forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 229         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NH parsing: " );
 238         if ( Test.testNHParsing() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 247         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "NHX parsing: " );
 256         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 265         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 274         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 292         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 301         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 310         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 319         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 337         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 346         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 355         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 364         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Copying of node data: " );
 373         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 382         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 391         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 400         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 409         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Re-id methods: " );
 418         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 427         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 436         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 445         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 454         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 463         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Rerooting: " );
 472         if ( Test.testRerooting() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 481         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Node removal: " );
 490         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "Support count: " );
 499         if ( Test.testSupportCount() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Support transfer: " );
 508         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 517         if ( Test.testGetLCA() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 526         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 535         if ( Test.testGetDistance() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 544         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 545             System.out.println( "OK." );
 546             succeeded++;
 547         }
 548         else {
 549             System.out.println( "failed." );
 550             failed++;
 551         }
 552         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 553         if ( Test.testDataObjects() ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "Properties map: " );
 562         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "SDIse: " );
 571         if ( Test.testSDIse() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 580         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "GSDI: " );
 589         if ( TestGSDI.test() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "RIO: " );
 598         if ( TestRIO.test() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 607         System.out.println();
 608         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 609             System.out.println( "OK." );
 610             succeeded++;
 611         }
 612         else {
 613             System.out.println( "failed." );
 614             failed++;
 615         }
 616         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 617         System.out.println();
 618         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 619             System.out.println( "OK." );
 620             succeeded++;
 621         }
 622         else {
 623             System.out.println( "failed." );
 624             failed++;
 625         }
 626         System.out.print( "GO: " );
 627         System.out.println();
 628         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "Modeling tools: " );
 637         if ( TestPccx.test() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 646         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Split Matrix: " );
 655         if ( Test.testSplit() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 664         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Basic table: " );
 673         if ( Test.testBasicTable() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "General table: " );
 682         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 691         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "General MSA parser: " );
 700         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 709         if ( Test.testFastaParser() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 718         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 727         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 736         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 745         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         //----
 754         String path = "";
 755         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 756         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 757             path = "/usr/local/bin/mafft";
 758         }
 759         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 760             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 761         }
 762         else {
 763             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 764         }
 765         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 766             path = "mafft";
 767         }
 768         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 769             path = "/usr/local/bin/mafft";
 770         }
 771         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 772             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 773             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 774                 System.out.println( "OK." );
 775                 succeeded++;
 776             }
 777             else {
 778                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 779             }
 780         }
 781         //----
 782         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 783         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 784             System.out.println( "OK." );
 785             succeeded++;
 786         }
 787         else {
 788             System.out.println( "failed." );
 789             failed++;
 790         }
 791         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 792         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 793             System.out.println( "OK." );
 794             succeeded++;
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "failed." );
 798             failed++;
 799         }
 800         System.out.println();
 801         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 802         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 803         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 804         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 805                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 806         System.out.println();
 807         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 808         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 809         System.out.println();
 810         if ( failed < 1 ) {
 811             System.out.println( "OK." );
 812         }
 813         else {
 814             System.out.println( "Not OK." );
 815         }
 816     }
 817
 818     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 819         try {
 820             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 821                 return false;
 822             }
 823             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 824                 return false;
 825             }
 826             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 827                 return false;
 828             }
 829             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 830                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 834                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 835                 return false;
 836             }
 837             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 838                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 845                 return false;
 846             }
 847             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 848                     .equals( "RAT" ) ) {
 849                 return false;
 850             }
 851             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 852                     .equals( "RAT" ) ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 856                     .equals( "RAT" ) ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 860                 return false;
 861             }
 862             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 869                     .equals( "PIG" ) ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 873                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 877                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 878                 return false;
 879             }
 880         }
 881         catch ( final Exception e ) {
 882             e.printStackTrace( System.out );
 883             return false;
 884         }
 885         return true;
 886     }
 887
 888     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 889         try {
 890             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 891                 return false;
 892             }
 893             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 894             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 895                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 896             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 897                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 898             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 899                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 900             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 904                 return false;
 905             }
 906             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 907                 return false;
 908             }
 909             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 910                 return false;
 911             }
 912             if ( !n3.isExternal() ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !n3.isRoot() ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 919                 return false;
 920             }
 921         }
 922         catch ( final Exception e ) {
 923             e.printStackTrace( System.out );
 924             return false;
 925         }
 926         return true;
 927     }
 928
 929     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 930         try {
 931             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 932             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 933             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 934                                                               xml_parser );
 935             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 936                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 943             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 944             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 945             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 946             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t1.isRooted() ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( t1.isRerootable() ) {
 953                 return false;
 954             }
 955             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 968                 return false;
 969             }
 970             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 971                 return false;
 972             }
 973             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 980                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 984                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 991                 return false;
 992             }
 993             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1003                 return false;
1004             }
1005             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1012                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1019                 return false;
1020             }
1021             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1022                 return false;
1023             }
1024             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1025                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1026                 return false;
1027             }
1028             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1029                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1033                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1034                 return false;
1035             }
1036             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1037                     .equals( "experimental" ) ) {
1038                 return false;
1039             }
1040             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1041                     .equals( "function" ) ) {
1042                 return false;
1043             }
1044             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1045                     .getValue() != 1 ) {
1046                 return false;
1047             }
1048             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1049                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1050                 return false;
1051             }
1052             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1053                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1054                 return false;
1055             }
1056             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1057                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1058                 return false;
1059             }
1060             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1061                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1062                 return false;
1063             }
1064             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1065                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1066                 return false;
1067             }
1068             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1069                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1070                 return false;
1071             }
1072             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1073                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1074                 return false;
1075             }
1076             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1077                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1078                 return false;
1079             }
1080             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1081                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1082                 return false;
1083             }
1084             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1085                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1092                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1096                 return false;
1097             }
1098         }
1099         catch ( final Exception e ) {
1100             e.printStackTrace( System.out );
1101             return false;
1102         }
1103         return true;
1104     }
1105
1106     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1107         try {
1108             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1109             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1110             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1111                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1112             }
1113             else {
1114                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1115             }
1116             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1117                                                               xml_parser );
1118             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1119                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1126             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1127             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1131             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1135                 return false;
1136             }
1137             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1144             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1145             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1146             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1159                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1163                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1167             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1168             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1169             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1170             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1174             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1190                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1200                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1204                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1208                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1212                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1216                     .equals( "experimental" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1220                     .equals( "function" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1224                     .getValue() != 1 ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1228                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1232                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1236                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1240                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1244                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1248                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1252                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1256                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1260                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1264                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1271                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1281                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1297                     .equals( "ncbi" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1304                     .getName().equals( "B" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1308                     .getFrom() != 21 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1315                     .getLength() != 24 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1319                     .getConfidence() != 2144 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1323                     .equals( "pfam" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1339             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1376                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1377                 ;
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             //
1402             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1406                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1413                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1423                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426         }
1427         catch ( final Exception e ) {
1428             e.printStackTrace( System.out );
1429             return false;
1430         }
1431         return true;
1432     }
1433
1434     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1435         try {
1436             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1437             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1438             try {
1439                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1440             }
1441             catch ( final Exception e ) {
1442                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1443             }
1444             if ( xml_parser == null ) {
1445                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1446                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1447                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1448                 }
1449                 else {
1450                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1451                 }
1452             }
1453             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1454                                                               xml_parser );
1455             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1456                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1463             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1464             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1465             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1466             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1479                 return false;
1480             }
1481             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1488             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1489             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1490                 System.out.println( "errors:" );
1491                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1498                                                               xml_parser );
1499             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1500                 System.out.println( "errors:" );
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1511                                                               xml_parser );
1512             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1513                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1520             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1533                                                               xml_parser );
1534             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1535                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1536                 return false;
1537             }
1538             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1539                 return false;
1540             }
1541             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1542             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             s.getNode( "first" );
1546             s.getNode( "<>" );
1547             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1548             s.getNode( "'''\"" );
1549             s.getNode( "\"\"\"" );
1550             s.getNode( "dick & doof" );
1551         }
1552         catch ( final Exception e ) {
1553             e.printStackTrace( System.out );
1554             return false;
1555         }
1556         return true;
1557     }
1558
1559     private static boolean testBasicTable() {
1560         try {
1561             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1562             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1569             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1570             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1571             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1572             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1573             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1574             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1575             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1576             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1604                 return false;
1605             }
1606             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1607             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1608             source.append( "" + l );
1609             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1610             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1611             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1612             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1613             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1614             source.append( "40 41 42 43" + l );
1615             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1616             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1617             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1618             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1637             source1.append( "" + l );
1638             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1639             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1640             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1641             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1642             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1643             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1644             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1645             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1646             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1647             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1672             source2.append( "" + l );
1673             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1674             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1675             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1676             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1677             source2.append( "                     " + l );
1678             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1679             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1680             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1681             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1682             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1683                                                                         ";",
1684                                                                         false,
1685                                                                         false,
1686                                                                         "comment:",
1687                                                                         false );
1688             if ( tl.size() != 2 ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1692             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1693             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1694                 return false;
1695             }
1696             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1697                 return false;
1698             }
1699             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1703                 return false;
1704             }
1705             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1706                 return false;
1707             }
1708             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1709                 return false;
1710             }
1711         }
1712         catch ( final Exception e ) {
1713             e.printStackTrace( System.out );
1714             return false;
1715         }
1716         return true;
1717     }
1718
1719     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1720         try {
1721             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1722             final TolParser parser = new TolParser();
1723             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1724             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1725                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1732             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1733                 return false;
1734             }
1735             if ( !t1.isRooted() ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1742                 return false;
1743             }
1744             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1745                 return false;
1746             }
1747             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1751             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1752                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1759             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t2.isRooted() ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1772                 return false;
1773             }
1774             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1775                 return false;
1776             }
1777             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1778                 return false;
1779             }
1780             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1781                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1782                 return false;
1783             }
1784             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1785             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1786                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1793             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1806             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1807                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1814             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1827             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1828                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1835             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1845                 return false;
1846             }
1847         }
1848         catch ( final Exception e ) {
1849             e.printStackTrace( System.out );
1850             return false;
1851         }
1852         return true;
1853     }
1854
1855     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1856         try {
1857             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1858             final Phylogeny t1 = factory.create();
1859             if ( !t1.isEmpty() ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1863             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( t2.isEmpty() ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1876             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1880                 return false;
1881             }
1882             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1886             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1887             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1894                 return false;
1895             }
1896             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1897             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1898             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1905             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1906             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1910             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1911             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1912                 return false;
1913             }
1914             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1915             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1916             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1923             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1924             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1925                 return false;
1926             }
1927             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1928             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1929             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1930                 return false;
1931             }
1932         }
1933         catch ( final Exception e ) {
1934             e.printStackTrace( System.out );
1935             return false;
1936         }
1937         return true;
1938     }
1939
1940     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1941         try {
1942             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1943             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1944             final Phylogeny[] ev0 = factory
1945                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1946                              new NHXParser() );
1947             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1948             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1955             final Phylogeny[] ev1 = factory
1956                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1957                              new NHXParser() );
1958             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1959             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1966             final Phylogeny[] ev_b = factory
1967                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1968                              new NHXParser() );
1969             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1970             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1974                 return false;
1975             }
1976             //
1977             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1978             final Phylogeny[] ev1x = factory
1979                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1980                              new NHXParser() );
1981             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1982             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1989             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1990                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1991                              new NHXParser() );
1992             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1993             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             //
2000             final Phylogeny[] t2 = factory
2001                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2002                              new NHXParser() );
2003             final Phylogeny[] ev2 = factory
2004                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2005                              new NHXParser() );
2006             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2007                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2008             }
2009             //
2010             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2011                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2012             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2013             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2014             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023         }
2024         catch ( final Exception e ) {
2025             e.printStackTrace();
2026             return false;
2027         }
2028         return true;
2029     }
2030
2031     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2032         try {
2033             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2034                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2035             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2036             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039         }
2040         catch ( final Exception e ) {
2041             e.printStackTrace();
2042             return false;
2043         }
2044         return true;
2045     }
2046
2047     private static boolean testDataObjects() {
2048         try {
2049             final Confidence s0 = new Confidence();
2050             final Confidence s1 = new Confidence();
2051             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2052                 return false;
2053             }
2054             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2055             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2056             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2057                 return false;
2058             }
2059             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2060                 return false;
2061             }
2062             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2063             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2064                 return false;
2065             }
2066             s3.asSimpleText();
2067             s3.asText();
2068             // Taxonomy
2069             // ----------
2070             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2071             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2072             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2073             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2074             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2075             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2076             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2077             t1.setScientificName( "E. coli" );
2078             t1.setCommonName( "coli" );
2079             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2080             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2084             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2085             t2.setScientificName( "what" );
2086             t2.setCommonName( "something" );
2087             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2091             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             t1.setIdentifier( null );
2095             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2096             t3.setScientificName( "what" );
2097             t3.setCommonName( "something" );
2098             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             t1.setIdentifier( null );
2102             t1.setTaxonomyCode( "" );
2103             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2104             t4.setCommonName( "something" );
2105             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2106                 return false;
2107             }
2108             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2109             t4.setCommonName( "something" );
2110             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             t1.setIdentifier( null );
2114             t1.setTaxonomyCode( "" );
2115             t1.setScientificName( "" );
2116             t5.setCommonName( "COLI" );
2117             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             t5.setCommonName( "vibrio" );
2121             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             // Identifier
2125             // ----------
2126             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2127             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2128             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2135                 return false;
2136             }
2137             id1.asSimpleText();
2138             id1.asText();
2139             // ProteinDomain
2140             // ---------------
2141             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2142             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2143             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2147                 return false;
2148             }
2149             pd1.asSimpleText();
2150             pd1.asText();
2151             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2152             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2153             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2160                 return false;
2161             }
2162             pd3.asSimpleText();
2163             pd3.asText();
2164             // DomainArchitecture
2165             // ------------------
2166             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2167             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2168             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2169             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2170             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2171             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2172             domains0.add( d2 );
2173             domains0.add( d0 );
2174             domains0.add( d3 );
2175             domains0.add( d1 );
2176             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2177             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2178                 return false;
2179             }
2180             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2181             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2182                 return false;
2183             }
2184             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2185                 return false;
2186             }
2187             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2188                 return false;
2189             }
2190             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2191             domains1.add( d1 );
2192             domains1.add( d2 );
2193             domains1.add( d4 );
2194             domains1.add( d0 );
2195             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2196             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             ds1.asSimpleText();
2200             ds1.asText();
2201             ds1.toNHX();
2202             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2203             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2204                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             // Event
2211             // -----
2212             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2213             if ( e1.isDuplication() ) {
2214                 return false;
2215             }
2216             if ( !e1.isFusion() ) {
2217                 return false;
2218             }
2219             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2220                 return false;
2221             }
2222             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2226             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2233             if ( e2.isDuplication() ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2243                 return false;
2244             }
2245             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2252             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2256             if ( e3.isDuplication() ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( e3.isSpeciation() ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2263                 return false;
2264             }
2265             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2269             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2270             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             e3 = null;
2274             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2278             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2285             e4 = null;
2286             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2287             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             final Event e5 = new Event();
2294             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2304             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2311             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2318             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324         }
2325         catch ( final Exception e ) {
2326             e.printStackTrace( System.out );
2327             return false;
2328         }
2329         return true;
2330     }
2331
2332     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2333         try {
2334             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2335             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2336             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2337             if ( t0.isEmpty() ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2344             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2345                 return false;
2346             }
2347             if ( !t0.isEmpty() ) {
2348                 return false;
2349             }
2350             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2351             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2355             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2362             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2366             if ( !t1.isEmpty() ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2370             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2374             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             t2.toNewHampshireX();
2378             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2379             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2380                 return false;
2381             }
2382             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2383             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2384                 return false;
2385             }
2386             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2387             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2391             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2395             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             n = t3.getNode( "A" );
2399             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             n = n.getNextExternalNode();
2403             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2407             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             n = t3.getNode( "C" );
2411             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2412                 return false;
2413             }
2414             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2415             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2416                 return false;
2417             }
2418             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2419             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2423             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2427             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2431             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2435             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2439             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             n = t4.getNode( "A" );
2443             n = n.getNextExternalNode();
2444             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2445                 return false;
2446             }
2447             n = n.getNextExternalNode();
2448             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2449                 return false;
2450             }
2451             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2452             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2453                 return false;
2454             }
2455             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2456             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2457             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2458                 return false;
2459             }
2460             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2461             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2462                 return false;
2463             }
2464             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2465             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2466             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2470             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2474             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2475             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2479             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2483             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2484             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2485                 return false;
2486             }
2487             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2488             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2489                 return false;
2490             }
2491             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2492             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2493             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2494                 return false;
2495             }
2496             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2497             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2498                 return false;
2499             }
2500             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2501             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2502             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2506             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2510             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2511             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2512                 return false;
2513             }
2514             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2515             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2516                 return false;
2517             }
2518             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2519             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2523             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2524                 return false;
2525             }
2526             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2527             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2528             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2532             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2533                 return false;
2534             }
2535             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2536             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2540             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2544             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2552             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2553                 return false;
2554             }
2555             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2556             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2560             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2564             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2568             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2572             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2573                 return false;
2574             }
2575             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2576             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2577                 return false;
2578             }
2579             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2580             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2584             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2585             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2589             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2593             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2594             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2595                 return false;
2596             }
2597             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2598             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2599                 return false;
2600             }
2601             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2602             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2603             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2607             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2611             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2615             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2619             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2623             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2624                 return false;
2625             }
2626         }
2627         catch ( final Exception e ) {
2628             e.printStackTrace( System.out );
2629             return false;
2630         }
2631         return true;
2632     }
2633
2634     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2635         try {
2636             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2637             dss1.addValue( 82 );
2638             dss1.addValue( 78 );
2639             dss1.addValue( 70 );
2640             dss1.addValue( 58 );
2641             dss1.addValue( 42 );
2642             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2658                 return false;
2659             }
2660             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2661                 return false;
2662             }
2663             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2673                 return false;
2674             }
2675             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2676                 return false;
2677             }
2678             dss1.addValue( 123 );
2679             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2689             dss2.addValue( -1.85 );
2690             dss2.addValue( 57.5 );
2691             dss2.addValue( 92.78 );
2692             dss2.addValue( 57.78 );
2693             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2700             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             dss2.addValue( -100 );
2704             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             final double[] ds = new double[ 14 ];
2711             ds[ 0 ] = 34;
2712             ds[ 1 ] = 23;
2713             ds[ 2 ] = 1;
2714             ds[ 3 ] = 32;
2715             ds[ 4 ] = 11;
2716             ds[ 5 ] = 2;
2717             ds[ 6 ] = 12;
2718             ds[ 7 ] = 33;
2719             ds[ 8 ] = 13;
2720             ds[ 9 ] = 22;
2721             ds[ 10 ] = 21;
2722             ds[ 11 ] = 35;
2723             ds[ 12 ] = 24;
2724             ds[ 13 ] = 31;
2725             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2726             if ( bins.length != 4 ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2730                 return false;
2731             }
2732             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2739                 return false;
2740             }
2741             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2742             ds1[ 0 ] = 10.0;
2743             ds1[ 1 ] = 19.0;
2744             ds1[ 2 ] = 9.999;
2745             ds1[ 3 ] = 0.0;
2746             ds1[ 4 ] = 39.9;
2747             ds1[ 5 ] = 39.999;
2748             ds1[ 6 ] = 30.0;
2749             ds1[ 7 ] = 19.999;
2750             ds1[ 8 ] = 30.1;
2751             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2752             if ( bins1.length != 4 ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2762                 return false;
2763             }
2764             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2765                 return false;
2766             }
2767             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2768             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2769                 return false;
2770             }
2771             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2781             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2785                 return false;
2786             }
2787             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2788                 return false;
2789             }
2790             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2794             dss3.addValue( 1 );
2795             dss3.addValue( 1 );
2796             dss3.addValue( 1 );
2797             dss3.addValue( 2 );
2798             dss3.addValue( 3 );
2799             dss3.addValue( 4 );
2800             dss3.addValue( 5 );
2801             dss3.addValue( 5 );
2802             dss3.addValue( 5 );
2803             dss3.addValue( 6 );
2804             dss3.addValue( 7 );
2805             dss3.addValue( 8 );
2806             dss3.addValue( 9 );
2807             dss3.addValue( 10 );
2808             dss3.addValue( 10 );
2809             dss3.addValue( 10 );
2810             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2811             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2812             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2813         }
2814         catch ( final Exception e ) {
2815             e.printStackTrace( System.out );
2816             return false;
2817         }
2818         return true;
2819     }
2820
2821     private static boolean testDir( final String file ) {
2822         try {
2823             final File f = new File( file );
2824             if ( !f.exists() ) {
2825                 return false;
2826             }
2827             if ( !f.isDirectory() ) {
2828                 return false;
2829             }
2830             if ( !f.canRead() ) {
2831                 return false;
2832             }
2833         }
2834         catch ( final Exception e ) {
2835             return false;
2836         }
2837         return true;
2838     }
2839
2840     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2841         try {
2842             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2843             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2844             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2845             n = n.getNextExternalNode();
2846             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             n = n.getNextExternalNode();
2850             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2851                 return false;
2852             }
2853             n = n.getNextExternalNode();
2854             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2855                 return false;
2856             }
2857             n = t1.getNode( "B" );
2858             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2859                 n = n.getNextExternalNode();
2860             }
2861             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2862             n = t2.getNode( "A" );
2863             n = n.getNextExternalNode();
2864             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             n = n.getNextExternalNode();
2868             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             n = n.getNextExternalNode();
2872             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             n = t2.getNode( "B" );
2876             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2877                 n = n.getNextExternalNode();
2878             }
2879             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2880             n = t3.getNode( "A" );
2881             n = n.getNextExternalNode();
2882             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2883                 return false;
2884             }
2885             n = n.getNextExternalNode();
2886             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2887                 return false;
2888             }
2889             n = n.getNextExternalNode();
2890             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2891                 return false;
2892             }
2893             n = n.getNextExternalNode();
2894             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2895                 return false;
2896             }
2897             n = n.getNextExternalNode();
2898             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n = n.getNextExternalNode();
2902             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n = n.getNextExternalNode();
2906             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n = t3.getNode( "B" );
2910             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2911                 n = n.getNextExternalNode();
2912             }
2913             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2914             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2915                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2916             }
2917             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2918             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2919                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2920             }
2921             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2922             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2923             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2927                 return false;
2928             }
2929             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2936                 return false;
2937             }
2938             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             if ( iter.hasNext() ) {
2942                 return false;
2943             }
2944         }
2945         catch ( final Exception e ) {
2946             e.printStackTrace( System.out );
2947             return false;
2948         }
2949         return true;
2950     }
2951
2952     private static boolean testGeneralTable() {
2953         try {
2954             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2955             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2956             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2957             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2958             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2959             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2960             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2961             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2962             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2963             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2964                 return false;
2965             }
2966             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2967                 return false;
2968             }
2969             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2970                 return false;
2971             }
2972             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2973                 return false;
2974             }
2975             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2976                 return false;
2977             }
2978             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2979                 return false;
2980             }
2981             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2982                 return false;
2983             }
2984             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2985                 return false;
2986             }
2987             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2991             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2992             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2993             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2994             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2995             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2996             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2997             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2998             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2999             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3000             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3019                 return false;
3020             }
3021             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3022                 return false;
3023             }
3024             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3025                 return false;
3026             }
3027             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3028                 return false;
3029             }
3030         }
3031         catch ( final Exception e ) {
3032             e.printStackTrace( System.out );
3033             return false;
3034         }
3035         return true;
3036     }
3037
3038     private static boolean testGetDistance() {
3039         try {
3040             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3041             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3042                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3043             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3137                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3138             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3169                 return false;
3170             }
3171         }
3172         catch ( final Exception e ) {
3173             e.printStackTrace( System.out );
3174             return false;
3175         }
3176         return true;
3177     }
3178
3179     private static boolean testGetLCA() {
3180         try {
3181             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3182             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3183                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3184             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3185             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3189             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3193             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3197             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3201             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3205             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3209             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3213             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3217             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3221             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3222                 return false;
3223             }
3224             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3225             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3226                 return false;
3227             }
3228             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3229             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3230                 return false;
3231             }
3232             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3233             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3234                 return false;
3235             }
3236             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3237             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3238                 return false;
3239             }
3240             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3241             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3242                 return false;
3243             }
3244             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3245             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3246                 return false;
3247             }
3248             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3249             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3250                 return false;
3251             }
3252             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3253             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3254                 return false;
3255             }
3256             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3257             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3261             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3265             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3269             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3273             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3277             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3278             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3279                 return false;
3280             }
3281             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3282             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3283                 return false;
3284             }
3285             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3286             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3287                 return false;
3288             }
3289             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3290             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3294             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3298             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3299                 return false;
3300             }
3301             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3302             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3303                 return false;
3304             }
3305             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3306             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Phylogeny p3 = factory
3310                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3311                              new NHXParser() )[ 0 ];
3312             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3313             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3317             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3321             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3325             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3329             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3336             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             if ( !al_3.isRoot() ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3343             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3350             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3354                 return false;
3355             }
3356             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3357             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3361             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3362             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3366             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3367             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3371             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3372             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3373                 return false;
3374             }
3375             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3376             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3377             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3378                 return false;
3379             }
3380         }
3381         catch ( final Exception e ) {
3382             e.printStackTrace( System.out );
3383             return false;
3384         }
3385         return true;
3386     }
3387
3388     private static boolean testGetLCA2() {
3389         try {
3390             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3391             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3393             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3394                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3395             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3399             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3400             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3401                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3402             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3406                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3407             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3411             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3412             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3413                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3414             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3415                 return false;
3416             }
3417             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3418                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3419             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3420                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3421                 System.exit( -1 );
3422                 return false;
3423             }
3424             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3425                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3426             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3427                 return false;
3428             }
3429             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3430                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3431             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3435                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3436             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3437             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3438                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3439             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3443                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3444             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3448                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3449             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3453                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3454             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3458                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3459             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3463                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3464             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3468                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3469             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3470                 return false;
3471             }
3472             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3473                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3474             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3478                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3479             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3483                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3484             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3488                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3489             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3493                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3494             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3498                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3499             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3500                 return false;
3501             }
3502             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3503                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3504             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3505                 return false;
3506             }
3507             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3508                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3509             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3513                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3514             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3518                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3519             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3520                 return false;
3521             }
3522             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3523                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3524             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3528                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3529             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3530                 return false;
3531             }
3532             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3533                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3534             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3538                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3539             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3543                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3544             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3548                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3549             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3553             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3554             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3555                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3556             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3560                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3561             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3565                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3566             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3570                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3571             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3572                 return false;
3573             }
3574             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3575                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3576             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3580                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3581             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3585                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3586             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3590                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3591             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             final Phylogeny p3 = factory
3595                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3596                              new NHXParser() )[ 0 ];
3597             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3598             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3599                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3600             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3604                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3605             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3609                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3610             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3614                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3615             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3619                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3620             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3621                 return false;
3622             }
3623             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3624                 return false;
3625             }
3626             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3627                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3628             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !al_3.isRoot() ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3635                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3636             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3637                 return false;
3638             }
3639             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3643                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3644             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3651                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3652             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3653                 return false;
3654             }
3655             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3656             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3657             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3658                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3659             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3660                 return false;
3661             }
3662             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3663             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3664             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3665                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3666             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3667                 return false;
3668             }
3669             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3670             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3671             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3672                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3673             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3677             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3678             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3679                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3680             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3681                 return false;
3682             }
3683             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3684                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3685             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3689                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3690             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3691                 return false;
3692             }
3693             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3694                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3695             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3699                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3700             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3704                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3705             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3706                 return false;
3707             }
3708         }
3709         catch ( final Exception e ) {
3710             e.printStackTrace( System.out );
3711             return false;
3712         }
3713         return true;
3714     }
3715
3716     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3717         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3718         try {
3719             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3720                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3721             parser1.parse();
3722             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3723                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3724             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3725             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3726                 return false;
3727             }
3728             if ( proteins.size() != 4 ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3741             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3748             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3755             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3759             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3766                 return false;
3767             }
3768             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3769                 return false;
3770             }
3771             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3772                 return false;
3773             }
3774             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3775                 return false;
3776             }
3777             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3781                 return false;
3782             }
3783             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3784                 return false;
3785             }
3786             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3787                 return false;
3788             }
3789         }
3790         catch ( final Exception e ) {
3791             e.printStackTrace( System.out );
3792             return false;
3793         }
3794         return true;
3795     }
3796
3797     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3798         try {
3799             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3800             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3801             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3802             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3803             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3807             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3808                 return false;
3809             }
3810             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3811             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3812                 return false;
3813             }
3814             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3815             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3816                 return false;
3817             }
3818         }
3819         catch ( final Exception e ) {
3820             e.printStackTrace( System.out );
3821             return false;
3822         }
3823         return true;
3824     }
3825
3826     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3827         try {
3828             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3829             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3830             PhylogenyNodeIterator it0;
3831             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3832                 it0.next();
3833             }
3834             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3835                 it0.next();
3836             }
3837             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3838             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3845                 return false;
3846             }
3847             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3851                 return false;
3852             }
3853             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3854                 return false;
3855             }
3856             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3857                 return false;
3858             }
3859             if ( it.hasNext() ) {
3860                 return false;
3861             }
3862             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3863                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3864             PhylogenyNodeIterator it2;
3865             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3866                 it2.next();
3867             }
3868             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3869                 it2.next();
3870             }
3871             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3872             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3873                 return false;
3874             }
3875             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3876                 return false;
3877             }
3878             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3879                 return false;
3880             }
3881             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3891                 return false;
3892             }
3893             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3894                 return false;
3895             }
3896             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3897                 return false;
3898             }
3899             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3900                 return false;
3901             }
3902             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3903                 return false;
3904             }
3905             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3909                 return false;
3910             }
3911             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3912                 return false;
3913             }
3914             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3915                 return false;
3916             }
3917             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3930                 return false;
3931             }
3932             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3933                 return false;
3934             }
3935             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3936                 return false;
3937             }
3938             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( it3.hasNext() ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3951             PhylogenyNodeIterator it4;
3952             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3953                 it4.next();
3954             }
3955             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3956                 it4.next();
3957             }
3958             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3959             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3975             PhylogenyNodeIterator it6;
3976             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3977                 it6.next();
3978             }
3979             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3980                 it6.next();
3981             }
3982             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3983             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( it.hasNext() ) {
3987                 return false;
3988             }
3989         }
3990         catch ( final Exception e ) {
3991             e.printStackTrace( System.out );
3992             return false;
3993         }
3994         return true;
3995     }
3996
3997     private static boolean testNodeRemoval() {
3998         try {
3999             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4000             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4001             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
4002             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
4006             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4007             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4011             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4012             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015         }
4016         catch ( final Exception e ) {
4017             e.printStackTrace( System.out );
4018             return false;
4019         }
4020         return true;
4021     }
4022
4023     private static boolean testMidpointrooting() {
4024         try {
4025             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4026             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4027             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4028             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4035                            1 ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4039                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4040             if ( !t1.isRooted() ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4044             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4054                 return false;
4055             }
4056             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4057                 return false;
4058             }
4059             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4063             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4064             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4077                 System.exit( -1 );
4078                 return false;
4079             }
4080             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4081                 return false;
4082             }
4083         }
4084         catch ( final Exception e ) {
4085             e.printStackTrace( System.out );
4086             return false;
4087         }
4088         return true;
4089     }
4090
4091     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4092         try {
4093             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4094             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4095             parser.parse();
4096             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4097             if ( labels.length != 7 ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4107                 return false;
4108             }
4109             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4122             parser.parse();
4123             labels = parser.getCharStateLabels();
4124             if ( labels.length != 7 ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4131                 return false;
4132             }
4133             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4134                 return false;
4135             }
4136             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4137                 return false;
4138             }
4139             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4143                 return false;
4144             }
4145             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4146                 return false;
4147             }
4148         }
4149         catch ( final Exception e ) {
4150             e.printStackTrace( System.out );
4151             return false;
4152         }
4153         return true;
4154     }
4155
4156     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4157         try {
4158             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4159             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4160             parser.parse();
4161             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4162             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4166                 return false;
4167             }
4168             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4169                 return false;
4170             }
4171             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             //            if ( labels.length != 7 ) {
4190             //                return false;
4191             //            }
4192             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4193             //                return false;
4194             //            }
4195             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4196             //                return false;
4197             //            }
4198             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4199             //                return false;
4200             //            }
4201             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4202             //                return false;
4203             //            }
4204             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4205             //                return false;
4206             //            }
4207             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4208             //                return false;
4209             //            }
4210             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4211             //                return false;
4212             //            }
4213             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4214             //            parser.parse();
4215             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4216             //            if ( labels.length != 7 ) {
4217             //                return false;
4218             //            }
4219             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4220             //                return false;
4221             //            }
4222             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4223             //                return false;
4224             //            }
4225             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4226             //                return false;
4227             //            }
4228             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4229             //                return false;
4230             //            }
4231             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4232             //                return false;
4233             //            }
4234             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4235             //                return false;
4236             //            }
4237             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4238             //                return false;
4239             //            }
4240         }
4241         catch ( final Exception e ) {
4242             e.printStackTrace( System.out );
4243             return false;
4244         }
4245         return true;
4246     }
4247
4248     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4249         try {
4250             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4251             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4252             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4253             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4257                 return false;
4258             }
4259             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             phylogenies = null;
4263             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4264             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             phylogenies = null;
4274             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4275             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             phylogenies = null;
4288             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4289             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4305                 return false;
4306             }
4307             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4308                 return false;
4309             }
4310             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4323                 return false;
4324             }
4325             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4329                 return false;
4330             }
4331             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4335                 return false;
4336             }
4337             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4338                 return false;
4339             }
4340             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4341                 return false;
4342             }
4343             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4344                 return false;
4345             }
4346             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4353                 return false;
4354             }
4355             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4356                 return false;
4357             }
4358             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4359                 return false;
4360             }
4361             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4410                 return false;
4411             }
4412         }
4413         catch ( final Exception e ) {
4414             e.printStackTrace( System.out );
4415             return false;
4416         }
4417         return true;
4418     }
4419
4420     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
4421         try {
4422             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
4423             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
4424             if ( !p.hasNext() ) {
4425                 return false;
4426             }
4427             Phylogeny phy = p.next();
4428             if ( phy == null ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( p.hasNext() ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             phy = p.next();
4441             if ( phy != null ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             //
4445             p.reset();
4446             if ( !p.hasNext() ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             phy = p.next();
4450             if ( phy == null ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4454                 return false;
4455             }
4456             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( p.hasNext() ) {
4460                 return false;
4461             }
4462             phy = p.next();
4463             if ( phy != null ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             ////
4467             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
4468             if ( !p.hasNext() ) {
4469                 return false;
4470             }
4471             phy = p.next();
4472             if ( phy == null ) {
4473                 return false;
4474             }
4475             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( p.hasNext() ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             phy = p.next();
4485             if ( phy != null ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             //
4489             p.reset();
4490             if ( !p.hasNext() ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             phy = p.next();
4494             if ( phy == null ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( p.hasNext() ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             phy = p.next();
4507             if ( phy != null ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             ////
4511             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
4512             if ( !p.hasNext() ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             phy = p.next();
4516             if ( phy == null ) {
4517                 return false;
4518             }
4519             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525             if ( phy.isRooted() ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( p.hasNext() ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             phy = p.next();
4532             if ( phy != null ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             //
4536             p.reset();
4537             if ( !p.hasNext() ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             phy = p.next();
4541             if ( phy == null ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( p.hasNext() ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             phy = p.next();
4554             if ( phy != null ) {
4555                 return false;
4556             }
4557             ////
4558             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
4559             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
4560             //                return false;
4561             //            }
4562             //0
4563             if ( !p.hasNext() ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             phy = p.next();
4567             if ( phy == null ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4571                 return false;
4572             }
4573             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             //1
4577             if ( !p.hasNext() ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             phy = p.next();
4581             if ( phy == null ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             //2
4591             if ( !p.hasNext() ) {
4592                 return false;
4593             }
4594             phy = p.next();
4595             if ( phy == null ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             if ( phy.isRooted() ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             //3
4608             if ( !p.hasNext() ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             phy = p.next();
4612             if ( phy == null ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !phy.isRooted() ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             //4
4625             if ( !p.hasNext() ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             phy = p.next();
4629             if ( phy == null ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4633                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4634                 return false;
4635             }
4636             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             if ( !phy.isRooted() ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             //5
4643             if ( !p.hasNext() ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             phy = p.next();
4647             if ( phy == null ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             if ( phy.isRooted() ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             //6
4660             if ( !p.hasNext() ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             phy = p.next();
4664             if ( phy == null ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             if ( !phy.isRooted() ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             //7
4677             if ( !p.hasNext() ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             phy = p.next();
4681             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             if ( !phy.isRooted() ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             //8
4691             if ( !p.hasNext() ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             phy = p.next();
4695             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             //9
4705             if ( !p.hasNext() ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             phy = p.next();
4709             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             //10
4719             if ( !p.hasNext() ) {
4720                 return false;
4721             }
4722             phy = p.next();
4723             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !phy.isRooted() ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             //11
4736             if ( !p.hasNext() ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             phy = p.next();
4740             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
4747                 return false;
4748             }
4749             if ( phy.isRooted() ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             //12
4753             if ( !p.hasNext() ) {
4754                 return false;
4755             }
4756             phy = p.next();
4757             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             if ( !phy.isRooted() ) {
4767                 return false;
4768             }
4769             //13
4770             if ( !p.hasNext() ) {
4771                 return false;
4772             }
4773             phy = p.next();
4774             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             if ( !phy.isRooted() ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             //14
4787             if ( !p.hasNext() ) {
4788                 return false;
4789             }
4790             phy = p.next();
4791             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4792                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4793                 return false;
4794             }
4795             if ( !phy
4796                     .toNewHampshire()
4797                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4798                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4799                 return false;
4800             }
4801             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( !phy.isRooted() ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             //15
4808             if ( !p.hasNext() ) {
4809                 return false;
4810             }
4811             phy = p.next();
4812             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4813                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4814                 return false;
4815             }
4816             if ( !phy
4817                     .toNewHampshire()
4818                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4819                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4820                 return false;
4821             }
4822             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
4823                 return false;
4824             }
4825             if ( phy.isRooted() ) {
4826                 return false;
4827             }
4828             //16
4829             if ( !p.hasNext() ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             phy = p.next();
4833             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4834                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4835                 return false;
4836             }
4837             if ( !phy
4838                     .toNewHampshire()
4839                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4840                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4841                 return false;
4842             }
4843             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
4844                 return false;
4845             }
4846             if ( !phy.isRooted() ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             //17
4850             if ( !p.hasNext() ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             phy = p.next();
4854             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4855                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4856                 return false;
4857             }
4858             if ( !phy
4859                     .toNewHampshire()
4860                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4861                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4862                 return false;
4863             }
4864             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             if ( phy.isRooted() ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             //
4871             if ( p.hasNext() ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             phy = p.next();
4875             if ( phy != null ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             p.reset();
4879             //0
4880             if ( !p.hasNext() ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             phy = p.next();
4884             if ( phy == null ) {
4885                 return false;
4886             }
4887             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             //1
4894             if ( !p.hasNext() ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             phy = p.next();
4898             if ( phy == null ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             //2
4908             if ( !p.hasNext() ) {
4909                 return false;
4910             }
4911             phy = p.next();
4912             if ( phy == null ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( phy.isRooted() ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             //3
4925             if ( !p.hasNext() ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             phy = p.next();
4929             if ( phy == null ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4936                 return false;
4937             }
4938             if ( !phy.isRooted() ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             //4
4942             if ( !p.hasNext() ) {
4943                 return false;
4944             }
4945             phy = p.next();
4946             if ( phy == null ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4950                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4951                 return false;
4952             }
4953             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             if ( !phy.isRooted() ) {
4957                 return false;
4958             }
4959             //5
4960             if ( !p.hasNext() ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             phy = p.next();
4964             if ( phy == null ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             if ( phy.isRooted() ) {
4974                 return false;
4975             }
4976         }
4977         catch ( final Exception e ) {
4978             e.printStackTrace( System.out );
4979             return false;
4980         }
4981         return true;
4982     }
4983
4984     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4985         try {
4986             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4987             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4988             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4989             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4993                 return false;
4994             }
4995             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5002                 return false;
5003             }
5004             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5005                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             phylogenies = null;
5009             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
5010             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5026                 return false;
5027             }
5028             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5029                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5030                 return false;
5031             }
5032             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5045                 return false;
5046             }
5047             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5048                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5064                 return false;
5065             }
5066             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5067                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             phylogenies = null;
5071             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
5072             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5091                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5098                 return false;
5099             }
5100             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5101                 return false;
5102             }
5103             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5107                 return false;
5108             }
5109             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5110                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5129                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5130                 return false;
5131             }
5132         }
5133         catch ( final Exception e ) {
5134             e.printStackTrace( System.out );
5135             return false;
5136         }
5137         return true;
5138     }
5139
5140     private static boolean testNHParsing() {
5141         try {
5142             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5143             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5144             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
5148             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
5149             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
5150             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
5151             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
5155                 return false;
5156             }
5157             final Phylogeny p1b = factory
5158                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
5159                              new NHXParser() )[ 0 ];
5160             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
5161                 return false;
5162             }
5163             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
5164                 return false;
5165             }
5166             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5167             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
5168             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
5169             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5170             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
5171             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
5172             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
5173             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
5174             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
5175             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
5176             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
5177                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
5178                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
5179                                                     new NHXParser() );
5180             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
5193             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
5194             final String p16_S = "((A,B),C)";
5195             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
5196             if ( p16.length != 1 ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
5200                 return false;
5201             }
5202             final String p17_S = "(C,(A,B))";
5203             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
5204             if ( p17.length != 1 ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
5211             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
5212             if ( p18.length != 1 ) {
5213                 return false;
5214             }
5215             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
5219             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
5220             if ( p19.length != 1 ) {
5221                 return false;
5222             }
5223             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
5227             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
5228             if ( p20.length != 1 ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
5235             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
5236             if ( p21.length != 1 ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
5243             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
5244             if ( p22.length != 1 ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5251             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
5252             if ( p23.length != 1 ) {
5253                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
5254                 System.exit( -1 );
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5261             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
5262             if ( p24.length != 1 ) {
5263                 return false;
5264             }
5265             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
5266                 return false;
5267             }
5268             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5269             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5270             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
5271             if ( p241.length != 2 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
5281                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
5282                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
5283                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
5284                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
5285                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
5286                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
5287                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
5288             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
5289             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             final String p26_S = "(A,B)ab";
5293             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
5294             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5298             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
5299             if ( p27s.length != 1 ) {
5300                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
5301                 System.exit( -1 );
5302                 return false;
5303             }
5304             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5305                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
5306                 System.exit( -1 );
5307                 return false;
5308             }
5309             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
5310                                                     new NHXParser() );
5311             if ( p27.length != 1 ) {
5312                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
5313                 System.exit( -1 );
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5317                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
5318                 System.exit( -1 );
5319                 return false;
5320             }
5321             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5322             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5323             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
5324             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
5325             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
5326                                                     new NHXParser() );
5327             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
5328                 return false;
5329             }
5330             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
5331                 return false;
5332             }
5333             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
5334                 return false;
5335             }
5336             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
5337                 return false;
5338             }
5339             if ( p28.length != 4 ) {
5340                 return false;
5341             }
5342             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
5343             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
5344             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
5348             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
5349             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
5350                 return false;
5351             }
5352             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
5353             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
5354             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             final String p33_S = "A";
5358             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
5359             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             final String p34_S = "B;";
5363             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
5364             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             final String p35_S = "B:0.2";
5368             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
5369             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             final String p36_S = "(A)";
5373             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
5374             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
5375                 return false;
5376             }
5377             final String p37_S = "((A))";
5378             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
5379             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
5380                 return false;
5381             }
5382             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5383             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
5384             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5388             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
5389             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             final String p40_S = "(A,B,C)";
5393             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
5394             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
5395                 return false;
5396             }
5397             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
5398             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
5399             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
5403             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
5404             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
5405                 return false;
5406             }
5407             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5408             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
5409             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
5410                 return false;
5411             }
5412             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5413             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
5414             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
5418             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
5419             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             final String p46_S = "";
5423             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
5424             if ( p46.length != 0 ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5428             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5432             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             final Phylogeny p49 = factory
5436                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
5437                              new NHXParser() )[ 0 ];
5438             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5442             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5446                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
5453                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5457             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5461             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             final Phylogeny p53 = factory
5465                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
5466                              new NHXParser() )[ 0 ];
5467             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             //
5471             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5472             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5476                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479         }
5480         catch ( final Exception e ) {
5481             e.printStackTrace( System.out );
5482             return false;
5483         }
5484         return true;
5485     }
5486
5487     private static boolean testNHParsingIter() {
5488         try {
5489             final String p0_str = "(A,B);";
5490             final NHXParser p = new NHXParser();
5491             p.setSource( p0_str );
5492             if ( !p.hasNext() ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             final Phylogeny p0 = p.next();
5496             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
5497                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( p.hasNext() ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( p.next() != null ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             //
5507             final String p00_str = "(A,B)root;";
5508             p.setSource( p00_str );
5509             final Phylogeny p00 = p.next();
5510             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
5511                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
5512                 return false;
5513             }
5514             //
5515             final String p000_str = "A;";
5516             p.setSource( p000_str );
5517             final Phylogeny p000 = p.next();
5518             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
5519                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
5520                 return false;
5521             }
5522             //
5523             final String p0000_str = "A";
5524             p.setSource( p0000_str );
5525             final Phylogeny p0000 = p.next();
5526             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
5527                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
5528                 return false;
5529             }
5530             //
5531             p.setSource( "(A)" );
5532             final Phylogeny p00000 = p.next();
5533             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
5534                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
5535                 return false;
5536             }
5537             //
5538             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
5539             p.setSource( p1_str );
5540             if ( !p.hasNext() ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             final Phylogeny p1_0 = p.next();
5544             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
5545                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
5546                 return false;
5547             }
5548             if ( !p.hasNext() ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             final Phylogeny p1_1 = p.next();
5552             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5553                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !p.hasNext() ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             final Phylogeny p1_2 = p.next();
5560             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
5561                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !p.hasNext() ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             final Phylogeny p1_3 = p.next();
5568             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5569                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
5570                 return false;
5571             }
5572             if ( p.hasNext() ) {
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( p.next() != null ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             //
5579             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5580             p.setSource( p2_str );
5581             if ( !p.hasNext() ) {
5582                 return false;
5583             }
5584             Phylogeny p2_0 = p.next();
5585             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5586                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !p.hasNext() ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             Phylogeny p2_1 = p.next();
5593             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5594                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !p.hasNext() ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             Phylogeny p2_2 = p.next();
5601             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5602                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( !p.hasNext() ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             Phylogeny p2_3 = p.next();
5609             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5610                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5611                 return false;
5612             }
5613             if ( !p.hasNext() ) {
5614                 return false;
5615             }
5616             Phylogeny p2_4 = p.next();
5617             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5618                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( p.hasNext() ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( p.next() != null ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             ////
5628             p.reset();
5629             if ( !p.hasNext() ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             p2_0 = p.next();
5633             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5634                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !p.hasNext() ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             p2_1 = p.next();
5641             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5642                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !p.hasNext() ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             p2_2 = p.next();
5649             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5650                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !p.hasNext() ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             p2_3 = p.next();
5657             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5658                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !p.hasNext() ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             p2_4 = p.next();
5665             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5666                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( p.hasNext() ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( p.next() != null ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             //
5676             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5677             p.setSource( p3_str );
5678             if ( !p.hasNext() ) {
5679                 return false;
5680             }
5681             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5682             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( p.hasNext() ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( p.next() != null ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             //
5692             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5693             p.setSource( p4_str );
5694             if ( !p.hasNext() ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5698             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( p.hasNext() ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( p.next() != null ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             //
5708             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5709             p.setSource( p5_str );
5710             if ( !p.hasNext() ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5714             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( p.hasNext() ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             if ( p.next() != null ) {
5721                 return false;
5722             }
5723             //
5724             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5725             p.setSource( p6_str );
5726             if ( !p.hasNext() ) {
5727                 return false;
5728             }
5729             Phylogeny p6_0 = p.next();
5730             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( p.hasNext() ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( p.next() != null ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             p.reset();
5740             if ( !p.hasNext() ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             p6_0 = p.next();
5744             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( p.hasNext() ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             if ( p.next() != null ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             //
5754             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5755             p.setSource( p7_str );
5756             if ( !p.hasNext() ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             Phylogeny p7_0 = p.next();
5760             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( p.hasNext() ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( p.next() != null ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             p.reset();
5770             if ( !p.hasNext() ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             p7_0 = p.next();
5774             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.hasNext() ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( p.next() != null ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             //
5784             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5785             p.setSource( p8_str );
5786             if ( !p.hasNext() ) {
5787                 return false;
5788             }
5789             Phylogeny p8_0 = p.next();
5790             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( !p.hasNext() ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( !p.hasNext() ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             Phylogeny p8_1 = p.next();
5800             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( p.hasNext() ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( p.next() != null ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             p.reset();
5810             if ( !p.hasNext() ) {
5811                 return false;
5812             }
5813             p8_0 = p.next();
5814             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !p.hasNext() ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             p8_1 = p.next();
5821             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             if ( p.hasNext() ) {
5825                 return false;
5826             }
5827             if ( p.next() != null ) {
5828                 return false;
5829             }
5830             p.reset();
5831             //
5832             p.setSource( "" );
5833             if ( p.hasNext() ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             //
5837             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5838             if ( !p.hasNext() ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             Phylogeny p_27 = p.next();
5842             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5843                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5844                 System.exit( -1 );
5845                 return false;
5846             }
5847             if ( p.hasNext() ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( p.next() != null ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             p.reset();
5854             if ( !p.hasNext() ) {
5855                 return false;
5856             }
5857             p_27 = p.next();
5858             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5859                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5860                 System.exit( -1 );
5861                 return false;
5862             }
5863             if ( p.hasNext() ) {
5864                 return false;
5865             }
5866             if ( p.next() != null ) {
5867                 return false;
5868             }
5869         }
5870         catch ( final Exception e ) {
5871             e.printStackTrace( System.out );
5872             return false;
5873         }
5874         return true;
5875     }
5876
5877     private static boolean testNHXconversion() {
5878         try {
5879             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5880             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5881             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5882             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5883             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5884                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5885             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5886                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5887             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5888                 return false;
5889             }
5890             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5891                 return false;
5892             }
5893             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5894                 return false;
5895             }
5896             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5897                 return false;
5898             }
5899             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905         }
5906         catch ( final Exception e ) {
5907             e.printStackTrace( System.out );
5908             return false;
5909         }
5910         return true;
5911     }
5912
5913     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5914         try {
5915             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
5916                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5917             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345x",
5921                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5922             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5923                 System.out.println( n1.toString() );
5924                 return false;
5925             }
5926             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
5927                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5928             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5929                 System.out.println( n2.toString() );
5930                 return false;
5931             }
5932             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345",
5933                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5934             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5935                 System.out.println( n3.toString() );
5936                 return false;
5937             }
5938             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345",
5939                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5940             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5941                 System.out.println( n4.toString() );
5942                 return false;
5943             }
5944             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345-blag",
5945                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5946             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5947                 System.out.println( n5.toString() );
5948                 return false;
5949             }
5950             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag",
5951                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5952             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5953                 System.out.println( n6.toString() );
5954                 return false;
5955             }
5956             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag",
5957                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5958             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5959                 System.out.println( n7.toString() );
5960                 return false;
5961             }
5962             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag",
5963                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5964             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5965                 System.out.println( n8.toString() );
5966                 return false;
5967             }
5968             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag",
5969                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5970             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5971                 System.out.println( n9.toString() );
5972                 return false;
5973             }
5974             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag",
5975                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5976             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "12X45" ) ) {
5977                 System.out.println( n10.toString() );
5978                 return false;
5979             }
5980             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus",
5981                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5982             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
5983                 System.out.println( n11.toString() );
5984                 return false;
5985             }
5986             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
5987                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5988             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
5989                 System.out.println( n12.toString() );
5990                 return false;
5991             }
5992             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
5993                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5994             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5995                 System.out.println( n13.toString() );
5996                 return false;
5997             }
5998             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
5999                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6000             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6001                 System.out.println( n14.toString() );
6002                 return false;
6003             }
6004             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
6005                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6006             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
6007                 System.out.println( n15.toString() );
6008                 return false;
6009             }
6010             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
6011                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6012             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6013                 System.out.println( n16.toString() );
6014                 return false;
6015             }
6016             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
6017                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6018             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6019                 System.out.println( n17.toString() );
6020                 return false;
6021             }
6022         }
6023         catch ( final Exception e ) {
6024             e.printStackTrace( System.out );
6025             return false;
6026         }
6027         return true;
6028     }
6029
6030     private static boolean testNHXNodeParsing() {
6031         try {
6032             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
6033             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
6034             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
6035             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
6036             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6037                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
6038             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
6039                 return false;
6040             }
6041             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6042                 return false;
6043             }
6044             if ( n3.isDuplication() ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
6057                 return false;
6058             }
6059             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
6060                 return false;
6061             }
6062             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
6063                 return false;
6064             }
6065             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             if ( !n5.isDuplication() ) {
6072                 return false;
6073             }
6074             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
6075                 return false;
6076             }
6077             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6078                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6079             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6086                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6087             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6094                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6095             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
6096                 return false;
6097             }
6098             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
6099                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6100             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
6107                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6108             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
6115                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6116             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
6120                 return false;
6121             }
6122             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
6123                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6124             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
6128                 return false;
6129             }
6130             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
6131                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6132             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
6139                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6140             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6141                 return false;
6142             }
6143             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
6147                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6148             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6149                 return false;
6150             }
6151             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
6155                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6156             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
6163                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6164             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
6171                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6172             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
6179                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6180             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
6181                 return false;
6182             }
6183             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
6187                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
6188                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6189             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
6196                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
6197                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6198             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
6205                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
6206                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6207             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
6214                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6215             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
6222                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6223             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6224                 return false;
6225             }
6226             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
6227                 return false;
6228             }
6229             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
6230                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6231             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
6238                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6239             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6246                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
6247                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6248             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
6249                 return false;
6250             }
6251             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6258                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
6259                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6260             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
6270                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6271             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
6278                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6279             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
6304                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
6305             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
6312             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6316                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6317             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6330                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6331             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6338                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
6339                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6340             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6350                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6351             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6361                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6362             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
6363                 return false;
6364             }
6365             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
6366                 return false;
6367             }
6368             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
6369                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
6370             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej",
6380                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6381             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
6388                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6389             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
6390                 return false;
6391             }
6392             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6393                 return false;
6394             }
6395             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
6396                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6397             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "sd_12345678",
6401                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
6402             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6403                 return false;
6404             }
6405         }
6406         catch ( final Exception e ) {
6407             e.printStackTrace( System.out );
6408             return false;
6409         }
6410         return true;
6411     }
6412
6413     private static boolean testNHXParsing() {
6414         try {
6415             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6416             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
6417             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
6418                 return false;
6419             }
6420             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
6421             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
6422             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
6426             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
6427             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             final Phylogeny[] p3 = factory
6431                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
6432                              new NHXParser() );
6433             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             final Phylogeny[] p4 = factory
6437                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
6438                              new NHXParser() );
6439             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             final Phylogeny[] p5 = factory
6443                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
6444                              new NHXParser() );
6445             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6446                 return false;
6447             }
6448             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6449             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6450             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
6451             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6455             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6456             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
6457             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
6461             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
6462             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
6463             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
6467             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6468                 return false;
6469             }
6470             final Phylogeny p10 = factory
6471                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
6472                              new NHXParser() )[ 0 ];
6473             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6474                 return false;
6475             }
6476         }
6477         catch ( final Exception e ) {
6478             e.printStackTrace( System.out );
6479             return false;
6480         }
6481         return true;
6482     }
6483
6484     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
6485         try {
6486             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6487             final NHXParser p = new NHXParser();
6488             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
6489             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
6493             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
6494                 return false;
6495             }
6496             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
6500                 return false;
6501             }
6502             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
6503                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
6510                 return false;
6511             }
6512             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
6513                 return false;
6514             }
6515             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             final NHXParser p1p = new NHXParser();
6522             p1p.setIgnoreQuotes( true );
6523             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
6524             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6525                 return false;
6526             }
6527             final NHXParser p2p = new NHXParser();
6528             p1p.setIgnoreQuotes( false );
6529             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
6530             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             final NHXParser p3p = new NHXParser();
6534             p3p.setIgnoreQuotes( false );
6535             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
6536             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             final NHXParser p4p = new NHXParser();
6540             p4p.setIgnoreQuotes( false );
6541             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
6542             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             final Phylogeny p10 = factory
6546                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
6547                              new NHXParser() )[ 0 ];
6548             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6549             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6553             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             //
6557             final Phylogeny p12 = factory
6558                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
6559                              new NHXParser() )[ 0 ];
6560             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6561             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6565             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6566                 return false;
6567             }
6568             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
6569             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6573             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6574                 return false;
6575             }
6576         }
6577         catch ( final Exception e ) {
6578             e.printStackTrace( System.out );
6579             return false;
6580         }
6581         return true;
6582     }
6583
6584     private static boolean testNHXParsingMB() {
6585         try {
6586             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6587             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6588                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6589                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6590                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6591                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6592                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6593                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6594                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6595                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6596             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6603                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             final Phylogeny p2 = factory
6613                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6614                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6615                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6616                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6617                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6618                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6619                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6620                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6621                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6622                              new NHXParser() )[ 0 ];
6623             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6627                 return false;
6628             }
6629         }
6630         catch ( final Exception e ) {
6631             e.printStackTrace( System.out );
6632             System.exit( -1 );
6633             return false;
6634         }
6635         return true;
6636     }
6637
6638     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6639         try {
6640             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6641             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6642             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6643             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6644             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6645                 return false;
6646             }
6647             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6651                 return false;
6652             }
6653             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6654             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6655             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6656             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6663             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6667                 return false;
6668             }
6669             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6670                 return false;
6671             }
6672         }
6673         catch ( final Exception e ) {
6674             e.printStackTrace( System.out );
6675             return false;
6676         }
6677         return true;
6678     }
6679
6680     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6681         try {
6682             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6683             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6684             try {
6685                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6686             }
6687             catch ( final Exception e ) {
6688                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6689             }
6690             if ( xml_parser == null ) {
6691                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6692                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6693                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6694                 }
6695                 else {
6696                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6697                 }
6698             }
6699             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6700                                                               xml_parser );
6701             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6702                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6703                 return false;
6704             }
6705             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6709             PhylogenyNode n = null;
6710             Distribution d = null;
6711             n = t1.getNode( "root node" );
6712             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             d = n.getNodeData().getDistribution();
6719             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             if ( d.getPolygons() != null ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6729                 return false;
6730             }
6731             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6735                 return false;
6736             }
6737             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6738                 return false;
6739             }
6740             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6741                 return false;
6742             }
6743             n = t1.getNode( "node a" );
6744             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6748                 return false;
6749             }
6750             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6751             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             if ( d.getPolygons() != null ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6761                 return false;
6762             }
6763             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6767                 return false;
6768             }
6769             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6770                 return false;
6771             }
6772             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6773                 return false;
6774             }
6775             n = t1.getNode( "node bb" );
6776             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6783             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6793                 return false;
6794             }
6795             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6808             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6815                 return false;
6816             }
6817             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6818                 return false;
6819             }
6820             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6821                 return false;
6822             }
6823             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6824                 return false;
6825             }
6826             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             p = d.getPolygons().get( 1 );
6830             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6831                 return false;
6832             }
6833             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6837                 return false;
6838             }
6839             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6840                 return false;
6841             }
6842             // Roundtrip:
6843             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6844             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6845             if ( rt.length != 1 ) {
6846                 return false;
6847             }
6848             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6849             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6850             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             d = n.getNodeData().getDistribution();
6857             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6858                 return false;
6859             }
6860             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( d.getPolygons() != null ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6882             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6883                 return false;
6884             }
6885             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6889             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             if ( d.getPolygons() != null ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6905                 return false;
6906             }
6907             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6908                 return false;
6909             }
6910             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6911                 return false;
6912             }
6913             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6914             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6921             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6928                 return false;
6929             }
6930             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6931                 return false;
6932             }
6933             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6937                 return false;
6938             }
6939             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6940                 return false;
6941             }
6942             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6943                 return false;
6944             }
6945             p = d.getPolygons().get( 0 );
6946             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6956                 return false;
6957             }
6958             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6959                 return false;
6960             }
6961             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6965                 return false;
6966             }
6967             p = d.getPolygons().get( 1 );
6968             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6972                 return false;
6973             }
6974             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6978                 return false;
6979             }
6980         }
6981         catch ( final Exception e ) {
6982             e.printStackTrace( System.out );
6983             return false;
6984         }
6985         return true;
6986     }
6987
6988     private static boolean testPostOrderIterator() {
6989         try {
6990             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6991             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6992             PhylogenyNodeIterator it0;
6993             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
6994                 it0.next();
6995             }
6996             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
6997                 it0.next();
6998             }
6999             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7000             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
7001             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7020                 return false;
7021             }
7022             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7023                 return false;
7024             }
7025             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7032                 return false;
7033             }
7034             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7035                 return false;
7036             }
7037             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             if ( it.hasNext() ) {
7047                 return false;
7048             }
7049         }
7050         catch ( final Exception e ) {
7051             e.printStackTrace( System.out );
7052             return false;
7053         }
7054         return true;
7055     }
7056
7057     private static boolean testPreOrderIterator() {
7058         try {
7059             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7060             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7061             PhylogenyNodeIterator it0;
7062             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
7063                 it0.next();
7064             }
7065             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7066                 it0.next();
7067             }
7068             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
7069             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7073                 return false;
7074             }
7075             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7076                 return false;
7077             }
7078             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7079                 return false;
7080             }
7081             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7082                 return false;
7083             }
7084             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7085                 return false;
7086             }
7087             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7088                 return false;
7089             }
7090             if ( it.hasNext() ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7094             it = t1.iteratorPreorder();
7095             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7105                 return false;
7106             }
7107             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7108                 return false;
7109             }
7110             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7111                 return false;
7112             }
7113             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7114                 return false;
7115             }
7116             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7117                 return false;
7118             }
7119             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7120                 return false;
7121             }
7122             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7123                 return false;
7124             }
7125             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7126                 return false;
7127             }
7128             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7129                 return false;
7130             }
7131             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7132                 return false;
7133             }
7134             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             if ( it.hasNext() ) {
7141                 return false;
7142             }
7143         }
7144         catch ( final Exception e ) {
7145             e.printStackTrace( System.out );
7146             return false;
7147         }
7148         return true;
7149     }
7150
7151     private static boolean testPropertiesMap() {
7152         try {
7153             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
7154             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7155             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7156             final Property p2 = new Property( "something:else",
7157                                               "?",
7158                                               "improbable:research",
7159                                               "xsd:decimal",
7160                                               AppliesTo.NODE );
7161             pm.addProperty( p0 );
7162             pm.addProperty( p1 );
7163             pm.addProperty( p2 );
7164             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7180                 return false;
7181             }
7182             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
7183             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
7187                 return false;
7188             }
7189             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7190                 return false;
7191             }
7192         }
7193         catch ( final Exception e ) {
7194             e.printStackTrace( System.out );
7195             return false;
7196         }
7197         return true;
7198     }
7199
7200     private static boolean testReIdMethods() {
7201         try {
7202             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7203             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7204             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
7205             p.levelOrderReID();
7206             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7222                 return false;
7223             }
7224             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7225                 return false;
7226             }
7227             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7228                 return false;
7229             }
7230             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7237                 return false;
7238             }
7239             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7240                 return false;
7241             }
7242             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7249                 return false;
7250             }
7251         }
7252         catch ( final Exception e ) {
7253             e.printStackTrace( System.out );
7254             return false;
7255         }
7256         return true;
7257     }
7258
7259     private static boolean testRerooting() {
7260         try {
7261             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7262             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
7263                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7264             if ( !t1.isRooted() ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7268             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7269             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7270             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7271             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7272             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7273             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7274             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7275             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7276             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7277             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7278             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7279             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7280             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7281             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7282             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7283             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7284             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7285             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7286             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7287             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7288             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7289             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7290             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7291             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7292             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7293             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7294             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7295             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
7299                 return false;
7300             }
7301             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7305                 return false;
7306             }
7307             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7308                 return false;
7309             }
7310             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
7311                 return false;
7312             }
7313             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
7314                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7315             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7316             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7317             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7318             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7319             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7320             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7321             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7322             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7323             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7324             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7325             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7326             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7327             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7328             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7329             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7330             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7331             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7332             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7333             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7334             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7335             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7336             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7337             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7338             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7339             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7340             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7341             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7342             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7343             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7344             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7345             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7346             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7347             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7348             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7349             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7350             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7351             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7352             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7353             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7354             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7355             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7356             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7357             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7358             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7359             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7360             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7364                 return false;
7365             }
7366             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7367             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7374             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7384             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7385                 return false;
7386             }
7387             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7388                 return false;
7389             }
7390             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7394             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7401             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7402                 return false;
7403             }
7404             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
7408                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7409             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7410             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7420             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7421                 return false;
7422             }
7423             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             t3.reRoot( t3.getRoot() );
7430             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7437                 return false;
7438             }
7439         }
7440         catch ( final Exception e ) {
7441             e.printStackTrace( System.out );
7442             return false;
7443         }
7444         return true;
7445     }
7446
7447     private static boolean testSDIse() {
7448         try {
7449             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7450             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
7451             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
7452             gene1.setRooted( true );
7453             species1.setRooted( true );
7454             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
7455             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             final Phylogeny species2 = factory
7459                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7460                              new NHXParser() )[ 0 ];
7461             final Phylogeny gene2 = factory
7462                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7463                              new NHXParser() )[ 0 ];
7464             species2.setRooted( true );
7465             gene2.setRooted( true );
7466             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
7467             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7468                 return false;
7469             }
7470             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
7471                 return false;
7472             }
7473             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
7474                 return false;
7475             }
7476             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
7483                 return false;
7484             }
7485             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
7486                 return false;
7487             }
7488             final Phylogeny species3 = factory
7489                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7490                              new NHXParser() )[ 0 ];
7491             final Phylogeny gene3 = factory
7492                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7493                              new NHXParser() )[ 0 ];
7494             species3.setRooted( true );
7495             gene3.setRooted( true );
7496             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
7497             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
7504                 return false;
7505             }
7506             final Phylogeny species4 = factory
7507                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7508                              new NHXParser() )[ 0 ];
7509             final Phylogeny gene4 = factory
7510                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7511                              new NHXParser() )[ 0 ];
7512             species4.setRooted( true );
7513             gene4.setRooted( true );
7514             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
7515             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7528                 return false;
7529             }
7530             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             final Phylogeny species5 = factory
7534                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7535                              new NHXParser() )[ 0 ];
7536             final Phylogeny gene5 = factory
7537                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7538                              new NHXParser() )[ 0 ];
7539             species5.setRooted( true );
7540             gene5.setRooted( true );
7541             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
7542             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
7561             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
7562             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
7563             final Phylogeny species6 = factory
7564                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7565                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7566                              new NHXParser() )[ 0 ];
7567             final Phylogeny gene6 = factory
7568                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
7569                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
7570                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
7571                              new NHXParser() )[ 0 ];
7572             species6.setRooted( true );
7573             gene6.setRooted( true );
7574             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7575             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7600                 return false;
7601             }
7602             sdi6.computeMappingCostL();
7603             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7613                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7614                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7615                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7616                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7617             species7.setRooted( true );
7618             final Phylogeny gene7_1 = Test
7619                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7620             gene7_1.setRooted( true );
7621             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7622             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7632                 return false;
7633             }
7634             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7641                 return false;
7642             }
7643             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7644                 return false;
7645             }
7646             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             final Phylogeny gene7_2 = Test
7650                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7651             gene7_2.setRooted( true );
7652             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7653             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7666                 return false;
7667             }
7668             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7672                 return false;
7673             }
7674             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7681                 return false;
7682             }
7683         }
7684         catch ( final Exception e ) {
7685             return false;
7686         }
7687         return true;
7688     }
7689
7690     private static boolean testSDIunrooted() {
7691         try {
7692             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7693             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7694             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7695             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7696             PhylogenyBranch br = iter.next();
7697             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7698                 return false;
7699             }
7700             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7701                 return false;
7702             }
7703             br = iter.next();
7704             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             br = iter.next();
7711             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             br = iter.next();
7718             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             br = iter.next();
7725             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7726                 return false;
7727             }
7728             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7729                 return false;
7730             }
7731             br = iter.next();
7732             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7736                 return false;
7737             }
7738             br = iter.next();
7739             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             br = iter.next();
7746             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             br = iter.next();
7753             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             br = iter.next();
7760             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             br = iter.next();
7767             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7768                 return false;
7769             }
7770             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             br = iter.next();
7774             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             br = iter.next();
7781             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             br = iter.next();
7788             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             br = iter.next();
7795             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             if ( iter.hasNext() ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7805             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7806             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7807             br = iter1.next();
7808             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             br = iter1.next();
7815             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7819                 return false;
7820             }
7821             br = iter1.next();
7822             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7823                 return false;
7824             }
7825             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7826                 return false;
7827             }
7828             if ( iter1.hasNext() ) {
7829                 return false;
7830             }
7831             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7832             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7833             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7834             br = iter2.next();
7835             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7836                 return false;
7837             }
7838             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7839                 return false;
7840             }
7841             br = iter2.next();
7842             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7843                 return false;
7844             }
7845             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7846                 return false;
7847             }
7848             br = iter2.next();
7849             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             if ( iter2.hasNext() ) {
7856                 return false;
7857             }
7858             final Phylogeny species0 = factory
7859                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7860                              new NHXParser() )[ 0 ];
7861             final Phylogeny gene1 = factory
7862                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7863                              new NHXParser() )[ 0 ];
7864             species0.setRooted( true );
7865             gene1.setRooted( true );
7866             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7867             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7868             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7881                 return false;
7882             }
7883             final Phylogeny gene2 = factory
7884                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7885                              new NHXParser() )[ 0 ];
7886             gene2.setRooted( true );
7887             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7888             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7898                 return false;
7899             }
7900             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             final Phylogeny species6 = factory
7904                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7905                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7906                              new NHXParser() )[ 0 ];
7907             final Phylogeny gene6 = factory
7908                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7909                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7910                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7911                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7912                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7913                              new NHXParser() )[ 0 ];
7914             species6.setRooted( true );
7915             gene6.setRooted( true );
7916             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7917             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7918                 return false;
7919             }
7920             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7921                 return false;
7922             }
7923             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7936                 return false;
7937             }
7938             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7939                 return false;
7940             }
7941             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7942                 return false;
7943             }
7944             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7945                 return false;
7946             }
7947             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7948                 return false;
7949             }
7950             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7951                 return false;
7952             }
7953             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7954                 return false;
7955             }
7956             p6 = null;
7957             final Phylogeny species7 = factory
7958                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7959                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7960                              new NHXParser() )[ 0 ];
7961             final Phylogeny gene7 = factory
7962                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7963                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7964                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7965                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7966                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7967                              new NHXParser() )[ 0 ];
7968             species7.setRooted( true );
7969             gene7.setRooted( true );
7970             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
7971             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7996                 return false;
7997             }
7998             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7999                 return false;
8000             }
8001             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8002                 return false;
8003             }
8004             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8005                 return false;
8006             }
8007             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8008                 return false;
8009             }
8010             p7 = null;
8011             final Phylogeny species8 = factory
8012                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8013                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8014                              new NHXParser() )[ 0 ];
8015             final Phylogeny gene8 = factory
8016                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8017                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8018                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8019                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8020                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8021                              new NHXParser() )[ 0 ];
8022             species8.setRooted( true );
8023             gene8.setRooted( true );
8024             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
8025             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8038                 return false;
8039             }
8040             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8041                 return false;
8042             }
8043             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8050                 return false;
8051             }
8052             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8059                 return false;
8060             }
8061             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8062                 return false;
8063             }
8064             p8 = null;
8065         }
8066         catch ( final Exception e ) {
8067             e.printStackTrace( System.out );
8068             return false;
8069         }
8070         return true;
8071     }
8072
8073     private static boolean testSplit() {
8074         try {
8075             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8076             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8077             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
8078             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8079             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8080             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8081             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8082             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8083             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8084             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8085             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8086             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8087             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8088             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
8089             // System.out.println( s0.toString() );
8090             //
8091             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8092             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8093             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8094             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8100             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8101             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8102             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8105             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8106                 return false;
8107             }
8108             //
8109             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8110             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8111             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8113             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             //
8117             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8118             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8122             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             //
8126             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8127             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8131             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8132                 return false;
8133             }
8134             //
8135             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8136             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8139             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             //
8143             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8144             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8145             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8146             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             //
8150             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8152             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8156             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8157                 return false;
8158             }
8159             //
8160             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8162             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8163             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8164             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             //
8168             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8170             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8171             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8172             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8173             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8174                 return false;
8175             }
8176             //
8177             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8178             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8179             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8180             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             //
8184             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8189             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8190                 return false;
8191             }
8192             //
8193             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             //
8203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8207             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8208                 return false;
8209             }
8210             //
8211             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8214             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             //
8218             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8221             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8222                 return false;
8223             }
8224             //
8225             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8228             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             //
8232             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8235             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8236                 return false;
8237             }
8238             //
8239             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8242             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             //
8246             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8247             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8249             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8250                 return false;
8251             }
8252             //
8253             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8254             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8255             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8256             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8257             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8258                 return false;
8259             }
8260             //
8261             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8263             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8264             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8265             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8266                 return false;
8267             }
8268             //
8269             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8271             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8273             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8274                 return false;
8275             }
8276             //
8277             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8281             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8282             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8283                 return false;
8284             }
8285             /////////
8286             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8287             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8288             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8289             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8290             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8291             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8292             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8293             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8294             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8295             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8296             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8297             //                return false;
8298             //            }
8299             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8300             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8301             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8302             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8303             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8304             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8305             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8306             //                return false;
8307             //            }
8308             //            //
8309             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8310             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8311             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8312             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8313             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8314             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8315             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8316             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8317             //                return false;
8318             //            }
8319             //            //
8320             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8321             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8322             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8323             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8324             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8325             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8326             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8327             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8328             //                return false;
8329             //            }
8330             //            //
8331             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8332             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8333             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8334             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8335             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8336             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8337             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8338             //                return false;
8339             //            }
8340             //            //
8341             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8342             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8343             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8344             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8345             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8346             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8347             //                return false;
8348             //            }
8349             //
8350             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8354             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8355             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8356                 return false;
8357             }
8358             //
8359             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8361             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8362             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8363             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8364             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8365                 return false;
8366             }
8367             ///////////////////////////
8368             //
8369             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8370             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8371             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8372             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8374             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             //
8378             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8379             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8383             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8384                 return false;
8385             }
8386             //
8387             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8389             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8392             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             //
8396             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8397             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8398             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8401             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             //
8405             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8406             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8407             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8410             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             //
8414             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8417             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8418             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8419                 return false;
8420             }
8421             //
8422             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8424             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8425             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8426             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8427             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8428             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8429                 return false;
8430             }
8431             //
8432             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8433             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8434             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8435             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8438             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             //
8442             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8448             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             //
8452             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8453             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8457             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8459             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8460                 return false;
8461             }
8462         }
8463         catch ( final Exception e ) {
8464             e.printStackTrace();
8465             return false;
8466         }
8467         return true;
8468     }
8469
8470     private static boolean testSplitStrict() {
8471         try {
8472             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8473             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8474             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8475             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8476             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8477             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8478             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8479             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8480             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8481             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8482             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
8483             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8486             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8490             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8497             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             //
8501             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8504             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8505             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8506                 return false;
8507             }
8508             //
8509             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8514             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8515                 return false;
8516             }
8517             //
8518             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8523             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8524                 return false;
8525             }
8526             //
8527             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8531             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             //
8535             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8536             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8538             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8539                 return false;
8540             }
8541             //
8542             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8544             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8545             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8548             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8549                 return false;
8550             }
8551             //
8552             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8553             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8554             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8556             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             //
8560             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8562             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8565             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             //
8569             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8570             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8571             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8572             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8573                 return false;
8574             }
8575             //
8576             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8578             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8579             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8580             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8581             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8582                 return false;
8583             }
8584             //
8585             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8588             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8589             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8590             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8591             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             //
8595             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8599             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             //
8603             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8604             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8605             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8606             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8607                 return false;
8608             }
8609             //
8610             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8611             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8612             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8613             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             //
8617             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8620             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             //
8624             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8627             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8628                 return false;
8629             }
8630             //
8631             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8634             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             //
8638             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8639             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8641             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8642                 return false;
8643             }
8644             //
8645             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8647             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8648             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8649             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             //
8653             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8655             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8656             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8657             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             //
8661             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8665             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8666                 return false;
8667             }
8668             //
8669             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8674             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8675                 return false;
8676             }
8677         }
8678         catch ( final Exception e ) {
8679             e.printStackTrace();
8680             return false;
8681         }
8682         return true;
8683     }
8684
8685     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8686         try {
8687             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8688             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8689             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8690             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8691                 return false;
8692             }
8693             t1.toNewHampshireX();
8694             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8695             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             t1.toNewHampshireX();
8699             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8700             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8701                 return false;
8702             }
8703             t1.toNewHampshireX();
8704             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8705             t1.toNewHampshireX();
8706             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8707                 return false;
8708             }
8709             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8710             t1.toNewHampshireX();
8711             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8712                 return false;
8713             }
8714             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8715             t1.toNewHampshireX();
8716             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8717                 return false;
8718             }
8719             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8720             t1.toNewHampshireX();
8721             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8722                 return false;
8723             }
8724             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8725             t1.toNewHampshireX();
8726             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8730             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             if ( !t1.isEmpty() ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8737             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8738             t2.toNewHampshireX();
8739             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8743             t2.toNewHampshireX();
8744             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8745                 return false;
8746             }
8747             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8748             t2.toNewHampshireX();
8749             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8750                 return false;
8751             }
8752         }
8753         catch ( final Exception e ) {
8754             e.printStackTrace( System.out );
8755             return false;
8756         }
8757         return true;
8758     }
8759
8760     private static boolean testSupportCount() {
8761         try {
8762             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8763             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8764             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8765                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8766                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8767                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8768                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8769                                                               new NHXParser() );
8770             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8771             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8772             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8773                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8774                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8775                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8776                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8777                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8778                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8779                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8780                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8781                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8782                                                               new NHXParser() );
8783             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8784             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8785             while ( it.hasNext() ) {
8786                 final PhylogenyNode n = it.next();
8787                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8788                     return false;
8789                 }
8790             }
8791             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8792             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8793                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8794             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8795             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8796             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8797                 return false;
8798             }
8799             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8800                 return false;
8801             }
8802             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8803                 return false;
8804             }
8805             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8806                 return false;
8807             }
8808             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8809                 return false;
8810             }
8811             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8812                 return false;
8813             }
8814             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8815                 return false;
8816             }
8817             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8827             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8828                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8829             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8830             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8831             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8832                 return false;
8833             }
8834             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8835                 return false;
8836             }
8837             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8838                 return false;
8839             }
8840             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8841                 return false;
8842             }
8843             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8844                 return false;
8845             }
8846             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8847                 return false;
8848             }
8849             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8850                 return false;
8851             }
8852             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8853                 return false;
8854             }
8855             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8859                 return false;
8860             }
8861             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8862             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8863             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8864             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8865                 return false;
8866             }
8867             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8868             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8869             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8870             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8871                 return false;
8872             }
8873             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8874             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8875             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8876             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8880             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8881             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8882             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8883                 return false;
8884             }
8885         }
8886         catch ( final Exception e ) {
8887             e.printStackTrace( System.out );
8888             return false;
8889         }
8890         return true;
8891     }
8892
8893     private static boolean testSupportTransfer() {
8894         try {
8895             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8896             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8897                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8898             final Phylogeny p2 = factory
8899                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8900             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8901                 return false;
8902             }
8903             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8904                 return false;
8905             }
8906             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8907             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8908             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8915                 return false;
8916             }
8917             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8918                 return false;
8919             }
8920             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8921                 return false;
8922             }
8923             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
8924                 return false;
8925             }
8926             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
8927                 return false;
8928             }
8929             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
8930                 return false;
8931             }
8932         }
8933         catch ( final Exception e ) {
8934             e.printStackTrace( System.out );
8935             return false;
8936         }
8937         return true;
8938     }
8939
8940     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
8941         try {
8942             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
8943                                                                                                  10 );
8944             if ( results.size() != 1 ) {
8945                 return false;
8946             }
8947             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             results = null;
8963             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
8964             if ( results.size() != 1 ) {
8965                 return false;
8966             }
8967             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8968                 return false;
8969             }
8970             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8971                 return false;
8972             }
8973             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8974                 return false;
8975             }
8976             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8977                 return false;
8978             }
8979             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8980                 return false;
8981             }
8982             results = null;
8983             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
8984             if ( results.size() != 1 ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8988                 return false;
8989             }
8990             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8991                 return false;
8992             }
8993             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8997                 return false;
8998             }
8999             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9000                 return false;
9001             }
9002             results = null;
9003             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
9004             if ( results.size() != 1 ) {
9005                 return false;
9006             }
9007             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9008                 return false;
9009             }
9010             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9011                 return false;
9012             }
9013             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9014                 return false;
9015             }
9016             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9017                 return false;
9018             }
9019             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9020                 return false;
9021             }
9022             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
9023                 return false;
9024             }
9025             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
9026                 return false;
9027             }
9028             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
9029                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9030                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
9031                 return false;
9032             }
9033         }
9034         catch ( final IOException e ) {
9035             System.out.println();
9036             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9037             e.printStackTrace( System.out );
9038             return true;
9039         }
9040         catch ( final Exception e ) {
9041             return false;
9042         }
9043         return true;
9044     }
9045
9046     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
9047         //The format for GenBank Accession numbers are:
9048         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
9049         //Protein:    3 letters + 5 numerals
9050         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
9051         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
9052             return false;
9053         }
9054         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
9055             return false;
9056         }
9057         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
9058             return false;
9059         }
9060         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
9061             return false;
9062         }
9063         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
9064             return false;
9065         }
9066         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
9067             return false;
9068         }
9069         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
9070             return false;
9071         }
9072         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
9073             return false;
9074         }
9075         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
9076             return false;
9077         }
9078         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
9079             return false;
9080         }
9081         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9082             return false;
9083         }
9084         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9085             return false;
9086         }
9087         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
9088             return false;
9089         }
9090         return true;
9091     }
9092
9093     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
9094         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9095             return false;
9096         }
9097         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
9098             return false;
9099         }
9100         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
9101             return false;
9102         }
9103         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
9104             return false;
9105         }
9106         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
9107             return false;
9108         }
9109         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
9110             return false;
9111         }
9112         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
9113             return false;
9114         }
9115         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
9116             return false;
9117         }
9118         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
9119             return false;
9120         }
9121         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9122             return false;
9123         }
9124         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9125             return false;
9126         }
9127         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9128             return false;
9129         }
9130         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9131             return false;
9132         }
9133         try {
9134             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
9135             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
9136                 return false;
9137             }
9138             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
9139                 return false;
9140             }
9141             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
9142                 return false;
9143             }
9144             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
9145                 return false;
9146             }
9147             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
9148                 return false;
9149             }
9150         }
9151         catch ( final IOException e ) {
9152             System.out.println();
9153             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9154             e.printStackTrace( System.out );
9155             return true;
9156         }
9157         catch ( final Exception e ) {
9158             return false;
9159         }
9160         return true;
9161     }
9162
9163     private static boolean testWabiTxSearch() {
9164         try {
9165             String result = "";
9166             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
9167             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
9168             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
9169                 return false;
9170             }
9171             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
9172             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
9173                 return false;
9174             }
9175             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
9176             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
9177                 return false;
9178             }
9179             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
9180             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9181                 return false;
9182             }
9183             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9184             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
9185                 return false;
9186             }
9187             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
9188             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
9189                 return false;
9190             }
9191             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
9192             queries.add( "Campylobacter coli" );
9193             queries.add( "Escherichia coli" );
9194             queries.add( "Arabidopsis" );
9195             queries.add( "Trichoplax" );
9196             queries.add( "Samanea saman" );
9197             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
9198             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9199             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
9200             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
9201             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
9202             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
9203             ranks.add( RANKS.FAMILY );
9204             ranks.add( RANKS.GENUS );
9205             ranks.add( RANKS.TRIBE );
9206             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
9207             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
9208             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
9209         }
9210         catch ( final Exception e ) {
9211             System.out.println();
9212             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9213             e.printStackTrace( System.out );
9214             return false;
9215         }
9216         return true;
9217     }
9218
9219     private static boolean testAminoAcidSequence() {
9220         try {
9221             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
9222             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
9223                 return false;
9224             }
9225             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
9226                 return false;
9227             }
9228             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
9229                 return false;
9230             }
9231             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
9232                 return false;
9233             }
9234             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
9235             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
9236                 return false;
9237             }
9238             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
9239             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9240                 return false;
9241             }
9242             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
9243             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9244                 return false;
9245             }
9246         }
9247         catch ( final Exception e ) {
9248             e.printStackTrace();
9249             return false;
9250         }
9251         return true;
9252     }
9253
9254     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
9255         try {
9256             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
9257             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
9258                 return false;
9259             }
9260             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
9261                 return false;
9262             }
9263             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
9264             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
9268                 return false;
9269             }
9270         }
9271         catch ( final Exception e ) {
9272             e.printStackTrace();
9273             return false;
9274         }
9275         return true;
9276     }
9277
9278     private static boolean testFastaParser() {
9279         try {
9280             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
9281                 return false;
9282             }
9283             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
9284                 return false;
9285             }
9286             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
9287             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
9288                 return false;
9289             }
9290             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
9291                 return false;
9292             }
9293             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
9294                 return false;
9295             }
9296             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
9303                 return false;
9304             }
9305         }
9306         catch ( final Exception e ) {
9307             e.printStackTrace();
9308             return false;
9309         }
9310         return true;
9311     }
9312
9313     private static boolean testGeneralMsaParser() {
9314         try {
9315             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
9316             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
9317             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
9318             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
9319             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
9320             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
9321             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
9322             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
9323             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9324                 return false;
9325             }
9326             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9327                 return false;
9328             }
9329             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9330                 return false;
9331             }
9332             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9333                 return false;
9334             }
9335             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9339                 return false;
9340             }
9341             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9345                 return false;
9346             }
9347             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9348                 return false;
9349             }
9350             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9351                 return false;
9352             }
9353             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9354                 return false;
9355             }
9356             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9357                 return false;
9358             }
9359             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
9360             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9361                 return false;
9362             }
9363             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9364                 return false;
9365             }
9366             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9367                 return false;
9368             }
9369             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
9370             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
9371                 return false;
9372             }
9373             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
9374                 return false;
9375             }
9376             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
9377                 return false;
9378             }
9379             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
9380             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9384                 return false;
9385             }
9386             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9387                 return false;
9388             }
9389         }
9390         catch ( final Exception e ) {
9391             e.printStackTrace();
9392             return false;
9393         }
9394         return true;
9395     }
9396
9397     private static boolean testMafft( final String path ) {
9398         try {
9399             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
9400             opts.add( "--maxiterate" );
9401             opts.add( "1000" );
9402             opts.add( "--localpair" );
9403             opts.add( "--quiet" );
9404             Msa msa = null;
9405             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
9406             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
9407             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
9408                 return false;
9409             }
9410             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
9411                 return false;
9412             }
9413         }
9414         catch ( final Exception e ) {
9415             e.printStackTrace( System.out );
9416             return false;
9417         }
9418         return true;
9419     }
9420
9421     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
9422         try {
9423             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9424             PhylogenyNode n;
9425             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9426             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9427             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
9428             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9429             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9430             n = t0.getFirstExternalNode();
9431             while ( n != null ) {
9432                 ext.add( n );
9433                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9434             }
9435             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9436                 return false;
9437             }
9438             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9439                 return false;
9440             }
9441             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9442                 return false;
9443             }
9444             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
9445                 return false;
9446             }
9447             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
9448                 return false;
9449             }
9450             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
9451                 return false;
9452             }
9453             ext.clear();
9454             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9455             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
9456             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9457             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9458             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9459             n = t1.getNode( "ab" );
9460             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9461             while ( n != null ) {
9462                 ext.add( n );
9463                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9464             }
9465             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9466                 return false;
9467             }
9468             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9469                 return false;
9470             }
9471             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9472                 return false;
9473             }
9474             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
9475                 return false;
9476             }
9477             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
9478                 return false;
9479             }
9480             //
9481             //
9482             ext.clear();
9483             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9484             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
9485             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9486             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9487             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9488             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9489             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9490             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9491             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9492             n = t2.getNode( "ab" );
9493             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9494             while ( n != null ) {
9495                 ext.add( n );
9496                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9497             }
9498             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9499                 return false;
9500             }
9501             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9502                 return false;
9503             }
9504             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             //
9511             //
9512             ext.clear();
9513             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9514             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
9515             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9516             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9517             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9518             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9519             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9520             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9521             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9522             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9523             n = t3.getNode( "ab" );
9524             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9525             while ( n != null ) {
9526                 ext.add( n );
9527                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9528             }
9529             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9530                 return false;
9531             }
9532             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9533                 return false;
9534             }
9535             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9536                 return false;
9537             }
9538             //
9539             //
9540             ext.clear();
9541             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9542             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
9543             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9544             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9545             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9546             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9547             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9548             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9549             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9550             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9551             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
9552             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
9553             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
9554                 return false;
9555             }
9556             //
9557             //
9558             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9559             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
9560             ext.clear();
9561             n = t5.getFirstExternalNode();
9562             while ( n != null ) {
9563                 ext.add( n );
9564                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9565             }
9566             if ( ext.size() != 8 ) {
9567                 return false;
9568             }
9569             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9570                 return false;
9571             }
9572             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9573                 return false;
9574             }
9575             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9576                 return false;
9577             }
9578             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9579                 return false;
9580             }
9581             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9582                 return false;
9583             }
9584             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             //
9594             //
9595             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9596             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9597             ext.clear();
9598             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9599             n = t6.getNode( "ab" );
9600             while ( n != null ) {
9601                 ext.add( n );
9602                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9603             }
9604             if ( ext.size() != 7 ) {
9605                 return false;
9606             }
9607             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9608                 return false;
9609             }
9610             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9611                 return false;
9612             }
9613             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9614                 return false;
9615             }
9616             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9617                 return false;
9618             }
9619             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9620                 return false;
9621             }
9622             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9623                 return false;
9624             }
9625             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9626                 return false;
9627             }
9628             //
9629             //
9630             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9631             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9632             ext.clear();
9633             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9634             n = t7.getNode( "a" );
9635             while ( n != null ) {
9636                 ext.add( n );
9637                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9638             }
9639             if ( ext.size() != 7 ) {
9640                 return false;
9641             }
9642             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9643                 return false;
9644             }
9645             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9646                 return false;
9647             }
9648             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9649                 return false;
9650             }
9651             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9652                 return false;
9653             }
9654             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9655                 return false;
9656             }
9657             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9658                 return false;
9659             }
9660             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9661                 return false;
9662             }
9663             //
9664             //
9665             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9666             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9667             ext.clear();
9668             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9669             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9670             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9671             n = t8.getNode( "a" );
9672             while ( n != null ) {
9673                 ext.add( n );
9674                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9675             }
9676             if ( ext.size() != 7 ) {
9677                 return false;
9678             }
9679             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9680                 return false;
9681             }
9682             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9683                 return false;
9684             }
9685             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9686                 System.out.println( "2 fail" );
9687                 return false;
9688             }
9689             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9690                 return false;
9691             }
9692             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9693                 return false;
9694             }
9695             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9696                 return false;
9697             }
9698             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9699                 return false;
9700             }
9701             //
9702             //
9703             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9704             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9705             ext.clear();
9706             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9707             n = t9.getNode( "a" );
9708             while ( n != null ) {
9709                 ext.add( n );
9710                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9711             }
9712             if ( ext.size() != 7 ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9719                 return false;
9720             }
9721             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9722                 return false;
9723             }
9724             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9725                 return false;
9726             }
9727             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9728                 return false;
9729             }
9730             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9731                 return false;
9732             }
9733             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9734                 return false;
9735             }
9736             //
9737             //
9738             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9739             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9740             ext.clear();
9741             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9742             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9743             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9744             n = t10.getNode( "a" );
9745             while ( n != null ) {
9746                 ext.add( n );
9747                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9748             }
9749             if ( ext.size() != 7 ) {
9750                 return false;
9751             }
9752             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9753                 return false;
9754             }
9755             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9756                 return false;
9757             }
9758             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9759                 return false;
9760             }
9761             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9762                 return false;
9763             }
9764             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9765                 return false;
9766             }
9767             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9768                 return false;
9769             }
9770             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9771                 return false;
9772             }
9773             //
9774             //
9775             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9776             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9777             ext.clear();
9778             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9779             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9780             n = t11.getNode( "a" );
9781             while ( n != null ) {
9782                 ext.add( n );
9783                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9784             }
9785             if ( ext.size() != 6 ) {
9786                 return false;
9787             }
9788             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9789                 return false;
9790             }
9791             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9792                 return false;
9793             }
9794             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9795                 return false;
9796             }
9797             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9798                 return false;
9799             }
9800             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9801                 return false;
9802             }
9803             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9804                 return false;
9805             }
9806             //
9807             //
9808             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9809             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9810             ext.clear();
9811             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9812             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9813             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9814             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9815             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9816             n = t12.getNode( "a" );
9817             while ( n != null ) {
9818                 ext.add( n );
9819                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9820             }
9821             if ( ext.size() != 6 ) {
9822                 return false;
9823             }
9824             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9825                 return false;
9826             }
9827             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9828                 return false;
9829             }
9830             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9831                 return false;
9832             }
9833             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9834                 return false;
9835             }
9836             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9837                 return false;
9838             }
9839             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9840                 return false;
9841             }
9842             //
9843             //
9844             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9845             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9846             ext.clear();
9847             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9848             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9849             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9850             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9851             n = t13.getNode( "ab" );
9852             while ( n != null ) {
9853                 ext.add( n );
9854                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9855             }
9856             if ( ext.size() != 5 ) {
9857                 return false;
9858             }
9859             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9860                 return false;
9861             }
9862             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9863                 return false;
9864             }
9865             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9866                 return false;
9867             }
9868             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9869                 return false;
9870             }
9871             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9872                 return false;
9873             }
9874             //
9875             //
9876             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9877             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9878             ext.clear();
9879             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9880             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9881             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9882             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9883             n = t14.getNode( "ab" );
9884             while ( n != null ) {
9885                 ext.add( n );
9886                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9887             }
9888             if ( ext.size() != 5 ) {
9889                 return false;
9890             }
9891             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9892                 return false;
9893             }
9894             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9895                 return false;
9896             }
9897             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9898                 return false;
9899             }
9900             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9901                 return false;
9902             }
9903             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9904                 return false;
9905             }
9906             //
9907             //
9908             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9909             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9910             ext.clear();
9911             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9912             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9913             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9914             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9915             n = t15.getNode( "ab" );
9916             while ( n != null ) {
9917                 ext.add( n );
9918                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9919             }
9920             if ( ext.size() != 6 ) {
9921                 return false;
9922             }
9923             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9927                 return false;
9928             }
9929             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9930                 return false;
9931             }
9932             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9933                 return false;
9934             }
9935             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
9936                 return false;
9937             }
9938             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9939                 return false;
9940             }
9941             //
9942             //
9943             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9944             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
9945             ext.clear();
9946             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9947             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9948             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9949             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9950             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9951             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9952             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9953             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
9954             n = t16.getNode( "ab" );
9955             while ( n != null ) {
9956                 ext.add( n );
9957                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9958             }
9959             if ( ext.size() != 4 ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9972                 return false;
9973             }
9974         }
9975         catch ( final Exception e ) {
9976             e.printStackTrace( System.out );
9977             return false;
9978         }
9979         return true;
9980     }
9981
9982     private static boolean testMsaQualityMethod() {
9983         try {
9984             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
9985             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
9986             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
9987             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
9988             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
9989             l.add( s0 );
9990             l.add( s1 );
9991             l.add( s2 );
9992             l.add( s3 );
9993             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
9994             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
9995                 return false;
9996             }
9997             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
9998                 return false;
9999             }
10000             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
10001                 return false;
10002             }
10003             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
10004                 return false;
10005             }
10006         }
10007         catch ( final Exception e ) {
10008             e.printStackTrace( System.out );
10009             return false;
10010         }
10011         return true;
10012     }
10013
10014     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10015         try {
10016             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10017             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10018                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10019                 if ( id != null ) {
10020                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10021                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10022                 }
10023                 return false;
10024             }
10025             //
10026             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10027             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10028                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10029                 if ( id != null ) {
10030                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10031                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10032                 }
10033                 return false;
10034             }
10035             //
10036             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10037             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10038                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10039                 if ( id != null ) {
10040                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10041                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10042                 }
10043                 return false;
10044             }
10045             //
10046             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
10047             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10048                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10049                 if ( id != null ) {
10050                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10051                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10052                 }
10053                 return false;
10054             }
10055             //
10056             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10057             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10058                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10059                 if ( id != null ) {
10060                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10061                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10062                 }
10063                 return false;
10064             }
10065             //
10066             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10067             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10068                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10069                 if ( id != null ) {
10070                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10071                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10072                 }
10073                 return false;
10074             }
10075             //
10076             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10077             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10078                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10079                 if ( id != null ) {
10080                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10081                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10082                 }
10083                 return false;
10084             }
10085             //
10086             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10087             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10088                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10089                 if ( id != null ) {
10090                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10091                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10092                 }
10093                 return false;
10094             }
10095             //
10096             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10097             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10098                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10099                 if ( id != null ) {
10100                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10101                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10102                 }
10103                 return false;
10104             }
10105             //
10106             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
10107             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10108                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10109                 if ( id != null ) {
10110                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10111                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10112                 }
10113                 return false;
10114             }
10115             //
10116             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
10117             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10118                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10119                 if ( id != null ) {
10120                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10121                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10122                 }
10123                 return false;
10124             }
10125             //
10126             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
10127             if ( id != null ) {
10128                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10129                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10130                 return false;
10131             }
10132             // lcl_91970_unknown_
10133         }
10134         catch ( final Exception e ) {
10135             e.printStackTrace( System.out );
10136             return false;
10137         }
10138         return true;
10139     }
10140 }