forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  55 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  56 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  57 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  58 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  59 import org.forester.msa.BasicMsa;
  60 import org.forester.msa.Mafft;
  61 import org.forester.msa.Msa;
  62 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  63 import org.forester.msa.MsaMethods;
  64 import org.forester.pccx.TestPccx;
  65 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  68 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  69 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  70 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  71 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  72 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  74 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  75 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  76 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  77 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  80 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  81 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  83 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  84 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  85 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  86 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  87 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  88 import org.forester.protein.Protein;
  89 import org.forester.rio.TestRIO;
  90 import org.forester.sdi.SDI;
  91 import org.forester.sdi.SDIR;
  92 import org.forester.sdi.SDI;
  93 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  94 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  95 import org.forester.sequence.Sequence;
  96 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  97 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  98 import org.forester.tools.SupportCount;
  99 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
 100 import org.forester.util.AsciiHistogram;
 101 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.BasicTable;
 103 import org.forester.util.BasicTableParser;
 104 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 105 import org.forester.util.ForesterConstants;
 106 import org.forester.util.ForesterUtil;
 107 import org.forester.util.GeneralTable;
 108 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 109 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 110 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 111 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 114 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 115 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 116
 117 @SuppressWarnings( "unused")
 118 public final class Test {
 119
 120     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 121     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 125                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 126                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 127     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 128     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 132                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 133                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 134
 135     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 136         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 137         return p;
 138     }
 139
 140     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 141         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 142         return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 143     }
 144
 145     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 146         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 147     }
 148
 149     public static void main( final String[] args ) {
 150         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 151         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 152                 + "]" );
 153         Locale.setDefault( Locale.US );
 154         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 155         int failed = 0;
 156         int succeeded = 0;
 157         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 158         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 159             System.out.println( "OK.]" );
 160         }
 161         else {
 162             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 163             System.out.println( "Testing aborted." );
 164             System.exit( -1 );
 165         }
 166         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 167         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 168             System.out.println( "OK.]" );
 169         }
 170         else {
 171             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 172             System.out.println( "Testing aborted." );
 173             System.exit( -1 );
 174         }
 175         final long start_time = new Date().getTime();
 176         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 177         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 178             System.out.println( "OK." );
 179             succeeded++;
 180         }
 181         else {
 182             System.out.println( "failed." );
 183             failed++;
 184         }
 185         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 186         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 187             System.out.println( "OK." );
 188             succeeded++;
 189         }
 190         else {
 191             System.out.println( "failed." );
 192             failed++;
 193         }
 194         System.out.print( "Basic node methods: " );
 195         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 196             System.out.println( "OK." );
 197             succeeded++;
 198         }
 199         else {
 200             System.out.println( "failed." );
 201             failed++;
 202         }
 203         System.out.print( "Taxonomy extraction: " );
 204         if ( Test.testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() ) {
 205             System.out.println( "OK." );
 206             succeeded++;
 207         }
 208         else {
 209             System.out.println( "failed." );
 210             failed++;
 211         }
 212         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 213         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 214             System.out.println( "OK." );
 215             succeeded++;
 216         }
 217         else {
 218             System.out.println( "failed." );
 219             failed++;
 220         }
 221         System.out.print( "NH parsing: " );
 222         if ( Test.testNHParsing() ) {
 223             System.out.println( "OK." );
 224             succeeded++;
 225         }
 226         else {
 227             System.out.println( "failed." );
 228             failed++;
 229         }
 230         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 231         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 232             System.out.println( "OK." );
 233             succeeded++;
 234         }
 235         else {
 236             System.out.println( "failed." );
 237             failed++;
 238         }
 239         System.out.print( "NHX parsing: " );
 240         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 241             System.out.println( "OK." );
 242             succeeded++;
 243         }
 244         else {
 245             System.out.println( "failed." );
 246             failed++;
 247         }
 248         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 249         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 250             System.out.println( "OK." );
 251             succeeded++;
 252         }
 253         else {
 254             System.out.println( "failed." );
 255             failed++;
 256         }
 257         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 258         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 259             System.out.println( "OK." );
 260             succeeded++;
 261         }
 262         else {
 263             System.out.println( "failed." );
 264             failed++;
 265         }
 266         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 267         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 268             System.out.println( "OK." );
 269             succeeded++;
 270         }
 271         else {
 272             System.out.println( "failed." );
 273             failed++;
 274         }
 275         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 276         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 277             System.out.println( "OK." );
 278             succeeded++;
 279         }
 280         else {
 281             System.out.println( "failed." );
 282             failed++;
 283         }
 284         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 285         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 286             System.out.println( "OK." );
 287             succeeded++;
 288         }
 289         else {
 290             System.out.println( "failed." );
 291             failed++;
 292         }
 293         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 294         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 295             System.out.println( "OK." );
 296             succeeded++;
 297         }
 298         else {
 299             System.out.println( "failed." );
 300             failed++;
 301         }
 302         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 303         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 304             System.out.println( "OK." );
 305             succeeded++;
 306         }
 307         else {
 308             System.out.println( "failed." );
 309             failed++;
 310         }
 311         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 312         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 313             System.out.println( "OK." );
 314             succeeded++;
 315         }
 316         else {
 317             System.out.println( "failed." );
 318             failed++;
 319         }
 320         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 321         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 322             System.out.println( "OK." );
 323             succeeded++;
 324         }
 325         else {
 326             System.out.println( "failed." );
 327             failed++;
 328         }
 329         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 330         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 331             System.out.println( "OK." );
 332             succeeded++;
 333         }
 334         else {
 335             System.out.println( "failed." );
 336             failed++;
 337         }
 338         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 339         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 340             System.out.println( "OK." );
 341             succeeded++;
 342         }
 343         else {
 344             System.out.println( "failed." );
 345             failed++;
 346         }
 347         System.out.print( "Copying of node data: " );
 348         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 349             System.out.println( "OK." );
 350             succeeded++;
 351         }
 352         else {
 353             System.out.println( "failed." );
 354             failed++;
 355         }
 356         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 357         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 358             System.out.println( "OK." );
 359             succeeded++;
 360         }
 361         else {
 362             System.out.println( "failed." );
 363             failed++;
 364         }
 365         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 366         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 367             System.out.println( "OK." );
 368             succeeded++;
 369         }
 370         else {
 371             System.out.println( "failed." );
 372             failed++;
 373         }
 374         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 375         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 376             System.out.println( "OK." );
 377             succeeded++;
 378         }
 379         else {
 380             System.out.println( "failed." );
 381             failed++;
 382         }
 383         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 384         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 385             System.out.println( "OK." );
 386             succeeded++;
 387         }
 388         else {
 389             System.out.println( "failed." );
 390             failed++;
 391         }
 392         System.out.print( "Re-id methods: " );
 393         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 394             System.out.println( "OK." );
 395             succeeded++;
 396         }
 397         else {
 398             System.out.println( "failed." );
 399             failed++;
 400         }
 401         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 402         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 403             System.out.println( "OK." );
 404             succeeded++;
 405         }
 406         else {
 407             System.out.println( "failed." );
 408             failed++;
 409         }
 410         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 411         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 412             System.out.println( "OK." );
 413             succeeded++;
 414         }
 415         else {
 416             System.out.println( "failed." );
 417             failed++;
 418         }
 419         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 420         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 421             System.out.println( "OK." );
 422             succeeded++;
 423         }
 424         else {
 425             System.out.println( "failed." );
 426             failed++;
 427         }
 428         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 429         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 430             System.out.println( "OK." );
 431             succeeded++;
 432         }
 433         else {
 434             System.out.println( "failed." );
 435             failed++;
 436         }
 437         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 438         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 439             System.out.println( "OK." );
 440             succeeded++;
 441         }
 442         else {
 443             System.out.println( "failed." );
 444             failed++;
 445         }
 446         System.out.print( "Rerooting: " );
 447         if ( Test.testRerooting() ) {
 448             System.out.println( "OK." );
 449             succeeded++;
 450         }
 451         else {
 452             System.out.println( "failed." );
 453             failed++;
 454         }
 455         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 456         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 457             System.out.println( "OK." );
 458             succeeded++;
 459         }
 460         else {
 461             System.out.println( "failed." );
 462             failed++;
 463         }
 464         System.out.print( "Support count: " );
 465         if ( Test.testSupportCount() ) {
 466             System.out.println( "OK." );
 467             succeeded++;
 468         }
 469         else {
 470             System.out.println( "failed." );
 471             failed++;
 472         }
 473         System.out.print( "Support transfer: " );
 474         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 475             System.out.println( "OK." );
 476             succeeded++;
 477         }
 478         else {
 479             System.out.println( "failed." );
 480             failed++;
 481         }
 482         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 483         if ( Test.testGetLCA() ) {
 484             System.out.println( "OK." );
 485             succeeded++;
 486         }
 487         else {
 488             System.out.println( "failed." );
 489             failed++;
 490         }
 491         System.out.print( "Finding of LCA 2: " );
 492         if ( Test.testGetLCA2() ) {
 493             System.out.println( "OK." );
 494             succeeded++;
 495         }
 496         else {
 497             System.out.println( "failed." );
 498             failed++;
 499         }
 500         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 501         if ( Test.testGetDistance() ) {
 502             System.out.println( "OK." );
 503             succeeded++;
 504         }
 505         else {
 506             System.out.println( "failed." );
 507             failed++;
 508         }
 509         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 510         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 511             System.out.println( "OK." );
 512             succeeded++;
 513         }
 514         else {
 515             System.out.println( "failed." );
 516             failed++;
 517         }
 518         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 519         if ( Test.testDataObjects() ) {
 520             System.out.println( "OK." );
 521             succeeded++;
 522         }
 523         else {
 524             System.out.println( "failed." );
 525             failed++;
 526         }
 527         System.out.print( "Properties map: " );
 528         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 529             System.out.println( "OK." );
 530             succeeded++;
 531         }
 532         else {
 533             System.out.println( "failed." );
 534             failed++;
 535         }
 536         System.out.print( "SDIse: " );
 537         if ( Test.testSDIse() ) {
 538             System.out.println( "OK." );
 539             succeeded++;
 540         }
 541         else {
 542             System.out.println( "failed." );
 543             failed++;
 544         }
 545         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 546         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 547             System.out.println( "OK." );
 548             succeeded++;
 549         }
 550         else {
 551             System.out.println( "failed." );
 552             failed++;
 553         }
 554         System.out.print( "GSDI: " );
 555         if ( TestGSDI.test() ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "RIO: " );
 564         if ( TestRIO.test() ) {
 565             System.out.println( "OK." );
 566             succeeded++;
 567         }
 568         else {
 569             System.out.println( "failed." );
 570             failed++;
 571         }
 572         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 573         System.out.println();
 574         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 583         System.out.println();
 584         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 585             System.out.println( "OK." );
 586             succeeded++;
 587         }
 588         else {
 589             System.out.println( "failed." );
 590             failed++;
 591         }
 592         System.out.print( "GO: " );
 593         System.out.println();
 594         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 595             System.out.println( "OK." );
 596             succeeded++;
 597         }
 598         else {
 599             System.out.println( "failed." );
 600             failed++;
 601         }
 602         System.out.print( "Modeling tools: " );
 603         if ( TestPccx.test() ) {
 604             System.out.println( "OK." );
 605             succeeded++;
 606         }
 607         else {
 608             System.out.println( "failed." );
 609             failed++;
 610         }
 611         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 612         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 613             System.out.println( "OK." );
 614             succeeded++;
 615         }
 616         else {
 617             System.out.println( "failed." );
 618             failed++;
 619         }
 620         System.out.print( "Split Matrix: " );
 621         if ( Test.testSplit() ) {
 622             System.out.println( "OK." );
 623             succeeded++;
 624         }
 625         else {
 626             System.out.println( "failed." );
 627             failed++;
 628         }
 629         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 630         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 631             System.out.println( "OK." );
 632             succeeded++;
 633         }
 634         else {
 635             System.out.println( "failed." );
 636             failed++;
 637         }
 638         System.out.print( "Basic table: " );
 639         if ( Test.testBasicTable() ) {
 640             System.out.println( "OK." );
 641             succeeded++;
 642         }
 643         else {
 644             System.out.println( "failed." );
 645             failed++;
 646         }
 647         System.out.print( "General table: " );
 648         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 649             System.out.println( "OK." );
 650             succeeded++;
 651         }
 652         else {
 653             System.out.println( "failed." );
 654             failed++;
 655         }
 656         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 657         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 658             System.out.println( "OK." );
 659             succeeded++;
 660         }
 661         else {
 662             System.out.println( "failed." );
 663             failed++;
 664         }
 665         System.out.print( "General MSA parser: " );
 666         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 667             System.out.println( "OK." );
 668             succeeded++;
 669         }
 670         else {
 671             System.out.println( "failed." );
 672             failed++;
 673         }
 674         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 675         if ( Test.testFastaParser() ) {
 676             System.out.println( "OK." );
 677             succeeded++;
 678         }
 679         else {
 680             System.out.println( "failed." );
 681             failed++;
 682         }
 683         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 684         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 685             System.out.println( "OK." );
 686             succeeded++;
 687         }
 688         else {
 689             System.out.println( "failed." );
 690             failed++;
 691         }
 692         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 693         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 694             System.out.println( "OK." );
 695             succeeded++;
 696         }
 697         else {
 698             System.out.println( "failed." );
 699             failed++;
 700         }
 701         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 702         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 703             System.out.println( "OK." );
 704             succeeded++;
 705         }
 706         else {
 707             System.out.println( "failed." );
 708             failed++;
 709         }
 710         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 711         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 712             System.out.println( "OK." );
 713             succeeded++;
 714         }
 715         else {
 716             System.out.println( "failed." );
 717             failed++;
 718         }
 719         //----
 720         String path = "";
 721         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 722         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 723             path = "/usr/local/bin/mafft";
 724         }
 725         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 726             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 727         }
 728         else {
 729             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 730         }
 731         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 732             path = "mafft";
 733         }
 734         if ( !MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 735             path = "/usr/local/bin/mafft";
 736         }
 737         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 738             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 739             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 740                 System.out.println( "OK." );
 741                 succeeded++;
 742             }
 743             else {
 744                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 745             }
 746         }
 747         //----
 748         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 749         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 750             System.out.println( "OK." );
 751             succeeded++;
 752         }
 753         else {
 754             System.out.println( "failed." );
 755             failed++;
 756         }
 757         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 758         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 759             System.out.println( "OK." );
 760             succeeded++;
 761         }
 762         else {
 763             System.out.println( "failed." );
 764             failed++;
 765         }
 766         System.out.println();
 767         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 768         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 769         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 770         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 771                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 772         System.out.println();
 773         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 774         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 775         System.out.println();
 776         if ( failed < 1 ) {
 777             System.out.println( "OK." );
 778         }
 779         else {
 780             System.out.println( "Not OK." );
 781         }
 782     }
 783
 784     private static boolean testExtractTaxonomyCodeFromNodeName() {
 785         try {
 786             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "MOUSE", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "MOUSE" ) ) {
 787                 return false;
 788             }
 789             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 790                 return false;
 791             }
 792             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "RAT1", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 793                 return false;
 794             }
 795             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 796                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 797                 return false;
 798             }
 799             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 800                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 801                 return false;
 802             }
 803             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 804                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 805                 return false;
 806             }
 807             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 808                 return false;
 809             }
 810             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSEFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 811                 return false;
 812             }
 813             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 814                     .equals( "RAT" ) ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT_function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 818                     .equals( "RAT" ) ) {
 819                 return false;
 820             }
 821             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT|function = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 822                     .equals( "RAT" ) ) {
 823                 return false;
 824             }
 825             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATfunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 826                 return false;
 827             }
 828             if ( ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RATFunction = 23445", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ) != null ) {
 829                 return false;
 830             }
 831             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_RAT/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES ).equals( "RAT" ) ) {
 832                 return false;
 833             }
 834             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_PIG/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 835                     .equals( "PIG" ) ) {
 836                 return false;
 837             }
 838             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.YES )
 839                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( !ParserUtils.extractTaxonomyCodeFromNodeName( "BCL2_MOUSE/1-3", TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY )
 843                     .equals( "MOUSE" ) ) {
 844                 return false;
 845             }
 846         }
 847         catch ( final Exception e ) {
 848             e.printStackTrace( System.out );
 849             return false;
 850         }
 851         return true;
 852     }
 853
 854     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 855         try {
 856             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 857                 return false;
 858             }
 859             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 860             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 861                     .createInstanceFromNhxString( "", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 862             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 863                     .createInstanceFromNhxString( "n3", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 864             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 865                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 866             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 867                 return false;
 868             }
 869             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 870                 return false;
 871             }
 872             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 873                 return false;
 874             }
 875             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 876                 return false;
 877             }
 878             if ( !n3.isExternal() ) {
 879                 return false;
 880             }
 881             if ( !n3.isRoot() ) {
 882                 return false;
 883             }
 884             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 885                 return false;
 886             }
 887         }
 888         catch ( final Exception e ) {
 889             e.printStackTrace( System.out );
 890             return false;
 891         }
 892         return true;
 893     }
 894
 895     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 896         try {
 897             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 898             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 899             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 900                                                               xml_parser );
 901             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 902                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 903                 return false;
 904             }
 905             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 906                 return false;
 907             }
 908             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 909             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 910             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 911             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 912             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 913                 return false;
 914             }
 915             if ( !t1.isRooted() ) {
 916                 return false;
 917             }
 918             if ( t1.isRerootable() ) {
 919                 return false;
 920             }
 921             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 922                 return false;
 923             }
 924             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 925                 return false;
 926             }
 927             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 946                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 947                 return false;
 948             }
 949             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 950                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 951                 return false;
 952             }
 953             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 957                 return false;
 958             }
 959             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 960                 return false;
 961             }
 962             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 963                 return false;
 964             }
 965             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 972                 return false;
 973             }
 974             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 975                 return false;
 976             }
 977             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 978                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 979                 return false;
 980             }
 981             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 988                 return false;
 989             }
 990             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
 991                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 992                 return false;
 993             }
 994             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
 995                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 996                 return false;
 997             }
 998             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
 999                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1000                 return false;
1001             }
1002             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1003                     .equals( "experimental" ) ) {
1004                 return false;
1005             }
1006             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1007                     .equals( "function" ) ) {
1008                 return false;
1009             }
1010             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1011                     .getValue() != 1 ) {
1012                 return false;
1013             }
1014             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1015                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1016                 return false;
1017             }
1018             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1019                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1023                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1024                 return false;
1025             }
1026             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1027                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1028                 return false;
1029             }
1030             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1031                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1035                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1039                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1040                 return false;
1041             }
1042             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1043                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1044                 return false;
1045             }
1046             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1047                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1048                 return false;
1049             }
1050             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1051                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1052                 return false;
1053             }
1054             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1055                 return false;
1056             }
1057             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1058                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1059                 return false;
1060             }
1061             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1062                 return false;
1063             }
1064         }
1065         catch ( final Exception e ) {
1066             e.printStackTrace( System.out );
1067             return false;
1068         }
1069         return true;
1070     }
1071
1072     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1073         try {
1074             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1075             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1076             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1077                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1078             }
1079             else {
1080                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1081             }
1082             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1083                                                               xml_parser );
1084             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1085                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1086                 return false;
1087             }
1088             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1089                 return false;
1090             }
1091             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1092             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1093             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1094                 return false;
1095             }
1096             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1097             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1098                 return false;
1099             }
1100             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1101                 return false;
1102             }
1103             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1104                 return false;
1105             }
1106             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1107                 return false;
1108             }
1109             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1110             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1111             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1112             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1113                 return false;
1114             }
1115             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1116                 return false;
1117             }
1118             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1119                 return false;
1120             }
1121             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1122                 return false;
1123             }
1124             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1125                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1126                 return false;
1127             }
1128             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1129                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1130                 return false;
1131             }
1132             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1133             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1134             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1135             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1136             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1137                 return false;
1138             }
1139             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1140             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1141                 return false;
1142             }
1143             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1144                 return false;
1145             }
1146             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1147                 return false;
1148             }
1149             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1150                 return false;
1151             }
1152             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1153                 return false;
1154             }
1155             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1156                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1157                 return false;
1158             }
1159             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1163                 return false;
1164             }
1165             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1166                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1170                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getRef()
1174                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1175                 return false;
1176             }
1177             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getSource()
1178                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getEvidence()
1182                     .equals( "experimental" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getType()
1186                     .equals( "function" ) ) {
1187                 return false;
1188             }
1189             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1190                     .getValue() != 1 ) {
1191                 return false;
1192             }
1193             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getConfidence()
1194                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1195                 return false;
1196             }
1197             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1198                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1199                 return false;
1200             }
1201             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1202                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1206                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1210                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1214                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1218                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getProperties()
1222                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1226                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1227                 return false;
1228             }
1229             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getDesc()
1230                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1231                 return false;
1232             }
1233             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1234                 return false;
1235             }
1236             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1237                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1244                 return false;
1245             }
1246             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1247                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1251                 return false;
1252             }
1253             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1254                 return false;
1255             }
1256             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1263                     .equals( "ncbi" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1267                 return false;
1268             }
1269             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1270                     .getName().equals( "B" ) ) {
1271                 return false;
1272             }
1273             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1274                     .getFrom() != 21 ) {
1275                 return false;
1276             }
1277             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1278                 return false;
1279             }
1280             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1281                     .getLength() != 24 ) {
1282                 return false;
1283             }
1284             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1285                     .getConfidence() != 2144 ) {
1286                 return false;
1287             }
1288             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1289                     .equals( "pfam" ) ) {
1290                 return false;
1291             }
1292             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1299                 return false;
1300             }
1301             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1302                 return false;
1303             }
1304             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1305             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1306                 return false;
1307             }
1308             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1309                 return false;
1310             }
1311             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1315                 return false;
1316             }
1317             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1318                 return false;
1319             }
1320             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1321                 return false;
1322             }
1323             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1324                 return false;
1325             }
1326             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1327                 return false;
1328             }
1329             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1342                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1343                 ;
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1347                 return false;
1348             }
1349             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1350                 return false;
1351             }
1352             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1353                 return false;
1354             }
1355             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             //
1368             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1369                 return false;
1370             }
1371             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1372                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1373                 return false;
1374             }
1375             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1376                 return false;
1377             }
1378             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1379                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1380                 return false;
1381             }
1382             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1383                 return false;
1384             }
1385             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1386                 return false;
1387             }
1388             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1389                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1390                 return false;
1391             }
1392         }
1393         catch ( final Exception e ) {
1394             e.printStackTrace( System.out );
1395             return false;
1396         }
1397         return true;
1398     }
1399
1400     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1401         try {
1402             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1403             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1404             try {
1405                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1406             }
1407             catch ( final Exception e ) {
1408                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1409             }
1410             if ( xml_parser == null ) {
1411                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1412                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1413                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1414                 }
1415                 else {
1416                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1417                 }
1418             }
1419             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1420                                                               xml_parser );
1421             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1422                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1423                 return false;
1424             }
1425             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1426                 return false;
1427             }
1428             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1429             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1430             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1431             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1432             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1433                 return false;
1434             }
1435             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1436                 return false;
1437             }
1438             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1445                 return false;
1446             }
1447             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1448                 return false;
1449             }
1450             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1451                 return false;
1452             }
1453             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1454             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1455             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1456                 System.out.println( "errors:" );
1457                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1464                                                               xml_parser );
1465             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1466                 System.out.println( "errors:" );
1467                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1474                 return false;
1475             }
1476             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1477                                                               xml_parser );
1478             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1479                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1480                 return false;
1481             }
1482             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1483                 return false;
1484             }
1485             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1486             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1487                 return false;
1488             }
1489             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1490                 return false;
1491             }
1492             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1493                 return false;
1494             }
1495             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1496                 return false;
1497             }
1498             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1499                                                               xml_parser );
1500             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1501                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1508             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1509                 return false;
1510             }
1511             s.getNode( "first" );
1512             s.getNode( "<>" );
1513             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1514             s.getNode( "'''\"" );
1515             s.getNode( "\"\"\"" );
1516             s.getNode( "dick & doof" );
1517         }
1518         catch ( final Exception e ) {
1519             e.printStackTrace( System.out );
1520             return false;
1521         }
1522         return true;
1523     }
1524
1525     private static boolean testBasicTable() {
1526         try {
1527             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1528             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1529                 return false;
1530             }
1531             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1532                 return false;
1533             }
1534             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1535             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1536             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1537             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1538             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1539             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1540             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1541             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1542             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1543                 return false;
1544             }
1545             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1552                 return false;
1553             }
1554             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1555                 return false;
1556             }
1557             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1558                 return false;
1559             }
1560             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1561                 return false;
1562             }
1563             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1564                 return false;
1565             }
1566             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1567                 return false;
1568             }
1569             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1570                 return false;
1571             }
1572             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1573             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1574             source.append( "" + l );
1575             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1576             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1577             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1578             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1579             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1580             source.append( "40 41 42 43" + l );
1581             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1582             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1583             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1584             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1585                 return false;
1586             }
1587             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1588                 return false;
1589             }
1590             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1591                 return false;
1592             }
1593             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1597                 return false;
1598             }
1599             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1600                 return false;
1601             }
1602             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1603             source1.append( "" + l );
1604             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1605             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1606             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1607             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1608             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1609             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1610             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1611             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1612             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1613             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1620                 return false;
1621             }
1622             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1623                 return false;
1624             }
1625             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1626                 return false;
1627             }
1628             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1629                 return false;
1630             }
1631             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1632                 return false;
1633             }
1634             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1635                 return false;
1636             }
1637             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1638             source2.append( "" + l );
1639             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1640             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1641             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1642             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1643             source2.append( "                     " + l );
1644             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1645             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1646             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1647             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1648             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1649                                                                         ";",
1650                                                                         false,
1651                                                                         false,
1652                                                                         "comment:",
1653                                                                         false );
1654             if ( tl.size() != 2 ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1658             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1659             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1669                 return false;
1670             }
1671             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1672                 return false;
1673             }
1674             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1675                 return false;
1676             }
1677         }
1678         catch ( final Exception e ) {
1679             e.printStackTrace( System.out );
1680             return false;
1681         }
1682         return true;
1683     }
1684
1685     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1686         try {
1687             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1688             final TolParser parser = new TolParser();
1689             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1690             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1691                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1698             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( !t1.isRooted() ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1717             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1718                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1719                 return false;
1720             }
1721             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1722                 return false;
1723             }
1724             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1725             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1726                 return false;
1727             }
1728             if ( !t2.isRooted() ) {
1729                 return false;
1730             }
1731             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1732                 return false;
1733             }
1734             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1735                 return false;
1736             }
1737             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1738                 return false;
1739             }
1740             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1741                 return false;
1742             }
1743             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1747                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1748                 return false;
1749             }
1750             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1751             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1752                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1759             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1763                 return false;
1764             }
1765             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1766                 return false;
1767             }
1768             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1769                 return false;
1770             }
1771             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1772             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1773                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1774                 return false;
1775             }
1776             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1777                 return false;
1778             }
1779             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1780             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1781                 return false;
1782             }
1783             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1790                 return false;
1791             }
1792             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1793             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1794                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1801             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1802                 return false;
1803             }
1804             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1805                 return false;
1806             }
1807             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1808                 return false;
1809             }
1810             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1811                 return false;
1812             }
1813         }
1814         catch ( final Exception e ) {
1815             e.printStackTrace( System.out );
1816             return false;
1817         }
1818         return true;
1819     }
1820
1821     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1822         try {
1823             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1824             final Phylogeny t1 = factory.create();
1825             if ( !t1.isEmpty() ) {
1826                 return false;
1827             }
1828             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1829             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1830                 return false;
1831             }
1832             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1833                 return false;
1834             }
1835             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1836                 return false;
1837             }
1838             if ( t2.isEmpty() ) {
1839                 return false;
1840             }
1841             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1842             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1843                 return false;
1844             }
1845             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1852             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1853             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1854                 return false;
1855             }
1856             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1857                 return false;
1858             }
1859             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1860                 return false;
1861             }
1862             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1863             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1864             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1871             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1872             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1876             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1877             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1878                 return false;
1879             }
1880             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1881             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1882             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1883                 return false;
1884             }
1885             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             final char[] a9 = new char[] {};
1889             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1890             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1894             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1895             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1896                 return false;
1897             }
1898         }
1899         catch ( final Exception e ) {
1900             e.printStackTrace( System.out );
1901             return false;
1902         }
1903         return true;
1904     }
1905
1906     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1907         try {
1908             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1909             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1910             final Phylogeny[] ev0 = factory
1911                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1912                              new NHXParser() );
1913             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1914             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1915                 return false;
1916             }
1917             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1918                 return false;
1919             }
1920             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1921             final Phylogeny[] ev1 = factory
1922                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1923                              new NHXParser() );
1924             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
1925             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1932             final Phylogeny[] ev_b = factory
1933                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1934                              new NHXParser() );
1935             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
1936             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
1937                 return false;
1938             }
1939             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1940                 return false;
1941             }
1942             //
1943             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1944             final Phylogeny[] ev1x = factory
1945                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
1946                              new NHXParser() );
1947             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
1948             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1955             final Phylogeny[] ev_bx = factory
1956                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
1957                              new NHXParser() );
1958             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
1959             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1960                 return false;
1961             }
1962             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             //
1966             final Phylogeny[] t2 = factory
1967                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
1968                              new NHXParser() );
1969             final Phylogeny[] ev2 = factory
1970                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
1971                              new NHXParser() );
1972             for( final Phylogeny target : t2 ) {
1973                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
1974             }
1975             //
1976             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
1977                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
1978             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
1979             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
1980             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1981                 return false;
1982             }
1983             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
1984                 return false;
1985             }
1986             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
1987                 return false;
1988             }
1989         }
1990         catch ( final Exception e ) {
1991             e.printStackTrace();
1992             return false;
1993         }
1994         return true;
1995     }
1996
1997     private static boolean testCopyOfNodeData() {
1998         try {
1999             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2000                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2001             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2002             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005         }
2006         catch ( final Exception e ) {
2007             e.printStackTrace();
2008             return false;
2009         }
2010         return true;
2011     }
2012
2013     private static boolean testDataObjects() {
2014         try {
2015             final Confidence s0 = new Confidence();
2016             final Confidence s1 = new Confidence();
2017             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2018                 return false;
2019             }
2020             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2021             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2022             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2029             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2030                 return false;
2031             }
2032             s3.asSimpleText();
2033             s3.asText();
2034             // Taxonomy
2035             // ----------
2036             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2037             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2038             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2039             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2040             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2041             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2042             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2043             t1.setScientificName( "E. coli" );
2044             t1.setCommonName( "coli" );
2045             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2046             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2047                 return false;
2048             }
2049             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2050             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2051             t2.setScientificName( "what" );
2052             t2.setCommonName( "something" );
2053             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2054                 return false;
2055             }
2056             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2057             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2058                 return false;
2059             }
2060             t1.setIdentifier( null );
2061             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2062             t3.setScientificName( "what" );
2063             t3.setCommonName( "something" );
2064             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2065                 return false;
2066             }
2067             t1.setIdentifier( null );
2068             t1.setTaxonomyCode( "" );
2069             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2070             t4.setCommonName( "something" );
2071             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2072                 return false;
2073             }
2074             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2075             t4.setCommonName( "something" );
2076             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2077                 return false;
2078             }
2079             t1.setIdentifier( null );
2080             t1.setTaxonomyCode( "" );
2081             t1.setScientificName( "" );
2082             t5.setCommonName( "COLI" );
2083             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2084                 return false;
2085             }
2086             t5.setCommonName( "vibrio" );
2087             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090             // Identifier
2091             // ----------
2092             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2093             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2094             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2095                 return false;
2096             }
2097             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2098                 return false;
2099             }
2100             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2101                 return false;
2102             }
2103             id1.asSimpleText();
2104             id1.asText();
2105             // ProteinDomain
2106             // ---------------
2107             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2108             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2109             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2110                 return false;
2111             }
2112             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2113                 return false;
2114             }
2115             pd1.asSimpleText();
2116             pd1.asText();
2117             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2118             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2119             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2120                 return false;
2121             }
2122             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2123                 return false;
2124             }
2125             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2126                 return false;
2127             }
2128             pd3.asSimpleText();
2129             pd3.asText();
2130             // DomainArchitecture
2131             // ------------------
2132             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2133             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2134             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2135             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2136             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2137             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2138             domains0.add( d2 );
2139             domains0.add( d0 );
2140             domains0.add( d3 );
2141             domains0.add( d1 );
2142             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2143             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2147             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2148                 return false;
2149             }
2150             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2154                 return false;
2155             }
2156             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2157             domains1.add( d1 );
2158             domains1.add( d2 );
2159             domains1.add( d4 );
2160             domains1.add( d0 );
2161             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2162             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             ds1.asSimpleText();
2166             ds1.asText();
2167             ds1.toNHX();
2168             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2169             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2170                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2171                 return false;
2172             }
2173             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             // Event
2177             // -----
2178             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2179             if ( e1.isDuplication() ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             if ( !e1.isFusion() ) {
2183                 return false;
2184             }
2185             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2189                 return false;
2190             }
2191             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2192             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2193                 return false;
2194             }
2195             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2199             if ( e2.isDuplication() ) {
2200                 return false;
2201             }
2202             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2203                 return false;
2204             }
2205             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2212                 return false;
2213             }
2214             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2215                 return false;
2216             }
2217             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2218             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2219                 return false;
2220             }
2221             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2222             if ( e3.isDuplication() ) {
2223                 return false;
2224             }
2225             if ( e3.isSpeciation() ) {
2226                 return false;
2227             }
2228             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2232                 return false;
2233             }
2234             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2235             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2236             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             e3 = null;
2240             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2241                 return false;
2242             }
2243             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2244             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2245                 return false;
2246             }
2247             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2251             e4 = null;
2252             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2253             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2254                 return false;
2255             }
2256             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2257                 return false;
2258             }
2259             final Event e5 = new Event();
2260             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2261                 return false;
2262             }
2263             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2264                 return false;
2265             }
2266             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2267                 return false;
2268             }
2269             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2270             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2277             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2284             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2288                 return false;
2289             }
2290         }
2291         catch ( final Exception e ) {
2292             e.printStackTrace( System.out );
2293             return false;
2294         }
2295         return true;
2296     }
2297
2298     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2299         try {
2300             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2301             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2302             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2303             if ( t0.isEmpty() ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2307                 return false;
2308             }
2309             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2310             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( !t0.isEmpty() ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2317             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2318                 return false;
2319             }
2320             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2321             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2325                 return false;
2326             }
2327             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2328             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2329                 return false;
2330             }
2331             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2332             if ( !t1.isEmpty() ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2336             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2337                 return false;
2338             }
2339             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2340             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2341                 return false;
2342             }
2343             t2.toNewHampshireX();
2344             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2345             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2349             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2353             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2354                 return false;
2355             }
2356             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2357             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2358                 return false;
2359             }
2360             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2361             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2362                 return false;
2363             }
2364             n = t3.getNode( "A" );
2365             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             n = n.getNextExternalNode();
2369             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2373             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2374                 return false;
2375             }
2376             n = t3.getNode( "C" );
2377             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2378                 return false;
2379             }
2380             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2381             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2382                 return false;
2383             }
2384             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2385             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2386                 return false;
2387             }
2388             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2389             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2393             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2394                 return false;
2395             }
2396             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2397             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2398                 return false;
2399             }
2400             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2401             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2402                 return false;
2403             }
2404             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2405             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2406                 return false;
2407             }
2408             n = t4.getNode( "A" );
2409             n = n.getNextExternalNode();
2410             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             n = n.getNextExternalNode();
2414             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2418             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2422             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2423             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2424                 return false;
2425             }
2426             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2427             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2428                 return false;
2429             }
2430             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2431             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2432             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2433                 return false;
2434             }
2435             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2436             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2437                 return false;
2438             }
2439             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2440             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2441             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2442                 return false;
2443             }
2444             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2445             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2446                 return false;
2447             }
2448             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2449             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2450             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2454             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2458             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2459             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2463             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2467             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2468             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2469                 return false;
2470             }
2471             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2472             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2473                 return false;
2474             }
2475             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2476             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2477             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2478                 return false;
2479             }
2480             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2481             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2482                 return false;
2483             }
2484             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2485             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2486                 return false;
2487             }
2488             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2489             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2490                 return false;
2491             }
2492             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2493             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2494             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2495                 return false;
2496             }
2497             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2498             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2499                 return false;
2500             }
2501             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2502             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2503                 return false;
2504             }
2505             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2506             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2507                 return false;
2508             }
2509             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2510             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2511                 return false;
2512             }
2513             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2514             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2515                 return false;
2516             }
2517             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2518             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2522             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2526             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2534             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2535                 return false;
2536             }
2537             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2538             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2539                 return false;
2540             }
2541             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2542             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2543                 return false;
2544             }
2545             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2546             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2547                 return false;
2548             }
2549             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2550             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2551             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2552                 return false;
2553             }
2554             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2555             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2556                 return false;
2557             }
2558             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2559             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2560             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2561                 return false;
2562             }
2563             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2564             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2565                 return false;
2566             }
2567             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2568             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2569             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2570                 return false;
2571             }
2572             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2573             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2574                 return false;
2575             }
2576             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2577             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2578                 return false;
2579             }
2580             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2581             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2582                 return false;
2583             }
2584             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2585             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2586                 return false;
2587             }
2588             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2589             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2590                 return false;
2591             }
2592         }
2593         catch ( final Exception e ) {
2594             e.printStackTrace( System.out );
2595             return false;
2596         }
2597         return true;
2598     }
2599
2600     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2601         try {
2602             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2603             dss1.addValue( 82 );
2604             dss1.addValue( 78 );
2605             dss1.addValue( 70 );
2606             dss1.addValue( 58 );
2607             dss1.addValue( 42 );
2608             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2615                 return false;
2616             }
2617             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2618                 return false;
2619             }
2620             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2627                 return false;
2628             }
2629             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2630                 return false;
2631             }
2632             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2636                 return false;
2637             }
2638             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2639                 return false;
2640             }
2641             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             dss1.addValue( 123 );
2645             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2649                 return false;
2650             }
2651             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2652                 return false;
2653             }
2654             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2655             dss2.addValue( -1.85 );
2656             dss2.addValue( 57.5 );
2657             dss2.addValue( 92.78 );
2658             dss2.addValue( 57.78 );
2659             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2666             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             dss2.addValue( -100 );
2670             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2674                 return false;
2675             }
2676             final double[] ds = new double[ 14 ];
2677             ds[ 0 ] = 34;
2678             ds[ 1 ] = 23;
2679             ds[ 2 ] = 1;
2680             ds[ 3 ] = 32;
2681             ds[ 4 ] = 11;
2682             ds[ 5 ] = 2;
2683             ds[ 6 ] = 12;
2684             ds[ 7 ] = 33;
2685             ds[ 8 ] = 13;
2686             ds[ 9 ] = 22;
2687             ds[ 10 ] = 21;
2688             ds[ 11 ] = 35;
2689             ds[ 12 ] = 24;
2690             ds[ 13 ] = 31;
2691             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2692             if ( bins.length != 4 ) {
2693                 return false;
2694             }
2695             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2696                 return false;
2697             }
2698             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2699                 return false;
2700             }
2701             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2702                 return false;
2703             }
2704             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2705                 return false;
2706             }
2707             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2708             ds1[ 0 ] = 10.0;
2709             ds1[ 1 ] = 19.0;
2710             ds1[ 2 ] = 9.999;
2711             ds1[ 3 ] = 0.0;
2712             ds1[ 4 ] = 39.9;
2713             ds1[ 5 ] = 39.999;
2714             ds1[ 6 ] = 30.0;
2715             ds1[ 7 ] = 19.999;
2716             ds1[ 8 ] = 30.1;
2717             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2718             if ( bins1.length != 4 ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2734             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2741                 return false;
2742             }
2743             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2744                 return false;
2745             }
2746             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2747             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2751                 return false;
2752             }
2753             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2754                 return false;
2755             }
2756             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2760             dss3.addValue( 1 );
2761             dss3.addValue( 1 );
2762             dss3.addValue( 1 );
2763             dss3.addValue( 2 );
2764             dss3.addValue( 3 );
2765             dss3.addValue( 4 );
2766             dss3.addValue( 5 );
2767             dss3.addValue( 5 );
2768             dss3.addValue( 5 );
2769             dss3.addValue( 6 );
2770             dss3.addValue( 7 );
2771             dss3.addValue( 8 );
2772             dss3.addValue( 9 );
2773             dss3.addValue( 10 );
2774             dss3.addValue( 10 );
2775             dss3.addValue( 10 );
2776             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2777             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2778             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2779         }
2780         catch ( final Exception e ) {
2781             e.printStackTrace( System.out );
2782             return false;
2783         }
2784         return true;
2785     }
2786
2787     private static boolean testDir( final String file ) {
2788         try {
2789             final File f = new File( file );
2790             if ( !f.exists() ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             if ( !f.isDirectory() ) {
2794                 return false;
2795             }
2796             if ( !f.canRead() ) {
2797                 return false;
2798             }
2799         }
2800         catch ( final Exception e ) {
2801             return false;
2802         }
2803         return true;
2804     }
2805
2806     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2807         try {
2808             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2809             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2810             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2811             n = n.getNextExternalNode();
2812             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             n = n.getNextExternalNode();
2816             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             n = n.getNextExternalNode();
2820             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             n = t1.getNode( "B" );
2824             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2825                 n = n.getNextExternalNode();
2826             }
2827             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2828             n = t2.getNode( "A" );
2829             n = n.getNextExternalNode();
2830             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2831                 return false;
2832             }
2833             n = n.getNextExternalNode();
2834             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2835                 return false;
2836             }
2837             n = n.getNextExternalNode();
2838             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             n = t2.getNode( "B" );
2842             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2843                 n = n.getNextExternalNode();
2844             }
2845             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2846             n = t3.getNode( "A" );
2847             n = n.getNextExternalNode();
2848             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2849                 return false;
2850             }
2851             n = n.getNextExternalNode();
2852             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2853                 return false;
2854             }
2855             n = n.getNextExternalNode();
2856             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2857                 return false;
2858             }
2859             n = n.getNextExternalNode();
2860             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2861                 return false;
2862             }
2863             n = n.getNextExternalNode();
2864             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2865                 return false;
2866             }
2867             n = n.getNextExternalNode();
2868             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2869                 return false;
2870             }
2871             n = n.getNextExternalNode();
2872             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2873                 return false;
2874             }
2875             n = t3.getNode( "B" );
2876             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2877                 n = n.getNextExternalNode();
2878             }
2879             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2880             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2881                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2882             }
2883             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2884             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2885                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2886             }
2887         }
2888         catch ( final Exception e ) {
2889             e.printStackTrace( System.out );
2890             return false;
2891         }
2892         return true;
2893     }
2894
2895     private static boolean testGeneralTable() {
2896         try {
2897             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2898             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2899             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2900             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2901             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2902             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2903             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2904             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2905             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2906             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2910                 return false;
2911             }
2912             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2913                 return false;
2914             }
2915             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
2919                 return false;
2920             }
2921             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
2922                 return false;
2923             }
2924             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
2928                 return false;
2929             }
2930             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
2931                 return false;
2932             }
2933             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
2934             t1.setValue( "3", "2", "23" );
2935             t1.setValue( "10", "1", "error" );
2936             t1.setValue( "10", "1", "110" );
2937             t1.setValue( "9", "1", "19" );
2938             t1.setValue( "1", "10", "101" );
2939             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
2940             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
2941             t1.setValue( "0", "0", "00" );
2942             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
2943             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
2944                 return false;
2945             }
2946             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
2953                 return false;
2954             }
2955             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
2956                 return false;
2957             }
2958             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
2962                 return false;
2963             }
2964             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
2965                 return false;
2966             }
2967             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
2968                 return false;
2969             }
2970             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
2971                 return false;
2972             }
2973         }
2974         catch ( final Exception e ) {
2975             e.printStackTrace( System.out );
2976             return false;
2977         }
2978         return true;
2979     }
2980
2981     private static boolean testGetDistance() {
2982         try {
2983             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2984             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
2985                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2986             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
2987             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
2988                 return false;
2989             }
2990             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
2991                 return false;
2992             }
2993             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
2994                 return false;
2995             }
2996             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
2997                 return false;
2998             }
2999             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3000                 return false;
3001             }
3002             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3003                 return false;
3004             }
3005             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3006                 return false;
3007             }
3008             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3009                 return false;
3010             }
3011             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3012                 return false;
3013             }
3014             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3015                 return false;
3016             }
3017             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3018                 return false;
3019             }
3020             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3021                 return false;
3022             }
3023             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3024                 return false;
3025             }
3026             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3027                 return false;
3028             }
3029             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3054                 return false;
3055             }
3056             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3057                 return false;
3058             }
3059             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3060                 return false;
3061             }
3062             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3063                 return false;
3064             }
3065             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3066                 return false;
3067             }
3068             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3069                 return false;
3070             }
3071             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3072                 return false;
3073             }
3074             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3075                 return false;
3076             }
3077             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3078                 return false;
3079             }
3080             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3081                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3082             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115         }
3116         catch ( final Exception e ) {
3117             e.printStackTrace( System.out );
3118             return false;
3119         }
3120         return true;
3121     }
3122
3123     private static boolean testGetLCA() {
3124         try {
3125             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3126             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3127                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3128             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3129             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3133             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3137             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3138                 return false;
3139             }
3140             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3141             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3145             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3149             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3150                 return false;
3151             }
3152             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3153             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3157             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3161             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3162                 return false;
3163             }
3164             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3165             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3166                 return false;
3167             }
3168             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3169             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3170                 return false;
3171             }
3172             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3173             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3177             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3181             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3182                 return false;
3183             }
3184             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3185             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3189             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3193             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3194                 return false;
3195             }
3196             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3197             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3198                 return false;
3199             }
3200             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3201             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3202                 return false;
3203             }
3204             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3205             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3206                 return false;
3207             }
3208             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3209             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3210                 return false;
3211             }
3212             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3213             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3214                 return false;
3215             }
3216             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3217             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3218                 return false;
3219             }
3220             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3221             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3222             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3223                 return false;
3224             }
3225             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3226             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3227                 return false;
3228             }
3229             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3230             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3231                 return false;
3232             }
3233             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3234             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3235                 return false;
3236             }
3237             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3238             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3239                 return false;
3240             }
3241             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3242             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3243                 return false;
3244             }
3245             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3246             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3247                 return false;
3248             }
3249             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3250             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3251                 return false;
3252             }
3253             final Phylogeny p3 = factory
3254                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3255                              new NHXParser() )[ 0 ];
3256             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3257             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3258                 return false;
3259             }
3260             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3261             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3262                 return false;
3263             }
3264             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3265             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3266                 return false;
3267             }
3268             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3269             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3270                 return false;
3271             }
3272             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3273             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3274                 return false;
3275             }
3276             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3280             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             if ( !al_3.isRoot() ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3287             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3291                 return false;
3292             }
3293             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3294             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3295                 return false;
3296             }
3297             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3298                 return false;
3299             }
3300             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3301             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3302                 return false;
3303             }
3304             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3305             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3306             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3307                 return false;
3308             }
3309             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3310             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3311             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3312                 return false;
3313             }
3314             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3315             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3316             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3320             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3321             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324         }
3325         catch ( final Exception e ) {
3326             e.printStackTrace( System.out );
3327             return false;
3328         }
3329         return true;
3330     }
3331
3332     private static boolean testGetLCA2() {
3333         try {
3334             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3335             final Phylogeny p_a = factory.create( "(a)", new NHXParser() )[ 0 ];
3336             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_a );
3337             final PhylogenyNode p_a_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_a.getNode( "a" ),
3338                                                                                               p_a.getNode( "a" ) );
3339             if ( !p_a_1.getName().equals( "a" ) ) {
3340                 return false;
3341             }
3342             final Phylogeny p_b = factory.create( "((a)b)", new NHXParser() )[ 0 ];
3343             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_b );
3344             final PhylogenyNode p_b_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "b" ),
3345                                                                                               p_b.getNode( "a" ) );
3346             if ( !p_b_1.getName().equals( "b" ) ) {
3347                 return false;
3348             }
3349             final PhylogenyNode p_b_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_b.getNode( "a" ),
3350                                                                                               p_b.getNode( "b" ) );
3351             if ( !p_b_2.getName().equals( "b" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final Phylogeny p_c = factory.create( "(((a)b)c)", new NHXParser() )[ 0 ];
3355             PhylogenyMethods.preOrderReId( p_c );
3356             final PhylogenyNode p_c_1 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "b" ),
3357                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3358             if ( !p_c_1.getName().equals( "b" ) ) {
3359                 return false;
3360             }
3361             final PhylogenyNode p_c_2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3362                                                                                               p_c.getNode( "c" ) );
3363             if ( !p_c_2.getName().equals( "c" ) ) {
3364                 System.out.println( p_c_2.getName() );
3365                 System.exit( -1 );
3366                 return false;
3367             }
3368             final PhylogenyNode p_c_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "a" ),
3369                                                                                               p_c.getNode( "b" ) );
3370             if ( !p_c_3.getName().equals( "b" ) ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final PhylogenyNode p_c_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p_c.getNode( "c" ),
3374                                                                                               p_c.getNode( "a" ) );
3375             if ( !p_c_4.getName().equals( "c" ) ) {
3376                 return false;
3377             }
3378             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3379                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3380             PhylogenyMethods.preOrderReId( p1 );
3381             final PhylogenyNode A = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3382                                                                                           p1.getNode( "A" ) );
3383             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final PhylogenyNode gh = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "gh" ),
3387                                                                                            p1.getNode( "gh" ) );
3388             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final PhylogenyNode ab = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3392                                                                                            p1.getNode( "B" ) );
3393             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final PhylogenyNode ab2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3397                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3398             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final PhylogenyNode gh2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3402                                                                                             p1.getNode( "G" ) );
3403             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final PhylogenyNode gh3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "G" ),
3407                                                                                             p1.getNode( "H" ) );
3408             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3409                 return false;
3410             }
3411             final PhylogenyNode abc = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "C" ),
3412                                                                                             p1.getNode( "A" ) );
3413             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3414                 return false;
3415             }
3416             final PhylogenyNode abc2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3417                                                                                              p1.getNode( "C" ) );
3418             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3419                 return false;
3420             }
3421             final PhylogenyNode abcd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3422                                                                                              p1.getNode( "D" ) );
3423             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3424                 return false;
3425             }
3426             final PhylogenyNode abcd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "D" ),
3427                                                                                               p1.getNode( "A" ) );
3428             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             final PhylogenyNode abcdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3432                                                                                                p1.getNode( "F" ) );
3433             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             final PhylogenyNode abcdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3437                                                                                                 p1.getNode( "A" ) );
3438             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3439                 return false;
3440             }
3441             final PhylogenyNode abcdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3442                                                                                                 p1.getNode( "F" ) );
3443             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             final PhylogenyNode abcdef4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "F" ),
3447                                                                                                 p1.getNode( "ab" ) );
3448             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3449                 return false;
3450             }
3451             final PhylogenyNode abcde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3452                                                                                               p1.getNode( "E" ) );
3453             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             final PhylogenyNode abcde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3457                                                                                                p1.getNode( "A" ) );
3458             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             final PhylogenyNode r = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcdefgh" ),
3462                                                                                           p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3463             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3464                 return false;
3465             }
3466             final PhylogenyNode r2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "A" ),
3467                                                                                            p1.getNode( "H" ) );
3468             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             final PhylogenyNode r3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "H" ),
3472                                                                                            p1.getNode( "A" ) );
3473             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             final PhylogenyNode abcde3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "E" ),
3477                                                                                                p1.getNode( "abcde" ) );
3478             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3479                 return false;
3480             }
3481             final PhylogenyNode abcde4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "abcde" ),
3482                                                                                                p1.getNode( "E" ) );
3483             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3484                 return false;
3485             }
3486             final PhylogenyNode ab3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "ab" ),
3487                                                                                             p1.getNode( "B" ) );
3488             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491             final PhylogenyNode ab4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p1.getNode( "B" ),
3492                                                                                             p1.getNode( "ab" ) );
3493             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3494                 return false;
3495             }
3496             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3497             PhylogenyMethods.preOrderReId( p2 );
3498             final PhylogenyNode cd = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3499                                                                                            p2.getNode( "d" ) );
3500             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3501                 return false;
3502             }
3503             final PhylogenyNode cd2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3504                                                                                             p2.getNode( "c" ) );
3505             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final PhylogenyNode cde = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3509                                                                                             p2.getNode( "e" ) );
3510             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             final PhylogenyNode cde2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "e" ),
3514                                                                                              p2.getNode( "c" ) );
3515             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3516                 return false;
3517             }
3518             final PhylogenyNode cdef = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3519                                                                                              p2.getNode( "f" ) );
3520             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3521                 return false;
3522             }
3523             final PhylogenyNode cdef2 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "d" ),
3524                                                                                               p2.getNode( "f" ) );
3525             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3526                 return false;
3527             }
3528             final PhylogenyNode cdef3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "f" ),
3529                                                                                               p2.getNode( "d" ) );
3530             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3531                 return false;
3532             }
3533             final PhylogenyNode rt = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p2.getNode( "c" ),
3534                                                                                            p2.getNode( "a" ) );
3535             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3536                 return false;
3537             }
3538             final Phylogeny p3 = factory
3539                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3540                              new NHXParser() )[ 0 ];
3541             PhylogenyMethods.preOrderReId( p3 );
3542             final PhylogenyNode bc_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "b" ),
3543                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3544             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             final PhylogenyNode ac_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3548                                                                                              p3.getNode( "c" ) );
3549             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             final PhylogenyNode ad_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3553                                                                                              p3.getNode( "d" ) );
3554             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3555                 return false;
3556             }
3557             final PhylogenyNode af_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3558                                                                                              p3.getNode( "f" ) );
3559             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             final PhylogenyNode ag_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3563                                                                                              p3.getNode( "g" ) );
3564             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3565                 return false;
3566             }
3567             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3568                 return false;
3569             }
3570             final PhylogenyNode al_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "a" ),
3571                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3572             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3573                 return false;
3574             }
3575             if ( !al_3.isRoot() ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             final PhylogenyNode kl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "k" ),
3579                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3580             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             final PhylogenyNode fl_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "f" ),
3587                                                                                              p3.getNode( "l" ) );
3588             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3589                 return false;
3590             }
3591             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3592                 return false;
3593             }
3594             final PhylogenyNode gk_3 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p3.getNode( "g" ),
3595                                                                                              p3.getNode( "k" ) );
3596             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3600             PhylogenyMethods.preOrderReId( p4 );
3601             final PhylogenyNode r_4 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p4.getNode( "b" ),
3602                                                                                             p4.getNode( "c" ) );
3603             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3604                 return false;
3605             }
3606             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3607             PhylogenyMethods.preOrderReId( p5 );
3608             final PhylogenyNode r_5 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p5.getNode( "a" ),
3609                                                                                             p5.getNode( "c" ) );
3610             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3614             PhylogenyMethods.preOrderReId( p6 );
3615             final PhylogenyNode r_6 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p6.getNode( "c" ),
3616                                                                                             p6.getNode( "a" ) );
3617             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3621             PhylogenyMethods.preOrderReId( p7 );
3622             final PhylogenyNode r_7 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "a" ),
3623                                                                                             p7.getNode( "e" ) );
3624             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3625                 return false;
3626             }
3627             final PhylogenyNode r_71 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3628                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3629             if ( !r_71.getName().equals( "rott" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             final PhylogenyNode r_72 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3633                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3634             if ( !r_72.getName().equals( "rott" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             final PhylogenyNode r_73 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3638                                                                                              p7.getNode( "a" ) );
3639             if ( !r_73.getName().equals( "rott" ) ) {
3640                 return false;
3641             }
3642             final PhylogenyNode r_74 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "rott" ),
3643                                                                                              p7.getNode( "rott" ) );
3644             if ( !r_74.getName().equals( "rott" ) ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             final PhylogenyNode r_75 = PhylogenyMethods.calculateLCAonTreeWithIdsInPreOrder( p7.getNode( "e" ),
3648                                                                                              p7.getNode( "e" ) );
3649             if ( !r_75.getName().equals( "e" ) ) {
3650                 return false;
3651             }
3652         }
3653         catch ( final Exception e ) {
3654             e.printStackTrace( System.out );
3655             return false;
3656         }
3657         return true;
3658     }
3659
3660     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3661         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3662         try {
3663             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3664                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3665             parser1.parse();
3666             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3667                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3668             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3669             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3670                 return false;
3671             }
3672             if ( proteins.size() != 4 ) {
3673                 return false;
3674             }
3675             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3676                 return false;
3677             }
3678             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3679                 return false;
3680             }
3681             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3682                 return false;
3683             }
3684             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3685             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3689                 return false;
3690             }
3691             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3692             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3693                 return false;
3694             }
3695             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3696                 return false;
3697             }
3698             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3699             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3700                 return false;
3701             }
3702             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3703             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3704                 return false;
3705             }
3706             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3707                 return false;
3708             }
3709             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3710                 return false;
3711             }
3712             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3713                 return false;
3714             }
3715             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3728                 return false;
3729             }
3730             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3731                 return false;
3732             }
3733         }
3734         catch ( final Exception e ) {
3735             e.printStackTrace( System.out );
3736             return false;
3737         }
3738         return true;
3739     }
3740
3741     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3742         try {
3743             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3744             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3745             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3746             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3747             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3748                 return false;
3749             }
3750             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3751             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3752                 return false;
3753             }
3754             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3755             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3756                 return false;
3757             }
3758             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3759             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3760                 return false;
3761             }
3762         }
3763         catch ( final Exception e ) {
3764             e.printStackTrace( System.out );
3765             return false;
3766         }
3767         return true;
3768     }
3769
3770     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3771         try {
3772             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3773             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3774             PhylogenyNodeIterator it0;
3775             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3776                 it0.next();
3777             }
3778             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3779                 it0.next();
3780             }
3781             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3782             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3786                 return false;
3787             }
3788             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( it.hasNext() ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3807                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3808             PhylogenyNodeIterator it2;
3809             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3810                 it2.next();
3811             }
3812             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3813                 it2.next();
3814             }
3815             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3816             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3817                 return false;
3818             }
3819             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3820                 return false;
3821             }
3822             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3823                 return false;
3824             }
3825             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3853                 return false;
3854             }
3855             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3856                 return false;
3857             }
3858             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3859                 return false;
3860             }
3861             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3862                 return false;
3863             }
3864             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3865                 return false;
3866             }
3867             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3868                 return false;
3869             }
3870             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3871                 return false;
3872             }
3873             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3874                 return false;
3875             }
3876             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3877                 return false;
3878             }
3879             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3880                 return false;
3881             }
3882             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3883                 return false;
3884             }
3885             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3886                 return false;
3887             }
3888             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3889                 return false;
3890             }
3891             if ( it3.hasNext() ) {
3892                 return false;
3893             }
3894             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3895             PhylogenyNodeIterator it4;
3896             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3897                 it4.next();
3898             }
3899             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3900                 it4.next();
3901             }
3902             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3903             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3904                 return false;
3905             }
3906             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3907                 return false;
3908             }
3909             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3910                 return false;
3911             }
3912             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3913                 return false;
3914             }
3915             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3916                 return false;
3917             }
3918             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3919             PhylogenyNodeIterator it6;
3920             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3921                 it6.next();
3922             }
3923             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3924                 it6.next();
3925             }
3926             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3927             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( it.hasNext() ) {
3931                 return false;
3932             }
3933         }
3934         catch ( final Exception e ) {
3935             e.printStackTrace( System.out );
3936             return false;
3937         }
3938         return true;
3939     }
3940
3941     private static boolean testMidpointrooting() {
3942         try {
3943             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3944             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3945                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3946             if ( !t1.isRooted() ) {
3947                 return false;
3948             }
3949             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3950             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3951                 return false;
3952             }
3953             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3969             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3970             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988         }
3989         catch ( final Exception e ) {
3990             e.printStackTrace( System.out );
3991             return false;
3992         }
3993         return true;
3994     }
3995
3996     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3997         try {
3998             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3999             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
4000             parser.parse();
4001             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
4002             if ( labels.length != 7 ) {
4003                 return false;
4004             }
4005             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4006                 return false;
4007             }
4008             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4009                 return false;
4010             }
4011             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4012                 return false;
4013             }
4014             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4015                 return false;
4016             }
4017             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4018                 return false;
4019             }
4020             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4021                 return false;
4022             }
4023             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4024                 return false;
4025             }
4026             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4027             parser.parse();
4028             labels = parser.getCharStateLabels();
4029             if ( labels.length != 7 ) {
4030                 return false;
4031             }
4032             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4033                 return false;
4034             }
4035             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4036                 return false;
4037             }
4038             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4039                 return false;
4040             }
4041             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4042                 return false;
4043             }
4044             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4045                 return false;
4046             }
4047             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4048                 return false;
4049             }
4050             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4051                 return false;
4052             }
4053         }
4054         catch ( final Exception e ) {
4055             e.printStackTrace( System.out );
4056             return false;
4057         }
4058         return true;
4059     }
4060
4061     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
4062         try {
4063             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
4064             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
4065             parser.parse();
4066             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
4067             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4074                 return false;
4075             }
4076             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4077                 return false;
4078             }
4079             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4080                 return false;
4081             }
4082             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
4083                 return false;
4084             }
4085             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
4086                 return false;
4087             }
4088             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             //            if ( labels.length != 7 ) {
4095             //                return false;
4096             //            }
4097             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4098             //                return false;
4099             //            }
4100             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4101             //                return false;
4102             //            }
4103             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4104             //                return false;
4105             //            }
4106             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4107             //                return false;
4108             //            }
4109             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4110             //                return false;
4111             //            }
4112             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4113             //                return false;
4114             //            }
4115             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4116             //                return false;
4117             //            }
4118             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
4119             //            parser.parse();
4120             //            labels = parser.getCharStateLabels();
4121             //            if ( labels.length != 7 ) {
4122             //                return false;
4123             //            }
4124             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
4125             //                return false;
4126             //            }
4127             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
4128             //                return false;
4129             //            }
4130             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
4131             //                return false;
4132             //            }
4133             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
4134             //                return false;
4135             //            }
4136             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
4137             //                return false;
4138             //            }
4139             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
4140             //                return false;
4141             //            }
4142             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
4143             //                return false;
4144             //            }
4145         }
4146         catch ( final Exception e ) {
4147             e.printStackTrace( System.out );
4148             return false;
4149         }
4150         return true;
4151     }
4152
4153     private static boolean testNexusTreeParsing() {
4154         try {
4155             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4156             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4157             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
4158             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4159                 return false;
4160             }
4161             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
4162                 return false;
4163             }
4164             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4165                 return false;
4166             }
4167             phylogenies = null;
4168             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
4169             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4170                 return false;
4171             }
4172             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             phylogenies = null;
4179             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
4180             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4190                 return false;
4191             }
4192             phylogenies = null;
4193             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
4194             if ( phylogenies.length != 18 ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
4228                 return false;
4229             }
4230             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
4231                 return false;
4232             }
4233             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4234                 return false;
4235             }
4236             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
4237                 return false;
4238             }
4239             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
4240                 return false;
4241             }
4242             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4243                 return false;
4244             }
4245             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4246                 return false;
4247             }
4248             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4249                 return false;
4250             }
4251             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4258                 return false;
4259             }
4260             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4267                 return false;
4268             }
4269             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4270                 return false;
4271             }
4272             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4273                 return false;
4274             }
4275             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4276                 return false;
4277             }
4278             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4279                 return false;
4280             }
4281             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4282                 return false;
4283             }
4284             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4285                 return false;
4286             }
4287             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4288                 return false;
4289             }
4290             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4291                 return false;
4292             }
4293             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4294                 return false;
4295             }
4296             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4300                 return false;
4301             }
4302             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4303                 return false;
4304             }
4305             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4309                 return false;
4310             }
4311             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4315                 return false;
4316             }
4317         }
4318         catch ( final Exception e ) {
4319             e.printStackTrace( System.out );
4320             return false;
4321         }
4322         return true;
4323     }
4324
4325     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4326         try {
4327             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4328             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4329             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4330             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4334                 return false;
4335             }
4336             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4340                 return false;
4341             }
4342             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4346                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4347                 return false;
4348             }
4349             phylogenies = null;
4350             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4351             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4352                 return false;
4353             }
4354             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4355                 return false;
4356             }
4357             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4361                 return false;
4362             }
4363             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4364                 return false;
4365             }
4366             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4367                 return false;
4368             }
4369             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4370                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4371                 return false;
4372             }
4373             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4374                 return false;
4375             }
4376             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4389                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4390                 return false;
4391             }
4392             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4393                 return false;
4394             }
4395             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4399                 return false;
4400             }
4401             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4405                 return false;
4406             }
4407             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4408                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4409                 return false;
4410             }
4411             phylogenies = null;
4412             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4413             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4414                 return false;
4415             }
4416             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4420                 return false;
4421             }
4422             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4423                 return false;
4424             }
4425             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4429                 return false;
4430             }
4431             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4432                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4433                 return false;
4434             }
4435             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4439                 return false;
4440             }
4441             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4445                 return false;
4446             }
4447             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4448                 return false;
4449             }
4450             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4451                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4455                 return false;
4456             }
4457             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4458                 return false;
4459             }
4460             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4464                 return false;
4465             }
4466             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4470                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4471                 return false;
4472             }
4473         }
4474         catch ( final Exception e ) {
4475             e.printStackTrace( System.out );
4476             return false;
4477         }
4478         return true;
4479     }
4480
4481     private static boolean testNHParsing() {
4482         try {
4483             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4484             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4485             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4489             nhxp.setTaxonomyExtraction( NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4490             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4491             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4492             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             final Phylogeny p1b = factory
4499                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4500                              new NHXParser() )[ 0 ];
4501             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4502                 return false;
4503             }
4504             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4508             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4509             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4510             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4511             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4512             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4513             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4514             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4515             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4516             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4517             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4518                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4519                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4520                                                     new NHXParser() );
4521             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4522                 return false;
4523             }
4524             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4525                 return false;
4526             }
4527             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4528                 return false;
4529             }
4530             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4531                 return false;
4532             }
4533             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4534             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4535             final String p16_S = "((A,B),C)";
4536             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4537             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4538                 return false;
4539             }
4540             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4541             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4542             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4543                 return false;
4544             }
4545             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4546             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4547             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4551             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4552             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4556             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4557             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4561             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4562             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4563                 return false;
4564             }
4565             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4566             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4567             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4568                 return false;
4569             }
4570             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4571             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4572             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4573                 return false;
4574             }
4575             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4576             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4577             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4578                 return false;
4579             }
4580             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4581             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4582             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4583             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4584                 return false;
4585             }
4586             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4587                 return false;
4588             }
4589             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4590                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4591                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4592                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4593                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4594                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4595                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4596                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4597             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4598             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4599                 return false;
4600             }
4601             final String p26_S = "(A,B)ab";
4602             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4603             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4607             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4608                                                     new NHXParser() );
4609             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4613             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4614             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4615             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4616             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4617                                                     new NHXParser() );
4618             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4625                 return false;
4626             }
4627             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4631             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4632             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4633                 return false;
4634             }
4635             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4636             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4637             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4638                 return false;
4639             }
4640             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4641             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4642             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4643                 return false;
4644             }
4645             final String p33_S = "A";
4646             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4647             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4648                 return false;
4649             }
4650             final String p34_S = "B;";
4651             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4652             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final String p35_S = "B:0.2";
4656             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4657             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             final String p36_S = "(A)";
4661             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4662             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4663                 return false;
4664             }
4665             final String p37_S = "((A))";
4666             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4667             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4671             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4672             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4676             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4677             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4678                 return false;
4679             }
4680             final String p40_S = "(A,B,C)";
4681             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4682             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4683                 return false;
4684             }
4685             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4686             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4687             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4688                 return false;
4689             }
4690             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4691             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4692             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4696             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4697             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4701             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4702             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4703                 return false;
4704             }
4705             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4706             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4707             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             final String p46_S = "";
4711             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4712             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4716             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4720             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             final Phylogeny p49 = factory
4724                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4725                              new NHXParser() )[ 0 ];
4726             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4727                 return false;
4728             }
4729             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4730             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4731                 return false;
4732             }
4733             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4734                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4735                 return false;
4736             }
4737             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4738                 return false;
4739             }
4740             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4741                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4745             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4746                 return false;
4747             }
4748             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4749             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4750                 return false;
4751             }
4752             final Phylogeny p53 = factory
4753                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4754                              new NHXParser() )[ 0 ];
4755             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4756                 return false;
4757             }
4758             //
4759             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4760             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4761                 return false;
4762             }
4763             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4764                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767         }
4768         catch ( final Exception e ) {
4769             e.printStackTrace( System.out );
4770             return false;
4771         }
4772         return true;
4773     }
4774
4775     private static boolean testNHXconversion() {
4776         try {
4777             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4778             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4779             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4780             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4781             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4782                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4783             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4784                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4785             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4786                 return false;
4787             }
4788             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4795                 return false;
4796             }
4797             if ( !n5.toNewHampshireX()
4798                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4802                 return false;
4803             }
4804         }
4805         catch ( final Exception e ) {
4806             e.printStackTrace( System.out );
4807             return false;
4808         }
4809         return true;
4810     }
4811
4812     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4813         try {
4814             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4815             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4816             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4817             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4818             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4819                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4820             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             if ( n3.isDuplication() ) {
4827                 return false;
4828             }
4829             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4830                 return false;
4831             }
4832             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4833                 return false;
4834             }
4835             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4836                 return false;
4837             }
4838             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4839                 return false;
4840             }
4841             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4842                 return false;
4843             }
4844             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4845                 return false;
4846             }
4847             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4848                 return false;
4849             }
4850             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4851                 return false;
4852             }
4853             if ( !n5.isDuplication() ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4866                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4867             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4868                 return false;
4869             }
4870             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4871                 return false;
4872             }
4873             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4874                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4875             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4882                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4883             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4887                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4888             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
4895                                                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4896             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4897                 return false;
4898             }
4899             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4900                 return false;
4901             }
4902             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4903                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4904             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4905                 return false;
4906             }
4907             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4908                 return false;
4909             }
4910             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4911                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4912             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4919                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4920             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4921                 return false;
4922             }
4923             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4924                 return false;
4925             }
4926             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
4927                                                                                  NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4928             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4929                 return false;
4930             }
4931             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4932                 return false;
4933             }
4934             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4935                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4936             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4943                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4944             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4948                 return false;
4949             }
4950             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4951                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4952             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4953                 return false;
4954             }
4955             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4956                 return false;
4957             }
4958             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4959                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4960             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4964                 return false;
4965             }
4966             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4967                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4968             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4972                 return false;
4973             }
4974             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4975                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4976                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4977             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4978                 return false;
4979             }
4980             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4981                 return false;
4982             }
4983             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4984                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4985                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4986             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4990                 return false;
4991             }
4992             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4993                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4994                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4995             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4996                 return false;
4997             }
4998             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4999                 return false;
5000             }
5001             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
5002                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5003             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
5004                 return false;
5005             }
5006             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
5007                 return false;
5008             }
5009             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
5010                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5011             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5012                 return false;
5013             }
5014             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1",
5018                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5019             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
5020                 return false;
5021             }
5022             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
5023                 return false;
5024             }
5025             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~",
5026                                                                                 NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5027             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
5028                 return false;
5029             }
5030             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
5031                 return false;
5032             }
5033             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
5034                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
5035                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5036             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5040                 return false;
5041             }
5042             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
5046                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
5047                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5048             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa",
5058                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5059             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
5060                 return false;
5061             }
5062             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_",
5066                                                                                NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
5067             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
5068                 return false;
5069             }
5070             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
5071                 return false;
5072             }
5073             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
5074             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
5075             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
5091                 return false;
5092             }
5093             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
5097                 return false;
5098             }
5099             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5103                 return false;
5104             }
5105             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
5109                 return false;
5110             }
5111             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
5115                 return false;
5116             }
5117             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
5118                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
5119             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
5120                 return false;
5121             }
5122             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
5126                 return false;
5127             }
5128             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
5129                 return false;
5130             }
5131             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
5132                 return false;
5133             }
5134             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
5138                 return false;
5139             }
5140             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
5141                 return false;
5142             }
5143             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
5144             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
5145                 return false;
5146             }
5147             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
5148             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
5152                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5153             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
5154                 return false;
5155             }
5156             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
5157                 return false;
5158             }
5159             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
5160                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5161             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
5162                 return false;
5163             }
5164             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
5165                 return false;
5166             }
5167             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
5168                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
5169                                                   NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5170             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
5171                 return false;
5172             }
5173             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5174                 return false;
5175             }
5176             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
5177                 return false;
5178             }
5179             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
5180                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5181             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
5182                 return false;
5183             }
5184             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5185                 return false;
5186             }
5187             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
5188                 return false;
5189             }
5190             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
5191                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5192             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
5196                 return false;
5197             }
5198             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
5199                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
5200             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
5201                 return false;
5202             }
5203             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
5204                 return false;
5205             }
5206             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
5207                 return false;
5208             }
5209         }
5210         catch ( final Exception e ) {
5211             e.printStackTrace( System.out );
5212             return false;
5213         }
5214         return true;
5215     }
5216
5217     private static boolean testNHXParsing() {
5218         try {
5219             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5220             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
5221             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
5222                 return false;
5223             }
5224             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
5225             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
5226             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5227                 return false;
5228             }
5229             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
5230             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
5231             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
5232                 return false;
5233             }
5234             final Phylogeny[] p3 = factory
5235                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5236                              new NHXParser() );
5237             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5238                 return false;
5239             }
5240             final Phylogeny[] p4 = factory
5241                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5242                              new NHXParser() );
5243             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5244                 return false;
5245             }
5246             final Phylogeny[] p5 = factory
5247                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5248                              new NHXParser() );
5249             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5250                 return false;
5251             }
5252             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5253             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5254             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5255             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5256                 return false;
5257             }
5258             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5259             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5260             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5261             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5265             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5266             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5267             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5271             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5272                 return false;
5273             }
5274             final Phylogeny p10 = factory
5275                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5276                              new NHXParser() )[ 0 ];
5277             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5278                 return false;
5279             }
5280         }
5281         catch ( final Exception e ) {
5282             e.printStackTrace( System.out );
5283             return false;
5284         }
5285         return true;
5286     }
5287
5288     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5289         try {
5290             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5291             final NHXParser p = new NHXParser();
5292             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5293             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5297             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5307                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5308                 return false;
5309             }
5310             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5311                 return false;
5312             }
5313             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5320                 return false;
5321             }
5322             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5323                 return false;
5324             }
5325             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5326             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5327             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5328             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5332             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5333             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5334             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5338             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5339             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5340             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5344             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5345             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5346             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             final Phylogeny p10 = factory
5350                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5351                              new NHXParser() )[ 0 ];
5352             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5353             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5357             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5358                 return false;
5359             }
5360             //
5361             final Phylogeny p12 = factory
5362                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5363                              new NHXParser() )[ 0 ];
5364             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5365             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5369             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5370                 return false;
5371             }
5372             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5373             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5377             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5378                 return false;
5379             }
5380         }
5381         catch ( final Exception e ) {
5382             e.printStackTrace( System.out );
5383             return false;
5384         }
5385         return true;
5386     }
5387
5388     private static boolean testNHXParsingMB() {
5389         try {
5390             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5391             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5392                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5393                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5394                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5395                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5396                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5397                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5398                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5399                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5400             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5401                 return false;
5402             }
5403             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5404                 return false;
5405             }
5406             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5407                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5408                 return false;
5409             }
5410             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5411                 return false;
5412             }
5413             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5414                 return false;
5415             }
5416             final Phylogeny p2 = factory
5417                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5418                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5419                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5420                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5421                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5422                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5423                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5424                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5425                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5426                              new NHXParser() )[ 0 ];
5427             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5431                 return false;
5432             }
5433         }
5434         catch ( final Exception e ) {
5435             e.printStackTrace( System.out );
5436             System.exit( -1 );
5437             return false;
5438         }
5439         return true;
5440     }
5441
5442     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5443         try {
5444             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5445             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5446             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5447             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5448             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5449                 return false;
5450             }
5451             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5458             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5459             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5460             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5461                 return false;
5462             }
5463             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5467             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476         }
5477         catch ( final Exception e ) {
5478             e.printStackTrace( System.out );
5479             return false;
5480         }
5481         return true;
5482     }
5483
5484     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5485         try {
5486             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5487             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5488             try {
5489                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5490             }
5491             catch ( final Exception e ) {
5492                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5493             }
5494             if ( xml_parser == null ) {
5495                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5496                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5497                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5498                 }
5499                 else {
5500                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5501                 }
5502             }
5503             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5504                                                               xml_parser );
5505             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5506                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5507                 return false;
5508             }
5509             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5510                 return false;
5511             }
5512             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5513             PhylogenyNode n = null;
5514             Distribution d = null;
5515             n = t1.getNode( "root node" );
5516             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5520                 return false;
5521             }
5522             d = n.getNodeData().getDistribution();
5523             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5524                 return false;
5525             }
5526             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5527                 return false;
5528             }
5529             if ( d.getPolygons() != null ) {
5530                 return false;
5531             }
5532             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5533                 return false;
5534             }
5535             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5536                 return false;
5537             }
5538             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5539                 return false;
5540             }
5541             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5542                 return false;
5543             }
5544             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5545                 return false;
5546             }
5547             n = t1.getNode( "node a" );
5548             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5549                 return false;
5550             }
5551             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5552                 return false;
5553             }
5554             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5555             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( d.getPolygons() != null ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             n = t1.getNode( "node bb" );
5580             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5581                 return false;
5582             }
5583             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5584                 return false;
5585             }
5586             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5587             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5588                 return false;
5589             }
5590             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5591                 return false;
5592             }
5593             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5594                 return false;
5595             }
5596             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5597                 return false;
5598             }
5599             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5600                 return false;
5601             }
5602             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5603                 return false;
5604             }
5605             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5606                 return false;
5607             }
5608             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5609                 return false;
5610             }
5611             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5612             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5616                 return false;
5617             }
5618             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5619                 return false;
5620             }
5621             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5622                 return false;
5623             }
5624             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5625                 return false;
5626             }
5627             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5628                 return false;
5629             }
5630             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5631                 return false;
5632             }
5633             p = d.getPolygons().get( 1 );
5634             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5635                 return false;
5636             }
5637             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             // Roundtrip:
5647             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5648             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5649             if ( rt.length != 1 ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5653             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5654             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5655                 return false;
5656             }
5657             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5658                 return false;
5659             }
5660             d = n.getNodeData().getDistribution();
5661             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( d.getPolygons() != null ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5686             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5687                 return false;
5688             }
5689             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5690                 return false;
5691             }
5692             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5693             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5694                 return false;
5695             }
5696             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5697                 return false;
5698             }
5699             if ( d.getPolygons() != null ) {
5700                 return false;
5701             }
5702             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5703                 return false;
5704             }
5705             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5706                 return false;
5707             }
5708             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5709                 return false;
5710             }
5711             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5712                 return false;
5713             }
5714             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5715                 return false;
5716             }
5717             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5718             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5725             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5732                 return false;
5733             }
5734             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5735                 return false;
5736             }
5737             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5738                 return false;
5739             }
5740             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5741                 return false;
5742             }
5743             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5744                 return false;
5745             }
5746             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5747                 return false;
5748             }
5749             p = d.getPolygons().get( 0 );
5750             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5751                 return false;
5752             }
5753             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5754                 return false;
5755             }
5756             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5757                 return false;
5758             }
5759             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5760                 return false;
5761             }
5762             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5763                 return false;
5764             }
5765             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5766                 return false;
5767             }
5768             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5769                 return false;
5770             }
5771             p = d.getPolygons().get( 1 );
5772             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5782                 return false;
5783             }
5784         }
5785         catch ( final Exception e ) {
5786             e.printStackTrace( System.out );
5787             return false;
5788         }
5789         return true;
5790     }
5791
5792     private static boolean testPostOrderIterator() {
5793         try {
5794             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5795             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5796             PhylogenyNodeIterator it0;
5797             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5798                 it0.next();
5799             }
5800             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5801                 it0.next();
5802             }
5803             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5804             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5805             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5818                 return false;
5819             }
5820             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5821                 return false;
5822             }
5823             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5824                 return false;
5825             }
5826             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5827                 return false;
5828             }
5829             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5830                 return false;
5831             }
5832             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5833                 return false;
5834             }
5835             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5836                 return false;
5837             }
5838             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5839                 return false;
5840             }
5841             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5842                 return false;
5843             }
5844             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5845                 return false;
5846             }
5847             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5848                 return false;
5849             }
5850             if ( it.hasNext() ) {
5851                 return false;
5852             }
5853         }
5854         catch ( final Exception e ) {
5855             e.printStackTrace( System.out );
5856             return false;
5857         }
5858         return true;
5859     }
5860
5861     private static boolean testPreOrderIterator() {
5862         try {
5863             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5864             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5865             PhylogenyNodeIterator it0;
5866             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5867                 it0.next();
5868             }
5869             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5870                 it0.next();
5871             }
5872             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5873             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5883                 return false;
5884             }
5885             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5886                 return false;
5887             }
5888             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5889                 return false;
5890             }
5891             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5892                 return false;
5893             }
5894             if ( it.hasNext() ) {
5895                 return false;
5896             }
5897             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5898             it = t1.iteratorPreorder();
5899             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5900                 return false;
5901             }
5902             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5909                 return false;
5910             }
5911             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5912                 return false;
5913             }
5914             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5915                 return false;
5916             }
5917             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5918                 return false;
5919             }
5920             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5921                 return false;
5922             }
5923             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5924                 return false;
5925             }
5926             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5936                 return false;
5937             }
5938             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5939                 return false;
5940             }
5941             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5942                 return false;
5943             }
5944             if ( it.hasNext() ) {
5945                 return false;
5946             }
5947         }
5948         catch ( final Exception e ) {
5949             e.printStackTrace( System.out );
5950             return false;
5951         }
5952         return true;
5953     }
5954
5955     private static boolean testPropertiesMap() {
5956         try {
5957             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5958             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5959             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5960             final Property p2 = new Property( "something:else",
5961                                               "?",
5962                                               "improbable:research",
5963                                               "xsd:decimal",
5964                                               AppliesTo.NODE );
5965             pm.addProperty( p0 );
5966             pm.addProperty( p1 );
5967             pm.addProperty( p2 );
5968             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5972                 return false;
5973             }
5974             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5975                 return false;
5976             }
5977             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5978                 return false;
5979             }
5980             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5981                 return false;
5982             }
5983             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5984                 return false;
5985             }
5986             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5987             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5988                 return false;
5989             }
5990             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5991                 return false;
5992             }
5993             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5994                 return false;
5995             }
5996         }
5997         catch ( final Exception e ) {
5998             e.printStackTrace( System.out );
5999             return false;
6000         }
6001         return true;
6002     }
6003
6004     private static boolean testReIdMethods() {
6005         try {
6006             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6007             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
6008             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
6009             p.levelOrderReID();
6010             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
6011                 return false;
6012             }
6013             if ( p.getNode( "A" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6014                 return false;
6015             }
6016             if ( p.getNode( "B" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6017                 return false;
6018             }
6019             if ( p.getNode( "C" ).getId() != ( count + 1 ) ) {
6020                 return false;
6021             }
6022             if ( p.getNode( "1" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6023                 return false;
6024             }
6025             if ( p.getNode( "2" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6026                 return false;
6027             }
6028             if ( p.getNode( "3" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6029                 return false;
6030             }
6031             if ( p.getNode( "4" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6032                 return false;
6033             }
6034             if ( p.getNode( "5" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6035                 return false;
6036             }
6037             if ( p.getNode( "6" ).getId() != ( count + 2 ) ) {
6038                 return false;
6039             }
6040             if ( p.getNode( "a" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6041                 return false;
6042             }
6043             if ( p.getNode( "b" ).getId() != ( count + 3 ) ) {
6044                 return false;
6045             }
6046             if ( p.getNode( "X" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6047                 return false;
6048             }
6049             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6050                 return false;
6051             }
6052             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != ( count + 4 ) ) {
6053                 return false;
6054             }
6055         }
6056         catch ( final Exception e ) {
6057             e.printStackTrace( System.out );
6058             return false;
6059         }
6060         return true;
6061     }
6062
6063     private static boolean testRerooting() {
6064         try {
6065             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6066             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
6067                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6068             if ( !t1.isRooted() ) {
6069                 return false;
6070             }
6071             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6072             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6073             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6074             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6075             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6076             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6077             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6078             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6079             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6080             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6081             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6082             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6083             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6084             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6085             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6086             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6087             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6088             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6089             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6090             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6091             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6092             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
6093             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
6094             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
6095             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
6096             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6097             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
6098             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
6099             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
6103                 return false;
6104             }
6105             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
6106                 return false;
6107             }
6108             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6109                 return false;
6110             }
6111             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
6118                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6119             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6120             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6121             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6122             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6123             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6124             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6125             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6126             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6127             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6128             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6129             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6130             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6131             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6132             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6133             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6134             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6135             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6136             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6137             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6138             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6139             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6140             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6141             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6142             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6143             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6144             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6145             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6146             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6147             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6148             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6149             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6150             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6151             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6152             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6153             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6154             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6155             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6156             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6157             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
6158             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
6159             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6160             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
6161             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6162             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6163             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6164             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6171             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6172                 return false;
6173             }
6174             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6175                 return false;
6176             }
6177             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6178             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6182                 return false;
6183             }
6184             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6185                 return false;
6186             }
6187             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
6188             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
6198             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
6205             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
6206                 return false;
6207             }
6208             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
6209                 return false;
6210             }
6211             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
6212                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
6213             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6214             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6215                 return false;
6216             }
6217             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6218                 return false;
6219             }
6220             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6221                 return false;
6222             }
6223             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
6224             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6225                 return false;
6226             }
6227             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6228                 return false;
6229             }
6230             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6231                 return false;
6232             }
6233             t3.reRoot( t3.getRoot() );
6234             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6241                 return false;
6242             }
6243         }
6244         catch ( final Exception e ) {
6245             e.printStackTrace( System.out );
6246             return false;
6247         }
6248         return true;
6249     }
6250
6251     private static boolean testSDIse() {
6252         try {
6253             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6254             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6255             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6256             gene1.setRooted( true );
6257             species1.setRooted( true );
6258             final SDI sdi = new SDI( gene1, species1 );
6259             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6260                 return false;
6261             }
6262             final Phylogeny species2 = factory
6263                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6264                              new NHXParser() )[ 0 ];
6265             final Phylogeny gene2 = factory
6266                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6267                              new NHXParser() )[ 0 ];
6268             species2.setRooted( true );
6269             gene2.setRooted( true );
6270             final SDI sdi2 = new SDI( gene2, species2 );
6271             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6272                 return false;
6273             }
6274             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6287                 return false;
6288             }
6289             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6290                 return false;
6291             }
6292             final Phylogeny species3 = factory
6293                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6294                              new NHXParser() )[ 0 ];
6295             final Phylogeny gene3 = factory
6296                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6297                              new NHXParser() )[ 0 ];
6298             species3.setRooted( true );
6299             gene3.setRooted( true );
6300             final SDI sdi3 = new SDI( gene3, species3 );
6301             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6308                 return false;
6309             }
6310             final Phylogeny species4 = factory
6311                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6312                              new NHXParser() )[ 0 ];
6313             final Phylogeny gene4 = factory
6314                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6315                              new NHXParser() )[ 0 ];
6316             species4.setRooted( true );
6317             gene4.setRooted( true );
6318             final SDI sdi4 = new SDI( gene4, species4 );
6319             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6329                 return false;
6330             }
6331             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6332                 return false;
6333             }
6334             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6335                 return false;
6336             }
6337             final Phylogeny species5 = factory
6338                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6339                              new NHXParser() )[ 0 ];
6340             final Phylogeny gene5 = factory
6341                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6342                              new NHXParser() )[ 0 ];
6343             species5.setRooted( true );
6344             gene5.setRooted( true );
6345             final SDI sdi5 = new SDI( gene5, species5 );
6346             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6350                 return false;
6351             }
6352             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6353                 return false;
6354             }
6355             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6356                 return false;
6357             }
6358             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6359                 return false;
6360             }
6361             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6362                 return false;
6363             }
6364             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6365             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6366             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6367             final Phylogeny species6 = factory
6368                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6369                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6370                              new NHXParser() )[ 0 ];
6371             final Phylogeny gene6 = factory
6372                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6373                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6374                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6375                              new NHXParser() )[ 0 ];
6376             species6.setRooted( true );
6377             gene6.setRooted( true );
6378             final SDI sdi6 = new SDI( gene6, species6 );
6379             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6380                 return false;
6381             }
6382             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6383                 return false;
6384             }
6385             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6386                 return false;
6387             }
6388             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6389                 return false;
6390             }
6391             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6401                 return false;
6402             }
6403             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6404                 return false;
6405             }
6406             sdi6.computeMappingCostL();
6407             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6417                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6418                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6419                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6420                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6421             species7.setRooted( true );
6422             final Phylogeny gene7_1 = Test
6423                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6424             gene7_1.setRooted( true );
6425             final SDI sdi7 = new SDI( gene7_1, species7 );
6426             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6427                 return false;
6428             }
6429             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6430                 return false;
6431             }
6432             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6433                 return false;
6434             }
6435             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6436                 return false;
6437             }
6438             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6439                 return false;
6440             }
6441             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6442                 return false;
6443             }
6444             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6445                 return false;
6446             }
6447             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6448                 return false;
6449             }
6450             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6451                 return false;
6452             }
6453             final Phylogeny gene7_2 = Test
6454                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6455             gene7_2.setRooted( true );
6456             final SDI sdi7_2 = new SDI( gene7_2, species7 );
6457             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6473                 return false;
6474             }
6475             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6476                 return false;
6477             }
6478             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6479                 return false;
6480             }
6481             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6482                 return false;
6483             }
6484             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6485                 return false;
6486             }
6487         }
6488         catch ( final Exception e ) {
6489             return false;
6490         }
6491         return true;
6492     }
6493
6494     private static boolean testSDIunrooted() {
6495         try {
6496             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6497             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6498             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6499             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6500             PhylogenyBranch br = iter.next();
6501             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             br = iter.next();
6508             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6509                 return false;
6510             }
6511             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6512                 return false;
6513             }
6514             br = iter.next();
6515             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6516                 return false;
6517             }
6518             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6519                 return false;
6520             }
6521             br = iter.next();
6522             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             br = iter.next();
6529             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6530                 return false;
6531             }
6532             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6533                 return false;
6534             }
6535             br = iter.next();
6536             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6537                 return false;
6538             }
6539             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6540                 return false;
6541             }
6542             br = iter.next();
6543             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             br = iter.next();
6550             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6551                 return false;
6552             }
6553             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6554                 return false;
6555             }
6556             br = iter.next();
6557             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6558                 return false;
6559             }
6560             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6561                 return false;
6562             }
6563             br = iter.next();
6564             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             br = iter.next();
6571             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6572                 return false;
6573             }
6574             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6575                 return false;
6576             }
6577             br = iter.next();
6578             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6579                 return false;
6580             }
6581             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6582                 return false;
6583             }
6584             br = iter.next();
6585             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             br = iter.next();
6592             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6593                 return false;
6594             }
6595             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6596                 return false;
6597             }
6598             br = iter.next();
6599             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6600                 return false;
6601             }
6602             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6603                 return false;
6604             }
6605             if ( iter.hasNext() ) {
6606                 return false;
6607             }
6608             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6609             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6610             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6611             br = iter1.next();
6612             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             br = iter1.next();
6619             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6620                 return false;
6621             }
6622             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6623                 return false;
6624             }
6625             br = iter1.next();
6626             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6627                 return false;
6628             }
6629             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6630                 return false;
6631             }
6632             if ( iter1.hasNext() ) {
6633                 return false;
6634             }
6635             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6636             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6637             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6638             br = iter2.next();
6639             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6640                 return false;
6641             }
6642             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6643                 return false;
6644             }
6645             br = iter2.next();
6646             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6647                 return false;
6648             }
6649             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6650                 return false;
6651             }
6652             br = iter2.next();
6653             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6654                 return false;
6655             }
6656             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6657                 return false;
6658             }
6659             if ( iter2.hasNext() ) {
6660                 return false;
6661             }
6662             final Phylogeny species0 = factory
6663                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6664                              new NHXParser() )[ 0 ];
6665             final Phylogeny gene1 = factory
6666                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6667                              new NHXParser() )[ 0 ];
6668             species0.setRooted( true );
6669             gene1.setRooted( true );
6670             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6671             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6672             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6673                 return false;
6674             }
6675             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6676                 return false;
6677             }
6678             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6679                 return false;
6680             }
6681             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6685                 return false;
6686             }
6687             final Phylogeny gene2 = factory
6688                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6689                              new NHXParser() )[ 0 ];
6690             gene2.setRooted( true );
6691             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6692             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6693                 return false;
6694             }
6695             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6696                 return false;
6697             }
6698             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6702                 return false;
6703             }
6704             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6705                 return false;
6706             }
6707             final Phylogeny species6 = factory
6708                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6709                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6710                              new NHXParser() )[ 0 ];
6711             final Phylogeny gene6 = factory
6712                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6713                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6714                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6715                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6716                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6717                              new NHXParser() )[ 0 ];
6718             species6.setRooted( true );
6719             gene6.setRooted( true );
6720             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6721             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6722                 return false;
6723             }
6724             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6725                 return false;
6726             }
6727             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6728                 return false;
6729             }
6730             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6731                 return false;
6732             }
6733             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6737                 return false;
6738             }
6739             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6740                 return false;
6741             }
6742             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6746                 return false;
6747             }
6748             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6749                 return false;
6750             }
6751             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6752                 return false;
6753             }
6754             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6755                 return false;
6756             }
6757             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6758                 return false;
6759             }
6760             p6 = null;
6761             final Phylogeny species7 = factory
6762                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6763                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6764                              new NHXParser() )[ 0 ];
6765             final Phylogeny gene7 = factory
6766                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6767                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6768                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6769                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6770                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6771                              new NHXParser() )[ 0 ];
6772             species7.setRooted( true );
6773             gene7.setRooted( true );
6774             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6775             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6776                 return false;
6777             }
6778             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6779                 return false;
6780             }
6781             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6782                 return false;
6783             }
6784             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6788                 return false;
6789             }
6790             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6794                 return false;
6795             }
6796             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6797                 return false;
6798             }
6799             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6803                 return false;
6804             }
6805             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6806                 return false;
6807             }
6808             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6809                 return false;
6810             }
6811             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             p7 = null;
6815             final Phylogeny species8 = factory
6816                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6817                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6818                              new NHXParser() )[ 0 ];
6819             final Phylogeny gene8 = factory
6820                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6821                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6822                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6823                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6824                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6825                              new NHXParser() )[ 0 ];
6826             species8.setRooted( true );
6827             gene8.setRooted( true );
6828             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6829             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6830                 return false;
6831             }
6832             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6833                 return false;
6834             }
6835             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6836                 return false;
6837             }
6838             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6839                 return false;
6840             }
6841             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6842                 return false;
6843             }
6844             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6845                 return false;
6846             }
6847             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6848                 return false;
6849             }
6850             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6851                 return false;
6852             }
6853             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6854                 return false;
6855             }
6856             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6857                 return false;
6858             }
6859             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6860                 return false;
6861             }
6862             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6863                 return false;
6864             }
6865             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6866                 return false;
6867             }
6868             p8 = null;
6869         }
6870         catch ( final Exception e ) {
6871             e.printStackTrace( System.out );
6872             return false;
6873         }
6874         return true;
6875     }
6876
6877     private static boolean testSplit() {
6878         try {
6879             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6880             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6881             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6882             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6883             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6884             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6885             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6886             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6887             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6888             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6889             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6890             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6891             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6892             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6893             // System.out.println( s0.toString() );
6894             //
6895             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6896             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6897             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6898             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6899                 return false;
6900             }
6901             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6906             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6907             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6908             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6909             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6910                 return false;
6911             }
6912             //
6913             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6916             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6917             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6918                 return false;
6919             }
6920             //
6921             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6925             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6926             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6927                 return false;
6928             }
6929             //
6930             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6934             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6935             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6936                 return false;
6937             }
6938             //
6939             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6943             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6950             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6951                 return false;
6952             }
6953             //
6954             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6955             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6956             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6960             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6968             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6969                 return false;
6970             }
6971             //
6972             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6973             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6974             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6977             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6978                 return false;
6979             }
6980             //
6981             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6982             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6983             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6984             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6985                 return false;
6986             }
6987             //
6988             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6990             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6991             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6993             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6994                 return false;
6995             }
6996             //
6997             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7001             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7003             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7004                 return false;
7005             }
7006             //
7007             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7008             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7009             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7010             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7011             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7012                 return false;
7013             }
7014             //
7015             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7017             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7018             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7019                 return false;
7020             }
7021             //
7022             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7025             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7026                 return false;
7027             }
7028             //
7029             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7030             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7031             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7032             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7033                 return false;
7034             }
7035             //
7036             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7039             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             //
7043             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7046             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7047                 return false;
7048             }
7049             //
7050             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7051             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7053             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7054                 return false;
7055             }
7056             //
7057             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7058             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7061             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7062                 return false;
7063             }
7064             //
7065             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7066             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7067             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7068             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7069             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7070                 return false;
7071             }
7072             //
7073             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7074             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7075             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7076             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7077             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7078                 return false;
7079             }
7080             //
7081             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7083             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7084             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7086             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7087                 return false;
7088             }
7089             /////////
7090             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7091             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7092             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7093             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7094             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7095             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7096             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7097             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7098             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7099             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7100             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7101             //                return false;
7102             //            }
7103             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7104             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7105             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7106             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7107             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7108             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7109             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7110             //                return false;
7111             //            }
7112             //            //
7113             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7114             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7115             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7116             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7117             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7118             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7119             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7120             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7121             //                return false;
7122             //            }
7123             //            //
7124             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7125             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7126             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7127             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
7128             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
7129             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
7130             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
7131             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7132             //                return false;
7133             //            }
7134             //            //
7135             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7136             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7137             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7138             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
7139             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7140             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7141             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7142             //                return false;
7143             //            }
7144             //            //
7145             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7146             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
7147             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
7148             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
7149             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
7150             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7151             //                return false;
7152             //            }
7153             //
7154             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7159             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7160                 return false;
7161             }
7162             //
7163             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7164             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7168             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             ///////////////////////////
7172             //
7173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7176             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7177             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7178             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7179                 return false;
7180             }
7181             //
7182             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7183             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7184             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7185             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7186             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7187             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7188                 return false;
7189             }
7190             //
7191             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7192             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7193             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7196             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             //
7200             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7203             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7205             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7206                 return false;
7207             }
7208             //
7209             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7210             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7211             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7214             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7215                 return false;
7216             }
7217             //
7218             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7219             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7220             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7221             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7222             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7223                 return false;
7224             }
7225             //
7226             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7227             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7228             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7229             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7230             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7232             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             //
7236             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7237             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7238             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7242             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             //
7246             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7247             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7248             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7249             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7250             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7251             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7252             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7253                 return false;
7254             }
7255             //
7256             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7257             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7258             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7259             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7260             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7261             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7262             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7263             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7264                 return false;
7265             }
7266         }
7267         catch ( final Exception e ) {
7268             e.printStackTrace();
7269             return false;
7270         }
7271         return true;
7272     }
7273
7274     private static boolean testSplitStrict() {
7275         try {
7276             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7277             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7278             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7279             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7280             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7281             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7282             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7283             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7284             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7285             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7286             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7287             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7288             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7289             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7290             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7294             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7295             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7296             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7297             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7298             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7299             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7300             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7301             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7302                 return false;
7303             }
7304             //
7305             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7306             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7307             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7308             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7309             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7310                 return false;
7311             }
7312             //
7313             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7314             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7315             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7316             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7317             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7318             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7319                 return false;
7320             }
7321             //
7322             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7323             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7324             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7325             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7326             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7327             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7328                 return false;
7329             }
7330             //
7331             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7332             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7333             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7334             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7335             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7336                 return false;
7337             }
7338             //
7339             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7340             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7341             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7342             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7343                 return false;
7344             }
7345             //
7346             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7347             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7348             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7349             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7350             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7351             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7352             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7353                 return false;
7354             }
7355             //
7356             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7357             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7358             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7359             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7360             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7361                 return false;
7362             }
7363             //
7364             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7365             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7366             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7367             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7368             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7369             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7370                 return false;
7371             }
7372             //
7373             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7374             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7375             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7376             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             //
7380             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7381             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7382             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7383             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7384             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7385             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             //
7389             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7390             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7391             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7392             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7393             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7394             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7395             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7396                 return false;
7397             }
7398             //
7399             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7400             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7401             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7402             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7403             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             //
7407             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7408             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7409             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7410             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7411                 return false;
7412             }
7413             //
7414             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7415             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7416             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7417             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7418                 return false;
7419             }
7420             //
7421             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7422             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7423             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7424             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             //
7428             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7429             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7430             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7431             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7432                 return false;
7433             }
7434             //
7435             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7436             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7437             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7438             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7439                 return false;
7440             }
7441             //
7442             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7443             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7444             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7445             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             //
7449             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7450             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7451             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7452             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7453             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             //
7457             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7458             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7459             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7460             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7461             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7462                 return false;
7463             }
7464             //
7465             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7466             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7467             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7468             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7469             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             //
7473             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7474             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7475             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7476             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7477             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7478             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7479                 return false;
7480             }
7481         }
7482         catch ( final Exception e ) {
7483             e.printStackTrace();
7484             return false;
7485         }
7486         return true;
7487     }
7488
7489     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7490         try {
7491             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7492             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7493             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7494             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             t1.toNewHampshireX();
7498             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7499             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7500                 return false;
7501             }
7502             t1.toNewHampshireX();
7503             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7504             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             t1.toNewHampshireX();
7508             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7509             t1.toNewHampshireX();
7510             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7514             t1.toNewHampshireX();
7515             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7516                 return false;
7517             }
7518             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7519             t1.toNewHampshireX();
7520             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7524             t1.toNewHampshireX();
7525             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7529             t1.toNewHampshireX();
7530             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7534             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7535                 return false;
7536             }
7537             if ( !t1.isEmpty() ) {
7538                 return false;
7539             }
7540             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7541             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7542             t2.toNewHampshireX();
7543             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7544                 return false;
7545             }
7546             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7547             t2.toNewHampshireX();
7548             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7552             t2.toNewHampshireX();
7553             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7554                 return false;
7555             }
7556         }
7557         catch ( final Exception e ) {
7558             e.printStackTrace( System.out );
7559             return false;
7560         }
7561         return true;
7562     }
7563
7564     private static boolean testSupportCount() {
7565         try {
7566             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7567             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7568             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7569                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7570                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7571                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7572                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7573                                                               new NHXParser() );
7574             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7575             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7576             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7577                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7578                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7579                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7580                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7581                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7582                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7583                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7584                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7585                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7586                                                               new NHXParser() );
7587             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7588             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7589             while ( it.hasNext() ) {
7590                 final PhylogenyNode n = it.next();
7591                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7592                     return false;
7593                 }
7594             }
7595             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7596             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7597                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7598             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7599             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7600             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7607                 return false;
7608             }
7609             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7610                 return false;
7611             }
7612             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7613                 return false;
7614             }
7615             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7616                 return false;
7617             }
7618             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7619                 return false;
7620             }
7621             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7622                 return false;
7623             }
7624             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7625                 return false;
7626             }
7627             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7628                 return false;
7629             }
7630             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7631             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7632                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7633             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7634             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7635             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7651                 return false;
7652             }
7653             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7654                 return false;
7655             }
7656             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7657                 return false;
7658             }
7659             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7660                 return false;
7661             }
7662             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7663                 return false;
7664             }
7665             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7666             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7667             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7668             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7669                 return false;
7670             }
7671             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7672             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7673             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7674             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7675                 return false;
7676             }
7677             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7678             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7679             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7680             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7681                 return false;
7682             }
7683             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7684             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7685             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7686             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7687                 return false;
7688             }
7689         }
7690         catch ( final Exception e ) {
7691             e.printStackTrace( System.out );
7692             return false;
7693         }
7694         return true;
7695     }
7696
7697     private static boolean testSupportTransfer() {
7698         try {
7699             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7700             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7701                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7702             final Phylogeny p2 = factory
7703                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7704             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7711             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7712             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7713                 return false;
7714             }
7715             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7716                 return false;
7717             }
7718             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7719                 return false;
7720             }
7721             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7722                 return false;
7723             }
7724             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7725                 return false;
7726             }
7727             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7728                 return false;
7729             }
7730             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7731                 return false;
7732             }
7733             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7734                 return false;
7735             }
7736         }
7737         catch ( final Exception e ) {
7738             e.printStackTrace( System.out );
7739             return false;
7740         }
7741         return true;
7742     }
7743
7744     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7745         try {
7746             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7747                                                                                                  10 );
7748             if ( results.size() != 1 ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7755                 return false;
7756             }
7757             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7761                 return false;
7762             }
7763             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7764                 return false;
7765             }
7766             results = null;
7767             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7768             if ( results.size() != 1 ) {
7769                 return false;
7770             }
7771             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7772                 return false;
7773             }
7774             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7775                 return false;
7776             }
7777             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7778                 return false;
7779             }
7780             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7781                 return false;
7782             }
7783             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7784                 return false;
7785             }
7786             results = null;
7787             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7788             if ( results.size() != 1 ) {
7789                 return false;
7790             }
7791             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7804                 return false;
7805             }
7806             results = null;
7807             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7808             if ( results.size() != 1 ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7812                 return false;
7813             }
7814             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7815                 return false;
7816             }
7817             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7818                 return false;
7819             }
7820             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7821                 return false;
7822             }
7823             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7830                 return false;
7831             }
7832             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7833                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7834                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7835                 return false;
7836             }
7837         }
7838         catch ( final IOException e ) {
7839             System.out.println();
7840             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7841             e.printStackTrace( System.out );
7842             return true;
7843         }
7844         catch ( final Exception e ) {
7845             return false;
7846         }
7847         return true;
7848     }
7849
7850     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7851         //The format for GenBank Accession numbers are:
7852         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7853         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7854         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7855         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7856             return false;
7857         }
7858         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7859             return false;
7860         }
7861         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7862             return false;
7863         }
7864         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7865             return false;
7866         }
7867         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7868             return false;
7869         }
7870         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7871             return false;
7872         }
7873         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7874             return false;
7875         }
7876         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7877             return false;
7878         }
7879         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7880             return false;
7881         }
7882         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7883             return false;
7884         }
7885         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7886             return false;
7887         }
7888         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7889             return false;
7890         }
7891         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7892             return false;
7893         }
7894         return true;
7895     }
7896
7897     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7898         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7899             return false;
7900         }
7901         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7902             return false;
7903         }
7904         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7905             return false;
7906         }
7907         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7908             return false;
7909         }
7910         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7911             return false;
7912         }
7913         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7914             return false;
7915         }
7916         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7917             return false;
7918         }
7919         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7920             return false;
7921         }
7922         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7923             return false;
7924         }
7925         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7926             return false;
7927         }
7928         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7929             return false;
7930         }
7931         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7932             return false;
7933         }
7934         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7935             return false;
7936         }
7937         try {
7938             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7939             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7949                 return false;
7950             }
7951             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7952                 return false;
7953             }
7954         }
7955         catch ( final IOException e ) {
7956             System.out.println();
7957             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7958             e.printStackTrace( System.out );
7959             return true;
7960         }
7961         catch ( final Exception e ) {
7962             return false;
7963         }
7964         return true;
7965     }
7966
7967     private static boolean testWabiTxSearch() {
7968         try {
7969             String result = "";
7970             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7971             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7972             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7973                 return false;
7974             }
7975             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7976             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7977                 return false;
7978             }
7979             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7980             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7981                 return false;
7982             }
7983             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7984             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7985                 return false;
7986             }
7987             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7988             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7989                 return false;
7990             }
7991             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7992             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7993                 return false;
7994             }
7995             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7996             queries.add( "Campylobacter coli" );
7997             queries.add( "Escherichia coli" );
7998             queries.add( "Arabidopsis" );
7999             queries.add( "Trichoplax" );
8000             queries.add( "Samanea saman" );
8001             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8002             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8003             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8004             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8005             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8006             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8007             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8008             ranks.add( RANKS.GENUS );
8009             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8010             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8011             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8012             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8013         }
8014         catch ( final Exception e ) {
8015             System.out.println();
8016             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8017             e.printStackTrace( System.out );
8018             return false;
8019         }
8020         return true;
8021     }
8022
8023     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8024         try {
8025             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8026             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8027                 return false;
8028             }
8029             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8030                 return false;
8031             }
8032             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8033                 return false;
8034             }
8035             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8036                 return false;
8037             }
8038             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8039             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8043             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8044                 return false;
8045             }
8046             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8047             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8048                 return false;
8049             }
8050         }
8051         catch ( final Exception e ) {
8052             e.printStackTrace();
8053             return false;
8054         }
8055         return true;
8056     }
8057
8058     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8059         try {
8060             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8061             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8062                 return false;
8063             }
8064             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8065                 return false;
8066             }
8067             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8068             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8069                 return false;
8070             }
8071             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8072                 return false;
8073             }
8074         }
8075         catch ( final Exception e ) {
8076             e.printStackTrace();
8077             return false;
8078         }
8079         return true;
8080     }
8081
8082     private static boolean testFastaParser() {
8083         try {
8084             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8085                 return false;
8086             }
8087             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8088                 return false;
8089             }
8090             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8091             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8092                 return false;
8093             }
8094             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8095                 return false;
8096             }
8097             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8098                 return false;
8099             }
8100             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8107                 return false;
8108             }
8109         }
8110         catch ( final Exception e ) {
8111             e.printStackTrace();
8112             return false;
8113         }
8114         return true;
8115     }
8116
8117     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8118         try {
8119             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8120             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8121             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
8122             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8123             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8124             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8125             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8126             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8127             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8128                 return false;
8129             }
8130             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8131                 return false;
8132             }
8133             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8134                 return false;
8135             }
8136             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8140                 return false;
8141             }
8142             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8143                 return false;
8144             }
8145             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8146                 return false;
8147             }
8148             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8149                 return false;
8150             }
8151             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
8152                 return false;
8153             }
8154             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
8161                 return false;
8162             }
8163             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8164             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8165                 return false;
8166             }
8167             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8168                 return false;
8169             }
8170             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8171                 return false;
8172             }
8173             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8174             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8175                 return false;
8176             }
8177             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8184             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193         }
8194         catch ( final Exception e ) {
8195             e.printStackTrace();
8196             return false;
8197         }
8198         return true;
8199     }
8200
8201     private static boolean testMafft( final String path ) {
8202         try {
8203             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8204             opts.add( "--maxiterate" );
8205             opts.add( "1000" );
8206             opts.add( "--localpair" );
8207             opts.add( "--quiet" );
8208             Msa msa = null;
8209             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
8210             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8211             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8212                 return false;
8213             }
8214             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
8215                 return false;
8216             }
8217         }
8218         catch ( final Exception e ) {
8219             e.printStackTrace( System.out );
8220             return false;
8221         }
8222         return true;
8223     }
8224
8225     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8226         try {
8227             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8228             PhylogenyNode n;
8229             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8230             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8231             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8232             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8233             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8234             n = t0.getFirstExternalNode();
8235             while ( n != null ) {
8236                 ext.add( n );
8237                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8238             }
8239             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8240                 return false;
8241             }
8242             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8243                 return false;
8244             }
8245             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8246                 return false;
8247             }
8248             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8249                 return false;
8250             }
8251             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8252                 return false;
8253             }
8254             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8255                 return false;
8256             }
8257             ext.clear();
8258             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8259             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8260             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8261             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8262             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8263             n = t1.getNode( "ab" );
8264             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8265             while ( n != null ) {
8266                 ext.add( n );
8267                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8268             }
8269             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8273                 return false;
8274             }
8275             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8276                 return false;
8277             }
8278             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8279                 return false;
8280             }
8281             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8282                 return false;
8283             }
8284             //
8285             //
8286             ext.clear();
8287             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8288             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8289             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8290             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8291             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8292             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8293             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8294             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8295             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8296             n = t2.getNode( "ab" );
8297             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8298             while ( n != null ) {
8299                 ext.add( n );
8300                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8301             }
8302             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8312                 return false;
8313             }
8314             //
8315             //
8316             ext.clear();
8317             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8318             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8319             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8320             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8321             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8322             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8323             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8324             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8325             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8326             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8327             n = t3.getNode( "ab" );
8328             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8329             while ( n != null ) {
8330                 ext.add( n );
8331                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8332             }
8333             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8334                 return false;
8335             }
8336             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8337                 return false;
8338             }
8339             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8340                 return false;
8341             }
8342             //
8343             //
8344             ext.clear();
8345             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8346             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8347             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8348             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8349             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8350             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8351             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8352             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8353             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8354             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8355             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8356             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8357             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8358                 return false;
8359             }
8360             //
8361             //
8362             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8363             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8364             ext.clear();
8365             n = t5.getFirstExternalNode();
8366             while ( n != null ) {
8367                 ext.add( n );
8368                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8369             }
8370             if ( ext.size() != 8 ) {
8371                 return false;
8372             }
8373             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8374                 return false;
8375             }
8376             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8377                 return false;
8378             }
8379             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8380                 return false;
8381             }
8382             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8383                 return false;
8384             }
8385             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8386                 return false;
8387             }
8388             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8389                 return false;
8390             }
8391             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8392                 return false;
8393             }
8394             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8395                 return false;
8396             }
8397             //
8398             //
8399             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8400             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8401             ext.clear();
8402             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8403             n = t6.getNode( "ab" );
8404             while ( n != null ) {
8405                 ext.add( n );
8406                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8407             }
8408             if ( ext.size() != 7 ) {
8409                 return false;
8410             }
8411             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8415                 return false;
8416             }
8417             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8418                 return false;
8419             }
8420             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8421                 return false;
8422             }
8423             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8424                 return false;
8425             }
8426             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8427                 return false;
8428             }
8429             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8430                 return false;
8431             }
8432             //
8433             //
8434             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8435             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8436             ext.clear();
8437             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8438             n = t7.getNode( "a" );
8439             while ( n != null ) {
8440                 ext.add( n );
8441                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8442             }
8443             if ( ext.size() != 7 ) {
8444                 return false;
8445             }
8446             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8447                 return false;
8448             }
8449             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8450                 return false;
8451             }
8452             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8453                 return false;
8454             }
8455             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8456                 return false;
8457             }
8458             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8459                 return false;
8460             }
8461             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8462                 return false;
8463             }
8464             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8465                 return false;
8466             }
8467             //
8468             //
8469             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8470             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8471             ext.clear();
8472             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8473             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8474             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8475             n = t8.getNode( "a" );
8476             while ( n != null ) {
8477                 ext.add( n );
8478                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8479             }
8480             if ( ext.size() != 7 ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8487                 return false;
8488             }
8489             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8490                 System.out.println( "2 fail" );
8491                 return false;
8492             }
8493             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8494                 return false;
8495             }
8496             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8497                 return false;
8498             }
8499             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8500                 return false;
8501             }
8502             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8503                 return false;
8504             }
8505             //
8506             //
8507             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8508             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8509             ext.clear();
8510             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8511             n = t9.getNode( "a" );
8512             while ( n != null ) {
8513                 ext.add( n );
8514                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8515             }
8516             if ( ext.size() != 7 ) {
8517                 return false;
8518             }
8519             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8520                 return false;
8521             }
8522             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8523                 return false;
8524             }
8525             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8526                 return false;
8527             }
8528             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8529                 return false;
8530             }
8531             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8532                 return false;
8533             }
8534             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             //
8541             //
8542             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8543             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8544             ext.clear();
8545             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8546             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8547             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8548             n = t10.getNode( "a" );
8549             while ( n != null ) {
8550                 ext.add( n );
8551                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8552             }
8553             if ( ext.size() != 7 ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8560                 return false;
8561             }
8562             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8563                 return false;
8564             }
8565             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577             //
8578             //
8579             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8580             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8581             ext.clear();
8582             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8583             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8584             n = t11.getNode( "a" );
8585             while ( n != null ) {
8586                 ext.add( n );
8587                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8588             }
8589             if ( ext.size() != 6 ) {
8590                 return false;
8591             }
8592             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8593                 return false;
8594             }
8595             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8596                 return false;
8597             }
8598             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8599                 return false;
8600             }
8601             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8602                 return false;
8603             }
8604             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8605                 return false;
8606             }
8607             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             //
8611             //
8612             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8613             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8614             ext.clear();
8615             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8616             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8617             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8618             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8619             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8620             n = t12.getNode( "a" );
8621             while ( n != null ) {
8622                 ext.add( n );
8623                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8624             }
8625             if ( ext.size() != 6 ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8632                 return false;
8633             }
8634             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8635                 return false;
8636             }
8637             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8638                 return false;
8639             }
8640             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8641                 return false;
8642             }
8643             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             //
8647             //
8648             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8649             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8650             ext.clear();
8651             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8652             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8653             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8654             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8655             n = t13.getNode( "ab" );
8656             while ( n != null ) {
8657                 ext.add( n );
8658                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8659             }
8660             if ( ext.size() != 5 ) {
8661                 return false;
8662             }
8663             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8664                 return false;
8665             }
8666             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8667                 return false;
8668             }
8669             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8670                 return false;
8671             }
8672             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8673                 return false;
8674             }
8675             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8676                 return false;
8677             }
8678             //
8679             //
8680             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8681             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8682             ext.clear();
8683             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8684             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8685             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8686             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8687             n = t14.getNode( "ab" );
8688             while ( n != null ) {
8689                 ext.add( n );
8690                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8691             }
8692             if ( ext.size() != 5 ) {
8693                 return false;
8694             }
8695             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8696                 return false;
8697             }
8698             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8699                 return false;
8700             }
8701             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8702                 return false;
8703             }
8704             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8705                 return false;
8706             }
8707             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8708                 return false;
8709             }
8710             //
8711             //
8712             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8713             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8714             ext.clear();
8715             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8716             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8717             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8718             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8719             n = t15.getNode( "ab" );
8720             while ( n != null ) {
8721                 ext.add( n );
8722                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8723             }
8724             if ( ext.size() != 6 ) {
8725                 return false;
8726             }
8727             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8728                 return false;
8729             }
8730             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8731                 return false;
8732             }
8733             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8734                 return false;
8735             }
8736             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8737                 return false;
8738             }
8739             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8740                 return false;
8741             }
8742             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8743                 return false;
8744             }
8745             //
8746             //
8747             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8748             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8749             ext.clear();
8750             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8751             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8752             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8753             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8754             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8755             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8756             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8757             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8758             n = t16.getNode( "ab" );
8759             while ( n != null ) {
8760                 ext.add( n );
8761                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8762             }
8763             if ( ext.size() != 4 ) {
8764                 return false;
8765             }
8766             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8767                 return false;
8768             }
8769             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8770                 return false;
8771             }
8772             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8773                 return false;
8774             }
8775             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8776                 return false;
8777             }
8778         }
8779         catch ( final Exception e ) {
8780             e.printStackTrace( System.out );
8781             return false;
8782         }
8783         return true;
8784     }
8785
8786     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8787         try {
8788             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8789             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "b", "ABBXEFGHIJ" );
8790             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "c", "AXCXEFGHIJ" );
8791             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "d", "AXDDEFGHIJ" );
8792             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8793             l.add( s0 );
8794             l.add( s1 );
8795             l.add( s2 );
8796             l.add( s3 );
8797             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8798             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8799                 return false;
8800             }
8801             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8802                 return false;
8803             }
8804             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8805                 return false;
8806             }
8807             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8808                 return false;
8809             }
8810         }
8811         catch ( final Exception e ) {
8812             e.printStackTrace( System.out );
8813             return false;
8814         }
8815         return true;
8816     }
8817
8818     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8819         try {
8820             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8821             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8822                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8823                 if ( id != null ) {
8824                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8825                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8826                 }
8827                 return false;
8828             }
8829             //
8830             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8831             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8832                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8833                 if ( id != null ) {
8834                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8835                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8836                 }
8837                 return false;
8838             }
8839             //
8840             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8841             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8842                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8843                 if ( id != null ) {
8844                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8845                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8846                 }
8847                 return false;
8848             }
8849             //
8850             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8851             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8852                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8853                 if ( id != null ) {
8854                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8855                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8856                 }
8857                 return false;
8858             }
8859             //
8860             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8861             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8862                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8863                 if ( id != null ) {
8864                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8865                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8866                 }
8867                 return false;
8868             }
8869             //
8870             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8871             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8872                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8873                 if ( id != null ) {
8874                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8875                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8876                 }
8877                 return false;
8878             }
8879             //
8880             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8881             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8882                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8883                 if ( id != null ) {
8884                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8885                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8886                 }
8887                 return false;
8888             }
8889             //
8890             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8891             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8892                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8893                 if ( id != null ) {
8894                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8895                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8896                 }
8897                 return false;
8898             }
8899             //
8900             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8901             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8902                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8903                 if ( id != null ) {
8904                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8905                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8906                 }
8907                 return false;
8908             }
8909             //
8910             id = SequenceIdParser.parse( "P4A123" );
8911             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8912                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8913                 if ( id != null ) {
8914                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8915                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8916                 }
8917                 return false;
8918             }
8919             //
8920             id = SequenceIdParser.parse( "pllf[pok P4A123_osdjfosnqo035-9233332904i000490 vf tmv x45" );
8921             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8922                     || !id.getValue().equals( "P4A123" ) || !id.getProvider().equals( "sp" ) ) {
8923                 if ( id != null ) {
8924                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8925                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8926                 }
8927                 return false;
8928             }
8929             //
8930             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8931             if ( id != null ) {
8932                 System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8933                 System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8934                 return false;
8935             }
8936             // lcl_91970_unknown_
8937         }
8938         catch ( final Exception e ) {
8939             e.printStackTrace( System.out );
8940             return false;
8941         }
8942         return true;
8943     }
8944 }