forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.datastructures.IntMatrix;
  42 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  43 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  46 import org.forester.go.TestGo;
  47 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  50 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  56 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  57 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  58 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  59 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  60 import org.forester.msa.BasicMsa;
  61 import org.forester.msa.Mafft;
  62 import org.forester.msa.Msa;
  63 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  64 import org.forester.msa.MsaMethods;
  65 import org.forester.pccx.TestPccx;
  66 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  72 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  75 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  79 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  81 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  84 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  88 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  89 import org.forester.protein.Protein;
  90 import org.forester.sdi.GSDI;
  91 import org.forester.sdi.RIO;
  92 import org.forester.sdi.SDI;
  93 import org.forester.sdi.SDIR;
  94 import org.forester.sdi.SDIse;
  95 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  96 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  97 import org.forester.sequence.Sequence;
  98 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  99 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 100 import org.forester.tools.SupportCount;
 101 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 102 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 103 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.BasicTable;
 105 import org.forester.util.BasicTableParser;
 106 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 107 import org.forester.util.ForesterConstants;
 108 import org.forester.util.ForesterUtil;
 109 import org.forester.util.GeneralTable;
 110 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 111 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 112 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 113 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 116 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 117 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 118
 119 @SuppressWarnings( "unused")
 120 public final class Test {
 121
 122     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 123     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 127                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 128                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 129     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 130     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 134                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 135                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 136
 137     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 138         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 139         return p;
 140     }
 141
 142     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 143         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 144         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 145     }
 146
 147     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 148         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 149     }
 150
 151     public static void main( final String[] args ) {
 152         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 153         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 154                 + "]" );
 155         Locale.setDefault( Locale.US );
 156         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 157         int failed = 0;
 158         int succeeded = 0;
 159         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 160         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 169         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 170             System.out.println( "OK.]" );
 171         }
 172         else {
 173             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 174             System.out.println( "Testing aborted." );
 175             System.exit( -1 );
 176         }
 177         final long start_time = new Date().getTime();
 178         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 179         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 188         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 189             System.out.println( "OK." );
 190             succeeded++;
 191         }
 192         else {
 193             System.out.println( "failed." );
 194             failed++;
 195         }
 196         System.out.print( "Basic node methods: " );
 197         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 198             System.out.println( "OK." );
 199             succeeded++;
 200         }
 201         else {
 202             System.out.println( "failed." );
 203             failed++;
 204         }
 205         System.out.print( "Taxonomy extraction: " );
 206         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 207             System.out.println( "OK." );
 208             succeeded++;
 209         }
 210         else {
 211             System.out.println( "failed." );
 212             failed++;
 213         }
 214         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 215         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 216             System.out.println( "OK." );
 217             succeeded++;
 218         }
 219         else {
 220             System.out.println( "failed." );
 221             failed++;
 222         }
 223         System.out.print( "NH parsing: " );
 224         if ( Test.testNHParsing() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 233         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "NHX parsing: " );
 242         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 251         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 260         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 261             System.out.println( "OK." );
 262             succeeded++;
 263         }
 264         else {
 265             System.out.println( "failed." );
 266             failed++;
 267         }
 268         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 269         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 270             System.out.println( "OK." );
 271             succeeded++;
 272         }
 273         else {
 274             System.out.println( "failed." );
 275             failed++;
 276         }
 277         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 278         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 279             System.out.println( "OK." );
 280             succeeded++;
 281         }
 282         else {
 283             System.out.println( "failed." );
 284             failed++;
 285         }
 286         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 287         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 288             System.out.println( "OK." );
 289             succeeded++;
 290         }
 291         else {
 292             System.out.println( "failed." );
 293             failed++;
 294         }
 295         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 296         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 297             System.out.println( "OK." );
 298             succeeded++;
 299         }
 300         else {
 301             System.out.println( "failed." );
 302             failed++;
 303         }
 304         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 305         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 306             System.out.println( "OK." );
 307             succeeded++;
 308         }
 309         else {
 310             System.out.println( "failed." );
 311             failed++;
 312         }
 313         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 314         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 323         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 332         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 341         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Copying of node data: " );
 350         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 359         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 368         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 377         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 386         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "Re-id methods: " );
 395         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 404         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 413         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 422         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 431         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 440         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Rerooting: " );
 449         if ( Test.testRerooting() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 458         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "Support count: " );
 467         if ( Test.testSupportCount() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Support transfer: " );
 476         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 485         if ( Test.testGetLCA() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 494         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 503         if ( Test.testGetDistance() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "SDIse: " );
 512         if ( Test.testSDIse() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 521         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "GSDI: " );
 530         if ( TestGSDI.test() ) {
 531             System.out.println( "OK." );
 532             succeeded++;
 533         }
 534         else {
 535             System.out.println( "failed." );
 536             failed++;
 537         }
 538         System.out.print( "Ortholog table: " );
 539         if ( Test.testOrthologTable() ) {
 540             System.out.println( "OK." );
 541             succeeded++;
 542         }
 543         else {
 544             System.out.println( "failed." );
 545             failed++;
 546         }
 547         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 548         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 549             System.out.println( "OK." );
 550             succeeded++;
 551         }
 552         else {
 553             System.out.println( "failed." );
 554             failed++;
 555         }
 556         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 557         if ( Test.testDataObjects() ) {
 558             System.out.println( "OK." );
 559             succeeded++;
 560         }
 561         else {
 562             System.out.println( "failed." );
 563             failed++;
 564         }
 565         System.out.print( "Properties map: " );
 566         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 567             System.out.println( "OK." );
 568             succeeded++;
 569         }
 570         else {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 575         System.out.println();
 576         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 577             System.out.println( "OK." );
 578             succeeded++;
 579         }
 580         else {
 581             System.out.println( "failed." );
 582             failed++;
 583         }
 584         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 585         System.out.println();
 586         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 587             System.out.println( "OK." );
 588             succeeded++;
 589         }
 590         else {
 591             System.out.println( "failed." );
 592             failed++;
 593         }
 594         System.out.print( "GO: " );
 595         System.out.println();
 596         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "Modeling tools: " );
 605         if ( TestPccx.test() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 614         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "Split Matrix: " );
 623         if ( Test.testSplit() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 632         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Basic table: " );
 641         if ( Test.testBasicTable() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "General table: " );
 650         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 659         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         System.out.print( "General MSA parser: " );
 668         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 669             System.out.println( "OK." );
 670             succeeded++;
 671         }
 672         else {
 673             System.out.println( "failed." );
 674             failed++;
 675         }
 676         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 677         if ( Test.testFastaParser() ) {
 678             System.out.println( "OK." );
 679             succeeded++;
 680         }
 681         else {
 682             System.out.println( "failed." );
 683             failed++;
 684         }
 685         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 686         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 687             System.out.println( "OK." );
 688             succeeded++;
 689         }
 690         else {
 691             System.out.println( "failed." );
 692             failed++;
 693         }
 694         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 695         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 696             System.out.println( "OK." );
 697             succeeded++;
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "failed." );
 701             failed++;
 702         }
 703         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 704         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 705             System.out.println( "OK." );
 706             succeeded++;
 707         }
 708         else {
 709             System.out.println( "failed." );
 710             failed++;
 711         }
 712         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 713         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 714             System.out.println( "OK." );
 715             succeeded++;
 716         }
 717         else {
 718             System.out.println( "failed." );
 719             failed++;
 720         }
 721         //----
 722         String path = "";
 723         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 724         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 725             path = "/usr/local/bin/mafft";
 726         }
 727         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 728             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 729         }
 730         else {
 731             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 732         }
 733         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 734             path = "mafft";
 735         }
 736         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 737             path = "/usr/local/bin/mafft";
 738         }
 739         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 740             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 741             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 742                 System.out.println( "OK." );
 743                 succeeded++;
 744             }
 745             else {
 746                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 747             }
 748         }
 749         //----
 750         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 751         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 752             System.out.println( "OK." );
 753             succeeded++;
 754         }
 755         else {
 756             System.out.println( "failed." );
 757             failed++;
 758         }
 759         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 760         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 761             System.out.println( "OK." );
 762             succeeded++;
 763         }
 764         else {
 765             System.out.println( "failed." );
 766             failed++;
 767         }
 768         System.out.println();
 769         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 770         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 771         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 772         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 773                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 774         System.out.println();
 775         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 776         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 777         System.out.println();
 778         if ( failed < 1 ) {
 779             System.out.println( "OK." );
 780         }
 781         else {
 782             System.out.println( "Not OK." );
 783         }
 784     }
 785
 786     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 787         try {
 788             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 789                 return false;
 790             }
 791             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 792                 return false;
 793             }
 794             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 795                 return false;
 796             }
 797             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 798                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 802                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 803                 return false;
 804             }
 805             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 806                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 807                 return false;
 808             }
 809             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 810                 return false;
 811             }
 812             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 813                 return false;
 814             }
 815             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 816                     .equals( "RAT" ) ) {
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 820                     .equals( "RAT" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 824                     .equals( "RAT" ) ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 837                     .equals( "PIG" ) ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 841                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 845                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 846                 return false;
 847             }
 848         }
 849         catch ( final Exception e ) {
 850             e.printStackTrace( System.out );
 851             return false;
 852         }
 853         return true;
 854     }
 855
 856     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 857         try {
 858             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 862             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 863                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 864             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 865                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 866             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 867                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 868             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 875                 return false;
 876             }
 877             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 878                 return false;
 879             }
 880             if ( !n3.isExternal() ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !n3.isRoot() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 887                 return false;
 888             }
 889         }
 890         catch ( final Exception e ) {
 891             e.printStackTrace( System.out );
 892             return false;
 893         }
 894         return true;
 895     }
 896
 897     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 898         try {
 899             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 900             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 901             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 902                                                               xml_parser );
 903             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 904                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 911             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 912             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 913             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 914             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t1.isRooted() ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( t1.isRerootable() ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 936                 return false;
 937             }
 938             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 939                 return false;
 940             }
 941             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 945                 return false;
 946             }
 947             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 948                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 952                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 980                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 987                 return false;
 988             }
 989             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 993                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 997                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1001                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1005                     .equals( "experimental" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1009                     .equals( "function" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1013                     .getValue() != 1 ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1017                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1018                 return false;
1019             }
1020             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1021                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1025                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1029                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1033                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1037                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1041                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1045                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1049                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1053                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1060                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1064                 return false;
1065             }
1066         }
1067         catch ( final Exception e ) {
1068             e.printStackTrace( System.out );
1069             return false;
1070         }
1071         return true;
1072     }
1073
1074     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1075         try {
1076             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1077             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1078             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1079                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1080             }
1081             else {
1082                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1083             }
1084             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1085                                                               xml_parser );
1086             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1087                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1088                 return false;
1089             }
1090             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1091                 return false;
1092             }
1093             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1094             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1095             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1096                 return false;
1097             }
1098             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1099             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1103                 return false;
1104             }
1105             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1106                 return false;
1107             }
1108             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1109                 return false;
1110             }
1111             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1112             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1113             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1114             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1115                 return false;
1116             }
1117             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1118                 return false;
1119             }
1120             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1121                 return false;
1122             }
1123             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1124                 return false;
1125             }
1126             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1127                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1131                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1135             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1136             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1138             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1142             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1158                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1168                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1172                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1176                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1180                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1184                     .equals( "experimental" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1188                     .equals( "function" ) ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1192                     .getValue() != 1 ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1196                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1200                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1204                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1208                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1212                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1216                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1220                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1224                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1228                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1232                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1239                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1246                 return false;
1247             }
1248             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1249                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1250                 return false;
1251             }
1252             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1262                 return false;
1263             }
1264             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1265                     .equals( "ncbi" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1272                     .getName().equals( "B" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1276                     .getFrom() != 21 ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1283                     .getLength() != 24 ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1287                     .getConfidence() != 2144 ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1291                     .equals( "pfam" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1307             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1311                 return false;
1312             }
1313             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1332                 return false;
1333             }
1334             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1344                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1345                 ;
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             //
1370             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1374                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1381                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1391                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1392                 return false;
1393             }
1394         }
1395         catch ( final Exception e ) {
1396             e.printStackTrace( System.out );
1397             return false;
1398         }
1399         return true;
1400     }
1401
1402     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1403         try {
1404             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1405             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1406             try {
1407                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1408             }
1409             catch ( final Exception e ) {
1410                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1411             }
1412             if ( xml_parser == null ) {
1413                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1414                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1415                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1416                 }
1417                 else {
1418                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1419                 }
1420             }
1421             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1422                                                               xml_parser );
1423             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1424                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1431             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1432             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1433             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1434             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1456             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1457             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1458                 System.out.println( "errors:" );
1459                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1460                 return false;
1461             }
1462             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1463                 return false;
1464             }
1465             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1466                                                               xml_parser );
1467             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1468                 System.out.println( "errors:" );
1469                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1479                                                               xml_parser );
1480             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1481                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1488             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1498                 return false;
1499             }
1500             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1501                                                               xml_parser );
1502             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1503                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1507                 return false;
1508             }
1509             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1510             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             s.getNode( "first" );
1514             s.getNode( "<>" );
1515             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1516             s.getNode( "'''\"" );
1517             s.getNode( "\"\"\"" );
1518             s.getNode( "dick & doof" );
1519         }
1520         catch ( final Exception e ) {
1521             e.printStackTrace( System.out );
1522             return false;
1523         }
1524         return true;
1525     }
1526
1527     private static boolean testBasicTable() {
1528         try {
1529             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1530             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1534                 return false;
1535             }
1536             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1537             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1538             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1539             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1540             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1541             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1542             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1543             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1544             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1557                 return false;
1558             }
1559             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1560                 return false;
1561             }
1562             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1575             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1576             source.append( "" + l );
1577             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1578             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1579             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1580             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1581             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1582             source.append( "40 41 42 43" + l );
1583             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1584             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1585             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1586             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1593                 return false;
1594             }
1595             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1596                 return false;
1597             }
1598             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1599                 return false;
1600             }
1601             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1605             source1.append( "" + l );
1606             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1607             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1608             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1609             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1610             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1611             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1612             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1613             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1614             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1615             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1640             source2.append( "" + l );
1641             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1642             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1643             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1644             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1645             source2.append( "                     " + l );
1646             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1647             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1648             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1649             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1650             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1651                                                                         ";",
1652                                                                         false,
1653                                                                         false,
1654                                                                         "comment:",
1655                                                                         false );
1656             if ( tl.size() != 2 ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1660             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1661             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679         }
1680         catch ( final Exception e ) {
1681             e.printStackTrace( System.out );
1682             return false;
1683         }
1684         return true;
1685     }
1686
1687     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1688         try {
1689             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1690             final TolParser parser = new TolParser();
1691             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1692             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1693                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1700             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             if ( !t1.isRooted() ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1710                 return false;
1711             }
1712             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1719             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1720                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1721                 return false;
1722             }
1723             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1727             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !t2.isRooted() ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1749                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1753             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1754                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1755                 return false;
1756             }
1757             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1758                 return false;
1759             }
1760             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1761             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1774             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1775                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1782             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1795             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1796                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1803             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815         }
1816         catch ( final Exception e ) {
1817             e.printStackTrace( System.out );
1818             return false;
1819         }
1820         return true;
1821     }
1822
1823     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1824         try {
1825             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1826             final Phylogeny t1 = factory.create();
1827             if ( !t1.isEmpty() ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1831             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( t2.isEmpty() ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1844             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1854             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1865             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1866             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1873             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1874             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1878             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1879             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1883             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1884             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             final char[] a9 = new char[] {};
1891             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1892             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1896             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1897             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900         }
1901         catch ( final Exception e ) {
1902             e.printStackTrace( System.out );
1903             return false;
1904         }
1905         return true;
1906     }
1907
1908     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1909         try {
1910             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1911             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1912             final Phylogeny[] ev0 = factory
1913                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1914                              new NHXParser() );
1915             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1916             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1923             final Phylogeny[] ev1 = factory
1924                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1925                              new NHXParser() );
1926             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1927             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1934             final Phylogeny[] ev_b = factory
1935                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1936                              new NHXParser() );
1937             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1938             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             //
1945             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1946             final Phylogeny[] ev1x = factory
1947                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1948                              new NHXParser() );
1949             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1950             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1954                 return false;
1955             }
1956             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1957             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1958                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1959                              new NHXParser() );
1960             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1961             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1965                 return false;
1966             }
1967             //
1968             final Phylogeny[] t2 = factory
1969                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1970                              new NHXParser() );
1971             final Phylogeny[] ev2 = factory
1972                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1973                              new NHXParser() );
1974             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1975                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1976             }
1977             //
1978             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1979                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1980             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1981             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1982             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1989                 return false;
1990             }
1991         }
1992         catch ( final Exception e ) {
1993             e.printStackTrace();
1994             return false;
1995         }
1996         return true;
1997     }
1998
1999     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2000         try {
2001             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2002                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2003             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2004             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007         }
2008         catch ( final Exception e ) {
2009             e.printStackTrace();
2010             return false;
2011         }
2012         return true;
2013     }
2014
2015     private static boolean testDataObjects() {
2016         try {
2017             final Confidence s0 = new Confidence();
2018             final Confidence s1 = new Confidence();
2019             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2023             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2024             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2031             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2032                 return false;
2033             }
2034             s3.asSimpleText();
2035             s3.asText();
2036             // Taxonomy
2037             // ----------
2038             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2039             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2040             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2041             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2042             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2043             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2044             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2045             t1.setScientificName( "E. coli" );
2046             t1.setCommonName( "coli" );
2047             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2048             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2052             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2053             t2.setScientificName( "what" );
2054             t2.setCommonName( "something" );
2055             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2059             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             t1.setIdentifier( null );
2063             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2064             t3.setScientificName( "what" );
2065             t3.setCommonName( "something" );
2066             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             t1.setIdentifier( null );
2070             t1.setTaxonomyCode( "" );
2071             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2072             t4.setCommonName( "something" );
2073             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2074                 return false;
2075             }
2076             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2077             t4.setCommonName( "something" );
2078             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             t1.setIdentifier( null );
2082             t1.setTaxonomyCode( "" );
2083             t1.setScientificName( "" );
2084             t5.setCommonName( "COLI" );
2085             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2086                 return false;
2087             }
2088             t5.setCommonName( "vibrio" );
2089             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             // Identifier
2093             // ----------
2094             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2095             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2096             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             id1.asSimpleText();
2106             id1.asText();
2107             // ProteinDomain
2108             // ---------------
2109             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2110             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2111             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             pd1.asSimpleText();
2118             pd1.asText();
2119             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2120             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2121             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             pd3.asSimpleText();
2131             pd3.asText();
2132             // DomainArchitecture
2133             // ------------------
2134             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2135             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2136             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2137             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2138             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2139             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2140             domains0.add( d2 );
2141             domains0.add( d0 );
2142             domains0.add( d3 );
2143             domains0.add( d1 );
2144             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2145             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2149             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2156                 return false;
2157             }
2158             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2159             domains1.add( d1 );
2160             domains1.add( d2 );
2161             domains1.add( d4 );
2162             domains1.add( d0 );
2163             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2164             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             ds1.asSimpleText();
2168             ds1.asText();
2169             ds1.toNHX();
2170             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2171             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2172                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             // Event
2179             // -----
2180             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2181             if ( e1.isDuplication() ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !e1.isFusion() ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2191                 return false;
2192             }
2193             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2194             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2201             if ( e2.isDuplication() ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2220             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2224             if ( e3.isDuplication() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( e3.isSpeciation() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2237             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2238             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             e3 = null;
2242             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2246             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2253             e4 = null;
2254             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2255             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             final Event e5 = new Event();
2262             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2272             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2279             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2286             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2287                 return false;
2288             }
2289             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292         }
2293         catch ( final Exception e ) {
2294             e.printStackTrace( System.out );
2295             return false;
2296         }
2297         return true;
2298     }
2299
2300     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2301         try {
2302             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2303             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2304             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2305             if ( t0.isEmpty() ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2312             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             if ( !t0.isEmpty() ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2319             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2323             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2330             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2334             if ( !t1.isEmpty() ) {
2335                 return false;
2336             }
2337             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2338             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2342             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             t2.toNewHampshireX();
2346             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2347             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2351             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2355             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2359             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2363             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             n = t3.getNode( "A" );
2367             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2368                 return false;
2369             }
2370             n = n.getNextExternalNode();
2371             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2375             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             n = t3.getNode( "C" );
2379             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2383             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2387             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2395             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2399             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2403             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2407             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             n = t4.getNode( "A" );
2411             n = n.getNextExternalNode();
2412             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             n = n.getNextExternalNode();
2416             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2420             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2421                 return false;
2422             }
2423             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2424             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2425             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2429             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2434             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2438             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2443             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2447             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2451             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2452             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2456             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2460             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2461             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2465             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2469             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2470             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2474             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2478             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2479             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2483             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2487             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2491             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2495             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2496             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2500             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2504             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2512             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2516             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2520             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2521                 return false;
2522             }
2523             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2524             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2528             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2532             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2536             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2540             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2544             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2553             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2561             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2562             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2570             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2571             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2575             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2579             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2583             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2587             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2591             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2592                 return false;
2593             }
2594         }
2595         catch ( final Exception e ) {
2596             e.printStackTrace( System.out );
2597             return false;
2598         }
2599         return true;
2600     }
2601
2602     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2603         try {
2604             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2605             dss1.addValue( 82 );
2606             dss1.addValue( 78 );
2607             dss1.addValue( 70 );
2608             dss1.addValue( 58 );
2609             dss1.addValue( 42 );
2610             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             dss1.addValue( 123 );
2647             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2657             dss2.addValue( -1.85 );
2658             dss2.addValue( 57.5 );
2659             dss2.addValue( 92.78 );
2660             dss2.addValue( 57.78 );
2661             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2668             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             dss2.addValue( -100 );
2672             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             final double[] ds = new double[ 14 ];
2679             ds[ 0 ] = 34;
2680             ds[ 1 ] = 23;
2681             ds[ 2 ] = 1;
2682             ds[ 3 ] = 32;
2683             ds[ 4 ] = 11;
2684             ds[ 5 ] = 2;
2685             ds[ 6 ] = 12;
2686             ds[ 7 ] = 33;
2687             ds[ 8 ] = 13;
2688             ds[ 9 ] = 22;
2689             ds[ 10 ] = 21;
2690             ds[ 11 ] = 35;
2691             ds[ 12 ] = 24;
2692             ds[ 13 ] = 31;
2693             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2694             if ( bins.length != 4 ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2710             ds1[ 0 ] = 10.0;
2711             ds1[ 1 ] = 19.0;
2712             ds1[ 2 ] = 9.999;
2713             ds1[ 3 ] = 0.0;
2714             ds1[ 4 ] = 39.9;
2715             ds1[ 5 ] = 39.999;
2716             ds1[ 6 ] = 30.0;
2717             ds1[ 7 ] = 19.999;
2718             ds1[ 8 ] = 30.1;
2719             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2720             if ( bins1.length != 4 ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2736             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2749             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2762             dss3.addValue( 1 );
2763             dss3.addValue( 1 );
2764             dss3.addValue( 1 );
2765             dss3.addValue( 2 );
2766             dss3.addValue( 3 );
2767             dss3.addValue( 4 );
2768             dss3.addValue( 5 );
2769             dss3.addValue( 5 );
2770             dss3.addValue( 5 );
2771             dss3.addValue( 6 );
2772             dss3.addValue( 7 );
2773             dss3.addValue( 8 );
2774             dss3.addValue( 9 );
2775             dss3.addValue( 10 );
2776             dss3.addValue( 10 );
2777             dss3.addValue( 10 );
2778             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2779             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2780             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2781         }
2782         catch ( final Exception e ) {
2783             e.printStackTrace( System.out );
2784             return false;
2785         }
2786         return true;
2787     }
2788
2789     private static boolean testDir( final String file ) {
2790         try {
2791             final File f = new File( file );
2792             if ( !f.exists() ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( !f.isDirectory() ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( !f.canRead() ) {
2799                 return false;
2800             }
2801         }
2802         catch ( final Exception e ) {
2803             return false;
2804         }
2805         return true;
2806     }
2807
2808     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2809         try {
2810             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2811             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2812             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2813             n = n.getNextExternalNode();
2814             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             n = n.getNextExternalNode();
2818             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2819                 return false;
2820             }
2821             n = n.getNextExternalNode();
2822             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             n = t1.getNode( "B" );
2826             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2827                 n = n.getNextExternalNode();
2828             }
2829             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2830             n = t2.getNode( "A" );
2831             n = n.getNextExternalNode();
2832             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             n = n.getNextExternalNode();
2836             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             n = n.getNextExternalNode();
2840             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2841                 return false;
2842             }
2843             n = t2.getNode( "B" );
2844             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2845                 n = n.getNextExternalNode();
2846             }
2847             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2848             n = t3.getNode( "A" );
2849             n = n.getNextExternalNode();
2850             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n = n.getNextExternalNode();
2854             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n = n.getNextExternalNode();
2858             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2859                 return false;
2860             }
2861             n = n.getNextExternalNode();
2862             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2863                 return false;
2864             }
2865             n = n.getNextExternalNode();
2866             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             n = n.getNextExternalNode();
2870             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2871                 return false;
2872             }
2873             n = n.getNextExternalNode();
2874             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2875                 return false;
2876             }
2877             n = t3.getNode( "B" );
2878             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2879                 n = n.getNextExternalNode();
2880             }
2881             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2882             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2883                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2884             }
2885             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2886             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2887                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2888             }
2889         }
2890         catch ( final Exception e ) {
2891             e.printStackTrace( System.out );
2892             return false;
2893         }
2894         return true;
2895     }
2896
2897     private static boolean testGeneralTable() {
2898         try {
2899             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2900             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2901             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2902             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2903             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2904             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2905             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2906             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2907             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2908             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2909                 return false;
2910             }
2911             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2912                 return false;
2913             }
2914             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2936             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2937             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2938             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2939             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2940             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2941             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2942             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2943             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2944             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2945             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2952                 return false;
2953             }
2954             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975         }
2976         catch ( final Exception e ) {
2977             e.printStackTrace( System.out );
2978             return false;
2979         }
2980         return true;
2981     }
2982
2983     private static boolean testGetDistance() {
2984         try {
2985             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2986             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
2987                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2988             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
2989             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3083                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3084             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117         }
3118         catch ( final Exception e ) {
3119             e.printStackTrace( System.out );
3120             return false;
3121         }
3122         return true;
3123     }
3124
3125     private static boolean testGetLCA() {
3126         try {
3127             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3128             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3129                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3130             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3131             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3135             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3139             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3143             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3147             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3151             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3155             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3159             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3163             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3167             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3171             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3175             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3179             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3183             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3187             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3191             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3195             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3199             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3203             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3207             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3211             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3215             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3219             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3223             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3224             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3228             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3232             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3236             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3240             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3244             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3248             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3252             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final Phylogeny p3 = factory
3256                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3257                              new NHXParser() )[ 0 ];
3258             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3259             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3263             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3267             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3271             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3275             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3282             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             if ( !al_3.isRoot() ) {
3286                 return false;
3287             }
3288             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3289             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3296             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3303             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3307             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3308             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3312             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3313             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3317             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3318             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3322             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3323             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326         }
3327         catch ( final Exception e ) {
3328             e.printStackTrace( System.out );
3329             return false;
3330         }
3331         return true;
3332     }
3333
3334     private static boolean testGetLCA2() {
3335         try {
3336             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3337             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3338             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3339             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3340                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3341             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3345             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3346             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3347                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3348             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3352                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3353             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3357             System.out.println( p_c.toNewHampshireX() );
3358             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3359             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3360                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3361             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3365                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3366             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3367                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3368                 System.exit( -1 );
3369                 return false;
3370             }
3371             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3372                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3373             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3377                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3378             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3382                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3383             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3384             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3385                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3386             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3390                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3391             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3395                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3396             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3400                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3401             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3405                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3406             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3410                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3411             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3415                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3416             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3420                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3421             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3425                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3426             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3430                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3431             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3435                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3436             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3440                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3441             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3445                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3446             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3450                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3451             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3455                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3456             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3457                 return false;
3458             }
3459             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3460                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3461             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3465                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3466             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3470                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3471             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3475                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3476             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3480                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3481             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3482                 return false;
3483             }
3484             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3485                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3486             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3490                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3491             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3495                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3496             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3500             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3501             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3502                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3503             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3504                 return false;
3505             }
3506             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3507                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3508             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3509                 return false;
3510             }
3511             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3512                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3513             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3517                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3518             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3522                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3523             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3527                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3528             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3532                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3533             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3537                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3538             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             final Phylogeny p3 = factory
3542                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3543                              new NHXParser() )[ 0 ];
3544             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3545             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3546                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3547             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3551                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3552             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3556                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3557             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3561                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3562             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3566                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3567             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3574                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3575             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !al_3.isRoot() ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3582                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3583             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3590                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3591             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3598                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3599             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3603             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3604             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3605                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3606             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3610             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3611             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3612                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3613             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3617             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3618             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3619                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3620             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3621                 return false;
3622             }
3623             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3624             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3625             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3626                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3627             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3631                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3632             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3636                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3637             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3641                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3642             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3646                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3647             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3651                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3652             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655         }
3656         catch ( final Exception e ) {
3657             e.printStackTrace( System.out );
3658             return false;
3659         }
3660         return true;
3661     }
3662
3663     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3664         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3665         try {
3666             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3667                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3668             parser1.parse();
3669             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3670                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3671             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3672             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3673                 return false;
3674             }
3675             if ( proteins.size() != 4 ) {
3676                 return false;
3677             }
3678             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3688             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3695             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3699                 return false;
3700             }
3701             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3702             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3706             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3710                 return false;
3711             }
3712             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3713                 return false;
3714             }
3715             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3731                 return false;
3732             }
3733             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3734                 return false;
3735             }
3736         }
3737         catch ( final Exception e ) {
3738             e.printStackTrace( System.out );
3739             return false;
3740         }
3741         return true;
3742     }
3743
3744     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3745         try {
3746             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3747             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3748             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3749             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3750             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3754             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3758             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3759                 return false;
3760             }
3761             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3762             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3763                 return false;
3764             }
3765         }
3766         catch ( final Exception e ) {
3767             e.printStackTrace( System.out );
3768             return false;
3769         }
3770         return true;
3771     }
3772
3773     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3774         try {
3775             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3776             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3777             PhylogenyNodeIterator it0;
3778             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3779                 it0.next();
3780             }
3781             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3782                 it0.next();
3783             }
3784             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3785             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             if ( it.hasNext() ) {
3807                 return false;
3808             }
3809             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3810                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3811             PhylogenyNodeIterator it2;
3812             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3813                 it2.next();
3814             }
3815             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3816                 it2.next();
3817             }
3818             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3819             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3880                 return false;
3881             }
3882             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3889                 return false;
3890             }
3891             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3892                 return false;
3893             }
3894             if ( it3.hasNext() ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3898             PhylogenyNodeIterator it4;
3899             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3900                 it4.next();
3901             }
3902             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3903                 it4.next();
3904             }
3905             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3906             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3922             PhylogenyNodeIterator it6;
3923             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3924                 it6.next();
3925             }
3926             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3927                 it6.next();
3928             }
3929             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3930             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( it.hasNext() ) {
3934                 return false;
3935             }
3936         }
3937         catch ( final Exception e ) {
3938             e.printStackTrace( System.out );
3939             return false;
3940         }
3941         return true;
3942     }
3943
3944     private static boolean testMidpointrooting() {
3945         try {
3946             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3947             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3948                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3949             if ( !t1.isRooted() ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3953             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3972             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3973             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3989                 return false;
3990             }
3991         }
3992         catch ( final Exception e ) {
3993             e.printStackTrace( System.out );
3994             return false;
3995         }
3996         return true;
3997     }
3998
3999     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4000         try {
4001             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4002             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4003             parser.parse();
4004             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4005             if ( labels.length != 7 ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4027                 return false;
4028             }
4029             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4030             parser.parse();
4031             labels = parser.getCharStateLabels();
4032             if ( labels.length != 7 ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056         }
4057         catch ( final Exception e ) {
4058             e.printStackTrace( System.out );
4059             return false;
4060         }
4061         return true;
4062     }
4063
4064     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4065         try {
4066             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4067             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4068             parser.parse();
4069             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4070             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             //            if ( labels.length != 7 ) {
4098             //                return false;
4099             //            }
4100             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4101             //                return false;
4102             //            }
4103             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4104             //                return false;
4105             //            }
4106             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4107             //                return false;
4108             //            }
4109             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4110             //                return false;
4111             //            }
4112             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4113             //                return false;
4114             //            }
4115             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4116             //                return false;
4117             //            }
4118             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4119             //                return false;
4120             //            }
4121             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4122             //            parser.parse();
4123             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4124             //            if ( labels.length != 7 ) {
4125             //                return false;
4126             //            }
4127             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4128             //                return false;
4129             //            }
4130             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4131             //                return false;
4132             //            }
4133             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4134             //                return false;
4135             //            }
4136             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4137             //                return false;
4138             //            }
4139             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4140             //                return false;
4141             //            }
4142             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4143             //                return false;
4144             //            }
4145             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4146             //                return false;
4147             //            }
4148         }
4149         catch ( final Exception e ) {
4150             e.printStackTrace( System.out );
4151             return false;
4152         }
4153         return true;
4154     }
4155
4156     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4157         try {
4158             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4159             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4160             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4161             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             phylogenies = null;
4171             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4172             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             phylogenies = null;
4182             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4183             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             phylogenies = null;
4196             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4197             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4249                 return false;
4250             }
4251             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4315                 return false;
4316             }
4317             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4318                 return false;
4319             }
4320         }
4321         catch ( final Exception e ) {
4322             e.printStackTrace( System.out );
4323             return false;
4324         }
4325         return true;
4326     }
4327
4328     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4329         try {
4330             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4331             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4332             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4333             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4349                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             phylogenies = null;
4353             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4354             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4373                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4392                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4411                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             phylogenies = null;
4415             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4416             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4435                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4454                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4473                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4474                 return false;
4475             }
4476         }
4477         catch ( final Exception e ) {
4478             e.printStackTrace( System.out );
4479             return false;
4480         }
4481         return true;
4482     }
4483
4484     private static boolean testNHParsing() {
4485         try {
4486             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4487             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4488             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4492             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4493             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4494             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4495             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             final Phylogeny p1b = factory
4502                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4503                              new NHXParser() )[ 0 ];
4504             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4511             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4512             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4513             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4514             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4515             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4516             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4517             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4518             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4519             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4520             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4521                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4522                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4523                                                     new NHXParser() );
4524             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4537             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4538             final String p16_S = "((A,B),C)";
4539             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4540             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4544             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4545             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4549             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4550             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4554             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4555             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4559             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4560             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4564             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4565             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4569             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4570             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4574             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4575             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4579             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4580             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4584             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4585             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4586             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4593                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4594                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4595                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4596                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4597                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4598                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4599                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4600             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4601             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             final String p26_S = "(A,B)ab";
4605             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4606             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4610             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4611                                                     new NHXParser() );
4612             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4616             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4617             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4618             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4619             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4620                                                     new NHXParser() );
4621             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4634             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4635             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4639             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4640             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4644             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4645             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final String p33_S = "A";
4649             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4650             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final String p34_S = "B;";
4654             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4655             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             final String p35_S = "B:0.2";
4659             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4660             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             final String p36_S = "(A)";
4664             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4665             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             final String p37_S = "((A))";
4669             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4670             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4674             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4675             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4679             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4680             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4681                 return false;
4682             }
4683             final String p40_S = "(A,B,C)";
4684             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4685             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4689             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4690             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4694             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4695             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4699             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4700             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4704             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4705             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4709             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4710             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4711                 return false;
4712             }
4713             final String p46_S = "";
4714             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4715             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4719             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4723             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             final Phylogeny p49 = factory
4727                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4728                              new NHXParser() )[ 0 ];
4729             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4733             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4737                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4744                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4748             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4752             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             final Phylogeny p53 = factory
4756                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4757                              new NHXParser() )[ 0 ];
4758             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4759                 return false;
4760             }
4761             //
4762             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4763             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4767                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4768                 return false;
4769             }
4770         }
4771         catch ( final Exception e ) {
4772             e.printStackTrace( System.out );
4773             return false;
4774         }
4775         return true;
4776     }
4777
4778     private static boolean testNHXconversion() {
4779         try {
4780             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4781             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4782             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4783             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4784             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4785                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4786             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4787                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4788             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             if ( !n5.toNewHampshireX()
4801                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4805                 return false;
4806             }
4807         }
4808         catch ( final Exception e ) {
4809             e.printStackTrace( System.out );
4810             return false;
4811         }
4812         return true;
4813     }
4814
4815     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4816         try {
4817             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4818             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4819             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4820             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4821             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4822                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4823             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( n3.isDuplication() ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !n5.isDuplication() ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4869                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4870             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4874                 return false;
4875             }
4876             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4877                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4878             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4885                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4886             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4890                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4891             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4898                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4899             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4906                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4907             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4914                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4915             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4922                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4923             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4930                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4931             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4938                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4939             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4946                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4947             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4954                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4955             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4962                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4963             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4970                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4971             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4978                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4979                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4980             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4987                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4988                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4989             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4996                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4997                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4998             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5005                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5006             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5013                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5014             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5018                 return false;
5019             }
5020             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5021                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5022             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5029                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5030             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5037                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5038                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5039             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5049                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5050                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5051             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5061                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5062             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5069                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5070             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5077             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5078             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5121                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5122             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5147             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5148                 return false;
5149             }
5150             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5151             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5155                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5156             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5163                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5164             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5171                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5172                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5173             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5183                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5184             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5188                 return false;
5189             }
5190             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5191                 return false;
5192             }
5193             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5194                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5195             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5202                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5203             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5204                 return false;
5205             }
5206             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5207                 return false;
5208             }
5209             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5210                 return false;
5211             }
5212         }
5213         catch ( final Exception e ) {
5214             e.printStackTrace( System.out );
5215             return false;
5216         }
5217         return true;
5218     }
5219
5220     private static boolean testNHXParsing() {
5221         try {
5222             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5223             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5224             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5228             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5229             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5233             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5234             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             final Phylogeny[] p3 = factory
5238                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5239                              new NHXParser() );
5240             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             final Phylogeny[] p4 = factory
5244                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5245                              new NHXParser() );
5246             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5247                 return false;
5248             }
5249             final Phylogeny[] p5 = factory
5250                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5251                              new NHXParser() );
5252             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5256             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5257             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5258             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5262             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5263             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5264             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5268             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5269             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5270             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5274             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             final Phylogeny p10 = factory
5278                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5279                              new NHXParser() )[ 0 ];
5280             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283         }
5284         catch ( final Exception e ) {
5285             e.printStackTrace( System.out );
5286             return false;
5287         }
5288         return true;
5289     }
5290
5291     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5292         try {
5293             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5294             final NHXParser p = new NHXParser();
5295             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5296             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5300             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5310                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5329             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5330             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5331             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5335             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5336             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5337             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5341             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5342             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5343             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5347             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5348             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5349             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             final Phylogeny p10 = factory
5353                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5354                              new NHXParser() )[ 0 ];
5355             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5356             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5360             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             //
5364             final Phylogeny p12 = factory
5365                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5366                              new NHXParser() )[ 0 ];
5367             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5368             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5372             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5376             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5377                 return false;
5378             }
5379             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5380             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383         }
5384         catch ( final Exception e ) {
5385             e.printStackTrace( System.out );
5386             return false;
5387         }
5388         return true;
5389     }
5390
5391     private static boolean testNHXParsingMB() {
5392         try {
5393             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5394             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5395                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5396                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5397                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5398                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5399                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5400                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5401                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5402                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5403             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5407                 return false;
5408             }
5409             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5410                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             final Phylogeny p2 = factory
5420                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5421                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5422                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5423                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5424                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5425                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5426                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5427                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5428                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5429                              new NHXParser() )[ 0 ];
5430             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5434                 return false;
5435             }
5436         }
5437         catch ( final Exception e ) {
5438             e.printStackTrace( System.out );
5439             System.exit( -1 );
5440             return false;
5441         }
5442         return true;
5443     }
5444
5445     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5446         try {
5447             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5448             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5449             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5450             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5451             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5461             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5462             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5463             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5470             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479         }
5480         catch ( final Exception e ) {
5481             e.printStackTrace( System.out );
5482             return false;
5483         }
5484         return true;
5485     }
5486
5487     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5488         try {
5489             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5490             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5491             try {
5492                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5493             }
5494             catch ( final Exception e ) {
5495                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5496             }
5497             if ( xml_parser == null ) {
5498                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5499                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5500                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5501                 }
5502                 else {
5503                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5504                 }
5505             }
5506             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5507                                                               xml_parser );
5508             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5509                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5510                 return false;
5511             }
5512             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5513                 return false;
5514             }
5515             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5516             PhylogenyNode n = null;
5517             Distribution d = null;
5518             n = t1.getNode( "root node" );
5519             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             d = n.getNodeData().getDistribution();
5526             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( d.getPolygons() != null ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5542                 return false;
5543             }
5544             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5545                 return false;
5546             }
5547             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5548                 return false;
5549             }
5550             n = t1.getNode( "node a" );
5551             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5558             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( d.getPolygons() != null ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             n = t1.getNode( "node bb" );
5583             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5590             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5615             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             p = d.getPolygons().get( 1 );
5637             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             // Roundtrip:
5650             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5651             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5652             if ( rt.length != 1 ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5656             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5657             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             d = n.getNodeData().getDistribution();
5664             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( d.getPolygons() != null ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5689             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5696             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( d.getPolygons() != null ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5721             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5728             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5750                 return false;
5751             }
5752             p = d.getPolygons().get( 0 );
5753             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             p = d.getPolygons().get( 1 );
5775             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5785                 return false;
5786             }
5787         }
5788         catch ( final Exception e ) {
5789             e.printStackTrace( System.out );
5790             return false;
5791         }
5792         return true;
5793     }
5794
5795     private static boolean testPostOrderIterator() {
5796         try {
5797             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5798             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5799             PhylogenyNodeIterator it0;
5800             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5801                 it0.next();
5802             }
5803             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5804                 it0.next();
5805             }
5806             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5807             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5808             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5842                 return false;
5843             }
5844             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             if ( it.hasNext() ) {
5854                 return false;
5855             }
5856         }
5857         catch ( final Exception e ) {
5858             e.printStackTrace( System.out );
5859             return false;
5860         }
5861         return true;
5862     }
5863
5864     private static boolean testPreOrderIterator() {
5865         try {
5866             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5867             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5868             PhylogenyNodeIterator it0;
5869             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5870                 it0.next();
5871             }
5872             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5873                 it0.next();
5874             }
5875             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5876             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             if ( it.hasNext() ) {
5898                 return false;
5899             }
5900             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5901             it = t1.iteratorPreorder();
5902             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( it.hasNext() ) {
5948                 return false;
5949             }
5950         }
5951         catch ( final Exception e ) {
5952             e.printStackTrace( System.out );
5953             return false;
5954         }
5955         return true;
5956     }
5957
5958     private static boolean testPropertiesMap() {
5959         try {
5960             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5961             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5962             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5963             final Property p2 = new Property( "something:else",
5964                                               "?",
5965                                               "improbable:research",
5966                                               "xsd:decimal",
5967                                               AppliesTo.NODE );
5968             pm.addProperty( p0 );
5969             pm.addProperty( p1 );
5970             pm.addProperty( p2 );
5971             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5987                 return false;
5988             }
5989             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5990             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5997                 return false;
5998             }
5999         }
6000         catch ( final Exception e ) {
6001             e.printStackTrace( System.out );
6002             return false;
6003         }
6004         return true;
6005     }
6006
6007     private static boolean testReIdMethods() {
6008         try {
6009             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6010             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6011             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6012             p.levelOrderReID();
6013             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6056                 return false;
6057             }
6058         }
6059         catch ( final Exception e ) {
6060             e.printStackTrace( System.out );
6061             return false;
6062         }
6063         return true;
6064     }
6065
6066     private static boolean testRerooting() {
6067         try {
6068             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6069             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6070                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6071             if ( !t1.isRooted() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6075             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6076             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6077             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6078             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6079             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6080             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6081             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6082             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6083             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6084             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6085             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6086             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6087             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6088             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6089             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6090             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6091             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6092             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6093             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6094             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6095             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6096             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6097             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6098             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6099             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6100             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6101             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6102             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6121                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6122             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6123             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6124             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6125             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6126             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6127             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6128             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6129             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6130             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6131             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6132             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6133             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6134             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6135             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6136             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6137             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6138             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6139             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6140             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6141             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6142             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6143             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6144             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6145             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6146             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6147             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6148             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6149             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6150             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6151             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6152             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6153             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6154             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6155             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6156             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6157             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6158             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6159             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6160             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6161             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6162             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6163             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6164             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6165             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6166             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6167             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6174             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6181             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6191             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6201             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6208             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6209                 return false;
6210             }
6211             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6212                 return false;
6213             }
6214             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6215                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6216             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6217             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6227             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6237             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6244                 return false;
6245             }
6246         }
6247         catch ( final Exception e ) {
6248             e.printStackTrace( System.out );
6249             return false;
6250         }
6251         return true;
6252     }
6253
6254     private static boolean testSDIse() {
6255         try {
6256             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6257             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6258             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6259             gene1.setRooted( true );
6260             species1.setRooted( true );
6261             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6262             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6263                 return false;
6264             }
6265             final Phylogeny species2 = factory
6266                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6267                              new NHXParser() )[ 0 ];
6268             final Phylogeny gene2 = factory
6269                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6270                              new NHXParser() )[ 0 ];
6271             species2.setRooted( true );
6272             gene2.setRooted( true );
6273             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6274             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             final Phylogeny species3 = factory
6296                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6297                              new NHXParser() )[ 0 ];
6298             final Phylogeny gene3 = factory
6299                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6300                              new NHXParser() )[ 0 ];
6301             species3.setRooted( true );
6302             gene3.setRooted( true );
6303             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6304             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             final Phylogeny species4 = factory
6314                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6315                              new NHXParser() )[ 0 ];
6316             final Phylogeny gene4 = factory
6317                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6318                              new NHXParser() )[ 0 ];
6319             species4.setRooted( true );
6320             gene4.setRooted( true );
6321             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6322             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             final Phylogeny species5 = factory
6341                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6342                              new NHXParser() )[ 0 ];
6343             final Phylogeny gene5 = factory
6344                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6345                              new NHXParser() )[ 0 ];
6346             species5.setRooted( true );
6347             gene5.setRooted( true );
6348             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6349             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6368             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6369             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6370             final Phylogeny species6 = factory
6371                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6372                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6373                              new NHXParser() )[ 0 ];
6374             final Phylogeny gene6 = factory
6375                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6376                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6377                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6378                              new NHXParser() )[ 0 ];
6379             species6.setRooted( true );
6380             gene6.setRooted( true );
6381             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6382             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             sdi6.computeMappingCostL();
6410             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6420                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6421                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6422                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6423                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6424             species7.setRooted( true );
6425             final Phylogeny gene7_1 = Test
6426                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6427             gene7_1.setRooted( true );
6428             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6429             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             final Phylogeny gene7_2 = Test
6457                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6458             gene7_2.setRooted( true );
6459             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6460             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6488                 return false;
6489             }
6490         }
6491         catch ( final Exception e ) {
6492             return false;
6493         }
6494         return true;
6495     }
6496
6497     private static boolean testSDIunrooted() {
6498         try {
6499             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6500             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6501             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6502             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6503             PhylogenyBranch br = iter.next();
6504             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             br = iter.next();
6511             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6515                 return false;
6516             }
6517             br = iter.next();
6518             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             br = iter.next();
6525             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             br = iter.next();
6532             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             br = iter.next();
6539             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             br = iter.next();
6546             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             br = iter.next();
6553             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             br = iter.next();
6560             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             br = iter.next();
6567             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             br = iter.next();
6574             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             br = iter.next();
6581             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             br = iter.next();
6588             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             br = iter.next();
6595             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6599                 return false;
6600             }
6601             br = iter.next();
6602             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( iter.hasNext() ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6612             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6613             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6614             br = iter1.next();
6615             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             br = iter1.next();
6622             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6623                 return false;
6624             }
6625             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6626                 return false;
6627             }
6628             br = iter1.next();
6629             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             if ( iter1.hasNext() ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6639             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6640             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6641             br = iter2.next();
6642             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             br = iter2.next();
6649             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             br = iter2.next();
6656             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             if ( iter2.hasNext() ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             final Phylogeny species0 = factory
6666                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6667                              new NHXParser() )[ 0 ];
6668             final Phylogeny gene1 = factory
6669                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6670                              new NHXParser() )[ 0 ];
6671             species0.setRooted( true );
6672             gene1.setRooted( true );
6673             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6674             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6675             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6685                 return false;
6686             }
6687             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             final Phylogeny gene2 = factory
6691                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6692                              new NHXParser() )[ 0 ];
6693             gene2.setRooted( true );
6694             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6695             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             final Phylogeny species6 = factory
6711                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6712                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6713                              new NHXParser() )[ 0 ];
6714             final Phylogeny gene6 = factory
6715                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6716                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6717                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6718                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6719                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6720                              new NHXParser() )[ 0 ];
6721             species6.setRooted( true );
6722             gene6.setRooted( true );
6723             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6724             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             p6 = null;
6764             final Phylogeny species7 = factory
6765                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6766                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6767                              new NHXParser() )[ 0 ];
6768             final Phylogeny gene7 = factory
6769                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6770                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6771                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6772                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6773                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6774                              new NHXParser() )[ 0 ];
6775             species7.setRooted( true );
6776             gene7.setRooted( true );
6777             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6778             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             p7 = null;
6818             final Phylogeny species8 = factory
6819                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6820                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6821                              new NHXParser() )[ 0 ];
6822             final Phylogeny gene8 = factory
6823                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6824                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6825                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6826                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6827                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6828                              new NHXParser() )[ 0 ];
6829             species8.setRooted( true );
6830             gene8.setRooted( true );
6831             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6832             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6869                 return false;
6870             }
6871             p8 = null;
6872         }
6873         catch ( final Exception e ) {
6874             e.printStackTrace( System.out );
6875             return false;
6876         }
6877         return true;
6878     }
6879
6880     private static boolean testOrthologTable() {
6881         try {
6882             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6883             final Phylogeny s1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "rio_species.xml", new PhyloXmlParser() )[ 0 ];
6884             final NHXParser p = new NHXParser();
6885             p.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6886             final Phylogeny g1[] = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA
6887                     + "rio_Bcl-2_e1_20_mafft_05_40_fme.mlt" ), p );
6888             for( final Phylogeny gt : g1 ) {
6889                 gt.setRooted( true );
6890                 final GSDI sdi = new GSDI( gt, s1, true, true, true );
6891             }
6892             final IntMatrix m = RIO.calculateOrthologTable( g1 );
6893             // System.out.println( m.toString() );
6894         }
6895         catch ( final Exception e ) {
6896             e.printStackTrace();
6897             return false;
6898         }
6899         return true;
6900     }
6901
6902     private static boolean testSplit() {
6903         try {
6904             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6905             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6906             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6907             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6908             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6909             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6910             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6911             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6912             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6913             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6914             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6915             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6916             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6917             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6918             // System.out.println( s0.toString() );
6919             //
6920             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6923             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6924                 return false;
6925             }
6926             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6927             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6928             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6934             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6942             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             //
6946             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6951             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6952                 return false;
6953             }
6954             //
6955             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6960             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6968             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             //
6972             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6975             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             //
6979             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6980             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6981             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6985             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             //
6989             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6993             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             //
6997             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7002             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7003                 return false;
7004             }
7005             //
7006             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7007             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7009             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7010                 return false;
7011             }
7012             //
7013             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             //
7022             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7028             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             //
7032             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7036             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             //
7040             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7041             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7043             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             //
7047             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7048             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7049             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7050             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             //
7054             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7056             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7057             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             //
7061             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7064             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             //
7068             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7071             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7072                 return false;
7073             }
7074             //
7075             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7077             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7078             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             //
7082             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7086             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             //
7090             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7094             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             //
7098             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7102             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7103                 return false;
7104             }
7105             //
7106             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7107             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7108             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7111             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             /////////
7115             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7116             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7118             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7119             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7120             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7121             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7122             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7123             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7124             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7125             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7126             //                return false;
7127             //            }
7128             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7129             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7130             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7131             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7132             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7133             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7134             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7135             //                return false;
7136             //            }
7137             //            //
7138             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7139             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7140             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7141             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7142             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7143             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7144             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7145             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7146             //                return false;
7147             //            }
7148             //            //
7149             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7150             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7151             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7152             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7153             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7154             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7155             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7156             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7157             //                return false;
7158             //            }
7159             //            //
7160             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7161             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7162             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7163             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7164             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7165             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7166             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7167             //                return false;
7168             //            }
7169             //            //
7170             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7171             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7172             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7173             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7174             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7175             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7176             //                return false;
7177             //            }
7178             //
7179             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7184             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             //
7188             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7193             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             ///////////////////////////
7197             //
7198             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7199             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7203             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             //
7207             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7212             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             //
7216             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7221             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             //
7225             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7230             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             //
7234             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7239             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             //
7243             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7246             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7247             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             //
7251             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7253             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7257             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7258                 return false;
7259             }
7260             //
7261             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7267             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             //
7271             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7274             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7277             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7278                 return false;
7279             }
7280             //
7281             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7282             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7288             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7289                 return false;
7290             }
7291         }
7292         catch ( final Exception e ) {
7293             e.printStackTrace();
7294             return false;
7295         }
7296         return true;
7297     }
7298
7299     private static boolean testSplitStrict() {
7300         try {
7301             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7302             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7303             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7304             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7305             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7306             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7307             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7308             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7309             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7310             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7311             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7312             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7313             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7315             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7316                 return false;
7317             }
7318             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7321             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7322             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7326             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7327                 return false;
7328             }
7329             //
7330             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7331             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7334             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             //
7338             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7339             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7342             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7343             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             //
7347             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7352             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             //
7356             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7360             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             //
7364             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7366             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7367             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             //
7371             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7376             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7377             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             //
7381             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7385             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             //
7389             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7394             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             //
7398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7401             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             //
7405             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7410             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             //
7414             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7420             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             //
7424             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7427             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7428             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             //
7432             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7434             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7435             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7436                 return false;
7437             }
7438             //
7439             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7440             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7441             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7442             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             //
7446             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7449             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             //
7453             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7456             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             //
7460             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7461             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7462             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7463             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7464                 return false;
7465             }
7466             //
7467             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7469             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7470             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             //
7474             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7478             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             //
7482             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7486             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             //
7490             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7494             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             //
7498             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7503             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7504                 return false;
7505             }
7506         }
7507         catch ( final Exception e ) {
7508             e.printStackTrace();
7509             return false;
7510         }
7511         return true;
7512     }
7513
7514     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7515         try {
7516             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7517             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7518             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7519             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             t1.toNewHampshireX();
7523             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7524             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             t1.toNewHampshireX();
7528             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7529             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             t1.toNewHampshireX();
7533             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7534             t1.toNewHampshireX();
7535             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7539             t1.toNewHampshireX();
7540             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7544             t1.toNewHampshireX();
7545             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7549             t1.toNewHampshireX();
7550             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7554             t1.toNewHampshireX();
7555             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7556                 return false;
7557             }
7558             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7559             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !t1.isEmpty() ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7566             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7567             t2.toNewHampshireX();
7568             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7569                 return false;
7570             }
7571             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7572             t2.toNewHampshireX();
7573             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7577             t2.toNewHampshireX();
7578             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7579                 return false;
7580             }
7581         }
7582         catch ( final Exception e ) {
7583             e.printStackTrace( System.out );
7584             return false;
7585         }
7586         return true;
7587     }
7588
7589     private static boolean testSupportCount() {
7590         try {
7591             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7592             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7593             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7594                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7595                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7596                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7597                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7598                                                               new NHXParser() );
7599             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7600             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7601             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7602                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7603                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7604                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7605                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7606                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7607                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7608                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7609                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7610                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7611                                                               new NHXParser() );
7612             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7613             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7614             while ( it.hasNext() ) {
7615                 final PhylogenyNode n = it.next();
7616                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7617                     return false;
7618                 }
7619             }
7620             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7621             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7622                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7623             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7624             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7625             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7656             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7657                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7658             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7659             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7660             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7685                 return false;
7686             }
7687             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7688                 return false;
7689             }
7690             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7691             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7692             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7693             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7697             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7698             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7699             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7700                 return false;
7701             }
7702             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7703             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7704             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7705             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7709             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7710             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7711             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7712                 return false;
7713             }
7714         }
7715         catch ( final Exception e ) {
7716             e.printStackTrace( System.out );
7717             return false;
7718         }
7719         return true;
7720     }
7721
7722     private static boolean testSupportTransfer() {
7723         try {
7724             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7725             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7726                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7727             final Phylogeny p2 = factory
7728                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7729             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7736             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7737             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7741                 return false;
7742             }
7743             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7759                 return false;
7760             }
7761         }
7762         catch ( final Exception e ) {
7763             e.printStackTrace( System.out );
7764             return false;
7765         }
7766         return true;
7767     }
7768
7769     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7770         try {
7771             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7772                                                                                                  10 );
7773             if ( results.size() != 1 ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             results = null;
7792             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7793             if ( results.size() != 1 ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7806                 return false;
7807             }
7808             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             results = null;
7812             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7813             if ( results.size() != 1 ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7829                 return false;
7830             }
7831             results = null;
7832             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7833             if ( results.size() != 1 ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7837                 return false;
7838             }
7839             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7840                 return false;
7841             }
7842             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7843                 return false;
7844             }
7845             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7858                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7859                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7860                 return false;
7861             }
7862         }
7863         catch ( final IOException e ) {
7864             System.out.println();
7865             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7866             e.printStackTrace( System.out );
7867             return true;
7868         }
7869         catch ( final Exception e ) {
7870             return false;
7871         }
7872         return true;
7873     }
7874
7875     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7876         //The format for GenBank Accession numbers are:
7877         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7878         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7879         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7880         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7881             return false;
7882         }
7883         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7884             return false;
7885         }
7886         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7887             return false;
7888         }
7889         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7890             return false;
7891         }
7892         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7893             return false;
7894         }
7895         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7896             return false;
7897         }
7898         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7899             return false;
7900         }
7901         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7902             return false;
7903         }
7904         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7905             return false;
7906         }
7907         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7908             return false;
7909         }
7910         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7911             return false;
7912         }
7913         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7914             return false;
7915         }
7916         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7917             return false;
7918         }
7919         return true;
7920     }
7921
7922     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7923         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7924             return false;
7925         }
7926         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7927             return false;
7928         }
7929         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7930             return false;
7931         }
7932         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7933             return false;
7934         }
7935         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7936             return false;
7937         }
7938         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7939             return false;
7940         }
7941         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7942             return false;
7943         }
7944         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7945             return false;
7946         }
7947         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7948             return false;
7949         }
7950         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7951             return false;
7952         }
7953         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7954             return false;
7955         }
7956         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7957             return false;
7958         }
7959         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7960             return false;
7961         }
7962         try {
7963             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7964             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979         }
7980         catch ( final IOException e ) {
7981             System.out.println();
7982             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7983             e.printStackTrace( System.out );
7984             return true;
7985         }
7986         catch ( final Exception e ) {
7987             return false;
7988         }
7989         return true;
7990     }
7991
7992     private static boolean testWabiTxSearch() {
7993         try {
7994             String result = "";
7995             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7996             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7997             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8001             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8002                 return false;
8003             }
8004             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8005             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8006                 return false;
8007             }
8008             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8009             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8013             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8017             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8018                 return false;
8019             }
8020             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8021             queries.add( "Campylobacter coli" );
8022             queries.add( "Escherichia coli" );
8023             queries.add( "Arabidopsis" );
8024             queries.add( "Trichoplax" );
8025             queries.add( "Samanea saman" );
8026             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8027             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8028             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8029             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8030             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8031             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8032             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8033             ranks.add( RANKS.GENUS );
8034             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8035             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8036             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8037             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8038         }
8039         catch ( final Exception e ) {
8040             System.out.println();
8041             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8042             e.printStackTrace( System.out );
8043             return false;
8044         }
8045         return true;
8046     }
8047
8048     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8049         try {
8050             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8051             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8058                 return false;
8059             }
8060             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8064             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8068             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8072             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075         }
8076         catch ( final Exception e ) {
8077             e.printStackTrace();
8078             return false;
8079         }
8080         return true;
8081     }
8082
8083     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8084         try {
8085             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8086             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8090                 return false;
8091             }
8092             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8093             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8094                 return false;
8095             }
8096             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8097                 return false;
8098             }
8099         }
8100         catch ( final Exception e ) {
8101             e.printStackTrace();
8102             return false;
8103         }
8104         return true;
8105     }
8106
8107     private static boolean testFastaParser() {
8108         try {
8109             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8116             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8117                 return false;
8118             }
8119             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134         }
8135         catch ( final Exception e ) {
8136             e.printStackTrace();
8137             return false;
8138         }
8139         return true;
8140     }
8141
8142     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8143         try {
8144             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8145             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8146             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8147             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8148             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8149             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8150             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8151             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8152             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8177                 return false;
8178             }
8179             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8183                 return false;
8184             }
8185             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8189             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8193                 return false;
8194             }
8195             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8199             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8203                 return false;
8204             }
8205             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8209             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8210                 return false;
8211             }
8212             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8213                 return false;
8214             }
8215             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8216                 return false;
8217             }
8218         }
8219         catch ( final Exception e ) {
8220             e.printStackTrace();
8221             return false;
8222         }
8223         return true;
8224     }
8225
8226     private static boolean testMafft( final String path ) {
8227         try {
8228             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8229             opts.add( "--maxiterate" );
8230             opts.add( "1000" );
8231             opts.add( "--localpair" );
8232             opts.add( "--quiet" );
8233             Msa msa = null;
8234             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8235             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8236             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8237                 return false;
8238             }
8239             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8240                 return false;
8241             }
8242         }
8243         catch ( final Exception e ) {
8244             e.printStackTrace( System.out );
8245             return false;
8246         }
8247         return true;
8248     }
8249
8250     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8251         try {
8252             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8253             PhylogenyNode n;
8254             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8255             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8256             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8257             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8258             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8259             n = t0.getFirstExternalNode();
8260             while ( n != null ) {
8261                 ext.add( n );
8262                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8263             }
8264             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8277                 return false;
8278             }
8279             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8280                 return false;
8281             }
8282             ext.clear();
8283             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8284             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8285             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8286             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8287             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8288             n = t1.getNode( "ab" );
8289             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8290             while ( n != null ) {
8291                 ext.add( n );
8292                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8293             }
8294             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8301                 return false;
8302             }
8303             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8304                 return false;
8305             }
8306             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8307                 return false;
8308             }
8309             //
8310             //
8311             ext.clear();
8312             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8313             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8314             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8315             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8316             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8317             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8318             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8319             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8320             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8321             n = t2.getNode( "ab" );
8322             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8323             while ( n != null ) {
8324                 ext.add( n );
8325                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8326             }
8327             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8328                 return false;
8329             }
8330             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8331                 return false;
8332             }
8333             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8337                 return false;
8338             }
8339             //
8340             //
8341             ext.clear();
8342             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8343             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8344             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8345             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8346             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8347             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8348             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8349             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8350             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8351             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8352             n = t3.getNode( "ab" );
8353             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8354             while ( n != null ) {
8355                 ext.add( n );
8356                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8357             }
8358             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             //
8368             //
8369             ext.clear();
8370             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8371             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8372             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8373             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8374             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8375             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8376             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8377             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8378             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8379             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8380             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8381             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8382             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8383                 return false;
8384             }
8385             //
8386             //
8387             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8388             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8389             ext.clear();
8390             n = t5.getFirstExternalNode();
8391             while ( n != null ) {
8392                 ext.add( n );
8393                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8394             }
8395             if ( ext.size() != 8 ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             //
8423             //
8424             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8425             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8426             ext.clear();
8427             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8428             n = t6.getNode( "ab" );
8429             while ( n != null ) {
8430                 ext.add( n );
8431                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8432             }
8433             if ( ext.size() != 7 ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8452                 return false;
8453             }
8454             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8455                 return false;
8456             }
8457             //
8458             //
8459             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8460             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8461             ext.clear();
8462             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8463             n = t7.getNode( "a" );
8464             while ( n != null ) {
8465                 ext.add( n );
8466                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8467             }
8468             if ( ext.size() != 7 ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492             //
8493             //
8494             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8495             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8496             ext.clear();
8497             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8498             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8499             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8500             n = t8.getNode( "a" );
8501             while ( n != null ) {
8502                 ext.add( n );
8503                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8504             }
8505             if ( ext.size() != 7 ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8509                 return false;
8510             }
8511             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8515                 System.out.println( "2 fail" );
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8522                 return false;
8523             }
8524             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             //
8531             //
8532             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8533             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8534             ext.clear();
8535             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8536             n = t9.getNode( "a" );
8537             while ( n != null ) {
8538                 ext.add( n );
8539                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8540             }
8541             if ( ext.size() != 7 ) {
8542                 return false;
8543             }
8544             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             //
8566             //
8567             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8568             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8569             ext.clear();
8570             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8571             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8572             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8573             n = t10.getNode( "a" );
8574             while ( n != null ) {
8575                 ext.add( n );
8576                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8577             }
8578             if ( ext.size() != 7 ) {
8579                 return false;
8580             }
8581             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8585                 return false;
8586             }
8587             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             //
8603             //
8604             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8605             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8606             ext.clear();
8607             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8608             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8609             n = t11.getNode( "a" );
8610             while ( n != null ) {
8611                 ext.add( n );
8612                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8613             }
8614             if ( ext.size() != 6 ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8624                 return false;
8625             }
8626             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8627                 return false;
8628             }
8629             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8630                 return false;
8631             }
8632             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8633                 return false;
8634             }
8635             //
8636             //
8637             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8638             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8639             ext.clear();
8640             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8641             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8642             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8643             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8644             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8645             n = t12.getNode( "a" );
8646             while ( n != null ) {
8647                 ext.add( n );
8648                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8649             }
8650             if ( ext.size() != 6 ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             //
8672             //
8673             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8674             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8675             ext.clear();
8676             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8677             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8678             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8679             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8680             n = t13.getNode( "ab" );
8681             while ( n != null ) {
8682                 ext.add( n );
8683                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8684             }
8685             if ( ext.size() != 5 ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             //
8704             //
8705             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8706             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8707             ext.clear();
8708             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8709             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8710             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8711             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8712             n = t14.getNode( "ab" );
8713             while ( n != null ) {
8714                 ext.add( n );
8715                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8716             }
8717             if ( ext.size() != 5 ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8733                 return false;
8734             }
8735             //
8736             //
8737             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8738             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8739             ext.clear();
8740             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8741             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8742             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8743             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8744             n = t15.getNode( "ab" );
8745             while ( n != null ) {
8746                 ext.add( n );
8747                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8748             }
8749             if ( ext.size() != 6 ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8765                 return false;
8766             }
8767             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8768                 return false;
8769             }
8770             //
8771             //
8772             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8773             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8774             ext.clear();
8775             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8776             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8777             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8778             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8779             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8780             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8781             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8782             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8783             n = t16.getNode( "ab" );
8784             while ( n != null ) {
8785                 ext.add( n );
8786                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8787             }
8788             if ( ext.size() != 4 ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8795                 return false;
8796             }
8797             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8798                 return false;
8799             }
8800             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8801                 return false;
8802             }
8803         }
8804         catch ( final Exception e ) {
8805             e.printStackTrace( System.out );
8806             return false;
8807         }
8808         return true;
8809     }
8810
8811     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8812         try {
8813             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8814             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8815             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8816             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8817             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8818             l.add( s0 );
8819             l.add( s1 );
8820             l.add( s2 );
8821             l.add( s3 );
8822             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8823             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8833                 return false;
8834             }
8835         }
8836         catch ( final Exception e ) {
8837             e.printStackTrace( System.out );
8838             return false;
8839         }
8840         return true;
8841     }
8842
8843     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8844         try {
8845             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8846             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8847                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8848                 if ( id != null ) {
8849                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8850                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8851                 }
8852                 return false;
8853             }
8854             //
8855             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8856             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8857                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8858                 if ( id != null ) {
8859                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8860                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8861                 }
8862                 return false;
8863             }
8864             //
8865             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8866             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8867                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8868                 if ( id != null ) {
8869                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8870                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8871                 }
8872                 return false;
8873             }
8874             //
8875             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8876             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8877                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8878                 if ( id != null ) {
8879                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8880                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8881                 }
8882                 return false;
8883             }
8884             //
8885             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8886             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8887                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8888                 if ( id != null ) {
8889                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8890                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8891                 }
8892                 return false;
8893             }
8894             //
8895             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8896             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8897                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8898                 if ( id != null ) {
8899                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8900                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8901                 }
8902                 return false;
8903             }
8904             //
8905             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8906             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8907                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8908                 if ( id != null ) {
8909                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8910                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8911                 }
8912                 return false;
8913             }
8914             //
8915             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8916             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8917                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8918                 if ( id != null ) {
8919                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8920                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8921                 }
8922                 return false;
8923             }
8924             //
8925             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8926             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8927                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8928                 if ( id != null ) {
8929                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8930                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8931                 }
8932                 return false;
8933             }
8934             //
8935             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8936             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8937                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8938                 if ( id != null ) {
8939                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8940                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8941                 }
8942                 return false;
8943             }
8944             //
8945             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8946             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8947                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8948                 if ( id != null ) {
8949                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8950                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8951                 }
8952                 return false;
8953             }
8954             //
8955             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8956             if ( id != null ) {
8957                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8958                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8959                 return false;
8960             }
8961             // lcl_91970_unknown_
8962         }
8963         catch ( final Exception e ) {
8964             e.printStackTrace( System.out );
8965             return false;
8966         }
8967         return true;
8968     }
8969 }