forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Date;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Iterator;
  37 import java.util.List;
  38 import java.util.Locale;
  39 import java.util.Set;
  40 import java.util.SortedSet;
  41
  42 import org.forester.application.support_transfer;
  43 import org.forester.archaeopteryx.TreePanelUtil;
  44 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  45 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  46 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  47 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  48 import org.forester.go.TestGo;
  49 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  50 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  51 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  52 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  53 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  55 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  56 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  57 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  58 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  59 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  60 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  61 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  62 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  63 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  64 import org.forester.msa.BasicMsa;
  65 import org.forester.msa.Mafft;
  66 import org.forester.msa.Msa;
  67 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  68 import org.forester.msa.MsaMethods;
  69 import org.forester.pccx.TestPccx;
  70 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  71 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  72 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  73 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  74 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Accession.Source;
  77 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  78 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  81 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  83 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  84 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  85 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  86 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  87 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  88 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  89 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  90 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  91 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  92 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  93 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  94 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  95 import org.forester.protein.BasicDomain;
  96 import org.forester.protein.BasicProtein;
  97 import org.forester.protein.Domain;
  98 import org.forester.protein.Protein;
  99 import org.forester.protein.ProteinId;
 100 import org.forester.rio.TestRIO;
 101 import org.forester.sdi.SDI;
 102 import org.forester.sdi.SDIR;
 103 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 104 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 105 import org.forester.sequence.Sequence;
 106 import org.forester.species.BasicSpecies;
 107 import org.forester.species.Species;
 108 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
 109 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
 110 import org.forester.tools.SupportCount;
 111 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 112 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 113 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 114 import org.forester.util.BasicTable;
 115 import org.forester.util.BasicTableParser;
 116 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 117 import org.forester.util.ForesterConstants;
 118 import org.forester.util.ForesterUtil;
 119 import org.forester.util.GeneralTable;
 120 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 121 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 122 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 123 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 124 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 125 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 126 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 127 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 128
 129 @SuppressWarnings( "unused")
 130 public final class Test {
 131
 132     private final static boolean PERFORM_DB_TESTS          = false;
 133     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 134     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 135                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 136                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 137     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 138                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 139                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 140     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 141     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 142                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 143                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 144     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 145                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 146                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 147
 148     public static boolean testOverlapRemoval() {
 149         try {
 150             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 151             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", ( short ) 7, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 152             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", ( short ) 0, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 153             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", ( short ) 9, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 154             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", ( short ) 7, ( short ) 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 155             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 156             covered.add( true ); // 0
 157             covered.add( false ); // 1
 158             covered.add( true ); // 2
 159             covered.add( false ); // 3
 160             covered.add( true ); // 4
 161             covered.add( true ); // 5
 162             covered.add( false ); // 6
 163             covered.add( true ); // 7
 164             covered.add( true ); // 8
 165             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d0, covered ) != 3 ) {
 166                 return false;
 167             }
 168             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d1, covered ) != 2 ) {
 169                 return false;
 170             }
 171             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d2, covered ) != 6 ) {
 172                 return false;
 173             }
 174             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d3, covered ) != 0 ) {
 175                 return false;
 176             }
 177             if ( ForesterUtil.calculateOverlap( d4, covered ) != 2 ) {
 178                 return false;
 179             }
 180             final Domain a = new BasicDomain( "a", ( short ) 2, ( short ) 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 1, -1 );
 181             final Domain b = new BasicDomain( "b", ( short ) 2, ( short ) 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, -1 );
 182             final Protein ab = new BasicProtein( "ab", "varanus", 0 );
 183             ab.addProteinDomain( a );
 184             ab.addProteinDomain( b );
 185             final Protein ab_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, ab );
 186             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             if ( ab_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 190                 return false;
 191             }
 192             if ( !ab_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 193                 return false;
 194             }
 195             final Protein ab_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 4, false, ab );
 196             if ( ab.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 197                 return false;
 198             }
 199             if ( ab_s1.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 200                 return false;
 201             }
 202             final Domain c = new BasicDomain( "c", ( short ) 20000, ( short ) 20500, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 203             final Domain d = new BasicDomain( "d",
 204                                               ( short ) 10000,
 205                                               ( short ) 10500,
 206                                               ( short ) 1,
 207                                               ( short ) 1,
 208                                               0.0000001,
 209                                               1 );
 210             final Domain e = new BasicDomain( "e", ( short ) 5000, ( short ) 5500, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 211             final Protein cde = new BasicProtein( "cde", "varanus", 0 );
 212             cde.addProteinDomain( c );
 213             cde.addProteinDomain( d );
 214             cde.addProteinDomain( e );
 215             final Protein cde_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, cde );
 216             if ( cde.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 217                 return false;
 218             }
 219             if ( cde_s0.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 220                 return false;
 221             }
 222             final Domain f = new BasicDomain( "f", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 223             final Domain g = new BasicDomain( "g", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 224             final Domain h = new BasicDomain( "h", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 225             final Domain i = new BasicDomain( "i", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 1 );
 226             final Domain i2 = new BasicDomain( "i", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.5, 10 );
 227             final Protein fghi = new BasicProtein( "fghi", "varanus", 0 );
 228             fghi.addProteinDomain( f );
 229             fghi.addProteinDomain( g );
 230             fghi.addProteinDomain( h );
 231             fghi.addProteinDomain( i );
 232             fghi.addProteinDomain( i );
 233             fghi.addProteinDomain( i );
 234             fghi.addProteinDomain( i2 );
 235             final Protein fghi_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, fghi );
 236             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 237                 return false;
 238             }
 239             if ( fghi_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 240                 return false;
 241             }
 242             if ( !fghi_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "h" ) ) {
 243                 return false;
 244             }
 245             final Protein fghi_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, fghi );
 246             if ( fghi.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 247                 return false;
 248             }
 249             if ( fghi_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 250                 return false;
 251             }
 252             final Domain j = new BasicDomain( "j", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 10, 1 );
 253             final Domain k = new BasicDomain( "k", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.01, 1 );
 254             final Domain l = new BasicDomain( "l", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.0001, 1 );
 255             final Domain m = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 256             final Domain m0 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 257             final Domain m1 = new BasicDomain( "m", ( short ) 10, ( short ) 20, ( short ) 3, ( short ) 4, 0.5, 1 );
 258             final Domain m2 = new BasicDomain( "m", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 259             final Protein jklm = new BasicProtein( "jklm", "varanus", 0 );
 260             jklm.addProteinDomain( j );
 261             jklm.addProteinDomain( k );
 262             jklm.addProteinDomain( l );
 263             jklm.addProteinDomain( m );
 264             jklm.addProteinDomain( m0 );
 265             jklm.addProteinDomain( m1 );
 266             jklm.addProteinDomain( m2 );
 267             final Protein jklm_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 10, false, jklm );
 268             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( jklm_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             if ( !jklm_s0.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "l" ) ) {
 275                 return false;
 276             }
 277             final Protein jklm_s1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 11, false, jklm );
 278             if ( jklm.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 279                 return false;
 280             }
 281             if ( jklm_s1.getNumberOfProteinDomains() != 7 ) {
 282                 return false;
 283             }
 284             final Domain only = new BasicDomain( "only", ( short ) 5, ( short ) 30, ( short ) 4, ( short ) 4, 0.5, 10 );
 285             final Protein od = new BasicProtein( "od", "varanus", 0 );
 286             od.addProteinDomain( only );
 287             final Protein od_s0 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 0, false, od );
 288             if ( od.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 289                 return false;
 290             }
 291             if ( od_s0.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
 292                 return false;
 293             }
 294         }
 295         catch ( final Exception e ) {
 296             e.printStackTrace( System.out );
 297             return false;
 298         }
 299         return true;
 300     }
 301
 302     public static boolean testEngulfingOverlapRemoval() {
 303         try {
 304             final Domain d0 = new BasicDomain( "d0", 0, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 305             final Domain d1 = new BasicDomain( "d1", 0, 1, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 306             final Domain d2 = new BasicDomain( "d2", 0, 2, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 307             final Domain d3 = new BasicDomain( "d3", 7, 8, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 308             final Domain d4 = new BasicDomain( "d4", 7, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 309             final Domain d5 = new BasicDomain( "d4", 0, 9, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 310             final Domain d6 = new BasicDomain( "d4", 4, 5, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 311             final List<Boolean> covered = new ArrayList<Boolean>();
 312             covered.add( true ); // 0
 313             covered.add( false ); // 1
 314             covered.add( true ); // 2
 315             covered.add( false ); // 3
 316             covered.add( true ); // 4
 317             covered.add( true ); // 5
 318             covered.add( false ); // 6
 319             covered.add( true ); // 7
 320             covered.add( true ); // 8
 321             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d0, covered ) ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d1, covered ) ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d2, covered ) ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d3, covered ) ) {
 331                 return false;
 332             }
 333             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d4, covered ) ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             if ( ForesterUtil.isEngulfed( d5, covered ) ) {
 337                 return false;
 338             }
 339             if ( !ForesterUtil.isEngulfed( d6, covered ) ) {
 340                 return false;
 341             }
 342             final Domain a = new BasicDomain( "a", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 343             final Domain b = new BasicDomain( "b", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 344             final Domain c = new BasicDomain( "c", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 345             final Protein abc = new BasicProtein( "abc", "nemve", 0 );
 346             abc.addProteinDomain( a );
 347             abc.addProteinDomain( b );
 348             abc.addProteinDomain( c );
 349             final Protein abc_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, false, abc );
 350             final Protein abc_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 3, true, abc );
 351             if ( abc.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 352                 return false;
 353             }
 354             if ( abc_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 355                 return false;
 356             }
 357             if ( abc_r2.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
 358                 return false;
 359             }
 360             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "a" ) ) {
 361                 return false;
 362             }
 363             if ( !abc_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "b" ) ) {
 364                 return false;
 365             }
 366             final Domain d = new BasicDomain( "d", 0, 10, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.1, 1 );
 367             final Domain e = new BasicDomain( "e", 8, 20, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.3, 1 );
 368             final Domain f = new BasicDomain( "f", 15, 16, ( short ) 1, ( short ) 1, 0.2, 1 );
 369             final Protein def = new BasicProtein( "def", "nemve", 0 );
 370             def.addProteinDomain( d );
 371             def.addProteinDomain( e );
 372             def.addProteinDomain( f );
 373             final Protein def_r1 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, false, def );
 374             final Protein def_r2 = ForesterUtil.removeOverlappingDomains( 5, true, def );
 375             if ( def.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 376                 return false;
 377             }
 378             if ( def_r1.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 379                 return false;
 380             }
 381             if ( def_r2.getNumberOfProteinDomains() != 3 ) {
 382                 return false;
 383             }
 384             if ( !def_r2.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().equals( "d" ) ) {
 385                 return false;
 386             }
 387             if ( !def_r2.getProteinDomain( 1 ).getDomainId().equals( "f" ) ) {
 388                 return false;
 389             }
 390             if ( !def_r2.getProteinDomain( 2 ).getDomainId().equals( "e" ) ) {
 391                 return false;
 392             }
 393         }
 394         catch ( final Exception e ) {
 395             e.printStackTrace( System.out );
 396             return false;
 397         }
 398         return true;
 399     }
 400
 401     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 402         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 403     }
 404
 405     public static void main( final String[] args ) {
 406         try {
 407             String s = "https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx/examples/simple/simple_1.nh";
 408             final URL u = new URL( s );
 409             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 410             final PhylogenyParser parser = ParserUtils.createParserDependingOnUrlContents( u, true );
 411             final Phylogeny[] phys = factory.create( u.openStream(), parser );
 412             System.out.println( "results 1:" );
 413             for( final Phylogeny phy : phys ) {
 414                 System.out.println( phy.toString() );
 415             }
 416             System.out.println( "" );
 417             final Phylogeny[] phys3 = factory.create( "((a,b),c)", parser );
 418             System.out.println( "results 3:" );
 419             for( final Phylogeny phy : phys3 ) {
 420                 System.out.println( phy.toString() );
 421             }
 422         }
 423         catch ( Exception e ) {
 424             e.printStackTrace();
 425         }
 426         System.exit( 0 );
 427         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 428         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 429                 + "]" );
 430         Locale.setDefault( Locale.US );
 431         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 432         int failed = 0;
 433         int succeeded = 0;
 434         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 435         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 436             System.out.println( "OK.]" );
 437         }
 438         else {
 439             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 440             System.out.println( "Testing aborted." );
 441             System.exit( -1 );
 442         }
 443         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 444         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 445             System.out.println( "OK.]" );
 446         }
 447         else {
 448             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 449             System.out.println( "Testing aborted." );
 450             System.exit( -1 );
 451         }
 452         final long start_time = new Date().getTime();
 453         System.out.print( "Basic node methods: " );
 454         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Protein id: " );
 463         if ( !testProteinId() ) {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         else {
 468             succeeded++;
 469         }
 470         System.out.println( "OK." );
 471         System.out.print( "Species: " );
 472         if ( !testSpecies() ) {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         else {
 477             succeeded++;
 478         }
 479         System.out.println( "OK." );
 480         System.out.print( "Basic domain: " );
 481         if ( !testBasicDomain() ) {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         else {
 486             succeeded++;
 487         }
 488         System.out.println( "OK." );
 489         System.out.print( "Basic protein: " );
 490         if ( !testBasicProtein() ) {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         else {
 495             succeeded++;
 496         }
 497         System.out.println( "OK." );
 498         System.out.print( "Sequence writer: " );
 499         if ( testSequenceWriter() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 508         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "UniProtKB id extraction: " );
 517         if ( Test.testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Sequence DB tools 1: " );
 526         if ( testSequenceDbWsTools1() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 535             System.out.print( "Ebi Entry Retrieval: " );
 536             if ( Test.testEbiEntryRetrieval() ) {
 537                 System.out.println( "OK." );
 538                 succeeded++;
 539             }
 540             else {
 541                 System.out.println( "failed." );
 542                 failed++;
 543             }
 544         }
 545         // System.exit( 0 );
 546         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
 547             System.out.print( "Sequence DB tools 2: " );
 548             if ( testSequenceDbWsTools2() ) {
 549                 System.out.println( "OK." );
 550                 succeeded++;
 551             }
 552             else {
 553                 System.out.println( "failed." );
 554                 failed++;
 555                 System.exit( -1 );
 556             }
 557         }
 558         // System.exit( 0 );
 559         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 560         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 561             System.out.println( "OK." );
 562             succeeded++;
 563         }
 564         else {
 565             System.out.println( "failed." );
 566             failed++;
 567         }
 568         //
 569         System.out.print( "Overlap removal: " );
 570         if ( !org.forester.test.Test.testOverlapRemoval() ) {
 571             System.out.println( "failed." );
 572             failed++;
 573         }
 574         else {
 575             succeeded++;
 576         }
 577         System.out.println( "OK." );
 578         System.out.print( "Engulfing overlap removal: " );
 579         if ( !Test.testEngulfingOverlapRemoval() ) {
 580             System.out.println( "failed." );
 581             failed++;
 582         }
 583         else {
 584             succeeded++;
 585         }
 586         System.out.println( "OK." );
 587         //
 588         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 589         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "SN extraction: " );
 598         if ( Test.testExtractSNFromNodeName() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 607         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 608             System.out.println( "OK." );
 609             succeeded++;
 610         }
 611         else {
 612             System.out.println( "failed." );
 613             failed++;
 614         }
 615         System.out.print( "Uri for Aptx web sequence accession: " );
 616         if ( Test.testCreateUriForSeqWeb() ) {
 617             System.out.println( "OK." );
 618             succeeded++;
 619         }
 620         else {
 621             System.out.println( "failed." );
 622             failed++;
 623         }
 624         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 625         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 626             System.out.println( "OK." );
 627             succeeded++;
 628         }
 629         else {
 630             System.out.println( "failed." );
 631             failed++;
 632         }
 633         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 634         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 635             System.out.println( "OK." );
 636             succeeded++;
 637         }
 638         else {
 639             System.out.println( "failed." );
 640             failed++;
 641         }
 642         System.out.print( "NH parsing: " );
 643         if ( Test.testNHParsing() ) {
 644             System.out.println( "OK." );
 645             succeeded++;
 646         }
 647         else {
 648             System.out.println( "failed." );
 649             failed++;
 650         }
 651         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 652         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 653             System.out.println( "OK." );
 654             succeeded++;
 655         }
 656         else {
 657             System.out.println( "failed." );
 658             failed++;
 659         }
 660         System.out.print( "NHX parsing: " );
 661         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 662             System.out.println( "OK." );
 663             succeeded++;
 664         }
 665         else {
 666             System.out.println( "failed." );
 667             failed++;
 668         }
 669         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 670         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 671             System.out.println( "OK." );
 672             succeeded++;
 673         }
 674         else {
 675             System.out.println( "failed." );
 676             failed++;
 677         }
 678         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 679         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 680             System.out.println( "OK." );
 681             succeeded++;
 682         }
 683         else {
 684             System.out.println( "failed." );
 685             failed++;
 686         }
 687         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 688         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 689             System.out.println( "OK." );
 690             succeeded++;
 691         }
 692         else {
 693             System.out.println( "failed." );
 694             failed++;
 695         }
 696         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 697         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 698             System.out.println( "OK." );
 699             succeeded++;
 700         }
 701         else {
 702             System.out.println( "failed." );
 703             failed++;
 704         }
 705         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 706         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 707             System.out.println( "OK." );
 708             succeeded++;
 709         }
 710         else {
 711             System.out.println( "failed." );
 712             failed++;
 713         }
 714         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 715         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 716             System.out.println( "OK." );
 717             succeeded++;
 718         }
 719         else {
 720             System.out.println( "failed." );
 721             failed++;
 722         }
 723         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 724         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 725             System.out.println( "OK." );
 726             succeeded++;
 727         }
 728         else {
 729             System.out.println( "failed." );
 730             failed++;
 731         }
 732         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 733         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 734             System.out.println( "OK." );
 735             succeeded++;
 736         }
 737         else {
 738             System.out.println( "failed." );
 739             failed++;
 740         }
 741         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 742         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 743             System.out.println( "OK." );
 744             succeeded++;
 745         }
 746         else {
 747             System.out.println( "failed." );
 748             failed++;
 749         }
 750         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 751         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 752             System.out.println( "OK." );
 753             succeeded++;
 754         }
 755         else {
 756             System.out.println( "failed." );
 757             failed++;
 758         }
 759         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 760         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 761             System.out.println( "OK." );
 762             succeeded++;
 763         }
 764         else {
 765             System.out.println( "failed." );
 766             failed++;
 767         }
 768         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 769         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 770             System.out.println( "OK." );
 771             succeeded++;
 772         }
 773         else {
 774             System.out.println( "failed." );
 775             failed++;
 776         }
 777         System.out.print( "Copying of node data: " );
 778         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 779             System.out.println( "OK." );
 780             succeeded++;
 781         }
 782         else {
 783             System.out.println( "failed." );
 784             failed++;
 785         }
 786         System.out.print( "Tree copy: " );
 787         if ( Test.testTreeCopy() ) {
 788             System.out.println( "OK." );
 789             succeeded++;
 790         }
 791         else {
 792             System.out.println( "failed." );
 793             failed++;
 794         }
 795         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 796         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 797             System.out.println( "OK." );
 798             succeeded++;
 799         }
 800         else {
 801             System.out.println( "failed." );
 802             failed++;
 803         }
 804         System.out.print( "Tree methods: " );
 805         if ( Test.testTreeMethods() ) {
 806             System.out.println( "OK." );
 807             succeeded++;
 808         }
 809         else {
 810             System.out.println( "failed." );
 811             failed++;
 812         }
 813         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 814         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 815             System.out.println( "OK." );
 816             succeeded++;
 817         }
 818         else {
 819             System.out.println( "failed." );
 820             failed++;
 821         }
 822         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 823         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 824             System.out.println( "OK." );
 825             succeeded++;
 826         }
 827         else {
 828             System.out.println( "failed." );
 829             failed++;
 830         }
 831         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 832         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 833             System.out.println( "OK." );
 834             succeeded++;
 835         }
 836         else {
 837             System.out.println( "failed." );
 838             failed++;
 839         }
 840         System.out.print( "Re-id methods: " );
 841         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 842             System.out.println( "OK." );
 843             succeeded++;
 844         }
 845         else {
 846             System.out.println( "failed." );
 847             failed++;
 848         }
 849         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 850         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 851             System.out.println( "OK." );
 852             succeeded++;
 853         }
 854         else {
 855             System.out.println( "failed." );
 856             failed++;
 857         }
 858         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 859         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 860             System.out.println( "OK." );
 861             succeeded++;
 862         }
 863         else {
 864             System.out.println( "failed." );
 865             failed++;
 866         }
 867         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 868         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 869             System.out.println( "OK." );
 870             succeeded++;
 871         }
 872         else {
 873             System.out.println( "failed." );
 874             failed++;
 875         }
 876         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 877         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 878             System.out.println( "OK." );
 879             succeeded++;
 880         }
 881         else {
 882             System.out.println( "failed." );
 883             failed++;
 884         }
 885         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 886         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 887             System.out.println( "OK." );
 888             succeeded++;
 889         }
 890         else {
 891             System.out.println( "failed." );
 892             failed++;
 893         }
 894         System.out.print( "Rerooting: " );
 895         if ( Test.testRerooting() ) {
 896             System.out.println( "OK." );
 897             succeeded++;
 898         }
 899         else {
 900             System.out.println( "failed." );
 901             failed++;
 902         }
 903         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 904         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 905             System.out.println( "OK." );
 906             succeeded++;
 907         }
 908         else {
 909             System.out.println( "failed." );
 910             failed++;
 911         }
 912         System.out.print( "Node removal: " );
 913         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 914             System.out.println( "OK." );
 915             succeeded++;
 916         }
 917         else {
 918             System.out.println( "failed." );
 919             failed++;
 920         }
 921         System.out.print( "Support count: " );
 922         if ( Test.testSupportCount() ) {
 923             System.out.println( "OK." );
 924             succeeded++;
 925         }
 926         else {
 927             System.out.println( "failed." );
 928             failed++;
 929         }
 930         System.out.print( "Support transfer: " );
 931         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 932             System.out.println( "OK." );
 933             succeeded++;
 934         }
 935         else {
 936             System.out.println( "failed." );
 937             failed++;
 938         }
 939         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 940         if ( Test.testGetLCA() ) {
 941             System.out.println( "OK." );
 942             succeeded++;
 943         }
 944         else {
 945             System.out.println( "failed." );
 946             failed++;
 947         }
 948         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 949         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 950             System.out.println( "OK." );
 951             succeeded++;
 952         }
 953         else {
 954             System.out.println( "failed." );
 955             failed++;
 956         }
 957         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 958         if ( Test.testGetDistance() ) {
 959             System.out.println( "OK." );
 960             succeeded++;
 961         }
 962         else {
 963             System.out.println( "failed." );
 964             failed++;
 965         }
 966         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 967         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 968             System.out.println( "OK." );
 969             succeeded++;
 970         }
 971         else {
 972             System.out.println( "failed." );
 973             failed++;
 974         }
 975         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 976         if ( Test.testDataObjects() ) {
 977             System.out.println( "OK." );
 978             succeeded++;
 979         }
 980         else {
 981             System.out.println( "failed." );
 982             failed++;
 983         }
 984         System.out.print( "Properties map: " );
 985         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 986             System.out.println( "OK." );
 987             succeeded++;
 988         }
 989         else {
 990             System.out.println( "failed." );
 991             failed++;
 992         }
 993         System.out.print( "SDIse: " );
 994         if ( Test.testSDIse() ) {
 995             System.out.println( "OK." );
 996             succeeded++;
 997         }
 998         else {
 999             System.out.println( "failed." );
1000             failed++;
1001         }
1002         System.out.print( "SDIunrooted: " );
1003         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
1004             System.out.println( "OK." );
1005             succeeded++;
1006         }
1007         else {
1008             System.out.println( "failed." );
1009             failed++;
1010         }
1011         System.out.print( "GSDI: " );
1012         if ( TestGSDI.test() ) {
1013             System.out.println( "OK." );
1014             succeeded++;
1015         }
1016         else {
1017             System.out.println( "failed." );
1018             failed++;
1019         }
1020         System.out.print( "RIO: " );
1021         if ( TestRIO.test() ) {
1022             System.out.println( "OK." );
1023             succeeded++;
1024         }
1025         else {
1026             System.out.println( "failed." );
1027             failed++;
1028         }
1029         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
1030         System.out.println();
1031         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1032             System.out.println( "OK." );
1033             succeeded++;
1034         }
1035         else {
1036             System.out.println( "failed." );
1037             failed++;
1038         }
1039         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
1040         System.out.println();
1041         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1042             System.out.println( "OK." );
1043             succeeded++;
1044         }
1045         else {
1046             System.out.println( "failed." );
1047             failed++;
1048         }
1049         System.out.print( "GO: " );
1050         System.out.println();
1051         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
1052             System.out.println( "OK." );
1053             succeeded++;
1054         }
1055         else {
1056             System.out.println( "failed." );
1057             failed++;
1058         }
1059         System.out.print( "Modeling tools: " );
1060         if ( TestPccx.test() ) {
1061             System.out.println( "OK." );
1062             succeeded++;
1063         }
1064         else {
1065             System.out.println( "failed." );
1066             failed++;
1067         }
1068         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
1069         if ( Test.testSplitStrict() ) {
1070             System.out.println( "OK." );
1071             succeeded++;
1072         }
1073         else {
1074             System.out.println( "failed." );
1075             failed++;
1076         }
1077         System.out.print( "Split Matrix: " );
1078         if ( Test.testSplit() ) {
1079             System.out.println( "OK." );
1080             succeeded++;
1081         }
1082         else {
1083             System.out.println( "failed." );
1084             failed++;
1085         }
1086         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
1087         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
1088             System.out.println( "OK." );
1089             succeeded++;
1090         }
1091         else {
1092             System.out.println( "failed." );
1093             failed++;
1094         }
1095         System.out.print( "Basic table: " );
1096         if ( Test.testBasicTable() ) {
1097             System.out.println( "OK." );
1098             succeeded++;
1099         }
1100         else {
1101             System.out.println( "failed." );
1102             failed++;
1103         }
1104         System.out.print( "General table: " );
1105         if ( Test.testGeneralTable() ) {
1106             System.out.println( "OK." );
1107             succeeded++;
1108         }
1109         else {
1110             System.out.println( "failed." );
1111             failed++;
1112         }
1113         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
1114         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
1115             System.out.println( "OK." );
1116             succeeded++;
1117         }
1118         else {
1119             System.out.println( "failed." );
1120             failed++;
1121         }
1122         System.out.print( "General MSA parser: " );
1123         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
1124             System.out.println( "OK." );
1125             succeeded++;
1126         }
1127         else {
1128             System.out.println( "failed." );
1129             failed++;
1130         }
1131         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
1132         if ( Test.testFastaParser() ) {
1133             System.out.println( "OK." );
1134             succeeded++;
1135         }
1136         else {
1137             System.out.println( "failed." );
1138             failed++;
1139         }
1140         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
1141         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
1142             System.out.println( "OK." );
1143             succeeded++;
1144         }
1145         else {
1146             System.out.println( "failed." );
1147             failed++;
1148         }
1149         System.out.print( "Genbank accessor parsing: " );
1150         if ( Test.testGenbankAccessorParsing() ) {
1151             System.out.println( "OK." );
1152             succeeded++;
1153         }
1154         else {
1155             System.out.println( "failed." );
1156             failed++;
1157         }
1158         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1159             System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
1160             if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
1161                 System.out.println( "OK." );
1162                 succeeded++;
1163             }
1164             else {
1165                 System.out.println( "failed." );
1166                 failed++;
1167             }
1168         }
1169         if ( PERFORM_DB_TESTS ) {
1170             System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
1171             if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
1172                 System.out.println( "OK." );
1173                 succeeded++;
1174             }
1175             else {
1176                 System.out.println( "failed." );
1177                 failed++;
1178             }
1179         }
1180         //----
1181         String path = "";
1182         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
1183         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
1184             path = "/usr/local/bin/mafft";
1185         }
1186         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
1187             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
1188         }
1189         else {
1190             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
1191         }
1192         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1193             path = "mafft";
1194         }
1195         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1196             path = "/usr/local/bin/mafft";
1197         }
1198         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
1199             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
1200             if ( Test.testMafft( path ) ) {
1201                 System.out.println( "OK." );
1202                 succeeded++;
1203             }
1204             else {
1205                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
1206             }
1207         }
1208         //----
1209         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
1210         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
1211             System.out.println( "OK." );
1212             succeeded++;
1213         }
1214         else {
1215             System.out.println( "failed." );
1216             failed++;
1217         }
1218         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
1219         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
1220             System.out.println( "OK." );
1221             succeeded++;
1222         }
1223         else {
1224             System.out.println( "failed." );
1225             failed++;
1226         }
1227         System.out.println();
1228         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1229         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1230         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1231         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
1232                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
1233         System.out.println();
1234         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
1235         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
1236         System.out.println();
1237         if ( failed < 1 ) {
1238             System.out.println( "OK." );
1239         }
1240         else {
1241             System.out.println( "Not OK." );
1242         }
1243     }
1244
1245     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
1246         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
1247         return p;
1248     }
1249
1250     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
1251         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
1252     }
1253
1254     private static boolean testAminoAcidSequence() {
1255         try {
1256             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
1257             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
1258                 return false;
1259             }
1260             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
1270             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
1274             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
1278             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281         }
1282         catch ( final Exception e ) {
1283             e.printStackTrace();
1284             return false;
1285         }
1286         return true;
1287     }
1288
1289     private static boolean testBasicDomain() {
1290         try {
1291             final Domain pd = new BasicDomain( "id", 23, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1292             if ( !pd.getDomainId().equals( "id" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( pd.getNumber() != 1 ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( pd.getTotalCount() != 4 ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !pd.equals( new BasicDomain( "id", 22, 111, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.2, -12 ) ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1305             final BasicDomain a1_copy = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1306             final BasicDomain a1_equal = new BasicDomain( "a", 524, 743994, ( short ) 1, ( short ) 300, 3.0005, 230 );
1307             final BasicDomain a2 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 2, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1308             final BasicDomain a3 = new BasicDomain( "A", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
1309             if ( !a1.equals( a1 ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !a1.equals( a1_copy ) ) {
1313                 return false;
1314             }
1315             if ( !a1.equals( a1_equal ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( !a1.equals( a2 ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( a1.equals( a3 ) ) {
1322                 return false;
1323             }
1324             if ( a1.compareTo( a1 ) != 0 ) {
1325                 return false;
1326             }
1327             if ( a1.compareTo( a1_copy ) != 0 ) {
1328                 return false;
1329             }
1330             if ( a1.compareTo( a1_equal ) != 0 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( a1.compareTo( a2 ) != 0 ) {
1334                 return false;
1335             }
1336             if ( a1.compareTo( a3 ) == 0 ) {
1337                 return false;
1338             }
1339         }
1340         catch ( final Exception e ) {
1341             e.printStackTrace( System.out );
1342             return false;
1343         }
1344         return true;
1345     }
1346
1347     private static boolean testBasicNodeMethods() {
1348         try {
1349             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
1353             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
1354                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1355             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
1356                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1357             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
1358                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
1359             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !n3.isExternal() ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !n3.isRoot() ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380         }
1381         catch ( final Exception e ) {
1382             e.printStackTrace( System.out );
1383             return false;
1384         }
1385         return true;
1386     }
1387
1388     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
1389         try {
1390             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1391             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1392             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1393                                                               xml_parser );
1394             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1395                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1402             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1403             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1404             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1405             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( !t1.isRooted() ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( t1.isRerootable() ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1427                 return false;
1428             }
1429             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1430                 return false;
1431             }
1432             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1433                 return false;
1434             }
1435             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1439                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1440                 return false;
1441             }
1442             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1443                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1453                 return false;
1454             }
1455             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1459                 return false;
1460             }
1461             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1462                 return false;
1463             }
1464             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1471                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1472                 return false;
1473             }
1474             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1475                 return false;
1476             }
1477             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1484                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1488                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1492                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1496                     .equals( "experimental" ) ) {
1497                 return false;
1498             }
1499             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1500                     .equals( "function" ) ) {
1501                 return false;
1502             }
1503             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1504                     .getValue() != 1 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1508                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1512                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1516                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1520                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1524                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1528                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1529                 return false;
1530             }
1531             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1532                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1536                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1540                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1544                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1545                 return false;
1546             }
1547             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1548                 return false;
1549             }
1550             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1551                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1552                 return false;
1553             }
1554             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1555                 return false;
1556             }
1557             final SortedSet<Accession> x = t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getCrossReferences();
1558             if ( x.size() != 4 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             int c = 0;
1562             for( final Accession acc : x ) {
1563                 if ( c == 0 ) {
1564                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1565                         return false;
1566                     }
1567                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1568                         return false;
1569                     }
1570                 }
1571                 c++;
1572             }
1573         }
1574         catch ( final Exception e ) {
1575             e.printStackTrace( System.out );
1576             return false;
1577         }
1578         return true;
1579     }
1580
1581     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1582         try {
1583             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1584             final PhyloXmlParser xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1585             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1586                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1587             }
1588             else {
1589                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1590             }
1591             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1592                                                               xml_parser );
1593             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1594                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1601             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1602             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1606             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1607                 return false;
1608             }
1609             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1610                 return false;
1611             }
1612             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1613                 return false;
1614             }
1615             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1616                 return false;
1617             }
1618             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1619             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1620             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1621             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1634                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1638                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1642             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1643             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1644             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1645             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1649             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1650                 return false;
1651             }
1652             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1653                 return false;
1654             }
1655             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1656                 return false;
1657             }
1658             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1665                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1675                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1679                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1683                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1684                 return false;
1685             }
1686             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1687                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1691                     .equals( "experimental" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1695                     .equals( "function" ) ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1699                     .getValue() != 1 ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1703                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1704                 return false;
1705             }
1706             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1707                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1711                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1712                 return false;
1713             }
1714             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1715                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1716                 return false;
1717             }
1718             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1719                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1723                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1724                 return false;
1725             }
1726             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1727                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1731                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1735                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1736                 return false;
1737             }
1738             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1739                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1743                 return false;
1744             }
1745             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1746                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1756                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1772                     .equals( "ncbi" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1779                     .getName().equals( "B" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1783                     .getFrom() != 21 ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1790                     .getLength() != 24 ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1794                     .getConfidence() != 2144 ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1798                     .equals( "pfam" ) ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1814             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1815                 return false;
1816             }
1817             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1824                 return false;
1825             }
1826             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1827                 return false;
1828             }
1829             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1845                 return false;
1846             }
1847             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1848                 return false;
1849             }
1850             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1851                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1864                 return false;
1865             }
1866             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             //
1876             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1877                 return false;
1878             }
1879             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1880                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1887                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1894                 return false;
1895             }
1896             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1897                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             final SortedSet<Accession> x = t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence()
1901                     .getCrossReferences();
1902             if ( x.size() != 4 ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             int c = 0;
1906             for( final Accession acc : x ) {
1907                 if ( c == 0 ) {
1908                     if ( !acc.getSource().equals( "KEGG" ) ) {
1909                         return false;
1910                     }
1911                     if ( !acc.getValue().equals( "hsa:596" ) ) {
1912                         return false;
1913                     }
1914                 }
1915                 c++;
1916             }
1917         }
1918         catch ( final Exception e ) {
1919             e.printStackTrace( System.out );
1920             return false;
1921         }
1922         return true;
1923     }
1924
1925     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1926         try {
1927             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1928             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1929             try {
1930                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1931             }
1932             catch ( final Exception e ) {
1933                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1934             }
1935             if ( xml_parser == null ) {
1936                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
1937                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1938                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1939                 }
1940                 else {
1941                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1942                 }
1943             }
1944             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1945                                                               xml_parser );
1946             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1947                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1948                 return false;
1949             }
1950             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1951                 return false;
1952             }
1953             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1954             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1955             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1956             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1957             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1961                 return false;
1962             }
1963             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1964                 return false;
1965             }
1966             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1970                 return false;
1971             }
1972             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1973                 return false;
1974             }
1975             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1979             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1980             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1981                 System.out.println( "errors:" );
1982                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1983                 return false;
1984             }
1985             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1986                 return false;
1987             }
1988             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1989                                                               xml_parser );
1990             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1991                 System.out.println( "errors:" );
1992                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1993                 return false;
1994             }
1995             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1996                 return false;
1997             }
1998             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
2002                                                               xml_parser );
2003             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2004                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2005                 return false;
2006             }
2007             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
2011             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
2012                 return false;
2013             }
2014             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2015                 return false;
2016             }
2017             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
2021                 return false;
2022             }
2023             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
2024                                                               xml_parser );
2025             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
2026                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
2027                 return false;
2028             }
2029             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
2033             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             s.getNode( "first" );
2037             s.getNode( "<>" );
2038             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
2039             s.getNode( "'''\"" );
2040             s.getNode( "\"\"\"" );
2041             s.getNode( "dick & doof" );
2042         }
2043         catch ( final Exception e ) {
2044             e.printStackTrace( System.out );
2045             return false;
2046         }
2047         return true;
2048     }
2049
2050     private static boolean testBasicProtein() {
2051         try {
2052             final BasicProtein p0 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2053             final Domain a = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2054             final Domain b = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2055             final Domain c = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2056             final Domain d = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2057             final Domain e = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2058             final Domain x = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2059             final Domain y = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2060             p0.addProteinDomain( y );
2061             p0.addProteinDomain( e );
2062             p0.addProteinDomain( b );
2063             p0.addProteinDomain( c );
2064             p0.addProteinDomain( d );
2065             p0.addProteinDomain( a );
2066             p0.addProteinDomain( x );
2067             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2068                 return false;
2069             }
2070             if ( !p0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "=" ).equals( "a~b~c~d~e~x~y" ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             //
2074             final BasicProtein aa0 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2075             final Domain a1 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2076             aa0.addProteinDomain( a1 );
2077             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a" ) ) {
2078                 return false;
2079             }
2080             if ( !aa0.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a" ) ) {
2081                 return false;
2082             }
2083             //
2084             final BasicProtein aa1 = new BasicProtein( "aa", "owl", 0 );
2085             final Domain a11 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2086             final Domain a12 = new BasicDomain( "a", 2, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2087             aa1.addProteinDomain( a11 );
2088             aa1.addProteinDomain( a12 );
2089             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a" ) ) {
2090                 return false;
2091             }
2092             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~a" ) ) {
2093                 return false;
2094             }
2095             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 20, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2096             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2097                 return false;
2098             }
2099             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~a~a" ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "a", 30, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2106             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2107                 return false;
2108             }
2109             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2110                 return false;
2111             }
2112             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa" ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a" ) ) {
2116                 return false;
2117             }
2118             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "b", 32, 40, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2119             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "aaa~b" ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~a~a~a~b" ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             aa1.addProteinDomain( new BasicDomain( "c", 1, 2, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 ) );
2132             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2136                 return false;
2137             }
2138             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "c~aaa~b" ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             if ( !aa1.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "c~a~a~a~a~b" ) ) {
2142                 return false;
2143             }
2144             //
2145             final BasicProtein p00 = new BasicProtein( "p0", "owl", 0 );
2146             final Domain a0 = new BasicDomain( "a", 1, 10, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2147             final Domain b0 = new BasicDomain( "b", 11, 20, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2148             final Domain c0 = new BasicDomain( "c", 9, 23, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2149             final Domain d0 = new BasicDomain( "d", 15, 30, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2150             final Domain e0 = new BasicDomain( "e", 60, 70, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2151             final Domain e1 = new BasicDomain( "e", 61, 71, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2152             final Domain e2 = new BasicDomain( "e", 62, 72, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2153             final Domain e3 = new BasicDomain( "e", 63, 73, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2154             final Domain e4 = new BasicDomain( "e", 64, 74, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2155             final Domain e5 = new BasicDomain( "e", 65, 75, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2156             final Domain x0 = new BasicDomain( "x", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2157             final Domain y0 = new BasicDomain( "y", 100, 110, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2158             final Domain y1 = new BasicDomain( "y", 120, 130, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2159             final Domain y2 = new BasicDomain( "y", 140, 150, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2160             final Domain y3 = new BasicDomain( "y", 160, 170, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2161             final Domain z0 = new BasicDomain( "z", 200, 210, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2162             final Domain z1 = new BasicDomain( "z", 300, 310, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2163             final Domain z2 = new BasicDomain( "z", 400, 410, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2164             final Domain zz0 = new BasicDomain( "Z", 500, 510, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2165             final Domain zz1 = new BasicDomain( "Z", 600, 610, ( short ) 1, ( short ) 5, 0.1, -12 );
2166             p00.addProteinDomain( y0 );
2167             p00.addProteinDomain( e0 );
2168             p00.addProteinDomain( b0 );
2169             p00.addProteinDomain( c0 );
2170             p00.addProteinDomain( d0 );
2171             p00.addProteinDomain( a0 );
2172             p00.addProteinDomain( x0 );
2173             p00.addProteinDomain( y1 );
2174             p00.addProteinDomain( y2 );
2175             p00.addProteinDomain( y3 );
2176             p00.addProteinDomain( e1 );
2177             p00.addProteinDomain( e2 );
2178             p00.addProteinDomain( e3 );
2179             p00.addProteinDomain( e4 );
2180             p00.addProteinDomain( e5 );
2181             p00.addProteinDomain( z0 );
2182             p00.addProteinDomain( z1 );
2183             p00.addProteinDomain( z2 );
2184             p00.addProteinDomain( zz0 );
2185             p00.addProteinDomain( zz1 );
2186             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 3, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~zzz~Z~Z" ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 4, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~yyy~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2190                 return false;
2191             }
2192             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 5, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 6, "" ).equals( "a~b~c~d~eee~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( !p00.toDomainArchitectureString( "~", 7, "" ).equals( "a~b~c~d~e~e~e~e~e~e~x~y~y~y~y~z~z~z~Z~Z" ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             // A0  A10  B15  A20  B25  A30  B35  B40  C50  A60  C70  D80
2202             final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2203             final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2204             final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2205             final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2206             final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2207             final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2208             final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2209             final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2210             final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2211             final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2212             final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2213             final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
2214             final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
2215             p.addProteinDomain( B15 );
2216             p.addProteinDomain( C50 );
2217             p.addProteinDomain( A60 );
2218             p.addProteinDomain( A30 );
2219             p.addProteinDomain( C70 );
2220             p.addProteinDomain( B35 );
2221             p.addProteinDomain( B40 );
2222             p.addProteinDomain( A0 );
2223             p.addProteinDomain( A10 );
2224             p.addProteinDomain( A20 );
2225             p.addProteinDomain( B25 );
2226             p.addProteinDomain( D80 );
2227             List<String> domains_ids = new ArrayList<String>();
2228             domains_ids.add( "A" );
2229             domains_ids.add( "B" );
2230             domains_ids.add( "C" );
2231             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2232                 return false;
2233             }
2234             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2235                 return false;
2236             }
2237             domains_ids.add( "X" );
2238             if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2242                 return false;
2243             }
2244             domains_ids = new ArrayList<String>();
2245             domains_ids.add( "A" );
2246             domains_ids.add( "C" );
2247             domains_ids.add( "D" );
2248             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2252                 return false;
2253             }
2254             domains_ids = new ArrayList<String>();
2255             domains_ids.add( "A" );
2256             domains_ids.add( "D" );
2257             domains_ids.add( "C" );
2258             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             domains_ids = new ArrayList<String>();
2265             domains_ids.add( "A" );
2266             domains_ids.add( "A" );
2267             domains_ids.add( "B" );
2268             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             domains_ids = new ArrayList<String>();
2275             domains_ids.add( "A" );
2276             domains_ids.add( "A" );
2277             domains_ids.add( "A" );
2278             domains_ids.add( "B" );
2279             domains_ids.add( "B" );
2280             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
2284                 return false;
2285             }
2286             domains_ids = new ArrayList<String>();
2287             domains_ids.add( "A" );
2288             domains_ids.add( "A" );
2289             domains_ids.add( "B" );
2290             domains_ids.add( "A" );
2291             domains_ids.add( "B" );
2292             domains_ids.add( "B" );
2293             domains_ids.add( "A" );
2294             domains_ids.add( "B" );
2295             domains_ids.add( "C" );
2296             domains_ids.add( "A" );
2297             domains_ids.add( "C" );
2298             domains_ids.add( "D" );
2299             if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
2303                 return false;
2304             }
2305         }
2306         catch ( final Exception e ) {
2307             e.printStackTrace( System.out );
2308             return false;
2309         }
2310         return true;
2311     }
2312
2313     private static boolean testBasicTable() {
2314         try {
2315             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
2316             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2323             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2324             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2325             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2326             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2327             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2328             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2329             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2330             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
2355                 return false;
2356             }
2357             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
2361             final StringBuffer source = new StringBuffer();
2362             source.append( "" + l );
2363             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
2364             source.append( " 00 01 02 03" + l );
2365             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
2366             source.append( "20 21 22 23 " + l );
2367             source.append( "    30  31    32 33" + l );
2368             source.append( "40 41 42 43" + l );
2369             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2370             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
2371             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), ' ' );
2372             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2373                 return false;
2374             }
2375             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
2376                 return false;
2377             }
2378             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2379                 return false;
2380             }
2381             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2385                 return false;
2386             }
2387             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
2388                 return false;
2389             }
2390             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
2391             source1.append( "" + l );
2392             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2393             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2394             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2395             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2396             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2397             source1.append( "40;41;42;43" + l );
2398             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
2399             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
2400             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ';' );
2401             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
2405                 return false;
2406             }
2407             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
2417                 return false;
2418             }
2419             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
2420                 return false;
2421             }
2422             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
2426             source2.append( "" + l );
2427             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
2428             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
2429             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
2430             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
2431             source2.append( "                     " + l );
2432             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
2433             source2.append( "40;41;42;43" + l );
2434             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
2435             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
2436             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
2437                                                                         ';',
2438                                                                         false,
2439                                                                         false,
2440                                                                         "comment:",
2441                                                                         false );
2442             if ( tl.size() != 2 ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
2446             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
2447             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
2454                 return false;
2455             }
2456             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
2457                 return false;
2458             }
2459             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465         }
2466         catch ( final Exception e ) {
2467             e.printStackTrace( System.out );
2468             return false;
2469         }
2470         return true;
2471     }
2472
2473     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
2474         try {
2475             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2476             final TolParser parser = new TolParser();
2477             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
2478             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2479                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2480                 return false;
2481             }
2482             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
2486             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             if ( !t1.isRooted() ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
2493                 return false;
2494             }
2495             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
2502                 return false;
2503             }
2504             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
2505             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2506                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2507                 return false;
2508             }
2509             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
2513             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             if ( !t2.isRooted() ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
2520                 return false;
2521             }
2522             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
2529                 return false;
2530             }
2531             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
2532                 return false;
2533             }
2534             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
2535                     .equals( "Aquifex" ) ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
2539             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2540                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2541                 return false;
2542             }
2543             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
2547             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
2551                 return false;
2552             }
2553             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
2557                 return false;
2558             }
2559             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
2560             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2561                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2562                 return false;
2563             }
2564             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
2568             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2569                 return false;
2570             }
2571             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
2581             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
2582                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
2583                 return false;
2584             }
2585             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
2589             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
2590                 return false;
2591             }
2592             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
2599                 return false;
2600             }
2601         }
2602         catch ( final Exception e ) {
2603             e.printStackTrace( System.out );
2604             return false;
2605         }
2606         return true;
2607     }
2608
2609     private static boolean testBasicTreeMethods() {
2610         try {
2611             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2612             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
2613             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             if ( t2.isEmpty() ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
2626             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
2636             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
2637             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
2644                 return false;
2645             }
2646             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2647             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
2648             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
2655             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
2656             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
2660             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
2661             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
2665             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
2666             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
2670                 return false;
2671             }
2672             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
2673             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
2674             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
2678             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
2679             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
2680                 return false;
2681             }
2682         }
2683         catch ( final Exception e ) {
2684             e.printStackTrace( System.out );
2685             return false;
2686         }
2687         return true;
2688     }
2689
2690     private static boolean testConfidenceAssessor() {
2691         try {
2692             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2693             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2694             final Phylogeny[] ev0 = factory
2695                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
2696                              new NHXParser() );
2697             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
2698             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2705             final Phylogeny[] ev1 = factory
2706                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2707                              new NHXParser() );
2708             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2709             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2716             final Phylogeny[] ev_b = factory
2717                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2718                              new NHXParser() );
2719             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2720             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             //
2727             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2728             final Phylogeny[] ev1x = factory
2729                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2730                              new NHXParser() );
2731             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2732             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2733                 return false;
2734             }
2735             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2736                 return false;
2737             }
2738             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2739             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2740                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2741                              new NHXParser() );
2742             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2743             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             //
2750             final Phylogeny[] t2 = factory
2751                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2752                              new NHXParser() );
2753             final Phylogeny[] ev2 = factory
2754                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2755                              new NHXParser() );
2756             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2757                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2758             }
2759             //
2760             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2761                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2762             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2763             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2764             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2765                 return false;
2766             }
2767             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2768                 return false;
2769             }
2770             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2771                 return false;
2772             }
2773         }
2774         catch ( final Exception e ) {
2775             e.printStackTrace();
2776             return false;
2777         }
2778         return true;
2779     }
2780
2781     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2782         try {
2783             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2784                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2785             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2786             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2787                 return false;
2788             }
2789         }
2790         catch ( final Exception e ) {
2791             e.printStackTrace();
2792             return false;
2793         }
2794         return true;
2795     }
2796
2797     private static boolean testTreeCopy() {
2798         try {
2799             final String str_0 = "((((a,b),c),d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=animals]";
2800             final Phylogeny t0 = Phylogeny.createInstanceFromNhxString( str_0 );
2801             final Phylogeny t1 = t0.copy();
2802             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( t0.toNewHampshireX() ) ) {
2803                 return false;
2804             }
2805             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2806                 return false;
2807             }
2808             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "c" ), true );
2809             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "a" ), true );
2810             t0.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( "metazoa" );
2811             t0.getNode( "b" ).setName( "Bee" );
2812             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((Bee,d)[&&NHX:S=lizards],e[&&NHX:S=reptiles])r[&&NHX:S=metazoa]" ) ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "e" ), true );
2819             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "Bee" ), true );
2820             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "d" ), true );
2821             if ( !t1.toNewHampshireX().equals( str_0 ) ) {
2822                 return false;
2823             }
2824         }
2825         catch ( final Exception e ) {
2826             e.printStackTrace();
2827             return false;
2828         }
2829         return true;
2830     }
2831
2832     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
2833         try {
2834             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
2835             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
2842             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
2843                 return false;
2844             }
2845             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
2846                 return false;
2847             }
2848         }
2849         catch ( final Exception e ) {
2850             e.printStackTrace();
2851             return false;
2852         }
2853         return true;
2854     }
2855
2856     private static boolean testCreateUriForSeqWeb() {
2857         try {
2858             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
2859             n.setName( "tr|B3RJ64" );
2860             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B3RJ64" ) ) {
2861                 return false;
2862             }
2863             n.setName( "B0LM41_HUMAN" );
2864             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "B0LM41_HUMAN" ) ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             n.setName( "NP_001025424" );
2868             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "NP_001025424" ) ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             n.setName( "_NM_001030253-" );
2872             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "NM_001030253" ) ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             n.setName( "XM_002122186" );
2876             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_NUCCORE + "XM_002122186" ) ) {
2877                 return false;
2878             }
2879             n.setName( "dgh_AAA34956_gdg" );
2880             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2881                 return false;
2882             }
2883             n.setName( "AAA34956" );
2884             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_PROTEIN + "AAA34956" ) ) {
2885                 return false;
2886             }
2887             n.setName( "GI:394892" );
2888             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2889                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2890                 return false;
2891             }
2892             n.setName( "gi_394892" );
2893             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2894                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2895                 return false;
2896             }
2897             n.setName( "gi6335_gi_394892_56635_Gi_43" );
2898             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.NCBI_GI + "394892" ) ) {
2899                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2900                 return false;
2901             }
2902             n.setName( "P12345" );
2903             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2904                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2905                 return false;
2906             }
2907             n.setName( "gi_fdgjmn-3jk5-243 mnefmn fg023-0 P12345 4395jtmnsrg02345m1ggi92450jrg890j4t0j240" );
2908             if ( !TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ).equals( ForesterUtil.UNIPROT_KB + "P12345" ) ) {
2909                 System.out.println( TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( n, null, null ) );
2910                 return false;
2911             }
2912         }
2913         catch ( final Exception e ) {
2914             e.printStackTrace( System.out );
2915             return false;
2916         }
2917         return true;
2918     }
2919
2920     private static boolean testDataObjects() {
2921         try {
2922             final Confidence s0 = new Confidence();
2923             final Confidence s1 = new Confidence();
2924             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2928             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2929             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2930                 return false;
2931             }
2932             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2933                 return false;
2934             }
2935             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2936             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2937                 return false;
2938             }
2939             s3.asSimpleText();
2940             s3.asText();
2941             // Taxonomy
2942             // ----------
2943             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2944             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2945             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2946             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2947             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2948             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2949             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2950             t1.setScientificName( "E. coli" );
2951             t1.setCommonName( "coli" );
2952             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2953             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2957             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2958             t2.setScientificName( "what" );
2959             t2.setCommonName( "something" );
2960             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2961                 return false;
2962             }
2963             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2964             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             t1.setIdentifier( null );
2968             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2969             t3.setScientificName( "what" );
2970             t3.setCommonName( "something" );
2971             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             t1.setIdentifier( null );
2975             t1.setTaxonomyCode( "" );
2976             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2977             t4.setCommonName( "something" );
2978             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2979                 return false;
2980             }
2981             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2982             t4.setCommonName( "something" );
2983             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             t1.setIdentifier( null );
2987             t1.setTaxonomyCode( "" );
2988             t1.setScientificName( "" );
2989             t5.setCommonName( "COLI" );
2990             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             t5.setCommonName( "vibrio" );
2994             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             // Identifier
2998             // ----------
2999             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
3000             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
3001             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             id1.asSimpleText();
3011             id1.asText();
3012             // ProteinDomain
3013             // ---------------
3014             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
3015             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
3016             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
3020                 return false;
3021             }
3022             pd1.asSimpleText();
3023             pd1.asText();
3024             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
3025             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
3026             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             pd3.asSimpleText();
3036             pd3.asText();
3037             // DomainArchitecture
3038             // ------------------
3039             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
3040             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
3041             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
3042             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
3043             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
3044             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3045             domains0.add( d2 );
3046             domains0.add( d0 );
3047             domains0.add( d3 );
3048             domains0.add( d1 );
3049             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
3050             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
3054             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
3064             domains1.add( d1 );
3065             domains1.add( d2 );
3066             domains1.add( d4 );
3067             domains1.add( d0 );
3068             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
3069             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             ds1.asSimpleText();
3073             ds1.asText();
3074             ds1.toNHX();
3075             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
3076             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
3077                 System.out.println( ds3.toNHX() );
3078                 return false;
3079             }
3080             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
3081                 return false;
3082             }
3083             // Event
3084             // -----
3085             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
3086             if ( e1.isDuplication() ) {
3087                 return false;
3088             }
3089             if ( !e1.isFusion() ) {
3090                 return false;
3091             }
3092             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3093                 return false;
3094             }
3095             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
3096                 return false;
3097             }
3098             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
3099             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
3106             if ( e2.isDuplication() ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
3125             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
3126                 return false;
3127             }
3128             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
3129             if ( e3.isDuplication() ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( e3.isSpeciation() ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( e3.isGeneLoss() ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
3142             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
3143             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3144                 return false;
3145             }
3146             e3 = null;
3147             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
3151             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
3158             e4 = null;
3159             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
3160             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final Event e5 = new Event();
3167             if ( !e5.isUnassigned() ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
3177             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
3184             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
3185                 return false;
3186             }
3187             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
3191             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
3195                 return false;
3196             }
3197         }
3198         catch ( final Exception e ) {
3199             e.printStackTrace( System.out );
3200             return false;
3201         }
3202         return true;
3203     }
3204
3205     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
3206         try {
3207             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3208             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3209             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
3210             if ( t0.isEmpty() ) {
3211                 return false;
3212             }
3213             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
3217             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             if ( !t0.isEmpty() ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3224             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
3228             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
3235             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
3239             if ( !t1.isEmpty() ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3243             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
3247             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             t2.toNewHampshireX();
3251             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
3252             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
3256             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
3260             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3264             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
3268             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             n = t3.getNode( "A" );
3272             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             n = n.getNextExternalNode();
3276             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
3280             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             n = t3.getNode( "C" );
3284             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
3288             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
3292             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3296             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
3300             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3304             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
3308             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
3312             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             n = t4.getNode( "A" );
3316             n = n.getNextExternalNode();
3317             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             n = n.getNextExternalNode();
3321             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
3325             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3329             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
3330             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
3334             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3338             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
3339             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
3343             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3347             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
3348             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
3352             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3356             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
3357             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
3361             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3365             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
3366             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
3370             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3374             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
3375             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3376                 return false;
3377             }
3378             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
3379             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
3380                 return false;
3381             }
3382             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
3383             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
3384             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
3388             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
3392             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
3396             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
3397                 return false;
3398             }
3399             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
3400             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
3401             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3405             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
3406                 return false;
3407             }
3408             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
3409             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3410                 return false;
3411             }
3412             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3413             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
3417             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3418                 return false;
3419             }
3420             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3421             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
3425             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3429             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
3430                 return false;
3431             }
3432             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
3433             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3437             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
3441             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3442                 return false;
3443             }
3444             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3445             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
3446                 return false;
3447             }
3448             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
3449             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
3450                 return false;
3451             }
3452             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
3453             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
3457             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
3458             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
3462             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
3466             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
3467             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
3471             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
3475             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
3476             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
3480             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
3484             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
3485                 return false;
3486             }
3487             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
3488             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
3492             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
3493                 return false;
3494             }
3495             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
3496             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
3497                 return false;
3498             }
3499         }
3500         catch ( final Exception e ) {
3501             e.printStackTrace( System.out );
3502             return false;
3503         }
3504         return true;
3505     }
3506
3507     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
3508         try {
3509             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
3510             dss1.addValue( 82 );
3511             dss1.addValue( 78 );
3512             dss1.addValue( 70 );
3513             dss1.addValue( 58 );
3514             dss1.addValue( 42 );
3515             if ( dss1.getN() != 5 ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
3519                 return false;
3520             }
3521             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
3522                 return false;
3523             }
3524             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
3525                 return false;
3526             }
3527             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
3528                 return false;
3529             }
3530             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
3534                 return false;
3535             }
3536             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
3537                 return false;
3538             }
3539             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
3540                 return false;
3541             }
3542             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
3543                 return false;
3544             }
3545             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
3549                 return false;
3550             }
3551             dss1.addValue( 123 );
3552             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
3562             dss2.addValue( -1.85 );
3563             dss2.addValue( 57.5 );
3564             dss2.addValue( 92.78 );
3565             dss2.addValue( 57.78 );
3566             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
3567                 return false;
3568             }
3569             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
3570                 return false;
3571             }
3572             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
3573             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             dss2.addValue( -100 );
3577             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             final double[] ds = new double[ 14 ];
3584             ds[ 0 ] = 34;
3585             ds[ 1 ] = 23;
3586             ds[ 2 ] = 1;
3587             ds[ 3 ] = 32;
3588             ds[ 4 ] = 11;
3589             ds[ 5 ] = 2;
3590             ds[ 6 ] = 12;
3591             ds[ 7 ] = 33;
3592             ds[ 8 ] = 13;
3593             ds[ 9 ] = 22;
3594             ds[ 10 ] = 21;
3595             ds[ 11 ] = 35;
3596             ds[ 12 ] = 24;
3597             ds[ 13 ] = 31;
3598             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
3599             if ( bins.length != 4 ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
3615             ds1[ 0 ] = 10.0;
3616             ds1[ 1 ] = 19.0;
3617             ds1[ 2 ] = 9.999;
3618             ds1[ 3 ] = 0.0;
3619             ds1[ 4 ] = 39.9;
3620             ds1[ 5 ] = 39.999;
3621             ds1[ 6 ] = 30.0;
3622             ds1[ 7 ] = 19.999;
3623             ds1[ 8 ] = 30.1;
3624             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
3625             if ( bins1.length != 4 ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
3641             if ( bins1_1.length != 3 ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
3654             if ( bins1_2.length != 3 ) {
3655                 return false;
3656             }
3657             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
3658                 return false;
3659             }
3660             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
3661                 return false;
3662             }
3663             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
3667             dss3.addValue( 1 );
3668             dss3.addValue( 1 );
3669             dss3.addValue( 1 );
3670             dss3.addValue( 2 );
3671             dss3.addValue( 3 );
3672             dss3.addValue( 4 );
3673             dss3.addValue( 5 );
3674             dss3.addValue( 5 );
3675             dss3.addValue( 5 );
3676             dss3.addValue( 6 );
3677             dss3.addValue( 7 );
3678             dss3.addValue( 8 );
3679             dss3.addValue( 9 );
3680             dss3.addValue( 10 );
3681             dss3.addValue( 10 );
3682             dss3.addValue( 10 );
3683             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
3684             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
3685             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
3686         }
3687         catch ( final Exception e ) {
3688             e.printStackTrace( System.out );
3689             return false;
3690         }
3691         return true;
3692     }
3693
3694     private static boolean testDir( final String file ) {
3695         try {
3696             final File f = new File( file );
3697             if ( !f.exists() ) {
3698                 return false;
3699             }
3700             if ( !f.isDirectory() ) {
3701                 return false;
3702             }
3703             if ( !f.canRead() ) {
3704                 return false;
3705             }
3706         }
3707         catch ( final Exception e ) {
3708             return false;
3709         }
3710         return true;
3711     }
3712
3713     private static boolean testGenbankAccessorParsing() {
3714         //The format for GenBank Accession numbers are:
3715         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
3716         //Protein:    3 letters + 5 numerals
3717         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
3718         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
3719             return false;
3720         }
3721         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( ".AY423861.2" ).equals( "AY423861.2" ) ) {
3722             return false;
3723         }
3724         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "345_.AY423861.24_345" ).equals( "AY423861.24" ) ) {
3725             return false;
3726         }
3727         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY423861" ) != null ) {
3728             return false;
3729         }
3730         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AY4238612" ) != null ) {
3731             return false;
3732         }
3733         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "AAY4238612" ) != null ) {
3734             return false;
3735         }
3736         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "Y423861" ) != null ) {
3737             return false;
3738         }
3739         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
3740             return false;
3741         }
3742         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
3743             return false;
3744         }
3745         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "|S123456" ) != null ) {
3746             return false;
3747         }
3748         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC123456" ) != null ) {
3749             return false;
3750         }
3751         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3752             return false;
3753         }
3754         if ( !SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
3755             return false;
3756         }
3757         if ( SequenceAccessionTools.parseGenbankAccessorFromString( "ABCD12345" ) != null ) {
3758             return false;
3759         }
3760         return true;
3761     }
3762
3763     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
3764         try {
3765             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3766             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3767             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
3768             n = n.getNextExternalNode();
3769             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             n = n.getNextExternalNode();
3773             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             n = n.getNextExternalNode();
3777             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3778                 return false;
3779             }
3780             n = t1.getNode( "B" );
3781             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3782                 n = n.getNextExternalNode();
3783             }
3784             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
3785             n = t2.getNode( "A" );
3786             n = n.getNextExternalNode();
3787             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             n = n.getNextExternalNode();
3791             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             n = n.getNextExternalNode();
3795             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3796                 return false;
3797             }
3798             n = t2.getNode( "B" );
3799             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3800                 n = n.getNextExternalNode();
3801             }
3802             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3803             n = t3.getNode( "A" );
3804             n = n.getNextExternalNode();
3805             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             n = n.getNextExternalNode();
3809             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
3810                 return false;
3811             }
3812             n = n.getNextExternalNode();
3813             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
3814                 return false;
3815             }
3816             n = n.getNextExternalNode();
3817             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
3818                 return false;
3819             }
3820             n = n.getNextExternalNode();
3821             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
3822                 return false;
3823             }
3824             n = n.getNextExternalNode();
3825             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             n = n.getNextExternalNode();
3829             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             n = t3.getNode( "B" );
3833             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
3834                 n = n.getNextExternalNode();
3835             }
3836             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
3837             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3838                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3839             }
3840             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3841             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
3842                 final PhylogenyNode node = iter.next();
3843             }
3844             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
3845             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
3846             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( iter.hasNext() ) {
3865                 return false;
3866             }
3867         }
3868         catch ( final Exception e ) {
3869             e.printStackTrace( System.out );
3870             return false;
3871         }
3872         return true;
3873     }
3874
3875     private static boolean testExtractSNFromNodeName() {
3876         try {
3877             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3878                 return false;
3879             }
3880             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus" )
3881                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( "BCDO2_Mus_musculus_musculus-12" )
3885                     .equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -XS12_Mus_musculus-12" ).equals( "Mus musculus" ) ) {
3889                 return false;
3890             }
3891             if ( !ParserUtils.extractScientificNameFromNodeName( " -1234_Mus_musculus-12 affrre e" )
3892                     .equals( "Mus musculus" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895         }
3896         catch ( final Exception e ) {
3897             e.printStackTrace( System.out );
3898             return false;
3899         }
3900         return true;
3901     }
3902
3903     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
3904         try {
3905             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3906                 return false;
3907             }
3908             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3909                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3913                     .equals( "ARATH" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " ARATH ", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3917                     .equals( "ARATH" ) ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ).equals( "RAT" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3927                 return false;
3928             }
3929             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( " _SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3930                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3934                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3938                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "qwerty_SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3942                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "ABCD_SOYBN ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3946                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "SOYBN", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3950                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( ",SOYBN,", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3954                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxx,SOYBN,xxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3958                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "xxxSOYBNxxx", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE ) != null ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "-SOYBN~", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3965                     .equals( "SOYBN" ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "NNN8_ECOLI/1-2:0.01",
3969                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT ).equals( "ECOLI" ) ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "blag_9YX45-blag", TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE )
3973                     .equals( "9YX45" ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
3977                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3978                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE+function = 23445",
3982                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3983                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
3987                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
3988                     .equals( "MOUSE" ) ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
3992                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
3996                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4000                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
4004                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
4008                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
4012                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
4016                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4020                     .equals( "RAT" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4024                     .equals( "PIG" ) ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( !ParserUtils
4028                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
4029                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
4033                     .equals( "MOUSE" ) ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "_MOUSE ", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
4037                 return false;
4038             }
4039         }
4040         catch ( final Exception e ) {
4041             e.printStackTrace( System.out );
4042             return false;
4043         }
4044         return true;
4045     }
4046
4047     private static boolean testExtractUniProtKbProteinSeqIdentifier() {
4048         try {
4049             PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
4050             n.setName( "tr|B3RJ64" );
4051             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             n.setName( "tr.B3RJ64" );
4055             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             n.setName( "tr=B3RJ64" );
4059             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4060                 return false;
4061             }
4062             n.setName( "tr-B3RJ64" );
4063             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             n.setName( "tr/B3RJ64" );
4067             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             n.setName( "tr\\B3RJ64" );
4071             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4072                 return false;
4073             }
4074             n.setName( "tr_B3RJ64" );
4075             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             n.setName( " tr|B3RJ64 " );
4079             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             n.setName( "-tr|B3RJ64-" );
4083             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4084                 return false;
4085             }
4086             n.setName( "-tr=B3RJ64-" );
4087             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4088                 return false;
4089             }
4090             n.setName( "_tr=B3RJ64_" );
4091             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             n.setName( " tr_tr|B3RJ64_sp|123 " );
4095             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             n.setName( "B3RJ64" );
4099             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4100                 return false;
4101             }
4102             n.setName( "sp|B3RJ64" );
4103             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4104                 return false;
4105             }
4106             n.setName( "sp|B3RJ64C" );
4107             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             n.setName( "sp B3RJ64" );
4111             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             n.setName( "sp|B3RJ6X" );
4115             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             n.setName( "sp|B3RJ6" );
4119             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             n.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4123             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             n.setName( "K1PYK7_PEA" );
4127             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PEA" ) ) {
4128                 return false;
4129             }
4130             n.setName( "K1PYK7_RAT" );
4131             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_RAT" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             n.setName( "K1PYK7_PIG" );
4135             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             n.setName( "~K1PYK7_PIG~" );
4139             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_PIG" ) ) {
4140                 return false;
4141             }
4142             n.setName( "123456_ECOLI-K1PYK7_CRAGI-sp" );
4143             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             n.setName( "K1PYKX_CRAGI" );
4147             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             n.setName( "XXXXX_CRAGI" );
4151             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "XXXXX_CRAGI" ) ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             n.setName( "tr|H3IB65|H3IB65_STRPU~2-2" );
4155             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "H3IB65" ) ) {
4156                 return false;
4157             }
4158             n.setName( "jgi|Lacbi2|181470|Lacbi1.estExt_GeneWisePlus_human.C_10729~2-3" );
4159             if ( SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ) != null ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             n.setName( "sp|Q86U06|RBM23_HUMAN~2-2" );
4163             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "Q86U06" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             n = new PhylogenyNode();
4167             org.forester.phylogeny.data.Sequence seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4168             seq.setSymbol( "K1PYK7_CRAGI" );
4169             n.getNodeData().addSequence( seq );
4170             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4171                 return false;
4172             }
4173             seq.setSymbol( "tr|B3RJ64" );
4174             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             n = new PhylogenyNode();
4178             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4179             seq.setName( "K1PYK7_CRAGI" );
4180             n.getNodeData().addSequence( seq );
4181             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK7_CRAGI" ) ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             seq.setName( "tr|B3RJ64" );
4185             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             n = new PhylogenyNode();
4189             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4190             seq.setAccession( new Accession( "K1PYK8_CRAGI", "?" ) );
4191             n.getNodeData().addSequence( seq );
4192             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "K1PYK8_CRAGI" ) ) {
4193                 return false;
4194             }
4195             n = new PhylogenyNode();
4196             seq = new org.forester.phylogeny.data.Sequence();
4197             seq.setAccession( new Accession( "tr|B3RJ64", "?" ) );
4198             n.getNodeData().addSequence( seq );
4199             if ( !SequenceAccessionTools.obtainUniProtAccessorFromDataFields( n ).equals( "B3RJ64" ) ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             //
4203             n = new PhylogenyNode();
4204             n.setName( "ACP19736" );
4205             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             n = new PhylogenyNode();
4209             n.setName( "|ACP19736|" );
4210             if ( !SequenceAccessionTools.obtainGenbankAccessorFromDataFields( n ).equals( "ACP19736" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213         }
4214         catch ( final Exception e ) {
4215             e.printStackTrace( System.out );
4216             return false;
4217         }
4218         return true;
4219     }
4220
4221     private static boolean testFastaParser() {
4222         try {
4223             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
4224                 return false;
4225             }
4226             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
4227                 return false;
4228             }
4229             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
4230             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248         }
4249         catch ( final Exception e ) {
4250             e.printStackTrace();
4251             return false;
4252         }
4253         return true;
4254     }
4255
4256     private static boolean testGeneralMsaParser() {
4257         try {
4258             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
4259             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
4260             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
4261             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
4262             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
4263             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
4264             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
4265             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
4266             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
4303             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
4313             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
4314                 return false;
4315             }
4316             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
4320                 return false;
4321             }
4322             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
4323             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
4324                 return false;
4325             }
4326             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
4330                 return false;
4331             }
4332         }
4333         catch ( final Exception e ) {
4334             e.printStackTrace();
4335             return false;
4336         }
4337         return true;
4338     }
4339
4340     private static boolean testGeneralTable() {
4341         try {
4342             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
4343             t0.setValue( 3, 2, "23" );
4344             t0.setValue( 10, 1, "error" );
4345             t0.setValue( 10, 1, "110" );
4346             t0.setValue( 9, 1, "19" );
4347             t0.setValue( 1, 10, "101" );
4348             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
4349             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
4350             t0.setValue( 0, 0, "00" );
4351             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
4379             t1.setValue( "3", "2", "23" );
4380             t1.setValue( "10", "1", "error" );
4381             t1.setValue( "10", "1", "110" );
4382             t1.setValue( "9", "1", "19" );
4383             t1.setValue( "1", "10", "101" );
4384             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
4385             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
4386             t1.setValue( "0", "0", "00" );
4387             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
4388             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
4389                 return false;
4390             }
4391             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
4398                 return false;
4399             }
4400             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
4404                 return false;
4405             }
4406             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
4413                 return false;
4414             }
4415             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
4416                 return false;
4417             }
4418         }
4419         catch ( final Exception e ) {
4420             e.printStackTrace( System.out );
4421             return false;
4422         }
4423         return true;
4424     }
4425
4426     private static boolean testGetDistance() {
4427         try {
4428             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4429             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
4430                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4431             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
4435                 return false;
4436             }
4437             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
4438                 return false;
4439             }
4440             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
4459                 return false;
4460             }
4461             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
4474                 return false;
4475             }
4476             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
4477                 return false;
4478             }
4479             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
4483                 return false;
4484             }
4485             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
4492                 return false;
4493             }
4494             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
4495                 return false;
4496             }
4497             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
4498                 return false;
4499             }
4500             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
4507                 return false;
4508             }
4509             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
4510                 return false;
4511             }
4512             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
4513                 return false;
4514             }
4515             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
4516                 return false;
4517             }
4518             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
4525                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4526             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
4527                 return false;
4528             }
4529             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
4530                 return false;
4531             }
4532             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
4533                 return false;
4534             }
4535             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
4536                 return false;
4537             }
4538             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
4539                 return false;
4540             }
4541             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
4542                 return false;
4543             }
4544             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
4557                 return false;
4558             }
4559         }
4560         catch ( final Exception e ) {
4561             e.printStackTrace( System.out );
4562             return false;
4563         }
4564         return true;
4565     }
4566
4567     private static boolean testGetLCA() {
4568         try {
4569             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4570             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4571                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4572             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
4573             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4574                 return false;
4575             }
4576             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
4577             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
4581             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
4585             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
4589             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4590                 return false;
4591             }
4592             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
4593             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
4597             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
4601             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4602                 return false;
4603             }
4604             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
4605             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
4609             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
4613             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4614                 return false;
4615             }
4616             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
4617             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
4621             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
4625             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4626                 return false;
4627             }
4628             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
4629             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
4633             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4634                 return false;
4635             }
4636             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4637             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
4641             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4642                 return false;
4643             }
4644             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
4645             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4646                 return false;
4647             }
4648             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
4649             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
4653             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
4657             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
4661             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4665             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
4666             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4667                 return false;
4668             }
4669             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
4670             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
4674             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4675                 return false;
4676             }
4677             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
4678             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
4682             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
4686             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4687                 return false;
4688             }
4689             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
4690             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
4694             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4695                 return false;
4696             }
4697             final Phylogeny p3 = factory
4698                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4699                              new NHXParser() )[ 0 ];
4700             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
4701             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4702                 return false;
4703             }
4704             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
4705             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
4709             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
4713             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
4717             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
4718                 return false;
4719             }
4720             if ( !ag_3.isRoot() ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
4724             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( !al_3.isRoot() ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
4731             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
4732                 return false;
4733             }
4734             if ( !kl_3.isRoot() ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
4738             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !fl_3.isRoot() ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
4745             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4749             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
4750             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
4754             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
4755             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
4759             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
4760             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
4764             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
4765             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
4766                 return false;
4767             }
4768         }
4769         catch ( final Exception e ) {
4770             e.printStackTrace( System.out );
4771             return false;
4772         }
4773         return true;
4774     }
4775
4776     private static boolean testGetLCA2() {
4777         try {
4778             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4779             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
4780             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
4781             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
4782                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
4783             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4787             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
4788             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
4789                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
4790             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
4794                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
4795             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
4796                 return false;
4797             }
4798             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4799             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
4800             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
4801                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4802             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
4803                 return false;
4804             }
4805             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4806                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
4807             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
4808                 System.out.println( p_c_2.getName() );
4809                 System.exit( -1 );
4810                 return false;
4811             }
4812             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
4813                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
4814             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
4815                 return false;
4816             }
4817             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
4818                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
4819             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
4823                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4824             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
4825             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4826                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
4827             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
4831                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
4832             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4836                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
4837             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
4838                 return false;
4839             }
4840             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4841                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4842             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4846                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
4847             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
4851                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
4852             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
4856                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
4857             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4861                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
4862             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4866                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
4867             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
4871                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
4872             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4876                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
4877             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4878                 return false;
4879             }
4880             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4881                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
4882             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4886                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
4887             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4888                 return false;
4889             }
4890             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
4891                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
4892             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4896                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
4897             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4901                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
4902             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
4903                 return false;
4904             }
4905             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
4906                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
4907             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
4911                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
4912             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
4916                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
4917             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
4918                 return false;
4919             }
4920             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
4921                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
4922             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4923                 return false;
4924             }
4925             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
4926                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
4927             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
4931                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
4932             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
4936                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
4937             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
4941             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
4942             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4943                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
4944             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4948                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
4949             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4953                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
4954             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
4958                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
4959             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4963                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
4964             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
4968                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
4969             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
4973                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
4974             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
4978                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
4979             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
4980                 return false;
4981             }
4982             final Phylogeny p3 = factory
4983                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
4984                              new NHXParser() )[ 0 ];
4985             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
4986             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
4987                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4988             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
4989                 return false;
4990             }
4991             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4992                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
4993             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
4997                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
4998             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5002                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
5003             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5007                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
5008             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             if ( !ag_3.isRoot() ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
5015                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5016             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             if ( !al_3.isRoot() ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
5023                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5024             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             if ( !kl_3.isRoot() ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
5031                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
5032             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             if ( !fl_3.isRoot() ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
5039                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
5040             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5044             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
5045             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
5046                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
5047             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
5048                 return false;
5049             }
5050             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
5051             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
5052             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
5053                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
5054             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
5058             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
5059             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
5060                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
5061             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
5062                 return false;
5063             }
5064             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
5065             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
5066             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
5067                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
5068             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5072                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5073             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
5074                 return false;
5075             }
5076             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5077                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5078             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5082                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
5083             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
5087                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
5088             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
5089                 return false;
5090             }
5091             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
5092                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
5093             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096         }
5097         catch ( final Exception e ) {
5098             e.printStackTrace( System.out );
5099             return false;
5100         }
5101         return true;
5102     }
5103
5104     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
5105         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
5106         try {
5107             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5108                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5109             parser1.parse();
5110             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
5111                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
5112             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
5113             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( proteins.size() != 4 ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToFsEval() != 0 ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToIEval() != 0 ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
5132             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
5133                 return false;
5134             }
5135             if ( p1.getLength() != 850 ) {
5136                 return false;
5137             }
5138             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
5139             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
5146             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
5147                 return false;
5148             }
5149             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
5150             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
5151                 return false;
5152             }
5153             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
5160                 return false;
5161             }
5162             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174         }
5175         catch ( final Exception e ) {
5176             e.printStackTrace( System.out );
5177             return false;
5178         }
5179         return true;
5180     }
5181
5182     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
5183         try {
5184             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5185             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
5186             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
5187             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
5188             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
5189                 return false;
5190             }
5191             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
5192             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
5196             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
5197                 return false;
5198             }
5199             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
5200             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
5201                 return false;
5202             }
5203         }
5204         catch ( final Exception e ) {
5205             e.printStackTrace( System.out );
5206             return false;
5207         }
5208         return true;
5209     }
5210
5211     private static boolean testLevelOrderIterator() {
5212         try {
5213             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5214             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5215             PhylogenyNodeIterator it0;
5216             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
5217                 it0.next();
5218             }
5219             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5220                 it0.next();
5221             }
5222             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
5223             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5239                 return false;
5240             }
5241             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5242                 return false;
5243             }
5244             if ( it.hasNext() ) {
5245                 return false;
5246             }
5247             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
5248                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5249             PhylogenyNodeIterator it2;
5250             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
5251                 it2.next();
5252             }
5253             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
5254                 it2.next();
5255             }
5256             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
5257             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
5261                 return false;
5262             }
5263             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
5264                 return false;
5265             }
5266             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
5267                 return false;
5268             }
5269             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
5270                 return false;
5271             }
5272             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
5273                 return false;
5274             }
5275             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
5276                 return false;
5277             }
5278             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
5279                 return false;
5280             }
5281             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
5288                 return false;
5289             }
5290             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
5291                 return false;
5292             }
5293             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
5318                 return false;
5319             }
5320             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( it3.hasNext() ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5336             PhylogenyNodeIterator it4;
5337             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
5338                 it4.next();
5339             }
5340             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
5341                 it4.next();
5342             }
5343             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
5344             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
5360             PhylogenyNodeIterator it6;
5361             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
5362                 it6.next();
5363             }
5364             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
5365                 it6.next();
5366             }
5367             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
5368             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             if ( it.hasNext() ) {
5372                 return false;
5373             }
5374         }
5375         catch ( final Exception e ) {
5376             e.printStackTrace( System.out );
5377             return false;
5378         }
5379         return true;
5380     }
5381
5382     private static boolean testMafft( final String path ) {
5383         try {
5384             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
5385             opts.add( "--maxiterate" );
5386             opts.add( "1000" );
5387             opts.add( "--localpair" );
5388             opts.add( "--quiet" );
5389             Msa msa = null;
5390             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
5391             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
5392             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398         }
5399         catch ( final Exception e ) {
5400             e.printStackTrace( System.out );
5401             return false;
5402         }
5403         return true;
5404     }
5405
5406     private static boolean testMidpointrooting() {
5407         try {
5408             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5409             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5410             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
5411             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
5418                            1 ) ) {
5419                 return false;
5420             }
5421             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5422                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5423             if ( !t1.isRooted() ) {
5424                 return false;
5425             }
5426             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5427             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5434                 return false;
5435             }
5436             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5437                 return false;
5438             }
5439             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5446             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
5447             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5451                 return false;
5452             }
5453             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5460                 System.exit( -1 );
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466         }
5467         catch ( final Exception e ) {
5468             e.printStackTrace( System.out );
5469             return false;
5470         }
5471         return true;
5472     }
5473
5474     private static boolean testMsaQualityMethod() {
5475         try {
5476             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
5477             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
5478             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
5479             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
5480             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
5481             l.add( s0 );
5482             l.add( s1 );
5483             l.add( s2 );
5484             l.add( s3 );
5485             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
5486             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
5490                 return false;
5491             }
5492             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
5493                 return false;
5494             }
5495             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
5496                 return false;
5497             }
5498         }
5499         catch ( final Exception e ) {
5500             e.printStackTrace( System.out );
5501             return false;
5502         }
5503         return true;
5504     }
5505
5506     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
5507         try {
5508             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5509             PhylogenyNode n;
5510             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5511             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5512             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
5513             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5514             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5515             n = t0.getFirstExternalNode();
5516             while ( n != null ) {
5517                 ext.add( n );
5518                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5519             }
5520             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             ext.clear();
5539             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5540             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
5541             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5542             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5543             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5544             n = t1.getNode( "ab" );
5545             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5546             while ( n != null ) {
5547                 ext.add( n );
5548                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5549             }
5550             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5551                 return false;
5552             }
5553             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             //
5566             //
5567             ext.clear();
5568             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5569             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
5570             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5571             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5572             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5573             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5574             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5575             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5576             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5577             n = t2.getNode( "ab" );
5578             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5579             while ( n != null ) {
5580                 ext.add( n );
5581                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5582             }
5583             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             //
5596             //
5597             ext.clear();
5598             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5599             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
5600             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5601             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5602             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5603             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5604             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5605             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5606             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5607             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5608             n = t3.getNode( "ab" );
5609             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
5610             while ( n != null ) {
5611                 ext.add( n );
5612                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5613             }
5614             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             //
5624             //
5625             ext.clear();
5626             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5627             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
5628             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5629             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5630             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
5631             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5632             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5633             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
5634             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5635             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5636             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
5637             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
5638             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             //
5642             //
5643             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5644             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
5645             ext.clear();
5646             n = t5.getFirstExternalNode();
5647             while ( n != null ) {
5648                 ext.add( n );
5649                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5650             }
5651             if ( ext.size() != 8 ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5661                 return false;
5662             }
5663             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5664                 return false;
5665             }
5666             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5667                 return false;
5668             }
5669             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
5676                 return false;
5677             }
5678             //
5679             //
5680             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5681             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
5682             ext.clear();
5683             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5684             n = t6.getNode( "ab" );
5685             while ( n != null ) {
5686                 ext.add( n );
5687                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5688             }
5689             if ( ext.size() != 7 ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5693                 return false;
5694             }
5695             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5696                 return false;
5697             }
5698             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5699                 return false;
5700             }
5701             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5702                 return false;
5703             }
5704             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5705                 return false;
5706             }
5707             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5708                 return false;
5709             }
5710             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             //
5714             //
5715             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5716             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
5717             ext.clear();
5718             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5719             n = t7.getNode( "a" );
5720             while ( n != null ) {
5721                 ext.add( n );
5722                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5723             }
5724             if ( ext.size() != 7 ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5731                 return false;
5732             }
5733             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             //
5749             //
5750             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5751             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
5752             ext.clear();
5753             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
5754             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
5755             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
5756             n = t8.getNode( "a" );
5757             while ( n != null ) {
5758                 ext.add( n );
5759                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5760             }
5761             if ( ext.size() != 7 ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5765                 return false;
5766             }
5767             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
5771                 System.out.println( "2 fail" );
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
5784                 return false;
5785             }
5786             //
5787             //
5788             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5789             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
5790             ext.clear();
5791             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5792             n = t9.getNode( "a" );
5793             while ( n != null ) {
5794                 ext.add( n );
5795                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5796             }
5797             if ( ext.size() != 7 ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5801                 return false;
5802             }
5803             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5804                 return false;
5805             }
5806             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5810                 return false;
5811             }
5812             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5813                 return false;
5814             }
5815             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5816                 return false;
5817             }
5818             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5819                 return false;
5820             }
5821             //
5822             //
5823             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5824             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
5825             ext.clear();
5826             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5827             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5828             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5829             n = t10.getNode( "a" );
5830             while ( n != null ) {
5831                 ext.add( n );
5832                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5833             }
5834             if ( ext.size() != 7 ) {
5835                 return false;
5836             }
5837             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
5856                 return false;
5857             }
5858             //
5859             //
5860             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5861             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
5862             ext.clear();
5863             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5864             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5865             n = t11.getNode( "a" );
5866             while ( n != null ) {
5867                 ext.add( n );
5868                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5869             }
5870             if ( ext.size() != 6 ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             //
5892             //
5893             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5894             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
5895             ext.clear();
5896             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5897             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5898             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
5899             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
5900             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
5901             n = t12.getNode( "a" );
5902             while ( n != null ) {
5903                 ext.add( n );
5904                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5905             }
5906             if ( ext.size() != 6 ) {
5907                 return false;
5908             }
5909             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
5916                 return false;
5917             }
5918             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
5919                 return false;
5920             }
5921             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
5922                 return false;
5923             }
5924             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5925                 return false;
5926             }
5927             //
5928             //
5929             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5930             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
5931             ext.clear();
5932             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5933             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
5934             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5935             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5936             n = t13.getNode( "ab" );
5937             while ( n != null ) {
5938                 ext.add( n );
5939                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5940             }
5941             if ( ext.size() != 5 ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5945                 return false;
5946             }
5947             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5948                 return false;
5949             }
5950             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             //
5960             //
5961             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5962             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
5963             ext.clear();
5964             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5965             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5966             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5967             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
5968             n = t14.getNode( "ab" );
5969             while ( n != null ) {
5970                 ext.add( n );
5971                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
5972             }
5973             if ( ext.size() != 5 ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
5977                 return false;
5978             }
5979             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
5986                 return false;
5987             }
5988             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
5989                 return false;
5990             }
5991             //
5992             //
5993             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
5994             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
5995             ext.clear();
5996             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
5997             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
5998             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
5999             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6000             n = t15.getNode( "ab" );
6001             while ( n != null ) {
6002                 ext.add( n );
6003                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6004             }
6005             if ( ext.size() != 6 ) {
6006                 return false;
6007             }
6008             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6009                 return false;
6010             }
6011             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
6012                 return false;
6013             }
6014             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
6015                 return false;
6016             }
6017             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
6018                 return false;
6019             }
6020             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
6021                 return false;
6022             }
6023             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6024                 return false;
6025             }
6026             //
6027             //
6028             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
6029             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
6030             ext.clear();
6031             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
6032             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
6033             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
6034             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
6035             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
6036             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
6037             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
6038             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
6039             n = t16.getNode( "ab" );
6040             while ( n != null ) {
6041                 ext.add( n );
6042                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
6043             }
6044             if ( ext.size() != 4 ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
6051                 return false;
6052             }
6053             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
6054                 return false;
6055             }
6056             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
6057                 return false;
6058             }
6059         }
6060         catch ( final Exception e ) {
6061             e.printStackTrace( System.out );
6062             return false;
6063         }
6064         return true;
6065     }
6066
6067     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
6068         try {
6069             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
6070             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
6071             parser.parse();
6072             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
6073             if ( labels.length != 7 ) {
6074                 return false;
6075             }
6076             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6077                 return false;
6078             }
6079             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6086                 return false;
6087             }
6088             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6089                 return false;
6090             }
6091             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6092                 return false;
6093             }
6094             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6095                 return false;
6096             }
6097             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6098             parser.parse();
6099             labels = parser.getCharStateLabels();
6100             if ( labels.length != 7 ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6107                 return false;
6108             }
6109             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6110                 return false;
6111             }
6112             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6113                 return false;
6114             }
6115             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6116                 return false;
6117             }
6118             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6119                 return false;
6120             }
6121             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6122                 return false;
6123             }
6124         }
6125         catch ( final Exception e ) {
6126             e.printStackTrace( System.out );
6127             return false;
6128         }
6129         return true;
6130     }
6131
6132     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
6133         try {
6134             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
6135             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
6136             parser.parse();
6137             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
6138             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             //            if ( labels.length != 7 ) {
6166             //                return false;
6167             //            }
6168             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6169             //                return false;
6170             //            }
6171             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6172             //                return false;
6173             //            }
6174             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6175             //                return false;
6176             //            }
6177             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6178             //                return false;
6179             //            }
6180             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6181             //                return false;
6182             //            }
6183             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6184             //                return false;
6185             //            }
6186             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6187             //                return false;
6188             //            }
6189             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
6190             //            parser.parse();
6191             //            labels = parser.getCharStateLabels();
6192             //            if ( labels.length != 7 ) {
6193             //                return false;
6194             //            }
6195             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
6196             //                return false;
6197             //            }
6198             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
6199             //                return false;
6200             //            }
6201             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
6202             //                return false;
6203             //            }
6204             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
6205             //                return false;
6206             //            }
6207             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
6208             //                return false;
6209             //            }
6210             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
6211             //                return false;
6212             //            }
6213             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
6214             //                return false;
6215             //            }
6216         }
6217         catch ( final Exception e ) {
6218             e.printStackTrace( System.out );
6219             return false;
6220         }
6221         return true;
6222     }
6223
6224     private static boolean testNexusTreeParsing() {
6225         try {
6226             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6227             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6228             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
6229             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6230                 return false;
6231             }
6232             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6233                 return false;
6234             }
6235             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             phylogenies = null;
6239             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
6240             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             phylogenies = null;
6250             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
6251             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6252                 return false;
6253             }
6254             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6255                 return false;
6256             }
6257             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
6258                 return false;
6259             }
6260             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             phylogenies = null;
6264             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
6265             if ( phylogenies.length != 18 ) {
6266                 return false;
6267             }
6268             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6269                 return false;
6270             }
6271             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6293                 return false;
6294             }
6295             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
6311                 return false;
6312             }
6313             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6314                 return false;
6315             }
6316             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
6374                 return false;
6375             }
6376             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6377                 return false;
6378             }
6379             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6386                 return false;
6387             }
6388         }
6389         catch ( final Exception e ) {
6390             e.printStackTrace( System.out );
6391             return false;
6392         }
6393         return true;
6394     }
6395
6396     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
6397         try {
6398             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
6399             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
6400             if ( !p.hasNext() ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             Phylogeny phy = p.next();
6404             if ( phy == null ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( p.hasNext() ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             phy = p.next();
6417             if ( phy != null ) {
6418                 return false;
6419             }
6420             //
6421             p.reset();
6422             if ( !p.hasNext() ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             phy = p.next();
6426             if ( phy == null ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( p.hasNext() ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             phy = p.next();
6439             if ( phy != null ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             ////
6443             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
6444             if ( !p.hasNext() ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             phy = p.next();
6448             if ( phy == null ) {
6449                 return false;
6450             }
6451             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6452                 return false;
6453             }
6454             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6455                 return false;
6456             }
6457             if ( p.hasNext() ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             phy = p.next();
6461             if ( phy != null ) {
6462                 return false;
6463             }
6464             //
6465             p.reset();
6466             if ( !p.hasNext() ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             phy = p.next();
6470             if ( phy == null ) {
6471                 return false;
6472             }
6473             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6474                 return false;
6475             }
6476             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
6477                 return false;
6478             }
6479             if ( p.hasNext() ) {
6480                 return false;
6481             }
6482             phy = p.next();
6483             if ( phy != null ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             ////
6487             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
6488             if ( !p.hasNext() ) {
6489                 return false;
6490             }
6491             phy = p.next();
6492             if ( phy == null ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( phy.isRooted() ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( p.hasNext() ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             phy = p.next();
6508             if ( phy != null ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             //
6512             p.reset();
6513             if ( !p.hasNext() ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             phy = p.next();
6517             if ( phy == null ) {
6518                 return false;
6519             }
6520             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6524                 return false;
6525             }
6526             if ( p.hasNext() ) {
6527                 return false;
6528             }
6529             phy = p.next();
6530             if ( phy != null ) {
6531                 return false;
6532             }
6533             ////
6534             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
6535             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
6536             //                return false;
6537             //            }
6538             //0
6539             if ( !p.hasNext() ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             phy = p.next();
6543             if ( phy == null ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             //1
6553             if ( !p.hasNext() ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             phy = p.next();
6557             if ( phy == null ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             //2
6567             if ( !p.hasNext() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             phy = p.next();
6571             if ( phy == null ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6578                 return false;
6579             }
6580             if ( phy.isRooted() ) {
6581                 return false;
6582             }
6583             //3
6584             if ( !p.hasNext() ) {
6585                 return false;
6586             }
6587             phy = p.next();
6588             if ( phy == null ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( !phy.isRooted() ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             //4
6601             if ( !p.hasNext() ) {
6602                 return false;
6603             }
6604             phy = p.next();
6605             if ( phy == null ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6609                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( !phy.isRooted() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             //5
6619             if ( !p.hasNext() ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             phy = p.next();
6623             if ( phy == null ) {
6624                 return false;
6625             }
6626             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( phy.isRooted() ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             //6
6636             if ( !p.hasNext() ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             phy = p.next();
6640             if ( phy == null ) {
6641                 return false;
6642             }
6643             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
6644                 return false;
6645             }
6646             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             if ( !phy.isRooted() ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             //7
6653             if ( !p.hasNext() ) {
6654                 return false;
6655             }
6656             phy = p.next();
6657             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6658                 return false;
6659             }
6660             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6661                 return false;
6662             }
6663             if ( !phy.isRooted() ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             //8
6667             if ( !p.hasNext() ) {
6668                 return false;
6669             }
6670             phy = p.next();
6671             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6672                 return false;
6673             }
6674             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
6675                 return false;
6676             }
6677             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
6678                 return false;
6679             }
6680             //9
6681             if ( !p.hasNext() ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             phy = p.next();
6685             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6686                 return false;
6687             }
6688             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             //10
6695             if ( !p.hasNext() ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             phy = p.next();
6699             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6700                 return false;
6701             }
6702             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             if ( !phy.isRooted() ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             //11
6712             if ( !p.hasNext() ) {
6713                 return false;
6714             }
6715             phy = p.next();
6716             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6717                 return false;
6718             }
6719             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
6720                 return false;
6721             }
6722             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             if ( phy.isRooted() ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             //12
6729             if ( !p.hasNext() ) {
6730                 return false;
6731             }
6732             phy = p.next();
6733             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !phy.isRooted() ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             //13
6746             if ( !p.hasNext() ) {
6747                 return false;
6748             }
6749             phy = p.next();
6750             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6751                 return false;
6752             }
6753             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
6754                 return false;
6755             }
6756             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             if ( !phy.isRooted() ) {
6760                 return false;
6761             }
6762             //14
6763             if ( !p.hasNext() ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             phy = p.next();
6767             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6768                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6769                 return false;
6770             }
6771             if ( !phy
6772                     .toNewHampshire()
6773                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6774                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6775                 return false;
6776             }
6777             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             if ( !phy.isRooted() ) {
6781                 return false;
6782             }
6783             //15
6784             if ( !p.hasNext() ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             phy = p.next();
6788             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6789                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6790                 return false;
6791             }
6792             if ( !phy
6793                     .toNewHampshire()
6794                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6795                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6796                 return false;
6797             }
6798             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
6799                 return false;
6800             }
6801             if ( phy.isRooted() ) {
6802                 return false;
6803             }
6804             //16
6805             if ( !p.hasNext() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             phy = p.next();
6809             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6810                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6811                 return false;
6812             }
6813             if ( !phy
6814                     .toNewHampshire()
6815                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6816                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6817                 return false;
6818             }
6819             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
6820                 return false;
6821             }
6822             if ( !phy.isRooted() ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             //17
6826             if ( !p.hasNext() ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             phy = p.next();
6830             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6831                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !phy
6835                     .toNewHampshire()
6836                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
6837                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( phy.isRooted() ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             //
6847             if ( p.hasNext() ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             phy = p.next();
6851             if ( phy != null ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             p.reset();
6855             //0
6856             if ( !p.hasNext() ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             phy = p.next();
6860             if ( phy == null ) {
6861                 return false;
6862             }
6863             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6864                 return false;
6865             }
6866             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
6867                 return false;
6868             }
6869             //1
6870             if ( !p.hasNext() ) {
6871                 return false;
6872             }
6873             phy = p.next();
6874             if ( phy == null ) {
6875                 return false;
6876             }
6877             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
6878                 return false;
6879             }
6880             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
6881                 return false;
6882             }
6883             //2
6884             if ( !p.hasNext() ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             phy = p.next();
6888             if ( phy == null ) {
6889                 return false;
6890             }
6891             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6892                 return false;
6893             }
6894             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6895                 return false;
6896             }
6897             if ( phy.isRooted() ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             //3
6901             if ( !p.hasNext() ) {
6902                 return false;
6903             }
6904             phy = p.next();
6905             if ( phy == null ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
6909                 return false;
6910             }
6911             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6912                 return false;
6913             }
6914             if ( !phy.isRooted() ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             //4
6918             if ( !p.hasNext() ) {
6919                 return false;
6920             }
6921             phy = p.next();
6922             if ( phy == null ) {
6923                 return false;
6924             }
6925             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
6926                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
6927                 return false;
6928             }
6929             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6930                 return false;
6931             }
6932             if ( !phy.isRooted() ) {
6933                 return false;
6934             }
6935             //5
6936             if ( !p.hasNext() ) {
6937                 return false;
6938             }
6939             phy = p.next();
6940             if ( phy == null ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             if ( phy.isRooted() ) {
6950                 return false;
6951             }
6952         }
6953         catch ( final Exception e ) {
6954             e.printStackTrace( System.out );
6955             return false;
6956         }
6957         return true;
6958     }
6959
6960     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
6961         try {
6962             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6963             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
6964             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
6965             if ( phylogenies.length != 1 ) {
6966                 return false;
6967             }
6968             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6972                 return false;
6973             }
6974             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
6981                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             phylogenies = null;
6985             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
6986             if ( phylogenies.length != 3 ) {
6987                 return false;
6988             }
6989             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
6990                 return false;
6991             }
6992             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
6993                 return false;
6994             }
6995             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
6996                 return false;
6997             }
6998             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
6999                 return false;
7000             }
7001             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7005                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7006                 return false;
7007             }
7008             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7009                 return false;
7010             }
7011             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7015                 return false;
7016             }
7017             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7021                 return false;
7022             }
7023             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7024                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7025                 return false;
7026             }
7027             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7028                 return false;
7029             }
7030             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7031                 return false;
7032             }
7033             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7034                 return false;
7035             }
7036             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7037                 return false;
7038             }
7039             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7043                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             phylogenies = null;
7047             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
7048             if ( phylogenies.length != 3 ) {
7049                 return false;
7050             }
7051             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7052                 return false;
7053             }
7054             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
7055                 return false;
7056             }
7057             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
7058                 return false;
7059             }
7060             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7061                 return false;
7062             }
7063             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7067                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7086                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7090                 return false;
7091             }
7092             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
7096                 return false;
7097             }
7098             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
7102                 return false;
7103             }
7104             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
7105                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
7106                 return false;
7107             }
7108         }
7109         catch ( final Exception e ) {
7110             e.printStackTrace( System.out );
7111             return false;
7112         }
7113         return true;
7114     }
7115
7116     private static boolean testNHParsing() {
7117         try {
7118             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7119             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
7120             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
7124             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
7125             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
7126             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
7127             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
7128                 return false;
7129             }
7130             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
7131                 return false;
7132             }
7133             final Phylogeny p1b = factory
7134                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
7135                              new NHXParser() )[ 0 ];
7136             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
7137                 return false;
7138             }
7139             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
7140                 return false;
7141             }
7142             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7143             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
7144             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
7145             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7146             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
7147             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
7148             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
7149             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
7150             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
7151             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
7152             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
7153                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
7154                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
7155                                                     new NHXParser() );
7156             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
7157                 return false;
7158             }
7159             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
7166                 return false;
7167             }
7168             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
7169             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
7170             final String p16_S = "((A,B),C)";
7171             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
7172             if ( p16.length != 1 ) {
7173                 return false;
7174             }
7175             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             final String p17_S = "(C,(A,B))";
7179             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
7180             if ( p17.length != 1 ) {
7181                 return false;
7182             }
7183             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
7187             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
7188             if ( p18.length != 1 ) {
7189                 return false;
7190             }
7191             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
7195             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
7196             if ( p19.length != 1 ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
7203             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
7204             if ( p20.length != 1 ) {
7205                 return false;
7206             }
7207             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
7211             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
7212             if ( p21.length != 1 ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
7219             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
7220             if ( p22.length != 1 ) {
7221                 return false;
7222             }
7223             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7227             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
7228             if ( p23.length != 1 ) {
7229                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
7230                 System.exit( -1 );
7231                 return false;
7232             }
7233             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
7234                 return false;
7235             }
7236             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7237             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
7238             if ( p24.length != 1 ) {
7239                 return false;
7240             }
7241             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
7242                 return false;
7243             }
7244             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7245             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7246             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
7247             if ( p241.length != 2 ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
7257                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
7258                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
7259                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
7260                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
7261                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
7262                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
7263                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
7264             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
7265             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
7266                 return false;
7267             }
7268             final String p26_S = "(A,B)ab";
7269             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
7270             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
7271                 return false;
7272             }
7273             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7274             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
7275             if ( p27s.length != 1 ) {
7276                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
7277                 System.exit( -1 );
7278                 return false;
7279             }
7280             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7281                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
7282                 System.exit( -1 );
7283                 return false;
7284             }
7285             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
7286                                                     new NHXParser() );
7287             if ( p27.length != 1 ) {
7288                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
7289                 System.exit( -1 );
7290                 return false;
7291             }
7292             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
7293                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
7294                 System.exit( -1 );
7295                 return false;
7296             }
7297             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7298             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7299             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
7300             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
7301             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
7302                                                     new NHXParser() );
7303             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
7307                 return false;
7308             }
7309             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             if ( p28.length != 4 ) {
7316                 return false;
7317             }
7318             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
7319             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
7320             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
7321                 return false;
7322             }
7323             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
7324             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
7325             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
7329             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
7330             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
7331                 return false;
7332             }
7333             final String p33_S = "A";
7334             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
7335             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
7336                 return false;
7337             }
7338             final String p34_S = "B;";
7339             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
7340             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             final String p35_S = "B:0.2";
7344             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
7345             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
7346                 return false;
7347             }
7348             final String p36_S = "(A)";
7349             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
7350             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             final String p37_S = "((A))";
7354             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
7355             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
7356                 return false;
7357             }
7358             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7359             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
7360             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
7364             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
7365             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             final String p40_S = "(A,B,C)";
7369             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
7370             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
7371                 return false;
7372             }
7373             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
7374             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
7375             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
7376                 return false;
7377             }
7378             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
7379             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
7380             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
7384             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
7385             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
7389             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
7390             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
7391                 return false;
7392             }
7393             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
7394             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
7395             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             final String p46_S = "";
7399             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
7400             if ( p46.length != 0 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7404             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7405                 return false;
7406             }
7407             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7408             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             final Phylogeny p49 = factory
7412                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
7413                              new NHXParser() )[ 0 ];
7414             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
7415                 return false;
7416             }
7417             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7418             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7422                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
7423                 return false;
7424             }
7425             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
7426                 return false;
7427             }
7428             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
7429                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
7430                 return false;
7431             }
7432             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7433             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7437             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
7438                 return false;
7439             }
7440             final Phylogeny p53 = factory
7441                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
7442                              new NHXParser() )[ 0 ];
7443             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             //
7447             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
7448             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
7449                 return false;
7450             }
7451             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
7452                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455         }
7456         catch ( final Exception e ) {
7457             e.printStackTrace( System.out );
7458             return false;
7459         }
7460         return true;
7461     }
7462
7463     private static boolean testNHParsingIter() {
7464         try {
7465             final String p0_str = "(A,B);";
7466             final NHXParser p = new NHXParser();
7467             p.setSource( p0_str );
7468             if ( !p.hasNext() ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             final Phylogeny p0 = p.next();
7472             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
7473                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
7474                 return false;
7475             }
7476             if ( p.hasNext() ) {
7477                 return false;
7478             }
7479             if ( p.next() != null ) {
7480                 return false;
7481             }
7482             //
7483             final String p00_str = "(A,B)root;";
7484             p.setSource( p00_str );
7485             final Phylogeny p00 = p.next();
7486             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
7487                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
7488                 return false;
7489             }
7490             //
7491             final String p000_str = "A;";
7492             p.setSource( p000_str );
7493             final Phylogeny p000 = p.next();
7494             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
7495                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
7496                 return false;
7497             }
7498             //
7499             final String p0000_str = "A";
7500             p.setSource( p0000_str );
7501             final Phylogeny p0000 = p.next();
7502             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
7503                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
7504                 return false;
7505             }
7506             //
7507             p.setSource( "(A)" );
7508             final Phylogeny p00000 = p.next();
7509             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
7510                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
7511                 return false;
7512             }
7513             //
7514             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
7515             p.setSource( p1_str );
7516             if ( !p.hasNext() ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             final Phylogeny p1_0 = p.next();
7520             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
7521                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( !p.hasNext() ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             final Phylogeny p1_1 = p.next();
7528             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7529                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
7530                 return false;
7531             }
7532             if ( !p.hasNext() ) {
7533                 return false;
7534             }
7535             final Phylogeny p1_2 = p.next();
7536             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
7537                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
7538                 return false;
7539             }
7540             if ( !p.hasNext() ) {
7541                 return false;
7542             }
7543             final Phylogeny p1_3 = p.next();
7544             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7545                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( p.hasNext() ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             if ( p.next() != null ) {
7552                 return false;
7553             }
7554             //
7555             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
7556             p.setSource( p2_str );
7557             if ( !p.hasNext() ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             Phylogeny p2_0 = p.next();
7561             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7562                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !p.hasNext() ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             Phylogeny p2_1 = p.next();
7569             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7570                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7571                 return false;
7572             }
7573             if ( !p.hasNext() ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             Phylogeny p2_2 = p.next();
7577             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7578                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !p.hasNext() ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             Phylogeny p2_3 = p.next();
7585             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7586                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7587                 return false;
7588             }
7589             if ( !p.hasNext() ) {
7590                 return false;
7591             }
7592             Phylogeny p2_4 = p.next();
7593             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7594                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( p.hasNext() ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( p.next() != null ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             ////
7604             p.reset();
7605             if ( !p.hasNext() ) {
7606                 return false;
7607             }
7608             p2_0 = p.next();
7609             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
7610                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
7611                 return false;
7612             }
7613             if ( !p.hasNext() ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             p2_1 = p.next();
7617             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
7618                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( !p.hasNext() ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             p2_2 = p.next();
7625             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
7626                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !p.hasNext() ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             p2_3 = p.next();
7633             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
7634                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
7635                 return false;
7636             }
7637             if ( !p.hasNext() ) {
7638                 return false;
7639             }
7640             p2_4 = p.next();
7641             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
7642                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( p.hasNext() ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( p.next() != null ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             //
7652             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
7653             p.setSource( p3_str );
7654             if ( !p.hasNext() ) {
7655                 return false;
7656             }
7657             final Phylogeny p3_0 = p.next();
7658             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( p.hasNext() ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( p.next() != null ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             //
7668             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
7669             p.setSource( p4_str );
7670             if ( !p.hasNext() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             final Phylogeny p4_0 = p.next();
7674             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             if ( p.hasNext() ) {
7678                 return false;
7679             }
7680             if ( p.next() != null ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             //
7684             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
7685             p.setSource( p5_str );
7686             if ( !p.hasNext() ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             final Phylogeny p5_0 = p.next();
7690             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
7691                 return false;
7692             }
7693             if ( p.hasNext() ) {
7694                 return false;
7695             }
7696             if ( p.next() != null ) {
7697                 return false;
7698             }
7699             //
7700             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
7701             p.setSource( p6_str );
7702             if ( !p.hasNext() ) {
7703                 return false;
7704             }
7705             Phylogeny p6_0 = p.next();
7706             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( p.hasNext() ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             if ( p.next() != null ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             p.reset();
7716             if ( !p.hasNext() ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             p6_0 = p.next();
7720             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( p.hasNext() ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             if ( p.next() != null ) {
7727                 return false;
7728             }
7729             //
7730             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
7731             p.setSource( p7_str );
7732             if ( !p.hasNext() ) {
7733                 return false;
7734             }
7735             Phylogeny p7_0 = p.next();
7736             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( p.hasNext() ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( p.next() != null ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             p.reset();
7746             if ( !p.hasNext() ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             p7_0 = p.next();
7750             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( p.hasNext() ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             if ( p.next() != null ) {
7757                 return false;
7758             }
7759             //
7760             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
7761             p.setSource( p8_str );
7762             if ( !p.hasNext() ) {
7763                 return false;
7764             }
7765             Phylogeny p8_0 = p.next();
7766             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7767                 return false;
7768             }
7769             if ( !p.hasNext() ) {
7770                 return false;
7771             }
7772             if ( !p.hasNext() ) {
7773                 return false;
7774             }
7775             Phylogeny p8_1 = p.next();
7776             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( p.hasNext() ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             if ( p.next() != null ) {
7783                 return false;
7784             }
7785             p.reset();
7786             if ( !p.hasNext() ) {
7787                 return false;
7788             }
7789             p8_0 = p.next();
7790             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
7791                 return false;
7792             }
7793             if ( !p.hasNext() ) {
7794                 return false;
7795             }
7796             p8_1 = p.next();
7797             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( p.hasNext() ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( p.next() != null ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             p.reset();
7807             //
7808             p.setSource( "" );
7809             if ( p.hasNext() ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             //
7813             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
7814             if ( !p.hasNext() ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             Phylogeny p_27 = p.next();
7818             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7819                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7820                 System.exit( -1 );
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( p.hasNext() ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( p.next() != null ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             p.reset();
7830             if ( !p.hasNext() ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             p_27 = p.next();
7834             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
7835                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
7836                 System.exit( -1 );
7837                 return false;
7838             }
7839             if ( p.hasNext() ) {
7840                 return false;
7841             }
7842             if ( p.next() != null ) {
7843                 return false;
7844             }
7845         }
7846         catch ( final Exception e ) {
7847             e.printStackTrace( System.out );
7848             return false;
7849         }
7850         return true;
7851     }
7852
7853     private static boolean testNHXconversion() {
7854         try {
7855             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7856             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7857             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7858             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7859             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7860                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
7861             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
7862                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
7863             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7864                 return false;
7865             }
7866             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
7867                 return false;
7868             }
7869             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
7870                 return false;
7871             }
7872             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
7873                 return false;
7874             }
7875             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
7876                 return false;
7877             }
7878             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
7879                 System.out.println( n6.toNewHampshireX() );
7880                 return false;
7881             }
7882         }
7883         catch ( final Exception e ) {
7884             e.printStackTrace( System.out );
7885             return false;
7886         }
7887         return true;
7888     }
7889
7890     private static boolean testNHXNodeParsing() {
7891         try {
7892             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
7893             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
7894             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
7895             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
7896             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
7897                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
7898             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( n3.isDuplication() ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
7929                 return false;
7930             }
7931             if ( !n5.isDuplication() ) {
7932                 return false;
7933             }
7934             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
7935                 return false;
7936             }
7937             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
7938                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2:0.01",
7939                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7940             if ( !n8.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7941                 return false;
7942             }
7943             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7944                 return false;
7945             }
7946             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
7947                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-12:0.01",
7948                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7949             if ( !n9.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-12" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7953                 return false;
7954             }
7955             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
7956                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7957             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
7958                 return false;
7959             }
7960             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
7961                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7962             if ( !n20.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
7969                     .createInstanceFromNhxString( "N20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
7970             if ( !n20x.getName().equals( "N20_ECOL1/1-2" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
7977                     .createInstanceFromNhxString( "N20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7978             if ( !n20xx.getName().equals( "N20_eCOL1/1-2" ) ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
7982                 return false;
7983             }
7984             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
7985                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7986             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
7993                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
7994             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
7995                 return false;
7996             }
7997             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
7998                 return false;
7999             }
8000             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
8001                     .createInstanceFromNhxString( "N21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8002             if ( !n21.getName().equals( "N21_PIG" ) ) {
8003                 return false;
8004             }
8005             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
8006                 return false;
8007             }
8008             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
8009                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8010             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
8017                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8018             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
8025                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8026             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
8030                 return false;
8031             }
8032             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
8033                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8034             if ( !a.getName().equals( "ABCD_ECOLI/1-2" ) ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
8038                 return false;
8039             }
8040             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
8041                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN/1000-2000",
8042                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8043             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN/1000-2000" ) ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
8050                     .createInstanceFromNhxString( "N10_Bovin_1/1000-2000",
8051                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8052             if ( !c2.getName().equals( "N10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
8053                 return false;
8054             }
8055             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).length() > 0 ) {
8056                 return false;
8057             }
8058             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
8059                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8060             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
8061                 return false;
8062             }
8063             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
8064                 return false;
8065             }
8066             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
8067                     .createInstanceFromNhxString( "N111111_ECOLI/1-2:0.4",
8068                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8069             if ( !n11.getName().equals( "N111111_ECOLI/1-2" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
8079                     .createInstanceFromNhxString( "N111111-ECOLI---/jdj:0.4",
8080                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8081             if ( !n12.getName().equals( "N111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
8091                     .createInstanceFromNhxString( "ABCD_MOUSE", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8092             if ( !o.getName().equals( "ABCD_MOUSE" ) ) {
8093                 return false;
8094             }
8095             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
8096                 return false;
8097             }
8098             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8099                 return false;
8100             }
8101             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8102                 return false;
8103             }
8104             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8105                 return false;
8106             }
8107             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
8108                 return false;
8109             }
8110             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
8111                 return false;
8112             }
8113             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
8114                 return false;
8115             }
8116             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
8117                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
8118             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
8119                 return false;
8120             }
8121             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
8122                 return false;
8123             }
8124             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
8125             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
8129                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8130             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
8143                     .createInstanceFromNhxString( "BLA1_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8144             if ( !n14.getName().equals( "BLA1_9QX45/1-2" ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
8148                 return false;
8149             }
8150             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
8151                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
8152                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8153             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
8154                 return false;
8155             }
8156             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8157                 return false;
8158             }
8159             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
8160                 return false;
8161             }
8162             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
8163                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
8164                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8165             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
8166                 return false;
8167             }
8168             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8169                 return false;
8170             }
8171             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
8172                 return false;
8173             }
8174             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
8175                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
8176                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8177             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
8184                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8185             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
8189                 return false;
8190             }
8191             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
8192                 return false;
8193             }
8194             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
8195                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8196             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
8203                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
8204                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8205             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
8206                 return false;
8207             }
8208             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
8209                 return false;
8210             }
8211             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
8212                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
8213                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8214             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8215                 return false;
8216             }
8217             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
8218                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8219             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             final PhylogenyNode n40 = PhylogenyNode
8223                     .createInstanceFromNhxString( "bcl2_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8224             if ( !n40.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
8225                 return false;
8226             }
8227             final PhylogenyNode n41 = PhylogenyNode
8228                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8229             if ( n41.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8230                 return false;
8231             }
8232             final PhylogenyNode n42 = PhylogenyNode
8233                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
8234             if ( n42.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             final PhylogenyNode n43 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "12345",
8238                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
8239             if ( n43.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             final PhylogenyNode n44 = PhylogenyNode
8243                     .createInstanceFromNhxString( "12345~1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
8244             if ( n44.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
8245                 return false;
8246             }
8247         }
8248         catch ( final Exception e ) {
8249             e.printStackTrace( System.out );
8250             return false;
8251         }
8252         return true;
8253     }
8254
8255     private static boolean testNHXParsing() {
8256         try {
8257             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8258             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
8259             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
8260                 return false;
8261             }
8262             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
8263             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
8264             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8265                 return false;
8266             }
8267             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
8268             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
8269             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             final Phylogeny[] p3 = factory
8273                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
8274                              new NHXParser() );
8275             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             final Phylogeny[] p4 = factory
8279                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
8280                              new NHXParser() );
8281             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             final Phylogeny[] p5 = factory
8285                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
8286                              new NHXParser() );
8287             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
8288                 return false;
8289             }
8290             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8291             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
8292             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
8293             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8297             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
8298             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
8299             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
8303             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
8304             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
8305             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
8309             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8310                 return false;
8311             }
8312             final Phylogeny p10 = factory
8313                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
8314                              new NHXParser() )[ 0 ];
8315             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
8316                 return false;
8317             }
8318         }
8319         catch ( final Exception e ) {
8320             e.printStackTrace( System.out );
8321             return false;
8322         }
8323         return true;
8324     }
8325
8326     private static boolean testNHXParsingMB() {
8327         try {
8328             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8329             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
8330                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8331                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8332                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8333                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8334                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8335                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8336                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8337                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
8338             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
8345                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
8346                 return false;
8347             }
8348             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
8349                 return false;
8350             }
8351             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
8352                 return false;
8353             }
8354             final Phylogeny p2 = factory
8355                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
8356                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8357                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
8358                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
8359                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
8360                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
8361                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
8362                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
8363                                      + "7.369400000000000e-02}])",
8364                              new NHXParser() )[ 0 ];
8365             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
8369                 return false;
8370             }
8371         }
8372         catch ( final Exception e ) {
8373             e.printStackTrace( System.out );
8374             System.exit( -1 );
8375             return false;
8376         }
8377         return true;
8378     }
8379
8380     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
8381         try {
8382             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8383             final NHXParser p = new NHXParser();
8384             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
8385             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
8389             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
8390                 return false;
8391             }
8392             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
8399                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
8400                 return false;
8401             }
8402             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
8403                 return false;
8404             }
8405             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
8406                 return false;
8407             }
8408             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             final NHXParser p1p = new NHXParser();
8418             p1p.setIgnoreQuotes( true );
8419             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
8420             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             final NHXParser p2p = new NHXParser();
8424             p1p.setIgnoreQuotes( false );
8425             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
8426             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             final NHXParser p3p = new NHXParser();
8430             p3p.setIgnoreQuotes( false );
8431             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
8432             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
8433                 return false;
8434             }
8435             final NHXParser p4p = new NHXParser();
8436             p4p.setIgnoreQuotes( false );
8437             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
8438             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
8439                 return false;
8440             }
8441             final Phylogeny p10 = factory
8442                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
8443                              new NHXParser() )[ 0 ];
8444             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8445             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8449             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             //
8453             final Phylogeny p12 = factory
8454                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
8455                              new NHXParser() )[ 0 ];
8456             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
8457             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
8461             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
8462                 return false;
8463             }
8464             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
8465             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
8469             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
8470                 return false;
8471             }
8472         }
8473         catch ( final Exception e ) {
8474             e.printStackTrace( System.out );
8475             return false;
8476         }
8477         return true;
8478     }
8479
8480     private static boolean testNodeRemoval() {
8481         try {
8482             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8483             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
8484             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
8485             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
8486                 return false;
8487             }
8488             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
8489             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
8490             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
8491                 return false;
8492             }
8493             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
8494             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
8495             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
8496                 return false;
8497             }
8498         }
8499         catch ( final Exception e ) {
8500             e.printStackTrace( System.out );
8501             return false;
8502         }
8503         return true;
8504     }
8505
8506     private static boolean testPhylogenyBranch() {
8507         try {
8508             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
8509             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
8510             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
8511             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
8512             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
8522             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
8523             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
8524             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
8525                 return false;
8526             }
8527             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
8528                 return false;
8529             }
8530             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
8531             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540         }
8541         catch ( final Exception e ) {
8542             e.printStackTrace( System.out );
8543             return false;
8544         }
8545         return true;
8546     }
8547
8548     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
8549         try {
8550             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8551             PhyloXmlParser xml_parser = null;
8552             try {
8553                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
8554             }
8555             catch ( final Exception e ) {
8556                 // Do nothing -- means were not running from jar.
8557             }
8558             if ( xml_parser == null ) {
8559                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser();
8560                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
8561                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
8562                 }
8563                 else {
8564                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
8565                 }
8566             }
8567             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
8568                                                               xml_parser );
8569             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
8570                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
8577             PhylogenyNode n = null;
8578             Distribution d = null;
8579             n = t1.getNode( "root node" );
8580             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8581                 return false;
8582             }
8583             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8584                 return false;
8585             }
8586             d = n.getNodeData().getDistribution();
8587             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8591                 return false;
8592             }
8593             if ( d.getPolygons() != null ) {
8594                 return false;
8595             }
8596             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8597                 return false;
8598             }
8599             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8600                 return false;
8601             }
8602             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8603                 return false;
8604             }
8605             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8606                 return false;
8607             }
8608             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8609                 return false;
8610             }
8611             n = t1.getNode( "node a" );
8612             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8613                 return false;
8614             }
8615             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8616                 return false;
8617             }
8618             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8619             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( d.getPolygons() != null ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             n = t1.getNode( "node bb" );
8644             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8645                 return false;
8646             }
8647             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8648                 return false;
8649             }
8650             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8651             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8652                 return false;
8653             }
8654             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8655                 return false;
8656             }
8657             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8658                 return false;
8659             }
8660             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
8676             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8677                 return false;
8678             }
8679             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             p = d.getPolygons().get( 1 );
8698             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             // Roundtrip:
8711             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
8712             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
8713             if ( rt.length != 1 ) {
8714                 return false;
8715             }
8716             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
8717             n = t1_rt.getNode( "root node" );
8718             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8719                 return false;
8720             }
8721             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8722                 return false;
8723             }
8724             d = n.getNodeData().getDistribution();
8725             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
8726                 return false;
8727             }
8728             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8729                 return false;
8730             }
8731             if ( d.getPolygons() != null ) {
8732                 return false;
8733             }
8734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8738                 return false;
8739             }
8740             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8741                 return false;
8742             }
8743             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
8744                 return false;
8745             }
8746             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             n = t1_rt.getNode( "node a" );
8750             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
8754                 return false;
8755             }
8756             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
8757             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
8758                 return false;
8759             }
8760             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             if ( d.getPolygons() != null ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
8776                 return false;
8777             }
8778             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
8782             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
8783                 return false;
8784             }
8785             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
8786                 return false;
8787             }
8788             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
8789             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
8790                 return false;
8791             }
8792             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
8793                 return false;
8794             }
8795             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
8796                 return false;
8797             }
8798             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
8811                 return false;
8812             }
8813             p = d.getPolygons().get( 0 );
8814             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8815                 return false;
8816             }
8817             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
8833                 return false;
8834             }
8835             p = d.getPolygons().get( 1 );
8836             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
8837                 return false;
8838             }
8839             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
8840                 return false;
8841             }
8842             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
8843                 return false;
8844             }
8845             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
8846                 return false;
8847             }
8848         }
8849         catch ( final Exception e ) {
8850             e.printStackTrace( System.out );
8851             return false;
8852         }
8853         return true;
8854     }
8855
8856     private static boolean testPostOrderIterator() {
8857         try {
8858             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8859             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8860             PhylogenyNodeIterator it0;
8861             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
8862                 it0.next();
8863             }
8864             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8865                 it0.next();
8866             }
8867             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8868             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
8869             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8870                 return false;
8871             }
8872             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8873                 return false;
8874             }
8875             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8876                 return false;
8877             }
8878             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8879                 return false;
8880             }
8881             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8882                 return false;
8883             }
8884             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8885                 return false;
8886             }
8887             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8888                 return false;
8889             }
8890             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8891                 return false;
8892             }
8893             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8894                 return false;
8895             }
8896             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8897                 return false;
8898             }
8899             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
8900                 return false;
8901             }
8902             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
8903                 return false;
8904             }
8905             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
8906                 return false;
8907             }
8908             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8909                 return false;
8910             }
8911             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8912                 return false;
8913             }
8914             if ( it.hasNext() ) {
8915                 return false;
8916             }
8917         }
8918         catch ( final Exception e ) {
8919             e.printStackTrace( System.out );
8920             return false;
8921         }
8922         return true;
8923     }
8924
8925     private static boolean testPreOrderIterator() {
8926         try {
8927             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8928             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8929             PhylogenyNodeIterator it0;
8930             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
8931                 it0.next();
8932             }
8933             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
8934                 it0.next();
8935             }
8936             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
8937             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8938                 return false;
8939             }
8940             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8941                 return false;
8942             }
8943             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8944                 return false;
8945             }
8946             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8947                 return false;
8948             }
8949             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8950                 return false;
8951             }
8952             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8953                 return false;
8954             }
8955             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8956                 return false;
8957             }
8958             if ( it.hasNext() ) {
8959                 return false;
8960             }
8961             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8962             it = t1.iteratorPreorder();
8963             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
8964                 return false;
8965             }
8966             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
8967                 return false;
8968             }
8969             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
8970                 return false;
8971             }
8972             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
8973                 return false;
8974             }
8975             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
8976                 return false;
8977             }
8978             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
8979                 return false;
8980             }
8981             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
8982                 return false;
8983             }
8984             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
8985                 return false;
8986             }
8987             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
8988                 return false;
8989             }
8990             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
8991                 return false;
8992             }
8993             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
8994                 return false;
8995             }
8996             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
8997                 return false;
8998             }
8999             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
9000                 return false;
9001             }
9002             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
9003                 return false;
9004             }
9005             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
9006                 return false;
9007             }
9008             if ( it.hasNext() ) {
9009                 return false;
9010             }
9011         }
9012         catch ( final Exception e ) {
9013             e.printStackTrace( System.out );
9014             return false;
9015         }
9016         return true;
9017     }
9018
9019     private static boolean testPropertiesMap() {
9020         try {
9021             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
9022             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9023             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
9024             final Property p2 = new Property( "something:else",
9025                                               "?",
9026                                               "improbable:research",
9027                                               "xsd:decimal",
9028                                               AppliesTo.NODE );
9029             pm.addProperty( p0 );
9030             pm.addProperty( p1 );
9031             pm.addProperty( p2 );
9032             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9039                 return false;
9040             }
9041             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
9042                 return false;
9043             }
9044             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9045                 return false;
9046             }
9047             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
9048                 return false;
9049             }
9050             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
9051             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
9052                 return false;
9053             }
9054             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
9055                 return false;
9056             }
9057             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
9058                 return false;
9059             }
9060         }
9061         catch ( final Exception e ) {
9062             e.printStackTrace( System.out );
9063             return false;
9064         }
9065         return true;
9066     }
9067
9068     private static boolean testProteinId() {
9069         try {
9070             final ProteinId id1 = new ProteinId( "a" );
9071             final ProteinId id2 = new ProteinId( "a" );
9072             final ProteinId id3 = new ProteinId( "A" );
9073             final ProteinId id4 = new ProteinId( "b" );
9074             if ( !id1.equals( id1 ) ) {
9075                 return false;
9076             }
9077             if ( id1.getId().equals( "x" ) ) {
9078                 return false;
9079             }
9080             if ( id1.getId().equals( null ) ) {
9081                 return false;
9082             }
9083             if ( !id1.equals( id2 ) ) {
9084                 return false;
9085             }
9086             if ( id1.equals( id3 ) ) {
9087                 return false;
9088             }
9089             if ( id1.hashCode() != id1.hashCode() ) {
9090                 return false;
9091             }
9092             if ( id1.hashCode() != id2.hashCode() ) {
9093                 return false;
9094             }
9095             if ( id1.hashCode() == id3.hashCode() ) {
9096                 return false;
9097             }
9098             if ( id1.compareTo( id1 ) != 0 ) {
9099                 return false;
9100             }
9101             if ( id1.compareTo( id2 ) != 0 ) {
9102                 return false;
9103             }
9104             if ( id1.compareTo( id3 ) != 0 ) {
9105                 return false;
9106             }
9107             if ( id1.compareTo( id4 ) >= 0 ) {
9108                 return false;
9109             }
9110             if ( id4.compareTo( id1 ) <= 0 ) {
9111                 return false;
9112             }
9113             if ( !id4.getId().equals( "b" ) ) {
9114                 return false;
9115             }
9116             final ProteinId id5 = new ProteinId( " C " );
9117             if ( !id5.getId().equals( "C" ) ) {
9118                 return false;
9119             }
9120             if ( id5.equals( id1 ) ) {
9121                 return false;
9122             }
9123         }
9124         catch ( final Exception e ) {
9125             e.printStackTrace( System.out );
9126             return false;
9127         }
9128         return true;
9129     }
9130
9131     private static boolean testReIdMethods() {
9132         try {
9133             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9134             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
9135             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
9136             p.levelOrderReID();
9137             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
9138                 return false;
9139             }
9140             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9141                 return false;
9142             }
9143             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9144                 return false;
9145             }
9146             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
9147                 return false;
9148             }
9149             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9150                 return false;
9151             }
9152             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9153                 return false;
9154             }
9155             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9156                 return false;
9157             }
9158             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9159                 return false;
9160             }
9161             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9162                 return false;
9163             }
9164             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
9165                 return false;
9166             }
9167             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9168                 return false;
9169             }
9170             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
9171                 return false;
9172             }
9173             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9174                 return false;
9175             }
9176             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9177                 return false;
9178             }
9179             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
9180                 return false;
9181             }
9182         }
9183         catch ( final Exception e ) {
9184             e.printStackTrace( System.out );
9185             return false;
9186         }
9187         return true;
9188     }
9189
9190     private static boolean testRerooting() {
9191         try {
9192             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9193             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
9194                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9195             if ( !t1.isRooted() ) {
9196                 return false;
9197             }
9198             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9199             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9200             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9201             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9202             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9203             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9204             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9205             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9206             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9207             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9208             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9209             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9210             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9211             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9212             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9213             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9214             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9215             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9216             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9217             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9218             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9219             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
9220             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
9221             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
9222             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
9223             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9224             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
9225             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
9226             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
9227                 return false;
9228             }
9229             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
9230                 return false;
9231             }
9232             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
9233                 return false;
9234             }
9235             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9236                 return false;
9237             }
9238             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
9239                 return false;
9240             }
9241             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
9242                 return false;
9243             }
9244             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
9245                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9246             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9247             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9248             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9249             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9250             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9251             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9252             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9253             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9254             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9255             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9256             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9257             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9258             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9259             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9260             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9261             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9262             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9263             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9264             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9265             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9266             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9267             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9268             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9269             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9270             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9271             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9272             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9273             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9274             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9275             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9276             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9277             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9278             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9279             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9280             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9281             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9282             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9283             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9284             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
9285             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
9286             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9287             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
9288             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9289             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9290             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9291             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9292                 return false;
9293             }
9294             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9295                 return false;
9296             }
9297             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9298             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9299                 return false;
9300             }
9301             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9302                 return false;
9303             }
9304             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9305             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9306                 return false;
9307             }
9308             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9309                 return false;
9310             }
9311             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9312                 return false;
9313             }
9314             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
9315             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9316                 return false;
9317             }
9318             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9319                 return false;
9320             }
9321             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9322                 return false;
9323             }
9324             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
9325             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9326                 return false;
9327             }
9328             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9329                 return false;
9330             }
9331             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
9332             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
9333                 return false;
9334             }
9335             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
9339                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
9340             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9341             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9342                 return false;
9343             }
9344             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9345                 return false;
9346             }
9347             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9348                 return false;
9349             }
9350             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
9351             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9352                 return false;
9353             }
9354             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9355                 return false;
9356             }
9357             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9358                 return false;
9359             }
9360             t3.reRoot( t3.getRoot() );
9361             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9362                 return false;
9363             }
9364             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
9365                 return false;
9366             }
9367             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
9368                 return false;
9369             }
9370         }
9371         catch ( final Exception e ) {
9372             e.printStackTrace( System.out );
9373             return false;
9374         }
9375         return true;
9376     }
9377
9378     private static boolean testSDIse() {
9379         try {
9380             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9381             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
9382             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
9383             gene1.setRooted( true );
9384             species1.setRooted( true );
9385             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
9386             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
9387                 return false;
9388             }
9389             final Phylogeny species2 = factory
9390                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9391                              new NHXParser() )[ 0 ];
9392             final Phylogeny gene2 = factory
9393                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9394                              new NHXParser() )[ 0 ];
9395             species2.setRooted( true );
9396             gene2.setRooted( true );
9397             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
9398             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9399                 return false;
9400             }
9401             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
9402                 return false;
9403             }
9404             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
9405                 return false;
9406             }
9407             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
9408                 return false;
9409             }
9410             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
9411                 return false;
9412             }
9413             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
9414                 return false;
9415             }
9416             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
9417                 return false;
9418             }
9419             final Phylogeny species3 = factory
9420                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9421                              new NHXParser() )[ 0 ];
9422             final Phylogeny gene3 = factory
9423                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9424                              new NHXParser() )[ 0 ];
9425             species3.setRooted( true );
9426             gene3.setRooted( true );
9427             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
9428             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9429                 return false;
9430             }
9431             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
9432                 return false;
9433             }
9434             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
9435                 return false;
9436             }
9437             final Phylogeny species4 = factory
9438                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9439                              new NHXParser() )[ 0 ];
9440             final Phylogeny gene4 = factory
9441                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9442                              new NHXParser() )[ 0 ];
9443             species4.setRooted( true );
9444             gene4.setRooted( true );
9445             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
9446             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9447                 return false;
9448             }
9449             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
9450                 return false;
9451             }
9452             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
9453                 return false;
9454             }
9455             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9456                 return false;
9457             }
9458             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9459                 return false;
9460             }
9461             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9462                 return false;
9463             }
9464             final Phylogeny species5 = factory
9465                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9466                              new NHXParser() )[ 0 ];
9467             final Phylogeny gene5 = factory
9468                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
9469                              new NHXParser() )[ 0 ];
9470             species5.setRooted( true );
9471             gene5.setRooted( true );
9472             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
9473             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
9474                 return false;
9475             }
9476             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
9477                 return false;
9478             }
9479             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
9480                 return false;
9481             }
9482             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
9483                 return false;
9484             }
9485             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9486                 return false;
9487             }
9488             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
9489                 return false;
9490             }
9491             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
9492             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
9493             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
9494             final Phylogeny species6 = factory
9495                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9496                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9497                              new NHXParser() )[ 0 ];
9498             final Phylogeny gene6 = factory
9499                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
9500                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
9501                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
9502                              new NHXParser() )[ 0 ];
9503             species6.setRooted( true );
9504             gene6.setRooted( true );
9505             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
9506             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
9507                 return false;
9508             }
9509             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
9510                 return false;
9511             }
9512             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9513                 return false;
9514             }
9515             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9516                 return false;
9517             }
9518             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
9519                 return false;
9520             }
9521             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
9522                 return false;
9523             }
9524             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
9525                 return false;
9526             }
9527             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
9528                 return false;
9529             }
9530             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
9531                 return false;
9532             }
9533             sdi6.computeMappingCostL();
9534             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
9535                 return false;
9536             }
9537             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
9541                 return false;
9542             }
9543             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
9544                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
9545                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
9546                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
9547                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
9548             species7.setRooted( true );
9549             final Phylogeny gene7_1 = Test
9550                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9551             gene7_1.setRooted( true );
9552             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
9553             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
9554                 return false;
9555             }
9556             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9557                 return false;
9558             }
9559             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9560                 return false;
9561             }
9562             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9563                 return false;
9564             }
9565             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9566                 return false;
9567             }
9568             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9578                 return false;
9579             }
9580             final Phylogeny gene7_2 = Test
9581                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
9582             gene7_2.setRooted( true );
9583             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
9584             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
9585                 return false;
9586             }
9587             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
9588                 return false;
9589             }
9590             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
9591                 return false;
9592             }
9593             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
9594                 return false;
9595             }
9596             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
9597                 return false;
9598             }
9599             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
9600                 return false;
9601             }
9602             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
9603                 return false;
9604             }
9605             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
9606                 return false;
9607             }
9608             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
9609                 return false;
9610             }
9611             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
9612                 return false;
9613             }
9614         }
9615         catch ( final Exception e ) {
9616             return false;
9617         }
9618         return true;
9619     }
9620
9621     private static boolean testSDIunrooted() {
9622         try {
9623             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9624             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
9625             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
9626             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
9627             PhylogenyBranch br = iter.next();
9628             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9629                 return false;
9630             }
9631             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
9632                 return false;
9633             }
9634             br = iter.next();
9635             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9636                 return false;
9637             }
9638             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9639                 return false;
9640             }
9641             br = iter.next();
9642             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9643                 return false;
9644             }
9645             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
9646                 return false;
9647             }
9648             br = iter.next();
9649             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9650                 return false;
9651             }
9652             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9653                 return false;
9654             }
9655             br = iter.next();
9656             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9657                 return false;
9658             }
9659             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9660                 return false;
9661             }
9662             br = iter.next();
9663             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9664                 return false;
9665             }
9666             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
9667                 return false;
9668             }
9669             br = iter.next();
9670             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9671                 return false;
9672             }
9673             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9674                 return false;
9675             }
9676             br = iter.next();
9677             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9678                 return false;
9679             }
9680             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9681                 return false;
9682             }
9683             br = iter.next();
9684             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9688                 return false;
9689             }
9690             br = iter.next();
9691             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9692                 return false;
9693             }
9694             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
9695                 return false;
9696             }
9697             br = iter.next();
9698             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9699                 return false;
9700             }
9701             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9702                 return false;
9703             }
9704             br = iter.next();
9705             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
9706                 return false;
9707             }
9708             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
9709                 return false;
9710             }
9711             br = iter.next();
9712             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9713                 return false;
9714             }
9715             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             br = iter.next();
9719             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
9720                 return false;
9721             }
9722             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
9723                 return false;
9724             }
9725             br = iter.next();
9726             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
9727                 return false;
9728             }
9729             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
9730                 return false;
9731             }
9732             if ( iter.hasNext() ) {
9733                 return false;
9734             }
9735             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9736             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
9737             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
9738             br = iter1.next();
9739             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9740                 return false;
9741             }
9742             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9743                 return false;
9744             }
9745             br = iter1.next();
9746             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9747                 return false;
9748             }
9749             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9750                 return false;
9751             }
9752             br = iter1.next();
9753             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9754                 return false;
9755             }
9756             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9757                 return false;
9758             }
9759             if ( iter1.hasNext() ) {
9760                 return false;
9761             }
9762             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
9763             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
9764             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
9765             br = iter2.next();
9766             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             br = iter2.next();
9773             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
9774                 return false;
9775             }
9776             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
9777                 return false;
9778             }
9779             br = iter2.next();
9780             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
9781                 return false;
9782             }
9783             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
9784                 return false;
9785             }
9786             if ( iter2.hasNext() ) {
9787                 return false;
9788             }
9789             final Phylogeny species0 = factory
9790                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
9791                              new NHXParser() )[ 0 ];
9792             final Phylogeny gene1 = factory
9793                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9794                              new NHXParser() )[ 0 ];
9795             species0.setRooted( true );
9796             gene1.setRooted( true );
9797             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
9798             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
9799             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9800                 return false;
9801             }
9802             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
9803                 return false;
9804             }
9805             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
9806                 return false;
9807             }
9808             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
9809                 return false;
9810             }
9811             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9812                 return false;
9813             }
9814             final Phylogeny gene2 = factory
9815                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
9816                              new NHXParser() )[ 0 ];
9817             gene2.setRooted( true );
9818             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
9819             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9820                 return false;
9821             }
9822             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9823                 return false;
9824             }
9825             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9826                 return false;
9827             }
9828             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
9829                 return false;
9830             }
9831             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9832                 return false;
9833             }
9834             final Phylogeny species6 = factory
9835                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9836                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9837                              new NHXParser() )[ 0 ];
9838             final Phylogeny gene6 = factory
9839                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9840                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9841                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9842                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9843                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9844                              new NHXParser() )[ 0 ];
9845             species6.setRooted( true );
9846             gene6.setRooted( true );
9847             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
9848             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9849                 return false;
9850             }
9851             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9852                 return false;
9853             }
9854             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9855                 return false;
9856             }
9857             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9858                 return false;
9859             }
9860             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9861                 return false;
9862             }
9863             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9864                 return false;
9865             }
9866             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9867                 return false;
9868             }
9869             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9870                 return false;
9871             }
9872             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9873                 return false;
9874             }
9875             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9876                 return false;
9877             }
9878             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9879                 return false;
9880             }
9881             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9882                 return false;
9883             }
9884             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9885                 return false;
9886             }
9887             p6 = null;
9888             final Phylogeny species7 = factory
9889                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9890                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9891                              new NHXParser() )[ 0 ];
9892             final Phylogeny gene7 = factory
9893                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9894                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9895                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9896                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9897                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9898                              new NHXParser() )[ 0 ];
9899             species7.setRooted( true );
9900             gene7.setRooted( true );
9901             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
9902             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9903                 return false;
9904             }
9905             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9906                 return false;
9907             }
9908             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9909                 return false;
9910             }
9911             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9912                 return false;
9913             }
9914             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
9915                 return false;
9916             }
9917             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9918                 return false;
9919             }
9920             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9921                 return false;
9922             }
9923             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9924                 return false;
9925             }
9926             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9927                 return false;
9928             }
9929             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9930                 return false;
9931             }
9932             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9933                 return false;
9934             }
9935             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9936                 return false;
9937             }
9938             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9939                 return false;
9940             }
9941             p7 = null;
9942             final Phylogeny species8 = factory
9943                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
9944                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
9945                              new NHXParser() )[ 0 ];
9946             final Phylogeny gene8 = factory
9947                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
9948                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
9949                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
9950                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
9951                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
9952                              new NHXParser() )[ 0 ];
9953             species8.setRooted( true );
9954             gene8.setRooted( true );
9955             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
9956             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
9957                 return false;
9958             }
9959             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
9972                 return false;
9973             }
9974             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
9975                 return false;
9976             }
9977             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
9978                 return false;
9979             }
9980             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
9981                 return false;
9982             }
9983             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
9984                 return false;
9985             }
9986             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
9987                 return false;
9988             }
9989             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
9990                 return false;
9991             }
9992             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
9993                 return false;
9994             }
9995             p8 = null;
9996         }
9997         catch ( final Exception e ) {
9998             e.printStackTrace( System.out );
9999             return false;
10000         }
10001         return true;
10002     }
10003
10004     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10005         try {
10006             Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10007             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10008                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10009                 if ( id != null ) {
10010                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10011                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10012                 }
10013                 return false;
10014             }
10015             //
10016             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10017             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10018                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10019                 if ( id != null ) {
10020                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10021                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10022                 }
10023                 return false;
10024             }
10025             //
10026             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10027             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10028                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10029                 if ( id != null ) {
10030                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10031                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10032                 }
10033                 return false;
10034             }
10035             //
10036             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_AAA96518_1" );
10037             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10038                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10039                 if ( id != null ) {
10040                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10041                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10042                 }
10043                 return false;
10044             }
10045             //
10046             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10047             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10048                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10049                 if ( id != null ) {
10050                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10051                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10052                 }
10053                 return false;
10054             }
10055             //
10056             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10057             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10058                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10059                 if ( id != null ) {
10060                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10061                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10062                 }
10063                 return false;
10064             }
10065             //
10066             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10067             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10068                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getSource().equals( "ncbi" ) ) {
10069                 if ( id != null ) {
10070                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10071                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10072                 }
10073                 return false;
10074             }
10075             //
10076             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10077             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10078                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10079                 if ( id != null ) {
10080                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10081                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10082                 }
10083                 return false;
10084             }
10085             //
10086             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10087             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10088                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getSource().equals( "refseq" ) ) {
10089                 if ( id != null ) {
10090                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10091                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10092                 }
10093                 return false;
10094             }
10095             //
10096             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "P4A123" );
10097             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getSource() )
10098                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getSource().equals( "uniprot" ) ) {
10099                 if ( id != null ) {
10100                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10101                     System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10102                 }
10103                 return false;
10104             }
10105             id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( "XP_12345" );
10106             if ( id != null ) {
10107                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10108                 System.out.println( "provider=" + id.getSource() );
10109                 return false;
10110             }
10111         }
10112         catch ( final Exception e ) {
10113             e.printStackTrace( System.out );
10114             return false;
10115         }
10116         return true;
10117     }
10118
10119     private static boolean testSequenceWriter() {
10120         try {
10121             final String n = ForesterUtil.LINE_SEPARATOR;
10122             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 5 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10123                 return false;
10124             }
10125             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 4 ).toString().equals( ">name" + n + "awes" ) ) {
10126                 return false;
10127             }
10128             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 3 ).toString().equals( ">name" + n + "awe" + n + "s" ) ) {
10129                 return false;
10130             }
10131             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 2 ).toString().equals( ">name" + n + "aw" + n + "es" ) ) {
10132                 return false;
10133             }
10134             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "awes", 1 ).toString()
10135                     .equals( ">name" + n + "a" + n + "w" + n + "e" + n + "s" ) ) {
10136                 return false;
10137             }
10138             if ( !SequenceWriter.toFasta( "name", "abcdefghij", 3 ).toString()
10139                     .equals( ">name" + n + "abc" + n + "def" + n + "ghi" + n + "j" ) ) {
10140                 return false;
10141             }
10142         }
10143         catch ( final Exception e ) {
10144             e.printStackTrace();
10145             return false;
10146         }
10147         return true;
10148     }
10149
10150     private static boolean testSpecies() {
10151         try {
10152             final Species s1 = new BasicSpecies( "a" );
10153             final Species s2 = new BasicSpecies( "a" );
10154             final Species s3 = new BasicSpecies( "A" );
10155             final Species s4 = new BasicSpecies( "b" );
10156             if ( !s1.equals( s1 ) ) {
10157                 return false;
10158             }
10159             if ( s1.getSpeciesId().equals( "x" ) ) {
10160                 return false;
10161             }
10162             if ( s1.getSpeciesId().equals( null ) ) {
10163                 return false;
10164             }
10165             if ( !s1.equals( s2 ) ) {
10166                 return false;
10167             }
10168             if ( s1.equals( s3 ) ) {
10169                 return false;
10170             }
10171             if ( s1.hashCode() != s1.hashCode() ) {
10172                 return false;
10173             }
10174             if ( s1.hashCode() != s2.hashCode() ) {
10175                 return false;
10176             }
10177             if ( s1.hashCode() == s3.hashCode() ) {
10178                 return false;
10179             }
10180             if ( s1.compareTo( s1 ) != 0 ) {
10181                 return false;
10182             }
10183             if ( s1.compareTo( s2 ) != 0 ) {
10184                 return false;
10185             }
10186             if ( s1.compareTo( s3 ) != 0 ) {
10187                 return false;
10188             }
10189             if ( s1.compareTo( s4 ) >= 0 ) {
10190                 return false;
10191             }
10192             if ( s4.compareTo( s1 ) <= 0 ) {
10193                 return false;
10194             }
10195             if ( !s4.getSpeciesId().equals( "b" ) ) {
10196                 return false;
10197             }
10198             final Species s5 = new BasicSpecies( " C " );
10199             if ( !s5.getSpeciesId().equals( "C" ) ) {
10200                 return false;
10201             }
10202             if ( s5.equals( s1 ) ) {
10203                 return false;
10204             }
10205         }
10206         catch ( final Exception e ) {
10207             e.printStackTrace( System.out );
10208             return false;
10209         }
10210         return true;
10211     }
10212
10213     private static boolean testSplit() {
10214         try {
10215             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10216             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10217             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
10218             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10219             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10220             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10221             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10222             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10223             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10224             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10225             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10226             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10227             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10228             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
10229             // System.out.println( s0.toString() );
10230             //
10231             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10234             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10235                 return false;
10236             }
10237             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10245             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10246                 return false;
10247             }
10248             //
10249             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10253             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10254                 return false;
10255             }
10256             //
10257             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10262             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10263                 return false;
10264             }
10265             //
10266             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10267             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10268             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10269             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10270             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10271             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10272                 return false;
10273             }
10274             //
10275             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10276             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10277             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10278             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10279             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10280                 return false;
10281             }
10282             //
10283             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10284             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10285             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10286             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10287                 return false;
10288             }
10289             //
10290             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10291             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10292             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10296             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10297                 return false;
10298             }
10299             //
10300             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10301             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10304             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10305                 return false;
10306             }
10307             //
10308             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10312             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10313             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10314                 return false;
10315             }
10316             //
10317             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10320             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10321                 return false;
10322             }
10323             //
10324             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10327             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10328             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10329             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10330                 return false;
10331             }
10332             //
10333             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10335             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10336             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10337             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10338             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10339             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10340                 return false;
10341             }
10342             //
10343             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10344             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10345             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10346             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10347             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10348                 return false;
10349             }
10350             //
10351             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10352             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10353             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10354             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10355                 return false;
10356             }
10357             //
10358             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10360             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10361             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10362                 return false;
10363             }
10364             //
10365             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10366             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10367             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10368             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10369                 return false;
10370             }
10371             //
10372             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10373             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10375             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10376                 return false;
10377             }
10378             //
10379             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10380             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10382             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10383                 return false;
10384             }
10385             //
10386             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10387             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10388             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10389             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10390                 return false;
10391             }
10392             //
10393             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10395             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10396             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10397             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10398                 return false;
10399             }
10400             //
10401             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10403             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10404             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10405             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10406                 return false;
10407             }
10408             //
10409             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10413             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10414                 return false;
10415             }
10416             //
10417             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10421             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10422             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10423                 return false;
10424             }
10425             /////////
10426             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10427             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10428             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10429             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10430             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10431             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10432             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10433             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10434             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10435             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10436             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10437             //                return false;
10438             //            }
10439             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10440             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10441             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10442             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10443             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10444             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10445             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10446             //                return false;
10447             //            }
10448             //            //
10449             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10450             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10451             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10452             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10453             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10454             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10455             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10456             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10457             //                return false;
10458             //            }
10459             //            //
10460             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10461             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10462             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10463             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
10464             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
10465             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
10466             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
10467             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10468             //                return false;
10469             //            }
10470             //            //
10471             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10472             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10473             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10474             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
10475             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10476             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10477             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10478             //                return false;
10479             //            }
10480             //            //
10481             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10482             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
10483             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
10484             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
10485             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
10486             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10487             //                return false;
10488             //            }
10489             //
10490             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10491             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10495             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10496                 return false;
10497             }
10498             //
10499             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10500             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10501             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10502             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10503             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10504             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10505                 return false;
10506             }
10507             ///////////////////////////
10508             //
10509             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10510             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10511             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10512             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10513             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10514             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10515                 return false;
10516             }
10517             //
10518             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10519             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10520             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10521             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10522             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10523             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10524                 return false;
10525             }
10526             //
10527             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10528             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10532             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10533                 return false;
10534             }
10535             //
10536             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10537             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10538             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10539             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10540             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10541             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10542                 return false;
10543             }
10544             //
10545             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10546             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10547             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10548             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10550             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10551                 return false;
10552             }
10553             //
10554             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10555             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10556             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10557             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10558             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10559                 return false;
10560             }
10561             //
10562             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10563             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10564             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10565             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10566             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10568             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10569                 return false;
10570             }
10571             //
10572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10573             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10574             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10577             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10578             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10579                 return false;
10580             }
10581             //
10582             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10587             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10588             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10589                 return false;
10590             }
10591             //
10592             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
10594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
10595             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10596             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10597             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10598             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10599             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10600                 return false;
10601             }
10602         }
10603         catch ( final Exception e ) {
10604             e.printStackTrace();
10605             return false;
10606         }
10607         return true;
10608     }
10609
10610     private static boolean testSplitStrict() {
10611         try {
10612             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10613             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
10614             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
10615             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10616             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10617             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10618             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10619             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10620             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10621             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10622             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
10623             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10624             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10626             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10627                 return false;
10628             }
10629             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10630             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10631             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10632             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10633             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10637             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10638                 return false;
10639             }
10640             //
10641             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10645             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10646                 return false;
10647             }
10648             //
10649             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10654             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10655                 return false;
10656             }
10657             //
10658             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10659             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10663             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10664                 return false;
10665             }
10666             //
10667             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10671             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10672                 return false;
10673             }
10674             //
10675             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10676             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10677             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10678             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10679                 return false;
10680             }
10681             //
10682             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10683             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10684             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10688             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10689                 return false;
10690             }
10691             //
10692             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10696             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10697                 return false;
10698             }
10699             //
10700             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10705             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
10706                 return false;
10707             }
10708             //
10709             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10712             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10713                 return false;
10714             }
10715             //
10716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10717             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10718             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10719             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10721             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10722                 return false;
10723             }
10724             //
10725             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10726             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10731             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10732                 return false;
10733             }
10734             //
10735             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10739             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10740                 return false;
10741             }
10742             //
10743             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10744             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10745             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10746             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10747                 return false;
10748             }
10749             //
10750             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10751             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10752             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10753             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10754                 return false;
10755             }
10756             //
10757             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10758             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10759             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
10760             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10761                 return false;
10762             }
10763             //
10764             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10767             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10768                 return false;
10769             }
10770             //
10771             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10772             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10774             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10775                 return false;
10776             }
10777             //
10778             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10779             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10780             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10781             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10782                 return false;
10783             }
10784             //
10785             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10786             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10787             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
10788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10789             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10790                 return false;
10791             }
10792             //
10793             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10794             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
10796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10798                 return false;
10799             }
10800             //
10801             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10805             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10806                 return false;
10807             }
10808             //
10809             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
10810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
10811             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
10812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
10813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
10814             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
10815                 return false;
10816             }
10817         }
10818         catch ( final Exception e ) {
10819             e.printStackTrace();
10820             return false;
10821         }
10822         return true;
10823     }
10824
10825     private static boolean testSubtreeDeletion() {
10826         try {
10827             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10828             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10829             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
10830             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10831                 return false;
10832             }
10833             t1.toNewHampshireX();
10834             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
10835             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
10836                 return false;
10837             }
10838             t1.toNewHampshireX();
10839             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
10840             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10841                 return false;
10842             }
10843             t1.toNewHampshireX();
10844             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
10845             t1.toNewHampshireX();
10846             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10847                 return false;
10848             }
10849             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
10850             t1.toNewHampshireX();
10851             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
10852                 return false;
10853             }
10854             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
10855             t1.toNewHampshireX();
10856             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10857                 return false;
10858             }
10859             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
10860             t1.toNewHampshireX();
10861             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10862                 return false;
10863             }
10864             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
10865             t1.toNewHampshireX();
10866             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10867                 return false;
10868             }
10869             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
10870             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
10871                 return false;
10872             }
10873             if ( !t1.isEmpty() ) {
10874                 return false;
10875             }
10876             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
10877             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
10878             t2.toNewHampshireX();
10879             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
10880                 return false;
10881             }
10882             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
10883             t2.toNewHampshireX();
10884             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
10885                 return false;
10886             }
10887             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
10888             t2.toNewHampshireX();
10889             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
10890                 return false;
10891             }
10892         }
10893         catch ( final Exception e ) {
10894             e.printStackTrace( System.out );
10895             return false;
10896         }
10897         return true;
10898     }
10899
10900     private static boolean testSupportCount() {
10901         try {
10902             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
10903             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
10904             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
10905                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
10906                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10907                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
10908                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
10909                                                               new NHXParser() );
10910             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
10911             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
10912             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10913                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
10914                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
10915                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10916                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10917                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10918                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
10919                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
10920                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
10921                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
10922                                                               new NHXParser() );
10923             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
10924             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
10925             while ( it.hasNext() ) {
10926                 final PhylogenyNode n = it.next();
10927                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
10928                     return false;
10929                 }
10930             }
10931             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
10932             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
10933                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
10934             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
10935             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
10936             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
10937                 return false;
10938             }
10939             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
10940                 return false;
10941             }
10942             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
10943                 return false;
10944             }
10945             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
10946                 return false;
10947             }
10948             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
10949                 return false;
10950             }
10951             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
10952                 return false;
10953             }
10954             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
10955                 return false;
10956             }
10957             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
10958                 return false;
10959             }
10960             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
10961                 return false;
10962             }
10963             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
10964                 return false;
10965             }
10966             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
10967             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
10968                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
10969             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
10970             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
10971             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
10972                 return false;
10973             }
10974             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
10975                 return false;
10976             }
10977             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
10978                 return false;
10979             }
10980             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
10981                 return false;
10982             }
10983             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
10984                 return false;
10985             }
10986             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
10987                 return false;
10988             }
10989             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
10990                 return false;
10991             }
10992             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
10993                 return false;
10994             }
10995             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
10996                 return false;
10997             }
10998             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
10999                 return false;
11000             }
11001             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11002             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11003             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
11004             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
11005                 return false;
11006             }
11007             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11008             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11009             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
11010             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
11011                 return false;
11012             }
11013             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
11014             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11015             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
11016             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
11017                 return false;
11018             }
11019             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11020             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
11021             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
11022             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
11023                 return false;
11024             }
11025         }
11026         catch ( final Exception e ) {
11027             e.printStackTrace( System.out );
11028             return false;
11029         }
11030         return true;
11031     }
11032
11033     private static boolean testSupportTransfer() {
11034         try {
11035             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11036             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
11037                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
11038             final Phylogeny p2 = factory
11039                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
11040             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
11041                 return false;
11042             }
11043             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
11044                 return false;
11045             }
11046             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
11047             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
11048             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
11049                 return false;
11050             }
11051             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
11052                 return false;
11053             }
11054             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
11055                 return false;
11056             }
11057             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
11058                 return false;
11059             }
11060             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
11061                 return false;
11062             }
11063             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
11064                 return false;
11065             }
11066             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
11067                 return false;
11068             }
11069             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
11070                 return false;
11071             }
11072         }
11073         catch ( final Exception e ) {
11074             e.printStackTrace( System.out );
11075             return false;
11076         }
11077         return true;
11078     }
11079
11080     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
11081         try {
11082             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
11083                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11084             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11085                 return false;
11086             }
11087             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
11088                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11089             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11090                 System.out.println( n1.toString() );
11091                 return false;
11092             }
11093             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
11094                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11095             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11096                 return false;
11097             }
11098             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
11099                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11100             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11101                 System.out.println( n3.toString() );
11102                 return false;
11103             }
11104             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
11105                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11106             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11107                 System.out.println( n4.toString() );
11108                 return false;
11109             }
11110             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
11111                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11112             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11113                 System.out.println( n5.toString() );
11114                 return false;
11115             }
11116             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
11117                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11118             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11119                 System.out.println( n6.toString() );
11120                 return false;
11121             }
11122             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
11123                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11124             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11125                 System.out.println( n7.toString() );
11126                 return false;
11127             }
11128             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
11129                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11130             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11131                 System.out.println( n8.toString() );
11132                 return false;
11133             }
11134             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
11135                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345/blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11136             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
11137                 System.out.println( n9.toString() );
11138                 return false;
11139             }
11140             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
11141                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11142             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11143                 System.out.println( n10x.toString() );
11144                 return false;
11145             }
11146             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
11147                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11148             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11149                 System.out.println( n10xx.toString() );
11150                 return false;
11151             }
11152             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
11153                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
11154             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
11155                 System.out.println( n10.toString() );
11156                 return false;
11157             }
11158             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
11159                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11160             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
11161                 System.out.println( n11.toString() );
11162                 return false;
11163             }
11164             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
11165                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus_musculus",
11166                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11167             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
11168                 System.out.println( n12.toString() );
11169                 return false;
11170             }
11171             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
11172                     .createInstanceFromNhxString( "BLAG_Mus_musculus1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
11173             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
11174                 System.out.println( n13.toString() );
11175                 return false;
11176             }
11177         }
11178         catch ( final Exception e ) {
11179             e.printStackTrace( System.out );
11180             return false;
11181         }
11182         return true;
11183     }
11184
11185     private static boolean testTreeMethods() {
11186         try {
11187             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
11188             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11189             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t0.getNode( "abcd" ) );
11190             if ( !t0.toNewHampshireX().equals( "((A,B,C,D)abcd,E)" ) ) {
11191                 System.out.println( t0.toNewHampshireX() );
11192                 return false;
11193             }
11194             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A:0.1,B)ab:0.2,C)abc:0.3,D)abcd:0.4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
11195             PhylogenyMethods.collapseSubtreeStructure( t1.getNode( "abcd" ) );
11196             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 0.6 ) ) {
11197                 return false;
11198             }
11199             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
11200                 return false;
11201             }
11202             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 0.3 ) ) {
11203                 return false;
11204             }
11205         }
11206         catch ( final Exception e ) {
11207             e.printStackTrace( System.out );
11208             return false;
11209         }
11210         return true;
11211     }
11212
11213     private static boolean testSequenceDbWsTools1() {
11214         try {
11215             final PhylogenyNode n = new PhylogenyNode();
11216             n.setName( "NP_001025424" );
11217             Accession acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11218             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11219                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11220                 return false;
11221             }
11222             n.setName( "340 0559 -- _NP_001025424_dsfdg15 05" );
11223             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11224             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11225                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11226                 return false;
11227             }
11228             n.setName( "NP_001025424.1" );
11229             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11230             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11231                     || !acc.getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11232                 return false;
11233             }
11234             n.setName( "NM_001030253" );
11235             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11236             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() )
11237                     || !acc.getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11238                 return false;
11239             }
11240             n.setName( "BCL2_HUMAN" );
11241             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11242             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11243                     || !acc.getValue().equals( "BCL2_HUMAN" ) ) {
11244                 System.out.println( acc.toString() );
11245                 return false;
11246             }
11247             n.setName( "P10415" );
11248             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11249             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11250                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11251                 System.out.println( acc.toString() );
11252                 return false;
11253             }
11254             n.setName( " P10415 " );
11255             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11256             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11257                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11258                 System.out.println( acc.toString() );
11259                 return false;
11260             }
11261             n.setName( "_P10415|" );
11262             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11263             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.UNIPROT.toString() )
11264                     || !acc.getValue().equals( "P10415" ) ) {
11265                 System.out.println( acc.toString() );
11266                 return false;
11267             }
11268             n.setName( "AY695820" );
11269             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11270             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11271                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11272                 System.out.println( acc.toString() );
11273                 return false;
11274             }
11275             n.setName( "_AY695820_" );
11276             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11277             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11278                     || !acc.getValue().equals( "AY695820" ) ) {
11279                 System.out.println( acc.toString() );
11280                 return false;
11281             }
11282             n.setName( "AAA59452" );
11283             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11284             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11285                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11286                 System.out.println( acc.toString() );
11287                 return false;
11288             }
11289             n.setName( "_AAA59452_" );
11290             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11291             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11292                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452" ) ) {
11293                 System.out.println( acc.toString() );
11294                 return false;
11295             }
11296             n.setName( "AAA59452.1" );
11297             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11298             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11299                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11300                 System.out.println( acc.toString() );
11301                 return false;
11302             }
11303             n.setName( "_AAA59452.1_" );
11304             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11305             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11306                     || !acc.getValue().equals( "AAA59452.1" ) ) {
11307                 System.out.println( acc.toString() );
11308                 return false;
11309             }
11310             n.setName( "GI:94894583" );
11311             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11312             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11313                     || !acc.getValue().equals( "94894583" ) ) {
11314                 System.out.println( acc.toString() );
11315                 return false;
11316             }
11317             n.setName( "gi|71845847|1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11318             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11319             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.GI.toString() )
11320                     || !acc.getValue().equals( "71845847" ) ) {
11321                 System.out.println( acc.toString() );
11322                 return false;
11323             }
11324             n.setName( "gi|71845847|gb|AAZ45343.1| 1,4-alpha-glucan branching enzyme [Dechloromonas aromatica RCB]" );
11325             acc = SequenceDbWsTools.obtainSeqAccession( n );
11326             if ( ( acc == null ) || !acc.getSource().equals( Source.NCBI.toString() )
11327                     || !acc.getValue().equals( "AAZ45343.1" ) ) {
11328                 System.out.println( acc.toString() );
11329                 return false;
11330             }
11331         }
11332         catch ( final Exception e ) {
11333             return false;
11334         }
11335         return true;
11336     }
11337
11338     private static boolean testSequenceDbWsTools2() {
11339         try {
11340             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "NP_001025424" );
11341             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n1 );
11342             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getName().equals( "Bcl2" ) ) {
11343                 return false;
11344             }
11345             if ( !n1.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11346                 return false;
11347             }
11348             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11349                 return false;
11350             }
11351             if ( !n1.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NP_001025424" ) ) {
11352                 return false;
11353             }
11354             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "NM_001030253" );
11355             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n2 );
11356             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getName()
11357                     .equals( "Danio rerio B-cell leukemia/lymphoma 2 (bcl2), mRNA" ) ) {
11358                 return false;
11359             }
11360             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Danio rerio" ) ) {
11361                 return false;
11362             }
11363             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11364                 return false;
11365             }
11366             if ( !n2.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_001030253" ) ) {
11367                 return false;
11368             }
11369             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "NM_184234.2" );
11370             SequenceDbWsTools.obtainSeqInformation( n3 );
11371             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getName()
11372                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11373                 return false;
11374             }
11375             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11376                 return false;
11377             }
11378             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( Source.REFSEQ.toString() ) ) {
11379                 return false;
11380             }
11381             if ( !n3.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "NM_184234" ) ) {
11382                 return false;
11383             }
11384         }
11385         catch ( final IOException e ) {
11386             System.out.println();
11387             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11388             e.printStackTrace( System.out );
11389             return true;
11390         }
11391         catch ( final Exception e ) {
11392             e.printStackTrace();
11393             return false;
11394         }
11395         return true;
11396     }
11397
11398     private static boolean testEbiEntryRetrieval() {
11399         try {
11400             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAK41263" );
11401             if ( !entry.getAccession().equals( "AAK41263" ) ) {
11402                 System.out.println( entry.getAccession() );
11403                 return false;
11404             }
11405             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Sulfolobus solfataricus P2" ) ) {
11406                 System.out.println( entry.getTaxonomyScientificName() );
11407                 return false;
11408             }
11409             if ( !entry.getSequenceName()
11410                     .equals( "Sulfolobus solfataricus P2 Glycogen debranching enzyme, hypothetical (treX-like)" ) ) {
11411                 System.out.println( entry.getSequenceName() );
11412                 return false;
11413             }
11414             // if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "" ) ) {
11415             //     System.out.println( entry.getSequenceSymbol() );
11416             //     return false;
11417             // }
11418             if ( !entry.getGeneName().equals( "treX-like" ) ) {
11419                 System.out.println( entry.getGeneName() );
11420                 return false;
11421             }
11422             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "273057" ) ) {
11423                 System.out.println( entry.getTaxonomyIdentifier() );
11424                 return false;
11425             }
11426             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefValue().equals( "3.2.1.33" ) ) {
11427                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefValue() );
11428                 return false;
11429             }
11430             if ( !entry.getAnnotations().first().getRefSource().equals( "EC" ) ) {
11431                 System.out.println( entry.getAnnotations().first().getRefSource() );
11432                 return false;
11433             }
11434             if ( entry.getCrossReferences().size() != 5 ) {
11435                 return false;
11436             }
11437             //
11438             final SequenceDatabaseEntry entry1 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "ABJ16409" );
11439             if ( !entry1.getAccession().equals( "ABJ16409" ) ) {
11440                 return false;
11441             }
11442             if ( !entry1.getTaxonomyScientificName().equals( "Felis catus" ) ) {
11443                 System.out.println( entry1.getTaxonomyScientificName() );
11444                 return false;
11445             }
11446             if ( !entry1.getSequenceName().equals( "Felis catus (domestic cat) partial BCL2" ) ) {
11447                 System.out.println( entry1.getSequenceName() );
11448                 return false;
11449             }
11450             if ( !entry1.getTaxonomyIdentifier().equals( "9685" ) ) {
11451                 System.out.println( entry1.getTaxonomyIdentifier() );
11452                 return false;
11453             }
11454             if ( !entry1.getGeneName().equals( "BCL2" ) ) {
11455                 System.out.println( entry1.getGeneName() );
11456                 return false;
11457             }
11458             if ( entry1.getCrossReferences().size() != 6 ) {
11459                 return false;
11460             }
11461             //
11462             final SequenceDatabaseEntry entry2 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "NM_184234" );
11463             if ( !entry2.getAccession().equals( "NM_184234" ) ) {
11464                 return false;
11465             }
11466             if ( !entry2.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11467                 System.out.println( entry2.getTaxonomyScientificName() );
11468                 return false;
11469             }
11470             if ( !entry2.getSequenceName()
11471                     .equals( "Homo sapiens RNA binding motif protein 39 (RBM39), transcript variant 1, mRNA" ) ) {
11472                 System.out.println( entry2.getSequenceName() );
11473                 return false;
11474             }
11475             if ( !entry2.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11476                 System.out.println( entry2.getTaxonomyIdentifier() );
11477                 return false;
11478             }
11479             if ( !entry2.getGeneName().equals( "RBM39" ) ) {
11480                 System.out.println( entry2.getGeneName() );
11481                 return false;
11482             }
11483             if ( entry2.getCrossReferences().size() != 3 ) {
11484                 return false;
11485             }
11486             //
11487             final SequenceDatabaseEntry entry3 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "HM043801" );
11488             if ( !entry3.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11489                 return false;
11490             }
11491             if ( !entry3.getTaxonomyScientificName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus" ) ) {
11492                 System.out.println( entry3.getTaxonomyScientificName() );
11493                 return false;
11494             }
11495             if ( !entry3.getSequenceName().equals( "Bursaphelenchus xylophilus RAF gene, complete cds" ) ) {
11496                 System.out.println( entry3.getSequenceName() );
11497                 return false;
11498             }
11499             if ( !entry3.getTaxonomyIdentifier().equals( "6326" ) ) {
11500                 System.out.println( entry3.getTaxonomyIdentifier() );
11501                 return false;
11502             }
11503             if ( !entry3.getSequenceSymbol().equals( "RAF" ) ) {
11504                 System.out.println( entry3.getSequenceSymbol() );
11505                 return false;
11506             }
11507             if ( !ForesterUtil.isEmpty( entry3.getGeneName() ) ) {
11508                 return false;
11509             }
11510             if ( entry3.getCrossReferences().size() != 8 ) {
11511                 return false;
11512             }
11513             //
11514             //
11515             final SequenceDatabaseEntry entry4 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAA36557.1" );
11516             if ( !entry4.getAccession().equals( "AAA36557" ) ) {
11517                 return false;
11518             }
11519             if ( !entry4.getTaxonomyScientificName().equals( "Homo sapiens" ) ) {
11520                 System.out.println( entry4.getTaxonomyScientificName() );
11521                 return false;
11522             }
11523             if ( !entry4.getSequenceName().equals( "Homo sapiens (human) ras protein" ) ) {
11524                 System.out.println( entry4.getSequenceName() );
11525                 return false;
11526             }
11527             if ( !entry4.getTaxonomyIdentifier().equals( "9606" ) ) {
11528                 System.out.println( entry4.getTaxonomyIdentifier() );
11529                 return false;
11530             }
11531             if ( !entry4.getGeneName().equals( "ras" ) ) {
11532                 System.out.println( entry4.getGeneName() );
11533                 return false;
11534             }
11535             //   if ( !entry4.getChromosome().equals( "ras" ) ) {
11536             //     System.out.println( entry4.getChromosome() );
11537             //     return false;
11538             // }
11539             // if ( !entry4.getMap().equals( "ras" ) ) {
11540             //     System.out.println( entry4.getMap() );
11541             //     return false;
11542             // }
11543             //TODO FIXME gi...
11544             //
11545             //TODO fails:
11546             //            final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "M30539" );
11547             //            if ( !entry5.getAccession().equals( "HM043801" ) ) {
11548             //                return false;
11549             //            }
11550             final SequenceDatabaseEntry entry5 = SequenceDbWsTools.obtainEntry( "AAZ45343.1" );
11551             if ( !entry5.getAccession().equals( "AAZ45343" ) ) {
11552                 return false;
11553             }
11554             if ( !entry5.getTaxonomyScientificName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB" ) ) {
11555                 System.out.println( entry5.getTaxonomyScientificName() );
11556                 return false;
11557             }
11558             if ( !entry5.getSequenceName().equals( "Dechloromonas aromatica RCB 1,4-alpha-glucan branching enzyme" ) ) {
11559                 System.out.println( entry5.getSequenceName() );
11560                 return false;
11561             }
11562             if ( !entry5.getTaxonomyIdentifier().equals( "159087" ) ) {
11563                 System.out.println( entry5.getTaxonomyIdentifier() );
11564                 return false;
11565             }
11566         }
11567         catch ( final IOException e ) {
11568             System.out.println();
11569             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11570             e.printStackTrace( System.out );
11571             return true;
11572         }
11573         catch ( final Exception e ) {
11574             e.printStackTrace();
11575             return false;
11576         }
11577         return true;
11578     }
11579
11580     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
11581         try {
11582             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
11583             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
11584                 return false;
11585             }
11586             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
11587                 return false;
11588             }
11589             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
11590                 return false;
11591             }
11592             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "mAspAT" ) ) {
11593                 return false;
11594             }
11595             if ( !entry.getGeneName().equals( "GOT2" ) ) {
11596                 return false;
11597             }
11598             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
11599                 return false;
11600             }
11601         }
11602         catch ( final IOException e ) {
11603             System.out.println();
11604             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11605             e.printStackTrace( System.out );
11606             return true;
11607         }
11608         catch ( final Exception e ) {
11609             return false;
11610         }
11611         return true;
11612     }
11613
11614     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
11615         try {
11616             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
11617                                                                                                  10 );
11618             if ( results.size() != 1 ) {
11619                 return false;
11620             }
11621             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11622                 return false;
11623             }
11624             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11625                 return false;
11626             }
11627             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11628                 return false;
11629             }
11630             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11631                 return false;
11632             }
11633             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11634                 return false;
11635             }
11636             results = null;
11637             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
11638             if ( results.size() != 1 ) {
11639                 return false;
11640             }
11641             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11642                 return false;
11643             }
11644             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11645                 return false;
11646             }
11647             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11648                 return false;
11649             }
11650             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11651                 return false;
11652             }
11653             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11654                 return false;
11655             }
11656             results = null;
11657             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
11658             if ( results.size() != 1 ) {
11659                 return false;
11660             }
11661             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11662                 return false;
11663             }
11664             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11665                 return false;
11666             }
11667             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11668                 return false;
11669             }
11670             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11671                 return false;
11672             }
11673             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11674                 return false;
11675             }
11676             results = null;
11677             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
11678             if ( results.size() != 1 ) {
11679                 return false;
11680             }
11681             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
11682                 return false;
11683             }
11684             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
11685                 return false;
11686             }
11687             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
11688                 return false;
11689             }
11690             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11691                 return false;
11692             }
11693             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11694                 return false;
11695             }
11696             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
11697                 return false;
11698             }
11699             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
11700                 return false;
11701             }
11702             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11703                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11704                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11705                 return false;
11706             }
11707             //
11708             results = null;
11709             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Xenopus tropicalis", 10 );
11710             if ( results.size() != 1 ) {
11711                 return false;
11712             }
11713             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11714                 return false;
11715             }
11716             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11717                 return false;
11718             }
11719             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11720                 return false;
11721             }
11722             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11723                 return false;
11724             }
11725             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11726                 return false;
11727             }
11728             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11729                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11730                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11731                 return false;
11732             }
11733             //
11734             results = null;
11735             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "8364", 10 );
11736             if ( results.size() != 1 ) {
11737                 return false;
11738             }
11739             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11740                 return false;
11741             }
11742             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11743                 return false;
11744             }
11745             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11746                 return false;
11747             }
11748             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11749                 return false;
11750             }
11751             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11752                 return false;
11753             }
11754             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11755                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11756                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11757                 return false;
11758             }
11759             //
11760             results = null;
11761             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "XENTR", 10 );
11762             if ( results.size() != 1 ) {
11763                 return false;
11764             }
11765             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "XENTR" ) ) {
11766                 return false;
11767             }
11768             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "Western clawed frog" ) ) {
11769                 return false;
11770             }
11771             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "8364" ) ) {
11772                 return false;
11773             }
11774             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
11775                 return false;
11776             }
11777             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11778                 return false;
11779             }
11780             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
11781                     .equals( "Xenopus tropicalis" ) ) {
11782                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
11783                 return false;
11784             }
11785         }
11786         catch ( final IOException e ) {
11787             System.out.println();
11788             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11789             e.printStackTrace( System.out );
11790             return true;
11791         }
11792         catch ( final Exception e ) {
11793             return false;
11794         }
11795         return true;
11796     }
11797
11798     private static boolean testWabiTxSearch() {
11799         try {
11800             String result = "";
11801             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
11802             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
11803             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
11804                 return false;
11805             }
11806             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
11807             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
11808                 return false;
11809             }
11810             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
11811             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
11812                 return false;
11813             }
11814             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
11815             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
11816                 return false;
11817             }
11818             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11819             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
11820                 return false;
11821             }
11822             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
11823             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
11824                 return false;
11825             }
11826             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
11827             queries.add( "Campylobacter coli" );
11828             queries.add( "Escherichia coli" );
11829             queries.add( "Arabidopsis" );
11830             queries.add( "Trichoplax" );
11831             queries.add( "Samanea saman" );
11832             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
11833             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
11834             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
11835             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
11836             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
11837             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
11838             ranks.add( RANKS.FAMILY );
11839             ranks.add( RANKS.GENUS );
11840             ranks.add( RANKS.TRIBE );
11841             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
11842             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
11843             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
11844         }
11845         catch ( final Exception e ) {
11846             System.out.println();
11847             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
11848             e.printStackTrace( System.out );
11849             return false;
11850         }
11851         return true;
11852     }
11853 }