forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  45 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  48 import org.forester.go.TestGo;
  49 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  53 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  58 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  59 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  60 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  61 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  62 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  63 import org.forester.msa.BasicMsa;
  64 import org.forester.msa.Mafft;
  65 import org.forester.msa.Msa;
  66 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  67 import org.forester.msa.MsaMethods;
  68 import org.forester.pccx.TestPccx;
  69 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  70 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  76 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  80 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  83 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  85 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  86 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  87 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  89 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  90 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  91 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  94 import org.forester.protein.BasicDomain;
  95 import org.forester.protein.BasicProtein;
  96 import org.forester.protein.Domain;
  97 import org.forester.protein.Protein;
  98 import org.forester.protein.ProteinId;
  99 import org.forester.rio.TestRIO;
 100 import org.forester.sdi.SDI;
 101 import org.forester.sdi.SDIR;
 102 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 103 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 104 import org.forester.sequence.Sequence;
 105 import org.forester.species.BasicSpecies;
 106 import org.forester.species.Species;
 107 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 108 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 109 import org.forester.tools.SupportCount;
 110 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 111 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 112 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 113 import org.forester.util.BasicTable;
 114 import org.forester.util.BasicTableParser;
 115 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 116 import org.forester.util.ForesterConstants;
 117 import org.forester.util.ForesterUtil;
 118 import org.forester.util.GeneralTable;
 119 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 120 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 122 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 123 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 127
 128 @SuppressWarnings( "unused")
 129 public final class Test {
 130
 131     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 132     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 133     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 134                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 135                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 136     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 137                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 138                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 139     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 140     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 141                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 143     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 144                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 146
 147     public static boolean testOverlapRemoval() {
 148         try {
 149             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 150             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 154             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 155             covered.add( true ); // 0
 156             covered.add( false ); // 1
 157             covered.add( true ); // 2
 158             covered.add( false ); // 3
 159             covered.add( true ); // 4
 160             covered.add( true ); // 5
 161             covered.add( false ); // 6
 162             covered.add( true ); // 7
 163             covered.add( true ); // 8
 164             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 168                 return false;
 169             }
 170             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 171                 return false;
 172             }
 173             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 174                 return false;
 175             }
 176             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
 180             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
 181             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 182             ab.addProteinDomain( a );
 183             ab.addProteinDomain( b );
 184             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 185             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 186                 return false;
 187             }
 188             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 189                 return false;
 190             }
 191             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 192                 return false;
 193             }
 194             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 195             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 196                 return false;
 197             }
 198             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 202             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 203                                               ( short ) 10000,
 204                                               ( short ) 10500,
 205                                               ( short ) 1,
 206                                               ( short ) 1,
 207                                               0.0000001,
 208                                               1 );
 209             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 210             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 211             cde.addProteinDomain( c );
 212             cde.addProteinDomain( d );
 213             cde.addProteinDomain( e );
 214             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 215             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 216                 return false;
 217             }
 218             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 219                 return false;
 220             }
 221             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 222             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 223             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 224             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 225             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 226             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 227             fghi.addProteinDomain( f );
 228             fghi.addProteinDomain( g );
 229             fghi.addProteinDomain( h );
 230             fghi.addProteinDomain( i );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i );
 233             fghi.addProteinDomain( i2 );
 234             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 235             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 236                 return false;
 237             }
 238             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 239                 return false;
 240             }
 241             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 242                 return false;
 243             }
 244             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 245             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 246                 return false;
 247             }
 248             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 249                 return false;
 250             }
 251             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 252             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 253             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 254             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 255             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 257             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 258             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 259             jklm.addProteinDomain( j );
 260             jklm.addProteinDomain( k );
 261             jklm.addProteinDomain( l );
 262             jklm.addProteinDomain( m );
 263             jklm.addProteinDomain( m0 );
 264             jklm.addProteinDomain( m1 );
 265             jklm.addProteinDomain( m2 );
 266             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 267             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 268                 return false;
 269             }
 270             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 271                 return false;
 272             }
 273             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 274                 return false;
 275             }
 276             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 277             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 278                 return false;
 279             }
 280             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 281                 return false;
 282             }
 283             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 284             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 285             od.addProteinDomain( only );
 286             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 287             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 288                 return false;
 289             }
 290             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 291                 return false;
 292             }
 293         }
 294         catch ( final Exception e ) {
 295             e.printStackTrace( System.out );
 296             return false;
 297         }
 298         return true;
 299     }
 300
 301     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 302         try {
 303             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 304             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 310             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 311             covered.add( true ); // 0
 312             covered.add( false ); // 1
 313             covered.add( true ); // 2
 314             covered.add( false ); // 3
 315             covered.add( true ); // 4
 316             covered.add( true ); // 5
 317             covered.add( false ); // 6
 318             covered.add( true ); // 7
 319             covered.add( true ); // 8
 320             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 321                 return false;
 322             }
 323             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 324                 return false;
 325             }
 326             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 327                 return false;
 328             }
 329             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 330                 return false;
 331             }
 332             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 333                 return false;
 334             }
 335             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 336                 return false;
 337             }
 338             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 339                 return false;
 340             }
 341             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 342             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 343             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 344             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 345             abc.addProteinDomain( a );
 346             abc.addProteinDomain( b );
 347             abc.addProteinDomain( c );
 348             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 349             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 350             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 351                 return false;
 352             }
 353             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 354                 return false;
 355             }
 356             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 357                 return false;
 358             }
 359             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 360                 return false;
 361             }
 362             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 363                 return false;
 364             }
 365             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 366             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 367             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 368             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 369             def.addProteinDomain( d );
 370             def.addProteinDomain( e );
 371             def.addProteinDomain( f );
 372             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 373             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 374             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 375                 return false;
 376             }
 377             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 378                 return false;
 379             }
 380             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 381                 return false;
 382             }
 383             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 384                 return false;
 385             }
 386             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 387                 return false;
 388             }
 389             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 390                 return false;
 391             }
 392         }
 393         catch ( final Exception e ) {
 394             e.printStackTrace( System.out );
 395             return false;
 396         }
 397         return true;
 398     }
 399
 400     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 401         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 402     }
 403
 404     public static void main( final String[] args ) {
 405         try {
 406             String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
 407             final URL u = new URL( s );
 408             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 409             // final PhylogenyParser parser = new NHXParser();
 410             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), new NHXParser() );
 411             System.out.println( "results 1:" );
 412             for( final Phylogeny phy : phys ) {
 413                 System.out.println( phy.toString() );
 414             }
 415             System.out.println( "" );
 416             final Phylogeny[] phys3 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() );
 417             System.out.println( "results 3:" );
 418             for( final Phylogeny phy : phys3 ) {
 419                 System.out.println( phy.toString() );
 420             }
 421         }
 422         catch ( Exception e ) {
 423             e.printStackTrace();
 424         }
 425         System.exit( 0 );
 426         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 427         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 428                 + "]" );
 429         Locale.setDefault( Locale.US );
 430         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 431         int failed = 0;
 432         int succeeded = 0;
 433         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 434         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 435             System.out.println( "OK.]" );
 436         }
 437         else {
 438             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 439             System.out.println( "Testing aborted." );
 440             System.exit( -1 );
 441         }
 442         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 443         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 444             System.out.println( "OK.]" );
 445         }
 446         else {
 447             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 448             System.out.println( "Testing aborted." );
 449             System.exit( -1 );
 450         }
 451         final long start_time = new Date().getTime();
 452         System.out.print( "Basic node methods: " );
 453         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 454             System.out.println( "OK." );
 455             succeeded++;
 456         }
 457         else {
 458             System.out.println( "failed." );
 459             failed++;
 460         }
 461         System.out.print( "Protein id: " );
 462         if ( !testProteinId() ) {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         else {
 467             succeeded++;
 468         }
 469         System.out.println( "OK." );
 470         System.out.print( "Species: " );
 471         if ( !testSpecies() ) {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         else {
 476             succeeded++;
 477         }
 478         System.out.println( "OK." );
 479         System.out.print( "Basic domain: " );
 480         if ( !testBasicDomain() ) {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         else {
 485             succeeded++;
 486         }
 487         System.out.println( "OK." );
 488         System.out.print( "Basic protein: " );
 489         if ( !testBasicProtein() ) {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         else {
 494             succeeded++;
 495         }
 496         System.out.println( "OK." );
 497         System.out.print( "Sequence writer: " );
 498         if ( testSequenceWriter() ) {
 499             System.out.println( "OK." );
 500             succeeded++;
 501         }
 502         else {
 503             System.out.println( "failed." );
 504             failed++;
 505         }
 506         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 507         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 508             System.out.println( "OK." );
 509             succeeded++;
 510         }
 511         else {
 512             System.out.println( "failed." );
 513             failed++;
 514         }
 515         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 516         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 517             System.out.println( "OK." );
 518             succeeded++;
 519         }
 520         else {
 521             System.out.println( "failed." );
 522             failed++;
 523         }
 524         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 525         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 526             System.out.println( "OK." );
 527             succeeded++;
 528         }
 529         else {
 530             System.out.println( "failed." );
 531             failed++;
 532         }
 533         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 534             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 535             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 536                 System.out.println( "OK." );
 537                 succeeded++;
 538             }
 539             else {
 540                 System.out.println( "failed." );
 541                 failed++;
 542             }
 543         }
 544         // System.exit( 0 );
 545         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 546             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 547             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 548                 System.out.println( "OK." );
 549                 succeeded++;
 550             }
 551             else {
 552                 System.out.println( "failed." );
 553                 failed++;
 554                 System.exit( -1 );
 555             }
 556         }
 557         // System.exit( 0 );
 558         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 559         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 560             System.out.println( "OK." );
 561             succeeded++;
 562         }
 563         else {
 564             System.out.println( "failed." );
 565             failed++;
 566         }
 567         //
 568         System.out.print( "Overlap removal: " );
 569         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         else {
 574             succeeded++;
 575         }
 576         System.out.println( "OK." );
 577         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 578         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         else {
 583             succeeded++;
 584         }
 585         System.out.println( "OK." );
 586         //
 587         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 588         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "SN extraction: " );
 597         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 606         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 615         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 624         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 633         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "NH parsing: " );
 642         if ( Test.testNHParsing() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 651         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 652             System.out.println( "OK." );
 653             succeeded++;
 654         }
 655         else {
 656             System.out.println( "failed." );
 657             failed++;
 658         }
 659         System.out.print( "NHX parsing: " );
 660         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 661             System.out.println( "OK." );
 662             succeeded++;
 663         }
 664         else {
 665             System.out.println( "failed." );
 666             failed++;
 667         }
 668         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 669         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 670             System.out.println( "OK." );
 671             succeeded++;
 672         }
 673         else {
 674             System.out.println( "failed." );
 675             failed++;
 676         }
 677         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 678         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 679             System.out.println( "OK." );
 680             succeeded++;
 681         }
 682         else {
 683             System.out.println( "failed." );
 684             failed++;
 685         }
 686         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 687         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 688             System.out.println( "OK." );
 689             succeeded++;
 690         }
 691         else {
 692             System.out.println( "failed." );
 693             failed++;
 694         }
 695         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 696         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 697             System.out.println( "OK." );
 698             succeeded++;
 699         }
 700         else {
 701             System.out.println( "failed." );
 702             failed++;
 703         }
 704         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 705         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 706             System.out.println( "OK." );
 707             succeeded++;
 708         }
 709         else {
 710             System.out.println( "failed." );
 711             failed++;
 712         }
 713         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 714         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 715             System.out.println( "OK." );
 716             succeeded++;
 717         }
 718         else {
 719             System.out.println( "failed." );
 720             failed++;
 721         }
 722         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 723         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 724             System.out.println( "OK." );
 725             succeeded++;
 726         }
 727         else {
 728             System.out.println( "failed." );
 729             failed++;
 730         }
 731         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 732         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 733             System.out.println( "OK." );
 734             succeeded++;
 735         }
 736         else {
 737             System.out.println( "failed." );
 738             failed++;
 739         }
 740         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 741         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 742             System.out.println( "OK." );
 743             succeeded++;
 744         }
 745         else {
 746             System.out.println( "failed." );
 747             failed++;
 748         }
 749         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 750         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 751             System.out.println( "OK." );
 752             succeeded++;
 753         }
 754         else {
 755             System.out.println( "failed." );
 756             failed++;
 757         }
 758         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 759         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 760             System.out.println( "OK." );
 761             succeeded++;
 762         }
 763         else {
 764             System.out.println( "failed." );
 765             failed++;
 766         }
 767         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 768         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 769             System.out.println( "OK." );
 770             succeeded++;
 771         }
 772         else {
 773             System.out.println( "failed." );
 774             failed++;
 775         }
 776         System.out.print( "Copying of node data: " );
 777         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 778             System.out.println( "OK." );
 779             succeeded++;
 780         }
 781         else {
 782             System.out.println( "failed." );
 783             failed++;
 784         }
 785         System.out.print( "Tree copy: " );
 786         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 787             System.out.println( "OK." );
 788             succeeded++;
 789         }
 790         else {
 791             System.out.println( "failed." );
 792             failed++;
 793         }
 794         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 795         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 796             System.out.println( "OK." );
 797             succeeded++;
 798         }
 799         else {
 800             System.out.println( "failed." );
 801             failed++;
 802         }
 803         System.out.print( "Tree methods: " );
 804         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 805             System.out.println( "OK." );
 806             succeeded++;
 807         }
 808         else {
 809             System.out.println( "failed." );
 810             failed++;
 811         }
 812         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 813         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 814             System.out.println( "OK." );
 815             succeeded++;
 816         }
 817         else {
 818             System.out.println( "failed." );
 819             failed++;
 820         }
 821         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 822         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 823             System.out.println( "OK." );
 824             succeeded++;
 825         }
 826         else {
 827             System.out.println( "failed." );
 828             failed++;
 829         }
 830         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 831         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 832             System.out.println( "OK." );
 833             succeeded++;
 834         }
 835         else {
 836             System.out.println( "failed." );
 837             failed++;
 838         }
 839         System.out.print( "Re-id methods: " );
 840         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 841             System.out.println( "OK." );
 842             succeeded++;
 843         }
 844         else {
 845             System.out.println( "failed." );
 846             failed++;
 847         }
 848         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 849         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 850             System.out.println( "OK." );
 851             succeeded++;
 852         }
 853         else {
 854             System.out.println( "failed." );
 855             failed++;
 856         }
 857         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 858         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 859             System.out.println( "OK." );
 860             succeeded++;
 861         }
 862         else {
 863             System.out.println( "failed." );
 864             failed++;
 865         }
 866         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 867         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 868             System.out.println( "OK." );
 869             succeeded++;
 870         }
 871         else {
 872             System.out.println( "failed." );
 873             failed++;
 874         }
 875         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 876         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 877             System.out.println( "OK." );
 878             succeeded++;
 879         }
 880         else {
 881             System.out.println( "failed." );
 882             failed++;
 883         }
 884         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 885         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 886             System.out.println( "OK." );
 887             succeeded++;
 888         }
 889         else {
 890             System.out.println( "failed." );
 891             failed++;
 892         }
 893         System.out.print( "Rerooting: " );
 894         if ( Test.testRerooting() ) {
 895             System.out.println( "OK." );
 896             succeeded++;
 897         }
 898         else {
 899             System.out.println( "failed." );
 900             failed++;
 901         }
 902         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 903         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 904             System.out.println( "OK." );
 905             succeeded++;
 906         }
 907         else {
 908             System.out.println( "failed." );
 909             failed++;
 910         }
 911         System.out.print( "Node removal: " );
 912         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 913             System.out.println( "OK." );
 914             succeeded++;
 915         }
 916         else {
 917             System.out.println( "failed." );
 918             failed++;
 919         }
 920         System.out.print( "Support count: " );
 921         if ( Test.testSupportCount() ) {
 922             System.out.println( "OK." );
 923             succeeded++;
 924         }
 925         else {
 926             System.out.println( "failed." );
 927             failed++;
 928         }
 929         System.out.print( "Support transfer: " );
 930         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 931             System.out.println( "OK." );
 932             succeeded++;
 933         }
 934         else {
 935             System.out.println( "failed." );
 936             failed++;
 937         }
 938         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 939         if ( Test.testGetLCA() ) {
 940             System.out.println( "OK." );
 941             succeeded++;
 942         }
 943         else {
 944             System.out.println( "failed." );
 945             failed++;
 946         }
 947         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 948         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 949             System.out.println( "OK." );
 950             succeeded++;
 951         }
 952         else {
 953             System.out.println( "failed." );
 954             failed++;
 955         }
 956         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 957         if ( Test.testGetDistance() ) {
 958             System.out.println( "OK." );
 959             succeeded++;
 960         }
 961         else {
 962             System.out.println( "failed." );
 963             failed++;
 964         }
 965         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 966         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 967             System.out.println( "OK." );
 968             succeeded++;
 969         }
 970         else {
 971             System.out.println( "failed." );
 972             failed++;
 973         }
 974         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 975         if ( Test.testDataObjects() ) {
 976             System.out.println( "OK." );
 977             succeeded++;
 978         }
 979         else {
 980             System.out.println( "failed." );
 981             failed++;
 982         }
 983         System.out.print( "Properties map: " );
 984         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 985             System.out.println( "OK." );
 986             succeeded++;
 987         }
 988         else {
 989             System.out.println( "failed." );
 990             failed++;
 991         }
 992         System.out.print( "SDIse: " );
 993         if ( Test.testSDIse() ) {
 994             System.out.println( "OK." );
 995             succeeded++;
 996         }
 997         else {
 998             System.out.println( "failed." );
 999             failed++;
1000         }
1001         System.out.print( "SDIunrooted: " );
1002         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
1003             System.out.println( "OK." );
1004             succeeded++;
1005         }
1006         else {
1007             System.out.println( "failed." );
1008             failed++;
1009         }
1010         System.out.print( "GSDI: " );
1011         if ( TestGSDI.test() ) {
1012             System.out.println( "OK." );
1013             succeeded++;
1014         }
1015         else {
1016             System.out.println( "failed." );
1017             failed++;
1018         }
1019         System.out.print( "RIO: " );
1020         if ( TestRIO.test() ) {
1021             System.out.println( "OK." );
1022             succeeded++;
1023         }
1024         else {
1025             System.out.println( "failed." );
1026             failed++;
1027         }
1028         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1029         System.out.println();
1030         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1031             System.out.println( "OK." );
1032             succeeded++;
1033         }
1034         else {
1035             System.out.println( "failed." );
1036             failed++;
1037         }
1038         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1039         System.out.println();
1040         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1041             System.out.println( "OK." );
1042             succeeded++;
1043         }
1044         else {
1045             System.out.println( "failed." );
1046             failed++;
1047         }
1048         System.out.print( "GO: " );
1049         System.out.println();
1050         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1051             System.out.println( "OK." );
1052             succeeded++;
1053         }
1054         else {
1055             System.out.println( "failed." );
1056             failed++;
1057         }
1058         System.out.print( "Modeling tools: " );
1059         if ( TestPccx.test() ) {
1060             System.out.println( "OK." );
1061             succeeded++;
1062         }
1063         else {
1064             System.out.println( "failed." );
1065             failed++;
1066         }
1067         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1068         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1069             System.out.println( "OK." );
1070             succeeded++;
1071         }
1072         else {
1073             System.out.println( "failed." );
1074             failed++;
1075         }
1076         System.out.print( "Split Matrix: " );
1077         if ( Test.testSplit() ) {
1078             System.out.println( "OK." );
1079             succeeded++;
1080         }
1081         else {
1082             System.out.println( "failed." );
1083             failed++;
1084         }
1085         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1086         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1087             System.out.println( "OK." );
1088             succeeded++;
1089         }
1090         else {
1091             System.out.println( "failed." );
1092             failed++;
1093         }
1094         System.out.print( "Basic table: " );
1095         if ( Test.testBasicTable() ) {
1096             System.out.println( "OK." );
1097             succeeded++;
1098         }
1099         else {
1100             System.out.println( "failed." );
1101             failed++;
1102         }
1103         System.out.print( "General table: " );
1104         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1105             System.out.println( "OK." );
1106             succeeded++;
1107         }
1108         else {
1109             System.out.println( "failed." );
1110             failed++;
1111         }
1112         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1113         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1114             System.out.println( "OK." );
1115             succeeded++;
1116         }
1117         else {
1118             System.out.println( "failed." );
1119             failed++;
1120         }
1121         System.out.print( "General MSA parser: " );
1122         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1123             System.out.println( "OK." );
1124             succeeded++;
1125         }
1126         else {
1127             System.out.println( "failed." );
1128             failed++;
1129         }
1130         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1131         if ( Test.testFastaParser() ) {
1132             System.out.println( "OK." );
1133             succeeded++;
1134         }
1135         else {
1136             System.out.println( "failed." );
1137             failed++;
1138         }
1139         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1140         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1141             System.out.println( "OK." );
1142             succeeded++;
1143         }
1144         else {
1145             System.out.println( "failed." );
1146             failed++;
1147         }
1148         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1149         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1150             System.out.println( "OK." );
1151             succeeded++;
1152         }
1153         else {
1154             System.out.println( "failed." );
1155             failed++;
1156         }
1157         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1158             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1159             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1160                 System.out.println( "OK." );
1161                 succeeded++;
1162             }
1163             else {
1164                 System.out.println( "failed." );
1165                 failed++;
1166             }
1167         }
1168         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1169             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1170             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1171                 System.out.println( "OK." );
1172                 succeeded++;
1173             }
1174             else {
1175                 System.out.println( "failed." );
1176                 failed++;
1177             }
1178         }
1179         //----
1180         String path = "";
1181         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1182         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1183             path = "/usr/local/bin/mafft";
1184         }
1185         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1186             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1187         }
1188         else {
1189             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1190         }
1191         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1192             path = "mafft";
1193         }
1194         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1195             path = "/usr/local/bin/mafft";
1196         }
1197         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1198             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1199             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1200                 System.out.println( "OK." );
1201                 succeeded++;
1202             }
1203             else {
1204                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1205             }
1206         }
1207         //----
1208         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1209         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1210             System.out.println( "OK." );
1211             succeeded++;
1212         }
1213         else {
1214             System.out.println( "failed." );
1215             failed++;
1216         }
1217         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1218         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1219             System.out.println( "OK." );
1220             succeeded++;
1221         }
1222         else {
1223             System.out.println( "failed." );
1224             failed++;
1225         }
1226         System.out.println();
1227         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1228         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1229         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1230         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1231                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1232         System.out.println();
1233         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1234         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1235         System.out.println();
1236         if ( failed < 1 ) {
1237             System.out.println( "OK." );
1238         }
1239         else {
1240             System.out.println( "Not OK." );
1241         }
1242     }
1243
1244     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1245         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1246         return p;
1247     }
1248
1249     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1250         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1251     }
1252
1253     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1254         try {
1255             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1256             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1269             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1273             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1274                 return false;
1275             }
1276             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1277             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280         }
1281         catch ( final Exception e ) {
1282             e.printStackTrace();
1283             return false;
1284         }
1285         return true;
1286     }
1287
1288     private static boolean testBasicDomain() {
1289         try {
1290             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1291             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1295                 return false;
1296             }
1297             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1304             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1305             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1306             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1307             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1308             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1336                 return false;
1337             }
1338         }
1339         catch ( final Exception e ) {
1340             e.printStackTrace( System.out );
1341             return false;
1342         }
1343         return true;
1344     }
1345
1346     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1347         try {
1348             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1352             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1353                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1354             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1355                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1356             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1357                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1358             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             if ( !n3.isExternal() ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !n3.isRoot() ) {
1374                 return false;
1375             }
1376             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1377                 return false;
1378             }
1379         }
1380         catch ( final Exception e ) {
1381             e.printStackTrace( System.out );
1382             return false;
1383         }
1384         return true;
1385     }
1386
1387     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1388         try {
1389             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1390             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1391             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1392                                                               xml_parser );
1393             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1394                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1401             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1402             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1403             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1404             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( !t1.isRooted() ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( t1.isRerootable() ) {
1411                 return false;
1412             }
1413             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1438                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1442                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1443                 return false;
1444             }
1445             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1446                 return false;
1447             }
1448             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1470                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1477                 return false;
1478             }
1479             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1483                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1484                 return false;
1485             }
1486             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1487                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1488                 return false;
1489             }
1490             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1491                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1495                     .equals( "experimental" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1499                     .equals( "function" ) ) {
1500                 return false;
1501             }
1502             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1503                     .getValue() != 1 ) {
1504                 return false;
1505             }
1506             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1507                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1511                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1515                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1519                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1520                 return false;
1521             }
1522             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1523                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1527                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1531                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1535                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1539                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1543                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1544                 return false;
1545             }
1546             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1550                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1557             if ( x.size() != 4 ) {
1558                 return false;
1559             }
1560             int c = 0;
1561             for( final Accession acc : x ) {
1562                 if ( c == 0 ) {
1563                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1564                         return false;
1565                     }
1566                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1567                         return false;
1568                     }
1569                 }
1570                 c++;
1571             }
1572         }
1573         catch ( final Exception e ) {
1574             e.printStackTrace( System.out );
1575             return false;
1576         }
1577         return true;
1578     }
1579
1580     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1581         try {
1582             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1583             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1584             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1585                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1586             }
1587             else {
1588                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1589             }
1590             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1591                                                               xml_parser );
1592             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1593                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1600             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1601             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1602                 return false;
1603             }
1604             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1605             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1618             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1619             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1620             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1633                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1637                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1638                 return false;
1639             }
1640             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1641             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1642             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1643             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1644             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1648             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1658                 return false;
1659             }
1660             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1661                 return false;
1662             }
1663             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1664                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1674                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1678                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1682                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1686                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1690                     .equals( "experimental" ) ) {
1691                 return false;
1692             }
1693             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1694                     .equals( "function" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1698                     .getValue() != 1 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1702                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1706                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1707                 return false;
1708             }
1709             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1710                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1714                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1715                 return false;
1716             }
1717             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1718                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1722                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1726                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1727                 return false;
1728             }
1729             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1730                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1734                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1738                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1745                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1746                 return false;
1747             }
1748             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1749                 return false;
1750             }
1751             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1755                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1771                     .equals( "ncbi" ) ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1778                     .getName().equals( "B" ) ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1782                     .getFrom() != 21 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1789                     .getLength() != 24 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1793                     .getConfidence() != 2144 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1797                     .equals( "pfam" ) ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1804                 return false;
1805             }
1806             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1813             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1850                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             //
1875             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1879                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1886                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1887                 return false;
1888             }
1889             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1890                 return false;
1891             }
1892             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1893                 return false;
1894             }
1895             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1896                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1897                 return false;
1898             }
1899             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1900                     .getCrossReferences();
1901             if ( x.size() != 4 ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             int c = 0;
1905             for( final Accession acc : x ) {
1906                 if ( c == 0 ) {
1907                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1908                         return false;
1909                     }
1910                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1911                         return false;
1912                     }
1913                 }
1914                 c++;
1915             }
1916         }
1917         catch ( final Exception e ) {
1918             e.printStackTrace( System.out );
1919             return false;
1920         }
1921         return true;
1922     }
1923
1924     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1925         try {
1926             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1927             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1928             try {
1929                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1930             }
1931             catch ( final Exception e ) {
1932                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1933             }
1934             if ( xml_parser == null ) {
1935                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1936                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1937                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1938                 }
1939                 else {
1940                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1941                 }
1942             }
1943             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1944                                                               xml_parser );
1945             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1946                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1947                 return false;
1948             }
1949             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1953             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1954             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1955             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1956             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1966                 return false;
1967             }
1968             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1969                 return false;
1970             }
1971             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1972                 return false;
1973             }
1974             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1978             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1979             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1980                 System.out.println( "errors:" );
1981                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1988                                                               xml_parser );
1989             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1990                 System.out.println( "errors:" );
1991                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1992                 return false;
1993             }
1994             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1995                 return false;
1996             }
1997             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1998                 return false;
1999             }
2000             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2001                                                               xml_parser );
2002             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2003                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2004                 return false;
2005             }
2006             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2007                 return false;
2008             }
2009             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2010             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2020                 return false;
2021             }
2022             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2023                                                               xml_parser );
2024             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2025                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2026                 return false;
2027             }
2028             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2029                 return false;
2030             }
2031             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2032             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2033                 return false;
2034             }
2035             s.getNode( "first" );
2036             s.getNode( "<>" );
2037             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2038             s.getNode( "'''\"" );
2039             s.getNode( "\"\"\"" );
2040             s.getNode( "dick & doof" );
2041         }
2042         catch ( final Exception e ) {
2043             e.printStackTrace( System.out );
2044             return false;
2045         }
2046         return true;
2047     }
2048
2049     private static boolean testBasicProtein() {
2050         try {
2051             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2052             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2053             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2054             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2055             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2056             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2057             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2058             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2059             p0.addProteinDomain( y );
2060             p0.addProteinDomain( e );
2061             p0.addProteinDomain( b );
2062             p0.addProteinDomain( c );
2063             p0.addProteinDomain( d );
2064             p0.addProteinDomain( a );
2065             p0.addProteinDomain( x );
2066             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             //
2073             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2074             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2075             aa0.addProteinDomain( a1 );
2076             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2080                 return false;
2081             }
2082             //
2083             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2084             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2085             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2086             aa1.addProteinDomain( a11 );
2087             aa1.addProteinDomain( a12 );
2088             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2095             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2096                 return false;
2097             }
2098             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2102                 return false;
2103             }
2104             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2105             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2118             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2119                 return false;
2120             }
2121             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2128                 return false;
2129             }
2130             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2131             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2135                 return false;
2136             }
2137             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2138                 return false;
2139             }
2140             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             //
2144             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2145             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2146             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2147             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2148             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2149             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2150             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2151             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2152             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2153             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2154             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2155             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2156             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2157             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2158             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2159             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2160             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2161             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2162             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2163             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2164             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2165             p00.addProteinDomain( y0 );
2166             p00.addProteinDomain( e0 );
2167             p00.addProteinDomain( b0 );
2168             p00.addProteinDomain( c0 );
2169             p00.addProteinDomain( d0 );
2170             p00.addProteinDomain( a0 );
2171             p00.addProteinDomain( x0 );
2172             p00.addProteinDomain( y1 );
2173             p00.addProteinDomain( y2 );
2174             p00.addProteinDomain( y3 );
2175             p00.addProteinDomain( e1 );
2176             p00.addProteinDomain( e2 );
2177             p00.addProteinDomain( e3 );
2178             p00.addProteinDomain( e4 );
2179             p00.addProteinDomain( e5 );
2180             p00.addProteinDomain( z0 );
2181             p00.addProteinDomain( z1 );
2182             p00.addProteinDomain( z2 );
2183             p00.addProteinDomain( zz0 );
2184             p00.addProteinDomain( zz1 );
2185             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2201             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2202             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2203             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2204             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2205             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2206             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2207             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2208             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2209             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2210             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2211             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2212             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2213             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2214             p.addProteinDomain( B15 );
2215             p.addProteinDomain( C50 );
2216             p.addProteinDomain( A60 );
2217             p.addProteinDomain( A30 );
2218             p.addProteinDomain( C70 );
2219             p.addProteinDomain( B35 );
2220             p.addProteinDomain( B40 );
2221             p.addProteinDomain( A0 );
2222             p.addProteinDomain( A10 );
2223             p.addProteinDomain( A20 );
2224             p.addProteinDomain( B25 );
2225             p.addProteinDomain( D80 );
2226             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2227             domains_ids.add( "A" );
2228             domains_ids.add( "B" );
2229             domains_ids.add( "C" );
2230             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             domains_ids.add( "X" );
2237             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             domains_ids = new ArrayList<String>();
2244             domains_ids.add( "A" );
2245             domains_ids.add( "C" );
2246             domains_ids.add( "D" );
2247             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             domains_ids = new ArrayList<String>();
2254             domains_ids.add( "A" );
2255             domains_ids.add( "D" );
2256             domains_ids.add( "C" );
2257             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2258                 return false;
2259             }
2260             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             domains_ids = new ArrayList<String>();
2264             domains_ids.add( "A" );
2265             domains_ids.add( "A" );
2266             domains_ids.add( "B" );
2267             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             domains_ids = new ArrayList<String>();
2274             domains_ids.add( "A" );
2275             domains_ids.add( "A" );
2276             domains_ids.add( "A" );
2277             domains_ids.add( "B" );
2278             domains_ids.add( "B" );
2279             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2280                 return false;
2281             }
2282             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2283                 return false;
2284             }
2285             domains_ids = new ArrayList<String>();
2286             domains_ids.add( "A" );
2287             domains_ids.add( "A" );
2288             domains_ids.add( "B" );
2289             domains_ids.add( "A" );
2290             domains_ids.add( "B" );
2291             domains_ids.add( "B" );
2292             domains_ids.add( "A" );
2293             domains_ids.add( "B" );
2294             domains_ids.add( "C" );
2295             domains_ids.add( "A" );
2296             domains_ids.add( "C" );
2297             domains_ids.add( "D" );
2298             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304         }
2305         catch ( final Exception e ) {
2306             e.printStackTrace( System.out );
2307             return false;
2308         }
2309         return true;
2310     }
2311
2312     private static boolean testBasicTable() {
2313         try {
2314             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2315             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2322             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2323             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2324             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2325             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2326             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2327             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2328             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2329             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2336                 return false;
2337             }
2338             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2351                 return false;
2352             }
2353             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2360             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2361             source.append( "" + l );
2362             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2363             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2364             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2365             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2366             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2367             source.append( "40 41 42 43" + l );
2368             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2369             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2370             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2371             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2372                 return false;
2373             }
2374             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2381                 return false;
2382             }
2383             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2390             source1.append( "" + l );
2391             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2392             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2393             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2394             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2395             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2396             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2397             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2398             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2399             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2400             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2401                 return false;
2402             }
2403             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2413                 return false;
2414             }
2415             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2416                 return false;
2417             }
2418             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2425             source2.append( "" + l );
2426             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2427             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2428             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2429             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2430             source2.append( "                     " + l );
2431             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2432             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2433             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2434             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2435             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2436                                                                         ';',
2437                                                                         false,
2438                                                                         false,
2439                                                                         "comment:",
2440                                                                         false );
2441             if ( tl.size() != 2 ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2445             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2446             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2450                 return false;
2451             }
2452             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464         }
2465         catch ( final Exception e ) {
2466             e.printStackTrace( System.out );
2467             return false;
2468         }
2469         return true;
2470     }
2471
2472     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2473         try {
2474             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2475             final TolParser parser = new TolParser();
2476             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2477             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2478                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2479                 return false;
2480             }
2481             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2485             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             if ( !t1.isRooted() ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2504             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2505                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2506                 return false;
2507             }
2508             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2512             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             if ( !t2.isRooted() ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2525                 return false;
2526             }
2527             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2534                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2538             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2539                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2540                 return false;
2541             }
2542             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2546             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2553                 return false;
2554             }
2555             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2559             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2560                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2561                 return false;
2562             }
2563             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2567             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2580             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2581                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2582                 return false;
2583             }
2584             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2588             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2589                 return false;
2590             }
2591             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2598                 return false;
2599             }
2600         }
2601         catch ( final Exception e ) {
2602             e.printStackTrace( System.out );
2603             return false;
2604         }
2605         return true;
2606     }
2607
2608     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2609         try {
2610             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2611             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2612             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             if ( t2.isEmpty() ) {
2622                 return false;
2623             }
2624             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2625             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2626                 return false;
2627             }
2628             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2635             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2636             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2640                 return false;
2641             }
2642             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2646             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2647             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2648                 return false;
2649             }
2650             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2654             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2655             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2659             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2660             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2664             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2665             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2672             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2673             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2677             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2678             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2679                 return false;
2680             }
2681         }
2682         catch ( final Exception e ) {
2683             e.printStackTrace( System.out );
2684             return false;
2685         }
2686         return true;
2687     }
2688
2689     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2690         try {
2691             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2692             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2693             final Phylogeny[] ev0 = factory
2694                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2695                              new NHXParser() );
2696             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2697             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2704             final Phylogeny[] ev1 = factory
2705                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2706                              new NHXParser() );
2707             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2708             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2715             final Phylogeny[] ev_b = factory
2716                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2717                              new NHXParser() );
2718             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2719             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2723                 return false;
2724             }
2725             //
2726             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2727             final Phylogeny[] ev1x = factory
2728                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2729                              new NHXParser() );
2730             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2731             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2738             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2739                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2740                              new NHXParser() );
2741             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2742             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             //
2749             final Phylogeny[] t2 = factory
2750                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2751                              new NHXParser() );
2752             final Phylogeny[] ev2 = factory
2753                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2754                              new NHXParser() );
2755             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2756                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2757             }
2758             //
2759             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2760                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2761             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2762             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2763             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2764                 return false;
2765             }
2766             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2770                 return false;
2771             }
2772         }
2773         catch ( final Exception e ) {
2774             e.printStackTrace();
2775             return false;
2776         }
2777         return true;
2778     }
2779
2780     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2781         try {
2782             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2783                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2784             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2785             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2786                 return false;
2787             }
2788         }
2789         catch ( final Exception e ) {
2790             e.printStackTrace();
2791             return false;
2792         }
2793         return true;
2794     }
2795
2796     private static boolean testTreeCopy() {
2797         try {
2798             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
2799             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2800             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2801             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2808             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2809             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
2810             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
2811             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
2812                 return false;
2813             }
2814             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2815                 return false;
2816             }
2817             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2818             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
2819             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2820             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2821                 return false;
2822             }
2823         }
2824         catch ( final Exception e ) {
2825             e.printStackTrace();
2826             return false;
2827         }
2828         return true;
2829     }
2830
2831     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2832         try {
2833             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2834             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2835                 return false;
2836             }
2837             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2838                 return false;
2839             }
2840             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2841             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2845                 return false;
2846             }
2847         }
2848         catch ( final Exception e ) {
2849             e.printStackTrace();
2850             return false;
2851         }
2852         return true;
2853     }
2854
2855     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2856         try {
2857             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2858             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2859             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2860                 return false;
2861             }
2862             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2863             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2864                 return false;
2865             }
2866             n.setName( "NP_001025424" );
2867             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2868                 return false;
2869             }
2870             n.setName( "_NM_001030253-" );
2871             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             n.setName( "XM_002122186" );
2875             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2879             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n.setName( "AAA34956" );
2883             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n.setName( "GI:394892" );
2887             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2888                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2889                 return false;
2890             }
2891             n.setName( "gi_394892" );
2892             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2893                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2894                 return false;
2895             }
2896             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2897             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2898                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2899                 return false;
2900             }
2901             n.setName( "P12345" );
2902             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2903                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2904                 return false;
2905             }
2906             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2907             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2908                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2909                 return false;
2910             }
2911         }
2912         catch ( final Exception e ) {
2913             e.printStackTrace( System.out );
2914             return false;
2915         }
2916         return true;
2917     }
2918
2919     private static boolean testDataObjects() {
2920         try {
2921             final Confidence s0 = new Confidence();
2922             final Confidence s1 = new Confidence();
2923             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2927             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2928             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2929                 return false;
2930             }
2931             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2932                 return false;
2933             }
2934             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2935             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             s3.asSimpleText();
2939             s3.asText();
2940             // Taxonomy
2941             // ----------
2942             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2943             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2944             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2945             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2946             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2947             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2948             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2949             t1.setScientificName( "E. coli" );
2950             t1.setCommonName( "coli" );
2951             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2952             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2956             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2957             t2.setScientificName( "what" );
2958             t2.setCommonName( "something" );
2959             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2963             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             t1.setIdentifier( null );
2967             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2968             t3.setScientificName( "what" );
2969             t3.setCommonName( "something" );
2970             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973             t1.setIdentifier( null );
2974             t1.setTaxonomyCode( "" );
2975             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2976             t4.setCommonName( "something" );
2977             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2981             t4.setCommonName( "something" );
2982             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2983                 return false;
2984             }
2985             t1.setIdentifier( null );
2986             t1.setTaxonomyCode( "" );
2987             t1.setScientificName( "" );
2988             t5.setCommonName( "COLI" );
2989             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             t5.setCommonName( "vibrio" );
2993             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             // Identifier
2997             // ----------
2998             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2999             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3000             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             id1.asSimpleText();
3010             id1.asText();
3011             // ProteinDomain
3012             // ---------------
3013             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3014             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3015             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             pd1.asSimpleText();
3022             pd1.asText();
3023             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3024             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3025             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3026                 return false;
3027             }
3028             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             pd3.asSimpleText();
3035             pd3.asText();
3036             // DomainArchitecture
3037             // ------------------
3038             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3039             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3040             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3041             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3042             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3043             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3044             domains0.add( d2 );
3045             domains0.add( d0 );
3046             domains0.add( d3 );
3047             domains0.add( d1 );
3048             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3049             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3053             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3054                 return false;
3055             }
3056             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3057                 return false;
3058             }
3059             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3060                 return false;
3061             }
3062             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3063             domains1.add( d1 );
3064             domains1.add( d2 );
3065             domains1.add( d4 );
3066             domains1.add( d0 );
3067             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3068             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             ds1.asSimpleText();
3072             ds1.asText();
3073             ds1.toNHX();
3074             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3075             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3076                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             // Event
3083             // -----
3084             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3085             if ( e1.isDuplication() ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( !e1.isFusion() ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3098             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3099                 return false;
3100             }
3101             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3102                 return false;
3103             }
3104             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3105             if ( e2.isDuplication() ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3124             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3128             if ( e3.isDuplication() ) {
3129                 return false;
3130             }
3131             if ( e3.isSpeciation() ) {
3132                 return false;
3133             }
3134             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3135                 return false;
3136             }
3137             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3141             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3142             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             e3 = null;
3146             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3147                 return false;
3148             }
3149             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3150             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3157             e4 = null;
3158             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3159             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             final Event e5 = new Event();
3166             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3167                 return false;
3168             }
3169             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3173                 return false;
3174             }
3175             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3176             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3183             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3187                 return false;
3188             }
3189             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3190             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3191                 return false;
3192             }
3193             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196         }
3197         catch ( final Exception e ) {
3198             e.printStackTrace( System.out );
3199             return false;
3200         }
3201         return true;
3202     }
3203
3204     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3205         try {
3206             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3207             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3208             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3209             if ( t0.isEmpty() ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3216             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             if ( !t0.isEmpty() ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3223             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3227             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3234             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3238             if ( !t1.isEmpty() ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3242             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3246             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             t2.toNewHampshireX();
3250             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3251             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3255             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3259             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3263             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3267             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             n = t3.getNode( "A" );
3271             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             n = n.getNextExternalNode();
3275             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3279             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             n = t3.getNode( "C" );
3283             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3287             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3291             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3295             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3299             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3303             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3307             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3311             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             n = t4.getNode( "A" );
3315             n = n.getNextExternalNode();
3316             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             n = n.getNextExternalNode();
3320             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3324             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3328             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3329             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3333             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3337             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3338             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3339                 return false;
3340             }
3341             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3342             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3343                 return false;
3344             }
3345             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3346             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3347             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3351             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3355             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3356             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3360             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3364             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3365             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3369             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3373             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3374             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3378             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3383             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3387             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3391             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3392                 return false;
3393             }
3394             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3395             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3399             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3400             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3401                 return false;
3402             }
3403             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3404             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3405                 return false;
3406             }
3407             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3408             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3412             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3416             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3417                 return false;
3418             }
3419             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3420             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3421                 return false;
3422             }
3423             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3424             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3428             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3432             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3433                 return false;
3434             }
3435             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3436             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3440             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3444             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3448             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3452             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3453                 return false;
3454             }
3455             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3456             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3457             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3461             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3465             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3466             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3467                 return false;
3468             }
3469             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3470             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3474             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3475             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3479             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3483             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3484                 return false;
3485             }
3486             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3487             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3488                 return false;
3489             }
3490             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3491             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3495             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3496                 return false;
3497             }
3498         }
3499         catch ( final Exception e ) {
3500             e.printStackTrace( System.out );
3501             return false;
3502         }
3503         return true;
3504     }
3505
3506     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3507         try {
3508             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3509             dss1.addValue( 82 );
3510             dss1.addValue( 78 );
3511             dss1.addValue( 70 );
3512             dss1.addValue( 58 );
3513             dss1.addValue( 42 );
3514             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3518                 return false;
3519             }
3520             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3524                 return false;
3525             }
3526             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3527                 return false;
3528             }
3529             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3533                 return false;
3534             }
3535             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3539                 return false;
3540             }
3541             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             dss1.addValue( 123 );
3551             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3552                 return false;
3553             }
3554             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3558                 return false;
3559             }
3560             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3561             dss2.addValue( -1.85 );
3562             dss2.addValue( 57.5 );
3563             dss2.addValue( 92.78 );
3564             dss2.addValue( 57.78 );
3565             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3566                 return false;
3567             }
3568             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3569                 return false;
3570             }
3571             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3572             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             dss2.addValue( -100 );
3576             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             final double[] ds = new double[ 14 ];
3583             ds[ 0 ] = 34;
3584             ds[ 1 ] = 23;
3585             ds[ 2 ] = 1;
3586             ds[ 3 ] = 32;
3587             ds[ 4 ] = 11;
3588             ds[ 5 ] = 2;
3589             ds[ 6 ] = 12;
3590             ds[ 7 ] = 33;
3591             ds[ 8 ] = 13;
3592             ds[ 9 ] = 22;
3593             ds[ 10 ] = 21;
3594             ds[ 11 ] = 35;
3595             ds[ 12 ] = 24;
3596             ds[ 13 ] = 31;
3597             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3598             if ( bins.length != 4 ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3614             ds1[ 0 ] = 10.0;
3615             ds1[ 1 ] = 19.0;
3616             ds1[ 2 ] = 9.999;
3617             ds1[ 3 ] = 0.0;
3618             ds1[ 4 ] = 39.9;
3619             ds1[ 5 ] = 39.999;
3620             ds1[ 6 ] = 30.0;
3621             ds1[ 7 ] = 19.999;
3622             ds1[ 8 ] = 30.1;
3623             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3624             if ( bins1.length != 4 ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3631                 return false;
3632             }
3633             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3634                 return false;
3635             }
3636             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3640             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3653             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3654                 return false;
3655             }
3656             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3660                 return false;
3661             }
3662             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3663                 return false;
3664             }
3665             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3666             dss3.addValue( 1 );
3667             dss3.addValue( 1 );
3668             dss3.addValue( 1 );
3669             dss3.addValue( 2 );
3670             dss3.addValue( 3 );
3671             dss3.addValue( 4 );
3672             dss3.addValue( 5 );
3673             dss3.addValue( 5 );
3674             dss3.addValue( 5 );
3675             dss3.addValue( 6 );
3676             dss3.addValue( 7 );
3677             dss3.addValue( 8 );
3678             dss3.addValue( 9 );
3679             dss3.addValue( 10 );
3680             dss3.addValue( 10 );
3681             dss3.addValue( 10 );
3682             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3683             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3684             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3685         }
3686         catch ( final Exception e ) {
3687             e.printStackTrace( System.out );
3688             return false;
3689         }
3690         return true;
3691     }
3692
3693     private static boolean testDir( final String file ) {
3694         try {
3695             final File f = new File( file );
3696             if ( !f.exists() ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             if ( !f.isDirectory() ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             if ( !f.canRead() ) {
3703                 return false;
3704             }
3705         }
3706         catch ( final Exception e ) {
3707             return false;
3708         }
3709         return true;
3710     }
3711
3712     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3713         //The format for GenBank Accession numbers are:
3714         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3715         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3716         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3717         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3718             return false;
3719         }
3720         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3721             return false;
3722         }
3723         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3724             return false;
3725         }
3726         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3727             return false;
3728         }
3729         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3730             return false;
3731         }
3732         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3733             return false;
3734         }
3735         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3736             return false;
3737         }
3738         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3739             return false;
3740         }
3741         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3742             return false;
3743         }
3744         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3745             return false;
3746         }
3747         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3748             return false;
3749         }
3750         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3751             return false;
3752         }
3753         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3754             return false;
3755         }
3756         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3757             return false;
3758         }
3759         return true;
3760     }
3761
3762     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3763         try {
3764             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3765             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3766             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3767             n = n.getNextExternalNode();
3768             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             n = n.getNextExternalNode();
3772             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             n = n.getNextExternalNode();
3776             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             n = t1.getNode( "B" );
3780             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3781                 n = n.getNextExternalNode();
3782             }
3783             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3784             n = t2.getNode( "A" );
3785             n = n.getNextExternalNode();
3786             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789             n = n.getNextExternalNode();
3790             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             n = n.getNextExternalNode();
3794             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             n = t2.getNode( "B" );
3798             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3799                 n = n.getNextExternalNode();
3800             }
3801             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3802             n = t3.getNode( "A" );
3803             n = n.getNextExternalNode();
3804             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3805                 return false;
3806             }
3807             n = n.getNextExternalNode();
3808             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3809                 return false;
3810             }
3811             n = n.getNextExternalNode();
3812             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3813                 return false;
3814             }
3815             n = n.getNextExternalNode();
3816             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             n = n.getNextExternalNode();
3820             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3821                 return false;
3822             }
3823             n = n.getNextExternalNode();
3824             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3825                 return false;
3826             }
3827             n = n.getNextExternalNode();
3828             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             n = t3.getNode( "B" );
3832             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3833                 n = n.getNextExternalNode();
3834             }
3835             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3836             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3837                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3838             }
3839             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3840             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3841                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3842             }
3843             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3844             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3845             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3846                 return false;
3847             }
3848             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3849                 return false;
3850             }
3851             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3852                 return false;
3853             }
3854             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3855                 return false;
3856             }
3857             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3858                 return false;
3859             }
3860             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3861                 return false;
3862             }
3863             if ( iter.hasNext() ) {
3864                 return false;
3865             }
3866         }
3867         catch ( final Exception e ) {
3868             e.printStackTrace( System.out );
3869             return false;
3870         }
3871         return true;
3872     }
3873
3874     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3875         try {
3876             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3880                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3884                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3891                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3892                 return false;
3893             }
3894         }
3895         catch ( final Exception e ) {
3896             e.printStackTrace( System.out );
3897             return false;
3898         }
3899         return true;
3900     }
3901
3902     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3903         try {
3904             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3908                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3912                     .equals( "ARATH" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3916                     .equals( "ARATH" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3929                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3933                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3937                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3941                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3945                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3949                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3953                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3957                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3964                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3968                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3972                     .equals( "9YX45" ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3976                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3977                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3981                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3982                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3986                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3987                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3991                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3995                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
3999                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4003                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4007                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4011                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4015                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4019                     .equals( "RAT" ) ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4023                     .equals( "PIG" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( !ParserUtils
4027                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4028                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4032                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4036                 return false;
4037             }
4038         }
4039         catch ( final Exception e ) {
4040             e.printStackTrace( System.out );
4041             return false;
4042         }
4043         return true;
4044     }
4045
4046     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4047         try {
4048             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4049             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4050             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4054             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4058             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4062             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4063                 return false;
4064             }
4065             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4066             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4070             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4074             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4075                 return false;
4076             }
4077             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4078             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4082             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4086             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4087                 return false;
4088             }
4089             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4090             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4091                 return false;
4092             }
4093             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4094             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             n.setName( "B3RJ64" );
4098             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4102             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4103                 return false;
4104             }
4105             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4106             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             n.setName( "sp B3RJ64" );
4110             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4114             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4118             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4122             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4126             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4130             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4134             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4138             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4142             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4146             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4147                 return false;
4148             }
4149             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4150             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4154             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4158             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4162             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             n = new PhylogenyNode();
4166             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4167             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4168             n.getNodeData().addSequence( seq );
4169             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4173             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             n = new PhylogenyNode();
4177             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4178             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4179             n.getNodeData().addSequence( seq );
4180             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4184             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             n = new PhylogenyNode();
4188             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4189             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4190             n.getNodeData().addSequence( seq );
4191             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             n = new PhylogenyNode();
4195             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4196             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4197             n.getNodeData().addSequence( seq );
4198             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4199                 return false;
4200             }
4201             //
4202             n = new PhylogenyNode();
4203             n.setName( "ACP19736" );
4204             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             n = new PhylogenyNode();
4208             n.setName( "|ACP19736|" );
4209             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212         }
4213         catch ( final Exception e ) {
4214             e.printStackTrace( System.out );
4215             return false;
4216         }
4217         return true;
4218     }
4219
4220     private static boolean testFastaParser() {
4221         try {
4222             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4229             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4233                 return false;
4234             }
4235             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4236                 return false;
4237             }
4238             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4239                 return false;
4240             }
4241             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4242                 return false;
4243             }
4244             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247         }
4248         catch ( final Exception e ) {
4249             e.printStackTrace();
4250             return false;
4251         }
4252         return true;
4253     }
4254
4255     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4256         try {
4257             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4258             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4259             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4260             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4261             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4262             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4263             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4264             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4265             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4266                 return false;
4267             }
4268             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4269                 return false;
4270             }
4271             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4272                 return false;
4273             }
4274             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4302             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4312             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4322             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4329                 return false;
4330             }
4331         }
4332         catch ( final Exception e ) {
4333             e.printStackTrace();
4334             return false;
4335         }
4336         return true;
4337     }
4338
4339     private static boolean testGeneralTable() {
4340         try {
4341             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4342             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4343             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4344             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4345             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4346             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4347             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4348             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4349             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4350             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4351                 return false;
4352             }
4353             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4354                 return false;
4355             }
4356             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4366                 return false;
4367             }
4368             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4372                 return false;
4373             }
4374             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4378             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4379             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4380             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4381             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4382             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4383             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4384             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4385             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4386             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4387             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417         }
4418         catch ( final Exception e ) {
4419             e.printStackTrace( System.out );
4420             return false;
4421         }
4422         return true;
4423     }
4424
4425     private static boolean testGetDistance() {
4426         try {
4427             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4428             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4429                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4430             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4434                 return false;
4435             }
4436             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4524                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4525             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4532                 return false;
4533             }
4534             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4535                 return false;
4536             }
4537             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4556                 return false;
4557             }
4558         }
4559         catch ( final Exception e ) {
4560             e.printStackTrace( System.out );
4561             return false;
4562         }
4563         return true;
4564     }
4565
4566     private static boolean testGetLCA() {
4567         try {
4568             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4569             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4570                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4571             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4572             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4576             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4580             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4581                 return false;
4582             }
4583             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4584             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4588             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4592             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4596             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4600             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4604             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4608             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4612             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4616             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4617                 return false;
4618             }
4619             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4620             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4624             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4628             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4629                 return false;
4630             }
4631             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4632             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4636             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4640             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4644             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4648             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4652             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4656             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4660             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4664             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4665             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4669             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4673             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4677             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4681             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4685             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4686                 return false;
4687             }
4688             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4689             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4693             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             final Phylogeny p3 = factory
4697                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4698                              new NHXParser() )[ 0 ];
4699             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4700             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4704             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4708             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4712             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4716             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4723             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !al_3.isRoot() ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4730             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4737             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4744             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4745                 return false;
4746             }
4747             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4748             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4749             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4753             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4754             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4758             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4759             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4763             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4764             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767         }
4768         catch ( final Exception e ) {
4769             e.printStackTrace( System.out );
4770             return false;
4771         }
4772         return true;
4773     }
4774
4775     private static boolean testGetLCA2() {
4776         try {
4777             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4778             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4779             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4780             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4781                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4782             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4786             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4787             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4788                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4789             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4790                 return false;
4791             }
4792             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4793                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4794             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4798             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4799             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4800                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4801             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4805                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4806             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4807                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4808                 System.exit( -1 );
4809                 return false;
4810             }
4811             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4812                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4813             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4814                 return false;
4815             }
4816             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4817                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4818             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4822                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4823             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4824             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4825                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4826             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4830                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4831             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4835                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4836             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4840                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4841             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4845                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4846             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4850                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4851             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4855                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4856             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4860                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4861             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4865                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4866             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4870                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4871             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4875                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4876             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4877                 return false;
4878             }
4879             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4880                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4881             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4882                 return false;
4883             }
4884             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4885                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4886             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4890                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4891             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4895                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4896             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4900                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4901             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4905                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4906             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4910                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4911             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4912                 return false;
4913             }
4914             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4915                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4916             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4917                 return false;
4918             }
4919             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4920                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4921             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4925                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4926             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4930                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4931             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4935                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4936             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4940             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4941             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4942                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4943             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4947                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4948             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4952                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4953             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4957                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4958             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4962                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4963             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4967                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4968             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4972                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4973             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4974                 return false;
4975             }
4976             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4977                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4978             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             final Phylogeny p3 = factory
4982                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4983                              new NHXParser() )[ 0 ];
4984             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4985             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4986                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4987             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4988                 return false;
4989             }
4990             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4991                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4992             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4996                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4997             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5001                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5002             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5006                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5007             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5008                 return false;
5009             }
5010             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5014                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5015             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018             if ( !al_3.isRoot() ) {
5019                 return false;
5020             }
5021             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5022                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5023             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5024                 return false;
5025             }
5026             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5030                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5031             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5035                 return false;
5036             }
5037             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5038                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5039             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5043             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5044             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5045                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5046             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5050             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5051             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5052                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5053             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5054                 return false;
5055             }
5056             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5057             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5058             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5059                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5060             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5064             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5065             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5066                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5067             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5071                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5072             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5076                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5077             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5078                 return false;
5079             }
5080             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5081                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5082             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5086                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5087             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5091                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5092             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5093                 return false;
5094             }
5095         }
5096         catch ( final Exception e ) {
5097             e.printStackTrace( System.out );
5098             return false;
5099         }
5100         return true;
5101     }
5102
5103     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5104         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5105         try {
5106             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5107                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5108             parser1.parse();
5109             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5110                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5111             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5112             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5113                 return false;
5114             }
5115             if ( proteins.size() != 4 ) {
5116                 return false;
5117             }
5118             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5131             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5138             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5145             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5149             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173         }
5174         catch ( final Exception e ) {
5175             e.printStackTrace( System.out );
5176             return false;
5177         }
5178         return true;
5179     }
5180
5181     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5182         try {
5183             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5184             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5185             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5186             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5187             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5188                 return false;
5189             }
5190             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5191             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5195             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5199             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5200                 return false;
5201             }
5202         }
5203         catch ( final Exception e ) {
5204             e.printStackTrace( System.out );
5205             return false;
5206         }
5207         return true;
5208     }
5209
5210     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5211         try {
5212             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5213             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5214             PhylogenyNodeIterator it0;
5215             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5216                 it0.next();
5217             }
5218             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5219                 it0.next();
5220             }
5221             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5222             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5241                 return false;
5242             }
5243             if ( it.hasNext() ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5247                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5248             PhylogenyNodeIterator it2;
5249             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5250                 it2.next();
5251             }
5252             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5253                 it2.next();
5254             }
5255             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5256             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5293                 return false;
5294             }
5295             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5296                 return false;
5297             }
5298             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5299                 return false;
5300             }
5301             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5305                 return false;
5306             }
5307             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( it3.hasNext() ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5335             PhylogenyNodeIterator it4;
5336             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5337                 it4.next();
5338             }
5339             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5340                 it4.next();
5341             }
5342             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5343             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5359             PhylogenyNodeIterator it6;
5360             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5361                 it6.next();
5362             }
5363             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5364                 it6.next();
5365             }
5366             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5367             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             if ( it.hasNext() ) {
5371                 return false;
5372             }
5373         }
5374         catch ( final Exception e ) {
5375             e.printStackTrace( System.out );
5376             return false;
5377         }
5378         return true;
5379     }
5380
5381     private static boolean testMafft( final String path ) {
5382         try {
5383             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5384             opts.add( "--maxiterate" );
5385             opts.add( "1000" );
5386             opts.add( "--localpair" );
5387             opts.add( "--quiet" );
5388             Msa msa = null;
5389             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5390             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5391             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5392                 return false;
5393             }
5394             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397         }
5398         catch ( final Exception e ) {
5399             e.printStackTrace( System.out );
5400             return false;
5401         }
5402         return true;
5403     }
5404
5405     private static boolean testMidpointrooting() {
5406         try {
5407             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5408             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5409             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5410             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5417                            1 ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5421                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5422             if ( !t1.isRooted() ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5426             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5445             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5446             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5456                 return false;
5457             }
5458             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5459                 System.exit( -1 );
5460                 return false;
5461             }
5462             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5463                 return false;
5464             }
5465         }
5466         catch ( final Exception e ) {
5467             e.printStackTrace( System.out );
5468             return false;
5469         }
5470         return true;
5471     }
5472
5473     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5474         try {
5475             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5476             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5477             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5478             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5479             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5480             l.add( s0 );
5481             l.add( s1 );
5482             l.add( s2 );
5483             l.add( s3 );
5484             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5485             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5486                 return false;
5487             }
5488             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497         }
5498         catch ( final Exception e ) {
5499             e.printStackTrace( System.out );
5500             return false;
5501         }
5502         return true;
5503     }
5504
5505     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5506         try {
5507             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5508             PhylogenyNode n;
5509             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5510             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5511             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5512             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5513             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5514             n = t0.getFirstExternalNode();
5515             while ( n != null ) {
5516                 ext.add( n );
5517                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5518             }
5519             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5523                 return false;
5524             }
5525             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5526                 return false;
5527             }
5528             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5529                 return false;
5530             }
5531             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5532                 return false;
5533             }
5534             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5535                 return false;
5536             }
5537             ext.clear();
5538             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5539             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5540             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5541             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5542             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5543             n = t1.getNode( "ab" );
5544             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5545             while ( n != null ) {
5546                 ext.add( n );
5547                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5548             }
5549             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             //
5565             //
5566             ext.clear();
5567             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5568             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5569             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5570             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5571             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5572             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5573             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5574             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5575             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5576             n = t2.getNode( "ab" );
5577             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5578             while ( n != null ) {
5579                 ext.add( n );
5580                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5581             }
5582             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             //
5595             //
5596             ext.clear();
5597             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5598             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5599             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5600             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5601             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5602             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5603             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5604             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5605             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5606             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5607             n = t3.getNode( "ab" );
5608             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5609             while ( n != null ) {
5610                 ext.add( n );
5611                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5612             }
5613             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5620                 return false;
5621             }
5622             //
5623             //
5624             ext.clear();
5625             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5626             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5627             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5628             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5629             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5630             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5631             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5632             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5633             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5634             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5635             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5636             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5637             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             //
5641             //
5642             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5643             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5644             ext.clear();
5645             n = t5.getFirstExternalNode();
5646             while ( n != null ) {
5647                 ext.add( n );
5648                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5649             }
5650             if ( ext.size() != 8 ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5663                 return false;
5664             }
5665             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5666                 return false;
5667             }
5668             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5669                 return false;
5670             }
5671             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5672                 return false;
5673             }
5674             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5675                 return false;
5676             }
5677             //
5678             //
5679             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5680             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5681             ext.clear();
5682             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5683             n = t6.getNode( "ab" );
5684             while ( n != null ) {
5685                 ext.add( n );
5686                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5687             }
5688             if ( ext.size() != 7 ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5698                 return false;
5699             }
5700             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5704                 return false;
5705             }
5706             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             //
5713             //
5714             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5715             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5716             ext.clear();
5717             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5718             n = t7.getNode( "a" );
5719             while ( n != null ) {
5720                 ext.add( n );
5721                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5722             }
5723             if ( ext.size() != 7 ) {
5724                 return false;
5725             }
5726             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5736                 return false;
5737             }
5738             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5739                 return false;
5740             }
5741             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             //
5748             //
5749             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5750             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5751             ext.clear();
5752             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5753             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5754             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5755             n = t8.getNode( "a" );
5756             while ( n != null ) {
5757                 ext.add( n );
5758                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5759             }
5760             if ( ext.size() != 7 ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5770                 System.out.println( "2 fail" );
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5777                 return false;
5778             }
5779             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5780                 return false;
5781             }
5782             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5783                 return false;
5784             }
5785             //
5786             //
5787             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5788             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5789             ext.clear();
5790             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5791             n = t9.getNode( "a" );
5792             while ( n != null ) {
5793                 ext.add( n );
5794                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5795             }
5796             if ( ext.size() != 7 ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             //
5821             //
5822             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5823             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5824             ext.clear();
5825             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5826             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5827             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5828             n = t10.getNode( "a" );
5829             while ( n != null ) {
5830                 ext.add( n );
5831                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5832             }
5833             if ( ext.size() != 7 ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5837                 return false;
5838             }
5839             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5840                 return false;
5841             }
5842             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5843                 return false;
5844             }
5845             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5846                 return false;
5847             }
5848             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5849                 return false;
5850             }
5851             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5852                 return false;
5853             }
5854             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             //
5858             //
5859             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5860             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5861             ext.clear();
5862             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5863             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5864             n = t11.getNode( "a" );
5865             while ( n != null ) {
5866                 ext.add( n );
5867                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5868             }
5869             if ( ext.size() != 6 ) {
5870                 return false;
5871             }
5872             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5873                 return false;
5874             }
5875             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5876                 return false;
5877             }
5878             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5879                 return false;
5880             }
5881             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5882                 return false;
5883             }
5884             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5885                 return false;
5886             }
5887             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             //
5891             //
5892             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5893             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5894             ext.clear();
5895             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5896             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5897             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5898             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5899             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5900             n = t12.getNode( "a" );
5901             while ( n != null ) {
5902                 ext.add( n );
5903                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5904             }
5905             if ( ext.size() != 6 ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             //
5927             //
5928             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5929             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5930             ext.clear();
5931             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5932             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5933             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5934             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5935             n = t13.getNode( "ab" );
5936             while ( n != null ) {
5937                 ext.add( n );
5938                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5939             }
5940             if ( ext.size() != 5 ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             //
5959             //
5960             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5961             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5962             ext.clear();
5963             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5964             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5965             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5966             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5967             n = t14.getNode( "ab" );
5968             while ( n != null ) {
5969                 ext.add( n );
5970                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5971             }
5972             if ( ext.size() != 5 ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             //
5991             //
5992             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5993             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5994             ext.clear();
5995             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5996             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5997             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5998             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5999             n = t15.getNode( "ab" );
6000             while ( n != null ) {
6001                 ext.add( n );
6002                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6003             }
6004             if ( ext.size() != 6 ) {
6005                 return false;
6006             }
6007             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6008                 return false;
6009             }
6010             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             //
6026             //
6027             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6028             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6029             ext.clear();
6030             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6031             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6032             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6033             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6034             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6035             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6036             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6037             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6038             n = t16.getNode( "ab" );
6039             while ( n != null ) {
6040                 ext.add( n );
6041                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6042             }
6043             if ( ext.size() != 4 ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6053                 return false;
6054             }
6055             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6056                 return false;
6057             }
6058         }
6059         catch ( final Exception e ) {
6060             e.printStackTrace( System.out );
6061             return false;
6062         }
6063         return true;
6064     }
6065
6066     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6067         try {
6068             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6069             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6070             parser.parse();
6071             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6072             if ( labels.length != 7 ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6097             parser.parse();
6098             labels = parser.getCharStateLabels();
6099             if ( labels.length != 7 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6121                 return false;
6122             }
6123         }
6124         catch ( final Exception e ) {
6125             e.printStackTrace( System.out );
6126             return false;
6127         }
6128         return true;
6129     }
6130
6131     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6132         try {
6133             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6134             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6135             parser.parse();
6136             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6137             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6138                 return false;
6139             }
6140             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6150                 return false;
6151             }
6152             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6153                 return false;
6154             }
6155             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6162                 return false;
6163             }
6164             //            if ( labels.length != 7 ) {
6165             //                return false;
6166             //            }
6167             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6168             //                return false;
6169             //            }
6170             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6171             //                return false;
6172             //            }
6173             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6174             //                return false;
6175             //            }
6176             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6177             //                return false;
6178             //            }
6179             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6180             //                return false;
6181             //            }
6182             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6183             //                return false;
6184             //            }
6185             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6186             //                return false;
6187             //            }
6188             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6189             //            parser.parse();
6190             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6191             //            if ( labels.length != 7 ) {
6192             //                return false;
6193             //            }
6194             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6195             //                return false;
6196             //            }
6197             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6198             //                return false;
6199             //            }
6200             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6201             //                return false;
6202             //            }
6203             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6204             //                return false;
6205             //            }
6206             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6207             //                return false;
6208             //            }
6209             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6210             //                return false;
6211             //            }
6212             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6213             //                return false;
6214             //            }
6215         }
6216         catch ( final Exception e ) {
6217             e.printStackTrace( System.out );
6218             return false;
6219         }
6220         return true;
6221     }
6222
6223     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6224         try {
6225             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6226             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6227             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6228             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             phylogenies = null;
6238             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6239             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             phylogenies = null;
6249             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6250             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             phylogenies = null;
6263             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6264             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6304                 return false;
6305             }
6306             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6385                 return false;
6386             }
6387         }
6388         catch ( final Exception e ) {
6389             e.printStackTrace( System.out );
6390             return false;
6391         }
6392         return true;
6393     }
6394
6395     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6396         try {
6397             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6398             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6399             if ( !p.hasNext() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             Phylogeny phy = p.next();
6403             if ( phy == null ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6407                 return false;
6408             }
6409             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6410                 return false;
6411             }
6412             if ( p.hasNext() ) {
6413                 return false;
6414             }
6415             phy = p.next();
6416             if ( phy != null ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             //
6420             p.reset();
6421             if ( !p.hasNext() ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             phy = p.next();
6425             if ( phy == null ) {
6426                 return false;
6427             }
6428             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6429                 return false;
6430             }
6431             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6432                 return false;
6433             }
6434             if ( p.hasNext() ) {
6435                 return false;
6436             }
6437             phy = p.next();
6438             if ( phy != null ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             ////
6442             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6443             if ( !p.hasNext() ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             phy = p.next();
6447             if ( phy == null ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6454                 return false;
6455             }
6456             if ( p.hasNext() ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             phy = p.next();
6460             if ( phy != null ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             //
6464             p.reset();
6465             if ( !p.hasNext() ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             phy = p.next();
6469             if ( phy == null ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( p.hasNext() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             phy = p.next();
6482             if ( phy != null ) {
6483                 return false;
6484             }
6485             ////
6486             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6487             if ( !p.hasNext() ) {
6488                 return false;
6489             }
6490             phy = p.next();
6491             if ( phy == null ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6495                 return false;
6496             }
6497             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6498                 return false;
6499             }
6500             if ( phy.isRooted() ) {
6501                 return false;
6502             }
6503             if ( p.hasNext() ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             phy = p.next();
6507             if ( phy != null ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             //
6511             p.reset();
6512             if ( !p.hasNext() ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             phy = p.next();
6516             if ( phy == null ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( p.hasNext() ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             phy = p.next();
6529             if ( phy != null ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             ////
6533             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6534             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6535             //                return false;
6536             //            }
6537             //0
6538             if ( !p.hasNext() ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             phy = p.next();
6542             if ( phy == null ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             //1
6552             if ( !p.hasNext() ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             phy = p.next();
6556             if ( phy == null ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6560                 return false;
6561             }
6562             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6563                 return false;
6564             }
6565             //2
6566             if ( !p.hasNext() ) {
6567                 return false;
6568             }
6569             phy = p.next();
6570             if ( phy == null ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             if ( phy.isRooted() ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             //3
6583             if ( !p.hasNext() ) {
6584                 return false;
6585             }
6586             phy = p.next();
6587             if ( phy == null ) {
6588                 return false;
6589             }
6590             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6591                 return false;
6592             }
6593             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6594                 return false;
6595             }
6596             if ( !phy.isRooted() ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             //4
6600             if ( !p.hasNext() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             phy = p.next();
6604             if ( phy == null ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6608                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6609                 return false;
6610             }
6611             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6612                 return false;
6613             }
6614             if ( !phy.isRooted() ) {
6615                 return false;
6616             }
6617             //5
6618             if ( !p.hasNext() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             phy = p.next();
6622             if ( phy == null ) {
6623                 return false;
6624             }
6625             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6626                 return false;
6627             }
6628             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6629                 return false;
6630             }
6631             if ( phy.isRooted() ) {
6632                 return false;
6633             }
6634             //6
6635             if ( !p.hasNext() ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             phy = p.next();
6639             if ( phy == null ) {
6640                 return false;
6641             }
6642             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             if ( !phy.isRooted() ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             //7
6652             if ( !p.hasNext() ) {
6653                 return false;
6654             }
6655             phy = p.next();
6656             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             if ( !phy.isRooted() ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             //8
6666             if ( !p.hasNext() ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             phy = p.next();
6670             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6671                 return false;
6672             }
6673             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6677                 return false;
6678             }
6679             //9
6680             if ( !p.hasNext() ) {
6681                 return false;
6682             }
6683             phy = p.next();
6684             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6685                 return false;
6686             }
6687             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6688                 return false;
6689             }
6690             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             //10
6694             if ( !p.hasNext() ) {
6695                 return false;
6696             }
6697             phy = p.next();
6698             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             if ( !phy.isRooted() ) {
6708                 return false;
6709             }
6710             //11
6711             if ( !p.hasNext() ) {
6712                 return false;
6713             }
6714             phy = p.next();
6715             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6719                 return false;
6720             }
6721             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             if ( phy.isRooted() ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             //12
6728             if ( !p.hasNext() ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             phy = p.next();
6732             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6733                 return false;
6734             }
6735             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6736                 return false;
6737             }
6738             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6739                 return false;
6740             }
6741             if ( !phy.isRooted() ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             //13
6745             if ( !p.hasNext() ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             phy = p.next();
6749             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6753                 return false;
6754             }
6755             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6756                 return false;
6757             }
6758             if ( !phy.isRooted() ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             //14
6762             if ( !p.hasNext() ) {
6763                 return false;
6764             }
6765             phy = p.next();
6766             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6767                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( !phy
6771                     .toNewHampshire()
6772                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6773                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !phy.isRooted() ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             //15
6783             if ( !p.hasNext() ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             phy = p.next();
6787             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6788                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6789                 return false;
6790             }
6791             if ( !phy
6792                     .toNewHampshire()
6793                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6794                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6795                 return false;
6796             }
6797             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             if ( phy.isRooted() ) {
6801                 return false;
6802             }
6803             //16
6804             if ( !p.hasNext() ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             phy = p.next();
6808             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6809                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6810                 return false;
6811             }
6812             if ( !phy
6813                     .toNewHampshire()
6814                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6815                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             if ( !phy.isRooted() ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             //17
6825             if ( !p.hasNext() ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             phy = p.next();
6829             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6830                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( !phy
6834                     .toNewHampshire()
6835                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6836                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6837                 return false;
6838             }
6839             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             if ( phy.isRooted() ) {
6843                 return false;
6844             }
6845             //
6846             if ( p.hasNext() ) {
6847                 return false;
6848             }
6849             phy = p.next();
6850             if ( phy != null ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             p.reset();
6854             //0
6855             if ( !p.hasNext() ) {
6856                 return false;
6857             }
6858             phy = p.next();
6859             if ( phy == null ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             //1
6869             if ( !p.hasNext() ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             phy = p.next();
6873             if ( phy == null ) {
6874                 return false;
6875             }
6876             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6877                 return false;
6878             }
6879             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6880                 return false;
6881             }
6882             //2
6883             if ( !p.hasNext() ) {
6884                 return false;
6885             }
6886             phy = p.next();
6887             if ( phy == null ) {
6888                 return false;
6889             }
6890             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6891                 return false;
6892             }
6893             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6894                 return false;
6895             }
6896             if ( phy.isRooted() ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             //3
6900             if ( !p.hasNext() ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             phy = p.next();
6904             if ( phy == null ) {
6905                 return false;
6906             }
6907             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             if ( !phy.isRooted() ) {
6914                 return false;
6915             }
6916             //4
6917             if ( !p.hasNext() ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             phy = p.next();
6921             if ( phy == null ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6925                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6926                 return false;
6927             }
6928             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             if ( !phy.isRooted() ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             //5
6935             if ( !p.hasNext() ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             phy = p.next();
6939             if ( phy == null ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6946                 return false;
6947             }
6948             if ( phy.isRooted() ) {
6949                 return false;
6950             }
6951         }
6952         catch ( final Exception e ) {
6953             e.printStackTrace( System.out );
6954             return false;
6955         }
6956         return true;
6957     }
6958
6959     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6960         try {
6961             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6962             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6963             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6964             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6974                 return false;
6975             }
6976             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6980                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             phylogenies = null;
6984             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6985             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7004                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7023                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7024                 return false;
7025             }
7026             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7027                 return false;
7028             }
7029             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7030                 return false;
7031             }
7032             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7039                 return false;
7040             }
7041             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7042                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             phylogenies = null;
7046             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7047             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7051                 return false;
7052             }
7053             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7060                 return false;
7061             }
7062             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7063                 return false;
7064             }
7065             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7066                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7073                 return false;
7074             }
7075             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7085                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7086                 return false;
7087             }
7088             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7089                 return false;
7090             }
7091             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7095                 return false;
7096             }
7097             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7098                 return false;
7099             }
7100             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7104                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107         }
7108         catch ( final Exception e ) {
7109             e.printStackTrace( System.out );
7110             return false;
7111         }
7112         return true;
7113     }
7114
7115     private static boolean testNHParsing() {
7116         try {
7117             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7118             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7119             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7123             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7124             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7125             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7126             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7127                 return false;
7128             }
7129             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7130                 return false;
7131             }
7132             final Phylogeny p1b = factory
7133                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7134                              new NHXParser() )[ 0 ];
7135             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7136                 return false;
7137             }
7138             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7139                 return false;
7140             }
7141             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7142             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7143             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7144             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7145             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7146             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7147             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7148             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7149             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7150             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7151             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7152                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7153                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7154                                                     new NHXParser() );
7155             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7168             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7169             final String p16_S = "((A,B),C)";
7170             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7171             if ( p16.length != 1 ) {
7172                 return false;
7173             }
7174             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7175                 return false;
7176             }
7177             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7178             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7179             if ( p17.length != 1 ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7186             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7187             if ( p18.length != 1 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7194             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7195             if ( p19.length != 1 ) {
7196                 return false;
7197             }
7198             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7199                 return false;
7200             }
7201             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7202             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7203             if ( p20.length != 1 ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7210             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7211             if ( p21.length != 1 ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7218             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7219             if ( p22.length != 1 ) {
7220                 return false;
7221             }
7222             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7226             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7227             if ( p23.length != 1 ) {
7228                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7229                 System.exit( -1 );
7230                 return false;
7231             }
7232             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7236             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7237             if ( p24.length != 1 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7241                 return false;
7242             }
7243             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7244             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7245             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7246             if ( p241.length != 2 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7256                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7257                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7258                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7259                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7260                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7261                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7262                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7263             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7264             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             final String p26_S = "(A,B)ab";
7268             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7269             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7273             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7274             if ( p27s.length != 1 ) {
7275                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7276                 System.exit( -1 );
7277                 return false;
7278             }
7279             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7280                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7281                 System.exit( -1 );
7282                 return false;
7283             }
7284             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7285                                                     new NHXParser() );
7286             if ( p27.length != 1 ) {
7287                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7288                 System.exit( -1 );
7289                 return false;
7290             }
7291             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7292                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7293                 System.exit( -1 );
7294                 return false;
7295             }
7296             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7297             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7298             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7299             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7300             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7301                                                     new NHXParser() );
7302             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7306                 return false;
7307             }
7308             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7312                 return false;
7313             }
7314             if ( p28.length != 4 ) {
7315                 return false;
7316             }
7317             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7318             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7319             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7320                 return false;
7321             }
7322             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7323             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7324             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7325                 return false;
7326             }
7327             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7328             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7329             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             final String p33_S = "A";
7333             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7334             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             final String p34_S = "B;";
7338             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7339             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             final String p35_S = "B:0.2";
7343             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7344             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             final String p36_S = "(A)";
7348             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7349             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             final String p37_S = "((A))";
7353             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7354             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7358             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7359             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7363             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7364             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             final String p40_S = "(A,B,C)";
7368             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7369             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7373             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7374             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7378             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7379             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7383             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7384             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7388             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7389             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7393             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7394             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             final String p46_S = "";
7398             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7399             if ( p46.length != 0 ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7403             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7407             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7408                 return false;
7409             }
7410             final Phylogeny p49 = factory
7411                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7412                              new NHXParser() )[ 0 ];
7413             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7417             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7421                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7428                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7432             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7433                 return false;
7434             }
7435             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7436             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             final Phylogeny p53 = factory
7440                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7441                              new NHXParser() )[ 0 ];
7442             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             //
7446             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7447             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7448                 return false;
7449             }
7450             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7451                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7452                 return false;
7453             }
7454         }
7455         catch ( final Exception e ) {
7456             e.printStackTrace( System.out );
7457             return false;
7458         }
7459         return true;
7460     }
7461
7462     private static boolean testNHParsingIter() {
7463         try {
7464             final String p0_str = "(A,B);";
7465             final NHXParser p = new NHXParser();
7466             p.setSource( p0_str );
7467             if ( !p.hasNext() ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             final Phylogeny p0 = p.next();
7471             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7472                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( p.hasNext() ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             if ( p.next() != null ) {
7479                 return false;
7480             }
7481             //
7482             final String p00_str = "(A,B)root;";
7483             p.setSource( p00_str );
7484             final Phylogeny p00 = p.next();
7485             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7486                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7487                 return false;
7488             }
7489             //
7490             final String p000_str = "A;";
7491             p.setSource( p000_str );
7492             final Phylogeny p000 = p.next();
7493             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7494                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7495                 return false;
7496             }
7497             //
7498             final String p0000_str = "A";
7499             p.setSource( p0000_str );
7500             final Phylogeny p0000 = p.next();
7501             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7502                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7503                 return false;
7504             }
7505             //
7506             p.setSource( "(A)" );
7507             final Phylogeny p00000 = p.next();
7508             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7509                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7510                 return false;
7511             }
7512             //
7513             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7514             p.setSource( p1_str );
7515             if ( !p.hasNext() ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7519             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7520                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !p.hasNext() ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7527             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7528                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7529                 return false;
7530             }
7531             if ( !p.hasNext() ) {
7532                 return false;
7533             }
7534             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7535             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7536                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !p.hasNext() ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7543             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7544                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( p.hasNext() ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( p.next() != null ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             //
7554             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7555             p.setSource( p2_str );
7556             if ( !p.hasNext() ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             Phylogeny p2_0 = p.next();
7560             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7561                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7562                 return false;
7563             }
7564             if ( !p.hasNext() ) {
7565                 return false;
7566             }
7567             Phylogeny p2_1 = p.next();
7568             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7569                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !p.hasNext() ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             Phylogeny p2_2 = p.next();
7576             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7577                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7578                 return false;
7579             }
7580             if ( !p.hasNext() ) {
7581                 return false;
7582             }
7583             Phylogeny p2_3 = p.next();
7584             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7585                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !p.hasNext() ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             Phylogeny p2_4 = p.next();
7592             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7593                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( p.hasNext() ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( p.next() != null ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             ////
7603             p.reset();
7604             if ( !p.hasNext() ) {
7605                 return false;
7606             }
7607             p2_0 = p.next();
7608             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7609                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !p.hasNext() ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             p2_1 = p.next();
7616             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7617                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7618                 return false;
7619             }
7620             if ( !p.hasNext() ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             p2_2 = p.next();
7624             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7625                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !p.hasNext() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             p2_3 = p.next();
7632             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7633                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7634                 return false;
7635             }
7636             if ( !p.hasNext() ) {
7637                 return false;
7638             }
7639             p2_4 = p.next();
7640             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7641                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( p.hasNext() ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( p.next() != null ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             //
7651             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7652             p.setSource( p3_str );
7653             if ( !p.hasNext() ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7657             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( p.hasNext() ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( p.next() != null ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             //
7667             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7668             p.setSource( p4_str );
7669             if ( !p.hasNext() ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7673             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( p.hasNext() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( p.next() != null ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             //
7683             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7684             p.setSource( p5_str );
7685             if ( !p.hasNext() ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7689             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( p.hasNext() ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( p.next() != null ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             //
7699             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7700             p.setSource( p6_str );
7701             if ( !p.hasNext() ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             Phylogeny p6_0 = p.next();
7705             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( p.hasNext() ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( p.next() != null ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             p.reset();
7715             if ( !p.hasNext() ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             p6_0 = p.next();
7719             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7720                 return false;
7721             }
7722             if ( p.hasNext() ) {
7723                 return false;
7724             }
7725             if ( p.next() != null ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             //
7729             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7730             p.setSource( p7_str );
7731             if ( !p.hasNext() ) {
7732                 return false;
7733             }
7734             Phylogeny p7_0 = p.next();
7735             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             if ( p.hasNext() ) {
7739                 return false;
7740             }
7741             if ( p.next() != null ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             p.reset();
7745             if ( !p.hasNext() ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             p7_0 = p.next();
7749             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             if ( p.hasNext() ) {
7753                 return false;
7754             }
7755             if ( p.next() != null ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             //
7759             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7760             p.setSource( p8_str );
7761             if ( !p.hasNext() ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             Phylogeny p8_0 = p.next();
7765             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7766                 return false;
7767             }
7768             if ( !p.hasNext() ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             if ( !p.hasNext() ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             Phylogeny p8_1 = p.next();
7775             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7776                 return false;
7777             }
7778             if ( p.hasNext() ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( p.next() != null ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             p.reset();
7785             if ( !p.hasNext() ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             p8_0 = p.next();
7789             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             if ( !p.hasNext() ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             p8_1 = p.next();
7796             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             if ( p.hasNext() ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( p.next() != null ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             p.reset();
7806             //
7807             p.setSource( "" );
7808             if ( p.hasNext() ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             //
7812             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7813             if ( !p.hasNext() ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             Phylogeny p_27 = p.next();
7817             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7818                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7819                 System.exit( -1 );
7820                 return false;
7821             }
7822             if ( p.hasNext() ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( p.next() != null ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             p.reset();
7829             if ( !p.hasNext() ) {
7830                 return false;
7831             }
7832             p_27 = p.next();
7833             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7834                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7835                 System.exit( -1 );
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( p.hasNext() ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             if ( p.next() != null ) {
7842                 return false;
7843             }
7844         }
7845         catch ( final Exception e ) {
7846             e.printStackTrace( System.out );
7847             return false;
7848         }
7849         return true;
7850     }
7851
7852     private static boolean testNHXconversion() {
7853         try {
7854             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7855             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7856             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7857             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7858             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7859                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7860             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7861                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7862             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7878                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7879                 return false;
7880             }
7881         }
7882         catch ( final Exception e ) {
7883             e.printStackTrace( System.out );
7884             return false;
7885         }
7886         return true;
7887     }
7888
7889     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7890         try {
7891             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7892             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7893             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7894             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7895             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7896                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7897             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( n3.isDuplication() ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7907                 return false;
7908             }
7909             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7910                 return false;
7911             }
7912             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7913                 return false;
7914             }
7915             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7916                 return false;
7917             }
7918             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7919                 return false;
7920             }
7921             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7922                 return false;
7923             }
7924             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7925                 return false;
7926             }
7927             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             if ( !n5.isDuplication() ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7937                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7938                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7939             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7946                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7947                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7948             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7955                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7956             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7960                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7961             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7962                 return false;
7963             }
7964             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7968                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7969             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7970                 return false;
7971             }
7972             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7976                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7977             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7984                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7985             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7986                 return false;
7987             }
7988             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7992                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7993             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7994                 return false;
7995             }
7996             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7997                 return false;
7998             }
7999             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8000                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8001             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8002                 return false;
8003             }
8004             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8008                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8009             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8016                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8017             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8018                 return false;
8019             }
8020             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8021                 return false;
8022             }
8023             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8024                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8025             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8032                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8033             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8034                 return false;
8035             }
8036             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8040                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8041                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8042             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8049                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8050                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8051             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8052                 return false;
8053             }
8054             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8055                 return false;
8056             }
8057             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8058                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8059             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8060                 return false;
8061             }
8062             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8063                 return false;
8064             }
8065             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8066                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8067                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8068             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8072                 return false;
8073             }
8074             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8075                 return false;
8076             }
8077             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8078                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8079                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8080             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8081                 return false;
8082             }
8083             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8084                 return false;
8085             }
8086             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8087                 return false;
8088             }
8089             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8090                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8091             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8110                 return false;
8111             }
8112             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8113                 return false;
8114             }
8115             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8116                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8117             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8118                 return false;
8119             }
8120             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8121                 return false;
8122             }
8123             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8124             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8128                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8129             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8130                 return false;
8131             }
8132             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8136                 return false;
8137             }
8138             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8139                 return false;
8140             }
8141             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8142                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8143             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8150                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8151                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8152             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8162                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8163                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8164             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8174                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8175                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8176             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8177                 return false;
8178             }
8179             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8180                 return false;
8181             }
8182             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8183                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8184             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8194                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8195             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8199                 return false;
8200             }
8201             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8202                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8203                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8204             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8205                 return false;
8206             }
8207             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8211                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8212                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8213             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8217                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8218             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8219                 return false;
8220             }
8221             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8222                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8223             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8224                 return false;
8225             }
8226             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8227                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8228             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8232                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8233             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8234                 return false;
8235             }
8236             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8237                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8238             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8242                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8243             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8244                 return false;
8245             }
8246         }
8247         catch ( final Exception e ) {
8248             e.printStackTrace( System.out );
8249             return false;
8250         }
8251         return true;
8252     }
8253
8254     private static boolean testNHXParsing() {
8255         try {
8256             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8257             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8258             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8259                 return false;
8260             }
8261             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8262             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8263             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8267             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8268             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271             final Phylogeny[] p3 = factory
8272                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8273                              new NHXParser() );
8274             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             final Phylogeny[] p4 = factory
8278                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8279                              new NHXParser() );
8280             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8281                 return false;
8282             }
8283             final Phylogeny[] p5 = factory
8284                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8285                              new NHXParser() );
8286             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8290             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8291             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8292             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8296             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8297             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8298             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8302             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8303             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8304             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8308             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             final Phylogeny p10 = factory
8312                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8313                              new NHXParser() )[ 0 ];
8314             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8315                 return false;
8316             }
8317         }
8318         catch ( final Exception e ) {
8319             e.printStackTrace( System.out );
8320             return false;
8321         }
8322         return true;
8323     }
8324
8325     private static boolean testNHXParsingMB() {
8326         try {
8327             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8328             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8329                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8330                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8331                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8332                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8333                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8334                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8335                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8336                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8337             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8338                 return false;
8339             }
8340             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8341                 return false;
8342             }
8343             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8344                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8345                 return false;
8346             }
8347             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8348                 return false;
8349             }
8350             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8351                 return false;
8352             }
8353             final Phylogeny p2 = factory
8354                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8355                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8356                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8357                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8358                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8359                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8360                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8361                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8362                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8363                              new NHXParser() )[ 0 ];
8364             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8368                 return false;
8369             }
8370         }
8371         catch ( final Exception e ) {
8372             e.printStackTrace( System.out );
8373             System.exit( -1 );
8374             return false;
8375         }
8376         return true;
8377     }
8378
8379     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8380         try {
8381             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8382             final NHXParser p = new NHXParser();
8383             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8384             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8385                 return false;
8386             }
8387             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8388             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8398                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8417             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8418             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8419             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8420                 return false;
8421             }
8422             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8423             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8424             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8425             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8426                 return false;
8427             }
8428             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8429             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8430             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8431             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8435             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8436             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8437             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8438                 return false;
8439             }
8440             final Phylogeny p10 = factory
8441                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8442                              new NHXParser() )[ 0 ];
8443             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8444             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8445                 return false;
8446             }
8447             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8448             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             //
8452             final Phylogeny p12 = factory
8453                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8454                              new NHXParser() )[ 0 ];
8455             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8456             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8457                 return false;
8458             }
8459             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8460             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8461                 return false;
8462             }
8463             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8464             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8468             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471         }
8472         catch ( final Exception e ) {
8473             e.printStackTrace( System.out );
8474             return false;
8475         }
8476         return true;
8477     }
8478
8479     private static boolean testNodeRemoval() {
8480         try {
8481             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8482             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8483             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8484             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8485                 return false;
8486             }
8487             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8488             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8489             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8490                 return false;
8491             }
8492             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8493             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8494             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497         }
8498         catch ( final Exception e ) {
8499             e.printStackTrace( System.out );
8500             return false;
8501         }
8502         return true;
8503     }
8504
8505     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8506         try {
8507             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8508             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8509             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8510             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8511             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8512                 return false;
8513             }
8514             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8518                 return false;
8519             }
8520             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8521             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8522             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8523             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8527                 return false;
8528             }
8529             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8530             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539         }
8540         catch ( final Exception e ) {
8541             e.printStackTrace( System.out );
8542             return false;
8543         }
8544         return true;
8545     }
8546
8547     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8548         try {
8549             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8550             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8551             try {
8552                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8553             }
8554             catch ( final Exception e ) {
8555                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8556             }
8557             if ( xml_parser == null ) {
8558                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8559                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8560                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8561                 }
8562                 else {
8563                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8564                 }
8565             }
8566             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8567                                                               xml_parser );
8568             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8569                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8570                 return false;
8571             }
8572             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8576             PhylogenyNode n = null;
8577             Distribution d = null;
8578             n = t1.getNode( "root node" );
8579             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             d = n.getNodeData().getDistribution();
8586             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8587                 return false;
8588             }
8589             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( d.getPolygons() != null ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8599                 return false;
8600             }
8601             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8602                 return false;
8603             }
8604             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             n = t1.getNode( "node a" );
8611             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8615                 return false;
8616             }
8617             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8618             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8619                 return false;
8620             }
8621             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8622                 return false;
8623             }
8624             if ( d.getPolygons() != null ) {
8625                 return false;
8626             }
8627             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8634                 return false;
8635             }
8636             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8637                 return false;
8638             }
8639             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8640                 return false;
8641             }
8642             n = t1.getNode( "node bb" );
8643             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8650             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8651                 return false;
8652             }
8653             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8654                 return false;
8655             }
8656             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8657                 return false;
8658             }
8659             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8663                 return false;
8664             }
8665             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8669                 return false;
8670             }
8671             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8672                 return false;
8673             }
8674             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8675             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8682                 return false;
8683             }
8684             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8685                 return false;
8686             }
8687             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8688                 return false;
8689             }
8690             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8694                 return false;
8695             }
8696             p = d.getPolygons().get( 1 );
8697             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8704                 return false;
8705             }
8706             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             // Roundtrip:
8710             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8711             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8712             if ( rt.length != 1 ) {
8713                 return false;
8714             }
8715             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8716             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8717             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             d = n.getNodeData().getDistribution();
8724             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             if ( d.getPolygons() != null ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8737                 return false;
8738             }
8739             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8743                 return false;
8744             }
8745             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8746                 return false;
8747             }
8748             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8749             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8756             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8757                 return false;
8758             }
8759             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8760                 return false;
8761             }
8762             if ( d.getPolygons() != null ) {
8763                 return false;
8764             }
8765             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8769                 return false;
8770             }
8771             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8772                 return false;
8773             }
8774             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8775                 return false;
8776             }
8777             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8778                 return false;
8779             }
8780             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8781             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8785                 return false;
8786             }
8787             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8788             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8789                 return false;
8790             }
8791             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8792                 return false;
8793             }
8794             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8795                 return false;
8796             }
8797             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8798                 return false;
8799             }
8800             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8801                 return false;
8802             }
8803             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8804                 return false;
8805             }
8806             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8807                 return false;
8808             }
8809             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8810                 return false;
8811             }
8812             p = d.getPolygons().get( 0 );
8813             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8814                 return false;
8815             }
8816             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8817                 return false;
8818             }
8819             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8820                 return false;
8821             }
8822             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8823                 return false;
8824             }
8825             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8826                 return false;
8827             }
8828             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8829                 return false;
8830             }
8831             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             p = d.getPolygons().get( 1 );
8835             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8836                 return false;
8837             }
8838             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8839                 return false;
8840             }
8841             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8845                 return false;
8846             }
8847         }
8848         catch ( final Exception e ) {
8849             e.printStackTrace( System.out );
8850             return false;
8851         }
8852         return true;
8853     }
8854
8855     private static boolean testPostOrderIterator() {
8856         try {
8857             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8858             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8859             PhylogenyNodeIterator it0;
8860             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8861                 it0.next();
8862             }
8863             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8864                 it0.next();
8865             }
8866             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8867             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8868             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8869                 return false;
8870             }
8871             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8872                 return false;
8873             }
8874             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8875                 return false;
8876             }
8877             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8878                 return false;
8879             }
8880             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8881                 return false;
8882             }
8883             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8884                 return false;
8885             }
8886             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8887                 return false;
8888             }
8889             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8890                 return false;
8891             }
8892             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8893                 return false;
8894             }
8895             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8896                 return false;
8897             }
8898             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8899                 return false;
8900             }
8901             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8902                 return false;
8903             }
8904             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8905                 return false;
8906             }
8907             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8908                 return false;
8909             }
8910             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8911                 return false;
8912             }
8913             if ( it.hasNext() ) {
8914                 return false;
8915             }
8916         }
8917         catch ( final Exception e ) {
8918             e.printStackTrace( System.out );
8919             return false;
8920         }
8921         return true;
8922     }
8923
8924     private static boolean testPreOrderIterator() {
8925         try {
8926             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8927             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8928             PhylogenyNodeIterator it0;
8929             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8930                 it0.next();
8931             }
8932             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8933                 it0.next();
8934             }
8935             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8936             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8937                 return false;
8938             }
8939             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8940                 return false;
8941             }
8942             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8943                 return false;
8944             }
8945             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8946                 return false;
8947             }
8948             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8949                 return false;
8950             }
8951             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8952                 return false;
8953             }
8954             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8955                 return false;
8956             }
8957             if ( it.hasNext() ) {
8958                 return false;
8959             }
8960             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8961             it = t1.iteratorPreorder();
8962             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8969                 return false;
8970             }
8971             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8972                 return false;
8973             }
8974             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8975                 return false;
8976             }
8977             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8978                 return false;
8979             }
8980             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8981                 return false;
8982             }
8983             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8996                 return false;
8997             }
8998             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8999                 return false;
9000             }
9001             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9002                 return false;
9003             }
9004             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( it.hasNext() ) {
9008                 return false;
9009             }
9010         }
9011         catch ( final Exception e ) {
9012             e.printStackTrace( System.out );
9013             return false;
9014         }
9015         return true;
9016     }
9017
9018     private static boolean testPropertiesMap() {
9019         try {
9020             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9021             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9022             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9023             final Property p2 = new Property( "something:else",
9024                                               "?",
9025                                               "improbable:research",
9026                                               "xsd:decimal",
9027                                               AppliesTo.NODE );
9028             pm.addProperty( p0 );
9029             pm.addProperty( p1 );
9030             pm.addProperty( p2 );
9031             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9032                 return false;
9033             }
9034             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9035                 return false;
9036             }
9037             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9038                 return false;
9039             }
9040             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9041                 return false;
9042             }
9043             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9050             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9051                 return false;
9052             }
9053             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9054                 return false;
9055             }
9056             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9057                 return false;
9058             }
9059         }
9060         catch ( final Exception e ) {
9061             e.printStackTrace( System.out );
9062             return false;
9063         }
9064         return true;
9065     }
9066
9067     private static boolean testProteinId() {
9068         try {
9069             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9070             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9071             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9072             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9073             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9074                 return false;
9075             }
9076             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9077                 return false;
9078             }
9079             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9080                 return false;
9081             }
9082             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9083                 return false;
9084             }
9085             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9086                 return false;
9087             }
9088             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9089                 return false;
9090             }
9091             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9092                 return false;
9093             }
9094             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9095                 return false;
9096             }
9097             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9098                 return false;
9099             }
9100             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9101                 return false;
9102             }
9103             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9104                 return false;
9105             }
9106             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9107                 return false;
9108             }
9109             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9110                 return false;
9111             }
9112             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9113                 return false;
9114             }
9115             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9116             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9117                 return false;
9118             }
9119             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9120                 return false;
9121             }
9122         }
9123         catch ( final Exception e ) {
9124             e.printStackTrace( System.out );
9125             return false;
9126         }
9127         return true;
9128     }
9129
9130     private static boolean testReIdMethods() {
9131         try {
9132             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9133             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9134             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9135             p.levelOrderReID();
9136             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9137                 return false;
9138             }
9139             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9140                 return false;
9141             }
9142             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9143                 return false;
9144             }
9145             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9146                 return false;
9147             }
9148             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9149                 return false;
9150             }
9151             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9152                 return false;
9153             }
9154             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9155                 return false;
9156             }
9157             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9158                 return false;
9159             }
9160             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9161                 return false;
9162             }
9163             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9164                 return false;
9165             }
9166             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9167                 return false;
9168             }
9169             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9170                 return false;
9171             }
9172             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9173                 return false;
9174             }
9175             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9176                 return false;
9177             }
9178             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9179                 return false;
9180             }
9181         }
9182         catch ( final Exception e ) {
9183             e.printStackTrace( System.out );
9184             return false;
9185         }
9186         return true;
9187     }
9188
9189     private static boolean testRerooting() {
9190         try {
9191             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9192             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9193                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9194             if ( !t1.isRooted() ) {
9195                 return false;
9196             }
9197             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9207             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9208             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9209             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9210             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9211             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9212             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9213             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9214             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9215             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9216             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9217             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9218             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9219             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9220             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9221             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9222             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9223             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9224             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9225             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9226                 return false;
9227             }
9228             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9229                 return false;
9230             }
9231             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9232                 return false;
9233             }
9234             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9235                 return false;
9236             }
9237             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9238                 return false;
9239             }
9240             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9241                 return false;
9242             }
9243             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9244                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9245             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9274             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9275             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9276             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9277             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9278             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9279             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9280             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9281             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9282             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9283             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9284             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9285             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9286             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9287             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9288             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9289             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9290             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9291                 return false;
9292             }
9293             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9294                 return false;
9295             }
9296             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9297             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9298                 return false;
9299             }
9300             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9301                 return false;
9302             }
9303             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9304             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9305                 return false;
9306             }
9307             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9308                 return false;
9309             }
9310             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9311                 return false;
9312             }
9313             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9314             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9315                 return false;
9316             }
9317             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9318                 return false;
9319             }
9320             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9321                 return false;
9322             }
9323             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9324             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9325                 return false;
9326             }
9327             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9328                 return false;
9329             }
9330             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9331             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9332                 return false;
9333             }
9334             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9335                 return false;
9336             }
9337             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9338                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9339             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9340             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9341                 return false;
9342             }
9343             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9344                 return false;
9345             }
9346             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9347                 return false;
9348             }
9349             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9350             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9351                 return false;
9352             }
9353             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9354                 return false;
9355             }
9356             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9357                 return false;
9358             }
9359             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9360             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9361                 return false;
9362             }
9363             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9364                 return false;
9365             }
9366             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9367                 return false;
9368             }
9369         }
9370         catch ( final Exception e ) {
9371             e.printStackTrace( System.out );
9372             return false;
9373         }
9374         return true;
9375     }
9376
9377     private static boolean testSDIse() {
9378         try {
9379             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9380             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9381             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9382             gene1.setRooted( true );
9383             species1.setRooted( true );
9384             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9385             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9386                 return false;
9387             }
9388             final Phylogeny species2 = factory
9389                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9390                              new NHXParser() )[ 0 ];
9391             final Phylogeny gene2 = factory
9392                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9393                              new NHXParser() )[ 0 ];
9394             species2.setRooted( true );
9395             gene2.setRooted( true );
9396             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9397             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9398                 return false;
9399             }
9400             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9401                 return false;
9402             }
9403             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9404                 return false;
9405             }
9406             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9407                 return false;
9408             }
9409             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             final Phylogeny species3 = factory
9419                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9420                              new NHXParser() )[ 0 ];
9421             final Phylogeny gene3 = factory
9422                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9423                              new NHXParser() )[ 0 ];
9424             species3.setRooted( true );
9425             gene3.setRooted( true );
9426             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9427             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9428                 return false;
9429             }
9430             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9431                 return false;
9432             }
9433             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9434                 return false;
9435             }
9436             final Phylogeny species4 = factory
9437                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9438                              new NHXParser() )[ 0 ];
9439             final Phylogeny gene4 = factory
9440                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9441                              new NHXParser() )[ 0 ];
9442             species4.setRooted( true );
9443             gene4.setRooted( true );
9444             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9445             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9446                 return false;
9447             }
9448             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9449                 return false;
9450             }
9451             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9452                 return false;
9453             }
9454             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9455                 return false;
9456             }
9457             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9458                 return false;
9459             }
9460             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9461                 return false;
9462             }
9463             final Phylogeny species5 = factory
9464                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9465                              new NHXParser() )[ 0 ];
9466             final Phylogeny gene5 = factory
9467                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9468                              new NHXParser() )[ 0 ];
9469             species5.setRooted( true );
9470             gene5.setRooted( true );
9471             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9472             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9473                 return false;
9474             }
9475             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9476                 return false;
9477             }
9478             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9479                 return false;
9480             }
9481             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9482                 return false;
9483             }
9484             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9485                 return false;
9486             }
9487             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9488                 return false;
9489             }
9490             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9491             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9492             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9493             final Phylogeny species6 = factory
9494                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9495                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9496                              new NHXParser() )[ 0 ];
9497             final Phylogeny gene6 = factory
9498                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9499                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9500                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9501                              new NHXParser() )[ 0 ];
9502             species6.setRooted( true );
9503             gene6.setRooted( true );
9504             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9505             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9506                 return false;
9507             }
9508             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9509                 return false;
9510             }
9511             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9512                 return false;
9513             }
9514             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9515                 return false;
9516             }
9517             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9518                 return false;
9519             }
9520             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9521                 return false;
9522             }
9523             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9524                 return false;
9525             }
9526             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9527                 return false;
9528             }
9529             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9530                 return false;
9531             }
9532             sdi6.computeMappingCostL();
9533             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9534                 return false;
9535             }
9536             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9537                 return false;
9538             }
9539             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9540                 return false;
9541             }
9542             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9543                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9544                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9545                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9546                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9547             species7.setRooted( true );
9548             final Phylogeny gene7_1 = Test
9549                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9550             gene7_1.setRooted( true );
9551             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9552             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9553                 return false;
9554             }
9555             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9556                 return false;
9557             }
9558             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9559                 return false;
9560             }
9561             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9562                 return false;
9563             }
9564             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9565                 return false;
9566             }
9567             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9568                 return false;
9569             }
9570             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9571                 return false;
9572             }
9573             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9574                 return false;
9575             }
9576             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9577                 return false;
9578             }
9579             final Phylogeny gene7_2 = Test
9580                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9581             gene7_2.setRooted( true );
9582             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9583             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9584                 return false;
9585             }
9586             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9587                 return false;
9588             }
9589             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9590                 return false;
9591             }
9592             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9593                 return false;
9594             }
9595             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9596                 return false;
9597             }
9598             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9599                 return false;
9600             }
9601             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9602                 return false;
9603             }
9604             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9605                 return false;
9606             }
9607             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9608                 return false;
9609             }
9610             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9611                 return false;
9612             }
9613         }
9614         catch ( final Exception e ) {
9615             return false;
9616         }
9617         return true;
9618     }
9619
9620     private static boolean testSDIunrooted() {
9621         try {
9622             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9623             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9624             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9625             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9626             PhylogenyBranch br = iter.next();
9627             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9628                 return false;
9629             }
9630             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9631                 return false;
9632             }
9633             br = iter.next();
9634             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9635                 return false;
9636             }
9637             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9638                 return false;
9639             }
9640             br = iter.next();
9641             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9642                 return false;
9643             }
9644             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9645                 return false;
9646             }
9647             br = iter.next();
9648             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9649                 return false;
9650             }
9651             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9652                 return false;
9653             }
9654             br = iter.next();
9655             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9656                 return false;
9657             }
9658             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             br = iter.next();
9662             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9663                 return false;
9664             }
9665             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9666                 return false;
9667             }
9668             br = iter.next();
9669             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9670                 return false;
9671             }
9672             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9673                 return false;
9674             }
9675             br = iter.next();
9676             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             br = iter.next();
9683             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9684                 return false;
9685             }
9686             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9687                 return false;
9688             }
9689             br = iter.next();
9690             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9691                 return false;
9692             }
9693             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9694                 return false;
9695             }
9696             br = iter.next();
9697             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9698                 return false;
9699             }
9700             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9701                 return false;
9702             }
9703             br = iter.next();
9704             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9705                 return false;
9706             }
9707             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9708                 return false;
9709             }
9710             br = iter.next();
9711             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9712                 return false;
9713             }
9714             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9715                 return false;
9716             }
9717             br = iter.next();
9718             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9719                 return false;
9720             }
9721             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9722                 return false;
9723             }
9724             br = iter.next();
9725             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9726                 return false;
9727             }
9728             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9729                 return false;
9730             }
9731             if ( iter.hasNext() ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9735             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9736             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9737             br = iter1.next();
9738             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9739                 return false;
9740             }
9741             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9742                 return false;
9743             }
9744             br = iter1.next();
9745             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9746                 return false;
9747             }
9748             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9749                 return false;
9750             }
9751             br = iter1.next();
9752             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9756                 return false;
9757             }
9758             if ( iter1.hasNext() ) {
9759                 return false;
9760             }
9761             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9762             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9763             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9764             br = iter2.next();
9765             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9766                 return false;
9767             }
9768             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9769                 return false;
9770             }
9771             br = iter2.next();
9772             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9776                 return false;
9777             }
9778             br = iter2.next();
9779             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9780                 return false;
9781             }
9782             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9783                 return false;
9784             }
9785             if ( iter2.hasNext() ) {
9786                 return false;
9787             }
9788             final Phylogeny species0 = factory
9789                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9790                              new NHXParser() )[ 0 ];
9791             final Phylogeny gene1 = factory
9792                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9793                              new NHXParser() )[ 0 ];
9794             species0.setRooted( true );
9795             gene1.setRooted( true );
9796             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9797             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9798             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9799                 return false;
9800             }
9801             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9802                 return false;
9803             }
9804             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9805                 return false;
9806             }
9807             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9808                 return false;
9809             }
9810             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9811                 return false;
9812             }
9813             final Phylogeny gene2 = factory
9814                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9815                              new NHXParser() )[ 0 ];
9816             gene2.setRooted( true );
9817             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9818             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9819                 return false;
9820             }
9821             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9822                 return false;
9823             }
9824             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9825                 return false;
9826             }
9827             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9828                 return false;
9829             }
9830             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9831                 return false;
9832             }
9833             final Phylogeny species6 = factory
9834                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9835                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9836                              new NHXParser() )[ 0 ];
9837             final Phylogeny gene6 = factory
9838                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9839                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9840                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9841                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9842                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9843                              new NHXParser() )[ 0 ];
9844             species6.setRooted( true );
9845             gene6.setRooted( true );
9846             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9847             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9848                 return false;
9849             }
9850             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9851                 return false;
9852             }
9853             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9854                 return false;
9855             }
9856             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9872                 return false;
9873             }
9874             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9875                 return false;
9876             }
9877             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9878                 return false;
9879             }
9880             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9881                 return false;
9882             }
9883             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9884                 return false;
9885             }
9886             p6 = null;
9887             final Phylogeny species7 = factory
9888                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9889                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9890                              new NHXParser() )[ 0 ];
9891             final Phylogeny gene7 = factory
9892                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9893                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9894                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9895                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9896                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9897                              new NHXParser() )[ 0 ];
9898             species7.setRooted( true );
9899             gene7.setRooted( true );
9900             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9901             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9914                 return false;
9915             }
9916             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9917                 return false;
9918             }
9919             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9920                 return false;
9921             }
9922             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9923                 return false;
9924             }
9925             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9926                 return false;
9927             }
9928             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9929                 return false;
9930             }
9931             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9932                 return false;
9933             }
9934             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9935                 return false;
9936             }
9937             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9938                 return false;
9939             }
9940             p7 = null;
9941             final Phylogeny species8 = factory
9942                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9943                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9944                              new NHXParser() )[ 0 ];
9945             final Phylogeny gene8 = factory
9946                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9947                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9948                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9949                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9950                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9951                              new NHXParser() )[ 0 ];
9952             species8.setRooted( true );
9953             gene8.setRooted( true );
9954             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9955             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9956                 return false;
9957             }
9958             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9959                 return false;
9960             }
9961             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9962                 return false;
9963             }
9964             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9965                 return false;
9966             }
9967             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9968                 return false;
9969             }
9970             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9971                 return false;
9972             }
9973             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9974                 return false;
9975             }
9976             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9977                 return false;
9978             }
9979             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9980                 return false;
9981             }
9982             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9983                 return false;
9984             }
9985             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9986                 return false;
9987             }
9988             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9989                 return false;
9990             }
9991             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9992                 return false;
9993             }
9994             p8 = null;
9995         }
9996         catch ( final Exception e ) {
9997             e.printStackTrace( System.out );
9998             return false;
9999         }
10000         return true;
10001     }
10002
10003     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10004         try {
10005             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10006             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10007                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10008                 if ( id != null ) {
10009                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10010                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10011                 }
10012                 return false;
10013             }
10014             //
10015             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10016             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10017                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10018                 if ( id != null ) {
10019                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10020                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10021                 }
10022                 return false;
10023             }
10024             //
10025             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10026             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10027                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10028                 if ( id != null ) {
10029                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10030                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10031                 }
10032                 return false;
10033             }
10034             //
10035             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10036             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10037                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10038                 if ( id != null ) {
10039                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10040                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10041                 }
10042                 return false;
10043             }
10044             //
10045             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10046             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10047                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10048                 if ( id != null ) {
10049                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10050                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10051                 }
10052                 return false;
10053             }
10054             //
10055             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10056             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10057                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10058                 if ( id != null ) {
10059                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10060                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10061                 }
10062                 return false;
10063             }
10064             //
10065             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10066             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10067                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10068                 if ( id != null ) {
10069                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10070                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10071                 }
10072                 return false;
10073             }
10074             //
10075             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10076             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10077                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10078                 if ( id != null ) {
10079                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10080                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10081                 }
10082                 return false;
10083             }
10084             //
10085             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10086             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10087                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10088                 if ( id != null ) {
10089                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10090                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10091                 }
10092                 return false;
10093             }
10094             //
10095             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10096             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10097                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10098                 if ( id != null ) {
10099                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10100                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10101                 }
10102                 return false;
10103             }
10104             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10105             if ( id != null ) {
10106                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10107                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10108                 return false;
10109             }
10110         }
10111         catch ( final Exception e ) {
10112             e.printStackTrace( System.out );
10113             return false;
10114         }
10115         return true;
10116     }
10117
10118     private static boolean testSequenceWriter() {
10119         try {
10120             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10121             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10122                 return false;
10123             }
10124             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10125                 return false;
10126             }
10127             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10128                 return false;
10129             }
10130             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10131                 return false;
10132             }
10133             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10134                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10135                 return false;
10136             }
10137             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10138                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10139                 return false;
10140             }
10141         }
10142         catch ( final Exception e ) {
10143             e.printStackTrace();
10144             return false;
10145         }
10146         return true;
10147     }
10148
10149     private static boolean testSpecies() {
10150         try {
10151             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10152             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10153             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10154             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10155             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10156                 return false;
10157             }
10158             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10159                 return false;
10160             }
10161             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10162                 return false;
10163             }
10164             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10165                 return false;
10166             }
10167             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10168                 return false;
10169             }
10170             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10171                 return false;
10172             }
10173             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10174                 return false;
10175             }
10176             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10177                 return false;
10178             }
10179             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10180                 return false;
10181             }
10182             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10183                 return false;
10184             }
10185             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10186                 return false;
10187             }
10188             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10189                 return false;
10190             }
10191             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10192                 return false;
10193             }
10194             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10195                 return false;
10196             }
10197             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10198             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10199                 return false;
10200             }
10201             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10202                 return false;
10203             }
10204         }
10205         catch ( final Exception e ) {
10206             e.printStackTrace( System.out );
10207             return false;
10208         }
10209         return true;
10210     }
10211
10212     private static boolean testSplit() {
10213         try {
10214             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10215             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10216             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10217             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10218             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10219             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10220             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10221             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10222             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10223             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10224             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10225             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10226             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10227             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10228             // System.out.println( s0.toString() );
10229             //
10230             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10233             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10234                 return false;
10235             }
10236             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10244             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10245                 return false;
10246             }
10247             //
10248             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10252             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10253                 return false;
10254             }
10255             //
10256             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10261             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10262                 return false;
10263             }
10264             //
10265             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10270             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10271                 return false;
10272             }
10273             //
10274             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10275             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10278             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10279                 return false;
10280             }
10281             //
10282             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10283             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10285             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10286                 return false;
10287             }
10288             //
10289             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10290             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10291             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10295             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10296                 return false;
10297             }
10298             //
10299             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10301             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10303             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10304                 return false;
10305             }
10306             //
10307             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10312             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10313                 return false;
10314             }
10315             //
10316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10319             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10320                 return false;
10321             }
10322             //
10323             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10328             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10329                 return false;
10330             }
10331             //
10332             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10338             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10339                 return false;
10340             }
10341             //
10342             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10343             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10346             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10347                 return false;
10348             }
10349             //
10350             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10353             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10354                 return false;
10355             }
10356             //
10357             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10360             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10361                 return false;
10362             }
10363             //
10364             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10366             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10367             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10368                 return false;
10369             }
10370             //
10371             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10374             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10375                 return false;
10376             }
10377             //
10378             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10381             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10382                 return false;
10383             }
10384             //
10385             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10386             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10388             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10389                 return false;
10390             }
10391             //
10392             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10396             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10397                 return false;
10398             }
10399             //
10400             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10404             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10405                 return false;
10406             }
10407             //
10408             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10412             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10413                 return false;
10414             }
10415             //
10416             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10421             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10422                 return false;
10423             }
10424             /////////
10425             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10426             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10428             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10429             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10430             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10431             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10432             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10433             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10435             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10436             //                return false;
10437             //            }
10438             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10439             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10440             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10441             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10442             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10443             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10444             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10445             //                return false;
10446             //            }
10447             //            //
10448             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10449             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10450             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10451             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10452             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10453             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10454             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10455             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10456             //                return false;
10457             //            }
10458             //            //
10459             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10460             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10461             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10462             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10463             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10464             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10465             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10466             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10467             //                return false;
10468             //            }
10469             //            //
10470             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10471             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10472             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10473             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10474             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10475             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10476             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10477             //                return false;
10478             //            }
10479             //            //
10480             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10481             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10482             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10483             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10484             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10485             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10486             //                return false;
10487             //            }
10488             //
10489             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10494             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10495                 return false;
10496             }
10497             //
10498             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10499             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10503             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10504                 return false;
10505             }
10506             ///////////////////////////
10507             //
10508             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10509             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10513             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10514                 return false;
10515             }
10516             //
10517             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10518             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10522             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10523                 return false;
10524             }
10525             //
10526             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10527             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10531             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10532                 return false;
10533             }
10534             //
10535             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10540             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10541                 return false;
10542             }
10543             //
10544             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10549             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10550                 return false;
10551             }
10552             //
10553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10557             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10558                 return false;
10559             }
10560             //
10561             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10567             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10568                 return false;
10569             }
10570             //
10571             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10572             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10577             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10578                 return false;
10579             }
10580             //
10581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10587             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10588                 return false;
10589             }
10590             //
10591             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10598             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10599                 return false;
10600             }
10601         }
10602         catch ( final Exception e ) {
10603             e.printStackTrace();
10604             return false;
10605         }
10606         return true;
10607     }
10608
10609     private static boolean testSplitStrict() {
10610         try {
10611             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10612             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10613             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10614             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10615             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10616             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10617             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10618             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10619             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10620             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10621             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10622             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10623             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10625             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10626                 return false;
10627             }
10628             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10636             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10637                 return false;
10638             }
10639             //
10640             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10644             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10645                 return false;
10646             }
10647             //
10648             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10649             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10653             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10654                 return false;
10655             }
10656             //
10657             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10662             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10663                 return false;
10664             }
10665             //
10666             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10670             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10671                 return false;
10672             }
10673             //
10674             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10675             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10677             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10678                 return false;
10679             }
10680             //
10681             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10682             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10687             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10688                 return false;
10689             }
10690             //
10691             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10692             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10695             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10696                 return false;
10697             }
10698             //
10699             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10700             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10704             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10705                 return false;
10706             }
10707             //
10708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10711             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10712                 return false;
10713             }
10714             //
10715             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10716             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10720             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10721                 return false;
10722             }
10723             //
10724             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10725             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10730             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10731                 return false;
10732             }
10733             //
10734             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10735             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10738             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10739                 return false;
10740             }
10741             //
10742             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10743             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10745             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10746                 return false;
10747             }
10748             //
10749             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10750             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10752             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10753                 return false;
10754             }
10755             //
10756             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10759             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10760                 return false;
10761             }
10762             //
10763             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10766             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10767                 return false;
10768             }
10769             //
10770             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10771             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10773             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10774                 return false;
10775             }
10776             //
10777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10778             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10780             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10781                 return false;
10782             }
10783             //
10784             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10785             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10788             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10789                 return false;
10790             }
10791             //
10792             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10793             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10796             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10797                 return false;
10798             }
10799             //
10800             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10801             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10804             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10805                 return false;
10806             }
10807             //
10808             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10813             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10814                 return false;
10815             }
10816         }
10817         catch ( final Exception e ) {
10818             e.printStackTrace();
10819             return false;
10820         }
10821         return true;
10822     }
10823
10824     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10825         try {
10826             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10827             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10828             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10829             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10830                 return false;
10831             }
10832             t1.toNewHampshireX();
10833             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10834             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10835                 return false;
10836             }
10837             t1.toNewHampshireX();
10838             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10839             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10840                 return false;
10841             }
10842             t1.toNewHampshireX();
10843             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10844             t1.toNewHampshireX();
10845             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10846                 return false;
10847             }
10848             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10849             t1.toNewHampshireX();
10850             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10851                 return false;
10852             }
10853             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10854             t1.toNewHampshireX();
10855             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10856                 return false;
10857             }
10858             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10859             t1.toNewHampshireX();
10860             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10861                 return false;
10862             }
10863             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10864             t1.toNewHampshireX();
10865             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10866                 return false;
10867             }
10868             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10869             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10870                 return false;
10871             }
10872             if ( !t1.isEmpty() ) {
10873                 return false;
10874             }
10875             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10876             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10877             t2.toNewHampshireX();
10878             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10879                 return false;
10880             }
10881             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10882             t2.toNewHampshireX();
10883             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10884                 return false;
10885             }
10886             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10887             t2.toNewHampshireX();
10888             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10889                 return false;
10890             }
10891         }
10892         catch ( final Exception e ) {
10893             e.printStackTrace( System.out );
10894             return false;
10895         }
10896         return true;
10897     }
10898
10899     private static boolean testSupportCount() {
10900         try {
10901             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10902             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10903             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10904                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10905                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10906                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10907                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10908                                                               new NHXParser() );
10909             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10910             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10911             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10912                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10913                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10914                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10915                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10916                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10917                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10918                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10919                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10920                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10921                                                               new NHXParser() );
10922             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10923             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10924             while ( it.hasNext() ) {
10925                 final PhylogenyNode n = it.next();
10926                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10927                     return false;
10928                 }
10929             }
10930             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10931             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10932                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10933             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10934             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10935             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10936                 return false;
10937             }
10938             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10939                 return false;
10940             }
10941             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10942                 return false;
10943             }
10944             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10945                 return false;
10946             }
10947             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10948                 return false;
10949             }
10950             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10951                 return false;
10952             }
10953             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10954                 return false;
10955             }
10956             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10957                 return false;
10958             }
10959             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10960                 return false;
10961             }
10962             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10963                 return false;
10964             }
10965             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10966             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10967                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10968             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10969             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10970             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10971                 return false;
10972             }
10973             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10974                 return false;
10975             }
10976             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10977                 return false;
10978             }
10979             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10980                 return false;
10981             }
10982             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10983                 return false;
10984             }
10985             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10986                 return false;
10987             }
10988             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10989                 return false;
10990             }
10991             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10992                 return false;
10993             }
10994             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10995                 return false;
10996             }
10997             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10998                 return false;
10999             }
11000             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11001             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11002             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11003             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11004                 return false;
11005             }
11006             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11007             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11008             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11009             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11010                 return false;
11011             }
11012             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11013             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11014             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11015             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11016                 return false;
11017             }
11018             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11019             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11020             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11021             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11022                 return false;
11023             }
11024         }
11025         catch ( final Exception e ) {
11026             e.printStackTrace( System.out );
11027             return false;
11028         }
11029         return true;
11030     }
11031
11032     private static boolean testSupportTransfer() {
11033         try {
11034             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11035             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11036                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11037             final Phylogeny p2 = factory
11038                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11039             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11040                 return false;
11041             }
11042             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11043                 return false;
11044             }
11045             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11046             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11047             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11048                 return false;
11049             }
11050             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11051                 return false;
11052             }
11053             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11054                 return false;
11055             }
11056             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11057                 return false;
11058             }
11059             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11060                 return false;
11061             }
11062             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11063                 return false;
11064             }
11065             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11066                 return false;
11067             }
11068             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11069                 return false;
11070             }
11071         }
11072         catch ( final Exception e ) {
11073             e.printStackTrace( System.out );
11074             return false;
11075         }
11076         return true;
11077     }
11078
11079     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11080         try {
11081             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11082                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11083             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11084                 return false;
11085             }
11086             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11087                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11088             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11089                 System.out.println( n1.toString() );
11090                 return false;
11091             }
11092             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11093                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11094             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11095                 return false;
11096             }
11097             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11098                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11099             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11100                 System.out.println( n3.toString() );
11101                 return false;
11102             }
11103             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11104                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11105             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11106                 System.out.println( n4.toString() );
11107                 return false;
11108             }
11109             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11110                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11111             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11112                 System.out.println( n5.toString() );
11113                 return false;
11114             }
11115             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11116                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11117             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11118                 System.out.println( n6.toString() );
11119                 return false;
11120             }
11121             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11122                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11123             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11124                 System.out.println( n7.toString() );
11125                 return false;
11126             }
11127             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11128                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11129             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11130                 System.out.println( n8.toString() );
11131                 return false;
11132             }
11133             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11134                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11135             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11136                 System.out.println( n9.toString() );
11137                 return false;
11138             }
11139             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11140                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11141             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11142                 System.out.println( n10x.toString() );
11143                 return false;
11144             }
11145             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11146                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11147             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11148                 System.out.println( n10xx.toString() );
11149                 return false;
11150             }
11151             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11152                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11153             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11154                 System.out.println( n10.toString() );
11155                 return false;
11156             }
11157             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11158                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11159             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11160                 System.out.println( n11.toString() );
11161                 return false;
11162             }
11163             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11164                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11165                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11166             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11167                 System.out.println( n12.toString() );
11168                 return false;
11169             }
11170             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11171                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11172             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11173                 System.out.println( n13.toString() );
11174                 return false;
11175             }
11176         }
11177         catch ( final Exception e ) {
11178             e.printStackTrace( System.out );
11179             return false;
11180         }
11181         return true;
11182     }
11183
11184     private static boolean testTreeMethods() {
11185         try {
11186             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11187             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11188             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11189             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11190                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11191                 return false;
11192             }
11193             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11194             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11195             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11196                 return false;
11197             }
11198             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11199                 return false;
11200             }
11201             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11202                 return false;
11203             }
11204         }
11205         catch ( final Exception e ) {
11206             e.printStackTrace( System.out );
11207             return false;
11208         }
11209         return true;
11210     }
11211
11212     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11213         try {
11214             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11215             n.setName( "NP_001025424" );
11216             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11217             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11218                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11219                 return false;
11220             }
11221             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11222             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11223             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11224                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11225                 return false;
11226             }
11227             n.setName( "NP_001025424.1" );
11228             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11229             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11230                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11231                 return false;
11232             }
11233             n.setName( "NM_001030253" );
11234             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11235             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11236                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11237                 return false;
11238             }
11239             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11240             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11241             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11242                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11243                 System.out.println( acc.toString() );
11244                 return false;
11245             }
11246             n.setName( "P10415" );
11247             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11248             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11249                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11250                 System.out.println( acc.toString() );
11251                 return false;
11252             }
11253             n.setName( " P10415 " );
11254             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11255             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11256                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11257                 System.out.println( acc.toString() );
11258                 return false;
11259             }
11260             n.setName( "_P10415|" );
11261             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11262             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11263                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11264                 System.out.println( acc.toString() );
11265                 return false;
11266             }
11267             n.setName( "AY695820" );
11268             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11269             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11270                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11271                 System.out.println( acc.toString() );
11272                 return false;
11273             }
11274             n.setName( "_AY695820_" );
11275             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11276             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11277                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11278                 System.out.println( acc.toString() );
11279                 return false;
11280             }
11281             n.setName( "AAA59452" );
11282             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11283             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11284                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11285                 System.out.println( acc.toString() );
11286                 return false;
11287             }
11288             n.setName( "_AAA59452_" );
11289             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11290             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11291                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11292                 System.out.println( acc.toString() );
11293                 return false;
11294             }
11295             n.setName( "AAA59452.1" );
11296             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11297             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11298                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11299                 System.out.println( acc.toString() );
11300                 return false;
11301             }
11302             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11303             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11304             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11305                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11306                 System.out.println( acc.toString() );
11307                 return false;
11308             }
11309             n.setName( "GI:94894583" );
11310             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11311             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11312                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11313                 System.out.println( acc.toString() );
11314                 return false;
11315             }
11316             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11317             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11318             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11319                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
11320                 System.out.println( acc.toString() );
11321                 return false;
11322             }
11323             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11324             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11325             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11326                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
11327                 System.out.println( acc.toString() );
11328                 return false;
11329             }
11330         }
11331         catch ( final Exception e ) {
11332             return false;
11333         }
11334         return true;
11335     }
11336
11337     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11338         try {
11339             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11340             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11341             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11342                 return false;
11343             }
11344             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11345                 return false;
11346             }
11347             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11348                 return false;
11349             }
11350             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11351                 return false;
11352             }
11353             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11354             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11355             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11356                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11357                 return false;
11358             }
11359             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11360                 return false;
11361             }
11362             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11363                 return false;
11364             }
11365             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11366                 return false;
11367             }
11368             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11369             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11370             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11371                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11372                 return false;
11373             }
11374             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11375                 return false;
11376             }
11377             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11378                 return false;
11379             }
11380             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11381                 return false;
11382             }
11383         }
11384         catch ( final IOException e ) {
11385             System.out.println();
11386             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11387             e.printStackTrace( System.out );
11388             return true;
11389         }
11390         catch ( final Exception e ) {
11391             e.printStackTrace();
11392             return false;
11393         }
11394         return true;
11395     }
11396
11397     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11398         try {
11399             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11400             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11401                 System.out.println( entry.getAccession() );
11402                 return false;
11403             }
11404             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11405                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11406                 return false;
11407             }
11408             if ( !entry.getSequenceName()
11409                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11410                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11411                 return false;
11412             }
11413             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11414             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11415             //     return false;
11416             // }
11417             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11418                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11419                 return false;
11420             }
11421             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11422                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11423                 return false;
11424             }
11425             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11426                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11427                 return false;
11428             }
11429             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11430                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11431                 return false;
11432             }
11433             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11434                 return false;
11435             }
11436             //
11437             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11438             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11439                 return false;
11440             }
11441             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11442                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11443                 return false;
11444             }
11445             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11446                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11447                 return false;
11448             }
11449             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11450                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11451                 return false;
11452             }
11453             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11454                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11455                 return false;
11456             }
11457             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11458                 return false;
11459             }
11460             //
11461             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11462             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11463                 return false;
11464             }
11465             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11466                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11467                 return false;
11468             }
11469             if ( !entry2.getSequenceName()
11470                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11471                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11472                 return false;
11473             }
11474             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11475                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11476                 return false;
11477             }
11478             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11479                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11480                 return false;
11481             }
11482             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11483                 return false;
11484             }
11485             //
11486             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11487             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11488                 return false;
11489             }
11490             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11491                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11492                 return false;
11493             }
11494             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11495                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11496                 return false;
11497             }
11498             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11499                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11500                 return false;
11501             }
11502             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11503                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11504                 return false;
11505             }
11506             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11507                 return false;
11508             }
11509             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11510                 return false;
11511             }
11512             //
11513             //
11514             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11515             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11516                 return false;
11517             }
11518             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11519                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11520                 return false;
11521             }
11522             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11523                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11524                 return false;
11525             }
11526             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11527                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11528                 return false;
11529             }
11530             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11531                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11532                 return false;
11533             }
11534             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11535             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
11536             //     return false;
11537             // }
11538             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11539             //     System.out.println( entry4.getMap() );
11540             //     return false;
11541             // }
11542             //TODO FIXME gi...
11543             //
11544             //TODO fails:
11545             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11546             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11547             //                return false;
11548             //            }
11549             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
11550             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
11551                 return false;
11552             }
11553             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
11554                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
11555                 return false;
11556             }
11557             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
11558                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
11559                 return false;
11560             }
11561             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
11562                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
11563                 return false;
11564             }
11565         }
11566         catch ( final IOException e ) {
11567             System.out.println();
11568             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11569             e.printStackTrace( System.out );
11570             return true;
11571         }
11572         catch ( final Exception e ) {
11573             e.printStackTrace();
11574             return false;
11575         }
11576         return true;
11577     }
11578
11579     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11580         try {
11581             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11582             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11583                 return false;
11584             }
11585             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11586                 return false;
11587             }
11588             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11589                 return false;
11590             }
11591             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11592                 return false;
11593             }
11594             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11595                 return false;
11596             }
11597             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11598                 return false;
11599             }
11600         }
11601         catch ( final IOException e ) {
11602             System.out.println();
11603             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11604             e.printStackTrace( System.out );
11605             return true;
11606         }
11607         catch ( final Exception e ) {
11608             return false;
11609         }
11610         return true;
11611     }
11612
11613     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11614         try {
11615             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11616                                                                                                  10 );
11617             if ( results.size() != 1 ) {
11618                 return false;
11619             }
11620             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11621                 return false;
11622             }
11623             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11624                 return false;
11625             }
11626             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11627                 return false;
11628             }
11629             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11630                 return false;
11631             }
11632             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11633                 return false;
11634             }
11635             results = null;
11636             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11637             if ( results.size() != 1 ) {
11638                 return false;
11639             }
11640             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11641                 return false;
11642             }
11643             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11644                 return false;
11645             }
11646             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11647                 return false;
11648             }
11649             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11650                 return false;
11651             }
11652             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11653                 return false;
11654             }
11655             results = null;
11656             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11657             if ( results.size() != 1 ) {
11658                 return false;
11659             }
11660             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11661                 return false;
11662             }
11663             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11664                 return false;
11665             }
11666             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11667                 return false;
11668             }
11669             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11670                 return false;
11671             }
11672             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11673                 return false;
11674             }
11675             results = null;
11676             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11677             if ( results.size() != 1 ) {
11678                 return false;
11679             }
11680             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11681                 return false;
11682             }
11683             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11684                 return false;
11685             }
11686             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11687                 return false;
11688             }
11689             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11690                 return false;
11691             }
11692             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11693                 return false;
11694             }
11695             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11696                 return false;
11697             }
11698             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11699                 return false;
11700             }
11701             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11702                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11703                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11704                 return false;
11705             }
11706             //
11707             results = null;
11708             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11709             if ( results.size() != 1 ) {
11710                 return false;
11711             }
11712             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11713                 return false;
11714             }
11715             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11716                 return false;
11717             }
11718             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11719                 return false;
11720             }
11721             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11722                 return false;
11723             }
11724             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11725                 return false;
11726             }
11727             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11728                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11729                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11730                 return false;
11731             }
11732             //
11733             results = null;
11734             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11735             if ( results.size() != 1 ) {
11736                 return false;
11737             }
11738             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11739                 return false;
11740             }
11741             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11742                 return false;
11743             }
11744             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11745                 return false;
11746             }
11747             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11748                 return false;
11749             }
11750             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11751                 return false;
11752             }
11753             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11754                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11755                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11756                 return false;
11757             }
11758             //
11759             results = null;
11760             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11761             if ( results.size() != 1 ) {
11762                 return false;
11763             }
11764             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11765                 return false;
11766             }
11767             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11768                 return false;
11769             }
11770             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11771                 return false;
11772             }
11773             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11774                 return false;
11775             }
11776             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11777                 return false;
11778             }
11779             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11780                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11781                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11782                 return false;
11783             }
11784         }
11785         catch ( final IOException e ) {
11786             System.out.println();
11787             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11788             e.printStackTrace( System.out );
11789             return true;
11790         }
11791         catch ( final Exception e ) {
11792             return false;
11793         }
11794         return true;
11795     }
11796
11797     private static boolean testWabiTxSearch() {
11798         try {
11799             String result = "";
11800             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11801             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11802             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11803                 return false;
11804             }
11805             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11806             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11807                 return false;
11808             }
11809             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11810             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11811                 return false;
11812             }
11813             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11814             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11815                 return false;
11816             }
11817             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11818             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11819                 return false;
11820             }
11821             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11822             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11823                 return false;
11824             }
11825             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11826             queries.add( "Campylobacter coli" );
11827             queries.add( "Escherichia coli" );
11828             queries.add( "Arabidopsis" );
11829             queries.add( "Trichoplax" );
11830             queries.add( "Samanea saman" );
11831             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11832             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11833             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11834             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11835             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11836             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11837             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11838             ranks.add( RANKS.GENUS );
11839             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11840             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11841             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11842             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11843         }
11844         catch ( final Exception e ) {
11845             System.out.println();
11846             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11847             e.printStackTrace( System.out );
11848             return false;
11849         }
11850         return true;
11851     }
11852 }