forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
  91 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  92 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  93 import org.forester.sequence.Sequence;
  94 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  95 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  96 import org.forester.tools.SupportCount;
  97 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  98 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  99 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 100 import org.forester.util.BasicTable;
 101 import org.forester.util.BasicTableParser;
 102 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 103 import org.forester.util.ForesterConstants;
 104 import org.forester.util.ForesterUtil;
 105 import org.forester.util.GeneralTable;
 106 import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
 107 import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
 108 import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 113 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 114
 115 @SuppressWarnings( "unused")
 116 public final class Test {
 117
 118     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 119     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 121                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 122     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 124                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 125     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 126     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 128                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 129     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 131                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 132
 133     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 134         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 135         return p;
 136     }
 137
 138     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 139         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 140         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 141     }
 142
 143     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 144         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 149         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 150                 + "]" );
 151         Locale.setDefault( Locale.US );
 152         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 153         int failed = 0;
 154         int succeeded = 0;
 155         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 156         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 157             System.out.println( "OK.]" );
 158         }
 159         else {
 160             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 161             System.out.println( "Testing aborted." );
 162             System.exit( -1 );
 163         }
 164         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 165         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 166             System.out.println( "OK.]" );
 167         }
 168         else {
 169             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 170             System.out.println( "Testing aborted." );
 171             System.exit( -1 );
 172         }
 173         final long start_time = new Date().getTime();
 174         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 175         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 176             System.out.println( "OK." );
 177             succeeded++;
 178         }
 179         else {
 180             System.out.println( "failed." );
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Basic node methods: " );
 184         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 193         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "NH parsing: " );
 202         if ( Test.testNHParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 211         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "NHX parsing: " );
 220         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 229         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 238         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 247         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 274         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 283         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 292         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 310         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 319         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Copying of node data: " );
 328         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 337         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 346         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Re-id methods: " );
 373         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 382         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 391         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 400         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 409         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 418         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Rerooting: " );
 427         if ( Test.testRerooting() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 436         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Support count: " );
 445         if ( Test.testSupportCount() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support transfer: " );
 454         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 463         if ( Test.testGetLCA() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 472         if ( Test.testGetDistance() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "SDIse: " );
 481         if ( Test.testSDIse() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
 490         if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 499         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "GSDI: " );
 508         if ( TestGSDI.test() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 517         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 526         if ( Test.testDataObjects() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Properties map: " );
 535         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 544         System.out.println();
 545         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "GO: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "Modeling tools: " );
 574         if ( TestPccx.test() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 583         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Split Matrix: " );
 592         if ( Test.testSplit() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 601         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Basic table: " );
 610         if ( Test.testBasicTable() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "General table: " );
 619         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 628         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "General MSA parser: " );
 637         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 646         if ( Test.testFastaParser() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 655         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 664         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 673         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 682         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         if ( Mafft.isInstalled() ) {
 691             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 692             if ( Test.testMafft() ) {
 693                 System.out.println( "OK." );
 694                 succeeded++;
 695             }
 696             else {
 697                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 698             }
 699         }
 700         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 701         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 702             System.out.println( "OK." );
 703             succeeded++;
 704         }
 705         else {
 706             System.out.println( "failed." );
 707             failed++;
 708         }
 709         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 710         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 711             System.out.println( "OK." );
 712             succeeded++;
 713         }
 714         else {
 715             System.out.println( "failed." );
 716             failed++;
 717         }
 718         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 719         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 720         //            System.out.println( "OK." );
 721         //            succeeded++;
 722         //        }
 723         //        else {
 724         //            System.out
 725         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 726         //        }
 727         System.out.println();
 728         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 729         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 730         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 731         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 732                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 733         System.out.println();
 734         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 735         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 736         System.out.println();
 737         if ( failed < 1 ) {
 738             System.out.println( "OK." );
 739         }
 740         else {
 741             System.out.println( "Not OK." );
 742         }
 743         // System.out.println();
 744         // Development.setTime( true );
 745         //try {
 746         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 747         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 748         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 749         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 750         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 751         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 752         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 753         // NHXParser() )[ 0 ];
 754         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 755         // }
 756         // catch ( final Exception e ) {
 757         //     e.printStackTrace();
 758         // }
 759         // t1.getRoot().preorderPrint();
 760         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 761         // .getInstance();
 762         // try {
 763         //
 764         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 765         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 766         // factory.create(
 767         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 768         // new NHXParser() );
 769         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 770         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 771         // factory.create(
 772         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 773         // new NHXParser() );
 774         //
 775         //
 776         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 777         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 778         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 779         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 780         // factory.create(
 781         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 782         // new NHXParser() );
 783         // factory.create(
 784         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 785         // new NHXParser() );
 786         //
 787         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 788         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 789         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 790         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 791         //
 792         // factory.create(
 793         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 794         // new NHXParser() );
 795         // factory.create(
 796         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 797         // new NHXParser() );
 798         //
 799         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 800         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 801         // factory.create(
 802         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 803         // new NHXParser() );
 804         //
 805         // }
 806         // catch ( IOException e ) {
 807         // // TODO Auto-generated catch block
 808         // e.printStackTrace();
 809         // }
 810     }
 811
 812     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 813         try {
 814             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 815                 return false;
 816             }
 817             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 818             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 819                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 820             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 821                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 822             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 823                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 824             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 825                 return false;
 826             }
 827             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 828                 return false;
 829             }
 830             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 831                 return false;
 832             }
 833             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             if ( !n3.isExternal() ) {
 837                 return false;
 838             }
 839             if ( !n3.isRoot() ) {
 840                 return false;
 841             }
 842             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 843                 return false;
 844             }
 845         }
 846         catch ( final Exception e ) {
 847             e.printStackTrace( System.out );
 848             return false;
 849         }
 850         return true;
 851     }
 852
 853     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 854         try {
 855             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 856             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 857             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 858                                                               xml_parser );
 859             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 860                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 861                 return false;
 862             }
 863             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 864                 return false;
 865             }
 866             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 867             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 868             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 869             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 870             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 871                 return false;
 872             }
 873             if ( !t1.isRooted() ) {
 874                 return false;
 875             }
 876             if ( t1.isRerootable() ) {
 877                 return false;
 878             }
 879             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 886                 return false;
 887             }
 888             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 889                 return false;
 890             }
 891             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 892                 return false;
 893             }
 894             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 895                 return false;
 896             }
 897             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 898                 return false;
 899             }
 900             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 901                 return false;
 902             }
 903             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 904                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 908                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 909                 return false;
 910             }
 911             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 912                 return false;
 913             }
 914             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 915                 return false;
 916             }
 917             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 918                 return false;
 919             }
 920             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 921                 return false;
 922             }
 923             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 927                 return false;
 928             }
 929             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 930                 return false;
 931             }
 932             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 933                 return false;
 934             }
 935             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 936                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 949                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 950                 return false;
 951             }
 952             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 953                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 954                 return false;
 955             }
 956             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 957                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 958                 return false;
 959             }
 960             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 961                     .equals( "experimental" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 965                     .equals( "function" ) ) {
 966                 return false;
 967             }
 968             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 969                     .getValue() != 1 ) {
 970                 return false;
 971             }
 972             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 973                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 974                 return false;
 975             }
 976             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 977                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 978                 return false;
 979             }
 980             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 981                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
 982                 return false;
 983             }
 984             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 985                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
 986                 return false;
 987             }
 988             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 989                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
 990                 return false;
 991             }
 992             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 993                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
 994                 return false;
 995             }
 996             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
 997                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
 998                 return false;
 999             }
1000             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1001                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1002                 return false;
1003             }
1004             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1005                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1006                 return false;
1007             }
1008             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1009                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1010                 return false;
1011             }
1012             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1016                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1020                 return false;
1021             }
1022             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1023             //     return false;
1024             //}
1025             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1026             //                return false;
1027             //            }
1028             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1029             //                return false;
1030             //            }
1031             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1032             //                return false;
1033             //            }
1034             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1035             //                return false;
1036             //            }
1037             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1038             //                return false;
1039             //            }
1040             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1041             //                return false;
1042             //            }
1043             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1044             //                return false;
1045             //            }
1046             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1047             //                return false;
1048             //            }
1049             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1050             //                    .equals( "B" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1063             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1064             //                return false;
1065             //            }
1066             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1067             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1068             //                return false;
1069             //            }
1070             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1071             //                return false;
1072             //            }
1073             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1074             //                return false;
1075             //            }
1076             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1077             //                return false;
1078             //            }
1079             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1080             //                return false;
1081             //            }
1082             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1083             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1084             //                ;
1085             //                return false;
1086             //            }
1087             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1088             //                return false;
1089             //            }
1090             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1091             //                return false;
1092             //            }
1093             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1094             //                return false;
1095             //            }
1096             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1097             //                return false;
1098             //            }
1099             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1100             //                return false;
1101             //            }
1102             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1103             //                return false;
1104             //            }
1105             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1106             //                return false;
1107             //            }
1108             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1109             //                                                              xml_parser );
1110             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1111             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1112             //                return false;
1113             //            }
1114             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1115             //                return false;
1116             //            }
1117             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1118             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1119             //                return false;
1120             //            }
1121             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1128             //                return false;
1129             //            }
1130         }
1131         catch ( final Exception e ) {
1132             e.printStackTrace( System.out );
1133             return false;
1134         }
1135         return true;
1136     }
1137
1138     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1139         try {
1140             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1141             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1142             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1143                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1144             }
1145             else {
1146                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1147             }
1148             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1149                                                               xml_parser );
1150             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1151                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1152                 return false;
1153             }
1154             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1155                 return false;
1156             }
1157             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1158             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1159             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1160                 return false;
1161             }
1162             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1163             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1164                 return false;
1165             }
1166             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1167                 return false;
1168             }
1169             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1170                 return false;
1171             }
1172             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1173                 return false;
1174             }
1175             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1176             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1177             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1178             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1182                 return false;
1183             }
1184             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1185                 return false;
1186             }
1187             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1188                 return false;
1189             }
1190             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1191                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1195                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1196                 return false;
1197             }
1198             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1199             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1200             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1201             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1202             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1203                 return false;
1204             }
1205             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1206             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1210                 return false;
1211             }
1212             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1213                 return false;
1214             }
1215             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1216                 return false;
1217             }
1218             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1219                 return false;
1220             }
1221             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1222                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1223                 return false;
1224             }
1225             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1232                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1233                 return false;
1234             }
1235             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1236                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1237                 return false;
1238             }
1239             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1240                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1241                 return false;
1242             }
1243             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1244                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1248                     .equals( "experimental" ) ) {
1249                 return false;
1250             }
1251             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1252                     .equals( "function" ) ) {
1253                 return false;
1254             }
1255             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1256                     .getValue() != 1 ) {
1257                 return false;
1258             }
1259             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1260                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1261                 return false;
1262             }
1263             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1264                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1265                 return false;
1266             }
1267             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1268                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1269                 return false;
1270             }
1271             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1272                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1273                 return false;
1274             }
1275             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1276                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1277                 return false;
1278             }
1279             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1280                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1281                 return false;
1282             }
1283             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1284                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1285                 return false;
1286             }
1287             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1288                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1289                 return false;
1290             }
1291             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1292                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1293                 return false;
1294             }
1295             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1296                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1297                 return false;
1298             }
1299             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1303                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1307                 return false;
1308             }
1309             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1310                 return false;
1311             }
1312             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1313                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1314                 return false;
1315             }
1316             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1317                 return false;
1318             }
1319             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1320                 return false;
1321             }
1322             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1329                     .equals( "ncbi" ) ) {
1330                 return false;
1331             }
1332             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1336                     .getName().equals( "B" ) ) {
1337                 return false;
1338             }
1339             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1340                     .getFrom() != 21 ) {
1341                 return false;
1342             }
1343             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1344                 return false;
1345             }
1346             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1347                     .getLength() != 24 ) {
1348                 return false;
1349             }
1350             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1351                     .getConfidence() != 2144 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1355                     .equals( "pfam" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1359                 return false;
1360             }
1361             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1362                 return false;
1363             }
1364             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1365                 return false;
1366             }
1367             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1368                 return false;
1369             }
1370             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1371             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1372                 return false;
1373             }
1374             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1390                 return false;
1391             }
1392             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1393                 return false;
1394             }
1395             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1396                 return false;
1397             }
1398             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1399                 return false;
1400             }
1401             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1402                 return false;
1403             }
1404             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1405                 return false;
1406             }
1407             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1408                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1409                 ;
1410                 return false;
1411             }
1412             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1413                 return false;
1414             }
1415             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1416                 return false;
1417             }
1418             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1419                 return false;
1420             }
1421             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1422                 return false;
1423             }
1424             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1425                 return false;
1426             }
1427             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1428                 return false;
1429             }
1430             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1431                 return false;
1432             }
1433             //
1434             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1438                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1439                 return false;
1440             }
1441             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1442                 return false;
1443             }
1444             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1445                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1446                 return false;
1447             }
1448             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1449                 return false;
1450             }
1451             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1452                 return false;
1453             }
1454             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1455                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1456                 return false;
1457             }
1458         }
1459         catch ( final Exception e ) {
1460             e.printStackTrace( System.out );
1461             return false;
1462         }
1463         return true;
1464     }
1465
1466     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1467         try {
1468             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1469             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1470             try {
1471                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1472             }
1473             catch ( final Exception e ) {
1474                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1475             }
1476             if ( xml_parser == null ) {
1477                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1478                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1479                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1480                 }
1481                 else {
1482                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1483                 }
1484             }
1485             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1486                                                               xml_parser );
1487             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1488                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1489                 return false;
1490             }
1491             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1492                 return false;
1493             }
1494             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1495             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1496             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1497             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1498             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1499                 return false;
1500             }
1501             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1502                 return false;
1503             }
1504             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1505                 return false;
1506             }
1507             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1514                 return false;
1515             }
1516             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1517                 return false;
1518             }
1519             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1520             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1521             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1522                 System.out.println( "errors:" );
1523                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1530                                                               xml_parser );
1531             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1532                 System.out.println( "errors:" );
1533                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1534                 return false;
1535             }
1536             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1537                 return false;
1538             }
1539             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1540                 return false;
1541             }
1542             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1543                                                               xml_parser );
1544             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1545                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1546                 return false;
1547             }
1548             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1549                 return false;
1550             }
1551             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1552             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1553                 return false;
1554             }
1555             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1562                 return false;
1563             }
1564             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1565                                                               xml_parser );
1566             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1567                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1568                 return false;
1569             }
1570             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1571                 return false;
1572             }
1573             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1574             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             s.getNode( "first" );
1578             s.getNode( "<>" );
1579             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1580             s.getNode( "'''\"" );
1581             s.getNode( "\"\"\"" );
1582             s.getNode( "dick & doof" );
1583         }
1584         catch ( final Exception e ) {
1585             e.printStackTrace( System.out );
1586             return false;
1587         }
1588         return true;
1589     }
1590
1591     private static boolean testBasicTable() {
1592         try {
1593             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1594             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1595                 return false;
1596             }
1597             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1598                 return false;
1599             }
1600             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1601             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1602             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1603             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1604             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1605             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1606             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1607             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1608             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1609                 return false;
1610             }
1611             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1612                 return false;
1613             }
1614             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1615                 return false;
1616             }
1617             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1618                 return false;
1619             }
1620             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1621                 return false;
1622             }
1623             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1624                 return false;
1625             }
1626             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1627                 return false;
1628             }
1629             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1630                 return false;
1631             }
1632             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1633                 return false;
1634             }
1635             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1636                 return false;
1637             }
1638             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1639             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1640             source.append( "" + l );
1641             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1642             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1643             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1644             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1645             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1646             source.append( "40 41 42 43" + l );
1647             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1648             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1649             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1650             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1651                 return false;
1652             }
1653             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1654                 return false;
1655             }
1656             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1657                 return false;
1658             }
1659             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1660                 return false;
1661             }
1662             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1663                 return false;
1664             }
1665             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1666                 return false;
1667             }
1668             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1669             source1.append( "" + l );
1670             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1671             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1672             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1673             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1674             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1675             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1676             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1677             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1678             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1679             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1680                 return false;
1681             }
1682             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1683                 return false;
1684             }
1685             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1686                 return false;
1687             }
1688             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1689                 return false;
1690             }
1691             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1692                 return false;
1693             }
1694             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1695                 return false;
1696             }
1697             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1698                 return false;
1699             }
1700             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1701                 return false;
1702             }
1703             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1704             source2.append( "" + l );
1705             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1706             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1707             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1708             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1709             source2.append( "                     " + l );
1710             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1711             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1712             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1713             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1714             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1715                                                                         ";",
1716                                                                         false,
1717                                                                         "comment:",
1718                                                                         false );
1719             if ( tl.size() != 2 ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1723             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1724             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1725                 return false;
1726             }
1727             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1728                 return false;
1729             }
1730             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1731                 return false;
1732             }
1733             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1734                 return false;
1735             }
1736             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1737                 return false;
1738             }
1739             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1740                 return false;
1741             }
1742         }
1743         catch ( final Exception e ) {
1744             e.printStackTrace( System.out );
1745             return false;
1746         }
1747         return true;
1748     }
1749
1750     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1751         try {
1752             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1753             final TolParser parser = new TolParser();
1754             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1755             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1756                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1757                 return false;
1758             }
1759             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1760                 return false;
1761             }
1762             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1763             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1764                 return false;
1765             }
1766             if ( !t1.isRooted() ) {
1767                 return false;
1768             }
1769             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1770                 return false;
1771             }
1772             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1773                 return false;
1774             }
1775             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1782             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1783                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1784                 return false;
1785             }
1786             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1787                 return false;
1788             }
1789             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1790             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1791                 return false;
1792             }
1793             if ( !t2.isRooted() ) {
1794                 return false;
1795             }
1796             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1797                 return false;
1798             }
1799             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1800                 return false;
1801             }
1802             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1809                 return false;
1810             }
1811             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1812                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1816             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1817                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1818                 return false;
1819             }
1820             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1821                 return false;
1822             }
1823             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1824             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1831                 return false;
1832             }
1833             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1834                 return false;
1835             }
1836             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1837             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1838                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1839                 return false;
1840             }
1841             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1842                 return false;
1843             }
1844             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1845             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1846                 return false;
1847             }
1848             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1849                 return false;
1850             }
1851             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1852                 return false;
1853             }
1854             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1855                 return false;
1856             }
1857             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1858             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1859                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1860                 return false;
1861             }
1862             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1863                 return false;
1864             }
1865             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1866             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1867                 return false;
1868             }
1869             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1870                 return false;
1871             }
1872             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1873                 return false;
1874             }
1875             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1876                 return false;
1877             }
1878         }
1879         catch ( final Exception e ) {
1880             e.printStackTrace( System.out );
1881             return false;
1882         }
1883         return true;
1884     }
1885
1886     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1887         try {
1888             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1889             final Phylogeny t1 = factory.create();
1890             if ( !t1.isEmpty() ) {
1891                 return false;
1892             }
1893             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1894             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1898                 return false;
1899             }
1900             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1901                 return false;
1902             }
1903             if ( t2.isEmpty() ) {
1904                 return false;
1905             }
1906             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1907             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1908                 return false;
1909             }
1910             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1911                 return false;
1912             }
1913             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1917             PhylogenyNodeIterator it;
1918             for( it = n.iterateChildNodesForward(); it.hasNext(); ) {
1919                 it.next();
1920             }
1921             for( it.reset(); it.hasNext(); ) {
1922                 it.next();
1923             }
1924             final PhylogenyNodeIterator it2 = n.iterateChildNodesForward();
1925             if ( !it2.next().getName().equals( "A" ) ) {
1926                 return false;
1927             }
1928             if ( !it2.next().getName().equals( "B" ) ) {
1929                 return false;
1930             }
1931             if ( !it2.next().getName().equals( "C" ) ) {
1932                 return false;
1933             }
1934             if ( it2.hasNext() ) {
1935                 return false;
1936             }
1937             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1938             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1939                 return false;
1940             }
1941             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1942                 return false;
1943             }
1944             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1945                 return false;
1946             }
1947             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1948             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1949             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1950                 return false;
1951             }
1952             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1953                 return false;
1954             }
1955             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1956             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1957             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1958                 return false;
1959             }
1960             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1961             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1962             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1963                 return false;
1964             }
1965             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1966             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1967             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1968                 return false;
1969             }
1970             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1971                 return false;
1972             }
1973             final char[] a9 = new char[] {};
1974             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1975             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1976                 return false;
1977             }
1978             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1979             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1980             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1981                 return false;
1982             }
1983         }
1984         catch ( final Exception e ) {
1985             e.printStackTrace( System.out );
1986             return false;
1987         }
1988         return true;
1989     }
1990
1991     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1992         try {
1993             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1994             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1995             final Phylogeny[] ev0 = factory
1996                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1997                              new NHXParser() );
1998             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1999             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2000                 return false;
2001             }
2002             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2003                 return false;
2004             }
2005             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2006             final Phylogeny[] ev1 = factory
2007                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2008                              new NHXParser() );
2009             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2010             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2011                 return false;
2012             }
2013             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2014                 return false;
2015             }
2016             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2017             final Phylogeny[] ev_b = factory
2018                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2019                              new NHXParser() );
2020             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2021             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2022             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2023                 return false;
2024             }
2025             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2026                 return false;
2027             }
2028             //
2029             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2030             final Phylogeny[] ev1x = factory
2031                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2032                              new NHXParser() );
2033             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2034             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2035                 return false;
2036             }
2037             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2038                 return false;
2039             }
2040             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2041             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2042                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2043                              new NHXParser() );
2044             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2045             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2046                 return false;
2047             }
2048             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2049                 return false;
2050             }
2051             //
2052             final Phylogeny[] t2 = factory
2053                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2054                              new NHXParser() );
2055             final Phylogeny[] ev2 = factory
2056                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2057                              new NHXParser() );
2058             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2059                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2060             }
2061             //
2062             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2063                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2064             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2065             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2066             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2067                 return false;
2068             }
2069             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2070                 return false;
2071             }
2072             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2073                 return false;
2074             }
2075         }
2076         catch ( final Exception e ) {
2077             e.printStackTrace();
2078             return false;
2079         }
2080         return true;
2081     }
2082
2083     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2084         try {
2085             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2086                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2087             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2088             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2089                 return false;
2090             }
2091         }
2092         catch ( final Exception e ) {
2093             e.printStackTrace();
2094             return false;
2095         }
2096         return true;
2097     }
2098
2099     private static boolean testDataObjects() {
2100         try {
2101             final Confidence s0 = new Confidence();
2102             final Confidence s1 = new Confidence();
2103             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2104                 return false;
2105             }
2106             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2107             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2108             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2109                 return false;
2110             }
2111             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2112                 return false;
2113             }
2114             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2115             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2116                 return false;
2117             }
2118             s3.asSimpleText();
2119             s3.asText();
2120             // Taxonomy
2121             // ----------
2122             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2123             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2124             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2125             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2126             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2127             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2128             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2129             t1.setScientificName( "E. coli" );
2130             t1.setCommonName( "coli" );
2131             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2132             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2133                 return false;
2134             }
2135             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2136             t2.setTaxonomyCode( "other" );
2137             t2.setScientificName( "what" );
2138             t2.setCommonName( "something" );
2139             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2140                 return false;
2141             }
2142             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2143             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2144                 return false;
2145             }
2146             t1.setIdentifier( null );
2147             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2148             t3.setScientificName( "what" );
2149             t3.setCommonName( "something" );
2150             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2151                 return false;
2152             }
2153             t1.setIdentifier( null );
2154             t1.setTaxonomyCode( "" );
2155             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2156             t4.setCommonName( "something" );
2157             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2158                 return false;
2159             }
2160             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2161             t4.setCommonName( "something" );
2162             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2163                 return false;
2164             }
2165             t1.setIdentifier( null );
2166             t1.setTaxonomyCode( "" );
2167             t1.setScientificName( "" );
2168             t5.setCommonName( "COLI" );
2169             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2170                 return false;
2171             }
2172             t5.setCommonName( "vibrio" );
2173             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2174                 return false;
2175             }
2176             // Identifier
2177             // ----------
2178             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2179             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2180             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2181                 return false;
2182             }
2183             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2184                 return false;
2185             }
2186             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2187                 return false;
2188             }
2189             id1.asSimpleText();
2190             id1.asText();
2191             // ProteinDomain
2192             // ---------------
2193             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2194             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2195             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2196                 return false;
2197             }
2198             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2199                 return false;
2200             }
2201             pd1.asSimpleText();
2202             pd1.asText();
2203             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2204             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2205             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2206                 return false;
2207             }
2208             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2209                 return false;
2210             }
2211             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2212                 return false;
2213             }
2214             pd3.asSimpleText();
2215             pd3.asText();
2216             // DomainArchitecture
2217             // ------------------
2218             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2219             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2220             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2221             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2222             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2223             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2224             domains0.add( d2 );
2225             domains0.add( d0 );
2226             domains0.add( d3 );
2227             domains0.add( d1 );
2228             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2229             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2230                 return false;
2231             }
2232             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2233             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2234                 return false;
2235             }
2236             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2237                 return false;
2238             }
2239             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2240                 return false;
2241             }
2242             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2243             domains1.add( d1 );
2244             domains1.add( d2 );
2245             domains1.add( d4 );
2246             domains1.add( d0 );
2247             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2248             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2249                 return false;
2250             }
2251             ds1.asSimpleText();
2252             ds1.asText();
2253             ds1.toNHX();
2254             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2255             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2256                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2257                 return false;
2258             }
2259             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2260                 return false;
2261             }
2262             // Event
2263             // -----
2264             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2265             if ( e1.isDuplication() ) {
2266                 return false;
2267             }
2268             if ( !e1.isFusion() ) {
2269                 return false;
2270             }
2271             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2272                 return false;
2273             }
2274             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2275                 return false;
2276             }
2277             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2278             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2279                 return false;
2280             }
2281             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2282                 return false;
2283             }
2284             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2285             if ( e2.isDuplication() ) {
2286                 return false;
2287             }
2288             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2289                 return false;
2290             }
2291             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2292                 return false;
2293             }
2294             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2295                 return false;
2296             }
2297             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2298                 return false;
2299             }
2300             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2301                 return false;
2302             }
2303             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2304             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2305                 return false;
2306             }
2307             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2308             if ( e3.isDuplication() ) {
2309                 return false;
2310             }
2311             if ( e3.isSpeciation() ) {
2312                 return false;
2313             }
2314             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2315                 return false;
2316             }
2317             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2318                 return false;
2319             }
2320             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2321             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2322             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2323                 return false;
2324             }
2325             e3 = null;
2326             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2327                 return false;
2328             }
2329             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2330             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2331                 return false;
2332             }
2333             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2334                 return false;
2335             }
2336             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2337             e4 = null;
2338             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2339             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2340                 return false;
2341             }
2342             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2343                 return false;
2344             }
2345             final Event e5 = new Event();
2346             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2347                 return false;
2348             }
2349             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2350                 return false;
2351             }
2352             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2353                 return false;
2354             }
2355             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2356             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2357                 return false;
2358             }
2359             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2360                 return false;
2361             }
2362             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2363             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2364                 return false;
2365             }
2366             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2367                 return false;
2368             }
2369             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2370             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2371                 return false;
2372             }
2373             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2374                 return false;
2375             }
2376         }
2377         catch ( final Exception e ) {
2378             e.printStackTrace( System.out );
2379             return false;
2380         }
2381         return true;
2382     }
2383
2384     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2385         try {
2386             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2387             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2388             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2389             if ( t0.isEmpty() ) {
2390                 return false;
2391             }
2392             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2393                 return false;
2394             }
2395             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2396             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2397                 return false;
2398             }
2399             if ( !t0.isEmpty() ) {
2400                 return false;
2401             }
2402             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2403             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2404                 return false;
2405             }
2406             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2407             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2408                 return false;
2409             }
2410             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2411                 return false;
2412             }
2413             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2414             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2415                 return false;
2416             }
2417             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2418             if ( !t1.isEmpty() ) {
2419                 return false;
2420             }
2421             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2422             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2423                 return false;
2424             }
2425             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2426             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2427                 return false;
2428             }
2429             t2.toNewHampshireX();
2430             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2431             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2432                 return false;
2433             }
2434             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2435             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2436                 return false;
2437             }
2438             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2439             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2440                 return false;
2441             }
2442             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2443             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2444                 return false;
2445             }
2446             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2447             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2448                 return false;
2449             }
2450             n = t3.getNode( "A" );
2451             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2452                 return false;
2453             }
2454             n = n.getNextExternalNode();
2455             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2456                 return false;
2457             }
2458             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2459             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2460                 return false;
2461             }
2462             n = t3.getNode( "C" );
2463             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2464                 return false;
2465             }
2466             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2467             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2468                 return false;
2469             }
2470             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2471             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2472                 return false;
2473             }
2474             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2475             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2476                 return false;
2477             }
2478             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2479             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2480                 return false;
2481             }
2482             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2483             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2484                 return false;
2485             }
2486             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2487             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2488                 return false;
2489             }
2490             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2491             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2492                 return false;
2493             }
2494             n = t4.getNode( "A" );
2495             n = n.getNextExternalNode();
2496             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2497                 return false;
2498             }
2499             n = n.getNextExternalNode();
2500             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2501                 return false;
2502             }
2503             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2504             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2505                 return false;
2506             }
2507             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2508             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2509             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2510                 return false;
2511             }
2512             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2513             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2514                 return false;
2515             }
2516             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2517             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2518             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2519                 return false;
2520             }
2521             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2522             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2523                 return false;
2524             }
2525             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2526             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2527             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2528                 return false;
2529             }
2530             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2531             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2532                 return false;
2533             }
2534             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2535             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2536             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2537                 return false;
2538             }
2539             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2540             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2541                 return false;
2542             }
2543             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2544             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2545             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2546                 return false;
2547             }
2548             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2549             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2550                 return false;
2551             }
2552             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2553             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2554             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2555                 return false;
2556             }
2557             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2558             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2559                 return false;
2560             }
2561             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2562             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2563             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2564                 return false;
2565             }
2566             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2567             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2568                 return false;
2569             }
2570             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2571             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2572                 return false;
2573             }
2574             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2575             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2576                 return false;
2577             }
2578             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2579             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2580             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2581                 return false;
2582             }
2583             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2584             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2585                 return false;
2586             }
2587             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2588             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2589                 return false;
2590             }
2591             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2592             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2593                 return false;
2594             }
2595             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2596             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2597                 return false;
2598             }
2599             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2600             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2601                 return false;
2602             }
2603             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2604             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2605                 return false;
2606             }
2607             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2608             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2609                 return false;
2610             }
2611             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2612             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2613                 return false;
2614             }
2615             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2616             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2617                 return false;
2618             }
2619             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2620             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2621                 return false;
2622             }
2623             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2624             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2625                 return false;
2626             }
2627             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2628             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2629                 return false;
2630             }
2631             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2632             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2633                 return false;
2634             }
2635             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2636             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2637             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2638                 return false;
2639             }
2640             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2641             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2642                 return false;
2643             }
2644             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2645             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2646             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2647                 return false;
2648             }
2649             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2650             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2651                 return false;
2652             }
2653             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2654             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2655             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2656                 return false;
2657             }
2658             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2659             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2660                 return false;
2661             }
2662             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2663             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2664                 return false;
2665             }
2666             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2667             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2668                 return false;
2669             }
2670             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2671             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2672                 return false;
2673             }
2674             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2675             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2676                 return false;
2677             }
2678         }
2679         catch ( final Exception e ) {
2680             e.printStackTrace( System.out );
2681             return false;
2682         }
2683         return true;
2684     }
2685
2686     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2687         try {
2688             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2689             dss1.addValue( 82 );
2690             dss1.addValue( 78 );
2691             dss1.addValue( 70 );
2692             dss1.addValue( 58 );
2693             dss1.addValue( 42 );
2694             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2695                 return false;
2696             }
2697             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2698                 return false;
2699             }
2700             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2701                 return false;
2702             }
2703             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2704                 return false;
2705             }
2706             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2707                 return false;
2708             }
2709             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2710                 return false;
2711             }
2712             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2713                 return false;
2714             }
2715             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2716                 return false;
2717             }
2718             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2719                 return false;
2720             }
2721             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2722                 return false;
2723             }
2724             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2725                 return false;
2726             }
2727             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2728                 return false;
2729             }
2730             dss1.addValue( 123 );
2731             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2732                 return false;
2733             }
2734             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2735                 return false;
2736             }
2737             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2738                 return false;
2739             }
2740             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2741             dss2.addValue( -1.85 );
2742             dss2.addValue( 57.5 );
2743             dss2.addValue( 92.78 );
2744             dss2.addValue( 57.78 );
2745             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2746                 return false;
2747             }
2748             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2749                 return false;
2750             }
2751             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2752             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2753                 return false;
2754             }
2755             dss2.addValue( -100 );
2756             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2757                 return false;
2758             }
2759             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2760                 return false;
2761             }
2762             final double[] ds = new double[ 14 ];
2763             ds[ 0 ] = 34;
2764             ds[ 1 ] = 23;
2765             ds[ 2 ] = 1;
2766             ds[ 3 ] = 32;
2767             ds[ 4 ] = 11;
2768             ds[ 5 ] = 2;
2769             ds[ 6 ] = 12;
2770             ds[ 7 ] = 33;
2771             ds[ 8 ] = 13;
2772             ds[ 9 ] = 22;
2773             ds[ 10 ] = 21;
2774             ds[ 11 ] = 35;
2775             ds[ 12 ] = 24;
2776             ds[ 13 ] = 31;
2777             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2778             if ( bins.length != 4 ) {
2779                 return false;
2780             }
2781             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2782                 return false;
2783             }
2784             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2785                 return false;
2786             }
2787             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2788                 return false;
2789             }
2790             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2791                 return false;
2792             }
2793             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2794             ds1[ 0 ] = 10.0;
2795             ds1[ 1 ] = 19.0;
2796             ds1[ 2 ] = 9.999;
2797             ds1[ 3 ] = 0.0;
2798             ds1[ 4 ] = 39.9;
2799             ds1[ 5 ] = 39.999;
2800             ds1[ 6 ] = 30.0;
2801             ds1[ 7 ] = 19.999;
2802             ds1[ 8 ] = 30.1;
2803             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2804             if ( bins1.length != 4 ) {
2805                 return false;
2806             }
2807             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2808                 return false;
2809             }
2810             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2811                 return false;
2812             }
2813             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2814                 return false;
2815             }
2816             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2817                 return false;
2818             }
2819             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2820             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2821                 return false;
2822             }
2823             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2824                 return false;
2825             }
2826             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2827                 return false;
2828             }
2829             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2830                 return false;
2831             }
2832             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2833             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2834                 return false;
2835             }
2836             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2837                 return false;
2838             }
2839             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2840                 return false;
2841             }
2842             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2843                 return false;
2844             }
2845             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2846             dss3.addValue( 1 );
2847             dss3.addValue( 1 );
2848             dss3.addValue( 1 );
2849             dss3.addValue( 2 );
2850             dss3.addValue( 3 );
2851             dss3.addValue( 4 );
2852             dss3.addValue( 5 );
2853             dss3.addValue( 5 );
2854             dss3.addValue( 5 );
2855             dss3.addValue( 6 );
2856             dss3.addValue( 7 );
2857             dss3.addValue( 8 );
2858             dss3.addValue( 9 );
2859             dss3.addValue( 10 );
2860             dss3.addValue( 10 );
2861             dss3.addValue( 10 );
2862             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2863             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2864             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2865         }
2866         catch ( final Exception e ) {
2867             e.printStackTrace( System.out );
2868             return false;
2869         }
2870         return true;
2871     }
2872
2873     private static boolean testDir( final String file ) {
2874         try {
2875             final File f = new File( file );
2876             if ( !f.exists() ) {
2877                 return false;
2878             }
2879             if ( !f.isDirectory() ) {
2880                 return false;
2881             }
2882             if ( !f.canRead() ) {
2883                 return false;
2884             }
2885         }
2886         catch ( final Exception e ) {
2887             return false;
2888         }
2889         return true;
2890     }
2891
2892     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2893         try {
2894             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2895             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2896             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2897             n = n.getNextExternalNode();
2898             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2899                 return false;
2900             }
2901             n = n.getNextExternalNode();
2902             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2903                 return false;
2904             }
2905             n = n.getNextExternalNode();
2906             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2907                 return false;
2908             }
2909             n = t1.getNode( "B" );
2910             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2911                 n = n.getNextExternalNode();
2912             }
2913             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2914             n = t2.getNode( "A" );
2915             n = n.getNextExternalNode();
2916             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2917                 return false;
2918             }
2919             n = n.getNextExternalNode();
2920             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2921                 return false;
2922             }
2923             n = n.getNextExternalNode();
2924             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2925                 return false;
2926             }
2927             n = t2.getNode( "B" );
2928             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2929                 n = n.getNextExternalNode();
2930             }
2931             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2932             n = t3.getNode( "A" );
2933             n = n.getNextExternalNode();
2934             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2935                 return false;
2936             }
2937             n = n.getNextExternalNode();
2938             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2939                 return false;
2940             }
2941             n = n.getNextExternalNode();
2942             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2943                 return false;
2944             }
2945             n = n.getNextExternalNode();
2946             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2947                 return false;
2948             }
2949             n = n.getNextExternalNode();
2950             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2951                 return false;
2952             }
2953             n = n.getNextExternalNode();
2954             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2955                 return false;
2956             }
2957             n = n.getNextExternalNode();
2958             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2959                 return false;
2960             }
2961             n = t3.getNode( "B" );
2962             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2963                 n = n.getNextExternalNode();
2964             }
2965             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2966             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2967                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2968             }
2969             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2970             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2971                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2972             }
2973         }
2974         catch ( final Exception e ) {
2975             e.printStackTrace( System.out );
2976             return false;
2977         }
2978         return true;
2979     }
2980
2981     private static boolean testGeneralTable() {
2982         try {
2983             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2984             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2985             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2986             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2987             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2988             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2989             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2990             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2991             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2992             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2993                 return false;
2994             }
2995             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2996                 return false;
2997             }
2998             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2999                 return false;
3000             }
3001             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3002                 return false;
3003             }
3004             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3005                 return false;
3006             }
3007             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3008                 return false;
3009             }
3010             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3011                 return false;
3012             }
3013             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3014                 return false;
3015             }
3016             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3017                 return false;
3018             }
3019             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3020             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3021             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3022             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3023             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3024             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3025             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3026             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3027             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3028             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3029             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3030                 return false;
3031             }
3032             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3033                 return false;
3034             }
3035             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3036                 return false;
3037             }
3038             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3039                 return false;
3040             }
3041             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3042                 return false;
3043             }
3044             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3045                 return false;
3046             }
3047             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3048                 return false;
3049             }
3050             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3051                 return false;
3052             }
3053             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3054                 return false;
3055             }
3056             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3057                 return false;
3058             }
3059         }
3060         catch ( final Exception e ) {
3061             e.printStackTrace( System.out );
3062             return false;
3063         }
3064         return true;
3065     }
3066
3067     private static boolean testGetDistance() {
3068         try {
3069             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3070             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3071                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3072             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3073             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3074                 return false;
3075             }
3076             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3077                 return false;
3078             }
3079             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3080                 return false;
3081             }
3082             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3083                 return false;
3084             }
3085             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3086                 return false;
3087             }
3088             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3089                 return false;
3090             }
3091             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3092                 return false;
3093             }
3094             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3095                 return false;
3096             }
3097             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3098                 return false;
3099             }
3100             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3101                 return false;
3102             }
3103             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3104                 return false;
3105             }
3106             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3107                 return false;
3108             }
3109             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3110                 return false;
3111             }
3112             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3113                 return false;
3114             }
3115             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3116                 return false;
3117             }
3118             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3119                 return false;
3120             }
3121             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3122                 return false;
3123             }
3124             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3125                 return false;
3126             }
3127             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3128                 return false;
3129             }
3130             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3131                 return false;
3132             }
3133             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3134                 return false;
3135             }
3136             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3137                 return false;
3138             }
3139             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3140                 return false;
3141             }
3142             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3143                 return false;
3144             }
3145             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3146                 return false;
3147             }
3148             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3149                 return false;
3150             }
3151             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3152                 return false;
3153             }
3154             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3155                 return false;
3156             }
3157             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3158                 return false;
3159             }
3160             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3161                 return false;
3162             }
3163             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3164                 return false;
3165             }
3166             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3167                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3168             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3169                 return false;
3170             }
3171             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3172                 return false;
3173             }
3174             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3175                 return false;
3176             }
3177             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3178                 return false;
3179             }
3180             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3181                 return false;
3182             }
3183             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3184                 return false;
3185             }
3186             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3187                 return false;
3188             }
3189             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3190                 return false;
3191             }
3192             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3193                 return false;
3194             }
3195             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3196                 return false;
3197             }
3198             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3199                 return false;
3200             }
3201         }
3202         catch ( final Exception e ) {
3203             e.printStackTrace( System.out );
3204             return false;
3205         }
3206         return true;
3207     }
3208
3209     private static boolean testGetLCA() {
3210         try {
3211             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3212             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3213                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3214             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3215             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3216             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3217                 return false;
3218             }
3219             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3220             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3221                 return false;
3222             }
3223             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3224             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3225                 return false;
3226             }
3227             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3228             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3229                 return false;
3230             }
3231             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3232             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3233                 return false;
3234             }
3235             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3236             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3237                 return false;
3238             }
3239             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3240             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3241                 return false;
3242             }
3243             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3244             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3245                 return false;
3246             }
3247             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3248             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3249                 return false;
3250             }
3251             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3252             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3253                 return false;
3254             }
3255             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3256             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3257                 return false;
3258             }
3259             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3260             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3261                 return false;
3262             }
3263             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3264             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3265                 return false;
3266             }
3267             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3268             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3269                 return false;
3270             }
3271             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3272             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3273                 return false;
3274             }
3275             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3276             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3277                 return false;
3278             }
3279             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3280             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3281                 return false;
3282             }
3283             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3284             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3285                 return false;
3286             }
3287             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3288             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3289                 return false;
3290             }
3291             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3292             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3293                 return false;
3294             }
3295             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3296             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3297                 return false;
3298             }
3299             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3300             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3301                 return false;
3302             }
3303             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3304             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3305                 return false;
3306             }
3307             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3308             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3309             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3310                 return false;
3311             }
3312             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3313             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3314                 return false;
3315             }
3316             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3317             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3318                 return false;
3319             }
3320             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3321             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3322                 return false;
3323             }
3324             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3325             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3326                 return false;
3327             }
3328             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3329             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3330                 return false;
3331             }
3332             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3333             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3334                 return false;
3335             }
3336             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3337             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3338                 return false;
3339             }
3340             final Phylogeny p3 = factory
3341                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3342                              new NHXParser() )[ 0 ];
3343             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3344             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3345                 return false;
3346             }
3347             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3348             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3349                 return false;
3350             }
3351             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3352             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3353                 return false;
3354             }
3355             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3356             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3357                 return false;
3358             }
3359             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3360             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3361                 return false;
3362             }
3363             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3364                 return false;
3365             }
3366             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3367             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3368                 return false;
3369             }
3370             if ( !al_3.isRoot() ) {
3371                 return false;
3372             }
3373             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3374             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3375                 return false;
3376             }
3377             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3378                 return false;
3379             }
3380             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3381             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3382                 return false;
3383             }
3384             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3385                 return false;
3386             }
3387             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3388             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3389                 return false;
3390             }
3391             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3392             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3393             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3394                 return false;
3395             }
3396             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3397             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3398             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3399                 return false;
3400             }
3401             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3402             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3403             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3404                 return false;
3405             }
3406             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3407             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3408             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3409                 return false;
3410             }
3411         }
3412         catch ( final Exception e ) {
3413             e.printStackTrace( System.out );
3414             return false;
3415         }
3416         return true;
3417     }
3418
3419     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3420         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3421         try {
3422             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3423                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3424             parser1.parse();
3425             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3426                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3427             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3428             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3429                 return false;
3430             }
3431             if ( proteins.size() != 4 ) {
3432                 return false;
3433             }
3434             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3435                 return false;
3436             }
3437             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3438                 return false;
3439             }
3440             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3441                 return false;
3442             }
3443             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3444             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3445                 return false;
3446             }
3447             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3448                 return false;
3449             }
3450             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3451             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3452                 return false;
3453             }
3454             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3455                 return false;
3456             }
3457             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3458             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3459                 return false;
3460             }
3461             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3462             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3463                 return false;
3464             }
3465             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3466                 return false;
3467             }
3468             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3469                 return false;
3470             }
3471             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3472                 return false;
3473             }
3474             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3475                 return false;
3476             }
3477             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3478                 return false;
3479             }
3480             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3481                 return false;
3482             }
3483             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3484                 return false;
3485             }
3486             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3487                 return false;
3488             }
3489             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3490                 return false;
3491             }
3492         }
3493         catch ( final Exception e ) {
3494             e.printStackTrace( System.out );
3495             return false;
3496         }
3497         return true;
3498     }
3499
3500     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3501         try {
3502             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3503             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3504             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3505             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3506             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3507                 return false;
3508             }
3509             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3510             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3511                 return false;
3512             }
3513             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3514             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3515                 return false;
3516             }
3517             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3518             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3519                 return false;
3520             }
3521         }
3522         catch ( final Exception e ) {
3523             e.printStackTrace( System.out );
3524             return false;
3525         }
3526         return true;
3527     }
3528
3529     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3530         try {
3531             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3532             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3533             PhylogenyNodeIterator it0;
3534             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3535                 it0.next();
3536             }
3537             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3538                 it0.next();
3539             }
3540             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3541             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3542                 return false;
3543             }
3544             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3545                 return false;
3546             }
3547             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3548                 return false;
3549             }
3550             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3551                 return false;
3552             }
3553             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3554                 return false;
3555             }
3556             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3557                 return false;
3558             }
3559             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3560                 return false;
3561             }
3562             if ( it.hasNext() ) {
3563                 return false;
3564             }
3565             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3566                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3567             PhylogenyNodeIterator it2;
3568             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3569                 it2.next();
3570             }
3571             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3572                 it2.next();
3573             }
3574             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3575             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3576                 return false;
3577             }
3578             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3579                 return false;
3580             }
3581             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3582                 return false;
3583             }
3584             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3585                 return false;
3586             }
3587             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3588                 return false;
3589             }
3590             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3591                 return false;
3592             }
3593             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3594                 return false;
3595             }
3596             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3597                 return false;
3598             }
3599             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3600                 return false;
3601             }
3602             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3603                 return false;
3604             }
3605             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3606                 return false;
3607             }
3608             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3609                 return false;
3610             }
3611             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3612                 return false;
3613             }
3614             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3615                 return false;
3616             }
3617             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3618                 return false;
3619             }
3620             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3621                 return false;
3622             }
3623             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3624                 return false;
3625             }
3626             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3627                 return false;
3628             }
3629             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3630                 return false;
3631             }
3632             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3633                 return false;
3634             }
3635             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3636                 return false;
3637             }
3638             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3639                 return false;
3640             }
3641             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3642                 return false;
3643             }
3644             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3645                 return false;
3646             }
3647             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3648                 return false;
3649             }
3650             if ( it3.hasNext() ) {
3651                 return false;
3652             }
3653             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3654             PhylogenyNodeIterator it4;
3655             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3656                 it4.next();
3657             }
3658             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3659                 it4.next();
3660             }
3661             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3662             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3663                 return false;
3664             }
3665             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3666                 return false;
3667             }
3668             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3669                 return false;
3670             }
3671             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3672                 return false;
3673             }
3674             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3675                 return false;
3676             }
3677             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3678             PhylogenyNodeIterator it6;
3679             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3680                 it6.next();
3681             }
3682             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3683                 it6.next();
3684             }
3685             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3686             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3687                 return false;
3688             }
3689             if ( it.hasNext() ) {
3690                 return false;
3691             }
3692         }
3693         catch ( final Exception e ) {
3694             e.printStackTrace( System.out );
3695             return false;
3696         }
3697         return true;
3698     }
3699
3700     private static boolean testMidpointrooting() {
3701         try {
3702             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3703             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3704                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3705             if ( !t1.isRooted() ) {
3706                 return false;
3707             }
3708             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3709             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3710                 return false;
3711             }
3712             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3713                 return false;
3714             }
3715             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3716                 return false;
3717             }
3718             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3719                 return false;
3720             }
3721             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3722                 return false;
3723             }
3724             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3725                 return false;
3726             }
3727             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3728             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3729             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3730                 return false;
3731             }
3732             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3733                 return false;
3734             }
3735             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3736                 return false;
3737             }
3738             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3739                 return false;
3740             }
3741             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3742                 return false;
3743             }
3744             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3745                 return false;
3746             }
3747         }
3748         catch ( final Exception e ) {
3749             e.printStackTrace( System.out );
3750             return false;
3751         }
3752         return true;
3753     }
3754
3755     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3756         try {
3757             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3758             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3759             parser.parse();
3760             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3761             if ( labels.length != 7 ) {
3762                 return false;
3763             }
3764             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3765                 return false;
3766             }
3767             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3768                 return false;
3769             }
3770             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3771                 return false;
3772             }
3773             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3774                 return false;
3775             }
3776             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3777                 return false;
3778             }
3779             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3780                 return false;
3781             }
3782             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3783                 return false;
3784             }
3785             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3786             parser.parse();
3787             labels = parser.getCharStateLabels();
3788             if ( labels.length != 7 ) {
3789                 return false;
3790             }
3791             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3792                 return false;
3793             }
3794             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3795                 return false;
3796             }
3797             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3798                 return false;
3799             }
3800             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3801                 return false;
3802             }
3803             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3804                 return false;
3805             }
3806             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3807                 return false;
3808             }
3809             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3810                 return false;
3811             }
3812         }
3813         catch ( final Exception e ) {
3814             e.printStackTrace( System.out );
3815             return false;
3816         }
3817         return true;
3818     }
3819
3820     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3821         try {
3822             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3823             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3824             parser.parse();
3825             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3826             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3827                 return false;
3828             }
3829             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3830                 return false;
3831             }
3832             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3833                 return false;
3834             }
3835             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3836                 return false;
3837             }
3838             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3839                 return false;
3840             }
3841             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3842                 return false;
3843             }
3844             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3845                 return false;
3846             }
3847             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3848                 return false;
3849             }
3850             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3851                 return false;
3852             }
3853             //            if ( labels.length != 7 ) {
3854             //                return false;
3855             //            }
3856             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3857             //                return false;
3858             //            }
3859             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3860             //                return false;
3861             //            }
3862             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3863             //                return false;
3864             //            }
3865             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3866             //                return false;
3867             //            }
3868             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3869             //                return false;
3870             //            }
3871             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3872             //                return false;
3873             //            }
3874             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3875             //                return false;
3876             //            }
3877             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3878             //            parser.parse();
3879             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3880             //            if ( labels.length != 7 ) {
3881             //                return false;
3882             //            }
3883             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3884             //                return false;
3885             //            }
3886             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3887             //                return false;
3888             //            }
3889             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3890             //                return false;
3891             //            }
3892             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3893             //                return false;
3894             //            }
3895             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3896             //                return false;
3897             //            }
3898             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3899             //                return false;
3900             //            }
3901             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3902             //                return false;
3903             //            }
3904         }
3905         catch ( final Exception e ) {
3906             e.printStackTrace( System.out );
3907             return false;
3908         }
3909         return true;
3910     }
3911
3912     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3913         try {
3914             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3915             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3916             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3917             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3918                 return false;
3919             }
3920             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3921                 return false;
3922             }
3923             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3924                 return false;
3925             }
3926             phylogenies = null;
3927             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3928             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3929                 return false;
3930             }
3931             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3932                 return false;
3933             }
3934             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3935                 return false;
3936             }
3937             phylogenies = null;
3938             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3939             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3940                 return false;
3941             }
3942             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3943                 return false;
3944             }
3945             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3946                 return false;
3947             }
3948             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3949                 return false;
3950             }
3951             phylogenies = null;
3952             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3953             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3954                 return false;
3955             }
3956             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3957                 return false;
3958             }
3959             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3960                 return false;
3961             }
3962             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3963                 return false;
3964             }
3965             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3966                 return false;
3967             }
3968             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3969                 return false;
3970             }
3971             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3972                 return false;
3973             }
3974             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3975                 return false;
3976             }
3977             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3978                 return false;
3979             }
3980             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3981                 return false;
3982             }
3983             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3984                 return false;
3985             }
3986             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3987                 return false;
3988             }
3989             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3990                 return false;
3991             }
3992             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3993                 return false;
3994             }
3995             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3996                 return false;
3997             }
3998             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3999                 return false;
4000             }
4001             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4002                 return false;
4003             }
4004             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4005                 return false;
4006             }
4007             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4008                 return false;
4009             }
4010             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4011                 return false;
4012             }
4013             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4014                 return false;
4015             }
4016             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4017                 return false;
4018             }
4019             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4020                 return false;
4021             }
4022             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4023                 return false;
4024             }
4025             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4026                 return false;
4027             }
4028             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4029                 return false;
4030             }
4031             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4032                 return false;
4033             }
4034             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4035                 return false;
4036             }
4037             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4038                 return false;
4039             }
4040             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4041                 return false;
4042             }
4043             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4044                 return false;
4045             }
4046             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4047                 return false;
4048             }
4049             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4050                 return false;
4051             }
4052             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4053                 return false;
4054             }
4055             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4056                 return false;
4057             }
4058             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4059                 return false;
4060             }
4061             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4062                 return false;
4063             }
4064             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4065                 return false;
4066             }
4067             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4068                 return false;
4069             }
4070             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4071                 return false;
4072             }
4073             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4074                 return false;
4075             }
4076         }
4077         catch ( final Exception e ) {
4078             e.printStackTrace( System.out );
4079             return false;
4080         }
4081         return true;
4082     }
4083
4084     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4085         try {
4086             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4087             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4088             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4089             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4090                 return false;
4091             }
4092             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4093                 return false;
4094             }
4095             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4096                 return false;
4097             }
4098             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4099                 return false;
4100             }
4101             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4102                 return false;
4103             }
4104             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4105                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4106                 return false;
4107             }
4108             phylogenies = null;
4109             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4110             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4111                 return false;
4112             }
4113             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4114                 return false;
4115             }
4116             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4117                 return false;
4118             }
4119             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4120                 return false;
4121             }
4122             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4123                 return false;
4124             }
4125             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4126                 return false;
4127             }
4128             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4129                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4130                 return false;
4131             }
4132             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4133                 return false;
4134             }
4135             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4136                 return false;
4137             }
4138             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4139                 return false;
4140             }
4141             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4142                 return false;
4143             }
4144             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4145                 return false;
4146             }
4147             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4148                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4149                 return false;
4150             }
4151             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4152                 return false;
4153             }
4154             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4155                 return false;
4156             }
4157             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4158                 return false;
4159             }
4160             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4161                 return false;
4162             }
4163             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4164                 return false;
4165             }
4166             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4167                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4168                 return false;
4169             }
4170             phylogenies = null;
4171             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4172             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4173                 return false;
4174             }
4175             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4176                 return false;
4177             }
4178             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4179                 return false;
4180             }
4181             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4182                 return false;
4183             }
4184             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4185                 return false;
4186             }
4187             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4188                 return false;
4189             }
4190             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4191                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4192                 return false;
4193             }
4194             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4195                 return false;
4196             }
4197             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4198                 return false;
4199             }
4200             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4201                 return false;
4202             }
4203             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4204                 return false;
4205             }
4206             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4207                 return false;
4208             }
4209             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4210                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4211                 return false;
4212             }
4213             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4214                 return false;
4215             }
4216             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4217                 return false;
4218             }
4219             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4220                 return false;
4221             }
4222             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4223                 return false;
4224             }
4225             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4226                 return false;
4227             }
4228             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4229                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4230                 return false;
4231             }
4232         }
4233         catch ( final Exception e ) {
4234             e.printStackTrace( System.out );
4235             return false;
4236         }
4237         return true;
4238     }
4239
4240     private static boolean testNHParsing() {
4241         try {
4242             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4243             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4244             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4245                 return false;
4246             }
4247             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4248             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4249             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4250             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4251             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4252                 return false;
4253             }
4254             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4255                 return false;
4256             }
4257             final Phylogeny p1b = factory
4258                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4259                              new NHXParser() )[ 0 ];
4260             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4261                 return false;
4262             }
4263             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4264                 return false;
4265             }
4266             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4267             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4268             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4269             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4270             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4271             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4272             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4273             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4274             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4275             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4276             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4277                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4278                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4279                                                     new NHXParser() );
4280             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4281                 return false;
4282             }
4283             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4284                 return false;
4285             }
4286             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4287                 return false;
4288             }
4289             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4290                 return false;
4291             }
4292             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4293             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4294             final String p16_S = "((A,B),C)";
4295             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4296             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4297                 return false;
4298             }
4299             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4300             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4301             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4302                 return false;
4303             }
4304             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4305             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4306             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4307                 return false;
4308             }
4309             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4310             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4311             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4312                 return false;
4313             }
4314             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4315             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4316             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4317                 return false;
4318             }
4319             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4320             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4321             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4322                 return false;
4323             }
4324             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4325             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4326             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4327                 return false;
4328             }
4329             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4330             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4331             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4332                 return false;
4333             }
4334             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4335             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4336             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4337                 return false;
4338             }
4339             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4340             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4341             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4342             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4343                 return false;
4344             }
4345             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4346                 return false;
4347             }
4348             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4349                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4350                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4351                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4352                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4353                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4354                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4355                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4356             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4357             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4358                 return false;
4359             }
4360             final String p26_S = "(A,B)ab";
4361             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4362             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4363                 return false;
4364             }
4365             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4366             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4367                                                     new NHXParser() );
4368             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4369                 return false;
4370             }
4371             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4372             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4373             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4374             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4375             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4376                                                     new NHXParser() );
4377             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4378                 return false;
4379             }
4380             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4381                 return false;
4382             }
4383             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4384                 return false;
4385             }
4386             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4387                 return false;
4388             }
4389             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4390             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4391             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4392                 return false;
4393             }
4394             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4395             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4396             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4397                 return false;
4398             }
4399             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4400             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4401             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4402                 return false;
4403             }
4404             final String p33_S = "A";
4405             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4406             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4407                 return false;
4408             }
4409             final String p34_S = "B;";
4410             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4411             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4412                 return false;
4413             }
4414             final String p35_S = "B:0.2";
4415             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4416             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4417                 return false;
4418             }
4419             final String p36_S = "(A)";
4420             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4421             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4422                 return false;
4423             }
4424             final String p37_S = "((A))";
4425             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4426             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4427                 return false;
4428             }
4429             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4430             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4431             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4432                 return false;
4433             }
4434             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4435             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4436             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4437                 return false;
4438             }
4439             final String p40_S = "(A,B,C)";
4440             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4441             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4442                 return false;
4443             }
4444             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4445             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4446             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4447                 return false;
4448             }
4449             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4450             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4451             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4452                 return false;
4453             }
4454             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4455             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4456             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4457                 return false;
4458             }
4459             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4460             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4461             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4462                 return false;
4463             }
4464             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4465             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4466             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4467                 return false;
4468             }
4469             final String p46_S = "";
4470             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4471             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4472                 return false;
4473             }
4474             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4475             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4476                 return false;
4477             }
4478             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4479             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4480                 return false;
4481             }
4482             final Phylogeny p49 = factory
4483                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4484                              new NHXParser() )[ 0 ];
4485             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4486                 return false;
4487             }
4488             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4489             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4490                 return false;
4491             }
4492             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4493                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4494                 return false;
4495             }
4496             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4497                 return false;
4498             }
4499             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4500                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4501                 return false;
4502             }
4503             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4504             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4505                 return false;
4506             }
4507             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4508             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4509                 return false;
4510             }
4511             final Phylogeny p53 = factory
4512                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4513                              new NHXParser() )[ 0 ];
4514             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4515                 return false;
4516             }
4517             //
4518             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4519             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4520                 return false;
4521             }
4522             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4523                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4524                 return false;
4525             }
4526         }
4527         catch ( final Exception e ) {
4528             e.printStackTrace( System.out );
4529             return false;
4530         }
4531         return true;
4532     }
4533
4534     private static boolean testNHXconversion() {
4535         try {
4536             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4537             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4538             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4539             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4540             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4541                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4542             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4543                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4544             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4545                 return false;
4546             }
4547             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4548                 return false;
4549             }
4550             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4551                 return false;
4552             }
4553             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4554                 return false;
4555             }
4556             if ( !n5.toNewHampshireX()
4557                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4558                 return false;
4559             }
4560             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4561                 return false;
4562             }
4563         }
4564         catch ( final Exception e ) {
4565             e.printStackTrace( System.out );
4566             return false;
4567         }
4568         return true;
4569     }
4570
4571     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4572         try {
4573             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4574             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4575             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4576             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4577             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4578                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4579             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4580                 return false;
4581             }
4582             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4583                 return false;
4584             }
4585             if ( n3.isDuplication() ) {
4586                 return false;
4587             }
4588             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4589                 return false;
4590             }
4591             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4592                 return false;
4593             }
4594             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4595                 return false;
4596             }
4597             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4598                 return false;
4599             }
4600             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4601                 return false;
4602             }
4603             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4604                 return false;
4605             }
4606             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4607                 return false;
4608             }
4609             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4610                 return false;
4611             }
4612             if ( !n5.isDuplication() ) {
4613                 return false;
4614             }
4615             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4616                 return false;
4617             }
4618             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4619                 return false;
4620             }
4621             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4622                 return false;
4623             }
4624             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4625                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4626                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4627             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4628                 return false;
4629             }
4630             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4631                 return false;
4632             }
4633             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4634                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4635                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4636             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4637                 return false;
4638             }
4639             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4640                 return false;
4641             }
4642             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4643                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4644             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4645                 return false;
4646             }
4647             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4648                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4649             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4650                 return false;
4651             }
4652             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4653                 return false;
4654             }
4655             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4656                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4657             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4658                 return false;
4659             }
4660             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4661                 return false;
4662             }
4663             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4664                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4665             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4666                 return false;
4667             }
4668             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4669                 return false;
4670             }
4671             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4672                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4673             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4674                 return false;
4675             }
4676             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4677                 return false;
4678             }
4679             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4680                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4681             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4682                 return false;
4683             }
4684             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4685                 return false;
4686             }
4687             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4688                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4689             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4690                 return false;
4691             }
4692             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4693                 return false;
4694             }
4695             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4696                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4697             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4698                 return false;
4699             }
4700             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4701                 return false;
4702             }
4703             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4704                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4705             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4706                 return false;
4707             }
4708             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4709                 return false;
4710             }
4711             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4712                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4713             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4714                 return false;
4715             }
4716             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4717                 return false;
4718             }
4719             if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
4720                 final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4721                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2",
4722                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4723                 if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4724                     return false;
4725                 }
4726                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4727                     return false;
4728                 }
4729                 final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4730                         .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4731                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4732                 if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4733                     return false;
4734                 }
4735                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "" ) ) {
4736                     return false;
4737                 }
4738                 final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4739                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4740                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4741                 if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4742                     return false;
4743                 }
4744                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "" ) ) {
4745                     return false;
4746                 }
4747                 final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4748                         .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4749                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4750                 if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4751                     return false;
4752                 }
4753                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4754                     return false;
4755                 }
4756                 final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4757                         .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4758                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4759                 if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4760                     return false;
4761                 }
4762                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4763                     return false;
4764                 }
4765                 final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4766                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2",
4767                                                       PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4768                 if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4769                     return false;
4770                 }
4771                 if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4772                     return false;
4773                 }
4774                 final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4775                         .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4776                 if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4777                     return false;
4778                 }
4779                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4780                     return false;
4781                 }
4782             }
4783             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4784                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4785                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4786             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4787                 return false;
4788             }
4789             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4790                 return false;
4791             }
4792             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4793                 return false;
4794             }
4795             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4796                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4797                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4798             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4799                 return false;
4800             }
4801             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4802                 return false;
4803             }
4804             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4805                 return false;
4806             }
4807             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4808             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4809             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4819                 return false;
4820             }
4821             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4822                 return false;
4823             }
4824             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4825                 return false;
4826             }
4827             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4828                 return false;
4829             }
4830             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4831                 return false;
4832             }
4833             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4834                 return false;
4835             }
4836             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4852                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4853             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4854                 return false;
4855             }
4856             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4857                 return false;
4858             }
4859             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4860                 return false;
4861             }
4862             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4863                 return false;
4864             }
4865             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4866                 return false;
4867             }
4868             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4869                 return false;
4870             }
4871             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4872                 return false;
4873             }
4874             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4875                 return false;
4876             }
4877             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4878             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4879                 return false;
4880             }
4881             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4882             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4883                 return false;
4884             }
4885             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4886                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4887                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4888             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4889                 return false;
4890             }
4891             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
4892                 return false;
4893             }
4894             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4895                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4896                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4897             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4898                 return false;
4899             }
4900             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4901                 return false;
4902             }
4903             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4904                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4905                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4906             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4907                 return false;
4908             }
4909             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4913                 return false;
4914             }
4915             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4916                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4917                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4918             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4922                 return false;
4923             }
4924             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4928                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4929                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4930             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4931                 return false;
4932             }
4933             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4937                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4938             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4939                 return false;
4940             }
4941             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4942                 return false;
4943             }
4944             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4945                 return false;
4946             }
4947         }
4948         catch ( final Exception e ) {
4949             e.printStackTrace( System.out );
4950             return false;
4951         }
4952         return true;
4953     }
4954
4955     private static boolean testNHXParsing() {
4956         try {
4957             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4958             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4959             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4960                 return false;
4961             }
4962             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4963             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4964             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4965                 return false;
4966             }
4967             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4968             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4969             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4970                 return false;
4971             }
4972             final Phylogeny[] p3 = factory
4973                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
4974                              new NHXParser() );
4975             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4976                 return false;
4977             }
4978             final Phylogeny[] p4 = factory
4979                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
4980                              new NHXParser() );
4981             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4982                 return false;
4983             }
4984             final Phylogeny[] p5 = factory
4985                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
4986                              new NHXParser() );
4987             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4988                 return false;
4989             }
4990             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4991             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4992             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
4993             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
4994                 return false;
4995             }
4996             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4997             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4998             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
4999             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5000                 return false;
5001             }
5002             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5003             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5004             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5005             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5006                 return false;
5007             }
5008             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5009             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5010                 return false;
5011             }
5012             final Phylogeny p10 = factory
5013                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5014                              new NHXParser() )[ 0 ];
5015             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5016                 return false;
5017             }
5018         }
5019         catch ( final Exception e ) {
5020             e.printStackTrace( System.out );
5021             return false;
5022         }
5023         return true;
5024     }
5025
5026     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5027         try {
5028             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5029             final NHXParser p = new NHXParser();
5030             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5031             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5032                 return false;
5033             }
5034             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5035             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5036                 return false;
5037             }
5038             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5039                 return false;
5040             }
5041             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5042                 return false;
5043             }
5044             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5045                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5046                 return false;
5047             }
5048             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5049                 return false;
5050             }
5051             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5052                 return false;
5053             }
5054             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5055                 return false;
5056             }
5057             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5058                 return false;
5059             }
5060             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5061                 return false;
5062             }
5063             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5064             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5065             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5066             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5067                 return false;
5068             }
5069             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5070             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5071             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5072             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5076             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5077             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5078             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5082             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5083             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5084             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             final Phylogeny p10 = factory
5088                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5089                              new NHXParser() )[ 0 ];
5090             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5091             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5092                 return false;
5093             }
5094             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5095             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5096                 return false;
5097             }
5098             //
5099             final Phylogeny p12 = factory
5100                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5101                              new NHXParser() )[ 0 ];
5102             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5103             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5104                 return false;
5105             }
5106             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5107             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5108                 return false;
5109             }
5110             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5111             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5115             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5116                 return false;
5117             }
5118         }
5119         catch ( final Exception e ) {
5120             e.printStackTrace( System.out );
5121             return false;
5122         }
5123         return true;
5124     }
5125
5126     private static boolean testNHXParsingMB() {
5127         try {
5128             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5129             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5130                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5131                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5132                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5133                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5134                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5135                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5136                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5137                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5138             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5142                 return false;
5143             }
5144             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5145                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5146                 return false;
5147             }
5148             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5149                 return false;
5150             }
5151             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5152                 return false;
5153             }
5154             final Phylogeny p2 = factory
5155                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5156                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5157                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5158                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5159                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5160                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5161                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5162                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5163                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5164                              new NHXParser() )[ 0 ];
5165             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5169                 return false;
5170             }
5171         }
5172         catch ( final Exception e ) {
5173             e.printStackTrace( System.out );
5174             System.exit( -1 );
5175             return false;
5176         }
5177         return true;
5178     }
5179
5180     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5181         try {
5182             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5183             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5184             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5185             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5186             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5187                 return false;
5188             }
5189             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5190                 return false;
5191             }
5192             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5196             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5197             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5198             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5199                 return false;
5200             }
5201             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5202                 return false;
5203             }
5204             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5205             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5206                 return false;
5207             }
5208             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5209                 return false;
5210             }
5211             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5212                 return false;
5213             }
5214         }
5215         catch ( final Exception e ) {
5216             e.printStackTrace( System.out );
5217             return false;
5218         }
5219         return true;
5220     }
5221
5222     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5223         try {
5224             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5225             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5226             try {
5227                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5228             }
5229             catch ( final Exception e ) {
5230                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5231             }
5232             if ( xml_parser == null ) {
5233                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5234                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5235                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5236                 }
5237                 else {
5238                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5239                 }
5240             }
5241             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5242                                                               xml_parser );
5243             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5244                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5245                 return false;
5246             }
5247             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5248                 return false;
5249             }
5250             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5251             PhylogenyNode n = null;
5252             Distribution d = null;
5253             n = t1.getNode( "root node" );
5254             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5255                 return false;
5256             }
5257             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5258                 return false;
5259             }
5260             d = n.getNodeData().getDistribution();
5261             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5262                 return false;
5263             }
5264             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5265                 return false;
5266             }
5267             if ( d.getPolygons() != null ) {
5268                 return false;
5269             }
5270             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5271                 return false;
5272             }
5273             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5274                 return false;
5275             }
5276             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5277                 return false;
5278             }
5279             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5280                 return false;
5281             }
5282             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5283                 return false;
5284             }
5285             n = t1.getNode( "node a" );
5286             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5287                 return false;
5288             }
5289             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5290                 return false;
5291             }
5292             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5293             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5294                 return false;
5295             }
5296             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5297                 return false;
5298             }
5299             if ( d.getPolygons() != null ) {
5300                 return false;
5301             }
5302             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5303                 return false;
5304             }
5305             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5306                 return false;
5307             }
5308             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5309                 return false;
5310             }
5311             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5312                 return false;
5313             }
5314             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5315                 return false;
5316             }
5317             n = t1.getNode( "node bb" );
5318             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5319                 return false;
5320             }
5321             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5322                 return false;
5323             }
5324             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5325             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5326                 return false;
5327             }
5328             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5329                 return false;
5330             }
5331             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5332                 return false;
5333             }
5334             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5335                 return false;
5336             }
5337             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5338                 return false;
5339             }
5340             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5341                 return false;
5342             }
5343             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5344                 return false;
5345             }
5346             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5347                 return false;
5348             }
5349             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5350             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5351                 return false;
5352             }
5353             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5354                 return false;
5355             }
5356             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5357                 return false;
5358             }
5359             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5360                 return false;
5361             }
5362             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5363                 return false;
5364             }
5365             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5366                 return false;
5367             }
5368             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5369                 return false;
5370             }
5371             p = d.getPolygons().get( 1 );
5372             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5373                 return false;
5374             }
5375             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5376                 return false;
5377             }
5378             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5379                 return false;
5380             }
5381             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5382                 return false;
5383             }
5384             // Roundtrip:
5385             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5386             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5387             if ( rt.length != 1 ) {
5388                 return false;
5389             }
5390             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5391             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5392             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             d = n.getNodeData().getDistribution();
5399             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             if ( d.getPolygons() != null ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5412                 return false;
5413             }
5414             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5418                 return false;
5419             }
5420             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5421                 return false;
5422             }
5423             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5424             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5425                 return false;
5426             }
5427             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5428                 return false;
5429             }
5430             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5431             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5432                 return false;
5433             }
5434             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5435                 return false;
5436             }
5437             if ( d.getPolygons() != null ) {
5438                 return false;
5439             }
5440             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5441                 return false;
5442             }
5443             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5444                 return false;
5445             }
5446             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5447                 return false;
5448             }
5449             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5450                 return false;
5451             }
5452             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5453                 return false;
5454             }
5455             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5456             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5457                 return false;
5458             }
5459             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5460                 return false;
5461             }
5462             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5463             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5464                 return false;
5465             }
5466             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5467                 return false;
5468             }
5469             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5470                 return false;
5471             }
5472             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5473                 return false;
5474             }
5475             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5476                 return false;
5477             }
5478             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5479                 return false;
5480             }
5481             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5482                 return false;
5483             }
5484             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5485                 return false;
5486             }
5487             p = d.getPolygons().get( 0 );
5488             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5489                 return false;
5490             }
5491             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5492                 return false;
5493             }
5494             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5495                 return false;
5496             }
5497             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5498                 return false;
5499             }
5500             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5501                 return false;
5502             }
5503             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5504                 return false;
5505             }
5506             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5507                 return false;
5508             }
5509             p = d.getPolygons().get( 1 );
5510             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5511                 return false;
5512             }
5513             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5514                 return false;
5515             }
5516             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5517                 return false;
5518             }
5519             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5520                 return false;
5521             }
5522         }
5523         catch ( final Exception e ) {
5524             e.printStackTrace( System.out );
5525             return false;
5526         }
5527         return true;
5528     }
5529
5530     private static boolean testPostOrderIterator() {
5531         try {
5532             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5533             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5534             PhylogenyNodeIterator it0;
5535             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5536                 it0.next();
5537             }
5538             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5539                 it0.next();
5540             }
5541             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5542             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5543             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5550                 return false;
5551             }
5552             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5553                 return false;
5554             }
5555             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5556                 return false;
5557             }
5558             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5559                 return false;
5560             }
5561             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5562                 return false;
5563             }
5564             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5565                 return false;
5566             }
5567             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5568                 return false;
5569             }
5570             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( it.hasNext() ) {
5589                 return false;
5590             }
5591         }
5592         catch ( final Exception e ) {
5593             e.printStackTrace( System.out );
5594             return false;
5595         }
5596         return true;
5597     }
5598
5599     private static boolean testPreOrderIterator() {
5600         try {
5601             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5602             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5603             PhylogenyNodeIterator it0;
5604             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5605                 it0.next();
5606             }
5607             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5608                 it0.next();
5609             }
5610             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5611             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5612                 return false;
5613             }
5614             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5615                 return false;
5616             }
5617             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5618                 return false;
5619             }
5620             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5621                 return false;
5622             }
5623             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5624                 return false;
5625             }
5626             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5627                 return false;
5628             }
5629             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5630                 return false;
5631             }
5632             if ( it.hasNext() ) {
5633                 return false;
5634             }
5635             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5636             it = t1.iteratorPreorder();
5637             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5638                 return false;
5639             }
5640             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5641                 return false;
5642             }
5643             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5644                 return false;
5645             }
5646             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5647                 return false;
5648             }
5649             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5650                 return false;
5651             }
5652             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5653                 return false;
5654             }
5655             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5656                 return false;
5657             }
5658             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5659                 return false;
5660             }
5661             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5662                 return false;
5663             }
5664             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( it.hasNext() ) {
5683                 return false;
5684             }
5685         }
5686         catch ( final Exception e ) {
5687             e.printStackTrace( System.out );
5688             return false;
5689         }
5690         return true;
5691     }
5692
5693     private static boolean testPropertiesMap() {
5694         try {
5695             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5696             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5697             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5698             final Property p2 = new Property( "something:else",
5699                                               "?",
5700                                               "improbable:research",
5701                                               "xsd:decimal",
5702                                               AppliesTo.NODE );
5703             pm.addProperty( p0 );
5704             pm.addProperty( p1 );
5705             pm.addProperty( p2 );
5706             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5710                 return false;
5711             }
5712             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5713                 return false;
5714             }
5715             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5716                 return false;
5717             }
5718             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5719                 return false;
5720             }
5721             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5722                 return false;
5723             }
5724             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5725             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5726                 return false;
5727             }
5728             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5729                 return false;
5730             }
5731             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5732                 return false;
5733             }
5734         }
5735         catch ( final Exception e ) {
5736             e.printStackTrace( System.out );
5737             return false;
5738         }
5739         return true;
5740     }
5741
5742     private static boolean testReIdMethods() {
5743         try {
5744             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5745             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5746             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5747             p.levelOrderReID();
5748             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5752                 return false;
5753             }
5754             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5755                 return false;
5756             }
5757             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5758                 return false;
5759             }
5760             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5761                 return false;
5762             }
5763             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5764                 return false;
5765             }
5766             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5767                 return false;
5768             }
5769             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5770                 return false;
5771             }
5772             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5773                 return false;
5774             }
5775             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5791                 return false;
5792             }
5793         }
5794         catch ( final Exception e ) {
5795             e.printStackTrace( System.out );
5796             return false;
5797         }
5798         return true;
5799     }
5800
5801     private static boolean testRerooting() {
5802         try {
5803             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5804             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5805                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5806             if ( !t1.isRooted() ) {
5807                 return false;
5808             }
5809             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5810             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5811             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5812             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5813             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5814             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5815             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5816             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5817             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5818             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5819             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5820             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5821             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5822             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5823             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5824             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5825             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5826             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5827             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5828             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5829             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5830             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5831             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5832             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5833             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5834             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5835             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5837             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5838                 return false;
5839             }
5840             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5841                 return false;
5842             }
5843             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5844                 return false;
5845             }
5846             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5847                 return false;
5848             }
5849             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5850                 return false;
5851             }
5852             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5853                 return false;
5854             }
5855             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5856                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5857             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5858             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5859             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5860             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5861             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5862             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5863             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5864             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5865             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5866             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5867             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5868             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5869             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5870             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5871             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5872             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5873             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5874             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5875             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5876             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5877             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5878             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5879             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5880             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5881             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5882             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5883             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5902             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5903                 return false;
5904             }
5905             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5906                 return false;
5907             }
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5909             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5910                 return false;
5911             }
5912             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5913                 return false;
5914             }
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5916             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5917                 return false;
5918             }
5919             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5920                 return false;
5921             }
5922             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5923                 return false;
5924             }
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5926             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5927                 return false;
5928             }
5929             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5936             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5943             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5950                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5951             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5952             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5953                 return false;
5954             }
5955             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5956                 return false;
5957             }
5958             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5959                 return false;
5960             }
5961             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5962             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5963                 return false;
5964             }
5965             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5966                 return false;
5967             }
5968             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5969                 return false;
5970             }
5971             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5972             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5973                 return false;
5974             }
5975             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5976                 return false;
5977             }
5978             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5979                 return false;
5980             }
5981         }
5982         catch ( final Exception e ) {
5983             e.printStackTrace( System.out );
5984             return false;
5985         }
5986         return true;
5987     }
5988
5989     private static boolean testSDIse() {
5990         try {
5991             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5992             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
5993             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
5994             gene1.setRooted( true );
5995             species1.setRooted( true );
5996             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
5997             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
5998                 return false;
5999             }
6000             final Phylogeny species2 = factory
6001                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6002                              new NHXParser() )[ 0 ];
6003             final Phylogeny gene2 = factory
6004                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6005                              new NHXParser() )[ 0 ];
6006             species2.setRooted( true );
6007             gene2.setRooted( true );
6008             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6009             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6010                 return false;
6011             }
6012             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6013                 return false;
6014             }
6015             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6016                 return false;
6017             }
6018             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6019                 return false;
6020             }
6021             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6022                 return false;
6023             }
6024             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6028                 return false;
6029             }
6030             final Phylogeny species3 = factory
6031                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6032                              new NHXParser() )[ 0 ];
6033             final Phylogeny gene3 = factory
6034                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6035                              new NHXParser() )[ 0 ];
6036             species3.setRooted( true );
6037             gene3.setRooted( true );
6038             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6039             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             final Phylogeny species4 = factory
6049                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6050                              new NHXParser() )[ 0 ];
6051             final Phylogeny gene4 = factory
6052                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6053                              new NHXParser() )[ 0 ];
6054             species4.setRooted( true );
6055             gene4.setRooted( true );
6056             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6057             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6058                 return false;
6059             }
6060             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6061                 return false;
6062             }
6063             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6064                 return false;
6065             }
6066             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             final Phylogeny species5 = factory
6076                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6077                              new NHXParser() )[ 0 ];
6078             final Phylogeny gene5 = factory
6079                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6080                              new NHXParser() )[ 0 ];
6081             species5.setRooted( true );
6082             gene5.setRooted( true );
6083             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6084             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6103             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6104             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6105             final Phylogeny species6 = factory
6106                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6107                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6108                              new NHXParser() )[ 0 ];
6109             final Phylogeny gene6 = factory
6110                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6111                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6112                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6113                              new NHXParser() )[ 0 ];
6114             species6.setRooted( true );
6115             gene6.setRooted( true );
6116             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6117             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6130                 return false;
6131             }
6132             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6133                 return false;
6134             }
6135             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6136                 return false;
6137             }
6138             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6139                 return false;
6140             }
6141             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6142                 return false;
6143             }
6144             sdi6.computeMappingCostL();
6145             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6146                 return false;
6147             }
6148             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6149                 return false;
6150             }
6151             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6152                 return false;
6153             }
6154             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6155                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6156                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6157                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6158                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6159             species7.setRooted( true );
6160             final Phylogeny gene7_1 = Test
6161                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6162             gene7_1.setRooted( true );
6163             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6164             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6165                 return false;
6166             }
6167             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6168                 return false;
6169             }
6170             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6171                 return false;
6172             }
6173             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6174                 return false;
6175             }
6176             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6177                 return false;
6178             }
6179             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6180                 return false;
6181             }
6182             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6183                 return false;
6184             }
6185             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6186                 return false;
6187             }
6188             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6189                 return false;
6190             }
6191             final Phylogeny gene7_2 = Test
6192                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6193             gene7_2.setRooted( true );
6194             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6195             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6196                 return false;
6197             }
6198             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6199                 return false;
6200             }
6201             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6202                 return false;
6203             }
6204             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6205                 return false;
6206             }
6207             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6208                 return false;
6209             }
6210             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6211                 return false;
6212             }
6213             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6214                 return false;
6215             }
6216             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6217                 return false;
6218             }
6219             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6220                 return false;
6221             }
6222             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6223                 return false;
6224             }
6225         }
6226         catch ( final Exception e ) {
6227             return false;
6228         }
6229         return true;
6230     }
6231
6232     private static boolean testSDIunrooted() {
6233         try {
6234             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6235             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6236             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6237             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6238             PhylogenyBranch br = iter.next();
6239             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6240                 return false;
6241             }
6242             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6243                 return false;
6244             }
6245             br = iter.next();
6246             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6250                 return false;
6251             }
6252             br = iter.next();
6253             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6254                 return false;
6255             }
6256             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6257                 return false;
6258             }
6259             br = iter.next();
6260             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6261                 return false;
6262             }
6263             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6264                 return false;
6265             }
6266             br = iter.next();
6267             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6268                 return false;
6269             }
6270             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6271                 return false;
6272             }
6273             br = iter.next();
6274             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6275                 return false;
6276             }
6277             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6278                 return false;
6279             }
6280             br = iter.next();
6281             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6282                 return false;
6283             }
6284             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6285                 return false;
6286             }
6287             br = iter.next();
6288             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6289                 return false;
6290             }
6291             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6292                 return false;
6293             }
6294             br = iter.next();
6295             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6296                 return false;
6297             }
6298             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6299                 return false;
6300             }
6301             br = iter.next();
6302             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6303                 return false;
6304             }
6305             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6306                 return false;
6307             }
6308             br = iter.next();
6309             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6310                 return false;
6311             }
6312             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6313                 return false;
6314             }
6315             br = iter.next();
6316             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6317                 return false;
6318             }
6319             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6320                 return false;
6321             }
6322             br = iter.next();
6323             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6324                 return false;
6325             }
6326             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6327                 return false;
6328             }
6329             br = iter.next();
6330             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6331                 return false;
6332             }
6333             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6334                 return false;
6335             }
6336             br = iter.next();
6337             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6338                 return false;
6339             }
6340             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6341                 return false;
6342             }
6343             if ( iter.hasNext() ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6347             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6348             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6349             br = iter1.next();
6350             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             br = iter1.next();
6357             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             br = iter1.next();
6364             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( iter1.hasNext() ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6374             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6375             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6376             br = iter2.next();
6377             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             br = iter2.next();
6384             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             br = iter2.next();
6391             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( iter2.hasNext() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             final Phylogeny species0 = factory
6401                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6402                              new NHXParser() )[ 0 ];
6403             final Phylogeny gene1 = factory
6404                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6405                              new NHXParser() )[ 0 ];
6406             species0.setRooted( true );
6407             gene1.setRooted( true );
6408             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6409             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6410             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6411                 return false;
6412             }
6413             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6414                 return false;
6415             }
6416             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6417                 return false;
6418             }
6419             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6420                 return false;
6421             }
6422             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6423                 return false;
6424             }
6425             final Phylogeny gene2 = factory
6426                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6427                              new NHXParser() )[ 0 ];
6428             gene2.setRooted( true );
6429             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6430             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6431                 return false;
6432             }
6433             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6434                 return false;
6435             }
6436             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6437                 return false;
6438             }
6439             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6440                 return false;
6441             }
6442             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6443                 return false;
6444             }
6445             final Phylogeny species6 = factory
6446                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6447                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6448                              new NHXParser() )[ 0 ];
6449             final Phylogeny gene6 = factory
6450                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6451                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6452                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6453                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6454                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6455                              new NHXParser() )[ 0 ];
6456             species6.setRooted( true );
6457             gene6.setRooted( true );
6458             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6459             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6460                 return false;
6461             }
6462             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6463                 return false;
6464             }
6465             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6466                 return false;
6467             }
6468             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6469                 return false;
6470             }
6471             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6472                 return false;
6473             }
6474             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6475                 return false;
6476             }
6477             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6478                 return false;
6479             }
6480             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6481                 return false;
6482             }
6483             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6484                 return false;
6485             }
6486             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             p6 = null;
6499             final Phylogeny species7 = factory
6500                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6501                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6502                              new NHXParser() )[ 0 ];
6503             final Phylogeny gene7 = factory
6504                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6505                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6506                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6507                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6508                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6509                              new NHXParser() )[ 0 ];
6510             species7.setRooted( true );
6511             gene7.setRooted( true );
6512             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6513             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6526                 return false;
6527             }
6528             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6529                 return false;
6530             }
6531             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6532                 return false;
6533             }
6534             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6535                 return false;
6536             }
6537             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6538                 return false;
6539             }
6540             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             p7 = null;
6553             final Phylogeny species8 = factory
6554                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6555                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6556                              new NHXParser() )[ 0 ];
6557             final Phylogeny gene8 = factory
6558                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6559                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6560                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6561                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6562                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6563                              new NHXParser() )[ 0 ];
6564             species8.setRooted( true );
6565             gene8.setRooted( true );
6566             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6567             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6580                 return false;
6581             }
6582             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6583                 return false;
6584             }
6585             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6586                 return false;
6587             }
6588             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6589                 return false;
6590             }
6591             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6592                 return false;
6593             }
6594             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             p8 = null;
6607         }
6608         catch ( final Exception e ) {
6609             e.printStackTrace( System.out );
6610             return false;
6611         }
6612         return true;
6613     }
6614
6615     private static boolean testSplit() {
6616         try {
6617             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6618             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6619             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6620             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6621             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6622             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6623             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6624             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6625             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6626             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6627             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6628             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6629             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6630             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6631             // System.out.println( s0.toString() );
6632             //
6633             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6634             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6635             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6636             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6637                 return false;
6638             }
6639             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6640             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6641             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6642             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6643             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6644             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6645             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6646             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6647             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6648                 return false;
6649             }
6650             //
6651             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6652             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6653             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6654             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6655             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6656                 return false;
6657             }
6658             //
6659             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6660             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6663             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6664             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6665                 return false;
6666             }
6667             //
6668             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6673             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6674                 return false;
6675             }
6676             //
6677             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6678             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6681             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6682                 return false;
6683             }
6684             //
6685             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6686             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6688             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6689                 return false;
6690             }
6691             //
6692             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6693             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6694             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6695             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6698             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6699                 return false;
6700             }
6701             //
6702             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6703             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6704             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6706             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6707                 return false;
6708             }
6709             //
6710             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6711             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6712             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6715             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             //
6719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6722             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6723                 return false;
6724             }
6725             //
6726             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6727             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6728             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6729             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6731             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6732                 return false;
6733             }
6734             //
6735             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6736             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6737             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6741             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6742                 return false;
6743             }
6744             //
6745             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6746             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6749             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             //
6753             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6756             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6757                 return false;
6758             }
6759             //
6760             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6761             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6762             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6763             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6764                 return false;
6765             }
6766             //
6767             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6768             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6769             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6770             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6771                 return false;
6772             }
6773             //
6774             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6776             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6777             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6778                 return false;
6779             }
6780             //
6781             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6783             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6784             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6785                 return false;
6786             }
6787             //
6788             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6790             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6791             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6792                 return false;
6793             }
6794             //
6795             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6797             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6798             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6799             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6800                 return false;
6801             }
6802             //
6803             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6804             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6805             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6806             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6807             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6808                 return false;
6809             }
6810             //
6811             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6812             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6813             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6814             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6815             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6816                 return false;
6817             }
6818             //
6819             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6820             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6821             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6822             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6824             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6825                 return false;
6826             }
6827             /////////
6828             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6829             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6830             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6831             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6832             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6833             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6834             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6835             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6836             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6837             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6838             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6839             //                return false;
6840             //            }
6841             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6842             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6843             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6844             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6845             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6846             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6847             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6848             //                return false;
6849             //            }
6850             //            //
6851             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6852             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6853             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6854             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6855             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6858             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6859             //                return false;
6860             //            }
6861             //            //
6862             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6865             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6866             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6867             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6868             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6869             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6870             //                return false;
6871             //            }
6872             //            //
6873             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6874             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6875             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6876             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6877             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6878             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6879             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6880             //                return false;
6881             //            }
6882             //            //
6883             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6885             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6886             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6887             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6888             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6889             //                return false;
6890             //            }
6891             //
6892             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6893             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6894             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6895             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6896             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6897             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6898                 return false;
6899             }
6900             //
6901             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6902             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6903             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6904             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6905             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6906             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6907                 return false;
6908             }
6909             ///////////////////////////
6910             //
6911             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6912             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6913             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6914             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6915             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6916             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6917                 return false;
6918             }
6919             //
6920             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6924             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6925             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6926                 return false;
6927             }
6928             //
6929             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6933             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6934             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6935                 return false;
6936             }
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6943             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6960             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6961                 return false;
6962             }
6963             //
6964             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6965             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6979             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6980             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6981                 return false;
6982             }
6983             //
6984             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6987             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6988             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6989             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6990             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6991                 return false;
6992             }
6993             //
6994             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6997             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6998             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6999             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7000             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7001             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7002                 return false;
7003             }
7004         }
7005         catch ( final Exception e ) {
7006             e.printStackTrace();
7007             return false;
7008         }
7009         return true;
7010     }
7011
7012     private static boolean testSplitStrict() {
7013         try {
7014             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7015             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7016             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7017             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7018             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7019             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7020             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7021             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7022             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7023             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7024             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7025             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7028             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7032             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7033             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7034             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7035             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7036             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7037             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7038             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7039             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7040                 return false;
7041             }
7042             //
7043             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7044             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7045             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7046             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7047             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7048                 return false;
7049             }
7050             //
7051             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7052             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7055             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7056             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7057                 return false;
7058             }
7059             //
7060             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7065             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7066                 return false;
7067             }
7068             //
7069             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7070             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7073             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7074                 return false;
7075             }
7076             //
7077             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7078             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7080             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7081                 return false;
7082             }
7083             //
7084             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7085             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7086             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7087             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7090             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7091                 return false;
7092             }
7093             //
7094             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7095             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7096             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7098             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7099                 return false;
7100             }
7101             //
7102             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7103             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7104             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7107             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7108                 return false;
7109             }
7110             //
7111             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7114             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7115                 return false;
7116             }
7117             //
7118             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7119             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7120             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7121             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7123             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7124                 return false;
7125             }
7126             //
7127             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7128             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7129             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7133             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7134                 return false;
7135             }
7136             //
7137             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7138             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             //
7145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7148             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7149                 return false;
7150             }
7151             //
7152             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7153             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7154             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7155             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7156                 return false;
7157             }
7158             //
7159             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7160             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7161             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7162             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7163                 return false;
7164             }
7165             //
7166             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7168             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7169             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7170                 return false;
7171             }
7172             //
7173             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7175             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7176             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7177                 return false;
7178             }
7179             //
7180             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7182             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7183             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7184                 return false;
7185             }
7186             //
7187             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7189             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7190             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7191             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7192                 return false;
7193             }
7194             //
7195             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7196             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7197             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7198             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7199             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7200                 return false;
7201             }
7202             //
7203             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7204             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7205             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7206             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7207             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7208                 return false;
7209             }
7210             //
7211             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7212             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7213             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7214             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7216             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7217                 return false;
7218             }
7219         }
7220         catch ( final Exception e ) {
7221             e.printStackTrace();
7222             return false;
7223         }
7224         return true;
7225     }
7226
7227     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7228         try {
7229             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7230             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7231             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7232             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7233                 return false;
7234             }
7235             t1.toNewHampshireX();
7236             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7237             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7238                 return false;
7239             }
7240             t1.toNewHampshireX();
7241             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7242             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7243                 return false;
7244             }
7245             t1.toNewHampshireX();
7246             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7247             t1.toNewHampshireX();
7248             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7249                 return false;
7250             }
7251             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7252             t1.toNewHampshireX();
7253             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7254                 return false;
7255             }
7256             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7257             t1.toNewHampshireX();
7258             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7259                 return false;
7260             }
7261             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7262             t1.toNewHampshireX();
7263             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7264                 return false;
7265             }
7266             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7267             t1.toNewHampshireX();
7268             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7269                 return false;
7270             }
7271             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7272             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7273                 return false;
7274             }
7275             if ( !t1.isEmpty() ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7279             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7280             t2.toNewHampshireX();
7281             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7282                 return false;
7283             }
7284             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7285             t2.toNewHampshireX();
7286             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7287                 return false;
7288             }
7289             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7290             t2.toNewHampshireX();
7291             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7292                 return false;
7293             }
7294         }
7295         catch ( final Exception e ) {
7296             e.printStackTrace( System.out );
7297             return false;
7298         }
7299         return true;
7300     }
7301
7302     private static boolean testSupportCount() {
7303         try {
7304             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7305             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7306             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7307                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7308                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7309                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7310                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7311                                                               new NHXParser() );
7312             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7313             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7314             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7315                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7316                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7317                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7318                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7319                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7320                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7321                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7322                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7323                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7324                                                               new NHXParser() );
7325             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7326             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7327             while ( it.hasNext() ) {
7328                 final PhylogenyNode n = it.next();
7329                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7330                     return false;
7331                 }
7332             }
7333             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7334             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7335                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7336             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7337             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7338             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7339                 return false;
7340             }
7341             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7342                 return false;
7343             }
7344             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7345                 return false;
7346             }
7347             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7348                 return false;
7349             }
7350             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7351                 return false;
7352             }
7353             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7354                 return false;
7355             }
7356             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7357                 return false;
7358             }
7359             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7360                 return false;
7361             }
7362             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7363                 return false;
7364             }
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7369             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7370                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7371             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7372             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7373             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7374                 return false;
7375             }
7376             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7377                 return false;
7378             }
7379             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7380                 return false;
7381             }
7382             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7383                 return false;
7384             }
7385             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7386                 return false;
7387             }
7388             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7389                 return false;
7390             }
7391             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7392                 return false;
7393             }
7394             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7395                 return false;
7396             }
7397             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7398                 return false;
7399             }
7400             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7404             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7405             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7406             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7410             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7411             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7412             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7416             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7417             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7418             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7422             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7423             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7424             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7425                 return false;
7426             }
7427         }
7428         catch ( final Exception e ) {
7429             e.printStackTrace( System.out );
7430             return false;
7431         }
7432         return true;
7433     }
7434
7435     private static boolean testSupportTransfer() {
7436         try {
7437             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7438             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7439                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7440             final Phylogeny p2 = factory
7441                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7442             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7443                 return false;
7444             }
7445             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7449             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7450             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7451                 return false;
7452             }
7453             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7454                 return false;
7455             }
7456             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7457                 return false;
7458             }
7459             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7460                 return false;
7461             }
7462             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7463                 return false;
7464             }
7465             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7466                 return false;
7467             }
7468             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7469                 return false;
7470             }
7471             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7472                 return false;
7473             }
7474         }
7475         catch ( final Exception e ) {
7476             e.printStackTrace( System.out );
7477             return false;
7478         }
7479         return true;
7480     }
7481
7482     private static boolean testTaxonomyAssigner() {
7483         try {
7484             String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
7485             String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
7486             Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7487             Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7488             s0.setRooted( true );
7489             g0.setRooted( true );
7490             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7491             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7492                 return false;
7493             }
7494             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7495                 return false;
7496             }
7497             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7498                 return false;
7499             }
7500             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7501             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7502             g0.setRooted( true );
7503             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7504             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7505                 return false;
7506             }
7507             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7508                 return false;
7509             }
7510             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7511                 return false;
7512             }
7513             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7514             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7515             g0.setRooted( true );
7516             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7517             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7518                 return false;
7519             }
7520             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7521                 return false;
7522             }
7523             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7524                 return false;
7525             }
7526             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
7527             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7528             g0.setRooted( true );
7529             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7530             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7531                 return false;
7532             }
7533             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7540             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7541             g0.setRooted( true );
7542             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7543             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
7544                 return false;
7545             }
7546             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
7547                 return false;
7548             }
7549             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7550                 return false;
7551             }
7552             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
7553             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7554             g0.setRooted( true );
7555             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7556             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7566             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7567             g0.setRooted( true );
7568             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7569             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7570                 return false;
7571             }
7572             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7573                 return false;
7574             }
7575             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
7576                 return false;
7577             }
7578             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
7579                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
7580                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
7581                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
7582             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7583             s0.setRooted( true );
7584             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7585                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
7586                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
7587                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
7588             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7589             g0.setRooted( true );
7590             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7591             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7598                 return false;
7599             }
7600             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7601                 return false;
7602             }
7603             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7604                 return false;
7605             }
7606             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7607                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7608                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
7609                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
7610             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7611             g0.setRooted( true );
7612             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7613             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7614                 return false;
7615             }
7616             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7617                 return false;
7618             }
7619             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
7620                 return false;
7621             }
7622             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
7623                 return false;
7624             }
7625             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7626                 return false;
7627             }
7628             g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
7629                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
7630                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7631                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
7632             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7633             g0.setRooted( true );
7634             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7635             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7636                 return false;
7637             }
7638             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
7639                 return false;
7640             }
7641             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7642                 return false;
7643             }
7644             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7645                 return false;
7646             }
7647             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7648                 return false;
7649             }
7650             g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
7651                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
7652                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
7653                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7654             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7655             g0.setRooted( true );
7656             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7657             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7658                 return false;
7659             }
7660             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7661                 return false;
7662             }
7663             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7664                 return false;
7665             }
7666             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7667                 return false;
7668             }
7669             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7670                 return false;
7671             }
7672             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
7673             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7674             g0.setRooted( true );
7675             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7676             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7677                 return false;
7678             }
7679             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7680                 return false;
7681             }
7682             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7683                 return false;
7684             }
7685             g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
7686             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7687             g0.setRooted( true );
7688             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7689             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7690                 return false;
7691             }
7692             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7693                 return false;
7694             }
7695             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7696                 return false;
7697             }
7698             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7699                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7700                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7701                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7702             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7703             g0.setRooted( true );
7704             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7705             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7706                 return false;
7707             }
7708             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7709                 return false;
7710             }
7711             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7712                 return false;
7713             }
7714             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7715                 return false;
7716             }
7717             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7718                 return false;
7719             }
7720             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7721                 return false;
7722             }
7723             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7724                 return false;
7725             }
7726             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7727                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7728                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7729                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
7730             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7731             g0.setRooted( true );
7732             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7733             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7734                 return false;
7735             }
7736             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7737                 return false;
7738             }
7739             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7740                 return false;
7741             }
7742             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7743                 return false;
7744             }
7745             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7749                 return false;
7750             }
7751             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7752                 return false;
7753             }
7754             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7755                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7756                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
7757                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7758             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7759             g0.setRooted( true );
7760             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7761             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7762                 return false;
7763             }
7764             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7765                 return false;
7766             }
7767             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7768                 return false;
7769             }
7770             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
7771                 return false;
7772             }
7773             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7774                 return false;
7775             }
7776             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7777                 return false;
7778             }
7779             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7780                 return false;
7781             }
7782             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7783                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7784                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7785                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7786             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7787             g0.setRooted( true );
7788             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7789             if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7790                 return false;
7791             }
7792             if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7793                 return false;
7794             }
7795             if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7796                 return false;
7797             }
7798             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7799                 return false;
7800             }
7801             if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
7802                 return false;
7803             }
7804             if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
7808                 return false;
7809             }
7810             s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
7811                     + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
7812                     + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
7813                     + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
7814             s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7815             s0.setRooted( true );
7816             g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
7817                     + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
7818                     + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
7819                     + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
7820             g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
7821             g0.setRooted( true );
7822             TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
7823             if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
7824                 return false;
7825             }
7826             if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
7827                 return false;
7828             }
7829         }
7830         catch ( final Exception e ) {
7831             e.printStackTrace( System.out );
7832             return false;
7833         }
7834         return true;
7835     }
7836
7837     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7838         try {
7839             List<UniProtTaxonomy> results = UniProtWsTools
7840                     .getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone", 10 );
7841             if ( results.size() != 1 ) {
7842                 return false;
7843             }
7844             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7845                 return false;
7846             }
7847             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7848                 return false;
7849             }
7850             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7851                 return false;
7852             }
7853             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7854                 return false;
7855             }
7856             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             results = null;
7860             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7861             if ( results.size() != 1 ) {
7862                 return false;
7863             }
7864             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7865                 return false;
7866             }
7867             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7868                 return false;
7869             }
7870             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7871                 return false;
7872             }
7873             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7874                 return false;
7875             }
7876             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7877                 return false;
7878             }
7879             results = null;
7880             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7881             if ( results.size() != 1 ) {
7882                 return false;
7883             }
7884             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7885                 return false;
7886             }
7887             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7888                 return false;
7889             }
7890             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7891                 return false;
7892             }
7893             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7894                 return false;
7895             }
7896             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7897                 return false;
7898             }
7899             results = null;
7900             results = UniProtWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7901             if ( results.size() != 1 ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7926                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7927                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7928                 return false;
7929             }
7930         }
7931         catch ( final IOException e ) {
7932             System.out.println();
7933             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7934             e.printStackTrace( System.out );
7935             return true;
7936         }
7937         catch ( final Exception e ) {
7938             return false;
7939         }
7940         return true;
7941     }
7942
7943     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7944         //The format for GenBank Accession numbers are:
7945         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7946         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7947         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7948         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7949             return false;
7950         }
7951         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7952             return false;
7953         }
7954         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7955             return false;
7956         }
7957         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7958             return false;
7959         }
7960         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7961             return false;
7962         }
7963         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7964             return false;
7965         }
7966         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7967             return false;
7968         }
7969         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7970             return false;
7971         }
7972         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7973             return false;
7974         }
7975         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7976             return false;
7977         }
7978         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7979             return false;
7980         }
7981         if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7982             return false;
7983         }
7984         if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7985             return false;
7986         }
7987         return true;
7988     }
7989
7990     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7991         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7992             return false;
7993         }
7994         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7995             return false;
7996         }
7997         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7998             return false;
7999         }
8000         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
8001             return false;
8002         }
8003         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
8004             return false;
8005         }
8006         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
8007             return false;
8008         }
8009         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
8010             return false;
8011         }
8012         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
8013             return false;
8014         }
8015         if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
8016             return false;
8017         }
8018         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8019             return false;
8020         }
8021         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8022             return false;
8023         }
8024         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
8025             return false;
8026         }
8027         if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
8028             return false;
8029         }
8030         try {
8031             final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
8032             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
8033                 return false;
8034             }
8035             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
8036                 return false;
8037             }
8038             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
8039                 return false;
8040             }
8041             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
8042                 return false;
8043             }
8044             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
8045                 return false;
8046             }
8047         }
8048         catch ( final IOException e ) {
8049             System.out.println();
8050             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8051             e.printStackTrace( System.out );
8052             return true;
8053         }
8054         catch ( final Exception e ) {
8055             return false;
8056         }
8057         return true;
8058     }
8059
8060     private static boolean testWabiTxSearch() {
8061         try {
8062             String result = "";
8063             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
8064             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
8065             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
8066                 return false;
8067             }
8068             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
8069             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
8073             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
8074                 return false;
8075             }
8076             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
8077             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
8078                 return false;
8079             }
8080             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8081             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
8082                 return false;
8083             }
8084             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
8085             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
8086                 return false;
8087             }
8088             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
8089             queries.add( "Campylobacter coli" );
8090             queries.add( "Escherichia coli" );
8091             queries.add( "Arabidopsis" );
8092             queries.add( "Trichoplax" );
8093             queries.add( "Samanea saman" );
8094             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
8095             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
8096             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
8097             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
8098             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
8099             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
8100             ranks.add( RANKS.FAMILY );
8101             ranks.add( RANKS.GENUS );
8102             ranks.add( RANKS.TRIBE );
8103             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
8104             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
8105             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
8106         }
8107         catch ( final Exception e ) {
8108             System.out.println();
8109             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
8110             e.printStackTrace( System.out );
8111             return false;
8112         }
8113         return true;
8114     }
8115
8116     private static boolean testAminoAcidSequence() {
8117         try {
8118             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
8119             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
8120                 return false;
8121             }
8122             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
8123                 return false;
8124             }
8125             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
8126                 return false;
8127             }
8128             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
8129                 return false;
8130             }
8131             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
8132             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
8133                 return false;
8134             }
8135             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
8136             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8137                 return false;
8138             }
8139             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
8140             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143         }
8144         catch ( final Exception e ) {
8145             e.printStackTrace();
8146             return false;
8147         }
8148         return true;
8149     }
8150
8151     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
8152         try {
8153             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
8154             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
8155                 return false;
8156             }
8157             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
8158                 return false;
8159             }
8160             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
8161             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
8165                 return false;
8166             }
8167         }
8168         catch ( final Exception e ) {
8169             e.printStackTrace();
8170             return false;
8171         }
8172         return true;
8173     }
8174
8175     private static boolean testFastaParser() {
8176         try {
8177             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
8178                 return false;
8179             }
8180             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
8181                 return false;
8182             }
8183             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
8184             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
8200                 return false;
8201             }
8202         }
8203         catch ( final Exception e ) {
8204             e.printStackTrace();
8205             return false;
8206         }
8207         return true;
8208     }
8209
8210     private static boolean testGeneralMsaParser() {
8211         try {
8212             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
8213             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
8214             final String msa_str_1 = "seq_1 abc\nseq2 ghi\nseq_1 def\nseq2 jkm\n";
8215             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
8216             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
8217             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
8218             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
8219             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
8220             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
8221             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8222                 return false;
8223             }
8224             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8225                 return false;
8226             }
8227             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8228                 return false;
8229             }
8230             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
8231             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
8235                 return false;
8236             }
8237             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
8238                 return false;
8239             }
8240             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
8241             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
8242                 return false;
8243             }
8244             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
8245                 return false;
8246             }
8247             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
8248                 return false;
8249             }
8250         }
8251         catch ( final Exception e ) {
8252             e.printStackTrace();
8253             return false;
8254         }
8255         return true;
8256     }
8257
8258     private static boolean testMafft() {
8259         try {
8260             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
8261             opts.add( "--maxiterate" );
8262             opts.add( "1000" );
8263             opts.add( "--localpair" );
8264             opts.add( "--quiet" );
8265             Msa msa = null;
8266             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance();
8267             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
8268             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 10 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
8269                 return false;
8270             }
8271         }
8272         catch ( final Exception e ) {
8273             e.printStackTrace( System.out );
8274             return false;
8275         }
8276         return true;
8277     }
8278
8279     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
8280         try {
8281             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
8282             PhylogenyNode n;
8283             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8284             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8285             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
8286             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8287             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8288             n = t0.getFirstExternalNode();
8289             while ( n != null ) {
8290                 ext.add( n );
8291                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8292             }
8293             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8294                 return false;
8295             }
8296             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8297                 return false;
8298             }
8299             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8300                 return false;
8301             }
8302             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8303                 return false;
8304             }
8305             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8306                 return false;
8307             }
8308             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8309                 return false;
8310             }
8311             ext.clear();
8312             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8313             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8314             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8315             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8316             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8317             n = t1.getNode( "ab" );
8318             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8319             while ( n != null ) {
8320                 ext.add( n );
8321                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8322             }
8323             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             //
8339             //
8340             ext.clear();
8341             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8342             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8343             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8344             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8345             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8346             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8347             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8348             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8349             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8350             n = t2.getNode( "ab" );
8351             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8352             while ( n != null ) {
8353                 ext.add( n );
8354                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8355             }
8356             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             //
8369             //
8370             ext.clear();
8371             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8372             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8373             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8374             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8375             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8376             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8377             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8378             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8379             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8380             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8381             n = t3.getNode( "ab" );
8382             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8383             while ( n != null ) {
8384                 ext.add( n );
8385                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8386             }
8387             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8388                 return false;
8389             }
8390             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8391                 return false;
8392             }
8393             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8394                 return false;
8395             }
8396             //
8397             //
8398             ext.clear();
8399             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8400             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8401             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8402             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8403             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8404             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8405             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8406             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8407             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8408             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8409             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8410             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8411             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8412                 return false;
8413             }
8414             //
8415             //
8416             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8417             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8418             ext.clear();
8419             n = t5.getFirstExternalNode();
8420             while ( n != null ) {
8421                 ext.add( n );
8422                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8423             }
8424             if ( ext.size() != 8 ) {
8425                 return false;
8426             }
8427             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8446                 return false;
8447             }
8448             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8449                 return false;
8450             }
8451             //
8452             //
8453             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8454             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8455             ext.clear();
8456             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8457             n = t6.getNode( "ab" );
8458             while ( n != null ) {
8459                 ext.add( n );
8460                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8461             }
8462             if ( ext.size() != 7 ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8478                 return false;
8479             }
8480             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8481                 return false;
8482             }
8483             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8484                 return false;
8485             }
8486             //
8487             //
8488             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8489             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8490             ext.clear();
8491             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8492             n = t7.getNode( "a" );
8493             while ( n != null ) {
8494                 ext.add( n );
8495                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8496             }
8497             if ( ext.size() != 7 ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8513                 return false;
8514             }
8515             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8516                 return false;
8517             }
8518             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8519                 return false;
8520             }
8521             //
8522             //
8523             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8524             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8525             ext.clear();
8526             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8527             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8528             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8529             n = t8.getNode( "a" );
8530             while ( n != null ) {
8531                 ext.add( n );
8532                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8533             }
8534             if ( ext.size() != 7 ) {
8535                 return false;
8536             }
8537             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8538                 return false;
8539             }
8540             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8541                 return false;
8542             }
8543             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8544                 System.out.println( "2 fail" );
8545                 return false;
8546             }
8547             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8548                 return false;
8549             }
8550             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8551                 return false;
8552             }
8553             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8554                 return false;
8555             }
8556             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8557                 return false;
8558             }
8559             //
8560             //
8561             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8562             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8563             ext.clear();
8564             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8565             n = t9.getNode( "a" );
8566             while ( n != null ) {
8567                 ext.add( n );
8568                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8569             }
8570             if ( ext.size() != 7 ) {
8571                 return false;
8572             }
8573             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8574                 return false;
8575             }
8576             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8577                 return false;
8578             }
8579             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8580                 return false;
8581             }
8582             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8583                 return false;
8584             }
8585             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8586                 return false;
8587             }
8588             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8589                 return false;
8590             }
8591             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8592                 return false;
8593             }
8594             //
8595             //
8596             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8597             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8598             ext.clear();
8599             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8600             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8601             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8602             n = t10.getNode( "a" );
8603             while ( n != null ) {
8604                 ext.add( n );
8605                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8606             }
8607             if ( ext.size() != 7 ) {
8608                 return false;
8609             }
8610             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8611                 return false;
8612             }
8613             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8614                 return false;
8615             }
8616             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8617                 return false;
8618             }
8619             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8620                 return false;
8621             }
8622             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8623                 return false;
8624             }
8625             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8626                 return false;
8627             }
8628             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8629                 return false;
8630             }
8631             //
8632             //
8633             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8634             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8635             ext.clear();
8636             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8637             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8638             n = t11.getNode( "a" );
8639             while ( n != null ) {
8640                 ext.add( n );
8641                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8642             }
8643             if ( ext.size() != 6 ) {
8644                 return false;
8645             }
8646             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8647                 return false;
8648             }
8649             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8650                 return false;
8651             }
8652             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8653                 return false;
8654             }
8655             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8656                 return false;
8657             }
8658             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8659                 return false;
8660             }
8661             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8662                 return false;
8663             }
8664             //
8665             //
8666             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8667             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8668             ext.clear();
8669             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8670             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8671             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8672             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8673             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8674             n = t12.getNode( "a" );
8675             while ( n != null ) {
8676                 ext.add( n );
8677                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8678             }
8679             if ( ext.size() != 6 ) {
8680                 return false;
8681             }
8682             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8683                 return false;
8684             }
8685             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8686                 return false;
8687             }
8688             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8689                 return false;
8690             }
8691             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8692                 return false;
8693             }
8694             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8695                 return false;
8696             }
8697             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8698                 return false;
8699             }
8700             //
8701             //
8702             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8703             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8704             ext.clear();
8705             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8706             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8707             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8708             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8709             n = t13.getNode( "ab" );
8710             while ( n != null ) {
8711                 ext.add( n );
8712                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8713             }
8714             if ( ext.size() != 5 ) {
8715                 return false;
8716             }
8717             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8718                 return false;
8719             }
8720             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8721                 return false;
8722             }
8723             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8724                 return false;
8725             }
8726             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8727                 return false;
8728             }
8729             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8730                 return false;
8731             }
8732             //
8733             //
8734             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8735             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8736             ext.clear();
8737             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8738             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8739             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8740             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8741             n = t14.getNode( "ab" );
8742             while ( n != null ) {
8743                 ext.add( n );
8744                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8745             }
8746             if ( ext.size() != 5 ) {
8747                 return false;
8748             }
8749             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8750                 return false;
8751             }
8752             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8753                 return false;
8754             }
8755             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8756                 return false;
8757             }
8758             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8759                 return false;
8760             }
8761             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8762                 return false;
8763             }
8764             //
8765             //
8766             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8767             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8768             ext.clear();
8769             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8770             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8771             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8772             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8773             n = t15.getNode( "ab" );
8774             while ( n != null ) {
8775                 ext.add( n );
8776                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8777             }
8778             if ( ext.size() != 6 ) {
8779                 return false;
8780             }
8781             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8782                 return false;
8783             }
8784             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8785                 return false;
8786             }
8787             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8788                 return false;
8789             }
8790             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8791                 return false;
8792             }
8793             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8794                 return false;
8795             }
8796             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8797                 return false;
8798             }
8799             //
8800             //
8801             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8802             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8803             ext.clear();
8804             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8805             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8806             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8807             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8808             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8809             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8810             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8811             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8812             n = t16.getNode( "ab" );
8813             while ( n != null ) {
8814                 ext.add( n );
8815                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8816             }
8817             if ( ext.size() != 4 ) {
8818                 return false;
8819             }
8820             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8821                 return false;
8822             }
8823             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8824                 return false;
8825             }
8826             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8827                 return false;
8828             }
8829             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8830                 return false;
8831             }
8832         }
8833         catch ( final Exception e ) {
8834             e.printStackTrace( System.out );
8835             return false;
8836         }
8837         return true;
8838     }
8839
8840     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8841         try {
8842             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8843             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8844             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8845             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8846             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8847             l.add( s0 );
8848             l.add( s1 );
8849             l.add( s2 );
8850             l.add( s3 );
8851             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8852             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8853                 return false;
8854             }
8855             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8856                 return false;
8857             }
8858             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8859                 return false;
8860             }
8861             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8862                 return false;
8863             }
8864         }
8865         catch ( final Exception e ) {
8866             e.printStackTrace( System.out );
8867             return false;
8868         }
8869         return true;
8870     }
8871 }