forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 103 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 105 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 109
 110 @SuppressWarnings( "unused")
 111 public final class Test {
 112
 113     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 114     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 115                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 117     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 118                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 120     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 121     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 122                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 124     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 125                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 127
 128     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 129         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 130         return p;
 131     }
 132
 133     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 134         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 135         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 136     }
 137
 138     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 139         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 140     }
 141
 142     public static void main( final String[] args ) {
 143         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 144         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 145                 + "]" );
 146         Locale.setDefault( Locale.US );
 147         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 148         int failed = 0;
 149         int succeeded = 0;
 150         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 151         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 152             System.out.println( "OK.]" );
 153         }
 154         else {
 155             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 156             System.out.println( "Testing aborted." );
 157             System.exit( -1 );
 158         }
 159         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 160         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 161             System.out.println( "OK.]" );
 162         }
 163         else {
 164             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 165             System.out.println( "Testing aborted." );
 166             System.exit( -1 );
 167         }
 168         final long start_time = new Date().getTime();
 169         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 170         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 171             System.out.println( "OK." );
 172             succeeded++;
 173         }
 174         else {
 175             System.out.println( "failed." );
 176             failed++;
 177         }
 178         System.out.print( "Basic node methods: " );
 179         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 180             System.out.println( "OK." );
 181             succeeded++;
 182         }
 183         else {
 184             System.out.println( "failed." );
 185             failed++;
 186         }
 187         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 188         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 189             System.out.println( "OK." );
 190             succeeded++;
 191         }
 192         else {
 193             System.out.println( "failed." );
 194             failed++;
 195         }
 196         System.out.print( "NH parsing: " );
 197         if ( Test.testNHParsing() ) {
 198             System.out.println( "OK." );
 199             succeeded++;
 200         }
 201         else {
 202             System.out.println( "failed." );
 203             failed++;
 204         }
 205         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 206         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 207             System.out.println( "OK." );
 208             succeeded++;
 209         }
 210         else {
 211             System.out.println( "failed." );
 212             failed++;
 213         }
 214         System.out.print( "NHX parsing: " );
 215         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 216             System.out.println( "OK." );
 217             succeeded++;
 218         }
 219         else {
 220             System.out.println( "failed." );
 221             failed++;
 222         }
 223         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 224         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 225             System.out.println( "OK." );
 226             succeeded++;
 227         }
 228         else {
 229             System.out.println( "failed." );
 230             failed++;
 231         }
 232         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 233         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 234             System.out.println( "OK." );
 235             succeeded++;
 236         }
 237         else {
 238             System.out.println( "failed." );
 239             failed++;
 240         }
 241         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 242         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 243             System.out.println( "OK." );
 244             succeeded++;
 245         }
 246         else {
 247             System.out.println( "failed." );
 248             failed++;
 249         }
 250         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 251         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 252             System.out.println( "OK." );
 253             succeeded++;
 254         }
 255         else {
 256             System.out.println( "failed." );
 257             failed++;
 258         }
 259         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 260         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 261             System.out.println( "OK." );
 262             succeeded++;
 263         }
 264         else {
 265             System.out.println( "failed." );
 266             failed++;
 267         }
 268         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 269         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 270             System.out.println( "OK." );
 271             succeeded++;
 272         }
 273         else {
 274             System.out.println( "failed." );
 275             failed++;
 276         }
 277         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 278         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 279             System.out.println( "OK." );
 280             succeeded++;
 281         }
 282         else {
 283             System.out.println( "failed." );
 284             failed++;
 285         }
 286         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 287         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 288             System.out.println( "OK." );
 289             succeeded++;
 290         }
 291         else {
 292             System.out.println( "failed." );
 293             failed++;
 294         }
 295         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 296         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 297             System.out.println( "OK." );
 298             succeeded++;
 299         }
 300         else {
 301             System.out.println( "failed." );
 302             failed++;
 303         }
 304         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 305         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 306             System.out.println( "OK." );
 307             succeeded++;
 308         }
 309         else {
 310             System.out.println( "failed." );
 311             failed++;
 312         }
 313         System.out.print( "Copying of node data: " );
 314         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 315             System.out.println( "OK." );
 316             succeeded++;
 317         }
 318         else {
 319             System.out.println( "failed." );
 320             failed++;
 321         }
 322         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 323         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 324             System.out.println( "OK." );
 325             succeeded++;
 326         }
 327         else {
 328             System.out.println( "failed." );
 329             failed++;
 330         }
 331         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 332         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 333             System.out.println( "OK." );
 334             succeeded++;
 335         }
 336         else {
 337             System.out.println( "failed." );
 338             failed++;
 339         }
 340         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 341         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 342             System.out.println( "OK." );
 343             succeeded++;
 344         }
 345         else {
 346             System.out.println( "failed." );
 347             failed++;
 348         }
 349         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 350         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 351             System.out.println( "OK." );
 352             succeeded++;
 353         }
 354         else {
 355             System.out.println( "failed." );
 356             failed++;
 357         }
 358         System.out.print( "Re-id methods: " );
 359         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 360             System.out.println( "OK." );
 361             succeeded++;
 362         }
 363         else {
 364             System.out.println( "failed." );
 365             failed++;
 366         }
 367         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 368         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 369             System.out.println( "OK." );
 370             succeeded++;
 371         }
 372         else {
 373             System.out.println( "failed." );
 374             failed++;
 375         }
 376         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 377         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 378             System.out.println( "OK." );
 379             succeeded++;
 380         }
 381         else {
 382             System.out.println( "failed." );
 383             failed++;
 384         }
 385         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 386         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 387             System.out.println( "OK." );
 388             succeeded++;
 389         }
 390         else {
 391             System.out.println( "failed." );
 392             failed++;
 393         }
 394         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 395         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 396             System.out.println( "OK." );
 397             succeeded++;
 398         }
 399         else {
 400             System.out.println( "failed." );
 401             failed++;
 402         }
 403         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 404         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 405             System.out.println( "OK." );
 406             succeeded++;
 407         }
 408         else {
 409             System.out.println( "failed." );
 410             failed++;
 411         }
 412         System.out.print( "Rerooting: " );
 413         if ( Test.testRerooting() ) {
 414             System.out.println( "OK." );
 415             succeeded++;
 416         }
 417         else {
 418             System.out.println( "failed." );
 419             failed++;
 420         }
 421         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 422         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 423             System.out.println( "OK." );
 424             succeeded++;
 425         }
 426         else {
 427             System.out.println( "failed." );
 428             failed++;
 429         }
 430         System.out.print( "Support count: " );
 431         if ( Test.testSupportCount() ) {
 432             System.out.println( "OK." );
 433             succeeded++;
 434         }
 435         else {
 436             System.out.println( "failed." );
 437             failed++;
 438         }
 439         System.out.print( "Support transfer: " );
 440         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 441             System.out.println( "OK." );
 442             succeeded++;
 443         }
 444         else {
 445             System.out.println( "failed." );
 446             failed++;
 447         }
 448         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 449         if ( Test.testGetLCA() ) {
 450             System.out.println( "OK." );
 451             succeeded++;
 452         }
 453         else {
 454             System.out.println( "failed." );
 455             failed++;
 456         }
 457         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 458         if ( Test.testGetDistance() ) {
 459             System.out.println( "OK." );
 460             succeeded++;
 461         }
 462         else {
 463             System.out.println( "failed." );
 464             failed++;
 465         }
 466         System.out.print( "SDIse: " );
 467         if ( Test.testSDIse() ) {
 468             System.out.println( "OK." );
 469             succeeded++;
 470         }
 471         else {
 472             System.out.println( "failed." );
 473             failed++;
 474         }
 475         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 476         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 477             System.out.println( "OK." );
 478             succeeded++;
 479         }
 480         else {
 481             System.out.println( "failed." );
 482             failed++;
 483         }
 484         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 485         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 486             System.out.println( "OK." );
 487             succeeded++;
 488         }
 489         else {
 490             System.out.println( "failed." );
 491             failed++;
 492         }
 493         System.out.print( "GSDI: " );
 494         if ( TestGSDI.test() ) {
 495             System.out.println( "OK." );
 496             succeeded++;
 497         }
 498         else {
 499             System.out.println( "failed." );
 500             failed++;
 501         }
 502         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 503         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 504             System.out.println( "OK." );
 505             succeeded++;
 506         }
 507         else {
 508             System.out.println( "failed." );
 509             failed++;
 510         }
 511         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 512         if ( Test.testDataObjects() ) {
 513             System.out.println( "OK." );
 514             succeeded++;
 515         }
 516         else {
 517             System.out.println( "failed." );
 518             failed++;
 519         }
 520         System.out.print( "Properties map: " );
 521         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 522             System.out.println( "OK." );
 523             succeeded++;
 524         }
 525         else {
 526             System.out.println( "failed." );
 527             failed++;
 528         }
 529         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 530         System.out.println();
 531         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 532             System.out.println( "OK." );
 533             succeeded++;
 534         }
 535         else {
 536             System.out.println( "failed." );
 537             failed++;
 538         }
 539         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 540         System.out.println();
 541         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 542             System.out.println( "OK." );
 543             succeeded++;
 544         }
 545         else {
 546             System.out.println( "failed." );
 547             failed++;
 548         }
 549         System.out.print( "GO: " );
 550         System.out.println();
 551         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 552             System.out.println( "OK." );
 553             succeeded++;
 554         }
 555         else {
 556             System.out.println( "failed." );
 557             failed++;
 558         }
 559         System.out.print( "Modeling tools: " );
 560         if ( TestPccx.test() ) {
 561             System.out.println( "OK." );
 562             succeeded++;
 563         }
 564         else {
 565             System.out.println( "failed." );
 566             failed++;
 567         }
 568         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 569         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 570             System.out.println( "OK." );
 571             succeeded++;
 572         }
 573         else {
 574             System.out.println( "failed." );
 575             failed++;
 576         }
 577         System.out.print( "Split Matrix: " );
 578         if ( Test.testSplit() ) {
 579             System.out.println( "OK." );
 580             succeeded++;
 581         }
 582         else {
 583             System.out.println( "failed." );
 584             failed++;
 585         }
 586         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 587         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 588             System.out.println( "OK." );
 589             succeeded++;
 590         }
 591         else {
 592             System.out.println( "failed." );
 593             failed++;
 594         }
 595         System.out.print( "Basic table: " );
 596         if ( Test.testBasicTable() ) {
 597             System.out.println( "OK." );
 598             succeeded++;
 599         }
 600         else {
 601             System.out.println( "failed." );
 602             failed++;
 603         }
 604         System.out.print( "General table: " );
 605         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 606             System.out.println( "OK." );
 607             succeeded++;
 608         }
 609         else {
 610             System.out.println( "failed." );
 611             failed++;
 612         }
 613         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 614         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 615             System.out.println( "OK." );
 616             succeeded++;
 617         }
 618         else {
 619             System.out.println( "failed." );
 620             failed++;
 621         }
 622         System.out.print( "General MSA parser: " );
 623         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 624             System.out.println( "OK." );
 625             succeeded++;
 626         }
 627         else {
 628             System.out.println( "failed." );
 629             failed++;
 630         }
 631         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 632         if ( Test.testFastaParser() ) {
 633             System.out.println( "OK." );
 634             succeeded++;
 635         }
 636         else {
 637             System.out.println( "failed." );
 638             failed++;
 639         }
 640         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 641         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 642             System.out.println( "OK." );
 643             succeeded++;
 644         }
 645         else {
 646             System.out.println( "failed." );
 647             failed++;
 648         }
 649         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 650         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 651             System.out.println( "OK." );
 652             succeeded++;
 653         }
 654         else {
 655             System.out.println( "failed." );
 656             failed++;
 657         }
 658         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 659         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 660             System.out.println( "OK." );
 661             succeeded++;
 662         }
 663         else {
 664             System.out.println( "failed." );
 665             failed++;
 666         }
 667         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 668             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 669             if ( Test.testMafft() ) {
 670                 System.out.println( "OK." );
 671                 succeeded++;
 672             }
 673             else {
 674                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 675             }
 676         }
 677         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 678         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 679         //            System.out.println( "OK." );
 680         //            succeeded++;
 681         //        }
 682         //        else {
 683         //            System.out
 684         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 685         //        }
 686         System.out.println();
 687         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 688         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 689         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 690         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 691                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 692         System.out.println();
 693         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 694         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 695         System.out.println();
 696         if ( failed < 1 ) {
 697             System.out.println( "OK." );
 698         }
 699         else {
 700             System.out.println( "Not OK." );
 701         }
 702         // System.out.println();
 703         // Development.setTime( true );
 704         //try {
 705         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 706         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 707         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 708         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 709         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 710         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 711         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 712         // NHXParser() )[ 0 ];
 713         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 714         // }
 715         // catch ( final Exception e ) {
 716         //     e.printStackTrace();
 717         // }
 718         // t1.getRoot().preorderPrint();
 719         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 720         // .getInstance();
 721         // try {
 722         //
 723         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 724         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 725         // factory.create(
 726         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 727         // new NHXParser() );
 728         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 729         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 730         // factory.create(
 731         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 732         // new NHXParser() );
 733         //
 734         //
 735         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 736         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 737         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 738         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 739         // factory.create(
 740         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 741         // new NHXParser() );
 742         // factory.create(
 743         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 744         // new NHXParser() );
 745         //
 746         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 747         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 748         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 749         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 750         //
 751         // factory.create(
 752         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 753         // new NHXParser() );
 754         // factory.create(
 755         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 756         // new NHXParser() );
 757         //
 758         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 759         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 760         // factory.create(
 761         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 762         // new NHXParser() );
 763         //
 764         // }
 765         // catch ( IOException e ) {
 766         // // TODO Auto-generated catch block
 767         // e.printStackTrace();
 768         // }
 769     }
 770
 771     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 772         try {
 773             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 774                 return false;
 775             }
 776             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 777             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 778             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 779             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 780             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 781                 return false;
 782             }
 783             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 784                 return false;
 785             }
 786             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 787                 return false;
 788             }
 789             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 790                 return false;
 791             }
 792             if ( !n3.isExternal() ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             if ( !n3.isRoot() ) {
 796                 return false;
 797             }
 798             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 799                 return false;
 800             }
 801         }
 802         catch ( final Exception e ) {
 803             e.printStackTrace( System.out );
 804             return false;
 805         }
 806         return true;
 807     }
 808
 809     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 810         try {
 811             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 812             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 813             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 814                                                               xml_parser );
 815             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 816                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 817                 return false;
 818             }
 819             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 820                 return false;
 821             }
 822             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 823             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 824             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 825             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 826             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 827                 return false;
 828             }
 829             if ( !t1.isRooted() ) {
 830                 return false;
 831             }
 832             if ( t1.isRerootable() ) {
 833                 return false;
 834             }
 835             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 845                 return false;
 846             }
 847             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 860                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 864                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 865                 return false;
 866             }
 867             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 892                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 905                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 909                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 913                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 917                     .equals( "experimental" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 921                     .equals( "function" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 925                     .getValue() != 1 ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 929                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 933                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 937                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 941                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 945                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 949                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 953                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 957                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 961                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 965                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 972                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
 979             //     return false;
 980             //}
 981             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
 982             //                return false;
 983             //            }
 984             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
 985             //                return false;
 986             //            }
 987             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
 988             //                return false;
 989             //            }
 990             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
 991             //                return false;
 992             //            }
 993             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
 994             //                return false;
 995             //            }
 996             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
 997             //                return false;
 998             //            }
 999             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1000             //                return false;
1001             //            }
1002             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1003             //                return false;
1004             //            }
1005             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1006             //                    .equals( "B" ) ) {
1007             //                return false;
1008             //            }
1009             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1010             //                return false;
1011             //            }
1012             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1013             //                return false;
1014             //            }
1015             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1016             //                return false;
1017             //            }
1018             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1019             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1020             //                return false;
1021             //            }
1022             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1023             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1024             //                return false;
1025             //            }
1026             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1027             //                return false;
1028             //            }
1029             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1030             //                return false;
1031             //            }
1032             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1033             //                return false;
1034             //            }
1035             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1039             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1040             //                ;
1041             //                return false;
1042             //            }
1043             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1044             //                return false;
1045             //            }
1046             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1047             //                return false;
1048             //            }
1049             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1050             //                return false;
1051             //            }
1052             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1053             //                return false;
1054             //            }
1055             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1056             //                return false;
1057             //            }
1058             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1059             //                return false;
1060             //            }
1061             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1062             //                return false;
1063             //            }
1064             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1065             //                                                              xml_parser );
1066             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1067             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1074             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1075             //                return false;
1076             //            }
1077             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1078             //                return false;
1079             //            }
1080             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1081             //                return false;
1082             //            }
1083             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1084             //                return false;
1085             //            }
1086         }
1087         catch ( final Exception e ) {
1088             e.printStackTrace( System.out );
1089             return false;
1090         }
1091         return true;
1092     }
1093
1094     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1095         try {
1096             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1097             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1098             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1099                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1100             }
1101             else {
1102                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1103             }
1104             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1105                                                               xml_parser );
1106             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1107                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1108                 return false;
1109             }
1110             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1111                 return false;
1112             }
1113             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1114             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1115             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1119             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1126                 return false;
1127             }
1128             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1129                 return false;
1130             }
1131             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1132             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1133             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1134             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1135                 return false;
1136             }
1137             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1147                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1148                 return false;
1149             }
1150             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1151                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1155             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1156             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1157             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1158             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1159                 return false;
1160             }
1161             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1162             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1166                 return false;
1167             }
1168             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1169                 return false;
1170             }
1171             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1172                 return false;
1173             }
1174             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1178                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1188                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1192                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1193                 return false;
1194             }
1195             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1196                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1200                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1204                     .equals( "experimental" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1208                     .equals( "function" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1212                     .getValue() != 1 ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1216                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1220                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1224                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1228                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1232                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1236                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1240                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1244                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1248                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1252                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1259                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1263                 return false;
1264             }
1265             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1266                 return false;
1267             }
1268             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1269                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1270                 return false;
1271             }
1272             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1285                     .equals( "ncbi" ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1292                     .getName().equals( "B" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1296                     .getFrom() != 21 ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1303                     .getLength() != 24 ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1307                     .getConfidence() != 2144 ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1311                     .equals( "pfam" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1327             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1364                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1365                 ;
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             //
1390             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1394                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1401                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1408                 return false;
1409             }
1410             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1411                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414         }
1415         catch ( final Exception e ) {
1416             e.printStackTrace( System.out );
1417             return false;
1418         }
1419         return true;
1420     }
1421
1422     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1423         try {
1424             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1425             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1426             try {
1427                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1428             }
1429             catch ( final Exception e ) {
1430                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1431             }
1432             if ( xml_parser == null ) {
1433                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1434                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1435                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1436                 }
1437                 else {
1438                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1439                 }
1440             }
1441             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1442                                                               xml_parser );
1443             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1444                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1451             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1452             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1453             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1454             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1455                 return false;
1456             }
1457             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1464                 return false;
1465             }
1466             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1476             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1477             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1478                 System.out.println( "errors:" );
1479                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1486                                                               xml_parser );
1487             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1488                 System.out.println( "errors:" );
1489                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1499                                                               xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1508             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1512                 return false;
1513             }
1514             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1515                 return false;
1516             }
1517             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1521                                                               xml_parser );
1522             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1523                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1530             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1531                 return false;
1532             }
1533             s.getNode( "first" );
1534             s.getNode( "<>" );
1535             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1536             s.getNode( "'''\"" );
1537             s.getNode( "\"\"\"" );
1538             s.getNode( "dick & doof" );
1539         }
1540         catch ( final Exception e ) {
1541             e.printStackTrace( System.out );
1542             return false;
1543         }
1544         return true;
1545     }
1546
1547     private static boolean testBasicTable() {
1548         try {
1549             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1550             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1551                 return false;
1552             }
1553             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1557             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1558             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1559             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1560             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1561             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1562             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1563             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1564             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1565                 return false;
1566             }
1567             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1571                 return false;
1572             }
1573             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1595             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1596             source.append( "" + l );
1597             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1598             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1599             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1600             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1601             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1602             source.append( "40 41 42 43" + l );
1603             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1604             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1605             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1606             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1625             source1.append( "" + l );
1626             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1627             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1628             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1629             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1630             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1631             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1632             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1633             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1634             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1635             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1660             source2.append( "" + l );
1661             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1662             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1663             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1664             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1665             source2.append( "                     " + l );
1666             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1667             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1668             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1669             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1670             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1671                                                                         ";",
1672                                                                         false,
1673                                                                         "comment:",
1674                                                                         false );
1675             if ( tl.size() != 2 ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1679             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1680             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1681                 return false;
1682             }
1683             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1687                 return false;
1688             }
1689             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1690                 return false;
1691             }
1692             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698         }
1699         catch ( final Exception e ) {
1700             e.printStackTrace( System.out );
1701             return false;
1702         }
1703         return true;
1704     }
1705
1706     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1707         try {
1708             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1709             final TolParser parser = new TolParser();
1710             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1711             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1712                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1713                 return false;
1714             }
1715             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1719             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !t1.isRooted() ) {
1723                 return false;
1724             }
1725             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1738             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1739                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1746             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t2.isRooted() ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1768                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1772             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1773                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1780             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1793             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1794                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1801             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1814             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1815                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1822             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834         }
1835         catch ( final Exception e ) {
1836             e.printStackTrace( System.out );
1837             return false;
1838         }
1839         return true;
1840     }
1841
1842     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1843         try {
1844             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1845             final Phylogeny t1 = factory.create();
1846             if ( !t1.isEmpty() ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1850             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1851                 return false;
1852             }
1853             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t2.isEmpty() ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1863             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1873             PhylogenyNodeIterator it;
1874             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1875                 it.next();
1876             }
1877             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1878                 it.next();
1879             }
1880             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1881             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1885                 return false;
1886             }
1887             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( it2.hasNext() ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1904             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1905             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1906                 return false;
1907             }
1908             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1909                 return false;
1910             }
1911             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1912             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1913             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1917             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1918             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1919                 return false;
1920             }
1921             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1922             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1923             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1924                 return false;
1925             }
1926             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             final char[] a9 = new char[] {};
1930             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1931             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1935             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1936             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1937                 return false;
1938             }
1939         }
1940         catch ( final Exception e ) {
1941             e.printStackTrace( System.out );
1942             return false;
1943         }
1944         return true;
1945     }
1946
1947     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1948         try {
1949             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1950             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1951             final Phylogeny[] ev0 = factory
1952                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1953                              new NHXParser() );
1954             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1955             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1956                 return false;
1957             }
1958             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1959                 return false;
1960             }
1961             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1962             final Phylogeny[] ev1 = factory
1963                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1964                              new NHXParser() );
1965             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1966             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1970                 return false;
1971             }
1972             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1973             final Phylogeny[] ev_b = factory
1974                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1975                              new NHXParser() );
1976             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1977             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
1978             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             //
1985             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1986             final Phylogeny[] ev1x = factory
1987                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1988                              new NHXParser() );
1989             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1990             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1997             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1998                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1999                              new NHXParser() );
2000             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2001             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             //
2008             final Phylogeny[] t2 = factory
2009                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2010                              new NHXParser() );
2011             final Phylogeny[] ev2 = factory
2012                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2013                              new NHXParser() );
2014             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2015                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2016             }
2017             //
2018             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2019                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2020             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2021             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2022             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2029                 return false;
2030             }
2031         }
2032         catch ( final Exception e ) {
2033             e.printStackTrace();
2034             return false;
2035         }
2036         return true;
2037     }
2038
2039     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2040         try {
2041             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2042             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2043             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2044                 return false;
2045             }
2046         }
2047         catch ( final Exception e ) {
2048             e.printStackTrace();
2049             return false;
2050         }
2051         return true;
2052     }
2053
2054     private static boolean testDataObjects() {
2055         try {
2056             final Confidence s0 = new Confidence();
2057             final Confidence s1 = new Confidence();
2058             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2059                 return false;
2060             }
2061             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2062             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2063             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2070             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             s3.asSimpleText();
2074             s3.asText();
2075             // Taxonomy
2076             // ----------
2077             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2078             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2079             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2080             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2081             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2082             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2083             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2084             t1.setScientificName( "E. coli" );
2085             t1.setCommonName( "coli" );
2086             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2087             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2091             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2092             t2.setScientificName( "what" );
2093             t2.setCommonName( "something" );
2094             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2095                 return false;
2096             }
2097             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2098             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             t1.setIdentifier( null );
2102             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2103             t3.setScientificName( "what" );
2104             t3.setCommonName( "something" );
2105             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             t1.setIdentifier( null );
2109             t1.setTaxonomyCode( "" );
2110             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2111             t4.setCommonName( "something" );
2112             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2116             t4.setCommonName( "something" );
2117             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             t1.setIdentifier( null );
2121             t1.setTaxonomyCode( "" );
2122             t1.setScientificName( "" );
2123             t5.setCommonName( "COLI" );
2124             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             t5.setCommonName( "vibrio" );
2128             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             // Identifier
2132             // ----------
2133             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2134             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2135             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2142                 return false;
2143             }
2144             id1.asSimpleText();
2145             id1.asText();
2146             // ProteinDomain
2147             // ---------------
2148             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2149             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2150             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             pd1.asSimpleText();
2157             pd1.asText();
2158             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2159             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2160             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2161                 return false;
2162             }
2163             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2164                 return false;
2165             }
2166             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2167                 return false;
2168             }
2169             pd3.asSimpleText();
2170             pd3.asText();
2171             // DomainArchitecture
2172             // ------------------
2173             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2174             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2175             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2176             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2177             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2178             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2179             domains0.add( d2 );
2180             domains0.add( d0 );
2181             domains0.add( d3 );
2182             domains0.add( d1 );
2183             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2184             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2188             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2192                 return false;
2193             }
2194             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2198             domains1.add( d1 );
2199             domains1.add( d2 );
2200             domains1.add( d4 );
2201             domains1.add( d0 );
2202             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2203             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2204                 return false;
2205             }
2206             ds1.asSimpleText();
2207             ds1.asText();
2208             ds1.toNHX();
2209             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2210             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2211                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2212                 return false;
2213             }
2214             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             // Event
2218             // -----
2219             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2220             if ( e1.isDuplication() ) {
2221                 return false;
2222             }
2223             if ( !e1.isFusion() ) {
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2233             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2240             if ( e2.isDuplication() ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2244                 return false;
2245             }
2246             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2247                 return false;
2248             }
2249             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2250                 return false;
2251             }
2252             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2259             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2263             if ( e3.isDuplication() ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( e3.isSpeciation() ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2270                 return false;
2271             }
2272             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2273                 return false;
2274             }
2275             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2276             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2277             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             e3 = null;
2281             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2285             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2292             e4 = null;
2293             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2294             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             final Event e5 = new Event();
2301             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2311             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2318             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2325             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2329                 return false;
2330             }
2331         }
2332         catch ( final Exception e ) {
2333             e.printStackTrace( System.out );
2334             return false;
2335         }
2336         return true;
2337     }
2338
2339     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2340         try {
2341             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2342             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2343             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2344             if ( t0.isEmpty() ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2351             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( !t0.isEmpty() ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2358             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2362             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2369             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2373             if ( !t1.isEmpty() ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2377             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2381             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t2.toNewHampshireX();
2385             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2386             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2387                 return false;
2388             }
2389             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2390             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2394             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2398             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2402             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             n = t3.getNode( "A" );
2406             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             n = n.getNextExternalNode();
2410             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2414             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             n = t3.getNode( "C" );
2418             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2422             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2426             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2430             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2434             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2438             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2442             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2446             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             n = t4.getNode( "A" );
2450             n = n.getNextExternalNode();
2451             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             n = n.getNextExternalNode();
2455             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2459             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2463             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2464             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2465                 return false;
2466             }
2467             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2468             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2472             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2473             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2474                 return false;
2475             }
2476             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2477             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2481             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2482             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2486             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2490             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2491             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2495             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2499             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2500             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2504             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2508             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2509             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2513             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2517             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2518             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2522             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2526             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2530             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2535             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2543             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2547             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2551             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2555             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2559             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2563             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2567             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2571             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2575             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2579             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2583             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2587             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2591             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2592             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2596             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2600             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2601             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2602                 return false;
2603             }
2604             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2605             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2609             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2610             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2611                 return false;
2612             }
2613             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2614             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2618             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2622             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2626             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2630             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2631                 return false;
2632             }
2633         }
2634         catch ( final Exception e ) {
2635             e.printStackTrace( System.out );
2636             return false;
2637         }
2638         return true;
2639     }
2640
2641     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2642         try {
2643             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2644             dss1.addValue( 82 );
2645             dss1.addValue( 78 );
2646             dss1.addValue( 70 );
2647             dss1.addValue( 58 );
2648             dss1.addValue( 42 );
2649             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2653                 return false;
2654             }
2655             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2668                 return false;
2669             }
2670             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             dss1.addValue( 123 );
2686             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2687                 return false;
2688             }
2689             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2690                 return false;
2691             }
2692             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2696             dss2.addValue( -1.85 );
2697             dss2.addValue( 57.5 );
2698             dss2.addValue( 92.78 );
2699             dss2.addValue( 57.78 );
2700             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2707             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             dss2.addValue( -100 );
2711             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             final double[] ds = new double[ 14 ];
2718             ds[ 0 ] = 34;
2719             ds[ 1 ] = 23;
2720             ds[ 2 ] = 1;
2721             ds[ 3 ] = 32;
2722             ds[ 4 ] = 11;
2723             ds[ 5 ] = 2;
2724             ds[ 6 ] = 12;
2725             ds[ 7 ] = 33;
2726             ds[ 8 ] = 13;
2727             ds[ 9 ] = 22;
2728             ds[ 10 ] = 21;
2729             ds[ 11 ] = 35;
2730             ds[ 12 ] = 24;
2731             ds[ 13 ] = 31;
2732             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2733             if ( bins.length != 4 ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2740                 return false;
2741             }
2742             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2743                 return false;
2744             }
2745             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2749             ds1[ 0 ] = 10.0;
2750             ds1[ 1 ] = 19.0;
2751             ds1[ 2 ] = 9.999;
2752             ds1[ 3 ] = 0.0;
2753             ds1[ 4 ] = 39.9;
2754             ds1[ 5 ] = 39.999;
2755             ds1[ 6 ] = 30.0;
2756             ds1[ 7 ] = 19.999;
2757             ds1[ 8 ] = 30.1;
2758             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2759             if ( bins1.length != 4 ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2763                 return false;
2764             }
2765             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2766                 return false;
2767             }
2768             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2775             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2776                 return false;
2777             }
2778             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2785                 return false;
2786             }
2787             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2788             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2792                 return false;
2793             }
2794             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2795                 return false;
2796             }
2797             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2798                 return false;
2799             }
2800             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2801             dss3.addValue( 1 );
2802             dss3.addValue( 1 );
2803             dss3.addValue( 1 );
2804             dss3.addValue( 2 );
2805             dss3.addValue( 3 );
2806             dss3.addValue( 4 );
2807             dss3.addValue( 5 );
2808             dss3.addValue( 5 );
2809             dss3.addValue( 5 );
2810             dss3.addValue( 6 );
2811             dss3.addValue( 7 );
2812             dss3.addValue( 8 );
2813             dss3.addValue( 9 );
2814             dss3.addValue( 10 );
2815             dss3.addValue( 10 );
2816             dss3.addValue( 10 );
2817             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2818             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2819             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2820         }
2821         catch ( final Exception e ) {
2822             e.printStackTrace( System.out );
2823             return false;
2824         }
2825         return true;
2826     }
2827
2828     private static boolean testDir( final String file ) {
2829         try {
2830             final File f = new File( file );
2831             if ( !f.exists() ) {
2832                 return false;
2833             }
2834             if ( !f.isDirectory() ) {
2835                 return false;
2836             }
2837             if ( !f.canRead() ) {
2838                 return false;
2839             }
2840         }
2841         catch ( final Exception e ) {
2842             return false;
2843         }
2844         return true;
2845     }
2846
2847     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2848         try {
2849             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2850             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2851             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2852             n = n.getNextExternalNode();
2853             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2854                 return false;
2855             }
2856             n = n.getNextExternalNode();
2857             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             n = n.getNextExternalNode();
2861             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             n = t1.getNode( "B" );
2865             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2866                 n = n.getNextExternalNode();
2867             }
2868             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2869             n = t2.getNode( "A" );
2870             n = n.getNextExternalNode();
2871             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2872                 return false;
2873             }
2874             n = n.getNextExternalNode();
2875             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n = n.getNextExternalNode();
2879             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n = t2.getNode( "B" );
2883             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2884                 n = n.getNextExternalNode();
2885             }
2886             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2887             n = t3.getNode( "A" );
2888             n = n.getNextExternalNode();
2889             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2890                 return false;
2891             }
2892             n = n.getNextExternalNode();
2893             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = t3.getNode( "B" );
2917             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2918                 n = n.getNextExternalNode();
2919             }
2920             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2921             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2922                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2923             }
2924             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2925             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2926                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2927             }
2928         }
2929         catch ( final Exception e ) {
2930             e.printStackTrace( System.out );
2931             return false;
2932         }
2933         return true;
2934     }
2935
2936     private static boolean testGeneralTable() {
2937         try {
2938             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2939             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2940             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2941             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2942             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2943             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2944             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2945             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2946             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2947             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2948                 return false;
2949             }
2950             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2951                 return false;
2952             }
2953             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2957                 return false;
2958             }
2959             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2975             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2976             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2977             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2978             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2979             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2980             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2981             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2982             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2983             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2984             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2985                 return false;
2986             }
2987             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014         }
3015         catch ( final Exception e ) {
3016             e.printStackTrace( System.out );
3017             return false;
3018         }
3019         return true;
3020     }
3021
3022     private static boolean testGetDistance() {
3023         try {
3024             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3025             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3026                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3027             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3028             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3122                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3123             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156         }
3157         catch ( final Exception e ) {
3158             e.printStackTrace( System.out );
3159             return false;
3160         }
3161         return true;
3162     }
3163
3164     private static boolean testGetLCA() {
3165         try {
3166             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3167             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3168                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3169             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3170             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3171             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3175             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3176                 return false;
3177             }
3178             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3179             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3183             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3187             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3191             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3195             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3199             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3203             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3207             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3211             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3215             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3219             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3223             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3227             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3231             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3235             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3239             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3243             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3247             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3251             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3255             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3259             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3263             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3264             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3268             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3272             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3276             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3280             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3284             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3288             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3292             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final Phylogeny p3 = factory
3296                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3297                              new NHXParser() )[ 0 ];
3298             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3299             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3303             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3307             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3308                 return false;
3309             }
3310             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3311             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3315             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3319                 return false;
3320             }
3321             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3322             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3323                 return false;
3324             }
3325             if ( !al_3.isRoot() ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3329             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3336             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3343             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3347             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3348             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3352             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3353             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3357             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3358             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3362             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3363             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3364                 return false;
3365             }
3366         }
3367         catch ( final Exception e ) {
3368             e.printStackTrace( System.out );
3369             return false;
3370         }
3371         return true;
3372     }
3373
3374     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3375         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3376         try {
3377             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3378                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3379             parser1.parse();
3380             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3381                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3382             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3383             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3387                 return false;
3388             }
3389             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3390                 return false;
3391             }
3392             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3399             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3400                 return false;
3401             }
3402             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3403             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3413                 return false;
3414             }
3415             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433         }
3434         catch ( final Exception e ) {
3435             e.printStackTrace( System.out );
3436             return false;
3437         }
3438         return true;
3439     }
3440
3441     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3442         try {
3443             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3444             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3445             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3446             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3447             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3451             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3455             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3459             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3460                 return false;
3461             }
3462         }
3463         catch ( final Exception e ) {
3464             e.printStackTrace( System.out );
3465             return false;
3466         }
3467         return true;
3468     }
3469
3470     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3471         try {
3472             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3473             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3474             PhylogenyNodeIterator it0;
3475             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3476                 it0.next();
3477             }
3478             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3479                 it0.next();
3480             }
3481             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3482             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3492                 return false;
3493             }
3494             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             if ( it.hasNext() ) {
3504                 return false;
3505             }
3506             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3507                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3508             PhylogenyNodeIterator it2;
3509             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3510                 it2.next();
3511             }
3512             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3513                 it2.next();
3514             }
3515             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3516             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3517                 return false;
3518             }
3519             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3520                 return false;
3521             }
3522             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3523                 return false;
3524             }
3525             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( it3.hasNext() ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3595             PhylogenyNodeIterator it4;
3596             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3597                 it4.next();
3598             }
3599             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3600                 it4.next();
3601             }
3602             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3603             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3607                 return false;
3608             }
3609             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3610                 return false;
3611             }
3612             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3613                 return false;
3614             }
3615             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3619             PhylogenyNodeIterator it6;
3620             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3621                 it6.next();
3622             }
3623             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3624                 it6.next();
3625             }
3626             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3627             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             if ( it.hasNext() ) {
3631                 return false;
3632             }
3633         }
3634         catch ( final Exception e ) {
3635             e.printStackTrace( System.out );
3636             return false;
3637         }
3638         return true;
3639     }
3640
3641     private static boolean testMidpointrooting() {
3642         try {
3643             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3644             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3645                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3646             if ( !t1.isRooted() ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3650             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3654                 return false;
3655             }
3656             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3657                 return false;
3658             }
3659             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3660                 return false;
3661             }
3662             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3663                 return false;
3664             }
3665             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3666                 return false;
3667             }
3668             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3669             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3670             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3677                 return false;
3678             }
3679             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3680                 return false;
3681             }
3682             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688         }
3689         catch ( final Exception e ) {
3690             e.printStackTrace( System.out );
3691             return false;
3692         }
3693         return true;
3694     }
3695
3696     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3697         try {
3698             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3699             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3700             parser.parse();
3701             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3702             if ( labels.length != 7 ) {
3703                 return false;
3704             }
3705             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3727             parser.parse();
3728             labels = parser.getCharStateLabels();
3729             if ( labels.length != 7 ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753         }
3754         catch ( final Exception e ) {
3755             e.printStackTrace( System.out );
3756             return false;
3757         }
3758         return true;
3759     }
3760
3761     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3762         try {
3763             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3764             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3765             parser.parse();
3766             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3767             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             //            if ( labels.length != 7 ) {
3795             //                return false;
3796             //            }
3797             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3798             //                return false;
3799             //            }
3800             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3801             //                return false;
3802             //            }
3803             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3804             //                return false;
3805             //            }
3806             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3807             //                return false;
3808             //            }
3809             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3810             //                return false;
3811             //            }
3812             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3813             //                return false;
3814             //            }
3815             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3816             //                return false;
3817             //            }
3818             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3819             //            parser.parse();
3820             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3821             //            if ( labels.length != 7 ) {
3822             //                return false;
3823             //            }
3824             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3825             //                return false;
3826             //            }
3827             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3828             //                return false;
3829             //            }
3830             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3831             //                return false;
3832             //            }
3833             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3834             //                return false;
3835             //            }
3836             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3837             //                return false;
3838             //            }
3839             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3840             //                return false;
3841             //            }
3842             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3843             //                return false;
3844             //            }
3845         }
3846         catch ( final Exception e ) {
3847             e.printStackTrace( System.out );
3848             return false;
3849         }
3850         return true;
3851     }
3852
3853     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3854         try {
3855             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3856             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3857             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3858             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             phylogenies = null;
3868             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3869             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3870                 return false;
3871             }
3872             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             phylogenies = null;
3879             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3880             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3881                 return false;
3882             }
3883             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             phylogenies = null;
3893             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3894             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3895                 return false;
3896             }
3897             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3898                 return false;
3899             }
3900             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3901                 return false;
3902             }
3903             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4015                 return false;
4016             }
4017         }
4018         catch ( final Exception e ) {
4019             e.printStackTrace( System.out );
4020             return false;
4021         }
4022         return true;
4023     }
4024
4025     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4026         try {
4027             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4028             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4029             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4030             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4046                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             phylogenies = null;
4050             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4051             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4070                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4089                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4108                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             phylogenies = null;
4112             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4113             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4132                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4151                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4170                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173         }
4174         catch ( final Exception e ) {
4175             e.printStackTrace( System.out );
4176             return false;
4177         }
4178         return true;
4179     }
4180
4181     private static boolean testNHParsing() {
4182         try {
4183             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4184             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4185             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4189             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4190             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4191             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4192             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4196                 return false;
4197             }
4198             final Phylogeny p1b = factory
4199                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4200                              new NHXParser() )[ 0 ];
4201             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4202                 return false;
4203             }
4204             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4208             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4209             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4210             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4211             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4212             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4213             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4214             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4215             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4216             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4217             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4218                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4219                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4220                                                     new NHXParser() );
4221             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4234             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4235             final String p16_S = "((A,B),C)";
4236             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4237             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4238                 return false;
4239             }
4240             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4241             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4242             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4246             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4247             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4248                 return false;
4249             }
4250             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4251             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4252             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4253                 return false;
4254             }
4255             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4256             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4257             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4261             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4262             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4266             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4267             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4271             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4272             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4276             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4277             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4278                 return false;
4279             }
4280             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4281             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4282             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4283             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4290                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4291                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4292                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4293                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4294                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4295                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4296                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4297             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4298             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             final String p26_S = "(A,B)ab";
4302             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4303             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4307             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4308                                                     new NHXParser() );
4309             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4313             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4314             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4315             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4316             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4317                                                     new NHXParser() );
4318             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4331             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4332             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4333                 return false;
4334             }
4335             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4336             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4337             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4341             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4342             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             final String p33_S = "A";
4346             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4347             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4348                 return false;
4349             }
4350             final String p34_S = "B;";
4351             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4352             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             final String p35_S = "B:0.2";
4356             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4357             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             final String p36_S = "(A)";
4361             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4362             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             final String p37_S = "((A))";
4366             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4367             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4371             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4372             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4376             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4377             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             final String p40_S = "(A,B,C)";
4381             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4382             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4386             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4387             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4391             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4392             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4396             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4397             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4401             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4402             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4406             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4407             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4408                 return false;
4409             }
4410             final String p46_S = "";
4411             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4412             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4413                 return false;
4414             }
4415         }
4416         catch ( final Exception e ) {
4417             e.printStackTrace( System.out );
4418             return false;
4419         }
4420         return true;
4421     }
4422
4423     private static boolean testNHXconversion() {
4424         try {
4425             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4426             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4427             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4428             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4429             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4430             final PhylogenyNode n6 = new PhylogenyNode( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4431             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             if ( !n5.toNewHampshireX()
4444                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !n6.toNewHampshireX()
4448                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4449                 return false;
4450             }
4451         }
4452         catch ( final Exception e ) {
4453             e.printStackTrace( System.out );
4454             return false;
4455         }
4456         return true;
4457     }
4458
4459     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4460         try {
4461             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4462             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4463             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4464             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4465             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4466             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4470                 return false;
4471             }
4472             if ( n3.isDuplication() ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( !n5.isDuplication() ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             final PhylogenyNode n8 = new PhylogenyNode( "n8_ECOLI/12:0.01",
4512                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4513             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             final PhylogenyNode n9 = new PhylogenyNode( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4520                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4521             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             final PhylogenyNode n10 = new PhylogenyNode( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4528             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             final PhylogenyNode n20 = new PhylogenyNode( "n20_ECOLI/1-2",
4532                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4533             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             final PhylogenyNode n20x = new PhylogenyNode( "n20_ECOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4540             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             final PhylogenyNode n20xx = new PhylogenyNode( "n20_eCOL1/1-2",
4547                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4548             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4552                 return false;
4553             }
4554             final PhylogenyNode n20xxx = new PhylogenyNode( "n20_ecoli/1-2",
4555                                                             ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4556             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4557                 return false;
4558             }
4559             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4560                 return false;
4561             }
4562             final PhylogenyNode n20xxxx = new PhylogenyNode( "n20_Ecoli/1-2",
4563                                                              ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4564             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4565                 return false;
4566             }
4567             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             final PhylogenyNode n21 = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4571             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             final PhylogenyNode n21x = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4578             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode n22 = new PhylogenyNode( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4585             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             final PhylogenyNode n23 = new PhylogenyNode( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4592             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4599                 final PhylogenyNode a = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI/1-2",
4600                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4601                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4602                     return false;
4603                 }
4604                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4605                     return false;
4606                 }
4607                 final PhylogenyNode b = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI1/1-2",
4608                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4609                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4610                     return false;
4611                 }
4612                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4613                     return false;
4614                 }
4615                 final PhylogenyNode c = new PhylogenyNode( "n10_RATAF12/1000-2000",
4616                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4617                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4618                     return false;
4619                 }
4620                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4621                     return false;
4622                 }
4623                 final PhylogenyNode d = new PhylogenyNode( "n10_RAT1/1-2",
4624                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4625                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4626                     return false;
4627                 }
4628                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4629                     return false;
4630                 }
4631                 final PhylogenyNode e = new PhylogenyNode( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4632                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4633                     return false;
4634                 }
4635                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4636                     return false;
4637                 }
4638             }
4639             final PhylogenyNode n11 = new PhylogenyNode( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4640                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4641             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             final PhylogenyNode n12 = new PhylogenyNode( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4651                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4652             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4656                 return false;
4657             }
4658             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4662             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4663             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4664                 return false;
4665             }
4666             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4670                 return false;
4671             }
4672             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             final PhylogenyNode n00 = new PhylogenyNode( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4706             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             final PhylogenyNode nx = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4731             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             final PhylogenyNode nx2 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4735             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4736                 return false;
4737             }
4738             final PhylogenyNode n13 = new PhylogenyNode( "blah_12345/1-2",
4739                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4740             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             final PhylogenyNode n14 = new PhylogenyNode( "blah_12X45/1-2",
4747                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4748             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4749                 return false;
4750             }
4751             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             final PhylogenyNode n15 = new PhylogenyNode( "something_wicked[123]",
4755                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4756             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4763                 return false;
4764             }
4765             final PhylogenyNode n16 = new PhylogenyNode( "something_wicked2[9]",
4766                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4767             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4774                 return false;
4775             }
4776             final PhylogenyNode n17 = new PhylogenyNode( "something_wicked3[a]",
4777                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4778             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4779                 return false;
4780             }
4781             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             final PhylogenyNode n18 = new PhylogenyNode( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4785             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794         }
4795         catch ( final Exception e ) {
4796             e.printStackTrace( System.out );
4797             return false;
4798         }
4799         return true;
4800     }
4801
4802     private static boolean testNHXParsing() {
4803         try {
4804             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4805             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4806             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4807                 return false;
4808             }
4809             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4810             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4811             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4812                 return false;
4813             }
4814             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4815             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4816             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4817                 return false;
4818             }
4819             final Phylogeny[] p3 = factory
4820                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4821                              new NHXParser() );
4822             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             final Phylogeny[] p4 = factory
4826                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4827                              new NHXParser() );
4828             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final Phylogeny[] p5 = factory
4832                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4833                              new NHXParser() );
4834             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4838             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4839             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4840             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4844             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4845             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4846             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4850             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4851             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4852             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4856             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             final Phylogeny p10 = factory
4860                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4861                              new NHXParser() )[ 0 ];
4862             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865         }
4866         catch ( final Exception e ) {
4867             e.printStackTrace( System.out );
4868             return false;
4869         }
4870         return true;
4871     }
4872
4873     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4874         try {
4875             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4876             final NHXParser p = new NHXParser();
4877             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4878             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4882             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4886                 return false;
4887             }
4888             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4892                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4911             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4912             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4913             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4917             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4918             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4919             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4923             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4924             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4925             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4929             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4930             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4931             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             final Phylogeny p10 = factory
4935                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4936                              new NHXParser() )[ 0 ];
4937             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4938             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4942             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             //
4946             final Phylogeny p12 = factory
4947                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4948                              new NHXParser() )[ 0 ];
4949             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4950             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4954             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
4958             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4959                 return false;
4960             }
4961             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
4962             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965         }
4966         catch ( final Exception e ) {
4967             e.printStackTrace( System.out );
4968             return false;
4969         }
4970         return true;
4971     }
4972
4973     private static boolean testPhylogenyBranch() {
4974         try {
4975             final PhylogenyNode a1 = new PhylogenyNode( "a" );
4976             final PhylogenyNode b1 = new PhylogenyNode( "b" );
4977             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
4978             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
4979             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
4983                 return false;
4984             }
4985             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
4986                 return false;
4987             }
4988             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
4989             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
4990             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
4991             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
4998             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5005                 return false;
5006             }
5007         }
5008         catch ( final Exception e ) {
5009             e.printStackTrace( System.out );
5010             return false;
5011         }
5012         return true;
5013     }
5014
5015     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5016         try {
5017             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5018             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5019             try {
5020                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5021             }
5022             catch ( final Exception e ) {
5023                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5024             }
5025             if ( xml_parser == null ) {
5026                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5027                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5028                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5029                 }
5030                 else {
5031                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5032                 }
5033             }
5034             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5035                                                               xml_parser );
5036             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5037                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5038                 return false;
5039             }
5040             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5044             PhylogenyNode n = null;
5045             Distribution d = null;
5046             n = t1.getNode( "root node" );
5047             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5051                 return false;
5052             }
5053             d = n.getNodeData().getDistribution();
5054             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( d.getPolygons() != null ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             n = t1.getNode( "node a" );
5079             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5080                 return false;
5081             }
5082             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5083                 return false;
5084             }
5085             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5086             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( d.getPolygons() != null ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             n = t1.getNode( "node bb" );
5111             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5118             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5143             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5144                 return false;
5145             }
5146             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5150                 return false;
5151             }
5152             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5153                 return false;
5154             }
5155             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             p = d.getPolygons().get( 1 );
5165             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             // Roundtrip:
5178             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5179             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5180             if ( rt.length != 1 ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5184             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5185             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5186                 return false;
5187             }
5188             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             d = n.getNodeData().getDistribution();
5192             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             if ( d.getPolygons() != null ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5217             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5218                 return false;
5219             }
5220             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5224             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5225                 return false;
5226             }
5227             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5228                 return false;
5229             }
5230             if ( d.getPolygons() != null ) {
5231                 return false;
5232             }
5233             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5234                 return false;
5235             }
5236             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5243                 return false;
5244             }
5245             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5246                 return false;
5247             }
5248             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5249             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5253                 return false;
5254             }
5255             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5256             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5257                 return false;
5258             }
5259             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5260                 return false;
5261             }
5262             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             p = d.getPolygons().get( 0 );
5281             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             p = d.getPolygons().get( 1 );
5303             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5313                 return false;
5314             }
5315         }
5316         catch ( final Exception e ) {
5317             e.printStackTrace( System.out );
5318             return false;
5319         }
5320         return true;
5321     }
5322
5323     private static boolean testPostOrderIterator() {
5324         try {
5325             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5326             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5327             PhylogenyNodeIterator it0;
5328             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5329                 it0.next();
5330             }
5331             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5332                 it0.next();
5333             }
5334             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5335             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5336             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5343                 return false;
5344             }
5345             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( it.hasNext() ) {
5382                 return false;
5383             }
5384         }
5385         catch ( final Exception e ) {
5386             e.printStackTrace( System.out );
5387             return false;
5388         }
5389         return true;
5390     }
5391
5392     private static boolean testPreOrderIterator() {
5393         try {
5394             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5395             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5396             PhylogenyNodeIterator it0;
5397             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5398                 it0.next();
5399             }
5400             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5401                 it0.next();
5402             }
5403             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5404             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( it.hasNext() ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5429             it = t1.iteratorPreorder();
5430             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( it.hasNext() ) {
5476                 return false;
5477             }
5478         }
5479         catch ( final Exception e ) {
5480             e.printStackTrace( System.out );
5481             return false;
5482         }
5483         return true;
5484     }
5485
5486     private static boolean testPropertiesMap() {
5487         try {
5488             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5489             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5490             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5491             final Property p2 = new Property( "something:else",
5492                                               "?",
5493                                               "improbable:research",
5494                                               "xsd:decimal",
5495                                               AppliesTo.NODE );
5496             pm.addProperty( p0 );
5497             pm.addProperty( p1 );
5498             pm.addProperty( p2 );
5499             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5518             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5525                 return false;
5526             }
5527         }
5528         catch ( final Exception e ) {
5529             e.printStackTrace( System.out );
5530             return false;
5531         }
5532         return true;
5533     }
5534
5535     private static boolean testReIdMethods() {
5536         try {
5537             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5538             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5539             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5540             p.levelOrderReID();
5541             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5542                 return false;
5543             }
5544             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5545                 return false;
5546             }
5547             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5548                 return false;
5549             }
5550             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5584                 return false;
5585             }
5586         }
5587         catch ( final Exception e ) {
5588             e.printStackTrace( System.out );
5589             return false;
5590         }
5591         return true;
5592     }
5593
5594     private static boolean testRerooting() {
5595         try {
5596             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5597             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5598                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5599             if ( !t1.isRooted() ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5603             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5604             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5605             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5606             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5607             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5608             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5609             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5610             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5611             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5612             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5613             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5614             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5615             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5616             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5617             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5618             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5619             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5620             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5621             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5622             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5623             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5624             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5625             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5626             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5627             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5628             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5629             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5630             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5634                 return false;
5635             }
5636             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5637                 return false;
5638             }
5639             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5640                 return false;
5641             }
5642             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5649                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5650             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5651             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5652             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5653             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5654             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5655             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5656             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5657             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5658             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5659             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5660             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5661             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5662             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5663             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5664             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5665             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5666             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5667             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5668             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5669             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5670             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5671             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5672             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5673             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5674             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5675             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5676             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5677             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5678             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5679             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5680             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5681             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5682             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5683             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5684             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5685             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5686             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5687             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5688             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5689             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5690             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5691             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5692             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5693             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5694             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5695             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5702             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5709             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5719             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5720                 return false;
5721             }
5722             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5723                 return false;
5724             }
5725             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5729             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5730                 return false;
5731             }
5732             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5733                 return false;
5734             }
5735             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5736             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5743                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5744             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5745             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5755             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5765             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5772                 return false;
5773             }
5774         }
5775         catch ( final Exception e ) {
5776             e.printStackTrace( System.out );
5777             return false;
5778         }
5779         return true;
5780     }
5781
5782     private static boolean testSDIse() {
5783         try {
5784             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5785             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5786             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5787             gene1.setRooted( true );
5788             species1.setRooted( true );
5789             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5790             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             final Phylogeny species2 = factory
5794                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5795                              new NHXParser() )[ 0 ];
5796             final Phylogeny gene2 = factory
5797                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5798                              new NHXParser() )[ 0 ];
5799             species2.setRooted( true );
5800             gene2.setRooted( true );
5801             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5802             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             final Phylogeny species3 = factory
5824                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5825                              new NHXParser() )[ 0 ];
5826             final Phylogeny gene3 = factory
5827                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5828                              new NHXParser() )[ 0 ];
5829             species3.setRooted( true );
5830             gene3.setRooted( true );
5831             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5832             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             final Phylogeny species4 = factory
5842                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5843                              new NHXParser() )[ 0 ];
5844             final Phylogeny gene4 = factory
5845                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5846                              new NHXParser() )[ 0 ];
5847             species4.setRooted( true );
5848             gene4.setRooted( true );
5849             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5850             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5854                 return false;
5855             }
5856             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5857                 return false;
5858             }
5859             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5860                 return false;
5861             }
5862             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             final Phylogeny species5 = factory
5869                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5870                              new NHXParser() )[ 0 ];
5871             final Phylogeny gene5 = factory
5872                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5873                              new NHXParser() )[ 0 ];
5874             species5.setRooted( true );
5875             gene5.setRooted( true );
5876             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5877             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5878                 return false;
5879             }
5880             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5881                 return false;
5882             }
5883             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5884                 return false;
5885             }
5886             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5887                 return false;
5888             }
5889             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5896             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5897             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5898             final Phylogeny species6 = factory
5899                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5900                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5901                              new NHXParser() )[ 0 ];
5902             final Phylogeny gene6 = factory
5903                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5904                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5905                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5906                              new NHXParser() )[ 0 ];
5907             species6.setRooted( true );
5908             gene6.setRooted( true );
5909             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5910             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5914                 return false;
5915             }
5916             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             sdi6.computeMappingCostL();
5938             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5948                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5949                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5950                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5951                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5952             species7.setRooted( true );
5953             final Phylogeny gene7_1 = Test
5954                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5955             gene7_1.setRooted( true );
5956             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
5957             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5958                 return false;
5959             }
5960             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5961                 return false;
5962             }
5963             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             final Phylogeny gene7_2 = Test
5985                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5986             gene7_2.setRooted( true );
5987             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
5988             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5992                 return false;
5993             }
5994             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5995                 return false;
5996             }
5997             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
5998                 return false;
5999             }
6000             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6004                 return false;
6005             }
6006             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018         }
6019         catch ( final Exception e ) {
6020             return false;
6021         }
6022         return true;
6023     }
6024
6025     private static boolean testSDIunrooted() {
6026         try {
6027             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6028             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6029             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6030             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6031             PhylogenyBranch br = iter.next();
6032             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6033                 return false;
6034             }
6035             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6036                 return false;
6037             }
6038             br = iter.next();
6039             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             br = iter.next();
6046             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             br = iter.next();
6053             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             br = iter.next();
6060             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             br = iter.next();
6067             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6068                 return false;
6069             }
6070             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6071                 return false;
6072             }
6073             br = iter.next();
6074             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6078                 return false;
6079             }
6080             br = iter.next();
6081             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             br = iter.next();
6088             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6092                 return false;
6093             }
6094             br = iter.next();
6095             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6099                 return false;
6100             }
6101             br = iter.next();
6102             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             br = iter.next();
6109             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             br = iter.next();
6116             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             br = iter.next();
6123             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             br = iter.next();
6130             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6134                 return false;
6135             }
6136             if ( iter.hasNext() ) {
6137                 return false;
6138             }
6139             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6140             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6141             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6142             br = iter1.next();
6143             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             br = iter1.next();
6150             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             br = iter1.next();
6157             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6158                 return false;
6159             }
6160             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6161                 return false;
6162             }
6163             if ( iter1.hasNext() ) {
6164                 return false;
6165             }
6166             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6167             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6168             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6169             br = iter2.next();
6170             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             br = iter2.next();
6177             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6178                 return false;
6179             }
6180             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             br = iter2.next();
6184             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6188                 return false;
6189             }
6190             if ( iter2.hasNext() ) {
6191                 return false;
6192             }
6193             final Phylogeny species0 = factory
6194                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6195                              new NHXParser() )[ 0 ];
6196             final Phylogeny gene1 = factory
6197                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6198                              new NHXParser() )[ 0 ];
6199             species0.setRooted( true );
6200             gene1.setRooted( true );
6201             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6202             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6203             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             final Phylogeny gene2 = factory
6219                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6220                              new NHXParser() )[ 0 ];
6221             gene2.setRooted( true );
6222             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6223             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             final Phylogeny species6 = factory
6239                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6240                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6241                              new NHXParser() )[ 0 ];
6242             final Phylogeny gene6 = factory
6243                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6244                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6245                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6246                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6247                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6248                              new NHXParser() )[ 0 ];
6249             species6.setRooted( true );
6250             gene6.setRooted( true );
6251             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6252             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6253                 return false;
6254             }
6255             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6256                 return false;
6257             }
6258             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             p6 = null;
6292             final Phylogeny species7 = factory
6293                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6294                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6295                              new NHXParser() )[ 0 ];
6296             final Phylogeny gene7 = factory
6297                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6298                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6299                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6300                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6301                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6302                              new NHXParser() )[ 0 ];
6303             species7.setRooted( true );
6304             gene7.setRooted( true );
6305             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6306             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             p7 = null;
6346             final Phylogeny species8 = factory
6347                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6348                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6349                              new NHXParser() )[ 0 ];
6350             final Phylogeny gene8 = factory
6351                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6352                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6353                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6354                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6355                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6356                              new NHXParser() )[ 0 ];
6357             species8.setRooted( true );
6358             gene8.setRooted( true );
6359             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6360             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6364                 return false;
6365             }
6366             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             p8 = null;
6400         }
6401         catch ( final Exception e ) {
6402             e.printStackTrace( System.out );
6403             return false;
6404         }
6405         return true;
6406     }
6407
6408     private static boolean testSplit() {
6409         try {
6410             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6411             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6412             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6413             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6414             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6415             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6416             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6417             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6418             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6419             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6420             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6421             ex.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6422             ex.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6423             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6424             // System.out.println( s0.toString() );
6425             //
6426             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6427             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6428             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6429             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6433             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6434             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6435             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6436             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6437             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6438             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6439             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6440             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             //
6444             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6445             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6446             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6447             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6448             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             //
6452             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6453             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6454             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6455             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6456             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6457             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             //
6461             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6462             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6463             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6464             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6465             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6466             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             //
6470             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6471             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6472             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6473             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6474             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             //
6478             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6479             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6480             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6481             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             //
6485             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6486             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6487             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6488             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6489             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6490             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6491             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6492                 return false;
6493             }
6494             //
6495             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6496             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6497             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6498             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6499             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             //
6503             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6504             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6505             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6506             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6507             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6508             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             //
6512             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6513             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6514             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6515             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             //
6519             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6520             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6521             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6522             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6523             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6524             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             //
6528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6529             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6530             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6531             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6532             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6533             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6534             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             //
6538             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6539             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6540             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6541             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6542             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             //
6546             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6547             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6548             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6549             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             //
6553             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6554             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6555             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6556             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6557                 return false;
6558             }
6559             //
6560             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6561             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6562             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6563             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             //
6567             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6568             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6569             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6570             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             //
6574             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6575             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6576             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6577             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             //
6581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6582             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6583             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6584             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             //
6588             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6589             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6590             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6591             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6592             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             //
6596             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6597             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6598             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6599             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6600             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             //
6604             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6605             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6606             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6607             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6608             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             //
6612             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6613             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6614             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6615             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6616             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6617             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6618                 return false;
6619             }
6620             /////////
6621             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6622             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6623             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6624             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6625             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6626             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6627             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6628             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6629             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6630             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6631             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6632             //                return false;
6633             //            }
6634             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6635             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6636             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6637             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6638             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6639             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6640             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6641             //                return false;
6642             //            }
6643             //            //
6644             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6645             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6646             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6647             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6648             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6649             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6650             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6651             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6652             //                return false;
6653             //            }
6654             //            //
6655             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6656             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6657             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6658             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6659             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6660             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6661             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6662             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6663             //                return false;
6664             //            }
6665             //            //
6666             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6667             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6668             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6671             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6672             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6673             //                return false;
6674             //            }
6675             //            //
6676             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6677             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6678             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6681             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6682             //                return false;
6683             //            }
6684             //
6685             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6686             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6687             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6688             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6689             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6690             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6691                 return false;
6692             }
6693             //
6694             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6695             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6696             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6697             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6698             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6699             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             ///////////////////////////
6703             //
6704             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6705             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6706             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6707             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6708             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6709             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6710                 return false;
6711             }
6712             //
6713             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6714             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6715             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6716             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6717             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6718             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6719                 return false;
6720             }
6721             //
6722             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6723             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6724             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6725             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6726             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6727             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             //
6731             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6732             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6733             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6734             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6735             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6736             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             //
6740             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6741             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6742             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6743             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6744             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6745             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             //
6749             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6750             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6751             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6752             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             //
6757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6758             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6759             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6760             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6761             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6762             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6763             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             //
6767             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6768             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6769             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6770             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6771             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6772             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6773             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             //
6777             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6778             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6779             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6780             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6781             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6782             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6783             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             //
6787             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6788             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6789             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6790             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6791             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6792             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6793             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6794             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6795                 return false;
6796             }
6797         }
6798         catch ( final Exception e ) {
6799             e.printStackTrace();
6800             return false;
6801         }
6802         return true;
6803     }
6804
6805     private static boolean testSplitStrict() {
6806         try {
6807             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6808             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6809             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6810             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6811             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6812             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6813             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6814             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6815             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6816             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6817             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6818             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6819             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6820             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6821             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6822                 return false;
6823             }
6824             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6825             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6826             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6827             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6828             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6829             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6830             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6831             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6832             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             //
6836             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6837             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6838             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6839             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6840             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             //
6844             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6845             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6846             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6847             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6848             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6849             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6850                 return false;
6851             }
6852             //
6853             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6854             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6855             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6856             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6857             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6858             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6859                 return false;
6860             }
6861             //
6862             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6863             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6864             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6865             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6866             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             //
6870             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6871             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6872             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6873             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6874                 return false;
6875             }
6876             //
6877             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6878             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6879             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6880             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6881             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6882             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6883             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6884                 return false;
6885             }
6886             //
6887             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6888             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6889             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6890             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6891             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             //
6895             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6896             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6897             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6898             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6899             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6900             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6901                 return false;
6902             }
6903             //
6904             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6905             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6906             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6907             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             //
6911             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6912             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6913             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6914             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6915             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6916             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6922             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6923             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6924             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6925             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6926             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6932             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6933             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6934             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6940             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6941             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6942                 return false;
6943             }
6944             //
6945             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6946             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6947             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6948             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6949                 return false;
6950             }
6951             //
6952             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6953             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6954             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6955             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             //
6959             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6960             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6961             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6962             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6963                 return false;
6964             }
6965             //
6966             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6967             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6968             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6969             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             //
6973             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6974             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6975             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6976             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6977                 return false;
6978             }
6979             //
6980             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6981             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6982             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6983             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6990             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6991             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6992             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             //
6996             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6997             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6998             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6999             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7000             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             //
7004             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7005             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7006             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7007             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7008             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7009             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7010                 return false;
7011             }
7012         }
7013         catch ( final Exception e ) {
7014             e.printStackTrace();
7015             return false;
7016         }
7017         return true;
7018     }
7019
7020     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7021         try {
7022             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7023             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7024             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7025             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             t1.toNewHampshireX();
7029             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7030             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             t1.toNewHampshireX();
7034             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7035             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7036                 return false;
7037             }
7038             t1.toNewHampshireX();
7039             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7040             t1.toNewHampshireX();
7041             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7042                 return false;
7043             }
7044             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7045             t1.toNewHampshireX();
7046             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7050             t1.toNewHampshireX();
7051             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7055             t1.toNewHampshireX();
7056             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7060             t1.toNewHampshireX();
7061             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7065             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             if ( !t1.isEmpty() ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7072             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7073             t2.toNewHampshireX();
7074             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7078             t2.toNewHampshireX();
7079             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7083             t2.toNewHampshireX();
7084             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7085                 return false;
7086             }
7087         }
7088         catch ( final Exception e ) {
7089             e.printStackTrace( System.out );
7090             return false;
7091         }
7092         return true;
7093     }
7094
7095     private static boolean testSupportCount() {
7096         try {
7097             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7098             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7099             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7100                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7101                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7102                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7103                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7104                                                               new NHXParser() );
7105             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7106             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7107             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7108                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7109                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7110                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7111                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7112                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7113                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7114                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7115                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7116                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7117                                                               new NHXParser() );
7118             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7119             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7120             while ( it.hasNext() ) {
7121                 final PhylogenyNode n = it.next();
7122                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7123                     return false;
7124                 }
7125             }
7126             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7127             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7128                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7129             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7130             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7131             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7162             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7163                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7164             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7165             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7166             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7167                 return false;
7168             }
7169             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7197             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7198             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7199             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7203             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7204             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7205             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7209             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7210             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7211             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7215             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7216             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7217             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220         }
7221         catch ( final Exception e ) {
7222             e.printStackTrace( System.out );
7223             return false;
7224         }
7225         return true;
7226     }
7227
7228     private static boolean testSupportTransfer() {
7229         try {
7230             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7231             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7232                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7233             final Phylogeny p2 = factory
7234                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7235             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7236                 return false;
7237             }
7238             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7242             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7243             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7244                 return false;
7245             }
7246             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7247                 return false;
7248             }
7249             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7250                 return false;
7251             }
7252             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7265                 return false;
7266             }
7267         }
7268         catch ( final Exception e ) {
7269             e.printStackTrace( System.out );
7270             return false;
7271         }
7272         return true;
7273     }
7274
7275     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7276         try {
7277             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7278             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7279             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7280             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7281             s0.setRooted( true );
7282             g0.setRooted( true );
7283             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7284             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7294             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7295             g0.setRooted( true );
7296             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7297             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7298                 return false;
7299             }
7300             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7301                 return false;
7302             }
7303             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7307             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7308             g0.setRooted( true );
7309             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7310             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7311                 return false;
7312             }
7313             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7317                 return false;
7318             }
7319             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7320             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7321             g0.setRooted( true );
7322             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7323             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7324                 return false;
7325             }
7326             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7327                 return false;
7328             }
7329             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7330                 return false;
7331             }
7332             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7333             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7334             g0.setRooted( true );
7335             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7336             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7337                 return false;
7338             }
7339             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7340                 return false;
7341             }
7342             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7346             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7347             g0.setRooted( true );
7348             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7349             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7359             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7360             g0.setRooted( true );
7361             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7362             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7372                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7373                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7374                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7375             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7376             s0.setRooted( true );
7377             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7378                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7379                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7380                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7381             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7382             g0.setRooted( true );
7383             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7384             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7394                 return false;
7395             }
7396             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7400                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7401                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7402                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7403             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7404             g0.setRooted( true );
7405             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7406             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7422                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7423                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7424                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7425             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7426             g0.setRooted( true );
7427             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7428             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7429                 return false;
7430             }
7431             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7435                 return false;
7436             }
7437             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7444                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7445                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7446                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7447             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7448             g0.setRooted( true );
7449             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7450             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7466             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7467             g0.setRooted( true );
7468             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7469             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7476                 return false;
7477             }
7478             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7479             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7480             g0.setRooted( true );
7481             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7482             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7489                 return false;
7490             }
7491             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7492                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7493                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7494                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7495             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7496             g0.setRooted( true );
7497             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7498             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7499                 return false;
7500             }
7501             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7502                 return false;
7503             }
7504             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7520                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7521                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7522                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7523             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7524             g0.setRooted( true );
7525             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7526             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7527                 return false;
7528             }
7529             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7536                 return false;
7537             }
7538             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7548                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7549                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7550                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7551             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7552             g0.setRooted( true );
7553             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7554             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7576                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7577                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7578                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7579             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7580             g0.setRooted( true );
7581             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7582             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7604                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7605                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7606                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7607             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7608             s0.setRooted( true );
7609             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7610                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7611                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7612                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7613             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7614             g0.setRooted( true );
7615             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7616             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7620                 return false;
7621             }
7622         }
7623         catch ( final Exception e ) {
7624             e.printStackTrace( System.out );
7625             return false;
7626         }
7627         return true;
7628     }
7629
7630     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7631         try {
7632             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7633                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7634             if ( results.size() != 1 ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             results = null;
7653             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7654             if ( results.size() != 1 ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             results = null;
7673             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7674             if ( results.size() != 1 ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7684                 return false;
7685             }
7686             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             results = null;
7693             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7694             if ( results.size() != 1 ) {
7695                 return false;
7696             }
7697             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7704                 return false;
7705             }
7706             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721         }
7722         catch ( final IOException e ) {
7723             System.out.println();
7724             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7725             e.printStackTrace( System.out );
7726             return true;
7727         }
7728         catch ( final Exception e ) {
7729             return false;
7730         }
7731         return true;
7732     }
7733
7734     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7735         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7736             return false;
7737         }
7738         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7739             return false;
7740         }
7741         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7742             return false;
7743         }
7744         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7745             return false;
7746         }
7747         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7748             return false;
7749         }
7750         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7751             return false;
7752         }
7753         try {
7754             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7755             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7756                 return false;
7757             }
7758             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7759                 return false;
7760             }
7761             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7768                 return false;
7769             }
7770         }
7771         catch ( final IOException e ) {
7772             System.out.println();
7773             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7774             e.printStackTrace( System.out );
7775             return true;
7776         }
7777         catch ( final Exception e ) {
7778             return false;
7779         }
7780         return true;
7781     }
7782
7783     private static boolean testWabiTxSearch() {
7784         try {
7785             String result = "";
7786             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7787             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7788             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7792             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7796             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7797                 return false;
7798             }
7799             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7800             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7804             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7808             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7812             queries.add( "Campylobacter coli" );
7813             queries.add( "Escherichia coli" );
7814             queries.add( "Arabidopsis" );
7815             queries.add( "Trichoplax" );
7816             queries.add( "Samanea saman" );
7817             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7818             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7819             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7820             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7821             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7822             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7823             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7824             ranks.add( RANKS.GENUS );
7825             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7826             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7827             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7828             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7829         }
7830         catch ( final Exception e ) {
7831             System.out.println();
7832             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7833             e.printStackTrace( System.out );
7834             return false;
7835         }
7836         return true;
7837     }
7838
7839     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7840         try {
7841             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7842             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7843                 return false;
7844             }
7845             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7849                 return false;
7850             }
7851             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7852                 return false;
7853             }
7854             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7855             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7859             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7863             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866         }
7867         catch ( final Exception e ) {
7868             e.printStackTrace();
7869             return false;
7870         }
7871         return true;
7872     }
7873
7874     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7875         try {
7876             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7877             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7884             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7888                 return false;
7889             }
7890         }
7891         catch ( final Exception e ) {
7892             e.printStackTrace();
7893             return false;
7894         }
7895         return true;
7896     }
7897
7898     private static boolean testFastaParser() {
7899         try {
7900             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7907             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925         }
7926         catch ( final Exception e ) {
7927             e.printStackTrace();
7928             return false;
7929         }
7930         return true;
7931     }
7932
7933     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7934         try {
7935             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7936             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7937             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
7938             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7939             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7940             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7941             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7942             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7943             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7944             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7951                 return false;
7952             }
7953             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7954             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7955                 return false;
7956             }
7957             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7961                 return false;
7962             }
7963             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7964             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7965                 return false;
7966             }
7967             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973         }
7974         catch ( final Exception e ) {
7975             e.printStackTrace();
7976             return false;
7977         }
7978         return true;
7979     }
7980
7981     private static boolean testMafft() {
7982         try {
7983             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7984             opts.add( "--maxiterate" );
7985             opts.add( "1000" );
7986             opts.add( "--localpair" );
7987             opts.add( "--quiet" );
7988             Msa msa = null;
7989             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
7990             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
7991             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7992                 return false;
7993             }
7994         }
7995         catch ( final Exception e ) {
7996             e.printStackTrace( System.out );
7997             return false;
7998         }
7999         return true;
8000     }
8001 }