forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.Mafft;
  58 import org.forester.msa.Msa;
  59 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  60 import org.forester.pccx.TestPccx;
  61 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  63 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  65 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  66 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  69 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  72 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  74 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  77 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  78 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  79 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  80 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  81 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  82 import org.forester.sdi.SDI;
  83 import org.forester.sdi.SDIR;
  84 import org.forester.sdi.SDIse;
  85 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  86 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  87 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  88 import org.forester.sequence.Sequence;
  89 import org.forester.surfacing.Protein;
  90 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  91 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  92 import org.forester.tools.SupportCount;
  93 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  94 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  95 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  96 import org.forester.util.BasicTable;
  97 import org.forester.util.BasicTableParser;
  98 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.ForesterConstants;
 100 import org.forester.util.ForesterUtil;
 101 import org.forester.util.GeneralTable;
 102 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 103 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 104 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 105 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 106 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 107 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 108 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 110
 111 @SuppressWarnings( "unused")
 112 public final class Test {
 113
 114     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 115     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 116                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 117                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 118     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 122     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 123                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 124                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 125     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128
 129     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 130         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 131         return p;
 132     }
 133
 134     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 135         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 136         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 137     }
 138
 139     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 140         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 145         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 146                 + "]" );
 147         Locale.setDefault( Locale.US );
 148         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 149         int failed = 0;
 150         int succeeded = 0;
 151         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 152         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 153             System.out.println( "OK.]" );
 154         }
 155         else {
 156             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 157             System.out.println( "Testing aborted." );
 158             System.exit( -1 );
 159         }
 160         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 161         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 162             System.out.println( "OK.]" );
 163         }
 164         else {
 165             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 166             System.out.println( "Testing aborted." );
 167             System.exit( -1 );
 168         }
 169         final long start_time = new Date().getTime();
 170         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 171         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 172             System.out.println( "OK." );
 173             succeeded++;
 174         }
 175         else {
 176             System.out.println( "failed." );
 177             failed++;
 178         }
 179         System.out.print( "Basic node methods: " );
 180         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 181             System.out.println( "OK." );
 182             succeeded++;
 183         }
 184         else {
 185             System.out.println( "failed." );
 186             failed++;
 187         }
 188         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 189         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 190             System.out.println( "OK." );
 191             succeeded++;
 192         }
 193         else {
 194             System.out.println( "failed." );
 195             failed++;
 196         }
 197         System.out.print( "NH parsing: " );
 198         if ( Test.testNHParsing() ) {
 199             System.out.println( "OK." );
 200             succeeded++;
 201         }
 202         else {
 203             System.out.println( "failed." );
 204             failed++;
 205         }
 206         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 207         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 208             System.out.println( "OK." );
 209             succeeded++;
 210         }
 211         else {
 212             System.out.println( "failed." );
 213             failed++;
 214         }
 215         System.out.print( "NHX parsing: " );
 216         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 217             System.out.println( "OK." );
 218             succeeded++;
 219         }
 220         else {
 221             System.out.println( "failed." );
 222             failed++;
 223         }
 224         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 225         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 226             System.out.println( "OK." );
 227             succeeded++;
 228         }
 229         else {
 230             System.out.println( "failed." );
 231             failed++;
 232         }
 233         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 234         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 235             System.out.println( "OK." );
 236             succeeded++;
 237         }
 238         else {
 239             System.out.println( "failed." );
 240             failed++;
 241         }
 242         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 243         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 244             System.out.println( "OK." );
 245             succeeded++;
 246         }
 247         else {
 248             System.out.println( "failed." );
 249             failed++;
 250         }
 251         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 252         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 253             System.out.println( "OK." );
 254             succeeded++;
 255         }
 256         else {
 257             System.out.println( "failed." );
 258             failed++;
 259         }
 260         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 261         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 262             System.out.println( "OK." );
 263             succeeded++;
 264         }
 265         else {
 266             System.out.println( "failed." );
 267             failed++;
 268         }
 269         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 270         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 271             System.out.println( "OK." );
 272             succeeded++;
 273         }
 274         else {
 275             System.out.println( "failed." );
 276             failed++;
 277         }
 278         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 279         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 280             System.out.println( "OK." );
 281             succeeded++;
 282         }
 283         else {
 284             System.out.println( "failed." );
 285             failed++;
 286         }
 287         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 288         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 289             System.out.println( "OK." );
 290             succeeded++;
 291         }
 292         else {
 293             System.out.println( "failed." );
 294             failed++;
 295         }
 296         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 297         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 298             System.out.println( "OK." );
 299             succeeded++;
 300         }
 301         else {
 302             System.out.println( "failed." );
 303             failed++;
 304         }
 305         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 306         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 307             System.out.println( "OK." );
 308             succeeded++;
 309         }
 310         else {
 311             System.out.println( "failed." );
 312             failed++;
 313         }
 314         System.out.print( "Copying of node data: " );
 315         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 316             System.out.println( "OK." );
 317             succeeded++;
 318         }
 319         else {
 320             System.out.println( "failed." );
 321             failed++;
 322         }
 323         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 324         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 325             System.out.println( "OK." );
 326             succeeded++;
 327         }
 328         else {
 329             System.out.println( "failed." );
 330             failed++;
 331         }
 332         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 333         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 334             System.out.println( "OK." );
 335             succeeded++;
 336         }
 337         else {
 338             System.out.println( "failed." );
 339             failed++;
 340         }
 341         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 342         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 343             System.out.println( "OK." );
 344             succeeded++;
 345         }
 346         else {
 347             System.out.println( "failed." );
 348             failed++;
 349         }
 350         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 351         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 352             System.out.println( "OK." );
 353             succeeded++;
 354         }
 355         else {
 356             System.out.println( "failed." );
 357             failed++;
 358         }
 359         System.out.print( "Re-id methods: " );
 360         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 361             System.out.println( "OK." );
 362             succeeded++;
 363         }
 364         else {
 365             System.out.println( "failed." );
 366             failed++;
 367         }
 368         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 369         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 370             System.out.println( "OK." );
 371             succeeded++;
 372         }
 373         else {
 374             System.out.println( "failed." );
 375             failed++;
 376         }
 377         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 378         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 379             System.out.println( "OK." );
 380             succeeded++;
 381         }
 382         else {
 383             System.out.println( "failed." );
 384             failed++;
 385         }
 386         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 387         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 388             System.out.println( "OK." );
 389             succeeded++;
 390         }
 391         else {
 392             System.out.println( "failed." );
 393             failed++;
 394         }
 395         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 396         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 397             System.out.println( "OK." );
 398             succeeded++;
 399         }
 400         else {
 401             System.out.println( "failed." );
 402             failed++;
 403         }
 404         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 405         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 406             System.out.println( "OK." );
 407             succeeded++;
 408         }
 409         else {
 410             System.out.println( "failed." );
 411             failed++;
 412         }
 413         System.out.print( "Rerooting: " );
 414         if ( Test.testRerooting() ) {
 415             System.out.println( "OK." );
 416             succeeded++;
 417         }
 418         else {
 419             System.out.println( "failed." );
 420             failed++;
 421         }
 422         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 423         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 424             System.out.println( "OK." );
 425             succeeded++;
 426         }
 427         else {
 428             System.out.println( "failed." );
 429             failed++;
 430         }
 431         System.out.print( "Support count: " );
 432         if ( Test.testSupportCount() ) {
 433             System.out.println( "OK." );
 434             succeeded++;
 435         }
 436         else {
 437             System.out.println( "failed." );
 438             failed++;
 439         }
 440         System.out.print( "Support transfer: " );
 441         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 442             System.out.println( "OK." );
 443             succeeded++;
 444         }
 445         else {
 446             System.out.println( "failed." );
 447             failed++;
 448         }
 449         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 450         if ( Test.testGetLCA() ) {
 451             System.out.println( "OK." );
 452             succeeded++;
 453         }
 454         else {
 455             System.out.println( "failed." );
 456             failed++;
 457         }
 458         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 459         if ( Test.testGetDistance() ) {
 460             System.out.println( "OK." );
 461             succeeded++;
 462         }
 463         else {
 464             System.out.println( "failed." );
 465             failed++;
 466         }
 467         System.out.print( "SDIse: " );
 468         if ( Test.testSDIse() ) {
 469             System.out.println( "OK." );
 470             succeeded++;
 471         }
 472         else {
 473             System.out.println( "failed." );
 474             failed++;
 475         }
 476         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 477         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 478             System.out.println( "OK." );
 479             succeeded++;
 480         }
 481         else {
 482             System.out.println( "failed." );
 483             failed++;
 484         }
 485         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 486         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 487             System.out.println( "OK." );
 488             succeeded++;
 489         }
 490         else {
 491             System.out.println( "failed." );
 492             failed++;
 493         }
 494         System.out.print( "GSDI: " );
 495         if ( TestGSDI.test() ) {
 496             System.out.println( "OK." );
 497             succeeded++;
 498         }
 499         else {
 500             System.out.println( "failed." );
 501             failed++;
 502         }
 503         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 504         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 505             System.out.println( "OK." );
 506             succeeded++;
 507         }
 508         else {
 509             System.out.println( "failed." );
 510             failed++;
 511         }
 512         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 513         if ( Test.testDataObjects() ) {
 514             System.out.println( "OK." );
 515             succeeded++;
 516         }
 517         else {
 518             System.out.println( "failed." );
 519             failed++;
 520         }
 521         System.out.print( "Properties map: " );
 522         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 523             System.out.println( "OK." );
 524             succeeded++;
 525         }
 526         else {
 527             System.out.println( "failed." );
 528             failed++;
 529         }
 530         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 531         System.out.println();
 532         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 533             System.out.println( "OK." );
 534             succeeded++;
 535         }
 536         else {
 537             System.out.println( "failed." );
 538             failed++;
 539         }
 540         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 541         System.out.println();
 542         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 543             System.out.println( "OK." );
 544             succeeded++;
 545         }
 546         else {
 547             System.out.println( "failed." );
 548             failed++;
 549         }
 550         System.out.print( "GO: " );
 551         System.out.println();
 552         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 553             System.out.println( "OK." );
 554             succeeded++;
 555         }
 556         else {
 557             System.out.println( "failed." );
 558             failed++;
 559         }
 560         System.out.print( "Modeling tools: " );
 561         if ( TestPccx.test() ) {
 562             System.out.println( "OK." );
 563             succeeded++;
 564         }
 565         else {
 566             System.out.println( "failed." );
 567             failed++;
 568         }
 569         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 570         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 571             System.out.println( "OK." );
 572             succeeded++;
 573         }
 574         else {
 575             System.out.println( "failed." );
 576             failed++;
 577         }
 578         System.out.print( "Split Matrix: " );
 579         if ( Test.testSplit() ) {
 580             System.out.println( "OK." );
 581             succeeded++;
 582         }
 583         else {
 584             System.out.println( "failed." );
 585             failed++;
 586         }
 587         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 588         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 589             System.out.println( "OK." );
 590             succeeded++;
 591         }
 592         else {
 593             System.out.println( "failed." );
 594             failed++;
 595         }
 596         System.out.print( "Basic table: " );
 597         if ( Test.testBasicTable() ) {
 598             System.out.println( "OK." );
 599             succeeded++;
 600         }
 601         else {
 602             System.out.println( "failed." );
 603             failed++;
 604         }
 605         System.out.print( "General table: " );
 606         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 607             System.out.println( "OK." );
 608             succeeded++;
 609         }
 610         else {
 611             System.out.println( "failed." );
 612             failed++;
 613         }
 614         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 615         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 616             System.out.println( "OK." );
 617             succeeded++;
 618         }
 619         else {
 620             System.out.println( "failed." );
 621             failed++;
 622         }
 623         System.out.print( "General MSA parser: " );
 624         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 625             System.out.println( "OK." );
 626             succeeded++;
 627         }
 628         else {
 629             System.out.println( "failed." );
 630             failed++;
 631         }
 632         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 633         if ( Test.testFastaParser() ) {
 634             System.out.println( "OK." );
 635             succeeded++;
 636         }
 637         else {
 638             System.out.println( "failed." );
 639             failed++;
 640         }
 641         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 642         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 643             System.out.println( "OK." );
 644             succeeded++;
 645         }
 646         else {
 647             System.out.println( "failed." );
 648             failed++;
 649         }
 650
 651         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 652         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 653             System.out.println( "OK." );
 654             succeeded++;
 655         }
 656         else {
 657             System.out.println( "failed." );
 658             failed++;
 659         }
 660
 661         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 662         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 663             System.out.println( "OK." );
 664             succeeded++;
 665         }
 666         else {
 667             System.out.println( "failed." );
 668             failed++;
 669         }
 670         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 671         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 672             System.out.println( "OK." );
 673             succeeded++;
 674         }
 675         else {
 676             System.out.println( "failed." );
 677             failed++;
 678         }
 679         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 680             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 681             if ( Test.testMafft() ) {
 682                 System.out.println( "OK." );
 683                 succeeded++;
 684             }
 685             else {
 686                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 687             }
 688         }
 689         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 690         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 691         //            System.out.println( "OK." );
 692         //            succeeded++;
 693         //        }
 694         //        else {
 695         //            System.out
 696         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 697         //        }
 698         System.out.println();
 699         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 700         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 701         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 702         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 703                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 704         System.out.println();
 705         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 706         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 707         System.out.println();
 708         if ( failed < 1 ) {
 709             System.out.println( "OK." );
 710         }
 711         else {
 712             System.out.println( "Not OK." );
 713         }
 714         // System.out.println();
 715         // Development.setTime( true );
 716         //try {
 717         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 718         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 719         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 720         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 721         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 722         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 723         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 724         // NHXParser() )[ 0 ];
 725         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 726         // }
 727         // catch ( final Exception e ) {
 728         //     e.printStackTrace();
 729         // }
 730         // t1.getRoot().preorderPrint();
 731         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 732         // .getInstance();
 733         // try {
 734         //
 735         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 736         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 737         // factory.create(
 738         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 739         // new NHXParser() );
 740         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 741         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 742         // factory.create(
 743         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 744         // new NHXParser() );
 745         //
 746         //
 747         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 748         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 749         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 750         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 751         // factory.create(
 752         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 753         // new NHXParser() );
 754         // factory.create(
 755         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 756         // new NHXParser() );
 757         //
 758         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 759         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 760         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 761         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 762         //
 763         // factory.create(
 764         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 765         // new NHXParser() );
 766         // factory.create(
 767         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 768         // new NHXParser() );
 769         //
 770         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 771         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 772         // factory.create(
 773         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 774         // new NHXParser() );
 775         //
 776         // }
 777         // catch ( IOException e ) {
 778         // // TODO Auto-generated catch block
 779         // e.printStackTrace();
 780         // }
 781     }
 782
 783     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 784         try {
 785             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 786                 return false;
 787             }
 788             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 789             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 790             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 791             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 792             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 796                 return false;
 797             }
 798             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 799                 return false;
 800             }
 801             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 802                 return false;
 803             }
 804             if ( !n3.isExternal() ) {
 805                 return false;
 806             }
 807             if ( !n3.isRoot() ) {
 808                 return false;
 809             }
 810             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 811                 return false;
 812             }
 813         }
 814         catch ( final Exception e ) {
 815             e.printStackTrace( System.out );
 816             return false;
 817         }
 818         return true;
 819     }
 820
 821     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 822         try {
 823             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 824             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 825             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 826                                                               xml_parser );
 827             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 828                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 835             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 836             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 837             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 838             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( !t1.isRooted() ) {
 842                 return false;
 843             }
 844             if ( t1.isRerootable() ) {
 845                 return false;
 846             }
 847             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 851                 return false;
 852             }
 853             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 854                 return false;
 855             }
 856             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 860                 return false;
 861             }
 862             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 863                 return false;
 864             }
 865             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 866                 return false;
 867             }
 868             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 869                 return false;
 870             }
 871             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 872                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 876                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 895                 return false;
 896             }
 897             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 904                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 917                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 921                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 925                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 926                 return false;
 927             }
 928             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 929                     .equals( "experimental" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 933                     .equals( "function" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 937                     .getValue() != 1 ) {
 938                 return false;
 939             }
 940             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 941                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 942                 return false;
 943             }
 944             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 945                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 949                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 953                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 957                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 961                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 965                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 969                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
 973                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 977                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
 984                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
 991             //     return false;
 992             //}
 993             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
 994             //                return false;
 995             //            }
 996             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
 997             //                return false;
 998             //            }
 999             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1000             //                return false;
1001             //            }
1002             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1003             //                return false;
1004             //            }
1005             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1006             //                return false;
1007             //            }
1008             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1009             //                return false;
1010             //            }
1011             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1012             //                return false;
1013             //            }
1014             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1015             //                return false;
1016             //            }
1017             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1018             //                    .equals( "B" ) ) {
1019             //                return false;
1020             //            }
1021             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1022             //                return false;
1023             //            }
1024             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1025             //                return false;
1026             //            }
1027             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1028             //                return false;
1029             //            }
1030             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1031             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1035             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1036             //                return false;
1037             //            }
1038             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1039             //                return false;
1040             //            }
1041             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1042             //                return false;
1043             //            }
1044             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1051             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1052             //                ;
1053             //                return false;
1054             //            }
1055             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1056             //                return false;
1057             //            }
1058             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1059             //                return false;
1060             //            }
1061             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1062             //                return false;
1063             //            }
1064             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1065             //                return false;
1066             //            }
1067             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1077             //                                                              xml_parser );
1078             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1079             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1080             //                return false;
1081             //            }
1082             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1083             //                return false;
1084             //            }
1085             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1086             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1096             //                return false;
1097             //            }
1098         }
1099         catch ( final Exception e ) {
1100             e.printStackTrace( System.out );
1101             return false;
1102         }
1103         return true;
1104     }
1105
1106     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1107         try {
1108             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1109             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1110             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1111                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1112             }
1113             else {
1114                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1115             }
1116             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1117                                                               xml_parser );
1118             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1119                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1120                 return false;
1121             }
1122             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1123                 return false;
1124             }
1125             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1126             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1127             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1128                 return false;
1129             }
1130             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1131             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1132                 return false;
1133             }
1134             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1135                 return false;
1136             }
1137             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1138                 return false;
1139             }
1140             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1144             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1145             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1146             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1156                 return false;
1157             }
1158             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1159                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1163                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1167             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1168             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1169             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1170             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1174             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1178                 return false;
1179             }
1180             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1181                 return false;
1182             }
1183             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1184                 return false;
1185             }
1186             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1190                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1194                 return false;
1195             }
1196             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1197                 return false;
1198             }
1199             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1200                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1204                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1208                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1209                 return false;
1210             }
1211             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1212                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1216                     .equals( "experimental" ) ) {
1217                 return false;
1218             }
1219             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1220                     .equals( "function" ) ) {
1221                 return false;
1222             }
1223             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1224                     .getValue() != 1 ) {
1225                 return false;
1226             }
1227             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1228                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1232                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1236                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1240                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1244                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1248                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1252                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1256                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1260                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1264                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1271                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1281                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1291                 return false;
1292             }
1293             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1294                 return false;
1295             }
1296             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1297                     .equals( "ncbi" ) ) {
1298                 return false;
1299             }
1300             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1301                 return false;
1302             }
1303             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1304                     .getName().equals( "B" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1308                     .getFrom() != 21 ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1315                     .getLength() != 24 ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1319                     .getConfidence() != 2144 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1323                     .equals( "pfam" ) ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1339             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1340                 return false;
1341             }
1342             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1343                 return false;
1344             }
1345             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1346                 return false;
1347             }
1348             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1355                 return false;
1356             }
1357             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1358                 return false;
1359             }
1360             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1361                 return false;
1362             }
1363             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1364                 return false;
1365             }
1366             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1370                 return false;
1371             }
1372             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1376                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1377                 ;
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             //
1402             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1406                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1413                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1417                 return false;
1418             }
1419             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1420                 return false;
1421             }
1422             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1423                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426         }
1427         catch ( final Exception e ) {
1428             e.printStackTrace( System.out );
1429             return false;
1430         }
1431         return true;
1432     }
1433
1434     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1435         try {
1436             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1437             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1438             try {
1439                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1440             }
1441             catch ( final Exception e ) {
1442                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1443             }
1444             if ( xml_parser == null ) {
1445                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1446                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1447                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1448                 }
1449                 else {
1450                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1451                 }
1452             }
1453             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1454                                                               xml_parser );
1455             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1456                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1457                 return false;
1458             }
1459             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1460                 return false;
1461             }
1462             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1463             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1464             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1465             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1466             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1467                 return false;
1468             }
1469             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1470                 return false;
1471             }
1472             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1473                 return false;
1474             }
1475             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1476                 return false;
1477             }
1478             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1479                 return false;
1480             }
1481             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1482                 return false;
1483             }
1484             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1485                 return false;
1486             }
1487             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1488             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1489             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1490                 System.out.println( "errors:" );
1491                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1492                 return false;
1493             }
1494             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1495                 return false;
1496             }
1497             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1498                                                               xml_parser );
1499             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1500                 System.out.println( "errors:" );
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1511                                                               xml_parser );
1512             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1513                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1520             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1533                                                               xml_parser );
1534             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1535                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1536                 return false;
1537             }
1538             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1539                 return false;
1540             }
1541             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1542             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             s.getNode( "first" );
1546             s.getNode( "<>" );
1547             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1548             s.getNode( "'''\"" );
1549             s.getNode( "\"\"\"" );
1550             s.getNode( "dick & doof" );
1551         }
1552         catch ( final Exception e ) {
1553             e.printStackTrace( System.out );
1554             return false;
1555         }
1556         return true;
1557     }
1558
1559     private static boolean testBasicTable() {
1560         try {
1561             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1562             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1563                 return false;
1564             }
1565             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1566                 return false;
1567             }
1568             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1569             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1570             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1571             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1572             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1573             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1574             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1575             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1576             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1580                 return false;
1581             }
1582             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1583                 return false;
1584             }
1585             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1586                 return false;
1587             }
1588             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1589                 return false;
1590             }
1591             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1592                 return false;
1593             }
1594             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1601                 return false;
1602             }
1603             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1604                 return false;
1605             }
1606             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1607             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1608             source.append( "" + l );
1609             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1610             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1611             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1612             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1613             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1614             source.append( "40 41 42 43" + l );
1615             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1616             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1617             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1618             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1619                 return false;
1620             }
1621             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1622                 return false;
1623             }
1624             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1625                 return false;
1626             }
1627             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1637             source1.append( "" + l );
1638             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1639             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1640             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1641             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1642             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1643             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1644             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1645             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1646             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1647             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1648                 return false;
1649             }
1650             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1672             source2.append( "" + l );
1673             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1674             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1675             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1676             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1677             source2.append( "                     " + l );
1678             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1679             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1680             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1681             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1682             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1683                                                                         ";",
1684                                                                         false,
1685                                                                         "comment:",
1686                                                                         false );
1687             if ( tl.size() != 2 ) {
1688                 return false;
1689             }
1690             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1691             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1692             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1693                 return false;
1694             }
1695             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1696                 return false;
1697             }
1698             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710         }
1711         catch ( final Exception e ) {
1712             e.printStackTrace( System.out );
1713             return false;
1714         }
1715         return true;
1716     }
1717
1718     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1719         try {
1720             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1721             final TolParser parser = new TolParser();
1722             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1723             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1724                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1731             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !t1.isRooted() ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1750             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1751                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1752                 return false;
1753             }
1754             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1755                 return false;
1756             }
1757             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1758             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             if ( !t2.isRooted() ) {
1762                 return false;
1763             }
1764             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1765                 return false;
1766             }
1767             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1768                 return false;
1769             }
1770             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1780                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1784             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1785                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1792             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1796                 return false;
1797             }
1798             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1799                 return false;
1800             }
1801             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1805             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1806                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1807                 return false;
1808             }
1809             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1813             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1817                 return false;
1818             }
1819             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1820                 return false;
1821             }
1822             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1823                 return false;
1824             }
1825             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1826             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1827                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1834             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1838                 return false;
1839             }
1840             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1841                 return false;
1842             }
1843             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846         }
1847         catch ( final Exception e ) {
1848             e.printStackTrace( System.out );
1849             return false;
1850         }
1851         return true;
1852     }
1853
1854     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1855         try {
1856             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1857             final Phylogeny t1 = factory.create();
1858             if ( !t1.isEmpty() ) {
1859                 return false;
1860             }
1861             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1862             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1866                 return false;
1867             }
1868             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1869                 return false;
1870             }
1871             if ( t2.isEmpty() ) {
1872                 return false;
1873             }
1874             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1875             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1885             PhylogenyNodeIterator it;
1886             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1887                 it.next();
1888             }
1889             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1890                 it.next();
1891             }
1892             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1893             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1894                 return false;
1895             }
1896             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1897                 return false;
1898             }
1899             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1900                 return false;
1901             }
1902             if ( it2.hasNext() ) {
1903                 return false;
1904             }
1905             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1906             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1907                 return false;
1908             }
1909             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1916             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1921                 return false;
1922             }
1923             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1924             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1925             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1929             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1930             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1934             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1935             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             final char[] a9 = new char[] {};
1942             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1943             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1947             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1948             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951         }
1952         catch ( final Exception e ) {
1953             e.printStackTrace( System.out );
1954             return false;
1955         }
1956         return true;
1957     }
1958
1959     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1960         try {
1961             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1962             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1963             final Phylogeny[] ev0 = factory
1964                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1965                              new NHXParser() );
1966             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1967             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1968                 return false;
1969             }
1970             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1974             final Phylogeny[] ev1 = factory
1975                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1976                              new NHXParser() );
1977             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1978             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1979                 return false;
1980             }
1981             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1985             final Phylogeny[] ev_b = factory
1986                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1987                              new NHXParser() );
1988             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1989             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
1990             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1991                 return false;
1992             }
1993             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             //
1997             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1998             final Phylogeny[] ev1x = factory
1999                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2000                              new NHXParser() );
2001             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2002             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2006                 return false;
2007             }
2008             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2009             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2010                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2011                              new NHXParser() );
2012             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2013             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2017                 return false;
2018             }
2019             //
2020             final Phylogeny[] t2 = factory
2021                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2022                              new NHXParser() );
2023             final Phylogeny[] ev2 = factory
2024                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2025                              new NHXParser() );
2026             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2027                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2028             }
2029             //
2030             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2031                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2032             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2033             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2034             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2041                 return false;
2042             }
2043         }
2044         catch ( final Exception e ) {
2045             e.printStackTrace();
2046             return false;
2047         }
2048         return true;
2049     }
2050
2051     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2052         try {
2053             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2054             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2055             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2056                 return false;
2057             }
2058         }
2059         catch ( final Exception e ) {
2060             e.printStackTrace();
2061             return false;
2062         }
2063         return true;
2064     }
2065
2066     private static boolean testDataObjects() {
2067         try {
2068             final Confidence s0 = new Confidence();
2069             final Confidence s1 = new Confidence();
2070             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2074             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2075             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2076                 return false;
2077             }
2078             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2079                 return false;
2080             }
2081             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2082             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2083                 return false;
2084             }
2085             s3.asSimpleText();
2086             s3.asText();
2087             // Taxonomy
2088             // ----------
2089             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2090             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2091             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2092             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2093             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2094             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2095             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2096             t1.setScientificName( "E. coli" );
2097             t1.setCommonName( "coli" );
2098             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2099             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2100                 return false;
2101             }
2102             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2103             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2104             t2.setScientificName( "what" );
2105             t2.setCommonName( "something" );
2106             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2107                 return false;
2108             }
2109             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2110             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             t1.setIdentifier( null );
2114             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2115             t3.setScientificName( "what" );
2116             t3.setCommonName( "something" );
2117             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2118                 return false;
2119             }
2120             t1.setIdentifier( null );
2121             t1.setTaxonomyCode( "" );
2122             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2123             t4.setCommonName( "something" );
2124             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2125                 return false;
2126             }
2127             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2128             t4.setCommonName( "something" );
2129             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2130                 return false;
2131             }
2132             t1.setIdentifier( null );
2133             t1.setTaxonomyCode( "" );
2134             t1.setScientificName( "" );
2135             t5.setCommonName( "COLI" );
2136             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2137                 return false;
2138             }
2139             t5.setCommonName( "vibrio" );
2140             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2141                 return false;
2142             }
2143             // Identifier
2144             // ----------
2145             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2146             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2147             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             id1.asSimpleText();
2157             id1.asText();
2158             // ProteinDomain
2159             // ---------------
2160             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2161             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2162             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2166                 return false;
2167             }
2168             pd1.asSimpleText();
2169             pd1.asText();
2170             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2171             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2172             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2176                 return false;
2177             }
2178             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2179                 return false;
2180             }
2181             pd3.asSimpleText();
2182             pd3.asText();
2183             // DomainArchitecture
2184             // ------------------
2185             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2186             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2187             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2188             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2189             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2190             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2191             domains0.add( d2 );
2192             domains0.add( d0 );
2193             domains0.add( d3 );
2194             domains0.add( d1 );
2195             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2196             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2197                 return false;
2198             }
2199             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2200             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2201                 return false;
2202             }
2203             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2204                 return false;
2205             }
2206             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2207                 return false;
2208             }
2209             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2210             domains1.add( d1 );
2211             domains1.add( d2 );
2212             domains1.add( d4 );
2213             domains1.add( d0 );
2214             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2215             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2216                 return false;
2217             }
2218             ds1.asSimpleText();
2219             ds1.asText();
2220             ds1.toNHX();
2221             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2222             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2223                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2224                 return false;
2225             }
2226             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2227                 return false;
2228             }
2229             // Event
2230             // -----
2231             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2232             if ( e1.isDuplication() ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             if ( !e1.isFusion() ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2242                 return false;
2243             }
2244             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2245             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2246                 return false;
2247             }
2248             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2252             if ( e2.isDuplication() ) {
2253                 return false;
2254             }
2255             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2262                 return false;
2263             }
2264             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2271             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2275             if ( e3.isDuplication() ) {
2276                 return false;
2277             }
2278             if ( e3.isSpeciation() ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2288             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2289             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             e3 = null;
2293             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2297             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2304             e4 = null;
2305             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2306             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2310                 return false;
2311             }
2312             final Event e5 = new Event();
2313             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2320                 return false;
2321             }
2322             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2323             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2324                 return false;
2325             }
2326             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2330             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2337             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2338                 return false;
2339             }
2340             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2341                 return false;
2342             }
2343         }
2344         catch ( final Exception e ) {
2345             e.printStackTrace( System.out );
2346             return false;
2347         }
2348         return true;
2349     }
2350
2351     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2352         try {
2353             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2354             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2355             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2356             if ( t0.isEmpty() ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2363             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             if ( !t0.isEmpty() ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2370             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2374             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2375                 return false;
2376             }
2377             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2381             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2385             if ( !t1.isEmpty() ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2389             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2393             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             t2.toNewHampshireX();
2397             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2398             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2402             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2406             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2410             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2414             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             n = t3.getNode( "A" );
2418             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             n = n.getNextExternalNode();
2422             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2426             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             n = t3.getNode( "C" );
2430             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2434             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2438             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2446             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2450             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2454             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2458             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             n = t4.getNode( "A" );
2462             n = n.getNextExternalNode();
2463             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             n = n.getNextExternalNode();
2467             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2471             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2475             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2476             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2477                 return false;
2478             }
2479             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2480             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2481                 return false;
2482             }
2483             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2484             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2485             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2489             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2493             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2494             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2498             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2502             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2503             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2507             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2508                 return false;
2509             }
2510             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2511             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2512             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2516             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2517                 return false;
2518             }
2519             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2520             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2521             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2525             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2526                 return false;
2527             }
2528             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2529             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2530             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2534             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2538             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2542             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2546             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2547             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2551             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2555             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2559             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2563             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2567             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2571             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2575             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2579             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2583             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2587             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2595             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2599             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2603             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2604             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2608             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2612             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2613             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2614                 return false;
2615             }
2616             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2617             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2621             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2622             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2626             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2630             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2634             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2635                 return false;
2636             }
2637             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2638             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2642             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2643                 return false;
2644             }
2645         }
2646         catch ( final Exception e ) {
2647             e.printStackTrace( System.out );
2648             return false;
2649         }
2650         return true;
2651     }
2652
2653     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2654         try {
2655             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2656             dss1.addValue( 82 );
2657             dss1.addValue( 78 );
2658             dss1.addValue( 70 );
2659             dss1.addValue( 58 );
2660             dss1.addValue( 42 );
2661             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2662                 return false;
2663             }
2664             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2665                 return false;
2666             }
2667             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2668                 return false;
2669             }
2670             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2677                 return false;
2678             }
2679             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2680                 return false;
2681             }
2682             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2683                 return false;
2684             }
2685             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2686                 return false;
2687             }
2688             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2689                 return false;
2690             }
2691             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2692                 return false;
2693             }
2694             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             dss1.addValue( 123 );
2698             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2708             dss2.addValue( -1.85 );
2709             dss2.addValue( 57.5 );
2710             dss2.addValue( 92.78 );
2711             dss2.addValue( 57.78 );
2712             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2719             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2720                 return false;
2721             }
2722             dss2.addValue( -100 );
2723             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             final double[] ds = new double[ 14 ];
2730             ds[ 0 ] = 34;
2731             ds[ 1 ] = 23;
2732             ds[ 2 ] = 1;
2733             ds[ 3 ] = 32;
2734             ds[ 4 ] = 11;
2735             ds[ 5 ] = 2;
2736             ds[ 6 ] = 12;
2737             ds[ 7 ] = 33;
2738             ds[ 8 ] = 13;
2739             ds[ 9 ] = 22;
2740             ds[ 10 ] = 21;
2741             ds[ 11 ] = 35;
2742             ds[ 12 ] = 24;
2743             ds[ 13 ] = 31;
2744             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2745             if ( bins.length != 4 ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2755                 return false;
2756             }
2757             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2758                 return false;
2759             }
2760             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2761             ds1[ 0 ] = 10.0;
2762             ds1[ 1 ] = 19.0;
2763             ds1[ 2 ] = 9.999;
2764             ds1[ 3 ] = 0.0;
2765             ds1[ 4 ] = 39.9;
2766             ds1[ 5 ] = 39.999;
2767             ds1[ 6 ] = 30.0;
2768             ds1[ 7 ] = 19.999;
2769             ds1[ 8 ] = 30.1;
2770             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2771             if ( bins1.length != 4 ) {
2772                 return false;
2773             }
2774             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2775                 return false;
2776             }
2777             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2787             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2788                 return false;
2789             }
2790             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2797                 return false;
2798             }
2799             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2800             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2801                 return false;
2802             }
2803             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2813             dss3.addValue( 1 );
2814             dss3.addValue( 1 );
2815             dss3.addValue( 1 );
2816             dss3.addValue( 2 );
2817             dss3.addValue( 3 );
2818             dss3.addValue( 4 );
2819             dss3.addValue( 5 );
2820             dss3.addValue( 5 );
2821             dss3.addValue( 5 );
2822             dss3.addValue( 6 );
2823             dss3.addValue( 7 );
2824             dss3.addValue( 8 );
2825             dss3.addValue( 9 );
2826             dss3.addValue( 10 );
2827             dss3.addValue( 10 );
2828             dss3.addValue( 10 );
2829             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2830             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2831             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5 );
2832         }
2833         catch ( final Exception e ) {
2834             e.printStackTrace( System.out );
2835             return false;
2836         }
2837         return true;
2838     }
2839
2840     private static boolean testDir( final String file ) {
2841         try {
2842             final File f = new File( file );
2843             if ( !f.exists() ) {
2844                 return false;
2845             }
2846             if ( !f.isDirectory() ) {
2847                 return false;
2848             }
2849             if ( !f.canRead() ) {
2850                 return false;
2851             }
2852         }
2853         catch ( final Exception e ) {
2854             return false;
2855         }
2856         return true;
2857     }
2858
2859     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2860         try {
2861             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2862             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2863             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2864             n = n.getNextExternalNode();
2865             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n = n.getNextExternalNode();
2869             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2870                 return false;
2871             }
2872             n = n.getNextExternalNode();
2873             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2874                 return false;
2875             }
2876             n = t1.getNode( "B" );
2877             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2878                 n = n.getNextExternalNode();
2879             }
2880             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2881             n = t2.getNode( "A" );
2882             n = n.getNextExternalNode();
2883             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n = n.getNextExternalNode();
2887             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2888                 return false;
2889             }
2890             n = n.getNextExternalNode();
2891             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2892                 return false;
2893             }
2894             n = t2.getNode( "B" );
2895             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2896                 n = n.getNextExternalNode();
2897             }
2898             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2899             n = t3.getNode( "A" );
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = n.getNextExternalNode();
2917             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             n = n.getNextExternalNode();
2921             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2922                 return false;
2923             }
2924             n = n.getNextExternalNode();
2925             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2926                 return false;
2927             }
2928             n = t3.getNode( "B" );
2929             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2930                 n = n.getNextExternalNode();
2931             }
2932             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2933             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2934                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2935             }
2936             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2937             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2938                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2939             }
2940         }
2941         catch ( final Exception e ) {
2942             e.printStackTrace( System.out );
2943             return false;
2944         }
2945         return true;
2946     }
2947
2948     private static boolean testGeneralTable() {
2949         try {
2950             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2951             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2952             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2953             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2954             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2955             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2956             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2957             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2958             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2959             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2960                 return false;
2961             }
2962             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2963                 return false;
2964             }
2965             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2966                 return false;
2967             }
2968             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2969                 return false;
2970             }
2971             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2972                 return false;
2973             }
2974             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2987             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2988             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2989             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2990             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2991             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2992             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2993             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2994             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2995             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2996             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026         }
3027         catch ( final Exception e ) {
3028             e.printStackTrace( System.out );
3029             return false;
3030         }
3031         return true;
3032     }
3033
3034     private static boolean testGetDistance() {
3035         try {
3036             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3037             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3038                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3039             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3040             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3056                 return false;
3057             }
3058             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3059                 return false;
3060             }
3061             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3062                 return false;
3063             }
3064             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3065                 return false;
3066             }
3067             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3068                 return false;
3069             }
3070             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3071                 return false;
3072             }
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3134                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3135             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3166                 return false;
3167             }
3168         }
3169         catch ( final Exception e ) {
3170             e.printStackTrace( System.out );
3171             return false;
3172         }
3173         return true;
3174     }
3175
3176     private static boolean testGetLCA() {
3177         try {
3178             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3179             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3180                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3181             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3182             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3183             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3187             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3188                 return false;
3189             }
3190             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3191             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3195             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3199             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3200                 return false;
3201             }
3202             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3203             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3204                 return false;
3205             }
3206             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3207             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3208                 return false;
3209             }
3210             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3211             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3212                 return false;
3213             }
3214             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3215             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3219             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3223             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3227             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3231             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3235             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3239             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3243             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3247             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3251             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3255             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3259             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3263             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3267             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3271             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3275             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3276             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3280             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3284             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3288             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3292             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3296             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3300             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3304             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final Phylogeny p3 = factory
3308                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3309                              new NHXParser() )[ 0 ];
3310             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3311             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3315             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3316                 return false;
3317             }
3318             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3319             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3320                 return false;
3321             }
3322             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3323             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3324                 return false;
3325             }
3326             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3327             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3328                 return false;
3329             }
3330             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3331                 return false;
3332             }
3333             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3334             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3335                 return false;
3336             }
3337             if ( !al_3.isRoot() ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3341             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3342                 return false;
3343             }
3344             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3348             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3355             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3359             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3360             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3364             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3365             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3366                 return false;
3367             }
3368             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3369             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3370             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3374             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3375             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3376                 return false;
3377             }
3378         }
3379         catch ( final Exception e ) {
3380             e.printStackTrace( System.out );
3381             return false;
3382         }
3383         return true;
3384     }
3385
3386     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3387         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3388         try {
3389             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3390                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3391             parser1.parse();
3392             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3393                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3394             final List<Protein> domain_collections = parser2.parse();
3395             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3396                 return false;
3397             }
3398             if ( domain_collections.size() != 4 ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3402                 return false;
3403             }
3404             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3405                 return false;
3406             }
3407             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3408                 return false;
3409             }
3410             final Protein p1 = domain_collections.get( 0 );
3411             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3412                 return false;
3413             }
3414             final Protein p4 = domain_collections.get( 3 );
3415             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3416                 return false;
3417             }
3418             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3422                 return false;
3423             }
3424             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3425                 return false;
3426             }
3427             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445         }
3446         catch ( final Exception e ) {
3447             e.printStackTrace( System.out );
3448             return false;
3449         }
3450         return true;
3451     }
3452
3453     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3454         try {
3455             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3456             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3457             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3458             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3459             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3460                 return false;
3461             }
3462             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3463             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3467             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3471             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3472                 return false;
3473             }
3474         }
3475         catch ( final Exception e ) {
3476             e.printStackTrace( System.out );
3477             return false;
3478         }
3479         return true;
3480     }
3481
3482     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3483         try {
3484             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3485             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3486             PhylogenyNodeIterator it0;
3487             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3488                 it0.next();
3489             }
3490             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3491                 it0.next();
3492             }
3493             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3494             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3495                 return false;
3496             }
3497             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3498                 return false;
3499             }
3500             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3504                 return false;
3505             }
3506             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3513                 return false;
3514             }
3515             if ( it.hasNext() ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3519                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3520             PhylogenyNodeIterator it2;
3521             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3522                 it2.next();
3523             }
3524             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3525                 it2.next();
3526             }
3527             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3528             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3529                 return false;
3530             }
3531             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3532                 return false;
3533             }
3534             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3535                 return false;
3536             }
3537             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3538                 return false;
3539             }
3540             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3571                 return false;
3572             }
3573             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3574                 return false;
3575             }
3576             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3577                 return false;
3578             }
3579             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3580                 return false;
3581             }
3582             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3586                 return false;
3587             }
3588             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3595                 return false;
3596             }
3597             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3601                 return false;
3602             }
3603             if ( it3.hasNext() ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3607             PhylogenyNodeIterator it4;
3608             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3609                 it4.next();
3610             }
3611             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3612                 it4.next();
3613             }
3614             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3615             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3616                 return false;
3617             }
3618             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3619                 return false;
3620             }
3621             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3628                 return false;
3629             }
3630             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3631             PhylogenyNodeIterator it6;
3632             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3633                 it6.next();
3634             }
3635             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3636                 it6.next();
3637             }
3638             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3639             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             if ( it.hasNext() ) {
3643                 return false;
3644             }
3645         }
3646         catch ( final Exception e ) {
3647             e.printStackTrace( System.out );
3648             return false;
3649         }
3650         return true;
3651     }
3652
3653     private static boolean testMidpointrooting() {
3654         try {
3655             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3656             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3657                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3658             if ( !t1.isRooted() ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3662             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3663                 return false;
3664             }
3665             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3666                 return false;
3667             }
3668             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3681             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3682             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3683                 return false;
3684             }
3685             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3695                 return false;
3696             }
3697             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3698                 return false;
3699             }
3700         }
3701         catch ( final Exception e ) {
3702             e.printStackTrace( System.out );
3703             return false;
3704         }
3705         return true;
3706     }
3707
3708     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3709         try {
3710             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3711             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3712             parser.parse();
3713             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3714             if ( labels.length != 7 ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3727                 return false;
3728             }
3729             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3739             parser.parse();
3740             labels = parser.getCharStateLabels();
3741             if ( labels.length != 7 ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3751                 return false;
3752             }
3753             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3754                 return false;
3755             }
3756             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3757                 return false;
3758             }
3759             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3763                 return false;
3764             }
3765         }
3766         catch ( final Exception e ) {
3767             e.printStackTrace( System.out );
3768             return false;
3769         }
3770         return true;
3771     }
3772
3773     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3774         try {
3775             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3776             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3777             parser.parse();
3778             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3779             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             //            if ( labels.length != 7 ) {
3807             //                return false;
3808             //            }
3809             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3810             //                return false;
3811             //            }
3812             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3813             //                return false;
3814             //            }
3815             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3816             //                return false;
3817             //            }
3818             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3819             //                return false;
3820             //            }
3821             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3822             //                return false;
3823             //            }
3824             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3825             //                return false;
3826             //            }
3827             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3828             //                return false;
3829             //            }
3830             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3831             //            parser.parse();
3832             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3833             //            if ( labels.length != 7 ) {
3834             //                return false;
3835             //            }
3836             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3837             //                return false;
3838             //            }
3839             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3840             //                return false;
3841             //            }
3842             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3843             //                return false;
3844             //            }
3845             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3846             //                return false;
3847             //            }
3848             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3849             //                return false;
3850             //            }
3851             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3852             //                return false;
3853             //            }
3854             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3855             //                return false;
3856             //            }
3857         }
3858         catch ( final Exception e ) {
3859             e.printStackTrace( System.out );
3860             return false;
3861         }
3862         return true;
3863     }
3864
3865     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3866         try {
3867             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3868             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3869             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3870             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             phylogenies = null;
3880             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3881             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3882                 return false;
3883             }
3884             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3885                 return false;
3886             }
3887             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3888                 return false;
3889             }
3890             phylogenies = null;
3891             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3892             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             phylogenies = null;
3905             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3906             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3919                 return false;
3920             }
3921             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3922                 return false;
3923             }
3924             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3925                 return false;
3926             }
3927             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3937                 return false;
3938             }
3939             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3952                 return false;
3953             }
3954             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3955                 return false;
3956             }
3957             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
3958                 return false;
3959             }
3960             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
3961                 return false;
3962             }
3963             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3964                 return false;
3965             }
3966             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
3967                 return false;
3968             }
3969             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
3970                 return false;
3971             }
3972             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3973                 return false;
3974             }
3975             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
3976                 return false;
3977             }
3978             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
3979                 return false;
3980             }
3981             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3982                 return false;
3983             }
3984             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
3985                 return false;
3986             }
3987             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
3988                 return false;
3989             }
3990             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3991                 return false;
3992             }
3993             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
3994                 return false;
3995             }
3996             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
3997                 return false;
3998             }
3999             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4000                 return false;
4001             }
4002             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4027                 return false;
4028             }
4029         }
4030         catch ( final Exception e ) {
4031             e.printStackTrace( System.out );
4032             return false;
4033         }
4034         return true;
4035     }
4036
4037     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4038         try {
4039             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4040             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4041             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4042             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4058                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             phylogenies = null;
4062             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4063             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4073                 return false;
4074             }
4075             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4082                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4101                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4108                 return false;
4109             }
4110             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4120                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             phylogenies = null;
4124             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4125             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4144                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4163                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4182                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4183                 return false;
4184             }
4185         }
4186         catch ( final Exception e ) {
4187             e.printStackTrace( System.out );
4188             return false;
4189         }
4190         return true;
4191     }
4192
4193     private static boolean testNHParsing() {
4194         try {
4195             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4196             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4197             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4201             nhxp.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4202             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4203             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4204             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4205                 return false;
4206             }
4207             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4208                 return false;
4209             }
4210             final Phylogeny p1b = factory
4211                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4212                              new NHXParser() )[ 0 ];
4213             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4220             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4221             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4222             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4223             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4224             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4225             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4226             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4227             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4228             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4229             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4230                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4231                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4232                                                     new NHXParser() );
4233             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4246             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4247             final String p16_S = "((A,B),C)";
4248             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4249             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4250                 return false;
4251             }
4252             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4253             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4254             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4258             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4259             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4263             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4264             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4268             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4269             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4273             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4274             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4275                 return false;
4276             }
4277             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4278             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4279             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4283             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4284             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4288             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4289             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4293             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4294             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4295             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4299                 return false;
4300             }
4301             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4302                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4303                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4304                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4305                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4306                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4307                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4308                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4309             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4310             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             final String p26_S = "(A,B)ab";
4314             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4315             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4319             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4320                                                     new NHXParser() );
4321             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4325             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4326             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4327             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4328             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4329                                                     new NHXParser() );
4330             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4343             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4344             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4348             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4349             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4350                 return false;
4351             }
4352             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4353             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4354             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             final String p33_S = "A";
4358             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4359             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4360                 return false;
4361             }
4362             final String p34_S = "B;";
4363             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4364             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4365                 return false;
4366             }
4367             final String p35_S = "B:0.2";
4368             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4369             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             final String p36_S = "(A)";
4373             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4374             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4375                 return false;
4376             }
4377             final String p37_S = "((A))";
4378             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4379             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4383             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4384             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4388             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4389             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             final String p40_S = "(A,B,C)";
4393             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4394             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4395                 return false;
4396             }
4397             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4398             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4399             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4403             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4404             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4408             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4409             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4410                 return false;
4411             }
4412             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4413             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4414             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4418             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4419             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             final String p46_S = "";
4423             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4424             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4425                 return false;
4426             }
4427         }
4428         catch ( final Exception e ) {
4429             e.printStackTrace( System.out );
4430             return false;
4431         }
4432         return true;
4433     }
4434
4435     private static boolean testNHXconversion() {
4436         try {
4437             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4438             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4439             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4440             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4441             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4442             final PhylogenyNode n6 = new PhylogenyNode( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4443             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4444                 return false;
4445             }
4446             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4450                 return false;
4451             }
4452             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             if ( !n5.toNewHampshireX()
4456                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56.0:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             if ( !n6.toNewHampshireX()
4460                     .equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100.0:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463         }
4464         catch ( final Exception e ) {
4465             e.printStackTrace( System.out );
4466             return false;
4467         }
4468         return true;
4469     }
4470
4471     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4472         try {
4473             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4474             final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
4475             final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
4476             final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
4477             final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4478             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4482                 return false;
4483             }
4484             if ( n3.isDuplication() ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4488                 return false;
4489             }
4490             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4491                 return false;
4492             }
4493             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4503                 return false;
4504             }
4505             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( !n5.isDuplication() ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4518                 return false;
4519             }
4520             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4521                 return false;
4522             }
4523             final PhylogenyNode n8 = new PhylogenyNode( "n8_ECOLI/12:0.01",
4524                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4525             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4526                 return false;
4527             }
4528             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4529                 return false;
4530             }
4531             final PhylogenyNode n9 = new PhylogenyNode( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4532                                                         ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4533             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             final PhylogenyNode n10 = new PhylogenyNode( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4540             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4541                 return false;
4542             }
4543             final PhylogenyNode n20 = new PhylogenyNode( "n20_ECOLI/1-2",
4544                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4545             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4546                 return false;
4547             }
4548             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             final PhylogenyNode n20x = new PhylogenyNode( "n20_ECOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4552             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             final PhylogenyNode n20xx = new PhylogenyNode( "n20_eCOL1/1-2",
4559                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4560             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4564                 return false;
4565             }
4566             final PhylogenyNode n20xxx = new PhylogenyNode( "n20_ecoli/1-2",
4567                                                             ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4568             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4569                 return false;
4570             }
4571             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4572                 return false;
4573             }
4574             final PhylogenyNode n20xxxx = new PhylogenyNode( "n20_Ecoli/1-2",
4575                                                              ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4576             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4577                 return false;
4578             }
4579             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             final PhylogenyNode n21 = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4583             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             final PhylogenyNode n21x = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4590             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             final PhylogenyNode n22 = new PhylogenyNode( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4597             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             final PhylogenyNode n23 = new PhylogenyNode( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4604             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4605                 return false;
4606             }
4607             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4608                 return false;
4609             }
4610             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4611                 final PhylogenyNode a = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI/1-2",
4612                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4613                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4614                     return false;
4615                 }
4616                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4617                     return false;
4618                 }
4619                 final PhylogenyNode b = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI1/1-2",
4620                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4621                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4622                     return false;
4623                 }
4624                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4625                     return false;
4626                 }
4627                 final PhylogenyNode c = new PhylogenyNode( "n10_RATAF12/1000-2000",
4628                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4629                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4630                     return false;
4631                 }
4632                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4633                     return false;
4634                 }
4635                 final PhylogenyNode d = new PhylogenyNode( "n10_RAT1/1-2",
4636                                                            ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4637                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4638                     return false;
4639                 }
4640                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4641                     return false;
4642                 }
4643                 final PhylogenyNode e = new PhylogenyNode( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4644                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4645                     return false;
4646                 }
4647                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4648                     return false;
4649                 }
4650             }
4651             final PhylogenyNode n11 = new PhylogenyNode( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4652                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4653             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4654                 return false;
4655             }
4656             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final PhylogenyNode n12 = new PhylogenyNode( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4663                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4664             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4671                 return false;
4672             }
4673             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4674             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4675             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4691                 return false;
4692             }
4693             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4694                 return false;
4695             }
4696             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4712                 return false;
4713             }
4714             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
4715                 return false;
4716             }
4717             final PhylogenyNode n00 = new PhylogenyNode( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4718             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4719                 return false;
4720             }
4721             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4722                 return false;
4723             }
4724             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4725                 return false;
4726             }
4727             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4728                 return false;
4729             }
4730             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4734                 return false;
4735             }
4736             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4737                 return false;
4738             }
4739             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4740                 return false;
4741             }
4742             final PhylogenyNode nx = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4743             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             final PhylogenyNode nx2 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4747             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             final PhylogenyNode n13 = new PhylogenyNode( "blah_12345/1-2",
4751                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4752             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4753                 return false;
4754             }
4755             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             final PhylogenyNode n14 = new PhylogenyNode( "blah_12X45/1-2",
4759                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4760             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4764                 return false;
4765             }
4766             final PhylogenyNode n15 = new PhylogenyNode( "something_wicked[123]",
4767                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4768             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             final PhylogenyNode n16 = new PhylogenyNode( "something_wicked2[9]",
4778                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4779             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4780                 return false;
4781             }
4782             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4783                 return false;
4784             }
4785             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             final PhylogenyNode n17 = new PhylogenyNode( "something_wicked3[a]",
4789                                                          ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4790             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4791                 return false;
4792             }
4793             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4794                 return false;
4795             }
4796             final PhylogenyNode n18 = new PhylogenyNode( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4797             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806         }
4807         catch ( final Exception e ) {
4808             e.printStackTrace( System.out );
4809             return false;
4810         }
4811         return true;
4812     }
4813
4814     private static boolean testNHXParsing() {
4815         try {
4816             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4817             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4818             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4822             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4823             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qwerty]):0.2[&:S=uiop]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4827             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4828             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             final Phylogeny[] p3 = factory
4832                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4833                              new NHXParser() );
4834             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4835                 return false;
4836             }
4837             final Phylogeny[] p4 = factory
4838                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4839                              new NHXParser() );
4840             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             final Phylogeny[] p5 = factory
4844                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4845                              new NHXParser() );
4846             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4847                 return false;
4848             }
4849             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4850             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4851             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4852             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4853                 return false;
4854             }
4855             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4856             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4857             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4858             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
4859                 return false;
4860             }
4861             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
4862             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
4863             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
4864             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
4865                 return false;
4866             }
4867             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
4868             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             final Phylogeny p10 = factory
4872                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
4873                              new NHXParser() )[ 0 ];
4874             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100.0]" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877         }
4878         catch ( final Exception e ) {
4879             e.printStackTrace( System.out );
4880             return false;
4881         }
4882         return true;
4883     }
4884
4885     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
4886         try {
4887             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4888             final NHXParser p = new NHXParser();
4889             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
4890             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
4891                 return false;
4892             }
4893             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
4894             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
4895                 return false;
4896             }
4897             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
4904                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
4911                 return false;
4912             }
4913             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
4914                 return false;
4915             }
4916             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
4917                 return false;
4918             }
4919             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             final NHXParser p1p = new NHXParser();
4923             p1p.setIgnoreQuotes( true );
4924             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
4925             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4926                 return false;
4927             }
4928             final NHXParser p2p = new NHXParser();
4929             p1p.setIgnoreQuotes( false );
4930             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
4931             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             final NHXParser p3p = new NHXParser();
4935             p3p.setIgnoreQuotes( false );
4936             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
4937             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
4938                 return false;
4939             }
4940             final NHXParser p4p = new NHXParser();
4941             p4p.setIgnoreQuotes( false );
4942             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
4943             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             final Phylogeny p10 = factory
4947                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
4948                              new NHXParser() )[ 0 ];
4949             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4950             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4951                 return false;
4952             }
4953             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4954             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
4955                 return false;
4956             }
4957             //
4958             final Phylogeny p12 = factory
4959                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
4960                              new NHXParser() )[ 0 ];
4961             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91.0],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100.0]";
4962             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4963                 return false;
4964             }
4965             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
4966             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
4967                 return false;
4968             }
4969             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
4970             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4971                 return false;
4972             }
4973             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
4974             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
4975                 return false;
4976             }
4977         }
4978         catch ( final Exception e ) {
4979             e.printStackTrace( System.out );
4980             return false;
4981         }
4982         return true;
4983     }
4984
4985     private static boolean testPhylogenyBranch() {
4986         try {
4987             final PhylogenyNode a1 = new PhylogenyNode( "a" );
4988             final PhylogenyNode b1 = new PhylogenyNode( "b" );
4989             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
4990             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
4991             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
4995                 return false;
4996             }
4997             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
4998                 return false;
4999             }
5000             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5001             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5002             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5003             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5010             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5011                 return false;
5012             }
5013             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5014                 return false;
5015             }
5016             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019         }
5020         catch ( final Exception e ) {
5021             e.printStackTrace( System.out );
5022             return false;
5023         }
5024         return true;
5025     }
5026
5027     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5028         try {
5029             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5030             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5031             try {
5032                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5033             }
5034             catch ( final Exception e ) {
5035                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5036             }
5037             if ( xml_parser == null ) {
5038                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5039                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5040                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5041                 }
5042                 else {
5043                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5044                 }
5045             }
5046             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5047                                                               xml_parser );
5048             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5049                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5056             PhylogenyNode n = null;
5057             Distribution d = null;
5058             n = t1.getNode( "root node" );
5059             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             d = n.getNodeData().getDistribution();
5066             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5070                 return false;
5071             }
5072             if ( d.getPolygons() != null ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             n = t1.getNode( "node a" );
5091             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5095                 return false;
5096             }
5097             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5098             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5102                 return false;
5103             }
5104             if ( d.getPolygons() != null ) {
5105                 return false;
5106             }
5107             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5111                 return false;
5112             }
5113             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5114                 return false;
5115             }
5116             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5117                 return false;
5118             }
5119             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             n = t1.getNode( "node bb" );
5123             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5124                 return false;
5125             }
5126             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5127                 return false;
5128             }
5129             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5130             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5140                 return false;
5141             }
5142             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5155             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5159                 return false;
5160             }
5161             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5168                 return false;
5169             }
5170             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             p = d.getPolygons().get( 1 );
5177             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5178                 return false;
5179             }
5180             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5181                 return false;
5182             }
5183             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5184                 return false;
5185             }
5186             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             // Roundtrip:
5190             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5191             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5192             if ( rt.length != 1 ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5196             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5197             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             d = n.getNodeData().getDistribution();
5204             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5205                 return false;
5206             }
5207             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( d.getPolygons() != null ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5223                 return false;
5224             }
5225             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5229             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5230                 return false;
5231             }
5232             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5236             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5237                 return false;
5238             }
5239             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             if ( d.getPolygons() != null ) {
5243                 return false;
5244             }
5245             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5246                 return false;
5247             }
5248             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5249                 return false;
5250             }
5251             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5252                 return false;
5253             }
5254             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5261             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5268             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5281                 return false;
5282             }
5283             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5284                 return false;
5285             }
5286             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             p = d.getPolygons().get( 0 );
5293             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             p = d.getPolygons().get( 1 );
5315             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5316                 return false;
5317             }
5318             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5325                 return false;
5326             }
5327         }
5328         catch ( final Exception e ) {
5329             e.printStackTrace( System.out );
5330             return false;
5331         }
5332         return true;
5333     }
5334
5335     private static boolean testPostOrderIterator() {
5336         try {
5337             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5338             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5339             PhylogenyNodeIterator it0;
5340             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5341                 it0.next();
5342             }
5343             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5344                 it0.next();
5345             }
5346             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5347             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5348             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5352                 return false;
5353             }
5354             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5355                 return false;
5356             }
5357             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5364                 return false;
5365             }
5366             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5367                 return false;
5368             }
5369             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5385                 return false;
5386             }
5387             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             if ( it.hasNext() ) {
5394                 return false;
5395             }
5396         }
5397         catch ( final Exception e ) {
5398             e.printStackTrace( System.out );
5399             return false;
5400         }
5401         return true;
5402     }
5403
5404     private static boolean testPreOrderIterator() {
5405         try {
5406             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5407             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5408             PhylogenyNodeIterator it0;
5409             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5410                 it0.next();
5411             }
5412             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5413                 it0.next();
5414             }
5415             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5416             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5417                 return false;
5418             }
5419             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5429                 return false;
5430             }
5431             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( it.hasNext() ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5441             it = t1.iteratorPreorder();
5442             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5443                 return false;
5444             }
5445             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5446                 return false;
5447             }
5448             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             if ( it.hasNext() ) {
5488                 return false;
5489             }
5490         }
5491         catch ( final Exception e ) {
5492             e.printStackTrace( System.out );
5493             return false;
5494         }
5495         return true;
5496     }
5497
5498     private static boolean testPropertiesMap() {
5499         try {
5500             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5501             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5502             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5503             final Property p2 = new Property( "something:else",
5504                                               "?",
5505                                               "improbable:research",
5506                                               "xsd:decimal",
5507                                               AppliesTo.NODE );
5508             pm.addProperty( p0 );
5509             pm.addProperty( p1 );
5510             pm.addProperty( p2 );
5511             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5518                 return false;
5519             }
5520             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5521                 return false;
5522             }
5523             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5530             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5537                 return false;
5538             }
5539         }
5540         catch ( final Exception e ) {
5541             e.printStackTrace( System.out );
5542             return false;
5543         }
5544         return true;
5545     }
5546
5547     private static boolean testReIdMethods() {
5548         try {
5549             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5550             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5551             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5552             p.levelOrderReID();
5553             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5554                 return false;
5555             }
5556             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5563                 return false;
5564             }
5565             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5566                 return false;
5567             }
5568             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5569                 return false;
5570             }
5571             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5572                 return false;
5573             }
5574             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5575                 return false;
5576             }
5577             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5578                 return false;
5579             }
5580             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5590                 return false;
5591             }
5592             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5596                 return false;
5597             }
5598         }
5599         catch ( final Exception e ) {
5600             e.printStackTrace( System.out );
5601             return false;
5602         }
5603         return true;
5604     }
5605
5606     private static boolean testRerooting() {
5607         try {
5608             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5609             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5610                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5611             if ( !t1.isRooted() ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5615             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5616             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5617             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5618             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5619             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5620             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5621             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5622             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5623             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5624             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5625             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5626             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5627             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5628             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5629             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5630             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5631             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5632             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5633             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5634             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5635             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5636             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5637             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5638             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5639             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5640             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5641             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5642             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5643                 return false;
5644             }
5645             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5652                 return false;
5653             }
5654             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5661                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5662             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5663             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5664             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5665             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5666             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5667             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5668             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5669             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5670             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5671             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5672             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5673             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5674             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5675             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5676             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5677             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5678             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5679             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5680             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5681             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5682             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5683             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5684             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5685             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5686             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5687             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5688             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5689             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5690             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5691             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5692             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5693             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5694             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5695             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5696             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5697             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5698             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5699             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5700             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5701             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5702             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5703             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5704             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5705             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5706             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5707             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5708                 return false;
5709             }
5710             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5711                 return false;
5712             }
5713             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5714             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5718                 return false;
5719             }
5720             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5721             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5725                 return false;
5726             }
5727             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5728                 return false;
5729             }
5730             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5731             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5741             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5748             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5755                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5756             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5757             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5767             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5771                 return false;
5772             }
5773             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5774                 return false;
5775             }
5776             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5777             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5781                 return false;
5782             }
5783             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5784                 return false;
5785             }
5786         }
5787         catch ( final Exception e ) {
5788             e.printStackTrace( System.out );
5789             return false;
5790         }
5791         return true;
5792     }
5793
5794     private static boolean testSDIse() {
5795         try {
5796             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5797             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5798             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5799             gene1.setRooted( true );
5800             species1.setRooted( true );
5801             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5802             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             final Phylogeny species2 = factory
5806                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5807                              new NHXParser() )[ 0 ];
5808             final Phylogeny gene2 = factory
5809                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5810                              new NHXParser() )[ 0 ];
5811             species2.setRooted( true );
5812             gene2.setRooted( true );
5813             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
5814             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             final Phylogeny species3 = factory
5836                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5837                              new NHXParser() )[ 0 ];
5838             final Phylogeny gene3 = factory
5839                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5840                              new NHXParser() )[ 0 ];
5841             species3.setRooted( true );
5842             gene3.setRooted( true );
5843             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
5844             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
5851                 return false;
5852             }
5853             final Phylogeny species4 = factory
5854                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5855                              new NHXParser() )[ 0 ];
5856             final Phylogeny gene4 = factory
5857                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5858                              new NHXParser() )[ 0 ];
5859             species4.setRooted( true );
5860             gene4.setRooted( true );
5861             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
5862             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
5863                 return false;
5864             }
5865             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
5869                 return false;
5870             }
5871             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5872                 return false;
5873             }
5874             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5875                 return false;
5876             }
5877             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5878                 return false;
5879             }
5880             final Phylogeny species5 = factory
5881                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
5882                              new NHXParser() )[ 0 ];
5883             final Phylogeny gene5 = factory
5884                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
5885                              new NHXParser() )[ 0 ];
5886             species5.setRooted( true );
5887             gene5.setRooted( true );
5888             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
5889             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
5890                 return false;
5891             }
5892             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
5893                 return false;
5894             }
5895             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
5896                 return false;
5897             }
5898             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
5908             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
5909             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
5910             final Phylogeny species6 = factory
5911                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
5912                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
5913                              new NHXParser() )[ 0 ];
5914             final Phylogeny gene6 = factory
5915                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
5916                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
5917                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
5918                              new NHXParser() )[ 0 ];
5919             species6.setRooted( true );
5920             gene6.setRooted( true );
5921             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
5922             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
5926                 return false;
5927             }
5928             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
5932                 return false;
5933             }
5934             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
5935                 return false;
5936             }
5937             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
5938                 return false;
5939             }
5940             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
5941                 return false;
5942             }
5943             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             sdi6.computeMappingCostL();
5950             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
5951                 return false;
5952             }
5953             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
5960                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
5961                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
5962                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
5963                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
5964             species7.setRooted( true );
5965             final Phylogeny gene7_1 = Test
5966                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5967             gene7_1.setRooted( true );
5968             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
5969             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
5970                 return false;
5971             }
5972             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
5979                 return false;
5980             }
5981             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
5982                 return false;
5983             }
5984             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
5985                 return false;
5986             }
5987             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
5994                 return false;
5995             }
5996             final Phylogeny gene7_2 = Test
5997                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
5998             gene7_2.setRooted( true );
5999             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6000             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6001                 return false;
6002             }
6003             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6004                 return false;
6005             }
6006             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6007                 return false;
6008             }
6009             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6028                 return false;
6029             }
6030         }
6031         catch ( final Exception e ) {
6032             return false;
6033         }
6034         return true;
6035     }
6036
6037     private static boolean testSDIunrooted() {
6038         try {
6039             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6040             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6041             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6042             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6043             PhylogenyBranch br = iter.next();
6044             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6045                 return false;
6046             }
6047             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6048                 return false;
6049             }
6050             br = iter.next();
6051             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             br = iter.next();
6058             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6059                 return false;
6060             }
6061             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6062                 return false;
6063             }
6064             br = iter.next();
6065             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6066                 return false;
6067             }
6068             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             br = iter.next();
6072             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             br = iter.next();
6079             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6080                 return false;
6081             }
6082             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6083                 return false;
6084             }
6085             br = iter.next();
6086             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6087                 return false;
6088             }
6089             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6090                 return false;
6091             }
6092             br = iter.next();
6093             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             br = iter.next();
6100             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6101                 return false;
6102             }
6103             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6104                 return false;
6105             }
6106             br = iter.next();
6107             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6108                 return false;
6109             }
6110             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6111                 return false;
6112             }
6113             br = iter.next();
6114             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             br = iter.next();
6121             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6122                 return false;
6123             }
6124             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6125                 return false;
6126             }
6127             br = iter.next();
6128             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6129                 return false;
6130             }
6131             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6132                 return false;
6133             }
6134             br = iter.next();
6135             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             br = iter.next();
6142             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6143                 return false;
6144             }
6145             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             if ( iter.hasNext() ) {
6149                 return false;
6150             }
6151             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6152             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6153             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6154             br = iter1.next();
6155             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6156                 return false;
6157             }
6158             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6159                 return false;
6160             }
6161             br = iter1.next();
6162             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             br = iter1.next();
6169             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6170                 return false;
6171             }
6172             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( iter1.hasNext() ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6179             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6180             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6181             br = iter2.next();
6182             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             br = iter2.next();
6189             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6190                 return false;
6191             }
6192             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6193                 return false;
6194             }
6195             br = iter2.next();
6196             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6197                 return false;
6198             }
6199             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( iter2.hasNext() ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             final Phylogeny species0 = factory
6206                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6207                              new NHXParser() )[ 0 ];
6208             final Phylogeny gene1 = factory
6209                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6210                              new NHXParser() )[ 0 ];
6211             species0.setRooted( true );
6212             gene1.setRooted( true );
6213             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6214             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6215             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6222                 return false;
6223             }
6224             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             final Phylogeny gene2 = factory
6231                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6232                              new NHXParser() )[ 0 ];
6233             gene2.setRooted( true );
6234             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6235             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6236                 return false;
6237             }
6238             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6239                 return false;
6240             }
6241             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6242                 return false;
6243             }
6244             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6245                 return false;
6246             }
6247             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6248                 return false;
6249             }
6250             final Phylogeny species6 = factory
6251                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6252                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6253                              new NHXParser() )[ 0 ];
6254             final Phylogeny gene6 = factory
6255                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6256                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6257                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6258                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6259                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6260                              new NHXParser() )[ 0 ];
6261             species6.setRooted( true );
6262             gene6.setRooted( true );
6263             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6264             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6265                 return false;
6266             }
6267             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6280                 return false;
6281             }
6282             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6283                 return false;
6284             }
6285             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6286                 return false;
6287             }
6288             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6301                 return false;
6302             }
6303             p6 = null;
6304             final Phylogeny species7 = factory
6305                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6306                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6307                              new NHXParser() )[ 0 ];
6308             final Phylogeny gene7 = factory
6309                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6310                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6311                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6312                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6313                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6314                              new NHXParser() )[ 0 ];
6315             species7.setRooted( true );
6316             gene7.setRooted( true );
6317             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6318             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6322                 return false;
6323             }
6324             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6325                 return false;
6326             }
6327             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6328                 return false;
6329             }
6330             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6343                 return false;
6344             }
6345             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6346                 return false;
6347             }
6348             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6349                 return false;
6350             }
6351             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6352                 return false;
6353             }
6354             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6355                 return false;
6356             }
6357             p7 = null;
6358             final Phylogeny species8 = factory
6359                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6360                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6361                              new NHXParser() )[ 0 ];
6362             final Phylogeny gene8 = factory
6363                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6364                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6365                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6366                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6367                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6368                              new NHXParser() )[ 0 ];
6369             species8.setRooted( true );
6370             gene8.setRooted( true );
6371             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6372             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6373                 return false;
6374             }
6375             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6397                 return false;
6398             }
6399             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6406                 return false;
6407             }
6408             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6409                 return false;
6410             }
6411             p8 = null;
6412         }
6413         catch ( final Exception e ) {
6414             e.printStackTrace( System.out );
6415             return false;
6416         }
6417         return true;
6418     }
6419
6420     private static boolean testSplit() {
6421         try {
6422             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6423             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6424             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6425             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6426             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6427             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6428             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6429             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6430             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6431             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6432             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6433             ex.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6434             ex.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6435             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6436             // System.out.println( s0.toString() );
6437             //
6438             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6439             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6440             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6441             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6445             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6446             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6447             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6448             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6449             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6450             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6451             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6452             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6453                 return false;
6454             }
6455             //
6456             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6457             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6458             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6459             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6460             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             //
6464             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6465             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6466             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6467             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6468             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6469             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             //
6473             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6474             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6475             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6476             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6477             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6478             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             //
6482             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6483             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6484             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6485             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6486             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             //
6490             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6491             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6492             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6493             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6494                 return false;
6495             }
6496             //
6497             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6498             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6499             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6500             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6501             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6502             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6503             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6504                 return false;
6505             }
6506             //
6507             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6508             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6509             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6510             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6511             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             //
6515             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6516             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6517             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6518             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6519             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6520             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6521                 return false;
6522             }
6523             //
6524             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6525             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6526             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6527             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6528                 return false;
6529             }
6530             //
6531             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6532             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6533             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6534             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6535             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6536             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             //
6540             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6541             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6542             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6543             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6544             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6545             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6546             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             //
6550             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6551             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6552             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6553             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6554             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             //
6558             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6559             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6560             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6561             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             //
6565             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6566             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6567             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6568             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6569                 return false;
6570             }
6571             //
6572             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6573             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6574             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6575             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             //
6579             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6580             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6581             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6582             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             //
6586             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6587             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6588             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6589             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6590                 return false;
6591             }
6592             //
6593             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6594             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6595             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6596             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6597                 return false;
6598             }
6599             //
6600             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6601             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6602             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6603             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6604             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             //
6608             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6609             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6610             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6611             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6612             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             //
6616             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6617             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6618             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6619             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6620             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6621                 return false;
6622             }
6623             //
6624             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6625             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6626             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6627             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6628             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6629             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             /////////
6633             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6634             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6635             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6636             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6637             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6638             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6639             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6640             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6641             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6642             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6643             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6644             //                return false;
6645             //            }
6646             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6647             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6648             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6649             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6650             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6651             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6652             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6653             //                return false;
6654             //            }
6655             //            //
6656             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6657             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6658             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6659             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6660             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6661             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6662             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6663             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6664             //                return false;
6665             //            }
6666             //            //
6667             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6668             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6669             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6670             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6671             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6672             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6673             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6674             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6675             //                return false;
6676             //            }
6677             //            //
6678             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6679             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6680             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6681             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6682             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6683             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6684             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6685             //                return false;
6686             //            }
6687             //            //
6688             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6689             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6690             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6691             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6692             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6693             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6694             //                return false;
6695             //            }
6696             //
6697             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6698             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6699             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6700             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6701             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6702             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             //
6706             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6707             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6708             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6709             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6710             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6711             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6712                 return false;
6713             }
6714             ///////////////////////////
6715             //
6716             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6717             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6718             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6719             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6720             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6721             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             //
6725             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6726             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6727             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6728             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6729             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6730             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             //
6734             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6735             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6736             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6737             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6738             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6739             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             //
6743             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6744             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6745             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6746             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6747             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6748             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             //
6752             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6753             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6754             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6755             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6756             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6757             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             //
6761             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6762             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6763             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6764             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6765             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6766                 return false;
6767             }
6768             //
6769             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6770             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6771             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6772             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6773             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6774             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6775             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6776                 return false;
6777             }
6778             //
6779             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6780             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6781             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6782             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6783             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6784             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6785             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6786                 return false;
6787             }
6788             //
6789             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6790             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6791             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6792             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6793             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6794             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6795             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6796                 return false;
6797             }
6798             //
6799             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6800             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6801             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6802             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6803             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6804             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6805             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6806             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6807                 return false;
6808             }
6809         }
6810         catch ( final Exception e ) {
6811             e.printStackTrace();
6812             return false;
6813         }
6814         return true;
6815     }
6816
6817     private static boolean testSplitStrict() {
6818         try {
6819             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6820             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6821             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6822             ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6823             ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6824             ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6825             ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6826             ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6827             ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6828             ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6829             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
6830             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6831             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6832             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6833             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6834                 return false;
6835             }
6836             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6837             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6838             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6839             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6840             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6841             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6842             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6843             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6844             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             //
6848             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6849             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6850             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6851             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6852             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6853                 return false;
6854             }
6855             //
6856             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6857             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6858             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6859             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6860             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6861             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6862                 return false;
6863             }
6864             //
6865             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6866             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6867             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6868             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6869             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6870             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6871                 return false;
6872             }
6873             //
6874             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6875             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6876             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6877             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6878             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             //
6882             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6883             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6884             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6885             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6886                 return false;
6887             }
6888             //
6889             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6890             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6891             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6892             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6893             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6894             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6895             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6896                 return false;
6897             }
6898             //
6899             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6900             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6901             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6902             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6903             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6904                 return false;
6905             }
6906             //
6907             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6908             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6909             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6910             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6911             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6912             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6913                 return false;
6914             }
6915             //
6916             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6917             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6918             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6919             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6920                 return false;
6921             }
6922             //
6923             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6924             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6925             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6926             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6927             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6928             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             //
6932             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6933             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6934             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6935             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6936             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6937             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6938             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6939                 return false;
6940             }
6941             //
6942             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6943             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6944             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6945             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6946             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             //
6950             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6951             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6952             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6953             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             //
6957             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6958             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6959             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6966             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6967             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6968                 return false;
6969             }
6970             //
6971             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6972             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6973             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6974             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6975                 return false;
6976             }
6977             //
6978             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6979             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6980             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6981             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             //
6985             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6986             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6987             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6988             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             //
6992             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6993             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6994             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6995             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6996             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6997                 return false;
6998             }
6999             //
7000             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7001             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7002             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7003             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7004             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7005                 return false;
7006             }
7007             //
7008             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7009             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7010             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7011             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7012             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7013                 return false;
7014             }
7015             //
7016             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7017             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7018             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7019             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7020             query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7021             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7022                 return false;
7023             }
7024         }
7025         catch ( final Exception e ) {
7026             e.printStackTrace();
7027             return false;
7028         }
7029         return true;
7030     }
7031
7032     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7033         try {
7034             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7035             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7036             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7037             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7038                 return false;
7039             }
7040             t1.toNewHampshireX();
7041             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7042             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7043                 return false;
7044             }
7045             t1.toNewHampshireX();
7046             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7047             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             t1.toNewHampshireX();
7051             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7052             t1.toNewHampshireX();
7053             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7057             t1.toNewHampshireX();
7058             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7062             t1.toNewHampshireX();
7063             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7064                 return false;
7065             }
7066             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7067             t1.toNewHampshireX();
7068             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7069                 return false;
7070             }
7071             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7072             t1.toNewHampshireX();
7073             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7077             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             if ( !t1.isEmpty() ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7084             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7085             t2.toNewHampshireX();
7086             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7090             t2.toNewHampshireX();
7091             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7092                 return false;
7093             }
7094             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7095             t2.toNewHampshireX();
7096             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7097                 return false;
7098             }
7099         }
7100         catch ( final Exception e ) {
7101             e.printStackTrace( System.out );
7102             return false;
7103         }
7104         return true;
7105     }
7106
7107     private static boolean testSupportCount() {
7108         try {
7109             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7110             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7111             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7112                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7113                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7114                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7115                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7116                                                               new NHXParser() );
7117             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7118             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7119             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7120                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7121                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7122                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7123                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7124                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7125                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7126                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7127                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7128                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7129                                                               new NHXParser() );
7130             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7131             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7132             while ( it.hasNext() ) {
7133                 final PhylogenyNode n = it.next();
7134                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7135                     return false;
7136                 }
7137             }
7138             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7139             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7140                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7141             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7142             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7143             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7174             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7175                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7176             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7177             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7178             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7182                 return false;
7183             }
7184             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7185                 return false;
7186             }
7187             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7191                 return false;
7192             }
7193             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7194                 return false;
7195             }
7196             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7203                 return false;
7204             }
7205             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7209             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7210             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7211             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7212                 return false;
7213             }
7214             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7215             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7216             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7217             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7218                 return false;
7219             }
7220             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7221             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7222             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7223             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7224                 return false;
7225             }
7226             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7227             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7228             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7229             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7230                 return false;
7231             }
7232         }
7233         catch ( final Exception e ) {
7234             e.printStackTrace( System.out );
7235             return false;
7236         }
7237         return true;
7238     }
7239
7240     private static boolean testSupportTransfer() {
7241         try {
7242             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7243             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7244                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7245             final Phylogeny p2 = factory
7246                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7247             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7248                 return false;
7249             }
7250             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7251                 return false;
7252             }
7253             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7254             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7255             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7256                 return false;
7257             }
7258             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7262                 return false;
7263             }
7264             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7268                 return false;
7269             }
7270             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7271                 return false;
7272             }
7273             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7274                 return false;
7275             }
7276             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7277                 return false;
7278             }
7279         }
7280         catch ( final Exception e ) {
7281             e.printStackTrace( System.out );
7282             return false;
7283         }
7284         return true;
7285     }
7286
7287     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7288         try {
7289             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7290             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7291             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7292             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7293             s0.setRooted( true );
7294             g0.setRooted( true );
7295             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7296             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7297                 return false;
7298             }
7299             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7306             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7307             g0.setRooted( true );
7308             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7309             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7313                 return false;
7314             }
7315             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7316                 return false;
7317             }
7318             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7319             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7320             g0.setRooted( true );
7321             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7322             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7323                 return false;
7324             }
7325             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7326                 return false;
7327             }
7328             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7329                 return false;
7330             }
7331             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7332             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7333             g0.setRooted( true );
7334             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7335             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7336                 return false;
7337             }
7338             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7345             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7346             g0.setRooted( true );
7347             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7348             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7349                 return false;
7350             }
7351             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7352                 return false;
7353             }
7354             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7355                 return false;
7356             }
7357             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7358             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7359             g0.setRooted( true );
7360             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7361             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7362                 return false;
7363             }
7364             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7365                 return false;
7366             }
7367             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7368                 return false;
7369             }
7370             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7371             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7372             g0.setRooted( true );
7373             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7374             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7384                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7385                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7386                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7387             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7388             s0.setRooted( true );
7389             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7390                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7391                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7392                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7393             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7394             g0.setRooted( true );
7395             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7396             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7397                 return false;
7398             }
7399             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7406                 return false;
7407             }
7408             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7409                 return false;
7410             }
7411             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7412                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7413                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7414                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7415             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7416             g0.setRooted( true );
7417             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7418             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7431                 return false;
7432             }
7433             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7434                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7435                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7436                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7437             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7438             g0.setRooted( true );
7439             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7440             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7447                 return false;
7448             }
7449             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7456                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7457                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7458                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7459             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7460             g0.setRooted( true );
7461             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7462             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7472                 return false;
7473             }
7474             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7475                 return false;
7476             }
7477             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7478             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7479             g0.setRooted( true );
7480             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7481             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7482                 return false;
7483             }
7484             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7485                 return false;
7486             }
7487             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7488                 return false;
7489             }
7490             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7491             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7492             g0.setRooted( true );
7493             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7494             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7501                 return false;
7502             }
7503             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7504                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7505                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7506                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7507             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7508             g0.setRooted( true );
7509             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7510             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7532                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7533                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7534                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7535             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7536             g0.setRooted( true );
7537             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7538             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7539                 return false;
7540             }
7541             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7542                 return false;
7543             }
7544             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7545                 return false;
7546             }
7547             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7548                 return false;
7549             }
7550             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7551                 return false;
7552             }
7553             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7560                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7561                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7562                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7563             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7564             g0.setRooted( true );
7565             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7566             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7579                 return false;
7580             }
7581             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7588                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7589                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7590                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7591             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7592             g0.setRooted( true );
7593             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7594             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7616                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7617                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7618                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7619             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7620             s0.setRooted( true );
7621             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7622                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7623                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7624                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7625             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7626             g0.setRooted( true );
7627             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7628             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7629                 return false;
7630             }
7631             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7632                 return false;
7633             }
7634         }
7635         catch ( final Exception e ) {
7636             e.printStackTrace( System.out );
7637             return false;
7638         }
7639         return true;
7640     }
7641
7642     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7643         try {
7644             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7645                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7646             if ( results.size() != 1 ) {
7647                 return false;
7648             }
7649             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7650                 return false;
7651             }
7652             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7653                 return false;
7654             }
7655             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7656                 return false;
7657             }
7658             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7659                 return false;
7660             }
7661             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             results = null;
7665             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7666             if ( results.size() != 1 ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7673                 return false;
7674             }
7675             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7676                 return false;
7677             }
7678             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7679                 return false;
7680             }
7681             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7682                 return false;
7683             }
7684             results = null;
7685             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7686             if ( results.size() != 1 ) {
7687                 return false;
7688             }
7689             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             results = null;
7705             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7706             if ( results.size() != 1 ) {
7707                 return false;
7708             }
7709             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7710                 return false;
7711             }
7712             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 0 ].equals( "Eukaryota" ) ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ 1 ].equals( "Metazoa" ) ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( !results.get( 0 ).getLineage()[ results.get( 0 ).getLineage().length - 1 ].equals( "Nematostella" ) ) {
7731                 return false;
7732             }
7733         }
7734         catch ( final IOException e ) {
7735             System.out.println();
7736             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7737             e.printStackTrace( System.out );
7738             return true;
7739         }
7740         catch ( final Exception e ) {
7741             return false;
7742         }
7743         return true;
7744     }
7745
7746     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7747         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7748             System.out.println( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ));
7749             return false;
7750         }
7751         return true;
7752     }
7753
7754     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7755         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7756             return false;
7757         }
7758         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7759             return false;
7760         }
7761         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7762             return false;
7763         }
7764         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7765             return false;
7766         }
7767         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7768             return false;
7769         }
7770         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7771             return false;
7772         }
7773         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7774             return false;
7775         }
7776         try {
7777             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7778             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7785                 return false;
7786             }
7787             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7788                 return false;
7789             }
7790             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7791                 return false;
7792             }
7793         }
7794         catch ( final IOException e ) {
7795             System.out.println();
7796             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7797             e.printStackTrace( System.out );
7798             return true;
7799         }
7800         catch ( final Exception e ) {
7801             return false;
7802         }
7803         return true;
7804     }
7805
7806     private static boolean testWabiTxSearch() {
7807         try {
7808             String result = "";
7809             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7810             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7811             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7815             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7816                 return false;
7817             }
7818             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7819             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7820                 return false;
7821             }
7822             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7823             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7827             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7831             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7832                 return false;
7833             }
7834             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7835             queries.add( "Campylobacter coli" );
7836             queries.add( "Escherichia coli" );
7837             queries.add( "Arabidopsis" );
7838             queries.add( "Trichoplax" );
7839             queries.add( "Samanea saman" );
7840             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7841             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7842             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7843             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7844             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7845             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7846             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7847             ranks.add( RANKS.GENUS );
7848             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7849             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7850             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7851             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7852         }
7853         catch ( final Exception e ) {
7854             System.out.println();
7855             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7856             e.printStackTrace( System.out );
7857             return false;
7858         }
7859         return true;
7860     }
7861
7862     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7863         try {
7864             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7865             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7872                 return false;
7873             }
7874             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7878             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7879                 return false;
7880             }
7881             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7882             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7883                 return false;
7884             }
7885             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7886             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7887                 return false;
7888             }
7889         }
7890         catch ( final Exception e ) {
7891             e.printStackTrace();
7892             return false;
7893         }
7894         return true;
7895     }
7896
7897     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7898         try {
7899             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7900             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7901                 return false;
7902             }
7903             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7904                 return false;
7905             }
7906             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7907             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7911                 return false;
7912             }
7913         }
7914         catch ( final Exception e ) {
7915             e.printStackTrace();
7916             return false;
7917         }
7918         return true;
7919     }
7920
7921     private static boolean testFastaParser() {
7922         try {
7923             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7924                 return false;
7925             }
7926             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7927                 return false;
7928             }
7929             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7930             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948         }
7949         catch ( final Exception e ) {
7950             e.printStackTrace();
7951             return false;
7952         }
7953         return true;
7954     }
7955
7956     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7957         try {
7958             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7959             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7960             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
7961             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7962             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7963             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7964             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7965             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7966             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7967             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7968                 return false;
7969             }
7970             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7971                 return false;
7972             }
7973             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7974                 return false;
7975             }
7976             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7977             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7987             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7988                 return false;
7989             }
7990             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7991                 return false;
7992             }
7993             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7994                 return false;
7995             }
7996         }
7997         catch ( final Exception e ) {
7998             e.printStackTrace();
7999             return false;
8000         }
8001         return true;
8002     }
8003
8004     private static boolean testMafft() {
8005         try {
8006             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8007             opts.add( "--maxiterate" );
8008             opts.add( "1000" );
8009             opts.add( "--localpair" );
8010             opts.add( "--quiet" );
8011             Msa msa = null;
8012             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8013             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi.fasta" ), opts );
8014             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8015                 return false;
8016             }
8017         }
8018         catch ( final Exception e ) {
8019             e.printStackTrace( System.out );
8020             return false;
8021         }
8022         return true;
8023     }
8024 }