;
10801             }
10802         }
10803         catch ( final IOException e ) {
10804             System.out.println();
10805             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
10806             e.printStackTrace( System.out );
10807             return true;
10808         }
10809         catch ( final Exception e ) {
10810             e.printStackTrace();
10811             return false;
10812         }
10813         return true;
10814     }
10815
10816     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10817         try {
10818             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10819             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10820                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10821                 if ( id != null ) {
10822                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10823                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10824                 }
10825                 return false;
10826             }
10827             //
10828             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10829             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10830                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10831                 if ( id != null ) {
10832                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10833                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10834                 }
10835                 return false;
10836             }
10837             //
10838             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10839             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10840                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10841                 if ( id != null ) {
10842                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10843                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10844                 }
10845                 return false;
10846             }
10847             //
10848             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10849             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10850                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10851                 if ( id != null ) {
10852                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10853                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10854                 }
10855                 return false;
10856             }
10857             //
10858             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10859             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10860                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10861                 if ( id != null ) {
10862                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10863                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10864                 }
10865                 return false;
10866             }
10867             //
10868             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10869             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10870                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10871                 if ( id != null ) {
10872                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10873                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10874                 }
10875                 return false;
10876             }
10877             //
10878             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10879             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10880                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10881                 if ( id != null ) {
10882                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10883                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10884                 }
10885                 return false;
10886             }
10887             //
10888             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10889             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10890                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10891                 if ( id != null ) {
10892                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10893                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10894                 }
10895                 return false;
10896             }
10897             //
10898             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10899             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10900                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10901                 if ( id != null ) {
10902                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10903                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10904                 }
10905                 return false;
10906             }
10907             //
10908             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10909             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10910                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10911                 if ( id != null ) {
10912                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10913                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10914                 }
10915                 return false;
10916             }
10917             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10918             if ( id != null ) {
10919                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10920                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10921                 return false;
10922             }
10923         }
10924         catch ( final Exception e ) {
10925             e.printStackTrace( System.out );
10926             return false;
10927         }
10928         return true;
10929     }
10930
10931     private static boolean testSequenceWriter() {
10932         try {
10933             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10934             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10935                 return false;
10936             }
10937             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10938                 return false;
10939             }
10940             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10941                 return false;
10942             }
10943             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10944                 return false;
10945             }
10946             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10947                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10948                 return false;
10949             }
10950             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10951                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10952                 return false;
10953             }
10954         }
10955         catch ( final Exception e ) {
10956             e.printStackTrace();
10957             return false;
10958         }
10959         return true;
10960     }
10961
10962     private static boolean testSpecies() {
10963         try {
10964             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10965             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10966             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10967             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10968             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10969                 return false;
10970             }
10971             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10972                 return false;
10973             }
10974             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10975                 return false;
10976             }
10977             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10978                 return false;
10979             }
10980             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10981                 return false;
10982             }
10983             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10984                 return false;
10985             }
10986             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10987                 return false;
10988             }
10989             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10990                 return false;
10991             }
10992             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10993                 return false;
10994             }
10995             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10996                 return false;
10997             }
10998             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10999                 return false;
11000             }
11001             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
11002                 return false;
11003             }
11004             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
11005                 return false;
11006             }
11007             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
11008                 return false;
11009             }
11010             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
11011             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
11012                 return false;
11013             }
11014             if ( s5.equals( s1 ) ) {
11015                 return false;
11016             }
11017         }
11018         catch ( final Exception e ) {
11019             e.printStackTrace( System.out );
11020             return false;
11021         }
11022         return true;
11023     }
11024
11025     private static boolean testSplit() {
11026         try {
11027             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11028             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11029             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
11030             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11031             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11032             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11033             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11034             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11035             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11036             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11037             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11038             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11039             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11040             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
11041             // System.out.println( s0.toString() );
11042             //
11043             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11046             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11047                 return false;
11048             }
11049             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11050             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11057             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11058                 return false;
11059             }
11060             //
11061             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11065             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11066                 return false;
11067             }
11068             //
11069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11074             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11075                 return false;
11076             }
11077             //
11078             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11083             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11084                 return false;
11085             }
11086             //
11087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11091             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11092                 return false;
11093             }
11094             //
11095             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11098             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11099                 return false;
11100             }
11101             //
11102             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11108             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11109                 return false;
11110             }
11111             //
11112             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11116             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11117                 return false;
11118             }
11119             //
11120             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11125             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11126                 return false;
11127             }
11128             //
11129             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11132             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11133                 return false;
11134             }
11135             //
11136             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11142                 return false;
11143             }
11144             //
11145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11151             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11152                 return false;
11153             }
11154             //
11155             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11160                 return false;
11161             }
11162             //
11163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11166             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11167                 return false;
11168             }
11169             //
11170             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11173             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11174                 return false;
11175             }
11176             //
11177             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11180             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11181                 return false;
11182             }
11183             //
11184             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11187             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11188                 return false;
11189             }
11190             //
11191             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11194             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11195                 return false;
11196             }
11197             //
11198             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11201             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11202                 return false;
11203             }
11204             //
11205             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11207             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11209             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11210                 return false;
11211             }
11212             //
11213             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11217             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11218                 return false;
11219             }
11220             //
11221             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11222             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11225             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11226                 return false;
11227             }
11228             //
11229             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11234             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11235                 return false;
11236             }
11237             /////////
11238             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11239             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11240             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11241             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11242             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11243             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11244             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11245             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11246             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11247             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11248             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11249             //                return false;
11250             //            }
11251             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11252             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11253             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11254             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11255             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11256             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11257             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11258             //                return false;
11259             //            }
11260             //            //
11261             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11262             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11263             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11264             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11265             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11266             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11267             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11268             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11269             //                return false;
11270             //            }
11271             //            //
11272             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11273             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11274             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11275             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
11276             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
11277             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
11278             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
11279             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11280             //                return false;
11281             //            }
11282             //            //
11283             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11284             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11285             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11286             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
11287             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11288             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11289             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11290             //                return false;
11291             //            }
11292             //            //
11293             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11294             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
11295             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
11296             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
11297             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
11298             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11299             //                return false;
11300             //            }
11301             //
11302             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11304             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11305             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11307             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11308                 return false;
11309             }
11310             //
11311             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11316             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11317                 return false;
11318             }
11319             ///////////////////////////
11320             //
11321             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11326             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11327                 return false;
11328             }
11329             //
11330             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11335             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11336                 return false;
11337             }
11338             //
11339             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11344             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             //
11348             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11353             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11354                 return false;
11355             }
11356             //
11357             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11362             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11363                 return false;
11364             }
11365             //
11366             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11367             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11369             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11370             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11371                 return false;
11372             }
11373             //
11374             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11376             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11377             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11378             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11380             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11381                 return false;
11382             }
11383             //
11384             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11385             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11390             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11391                 return false;
11392             }
11393             //
11394             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11398             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11400             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11401                 return false;
11402             }
11403             //
11404             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11405             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
11406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
11407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11411             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11412                 return false;
11413             }
11414         }
11415         catch ( final Exception e ) {
11416             e.printStackTrace();
11417             return false;
11418         }
11419         return true;
11420     }
11421
11422     private static boolean testSplitStrict() {
11423         try {
11424             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11425             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
11426             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
11427             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11428             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11429             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11430             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11431             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11432             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11433             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11434             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
11435             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11438             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11439                 return false;
11440             }
11441             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11442             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11449             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11450                 return false;
11451             }
11452             //
11453             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11457             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11458                 return false;
11459             }
11460             //
11461             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11462             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11463             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11464             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11465             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11466             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11467                 return false;
11468             }
11469             //
11470             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11471             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11475             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11476                 return false;
11477             }
11478             //
11479             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11480             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11481             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11483             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11484                 return false;
11485             }
11486             //
11487             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11488             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11489             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11490             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11491                 return false;
11492             }
11493             //
11494             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11498             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11500             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11501                 return false;
11502             }
11503             //
11504             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11505             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11506             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11507             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11508             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11509                 return false;
11510             }
11511             //
11512             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11514             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11515             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11516             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11517             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
11518                 return false;
11519             }
11520             //
11521             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11524             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11525                 return false;
11526             }
11527             //
11528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11533             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11534                 return false;
11535             }
11536             //
11537             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11543             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11544                 return false;
11545             }
11546             //
11547             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11551             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11552                 return false;
11553             }
11554             //
11555             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11558             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11559                 return false;
11560             }
11561             //
11562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11565             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11566                 return false;
11567             }
11568             //
11569             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
11572             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11573                 return false;
11574             }
11575             //
11576             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11579             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11580                 return false;
11581             }
11582             //
11583             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11586             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11587                 return false;
11588             }
11589             //
11590             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11591             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11593             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11594                 return false;
11595             }
11596             //
11597             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11599             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
11600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11601             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11602                 return false;
11603             }
11604             //
11605             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11606             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11607             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
11608             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11609             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11610                 return false;
11611             }
11612             //
11613             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11614             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11615             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11617             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11618                 return false;
11619             }
11620             //
11621             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
11622             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
11623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
11624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
11625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
11626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
11627                 return false;
11628             }
11629         }
11630         catch ( final Exception e ) {
11631             e.printStackTrace();
11632             return false;
11633         }
11634         return true;
11635     }
11636
11637     private static boolean testSubtreeDeletion() {
11638         try {
11639             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11640             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11641             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
11642             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11643                 return false;
11644             }
11645             t1.toNewHampshireX();
11646             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
11647             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
11648                 return false;
11649             }
11650             t1.toNewHampshireX();
11651             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
11652             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11653                 return false;
11654             }
11655             t1.toNewHampshireX();
11656             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
11657             t1.toNewHampshireX();
11658             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11659                 return false;
11660             }
11661             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
11662             t1.toNewHampshireX();
11663             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
11664                 return false;
11665             }
11666             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
11667             t1.toNewHampshireX();
11668             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11669                 return false;
11670             }
11671             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
11672             t1.toNewHampshireX();
11673             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11674                 return false;
11675             }
11676             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
11677             t1.toNewHampshireX();
11678             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11679                 return false;
11680             }
11681             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
11682             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
11683                 return false;
11684             }
11685             if ( !t1.isEmpty() ) {
11686                 return false;
11687             }
11688             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11689             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
11690             t2.toNewHampshireX();
11691             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
11692                 return false;
11693             }
11694             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
11695             t2.toNewHampshireX();
11696             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
11697                 return false;
11698             }
11699             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
11700             t2.toNewHampshireX();
11701             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
11702                 return false;
11703             }
11704         }
11705         catch ( final Exception e ) {
11706             e.printStackTrace( System.out );
11707             return false;
11708         }
11709         return true;
11710     }
11711
11712     private static boolean testSupportCount() {
11713         try {
11714             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11715             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
11716             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
11717                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
11718                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11719                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
11720                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
11721                                                               new NHXParser() );
11722             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
11723             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
11724             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11725                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
11726                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
11727                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11728                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11729                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11730                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
11731                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
11732                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
11733                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
11734                                                               new NHXParser() );
11735             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
11736             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
11737             while ( it.hasNext() ) {
11738                 final PhylogenyNode n = it.next();
11739                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
11740                     return false;
11741                 }
11742             }
11743             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
11744             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
11745                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
11746             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
11747             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
11748             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
11749                 return false;
11750             }
11751             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
11752                 return false;
11753             }
11754             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
11755                 return false;
11756             }
11757             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
11758                 return false;
11759             }
11760             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
11761                 return false;
11762             }
11763             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
11764                 return false;
11765             }
11766             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
11767                 return false;
11768             }
11769             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
11770                 return false;
11771             }
11772             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
11773                 return false;
11774             }
11775             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
11776                 return false;
11777             }
11778             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11779             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
11780                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
11781             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
11782             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
11783             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
11784                 return false;
11785             }
11786             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
11787                 return false;
11788             }
11789             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
11790                 return false;
11791             }
11792             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
11793                 return false;
11794             }
11795             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
11796                 return false;
11797             }
11798             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
11799                 return false;
11800             }
11801             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
11802                 return false;
11803             }
11804             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
11805                 return false;
11806             }
11807             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
11808                 return false;
11809             }
11810             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
11811                 return false;
11812             }
11813             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11814             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11815             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11816             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11817                 return false;
11818             }
11819             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11820             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11821             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11822             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11823                 return false;
11824             }
11825             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11826             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11827             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11828             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11829                 return false;
11830             }
11831             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11832             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11833             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11834             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11835                 return false;
11836             }
11837         }
11838         catch ( final Exception e ) {
11839             e.printStackTrace( System.out );
11840             return false;
11841         }
11842         return true;
11843     }
11844
11845     private static boolean testSupportTransfer() {
11846         try {
11847             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11848             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11849                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11850             final Phylogeny p2 = factory
11851                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11852             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11853                 return false;
11854             }
11855             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11856                 return false;
11857             }
11858             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11859             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11860             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11861                 return false;
11862             }
11863             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11864                 return false;
11865             }
11866             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11867                 return false;
11868             }
11869             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11870                 return false;
11871             }
11872             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11873                 return false;
11874             }
11875             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11876                 return false;
11877             }
11878             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11879                 return false;
11880             }
11881             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11882                 return false;
11883             }
11884         }
11885         catch ( final Exception e ) {
11886             e.printStackTrace( System.out );
11887             return false;
11888         }
11889         return true;
11890     }
11891
11892     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11893         try {
11894             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11895                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11896             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11897                 return false;
11898             }
11899             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11900                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11901             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11902                 System.out.println( n1.toString() );
11903                 return false;
11904             }
11905             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11906                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11907             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11908                 return false;
11909             }
11910             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11911                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11912             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11913                 System.out.println( n3.toString() );
11914                 return false;
11915             }
11916             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11917                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11918             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11919                 System.out.println( n4.toString() );
11920                 return false;
11921             }
11922             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11923                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11924             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11925                 System.out.println( n5.toString() );
11926                 return false;
11927             }
11928             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11929                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11930             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11931                 System.out.println( n6.toString() );
11932                 return false;
11933             }
11934             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11935                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11936             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11937                 System.out.println( n7.toString() );
11938                 return false;
11939             }
11940             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11941                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11942             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11943                 System.out.println( n8.toString() );
11944                 return false;
11945             }
11946             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11947                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11948             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11949                 System.out.println( n9.toString() );
11950                 return false;
11951             }
11952             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11953                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11954             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11955                 System.out.println( n10x.toString() );
11956                 return false;
11957             }
11958             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11959                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11960             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11961                 System.out.println( n10xx.toString() );
11962                 return false;
11963             }
11964             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11965                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11966             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11967                 System.out.println( n10.toString() );
11968                 return false;
11969             }
11970             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11971                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11972             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11973                 System.out.println( n11.toString() );
11974                 return false;
11975             }
11976             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11977                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11978                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11979             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11980                 System.out.println( n12.toString() );
11981                 return false;
11982             }
11983             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11984                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11985             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11986                 System.out.println( n13.toString() );
11987                 return false;
11988             }
11989             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
11990                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11991             if ( !n14.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11992                 System.out.println( n14.toString() );
11993                 return false;
11994             }
11995             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
11996                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11997             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11998                 System.out.println( n15.toString() );
11999                 return false;
12000             }
12001             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
12002                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12003             if ( !n16.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
12004                 System.out.println( n16.toString() );
12005                 return false;
12006             }
12007             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
12008                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus K392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12009             if ( !n17.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
12010                 System.out.println( n17.toString() );
12011                 return false;
12012             }
12013             //
12014             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
12015                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12016             if ( !n18.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12017                 System.out.println( n18.toString() );
12018                 return false;
12019             }
12020             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
12021                     .createInstanceFromNhxString( "Mus_musculus_musculus_K392",
12022                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12023             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12024                 System.out.println( n19.toString() );
12025                 return false;
12026             }
12027             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
12028                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus 392", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12029             if ( !n20.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12030                 System.out.println( n20.toString() );
12031                 return false;
12032             }
12033             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
12034                     .createInstanceFromNhxString( "Mus musculus musculus K392",
12035                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
12036             if ( !n21.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
12037                 System.out.println( n21.toString() );
12038                 return false;
12039             }
12040         }
12041         catch ( final Exception e ) {
12042             e.printStackTrace( System.out );
12043             return false;
12044         }
12045         return true;
12046     }
12047
12048     private static boolean testTreeCopy() {
12049         try {
12050             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
12051             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
12052             final Phylogeny t1 = t0.copy();
12053             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
12054                 return false;
12055             }
12056             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12057                 return false;
12058             }
12059             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
12060             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
12061             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
12062             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
12063             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
12064                 return false;
12065             }
12066             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12067                 return false;
12068             }
12069             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
12070             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
12071             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
12072             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
12073                 return false;
12074             }
12075         }
12076         catch ( final Exception e ) {
12077             e.printStackTrace();
12078             return false;
12079         }
12080         return true;
12081     }
12082
12083     private static boolean testTreeMethods() {
12084         try {
12085             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
12086             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12087             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
12088             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
12089                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
12090                 return false;
12091             }
12092             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
12093             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
12094             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
12095                 return false;
12096             }
12097             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
12098                 return false;
12099             }
12100             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
12101                 return false;
12102             }
12103         }
12104         catch ( final Exception e ) {
12105             e.printStackTrace( System.out );
12106             return false;
12107         }
12108         return true;
12109     }
12110
12111     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
12112         try {
12113             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
12114             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
12115                 return false;
12116             }
12117             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
12118                 return false;
12119             }
12120             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
12121                 return false;
12122             }
12123             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
12124                 return false;
12125             }
12126             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
12127                 return false;
12128             }
12129             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
12130                 return false;
12131             }
12132         }
12133         catch ( final IOException e ) {
12134             System.out.println();
12135             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12136             e.printStackTrace( System.out );
12137             return true;
12138         }
12139         catch ( final Exception e ) {
12140             return false;
12141         }
12142         return true;
12143     }
12144
12145     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
12146         try {
12147             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
12148                                                                                                  10 );
12149             if ( results.size() != 1 ) {
12150                 return false;
12151             }
12152             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12153                 return false;
12154             }
12155             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12156                 return false;
12157             }
12158             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12159                 return false;
12160             }
12161             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12162                 return false;
12163             }
12164             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12165                 return false;
12166             }
12167             results = null;
12168             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
12169             if ( results.size() != 1 ) {
12170                 return false;
12171             }
12172             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12173                 return false;
12174             }
12175             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12176                 return false;
12177             }
12178             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12179                 return false;
12180             }
12181             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12182                 return false;
12183             }
12184             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12185                 return false;
12186             }
12187             results = null;
12188             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
12189             if ( results.size() != 1 ) {
12190                 return false;
12191             }
12192             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12193                 return false;
12194             }
12195             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12196                 return false;
12197             }
12198             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12199                 return false;
12200             }
12201             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12202                 return false;
12203             }
12204             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12205                 return false;
12206             }
12207             results = null;
12208             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
12209             if ( results.size() != 1 ) {
12210                 return false;
12211             }
12212             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
12213                 return false;
12214             }
12215             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
12216                 return false;
12217             }
12218             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
12219                 return false;
12220             }
12221             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12222                 return false;
12223             }
12224             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12225                 return false;
12226             }
12227             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
12228                 return false;
12229             }
12230             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
12231                 return false;
12232             }
12233             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12234                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12235                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12236                 return false;
12237             }
12238             //
12239             results = null;
12240             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
12241             if ( results.size() != 1 ) {
12242                 return false;
12243             }
12244             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12245                 return false;
12246             }
12247             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12248                 return false;
12249             }
12250             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12251                 return false;
12252             }
12253             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12254                 return false;
12255             }
12256             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12257                 return false;
12258             }
12259             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12260                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12261                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12262                 return false;
12263             }
12264             //
12265             results = null;
12266             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
12267             if ( results.size() != 1 ) {
12268                 return false;
12269             }
12270             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12271                 return false;
12272             }
12273             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12274                 return false;
12275             }
12276             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12277                 return false;
12278             }
12279             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12280                 return false;
12281             }
12282             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12283                 return false;
12284             }
12285             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12286                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12287                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12288                 return false;
12289             }
12290             //
12291             results = null;
12292             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
12293             if ( results.size() != 1 ) {
12294                 return false;
12295             }
12296             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
12297                 return false;
12298             }
12299             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
12300                 return false;
12301             }
12302             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
12303                 return false;
12304             }
12305             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
12306                 return false;
12307             }
12308             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12309                 return false;
12310             }
12311             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
12312                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
12313                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
12314                 return false;
12315             }
12316         }
12317         catch ( final IOException e ) {
12318             System.out.println();
12319             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12320             e.printStackTrace( System.out );
12321             return true;
12322         }
12323         catch ( final Exception e ) {
12324             return false;
12325         }
12326         return true;
12327     }
12328
12329     private static boolean testWabiTxSearch() {
12330         try {
12331             String result = "";
12332             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
12333             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
12334             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
12335                 return false;
12336             }
12337             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
12338             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
12339                 return false;
12340             }
12341             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
12342             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
12343                 return false;
12344             }
12345             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
12346             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
12347                 return false;
12348             }
12349             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12350             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
12351                 return false;
12352             }
12353             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
12354             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
12355                 return false;
12356             }
12357             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
12358             queries.add( "Campylobacter coli" );
12359             queries.add( "Escherichia coli" );
12360             queries.add( "Arabidopsis" );
12361             queries.add( "Trichoplax" );
12362             queries.add( "Samanea saman" );
12363             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
12364             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
12365             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
12366             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
12367             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
12368             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
12369             ranks.add( RANKS.FAMILY );
12370             ranks.add( RANKS.GENUS );
12371             ranks.add( RANKS.TRIBE );
12372             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
12373             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
12374             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
12375         }
12376         catch ( final Exception e ) {
12377             System.out.println();
12378             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
12379             e.printStackTrace( System.out );
12380             return false;
12381         }
12382         return true;
12383     }
12384 }