forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  93 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  94 import org.forester.sequence.Sequence;
  95 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  96 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  97 import org.forester.tools.SupportCount;
  98 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  99 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 100 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 101 import org.forester.util.BasicTable;
 102 import org.forester.util.BasicTableParser;
 103 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 104 import org.forester.util.ForesterConstants;
 105 import org.forester.util.ForesterUtil;
 106 import org.forester.util.GeneralTable;
 107 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 108 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 110 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 115
 116 @SuppressWarnings( "unused")
 117 public final class Test {
 118
 119     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 120     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 123     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 126     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 127     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 130     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 133
 134     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 135         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 136         return p;
 137     }
 138
 139     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 140         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 175         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Taxonomy code extraction: " );
 202         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Taxonomy extraction (general): " );
 211         if ( Test.testTaxonomyExtraction() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing iterating: " );
 229         if ( Test.testNHParsingIter() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NH parsing: " );
 238         if ( Test.testNHParsing() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 247         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "NHX parsing: " );
 256         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 265         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 274         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Nexus tree parsing iterating: " );
 292         if ( Test.testNexusTreeParsingIterating() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 301         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 310         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 319         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 337         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 346         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 355         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 364         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Copying of node data: " );
 373         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 382         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 391         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 400         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 409         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Re-id methods: " );
 418         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 427         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 436         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 445         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 454         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 463         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Rerooting: " );
 472         if ( Test.testRerooting() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 481         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Node removal: " );
 490         if ( Test.testNodeRemoval() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "Support count: " );
 499         if ( Test.testSupportCount() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "Support transfer: " );
 508         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 517         if ( Test.testGetLCA() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 526         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 535         if ( Test.testGetDistance() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 544         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 545             System.out.println( "OK." );
 546             succeeded++;
 547         }
 548         else {
 549             System.out.println( "failed." );
 550             failed++;
 551         }
 552         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 553         if ( Test.testDataObjects() ) {
 554             System.out.println( "OK." );
 555             succeeded++;
 556         }
 557         else {
 558             System.out.println( "failed." );
 559             failed++;
 560         }
 561         System.out.print( "Properties map: " );
 562         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 563             System.out.println( "OK." );
 564             succeeded++;
 565         }
 566         else {
 567             System.out.println( "failed." );
 568             failed++;
 569         }
 570         System.out.print( "SDIse: " );
 571         if ( Test.testSDIse() ) {
 572             System.out.println( "OK." );
 573             succeeded++;
 574         }
 575         else {
 576             System.out.println( "failed." );
 577             failed++;
 578         }
 579         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 580         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 581             System.out.println( "OK." );
 582             succeeded++;
 583         }
 584         else {
 585             System.out.println( "failed." );
 586             failed++;
 587         }
 588         System.out.print( "GSDI: " );
 589         if ( TestGSDI.test() ) {
 590             System.out.println( "OK." );
 591             succeeded++;
 592         }
 593         else {
 594             System.out.println( "failed." );
 595             failed++;
 596         }
 597         System.out.print( "RIO: " );
 598         if ( TestRIO.test() ) {
 599             System.out.println( "OK." );
 600             succeeded++;
 601         }
 602         else {
 603             System.out.println( "failed." );
 604             failed++;
 605         }
 606         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 607         System.out.println();
 608         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 609             System.out.println( "OK." );
 610             succeeded++;
 611         }
 612         else {
 613             System.out.println( "failed." );
 614             failed++;
 615         }
 616         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 617         System.out.println();
 618         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 619             System.out.println( "OK." );
 620             succeeded++;
 621         }
 622         else {
 623             System.out.println( "failed." );
 624             failed++;
 625         }
 626         System.out.print( "GO: " );
 627         System.out.println();
 628         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "Modeling tools: " );
 637         if ( TestPccx.test() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 646         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Split Matrix: " );
 655         if ( Test.testSplit() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 664         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Basic table: " );
 673         if ( Test.testBasicTable() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "General table: " );
 682         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 691         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 692             System.out.println( "OK." );
 693             succeeded++;
 694         }
 695         else {
 696             System.out.println( "failed." );
 697             failed++;
 698         }
 699         System.out.print( "General MSA parser: " );
 700         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 701             System.out.println( "OK." );
 702             succeeded++;
 703         }
 704         else {
 705             System.out.println( "failed." );
 706             failed++;
 707         }
 708         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 709         if ( Test.testFastaParser() ) {
 710             System.out.println( "OK." );
 711             succeeded++;
 712         }
 713         else {
 714             System.out.println( "failed." );
 715             failed++;
 716         }
 717         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 718         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 719             System.out.println( "OK." );
 720             succeeded++;
 721         }
 722         else {
 723             System.out.println( "failed." );
 724             failed++;
 725         }
 726         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 727         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 728             System.out.println( "OK." );
 729             succeeded++;
 730         }
 731         else {
 732             System.out.println( "failed." );
 733             failed++;
 734         }
 735         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 736         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 737             System.out.println( "OK." );
 738             succeeded++;
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "failed." );
 742             failed++;
 743         }
 744         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 745         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 746             System.out.println( "OK." );
 747             succeeded++;
 748         }
 749         else {
 750             System.out.println( "failed." );
 751             failed++;
 752         }
 753         //----
 754         String path = "";
 755         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 756         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 757             path = "/usr/local/bin/mafft";
 758         }
 759         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 760             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 761         }
 762         else {
 763             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 764         }
 765         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 766             path = "mafft";
 767         }
 768         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 769             path = "/usr/local/bin/mafft";
 770         }
 771         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 772             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 773             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 774                 System.out.println( "OK." );
 775                 succeeded++;
 776             }
 777             else {
 778                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 779             }
 780         }
 781         //----
 782         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 783         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 784             System.out.println( "OK." );
 785             succeeded++;
 786         }
 787         else {
 788             System.out.println( "failed." );
 789             failed++;
 790         }
 791         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 792         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 793             System.out.println( "OK." );
 794             succeeded++;
 795         }
 796         else {
 797             System.out.println( "failed." );
 798             failed++;
 799         }
 800         System.out.println();
 801         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 802         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 803         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 804         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 805                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 806         System.out.println();
 807         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 808         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 809         System.out.println();
 810         if ( failed < 1 ) {
 811             System.out.println( "OK." );
 812         }
 813         else {
 814             System.out.println( "Not OK." );
 815         }
 816     }
 817
 818     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 819         try {
 820             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 821                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 822                 return false;
 823             }
 824             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 825                     .equals( "RAT" ) ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445",
 832                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 833                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445",
 837                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 838                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 839                 return false;
 840             }
 841             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445",
 842                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 843                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445",
 847                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 848                 return false;
 849             }
 850             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445",
 851                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 852                 return false;
 853             }
 854             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445",
 855                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445",
 859                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 860                 return false;
 861             }
 862             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445",
 863                                                                TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ).equals( "RAT" ) ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445",
 867                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 868                 return false;
 869             }
 870             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445",
 871                                                               TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED ) != null ) {
 872                 return false;
 873             }
 874             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 875                     .equals( "RAT" ) ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 879                     .equals( "PIG" ) ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( !ParserUtils
 883                     .extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED )
 884                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 885                 return false;
 886             }
 887             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT )
 888                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891         }
 892         catch ( final Exception e ) {
 893             e.printStackTrace( System.out );
 894             return false;
 895         }
 896         return true;
 897     }
 898
 899     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 900         try {
 901             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 905             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 906                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 907             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 908                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 909             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 910                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
 911             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !n3.isExternal() ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !n3.isRoot() ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932         }
 933         catch ( final Exception e ) {
 934             e.printStackTrace( System.out );
 935             return false;
 936         }
 937         return true;
 938     }
 939
 940     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 941         try {
 942             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 943             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 944             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 945                                                               xml_parser );
 946             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 947                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 948                 return false;
 949             }
 950             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 954             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 955             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 956             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 957             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !t1.isRooted() ) {
 961                 return false;
 962             }
 963             if ( t1.isRerootable() ) {
 964                 return false;
 965             }
 966             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 967                 return false;
 968             }
 969             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 976                 return false;
 977             }
 978             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 991                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 995                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 999                 return false;
1000             }
1001             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1011                 return false;
1012             }
1013             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1014                 return false;
1015             }
1016             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1023                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1024                 return false;
1025             }
1026             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1027                 return false;
1028             }
1029             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1030                 return false;
1031             }
1032             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
1033                 return false;
1034             }
1035             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1036                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1037                 return false;
1038             }
1039             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1040                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1041                 return false;
1042             }
1043             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1044                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1045                 return false;
1046             }
1047             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1048                     .equals( "experimental" ) ) {
1049                 return false;
1050             }
1051             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1052                     .equals( "function" ) ) {
1053                 return false;
1054             }
1055             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1056                     .getValue() != 1 ) {
1057                 return false;
1058             }
1059             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1060                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1061                 return false;
1062             }
1063             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1064                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1065                 return false;
1066             }
1067             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1068                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1069                 return false;
1070             }
1071             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1072                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1073                 return false;
1074             }
1075             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1076                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1077                 return false;
1078             }
1079             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1080                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1081                 return false;
1082             }
1083             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1084                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1085                 return false;
1086             }
1087             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1088                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1092                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1093                 return false;
1094             }
1095             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1096                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1097                 return false;
1098             }
1099             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1100                 return false;
1101             }
1102             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1103                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1107                 return false;
1108             }
1109         }
1110         catch ( final Exception e ) {
1111             e.printStackTrace( System.out );
1112             return false;
1113         }
1114         return true;
1115     }
1116
1117     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1118         try {
1119             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1120             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1121             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1122                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1123             }
1124             else {
1125                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1126             }
1127             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1128                                                               xml_parser );
1129             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1130                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1131                 return false;
1132             }
1133             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1134                 return false;
1135             }
1136             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1137             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1138             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1139                 return false;
1140             }
1141             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1142             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1143                 return false;
1144             }
1145             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1146                 return false;
1147             }
1148             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1149                 return false;
1150             }
1151             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1152                 return false;
1153             }
1154             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1155             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1156             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1157             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1158                 return false;
1159             }
1160             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1161                 return false;
1162             }
1163             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1170                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1174                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1178             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1179             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1180             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1181             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1185             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1201                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1202                 return false;
1203             }
1204             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1205                 return false;
1206             }
1207             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1208                 return false;
1209             }
1210             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1211                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1212                 return false;
1213             }
1214             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1215                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1219                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1220                 return false;
1221             }
1222             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1223                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1224                 return false;
1225             }
1226             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1227                     .equals( "experimental" ) ) {
1228                 return false;
1229             }
1230             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1231                     .equals( "function" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1235                     .getValue() != 1 ) {
1236                 return false;
1237             }
1238             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1239                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1240                 return false;
1241             }
1242             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1243                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1247                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1251                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1255                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1259                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1263                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1267                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1271                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1275                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1279                 return false;
1280             }
1281             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1282                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1283                 return false;
1284             }
1285             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1292                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1305                 return false;
1306             }
1307             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1308                     .equals( "ncbi" ) ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1315                     .getName().equals( "B" ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1319                     .getFrom() != 21 ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1326                     .getLength() != 24 ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1330                     .getConfidence() != 2144 ) {
1331                 return false;
1332             }
1333             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1334                     .equals( "pfam" ) ) {
1335                 return false;
1336             }
1337             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1338                 return false;
1339             }
1340             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1350             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1351                 return false;
1352             }
1353             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1354                 return false;
1355             }
1356             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1357                 return false;
1358             }
1359             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1366                 return false;
1367             }
1368             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1387                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1388                 ;
1389                 return false;
1390             }
1391             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1392                 return false;
1393             }
1394             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1395                 return false;
1396             }
1397             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1398                 return false;
1399             }
1400             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1401                 return false;
1402             }
1403             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1404                 return false;
1405             }
1406             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1407                 return false;
1408             }
1409             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1410                 return false;
1411             }
1412             //
1413             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1414                 return false;
1415             }
1416             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1417                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1424                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1434                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437         }
1438         catch ( final Exception e ) {
1439             e.printStackTrace( System.out );
1440             return false;
1441         }
1442         return true;
1443     }
1444
1445     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1446         try {
1447             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1448             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1449             try {
1450                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1451             }
1452             catch ( final Exception e ) {
1453                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1454             }
1455             if ( xml_parser == null ) {
1456                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1457                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1458                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1459                 }
1460                 else {
1461                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1462                 }
1463             }
1464             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1465                                                               xml_parser );
1466             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1467                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1474             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1475             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1476             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1477             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1478                 return false;
1479             }
1480             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1481                 return false;
1482             }
1483             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1484                 return false;
1485             }
1486             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1499             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( "errors:" );
1502                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1503                 return false;
1504             }
1505             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1506                 return false;
1507             }
1508             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1509                                                               xml_parser );
1510             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1511                 System.out.println( "errors:" );
1512                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1513                 return false;
1514             }
1515             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1516                 return false;
1517             }
1518             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1519                 return false;
1520             }
1521             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1522                                                               xml_parser );
1523             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1524                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1525                 return false;
1526             }
1527             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1528                 return false;
1529             }
1530             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1531             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1535                 return false;
1536             }
1537             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1538                 return false;
1539             }
1540             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1541                 return false;
1542             }
1543             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1544                                                               xml_parser );
1545             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1546                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1547                 return false;
1548             }
1549             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1550                 return false;
1551             }
1552             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1553             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1554                 return false;
1555             }
1556             s.getNode( "first" );
1557             s.getNode( "<>" );
1558             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1559             s.getNode( "'''\"" );
1560             s.getNode( "\"\"\"" );
1561             s.getNode( "dick & doof" );
1562         }
1563         catch ( final Exception e ) {
1564             e.printStackTrace( System.out );
1565             return false;
1566         }
1567         return true;
1568     }
1569
1570     private static boolean testBasicTable() {
1571         try {
1572             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1573             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1574                 return false;
1575             }
1576             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1577                 return false;
1578             }
1579             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1580             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1581             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1582             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1583             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1584             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1585             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1586             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1587             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1591                 return false;
1592             }
1593             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1603                 return false;
1604             }
1605             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1606                 return false;
1607             }
1608             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1618             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1619             source.append( "" + l );
1620             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1621             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1622             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1623             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1624             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1625             source.append( "40 41 42 43" + l );
1626             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1627             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1628             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1629             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1639                 return false;
1640             }
1641             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1642                 return false;
1643             }
1644             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1645                 return false;
1646             }
1647             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1648             source1.append( "" + l );
1649             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1650             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1651             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1652             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1653             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1654             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1655             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1656             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1657             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1658             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1659                 return false;
1660             }
1661             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1662                 return false;
1663             }
1664             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1665                 return false;
1666             }
1667             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1668                 return false;
1669             }
1670             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1671                 return false;
1672             }
1673             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1674                 return false;
1675             }
1676             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1677                 return false;
1678             }
1679             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1683             source2.append( "" + l );
1684             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1685             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1686             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1687             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1688             source2.append( "                     " + l );
1689             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1690             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1691             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1692             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1693             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1694                                                                         ";",
1695                                                                         false,
1696                                                                         false,
1697                                                                         "comment:",
1698                                                                         false );
1699             if ( tl.size() != 2 ) {
1700                 return false;
1701             }
1702             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1703             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1704             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722         }
1723         catch ( final Exception e ) {
1724             e.printStackTrace( System.out );
1725             return false;
1726         }
1727         return true;
1728     }
1729
1730     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1731         try {
1732             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1733             final TolParser parser = new TolParser();
1734             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1735             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1736                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1740                 return false;
1741             }
1742             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1743             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t1.isRooted() ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1759                 return false;
1760             }
1761             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1762             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1763                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1770             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1771                 return false;
1772             }
1773             if ( !t2.isRooted() ) {
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1780                 return false;
1781             }
1782             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1792                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1793                 return false;
1794             }
1795             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1796             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1797                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1798                 return false;
1799             }
1800             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1801                 return false;
1802             }
1803             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1804             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1811                 return false;
1812             }
1813             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1814                 return false;
1815             }
1816             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1817             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1818                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1825             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1829                 return false;
1830             }
1831             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1835                 return false;
1836             }
1837             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1838             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1839                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1840                 return false;
1841             }
1842             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1846             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1856                 return false;
1857             }
1858         }
1859         catch ( final Exception e ) {
1860             e.printStackTrace( System.out );
1861             return false;
1862         }
1863         return true;
1864     }
1865
1866     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1867         try {
1868             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1869             final Phylogeny t1 = factory.create();
1870             if ( !t1.isEmpty() ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1874             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1875                 return false;
1876             }
1877             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1878                 return false;
1879             }
1880             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1881                 return false;
1882             }
1883             if ( t2.isEmpty() ) {
1884                 return false;
1885             }
1886             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1887             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1888                 return false;
1889             }
1890             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1894                 return false;
1895             }
1896             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1897             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1898             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1899                 return false;
1900             }
1901             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1902                 return false;
1903             }
1904             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1905                 return false;
1906             }
1907             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1908             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1909             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1913                 return false;
1914             }
1915             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1916             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1917             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1921             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1922             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1926             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1927             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1928                 return false;
1929             }
1930             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1931                 return false;
1932             }
1933             final char[] a9 = new char[] { 'a' };
1934             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1935             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1936                 return false;
1937             }
1938             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1939             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1940             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943         }
1944         catch ( final Exception e ) {
1945             e.printStackTrace( System.out );
1946             return false;
1947         }
1948         return true;
1949     }
1950
1951     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1952         try {
1953             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1954             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1955             final Phylogeny[] ev0 = factory
1956                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1957                              new NHXParser() );
1958             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1959             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1966             final Phylogeny[] ev1 = factory
1967                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1968                              new NHXParser() );
1969             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1970             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1974                 return false;
1975             }
1976             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1977             final Phylogeny[] ev_b = factory
1978                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1979                              new NHXParser() );
1980             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1981             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1982                 return false;
1983             }
1984             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1985                 return false;
1986             }
1987             //
1988             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1989             final Phylogeny[] ev1x = factory
1990                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1991                              new NHXParser() );
1992             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1993             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1994                 return false;
1995             }
1996             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1997                 return false;
1998             }
1999             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2000             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2001                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2002                              new NHXParser() );
2003             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2004             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2005                 return false;
2006             }
2007             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2008                 return false;
2009             }
2010             //
2011             final Phylogeny[] t2 = factory
2012                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2013                              new NHXParser() );
2014             final Phylogeny[] ev2 = factory
2015                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2016                              new NHXParser() );
2017             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2018                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2019             }
2020             //
2021             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2022                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2023             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2024             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2025             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2029                 return false;
2030             }
2031             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2032                 return false;
2033             }
2034         }
2035         catch ( final Exception e ) {
2036             e.printStackTrace();
2037             return false;
2038         }
2039         return true;
2040     }
2041
2042     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2043         try {
2044             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2045                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2046             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2047             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050         }
2051         catch ( final Exception e ) {
2052             e.printStackTrace();
2053             return false;
2054         }
2055         return true;
2056     }
2057
2058     private static boolean testDataObjects() {
2059         try {
2060             final Confidence s0 = new Confidence();
2061             final Confidence s1 = new Confidence();
2062             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2063                 return false;
2064             }
2065             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2066             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2067             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2068                 return false;
2069             }
2070             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2071                 return false;
2072             }
2073             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2074             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2075                 return false;
2076             }
2077             s3.asSimpleText();
2078             s3.asText();
2079             // Taxonomy
2080             // ----------
2081             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2082             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2083             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2084             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2085             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2086             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2087             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2088             t1.setScientificName( "E. coli" );
2089             t1.setCommonName( "coli" );
2090             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2091             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2092                 return false;
2093             }
2094             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2095             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2096             t2.setScientificName( "what" );
2097             t2.setCommonName( "something" );
2098             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2099                 return false;
2100             }
2101             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2102             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             t1.setIdentifier( null );
2106             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2107             t3.setScientificName( "what" );
2108             t3.setCommonName( "something" );
2109             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2110                 return false;
2111             }
2112             t1.setIdentifier( null );
2113             t1.setTaxonomyCode( "" );
2114             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2115             t4.setCommonName( "something" );
2116             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2117                 return false;
2118             }
2119             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2120             t4.setCommonName( "something" );
2121             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2122                 return false;
2123             }
2124             t1.setIdentifier( null );
2125             t1.setTaxonomyCode( "" );
2126             t1.setScientificName( "" );
2127             t5.setCommonName( "COLI" );
2128             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2129                 return false;
2130             }
2131             t5.setCommonName( "vibrio" );
2132             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             // Identifier
2136             // ----------
2137             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2138             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2139             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2146                 return false;
2147             }
2148             id1.asSimpleText();
2149             id1.asText();
2150             // ProteinDomain
2151             // ---------------
2152             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2153             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2154             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2155                 return false;
2156             }
2157             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2158                 return false;
2159             }
2160             pd1.asSimpleText();
2161             pd1.asText();
2162             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2163             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2164             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2165                 return false;
2166             }
2167             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2168                 return false;
2169             }
2170             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2171                 return false;
2172             }
2173             pd3.asSimpleText();
2174             pd3.asText();
2175             // DomainArchitecture
2176             // ------------------
2177             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2178             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2179             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2180             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2181             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2182             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2183             domains0.add( d2 );
2184             domains0.add( d0 );
2185             domains0.add( d3 );
2186             domains0.add( d1 );
2187             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2188             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2192             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2202             domains1.add( d1 );
2203             domains1.add( d2 );
2204             domains1.add( d4 );
2205             domains1.add( d0 );
2206             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2207             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             ds1.asSimpleText();
2211             ds1.asText();
2212             ds1.toNHX();
2213             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2214             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2215                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2216                 return false;
2217             }
2218             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             // Event
2222             // -----
2223             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2224             if ( e1.isDuplication() ) {
2225                 return false;
2226             }
2227             if ( !e1.isFusion() ) {
2228                 return false;
2229             }
2230             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2231                 return false;
2232             }
2233             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2237             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2238                 return false;
2239             }
2240             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2244             if ( e2.isDuplication() ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2251                 return false;
2252             }
2253             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2263             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2267             if ( e3.isDuplication() ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( e3.isSpeciation() ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2277                 return false;
2278             }
2279             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2280             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2281             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             e3 = null;
2285             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2289             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2290                 return false;
2291             }
2292             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2293                 return false;
2294             }
2295             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2296             e4 = null;
2297             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2298             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2299                 return false;
2300             }
2301             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2302                 return false;
2303             }
2304             final Event e5 = new Event();
2305             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2306                 return false;
2307             }
2308             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2315             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2316                 return false;
2317             }
2318             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2319                 return false;
2320             }
2321             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2322             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2329             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335         }
2336         catch ( final Exception e ) {
2337             e.printStackTrace( System.out );
2338             return false;
2339         }
2340         return true;
2341     }
2342
2343     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2344         try {
2345             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2346             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2347             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2348             if ( t0.isEmpty() ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2355             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             if ( !t0.isEmpty() ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2362             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2366             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2373             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2377             if ( !t1.isEmpty() ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2381             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2385             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             t2.toNewHampshireX();
2389             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2390             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2391                 return false;
2392             }
2393             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2394             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2395                 return false;
2396             }
2397             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2398             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2402             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2406             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             n = t3.getNode( "A" );
2410             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             n = n.getNextExternalNode();
2414             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2418             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             n = t3.getNode( "C" );
2422             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2426             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2430             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2434             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2438             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2442             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2446             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2450             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             n = t4.getNode( "A" );
2454             n = n.getNextExternalNode();
2455             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             n = n.getNextExternalNode();
2459             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2463             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2467             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2468             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2472             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2476             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2477             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2481             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2485             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2486             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2490             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2494             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2495             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2499             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2503             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2504             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2508             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2512             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2513             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2517             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2521             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2522             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2526             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2530             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2534             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2538             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2539             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2543             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2544                 return false;
2545             }
2546             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2547             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2548                 return false;
2549             }
2550             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2551             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2555             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2559             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2560                 return false;
2561             }
2562             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2563             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2567             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2571             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2575             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2579             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2583             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2587             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2595             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2596             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2600             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2604             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2605             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2606                 return false;
2607             }
2608             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2609             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2610                 return false;
2611             }
2612             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2613             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2614             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2618             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2619                 return false;
2620             }
2621             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2622             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2623                 return false;
2624             }
2625             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2626             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2630             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2631                 return false;
2632             }
2633             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2634             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2635                 return false;
2636             }
2637         }
2638         catch ( final Exception e ) {
2639             e.printStackTrace( System.out );
2640             return false;
2641         }
2642         return true;
2643     }
2644
2645     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2646         try {
2647             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2648             dss1.addValue( 82 );
2649             dss1.addValue( 78 );
2650             dss1.addValue( 70 );
2651             dss1.addValue( 58 );
2652             dss1.addValue( 42 );
2653             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2654                 return false;
2655             }
2656             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2657                 return false;
2658             }
2659             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2666                 return false;
2667             }
2668             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2669                 return false;
2670             }
2671             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2672                 return false;
2673             }
2674             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2675                 return false;
2676             }
2677             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2678                 return false;
2679             }
2680             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2681                 return false;
2682             }
2683             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2684                 return false;
2685             }
2686             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2687                 return false;
2688             }
2689             dss1.addValue( 123 );
2690             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2691                 return false;
2692             }
2693             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2700             dss2.addValue( -1.85 );
2701             dss2.addValue( 57.5 );
2702             dss2.addValue( 92.78 );
2703             dss2.addValue( 57.78 );
2704             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2708                 return false;
2709             }
2710             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2711             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             dss2.addValue( -100 );
2715             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             final double[] ds = new double[ 14 ];
2722             ds[ 0 ] = 34;
2723             ds[ 1 ] = 23;
2724             ds[ 2 ] = 1;
2725             ds[ 3 ] = 32;
2726             ds[ 4 ] = 11;
2727             ds[ 5 ] = 2;
2728             ds[ 6 ] = 12;
2729             ds[ 7 ] = 33;
2730             ds[ 8 ] = 13;
2731             ds[ 9 ] = 22;
2732             ds[ 10 ] = 21;
2733             ds[ 11 ] = 35;
2734             ds[ 12 ] = 24;
2735             ds[ 13 ] = 31;
2736             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2737             if ( bins.length != 4 ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2741                 return false;
2742             }
2743             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2747                 return false;
2748             }
2749             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2750                 return false;
2751             }
2752             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2753             ds1[ 0 ] = 10.0;
2754             ds1[ 1 ] = 19.0;
2755             ds1[ 2 ] = 9.999;
2756             ds1[ 3 ] = 0.0;
2757             ds1[ 4 ] = 39.9;
2758             ds1[ 5 ] = 39.999;
2759             ds1[ 6 ] = 30.0;
2760             ds1[ 7 ] = 19.999;
2761             ds1[ 8 ] = 30.1;
2762             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2763             if ( bins1.length != 4 ) {
2764                 return false;
2765             }
2766             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2767                 return false;
2768             }
2769             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2770                 return false;
2771             }
2772             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2773                 return false;
2774             }
2775             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2776                 return false;
2777             }
2778             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2779             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2780                 return false;
2781             }
2782             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2783                 return false;
2784             }
2785             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2786                 return false;
2787             }
2788             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2789                 return false;
2790             }
2791             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2792             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2793                 return false;
2794             }
2795             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2796                 return false;
2797             }
2798             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2799                 return false;
2800             }
2801             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2802                 return false;
2803             }
2804             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2805             dss3.addValue( 1 );
2806             dss3.addValue( 1 );
2807             dss3.addValue( 1 );
2808             dss3.addValue( 2 );
2809             dss3.addValue( 3 );
2810             dss3.addValue( 4 );
2811             dss3.addValue( 5 );
2812             dss3.addValue( 5 );
2813             dss3.addValue( 5 );
2814             dss3.addValue( 6 );
2815             dss3.addValue( 7 );
2816             dss3.addValue( 8 );
2817             dss3.addValue( 9 );
2818             dss3.addValue( 10 );
2819             dss3.addValue( 10 );
2820             dss3.addValue( 10 );
2821             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2822             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2823             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2824         }
2825         catch ( final Exception e ) {
2826             e.printStackTrace( System.out );
2827             return false;
2828         }
2829         return true;
2830     }
2831
2832     private static boolean testDir( final String file ) {
2833         try {
2834             final File f = new File( file );
2835             if ( !f.exists() ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             if ( !f.isDirectory() ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             if ( !f.canRead() ) {
2842                 return false;
2843             }
2844         }
2845         catch ( final Exception e ) {
2846             return false;
2847         }
2848         return true;
2849     }
2850
2851     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2852         try {
2853             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2854             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2855             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2856             n = n.getNextExternalNode();
2857             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2858                 return false;
2859             }
2860             n = n.getNextExternalNode();
2861             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2862                 return false;
2863             }
2864             n = n.getNextExternalNode();
2865             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2866                 return false;
2867             }
2868             n = t1.getNode( "B" );
2869             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2870                 n = n.getNextExternalNode();
2871             }
2872             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2873             n = t2.getNode( "A" );
2874             n = n.getNextExternalNode();
2875             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             n = n.getNextExternalNode();
2879             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             n = n.getNextExternalNode();
2883             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2884                 return false;
2885             }
2886             n = t2.getNode( "B" );
2887             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2888                 n = n.getNextExternalNode();
2889             }
2890             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2891             n = t3.getNode( "A" );
2892             n = n.getNextExternalNode();
2893             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2894                 return false;
2895             }
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = n.getNextExternalNode();
2909             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             n = n.getNextExternalNode();
2913             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2914                 return false;
2915             }
2916             n = n.getNextExternalNode();
2917             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2918                 return false;
2919             }
2920             n = t3.getNode( "B" );
2921             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2922                 n = n.getNextExternalNode();
2923             }
2924             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2925             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2926                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2927             }
2928             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2929             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2930                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2931             }
2932             final Phylogeny t6 = factory.create( "((((((A))),(((B))),((C)),((((D)))),E)),((F)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2933             final PhylogenyNodeIterator iter = t6.iteratorExternalForward();
2934             if ( !iter.next().getName().equals( "A" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             if ( !iter.next().getName().equals( "B" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             if ( !iter.next().getName().equals( "C" ) ) {
2941                 return false;
2942             }
2943             if ( !iter.next().getName().equals( "D" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             if ( !iter.next().getName().equals( "E" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !iter.next().getName().equals( "F" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             if ( iter.hasNext() ) {
2953                 return false;
2954             }
2955         }
2956         catch ( final Exception e ) {
2957             e.printStackTrace( System.out );
2958             return false;
2959         }
2960         return true;
2961     }
2962
2963     private static boolean testGeneralTable() {
2964         try {
2965             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2966             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2967             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2968             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2969             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2970             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2971             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2972             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2973             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2974             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2975                 return false;
2976             }
2977             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2978                 return false;
2979             }
2980             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2981                 return false;
2982             }
2983             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2984                 return false;
2985             }
2986             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2987                 return false;
2988             }
2989             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2990                 return false;
2991             }
2992             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3002             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3003             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3004             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3005             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3006             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3007             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3008             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3009             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3010             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3011             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041         }
3042         catch ( final Exception e ) {
3043             e.printStackTrace( System.out );
3044             return false;
3045         }
3046         return true;
3047     }
3048
3049     private static boolean testGetDistance() {
3050         try {
3051             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3052             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3053                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3054             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3055                 return false;
3056             }
3057             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3058                 return false;
3059             }
3060             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3061                 return false;
3062             }
3063             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3064                 return false;
3065             }
3066             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3067                 return false;
3068             }
3069             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3070                 return false;
3071             }
3072             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3148                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3149             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3153                 return false;
3154             }
3155             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3156                 return false;
3157             }
3158             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3159                 return false;
3160             }
3161             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3165                 return false;
3166             }
3167             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( PhylogenyMethods.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182         }
3183         catch ( final Exception e ) {
3184             e.printStackTrace( System.out );
3185             return false;
3186         }
3187         return true;
3188     }
3189
3190     private static boolean testGetLCA() {
3191         try {
3192             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3193             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3194                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3195             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3196             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3197                 return false;
3198             }
3199             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3200             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3201                 return false;
3202             }
3203             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3204             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3205                 return false;
3206             }
3207             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3208             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3209                 return false;
3210             }
3211             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3212             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3213                 return false;
3214             }
3215             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3216             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3220             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3224             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3228             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3232             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3236             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3240             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3244             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3248             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3252             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3256             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3260             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3264             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3268             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3272             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3276             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3280             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3284             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3288             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3289             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3290                 return false;
3291             }
3292             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3293             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3294                 return false;
3295             }
3296             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3297             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3301             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3305             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3306                 return false;
3307             }
3308             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3309             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3313             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3317             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final Phylogeny p3 = factory
3321                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3322                              new NHXParser() )[ 0 ];
3323             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3324             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3328             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3332             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3336             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3340             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3341                 return false;
3342             }
3343             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3347             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             if ( !al_3.isRoot() ) {
3351                 return false;
3352             }
3353             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3354             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3355                 return false;
3356             }
3357             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3358                 return false;
3359             }
3360             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3361             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3362                 return false;
3363             }
3364             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3365                 return false;
3366             }
3367             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3368             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3369                 return false;
3370             }
3371             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3372             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3373             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3377             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3378             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3379                 return false;
3380             }
3381             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3382             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3383             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3387             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3388             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391         }
3392         catch ( final Exception e ) {
3393             e.printStackTrace( System.out );
3394             return false;
3395         }
3396         return true;
3397     }
3398
3399     private static boolean testGetLCA2() {
3400         try {
3401             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3402             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3403             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3404             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3405                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3406             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3407                 return false;
3408             }
3409             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3410             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3411             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3412                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3413             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3417                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3418             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3422             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3423             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3424                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3425             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3426                 return false;
3427             }
3428             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3429                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3430             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3431                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3432                 System.exit( -1 );
3433                 return false;
3434             }
3435             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3436                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3437             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3441                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3442             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3443                 return false;
3444             }
3445             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3446                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3447             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3448             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3449                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3450             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3454                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3455             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3456                 return false;
3457             }
3458             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3459                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3460             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3461                 return false;
3462             }
3463             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3464                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3465             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3469                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3470             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3474                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3475             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3476                 return false;
3477             }
3478             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3479                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3480             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3484                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3485             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3489                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3490             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3491                 return false;
3492             }
3493             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3494                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3495             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3496                 return false;
3497             }
3498             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3499                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3500             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3504                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3505             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3509                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3510             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3514                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3515             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3519                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3520             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3524                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3525             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3529                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3530             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3534                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3535             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3539                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3540             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3544                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3545             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3546                 return false;
3547             }
3548             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3549                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3550             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3554                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3555             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3559                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3560             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3561                 return false;
3562             }
3563             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3564             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3565             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3566                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3567             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3571                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3572             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3576                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3577             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3581                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3582             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3583                 return false;
3584             }
3585             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3586                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3587             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3591                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3592             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3596                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3597             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3598                 return false;
3599             }
3600             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3601                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3602             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             final Phylogeny p3 = factory
3606                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3607                              new NHXParser() )[ 0 ];
3608             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3609             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3610                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3611             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3615                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3616             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3620                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3621             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3622                 return false;
3623             }
3624             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3625                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3626             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3630                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3631             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3638                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3639             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             if ( !al_3.isRoot() ) {
3643                 return false;
3644             }
3645             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3646                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3647             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3654                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3655             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3656                 return false;
3657             }
3658             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3659                 return false;
3660             }
3661             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3662                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3663             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3664                 return false;
3665             }
3666             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3667             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3668             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3669                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3670             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3674             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3675             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3676                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3677             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3678                 return false;
3679             }
3680             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3681             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3682             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3683                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3684             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3685                 return false;
3686             }
3687             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3688             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3689             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3690                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3691             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3692                 return false;
3693             }
3694             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3695                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3696             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3697                 return false;
3698             }
3699             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3700                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3701             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3702                 return false;
3703             }
3704             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3705                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3706             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3710                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3711             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3715                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3716             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3717                 return false;
3718             }
3719         }
3720         catch ( final Exception e ) {
3721             e.printStackTrace( System.out );
3722             return false;
3723         }
3724         return true;
3725     }
3726
3727     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3728         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3729         try {
3730             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3731                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3732             parser1.parse();
3733             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3734                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3735             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3736             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3737                 return false;
3738             }
3739             if ( proteins.size() != 4 ) {
3740                 return false;
3741             }
3742             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3743                 return false;
3744             }
3745             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3746                 return false;
3747             }
3748             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3749                 return false;
3750             }
3751             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3752             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3753                 return false;
3754             }
3755             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3759             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3760                 return false;
3761             }
3762             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3763                 return false;
3764             }
3765             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3766             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3770             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800         }
3801         catch ( final Exception e ) {
3802             e.printStackTrace( System.out );
3803             return false;
3804         }
3805         return true;
3806     }
3807
3808     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3809         try {
3810             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3811             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3812             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3813             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3814             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3815                 return false;
3816             }
3817             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3818             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3819                 return false;
3820             }
3821             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3822             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3826             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3827                 return false;
3828             }
3829         }
3830         catch ( final Exception e ) {
3831             e.printStackTrace( System.out );
3832             return false;
3833         }
3834         return true;
3835     }
3836
3837     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3838         try {
3839             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3840             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3841             PhylogenyNodeIterator it0;
3842             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3843                 it0.next();
3844             }
3845             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3846                 it0.next();
3847             }
3848             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3849             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             if ( it.hasNext() ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3874                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3875             PhylogenyNodeIterator it2;
3876             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3877                 it2.next();
3878             }
3879             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3880                 it2.next();
3881             }
3882             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3883             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3884                 return false;
3885             }
3886             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3887                 return false;
3888             }
3889             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3890                 return false;
3891             }
3892             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3893                 return false;
3894             }
3895             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3896                 return false;
3897             }
3898             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3899                 return false;
3900             }
3901             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3902                 return false;
3903             }
3904             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3905                 return false;
3906             }
3907             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3908                 return false;
3909             }
3910             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3911                 return false;
3912             }
3913             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3914                 return false;
3915             }
3916             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3926                 return false;
3927             }
3928             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3938                 return false;
3939             }
3940             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3941                 return false;
3942             }
3943             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3944                 return false;
3945             }
3946             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3950                 return false;
3951             }
3952             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( it3.hasNext() ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3962             PhylogenyNodeIterator it4;
3963             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3964                 it4.next();
3965             }
3966             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3967                 it4.next();
3968             }
3969             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3970             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3986             PhylogenyNodeIterator it6;
3987             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3988                 it6.next();
3989             }
3990             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3991                 it6.next();
3992             }
3993             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3994             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( it.hasNext() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000         }
4001         catch ( final Exception e ) {
4002             e.printStackTrace( System.out );
4003             return false;
4004         }
4005         return true;
4006     }
4007
4008     private static boolean testNodeRemoval() {
4009         try {
4010             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4011             final Phylogeny t0 = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
4012             PhylogenyMethods.removeNode( t0.getNode( "b" ), t0 );
4013             if ( !t0.toNewHampshire().equals( "(a);" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             final Phylogeny t1 = factory.create( "((a:2)b:4)", new NHXParser() )[ 0 ];
4017             PhylogenyMethods.removeNode( t1.getNode( "b" ), t1 );
4018             if ( !t1.toNewHampshire().equals( "(a:6.0);" ) ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             final Phylogeny t2 = factory.create( "((a,b),c)", new NHXParser() )[ 0 ];
4022             PhylogenyMethods.removeNode( t2.getNode( "b" ), t2 );
4023             if ( !t2.toNewHampshire().equals( "((a),c);" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026         }
4027         catch ( final Exception e ) {
4028             e.printStackTrace( System.out );
4029             return false;
4030         }
4031         return true;
4032     }
4033
4034     private static boolean testMidpointrooting() {
4035         try {
4036             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4037             final Phylogeny t0 = factory.create( "(A:1,B:4,C:2,D:2,E:6,F:1,G:1,H:1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4038             PhylogenyMethods.midpointRoot( t0 );
4039             if ( !isEqual( t0.getNode( "E" ).getDistanceToParent(), 5 ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !isEqual( t0.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( !isEqual( PhylogenyMethods.calculateLCA( t0.getNode( "F" ), t0.getNode( "G" ) ).getDistanceToParent(),
4046                            1 ) ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
4050                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
4051             if ( !t1.isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4055             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
4074             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
4075             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4076                 return false;
4077             }
4078             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
4079                 return false;
4080             }
4081             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4082                 return false;
4083             }
4084             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
4085                 return false;
4086             }
4087             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
4088                 System.exit( -1 );
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094         }
4095         catch ( final Exception e ) {
4096             e.printStackTrace( System.out );
4097             return false;
4098         }
4099         return true;
4100     }
4101
4102     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
4103         try {
4104             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
4105             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4106             parser.parse();
4107             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4108             if ( labels.length != 7 ) {
4109                 return false;
4110             }
4111             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4112                 return false;
4113             }
4114             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4115                 return false;
4116             }
4117             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4118                 return false;
4119             }
4120             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4121                 return false;
4122             }
4123             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4124                 return false;
4125             }
4126             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4127                 return false;
4128             }
4129             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4133             parser.parse();
4134             labels = parser.getCharStateLabels();
4135             if ( labels.length != 7 ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4157                 return false;
4158             }
4159         }
4160         catch ( final Exception e ) {
4161             e.printStackTrace( System.out );
4162             return false;
4163         }
4164         return true;
4165     }
4166
4167     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4168         try {
4169             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4170             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4171             parser.parse();
4172             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4173             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4174                 return false;
4175             }
4176             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4177                 return false;
4178             }
4179             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4180                 return false;
4181             }
4182             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4183                 return false;
4184             }
4185             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4186                 return false;
4187             }
4188             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4189                 return false;
4190             }
4191             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             //            if ( labels.length != 7 ) {
4201             //                return false;
4202             //            }
4203             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4204             //                return false;
4205             //            }
4206             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4207             //                return false;
4208             //            }
4209             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4210             //                return false;
4211             //            }
4212             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4213             //                return false;
4214             //            }
4215             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4216             //                return false;
4217             //            }
4218             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4219             //                return false;
4220             //            }
4221             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4222             //                return false;
4223             //            }
4224             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4225             //            parser.parse();
4226             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4227             //            if ( labels.length != 7 ) {
4228             //                return false;
4229             //            }
4230             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4231             //                return false;
4232             //            }
4233             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4234             //                return false;
4235             //            }
4236             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4237             //                return false;
4238             //            }
4239             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4240             //                return false;
4241             //            }
4242             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4243             //                return false;
4244             //            }
4245             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4246             //                return false;
4247             //            }
4248             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4249             //                return false;
4250             //            }
4251         }
4252         catch ( final Exception e ) {
4253             e.printStackTrace( System.out );
4254             return false;
4255         }
4256         return true;
4257     }
4258
4259     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4260         try {
4261             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4262             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4263             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4264             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4265                 return false;
4266             }
4267             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4268                 return false;
4269             }
4270             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4271                 return false;
4272             }
4273             phylogenies = null;
4274             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4275             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             phylogenies = null;
4285             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4286             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4293                 return false;
4294             }
4295             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             phylogenies = null;
4299             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4300             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4304                 return false;
4305             }
4306             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4310                 return false;
4311             }
4312             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4313                 return false;
4314             }
4315             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4319                 return false;
4320             }
4321             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4325                 return false;
4326             }
4327             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4328                 return false;
4329             }
4330             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4349                 return false;
4350             }
4351             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4370                 return false;
4371             }
4372             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4373                 return false;
4374             }
4375             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4376                 return false;
4377             }
4378             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4379                 return false;
4380             }
4381             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4382                 return false;
4383             }
4384             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4385                 return false;
4386             }
4387             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4388                 return false;
4389             }
4390             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4394                 return false;
4395             }
4396             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4400                 return false;
4401             }
4402             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4403                 return false;
4404             }
4405             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4415                 return false;
4416             }
4417             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4418                 return false;
4419             }
4420             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4421                 return false;
4422             }
4423         }
4424         catch ( final Exception e ) {
4425             e.printStackTrace( System.out );
4426             return false;
4427         }
4428         return true;
4429     }
4430
4431     private static boolean testNexusTreeParsingIterating() {
4432         try {
4433             final NexusPhylogeniesParser p = new NexusPhylogeniesParser();
4434             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex" );
4435             if ( !p.hasNext() ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             Phylogeny phy = p.next();
4439             if ( phy == null ) {
4440                 return false;
4441             }
4442             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4443                 return false;
4444             }
4445             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             if ( p.hasNext() ) {
4449                 return false;
4450             }
4451             phy = p.next();
4452             if ( phy != null ) {
4453                 return false;
4454             }
4455             //
4456             p.reset();
4457             if ( !p.hasNext() ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             phy = p.next();
4461             if ( phy == null ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4465                 return false;
4466             }
4467             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4468                 return false;
4469             }
4470             if ( p.hasNext() ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             phy = p.next();
4474             if ( phy != null ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             ////
4478             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex" );
4479             if ( !p.hasNext() ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             phy = p.next();
4483             if ( phy == null ) {
4484                 return false;
4485             }
4486             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4487                 return false;
4488             }
4489             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( p.hasNext() ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             phy = p.next();
4496             if ( phy != null ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             //
4500             p.reset();
4501             if ( !p.hasNext() ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             phy = p.next();
4505             if ( phy == null ) {
4506                 return false;
4507             }
4508             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             if ( !phy.getName().equals( "name" ) ) {
4512                 return false;
4513             }
4514             if ( p.hasNext() ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             phy = p.next();
4518             if ( phy != null ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             ////
4522             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex" );
4523             if ( !p.hasNext() ) {
4524                 return false;
4525             }
4526             phy = p.next();
4527             if ( phy == null ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4534                 return false;
4535             }
4536             if ( phy.isRooted() ) {
4537                 return false;
4538             }
4539             if ( p.hasNext() ) {
4540                 return false;
4541             }
4542             phy = p.next();
4543             if ( phy != null ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             //
4547             p.reset();
4548             if ( !p.hasNext() ) {
4549                 return false;
4550             }
4551             phy = p.next();
4552             if ( phy == null ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4556                 return false;
4557             }
4558             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4559                 return false;
4560             }
4561             if ( p.hasNext() ) {
4562                 return false;
4563             }
4564             phy = p.next();
4565             if ( phy != null ) {
4566                 return false;
4567             }
4568             ////
4569             p.setSource( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4_1.nex" );
4570             //            if ( phylogenies.length != 18 ) {
4571             //                return false;
4572             //            }
4573             //0
4574             if ( !p.hasNext() ) {
4575                 return false;
4576             }
4577             phy = p.next();
4578             if ( phy == null ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             //1
4588             if ( !p.hasNext() ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             phy = p.next();
4592             if ( phy == null ) {
4593                 return false;
4594             }
4595             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4596                 return false;
4597             }
4598             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             //2
4602             if ( !p.hasNext() ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             phy = p.next();
4606             if ( phy == null ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( phy.isRooted() ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             //3
4619             if ( !p.hasNext() ) {
4620                 return false;
4621             }
4622             phy = p.next();
4623             if ( phy == null ) {
4624                 return false;
4625             }
4626             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             if ( !phy.isRooted() ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             //4
4636             if ( !p.hasNext() ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             phy = p.next();
4640             if ( phy == null ) {
4641                 return false;
4642             }
4643             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4644                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4645                 return false;
4646             }
4647             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             if ( !phy.isRooted() ) {
4651                 return false;
4652             }
4653             //5
4654             if ( !p.hasNext() ) {
4655                 return false;
4656             }
4657             phy = p.next();
4658             if ( phy == null ) {
4659                 return false;
4660             }
4661             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4662                 return false;
4663             }
4664             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( phy.isRooted() ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             //6
4671             if ( !p.hasNext() ) {
4672                 return false;
4673             }
4674             phy = p.next();
4675             if ( phy == null ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
4679                 return false;
4680             }
4681             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( !phy.isRooted() ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             //7
4688             if ( !p.hasNext() ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             phy = p.next();
4692             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4696                 return false;
4697             }
4698             if ( !phy.isRooted() ) {
4699                 return false;
4700             }
4701             //8
4702             if ( !p.hasNext() ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             phy = p.next();
4706             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4707                 return false;
4708             }
4709             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((AA,BB),CC);" ) ) {
4710                 return false;
4711             }
4712             if ( !phy.getName().equals( "tree 8" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             //9
4716             if ( !p.hasNext() ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             phy = p.next();
4720             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),cc);" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             if ( !phy.getName().equals( "tree 9" ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             //10
4730             if ( !p.hasNext() ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             phy = p.next();
4734             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !phy.getName().equals( "tree 10" ) ) {
4741                 return false;
4742             }
4743             if ( !phy.isRooted() ) {
4744                 return false;
4745             }
4746             //11
4747             if ( !p.hasNext() ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             phy = p.next();
4751             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4752                 return false;
4753             }
4754             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((1,2),3);" ) ) {
4755                 return false;
4756             }
4757             if ( !phy.getName().equals( "tree 11" ) ) {
4758                 return false;
4759             }
4760             if ( phy.isRooted() ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             //12
4764             if ( !p.hasNext() ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             phy = p.next();
4768             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4769                 return false;
4770             }
4771             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((aa,bb),cc);" ) ) {
4772                 return false;
4773             }
4774             if ( !phy.getName().equals( "tree 12" ) ) {
4775                 return false;
4776             }
4777             if ( !phy.isRooted() ) {
4778                 return false;
4779             }
4780             //13
4781             if ( !p.hasNext() ) {
4782                 return false;
4783             }
4784             phy = p.next();
4785             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             if ( !phy.toNewHampshire().equals( "((a,b),c);" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !phy.getName().equals( "tree 13" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !phy.isRooted() ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             //14
4798             if ( !p.hasNext() ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             phy = p.next();
4802             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4803                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4804                 return false;
4805             }
4806             if ( !phy
4807                     .toNewHampshire()
4808                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4809                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( !phy.getName().equals( "tree 14" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !phy.isRooted() ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             //15
4819             if ( !p.hasNext() ) {
4820                 return false;
4821             }
4822             phy = p.next();
4823             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4824                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4825                 return false;
4826             }
4827             if ( !phy
4828                     .toNewHampshire()
4829                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4830                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( !phy.getName().equals( "tree 15" ) ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( phy.isRooted() ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             //16
4840             if ( !p.hasNext() ) {
4841                 return false;
4842             }
4843             phy = p.next();
4844             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4845                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !phy
4849                     .toNewHampshire()
4850                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4851                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( !phy.getName().equals( "tree 16" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( !phy.isRooted() ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             //17
4861             if ( !p.hasNext() ) {
4862                 return false;
4863             }
4864             phy = p.next();
4865             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4866                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( !phy
4870                     .toNewHampshire()
4871                     .equals( "(1:0.212481,8:0.297838,(9:0.222729,((6:0.201563,7:0.194547):0.282035,(4:1.146091,(3:1.008881,(10:0.384105,(2:0.235682,5:0.353432):0.32368):0.103875):0.41354):0.254687):0.095341):0.079254):0.0;" ) ) {
4872                 System.out.println( phy.toNewHampshire() );
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( !phy.getName().equals( "tree 17" ) ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( phy.isRooted() ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             //
4882             if ( p.hasNext() ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             phy = p.next();
4886             if ( phy != null ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             p.reset();
4890             //0
4891             if ( !p.hasNext() ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             phy = p.next();
4895             if ( phy == null ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( !phy.getName().equals( "tree 0" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             //1
4905             if ( !p.hasNext() ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             phy = p.next();
4909             if ( phy == null ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             if ( !phy.getName().equals( "tree 1" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             //2
4919             if ( !p.hasNext() ) {
4920                 return false;
4921             }
4922             phy = p.next();
4923             if ( phy == null ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4927                 return false;
4928             }
4929             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4930                 return false;
4931             }
4932             if ( phy.isRooted() ) {
4933                 return false;
4934             }
4935             //3
4936             if ( !p.hasNext() ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             phy = p.next();
4940             if ( phy == null ) {
4941                 return false;
4942             }
4943             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
4944                 return false;
4945             }
4946             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4947                 return false;
4948             }
4949             if ( !phy.isRooted() ) {
4950                 return false;
4951             }
4952             //4
4953             if ( !p.hasNext() ) {
4954                 return false;
4955             }
4956             phy = p.next();
4957             if ( phy == null ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
4961                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
4962                 return false;
4963             }
4964             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             if ( !phy.isRooted() ) {
4968                 return false;
4969             }
4970             //5
4971             if ( !p.hasNext() ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             phy = p.next();
4975             if ( phy == null ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4979                 return false;
4980             }
4981             if ( !phy.getName().equals( "" ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             if ( phy.isRooted() ) {
4985                 return false;
4986             }
4987         }
4988         catch ( final Exception e ) {
4989             e.printStackTrace( System.out );
4990             return false;
4991         }
4992         return true;
4993     }
4994
4995     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4996         try {
4997             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4998             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4999             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
5000             if ( phylogenies.length != 1 ) {
5001                 return false;
5002             }
5003             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5013                 return false;
5014             }
5015             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5016                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5017                 return false;
5018             }
5019             phylogenies = null;
5020             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
5021             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5022                 return false;
5023             }
5024             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5025                 return false;
5026             }
5027             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5034                 return false;
5035             }
5036             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5040                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5041                 return false;
5042             }
5043             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5044                 return false;
5045             }
5046             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5047                 return false;
5048             }
5049             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5050                 return false;
5051             }
5052             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5053                 return false;
5054             }
5055             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5056                 return false;
5057             }
5058             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5059                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5072                 return false;
5073             }
5074             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5075                 return false;
5076             }
5077             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5078                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             phylogenies = null;
5082             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
5083             if ( phylogenies.length != 3 ) {
5084                 return false;
5085             }
5086             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5087                 return false;
5088             }
5089             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
5090                 return false;
5091             }
5092             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
5093                 return false;
5094             }
5095             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5099                 return false;
5100             }
5101             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5102                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5118                 return false;
5119             }
5120             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5121                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5122                 return false;
5123             }
5124             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
5125                 return false;
5126             }
5127             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
5128                 return false;
5129             }
5130             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
5134                 return false;
5135             }
5136             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
5137                 return false;
5138             }
5139             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
5140                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143         }
5144         catch ( final Exception e ) {
5145             e.printStackTrace( System.out );
5146             return false;
5147         }
5148         return true;
5149     }
5150
5151     private static boolean testNHParsing() {
5152         try {
5153             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5154             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
5155             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
5156                 return false;
5157             }
5158             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
5159             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
5160             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
5161             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
5162             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
5163                 return false;
5164             }
5165             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             final Phylogeny p1b = factory
5169                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
5170                              new NHXParser() )[ 0 ];
5171             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
5172                 return false;
5173             }
5174             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
5175                 return false;
5176             }
5177             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5178             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
5179             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
5180             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5181             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
5182             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
5183             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
5184             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
5185             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
5186             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
5187             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
5188                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
5189                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
5190                                                     new NHXParser() );
5191             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
5192                 return false;
5193             }
5194             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
5195                 return false;
5196             }
5197             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
5198                 return false;
5199             }
5200             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
5204             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
5205             final String p16_S = "((A,B),C)";
5206             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
5207             if ( p16.length != 1 ) {
5208                 return false;
5209             }
5210             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
5211                 return false;
5212             }
5213             final String p17_S = "(C,(A,B))";
5214             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
5215             if ( p17.length != 1 ) {
5216                 return false;
5217             }
5218             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
5219                 return false;
5220             }
5221             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
5222             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
5223             if ( p18.length != 1 ) {
5224                 return false;
5225             }
5226             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
5230             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
5231             if ( p19.length != 1 ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
5235                 return false;
5236             }
5237             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
5238             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
5239             if ( p20.length != 1 ) {
5240                 return false;
5241             }
5242             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
5243                 return false;
5244             }
5245             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
5246             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
5247             if ( p21.length != 1 ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
5251                 return false;
5252             }
5253             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
5254             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
5255             if ( p22.length != 1 ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
5259                 return false;
5260             }
5261             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5262             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
5263             if ( p23.length != 1 ) {
5264                 System.out.println( "xl=" + p23.length );
5265                 System.exit( -1 );
5266                 return false;
5267             }
5268             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
5269                 return false;
5270             }
5271             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5272             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
5273             if ( p24.length != 1 ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5280             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5281             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
5282             if ( p241.length != 2 ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
5286                 return false;
5287             }
5288             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
5292                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
5293                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
5294                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
5295                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
5296                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
5297                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
5298                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
5299             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
5300             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             final String p26_S = "(A,B)ab";
5304             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
5305             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5309             final Phylogeny[] p27s = factory.create( p27_S, new NHXParser() );
5310             if ( p27s.length != 1 ) {
5311                 System.out.println( "xxl=" + p27s.length );
5312                 System.exit( -1 );
5313                 return false;
5314             }
5315             if ( !p27s[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5316                 System.out.println( p27s[ 0 ].toNewHampshireX() );
5317                 System.exit( -1 );
5318                 return false;
5319             }
5320             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
5321                                                     new NHXParser() );
5322             if ( p27.length != 1 ) {
5323                 System.out.println( "yl=" + p27.length );
5324                 System.exit( -1 );
5325                 return false;
5326             }
5327             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
5328                 System.out.println( p27[ 0 ].toNewHampshireX() );
5329                 System.exit( -1 );
5330                 return false;
5331             }
5332             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5333             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5334             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
5335             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
5336             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
5337                                                     new NHXParser() );
5338             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
5345                 return false;
5346             }
5347             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
5348                 return false;
5349             }
5350             if ( p28.length != 4 ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
5354             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
5355             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
5359             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
5360             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
5361                 return false;
5362             }
5363             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
5364             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
5365             if ( ( p32.length != 0 ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             final String p33_S = "A";
5369             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
5370             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             final String p34_S = "B;";
5374             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
5375             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             final String p35_S = "B:0.2";
5379             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
5380             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             final String p36_S = "(A)";
5384             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
5385             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
5386                 return false;
5387             }
5388             final String p37_S = "((A))";
5389             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
5390             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
5391                 return false;
5392             }
5393             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5394             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
5395             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
5399             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
5400             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             final String p40_S = "(A,B,C)";
5404             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
5405             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
5409             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
5410             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
5414             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
5415             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
5416                 return false;
5417             }
5418             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5419             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
5420             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5424             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
5425             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
5426                 return false;
5427             }
5428             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
5429             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
5430             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
5431                 return false;
5432             }
5433             final String p46_S = "";
5434             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
5435             if ( p46.length != 0 ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5439             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5440                 return false;
5441             }
5442             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5443             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5444                 return false;
5445             }
5446             final Phylogeny p49 = factory
5447                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
5448                              new NHXParser() )[ 0 ];
5449             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5453             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
5454                 return false;
5455             }
5456             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5457                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
5458                 return false;
5459             }
5460             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
5464                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5468             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
5469                 return false;
5470             }
5471             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5472             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             final Phylogeny p53 = factory
5476                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
5477                              new NHXParser() )[ 0 ];
5478             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             //
5482             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
5483             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
5487                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
5488                 return false;
5489             }
5490         }
5491         catch ( final Exception e ) {
5492             e.printStackTrace( System.out );
5493             return false;
5494         }
5495         return true;
5496     }
5497
5498     private static boolean testNHParsingIter() {
5499         try {
5500             final String p0_str = "(A,B);";
5501             final NHXParser p = new NHXParser();
5502             p.setSource( p0_str );
5503             if ( !p.hasNext() ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             final Phylogeny p0 = p.next();
5507             if ( !p0.toNewHampshire().equals( p0_str ) ) {
5508                 System.out.println( p0.toNewHampshire() );
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( p.hasNext() ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             if ( p.next() != null ) {
5515                 return false;
5516             }
5517             //
5518             final String p00_str = "(A,B)root;";
5519             p.setSource( p00_str );
5520             final Phylogeny p00 = p.next();
5521             if ( !p00.toNewHampshire().equals( p00_str ) ) {
5522                 System.out.println( p00.toNewHampshire() );
5523                 return false;
5524             }
5525             //
5526             final String p000_str = "A;";
5527             p.setSource( p000_str );
5528             final Phylogeny p000 = p.next();
5529             if ( !p000.toNewHampshire().equals( p000_str ) ) {
5530                 System.out.println( p000.toNewHampshire() );
5531                 return false;
5532             }
5533             //
5534             final String p0000_str = "A";
5535             p.setSource( p0000_str );
5536             final Phylogeny p0000 = p.next();
5537             if ( !p0000.toNewHampshire().equals( "A;" ) ) {
5538                 System.out.println( p0000.toNewHampshire() );
5539                 return false;
5540             }
5541             //
5542             p.setSource( "(A)" );
5543             final Phylogeny p00000 = p.next();
5544             if ( !p00000.toNewHampshire().equals( "(A);" ) ) {
5545                 System.out.println( p00000.toNewHampshire() );
5546                 return false;
5547             }
5548             //
5549             final String p1_str = "(A,B)(C,D)(E,F)(G,H)";
5550             p.setSource( p1_str );
5551             if ( !p.hasNext() ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             final Phylogeny p1_0 = p.next();
5555             if ( !p1_0.toNewHampshire().equals( "(A,B);" ) ) {
5556                 System.out.println( p1_0.toNewHampshire() );
5557                 return false;
5558             }
5559             if ( !p.hasNext() ) {
5560                 return false;
5561             }
5562             final Phylogeny p1_1 = p.next();
5563             if ( !p1_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5564                 System.out.println( "(C,D) != " + p1_1.toNewHampshire() );
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !p.hasNext() ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             final Phylogeny p1_2 = p.next();
5571             if ( !p1_2.toNewHampshire().equals( "(E,F);" ) ) {
5572                 System.out.println( "(E,F) != " + p1_2.toNewHampshire() );
5573                 return false;
5574             }
5575             if ( !p.hasNext() ) {
5576                 return false;
5577             }
5578             final Phylogeny p1_3 = p.next();
5579             if ( !p1_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5580                 System.out.println( "(G,H) != " + p1_3.toNewHampshire() );
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( p.hasNext() ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             if ( p.next() != null ) {
5587                 return false;
5588             }
5589             //
5590             final String p2_str = "((1,2,3),B);(C,D) (E,F)root;(G,H); ;(X)";
5591             p.setSource( p2_str );
5592             if ( !p.hasNext() ) {
5593                 return false;
5594             }
5595             Phylogeny p2_0 = p.next();
5596             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5597                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !p.hasNext() ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             Phylogeny p2_1 = p.next();
5604             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5605                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !p.hasNext() ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             Phylogeny p2_2 = p.next();
5612             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5613                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5614                 return false;
5615             }
5616             if ( !p.hasNext() ) {
5617                 return false;
5618             }
5619             Phylogeny p2_3 = p.next();
5620             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5621                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !p.hasNext() ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             Phylogeny p2_4 = p.next();
5628             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5629                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( p.hasNext() ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             if ( p.next() != null ) {
5636                 return false;
5637             }
5638             ////
5639             p.reset();
5640             if ( !p.hasNext() ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             p2_0 = p.next();
5644             if ( !p2_0.toNewHampshire().equals( "((1,2,3),B);" ) ) {
5645                 System.out.println( p2_0.toNewHampshire() );
5646                 return false;
5647             }
5648             if ( !p.hasNext() ) {
5649                 return false;
5650             }
5651             p2_1 = p.next();
5652             if ( !p2_1.toNewHampshire().equals( "(C,D);" ) ) {
5653                 System.out.println( "(C,D) != " + p2_1.toNewHampshire() );
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !p.hasNext() ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             p2_2 = p.next();
5660             if ( !p2_2.toNewHampshire().equals( "(E,F)root;" ) ) {
5661                 System.out.println( "(E,F)root != " + p2_2.toNewHampshire() );
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !p.hasNext() ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             p2_3 = p.next();
5668             if ( !p2_3.toNewHampshire().equals( "(G,H);" ) ) {
5669                 System.out.println( "(G,H) != " + p2_3.toNewHampshire() );
5670                 return false;
5671             }
5672             if ( !p.hasNext() ) {
5673                 return false;
5674             }
5675             p2_4 = p.next();
5676             if ( !p2_4.toNewHampshire().equals( "(X);" ) ) {
5677                 System.out.println( "(X) != " + p2_4.toNewHampshire() );
5678                 return false;
5679             }
5680             if ( p.hasNext() ) {
5681                 return false;
5682             }
5683             if ( p.next() != null ) {
5684                 return false;
5685             }
5686             //
5687             final String p3_str = "((A,B),C)abc";
5688             p.setSource( p3_str );
5689             if ( !p.hasNext() ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             final Phylogeny p3_0 = p.next();
5693             if ( !p3_0.toNewHampshire().equals( "((A,B),C)abc;" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( p.hasNext() ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( p.next() != null ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             //
5703             final String p4_str = "((A,B)ab,C)abc";
5704             p.setSource( p4_str );
5705             if ( !p.hasNext() ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             final Phylogeny p4_0 = p.next();
5709             if ( !p4_0.toNewHampshire().equals( "((A,B)ab,C)abc;" ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( p.hasNext() ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( p.next() != null ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             //
5719             final String p5_str = "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd";
5720             p.setSource( p5_str );
5721             if ( !p.hasNext() ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             final Phylogeny p5_0 = p.next();
5725             if ( !p5_0.toNewHampshire().equals( "(((A,B)ab,C)abc,D)abcd;" ) ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             if ( p.hasNext() ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             if ( p.next() != null ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             //
5735             final String p6_str = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
5736             p.setSource( p6_str );
5737             if ( !p.hasNext() ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             Phylogeny p6_0 = p.next();
5741             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5742                 return false;
5743             }
5744             if ( p.hasNext() ) {
5745                 return false;
5746             }
5747             if ( p.next() != null ) {
5748                 return false;
5749             }
5750             p.reset();
5751             if ( !p.hasNext() ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             p6_0 = p.next();
5755             if ( !p6_0.toNewHampshire().equals( "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde;" ) ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( p.hasNext() ) {
5759                 return false;
5760             }
5761             if ( p.next() != null ) {
5762                 return false;
5763             }
5764             //
5765             final String p7_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
5766             p.setSource( p7_str );
5767             if ( !p.hasNext() ) {
5768                 return false;
5769             }
5770             Phylogeny p7_0 = p.next();
5771             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5772                 return false;
5773             }
5774             if ( p.hasNext() ) {
5775                 return false;
5776             }
5777             if ( p.next() != null ) {
5778                 return false;
5779             }
5780             p.reset();
5781             if ( !p.hasNext() ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             p7_0 = p.next();
5785             if ( !p7_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5786                 return false;
5787             }
5788             if ( p.hasNext() ) {
5789                 return false;
5790             }
5791             if ( p.next() != null ) {
5792                 return false;
5793             }
5794             //
5795             final String p8_str = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde ((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde";
5796             p.setSource( p8_str );
5797             if ( !p.hasNext() ) {
5798                 return false;
5799             }
5800             Phylogeny p8_0 = p.next();
5801             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5802                 return false;
5803             }
5804             if ( !p.hasNext() ) {
5805                 return false;
5806             }
5807             if ( !p.hasNext() ) {
5808                 return false;
5809             }
5810             Phylogeny p8_1 = p.next();
5811             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( p.hasNext() ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( p.next() != null ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             p.reset();
5821             if ( !p.hasNext() ) {
5822                 return false;
5823             }
5824             p8_0 = p.next();
5825             if ( !p8_0.toNewHampshire().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde;" ) ) {
5826                 return false;
5827             }
5828             if ( !p.hasNext() ) {
5829                 return false;
5830             }
5831             p8_1 = p.next();
5832             if ( !p8_1.toNewHampshire().equals( "((((a,b)ab,c)abc,d)abcd,e)abcde;" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( p.hasNext() ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( p.next() != null ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             p.reset();
5842             //
5843             p.setSource( "" );
5844             if ( p.hasNext() ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             //
5848             p.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ) );
5849             if ( !p.hasNext() ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             Phylogeny p_27 = p.next();
5853             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5854                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5855                 System.exit( -1 );
5856                 return false;
5857             }
5858             if ( p.hasNext() ) {
5859                 return false;
5860             }
5861             if ( p.next() != null ) {
5862                 return false;
5863             }
5864             p.reset();
5865             if ( !p.hasNext() ) {
5866                 return false;
5867             }
5868             p_27 = p.next();
5869             if ( !p_27.toNewHampshireX().equals( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde" ) ) {
5870                 System.out.println( p_27.toNewHampshireX() );
5871                 System.exit( -1 );
5872                 return false;
5873             }
5874             if ( p.hasNext() ) {
5875                 return false;
5876             }
5877             if ( p.next() != null ) {
5878                 return false;
5879             }
5880         }
5881         catch ( final Exception e ) {
5882             e.printStackTrace( System.out );
5883             return false;
5884         }
5885         return true;
5886     }
5887
5888     private static boolean testNHXconversion() {
5889         try {
5890             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
5891             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
5892             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
5893             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
5894             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5895                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1]" );
5896             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5897                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
5898             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5899                 return false;
5900             }
5901             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
5902                 return false;
5903             }
5904             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
5905                 return false;
5906             }
5907             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
5908                 return false;
5909             }
5910             if ( !n5.toNewHampshireX().equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:B=56]" ) ) {
5911                 return false;
5912             }
5913             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:B=100]" ) ) {
5914                 return false;
5915             }
5916         }
5917         catch ( final Exception e ) {
5918             e.printStackTrace( System.out );
5919             return false;
5920         }
5921         return true;
5922     }
5923
5924     private static boolean testTaxonomyExtraction() {
5925         try {
5926             final PhylogenyNode n0 = PhylogenyNode
5927                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5928             if ( n0.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5929                 return false;
5930             }
5931             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
5932                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345x", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5933             if ( n1.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5934                 System.out.println( n1.toString() );
5935                 return false;
5936             }
5937             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
5938                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
5939             if ( !n2.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5940                 System.out.println( n2.toString() );
5941                 return false;
5942             }
5943             final PhylogenyNode n2x = PhylogenyNode
5944                     .createInstanceFromNhxString( "12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5945             if ( n2x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5946                 return false;
5947             }
5948             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
5949                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5950             if ( !n3.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5951                 System.out.println( n3.toString() );
5952                 return false;
5953             }
5954             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
5955                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5956             if ( n4.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5957                 System.out.println( n4.toString() );
5958                 return false;
5959             }
5960             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
5961                     .createInstanceFromNhxString( "12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5962             if ( n5.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5963                 System.out.println( n5.toString() );
5964                 return false;
5965             }
5966             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
5967                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5968             if ( n6.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5969                 System.out.println( n6.toString() );
5970                 return false;
5971             }
5972             final PhylogenyNode n7 = PhylogenyNode
5973                     .createInstanceFromNhxString( "blag-12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5974             if ( n7.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5975                 System.out.println( n7.toString() );
5976                 return false;
5977             }
5978             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
5979                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5980             if ( !n8.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5981                 System.out.println( n8.toString() );
5982                 return false;
5983             }
5984             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
5985                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12345_blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5986             if ( !n9.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
5987                 System.out.println( n9.toString() );
5988                 return false;
5989             }
5990             final PhylogenyNode n10x = PhylogenyNode
5991                     .createInstanceFromNhxString( "blag_12X45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5992             if ( n10x.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5993                 System.out.println( n10x.toString() );
5994                 return false;
5995             }
5996             final PhylogenyNode n10xx = PhylogenyNode
5997                     .createInstanceFromNhxString( "blag_1YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
5998             if ( n10xx.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5999                 System.out.println( n10xx.toString() );
6000                 return false;
6001             }
6002             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6003                     .createInstanceFromNhxString( "blag_9YX45-blag", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6004             if ( !n10.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "9YX45" ) ) {
6005                 System.out.println( n10.toString() );
6006                 return false;
6007             }
6008             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6009                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6010             if ( !n11.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus" ) ) {
6011                 System.out.println( n11.toString() );
6012                 return false;
6013             }
6014             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6015                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_musculus",
6016                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6017             if ( !n12.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus musculus" ) ) {
6018                 System.out.println( n12.toString() );
6019                 return false;
6020             }
6021             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6022                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus1",
6023                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6024             if ( n13.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6025                 System.out.println( n13.toString() );
6026                 return false;
6027             }
6028             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6029                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_11",
6030                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6031             if ( n14.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6032                 System.out.println( n14.toString() );
6033                 return false;
6034             }
6035             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6036                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v11",
6037                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6038             if ( !n15.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mus musculus v11" ) ) {
6039                 System.out.println( n15.toString() );
6040                 return false;
6041             }
6042             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6043                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_/11",
6044                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6045             if ( n16.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6046                 System.out.println( n16.toString() );
6047                 return false;
6048             }
6049             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6050                     .createInstanceFromNhxString( "blag_Mus_musculus_v",
6051                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6052             if ( n17.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6053                 System.out.println( n17.toString() );
6054                 return false;
6055             }
6056         }
6057         catch ( final Exception e ) {
6058             e.printStackTrace( System.out );
6059             return false;
6060         }
6061         return true;
6062     }
6063
6064     private static boolean testNHXNodeParsing() {
6065         try {
6066             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
6067             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
6068             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
6069             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
6070             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
6071                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
6072             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6076                 return false;
6077             }
6078             if ( n3.isDuplication() ) {
6079                 return false;
6080             }
6081             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
6082                 return false;
6083             }
6084             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !n5.isDuplication() ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
6112                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6113             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
6114                 return false;
6115             }
6116             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6117                 return false;
6118             }
6119             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
6120                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
6121                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6122             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
6123                 return false;
6124             }
6125             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6126                 return false;
6127             }
6128             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
6129                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6130             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
6131                 return false;
6132             }
6133             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
6134                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6135             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
6142                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6143             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
6144                 return false;
6145             }
6146             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
6147                 return false;
6148             }
6149             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
6150                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6151             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
6155                 return false;
6156             }
6157             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
6158                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6159             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
6166                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6167             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
6174                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6175             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
6182                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6183             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
6184                 return false;
6185             }
6186             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
6187                 return false;
6188             }
6189             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
6190                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6191             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
6198                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6199             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
6200                 return false;
6201             }
6202             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
6203                 return false;
6204             }
6205             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
6206                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6207             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
6214                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6215             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
6219                 return false;
6220             }
6221             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
6222                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
6223                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6224             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
6231                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
6232                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6233             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
6234                 return false;
6235             }
6236             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
6237                 return false;
6238             }
6239             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
6240                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
6241                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6242             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
6246                 return false;
6247             }
6248             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
6249                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6250             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
6251                 return false;
6252             }
6253             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
6257                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6258             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6259                 return false;
6260             }
6261             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
6262                 return false;
6263             }
6264             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
6265                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6266             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
6273                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6274             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
6281                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
6282                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6283             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
6293                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
6294                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6295             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
6305                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6306             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
6307                 return false;
6308             }
6309             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
6313                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6314             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
6315                 return false;
6316             }
6317             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
6318                 return false;
6319             }
6320             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6321                 return false;
6322             }
6323             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
6336                 return false;
6337             }
6338             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
6339                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1]" );
6340             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
6347             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
6348                 return false;
6349             }
6350             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
6351                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.AGRESSIVE );
6352             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "12345" ) ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( !n13.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
6365                     .createInstanceFromNhxString( "blah_9QX45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6366             if ( !n14.getName().equals( "blah_9QX45/1-2" ) ) {
6367                 return false;
6368             }
6369             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "9QX45" ) ) {
6370                 return false;
6371             }
6372             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
6373                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
6374                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6375             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
6376                 return false;
6377             }
6378             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6379                 return false;
6380             }
6381             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
6382                 return false;
6383             }
6384             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
6385                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
6386                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6387             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6391                 return false;
6392             }
6393             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
6394                 return false;
6395             }
6396             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
6397                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
6398                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6399             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
6400                 return false;
6401             }
6402             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
6403                 return false;
6404             }
6405             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
6406                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_STRICT );
6407             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             final PhylogenyNode n19 = PhylogenyNode
6417                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1-roejojoej", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6418             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( !n19.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             final PhylogenyNode n30 = PhylogenyNode
6425                     .createInstanceFromNhxString( "blah_1234567-roejojoej",
6426                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6427             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1234567" ) ) {
6428                 return false;
6429             }
6430             if ( !n30.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().equals( "uniprot" ) ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             final PhylogenyNode n31 = PhylogenyNode
6434                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345678-roejojoej",
6435                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6436             if ( n31.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             final PhylogenyNode n32 = PhylogenyNode
6440                     .createInstanceFromNhxString( "sd_12345678", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_RELAXED );
6441             if ( n32.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
6442                 return false;
6443             }
6444         }
6445         catch ( final Exception e ) {
6446             e.printStackTrace( System.out );
6447             return false;
6448         }
6449         return true;
6450     }
6451
6452     private static boolean testNHXParsing() {
6453         try {
6454             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6455             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
6456             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
6457                 return false;
6458             }
6459             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
6460             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
6461             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6462                 return false;
6463             }
6464             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
6465             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
6466             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             final Phylogeny[] p3 = factory
6470                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
6471                              new NHXParser() );
6472             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             final Phylogeny[] p4 = factory
6476                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
6477                              new NHXParser() );
6478             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             final Phylogeny[] p5 = factory
6482                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
6483                              new NHXParser() );
6484             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
6485                 return false;
6486             }
6487             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6488             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
6489             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
6490             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
6491                 return false;
6492             }
6493             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6494             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
6495             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
6496             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
6497                 return false;
6498             }
6499             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
6500             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
6501             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
6502             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
6503                 return false;
6504             }
6505             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
6506             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6507                 return false;
6508             }
6509             final Phylogeny p10 = factory
6510                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
6511                              new NHXParser() )[ 0 ];
6512             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
6513                 return false;
6514             }
6515         }
6516         catch ( final Exception e ) {
6517             e.printStackTrace( System.out );
6518             return false;
6519         }
6520         return true;
6521     }
6522
6523     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
6524         try {
6525             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6526             final NHXParser p = new NHXParser();
6527             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
6528             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
6532             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
6536                 return false;
6537             }
6538             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
6539                 return false;
6540             }
6541             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
6542                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
6543                 return false;
6544             }
6545             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
6546                 return false;
6547             }
6548             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
6549                 return false;
6550             }
6551             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
6552                 return false;
6553             }
6554             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
6555                 return false;
6556             }
6557             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             final NHXParser p1p = new NHXParser();
6561             p1p.setIgnoreQuotes( true );
6562             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
6563             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6564                 return false;
6565             }
6566             final NHXParser p2p = new NHXParser();
6567             p1p.setIgnoreQuotes( false );
6568             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
6569             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
6570                 return false;
6571             }
6572             final NHXParser p3p = new NHXParser();
6573             p3p.setIgnoreQuotes( false );
6574             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
6575             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
6576                 return false;
6577             }
6578             final NHXParser p4p = new NHXParser();
6579             p4p.setIgnoreQuotes( false );
6580             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
6581             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             final Phylogeny p10 = factory
6585                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
6586                              new NHXParser() )[ 0 ];
6587             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6588             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6592             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             //
6596             final Phylogeny p12 = factory
6597                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
6598                              new NHXParser() )[ 0 ];
6599             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
6600             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
6604             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
6605                 return false;
6606             }
6607             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
6608             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6609                 return false;
6610             }
6611             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
6612             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615         }
6616         catch ( final Exception e ) {
6617             e.printStackTrace( System.out );
6618             return false;
6619         }
6620         return true;
6621     }
6622
6623     private static boolean testNHXParsingMB() {
6624         try {
6625             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6626             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
6627                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6628                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6629                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6630                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6631                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6632                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6633                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6634                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
6635             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
6636                 return false;
6637             }
6638             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
6639                 return false;
6640             }
6641             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
6642                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
6646                 return false;
6647             }
6648             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
6649                 return false;
6650             }
6651             final Phylogeny p2 = factory
6652                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
6653                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6654                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
6655                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
6656                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
6657                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
6658                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
6659                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
6660                                      + "7.369400000000000e-02}])",
6661                              new NHXParser() )[ 0 ];
6662             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
6663                 return false;
6664             }
6665             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
6666                 return false;
6667             }
6668         }
6669         catch ( final Exception e ) {
6670             e.printStackTrace( System.out );
6671             System.exit( -1 );
6672             return false;
6673         }
6674         return true;
6675     }
6676
6677     private static boolean testPhylogenyBranch() {
6678         try {
6679             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
6680             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
6681             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
6682             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
6683             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
6684                 return false;
6685             }
6686             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
6687                 return false;
6688             }
6689             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
6690                 return false;
6691             }
6692             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
6693             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
6694             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
6695             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
6702             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
6703                 return false;
6704             }
6705             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
6706                 return false;
6707             }
6708             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
6709                 return false;
6710             }
6711         }
6712         catch ( final Exception e ) {
6713             e.printStackTrace( System.out );
6714             return false;
6715         }
6716         return true;
6717     }
6718
6719     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
6720         try {
6721             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6722             PhyloXmlParser xml_parser = null;
6723             try {
6724                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
6725             }
6726             catch ( final Exception e ) {
6727                 // Do nothing -- means were not running from jar.
6728             }
6729             if ( xml_parser == null ) {
6730                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
6731                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
6732                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
6733                 }
6734                 else {
6735                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
6736                 }
6737             }
6738             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
6739                                                               xml_parser );
6740             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
6741                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
6742                 return false;
6743             }
6744             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
6745                 return false;
6746             }
6747             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
6748             PhylogenyNode n = null;
6749             Distribution d = null;
6750             n = t1.getNode( "root node" );
6751             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             d = n.getNodeData().getDistribution();
6758             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6762                 return false;
6763             }
6764             if ( d.getPolygons() != null ) {
6765                 return false;
6766             }
6767             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6768                 return false;
6769             }
6770             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6774                 return false;
6775             }
6776             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6780                 return false;
6781             }
6782             n = t1.getNode( "node a" );
6783             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6787                 return false;
6788             }
6789             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6790             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             if ( d.getPolygons() != null ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             n = t1.getNode( "node bb" );
6815             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6822             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6823                 return false;
6824             }
6825             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6826                 return false;
6827             }
6828             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6829                 return false;
6830             }
6831             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6832                 return false;
6833             }
6834             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6838                 return false;
6839             }
6840             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6841                 return false;
6842             }
6843             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6844                 return false;
6845             }
6846             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
6847             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             p = d.getPolygons().get( 1 );
6869             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6870                 return false;
6871             }
6872             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
6873                 return false;
6874             }
6875             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
6876                 return false;
6877             }
6878             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6879                 return false;
6880             }
6881             // Roundtrip:
6882             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
6883             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
6884             if ( rt.length != 1 ) {
6885                 return false;
6886             }
6887             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
6888             n = t1_rt.getNode( "root node" );
6889             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6890                 return false;
6891             }
6892             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6893                 return false;
6894             }
6895             d = n.getNodeData().getDistribution();
6896             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
6897                 return false;
6898             }
6899             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6900                 return false;
6901             }
6902             if ( d.getPolygons() != null ) {
6903                 return false;
6904             }
6905             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
6906                 return false;
6907             }
6908             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6909                 return false;
6910             }
6911             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6912                 return false;
6913             }
6914             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
6915                 return false;
6916             }
6917             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             n = t1_rt.getNode( "node a" );
6921             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6922                 return false;
6923             }
6924             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
6928             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
6929                 return false;
6930             }
6931             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
6932                 return false;
6933             }
6934             if ( d.getPolygons() != null ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
6938                 return false;
6939             }
6940             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
6941                 return false;
6942             }
6943             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
6947                 return false;
6948             }
6949             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
6950                 return false;
6951             }
6952             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
6953             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
6954                 return false;
6955             }
6956             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
6957                 return false;
6958             }
6959             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
6960             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
6964                 return false;
6965             }
6966             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
6967                 return false;
6968             }
6969             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
6970                 return false;
6971             }
6972             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
6973                 return false;
6974             }
6975             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
6976                 return false;
6977             }
6978             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
6979                 return false;
6980             }
6981             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
6982                 return false;
6983             }
6984             p = d.getPolygons().get( 0 );
6985             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
6986                 return false;
6987             }
6988             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
6989                 return false;
6990             }
6991             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
6992                 return false;
6993             }
6994             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
6995                 return false;
6996             }
6997             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
7001                 return false;
7002             }
7003             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             p = d.getPolygons().get( 1 );
7007             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
7011                 return false;
7012             }
7013             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
7014                 return false;
7015             }
7016             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
7017                 return false;
7018             }
7019         }
7020         catch ( final Exception e ) {
7021             e.printStackTrace( System.out );
7022             return false;
7023         }
7024         return true;
7025     }
7026
7027     private static boolean testPostOrderIterator() {
7028         try {
7029             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7030             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7031             PhylogenyNodeIterator it0;
7032             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
7033                 it0.next();
7034             }
7035             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7036                 it0.next();
7037             }
7038             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7039             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
7040             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7041                 return false;
7042             }
7043             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7044                 return false;
7045             }
7046             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7050                 return false;
7051             }
7052             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7053                 return false;
7054             }
7055             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7059                 return false;
7060             }
7061             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7065                 return false;
7066             }
7067             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7068                 return false;
7069             }
7070             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7071                 return false;
7072             }
7073             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7077                 return false;
7078             }
7079             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7080                 return false;
7081             }
7082             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7083                 return false;
7084             }
7085             if ( it.hasNext() ) {
7086                 return false;
7087             }
7088         }
7089         catch ( final Exception e ) {
7090             e.printStackTrace( System.out );
7091             return false;
7092         }
7093         return true;
7094     }
7095
7096     private static boolean testPreOrderIterator() {
7097         try {
7098             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7099             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7100             PhylogenyNodeIterator it0;
7101             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
7102                 it0.next();
7103             }
7104             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
7105                 it0.next();
7106             }
7107             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
7108             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7109                 return false;
7110             }
7111             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7112                 return false;
7113             }
7114             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7121                 return false;
7122             }
7123             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7127                 return false;
7128             }
7129             if ( it.hasNext() ) {
7130                 return false;
7131             }
7132             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7133             it = t1.iteratorPreorder();
7134             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
7138                 return false;
7139             }
7140             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
7141                 return false;
7142             }
7143             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
7144                 return false;
7145             }
7146             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
7147                 return false;
7148             }
7149             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
7150                 return false;
7151             }
7152             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
7153                 return false;
7154             }
7155             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
7159                 return false;
7160             }
7161             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
7162                 return false;
7163             }
7164             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
7165                 return false;
7166             }
7167             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
7168                 return false;
7169             }
7170             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
7171                 return false;
7172             }
7173             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
7174                 return false;
7175             }
7176             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             if ( it.hasNext() ) {
7180                 return false;
7181             }
7182         }
7183         catch ( final Exception e ) {
7184             e.printStackTrace( System.out );
7185             return false;
7186         }
7187         return true;
7188     }
7189
7190     private static boolean testPropertiesMap() {
7191         try {
7192             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
7193             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7194             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
7195             final Property p2 = new Property( "something:else",
7196                                               "?",
7197                                               "improbable:research",
7198                                               "xsd:decimal",
7199                                               AppliesTo.NODE );
7200             pm.addProperty( p0 );
7201             pm.addProperty( p1 );
7202             pm.addProperty( p2 );
7203             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
7207                 return false;
7208             }
7209             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7210                 return false;
7211             }
7212             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
7213                 return false;
7214             }
7215             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7216                 return false;
7217             }
7218             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
7222             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
7226                 return false;
7227             }
7228             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
7229                 return false;
7230             }
7231         }
7232         catch ( final Exception e ) {
7233             e.printStackTrace( System.out );
7234             return false;
7235         }
7236         return true;
7237     }
7238
7239     private static boolean testReIdMethods() {
7240         try {
7241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7242             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7243             final long count = PhylogenyNode.getNodeCount();
7244             p.levelOrderReID();
7245             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
7246                 return false;
7247             }
7248             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7252                 return false;
7253             }
7254             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
7255                 return false;
7256             }
7257             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7258                 return false;
7259             }
7260             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7261                 return false;
7262             }
7263             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7267                 return false;
7268             }
7269             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
7279                 return false;
7280             }
7281             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7285                 return false;
7286             }
7287             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
7288                 return false;
7289             }
7290         }
7291         catch ( final Exception e ) {
7292             e.printStackTrace( System.out );
7293             return false;
7294         }
7295         return true;
7296     }
7297
7298     private static boolean testRerooting() {
7299         try {
7300             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7301             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
7302                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7303             if ( !t1.isRooted() ) {
7304                 return false;
7305             }
7306             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7307             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7308             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7309             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7310             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7311             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7312             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7313             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7314             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7315             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7316             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7317             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7318             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7319             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7320             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7321             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7322             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7323             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7324             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7325             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7326             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7327             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
7328             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
7329             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
7330             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
7331             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7332             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
7333             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
7334             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
7335                 return false;
7336             }
7337             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
7338                 return false;
7339             }
7340             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
7341                 return false;
7342             }
7343             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7344                 return false;
7345             }
7346             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
7347                 return false;
7348             }
7349             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
7350                 return false;
7351             }
7352             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
7353                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7354             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7355             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7356             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7357             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7358             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7359             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7360             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7361             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7362             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7363             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7364             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7365             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7366             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7367             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7368             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7369             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7370             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7371             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7372             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7373             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7374             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7375             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7376             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7377             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7378             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7379             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7380             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7381             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7382             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7383             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7384             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7385             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7386             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7387             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7388             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7389             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7390             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7391             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7392             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
7393             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
7394             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7395             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
7396             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7397             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7398             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7399             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7400                 return false;
7401             }
7402             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7403                 return false;
7404             }
7405             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7406             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7413             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7414                 return false;
7415             }
7416             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7417                 return false;
7418             }
7419             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7420                 return false;
7421             }
7422             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
7423             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7424                 return false;
7425             }
7426             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7427                 return false;
7428             }
7429             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7430                 return false;
7431             }
7432             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
7433             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7437                 return false;
7438             }
7439             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
7440             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
7441                 return false;
7442             }
7443             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
7444                 return false;
7445             }
7446             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
7447                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7448             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7449             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7450                 return false;
7451             }
7452             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7453                 return false;
7454             }
7455             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7456                 return false;
7457             }
7458             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
7459             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             t3.reRoot( t3.getRoot() );
7469             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
7476                 return false;
7477             }
7478         }
7479         catch ( final Exception e ) {
7480             e.printStackTrace( System.out );
7481             return false;
7482         }
7483         return true;
7484     }
7485
7486     private static boolean testSDIse() {
7487         try {
7488             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7489             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
7490             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
7491             gene1.setRooted( true );
7492             species1.setRooted( true );
7493             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
7494             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             final Phylogeny species2 = factory
7498                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7499                              new NHXParser() )[ 0 ];
7500             final Phylogeny gene2 = factory
7501                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7502                              new NHXParser() )[ 0 ];
7503             species2.setRooted( true );
7504             gene2.setRooted( true );
7505             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
7506             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7507                 return false;
7508             }
7509             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
7510                 return false;
7511             }
7512             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
7513                 return false;
7514             }
7515             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
7519                 return false;
7520             }
7521             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
7522                 return false;
7523             }
7524             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
7525                 return false;
7526             }
7527             final Phylogeny species3 = factory
7528                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7529                              new NHXParser() )[ 0 ];
7530             final Phylogeny gene3 = factory
7531                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7532                              new NHXParser() )[ 0 ];
7533             species3.setRooted( true );
7534             gene3.setRooted( true );
7535             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
7536             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             final Phylogeny species4 = factory
7546                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7547                              new NHXParser() )[ 0 ];
7548             final Phylogeny gene4 = factory
7549                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7550                              new NHXParser() )[ 0 ];
7551             species4.setRooted( true );
7552             gene4.setRooted( true );
7553             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
7554             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7555                 return false;
7556             }
7557             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
7558                 return false;
7559             }
7560             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
7561                 return false;
7562             }
7563             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7564                 return false;
7565             }
7566             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7567                 return false;
7568             }
7569             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             final Phylogeny species5 = factory
7573                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7574                              new NHXParser() )[ 0 ];
7575             final Phylogeny gene5 = factory
7576                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
7577                              new NHXParser() )[ 0 ];
7578             species5.setRooted( true );
7579             gene5.setRooted( true );
7580             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
7581             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
7582                 return false;
7583             }
7584             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
7585                 return false;
7586             }
7587             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
7588                 return false;
7589             }
7590             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
7591                 return false;
7592             }
7593             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7594                 return false;
7595             }
7596             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
7597                 return false;
7598             }
7599             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
7600             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
7601             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
7602             final Phylogeny species6 = factory
7603                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7604                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7605                              new NHXParser() )[ 0 ];
7606             final Phylogeny gene6 = factory
7607                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
7608                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
7609                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
7610                              new NHXParser() )[ 0 ];
7611             species6.setRooted( true );
7612             gene6.setRooted( true );
7613             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
7614             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
7615                 return false;
7616             }
7617             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
7618                 return false;
7619             }
7620             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7621                 return false;
7622             }
7623             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7624                 return false;
7625             }
7626             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
7627                 return false;
7628             }
7629             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
7630                 return false;
7631             }
7632             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
7633                 return false;
7634             }
7635             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             sdi6.computeMappingCostL();
7642             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
7643                 return false;
7644             }
7645             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7646                 return false;
7647             }
7648             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
7649                 return false;
7650             }
7651             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
7652                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
7653                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
7654                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
7655                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
7656             species7.setRooted( true );
7657             final Phylogeny gene7_1 = Test
7658                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7659             gene7_1.setRooted( true );
7660             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
7661             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
7662                 return false;
7663             }
7664             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7665                 return false;
7666             }
7667             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7668                 return false;
7669             }
7670             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7671                 return false;
7672             }
7673             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7674                 return false;
7675             }
7676             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7683                 return false;
7684             }
7685             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7686                 return false;
7687             }
7688             final Phylogeny gene7_2 = Test
7689                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
7690             gene7_2.setRooted( true );
7691             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
7692             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
7699                 return false;
7700             }
7701             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
7702                 return false;
7703             }
7704             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
7717                 return false;
7718             }
7719             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
7720                 return false;
7721             }
7722         }
7723         catch ( final Exception e ) {
7724             return false;
7725         }
7726         return true;
7727     }
7728
7729     private static boolean testSDIunrooted() {
7730         try {
7731             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7732             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
7733             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
7734             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
7735             PhylogenyBranch br = iter.next();
7736             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             br = iter.next();
7743             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7744                 return false;
7745             }
7746             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7747                 return false;
7748             }
7749             br = iter.next();
7750             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7751                 return false;
7752             }
7753             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             br = iter.next();
7757             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             br = iter.next();
7764             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7768                 return false;
7769             }
7770             br = iter.next();
7771             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             br = iter.next();
7778             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7779                 return false;
7780             }
7781             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7782                 return false;
7783             }
7784             br = iter.next();
7785             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7786                 return false;
7787             }
7788             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             br = iter.next();
7792             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             br = iter.next();
7799             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7800                 return false;
7801             }
7802             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
7803                 return false;
7804             }
7805             br = iter.next();
7806             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7807                 return false;
7808             }
7809             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7810                 return false;
7811             }
7812             br = iter.next();
7813             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
7814                 return false;
7815             }
7816             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
7817                 return false;
7818             }
7819             br = iter.next();
7820             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             br = iter.next();
7827             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
7828                 return false;
7829             }
7830             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
7831                 return false;
7832             }
7833             br = iter.next();
7834             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
7835                 return false;
7836             }
7837             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
7838                 return false;
7839             }
7840             if ( iter.hasNext() ) {
7841                 return false;
7842             }
7843             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7844             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
7845             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
7846             br = iter1.next();
7847             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             br = iter1.next();
7854             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7855                 return false;
7856             }
7857             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7858                 return false;
7859             }
7860             br = iter1.next();
7861             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( iter1.hasNext() ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
7871             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
7872             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
7873             br = iter2.next();
7874             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
7875                 return false;
7876             }
7877             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
7878                 return false;
7879             }
7880             br = iter2.next();
7881             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             br = iter2.next();
7888             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
7889                 return false;
7890             }
7891             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
7892                 return false;
7893             }
7894             if ( iter2.hasNext() ) {
7895                 return false;
7896             }
7897             final Phylogeny species0 = factory
7898                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
7899                              new NHXParser() )[ 0 ];
7900             final Phylogeny gene1 = factory
7901                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7902                              new NHXParser() )[ 0 ];
7903             species0.setRooted( true );
7904             gene1.setRooted( true );
7905             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
7906             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
7907             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             final Phylogeny gene2 = factory
7923                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
7924                              new NHXParser() )[ 0 ];
7925             gene2.setRooted( true );
7926             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
7927             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7928                 return false;
7929             }
7930             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7931                 return false;
7932             }
7933             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7934                 return false;
7935             }
7936             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
7937                 return false;
7938             }
7939             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             final Phylogeny species6 = factory
7943                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7944                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7945                              new NHXParser() )[ 0 ];
7946             final Phylogeny gene6 = factory
7947                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
7948                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
7949                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
7950                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
7951                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
7952                              new NHXParser() )[ 0 ];
7953             species6.setRooted( true );
7954             gene6.setRooted( true );
7955             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
7956             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
7957                 return false;
7958             }
7959             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
7960                 return false;
7961             }
7962             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
7963                 return false;
7964             }
7965             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
7966                 return false;
7967             }
7968             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
7969                 return false;
7970             }
7971             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
7972                 return false;
7973             }
7974             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
7975                 return false;
7976             }
7977             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
7978                 return false;
7979             }
7980             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
7984                 return false;
7985             }
7986             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
7987                 return false;
7988             }
7989             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
7990                 return false;
7991             }
7992             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             p6 = null;
7996             final Phylogeny species7 = factory
7997                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
7998                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
7999                              new NHXParser() )[ 0 ];
8000             final Phylogeny gene7 = factory
8001                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8002                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8003                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8004                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8005                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8006                              new NHXParser() )[ 0 ];
8007             species7.setRooted( true );
8008             gene7.setRooted( true );
8009             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
8010             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8011                 return false;
8012             }
8013             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8014                 return false;
8015             }
8016             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8017                 return false;
8018             }
8019             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8020                 return false;
8021             }
8022             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
8023                 return false;
8024             }
8025             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8026                 return false;
8027             }
8028             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8029                 return false;
8030             }
8031             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8032                 return false;
8033             }
8034             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8035                 return false;
8036             }
8037             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8038                 return false;
8039             }
8040             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8041                 return false;
8042             }
8043             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8047                 return false;
8048             }
8049             p7 = null;
8050             final Phylogeny species8 = factory
8051                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
8052                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
8053                              new NHXParser() )[ 0 ];
8054             final Phylogeny gene8 = factory
8055                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
8056                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
8057                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
8058                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
8059                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
8060                              new NHXParser() )[ 0 ];
8061             species8.setRooted( true );
8062             gene8.setRooted( true );
8063             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
8064             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
8068                 return false;
8069             }
8070             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
8071                 return false;
8072             }
8073             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
8077                 return false;
8078             }
8079             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
8080                 return false;
8081             }
8082             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
8083                 return false;
8084             }
8085             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
8089                 return false;
8090             }
8091             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             p8 = null;
8104         }
8105         catch ( final Exception e ) {
8106             e.printStackTrace( System.out );
8107             return false;
8108         }
8109         return true;
8110     }
8111
8112     private static boolean testSplit() {
8113         try {
8114             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8115             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8116             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
8117             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8118             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8119             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8120             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8121             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8122             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8123             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8124             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8125             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8126             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8127             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
8128             // System.out.println( s0.toString() );
8129             //
8130             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8133             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8137             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8141             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8142             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8143             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8144             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8145                 return false;
8146             }
8147             //
8148             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8150             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8151             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8152             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             //
8156             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8159             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8161             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             //
8165             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8169             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8170             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             //
8174             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8178             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             //
8182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8185             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8186                 return false;
8187             }
8188             //
8189             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8191             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8195             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8196                 return false;
8197             }
8198             //
8199             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8200             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8203             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8204                 return false;
8205             }
8206             //
8207             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8212             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8213                 return false;
8214             }
8215             //
8216             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8218             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8219             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             //
8223             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8226             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8228             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             //
8232             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8234             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8235             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8236             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8238             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8239                 return false;
8240             }
8241             //
8242             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8243             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8244             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8245             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8246             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8247                 return false;
8248             }
8249             //
8250             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8252             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8253             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             //
8257             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8260             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             //
8264             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8265             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8266             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8267             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8268                 return false;
8269             }
8270             //
8271             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8272             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8273             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8274             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8275                 return false;
8276             }
8277             //
8278             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8279             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8280             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8281             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             //
8285             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8286             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8287             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8288             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8289                 return false;
8290             }
8291             //
8292             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8293             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8296             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8297                 return false;
8298             }
8299             //
8300             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8301             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8302             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8303             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8304             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             //
8308             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8309             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8310             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8311             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8312             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8313                 return false;
8314             }
8315             //
8316             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8318             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8319             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8320             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8321             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8322                 return false;
8323             }
8324             /////////
8325             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8326             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8327             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8328             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8329             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8330             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8331             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8332             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8333             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8334             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8335             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8336             //                return false;
8337             //            }
8338             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8339             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8340             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8341             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8342             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8343             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8344             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8345             //                return false;
8346             //            }
8347             //            //
8348             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8349             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8350             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8351             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8352             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8353             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8354             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8355             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8356             //                return false;
8357             //            }
8358             //            //
8359             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8360             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8361             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8362             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
8363             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
8364             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
8365             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
8366             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8367             //                return false;
8368             //            }
8369             //            //
8370             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8371             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8372             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8373             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
8374             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8375             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8376             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8377             //                return false;
8378             //            }
8379             //            //
8380             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8381             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
8382             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
8383             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
8384             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
8385             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8386             //                return false;
8387             //            }
8388             //
8389             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8394             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             //
8398             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8399             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8403             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8404                 return false;
8405             }
8406             ///////////////////////////
8407             //
8408             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8410             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8411             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8412             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8413             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8414                 return false;
8415             }
8416             //
8417             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8418             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8419             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8420             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8421             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8422             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8423                 return false;
8424             }
8425             //
8426             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8427             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8428             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8431             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8432                 return false;
8433             }
8434             //
8435             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8438             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8439             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8440             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8441                 return false;
8442             }
8443             //
8444             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8445             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8446             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8447             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8448             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8449             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             //
8453             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8454             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8455             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8456             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8457             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8458                 return false;
8459             }
8460             //
8461             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8462             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8463             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8464             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8465             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8466             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8467             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8468                 return false;
8469             }
8470             //
8471             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8472             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8473             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8477             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             //
8481             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8482             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8483             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8484             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8485             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8486             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8487             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8488                 return false;
8489             }
8490             //
8491             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8492             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
8493             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
8494             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8495             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8496             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8497             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8498             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8499                 return false;
8500             }
8501         }
8502         catch ( final Exception e ) {
8503             e.printStackTrace();
8504             return false;
8505         }
8506         return true;
8507     }
8508
8509     private static boolean testSplitStrict() {
8510         try {
8511             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8512             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
8513             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
8514             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8515             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8516             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8517             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8518             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8519             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8520             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8521             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
8522             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8523             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8524             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8525             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8529             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8530             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8531             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8532             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8533             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8534             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8535             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8536             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             //
8540             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8541             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8542             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8543             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8544             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8545                 return false;
8546             }
8547             //
8548             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8549             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8550             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8551             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8552             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8553             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             //
8557             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8558             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8559             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8560             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8561             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8562             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             //
8566             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8567             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8568             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8569             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8570             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             //
8574             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8575             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8576             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8577             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8578                 return false;
8579             }
8580             //
8581             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8582             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8583             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8584             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8585             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8586             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8587             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8588                 return false;
8589             }
8590             //
8591             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8592             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8593             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8594             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8595             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             //
8599             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8600             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8601             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8602             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8603             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8604             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             //
8608             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8609             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8610             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8611             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8612                 return false;
8613             }
8614             //
8615             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8616             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8617             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8618             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8619             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8620             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8621                 return false;
8622             }
8623             //
8624             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8625             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8626             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8627             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8628             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8629             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8630             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8631                 return false;
8632             }
8633             //
8634             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8636             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8637             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8638             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8639                 return false;
8640             }
8641             //
8642             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8645             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8646                 return false;
8647             }
8648             //
8649             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8650             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8651             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8652             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             //
8656             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8657             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8658             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
8659             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8660                 return false;
8661             }
8662             //
8663             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8664             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8665             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8666             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             //
8670             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8673             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8674                 return false;
8675             }
8676             //
8677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8680             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8681                 return false;
8682             }
8683             //
8684             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8685             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
8687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8688             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             //
8692             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
8695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8696             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8697                 return false;
8698             }
8699             //
8700             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8701             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8702             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8704             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             //
8708             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
8709             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
8710             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
8711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
8712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
8713             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
8714                 return false;
8715             }
8716         }
8717         catch ( final Exception e ) {
8718             e.printStackTrace();
8719             return false;
8720         }
8721         return true;
8722     }
8723
8724     private static boolean testSubtreeDeletion() {
8725         try {
8726             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8727             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8728             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
8729             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             t1.toNewHampshireX();
8733             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
8734             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
8735                 return false;
8736             }
8737             t1.toNewHampshireX();
8738             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
8739             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             t1.toNewHampshireX();
8743             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
8744             t1.toNewHampshireX();
8745             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8746                 return false;
8747             }
8748             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
8749             t1.toNewHampshireX();
8750             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
8751                 return false;
8752             }
8753             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
8754             t1.toNewHampshireX();
8755             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
8759             t1.toNewHampshireX();
8760             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8761                 return false;
8762             }
8763             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
8764             t1.toNewHampshireX();
8765             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8766                 return false;
8767             }
8768             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
8769             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !t1.isEmpty() ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8776             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
8777             t2.toNewHampshireX();
8778             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
8782             t2.toNewHampshireX();
8783             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
8784                 return false;
8785             }
8786             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
8787             t2.toNewHampshireX();
8788             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
8789                 return false;
8790             }
8791         }
8792         catch ( final Exception e ) {
8793             e.printStackTrace( System.out );
8794             return false;
8795         }
8796         return true;
8797     }
8798
8799     private static boolean testSupportCount() {
8800         try {
8801             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8802             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
8803             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
8804                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
8805                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8806                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
8807                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
8808                                                               new NHXParser() );
8809             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
8810             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
8811             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8812                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
8813                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
8814                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8815                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8816                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8817                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
8818                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
8819                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
8820                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
8821                                                               new NHXParser() );
8822             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
8823             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
8824             while ( it.hasNext() ) {
8825                 final PhylogenyNode n = it.next();
8826                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
8827                     return false;
8828                 }
8829             }
8830             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
8831             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
8832                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
8833             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
8834             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
8835             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
8836                 return false;
8837             }
8838             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
8839                 return false;
8840             }
8841             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
8842                 return false;
8843             }
8844             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
8845                 return false;
8846             }
8847             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
8848                 return false;
8849             }
8850             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
8851                 return false;
8852             }
8853             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
8854                 return false;
8855             }
8856             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
8857                 return false;
8858             }
8859             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
8860                 return false;
8861             }
8862             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
8863                 return false;
8864             }
8865             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8866             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
8867                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
8868             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
8869             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
8870             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
8871                 return false;
8872             }
8873             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
8874                 return false;
8875             }
8876             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
8877                 return false;
8878             }
8879             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
8880                 return false;
8881             }
8882             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
8883                 return false;
8884             }
8885             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
8886                 return false;
8887             }
8888             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
8889                 return false;
8890             }
8891             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
8892                 return false;
8893             }
8894             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
8895                 return false;
8896             }
8897             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
8898                 return false;
8899             }
8900             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8901             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8902             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
8903             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
8904                 return false;
8905             }
8906             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8907             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8908             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
8909             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
8910                 return false;
8911             }
8912             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
8913             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
8914             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
8915             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
8916                 return false;
8917             }
8918             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8919             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
8920             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
8921             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
8922                 return false;
8923             }
8924         }
8925         catch ( final Exception e ) {
8926             e.printStackTrace( System.out );
8927             return false;
8928         }
8929         return true;
8930     }
8931
8932     private static boolean testSupportTransfer() {
8933         try {
8934             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8935             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
8936                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
8937             final Phylogeny p2 = factory
8938                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
8939             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
8940                 return false;
8941             }
8942             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
8943                 return false;
8944             }
8945             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
8946             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
8947             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
8948                 return false;
8949             }
8950             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
8951                 return false;
8952             }
8953             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
8954                 return false;
8955             }
8956             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
8957                 return false;
8958             }
8959             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
8960                 return false;
8961             }
8962             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
8963                 return false;
8964             }
8965             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
8966                 return false;
8967             }
8968             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
8969                 return false;
8970             }
8971         }
8972         catch ( final Exception e ) {
8973             e.printStackTrace( System.out );
8974             return false;
8975         }
8976         return true;
8977     }
8978
8979     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
8980         try {
8981             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
8982                                                                                                  10 );
8983             if ( results.size() != 1 ) {
8984                 return false;
8985             }
8986             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
8987                 return false;
8988             }
8989             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
8990                 return false;
8991             }
8992             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
8993                 return false;
8994             }
8995             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
8996                 return false;
8997             }
8998             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8999                 return false;
9000             }
9001             results = null;
9002             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
9003             if ( results.size() != 1 ) {
9004                 return false;
9005             }
9006             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9007                 return false;
9008             }
9009             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9010                 return false;
9011             }
9012             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9013                 return false;
9014             }
9015             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9016                 return false;
9017             }
9018             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9019                 return false;
9020             }
9021             results = null;
9022             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
9023             if ( results.size() != 1 ) {
9024                 return false;
9025             }
9026             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9027                 return false;
9028             }
9029             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9030                 return false;
9031             }
9032             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9033                 return false;
9034             }
9035             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9036                 return false;
9037             }
9038             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9039                 return false;
9040             }
9041             results = null;
9042             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
9043             if ( results.size() != 1 ) {
9044                 return false;
9045             }
9046             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
9047                 return false;
9048             }
9049             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
9050                 return false;
9051             }
9052             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
9053                 return false;
9054             }
9055             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
9056                 return false;
9057             }
9058             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9059                 return false;
9060             }
9061             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
9062                 return false;
9063             }
9064             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
9065                 return false;
9066             }
9067             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
9068                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9069                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
9070                 return false;
9071             }
9072         }
9073         catch ( final IOException e ) {
9074             System.out.println();
9075             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9076             e.printStackTrace( System.out );
9077             return true;
9078         }
9079         catch ( final Exception e ) {
9080             return false;
9081         }
9082         return true;
9083     }
9084
9085     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
9086         //The format for GenBank Accession numbers are:
9087         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
9088         //Protein:    3 letters + 5 numerals
9089         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
9090         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
9091             return false;
9092         }
9093         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
9094             return false;
9095         }
9096         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
9097             return false;
9098         }
9099         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
9100             return false;
9101         }
9102         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
9103             return false;
9104         }
9105         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
9106             return false;
9107         }
9108         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
9109             return false;
9110         }
9111         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
9112             return false;
9113         }
9114         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
9115             return false;
9116         }
9117         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
9118             return false;
9119         }
9120         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9121             return false;
9122         }
9123         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
9124             return false;
9125         }
9126         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
9127             return false;
9128         }
9129         return true;
9130     }
9131
9132     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
9133         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9134             return false;
9135         }
9136         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
9137             return false;
9138         }
9139         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
9140             return false;
9141         }
9142         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
9143             return false;
9144         }
9145         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
9146             return false;
9147         }
9148         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
9149             return false;
9150         }
9151         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
9152             return false;
9153         }
9154         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
9155             return false;
9156         }
9157         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
9158             return false;
9159         }
9160         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9161             return false;
9162         }
9163         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9164             return false;
9165         }
9166         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
9167             return false;
9168         }
9169         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
9170             return false;
9171         }
9172         try {
9173             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
9174             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
9175                 return false;
9176             }
9177             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
9178                 return false;
9179             }
9180             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
9181                 return false;
9182             }
9183             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
9184                 return false;
9185             }
9186             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
9187                 return false;
9188             }
9189         }
9190         catch ( final IOException e ) {
9191             System.out.println();
9192             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9193             e.printStackTrace( System.out );
9194             return true;
9195         }
9196         catch ( final Exception e ) {
9197             return false;
9198         }
9199         return true;
9200     }
9201
9202     private static boolean testWabiTxSearch() {
9203         try {
9204             String result = "";
9205             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
9206             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
9207             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
9208                 return false;
9209             }
9210             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
9211             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
9212                 return false;
9213             }
9214             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
9215             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
9216                 return false;
9217             }
9218             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
9219             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
9220                 return false;
9221             }
9222             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9223             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
9224                 return false;
9225             }
9226             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
9227             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
9228                 return false;
9229             }
9230             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
9231             queries.add( "Campylobacter coli" );
9232             queries.add( "Escherichia coli" );
9233             queries.add( "Arabidopsis" );
9234             queries.add( "Trichoplax" );
9235             queries.add( "Samanea saman" );
9236             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
9237             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
9238             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
9239             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
9240             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
9241             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
9242             ranks.add( RANKS.FAMILY );
9243             ranks.add( RANKS.GENUS );
9244             ranks.add( RANKS.TRIBE );
9245             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
9246             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
9247             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
9248         }
9249         catch ( final Exception e ) {
9250             System.out.println();
9251             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
9252             e.printStackTrace( System.out );
9253             return false;
9254         }
9255         return true;
9256     }
9257
9258     private static boolean testAminoAcidSequence() {
9259         try {
9260             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
9261             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
9262                 return false;
9263             }
9264             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
9265                 return false;
9266             }
9267             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
9268                 return false;
9269             }
9270             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
9271                 return false;
9272             }
9273             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
9274             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
9275                 return false;
9276             }
9277             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
9278             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9279                 return false;
9280             }
9281             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
9282             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
9283                 return false;
9284             }
9285         }
9286         catch ( final Exception e ) {
9287             e.printStackTrace();
9288             return false;
9289         }
9290         return true;
9291     }
9292
9293     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
9294         try {
9295             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
9296             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
9297                 return false;
9298             }
9299             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
9300                 return false;
9301             }
9302             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
9303             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
9304                 return false;
9305             }
9306             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
9307                 return false;
9308             }
9309         }
9310         catch ( final Exception e ) {
9311             e.printStackTrace();
9312             return false;
9313         }
9314         return true;
9315     }
9316
9317     private static boolean testFastaParser() {
9318         try {
9319             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
9320                 return false;
9321             }
9322             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
9323                 return false;
9324             }
9325             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
9326             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
9327                 return false;
9328             }
9329             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
9330                 return false;
9331             }
9332             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
9333                 return false;
9334             }
9335             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
9336                 return false;
9337             }
9338             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
9339                 return false;
9340             }
9341             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
9342                 return false;
9343             }
9344         }
9345         catch ( final Exception e ) {
9346             e.printStackTrace();
9347             return false;
9348         }
9349         return true;
9350     }
9351
9352     private static boolean testGeneralMsaParser() {
9353         try {
9354             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
9355             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
9356             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
9357             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
9358             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
9359             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
9360             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
9361             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
9362             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9363                 return false;
9364             }
9365             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9366                 return false;
9367             }
9368             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9369                 return false;
9370             }
9371             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9372                 return false;
9373             }
9374             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9375                 return false;
9376             }
9377             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9378                 return false;
9379             }
9380             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9381                 return false;
9382             }
9383             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9384                 return false;
9385             }
9386             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
9387                 return false;
9388             }
9389             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
9390                 return false;
9391             }
9392             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
9393                 return false;
9394             }
9395             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
9396                 return false;
9397             }
9398             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
9399             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9400                 return false;
9401             }
9402             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9403                 return false;
9404             }
9405             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9406                 return false;
9407             }
9408             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
9409             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
9410                 return false;
9411             }
9412             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
9413                 return false;
9414             }
9415             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
9416                 return false;
9417             }
9418             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
9419             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
9420                 return false;
9421             }
9422             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
9423                 return false;
9424             }
9425             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
9426                 return false;
9427             }
9428         }
9429         catch ( final Exception e ) {
9430             e.printStackTrace();
9431             return false;
9432         }
9433         return true;
9434     }
9435
9436     private static boolean testMafft( final String path ) {
9437         try {
9438             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
9439             opts.add( "--maxiterate" );
9440             opts.add( "1000" );
9441             opts.add( "--localpair" );
9442             opts.add( "--quiet" );
9443             Msa msa = null;
9444             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
9445             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
9446             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
9447                 return false;
9448             }
9449             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
9450                 return false;
9451             }
9452         }
9453         catch ( final Exception e ) {
9454             e.printStackTrace( System.out );
9455             return false;
9456         }
9457         return true;
9458     }
9459
9460     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
9461         try {
9462             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
9463             PhylogenyNode n;
9464             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9465             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9466             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
9467             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9468             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9469             n = t0.getFirstExternalNode();
9470             while ( n != null ) {
9471                 ext.add( n );
9472                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9473             }
9474             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9475                 return false;
9476             }
9477             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9478                 return false;
9479             }
9480             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9481                 return false;
9482             }
9483             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
9484                 return false;
9485             }
9486             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
9487                 return false;
9488             }
9489             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
9490                 return false;
9491             }
9492             ext.clear();
9493             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9494             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
9495             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9496             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9497             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9498             n = t1.getNode( "ab" );
9499             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9500             while ( n != null ) {
9501                 ext.add( n );
9502                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9503             }
9504             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9505                 return false;
9506             }
9507             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9508                 return false;
9509             }
9510             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9511                 return false;
9512             }
9513             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
9514                 return false;
9515             }
9516             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
9517                 return false;
9518             }
9519             //
9520             //
9521             ext.clear();
9522             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9523             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
9524             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9525             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9526             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9527             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9528             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9529             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9530             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9531             n = t2.getNode( "ab" );
9532             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9533             while ( n != null ) {
9534                 ext.add( n );
9535                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9536             }
9537             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9538                 return false;
9539             }
9540             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9541                 return false;
9542             }
9543             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
9544                 return false;
9545             }
9546             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9547                 return false;
9548             }
9549             //
9550             //
9551             ext.clear();
9552             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9553             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
9554             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9555             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9556             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9557             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9558             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9559             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9560             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9561             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9562             n = t3.getNode( "ab" );
9563             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
9564             while ( n != null ) {
9565                 ext.add( n );
9566                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9567             }
9568             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9569                 return false;
9570             }
9571             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
9572                 return false;
9573             }
9574             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9575                 return false;
9576             }
9577             //
9578             //
9579             ext.clear();
9580             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9581             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
9582             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9583             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9584             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9585             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9586             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9587             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
9588             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9589             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9590             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
9591             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
9592             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
9593                 return false;
9594             }
9595             //
9596             //
9597             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9598             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
9599             ext.clear();
9600             n = t5.getFirstExternalNode();
9601             while ( n != null ) {
9602                 ext.add( n );
9603                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9604             }
9605             if ( ext.size() != 8 ) {
9606                 return false;
9607             }
9608             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9609                 return false;
9610             }
9611             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9612                 return false;
9613             }
9614             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9615                 return false;
9616             }
9617             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9618                 return false;
9619             }
9620             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9621                 return false;
9622             }
9623             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9624                 return false;
9625             }
9626             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
9627                 return false;
9628             }
9629             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
9630                 return false;
9631             }
9632             //
9633             //
9634             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9635             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
9636             ext.clear();
9637             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9638             n = t6.getNode( "ab" );
9639             while ( n != null ) {
9640                 ext.add( n );
9641                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9642             }
9643             if ( ext.size() != 7 ) {
9644                 return false;
9645             }
9646             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9647                 return false;
9648             }
9649             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9650                 return false;
9651             }
9652             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9653                 return false;
9654             }
9655             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9656                 return false;
9657             }
9658             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9659                 return false;
9660             }
9661             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9662                 return false;
9663             }
9664             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9665                 return false;
9666             }
9667             //
9668             //
9669             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9670             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
9671             ext.clear();
9672             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9673             n = t7.getNode( "a" );
9674             while ( n != null ) {
9675                 ext.add( n );
9676                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9677             }
9678             if ( ext.size() != 7 ) {
9679                 return false;
9680             }
9681             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9682                 return false;
9683             }
9684             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9685                 return false;
9686             }
9687             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9688                 return false;
9689             }
9690             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9691                 return false;
9692             }
9693             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9694                 return false;
9695             }
9696             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9697                 return false;
9698             }
9699             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9700                 return false;
9701             }
9702             //
9703             //
9704             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9705             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
9706             ext.clear();
9707             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9708             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
9709             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9710             n = t8.getNode( "a" );
9711             while ( n != null ) {
9712                 ext.add( n );
9713                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9714             }
9715             if ( ext.size() != 7 ) {
9716                 return false;
9717             }
9718             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9719                 return false;
9720             }
9721             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9722                 return false;
9723             }
9724             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
9725                 System.out.println( "2 fail" );
9726                 return false;
9727             }
9728             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9729                 return false;
9730             }
9731             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
9732                 return false;
9733             }
9734             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
9735                 return false;
9736             }
9737             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
9738                 return false;
9739             }
9740             //
9741             //
9742             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9743             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
9744             ext.clear();
9745             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9746             n = t9.getNode( "a" );
9747             while ( n != null ) {
9748                 ext.add( n );
9749                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9750             }
9751             if ( ext.size() != 7 ) {
9752                 return false;
9753             }
9754             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9755                 return false;
9756             }
9757             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9758                 return false;
9759             }
9760             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9761                 return false;
9762             }
9763             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9764                 return false;
9765             }
9766             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9767                 return false;
9768             }
9769             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9770                 return false;
9771             }
9772             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9773                 return false;
9774             }
9775             //
9776             //
9777             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9778             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
9779             ext.clear();
9780             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9781             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9782             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9783             n = t10.getNode( "a" );
9784             while ( n != null ) {
9785                 ext.add( n );
9786                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9787             }
9788             if ( ext.size() != 7 ) {
9789                 return false;
9790             }
9791             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9792                 return false;
9793             }
9794             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9795                 return false;
9796             }
9797             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9798                 return false;
9799             }
9800             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9801                 return false;
9802             }
9803             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9804                 return false;
9805             }
9806             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
9807                 return false;
9808             }
9809             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
9810                 return false;
9811             }
9812             //
9813             //
9814             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9815             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
9816             ext.clear();
9817             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9818             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9819             n = t11.getNode( "a" );
9820             while ( n != null ) {
9821                 ext.add( n );
9822                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9823             }
9824             if ( ext.size() != 6 ) {
9825                 return false;
9826             }
9827             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9828                 return false;
9829             }
9830             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9831                 return false;
9832             }
9833             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9834                 return false;
9835             }
9836             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9837                 return false;
9838             }
9839             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9840                 return false;
9841             }
9842             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9843                 return false;
9844             }
9845             //
9846             //
9847             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9848             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
9849             ext.clear();
9850             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9851             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9852             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
9853             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
9854             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
9855             n = t12.getNode( "a" );
9856             while ( n != null ) {
9857                 ext.add( n );
9858                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9859             }
9860             if ( ext.size() != 6 ) {
9861                 return false;
9862             }
9863             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
9864                 return false;
9865             }
9866             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
9867                 return false;
9868             }
9869             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
9870                 return false;
9871             }
9872             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
9873                 return false;
9874             }
9875             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
9876                 return false;
9877             }
9878             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9879                 return false;
9880             }
9881             //
9882             //
9883             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9884             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
9885             ext.clear();
9886             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9887             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
9888             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9889             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9890             n = t13.getNode( "ab" );
9891             while ( n != null ) {
9892                 ext.add( n );
9893                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9894             }
9895             if ( ext.size() != 5 ) {
9896                 return false;
9897             }
9898             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9899                 return false;
9900             }
9901             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9902                 return false;
9903             }
9904             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9905                 return false;
9906             }
9907             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9908                 return false;
9909             }
9910             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9911                 return false;
9912             }
9913             //
9914             //
9915             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9916             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
9917             ext.clear();
9918             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9919             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9920             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9921             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9922             n = t14.getNode( "ab" );
9923             while ( n != null ) {
9924                 ext.add( n );
9925                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9926             }
9927             if ( ext.size() != 5 ) {
9928                 return false;
9929             }
9930             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9931                 return false;
9932             }
9933             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9934                 return false;
9935             }
9936             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9937                 return false;
9938             }
9939             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9940                 return false;
9941             }
9942             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9943                 return false;
9944             }
9945             //
9946             //
9947             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9948             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
9949             ext.clear();
9950             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9951             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9952             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9953             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9954             n = t15.getNode( "ab" );
9955             while ( n != null ) {
9956                 ext.add( n );
9957                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9958             }
9959             if ( ext.size() != 6 ) {
9960                 return false;
9961             }
9962             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
9963                 return false;
9964             }
9965             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
9966                 return false;
9967             }
9968             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
9969                 return false;
9970             }
9971             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
9972                 return false;
9973             }
9974             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
9975                 return false;
9976             }
9977             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
9978                 return false;
9979             }
9980             //
9981             //
9982             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
9983             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
9984             ext.clear();
9985             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
9986             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
9987             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
9988             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
9989             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
9990             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
9991             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
9992             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
9993             n = t16.getNode( "ab" );
9994             while ( n != null ) {
9995                 ext.add( n );
9996                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
9997             }
9998             if ( ext.size() != 4 ) {
9999                 return false;
10000             }
10001             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
10002                 return false;
10003             }
10004             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
10005                 return false;
10006             }
10007             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
10008                 return false;
10009             }
10010             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
10011                 return false;
10012             }
10013         }
10014         catch ( final Exception e ) {
10015             e.printStackTrace( System.out );
10016             return false;
10017         }
10018         return true;
10019     }
10020
10021     private static boolean testMsaQualityMethod() {
10022         try {
10023             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
10024             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
10025             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
10026             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
10027             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
10028             l.add( s0 );
10029             l.add( s1 );
10030             l.add( s2 );
10031             l.add( s3 );
10032             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
10033             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
10034                 return false;
10035             }
10036             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
10037                 return false;
10038             }
10039             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
10040                 return false;
10041             }
10042             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
10043                 return false;
10044             }
10045         }
10046         catch ( final Exception e ) {
10047             e.printStackTrace( System.out );
10048             return false;
10049         }
10050         return true;
10051     }
10052
10053     private static boolean testSequenceIdParsing() {
10054         try {
10055             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
10056             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10057                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10058                 if ( id != null ) {
10059                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10060                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10061                 }
10062                 return false;
10063             }
10064             //
10065             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
10066             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10067                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10068                 if ( id != null ) {
10069                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10070                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10071                 }
10072                 return false;
10073             }
10074             //
10075             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
10076             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10077                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10078                 if ( id != null ) {
10079                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10080                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10081                 }
10082                 return false;
10083             }
10084             //
10085             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
10086             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10087                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10088                 if ( id != null ) {
10089                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10090                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10091                 }
10092                 return false;
10093             }
10094             //
10095             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
10096             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10097                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10098                 if ( id != null ) {
10099                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10100                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10101                 }
10102                 return false;
10103             }
10104             //
10105             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
10106             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10107                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10108                 if ( id != null ) {
10109                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10110                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10111                 }
10112                 return false;
10113             }
10114             //
10115             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
10116             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10117                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
10118                 if ( id != null ) {
10119                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10120                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10121                 }
10122                 return false;
10123             }
10124             //
10125             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
10126             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10127                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10128                 if ( id != null ) {
10129                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10130                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10131                 }
10132                 return false;
10133             }
10134             //
10135             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
10136             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10137                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
10138                 if ( id != null ) {
10139                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10140                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10141                 }
10142                 return false;
10143             }
10144             //
10145             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
10146             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10147                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10148                 if ( id != null ) {
10149                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10150                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10151                 }
10152                 return false;
10153             }
10154             //
10155             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
10156             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
10157                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
10158                 if ( id != null ) {
10159                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10160                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10161                 }
10162                 return false;
10163             }
10164             //
10165             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
10166             if ( id != null ) {
10167                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
10168                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
10169                 return false;
10170             }
10171             // lcl_91970_unknown_
10172         }
10173         catch ( final Exception e ) {
10174             e.printStackTrace( System.out );
10175             return false;
10176         }
10177         return true;
10178     }
10179 }