forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  91 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  92 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  93 import org.forester.sequence.Sequence;
  94 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  95 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  96 import org.forester.tools.SupportCount;
  97 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  98 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  99 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.BasicTable;
 101 import org.forester.util.BasicTableParser;
 102 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 103 import org.forester.util.ForesterConstants;
 104 import org.forester.util.ForesterUtil;
 105 import org.forester.util.GeneralTable;
 106 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 109 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 114
 115 @SuppressWarnings( "unused")
 116 public final class Test {
 117
 118     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 119     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 125     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 126     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 132
 133     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 134         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 135         return p;
 136     }
 137
 138     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 139         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 140         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 182             failed++;
 183         }
 184         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 185         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 186             System.out.println( "OK." );
 187             succeeded++;
 188         }
 189         else {
 190             System.out.println( "failed." );
 191             failed++;
 192         }
 193         System.out.print( "Basic node methods: " );
 194         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 195             System.out.println( "OK." );
 196             succeeded++;
 197         }
 198         else {
 199             System.out.println( "failed." );
 200             failed++;
 201         }
 202         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 203         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 204             System.out.println( "OK." );
 205             succeeded++;
 206         }
 207         else {
 208             System.out.println( "failed." );
 209             failed++;
 210         }
 211         System.out.print( "NH parsing: " );
 212         if ( Test.testNHParsing() ) {
 213             System.out.println( "OK." );
 214             succeeded++;
 215         }
 216         else {
 217             System.out.println( "failed." );
 218             failed++;
 219         }
 220         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 221         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 222             System.out.println( "OK." );
 223             succeeded++;
 224         }
 225         else {
 226             System.out.println( "failed." );
 227             failed++;
 228         }
 229         System.out.print( "NHX parsing: " );
 230         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 231             System.out.println( "OK." );
 232             succeeded++;
 233         }
 234         else {
 235             System.out.println( "failed." );
 236             failed++;
 237         }
 238         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 239         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 240             System.out.println( "OK." );
 241             succeeded++;
 242         }
 243         else {
 244             System.out.println( "failed." );
 245             failed++;
 246         }
 247         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 248         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 249             System.out.println( "OK." );
 250             succeeded++;
 251         }
 252         else {
 253             System.out.println( "failed." );
 254             failed++;
 255         }
 256         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 257         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 258             System.out.println( "OK." );
 259             succeeded++;
 260         }
 261         else {
 262             System.out.println( "failed." );
 263             failed++;
 264         }
 265         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 266         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 267             System.out.println( "OK." );
 268             succeeded++;
 269         }
 270         else {
 271             System.out.println( "failed." );
 272             failed++;
 273         }
 274         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 275         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 276             System.out.println( "OK." );
 277             succeeded++;
 278         }
 279         else {
 280             System.out.println( "failed." );
 281             failed++;
 282         }
 283         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 284         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 285             System.out.println( "OK." );
 286             succeeded++;
 287         }
 288         else {
 289             System.out.println( "failed." );
 290             failed++;
 291         }
 292         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 293         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 294             System.out.println( "OK." );
 295             succeeded++;
 296         }
 297         else {
 298             System.out.println( "failed." );
 299             failed++;
 300         }
 301         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 302         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 303             System.out.println( "OK." );
 304             succeeded++;
 305         }
 306         else {
 307             System.out.println( "failed." );
 308             failed++;
 309         }
 310         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 311         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 312             System.out.println( "OK." );
 313             succeeded++;
 314         }
 315         else {
 316             System.out.println( "failed." );
 317             failed++;
 318         }
 319         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 320         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 321             System.out.println( "OK." );
 322             succeeded++;
 323         }
 324         else {
 325             System.out.println( "failed." );
 326             failed++;
 327         }
 328         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 329         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 330             System.out.println( "OK." );
 331             succeeded++;
 332         }
 333         else {
 334             System.out.println( "failed." );
 335             failed++;
 336         }
 337         System.out.print( "Copying of node data: " );
 338         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 339             System.out.println( "OK." );
 340             succeeded++;
 341         }
 342         else {
 343             System.out.println( "failed." );
 344             failed++;
 345         }
 346         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 347         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 348             System.out.println( "OK." );
 349             succeeded++;
 350         }
 351         else {
 352             System.out.println( "failed." );
 353             failed++;
 354         }
 355         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 356         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 357             System.out.println( "OK." );
 358             succeeded++;
 359         }
 360         else {
 361             System.out.println( "failed." );
 362             failed++;
 363         }
 364         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 365         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 366             System.out.println( "OK." );
 367             succeeded++;
 368         }
 369         else {
 370             System.out.println( "failed." );
 371             failed++;
 372         }
 373         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 374         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 375             System.out.println( "OK." );
 376             succeeded++;
 377         }
 378         else {
 379             System.out.println( "failed." );
 380             failed++;
 381         }
 382         System.out.print( "Re-id methods: " );
 383         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 384             System.out.println( "OK." );
 385             succeeded++;
 386         }
 387         else {
 388             System.out.println( "failed." );
 389             failed++;
 390         }
 391         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 392         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 393             System.out.println( "OK." );
 394             succeeded++;
 395         }
 396         else {
 397             System.out.println( "failed." );
 398             failed++;
 399         }
 400         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 401         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 402             System.out.println( "OK." );
 403             succeeded++;
 404         }
 405         else {
 406             System.out.println( "failed." );
 407             failed++;
 408         }
 409         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 410         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 411             System.out.println( "OK." );
 412             succeeded++;
 413         }
 414         else {
 415             System.out.println( "failed." );
 416             failed++;
 417         }
 418         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 419         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 420             System.out.println( "OK." );
 421             succeeded++;
 422         }
 423         else {
 424             System.out.println( "failed." );
 425             failed++;
 426         }
 427         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 428         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 429             System.out.println( "OK." );
 430             succeeded++;
 431         }
 432         else {
 433             System.out.println( "failed." );
 434             failed++;
 435         }
 436         System.out.print( "Rerooting: " );
 437         if ( Test.testRerooting() ) {
 438             System.out.println( "OK." );
 439             succeeded++;
 440         }
 441         else {
 442             System.out.println( "failed." );
 443             failed++;
 444         }
 445         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 446         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 447             System.out.println( "OK." );
 448             succeeded++;
 449         }
 450         else {
 451             System.out.println( "failed." );
 452             failed++;
 453         }
 454         System.out.print( "Support count: " );
 455         if ( Test.testSupportCount() ) {
 456             System.out.println( "OK." );
 457             succeeded++;
 458         }
 459         else {
 460             System.out.println( "failed." );
 461             failed++;
 462         }
 463         System.out.print( "Support transfer: " );
 464         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 465             System.out.println( "OK." );
 466             succeeded++;
 467         }
 468         else {
 469             System.out.println( "failed." );
 470             failed++;
 471         }
 472         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 473         if ( Test.testGetLCA() ) {
 474             System.out.println( "OK." );
 475             succeeded++;
 476         }
 477         else {
 478             System.out.println( "failed." );
 479             failed++;
 480         }
 481         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 482         if ( Test.testGetDistance() ) {
 483             System.out.println( "OK." );
 484             succeeded++;
 485         }
 486         else {
 487             System.out.println( "failed." );
 488             failed++;
 489         }
 490         System.out.print( "SDIse: " );
 491         if ( Test.testSDIse() ) {
 492             System.out.println( "OK." );
 493             succeeded++;
 494         }
 495         else {
 496             System.out.println( "failed." );
 497             failed++;
 498         }
 499         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 500         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 501             System.out.println( "OK." );
 502             succeeded++;
 503         }
 504         else {
 505             System.out.println( "failed." );
 506             failed++;
 507         }
 508         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 509         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 510             System.out.println( "OK." );
 511             succeeded++;
 512         }
 513         else {
 514             System.out.println( "failed." );
 515             failed++;
 516         }
 517         System.out.print( "GSDI: " );
 518         if ( TestGSDI.test() ) {
 519             System.out.println( "OK." );
 520             succeeded++;
 521         }
 522         else {
 523             System.out.println( "failed." );
 524             failed++;
 525         }
 526         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 527         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 528             System.out.println( "OK." );
 529             succeeded++;
 530         }
 531         else {
 532             System.out.println( "failed." );
 533             failed++;
 534         }
 535         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 536         if ( Test.testDataObjects() ) {
 537             System.out.println( "OK." );
 538             succeeded++;
 539         }
 540         else {
 541             System.out.println( "failed." );
 542             failed++;
 543         }
 544         System.out.print( "Properties map: " );
 545         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "GO: " );
 574         System.out.println();
 575         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 576             System.out.println( "OK." );
 577             succeeded++;
 578         }
 579         else {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         System.out.print( "Modeling tools: " );
 584         if ( TestPccx.test() ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 593         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 594             System.out.println( "OK." );
 595             succeeded++;
 596         }
 597         else {
 598             System.out.println( "failed." );
 599             failed++;
 600         }
 601         System.out.print( "Split Matrix: " );
 602         if ( Test.testSplit() ) {
 603             System.out.println( "OK." );
 604             succeeded++;
 605         }
 606         else {
 607             System.out.println( "failed." );
 608             failed++;
 609         }
 610         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 611         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 612             System.out.println( "OK." );
 613             succeeded++;
 614         }
 615         else {
 616             System.out.println( "failed." );
 617             failed++;
 618         }
 619         System.out.print( "Basic table: " );
 620         if ( Test.testBasicTable() ) {
 621             System.out.println( "OK." );
 622             succeeded++;
 623         }
 624         else {
 625             System.out.println( "failed." );
 626             failed++;
 627         }
 628         System.out.print( "General table: " );
 629         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 630             System.out.println( "OK." );
 631             succeeded++;
 632         }
 633         else {
 634             System.out.println( "failed." );
 635             failed++;
 636         }
 637         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 638         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 639             System.out.println( "OK." );
 640             succeeded++;
 641         }
 642         else {
 643             System.out.println( "failed." );
 644             failed++;
 645         }
 646         System.out.print( "General MSA parser: " );
 647         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 648             System.out.println( "OK." );
 649             succeeded++;
 650         }
 651         else {
 652             System.out.println( "failed." );
 653             failed++;
 654         }
 655         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 656         if ( Test.testFastaParser() ) {
 657             System.out.println( "OK." );
 658             succeeded++;
 659         }
 660         else {
 661             System.out.println( "failed." );
 662             failed++;
 663         }
 664         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 665         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 666             System.out.println( "OK." );
 667             succeeded++;
 668         }
 669         else {
 670             System.out.println( "failed." );
 671             failed++;
 672         }
 673         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 674         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 675             System.out.println( "OK." );
 676             succeeded++;
 677         }
 678         else {
 679             System.out.println( "failed." );
 680             failed++;
 681         }
 682         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 683         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 684             System.out.println( "OK." );
 685             succeeded++;
 686         }
 687         else {
 688             System.out.println( "failed." );
 689             failed++;
 690         }
 691         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 692         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 693             System.out.println( "OK." );
 694             succeeded++;
 695         }
 696         else {
 697             System.out.println( "failed." );
 698             failed++;
 699         }
 700         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 701             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 702             if ( Test.testMafft() ) {
 703                 System.out.println( "OK." );
 704                 succeeded++;
 705             }
 706             else {
 707                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 708             }
 709         }
 710         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 711         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 720         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 729         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 730         //            System.out.println( "OK." );
 731         //            succeeded++;
 732         //        }
 733         //        else {
 734         //            System.out
 735         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 736         //        }
 737         System.out.println();
 738         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 739         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 740         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 741         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 742                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 743         System.out.println();
 744         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 745         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 746         System.out.println();
 747         if ( failed < 1 ) {
 748             System.out.println( "OK." );
 749         }
 750         else {
 751             System.out.println( "Not OK." );
 752         }
 753         // System.out.println();
 754         // Development.setTime( true );
 755         //try {
 756         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 757         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 758         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 759         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 760         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 761         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 762         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 763         // NHXParser() )[ 0 ];
 764         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 765         // }
 766         // catch ( final Exception e ) {
 767         //     e.printStackTrace();
 768         // }
 769         // t1.getRoot().preorderPrint();
 770         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 771         // .getInstance();
 772         // try {
 773         //
 774         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 775         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 776         // factory.create(
 777         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 778         // new NHXParser() );
 779         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 780         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 781         // factory.create(
 782         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 783         // new NHXParser() );
 784         //
 785         //
 786         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 787         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         // factory.create(
 794         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 795         // new NHXParser() );
 796         //
 797         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 798         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 799         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 800         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 801         //
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         // factory.create(
 806         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 807         // new NHXParser() );
 808         //
 809         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 810         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         //
 815         // }
 816         // catch ( IOException e ) {
 817         // // TODO Auto-generated catch block
 818         // e.printStackTrace();
 819         // }
 820     }
 821
 822     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 823         try {
 824             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 828             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 829                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 830             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 831                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 832             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 833                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 834             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 838                 return false;
 839             }
 840             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 841                 return false;
 842             }
 843             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( !n3.isExternal() ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( !n3.isRoot() ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855         }
 856         catch ( final Exception e ) {
 857             e.printStackTrace( System.out );
 858             return false;
 859         }
 860         return true;
 861     }
 862
 863     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 864         try {
 865             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 866             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 867             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 868                                                               xml_parser );
 869             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 870                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 877             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 878             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 879             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 880             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 881                 return false;
 882             }
 883             if ( !t1.isRooted() ) {
 884                 return false;
 885             }
 886             if ( t1.isRerootable() ) {
 887                 return false;
 888             }
 889             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 914                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 918                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 946                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 959                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 963                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 967                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 971                     .equals( "experimental" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 975                     .equals( "function" ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 979                     .getValue() != 1 ) {
 980                 return false;
 981             }
 982             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 983                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 984                 return false;
 985             }
 986             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 987                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 991                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 995                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 999                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1003                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1007                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1011                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1015                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1019                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1023                 return false;
1024             }
1025             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1026                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1033             //     return false;
1034             //}
1035             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1060             //                    .equals( "B" ) ) {
1061             //                return false;
1062             //            }
1063             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1067             //                return false;
1068             //            }
1069             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1073             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1077             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1093             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1094             //                ;
1095             //                return false;
1096             //            }
1097             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1098             //                return false;
1099             //            }
1100             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1101             //                return false;
1102             //            }
1103             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1119             //                                                              xml_parser );
1120             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1121             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1128             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1129             //                return false;
1130             //            }
1131             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1132             //                return false;
1133             //            }
1134             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1135             //                return false;
1136             //            }
1137             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140         }
1141         catch ( final Exception e ) {
1142             e.printStackTrace( System.out );
1143             return false;
1144         }
1145         return true;
1146     }
1147
1148     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1149         try {
1150             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1151             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1152             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1153                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1154             }
1155             else {
1156                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1157             }
1158             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1159                                                               xml_parser );
1160             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1161                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1162                 return false;
1163             }
1164             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1165                 return false;
1166             }
1167             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1168             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1169             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1173             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1177                 return false;
1178             }
1179             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1180                 return false;
1181             }
1182             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1186             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1187             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1188             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1201                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1205                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1206                 return false;
1207             }
1208             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1209             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1210             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1211             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1212             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1216             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1232                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1239                 return false;
1240             }
1241             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1242                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1243                 return false;
1244             }
1245             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1246                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1247                 return false;
1248             }
1249             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1250                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1254                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1255                 return false;
1256             }
1257             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1258                     .equals( "experimental" ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1262                     .equals( "function" ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1266                     .getValue() != 1 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1270                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1274                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1278                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1282                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1286                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1287                 return false;
1288             }
1289             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1290                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1294                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1298                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1302                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1303                 return false;
1304             }
1305             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1306                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1313                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1323                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1339                     .equals( "ncbi" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1346                     .getName().equals( "B" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1350                     .getFrom() != 21 ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1357                     .getLength() != 24 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1361                     .getConfidence() != 2144 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1365                     .equals( "pfam" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1381             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1382                 return false;
1383             }
1384             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1385                 return false;
1386             }
1387             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1388                 return false;
1389             }
1390             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1418                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1419                 ;
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             //
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1448                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1455                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1465                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1466                 return false;
1467             }
1468         }
1469         catch ( final Exception e ) {
1470             e.printStackTrace( System.out );
1471             return false;
1472         }
1473         return true;
1474     }
1475
1476     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1477         try {
1478             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1479             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1480             try {
1481                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1482             }
1483             catch ( final Exception e ) {
1484                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1485             }
1486             if ( xml_parser == null ) {
1487                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1488                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1489                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1490                 }
1491                 else {
1492                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1493                 }
1494             }
1495             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1496                                                               xml_parser );
1497             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1498                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1505             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1506             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1507             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1508             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1530             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( "errors:" );
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1540                                                               xml_parser );
1541             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1542                 System.out.println( "errors:" );
1543                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1553                                                               xml_parser );
1554             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1555                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1562             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1569                 return false;
1570             }
1571             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1575                                                               xml_parser );
1576             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1577                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1584             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             s.getNode( "first" );
1588             s.getNode( "<>" );
1589             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1590             s.getNode( "'''\"" );
1591             s.getNode( "\"\"\"" );
1592             s.getNode( "dick & doof" );
1593         }
1594         catch ( final Exception e ) {
1595             e.printStackTrace( System.out );
1596             return false;
1597         }
1598         return true;
1599     }
1600
1601     private static boolean testBasicTable() {
1602         try {
1603             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1604             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1605                 return false;
1606             }
1607             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1608                 return false;
1609             }
1610             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1611             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1612             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1613             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1614             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1615             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1616             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1617             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1618             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1649             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1650             source.append( "" + l );
1651             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1652             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1653             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1654             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1655             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1656             source.append( "40 41 42 43" + l );
1657             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1658             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1659             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1660             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1664                 return false;
1665             }
1666             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1667                 return false;
1668             }
1669             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1679             source1.append( "" + l );
1680             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1681             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1682             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1683             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1684             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1685             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1686             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1687             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1688             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1689             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1714             source2.append( "" + l );
1715             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1716             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1717             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1718             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1719             source2.append( "                     " + l );
1720             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1721             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1722             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1723             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1724             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1725                                                                         ";",
1726                                                                         false,
1727                                                                         "comment:",
1728                                                                         false );
1729             if ( tl.size() != 2 ) {
1730                 return false;
1731             }
1732             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1733             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1734             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752         }
1753         catch ( final Exception e ) {
1754             e.printStackTrace( System.out );
1755             return false;
1756         }
1757         return true;
1758     }
1759
1760     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1761         try {
1762             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1763             final TolParser parser = new TolParser();
1764             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1765             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1766                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1773             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t1.isRooted() ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1792             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1793                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1800             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( !t2.isRooted() ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1822                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1834             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1847             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1848                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1855             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1862                 return false;
1863             }
1864             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1868             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1869                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1876             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888         }
1889         catch ( final Exception e ) {
1890             e.printStackTrace( System.out );
1891             return false;
1892         }
1893         return true;
1894     }
1895
1896     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1897         try {
1898             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1899             final Phylogeny t1 = factory.create();
1900             if ( !t1.isEmpty() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1904             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t2.isEmpty() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1927             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1928             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1938             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1939             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1943                 return false;
1944             }
1945             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1946             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1947             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1948                 return false;
1949             }
1950             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1951             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1952             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1956             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1957             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             final char[] a9 = new char[] {};
1964             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1965             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1969             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1970             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1971                 return false;
1972             }
1973         }
1974         catch ( final Exception e ) {
1975             e.printStackTrace( System.out );
1976             return false;
1977         }
1978         return true;
1979     }
1980
1981     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1982         try {
1983             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1984             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1985             final Phylogeny[] ev0 = factory
1986                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1987                              new NHXParser() );
1988             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1989             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1990                 return false;
1991             }
1992             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1993                 return false;
1994             }
1995             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1996             final Phylogeny[] ev1 = factory
1997                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1998                              new NHXParser() );
1999             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2000             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2001                 return false;
2002             }
2003             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2004                 return false;
2005             }
2006             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2007             final Phylogeny[] ev_b = factory
2008                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2009                              new NHXParser() );
2010             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2011             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2012             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2016                 return false;
2017             }
2018             //
2019             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2020             final Phylogeny[] ev1x = factory
2021                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2022                              new NHXParser() );
2023             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2024             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2028                 return false;
2029             }
2030             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2031             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2032                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2033                              new NHXParser() );
2034             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2035             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2036                 return false;
2037             }
2038             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2039                 return false;
2040             }
2041             //
2042             final Phylogeny[] t2 = factory
2043                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2044                              new NHXParser() );
2045             final Phylogeny[] ev2 = factory
2046                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2047                              new NHXParser() );
2048             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2049                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2050             }
2051             //
2052             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2053                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2054             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2055             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2056             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065         }
2066         catch ( final Exception e ) {
2067             e.printStackTrace();
2068             return false;
2069         }
2070         return true;
2071     }
2072
2073     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2074         try {
2075             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2076                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2077             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2078             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081         }
2082         catch ( final Exception e ) {
2083             e.printStackTrace();
2084             return false;
2085         }
2086         return true;
2087     }
2088
2089     private static boolean testDataObjects() {
2090         try {
2091             final Confidence s0 = new Confidence();
2092             final Confidence s1 = new Confidence();
2093             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2094                 return false;
2095             }
2096             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2097             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2098             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2105             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             s3.asSimpleText();
2109             s3.asText();
2110             // Taxonomy
2111             // ----------
2112             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2113             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2114             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2115             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2116             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2117             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2118             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2119             t1.setScientificName( "E. coli" );
2120             t1.setCommonName( "coli" );
2121             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2122             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2126             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2127             t2.setScientificName( "what" );
2128             t2.setCommonName( "something" );
2129             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2133             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2134                 return false;
2135             }
2136             t1.setIdentifier( null );
2137             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2138             t3.setScientificName( "what" );
2139             t3.setCommonName( "something" );
2140             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             t1.setIdentifier( null );
2144             t1.setTaxonomyCode( "" );
2145             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2146             t4.setCommonName( "something" );
2147             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2151             t4.setCommonName( "something" );
2152             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2153                 return false;
2154             }
2155             t1.setIdentifier( null );
2156             t1.setTaxonomyCode( "" );
2157             t1.setScientificName( "" );
2158             t5.setCommonName( "COLI" );
2159             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2160                 return false;
2161             }
2162             t5.setCommonName( "vibrio" );
2163             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             // Identifier
2167             // ----------
2168             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2169             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2170             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2177                 return false;
2178             }
2179             id1.asSimpleText();
2180             id1.asText();
2181             // ProteinDomain
2182             // ---------------
2183             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2184             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2185             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             pd1.asSimpleText();
2192             pd1.asText();
2193             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2194             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2195             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2202                 return false;
2203             }
2204             pd3.asSimpleText();
2205             pd3.asText();
2206             // DomainArchitecture
2207             // ------------------
2208             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2209             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2210             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2211             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2212             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2213             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2214             domains0.add( d2 );
2215             domains0.add( d0 );
2216             domains0.add( d3 );
2217             domains0.add( d1 );
2218             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2219             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2223             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2233             domains1.add( d1 );
2234             domains1.add( d2 );
2235             domains1.add( d4 );
2236             domains1.add( d0 );
2237             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2238             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             ds1.asSimpleText();
2242             ds1.asText();
2243             ds1.toNHX();
2244             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2245             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2246                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             // Event
2253             // -----
2254             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2255             if ( e1.isDuplication() ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e1.isFusion() ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2268             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2275             if ( e2.isDuplication() ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2294             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2298             if ( e3.isDuplication() ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( e3.isSpeciation() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2311             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2312             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2313                 return false;
2314             }
2315             e3 = null;
2316             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2320             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2321                 return false;
2322             }
2323             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2327             e4 = null;
2328             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2329             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Event e5 = new Event();
2336             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2346             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2353             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2360             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2361                 return false;
2362             }
2363             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366         }
2367         catch ( final Exception e ) {
2368             e.printStackTrace( System.out );
2369             return false;
2370         }
2371         return true;
2372     }
2373
2374     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2375         try {
2376             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2377             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2378             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2379             if ( t0.isEmpty() ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2383                 return false;
2384             }
2385             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2386             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             if ( !t0.isEmpty() ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2393             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2397             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2404             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2408             if ( !t1.isEmpty() ) {
2409                 return false;
2410             }
2411             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2412             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2416             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             t2.toNewHampshireX();
2420             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2421             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2425             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2429             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2430                 return false;
2431             }
2432             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2433             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2434                 return false;
2435             }
2436             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2437             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2438                 return false;
2439             }
2440             n = t3.getNode( "A" );
2441             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             n = n.getNextExternalNode();
2445             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2449             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             n = t3.getNode( "C" );
2453             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2457             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2461             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2465             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2466                 return false;
2467             }
2468             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2469             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2470                 return false;
2471             }
2472             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2473             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2477             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2481             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             n = t4.getNode( "A" );
2485             n = n.getNextExternalNode();
2486             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             n = n.getNextExternalNode();
2490             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2494             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2498             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2499             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2503             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2508             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2512             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2516             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2517             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2525             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2526             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2535             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2543             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2544             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2553             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2561             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2562                 return false;
2563             }
2564             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2565             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2566                 return false;
2567             }
2568             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2569             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2570             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2574             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2578             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2579                 return false;
2580             }
2581             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2582             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2583                 return false;
2584             }
2585             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2586             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2587                 return false;
2588             }
2589             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2590             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2591                 return false;
2592             }
2593             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2594             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2598             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2602             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2603                 return false;
2604             }
2605             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2606             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2607                 return false;
2608             }
2609             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2610             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2614             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2618             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2622             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2626             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2627             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2631             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2635             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2636             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2640             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2644             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2645             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2649             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2653             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2657             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2661             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2665             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2666                 return false;
2667             }
2668         }
2669         catch ( final Exception e ) {
2670             e.printStackTrace( System.out );
2671             return false;
2672         }
2673         return true;
2674     }
2675
2676     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2677         try {
2678             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2679             dss1.addValue( 82 );
2680             dss1.addValue( 78 );
2681             dss1.addValue( 70 );
2682             dss1.addValue( 58 );
2683             dss1.addValue( 42 );
2684             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2685                 return false;
2686             }
2687             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2688                 return false;
2689             }
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             dss1.addValue( 123 );
2721             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2731             dss2.addValue( -1.85 );
2732             dss2.addValue( 57.5 );
2733             dss2.addValue( 92.78 );
2734             dss2.addValue( 57.78 );
2735             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2742             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             dss2.addValue( -100 );
2746             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             final double[] ds = new double[ 14 ];
2753             ds[ 0 ] = 34;
2754             ds[ 1 ] = 23;
2755             ds[ 2 ] = 1;
2756             ds[ 3 ] = 32;
2757             ds[ 4 ] = 11;
2758             ds[ 5 ] = 2;
2759             ds[ 6 ] = 12;
2760             ds[ 7 ] = 33;
2761             ds[ 8 ] = 13;
2762             ds[ 9 ] = 22;
2763             ds[ 10 ] = 21;
2764             ds[ 11 ] = 35;
2765             ds[ 12 ] = 24;
2766             ds[ 13 ] = 31;
2767             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2768             if ( bins.length != 4 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2784             ds1[ 0 ] = 10.0;
2785             ds1[ 1 ] = 19.0;
2786             ds1[ 2 ] = 9.999;
2787             ds1[ 3 ] = 0.0;
2788             ds1[ 4 ] = 39.9;
2789             ds1[ 5 ] = 39.999;
2790             ds1[ 6 ] = 30.0;
2791             ds1[ 7 ] = 19.999;
2792             ds1[ 8 ] = 30.1;
2793             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2794             if ( bins1.length != 4 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2810             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2823             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2836             dss3.addValue( 1 );
2837             dss3.addValue( 1 );
2838             dss3.addValue( 1 );
2839             dss3.addValue( 2 );
2840             dss3.addValue( 3 );
2841             dss3.addValue( 4 );
2842             dss3.addValue( 5 );
2843             dss3.addValue( 5 );
2844             dss3.addValue( 5 );
2845             dss3.addValue( 6 );
2846             dss3.addValue( 7 );
2847             dss3.addValue( 8 );
2848             dss3.addValue( 9 );
2849             dss3.addValue( 10 );
2850             dss3.addValue( 10 );
2851             dss3.addValue( 10 );
2852             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2853             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2854             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2855         }
2856         catch ( final Exception e ) {
2857             e.printStackTrace( System.out );
2858             return false;
2859         }
2860         return true;
2861     }
2862
2863     private static boolean testDir( final String file ) {
2864         try {
2865             final File f = new File( file );
2866             if ( !f.exists() ) {
2867                 return false;
2868             }
2869             if ( !f.isDirectory() ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             if ( !f.canRead() ) {
2873                 return false;
2874             }
2875         }
2876         catch ( final Exception e ) {
2877             return false;
2878         }
2879         return true;
2880     }
2881
2882     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2883         try {
2884             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2885             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2886             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2887             n = n.getNextExternalNode();
2888             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2889                 return false;
2890             }
2891             n = n.getNextExternalNode();
2892             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2893                 return false;
2894             }
2895             n = n.getNextExternalNode();
2896             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2897                 return false;
2898             }
2899             n = t1.getNode( "B" );
2900             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2901                 n = n.getNextExternalNode();
2902             }
2903             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2904             n = t2.getNode( "A" );
2905             n = n.getNextExternalNode();
2906             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n = n.getNextExternalNode();
2910             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2911                 return false;
2912             }
2913             n = n.getNextExternalNode();
2914             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2915                 return false;
2916             }
2917             n = t2.getNode( "B" );
2918             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2919                 n = n.getNextExternalNode();
2920             }
2921             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2922             n = t3.getNode( "A" );
2923             n = n.getNextExternalNode();
2924             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             n = n.getNextExternalNode();
2928             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             n = n.getNextExternalNode();
2932             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             n = n.getNextExternalNode();
2936             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2937                 return false;
2938             }
2939             n = n.getNextExternalNode();
2940             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             n = n.getNextExternalNode();
2944             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2945                 return false;
2946             }
2947             n = n.getNextExternalNode();
2948             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2949                 return false;
2950             }
2951             n = t3.getNode( "B" );
2952             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2953                 n = n.getNextExternalNode();
2954             }
2955             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2956             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2957                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2958             }
2959             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2960             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2961                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2962             }
2963         }
2964         catch ( final Exception e ) {
2965             e.printStackTrace( System.out );
2966             return false;
2967         }
2968         return true;
2969     }
2970
2971     private static boolean testGeneralTable() {
2972         try {
2973             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2974             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2975             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2976             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2977             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2978             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2979             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2980             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2981             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2982             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2986                 return false;
2987             }
2988             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2989                 return false;
2990             }
2991             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3010             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3011             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3012             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3013             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3014             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3015             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3016             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3017             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3018             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3019             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3023                 return false;
3024             }
3025             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049         }
3050         catch ( final Exception e ) {
3051             e.printStackTrace( System.out );
3052             return false;
3053         }
3054         return true;
3055     }
3056
3057     private static boolean testGetDistance() {
3058         try {
3059             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3060             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3061                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3062             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3063             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3157                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3158             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191         }
3192         catch ( final Exception e ) {
3193             e.printStackTrace( System.out );
3194             return false;
3195         }
3196         return true;
3197     }
3198
3199     private static boolean testGetLCA() {
3200         try {
3201             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3202             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3203                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3204             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3205             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3206             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3207                 return false;
3208             }
3209             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3210             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3214             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3215                 return false;
3216             }
3217             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3218             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3219                 return false;
3220             }
3221             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3222             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3226             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3230             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3234             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3238             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3242             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3246             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3250             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3254             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3255                 return false;
3256             }
3257             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3258             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3259                 return false;
3260             }
3261             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3262             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3263                 return false;
3264             }
3265             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3266             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3267                 return false;
3268             }
3269             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3270             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3271                 return false;
3272             }
3273             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3274             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3275                 return false;
3276             }
3277             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3278             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3282             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3286             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3290             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3294             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3298             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3299             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3303             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3307             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3311             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3315             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3319             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3323             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3327             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             final Phylogeny p3 = factory
3331                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3332                              new NHXParser() )[ 0 ];
3333             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3334             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3338             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3342             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3346             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3350             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3357             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             if ( !al_3.isRoot() ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3364             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3371             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3372                 return false;
3373             }
3374             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3378             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3383             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3387             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3388             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3393             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3397             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3398             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401         }
3402         catch ( final Exception e ) {
3403             e.printStackTrace( System.out );
3404             return false;
3405         }
3406         return true;
3407     }
3408
3409     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3410         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3411         try {
3412             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3413                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3414             parser1.parse();
3415             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3416                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3417             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3418             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( proteins.size() != 4 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3434             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3441             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3448             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3452             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482         }
3483         catch ( final Exception e ) {
3484             e.printStackTrace( System.out );
3485             return false;
3486         }
3487         return true;
3488     }
3489
3490     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3491         try {
3492             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3493             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3494             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3495             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3496             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3497                 return false;
3498             }
3499             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3500             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3504             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3508             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3509                 return false;
3510             }
3511         }
3512         catch ( final Exception e ) {
3513             e.printStackTrace( System.out );
3514             return false;
3515         }
3516         return true;
3517     }
3518
3519     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3520         try {
3521             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3522             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3523             PhylogenyNodeIterator it0;
3524             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3525                 it0.next();
3526             }
3527             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3528                 it0.next();
3529             }
3530             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3531             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( it.hasNext() ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3556                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3557             PhylogenyNodeIterator it2;
3558             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3559                 it2.next();
3560             }
3561             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3562                 it2.next();
3563             }
3564             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3565             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( it3.hasNext() ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3644             PhylogenyNodeIterator it4;
3645             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3646                 it4.next();
3647             }
3648             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3649                 it4.next();
3650             }
3651             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3652             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3668             PhylogenyNodeIterator it6;
3669             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3670                 it6.next();
3671             }
3672             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3673                 it6.next();
3674             }
3675             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3676             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( it.hasNext() ) {
3680                 return false;
3681             }
3682         }
3683         catch ( final Exception e ) {
3684             e.printStackTrace( System.out );
3685             return false;
3686         }
3687         return true;
3688     }
3689
3690     private static boolean testMidpointrooting() {
3691         try {
3692             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3693             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3694                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3695             if ( !t1.isRooted() ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3699             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3718             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3719             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3720                 return false;
3721             }
3722             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3723                 return false;
3724             }
3725             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737         }
3738         catch ( final Exception e ) {
3739             e.printStackTrace( System.out );
3740             return false;
3741         }
3742         return true;
3743     }
3744
3745     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3746         try {
3747             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3748             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3749             parser.parse();
3750             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3751             if ( labels.length != 7 ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3755                 return false;
3756             }
3757             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3758                 return false;
3759             }
3760             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3776             parser.parse();
3777             labels = parser.getCharStateLabels();
3778             if ( labels.length != 7 ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3785                 return false;
3786             }
3787             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802         }
3803         catch ( final Exception e ) {
3804             e.printStackTrace( System.out );
3805             return false;
3806         }
3807         return true;
3808     }
3809
3810     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3811         try {
3812             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3813             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3814             parser.parse();
3815             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3816             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             //            if ( labels.length != 7 ) {
3844             //                return false;
3845             //            }
3846             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3847             //                return false;
3848             //            }
3849             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3850             //                return false;
3851             //            }
3852             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3859             //                return false;
3860             //            }
3861             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3868             //            parser.parse();
3869             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3870             //            if ( labels.length != 7 ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3877             //                return false;
3878             //            }
3879             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3886             //                return false;
3887             //            }
3888             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3889             //                return false;
3890             //            }
3891             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3892             //                return false;
3893             //            }
3894         }
3895         catch ( final Exception e ) {
3896             e.printStackTrace( System.out );
3897             return false;
3898         }
3899         return true;
3900     }
3901
3902     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3903         try {
3904             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3905             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3906             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3907             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             phylogenies = null;
3917             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3918             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             phylogenies = null;
3928             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3929             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             phylogenies = null;
3942             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3943             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4064                 return false;
4065             }
4066         }
4067         catch ( final Exception e ) {
4068             e.printStackTrace( System.out );
4069             return false;
4070         }
4071         return true;
4072     }
4073
4074     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4075         try {
4076             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4077             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4078             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4079             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4095                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             phylogenies = null;
4099             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4100             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4119                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4138                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4157                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             phylogenies = null;
4161             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4162             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4181                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4200                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4219                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4220                 return false;
4221             }
4222         }
4223         catch ( final Exception e ) {
4224             e.printStackTrace( System.out );
4225             return false;
4226         }
4227         return true;
4228     }
4229
4230     private static boolean testNHParsing() {
4231         try {
4232             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4233             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4234             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4235                 return false;
4236             }
4237             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4238             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4239             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4240             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4241             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final Phylogeny p1b = factory
4248                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4249                              new NHXParser() )[ 0 ];
4250             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4257             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4258             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4259             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4260             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4261             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4262             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4263             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4264             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4265             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4266             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4267                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4268                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4269                                                     new NHXParser() );
4270             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4274                 return false;
4275             }
4276             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4277                 return false;
4278             }
4279             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4283             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4284             final String p16_S = "((A,B),C)";
4285             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4286             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4290             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4291             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4292                 return false;
4293             }
4294             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4295             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4296             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4300             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4301             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4305             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4306             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4310             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4311             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4315             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4316             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4320             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4321             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4325             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4326             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4330             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4331             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4332             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4339                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4340                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4341                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4342                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4343                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4344                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4345                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4346             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4347             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             final String p26_S = "(A,B)ab";
4351             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4352             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4356             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4357                                                     new NHXParser() );
4358             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4362             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4363             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4364             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4365             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4366                                                     new NHXParser() );
4367             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4380             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4381             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4385             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4386             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4390             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4391             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p33_S = "A";
4395             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p34_S = "B;";
4400             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4401             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p35_S = "B:0.2";
4405             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p36_S = "(A)";
4410             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p37_S = "((A))";
4415             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4420             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4425             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p40_S = "(A,B,C)";
4430             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4435             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4436             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4440             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4441             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4445             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4446             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4450             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4451             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4455             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4456             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             final String p46_S = "";
4460             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4461             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4465             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4469             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             final Phylogeny p49 = factory
4473                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4474                              new NHXParser() )[ 0 ];
4475             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4479             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4483                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4490                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4494             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4498             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4499                 return false;
4500             }
4501             final Phylogeny p53 = factory
4502                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4503                              new NHXParser() )[ 0 ];
4504             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             //
4508             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4509             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4513                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516         }
4517         catch ( final Exception e ) {
4518             e.printStackTrace( System.out );
4519             return false;
4520         }
4521         return true;
4522     }
4523
4524     private static boolean testNHXconversion() {
4525         try {
4526             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4527             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4528             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4529             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4530             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4531                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4532             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4533                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4534             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !n5.toNewHampshireX()
4547                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553         }
4554         catch ( final Exception e ) {
4555             e.printStackTrace( System.out );
4556             return false;
4557         }
4558         return true;
4559     }
4560
4561     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4562         try {
4563             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4564             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4565             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4566             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4567             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4568                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4569             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4570                 return false;
4571             }
4572             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             if ( n3.isDuplication() ) {
4576                 return false;
4577             }
4578             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( !n5.isDuplication() ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4615                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4616                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4617             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4624                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4625                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4626             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4633                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4634             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4635                 return false;
4636             }
4637             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4638                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4639             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4646                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4647             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4654                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4655             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4662                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4663             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4670                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4671             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4678                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4679             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4680                 return false;
4681             }
4682             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4686                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4687             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4694                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4695             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4702                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4703             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4704                 return false;
4705             }
4706             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4710                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4711                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4712                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4713                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4714                     return false;
4715                 }
4716                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4717                     return false;
4718                 }
4719                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4720                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4721                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4722                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4723                     return false;
4724                 }
4725                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "" ) ) {
4726                     return false;
4727                 }
4728                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4729                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4730                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4731                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4732                     return false;
4733                 }
4734                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "" ) ) {
4735                     return false;
4736                 }
4737                 final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4738                         .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4739                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4740                 if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4741                     return false;
4742                 }
4743                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4744                     return false;
4745                 }
4746                 final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4747                         .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4748                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4749                 if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4750                     return false;
4751                 }
4752                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4753                     return false;
4754                 }
4755                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4756                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4757                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4758                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4759                     return false;
4760                 }
4761                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4762                     return false;
4763                 }
4764                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4765                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4766                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4767                     return false;
4768                 }
4769                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4770                     return false;
4771                 }
4772             }
4773             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4774                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4775                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4776             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4777                 return false;
4778             }
4779             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4786                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4787                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4788             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4798             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4799             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4800                 return false;
4801             }
4802             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4806                 return false;
4807             }
4808             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4818                 return false;
4819             }
4820             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4842                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4843             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4850                 return false;
4851             }
4852             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4868             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4872             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4876                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4877                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4878             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4885                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4886                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4887             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4894                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4895                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4896             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4906                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4907                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4908             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4915                 return false;
4916             }
4917             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4918                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4919                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4920             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4927                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4928             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4935                 return false;
4936             }
4937         }
4938         catch ( final Exception e ) {
4939             e.printStackTrace( System.out );
4940             return false;
4941         }
4942         return true;
4943     }
4944
4945     private static boolean testNHXParsing() {
4946         try {
4947             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4948             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4949             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4953             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4954             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4958             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4959             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final Phylogeny[] p3 = factory
4963                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4964                              new NHXParser() );
4965             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             final Phylogeny[] p4 = factory
4969                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4970                              new NHXParser() );
4971             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             final Phylogeny[] p5 = factory
4975                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4976                              new NHXParser() );
4977             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4981             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4982             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4983             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4984                 return false;
4985             }
4986             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4987             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4988             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4989             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4993             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4994             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4995             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4999             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             final Phylogeny p10 = factory
5003                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5004                              new NHXParser() )[ 0 ];
5005             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008         }
5009         catch ( final Exception e ) {
5010             e.printStackTrace( System.out );
5011             return false;
5012         }
5013         return true;
5014     }
5015
5016     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5017         try {
5018             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5019             final NHXParser p = new NHXParser();
5020             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5021             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5025             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5029                 return false;
5030             }
5031             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5035                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5054             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5055             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5056             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5057                 return false;
5058             }
5059             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5060             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5061             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5062             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5066             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5067             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5068             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5072             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5073             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5074             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             final Phylogeny p10 = factory
5078                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5079                              new NHXParser() )[ 0 ];
5080             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5081             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5085             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5086                 return false;
5087             }
5088             //
5089             final Phylogeny p12 = factory
5090                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5091                              new NHXParser() )[ 0 ];
5092             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5093             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5097             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5101             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5105             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108         }
5109         catch ( final Exception e ) {
5110             e.printStackTrace( System.out );
5111             return false;
5112         }
5113         return true;
5114     }
5115
5116     private static boolean testNHXParsingMB() {
5117         try {
5118             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5119             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5120                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5121                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5122                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5123                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5124                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5125                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5126                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5127                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5128             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5135                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             final Phylogeny p2 = factory
5145                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5146                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5147                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5148                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5149                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5150                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5151                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5152                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5153                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5154                              new NHXParser() )[ 0 ];
5155             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5159                 return false;
5160             }
5161         }
5162         catch ( final Exception e ) {
5163             e.printStackTrace( System.out );
5164             System.exit( -1 );
5165             return false;
5166         }
5167         return true;
5168     }
5169
5170     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5171         try {
5172             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5173             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5174             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5175             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5176             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5180                 return false;
5181             }
5182             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5183                 return false;
5184             }
5185             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5186             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5187             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5188             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5195             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204         }
5205         catch ( final Exception e ) {
5206             e.printStackTrace( System.out );
5207             return false;
5208         }
5209         return true;
5210     }
5211
5212     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5213         try {
5214             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5215             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5216             try {
5217                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5218             }
5219             catch ( final Exception e ) {
5220                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5221             }
5222             if ( xml_parser == null ) {
5223                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5224                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5225                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5226                 }
5227                 else {
5228                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5229                 }
5230             }
5231             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5232                                                               xml_parser );
5233             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5234                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5235                 return false;
5236             }
5237             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5241             PhylogenyNode n = null;
5242             Distribution d = null;
5243             n = t1.getNode( "root node" );
5244             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             d = n.getNodeData().getDistribution();
5251             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( d.getPolygons() != null ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             n = t1.getNode( "node a" );
5276             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5283             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( d.getPolygons() != null ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             n = t1.getNode( "node bb" );
5308             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5315             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5340             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             p = d.getPolygons().get( 1 );
5362             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5372                 return false;
5373             }
5374             // Roundtrip:
5375             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5376             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5377             if ( rt.length != 1 ) {
5378                 return false;
5379             }
5380             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5381             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5382             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5383                 return false;
5384             }
5385             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             d = n.getNodeData().getDistribution();
5389             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( d.getPolygons() != null ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5399                 return false;
5400             }
5401             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5402                 return false;
5403             }
5404             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5414             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5421             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5422                 return false;
5423             }
5424             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( d.getPolygons() != null ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5446             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5453             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5466                 return false;
5467             }
5468             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5472                 return false;
5473             }
5474             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5475                 return false;
5476             }
5477             p = d.getPolygons().get( 0 );
5478             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5488                 return false;
5489             }
5490             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             p = d.getPolygons().get( 1 );
5500             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5510                 return false;
5511             }
5512         }
5513         catch ( final Exception e ) {
5514             e.printStackTrace( System.out );
5515             return false;
5516         }
5517         return true;
5518     }
5519
5520     private static boolean testPostOrderIterator() {
5521         try {
5522             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5523             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5524             PhylogenyNodeIterator it0;
5525             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5526                 it0.next();
5527             }
5528             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5529                 it0.next();
5530             }
5531             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5532             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5533             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5537                 return false;
5538             }
5539             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5540                 return false;
5541             }
5542             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5543                 return false;
5544             }
5545             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5555                 return false;
5556             }
5557             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5558                 return false;
5559             }
5560             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5561                 return false;
5562             }
5563             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5564                 return false;
5565             }
5566             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5567                 return false;
5568             }
5569             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             if ( it.hasNext() ) {
5579                 return false;
5580             }
5581         }
5582         catch ( final Exception e ) {
5583             e.printStackTrace( System.out );
5584             return false;
5585         }
5586         return true;
5587     }
5588
5589     private static boolean testPreOrderIterator() {
5590         try {
5591             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5592             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5593             PhylogenyNodeIterator it0;
5594             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5595                 it0.next();
5596             }
5597             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5598                 it0.next();
5599             }
5600             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5601             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5602                 return false;
5603             }
5604             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5605                 return false;
5606             }
5607             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5608                 return false;
5609             }
5610             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5611                 return false;
5612             }
5613             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             if ( it.hasNext() ) {
5623                 return false;
5624             }
5625             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5626             it = t1.iteratorPreorder();
5627             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( it.hasNext() ) {
5673                 return false;
5674             }
5675         }
5676         catch ( final Exception e ) {
5677             e.printStackTrace( System.out );
5678             return false;
5679         }
5680         return true;
5681     }
5682
5683     private static boolean testPropertiesMap() {
5684         try {
5685             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5686             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5687             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5688             final Property p2 = new Property( "something:else",
5689                                               "?",
5690                                               "improbable:research",
5691                                               "xsd:decimal",
5692                                               AppliesTo.NODE );
5693             pm.addProperty( p0 );
5694             pm.addProperty( p1 );
5695             pm.addProperty( p2 );
5696             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5715             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5722                 return false;
5723             }
5724         }
5725         catch ( final Exception e ) {
5726             e.printStackTrace( System.out );
5727             return false;
5728         }
5729         return true;
5730     }
5731
5732     private static boolean testReIdMethods() {
5733         try {
5734             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5735             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5736             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5737             p.levelOrderReID();
5738             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783         }
5784         catch ( final Exception e ) {
5785             e.printStackTrace( System.out );
5786             return false;
5787         }
5788         return true;
5789     }
5790
5791     private static boolean testRerooting() {
5792         try {
5793             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5794             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5795                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5796             if ( !t1.isRooted() ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5800             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5801             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5802             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5803             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5804             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5805             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5806             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5807             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5808             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5809             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5810             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5811             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5812             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5813             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5814             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5815             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5816             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5817             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5818             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5820             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5821             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5822             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5827             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5831                 return false;
5832             }
5833             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5846                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5847             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5848             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5849             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5850             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5851             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5852             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5853             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5854             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5855             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5856             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5857             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5858             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5859             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5860             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5861             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5862             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5863             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5864             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5865             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5892             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5899             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5906             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5916             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5933             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5934                 return false;
5935             }
5936             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5940                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5941             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5942             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5943                 return false;
5944             }
5945             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5949                 return false;
5950             }
5951             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5952             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5959                 return false;
5960             }
5961             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5962             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5969                 return false;
5970             }
5971         }
5972         catch ( final Exception e ) {
5973             e.printStackTrace( System.out );
5974             return false;
5975         }
5976         return true;
5977     }
5978
5979     private static boolean testSDIse() {
5980         try {
5981             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5982             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5983             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5984             gene1.setRooted( true );
5985             species1.setRooted( true );
5986             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5987             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             final Phylogeny species2 = factory
5991                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5992                              new NHXParser() )[ 0 ];
5993             final Phylogeny gene2 = factory
5994                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5995                              new NHXParser() )[ 0 ];
5996             species2.setRooted( true );
5997             gene2.setRooted( true );
5998             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5999             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             final Phylogeny species3 = factory
6021                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6022                              new NHXParser() )[ 0 ];
6023             final Phylogeny gene3 = factory
6024                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6025                              new NHXParser() )[ 0 ];
6026             species3.setRooted( true );
6027             gene3.setRooted( true );
6028             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6029             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6030                 return false;
6031             }
6032             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             final Phylogeny species4 = factory
6039                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6040                              new NHXParser() )[ 0 ];
6041             final Phylogeny gene4 = factory
6042                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6043                              new NHXParser() )[ 0 ];
6044             species4.setRooted( true );
6045             gene4.setRooted( true );
6046             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6047             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             final Phylogeny species5 = factory
6066                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6067                              new NHXParser() )[ 0 ];
6068             final Phylogeny gene5 = factory
6069                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6070                              new NHXParser() )[ 0 ];
6071             species5.setRooted( true );
6072             gene5.setRooted( true );
6073             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6074             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6081                 return false;
6082             }
6083             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6084                 return false;
6085             }
6086             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6093             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6094             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6095             final Phylogeny species6 = factory
6096                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6097                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6098                              new NHXParser() )[ 0 ];
6099             final Phylogeny gene6 = factory
6100                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6101                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6102                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6103                              new NHXParser() )[ 0 ];
6104             species6.setRooted( true );
6105             gene6.setRooted( true );
6106             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6107             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             sdi6.computeMappingCostL();
6135             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6145                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6146                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6147                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6148                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6149             species7.setRooted( true );
6150             final Phylogeny gene7_1 = Test
6151                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6152             gene7_1.setRooted( true );
6153             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6154             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6167                 return false;
6168             }
6169             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             final Phylogeny gene7_2 = Test
6182                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6183             gene7_2.setRooted( true );
6184             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6185             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6213                 return false;
6214             }
6215         }
6216         catch ( final Exception e ) {
6217             return false;
6218         }
6219         return true;
6220     }
6221
6222     private static boolean testSDIunrooted() {
6223         try {
6224             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6225             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6226             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6227             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6228             PhylogenyBranch br = iter.next();
6229             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             br = iter.next();
6236             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             br = iter.next();
6243             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             br = iter.next();
6250             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             br = iter.next();
6257             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             br = iter.next();
6264             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             br = iter.next();
6271             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             br = iter.next();
6278             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6279                 return false;
6280             }
6281             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             br = iter.next();
6285             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             br = iter.next();
6292             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             br = iter.next();
6299             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6300                 return false;
6301             }
6302             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             br = iter.next();
6306             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             br = iter.next();
6313             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             br = iter.next();
6320             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             br = iter.next();
6327             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( iter.hasNext() ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6337             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6338             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6339             br = iter1.next();
6340             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             br = iter1.next();
6347             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             br = iter1.next();
6354             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( iter1.hasNext() ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6364             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6365             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6366             br = iter2.next();
6367             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             br = iter2.next();
6374             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6375                 return false;
6376             }
6377             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             br = iter2.next();
6381             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( iter2.hasNext() ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             final Phylogeny species0 = factory
6391                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6392                              new NHXParser() )[ 0 ];
6393             final Phylogeny gene1 = factory
6394                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6395                              new NHXParser() )[ 0 ];
6396             species0.setRooted( true );
6397             gene1.setRooted( true );
6398             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6399             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6400             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             final Phylogeny gene2 = factory
6416                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6417                              new NHXParser() )[ 0 ];
6418             gene2.setRooted( true );
6419             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6420             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6421                 return false;
6422             }
6423             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6424                 return false;
6425             }
6426             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             final Phylogeny species6 = factory
6436                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6437                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6438                              new NHXParser() )[ 0 ];
6439             final Phylogeny gene6 = factory
6440                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6441                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6442                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6443                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6444                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6445                              new NHXParser() )[ 0 ];
6446             species6.setRooted( true );
6447             gene6.setRooted( true );
6448             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6449             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6456                 return false;
6457             }
6458             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6459                 return false;
6460             }
6461             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6462                 return false;
6463             }
6464             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6465                 return false;
6466             }
6467             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6486                 return false;
6487             }
6488             p6 = null;
6489             final Phylogeny species7 = factory
6490                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6491                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6492                              new NHXParser() )[ 0 ];
6493             final Phylogeny gene7 = factory
6494                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6495                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6496                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6497                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6498                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6499                              new NHXParser() )[ 0 ];
6500             species7.setRooted( true );
6501             gene7.setRooted( true );
6502             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6503             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6522                 return false;
6523             }
6524             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6534                 return false;
6535             }
6536             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             p7 = null;
6543             final Phylogeny species8 = factory
6544                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6545                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6546                              new NHXParser() )[ 0 ];
6547             final Phylogeny gene8 = factory
6548                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6549                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6550                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6551                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6552                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6553                              new NHXParser() )[ 0 ];
6554             species8.setRooted( true );
6555             gene8.setRooted( true );
6556             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6557             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6573                 return false;
6574             }
6575             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             p8 = null;
6597         }
6598         catch ( final Exception e ) {
6599             e.printStackTrace( System.out );
6600             return false;
6601         }
6602         return true;
6603     }
6604
6605     private static boolean testSplit() {
6606         try {
6607             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6608             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6609             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6610             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6611             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6612             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6613             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6614             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6615             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6616             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6617             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6618             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6619             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6620             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6621             // System.out.println( s0.toString() );
6622             //
6623             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6637             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6638                 return false;
6639             }
6640             //
6641             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6645             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             //
6649             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6654             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6655                 return false;
6656             }
6657             //
6658             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6663             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             //
6667             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6671             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             //
6675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6678             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             //
6682             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6688             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             //
6692             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6696             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6697                 return false;
6698             }
6699             //
6700             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6705             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             //
6709             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6712             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             //
6716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6721             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             //
6725             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6731             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             //
6735             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6739             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             //
6743             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6746             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             //
6750             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //
6757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6760             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             //
6764             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6767             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             //
6771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6774             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6775                 return false;
6776             }
6777             //
6778             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6781             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             //
6785             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6789             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             //
6793             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             //
6801             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6805             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             //
6809             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6814             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             /////////
6818             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6819             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6820             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6821             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6822             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6823             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6824             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6825             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6826             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6827             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6828             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6829             //                return false;
6830             //            }
6831             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6832             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6833             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6834             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6835             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6836             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6837             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6838             //                return false;
6839             //            }
6840             //            //
6841             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6842             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6847             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6848             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6849             //                return false;
6850             //            }
6851             //            //
6852             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6859             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6860             //                return false;
6861             //            }
6862             //            //
6863             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6868             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6869             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6870             //                return false;
6871             //            }
6872             //            //
6873             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6878             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6879             //                return false;
6880             //            }
6881             //
6882             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6883             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6884             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6885             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6886             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6887             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             //
6891             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6892             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6893             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6894             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6895             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6896             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             ///////////////////////////
6900             //
6901             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6906             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             //
6910             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6911             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6915             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6916                 return false;
6917             }
6918             //
6919             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6924             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             //
6928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6933             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             //
6937             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6938             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6942             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             //
6946             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6947             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6950             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6980             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             //
6984             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6991             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6992                 return false;
6993             }
6994         }
6995         catch ( final Exception e ) {
6996             e.printStackTrace();
6997             return false;
6998         }
6999         return true;
7000     }
7001
7002     private static boolean testSplitStrict() {
7003         try {
7004             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7005             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7006             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7007             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7008             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7009             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7010             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7011             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7012             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7013             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7014             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7015             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7028             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7029             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             //
7033             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7037             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             //
7041             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7042             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7043             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7046             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             //
7050             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7055             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             //
7059             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7063             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             //
7067             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7069             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7070             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             //
7074             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7077             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7080             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             //
7084             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7088             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7089                 return false;
7090             }
7091             //
7092             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7094             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7097             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             //
7101             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7104             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             //
7108             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7109             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7113             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             //
7117             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7123             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             //
7127             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7131             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             //
7135             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7138             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             //
7142             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7145             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7146                 return false;
7147             }
7148             //
7149             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7152             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             //
7156             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7166             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             //
7170             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7173             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             //
7177             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7181             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             //
7185             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7189             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             //
7193             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7197             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7198                 return false;
7199             }
7200             //
7201             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7206             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209         }
7210         catch ( final Exception e ) {
7211             e.printStackTrace();
7212             return false;
7213         }
7214         return true;
7215     }
7216
7217     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7218         try {
7219             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7220             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7221             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7222             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             t1.toNewHampshireX();
7226             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7227             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             t1.toNewHampshireX();
7231             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7232             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             t1.toNewHampshireX();
7236             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7237             t1.toNewHampshireX();
7238             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7242             t1.toNewHampshireX();
7243             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7247             t1.toNewHampshireX();
7248             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7252             t1.toNewHampshireX();
7253             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7257             t1.toNewHampshireX();
7258             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7262             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7263                 return false;
7264             }
7265             if ( !t1.isEmpty() ) {
7266                 return false;
7267             }
7268             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7269             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7270             t2.toNewHampshireX();
7271             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7272                 return false;
7273             }
7274             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7275             t2.toNewHampshireX();
7276             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7277                 return false;
7278             }
7279             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7280             t2.toNewHampshireX();
7281             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284         }
7285         catch ( final Exception e ) {
7286             e.printStackTrace( System.out );
7287             return false;
7288         }
7289         return true;
7290     }
7291
7292     private static boolean testSupportCount() {
7293         try {
7294             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7295             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7296             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7297                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7298                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7299                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7300                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7301                                                               new NHXParser() );
7302             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7303             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7304             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7305                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7306                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7307                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7308                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7309                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7310                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7311                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7312                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7313                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7314                                                               new NHXParser() );
7315             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7316             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7317             while ( it.hasNext() ) {
7318                 final PhylogenyNode n = it.next();
7319                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7320                     return false;
7321                 }
7322             }
7323             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7324             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7325                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7326             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7327             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7328             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7329                 return false;
7330             }
7331             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7332                 return false;
7333             }
7334             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7359             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7360                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7361             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7362             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7363             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7367                 return false;
7368             }
7369             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7373                 return false;
7374             }
7375             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7379                 return false;
7380             }
7381             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7382                 return false;
7383             }
7384             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7394             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7395             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7396             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7400             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7401             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7402             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7406             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7407             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7408             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7412             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7413             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7414             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7415                 return false;
7416             }
7417         }
7418         catch ( final Exception e ) {
7419             e.printStackTrace( System.out );
7420             return false;
7421         }
7422         return true;
7423     }
7424
7425     private static boolean testSupportTransfer() {
7426         try {
7427             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7428             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7429                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7430             final Phylogeny p2 = factory
7431                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7432             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7436                 return false;
7437             }
7438             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7439             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7440             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7459                 return false;
7460             }
7461             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7462                 return false;
7463             }
7464         }
7465         catch ( final Exception e ) {
7466             e.printStackTrace( System.out );
7467             return false;
7468         }
7469         return true;
7470     }
7471
7472     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7473         try {
7474             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7475             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7476             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7477             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7478             s0.setRooted( true );
7479             g0.setRooted( true );
7480             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7481             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7491             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7492             g0.setRooted( true );
7493             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7494             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7504             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7505             g0.setRooted( true );
7506             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7507             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7517             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7518             g0.setRooted( true );
7519             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7520             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7530             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7531             g0.setRooted( true );
7532             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7533             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7543             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7544             g0.setRooted( true );
7545             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7546             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7553                 return false;
7554             }
7555             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7556             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7557             g0.setRooted( true );
7558             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7559             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7569                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7570                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7571                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7572             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7573             s0.setRooted( true );
7574             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7575                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7576                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7577                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7578             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7579             g0.setRooted( true );
7580             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7581             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7597                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7598                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7599                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7600             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7601             g0.setRooted( true );
7602             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7603             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7619                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7620                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7621                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7622             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7623             g0.setRooted( true );
7624             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7625             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7641                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7642                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7643                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7644             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7645             g0.setRooted( true );
7646             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7647             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7663             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7664             g0.setRooted( true );
7665             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7666             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7676             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7677             g0.setRooted( true );
7678             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7679             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7683                 return false;
7684             }
7685             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7689                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7690                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7691                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7692             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7693             g0.setRooted( true );
7694             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7695             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7717                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7718                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7719                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7720             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7721             g0.setRooted( true );
7722             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7723             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7730                 return false;
7731             }
7732             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7745                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7746                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7747                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7748             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7749             g0.setRooted( true );
7750             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7751             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7773                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7774                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7775                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7776             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7777             g0.setRooted( true );
7778             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7779             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7801                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7802                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7803                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7804             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7805             s0.setRooted( true );
7806             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7807                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7808                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7809                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7810             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7811             g0.setRooted( true );
7812             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7813             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819         }
7820         catch ( final Exception e ) {
7821             e.printStackTrace( System.out );
7822             return false;
7823         }
7824         return true;
7825     }
7826
7827     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7828         try {
7829             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7830                                                                                                  10 );
7831             if ( results.size() != 1 ) {
7832                 return false;
7833             }
7834             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7835                 return false;
7836             }
7837             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7844                 return false;
7845             }
7846             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7847                 return false;
7848             }
7849             results = null;
7850             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7851             if ( results.size() != 1 ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7861                 return false;
7862             }
7863             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             results = null;
7870             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7871             if ( results.size() != 1 ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7884                 return false;
7885             }
7886             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889             results = null;
7890             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7891             if ( results.size() != 1 ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7916                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7917                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7918                 return false;
7919             }
7920         }
7921         catch ( final IOException e ) {
7922             System.out.println();
7923             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7924             e.printStackTrace( System.out );
7925             return true;
7926         }
7927         catch ( final Exception e ) {
7928             return false;
7929         }
7930         return true;
7931     }
7932
7933     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7934         //The format for GenBank Accession numbers are:
7935         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7936         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7937         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7938         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7939             return false;
7940         }
7941         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7942             return false;
7943         }
7944         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7945             return false;
7946         }
7947         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7948             return false;
7949         }
7950         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7951             return false;
7952         }
7953         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7954             return false;
7955         }
7956         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7957             return false;
7958         }
7959         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7960             return false;
7961         }
7962         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7963             return false;
7964         }
7965         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7966             return false;
7967         }
7968         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7969             return false;
7970         }
7971         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7972             return false;
7973         }
7974         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7975             return false;
7976         }
7977         return true;
7978     }
7979
7980     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7981         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7982             return false;
7983         }
7984         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7985             return false;
7986         }
7987         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7988             return false;
7989         }
7990         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7991             return false;
7992         }
7993         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7994             return false;
7995         }
7996         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7997             return false;
7998         }
7999         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8000             return false;
8001         }
8002         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8003             return false;
8004         }
8005         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8006             return false;
8007         }
8008         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8009             return false;
8010         }
8011         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8012             return false;
8013         }
8014         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8015             return false;
8016         }
8017         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8018             return false;
8019         }
8020         try {
8021             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8022             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8023                 return false;
8024             }
8025             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8035                 return false;
8036             }
8037         }
8038         catch ( final IOException e ) {
8039             System.out.println();
8040             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8041             e.printStackTrace( System.out );
8042             return true;
8043         }
8044         catch ( final Exception e ) {
8045             return false;
8046         }
8047         return true;
8048     }
8049
8050     private static boolean testWabiTxSearch() {
8051         try {
8052             String result = "";
8053             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8054             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8055             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8059             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8063             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8067             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8071             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8075             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8079             queries.add( "Campylobacter coli" );
8080             queries.add( "Escherichia coli" );
8081             queries.add( "Arabidopsis" );
8082             queries.add( "Trichoplax" );
8083             queries.add( "Samanea saman" );
8084             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8085             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8086             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8087             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8088             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8089             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8090             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8091             ranks.add( RANKS.GENUS );
8092             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8093             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8094             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8095             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8096         }
8097         catch ( final Exception e ) {
8098             System.out.println();
8099             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8100             e.printStackTrace( System.out );
8101             return false;
8102         }
8103         return true;
8104     }
8105
8106     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8107         try {
8108             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8109             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8116                 return false;
8117             }
8118             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8122             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8126             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8127                 return false;
8128             }
8129             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8130             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133         }
8134         catch ( final Exception e ) {
8135             e.printStackTrace();
8136             return false;
8137         }
8138         return true;
8139     }
8140
8141     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8142         try {
8143             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8144             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8151             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8155                 return false;
8156             }
8157         }
8158         catch ( final Exception e ) {
8159             e.printStackTrace();
8160             return false;
8161         }
8162         return true;
8163     }
8164
8165     private static boolean testFastaParser() {
8166         try {
8167             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8174             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8175                 return false;
8176             }
8177             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8184                 return false;
8185             }
8186             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8187                 return false;
8188             }
8189             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192         }
8193         catch ( final Exception e ) {
8194             e.printStackTrace();
8195             return false;
8196         }
8197         return true;
8198     }
8199
8200     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8201         try {
8202             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8203             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8204             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8205             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8206             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8207             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8208             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8209             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8210             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8238                 return false;
8239             }
8240             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8241                 return false;
8242             }
8243             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8244                 return false;
8245             }
8246             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8247             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8257             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8267             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8271                 return false;
8272             }
8273             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8274                 return false;
8275             }
8276         }
8277         catch ( final Exception e ) {
8278             e.printStackTrace();
8279             return false;
8280         }
8281         return true;
8282     }
8283
8284     private static boolean testMafft() {
8285         try {
8286             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8287             opts.add( "--maxiterate" );
8288             opts.add( "1000" );
8289             opts.add( "--localpair" );
8290             opts.add( "--quiet" );
8291             Msa msa = null;
8292             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8293             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8294             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8295                 return false;
8296             }
8297             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8298                 return false;
8299             }
8300         }
8301         catch ( final Exception e ) {
8302             e.printStackTrace( System.out );
8303             return false;
8304         }
8305         return true;
8306     }
8307
8308     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8309         try {
8310             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8311             PhylogenyNode n;
8312             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8313             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8314             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8315             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8316             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8317             n = t0.getFirstExternalNode();
8318             while ( n != null ) {
8319                 ext.add( n );
8320                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8321             }
8322             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8323                 return false;
8324             }
8325             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8326                 return false;
8327             }
8328             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8329                 return false;
8330             }
8331             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8332                 return false;
8333             }
8334             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8335                 return false;
8336             }
8337             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8338                 return false;
8339             }
8340             ext.clear();
8341             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8342             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8343             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8344             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8345             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8346             n = t1.getNode( "ab" );
8347             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8348             while ( n != null ) {
8349                 ext.add( n );
8350                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8351             }
8352             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8353                 return false;
8354             }
8355             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8359                 return false;
8360             }
8361             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8362                 return false;
8363             }
8364             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             //
8368             //
8369             ext.clear();
8370             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8371             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8372             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8373             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8374             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8375             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8376             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8377             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8378             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8379             n = t2.getNode( "ab" );
8380             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8381             while ( n != null ) {
8382                 ext.add( n );
8383                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8384             }
8385             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             //
8398             //
8399             ext.clear();
8400             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8401             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8402             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8403             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8404             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8405             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8406             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8407             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8408             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8409             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8410             n = t3.getNode( "ab" );
8411             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8412             while ( n != null ) {
8413                 ext.add( n );
8414                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8415             }
8416             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8417                 return false;
8418             }
8419             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             //
8426             //
8427             ext.clear();
8428             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8429             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8430             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8431             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8432             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8433             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8434             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8435             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8436             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8437             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8438             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8439             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8440             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             //
8444             //
8445             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8446             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8447             ext.clear();
8448             n = t5.getFirstExternalNode();
8449             while ( n != null ) {
8450                 ext.add( n );
8451                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8452             }
8453             if ( ext.size() != 8 ) {
8454                 return false;
8455             }
8456             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8460                 return false;
8461             }
8462             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             //
8481             //
8482             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8483             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8484             ext.clear();
8485             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8486             n = t6.getNode( "ab" );
8487             while ( n != null ) {
8488                 ext.add( n );
8489                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8490             }
8491             if ( ext.size() != 7 ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             //
8516             //
8517             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8518             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8519             ext.clear();
8520             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8521             n = t7.getNode( "a" );
8522             while ( n != null ) {
8523                 ext.add( n );
8524                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8525             }
8526             if ( ext.size() != 7 ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8530                 return false;
8531             }
8532             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8533                 return false;
8534             }
8535             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8536                 return false;
8537             }
8538             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8539                 return false;
8540             }
8541             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8542                 return false;
8543             }
8544             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             //
8551             //
8552             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8553             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8554             ext.clear();
8555             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8556             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8557             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8558             n = t8.getNode( "a" );
8559             while ( n != null ) {
8560                 ext.add( n );
8561                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8562             }
8563             if ( ext.size() != 7 ) {
8564                 return false;
8565             }
8566             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8567                 return false;
8568             }
8569             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8573                 System.out.println( "2 fail" );
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             //
8589             //
8590             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8591             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8592             ext.clear();
8593             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8594             n = t9.getNode( "a" );
8595             while ( n != null ) {
8596                 ext.add( n );
8597                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8598             }
8599             if ( ext.size() != 7 ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8618                 return false;
8619             }
8620             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             //
8624             //
8625             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8626             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8627             ext.clear();
8628             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8629             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8630             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8631             n = t10.getNode( "a" );
8632             while ( n != null ) {
8633                 ext.add( n );
8634                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8635             }
8636             if ( ext.size() != 7 ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8643                 return false;
8644             }
8645             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8649                 return false;
8650             }
8651             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             //
8661             //
8662             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8663             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8664             ext.clear();
8665             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8666             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8667             n = t11.getNode( "a" );
8668             while ( n != null ) {
8669                 ext.add( n );
8670                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8671             }
8672             if ( ext.size() != 6 ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             //
8694             //
8695             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8696             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8697             ext.clear();
8698             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8699             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8700             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8701             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8702             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8703             n = t12.getNode( "a" );
8704             while ( n != null ) {
8705                 ext.add( n );
8706                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8707             }
8708             if ( ext.size() != 6 ) {
8709                 return false;
8710             }
8711             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             //
8730             //
8731             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8732             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8733             ext.clear();
8734             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8735             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8736             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8737             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8738             n = t13.getNode( "ab" );
8739             while ( n != null ) {
8740                 ext.add( n );
8741                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8742             }
8743             if ( ext.size() != 5 ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             //
8762             //
8763             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8764             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8765             ext.clear();
8766             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8767             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8768             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8769             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8770             n = t14.getNode( "ab" );
8771             while ( n != null ) {
8772                 ext.add( n );
8773                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8774             }
8775             if ( ext.size() != 5 ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8785                 return false;
8786             }
8787             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             //
8794             //
8795             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8796             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8797             ext.clear();
8798             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8799             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8800             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8801             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8802             n = t15.getNode( "ab" );
8803             while ( n != null ) {
8804                 ext.add( n );
8805                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8806             }
8807             if ( ext.size() != 6 ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8820                 return false;
8821             }
8822             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             //
8829             //
8830             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8831             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8832             ext.clear();
8833             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8834             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8835             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8836             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8837             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8838             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8839             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8840             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8841             n = t16.getNode( "ab" );
8842             while ( n != null ) {
8843                 ext.add( n );
8844                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8845             }
8846             if ( ext.size() != 4 ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8850                 return false;
8851             }
8852             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8853                 return false;
8854             }
8855             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8859                 return false;
8860             }
8861         }
8862         catch ( final Exception e ) {
8863             e.printStackTrace( System.out );
8864             return false;
8865         }
8866         return true;
8867     }
8868
8869     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8870         try {
8871             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8872             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8873             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8874             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8875             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8876             l.add( s0 );
8877             l.add( s1 );
8878             l.add( s2 );
8879             l.add( s3 );
8880             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8881             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8882                 return false;
8883             }
8884             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8885                 return false;
8886             }
8887             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8888                 return false;
8889             }
8890             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8891                 return false;
8892             }
8893         }
8894         catch ( final Exception e ) {
8895             e.printStackTrace( System.out );
8896             return false;
8897         }
8898         return true;
8899     }
8900
8901     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8902         try {
8903             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8904             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8905                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8906                 if ( id != null ) {
8907                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8908                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8909                 }
8910                 return false;
8911             }
8912             //
8913             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8914             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8915                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8916                 if ( id != null ) {
8917                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8918                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8919                 }
8920                 return false;
8921             }
8922             //
8923             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8924             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8925                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8926                 if ( id != null ) {
8927                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8928                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8929                 }
8930                 return false;
8931             }
8932             //
8933             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8934             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8935                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8936                 if ( id != null ) {
8937                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8938                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8939                 }
8940                 return false;
8941             }
8942             //
8943             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8944             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8945                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8946                 if ( id != null ) {
8947                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8948                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8949                 }
8950                 return false;
8951             }
8952             //
8953             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8954             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8955                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8956                 if ( id != null ) {
8957                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8958                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8959                 }
8960                 return false;
8961             }
8962             //
8963             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8964             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8965                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8966                 if ( id != null ) {
8967                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8968                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8969                 }
8970                 return false;
8971             }
8972             //
8973             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8974             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8975                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8976                 if ( id != null ) {
8977                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8978                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8979                 }
8980                 return false;
8981             }
8982             //
8983             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8984             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8985                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8986                 if ( id != null ) {
8987                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8988                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8989                 }
8990                 return false;
8991             }
8992             //
8993             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8994             if ( id != null ) {
8995                 return false;
8996             }
8997             // lcl_91970_unknown_
8998         }
8999         catch ( final Exception e ) {
9000             e.printStackTrace( System.out );
9001             return false;
9002         }
9003         return true;
9004     }
9005 }