forester/java/src/org/forester/test/Test.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.test;
  27
  28 import java.io.ByteArrayInputStream;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.FileInputStream;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Date;
  34 import java.util.HashSet;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Locale;
  38 import java.util.Set;
  39
  40 import org.forester.application.support_transfer;
  41 import org.forester.development.DevelopmentTools;
  42 import org.forester.evoinference.TestPhylogenyReconstruction;
  43 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix;
  44 import org.forester.evoinference.matrix.character.CharacterStateMatrix.BinaryStates;
  45 import org.forester.go.TestGo;
  46 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  47 import org.forester.io.parsers.GeneralMsaParser;
  48 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser;
  49 import org.forester.io.parsers.HmmscanPerDomainTableParser.INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF;
  50 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusBinaryStatesMatrixParser;
  51 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusCharactersParser;
  52 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  53 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  54 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  55 import org.forester.io.parsers.tol.TolParser;
  56 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  57 import org.forester.msa.BasicMsa;
  58 import org.forester.msa.Mafft;
  59 import org.forester.msa.Msa;
  60 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  61 import org.forester.msa.MsaMethods;
  62 import org.forester.pccx.TestPccx;
  63 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  64 import org.forester.phylogeny.PhylogenyBranch;
  65 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  66 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  67 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  68 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  69 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  70 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  71 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  72 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  73 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  74 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  75 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  76 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  77 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  78 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  79 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  80 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  81 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  82 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  83 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  84 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  85 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  86 import org.forester.protein.Protein;
  87 import org.forester.sdi.SDI;
  88 import org.forester.sdi.SDIR;
  89 import org.forester.sdi.SDIse;
  90 import org.forester.sdi.TestGSDI;
  91 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  92 import org.forester.sequence.Sequence;
  93 import org.forester.surfacing.TestSurfacing;
  94 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  95 import org.forester.tools.SupportCount;
  96 import org.forester.tools.TreeSplitMatrix;
  97 import org.forester.util.AsciiHistogram;
  98 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  99 import org.forester.util.BasicTable;
 100 import org.forester.util.BasicTableParser;
 101 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 102 import org.forester.util.ForesterConstants;
 103 import org.forester.util.ForesterUtil;
 104 import org.forester.util.GeneralTable;
 105 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 106 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDatabaseEntry;
 107 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
 108 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
 109 import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
 110 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.RANKS;
 111 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_NAME_CLASS;
 112 import org.forester.ws.wabi.TxSearch.TAX_RANK;
 113
 114 @SuppressWarnings( "unused")
 115 public final class Test {
 116
 117     private final static double  ZERO_DIFF                 = 1.0E-9;
 118     private final static String  PATH_TO_TEST_DATA         = System.getProperty( "user.dir" )
 119                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "test_data"
 120                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 121     private final static String  PATH_TO_RESOURCES         = System.getProperty( "user.dir" )
 122                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator() + "resources"
 123                                                                    + ForesterUtil.getFileSeparator();
 124     private final static boolean USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA = true;
 125     private static final String  PHYLOXML_REMOTE_XSD       = ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "/"
 126                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 127                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 128     private static final String  PHYLOXML_LOCAL_XSD        = PATH_TO_RESOURCES + "phyloxml_schema/"
 129                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "/"
 130                                                                    + ForesterConstants.PHYLO_XML_XSD;
 131
 132     private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
 133         final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
 134         return p;
 135     }
 136
 137     private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
 138         final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
 139         return pm.obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
 140     }
 141
 142     public static boolean isEqual( final double a, final double b ) {
 143         return ( ( Math.abs( a - b ) ) < Test.ZERO_DIFF );
 144     }
 145
 146     public static void main( final String[] args ) {
 147         System.out.println( "[Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]" );
 148         System.out.println( "[OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " " + ForesterUtil.OS_VERSION
 149                 + "]" );
 150         Locale.setDefault( Locale.US );
 151         System.out.println( "[Locale: " + Locale.getDefault() + "]" );
 152         int failed = 0;
 153         int succeeded = 0;
 154         System.out.print( "[Test if directory with files for testing exists/is readable: " );
 155         if ( Test.testDir( PATH_TO_TEST_DATA ) ) {
 156             System.out.println( "OK.]" );
 157         }
 158         else {
 159             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + PATH_TO_TEST_DATA + "\".]" );
 160             System.out.println( "Testing aborted." );
 161             System.exit( -1 );
 162         }
 163         System.out.print( "[Test if resources directory exists/is readable: " );
 164         if ( testDir( PATH_TO_RESOURCES ) ) {
 165             System.out.println( "OK.]" );
 166         }
 167         else {
 168             System.out.println( "could not find/read from directory \"" + Test.PATH_TO_RESOURCES + "\".]" );
 169             System.out.println( "Testing aborted." );
 170             System.exit( -1 );
 171         }
 172         final long start_time = new Date().getTime();
 173         System.out.print( "Sequence id parsing: " );
 174         if ( testSequenceIdParsing() ) {
 175             System.out.println( "OK." );
 176             succeeded++;
 177         }
 178         else {
 179             System.out.println( "failed." );
 180             System.exit( -1 ); //TODO FIXME remove me!! ~
 181             failed++;
 182         }
 183         System.out.print( "Hmmscan output parser: " );
 184         if ( testHmmscanOutputParser() ) {
 185             System.out.println( "OK." );
 186             succeeded++;
 187         }
 188         else {
 189             System.out.println( "failed." );
 190             failed++;
 191         }
 192         System.out.print( "Basic node methods: " );
 193         if ( Test.testBasicNodeMethods() ) {
 194             System.out.println( "OK." );
 195             succeeded++;
 196         }
 197         else {
 198             System.out.println( "failed." );
 199             failed++;
 200         }
 201         System.out.print( "Basic node construction and parsing of NHX (node level): " );
 202         if ( Test.testNHXNodeParsing() ) {
 203             System.out.println( "OK." );
 204             succeeded++;
 205         }
 206         else {
 207             System.out.println( "failed." );
 208             failed++;
 209         }
 210         System.out.print( "NH parsing: " );
 211         if ( Test.testNHParsing() ) {
 212             System.out.println( "OK." );
 213             succeeded++;
 214         }
 215         else {
 216             System.out.println( "failed." );
 217             failed++;
 218         }
 219         System.out.print( "Conversion to NHX (node level): " );
 220         if ( Test.testNHXconversion() ) {
 221             System.out.println( "OK." );
 222             succeeded++;
 223         }
 224         else {
 225             System.out.println( "failed." );
 226             failed++;
 227         }
 228         System.out.print( "NHX parsing: " );
 229         if ( Test.testNHXParsing() ) {
 230             System.out.println( "OK." );
 231             succeeded++;
 232         }
 233         else {
 234             System.out.println( "failed." );
 235             failed++;
 236         }
 237         System.out.print( "NHX parsing with quotes: " );
 238         if ( Test.testNHXParsingQuotes() ) {
 239             System.out.println( "OK." );
 240             succeeded++;
 241         }
 242         else {
 243             System.out.println( "failed." );
 244             failed++;
 245         }
 246         System.out.print( "NHX parsing (MrBayes): " );
 247         if ( Test.testNHXParsingMB() ) {
 248             System.out.println( "OK." );
 249             succeeded++;
 250         }
 251         else {
 252             System.out.println( "failed." );
 253             failed++;
 254         }
 255         System.out.print( "Nexus characters parsing: " );
 256         if ( Test.testNexusCharactersParsing() ) {
 257             System.out.println( "OK." );
 258             succeeded++;
 259         }
 260         else {
 261             System.out.println( "failed." );
 262             failed++;
 263         }
 264         System.out.print( "Nexus tree parsing: " );
 265         if ( Test.testNexusTreeParsing() ) {
 266             System.out.println( "OK." );
 267             succeeded++;
 268         }
 269         else {
 270             System.out.println( "failed." );
 271             failed++;
 272         }
 273         System.out.print( "Nexus tree parsing (translating): " );
 274         if ( Test.testNexusTreeParsingTranslating() ) {
 275             System.out.println( "OK." );
 276             succeeded++;
 277         }
 278         else {
 279             System.out.println( "failed." );
 280             failed++;
 281         }
 282         System.out.print( "Nexus matrix parsing: " );
 283         if ( Test.testNexusMatrixParsing() ) {
 284             System.out.println( "OK." );
 285             succeeded++;
 286         }
 287         else {
 288             System.out.println( "failed." );
 289             failed++;
 290         }
 291         System.out.print( "Basic phyloXML parsing: " );
 292         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsing() ) {
 293             System.out.println( "OK." );
 294             succeeded++;
 295         }
 296         else {
 297             System.out.println( "failed." );
 298             failed++;
 299         }
 300         System.out.print( "Basic phyloXML parsing (validating against schema): " );
 301         if ( testBasicPhyloXMLparsingValidating() ) {
 302             System.out.println( "OK." );
 303             succeeded++;
 304         }
 305         else {
 306             System.out.println( "failed." );
 307             failed++;
 308         }
 309         System.out.print( "Roundtrip phyloXML parsing (validating against schema): " );
 310         if ( Test.testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() ) {
 311             System.out.println( "OK." );
 312             succeeded++;
 313         }
 314         else {
 315             System.out.println( "failed." );
 316             failed++;
 317         }
 318         System.out.print( "phyloXML Distribution Element: " );
 319         if ( Test.testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() ) {
 320             System.out.println( "OK." );
 321             succeeded++;
 322         }
 323         else {
 324             System.out.println( "failed." );
 325             failed++;
 326         }
 327         System.out.print( "Tol XML parsing: " );
 328         if ( Test.testBasicTolXMLparsing() ) {
 329             System.out.println( "OK." );
 330             succeeded++;
 331         }
 332         else {
 333             System.out.println( "failed." );
 334             failed++;
 335         }
 336         System.out.print( "Copying of node data: " );
 337         if ( Test.testCopyOfNodeData() ) {
 338             System.out.println( "OK." );
 339             succeeded++;
 340         }
 341         else {
 342             System.out.println( "failed." );
 343             failed++;
 344         }
 345         System.out.print( "Basic tree methods: " );
 346         if ( Test.testBasicTreeMethods() ) {
 347             System.out.println( "OK." );
 348             succeeded++;
 349         }
 350         else {
 351             System.out.println( "failed." );
 352             failed++;
 353         }
 354         System.out.print( "Postorder Iterator: " );
 355         if ( Test.testPostOrderIterator() ) {
 356             System.out.println( "OK." );
 357             succeeded++;
 358         }
 359         else {
 360             System.out.println( "failed." );
 361             failed++;
 362         }
 363         System.out.print( "Preorder Iterator: " );
 364         if ( Test.testPreOrderIterator() ) {
 365             System.out.println( "OK." );
 366             succeeded++;
 367         }
 368         else {
 369             System.out.println( "failed." );
 370             failed++;
 371         }
 372         System.out.print( "Levelorder Iterator: " );
 373         if ( Test.testLevelOrderIterator() ) {
 374             System.out.println( "OK." );
 375             succeeded++;
 376         }
 377         else {
 378             System.out.println( "failed." );
 379             failed++;
 380         }
 381         System.out.print( "Re-id methods: " );
 382         if ( Test.testReIdMethods() ) {
 383             System.out.println( "OK." );
 384             succeeded++;
 385         }
 386         else {
 387             System.out.println( "failed." );
 388             failed++;
 389         }
 390         System.out.print( "Methods on last external nodes: " );
 391         if ( Test.testLastExternalNodeMethods() ) {
 392             System.out.println( "OK." );
 393             succeeded++;
 394         }
 395         else {
 396             System.out.println( "failed." );
 397             failed++;
 398         }
 399         System.out.print( "Methods on external nodes: " );
 400         if ( Test.testExternalNodeRelatedMethods() ) {
 401             System.out.println( "OK." );
 402             succeeded++;
 403         }
 404         else {
 405             System.out.println( "failed." );
 406             failed++;
 407         }
 408         System.out.print( "Deletion of external nodes: " );
 409         if ( Test.testDeletionOfExternalNodes() ) {
 410             System.out.println( "OK." );
 411             succeeded++;
 412         }
 413         else {
 414             System.out.println( "failed." );
 415             failed++;
 416         }
 417         System.out.print( "Subtree deletion: " );
 418         if ( Test.testSubtreeDeletion() ) {
 419             System.out.println( "OK." );
 420             succeeded++;
 421         }
 422         else {
 423             System.out.println( "failed." );
 424             failed++;
 425         }
 426         System.out.print( "Phylogeny branch: " );
 427         if ( Test.testPhylogenyBranch() ) {
 428             System.out.println( "OK." );
 429             succeeded++;
 430         }
 431         else {
 432             System.out.println( "failed." );
 433             failed++;
 434         }
 435         System.out.print( "Rerooting: " );
 436         if ( Test.testRerooting() ) {
 437             System.out.println( "OK." );
 438             succeeded++;
 439         }
 440         else {
 441             System.out.println( "failed." );
 442             failed++;
 443         }
 444         System.out.print( "Mipoint rooting: " );
 445         if ( Test.testMidpointrooting() ) {
 446             System.out.println( "OK." );
 447             succeeded++;
 448         }
 449         else {
 450             System.out.println( "failed." );
 451             failed++;
 452         }
 453         System.out.print( "Support count: " );
 454         if ( Test.testSupportCount() ) {
 455             System.out.println( "OK." );
 456             succeeded++;
 457         }
 458         else {
 459             System.out.println( "failed." );
 460             failed++;
 461         }
 462         System.out.print( "Support transfer: " );
 463         if ( Test.testSupportTransfer() ) {
 464             System.out.println( "OK." );
 465             succeeded++;
 466         }
 467         else {
 468             System.out.println( "failed." );
 469             failed++;
 470         }
 471         System.out.print( "Finding of LCA: " );
 472         if ( Test.testGetLCA() ) {
 473             System.out.println( "OK." );
 474             succeeded++;
 475         }
 476         else {
 477             System.out.println( "failed." );
 478             failed++;
 479         }
 480         System.out.print( "Calculation of distance between nodes: " );
 481         if ( Test.testGetDistance() ) {
 482             System.out.println( "OK." );
 483             succeeded++;
 484         }
 485         else {
 486             System.out.println( "failed." );
 487             failed++;
 488         }
 489         System.out.print( "SDIse: " );
 490         if ( Test.testSDIse() ) {
 491             System.out.println( "OK." );
 492             succeeded++;
 493         }
 494         else {
 495             System.out.println( "failed." );
 496             failed++;
 497         }
 498         System.out.print( "SDIunrooted: " );
 499         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
 500             System.out.println( "OK." );
 501             succeeded++;
 502         }
 503         else {
 504             System.out.println( "failed." );
 505             failed++;
 506         }
 507         System.out.print( "GSDI: " );
 508         if ( TestGSDI.test() ) {
 509             System.out.println( "OK." );
 510             succeeded++;
 511         }
 512         else {
 513             System.out.println( "failed." );
 514             failed++;
 515         }
 516         System.out.print( "Descriptive statistics: " );
 517         if ( Test.testDescriptiveStatistics() ) {
 518             System.out.println( "OK." );
 519             succeeded++;
 520         }
 521         else {
 522             System.out.println( "failed." );
 523             failed++;
 524         }
 525         System.out.print( "Data objects and methods: " );
 526         if ( Test.testDataObjects() ) {
 527             System.out.println( "OK." );
 528             succeeded++;
 529         }
 530         else {
 531             System.out.println( "failed." );
 532             failed++;
 533         }
 534         System.out.print( "Properties map: " );
 535         if ( Test.testPropertiesMap() ) {
 536             System.out.println( "OK." );
 537             succeeded++;
 538         }
 539         else {
 540             System.out.println( "failed." );
 541             failed++;
 542         }
 543         System.out.print( "Phylogeny reconstruction:" );
 544         System.out.println();
 545         if ( TestPhylogenyReconstruction.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 546             System.out.println( "OK." );
 547             succeeded++;
 548         }
 549         else {
 550             System.out.println( "failed." );
 551             failed++;
 552         }
 553         System.out.print( "Analysis of domain architectures: " );
 554         System.out.println();
 555         if ( TestSurfacing.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 556             System.out.println( "OK." );
 557             succeeded++;
 558         }
 559         else {
 560             System.out.println( "failed." );
 561             failed++;
 562         }
 563         System.out.print( "GO: " );
 564         System.out.println();
 565         if ( TestGo.test( new File( PATH_TO_TEST_DATA ) ) ) {
 566             System.out.println( "OK." );
 567             succeeded++;
 568         }
 569         else {
 570             System.out.println( "failed." );
 571             failed++;
 572         }
 573         System.out.print( "Modeling tools: " );
 574         if ( TestPccx.test() ) {
 575             System.out.println( "OK." );
 576             succeeded++;
 577         }
 578         else {
 579             System.out.println( "failed." );
 580             failed++;
 581         }
 582         System.out.print( "Split Matrix strict: " );
 583         if ( Test.testSplitStrict() ) {
 584             System.out.println( "OK." );
 585             succeeded++;
 586         }
 587         else {
 588             System.out.println( "failed." );
 589             failed++;
 590         }
 591         System.out.print( "Split Matrix: " );
 592         if ( Test.testSplit() ) {
 593             System.out.println( "OK." );
 594             succeeded++;
 595         }
 596         else {
 597             System.out.println( "failed." );
 598             failed++;
 599         }
 600         System.out.print( "Confidence Assessor: " );
 601         if ( Test.testConfidenceAssessor() ) {
 602             System.out.println( "OK." );
 603             succeeded++;
 604         }
 605         else {
 606             System.out.println( "failed." );
 607             failed++;
 608         }
 609         System.out.print( "Basic table: " );
 610         if ( Test.testBasicTable() ) {
 611             System.out.println( "OK." );
 612             succeeded++;
 613         }
 614         else {
 615             System.out.println( "failed." );
 616             failed++;
 617         }
 618         System.out.print( "General table: " );
 619         if ( Test.testGeneralTable() ) {
 620             System.out.println( "OK." );
 621             succeeded++;
 622         }
 623         else {
 624             System.out.println( "failed." );
 625             failed++;
 626         }
 627         System.out.print( "Amino acid sequence: " );
 628         if ( Test.testAminoAcidSequence() ) {
 629             System.out.println( "OK." );
 630             succeeded++;
 631         }
 632         else {
 633             System.out.println( "failed." );
 634             failed++;
 635         }
 636         System.out.print( "General MSA parser: " );
 637         if ( Test.testGeneralMsaParser() ) {
 638             System.out.println( "OK." );
 639             succeeded++;
 640         }
 641         else {
 642             System.out.println( "failed." );
 643             failed++;
 644         }
 645         System.out.print( "Fasta parser for msa: " );
 646         if ( Test.testFastaParser() ) {
 647             System.out.println( "OK." );
 648             succeeded++;
 649         }
 650         else {
 651             System.out.println( "failed." );
 652             failed++;
 653         }
 654         System.out.print( "Creation of balanced phylogeny: " );
 655         if ( Test.testCreateBalancedPhylogeny() ) {
 656             System.out.println( "OK." );
 657             succeeded++;
 658         }
 659         else {
 660             System.out.println( "failed." );
 661             failed++;
 662         }
 663         System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
 664         if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
 665             System.out.println( "OK." );
 666             succeeded++;
 667         }
 668         else {
 669             System.out.println( "failed." );
 670             failed++;
 671         }
 672         System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
 673         if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
 674             System.out.println( "OK." );
 675             succeeded++;
 676         }
 677         else {
 678             System.out.println( "failed." );
 679             failed++;
 680         }
 681         System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
 682         if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
 683             System.out.println( "OK." );
 684             succeeded++;
 685         }
 686         else {
 687             System.out.println( "failed." );
 688             failed++;
 689         }
 690         //----
 691         String path = "";
 692         final String os = ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase();
 693         if ( ( os.indexOf( "mac" ) >= 0 ) && ( os.indexOf( "os" ) > 0 ) ) {
 694             path = "/usr/local/bin/mafft";
 695         }
 696         else if ( os.indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 697             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 698         }
 699         else {
 700             path = "/home/czmasek/bin/mafft";
 701         }
 702         if ( !Mafft.isInstalled( path ) ) {
 703             path = "mafft";
 704         }
 705         if ( !Mafft.isInstalled( path ) ) {
 706             path = "/usr/local/bin/mafft";
 707         }
 708         if ( Mafft.isInstalled( path ) ) {
 709             System.out.print( "MAFFT (external program): " );
 710             if ( Test.testMafft( path ) ) {
 711                 System.out.println( "OK." );
 712                 succeeded++;
 713             }
 714             else {
 715                 System.out.println( "failed [will not count towards failed tests]" );
 716             }
 717         }
 718         //----
 719         System.out.print( "Next nodes with collapsed: " );
 720         if ( Test.testNextNodeWithCollapsing() ) {
 721             System.out.println( "OK." );
 722             succeeded++;
 723         }
 724         else {
 725             System.out.println( "failed." );
 726             failed++;
 727         }
 728         System.out.print( "Simple MSA quality: " );
 729         if ( Test.testMsaQualityMethod() ) {
 730             System.out.println( "OK." );
 731             succeeded++;
 732         }
 733         else {
 734             System.out.println( "failed." );
 735             failed++;
 736         }
 737         //        System.out.print( "WABI TxSearch: " );
 738         //        if ( Test.testWabiTxSearch() ) {
 739         //            System.out.println( "OK." );
 740         //            succeeded++;
 741         //        }
 742         //        else {
 743         //            System.out
 744         //                    .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
 745         //        }
 746         System.out.println();
 747         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
 748         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
 749         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
 750         System.out.println( "Running time    : " + ( new Date().getTime() - start_time ) + "ms " + "(free memory: "
 751                 + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB)" );
 752         System.out.println();
 753         System.out.println( "Successful tests: " + succeeded );
 754         System.out.println( "Failed     tests: " + failed );
 755         System.out.println();
 756         if ( failed < 1 ) {
 757             System.out.println( "OK." );
 758         }
 759         else {
 760             System.out.println( "Not OK." );
 761         }
 762         // System.out.println();
 763         // Development.setTime( true );
 764         //try {
 765         //  final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 766         //  final String clc = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
 767         //          + "examples" + ForesterUtil.getFileSeparator() + "CLC.nhx";
 768         // final String multi = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES +
 769         // "multifurcations_ex_1.nhx";
 770         // final String domains = Test.PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "domains1.nhx";
 771         // final Phylogeny t1 = factory.create( new File( domains ), new
 772         // NHXParser() )[ 0 ];
 773         //  final Phylogeny t2 = factory.create( new File( clc ), new NHXParser() )[ 0 ];
 774         // }
 775         // catch ( final Exception e ) {
 776         //     e.printStackTrace();
 777         // }
 778         // t1.getRoot().preorderPrint();
 779         // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory
 780         // .getInstance();
 781         // try {
 782         //
 783         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 784         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 785         // factory.create(
 786         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 787         // new NHXParser() );
 788         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 789         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 790         // factory.create(
 791         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 792         // new NHXParser() );
 793         //
 794         //
 795         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 796         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 797         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 798         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 799         // factory.create(
 800         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 801         // new NHXParser() );
 802         // factory.create(
 803         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 804         // new NHXParser() );
 805         //
 806         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 807         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 808         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 809         // + "\\big_tree.nhx" ) );
 810         //
 811         // factory.create(
 812         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 813         // new NHXParser() );
 814         // factory.create(
 815         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\big_tree.nhx" ),
 816         // new NHXParser() );
 817         //
 818         // Helper.readNHtree( new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES
 819         // + "\\AtNBSpos.nhx" ) );
 820         // factory.create(
 821         // new File( PATH_TO_EXAMPLE_FILES + "\\AtNBSpos.nhx" ),
 822         // new NHXParser() );
 823         //
 824         // }
 825         // catch ( IOException e ) {
 826         // // TODO Auto-generated catch block
 827         // e.printStackTrace();
 828         // }
 829     }
 830
 831     private static boolean testBasicNodeMethods() {
 832         try {
 833             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 0 ) {
 834                 return false;
 835             }
 836             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
 837             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
 838                     .createInstanceFromNhxString( "", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 839             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
 840                     .createInstanceFromNhxString( "n3", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 841             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
 842                     .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
 843             if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
 844                 return false;
 845             }
 846             if ( PhylogenyNode.getNodeCount() != 4 ) {
 847                 return false;
 848             }
 849             if ( n3.getIndicator() != 0 ) {
 850                 return false;
 851             }
 852             if ( n3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 853                 return false;
 854             }
 855             if ( !n3.isExternal() ) {
 856                 return false;
 857             }
 858             if ( !n3.isRoot() ) {
 859                 return false;
 860             }
 861             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
 862                 return false;
 863             }
 864         }
 865         catch ( final Exception e ) {
 866             e.printStackTrace( System.out );
 867             return false;
 868         }
 869         return true;
 870     }
 871
 872     private static boolean testBasicPhyloXMLparsing() {
 873         try {
 874             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 875             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
 876             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
 877                                                               xml_parser );
 878             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
 879                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
 880                 return false;
 881             }
 882             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
 883                 return false;
 884             }
 885             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
 886             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
 887             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
 888             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
 889             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
 890                 return false;
 891             }
 892             if ( !t1.isRooted() ) {
 893                 return false;
 894             }
 895             if ( t1.isRerootable() ) {
 896                 return false;
 897             }
 898             if ( !t1.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
 899                 return false;
 900             }
 901             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
 902                 return false;
 903             }
 904             if ( !isEqual( t2.getNode( "node a" ).getDistanceToParent(), 1.0 ) ) {
 905                 return false;
 906             }
 907             if ( !isEqual( t2.getNode( "node b" ).getDistanceToParent(), 2.0 ) ) {
 908                 return false;
 909             }
 910             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
 911                 return false;
 912             }
 913             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
 914                 return false;
 915             }
 916             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
 917                 return false;
 918             }
 919             if ( t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
 920                 return false;
 921             }
 922             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
 923                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
 924                 return false;
 925             }
 926             if ( !t2.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
 927                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
 928                 return false;
 929             }
 930             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
 931                 return false;
 932             }
 933             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
 934                 return false;
 935             }
 936             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
 937                 return false;
 938             }
 939             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
 940                 return false;
 941             }
 942             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
 943                 return false;
 944             }
 945             if ( !t3.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
 946                 return false;
 947             }
 948             if ( !t3.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
 949                 return false;
 950             }
 951             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
 952                 return false;
 953             }
 954             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
 955                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
 956                 return false;
 957             }
 958             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
 959                 return false;
 960             }
 961             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
 962                 return false;
 963             }
 964             if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource().equals( "UniProtKB" ) ) {
 965                 return false;
 966             }
 967             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 968                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 969                 return false;
 970             }
 971             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
 972                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
 973                 return false;
 974             }
 975             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
 976                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
 977                 return false;
 978             }
 979             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
 980                     .equals( "experimental" ) ) {
 981                 return false;
 982             }
 983             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
 984                     .equals( "function" ) ) {
 985                 return false;
 986             }
 987             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 988                     .getValue() != 1 ) {
 989                 return false;
 990             }
 991             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
 992                     .getType().equals( "ml" ) ) {
 993                 return false;
 994             }
 995             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
 996                     .equals( "apoptosis" ) ) {
 997                 return false;
 998             }
 999             if ( ( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1000                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1001                 return false;
1002             }
1003             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1004                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1005                 return false;
1006             }
1007             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1008                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1009                 return false;
1010             }
1011             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1012                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1013                 return false;
1014             }
1015             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1016                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1017                 return false;
1018             }
1019             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1020                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1021                 return false;
1022             }
1023             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1024                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1025                 return false;
1026             }
1027             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1028                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1029                 return false;
1030             }
1031             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1032                 return false;
1033             }
1034             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1035                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1036                 return false;
1037             }
1038             if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1039                 return false;
1040             }
1041             //if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getDistribution().getDesc().equals( "irgendwo" ) ) ) {
1042             //     return false;
1043             //}
1044             //            if ( !( t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1074/jbc.M005889200" ) ) ) {
1045             //                return false;
1046             //            }
1047             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getType().equals( "host" ) ) {
1048             //                return false;
1049             //            }
1050             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1051             //                return false;
1052             //            }
1053             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1054             //                return false;
1055             //            }
1056             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1057             //                return false;
1058             //            }
1059             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1060             //                return false;
1061             //            }
1062             //            if ( !t3.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getType().equals( "ncbi" ) ) {
1063             //                return false;
1064             //            }
1065             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1066             //                return false;
1067             //            }
1068             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getName()
1069             //                    .equals( "B" ) ) {
1070             //                return false;
1071             //            }
1072             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getFrom() != 21 ) {
1073             //                return false;
1074             //            }
1075             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1076             //                return false;
1077             //            }
1078             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getLength() != 24 ) {
1079             //                return false;
1080             //            }
1081             //            if ( t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1082             //                    .getConfidence() != 2144 ) {
1083             //                return false;
1084             //            }
1085             //            if ( !t3.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1086             //                    .equals( "pfam" ) ) {
1087             //                return false;
1088             //            }
1089             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1090             //                return false;
1091             //            }
1092             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1093             //                return false;
1094             //            }
1095             //            if ( t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1096             //                return false;
1097             //            }
1098             //            if ( !t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1099             //                return false;
1100             //            }
1101             //            if ( ( ( BinaryCharacters ) t3.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1102             //                    .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1103             //                ;
1104             //                return false;
1105             //            }
1106             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1107             //                return false;
1108             //            }
1109             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1110             //                return false;
1111             //            }
1112             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1113             //                return false;
1114             //            }
1115             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1116             //                return false;
1117             //            }
1118             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1119             //                return false;
1120             //            }
1121             //            if ( t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1122             //                return false;
1123             //            }
1124             //            if ( !t3.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1125             //                return false;
1126             //            }
1127             //            final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1128             //                                                              xml_parser );
1129             //            if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1130             //                System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1131             //                return false;
1132             //            }
1133             //            if ( phylogenies_1.length != 2 ) {
1134             //                return false;
1135             //            }
1136             //            final Phylogeny a = phylogenies_1[ 0 ];
1137             //            if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1138             //                return false;
1139             //            }
1140             //            if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1141             //                return false;
1142             //            }
1143             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1144             //                return false;
1145             //            }
1146             //            if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1147             //                return false;
1148             //            }
1149         }
1150         catch ( final Exception e ) {
1151             e.printStackTrace( System.out );
1152             return false;
1153         }
1154         return true;
1155     }
1156
1157     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingRoundtrip() {
1158         try {
1159             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1160             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
1161             if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1162                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1163             }
1164             else {
1165                 xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1166             }
1167             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1168                                                               xml_parser );
1169             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1170                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1171                 return false;
1172             }
1173             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1174                 return false;
1175             }
1176             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1177             final Phylogeny[] phylogenies_t1 = factory.create( t1_sb, xml_parser );
1178             if ( phylogenies_t1.length != 1 ) {
1179                 return false;
1180             }
1181             final Phylogeny t1_rt = phylogenies_t1[ 0 ];
1182             if ( !t1_rt.getDistanceUnit().equals( "cc" ) ) {
1183                 return false;
1184             }
1185             if ( !t1_rt.isRooted() ) {
1186                 return false;
1187             }
1188             if ( t1_rt.isRerootable() ) {
1189                 return false;
1190             }
1191             if ( !t1_rt.getType().equals( "gene_tree" ) ) {
1192                 return false;
1193             }
1194             final StringBuffer t2_sb = new StringBuffer( phylogenies_0[ 1 ].toPhyloXML( 0 ) );
1195             final Phylogeny[] phylogenies_t2 = factory.create( t2_sb, xml_parser );
1196             final Phylogeny t2_rt = phylogenies_t2[ 0 ];
1197             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomies().size() != 2 ) {
1198                 return false;
1199             }
1200             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 0 ).getCommonName().equals( "some parasite" ) ) {
1201                 return false;
1202             }
1203             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getTaxonomy( 1 ).getCommonName().equals( "the host" ) ) {
1204                 return false;
1205             }
1206             if ( t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequences().size() != 2 ) {
1207                 return false;
1208             }
1209             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 0 ).getMolecularSequence()
1210                     .startsWith( "actgtgggggt" ) ) {
1211                 return false;
1212             }
1213             if ( !t2_rt.getNode( "node a" ).getNodeData().getSequence( 1 ).getMolecularSequence()
1214                     .startsWith( "ctgtgatgcat" ) ) {
1215                 return false;
1216             }
1217             final StringBuffer t3_sb_0 = new StringBuffer( phylogenies_0[ 2 ].toPhyloXML( 0 ) );
1218             final Phylogeny[] phylogenies_1_0 = factory.create( t3_sb_0, xml_parser );
1219             final StringBuffer t3_sb = new StringBuffer( phylogenies_1_0[ 0 ].toPhyloXML( 0 ) );
1220             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( t3_sb, xml_parser );
1221             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1222                 return false;
1223             }
1224             final Phylogeny t3_rt = phylogenies_1[ 0 ];
1225             if ( !t3_rt.getName().equals( "t3" ) ) {
1226                 return false;
1227             }
1228             if ( t3_rt.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1229                 return false;
1230             }
1231             if ( !t3_rt.getIdentifier().getValue().equals( "1-1" ) ) {
1232                 return false;
1233             }
1234             if ( !t3_rt.getIdentifier().getProvider().equals( "treebank" ) ) {
1235                 return false;
1236             }
1237             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getType().equals( "protein" ) ) {
1238                 return false;
1239             }
1240             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getName()
1241                     .equals( "Apoptosis facilitator Bcl-2-like 14 protein" ) ) {
1242                 return false;
1243             }
1244             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( "BCL2L14" ) ) {
1245                 return false;
1246             }
1247             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "Q9BZR8" ) ) {
1248                 return false;
1249             }
1250             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
1251                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1252                 return false;
1253             }
1254             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1255                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1256                 return false;
1257             }
1258             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getRef()
1259                     .equals( "GO:0006915" ) ) {
1260                 return false;
1261             }
1262             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getSource()
1263                     .equals( "UniProtKB" ) ) {
1264                 return false;
1265             }
1266             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getEvidence()
1267                     .equals( "experimental" ) ) {
1268                 return false;
1269             }
1270             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getType()
1271                     .equals( "function" ) ) {
1272                 return false;
1273             }
1274             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1275                     .getValue() != 1 ) {
1276                 return false;
1277             }
1278             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getConfidence()
1279                     .getType().equals( "ml" ) ) {
1280                 return false;
1281             }
1282             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getDesc()
1283                     .equals( "apoptosis" ) ) {
1284                 return false;
1285             }
1286             if ( ( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1287                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getAppliesTo() != AppliesTo.ANNOTATION ) {
1288                 return false;
1289             }
1290             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1291                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getDataType().equals( "xsd:double" ) ) {
1292                 return false;
1293             }
1294             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1295                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getRef().equals( "AFFY:expression" ) ) {
1296                 return false;
1297             }
1298             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1299                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getUnit().equals( "AFFY:x" ) ) {
1300                 return false;
1301             }
1302             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1303                     .getProperty( "AFFY:expression" ).getValue().equals( "0.2" ) ) {
1304                 return false;
1305             }
1306             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 1 ) ).getProperties()
1307                     .getProperty( "MED:disease" ).getValue().equals( "lymphoma" ) ) {
1308                 return false;
1309             }
1310             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 ) ).getRef()
1311                     .equals( "GO:0005829" ) ) {
1312                 return false;
1313             }
1314             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getAnnotation( 2 ) ).getDesc()
1315                     .equals( "intracellular organelle" ) ) {
1316                 return false;
1317             }
1318             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getType().equals( "source" ) ) ) {
1319                 return false;
1320             }
1321             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getUri( 0 ).getDescription()
1322                     .equals( "UniProt link" ) ) ) {
1323                 return false;
1324             }
1325             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getSequence().getLocation().equals( "12p13-p12" ) ) ) {
1326                 return false;
1327             }
1328             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDoi().equals( "10.1038/387489a0" ) ) ) {
1329                 return false;
1330             }
1331             if ( !( t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getReference().getDescription()
1332                     .equals( "Aguinaldo, A. M. A.; J. M. Turbeville, L. S. Linford, M. C. Rivera, J. R. Garey, R. A. Raff, & J. A. Lake (1997). \"Evidence for a clade of nematodes, arthropods and other moulting animals\". Nature 387 (6632): 489–493." ) ) ) {
1333                 return false;
1334             }
1335             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( "ECDYS" ) ) {
1336                 return false;
1337             }
1338             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ecdysozoa" ) ) {
1339                 return false;
1340             }
1341             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "molting animals" ) ) {
1342                 return false;
1343             }
1344             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "1" ) ) {
1345                 return false;
1346             }
1347             if ( !t3_rt.getNode( "root node" ).getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider()
1348                     .equals( "ncbi" ) ) {
1349                 return false;
1350             }
1351             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getTotalLength() != 124 ) {
1352                 return false;
1353             }
1354             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1355                     .getName().equals( "B" ) ) {
1356                 return false;
1357             }
1358             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1359                     .getFrom() != 21 ) {
1360                 return false;
1361             }
1362             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getTo() != 44 ) {
1363                 return false;
1364             }
1365             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1366                     .getLength() != 24 ) {
1367                 return false;
1368             }
1369             if ( t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 )
1370                     .getConfidence() != 2144 ) {
1371                 return false;
1372             }
1373             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture().getDomain( 0 ).getId()
1374                     .equals( "pfam" ) ) {
1375                 return false;
1376             }
1377             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 3 ) {
1378                 return false;
1379             }
1380             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1381                 return false;
1382             }
1383             if ( t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 1 ) {
1384                 return false;
1385             }
1386             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "domains" ) ) {
1387                 return false;
1388             }
1389             final Taxonomy taxbb = t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getTaxonomy();
1390             if ( !taxbb.getAuthority().equals( "Stephenson, 1935" ) ) {
1391                 return false;
1392             }
1393             if ( !taxbb.getCommonName().equals( "starlet sea anemone" ) ) {
1394                 return false;
1395             }
1396             if ( !taxbb.getIdentifier().getProvider().equals( "EOL" ) ) {
1397                 return false;
1398             }
1399             if ( !taxbb.getIdentifier().getValue().equals( "704294" ) ) {
1400                 return false;
1401             }
1402             if ( !taxbb.getTaxonomyCode().equals( "NEMVE" ) ) {
1403                 return false;
1404             }
1405             if ( !taxbb.getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
1406                 return false;
1407             }
1408             if ( taxbb.getSynonyms().size() != 2 ) {
1409                 return false;
1410             }
1411             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "Nematostella vectensis Stephenson1935" ) ) {
1412                 return false;
1413             }
1414             if ( !taxbb.getSynonyms().contains( "See Anemone" ) ) {
1415                 return false;
1416             }
1417             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getDescription().equals( "EOL" ) ) {
1418                 return false;
1419             }
1420             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getType().equals( "linkout" ) ) {
1421                 return false;
1422             }
1423             if ( !taxbb.getUri( 0 ).getValue().toString().equals( "http://www.eol.org/pages/704294" ) ) {
1424                 return false;
1425             }
1426             if ( ( ( BinaryCharacters ) t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getBinaryCharacters().copy() )
1427                     .getLostCount() != BinaryCharacters.COUNT_DEFAULT ) {
1428                 ;
1429                 return false;
1430             }
1431             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount() != 1 ) {
1432                 return false;
1433             }
1434             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCharacters().size() != 1 ) {
1435                 return false;
1436             }
1437             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() != 3 ) {
1438                 return false;
1439             }
1440             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCharacters().size() != 3 ) {
1441                 return false;
1442             }
1443             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount() != 2 ) {
1444                 return false;
1445             }
1446             if ( t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharacters().size() != 2 ) {
1447                 return false;
1448             }
1449             if ( !t3_rt.getNode( "node b" ).getNodeData().getBinaryCharacters().getType().equals( "characters" ) ) {
1450                 return false;
1451             }
1452             //
1453             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Silurian" ) ) {
1454                 return false;
1455             }
1456             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1457                     .equalsIgnoreCase( "435" ) ) {
1458                 return false;
1459             }
1460             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMin().toPlainString().equalsIgnoreCase( "416" ) ) {
1461                 return false;
1462             }
1463             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getMax().toPlainString()
1464                     .equalsIgnoreCase( "443.7" ) ) {
1465                 return false;
1466             }
1467             if ( !t3_rt.getNode( "node ba" ).getNodeData().getDate().getUnit().equals( "mya" ) ) {
1468                 return false;
1469             }
1470             if ( !t3_rt.getNode( "node bb" ).getNodeData().getDate().getDesc().equals( "Triassic" ) ) {
1471                 return false;
1472             }
1473             if ( !t3_rt.getNode( "node bc" ).getNodeData().getDate().getValue().toPlainString()
1474                     .equalsIgnoreCase( "433" ) ) {
1475                 return false;
1476             }
1477         }
1478         catch ( final Exception e ) {
1479             e.printStackTrace( System.out );
1480             return false;
1481         }
1482         return true;
1483     }
1484
1485     private static boolean testBasicPhyloXMLparsingValidating() {
1486         try {
1487             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1488             PhyloXmlParser xml_parser = null;
1489             try {
1490                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
1491             }
1492             catch ( final Exception e ) {
1493                 // Do nothing -- means were not running from jar.
1494             }
1495             if ( xml_parser == null ) {
1496                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
1497                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
1498                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
1499                 }
1500                 else {
1501                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
1502                 }
1503             }
1504             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml",
1505                                                               xml_parser );
1506             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1507                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1508                 return false;
1509             }
1510             if ( phylogenies_0.length != 4 ) {
1511                 return false;
1512             }
1513             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1514             final Phylogeny t2 = phylogenies_0[ 1 ];
1515             final Phylogeny t3 = phylogenies_0[ 2 ];
1516             final Phylogeny t4 = phylogenies_0[ 3 ];
1517             if ( !t1.getName().equals( "t1" ) ) {
1518                 return false;
1519             }
1520             if ( !t2.getName().equals( "t2" ) ) {
1521                 return false;
1522             }
1523             if ( !t3.getName().equals( "t3" ) ) {
1524                 return false;
1525             }
1526             if ( !t4.getName().equals( "t4" ) ) {
1527                 return false;
1528             }
1529             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1530                 return false;
1531             }
1532             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1533                 return false;
1534             }
1535             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1536                 return false;
1537             }
1538             final String x2 = Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t1.xml";
1539             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( x2, xml_parser );
1540             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1541                 System.out.println( "errors:" );
1542                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1543                 return false;
1544             }
1545             if ( phylogenies_1.length != 4 ) {
1546                 return false;
1547             }
1548             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t3.xml",
1549                                                               xml_parser );
1550             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1551                 System.out.println( "errors:" );
1552                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1553                 return false;
1554             }
1555             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1556                 return false;
1557             }
1558             if ( phylogenies_2[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
1559                 return false;
1560             }
1561             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_test_t4.xml",
1562                                                               xml_parser );
1563             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1564                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1565                 return false;
1566             }
1567             if ( phylogenies_3.length != 2 ) {
1568                 return false;
1569             }
1570             final Phylogeny a = phylogenies_3[ 0 ];
1571             if ( !a.getName().equals( "tree 4" ) ) {
1572                 return false;
1573             }
1574             if ( a.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
1575                 return false;
1576             }
1577             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getSequence().getName().equals( "b1 gene" ) ) {
1578                 return false;
1579             }
1580             if ( !a.getNode( "node b1" ).getNodeData().getTaxonomy().getCommonName().equals( "b1 species" ) ) {
1581                 return false;
1582             }
1583             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "special_characters.xml",
1584                                                               xml_parser );
1585             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
1586                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
1587                 return false;
1588             }
1589             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1590                 return false;
1591             }
1592             final Phylogeny s = phylogenies_4[ 0 ];
1593             if ( s.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
1594                 return false;
1595             }
1596             s.getNode( "first" );
1597             s.getNode( "<>" );
1598             s.getNode( "\"<a'b&c'd\">\"" );
1599             s.getNode( "'''\"" );
1600             s.getNode( "\"\"\"" );
1601             s.getNode( "dick & doof" );
1602         }
1603         catch ( final Exception e ) {
1604             e.printStackTrace( System.out );
1605             return false;
1606         }
1607         return true;
1608     }
1609
1610     private static boolean testBasicTable() {
1611         try {
1612             final BasicTable<String> t0 = new BasicTable<String>();
1613             if ( t0.getNumberOfColumns() != 0 ) {
1614                 return false;
1615             }
1616             if ( t0.getNumberOfRows() != 0 ) {
1617                 return false;
1618             }
1619             t0.setValue( 3, 2, "23" );
1620             t0.setValue( 10, 1, "error" );
1621             t0.setValue( 10, 1, "110" );
1622             t0.setValue( 9, 1, "19" );
1623             t0.setValue( 1, 10, "101" );
1624             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
1625             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
1626             t0.setValue( 0, 0, "00" );
1627             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
1628                 return false;
1629             }
1630             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
1631                 return false;
1632             }
1633             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
1634                 return false;
1635             }
1636             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
1637                 return false;
1638             }
1639             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
1640                 return false;
1641             }
1642             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
1643                 return false;
1644             }
1645             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1646                 return false;
1647             }
1648             if ( t0.getNumberOfColumns() != 101 ) {
1649                 return false;
1650             }
1651             if ( t0.getNumberOfRows() != 11 ) {
1652                 return false;
1653             }
1654             if ( t0.getValueAsString( 49, 4 ) != null ) {
1655                 return false;
1656             }
1657             final String l = ForesterUtil.getLineSeparator();
1658             final StringBuffer source = new StringBuffer();
1659             source.append( "" + l );
1660             source.append( "# 1 1 1 1 1 1 1 1" + l );
1661             source.append( " 00 01 02 03" + l );
1662             source.append( "   10 11 12 13  " + l );
1663             source.append( "20 21 22 23 " + l );
1664             source.append( "    30  31    32 33" + l );
1665             source.append( "40 41 42 43" + l );
1666             source.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1667             source.append( "50 51 52 53 54" + l );
1668             final BasicTable<String> t1 = BasicTableParser.parse( source.toString(), " " );
1669             if ( t1.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1670                 return false;
1671             }
1672             if ( t1.getNumberOfRows() != 6 ) {
1673                 return false;
1674             }
1675             if ( !t1.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1676                 return false;
1677             }
1678             if ( !t1.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1679                 return false;
1680             }
1681             if ( !t1.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1682                 return false;
1683             }
1684             if ( !t1.getValueAsString( 4, 5 ).equals( "54" ) ) {
1685                 return false;
1686             }
1687             final StringBuffer source1 = new StringBuffer();
1688             source1.append( "" + l );
1689             source1.append( "# 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1690             source1.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1691             source1.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1692             source1.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1693             source1.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1694             source1.append( "40;41;42;43" + l );
1695             source1.append( "  # 1 1 1 1 1 " + l );
1696             source1.append( ";;;50  ;  ;52; 53;;54   " + l );
1697             final BasicTable<String> t2 = BasicTableParser.parse( source1.toString(), ";" );
1698             if ( t2.getNumberOfColumns() != 5 ) {
1699                 return false;
1700             }
1701             if ( t2.getNumberOfRows() != 6 ) {
1702                 return false;
1703             }
1704             if ( !t2.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1705                 return false;
1706             }
1707             if ( !t2.getValueAsString( 1, 0 ).equals( "01" ) ) {
1708                 return false;
1709             }
1710             if ( !t2.getValueAsString( 3, 0 ).equals( "03" ) ) {
1711                 return false;
1712             }
1713             if ( !t2.getValueAsString( 3, 3 ).equals( "33" ) ) {
1714                 return false;
1715             }
1716             if ( !t2.getValueAsString( 3, 5 ).equals( "53" ) ) {
1717                 return false;
1718             }
1719             if ( !t2.getValueAsString( 1, 5 ).equals( "" ) ) {
1720                 return false;
1721             }
1722             final StringBuffer source2 = new StringBuffer();
1723             source2.append( "" + l );
1724             source2.append( "comment: 1; 1; 1; 1 ;1 ;1; 1 ;1;" + l );
1725             source2.append( " 00; 01 ;02;03" + l );
1726             source2.append( "   10; 11; 12; 13  " + l );
1727             source2.append( "20; 21; 22; 23 " + l );
1728             source2.append( "                     " + l );
1729             source2.append( "    30;  31;    32; 33" + l );
1730             source2.append( "40;41;42;43" + l );
1731             source2.append( "  comment: 1 1 1 1 1 " + l );
1732             source2.append( ";;;50  ;   52; 53;;54   " + l );
1733             final List<BasicTable<String>> tl = BasicTableParser.parse( source2.toString(),
1734                                                                         ";",
1735                                                                         false,
1736                                                                         "comment:",
1737                                                                         false );
1738             if ( tl.size() != 2 ) {
1739                 return false;
1740             }
1741             final BasicTable<String> t3 = tl.get( 0 );
1742             final BasicTable<String> t4 = tl.get( 1 );
1743             if ( t3.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1744                 return false;
1745             }
1746             if ( t3.getNumberOfRows() != 3 ) {
1747                 return false;
1748             }
1749             if ( t4.getNumberOfColumns() != 4 ) {
1750                 return false;
1751             }
1752             if ( t4.getNumberOfRows() != 3 ) {
1753                 return false;
1754             }
1755             if ( !t3.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
1756                 return false;
1757             }
1758             if ( !t4.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "30" ) ) {
1759                 return false;
1760             }
1761         }
1762         catch ( final Exception e ) {
1763             e.printStackTrace( System.out );
1764             return false;
1765         }
1766         return true;
1767     }
1768
1769     private static boolean testBasicTolXMLparsing() {
1770         try {
1771             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1772             final TolParser parser = new TolParser();
1773             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2484.tol", parser );
1774             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1775                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1776                 return false;
1777             }
1778             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
1779                 return false;
1780             }
1781             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
1782             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1783                 return false;
1784             }
1785             if ( !t1.isRooted() ) {
1786                 return false;
1787             }
1788             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Mesozoa" ) ) {
1789                 return false;
1790             }
1791             if ( !t1.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2484" ) ) {
1792                 return false;
1793             }
1794             if ( !t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Rhombozoa" ) ) {
1795                 return false;
1796             }
1797             if ( t1.getRoot().getChildNode( 0 ).getNumberOfDescendants() != 3 ) {
1798                 return false;
1799             }
1800             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_2.tol", parser );
1801             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1802                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1803                 return false;
1804             }
1805             if ( phylogenies_1.length != 1 ) {
1806                 return false;
1807             }
1808             final Phylogeny t2 = phylogenies_1[ 0 ];
1809             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 664 ) {
1810                 return false;
1811             }
1812             if ( !t2.isRooted() ) {
1813                 return false;
1814             }
1815             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Eubacteria" ) ) {
1816                 return false;
1817             }
1818             if ( !t2.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "2" ) ) {
1819                 return false;
1820             }
1821             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1822                 return false;
1823             }
1824             if ( t2.getRoot().getNumberOfDescendants() != 24 ) {
1825                 return false;
1826             }
1827             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Aquificae" ) ) {
1828                 return false;
1829             }
1830             if ( !t2.getRoot().getChildNode( 0 ).getChildNode( 0 ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName()
1831                     .equals( "Aquifex" ) ) {
1832                 return false;
1833             }
1834             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_5.tol", parser );
1835             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1836                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1837                 return false;
1838             }
1839             if ( phylogenies_2.length != 1 ) {
1840                 return false;
1841             }
1842             final Phylogeny t3 = phylogenies_2[ 0 ];
1843             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 184 ) {
1844                 return false;
1845             }
1846             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Viruses" ) ) {
1847                 return false;
1848             }
1849             if ( !t3.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "5" ) ) {
1850                 return false;
1851             }
1852             if ( t3.getRoot().getNumberOfDescendants() != 6 ) {
1853                 return false;
1854             }
1855             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_4567.tol", parser );
1856             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1857                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1858                 return false;
1859             }
1860             if ( phylogenies_3.length != 1 ) {
1861                 return false;
1862             }
1863             final Phylogeny t4 = phylogenies_3[ 0 ];
1864             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
1865                 return false;
1866             }
1867             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Marpissa decorata" ) ) {
1868                 return false;
1869             }
1870             if ( !t4.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "4567" ) ) {
1871                 return false;
1872             }
1873             if ( t4.getRoot().getNumberOfDescendants() != 0 ) {
1874                 return false;
1875             }
1876             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "tol_16299.tol", parser );
1877             if ( parser.getErrorCount() > 0 ) {
1878                 System.out.println( parser.getErrorMessages().toString() );
1879                 return false;
1880             }
1881             if ( phylogenies_4.length != 1 ) {
1882                 return false;
1883             }
1884             final Phylogeny t5 = phylogenies_4[ 0 ];
1885             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 13 ) {
1886                 return false;
1887             }
1888             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "Hominidae" ) ) {
1889                 return false;
1890             }
1891             if ( !t5.getRoot().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().equals( "16299" ) ) {
1892                 return false;
1893             }
1894             if ( t5.getRoot().getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1895                 return false;
1896             }
1897         }
1898         catch ( final Exception e ) {
1899             e.printStackTrace( System.out );
1900             return false;
1901         }
1902         return true;
1903     }
1904
1905     private static boolean testBasicTreeMethods() {
1906         try {
1907             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1908             final Phylogeny t1 = factory.create();
1909             if ( !t1.isEmpty() ) {
1910                 return false;
1911             }
1912             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1,(C:3,D:5)CD:3)ABCD:0.5", new NHXParser() )[ 0 ];
1913             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
1914                 return false;
1915             }
1916             if ( t2.getHeight() != 8.5 ) {
1917                 return false;
1918             }
1919             if ( !t2.isCompletelyBinary() ) {
1920                 return false;
1921             }
1922             if ( t2.isEmpty() ) {
1923                 return false;
1924             }
1925             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3)", new NHXParser() )[ 0 ];
1926             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
1927                 return false;
1928             }
1929             if ( t3.getHeight() != 11 ) {
1930                 return false;
1931             }
1932             if ( t3.isCompletelyBinary() ) {
1933                 return false;
1934             }
1935             final PhylogenyNode n = t3.getNode( "ABC" );
1936             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A:1,B:2,C:10)ABC:1,(D:3,E:5)DE:3,(F,G,H,I))", new NHXParser() )[ 0 ];
1937             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
1938                 return false;
1939             }
1940             if ( t4.getHeight() != 11 ) {
1941                 return false;
1942             }
1943             if ( t4.isCompletelyBinary() ) {
1944                 return false;
1945             }
1946             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1947             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
1948             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
1949                 return false;
1950             }
1951             if ( t5.getHeight() != 15 ) {
1952                 return false;
1953             }
1954             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "(X,Y,Z,(((A111)A11:2)A1:2,(X,Y,Z,A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:3,D:8)" );
1955             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
1956             if ( t6.getHeight() != 15 ) {
1957                 return false;
1958             }
1959             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "(((A11:2)A1:2,(A21:1,A22:2,A23)A2:11,A3:2)A:2,B:10,C:15,D:8)" );
1960             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
1961             if ( t7.getHeight() != 15 ) {
1962                 return false;
1963             }
1964             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "(((A11:11)A1:2,(A21:2,A22:2,A23,A24,AA:)A2:11,A3:2)A:2,B:15,C:15,D:15)" );
1965             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
1966             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
1967                 return false;
1968             }
1969             if ( t8.getHeight() != 15 ) {
1970                 return false;
1971             }
1972             final char[] a9 = new char[] {};
1973             final Phylogeny t9 = factory.create( a9, new NHXParser() )[ 0 ];
1974             if ( t9.getHeight() != 0 ) {
1975                 return false;
1976             }
1977             final char[] a10 = new char[] { 'a', ':', '6' };
1978             final Phylogeny t10 = factory.create( a10, new NHXParser() )[ 0 ];
1979             if ( t10.getHeight() != 6 ) {
1980                 return false;
1981             }
1982         }
1983         catch ( final Exception e ) {
1984             e.printStackTrace( System.out );
1985             return false;
1986         }
1987         return true;
1988     }
1989
1990     private static boolean testConfidenceAssessor() {
1991         try {
1992             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
1993             final Phylogeny t0 = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
1994             final Phylogeny[] ev0 = factory
1995                     .create( "((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);((((A,B),C),D),E);",
1996                              new NHXParser() );
1997             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev0, t0, false, 1, 0, 2 );
1998             if ( !isEqual( t0.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
1999                 return false;
2000             }
2001             if ( !isEqual( t0.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 3 ) ) {
2002                 return false;
2003             }
2004             final Phylogeny t1 = factory.create( "((((A,B)ab[&&NHX:B=50],C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2005             final Phylogeny[] ev1 = factory
2006                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2007                              new NHXParser() );
2008             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1, t1, false, 1 );
2009             if ( !isEqual( t1.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 1 ).getValue(), 7 ) ) {
2010                 return false;
2011             }
2012             if ( !isEqual( t1.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2013                 return false;
2014             }
2015             final Phylogeny t_b = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2016             final Phylogeny[] ev_b = factory
2017                     .create( "((A,C),X);((A,X),C);(A,C);((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2018                              new NHXParser() );
2019             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_b, t_b, false, 1 );
2020             // Archaeopteryx.createApplication( t_b ); //TODO use me again me working here...
2021             if ( !isEqual( t_b.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 4 ) ) {
2022                 return false;
2023             }
2024             if ( !isEqual( t_b.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2025                 return false;
2026             }
2027             //
2028             final Phylogeny t1x = factory.create( "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2029             final Phylogeny[] ev1x = factory
2030                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));",
2031                              new NHXParser() );
2032             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev1x, t1x, true, 1 );
2033             if ( !isEqual( t1x.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2034                 return false;
2035             }
2036             if ( !isEqual( t1x.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 7 ) ) {
2037                 return false;
2038             }
2039             final Phylogeny t_bx = factory.create( "((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcde", new NHXParser() )[ 0 ];
2040             final Phylogeny[] ev_bx = factory
2041                     .create( "((((A,B),C),D),E);((A,B),((E,D),C));(((A,B),C),(E,D));(A,(((E,D),C),B));(B,(A,((E,D),C)));(C,((E,D),(A,B)));(D,(E,((A,B),C)));((((A,C)ac,D)acd,E)acde,B)abcd",
2042                              new NHXParser() );
2043             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev_bx, t_bx, true, 1 );
2044             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "ac" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2045                 return false;
2046             }
2047             if ( !isEqual( t_bx.getNode( "acd" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2048                 return false;
2049             }
2050             //
2051             final Phylogeny[] t2 = factory
2052                     .create( "((((a,b),c),d),e);(((a,b),c),(d,e));(((((a,b),c),d),e),f);((((a,b),c),(d,e)),f);(((a,b),c),d,e);((a,b,c),d,e);",
2053                              new NHXParser() );
2054             final Phylogeny[] ev2 = factory
2055                     .create( "((((a,b),c),d),e);((((a,b),c),d),e);((((a,b),e),d),c);((((a,b),e),d),c);(((a,b),(c,d)),e);((a,b),x);((a,b),(x,y));(a,b);(a,e);(a,b,c);",
2056                              new NHXParser() );
2057             for( final Phylogeny target : t2 ) {
2058                 ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev2, target, false, 1 );
2059             }
2060             //
2061             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,G)abcdefg",
2062                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
2063             final Phylogeny[] ev4 = factory.create( "(((A,B),C),(X,Y));((F,G),((A,B,C),(D,E)))", new NHXParser() );
2064             ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", ev4, t4, false, 1 );
2065             if ( !isEqual( t4.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2066                 return false;
2067             }
2068             if ( !isEqual( t4.getNode( "abc" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 2 ) ) {
2069                 return false;
2070             }
2071             if ( !isEqual( t4.getNode( "abcde" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 1 ) ) {
2072                 return false;
2073             }
2074         }
2075         catch ( final Exception e ) {
2076             e.printStackTrace();
2077             return false;
2078         }
2079         return true;
2080     }
2081
2082     private static boolean testCopyOfNodeData() {
2083         try {
2084             final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
2085                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
2086             final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
2087             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
2088                 return false;
2089             }
2090         }
2091         catch ( final Exception e ) {
2092             e.printStackTrace();
2093             return false;
2094         }
2095         return true;
2096     }
2097
2098     private static boolean testDataObjects() {
2099         try {
2100             final Confidence s0 = new Confidence();
2101             final Confidence s1 = new Confidence();
2102             if ( !s0.isEqual( s1 ) ) {
2103                 return false;
2104             }
2105             final Confidence s2 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2106             final Confidence s3 = new Confidence( 0.23, "bootstrap" );
2107             if ( s2.isEqual( s1 ) ) {
2108                 return false;
2109             }
2110             if ( !s2.isEqual( s3 ) ) {
2111                 return false;
2112             }
2113             final Confidence s4 = ( Confidence ) s3.copy();
2114             if ( !s4.isEqual( s3 ) ) {
2115                 return false;
2116             }
2117             s3.asSimpleText();
2118             s3.asText();
2119             // Taxonomy
2120             // ----------
2121             final Taxonomy t1 = new Taxonomy();
2122             final Taxonomy t2 = new Taxonomy();
2123             final Taxonomy t3 = new Taxonomy();
2124             final Taxonomy t4 = new Taxonomy();
2125             final Taxonomy t5 = new Taxonomy();
2126             t1.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2127             t1.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2128             t1.setScientificName( "E. coli" );
2129             t1.setCommonName( "coli" );
2130             final Taxonomy t0 = ( Taxonomy ) t1.copy();
2131             if ( !t1.isEqual( t0 ) ) {
2132                 return false;
2133             }
2134             t2.setIdentifier( new Identifier( "ecoli" ) );
2135             t2.setTaxonomyCode( "OTHER" );
2136             t2.setScientificName( "what" );
2137             t2.setCommonName( "something" );
2138             if ( !t1.isEqual( t2 ) ) {
2139                 return false;
2140             }
2141             t2.setIdentifier( new Identifier( "nemve" ) );
2142             if ( t1.isEqual( t2 ) ) {
2143                 return false;
2144             }
2145             t1.setIdentifier( null );
2146             t3.setTaxonomyCode( "ECOLI" );
2147             t3.setScientificName( "what" );
2148             t3.setCommonName( "something" );
2149             if ( !t1.isEqual( t3 ) ) {
2150                 return false;
2151             }
2152             t1.setIdentifier( null );
2153             t1.setTaxonomyCode( "" );
2154             t4.setScientificName( "E. ColI" );
2155             t4.setCommonName( "something" );
2156             if ( !t1.isEqual( t4 ) ) {
2157                 return false;
2158             }
2159             t4.setScientificName( "B. subtilis" );
2160             t4.setCommonName( "something" );
2161             if ( t1.isEqual( t4 ) ) {
2162                 return false;
2163             }
2164             t1.setIdentifier( null );
2165             t1.setTaxonomyCode( "" );
2166             t1.setScientificName( "" );
2167             t5.setCommonName( "COLI" );
2168             if ( !t1.isEqual( t5 ) ) {
2169                 return false;
2170             }
2171             t5.setCommonName( "vibrio" );
2172             if ( t1.isEqual( t5 ) ) {
2173                 return false;
2174             }
2175             // Identifier
2176             // ----------
2177             final Identifier id0 = new Identifier( "123", "pfam" );
2178             final Identifier id1 = ( Identifier ) id0.copy();
2179             if ( !id1.isEqual( id1 ) ) {
2180                 return false;
2181             }
2182             if ( !id1.isEqual( id0 ) ) {
2183                 return false;
2184             }
2185             if ( !id0.isEqual( id1 ) ) {
2186                 return false;
2187             }
2188             id1.asSimpleText();
2189             id1.asText();
2190             // ProteinDomain
2191             // ---------------
2192             final ProteinDomain pd0 = new ProteinDomain( "abc", 100, 200 );
2193             final ProteinDomain pd1 = ( ProteinDomain ) pd0.copy();
2194             if ( !pd1.isEqual( pd1 ) ) {
2195                 return false;
2196             }
2197             if ( !pd1.isEqual( pd0 ) ) {
2198                 return false;
2199             }
2200             pd1.asSimpleText();
2201             pd1.asText();
2202             final ProteinDomain pd2 = new ProteinDomain( pd0.getName(), pd0.getFrom(), pd0.getTo(), "id" );
2203             final ProteinDomain pd3 = ( ProteinDomain ) pd2.copy();
2204             if ( !pd3.isEqual( pd3 ) ) {
2205                 return false;
2206             }
2207             if ( !pd2.isEqual( pd3 ) ) {
2208                 return false;
2209             }
2210             if ( !pd0.isEqual( pd3 ) ) {
2211                 return false;
2212             }
2213             pd3.asSimpleText();
2214             pd3.asText();
2215             // DomainArchitecture
2216             // ------------------
2217             final ProteinDomain d0 = new ProteinDomain( "domain0", 10, 20 );
2218             final ProteinDomain d1 = new ProteinDomain( "domain1", 30, 40 );
2219             final ProteinDomain d2 = new ProteinDomain( "domain2", 50, 60 );
2220             final ProteinDomain d3 = new ProteinDomain( "domain3", 70, 80 );
2221             final ProteinDomain d4 = new ProteinDomain( "domain4", 90, 100 );
2222             final ArrayList<PhylogenyData> domains0 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2223             domains0.add( d2 );
2224             domains0.add( d0 );
2225             domains0.add( d3 );
2226             domains0.add( d1 );
2227             final DomainArchitecture ds0 = new DomainArchitecture( domains0, 110 );
2228             if ( ds0.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2229                 return false;
2230             }
2231             final DomainArchitecture ds1 = ( DomainArchitecture ) ds0.copy();
2232             if ( !ds0.isEqual( ds0 ) ) {
2233                 return false;
2234             }
2235             if ( !ds0.isEqual( ds1 ) ) {
2236                 return false;
2237             }
2238             if ( ds1.getNumberOfDomains() != 4 ) {
2239                 return false;
2240             }
2241             final ArrayList<PhylogenyData> domains1 = new ArrayList<PhylogenyData>();
2242             domains1.add( d1 );
2243             domains1.add( d2 );
2244             domains1.add( d4 );
2245             domains1.add( d0 );
2246             final DomainArchitecture ds2 = new DomainArchitecture( domains1, 200 );
2247             if ( ds0.isEqual( ds2 ) ) {
2248                 return false;
2249             }
2250             ds1.asSimpleText();
2251             ds1.asText();
2252             ds1.toNHX();
2253             final DomainArchitecture ds3 = new DomainArchitecture( "120>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c>10>20>0.1>a" );
2254             if ( !ds3.toNHX().toString().equals( ":DS=120>10>20>0.1>a>30>40>0.9>b>50>60>0.4>c" ) ) {
2255                 System.out.println( ds3.toNHX() );
2256                 return false;
2257             }
2258             if ( ds3.getNumberOfDomains() != 3 ) {
2259                 return false;
2260             }
2261             // Event
2262             // -----
2263             final Event e1 = new Event( Event.EventType.fusion );
2264             if ( e1.isDuplication() ) {
2265                 return false;
2266             }
2267             if ( !e1.isFusion() ) {
2268                 return false;
2269             }
2270             if ( !e1.asText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2271                 return false;
2272             }
2273             if ( !e1.asSimpleText().toString().equals( "fusion" ) ) {
2274                 return false;
2275             }
2276             final Event e11 = new Event( Event.EventType.fusion );
2277             if ( !e11.isEqual( e1 ) ) {
2278                 return false;
2279             }
2280             if ( !e11.toNHX().toString().equals( "" ) ) {
2281                 return false;
2282             }
2283             final Event e2 = new Event( Event.EventType.speciation_or_duplication );
2284             if ( e2.isDuplication() ) {
2285                 return false;
2286             }
2287             if ( !e2.isSpeciationOrDuplication() ) {
2288                 return false;
2289             }
2290             if ( !e2.asText().toString().equals( "speciation_or_duplication" ) ) {
2291                 return false;
2292             }
2293             if ( !e2.asSimpleText().toString().equals( "?" ) ) {
2294                 return false;
2295             }
2296             if ( !e2.toNHX().toString().equals( ":D=?" ) ) {
2297                 return false;
2298             }
2299             if ( e11.isEqual( e2 ) ) {
2300                 return false;
2301             }
2302             final Event e2c = ( Event ) e2.copy();
2303             if ( !e2c.isEqual( e2 ) ) {
2304                 return false;
2305             }
2306             Event e3 = new Event( 1, 2, 3 );
2307             if ( e3.isDuplication() ) {
2308                 return false;
2309             }
2310             if ( e3.isSpeciation() ) {
2311                 return false;
2312             }
2313             if ( e3.isGeneLoss() ) {
2314                 return false;
2315             }
2316             if ( !e3.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2317                 return false;
2318             }
2319             final Event e3c = ( Event ) e3.copy();
2320             final Event e3cc = ( Event ) e3c.copy();
2321             if ( !e3c.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2322                 return false;
2323             }
2324             e3 = null;
2325             if ( !e3c.isEqual( e3cc ) ) {
2326                 return false;
2327             }
2328             Event e4 = new Event( 1, 2, 3 );
2329             if ( !e4.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2330                 return false;
2331             }
2332             if ( !e4.asSimpleText().toString().equals( "D2S3L" ) ) {
2333                 return false;
2334             }
2335             final Event e4c = ( Event ) e4.copy();
2336             e4 = null;
2337             final Event e4cc = ( Event ) e4c.copy();
2338             if ( !e4cc.asText().toString().equals( "duplications [1] speciations [2] gene-losses [3]" ) ) {
2339                 return false;
2340             }
2341             if ( !e4c.isEqual( e4cc ) ) {
2342                 return false;
2343             }
2344             final Event e5 = new Event();
2345             if ( !e5.isUnassigned() ) {
2346                 return false;
2347             }
2348             if ( !e5.asText().toString().equals( "unassigned" ) ) {
2349                 return false;
2350             }
2351             if ( !e5.asSimpleText().toString().equals( "" ) ) {
2352                 return false;
2353             }
2354             final Event e6 = new Event( 1, 0, 0 );
2355             if ( !e6.asText().toString().equals( "duplication" ) ) {
2356                 return false;
2357             }
2358             if ( !e6.asSimpleText().toString().equals( "D" ) ) {
2359                 return false;
2360             }
2361             final Event e7 = new Event( 0, 1, 0 );
2362             if ( !e7.asText().toString().equals( "speciation" ) ) {
2363                 return false;
2364             }
2365             if ( !e7.asSimpleText().toString().equals( "S" ) ) {
2366                 return false;
2367             }
2368             final Event e8 = new Event( 0, 0, 1 );
2369             if ( !e8.asText().toString().equals( "gene-loss" ) ) {
2370                 return false;
2371             }
2372             if ( !e8.asSimpleText().toString().equals( "L" ) ) {
2373                 return false;
2374             }
2375         }
2376         catch ( final Exception e ) {
2377             e.printStackTrace( System.out );
2378             return false;
2379         }
2380         return true;
2381     }
2382
2383     private static boolean testDeletionOfExternalNodes() {
2384         try {
2385             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2386             final Phylogeny t0 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
2387             final PhylogenyWriter w = new PhylogenyWriter();
2388             if ( t0.isEmpty() ) {
2389                 return false;
2390             }
2391             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2392                 return false;
2393             }
2394             t0.deleteSubtree( t0.getNode( "A" ), false );
2395             if ( t0.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2396                 return false;
2397             }
2398             if ( !t0.isEmpty() ) {
2399                 return false;
2400             }
2401             final Phylogeny t1 = factory.create( "(A,B)r", new NHXParser() )[ 0 ];
2402             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2403                 return false;
2404             }
2405             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
2406             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2407                 return false;
2408             }
2409             if ( !t1.getNode( "B" ).getName().equals( "B" ) ) {
2410                 return false;
2411             }
2412             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
2413             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2414                 return false;
2415             }
2416             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
2417             if ( !t1.isEmpty() ) {
2418                 return false;
2419             }
2420             final Phylogeny t2 = factory.create( "((A,B),C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2421             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2422                 return false;
2423             }
2424             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "B" ), false );
2425             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2426                 return false;
2427             }
2428             t2.toNewHampshireX();
2429             PhylogenyNode n = t2.getNode( "A" );
2430             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2431                 return false;
2432             }
2433             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
2434             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2435                 return false;
2436             }
2437             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "C" ), true );
2438             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2439                 return false;
2440             }
2441             final Phylogeny t3 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2442             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2443                 return false;
2444             }
2445             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "B" ), true );
2446             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2447                 return false;
2448             }
2449             n = t3.getNode( "A" );
2450             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "C" ) ) {
2451                 return false;
2452             }
2453             n = n.getNextExternalNode();
2454             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2455                 return false;
2456             }
2457             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "A" ), true );
2458             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2459                 return false;
2460             }
2461             n = t3.getNode( "C" );
2462             if ( !n.getNextExternalNode().getName().equals( "D" ) ) {
2463                 return false;
2464             }
2465             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "C" ), true );
2466             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2467                 return false;
2468             }
2469             t3.deleteSubtree( t3.getNode( "D" ), true );
2470             if ( t3.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
2471                 return false;
2472             }
2473             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2474             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2475                 return false;
2476             }
2477             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B2" ), true );
2478             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2479                 return false;
2480             }
2481             String s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2482             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2483                 return false;
2484             }
2485             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "B11" ), true );
2486             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2487                 return false;
2488             }
2489             t4.deleteSubtree( t4.getNode( "C" ), true );
2490             if ( t4.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2491                 return false;
2492             }
2493             n = t4.getNode( "A" );
2494             n = n.getNextExternalNode();
2495             if ( !n.getName().equals( "B12" ) ) {
2496                 return false;
2497             }
2498             n = n.getNextExternalNode();
2499             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2500                 return false;
2501             }
2502             s = w.toNewHampshire( t4, false, true ).toString();
2503             if ( !s.equals( "((A,B12),D);" ) ) {
2504                 return false;
2505             }
2506             final Phylogeny t5 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2507             t5.deleteSubtree( t5.getNode( "A" ), true );
2508             if ( t5.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2509                 return false;
2510             }
2511             s = w.toNewHampshire( t5, false, true ).toString();
2512             if ( !s.equals( "(((B11,B12),B2),(C,D));" ) ) {
2513                 return false;
2514             }
2515             final Phylogeny t6 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2516             t6.deleteSubtree( t6.getNode( "B11" ), true );
2517             if ( t6.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2518                 return false;
2519             }
2520             s = w.toNewHampshire( t6, false, false ).toString();
2521             if ( !s.equals( "((A,(B12,B2)),(C,D));" ) ) {
2522                 return false;
2523             }
2524             final Phylogeny t7 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2525             t7.deleteSubtree( t7.getNode( "B12" ), true );
2526             if ( t7.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2527                 return false;
2528             }
2529             s = w.toNewHampshire( t7, false, true ).toString();
2530             if ( !s.equals( "((A,(B11,B2)),(C,D));" ) ) {
2531                 return false;
2532             }
2533             final Phylogeny t8 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2534             t8.deleteSubtree( t8.getNode( "B2" ), true );
2535             if ( t8.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2536                 return false;
2537             }
2538             s = w.toNewHampshire( t8, false, false ).toString();
2539             if ( !s.equals( "((A,(B11,B12)),(C,D));" ) ) {
2540                 return false;
2541             }
2542             final Phylogeny t9 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2543             t9.deleteSubtree( t9.getNode( "C" ), true );
2544             if ( t9.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2545                 return false;
2546             }
2547             s = w.toNewHampshire( t9, false, true ).toString();
2548             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),D);" ) ) {
2549                 return false;
2550             }
2551             final Phylogeny t10 = factory.create( "((A,((B11,B12),B2)),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2552             t10.deleteSubtree( t10.getNode( "D" ), true );
2553             if ( t10.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2554                 return false;
2555             }
2556             s = w.toNewHampshire( t10, false, true ).toString();
2557             if ( !s.equals( "((A,((B11,B12),B2)),C);" ) ) {
2558                 return false;
2559             }
2560             final Phylogeny t11 = factory.create( "(A,B,C)", new NHXParser() )[ 0 ];
2561             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "A" ), true );
2562             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2563                 return false;
2564             }
2565             s = w.toNewHampshire( t11, false, true ).toString();
2566             if ( !s.equals( "(B,C);" ) ) {
2567                 return false;
2568             }
2569             t11.deleteSubtree( t11.getNode( "C" ), true );
2570             if ( t11.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
2571                 return false;
2572             }
2573             s = w.toNewHampshire( t11, false, false ).toString();
2574             if ( !s.equals( "B;" ) ) {
2575                 return false;
2576             }
2577             final Phylogeny t12 = factory.create( "((A1,A2,A3),(B1,B2,B3),(C1,C2,C3))", new NHXParser() )[ 0 ];
2578             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B2" ), true );
2579             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2580                 return false;
2581             }
2582             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2583             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),(B1,B3),(C1,C2,C3));" ) ) {
2584                 return false;
2585             }
2586             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B3" ), true );
2587             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2588                 return false;
2589             }
2590             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2591             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2,C3));" ) ) {
2592                 return false;
2593             }
2594             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "C3" ), true );
2595             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2596                 return false;
2597             }
2598             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2599             if ( !s.equals( "((A1,A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2600                 return false;
2601             }
2602             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A1" ), true );
2603             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2604                 return false;
2605             }
2606             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2607             if ( !s.equals( "((A2,A3),B1,(C1,C2));" ) ) {
2608                 return false;
2609             }
2610             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "B1" ), true );
2611             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2612                 return false;
2613             }
2614             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2615             if ( !s.equals( "((A2,A3),(C1,C2));" ) ) {
2616                 return false;
2617             }
2618             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A3" ), true );
2619             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
2620                 return false;
2621             }
2622             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2623             if ( !s.equals( "(A2,(C1,C2));" ) ) {
2624                 return false;
2625             }
2626             t12.deleteSubtree( t12.getNode( "A2" ), true );
2627             if ( t12.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
2628                 return false;
2629             }
2630             s = w.toNewHampshire( t12, false, true ).toString();
2631             if ( !s.equals( "(C1,C2);" ) ) {
2632                 return false;
2633             }
2634             final Phylogeny t13 = factory.create( "(A,B,C,(D:1.0,E:2.0):3.0)", new NHXParser() )[ 0 ];
2635             t13.deleteSubtree( t13.getNode( "D" ), true );
2636             if ( t13.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
2637                 return false;
2638             }
2639             s = w.toNewHampshire( t13, false, true ).toString();
2640             if ( !s.equals( "(A,B,C,E:5.0);" ) ) {
2641                 return false;
2642             }
2643             final Phylogeny t14 = factory.create( "((A,B,C,(D:0.1,E:0.4):1.0),F)", new NHXParser() )[ 0 ];
2644             t14.deleteSubtree( t14.getNode( "E" ), true );
2645             if ( t14.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
2646                 return false;
2647             }
2648             s = w.toNewHampshire( t14, false, true ).toString();
2649             if ( !s.equals( "((A,B,C,D:1.1),F);" ) ) {
2650                 return false;
2651             }
2652             final Phylogeny t15 = factory.create( "((A1,A2,A3,A4),(B1,B2,B3,B4),(C1,C2,C3,C4))", new NHXParser() )[ 0 ];
2653             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B2" ), true );
2654             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 11 ) {
2655                 return false;
2656             }
2657             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B1" ), true );
2658             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
2659                 return false;
2660             }
2661             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B3" ), true );
2662             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
2663                 return false;
2664             }
2665             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "B4" ), true );
2666             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 8 ) {
2667                 return false;
2668             }
2669             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "A1" ), true );
2670             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
2671                 return false;
2672             }
2673             t15.deleteSubtree( t15.getNode( "C4" ), true );
2674             if ( t15.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
2675                 return false;
2676             }
2677         }
2678         catch ( final Exception e ) {
2679             e.printStackTrace( System.out );
2680             return false;
2681         }
2682         return true;
2683     }
2684
2685     private static boolean testDescriptiveStatistics() {
2686         try {
2687             final DescriptiveStatistics dss1 = new BasicDescriptiveStatistics();
2688             dss1.addValue( 82 );
2689             dss1.addValue( 78 );
2690             dss1.addValue( 70 );
2691             dss1.addValue( 58 );
2692             dss1.addValue( 42 );
2693             if ( dss1.getN() != 5 ) {
2694                 return false;
2695             }
2696             if ( !Test.isEqual( dss1.getMin(), 42 ) ) {
2697                 return false;
2698             }
2699             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 82 ) ) {
2700                 return false;
2701             }
2702             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 66 ) ) {
2703                 return false;
2704             }
2705             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardDeviation(), 16.24807680927192 ) ) {
2706                 return false;
2707             }
2708             if ( !Test.isEqual( dss1.median(), 70 ) ) {
2709                 return false;
2710             }
2711             if ( !Test.isEqual( dss1.midrange(), 62 ) ) {
2712                 return false;
2713             }
2714             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleVariance(), 264 ) ) {
2715                 return false;
2716             }
2717             if ( !Test.isEqual( dss1.pearsonianSkewness(), -0.7385489458759964 ) ) {
2718                 return false;
2719             }
2720             if ( !Test.isEqual( dss1.coefficientOfVariation(), 0.24618298195866547 ) ) {
2721                 return false;
2722             }
2723             if ( !Test.isEqual( dss1.sampleStandardUnit( 66 - 16.24807680927192 ), -1.0 ) ) {
2724                 return false;
2725             }
2726             if ( !Test.isEqual( dss1.getValue( 1 ), 78 ) ) {
2727                 return false;
2728             }
2729             dss1.addValue( 123 );
2730             if ( !Test.isEqual( dss1.arithmeticMean(), 75.5 ) ) {
2731                 return false;
2732             }
2733             if ( !Test.isEqual( dss1.getMax(), 123 ) ) {
2734                 return false;
2735             }
2736             if ( !Test.isEqual( dss1.standardErrorOfMean(), 11.200446419674531 ) ) {
2737                 return false;
2738             }
2739             final DescriptiveStatistics dss2 = new BasicDescriptiveStatistics();
2740             dss2.addValue( -1.85 );
2741             dss2.addValue( 57.5 );
2742             dss2.addValue( 92.78 );
2743             dss2.addValue( 57.78 );
2744             if ( !Test.isEqual( dss2.median(), 57.64 ) ) {
2745                 return false;
2746             }
2747             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 39.266984753946495 ) ) {
2748                 return false;
2749             }
2750             final double[] a = dss2.getDataAsDoubleArray();
2751             if ( !Test.isEqual( a[ 3 ], 57.78 ) ) {
2752                 return false;
2753             }
2754             dss2.addValue( -100 );
2755             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleStandardDeviation(), 75.829111296388 ) ) {
2756                 return false;
2757             }
2758             if ( !Test.isEqual( dss2.sampleVariance(), 5750.05412 ) ) {
2759                 return false;
2760             }
2761             final double[] ds = new double[ 14 ];
2762             ds[ 0 ] = 34;
2763             ds[ 1 ] = 23;
2764             ds[ 2 ] = 1;
2765             ds[ 3 ] = 32;
2766             ds[ 4 ] = 11;
2767             ds[ 5 ] = 2;
2768             ds[ 6 ] = 12;
2769             ds[ 7 ] = 33;
2770             ds[ 8 ] = 13;
2771             ds[ 9 ] = 22;
2772             ds[ 10 ] = 21;
2773             ds[ 11 ] = 35;
2774             ds[ 12 ] = 24;
2775             ds[ 13 ] = 31;
2776             final int[] bins = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds, 0, 40, 4 );
2777             if ( bins.length != 4 ) {
2778                 return false;
2779             }
2780             if ( bins[ 0 ] != 2 ) {
2781                 return false;
2782             }
2783             if ( bins[ 1 ] != 3 ) {
2784                 return false;
2785             }
2786             if ( bins[ 2 ] != 4 ) {
2787                 return false;
2788             }
2789             if ( bins[ 3 ] != 5 ) {
2790                 return false;
2791             }
2792             final double[] ds1 = new double[ 9 ];
2793             ds1[ 0 ] = 10.0;
2794             ds1[ 1 ] = 19.0;
2795             ds1[ 2 ] = 9.999;
2796             ds1[ 3 ] = 0.0;
2797             ds1[ 4 ] = 39.9;
2798             ds1[ 5 ] = 39.999;
2799             ds1[ 6 ] = 30.0;
2800             ds1[ 7 ] = 19.999;
2801             ds1[ 8 ] = 30.1;
2802             final int[] bins1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 4 );
2803             if ( bins1.length != 4 ) {
2804                 return false;
2805             }
2806             if ( bins1[ 0 ] != 2 ) {
2807                 return false;
2808             }
2809             if ( bins1[ 1 ] != 3 ) {
2810                 return false;
2811             }
2812             if ( bins1[ 2 ] != 0 ) {
2813                 return false;
2814             }
2815             if ( bins1[ 3 ] != 4 ) {
2816                 return false;
2817             }
2818             final int[] bins1_1 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 0, 40, 3 );
2819             if ( bins1_1.length != 3 ) {
2820                 return false;
2821             }
2822             if ( bins1_1[ 0 ] != 3 ) {
2823                 return false;
2824             }
2825             if ( bins1_1[ 1 ] != 2 ) {
2826                 return false;
2827             }
2828             if ( bins1_1[ 2 ] != 4 ) {
2829                 return false;
2830             }
2831             final int[] bins1_2 = BasicDescriptiveStatistics.performBinning( ds1, 1, 39, 3 );
2832             if ( bins1_2.length != 3 ) {
2833                 return false;
2834             }
2835             if ( bins1_2[ 0 ] != 2 ) {
2836                 return false;
2837             }
2838             if ( bins1_2[ 1 ] != 2 ) {
2839                 return false;
2840             }
2841             if ( bins1_2[ 2 ] != 2 ) {
2842                 return false;
2843             }
2844             final DescriptiveStatistics dss3 = new BasicDescriptiveStatistics();
2845             dss3.addValue( 1 );
2846             dss3.addValue( 1 );
2847             dss3.addValue( 1 );
2848             dss3.addValue( 2 );
2849             dss3.addValue( 3 );
2850             dss3.addValue( 4 );
2851             dss3.addValue( 5 );
2852             dss3.addValue( 5 );
2853             dss3.addValue( 5 );
2854             dss3.addValue( 6 );
2855             dss3.addValue( 7 );
2856             dss3.addValue( 8 );
2857             dss3.addValue( 9 );
2858             dss3.addValue( 10 );
2859             dss3.addValue( 10 );
2860             dss3.addValue( 10 );
2861             final AsciiHistogram histo = new AsciiHistogram( dss3 );
2862             histo.toStringBuffer( 10, '=', 40, 5 );
2863             histo.toStringBuffer( 3, 8, 10, '=', 40, 5, null );
2864         }
2865         catch ( final Exception e ) {
2866             e.printStackTrace( System.out );
2867             return false;
2868         }
2869         return true;
2870     }
2871
2872     private static boolean testDir( final String file ) {
2873         try {
2874             final File f = new File( file );
2875             if ( !f.exists() ) {
2876                 return false;
2877             }
2878             if ( !f.isDirectory() ) {
2879                 return false;
2880             }
2881             if ( !f.canRead() ) {
2882                 return false;
2883             }
2884         }
2885         catch ( final Exception e ) {
2886             return false;
2887         }
2888         return true;
2889     }
2890
2891     private static boolean testExternalNodeRelatedMethods() {
2892         try {
2893             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
2894             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2895             PhylogenyNode n = t1.getNode( "A" );
2896             n = n.getNextExternalNode();
2897             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2898                 return false;
2899             }
2900             n = n.getNextExternalNode();
2901             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2902                 return false;
2903             }
2904             n = n.getNextExternalNode();
2905             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2906                 return false;
2907             }
2908             n = t1.getNode( "B" );
2909             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2910                 n = n.getNextExternalNode();
2911             }
2912             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A,B),C),D)", new NHXParser() )[ 0 ];
2913             n = t2.getNode( "A" );
2914             n = n.getNextExternalNode();
2915             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2916                 return false;
2917             }
2918             n = n.getNextExternalNode();
2919             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2920                 return false;
2921             }
2922             n = n.getNextExternalNode();
2923             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2924                 return false;
2925             }
2926             n = t2.getNode( "B" );
2927             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2928                 n = n.getNextExternalNode();
2929             }
2930             final Phylogeny t3 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2931             n = t3.getNode( "A" );
2932             n = n.getNextExternalNode();
2933             if ( !n.getName().equals( "B" ) ) {
2934                 return false;
2935             }
2936             n = n.getNextExternalNode();
2937             if ( !n.getName().equals( "C" ) ) {
2938                 return false;
2939             }
2940             n = n.getNextExternalNode();
2941             if ( !n.getName().equals( "D" ) ) {
2942                 return false;
2943             }
2944             n = n.getNextExternalNode();
2945             if ( !n.getName().equals( "E" ) ) {
2946                 return false;
2947             }
2948             n = n.getNextExternalNode();
2949             if ( !n.getName().equals( "F" ) ) {
2950                 return false;
2951             }
2952             n = n.getNextExternalNode();
2953             if ( !n.getName().equals( "G" ) ) {
2954                 return false;
2955             }
2956             n = n.getNextExternalNode();
2957             if ( !n.getName().equals( "H" ) ) {
2958                 return false;
2959             }
2960             n = t3.getNode( "B" );
2961             while ( !n.isLastExternalNode() ) {
2962                 n = n.getNextExternalNode();
2963             }
2964             final Phylogeny t4 = factory.create( "((A,B),(C,D))", new NHXParser() )[ 0 ];
2965             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t4.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2966                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2967             }
2968             final Phylogeny t5 = factory.create( "(((A,B),(C,D)),((E,F),(G,H)))", new NHXParser() )[ 0 ];
2969             for( final PhylogenyNodeIterator iter = t5.iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
2970                 final PhylogenyNode node = iter.next();
2971             }
2972         }
2973         catch ( final Exception e ) {
2974             e.printStackTrace( System.out );
2975             return false;
2976         }
2977         return true;
2978     }
2979
2980     private static boolean testGeneralTable() {
2981         try {
2982             final GeneralTable<Integer, String> t0 = new GeneralTable<Integer, String>();
2983             t0.setValue( 3, 2, "23" );
2984             t0.setValue( 10, 1, "error" );
2985             t0.setValue( 10, 1, "110" );
2986             t0.setValue( 9, 1, "19" );
2987             t0.setValue( 1, 10, "101" );
2988             t0.setValue( 10, 10, "1010" );
2989             t0.setValue( 100, 10, "10100" );
2990             t0.setValue( 0, 0, "00" );
2991             if ( !t0.getValue( 3, 2 ).equals( "23" ) ) {
2992                 return false;
2993             }
2994             if ( !t0.getValue( 10, 1 ).equals( "110" ) ) {
2995                 return false;
2996             }
2997             if ( !t0.getValueAsString( 1, 10 ).equals( "101" ) ) {
2998                 return false;
2999             }
3000             if ( !t0.getValueAsString( 10, 10 ).equals( "1010" ) ) {
3001                 return false;
3002             }
3003             if ( !t0.getValueAsString( 100, 10 ).equals( "10100" ) ) {
3004                 return false;
3005             }
3006             if ( !t0.getValueAsString( 9, 1 ).equals( "19" ) ) {
3007                 return false;
3008             }
3009             if ( !t0.getValueAsString( 0, 0 ).equals( "00" ) ) {
3010                 return false;
3011             }
3012             if ( !t0.getValueAsString( 49, 4 ).equals( "" ) ) {
3013                 return false;
3014             }
3015             if ( !t0.getValueAsString( 22349, 3434344 ).equals( "" ) ) {
3016                 return false;
3017             }
3018             final GeneralTable<String, String> t1 = new GeneralTable<String, String>();
3019             t1.setValue( "3", "2", "23" );
3020             t1.setValue( "10", "1", "error" );
3021             t1.setValue( "10", "1", "110" );
3022             t1.setValue( "9", "1", "19" );
3023             t1.setValue( "1", "10", "101" );
3024             t1.setValue( "10", "10", "1010" );
3025             t1.setValue( "100", "10", "10100" );
3026             t1.setValue( "0", "0", "00" );
3027             t1.setValue( "qwerty", "zxcvbnm", "asdef" );
3028             if ( !t1.getValue( "3", "2" ).equals( "23" ) ) {
3029                 return false;
3030             }
3031             if ( !t1.getValue( "10", "1" ).equals( "110" ) ) {
3032                 return false;
3033             }
3034             if ( !t1.getValueAsString( "1", "10" ).equals( "101" ) ) {
3035                 return false;
3036             }
3037             if ( !t1.getValueAsString( "10", "10" ).equals( "1010" ) ) {
3038                 return false;
3039             }
3040             if ( !t1.getValueAsString( "100", "10" ).equals( "10100" ) ) {
3041                 return false;
3042             }
3043             if ( !t1.getValueAsString( "9", "1" ).equals( "19" ) ) {
3044                 return false;
3045             }
3046             if ( !t1.getValueAsString( "0", "0" ).equals( "00" ) ) {
3047                 return false;
3048             }
3049             if ( !t1.getValueAsString( "qwerty", "zxcvbnm" ).equals( "asdef" ) ) {
3050                 return false;
3051             }
3052             if ( !t1.getValueAsString( "49", "4" ).equals( "" ) ) {
3053                 return false;
3054             }
3055             if ( !t1.getValueAsString( "22349", "3434344" ).equals( "" ) ) {
3056                 return false;
3057             }
3058         }
3059         catch ( final Exception e ) {
3060             e.printStackTrace( System.out );
3061             return false;
3062         }
3063         return true;
3064     }
3065
3066     private static boolean testGetDistance() {
3067         try {
3068             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3069             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A:1,B:2,X:100)ab:3,C:4)abc:5,(D:7,(E:9,F:10)ef:8)def:6)r",
3070                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3071             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3072             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "C" ) ) != 0 ) {
3073                 return false;
3074             }
3075             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "def" ) ) != 0 ) {
3076                 return false;
3077             }
3078             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 0 ) {
3079                 return false;
3080             }
3081             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3082                 return false;
3083             }
3084             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) ) != 0 ) {
3085                 return false;
3086             }
3087             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) ) != 3 ) {
3088                 return false;
3089             }
3090             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) ) != 3 ) {
3091                 return false;
3092             }
3093             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) ) != 8 ) {
3094                 return false;
3095             }
3096             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) ) != 8 ) {
3097                 return false;
3098             }
3099             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) ) != 22 ) {
3100                 return false;
3101             }
3102             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) ) != 32 ) {
3103                 return false;
3104             }
3105             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) ) != 32 ) {
3106                 return false;
3107             }
3108             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) ) != 33 ) {
3109                 return false;
3110             }
3111             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) ) != 33 ) {
3112                 return false;
3113             }
3114             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 1 ) {
3115                 return false;
3116             }
3117             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "A" ) ) != 1 ) {
3118                 return false;
3119             }
3120             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
3121                 return false;
3122             }
3123             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "abc" ), p1.getNode( "A" ) ) != 4 ) {
3124                 return false;
3125             }
3126             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "r" ) ) != 9 ) {
3127                 return false;
3128             }
3129             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "r" ), p1.getNode( "A" ) ) != 9 ) {
3130                 return false;
3131             }
3132             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "def" ) ) != 15 ) {
3133                 return false;
3134             }
3135             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "A" ) ) != 15 ) {
3136                 return false;
3137             }
3138             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 23 ) {
3139                 return false;
3140             }
3141             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "A" ) ) != 23 ) {
3142                 return false;
3143             }
3144             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "def" ) ) != 8 ) {
3145                 return false;
3146             }
3147             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 8 ) {
3148                 return false;
3149             }
3150             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "r" ) ) != 14 ) {
3151                 return false;
3152             }
3153             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 19 ) {
3154                 return false;
3155             }
3156             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ef" ), p1.getNode( "ab" ) ) != 22 ) {
3157                 return false;
3158             }
3159             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "ef" ) ) != 22 ) {
3160                 return false;
3161             }
3162             if ( pm.calculateDistance( p1.getNode( "def" ), p1.getNode( "abc" ) ) != 11 ) {
3163                 return false;
3164             }
3165             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A:4,B:5,C:6)abc:1,(D:7,E:8,F:9)def:2,(G:10,H:11,I:12)ghi:3)r",
3166                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3167             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "B" ) ) != 9 ) {
3168                 return false;
3169             }
3170             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "C" ) ) != 10 ) {
3171                 return false;
3172             }
3173             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "D" ) ) != 14 ) {
3174                 return false;
3175             }
3176             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 8 ) {
3177                 return false;
3178             }
3179             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "A" ), p2.getNode( "I" ) ) != 20 ) {
3180                 return false;
3181             }
3182             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "ghi" ) ) != 10 ) {
3183                 return false;
3184             }
3185             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "r" ) ) != 0 ) {
3186                 return false;
3187             }
3188             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "r" ), p2.getNode( "G" ) ) != 13 ) {
3189                 return false;
3190             }
3191             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "r" ) ) != 13 ) {
3192                 return false;
3193             }
3194             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "H" ) ) != 21 ) {
3195                 return false;
3196             }
3197             if ( pm.calculateDistance( p2.getNode( "G" ), p2.getNode( "I" ) ) != 22 ) {
3198                 return false;
3199             }
3200         }
3201         catch ( final Exception e ) {
3202             e.printStackTrace( System.out );
3203             return false;
3204         }
3205         return true;
3206     }
3207
3208     private static boolean testGetLCA() {
3209         try {
3210             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3211             final Phylogeny p1 = factory.create( "((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde,F)abcdef,(G,H)gh)abcdefgh",
3212                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3213             final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
3214             final PhylogenyNode A = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "A" ) );
3215             if ( !A.getName().equals( "A" ) ) {
3216                 return false;
3217             }
3218             final PhylogenyNode gh = pm.obtainLCA( p1.getNode( "gh" ), p1.getNode( "gh" ) );
3219             if ( !gh.getName().equals( "gh" ) ) {
3220                 return false;
3221             }
3222             final PhylogenyNode ab = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "B" ) );
3223             if ( !ab.getName().equals( "ab" ) ) {
3224                 return false;
3225             }
3226             final PhylogenyNode ab2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "A" ) );
3227             if ( !ab2.getName().equals( "ab" ) ) {
3228                 return false;
3229             }
3230             final PhylogenyNode gh2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "G" ) );
3231             if ( !gh2.getName().equals( "gh" ) ) {
3232                 return false;
3233             }
3234             final PhylogenyNode gh3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "G" ), p1.getNode( "H" ) );
3235             if ( !gh3.getName().equals( "gh" ) ) {
3236                 return false;
3237             }
3238             final PhylogenyNode abc = pm.obtainLCA( p1.getNode( "C" ), p1.getNode( "A" ) );
3239             if ( !abc.getName().equals( "abc" ) ) {
3240                 return false;
3241             }
3242             final PhylogenyNode abc2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "C" ) );
3243             if ( !abc2.getName().equals( "abc" ) ) {
3244                 return false;
3245             }
3246             final PhylogenyNode abcd = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "D" ) );
3247             if ( !abcd.getName().equals( "abcd" ) ) {
3248                 return false;
3249             }
3250             final PhylogenyNode abcd2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "D" ), p1.getNode( "A" ) );
3251             if ( !abcd2.getName().equals( "abcd" ) ) {
3252                 return false;
3253             }
3254             final PhylogenyNode abcdef = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "F" ) );
3255             if ( !abcdef.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3256                 return false;
3257             }
3258             final PhylogenyNode abcdef2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "A" ) );
3259             if ( !abcdef2.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3260                 return false;
3261             }
3262             final PhylogenyNode abcdef3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "F" ) );
3263             if ( !abcdef3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3264                 return false;
3265             }
3266             final PhylogenyNode abcdef4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "F" ), p1.getNode( "ab" ) );
3267             if ( !abcdef4.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3268                 return false;
3269             }
3270             final PhylogenyNode abcde = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "E" ) );
3271             if ( !abcde.getName().equals( "abcde" ) ) {
3272                 return false;
3273             }
3274             final PhylogenyNode abcde2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "A" ) );
3275             if ( !abcde2.getName().equals( "abcde" ) ) {
3276                 return false;
3277             }
3278             final PhylogenyNode r = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcdefgh" ), p1.getNode( "abcdefgh" ) );
3279             if ( !r.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3280                 return false;
3281             }
3282             final PhylogenyNode r2 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "A" ), p1.getNode( "H" ) );
3283             if ( !r2.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3284                 return false;
3285             }
3286             final PhylogenyNode r3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "H" ), p1.getNode( "A" ) );
3287             if ( !r3.getName().equals( "abcdefgh" ) ) {
3288                 return false;
3289             }
3290             final PhylogenyNode abcde3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "E" ), p1.getNode( "abcde" ) );
3291             if ( !abcde3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3292                 return false;
3293             }
3294             final PhylogenyNode abcde4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "abcde" ), p1.getNode( "E" ) );
3295             if ( !abcde4.getName().equals( "abcde" ) ) {
3296                 return false;
3297             }
3298             final PhylogenyNode ab3 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "ab" ), p1.getNode( "B" ) );
3299             if ( !ab3.getName().equals( "ab" ) ) {
3300                 return false;
3301             }
3302             final PhylogenyNode ab4 = pm.obtainLCA( p1.getNode( "B" ), p1.getNode( "ab" ) );
3303             if ( !ab4.getName().equals( "ab" ) ) {
3304                 return false;
3305             }
3306             final Phylogeny p2 = factory.create( "(a,b,(((c,d)cd,e)cde,f)cdef)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3307             final PhylogenyNode cd = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "d" ) );
3308             if ( !cd.getName().equals( "cd" ) ) {
3309                 return false;
3310             }
3311             final PhylogenyNode cd2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "c" ) );
3312             if ( !cd2.getName().equals( "cd" ) ) {
3313                 return false;
3314             }
3315             final PhylogenyNode cde = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "e" ) );
3316             if ( !cde.getName().equals( "cde" ) ) {
3317                 return false;
3318             }
3319             final PhylogenyNode cde2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "e" ), p2.getNode( "c" ) );
3320             if ( !cde2.getName().equals( "cde" ) ) {
3321                 return false;
3322             }
3323             final PhylogenyNode cdef = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "f" ) );
3324             if ( !cdef.getName().equals( "cdef" ) ) {
3325                 return false;
3326             }
3327             final PhylogenyNode cdef2 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "d" ), p2.getNode( "f" ) );
3328             if ( !cdef2.getName().equals( "cdef" ) ) {
3329                 return false;
3330             }
3331             final PhylogenyNode cdef3 = pm.obtainLCA( p2.getNode( "f" ), p2.getNode( "d" ) );
3332             if ( !cdef3.getName().equals( "cdef" ) ) {
3333                 return false;
3334             }
3335             final PhylogenyNode rt = pm.obtainLCA( p2.getNode( "c" ), p2.getNode( "a" ) );
3336             if ( !rt.getName().equals( "r" ) ) {
3337                 return false;
3338             }
3339             final Phylogeny p3 = factory
3340                     .create( "((((a,(b,c)bc)abc,(d,e)de)abcde,f)abcdef,(((g,h)gh,(i,j)ij)ghij,k)ghijk,l)",
3341                              new NHXParser() )[ 0 ];
3342             final PhylogenyNode bc_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "b" ), p3.getNode( "c" ) );
3343             if ( !bc_3.getName().equals( "bc" ) ) {
3344                 return false;
3345             }
3346             final PhylogenyNode ac_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "c" ) );
3347             if ( !ac_3.getName().equals( "abc" ) ) {
3348                 return false;
3349             }
3350             final PhylogenyNode ad_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "d" ) );
3351             if ( !ad_3.getName().equals( "abcde" ) ) {
3352                 return false;
3353             }
3354             final PhylogenyNode af_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "f" ) );
3355             if ( !af_3.getName().equals( "abcdef" ) ) {
3356                 return false;
3357             }
3358             final PhylogenyNode ag_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "g" ) );
3359             if ( !ag_3.getName().equals( "" ) ) {
3360                 return false;
3361             }
3362             if ( !ag_3.isRoot() ) {
3363                 return false;
3364             }
3365             final PhylogenyNode al_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "a" ), p3.getNode( "l" ) );
3366             if ( !al_3.getName().equals( "" ) ) {
3367                 return false;
3368             }
3369             if ( !al_3.isRoot() ) {
3370                 return false;
3371             }
3372             final PhylogenyNode kl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "k" ), p3.getNode( "l" ) );
3373             if ( !kl_3.getName().equals( "" ) ) {
3374                 return false;
3375             }
3376             if ( !kl_3.isRoot() ) {
3377                 return false;
3378             }
3379             final PhylogenyNode fl_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "f" ), p3.getNode( "l" ) );
3380             if ( !fl_3.getName().equals( "" ) ) {
3381                 return false;
3382             }
3383             if ( !fl_3.isRoot() ) {
3384                 return false;
3385             }
3386             final PhylogenyNode gk_3 = pm.obtainLCA( p3.getNode( "g" ), p3.getNode( "k" ) );
3387             if ( !gk_3.getName().equals( "ghijk" ) ) {
3388                 return false;
3389             }
3390             final Phylogeny p4 = factory.create( "(a,b,c)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3391             final PhylogenyNode r_4 = pm.obtainLCA( p4.getNode( "b" ), p4.getNode( "c" ) );
3392             if ( !r_4.getName().equals( "r" ) ) {
3393                 return false;
3394             }
3395             final Phylogeny p5 = factory.create( "((a,b),c,d)root", new NHXParser() )[ 0 ];
3396             final PhylogenyNode r_5 = pm.obtainLCA( p5.getNode( "a" ), p5.getNode( "c" ) );
3397             if ( !r_5.getName().equals( "root" ) ) {
3398                 return false;
3399             }
3400             final Phylogeny p6 = factory.create( "((a,b),c,d)rot", new NHXParser() )[ 0 ];
3401             final PhylogenyNode r_6 = pm.obtainLCA( p6.getNode( "c" ), p6.getNode( "a" ) );
3402             if ( !r_6.getName().equals( "rot" ) ) {
3403                 return false;
3404             }
3405             final Phylogeny p7 = factory.create( "(((a,b)x,c)x,d,e)rott", new NHXParser() )[ 0 ];
3406             final PhylogenyNode r_7 = pm.obtainLCA( p7.getNode( "a" ), p7.getNode( "e" ) );
3407             if ( !r_7.getName().equals( "rott" ) ) {
3408                 return false;
3409             }
3410         }
3411         catch ( final Exception e ) {
3412             e.printStackTrace( System.out );
3413             return false;
3414         }
3415         return true;
3416     }
3417
3418     private static boolean testHmmscanOutputParser() {
3419         final String test_dir = Test.PATH_TO_TEST_DATA;
3420         try {
3421             final HmmscanPerDomainTableParser parser1 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3422                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_1" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3423             parser1.parse();
3424             final HmmscanPerDomainTableParser parser2 = new HmmscanPerDomainTableParser( new File( test_dir
3425                     + ForesterUtil.getFileSeparator() + "hmmscan30b3_output_2" ), "MONBR", INDIVIDUAL_SCORE_CUTOFF.NONE );
3426             final List<Protein> proteins = parser2.parse();
3427             if ( parser2.getProteinsEncountered() != 4 ) {
3428                 return false;
3429             }
3430             if ( proteins.size() != 4 ) {
3431                 return false;
3432             }
3433             if ( parser2.getDomainsEncountered() != 69 ) {
3434                 return false;
3435             }
3436             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToDuf() != 0 ) {
3437                 return false;
3438             }
3439             if ( parser2.getDomainsIgnoredDueToEval() != 0 ) {
3440                 return false;
3441             }
3442             final Protein p1 = proteins.get( 0 );
3443             if ( p1.getNumberOfProteinDomains() != 15 ) {
3444                 return false;
3445             }
3446             if ( p1.getLength() != 850 ) {
3447                 return false;
3448             }
3449             final Protein p2 = proteins.get( 1 );
3450             if ( p2.getNumberOfProteinDomains() != 51 ) {
3451                 return false;
3452             }
3453             if ( p2.getLength() != 1291 ) {
3454                 return false;
3455             }
3456             final Protein p3 = proteins.get( 2 );
3457             if ( p3.getNumberOfProteinDomains() != 2 ) {
3458                 return false;
3459             }
3460             final Protein p4 = proteins.get( 3 );
3461             if ( p4.getNumberOfProteinDomains() != 1 ) {
3462                 return false;
3463             }
3464             if ( !p4.getProteinDomain( 0 ).getDomainId().toString().equals( "DNA_pol_B_new" ) ) {
3465                 return false;
3466             }
3467             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getFrom() != 51 ) {
3468                 return false;
3469             }
3470             if ( p4.getProteinDomain( 0 ).getTo() != 395 ) {
3471                 return false;
3472             }
3473             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainEvalue(), 1.2e-39 ) ) {
3474                 return false;
3475             }
3476             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerDomainScore(), 135.7 ) ) {
3477                 return false;
3478             }
3479             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceEvalue(), 8.3e-40 ) ) {
3480                 return false;
3481             }
3482             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getPerSequenceScore(), 136.3 ) ) {
3483                 return false;
3484             }
3485             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getNumber(), 1 ) ) {
3486                 return false;
3487             }
3488             if ( !Test.isEqual( p4.getProteinDomain( 0 ).getTotalCount(), 1 ) ) {
3489                 return false;
3490             }
3491         }
3492         catch ( final Exception e ) {
3493             e.printStackTrace( System.out );
3494             return false;
3495         }
3496         return true;
3497     }
3498
3499     private static boolean testLastExternalNodeMethods() {
3500         try {
3501             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3502             final char[] a0 = { '(', '(', 'A', ',', 'B', ')', ',', '(', 'C', ',', 'D', ')', ')', };
3503             final Phylogeny t0 = factory.create( a0, new NHXParser() )[ 0 ];
3504             final PhylogenyNode n1 = t0.getNode( "A" );
3505             if ( n1.isLastExternalNode() ) {
3506                 return false;
3507             }
3508             final PhylogenyNode n2 = t0.getNode( "B" );
3509             if ( n2.isLastExternalNode() ) {
3510                 return false;
3511             }
3512             final PhylogenyNode n3 = t0.getNode( "C" );
3513             if ( n3.isLastExternalNode() ) {
3514                 return false;
3515             }
3516             final PhylogenyNode n4 = t0.getNode( "D" );
3517             if ( !n4.isLastExternalNode() ) {
3518                 return false;
3519             }
3520         }
3521         catch ( final Exception e ) {
3522             e.printStackTrace( System.out );
3523             return false;
3524         }
3525         return true;
3526     }
3527
3528     private static boolean testLevelOrderIterator() {
3529         try {
3530             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3531             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3532             PhylogenyNodeIterator it0;
3533             for( it0 = t0.iteratorLevelOrder(); it0.hasNext(); ) {
3534                 it0.next();
3535             }
3536             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
3537                 it0.next();
3538             }
3539             final PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorLevelOrder();
3540             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
3541                 return false;
3542             }
3543             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
3544                 return false;
3545             }
3546             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
3547                 return false;
3548             }
3549             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
3550                 return false;
3551             }
3552             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
3553                 return false;
3554             }
3555             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
3556                 return false;
3557             }
3558             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
3559                 return false;
3560             }
3561             if ( it.hasNext() ) {
3562                 return false;
3563             }
3564             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,(a,(X,Y,Z)b)3,4,5,6)A,B,C)abc,(D,E,(f1,(f21)f2,f3)F,G)defg)r",
3565                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3566             PhylogenyNodeIterator it2;
3567             for( it2 = t2.iteratorLevelOrder(); it2.hasNext(); ) {
3568                 it2.next();
3569             }
3570             for( it2.reset(); it2.hasNext(); ) {
3571                 it2.next();
3572             }
3573             final PhylogenyNodeIterator it3 = t2.iteratorLevelOrder();
3574             if ( !it3.next().getName().equals( "r" ) ) {
3575                 return false;
3576             }
3577             if ( !it3.next().getName().equals( "abc" ) ) {
3578                 return false;
3579             }
3580             if ( !it3.next().getName().equals( "defg" ) ) {
3581                 return false;
3582             }
3583             if ( !it3.next().getName().equals( "A" ) ) {
3584                 return false;
3585             }
3586             if ( !it3.next().getName().equals( "B" ) ) {
3587                 return false;
3588             }
3589             if ( !it3.next().getName().equals( "C" ) ) {
3590                 return false;
3591             }
3592             if ( !it3.next().getName().equals( "D" ) ) {
3593                 return false;
3594             }
3595             if ( !it3.next().getName().equals( "E" ) ) {
3596                 return false;
3597             }
3598             if ( !it3.next().getName().equals( "F" ) ) {
3599                 return false;
3600             }
3601             if ( !it3.next().getName().equals( "G" ) ) {
3602                 return false;
3603             }
3604             if ( !it3.next().getName().equals( "1" ) ) {
3605                 return false;
3606             }
3607             if ( !it3.next().getName().equals( "2" ) ) {
3608                 return false;
3609             }
3610             if ( !it3.next().getName().equals( "3" ) ) {
3611                 return false;
3612             }
3613             if ( !it3.next().getName().equals( "4" ) ) {
3614                 return false;
3615             }
3616             if ( !it3.next().getName().equals( "5" ) ) {
3617                 return false;
3618             }
3619             if ( !it3.next().getName().equals( "6" ) ) {
3620                 return false;
3621             }
3622             if ( !it3.next().getName().equals( "f1" ) ) {
3623                 return false;
3624             }
3625             if ( !it3.next().getName().equals( "f2" ) ) {
3626                 return false;
3627             }
3628             if ( !it3.next().getName().equals( "f3" ) ) {
3629                 return false;
3630             }
3631             if ( !it3.next().getName().equals( "a" ) ) {
3632                 return false;
3633             }
3634             if ( !it3.next().getName().equals( "b" ) ) {
3635                 return false;
3636             }
3637             if ( !it3.next().getName().equals( "f21" ) ) {
3638                 return false;
3639             }
3640             if ( !it3.next().getName().equals( "X" ) ) {
3641                 return false;
3642             }
3643             if ( !it3.next().getName().equals( "Y" ) ) {
3644                 return false;
3645             }
3646             if ( !it3.next().getName().equals( "Z" ) ) {
3647                 return false;
3648             }
3649             if ( it3.hasNext() ) {
3650                 return false;
3651             }
3652             final Phylogeny t4 = factory.create( "((((D)C)B)A)r", new NHXParser() )[ 0 ];
3653             PhylogenyNodeIterator it4;
3654             for( it4 = t4.iteratorLevelOrder(); it4.hasNext(); ) {
3655                 it4.next();
3656             }
3657             for( it4.reset(); it4.hasNext(); ) {
3658                 it4.next();
3659             }
3660             final PhylogenyNodeIterator it5 = t4.iteratorLevelOrder();
3661             if ( !it5.next().getName().equals( "r" ) ) {
3662                 return false;
3663             }
3664             if ( !it5.next().getName().equals( "A" ) ) {
3665                 return false;
3666             }
3667             if ( !it5.next().getName().equals( "B" ) ) {
3668                 return false;
3669             }
3670             if ( !it5.next().getName().equals( "C" ) ) {
3671                 return false;
3672             }
3673             if ( !it5.next().getName().equals( "D" ) ) {
3674                 return false;
3675             }
3676             final Phylogeny t5 = factory.create( "A", new NHXParser() )[ 0 ];
3677             PhylogenyNodeIterator it6;
3678             for( it6 = t5.iteratorLevelOrder(); it6.hasNext(); ) {
3679                 it6.next();
3680             }
3681             for( it6.reset(); it6.hasNext(); ) {
3682                 it6.next();
3683             }
3684             final PhylogenyNodeIterator it7 = t5.iteratorLevelOrder();
3685             if ( !it7.next().getName().equals( "A" ) ) {
3686                 return false;
3687             }
3688             if ( it.hasNext() ) {
3689                 return false;
3690             }
3691         }
3692         catch ( final Exception e ) {
3693             e.printStackTrace( System.out );
3694             return false;
3695         }
3696         return true;
3697     }
3698
3699     private static boolean testMidpointrooting() {
3700         try {
3701             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3702             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:4)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
3703                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
3704             if ( !t1.isRooted() ) {
3705                 return false;
3706             }
3707             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3708             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3709                 return false;
3710             }
3711             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3712                 return false;
3713             }
3714             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3715                 return false;
3716             }
3717             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3718                 return false;
3719             }
3720             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3721                 return false;
3722             }
3723             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3724                 return false;
3725             }
3726             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
3727             PhylogenyMethods.midpointRoot( t1 );
3728             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3729                 return false;
3730             }
3731             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
3732                 return false;
3733             }
3734             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3735                 return false;
3736             }
3737             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
3738                 return false;
3739             }
3740             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
3741                 return false;
3742             }
3743             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
3744                 return false;
3745             }
3746         }
3747         catch ( final Exception e ) {
3748             e.printStackTrace( System.out );
3749             return false;
3750         }
3751         return true;
3752     }
3753
3754     private static boolean testNexusCharactersParsing() {
3755         try {
3756             final NexusCharactersParser parser = new NexusCharactersParser();
3757             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex" ) );
3758             parser.parse();
3759             String[] labels = parser.getCharStateLabels();
3760             if ( labels.length != 7 ) {
3761                 return false;
3762             }
3763             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3764                 return false;
3765             }
3766             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3767                 return false;
3768             }
3769             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3770                 return false;
3771             }
3772             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3773                 return false;
3774             }
3775             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3776                 return false;
3777             }
3778             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3779                 return false;
3780             }
3781             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3782                 return false;
3783             }
3784             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3785             parser.parse();
3786             labels = parser.getCharStateLabels();
3787             if ( labels.length != 7 ) {
3788                 return false;
3789             }
3790             if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3791                 return false;
3792             }
3793             if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3794                 return false;
3795             }
3796             if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3797                 return false;
3798             }
3799             if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3800                 return false;
3801             }
3802             if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3803                 return false;
3804             }
3805             if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3806                 return false;
3807             }
3808             if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3809                 return false;
3810             }
3811         }
3812         catch ( final Exception e ) {
3813             e.printStackTrace( System.out );
3814             return false;
3815         }
3816         return true;
3817     }
3818
3819     private static boolean testNexusMatrixParsing() {
3820         try {
3821             final NexusBinaryStatesMatrixParser parser = new NexusBinaryStatesMatrixParser();
3822             parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_9.nex" ) );
3823             parser.parse();
3824             final CharacterStateMatrix<BinaryStates> m = parser.getMatrix();
3825             if ( m.getNumberOfCharacters() != 9 ) {
3826                 return false;
3827             }
3828             if ( m.getNumberOfIdentifiers() != 5 ) {
3829                 return false;
3830             }
3831             if ( m.getState( 0, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3832                 return false;
3833             }
3834             if ( m.getState( 0, 1 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3835                 return false;
3836             }
3837             if ( m.getState( 1, 0 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3838                 return false;
3839             }
3840             if ( m.getState( 2, 0 ) != BinaryStates.ABSENT ) {
3841                 return false;
3842             }
3843             if ( m.getState( 4, 8 ) != BinaryStates.PRESENT ) {
3844                 return false;
3845             }
3846             if ( !m.getIdentifier( 0 ).equals( "MOUSE" ) ) {
3847                 return false;
3848             }
3849             if ( !m.getIdentifier( 4 ).equals( "ARATH" ) ) {
3850                 return false;
3851             }
3852             //            if ( labels.length != 7 ) {
3853             //                return false;
3854             //            }
3855             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3856             //                return false;
3857             //            }
3858             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3859             //                return false;
3860             //            }
3861             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3862             //                return false;
3863             //            }
3864             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3865             //                return false;
3866             //            }
3867             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3868             //                return false;
3869             //            }
3870             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3871             //                return false;
3872             //            }
3873             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3874             //                return false;
3875             //            }
3876             //            parser.setSource( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_8.nex" ) );
3877             //            parser.parse();
3878             //            labels = parser.getCharStateLabels();
3879             //            if ( labels.length != 7 ) {
3880             //                return false;
3881             //            }
3882             //            if ( !labels[ 0 ].equals( "14-3-3" ) ) {
3883             //                return false;
3884             //            }
3885             //            if ( !labels[ 1 ].equals( "2-Hacid_dh" ) ) {
3886             //                return false;
3887             //            }
3888             //            if ( !labels[ 2 ].equals( "2-Hacid_dh_C" ) ) {
3889             //                return false;
3890             //            }
3891             //            if ( !labels[ 3 ].equals( "2-oxoacid_dh" ) ) {
3892             //                return false;
3893             //            }
3894             //            if ( !labels[ 4 ].equals( "2OG-FeII_Oxy" ) ) {
3895             //                return false;
3896             //            }
3897             //            if ( !labels[ 5 ].equals( "3-HAO" ) ) {
3898             //                return false;
3899             //            }
3900             //            if ( !labels[ 6 ].equals( "3_5_exonuc" ) ) {
3901             //                return false;
3902             //            }
3903         }
3904         catch ( final Exception e ) {
3905             e.printStackTrace( System.out );
3906             return false;
3907         }
3908         return true;
3909     }
3910
3911     private static boolean testNexusTreeParsing() {
3912         try {
3913             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
3914             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
3915             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_1.nex", parser );
3916             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3917                 return false;
3918             }
3919             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 25 ) {
3920                 return false;
3921             }
3922             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3923                 return false;
3924             }
3925             phylogenies = null;
3926             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_2.nex", parser );
3927             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3928                 return false;
3929             }
3930             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3931                 return false;
3932             }
3933             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "name" ) ) {
3934                 return false;
3935             }
3936             phylogenies = null;
3937             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_3.nex", parser );
3938             if ( phylogenies.length != 1 ) {
3939                 return false;
3940             }
3941             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3942                 return false;
3943             }
3944             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "" ) ) {
3945                 return false;
3946             }
3947             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
3948                 return false;
3949             }
3950             phylogenies = null;
3951             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_4.nex", parser );
3952             if ( phylogenies.length != 18 ) {
3953                 return false;
3954             }
3955             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3956                 return false;
3957             }
3958             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "tree 0" ) ) {
3959                 return false;
3960             }
3961             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "tree 1" ) ) {
3962                 return false;
3963             }
3964             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
3965                 return false;
3966             }
3967             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3968                 return false;
3969             }
3970             if ( phylogenies[ 3 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3971                 return false;
3972             }
3973             if ( phylogenies[ 4 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3974                 return false;
3975             }
3976             if ( phylogenies[ 5 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3977                 return false;
3978             }
3979             if ( phylogenies[ 6 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3980                 return false;
3981             }
3982             if ( phylogenies[ 7 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3983                 return false;
3984             }
3985             if ( !phylogenies[ 8 ].getName().equals( "tree 8" ) ) {
3986                 return false;
3987             }
3988             if ( phylogenies[ 8 ].isRooted() ) {
3989                 return false;
3990             }
3991             if ( phylogenies[ 8 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
3992                 return false;
3993             }
3994             if ( !phylogenies[ 9 ].getName().equals( "tree 9" ) ) {
3995                 return false;
3996             }
3997             if ( !phylogenies[ 9 ].isRooted() ) {
3998                 return false;
3999             }
4000             if ( phylogenies[ 9 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4001                 return false;
4002             }
4003             if ( !phylogenies[ 10 ].getName().equals( "tree 10" ) ) {
4004                 return false;
4005             }
4006             if ( !phylogenies[ 10 ].isRooted() ) {
4007                 return false;
4008             }
4009             if ( phylogenies[ 10 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4010                 return false;
4011             }
4012             if ( !phylogenies[ 11 ].getName().equals( "tree 11" ) ) {
4013                 return false;
4014             }
4015             if ( phylogenies[ 11 ].isRooted() ) {
4016                 return false;
4017             }
4018             if ( phylogenies[ 11 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4019                 return false;
4020             }
4021             if ( !phylogenies[ 12 ].getName().equals( "tree 12" ) ) {
4022                 return false;
4023             }
4024             if ( !phylogenies[ 12 ].isRooted() ) {
4025                 return false;
4026             }
4027             if ( phylogenies[ 12 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4028                 return false;
4029             }
4030             if ( !phylogenies[ 13 ].getName().equals( "tree 13" ) ) {
4031                 return false;
4032             }
4033             if ( !phylogenies[ 13 ].isRooted() ) {
4034                 return false;
4035             }
4036             if ( phylogenies[ 13 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4037                 return false;
4038             }
4039             if ( !phylogenies[ 14 ].getName().equals( "tree 14" ) ) {
4040                 return false;
4041             }
4042             if ( !phylogenies[ 14 ].isRooted() ) {
4043                 return false;
4044             }
4045             if ( phylogenies[ 14 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4046                 return false;
4047             }
4048             if ( !phylogenies[ 15 ].getName().equals( "tree 15" ) ) {
4049                 return false;
4050             }
4051             if ( phylogenies[ 15 ].isRooted() ) {
4052                 return false;
4053             }
4054             if ( phylogenies[ 15 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4055                 return false;
4056             }
4057             if ( !phylogenies[ 16 ].getName().equals( "tree 16" ) ) {
4058                 return false;
4059             }
4060             if ( !phylogenies[ 16 ].isRooted() ) {
4061                 return false;
4062             }
4063             if ( phylogenies[ 16 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4064                 return false;
4065             }
4066             if ( !phylogenies[ 17 ].getName().equals( "tree 17" ) ) {
4067                 return false;
4068             }
4069             if ( phylogenies[ 17 ].isRooted() ) {
4070                 return false;
4071             }
4072             if ( phylogenies[ 17 ].getNumberOfExternalNodes() != 10 ) {
4073                 return false;
4074             }
4075         }
4076         catch ( final Exception e ) {
4077             e.printStackTrace( System.out );
4078             return false;
4079         }
4080         return true;
4081     }
4082
4083     private static boolean testNexusTreeParsingTranslating() {
4084         try {
4085             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4086             final NexusPhylogeniesParser parser = new NexusPhylogeniesParser();
4087             Phylogeny[] phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_5.nex", parser );
4088             if ( phylogenies.length != 1 ) {
4089                 return false;
4090             }
4091             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4092                 return false;
4093             }
4094             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4095                 return false;
4096             }
4097             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4098                 return false;
4099             }
4100             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4101                 return false;
4102             }
4103             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4104                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4105                 return false;
4106             }
4107             phylogenies = null;
4108             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_6.nex", parser );
4109             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4110                 return false;
4111             }
4112             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4113                 return false;
4114             }
4115             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4116                 return false;
4117             }
4118             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4119                 return false;
4120             }
4121             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4122                 return false;
4123             }
4124             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4125                 return false;
4126             }
4127             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4128                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4129                 return false;
4130             }
4131             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4132                 return false;
4133             }
4134             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4135                 return false;
4136             }
4137             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4138                 return false;
4139             }
4140             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4141                 return false;
4142             }
4143             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4144                 return false;
4145             }
4146             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4147                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4148                 return false;
4149             }
4150             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4151                 return false;
4152             }
4153             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4154                 return false;
4155             }
4156             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4157                 return false;
4158             }
4159             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4160                 return false;
4161             }
4162             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4163                 return false;
4164             }
4165             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4166                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4167                 return false;
4168             }
4169             phylogenies = null;
4170             phylogenies = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "nexus_test_7.nex", parser );
4171             if ( phylogenies.length != 3 ) {
4172                 return false;
4173             }
4174             if ( phylogenies[ 0 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4175                 return false;
4176             }
4177             if ( !phylogenies[ 0 ].getName().equals( "Tree0" ) ) {
4178                 return false;
4179             }
4180             if ( phylogenies[ 0 ].isRooted() ) {
4181                 return false;
4182             }
4183             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4184                 return false;
4185             }
4186             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4187                 return false;
4188             }
4189             if ( !phylogenies[ 0 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4190                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4191                 return false;
4192             }
4193             if ( phylogenies[ 1 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4194                 return false;
4195             }
4196             if ( !phylogenies[ 1 ].getName().equals( "Tree1" ) ) {
4197                 return false;
4198             }
4199             if ( phylogenies[ 1 ].isRooted() ) {
4200                 return false;
4201             }
4202             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4203                 return false;
4204             }
4205             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4206                 return false;
4207             }
4208             if ( !phylogenies[ 1 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4209                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4210                 return false;
4211             }
4212             if ( phylogenies[ 2 ].getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
4213                 return false;
4214             }
4215             if ( !phylogenies[ 2 ].getName().equals( "Tree2" ) ) {
4216                 return false;
4217             }
4218             if ( !phylogenies[ 2 ].isRooted() ) {
4219                 return false;
4220             }
4221             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getName().equals( "Scarabaeus" ) ) {
4222                 return false;
4223             }
4224             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getName().equals( "Drosophila" ) ) {
4225                 return false;
4226             }
4227             if ( !phylogenies[ 2 ].getFirstExternalNode().getNextExternalNode().getNextExternalNode().getName()
4228                     .equals( "Aranaeus" ) ) {
4229                 return false;
4230             }
4231         }
4232         catch ( final Exception e ) {
4233             e.printStackTrace( System.out );
4234             return false;
4235         }
4236         return true;
4237     }
4238
4239     private static boolean testNHParsing() {
4240         try {
4241             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4242             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A,B1)", new NHXParser() )[ 0 ];
4243             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A,B1)" ) ) {
4244                 return false;
4245             }
4246             final NHXParser nhxp = new NHXParser();
4247             nhxp.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
4248             nhxp.setReplaceUnderscores( true );
4249             final Phylogeny uc0 = factory.create( "(A__A_,_B_B)", nhxp )[ 0 ];
4250             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 0 ).getName().equals( "A A " ) ) {
4251                 return false;
4252             }
4253             if ( !uc0.getRoot().getChildNode( 1 ).getName().equals( " B B" ) ) {
4254                 return false;
4255             }
4256             final Phylogeny p1b = factory
4257                     .create( "   \n  \t  \b   \r \f   ; (  \n  \t  \b   \r \f; A ;  \n  \t  \b   \r \f,  \n  \t  \b   \r \f; B ;   \n  \t  \b   \r \f 1  \n  \t  \b   \r \f ;  \n  \t  \b   \r \f );;;;; \n  \t  \b   \r \f;;;  \n  \t  \b   \r \f ",
4258                              new NHXParser() )[ 0 ];
4259             if ( !p1b.toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;1;')" ) ) {
4260                 return false;
4261             }
4262             if ( !p1b.toNewHampshire().equals( "(';A;',';B;1;');" ) ) {
4263                 return false;
4264             }
4265             final Phylogeny p2 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B2)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4266             final Phylogeny p3 = factory.create( new char[] { '(', 'A', ',', 'B', '3', ')' }, new NHXParser() )[ 0 ];
4267             final Phylogeny p4 = factory.create( "(A,B4);", new NHXParser() )[ 0 ];
4268             final Phylogeny p5 = factory.create( new StringBuffer( "(A,B5);" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4269             final Phylogeny[] p7 = factory.create( "(A,B7);(C,D7)", new NHXParser() );
4270             final Phylogeny[] p8 = factory.create( "(A,B8) (C,D8)", new NHXParser() );
4271             final Phylogeny[] p9 = factory.create( "(A,B9)\n(C,D9)", new NHXParser() );
4272             final Phylogeny[] p10 = factory.create( "(A,B10);(C,D10);", new NHXParser() );
4273             final Phylogeny[] p11 = factory.create( "(A,B11);(C,D11) (E,F11)\t(G,H11)", new NHXParser() );
4274             final Phylogeny[] p12 = factory.create( "(A,B12) (C,D12) (E,F12) (G,H12)", new NHXParser() );
4275             final Phylogeny[] p13 = factory.create( " ; (;A; , ; B ; 1  3 ; \n)\t ( \n ;"
4276                                                             + " C ; ,; D;13;);;;;;;(;E;,;F;13 ;) ; "
4277                                                             + "; ; ( \t\n\r\b; G ;, ;H ;1 3; )  ;  ;   ;",
4278                                                     new NHXParser() );
4279             if ( !p13[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(';A;',';B;13;')" ) ) {
4280                 return false;
4281             }
4282             if ( !p13[ 1 ].toNewHampshireX().equals( "(';C;',';D;13;')" ) ) {
4283                 return false;
4284             }
4285             if ( !p13[ 2 ].toNewHampshireX().equals( "(';E;',';F;13;')" ) ) {
4286                 return false;
4287             }
4288             if ( !p13[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "(';G;',';H;13;')" ) ) {
4289                 return false;
4290             }
4291             final Phylogeny[] p14 = factory.create( "(A,B14)ab", new NHXParser() );
4292             final Phylogeny[] p15 = factory.create( "(A,B15)ab;", new NHXParser() );
4293             final String p16_S = "((A,B),C)";
4294             final Phylogeny[] p16 = factory.create( p16_S, new NHXParser() );
4295             if ( !p16[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p16_S ) ) {
4296                 return false;
4297             }
4298             final String p17_S = "(C,(A,B))";
4299             final Phylogeny[] p17 = factory.create( p17_S, new NHXParser() );
4300             if ( !p17[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p17_S ) ) {
4301                 return false;
4302             }
4303             final String p18_S = "((A,B),(C,D))";
4304             final Phylogeny[] p18 = factory.create( p18_S, new NHXParser() );
4305             if ( !p18[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p18_S ) ) {
4306                 return false;
4307             }
4308             final String p19_S = "(((A,B),C),D)";
4309             final Phylogeny[] p19 = factory.create( p19_S, new NHXParser() );
4310             if ( !p19[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p19_S ) ) {
4311                 return false;
4312             }
4313             final String p20_S = "(A,(B,(C,D)))";
4314             final Phylogeny[] p20 = factory.create( p20_S, new NHXParser() );
4315             if ( !p20[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p20_S ) ) {
4316                 return false;
4317             }
4318             final String p21_S = "(A,(B,(C,(D,E))))";
4319             final Phylogeny[] p21 = factory.create( p21_S, new NHXParser() );
4320             if ( !p21[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p21_S ) ) {
4321                 return false;
4322             }
4323             final String p22_S = "((((A,B),C),D),E)";
4324             final Phylogeny[] p22 = factory.create( p22_S, new NHXParser() );
4325             if ( !p22[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p22_S ) ) {
4326                 return false;
4327             }
4328             final String p23_S = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4329             final Phylogeny[] p23 = factory.create( p23_S, new NHXParser() );
4330             if ( !p23[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p23_S ) ) {
4331                 return false;
4332             }
4333             final String p24_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4334             final Phylogeny[] p24 = factory.create( p24_S, new NHXParser() );
4335             if ( !p24[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p24_S ) ) {
4336                 return false;
4337             }
4338             final String p241_S1 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4339             final String p241_S2 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4340             final Phylogeny[] p241 = factory.create( p241_S1 + p241_S2, new NHXParser() );
4341             if ( !p241[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p241_S1 ) ) {
4342                 return false;
4343             }
4344             if ( !p241[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p241_S2 ) ) {
4345                 return false;
4346             }
4347             final String p25_S = "((((((((((((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)"
4348                     + "abcde,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde,(B,((A,(B,(C,(D,"
4349                     + "E)de)cde)bcde)abcde,(D,E)de)cde)bcde)abcde,B)ab,C)"
4350                     + "abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde,"
4351                     + "((((A,((((((((A,B)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,"
4352                     + "E)abcde)abcd,E)abcde,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)"
4353                     + "ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)abcd,E)abcde"
4354                     + ")ab,C)abc,D)abcd,E)abcde)ab,C)abc,((((A,B)ab,C)abc,D)" + "abcd,E)abcde)abcd,E)abcde";
4355             final Phylogeny[] p25 = factory.create( p25_S, new NHXParser() );
4356             if ( !p25[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p25_S ) ) {
4357                 return false;
4358             }
4359             final String p26_S = "(A,B)ab";
4360             final Phylogeny[] p26 = factory.create( p26_S, new NHXParser() );
4361             if ( !p26[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p26_S ) ) {
4362                 return false;
4363             }
4364             final String p27_S = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4365             final Phylogeny[] p27 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny27.nhx" ),
4366                                                     new NHXParser() );
4367             if ( !p27[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p27_S ) ) {
4368                 return false;
4369             }
4370             final String p28_S1 = "((((A,B)ab,C)abc,D)abcd,E)abcde";
4371             final String p28_S2 = "(A,(B,(C,(D,E)de)cde)bcde)abcde";
4372             final String p28_S3 = "(A,B)ab";
4373             final String p28_S4 = "((((A,B),C),D),;E;)";
4374             final Phylogeny[] p28 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phylogeny28.nhx" ),
4375                                                     new NHXParser() );
4376             if ( !p28[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p28_S1 ) ) {
4377                 return false;
4378             }
4379             if ( !p28[ 1 ].toNewHampshireX().equals( p28_S2 ) ) {
4380                 return false;
4381             }
4382             if ( !p28[ 2 ].toNewHampshireX().equals( p28_S3 ) ) {
4383                 return false;
4384             }
4385             if ( !p28[ 3 ].toNewHampshireX().equals( "((((A,B),C),D),';E;')" ) ) {
4386                 return false;
4387             }
4388             final String p29_S = "((((A:0.01,B:0.684)ab:0.345,C:0.3451)abc:0.3451,D:1.5)abcd:0.134,E:0.32)abcde:0.1345";
4389             final Phylogeny[] p29 = factory.create( p29_S, new NHXParser() );
4390             if ( !p29[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p29_S ) ) {
4391                 return false;
4392             }
4393             final String p30_S = "((((A:0.01,B:0.02):0.93,C:0.04):0.05,D:1.4):0.06,E):0.72";
4394             final Phylogeny[] p30 = factory.create( p30_S, new NHXParser() );
4395             if ( !p30[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p30_S ) ) {
4396                 return false;
4397             }
4398             final String p32_S = " ;   ;        \n  \t  \b   \f  \r  ;;;;;; ";
4399             final Phylogeny[] p32 = factory.create( p32_S, new NHXParser() );
4400             if ( ( p32.length != 1 ) || !p32[ 0 ].isEmpty() ) {
4401                 return false;
4402             }
4403             final String p33_S = "A";
4404             final Phylogeny[] p33 = factory.create( p33_S, new NHXParser() );
4405             if ( !p33[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p33_S ) ) {
4406                 return false;
4407             }
4408             final String p34_S = "B;";
4409             final Phylogeny[] p34 = factory.create( p34_S, new NHXParser() );
4410             if ( !p34[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "B" ) ) {
4411                 return false;
4412             }
4413             final String p35_S = "B:0.2";
4414             final Phylogeny[] p35 = factory.create( p35_S, new NHXParser() );
4415             if ( !p35[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p35_S ) ) {
4416                 return false;
4417             }
4418             final String p36_S = "(A)";
4419             final Phylogeny[] p36 = factory.create( p36_S, new NHXParser() );
4420             if ( !p36[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p36_S ) ) {
4421                 return false;
4422             }
4423             final String p37_S = "((A))";
4424             final Phylogeny[] p37 = factory.create( p37_S, new NHXParser() );
4425             if ( !p37[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p37_S ) ) {
4426                 return false;
4427             }
4428             final String p38_S = "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4429             final Phylogeny[] p38 = factory.create( p38_S, new NHXParser() );
4430             if ( !p38[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p38_S ) ) {
4431                 return false;
4432             }
4433             final String p39_S = "(((B,((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8";
4434             final Phylogeny[] p39 = factory.create( p39_S, new NHXParser() );
4435             if ( !p39[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p39_S ) ) {
4436                 return false;
4437             }
4438             final String p40_S = "(A,B,C)";
4439             final Phylogeny[] p40 = factory.create( p40_S, new NHXParser() );
4440             if ( !p40[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p40_S ) ) {
4441                 return false;
4442             }
4443             final String p41_S = "(A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K)";
4444             final Phylogeny[] p41 = factory.create( p41_S, new NHXParser() );
4445             if ( !p41[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p41_S ) ) {
4446                 return false;
4447             }
4448             final String p42_S = "(A,B,(X,Y,Z),D,E,F,G,H,I,J,K)";
4449             final Phylogeny[] p42 = factory.create( p42_S, new NHXParser() );
4450             if ( !p42[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p42_S ) ) {
4451                 return false;
4452             }
4453             final String p43_S = "(A,B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
4454             final Phylogeny[] p43 = factory.create( p43_S, new NHXParser() );
4455             if ( !p43[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p43_S ) ) {
4456                 return false;
4457             }
4458             final String p44_S = "(((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
4459             final Phylogeny[] p44 = factory.create( p44_S, new NHXParser() );
4460             if ( !p44[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p44_S ) ) {
4461                 return false;
4462             }
4463             final String p45_S = "((((((((((A))))))))),(((((((((B))))))))),(((((((((C))))))))))";
4464             final Phylogeny[] p45 = factory.create( p45_S, new NHXParser() );
4465             if ( !p45[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p45_S ) ) {
4466                 return false;
4467             }
4468             final String p46_S = "";
4469             final Phylogeny[] p46 = factory.create( p46_S, new NHXParser() );
4470             if ( ( p46.length != 1 ) || !p46[ 0 ].isEmpty() ) {
4471                 return false;
4472             }
4473             final Phylogeny p47 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[0.44],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4474             if ( !isEqual( 0.44, p47.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4475                 return false;
4476             }
4477             final Phylogeny p48 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4478             if ( !isEqual( 88, p48.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4479                 return false;
4480             }
4481             final Phylogeny p49 = factory
4482                     .create( new StringBuffer( "((A,B)a[comment:a,b;(a)]b:2[0.44][comment(a,b,b);],C)" ),
4483                              new NHXParser() )[ 0 ];
4484             if ( !isEqual( 0.44, p49.getNode( "ab" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() ) ) {
4485                 return false;
4486             }
4487             final Phylogeny p50 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4488             if ( p50.getNode( "A" ) == null ) {
4489                 return false;
4490             }
4491             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4492                     .equals( "((A,B)ab:2.0[88],C);" ) ) {
4493                 return false;
4494             }
4495             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE ).equals( "((A,B)ab:2.0,C);" ) ) {
4496                 return false;
4497             }
4498             if ( !p50.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES )
4499                     .equals( "((A,B)88:2.0,C);" ) ) {
4500                 return false;
4501             }
4502             final Phylogeny p51 = factory.create( new StringBuffer( "((\"A(A\",B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4503             if ( p51.getNode( "A(A" ) == null ) {
4504                 return false;
4505             }
4506             final Phylogeny p52 = factory.create( new StringBuffer( "(('A(A',B)ab:2[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4507             if ( p52.getNode( "A(A" ) == null ) {
4508                 return false;
4509             }
4510             final Phylogeny p53 = factory
4511                     .create( new StringBuffer( "(('A(A',\"B (x (a' ,b) f(x);\"[com])[ment]ab:2[88],C)" ),
4512                              new NHXParser() )[ 0 ];
4513             if ( p53.getNode( "B (x (a' ,b) f(x);" ) == null ) {
4514                 return false;
4515             }
4516             //
4517             final Phylogeny p54 = factory.create( new StringBuffer( "((A,B):[88],C)" ), new NHXParser() )[ 0 ];
4518             if ( p54.getNode( "A" ) == null ) {
4519                 return false;
4520             }
4521             if ( !p54.toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS )
4522                     .equals( "((A,B)[88],C);" ) ) {
4523                 return false;
4524             }
4525         }
4526         catch ( final Exception e ) {
4527             e.printStackTrace( System.out );
4528             return false;
4529         }
4530         return true;
4531     }
4532
4533     private static boolean testNHXconversion() {
4534         try {
4535             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4536             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4537             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4538             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4539             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4540                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
4541             final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
4542                     .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
4543             if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4544                 return false;
4545             }
4546             if ( !n2.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
4547                 return false;
4548             }
4549             if ( !n3.toNewHampshireX().equals( "n3" ) ) {
4550                 return false;
4551             }
4552             if ( !n4.toNewHampshireX().equals( "n4:0.01" ) ) {
4553                 return false;
4554             }
4555             if ( !n5.toNewHampshireX()
4556                     .equals( "n5:0.1[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=Y:XN=S=tag1=value1=unit1:B=56:W=2.0:C=10.20.30]" ) ) {
4557                 return false;
4558             }
4559             if ( !n6.toNewHampshireX().equals( "n6:1.0E-6[&&NHX:T=1:S=Ecoli:D=N:XN=B=bool_tag=T:B=100:W=2.0:C=0.0.0]" ) ) {
4560                 return false;
4561             }
4562         }
4563         catch ( final Exception e ) {
4564             e.printStackTrace( System.out );
4565             return false;
4566         }
4567         return true;
4568     }
4569
4570     private static boolean testNHXNodeParsing() {
4571         try {
4572             final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
4573             final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
4574             final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
4575             final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
4576             final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
4577                     .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
4578             if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
4579                 return false;
4580             }
4581             if ( n3.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4582                 return false;
4583             }
4584             if ( n3.isDuplication() ) {
4585                 return false;
4586             }
4587             if ( n3.isHasAssignedEvent() ) {
4588                 return false;
4589             }
4590             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n3 ) != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) {
4591                 return false;
4592             }
4593             if ( !n4.getName().equals( "n4" ) ) {
4594                 return false;
4595             }
4596             if ( n4.getDistanceToParent() != 0.01 ) {
4597                 return false;
4598             }
4599             if ( !n5.getName().equals( "n5" ) ) {
4600                 return false;
4601             }
4602             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n5 ) != 56 ) {
4603                 return false;
4604             }
4605             if ( n5.getDistanceToParent() != 0.1 ) {
4606                 return false;
4607             }
4608             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n5 ).equals( "Ecoli" ) ) {
4609                 return false;
4610             }
4611             if ( !n5.isDuplication() ) {
4612                 return false;
4613             }
4614             if ( !n5.isHasAssignedEvent() ) {
4615                 return false;
4616             }
4617             if ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( n5 ) != 2 ) {
4618                 return false;
4619             }
4620             if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
4621                 return false;
4622             }
4623             final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
4624                     .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01",
4625                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4626             if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
4627                 return false;
4628             }
4629             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4630                 return false;
4631             }
4632             final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
4633                     .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
4634                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4635             if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
4636                 return false;
4637             }
4638             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4639                 return false;
4640             }
4641             final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
4642                     .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4643             if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
4644                 return false;
4645             }
4646             final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
4647                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4648             if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
4649                 return false;
4650             }
4651             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4652                 return false;
4653             }
4654             final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode
4655                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4656             if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
4657                 return false;
4658             }
4659             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
4660                 return false;
4661             }
4662             final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
4663                     .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4664             if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
4665                 return false;
4666             }
4667             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
4668                 return false;
4669             }
4670             final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
4671                     .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4672             if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
4673                 return false;
4674             }
4675             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
4676                 return false;
4677             }
4678             final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
4679                     .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4680             if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
4681                 return false;
4682             }
4683             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
4684                 return false;
4685             }
4686             final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode
4687                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4688             if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4689                 return false;
4690             }
4691             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
4692                 return false;
4693             }
4694             final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
4695                     .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4696             if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
4697                 return false;
4698             }
4699             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
4700                 return false;
4701             }
4702             final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
4703                     .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4704             if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
4705                 return false;
4706             }
4707             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
4708                 return false;
4709             }
4710             final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
4711                     .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4712             if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
4713                 return false;
4714             }
4715             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n23 ).length() > 0 ) {
4716                 return false;
4717             }
4718             final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
4719                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4720             if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
4721                 return false;
4722             }
4723             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
4724                 return false;
4725             }
4726             final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
4727                     .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
4728                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4729             if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
4730                 return false;
4731             }
4732             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
4733                 return false;
4734             }
4735             final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
4736                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
4737                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4738             if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
4739                 return false;
4740             }
4741             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
4742                 return false;
4743             }
4744             final PhylogenyNode c1 = PhylogenyNode
4745                     .createInstanceFromNhxString( "n10_BOVIN_1/1000-2000",
4746                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4747             if ( !c1.getName().equals( "n10_BOVIN_1/1000-2000" ) ) {
4748                 return false;
4749             }
4750             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c1 ).equals( "BOVIN" ) ) {
4751                 return false;
4752             }
4753             final PhylogenyNode c2 = PhylogenyNode
4754                     .createInstanceFromNhxString( "n10_Bovin_1/1000-2000",
4755                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4756             if ( !c2.getName().equals( "n10_Bovin_1/1000-2000" ) ) {
4757                 return false;
4758             }
4759             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c2 ).equals( "" ) ) {
4760                 return false;
4761             }
4762             final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
4763                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4764             if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
4765                 return false;
4766             }
4767             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
4768                 return false;
4769             }
4770             final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
4771                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4772             if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4773                 return false;
4774             }
4775             if ( !ForesterUtil.isEmpty( PhylogenyMethods.getSpecies( e ) ) ) {
4776                 return false;
4777             }
4778             final PhylogenyNode e2 = PhylogenyNode
4779                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4780             if ( !e2.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
4781                 return false;
4782             }
4783             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e2 ).equals( "RAT" ) ) {
4784                 return false;
4785             }
4786             final PhylogenyNode e3 = PhylogenyNode
4787                     .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT~", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4788             if ( !e3.getName().equals( "n10_RAT~" ) ) {
4789                 return false;
4790             }
4791             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( e3 ).equals( "RAT" ) ) {
4792                 return false;
4793             }
4794             final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
4795                     .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
4796                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4797             if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
4798                 return false;
4799             }
4800             if ( n11.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4801                 return false;
4802             }
4803             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
4804                 return false;
4805             }
4806             final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
4807                     .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
4808                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4809             if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
4810                 return false;
4811             }
4812             if ( n12.getDistanceToParent() != 0.4 ) {
4813                 return false;
4814             }
4815             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n12 ).length() > 0 ) {
4816                 return false;
4817             }
4818             final PhylogenyNode m = PhylogenyNode
4819                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSEa", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4820             if ( !m.getName().equals( "n10_MOUSEa" ) ) {
4821                 return false;
4822             }
4823             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( m ).equals( "MOUSE" ) ) {
4824                 return false;
4825             }
4826             final PhylogenyNode o = PhylogenyNode
4827                     .createInstanceFromNhxString( "n10_MOUSE_", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
4828             if ( !o.getName().equals( "n10_MOUSE_" ) ) {
4829                 return false;
4830             }
4831             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( o ).equals( "MOUSE" ) ) {
4832                 return false;
4833             }
4834             final Property tvu1 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag1" );
4835             final Property tvu3 = n5.getNodeData().getProperties().getProperty( "tag3" );
4836             if ( !tvu1.getRef().equals( "tag1" ) ) {
4837                 return false;
4838             }
4839             if ( !tvu1.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4840                 return false;
4841             }
4842             if ( !tvu1.getUnit().equals( "unit1" ) ) {
4843                 return false;
4844             }
4845             if ( !tvu1.getValue().equals( "value1" ) ) {
4846                 return false;
4847             }
4848             if ( !tvu3.getRef().equals( "tag3" ) ) {
4849                 return false;
4850             }
4851             if ( !tvu3.getDataType().equals( "xsd:string" ) ) {
4852                 return false;
4853             }
4854             if ( !tvu3.getUnit().equals( "unit3" ) ) {
4855                 return false;
4856             }
4857             if ( !tvu3.getValue().equals( "value3" ) ) {
4858                 return false;
4859             }
4860             if ( n1.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4861                 return false;
4862             }
4863             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n1 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4864                 return false;
4865             }
4866             if ( n1.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4867                 return false;
4868             }
4869             if ( n2.getName().compareTo( "" ) != 0 ) {
4870                 return false;
4871             }
4872             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n2 ) != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
4873                 return false;
4874             }
4875             if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
4876                 return false;
4877             }
4878             final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
4879                     .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
4880             if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
4881                 return false;
4882             }
4883             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_name" ) ) {
4884                 return false;
4885             }
4886             if ( !n00.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue().equals( "accession123" ) ) {
4887                 return false;
4888             }
4889             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getRef().equals( "url_tag" ) ) {
4890                 return false;
4891             }
4892             if ( n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getAppliesTo() != Property.AppliesTo.NODE ) {
4893                 return false;
4894             }
4895             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getDataType().equals( "xsd:anyURI" ) ) {
4896                 return false;
4897             }
4898             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getValue().equals( "www.yahoo.com" ) ) {
4899                 return false;
4900             }
4901             if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
4902                 return false;
4903             }
4904             final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
4905             if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
4906                 return false;
4907             }
4908             final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
4909             if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
4910                 return false;
4911             }
4912             final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
4913                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2",
4914                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4915             if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
4916                 return false;
4917             }
4918             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "12345" ) ) {
4919                 return false;
4920             }
4921             final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
4922                     .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2",
4923                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4924             if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
4925                 return false;
4926             }
4927             if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
4928                 return false;
4929             }
4930             final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
4931                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
4932                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4933             if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
4934                 return false;
4935             }
4936             if ( n15.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4937                 return false;
4938             }
4939             if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
4940                 return false;
4941             }
4942             final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
4943                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
4944                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4945             if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
4946                 return false;
4947             }
4948             if ( n16.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4949                 return false;
4950             }
4951             if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
4952                 return false;
4953             }
4954             final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
4955                     .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
4956                                                   PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4957             if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
4958                 return false;
4959             }
4960             if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
4961                 return false;
4962             }
4963             final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
4964                     .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
4965             if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
4966                 return false;
4967             }
4968             if ( n18.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 1 ) {
4969                 return false;
4970             }
4971             if ( !isEqual( n18.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 91 ) ) {
4972                 return false;
4973             }
4974         }
4975         catch ( final Exception e ) {
4976             e.printStackTrace( System.out );
4977             return false;
4978         }
4979         return true;
4980     }
4981
4982     private static boolean testNHXParsing() {
4983         try {
4984             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
4985             final Phylogeny p1 = factory.create( "(A     [&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])", new NHXParser() )[ 0 ];
4986             if ( !p1.toNewHampshireX().equals( "(A[&&NHX:S=a_species],B1[&&NHX:S=b_species])" ) ) {
4987                 return false;
4988             }
4989             final String p2_S = "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]";
4990             final Phylogeny[] p2 = factory.create( p2_S, new NHXParser() );
4991             if ( !p2[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
4992                 return false;
4993             }
4994             final String p2b_S = "(((((((A:0.2[&NHX:S=qw,erty]):0.2[&:S=u(io)p]):0.3[&NHX:S=asdf]):0.4[S=zxc]):0.5[]):0.6[&&NH:S=asd]):0.7[&&HX:S=za]):0.8[&&:S=zaq]";
4995             final Phylogeny[] p2b = factory.create( p2b_S, new NHXParser() );
4996             if ( !p2b[ 0 ].toNewHampshireX().equals( "(((((((A:0.2):0.2):0.3):0.4):0.5):0.6):0.7):0.8" ) ) {
4997                 return false;
4998             }
4999             final Phylogeny[] p3 = factory
5000                     .create( "[  comment&&NHX,())))](((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq]",
5001                              new NHXParser() );
5002             if ( !p3[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5003                 return false;
5004             }
5005             final Phylogeny[] p4 = factory
5006                     .create( "(((((((A:0.2[&&NHX:S=qwerty]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=asdf]):0.4[&&NHX:S=zxc]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=asd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(]",
5007                              new NHXParser() );
5008             if ( !p4[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5009                 return false;
5010             }
5011             final Phylogeny[] p5 = factory
5012                     .create( "[]  (  [][ ][   ]  ([((( &&NHXcomment only![[[[[[]([]((((A:0.2[&&NHX:S=q[comment )))]werty][,,,,))]):0.2[&&NHX:S=uiop]):0.3[&&NHX:S=a[comment,,))]sdf])[comment(((]:0.4[&&NHX:S=zxc][comment(((][comment(((]):0.5[&&NHX:S=a]):0.6[&&NHX:S=a[comment(((]sd]):0.7[&&NHX:S=za]):0.8[&&NHX:S=zaq][comment(((]",
5013                              new NHXParser() );
5014             if ( !p5[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p2_S ) ) {
5015                 return false;
5016             }
5017             final String p6_S_C = "(A[][][][1][22][333][4444][55555][666666][&&NHX:S=Aspecies],B[))],C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,[comment](FFFF,GGGG)x)y,D[comment]D,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5018             final String p6_S_WO_C = "(A[&&NHX:S=Aspecies],B,C,(AA,BB,CC,(CCC,DDD,EEE,(FFFF,GGGG)x)y,DD,EE,FF,GG,HH),D,E,(EE,FF),F,G,H,(((((5)4)3)2)1),I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,(XX,(YY)),Y,Z)";
5019             final Phylogeny[] p6 = factory.create( p6_S_C, new NHXParser() );
5020             if ( !p6[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p6_S_WO_C ) ) {
5021                 return false;
5022             }
5023             final String p7_S_C = "(((A [&&NHX:S=species_a], B [&&NHX:S=Vstorri] , C   , D),(A,B,C,D[comment])[],[c][]([xxx]A[comment],[comment]B[comment][comment],[comment][comment]C[comment][comment],[comment][comment]D[comment][comment])[comment][comment],[comment]   [comment](A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C[comment][comment][comment][comment][comment]    [comment],D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),[comment][comment]((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5024             final String p7_S_WO_C = "(((A[&&NHX:S=species_a],B[&&NHX:S=Vstorri],C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)),((A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D),(A,B,C,D)))";
5025             final Phylogeny[] p7 = factory.create( p7_S_C, new NHXParser() );
5026             if ( !p7[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p7_S_WO_C ) ) {
5027                 return false;
5028             }
5029             final String p8_S_C = "[cmt](((([]([))))))](((((A[&&NHX:S= [a comment] a])))))))[too many comments!:)])),(((((((((B[&&NHX[ a comment in a bad place]:S   =b])))))[] []   )))),(((((((((C[&&NHX:S=c])   ))[,,, ])))))))";
5030             final String p8_S_WO_C = "((((((((((A[&&NHX:S=a]))))))))),(((((((((B[&&NHX:S=b]))))))))),(((((((((C[&&NHX:S=c]))))))))))";
5031             final Phylogeny[] p8 = factory.create( p8_S_C, new NHXParser() );
5032             if ( !p8[ 0 ].toNewHampshireX().equals( p8_S_WO_C ) ) {
5033                 return false;
5034             }
5035             final Phylogeny p9 = factory.create( "((A:0.2,B:0.3):0.5[91],C:0.1)root:0.1[100]", new NHXParser() )[ 0 ];
5036             if ( !p9.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5037                 return false;
5038             }
5039             final Phylogeny p10 = factory
5040                     .create( " [79]   ( (A [co mment] :0 .2[comment],B:0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],C: 0.1)[comment]root:0.1[100] [comment]",
5041                              new NHXParser() )[ 0 ];
5042             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( "((A:0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],C:0.1)root:0.1[&&NHX:B=100]" ) ) {
5043                 return false;
5044             }
5045         }
5046         catch ( final Exception e ) {
5047             e.printStackTrace( System.out );
5048             return false;
5049         }
5050         return true;
5051     }
5052
5053     private static boolean testNHXParsingQuotes() {
5054         try {
5055             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5056             final NHXParser p = new NHXParser();
5057             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( new File( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "quotes.nhx" ), p );
5058             if ( phylogenies_0.length != 5 ) {
5059                 return false;
5060             }
5061             final Phylogeny phy = phylogenies_0[ 4 ];
5062             if ( phy.getNumberOfExternalNodes() != 7 ) {
5063                 return false;
5064             }
5065             if ( phy.getNodes( "a name in double quotes from tree ((a,b),c)" ).size() != 1 ) {
5066                 return false;
5067             }
5068             if ( phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).size() != 1 ) {
5069                 return false;
5070             }
5071             if ( !phy.getNodes( "charles darwin 'origin of species'" ).get( 0 ).getNodeData().getTaxonomy()
5072                     .getScientificName().equals( "hsapiens" ) ) {
5073                 return false;
5074             }
5075             if ( phy.getNodes( "shouldbetogether single quotes" ).size() != 1 ) {
5076                 return false;
5077             }
5078             if ( phy.getNodes( "'single quotes' inside double quotes" ).size() != 1 ) {
5079                 return false;
5080             }
5081             if ( phy.getNodes( "double quotes inside single quotes" ).size() != 1 ) {
5082                 return false;
5083             }
5084             if ( phy.getNodes( "noquotes" ).size() != 1 ) {
5085                 return false;
5086             }
5087             if ( phy.getNodes( "A   (  B    C '" ).size() != 1 ) {
5088                 return false;
5089             }
5090             final NHXParser p1p = new NHXParser();
5091             p1p.setIgnoreQuotes( true );
5092             final Phylogeny p1 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p1p )[ 0 ];
5093             if ( !p1.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5094                 return false;
5095             }
5096             final NHXParser p2p = new NHXParser();
5097             p1p.setIgnoreQuotes( false );
5098             final Phylogeny p2 = factory.create( "(\"A\",'B1')", p2p )[ 0 ];
5099             if ( !p2.toNewHampshire().equals( "(A,B1);" ) ) {
5100                 return false;
5101             }
5102             final NHXParser p3p = new NHXParser();
5103             p3p.setIgnoreQuotes( false );
5104             final Phylogeny p3 = factory.create( "(\"A)\",'B1')", p3p )[ 0 ];
5105             if ( !p3.toNewHampshire().equals( "('A)',B1);" ) ) {
5106                 return false;
5107             }
5108             final NHXParser p4p = new NHXParser();
5109             p4p.setIgnoreQuotes( false );
5110             final Phylogeny p4 = factory.create( "(\"A)\",'B(),; x')", p4p )[ 0 ];
5111             if ( !p4.toNewHampshire().equals( "('A)','B(),; x');" ) ) {
5112                 return false;
5113             }
5114             final Phylogeny p10 = factory
5115                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [co mment] :0 .2[comment],'B':0.3[com])[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ comment],'C (or D?\\//;,))': 0.1)[comment]'\nroot is here (cool,  was! ) ':0.1[100] [comment]",
5116                              new NHXParser() )[ 0 ];
5117             final String p10_clean_str = "(('A B':0.2,B:0.3):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5118             if ( !p10.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5119                 return false;
5120             }
5121             final Phylogeny p11 = factory.create( p10.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5122             if ( !p11.toNewHampshireX().equals( p10_clean_str ) ) {
5123                 return false;
5124             }
5125             //
5126             final Phylogeny p12 = factory
5127                     .create( " [79]   ( (\"A \n\tB \" [[][] :0 .2[comment][\t&\t&\n N\tH\tX:S=mo\tnkey !],'\tB\t\b\t\n\f\rB B ':0.0\b3[])\t[com ment]: 0. 5 \t[ 9 1 ][ \ncomment],'C\t (or D?\\//;,))': 0.\b1)[comment]'\nroot \tis here (cool, \b\t\n\f\r was! ) ':0.1[100] [comment]",
5128                              new NHXParser() )[ 0 ];
5129             final String p12_clean_str = "(('A B':0.2[&&NHX:S=monkey!],'BB B':0.03):0.5[&&NHX:B=91],'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1[&&NHX:B=100]";
5130             if ( !p12.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5131                 return false;
5132             }
5133             final Phylogeny p13 = factory.create( p12.toNewHampshireX(), new NHXParser() )[ 0 ];
5134             if ( !p13.toNewHampshireX().equals( p12_clean_str ) ) {
5135                 return false;
5136             }
5137             final String p12_clean_str_nh = "(('A B':0.2,'BB B':0.03):0.5,'C (or D?\\//;,))':0.1)'root is here (cool,  was! )':0.1;";
5138             if ( !p13.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5139                 return false;
5140             }
5141             final Phylogeny p14 = factory.create( p13.toNewHampshire(), new NHXParser() )[ 0 ];
5142             if ( !p14.toNewHampshire().equals( p12_clean_str_nh ) ) {
5143                 return false;
5144             }
5145         }
5146         catch ( final Exception e ) {
5147             e.printStackTrace( System.out );
5148             return false;
5149         }
5150         return true;
5151     }
5152
5153     private static boolean testNHXParsingMB() {
5154         try {
5155             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5156             final Phylogeny p1 = factory.create( "(1[&prob=0.9500000000000000e+00,prob_stddev=0.1100000000000000e+00,"
5157                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5158                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5159                     + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5160                     + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5161                     + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5162                     + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5163                     + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5164                     + "7.369400000000000e-02}])", new NHXParser() )[ 0 ];
5165             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getDistanceToParent(), 4.129e-02 ) ) {
5166                 return false;
5167             }
5168             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.9500000000000000e+00 ) ) {
5169                 return false;
5170             }
5171             if ( !isEqual( p1.getNode( "1" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getStandardDeviation(),
5172                            0.1100000000000000e+00 ) ) {
5173                 return false;
5174             }
5175             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getDistanceToParent(), 6.375699999999999e-02 ) ) {
5176                 return false;
5177             }
5178             if ( !isEqual( p1.getNode( "2" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 0.810000000000000e+00 ) ) {
5179                 return false;
5180             }
5181             final Phylogeny p2 = factory
5182                     .create( "(1[something_else(?)s,prob=0.9500000000000000e+00{}(((,p)rob_stddev=0.110000000000e+00,"
5183                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5184                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:4.129000000000000e-02[&length_mean=4.153987461671767e-02,"
5185                                      + "length_median=4.129000000000000e-02,length_95%HPD={3.217800000000000e-02,"
5186                                      + "5.026800000000000e-02}],2[&prob=0.810000000000000e+00,prob_stddev=0.000000000000000e+00,"
5187                                      + "prob_range={1.000000000000000e+00,1.000000000000000e+00},prob(percent)=\"100\","
5188                                      + "prob+-sd=\"100+-0\"]:6.375699999999999e-02[&length_mean=6.395210411945065e-02,"
5189                                      + "length_median=6.375699999999999e-02,length_95%HPD={5.388600000000000e-02,"
5190                                      + "7.369400000000000e-02}])",
5191                              new NHXParser() )[ 0 ];
5192             if ( p2.getNode( "1" ) == null ) {
5193                 return false;
5194             }
5195             if ( p2.getNode( "2" ) == null ) {
5196                 return false;
5197             }
5198         }
5199         catch ( final Exception e ) {
5200             e.printStackTrace( System.out );
5201             System.exit( -1 );
5202             return false;
5203         }
5204         return true;
5205     }
5206
5207     private static boolean testPhylogenyBranch() {
5208         try {
5209             final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
5210             final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
5211             final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
5212             final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
5213             if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
5214                 return false;
5215             }
5216             if ( !a1b1.equals( b1a1 ) ) {
5217                 return false;
5218             }
5219             if ( !b1a1.equals( a1b1 ) ) {
5220                 return false;
5221             }
5222             final PhylogenyBranch a1_b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1, true );
5223             final PhylogenyBranch b1_a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1, true );
5224             final PhylogenyBranch a1_b1_ = new PhylogenyBranch( a1, b1, false );
5225             if ( a1_b1.equals( b1_a1 ) ) {
5226                 return false;
5227             }
5228             if ( a1_b1.equals( a1_b1_ ) ) {
5229                 return false;
5230             }
5231             final PhylogenyBranch b1_a1_ = new PhylogenyBranch( b1, a1, false );
5232             if ( !a1_b1.equals( b1_a1_ ) ) {
5233                 return false;
5234             }
5235             if ( a1_b1_.equals( b1_a1_ ) ) {
5236                 return false;
5237             }
5238             if ( !a1_b1_.equals( b1_a1 ) ) {
5239                 return false;
5240             }
5241         }
5242         catch ( final Exception e ) {
5243             e.printStackTrace( System.out );
5244             return false;
5245         }
5246         return true;
5247     }
5248
5249     private static boolean testPhyloXMLparsingOfDistributionElement() {
5250         try {
5251             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5252             PhyloXmlParser xml_parser = null;
5253             try {
5254                 xml_parser = PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating();
5255             }
5256             catch ( final Exception e ) {
5257                 // Do nothing -- means were not running from jar.
5258             }
5259             if ( xml_parser == null ) {
5260                 xml_parser = new PhyloXmlParser();
5261                 if ( USE_LOCAL_PHYLOXML_SCHEMA ) {
5262                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_LOCAL_XSD );
5263                 }
5264                 else {
5265                     xml_parser.setValidateAgainstSchema( PHYLOXML_REMOTE_XSD );
5266                 }
5267             }
5268             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( Test.PATH_TO_TEST_DATA + "phyloxml_distribution.xml",
5269                                                               xml_parser );
5270             if ( xml_parser.getErrorCount() > 0 ) {
5271                 System.out.println( xml_parser.getErrorMessages().toString() );
5272                 return false;
5273             }
5274             if ( phylogenies_0.length != 1 ) {
5275                 return false;
5276             }
5277             final Phylogeny t1 = phylogenies_0[ 0 ];
5278             PhylogenyNode n = null;
5279             Distribution d = null;
5280             n = t1.getNode( "root node" );
5281             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5282                 return false;
5283             }
5284             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5285                 return false;
5286             }
5287             d = n.getNodeData().getDistribution();
5288             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5289                 return false;
5290             }
5291             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5292                 return false;
5293             }
5294             if ( d.getPolygons() != null ) {
5295                 return false;
5296             }
5297             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5298                 return false;
5299             }
5300             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5301                 return false;
5302             }
5303             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5304                 return false;
5305             }
5306             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5307                 return false;
5308             }
5309             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5310                 return false;
5311             }
5312             n = t1.getNode( "node a" );
5313             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5314                 return false;
5315             }
5316             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5317                 return false;
5318             }
5319             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5320             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5321                 return false;
5322             }
5323             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5324                 return false;
5325             }
5326             if ( d.getPolygons() != null ) {
5327                 return false;
5328             }
5329             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5330                 return false;
5331             }
5332             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5333                 return false;
5334             }
5335             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5336                 return false;
5337             }
5338             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5339                 return false;
5340             }
5341             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5342                 return false;
5343             }
5344             n = t1.getNode( "node bb" );
5345             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5346                 return false;
5347             }
5348             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5349                 return false;
5350             }
5351             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5352             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5353                 return false;
5354             }
5355             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5356                 return false;
5357             }
5358             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5359                 return false;
5360             }
5361             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5362                 return false;
5363             }
5364             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5365                 return false;
5366             }
5367             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5368                 return false;
5369             }
5370             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5371                 return false;
5372             }
5373             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5374                 return false;
5375             }
5376             Polygon p = d.getPolygons().get( 0 );
5377             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5378                 return false;
5379             }
5380             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5381                 return false;
5382             }
5383             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5384                 return false;
5385             }
5386             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5387                 return false;
5388             }
5389             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5390                 return false;
5391             }
5392             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5393                 return false;
5394             }
5395             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5396                 return false;
5397             }
5398             p = d.getPolygons().get( 1 );
5399             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5400                 return false;
5401             }
5402             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5403                 return false;
5404             }
5405             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5406                 return false;
5407             }
5408             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5409                 return false;
5410             }
5411             // Roundtrip:
5412             final StringBuffer t1_sb = new StringBuffer( t1.toPhyloXML( 0 ) );
5413             final Phylogeny[] rt = factory.create( t1_sb, xml_parser );
5414             if ( rt.length != 1 ) {
5415                 return false;
5416             }
5417             final Phylogeny t1_rt = rt[ 0 ];
5418             n = t1_rt.getNode( "root node" );
5419             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5420                 return false;
5421             }
5422             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5423                 return false;
5424             }
5425             d = n.getNodeData().getDistribution();
5426             if ( !d.getDesc().equals( "Hirschweg 38" ) ) {
5427                 return false;
5428             }
5429             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5430                 return false;
5431             }
5432             if ( d.getPolygons() != null ) {
5433                 return false;
5434             }
5435             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "472" ) ) {
5436                 return false;
5437             }
5438             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5439                 return false;
5440             }
5441             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5442                 return false;
5443             }
5444             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "47.48148427110029" ) ) {
5445                 return false;
5446             }
5447             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "8.768951296806335" ) ) {
5448                 return false;
5449             }
5450             n = t1_rt.getNode( "node a" );
5451             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5452                 return false;
5453             }
5454             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 2 ) {
5455                 return false;
5456             }
5457             d = n.getNodeData().getDistribution( 1 );
5458             if ( !d.getDesc().equals( "San Diego" ) ) {
5459                 return false;
5460             }
5461             if ( d.getPoints().size() != 1 ) {
5462                 return false;
5463             }
5464             if ( d.getPolygons() != null ) {
5465                 return false;
5466             }
5467             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "104" ) ) {
5468                 return false;
5469             }
5470             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getAltiudeUnit().equals( "m" ) ) {
5471                 return false;
5472             }
5473             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getGeodeticDatum().equals( "WGS84" ) ) {
5474                 return false;
5475             }
5476             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "32.880933" ) ) {
5477                 return false;
5478             }
5479             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "-117.217543" ) ) {
5480                 return false;
5481             }
5482             n = t1_rt.getNode( "node bb" );
5483             if ( !n.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5484                 return false;
5485             }
5486             if ( n.getNodeData().getDistributions().size() != 1 ) {
5487                 return false;
5488             }
5489             d = n.getNodeData().getDistribution( 0 );
5490             if ( d.getPoints().size() != 3 ) {
5491                 return false;
5492             }
5493             if ( d.getPolygons().size() != 2 ) {
5494                 return false;
5495             }
5496             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1" ) ) {
5497                 return false;
5498             }
5499             if ( !d.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2" ) ) {
5500                 return false;
5501             }
5502             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLatitude().toString().equals( "3" ) ) {
5503                 return false;
5504             }
5505             if ( !d.getPoints().get( 1 ).getLongitude().toString().equals( "4" ) ) {
5506                 return false;
5507             }
5508             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "5" ) ) {
5509                 return false;
5510             }
5511             if ( !d.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "6" ) ) {
5512                 return false;
5513             }
5514             p = d.getPolygons().get( 0 );
5515             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5516                 return false;
5517             }
5518             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "0.1" ) ) {
5519                 return false;
5520             }
5521             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "0.2" ) ) {
5522                 return false;
5523             }
5524             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5525                 return false;
5526             }
5527             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLatitude().toString().equals( "0.5" ) ) {
5528                 return false;
5529             }
5530             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getLongitude().toString().equals( "0.6" ) ) {
5531                 return false;
5532             }
5533             if ( !p.getPoints().get( 2 ).getAltitude().toString().equals( "30" ) ) {
5534                 return false;
5535             }
5536             p = d.getPolygons().get( 1 );
5537             if ( p.getPoints().size() != 3 ) {
5538                 return false;
5539             }
5540             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLatitude().toString().equals( "1.49348902489947473" ) ) {
5541                 return false;
5542             }
5543             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getLongitude().toString().equals( "2.567489393947847492" ) ) {
5544                 return false;
5545             }
5546             if ( !p.getPoints().get( 0 ).getAltitude().toString().equals( "10" ) ) {
5547                 return false;
5548             }
5549         }
5550         catch ( final Exception e ) {
5551             e.printStackTrace( System.out );
5552             return false;
5553         }
5554         return true;
5555     }
5556
5557     private static boolean testPostOrderIterator() {
5558         try {
5559             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5560             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5561             PhylogenyNodeIterator it0;
5562             for( it0 = t0.iteratorPostorder(); it0.hasNext(); ) {
5563                 it0.next();
5564             }
5565             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5566                 it0.next();
5567             }
5568             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5569             final PhylogenyNodeIterator it = t1.iteratorPostorder();
5570             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5571                 return false;
5572             }
5573             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5574                 return false;
5575             }
5576             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5577                 return false;
5578             }
5579             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5580                 return false;
5581             }
5582             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5583                 return false;
5584             }
5585             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5586                 return false;
5587             }
5588             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5589                 return false;
5590             }
5591             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5592                 return false;
5593             }
5594             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5595                 return false;
5596             }
5597             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5598                 return false;
5599             }
5600             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5601                 return false;
5602             }
5603             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5604                 return false;
5605             }
5606             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5607                 return false;
5608             }
5609             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5610                 return false;
5611             }
5612             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5613                 return false;
5614             }
5615             if ( it.hasNext() ) {
5616                 return false;
5617             }
5618         }
5619         catch ( final Exception e ) {
5620             e.printStackTrace( System.out );
5621             return false;
5622         }
5623         return true;
5624     }
5625
5626     private static boolean testPreOrderIterator() {
5627         try {
5628             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5629             final Phylogeny t0 = factory.create( "((A,B)ab,(C,D)cd)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5630             PhylogenyNodeIterator it0;
5631             for( it0 = t0.iteratorPreorder(); it0.hasNext(); ) {
5632                 it0.next();
5633             }
5634             for( it0.reset(); it0.hasNext(); ) {
5635                 it0.next();
5636             }
5637             PhylogenyNodeIterator it = t0.iteratorPreorder();
5638             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5639                 return false;
5640             }
5641             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5642                 return false;
5643             }
5644             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5645                 return false;
5646             }
5647             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5648                 return false;
5649             }
5650             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5651                 return false;
5652             }
5653             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5654                 return false;
5655             }
5656             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5657                 return false;
5658             }
5659             if ( it.hasNext() ) {
5660                 return false;
5661             }
5662             final Phylogeny t1 = factory.create( "(((A,B)ab,(C,D)cd)abcd,((E,F)ef,(G,H)gh)efgh)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5663             it = t1.iteratorPreorder();
5664             if ( !it.next().getName().equals( "r" ) ) {
5665                 return false;
5666             }
5667             if ( !it.next().getName().equals( "abcd" ) ) {
5668                 return false;
5669             }
5670             if ( !it.next().getName().equals( "ab" ) ) {
5671                 return false;
5672             }
5673             if ( !it.next().getName().equals( "A" ) ) {
5674                 return false;
5675             }
5676             if ( !it.next().getName().equals( "B" ) ) {
5677                 return false;
5678             }
5679             if ( !it.next().getName().equals( "cd" ) ) {
5680                 return false;
5681             }
5682             if ( !it.next().getName().equals( "C" ) ) {
5683                 return false;
5684             }
5685             if ( !it.next().getName().equals( "D" ) ) {
5686                 return false;
5687             }
5688             if ( !it.next().getName().equals( "efgh" ) ) {
5689                 return false;
5690             }
5691             if ( !it.next().getName().equals( "ef" ) ) {
5692                 return false;
5693             }
5694             if ( !it.next().getName().equals( "E" ) ) {
5695                 return false;
5696             }
5697             if ( !it.next().getName().equals( "F" ) ) {
5698                 return false;
5699             }
5700             if ( !it.next().getName().equals( "gh" ) ) {
5701                 return false;
5702             }
5703             if ( !it.next().getName().equals( "G" ) ) {
5704                 return false;
5705             }
5706             if ( !it.next().getName().equals( "H" ) ) {
5707                 return false;
5708             }
5709             if ( it.hasNext() ) {
5710                 return false;
5711             }
5712         }
5713         catch ( final Exception e ) {
5714             e.printStackTrace( System.out );
5715             return false;
5716         }
5717         return true;
5718     }
5719
5720     private static boolean testPropertiesMap() {
5721         try {
5722             final PropertiesMap pm = new PropertiesMap();
5723             final Property p0 = new Property( "dimensions:diameter", "1", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5724             final Property p1 = new Property( "dimensions:length", "2", "metric:mm", "xsd:decimal", AppliesTo.NODE );
5725             final Property p2 = new Property( "something:else",
5726                                               "?",
5727                                               "improbable:research",
5728                                               "xsd:decimal",
5729                                               AppliesTo.NODE );
5730             pm.addProperty( p0 );
5731             pm.addProperty( p1 );
5732             pm.addProperty( p2 );
5733             if ( !pm.getProperty( "dimensions:diameter" ).getValue().equals( "1" ) ) {
5734                 return false;
5735             }
5736             if ( !pm.getProperty( "dimensions:length" ).getValue().equals( "2" ) ) {
5737                 return false;
5738             }
5739             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5740                 return false;
5741             }
5742             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 2 ) {
5743                 return false;
5744             }
5745             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5746                 return false;
5747             }
5748             if ( pm.getProperties().size() != 3 ) {
5749                 return false;
5750             }
5751             pm.removeProperty( "dimensions:diameter" );
5752             if ( pm.getProperties().size() != 2 ) {
5753                 return false;
5754             }
5755             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "dimensions" ).size() != 1 ) {
5756                 return false;
5757             }
5758             if ( pm.getPropertiesWithGivenReferencePrefix( "something" ).size() != 1 ) {
5759                 return false;
5760             }
5761         }
5762         catch ( final Exception e ) {
5763             e.printStackTrace( System.out );
5764             return false;
5765         }
5766         return true;
5767     }
5768
5769     private static boolean testReIdMethods() {
5770         try {
5771             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5772             final Phylogeny p = factory.create( "((1,2)A,(((X,Y,Z)a,b)3)B,(4,5,6)C)r", new NHXParser() )[ 0 ];
5773             final int count = PhylogenyNode.getNodeCount();
5774             p.levelOrderReID();
5775             if ( p.getNode( "r" ).getId() != count ) {
5776                 return false;
5777             }
5778             if ( p.getNode( "A" ).getId() != count + 1 ) {
5779                 return false;
5780             }
5781             if ( p.getNode( "B" ).getId() != count + 1 ) {
5782                 return false;
5783             }
5784             if ( p.getNode( "C" ).getId() != count + 1 ) {
5785                 return false;
5786             }
5787             if ( p.getNode( "1" ).getId() != count + 2 ) {
5788                 return false;
5789             }
5790             if ( p.getNode( "2" ).getId() != count + 2 ) {
5791                 return false;
5792             }
5793             if ( p.getNode( "3" ).getId() != count + 2 ) {
5794                 return false;
5795             }
5796             if ( p.getNode( "4" ).getId() != count + 2 ) {
5797                 return false;
5798             }
5799             if ( p.getNode( "5" ).getId() != count + 2 ) {
5800                 return false;
5801             }
5802             if ( p.getNode( "6" ).getId() != count + 2 ) {
5803                 return false;
5804             }
5805             if ( p.getNode( "a" ).getId() != count + 3 ) {
5806                 return false;
5807             }
5808             if ( p.getNode( "b" ).getId() != count + 3 ) {
5809                 return false;
5810             }
5811             if ( p.getNode( "X" ).getId() != count + 4 ) {
5812                 return false;
5813             }
5814             if ( p.getNode( "Y" ).getId() != count + 4 ) {
5815                 return false;
5816             }
5817             if ( p.getNode( "Z" ).getId() != count + 4 ) {
5818                 return false;
5819             }
5820         }
5821         catch ( final Exception e ) {
5822             e.printStackTrace( System.out );
5823             return false;
5824         }
5825         return true;
5826     }
5827
5828     private static boolean testRerooting() {
5829         try {
5830             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
5831             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A:1,B:2)AB:1[&&NHX:B=55],(C:3,D:5)CD:3[&&NHX:B=10])ABCD:0.5",
5832                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5833             if ( !t1.isRooted() ) {
5834                 return false;
5835             }
5836             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5837             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5838             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5839             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5840             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5841             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5842             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5843             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5844             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5845             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5846             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5847             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5848             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5849             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5850             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5851             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5852             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5853             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5854             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5855             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5856             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5857             t1.reRoot( t1.getNode( "A" ) );
5858             t1.reRoot( t1.getNode( "B" ) );
5859             t1.reRoot( t1.getNode( "AB" ) );
5860             t1.reRoot( t1.getNode( "C" ) );
5861             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5862             t1.reRoot( t1.getNode( "CD" ) );
5863             t1.reRoot( t1.getNode( "D" ) );
5864             if ( !isEqual( t1.getNode( "A" ).getDistanceToParent(), 1 ) ) {
5865                 return false;
5866             }
5867             if ( !isEqual( t1.getNode( "B" ).getDistanceToParent(), 2 ) ) {
5868                 return false;
5869             }
5870             if ( !isEqual( t1.getNode( "C" ).getDistanceToParent(), 3 ) ) {
5871                 return false;
5872             }
5873             if ( !isEqual( t1.getNode( "D" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5874                 return false;
5875             }
5876             if ( !isEqual( t1.getNode( "CD" ).getDistanceToParent(), 2.5 ) ) {
5877                 return false;
5878             }
5879             if ( !isEqual( t1.getNode( "AB" ).getDistanceToParent(), 4 ) ) {
5880                 return false;
5881             }
5882             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((A:1,B:2)AB:10[&&NHX:B=55],C)ABC:3[&&NHX:B=33],D:5)ABCD:0.5",
5883                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5884             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5885             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5886             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5887             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5888             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5889             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5890             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5891             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5892             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5893             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5894             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5895             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5896             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5897             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5898             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5899             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5900             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5901             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5902             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5903             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5904             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5905             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5906             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5907             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5908             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5909             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5910             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5911             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5912             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5913             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5914             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5915             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5916             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5917             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5918             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5919             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5920             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5921             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5922             t2.reRoot( t2.getNode( "A" ) );
5923             t2.reRoot( t2.getNode( "B" ) );
5924             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5925             t2.reRoot( t2.getNode( "C" ) );
5926             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5927             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5928             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5929             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5930                 return false;
5931             }
5932             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5933                 return false;
5934             }
5935             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5936             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5937                 return false;
5938             }
5939             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5940                 return false;
5941             }
5942             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5943             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5944                 return false;
5945             }
5946             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5947                 return false;
5948             }
5949             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5950                 return false;
5951             }
5952             t2.reRoot( t2.getNode( "AB" ) );
5953             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5954                 return false;
5955             }
5956             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5957                 return false;
5958             }
5959             if ( !isEqual( t2.getNode( "D" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5960                 return false;
5961             }
5962             t2.reRoot( t2.getNode( "D" ) );
5963             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5964                 return false;
5965             }
5966             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5967                 return false;
5968             }
5969             t2.reRoot( t2.getNode( "ABC" ) );
5970             if ( !isEqual( t2.getNode( "AB" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 55 ) ) {
5971                 return false;
5972             }
5973             if ( !isEqual( t2.getNode( "ABC" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 33 ) ) {
5974                 return false;
5975             }
5976             final Phylogeny t3 = factory.create( "(A[&&NHX:B=10],B[&&NHX:B=20],C[&&NHX:B=30],D[&&NHX:B=40])",
5977                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
5978             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5979             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5980                 return false;
5981             }
5982             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5983                 return false;
5984             }
5985             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5986                 return false;
5987             }
5988             t3.reRoot( t3.getNode( "B" ) );
5989             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5990                 return false;
5991             }
5992             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
5993                 return false;
5994             }
5995             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
5996                 return false;
5997             }
5998             t3.reRoot( t3.getRoot() );
5999             if ( t3.getNode( "B" ).getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6000                 return false;
6001             }
6002             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != 20 ) {
6003                 return false;
6004             }
6005             if ( t3.getNode( "A" ).getParent().getNumberOfDescendants() != 3 ) {
6006                 return false;
6007             }
6008         }
6009         catch ( final Exception e ) {
6010             e.printStackTrace( System.out );
6011             return false;
6012         }
6013         return true;
6014     }
6015
6016     private static boolean testSDIse() {
6017         try {
6018             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6019             final Phylogeny species1 = factory.create( "[&&NHX:S=yeast]", new NHXParser() )[ 0 ];
6020             final Phylogeny gene1 = factory.create( "(A1[&&NHX:S=yeast],A2[&&NHX:S=yeast])", new NHXParser() )[ 0 ];
6021             gene1.setRooted( true );
6022             species1.setRooted( true );
6023             final SDI sdi = new SDIse( gene1, species1 );
6024             if ( !gene1.getRoot().isDuplication() ) {
6025                 return false;
6026             }
6027             final Phylogeny species2 = factory
6028                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6029                              new NHXParser() )[ 0 ];
6030             final Phylogeny gene2 = factory
6031                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])ab,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6032                              new NHXParser() )[ 0 ];
6033             species2.setRooted( true );
6034             gene2.setRooted( true );
6035             final SDI sdi2 = new SDIse( gene2, species2 );
6036             if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6037                 return false;
6038             }
6039             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isSpeciation() ) {
6040                 return false;
6041             }
6042             if ( !gene2.getNode( "ab" ).isHasAssignedEvent() ) {
6043                 return false;
6044             }
6045             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isSpeciation() ) {
6046                 return false;
6047             }
6048             if ( !gene2.getNode( "abc" ).isHasAssignedEvent() ) {
6049                 return false;
6050             }
6051             if ( !gene2.getNode( "r" ).isSpeciation() ) {
6052                 return false;
6053             }
6054             if ( !gene2.getNode( "r" ).isHasAssignedEvent() ) {
6055                 return false;
6056             }
6057             final Phylogeny species3 = factory
6058                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6059                              new NHXParser() )[ 0 ];
6060             final Phylogeny gene3 = factory
6061                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])aa,[&&NHX:S=C])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6062                              new NHXParser() )[ 0 ];
6063             species3.setRooted( true );
6064             gene3.setRooted( true );
6065             final SDI sdi3 = new SDIse( gene3, species3 );
6066             if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6067                 return false;
6068             }
6069             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isDuplication() ) {
6070                 return false;
6071             }
6072             if ( !gene3.getNode( "aa" ).isHasAssignedEvent() ) {
6073                 return false;
6074             }
6075             final Phylogeny species4 = factory
6076                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6077                              new NHXParser() )[ 0 ];
6078             final Phylogeny gene4 = factory
6079                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C])ac,[&&NHX:S=B])abc,[&&NHX:S=D])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6080                              new NHXParser() )[ 0 ];
6081             species4.setRooted( true );
6082             gene4.setRooted( true );
6083             final SDI sdi4 = new SDIse( gene4, species4 );
6084             if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6085                 return false;
6086             }
6087             if ( !gene4.getNode( "ac" ).isSpeciation() ) {
6088                 return false;
6089             }
6090             if ( !gene4.getNode( "abc" ).isDuplication() ) {
6091                 return false;
6092             }
6093             if ( gene4.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6094                 return false;
6095             }
6096             if ( species4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6097                 return false;
6098             }
6099             if ( gene4.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6100                 return false;
6101             }
6102             final Phylogeny species5 = factory
6103                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6104                              new NHXParser() )[ 0 ];
6105             final Phylogeny gene5 = factory
6106                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=D])ad,[&&NHX:S=C])adc,[&&NHX:S=B])abcd,([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F])ef)r",
6107                              new NHXParser() )[ 0 ];
6108             species5.setRooted( true );
6109             gene5.setRooted( true );
6110             final SDI sdi5 = new SDIse( gene5, species5 );
6111             if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 2 ) {
6112                 return false;
6113             }
6114             if ( !gene5.getNode( "ad" ).isSpeciation() ) {
6115                 return false;
6116             }
6117             if ( !gene5.getNode( "adc" ).isDuplication() ) {
6118                 return false;
6119             }
6120             if ( !gene5.getNode( "abcd" ).isDuplication() ) {
6121                 return false;
6122             }
6123             if ( species5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6124                 return false;
6125             }
6126             if ( gene5.getNumberOfExternalNodes() != 6 ) {
6127                 return false;
6128             }
6129             // Trees from Louxin Zhang 1997 "On a Mirkin-Muchnik-Smith
6130             // Conjecture for Comparing Molecular Phylogenies"
6131             // J. of Comput Bio. Vol. 4, No 2, pp.177-187
6132             final Phylogeny species6 = factory
6133                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6134                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6135                              new NHXParser() )[ 0 ];
6136             final Phylogeny gene6 = factory
6137                     .create( "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1,3:0.1[&&NHX:S=3])1-2-3:0.1,"
6138                                      + "((4:0.1[&&NHX:S=4],(5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.1)4-5-6:0.1,"
6139                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1)7-8-9:0.1)4-5-6-7-8-9:0.1)r;",
6140                              new NHXParser() )[ 0 ];
6141             species6.setRooted( true );
6142             gene6.setRooted( true );
6143             final SDI sdi6 = new SDIse( gene6, species6 );
6144             if ( sdi6.getDuplicationsSum() != 3 ) {
6145                 return false;
6146             }
6147             if ( !gene6.getNode( "r" ).isDuplication() ) {
6148                 return false;
6149             }
6150             if ( !gene6.getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6151                 return false;
6152             }
6153             if ( !gene6.getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6154                 return false;
6155             }
6156             if ( !gene6.getNode( "1-2" ).isSpeciation() ) {
6157                 return false;
6158             }
6159             if ( !gene6.getNode( "1-2-3" ).isSpeciation() ) {
6160                 return false;
6161             }
6162             if ( !gene6.getNode( "5-6" ).isSpeciation() ) {
6163                 return false;
6164             }
6165             if ( !gene6.getNode( "8-9" ).isSpeciation() ) {
6166                 return false;
6167             }
6168             if ( !gene6.getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isSpeciation() ) {
6169                 return false;
6170             }
6171             sdi6.computeMappingCostL();
6172             if ( sdi6.computeMappingCostL() != 17 ) {
6173                 return false;
6174             }
6175             if ( species6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6176                 return false;
6177             }
6178             if ( gene6.getNumberOfExternalNodes() != 9 ) {
6179                 return false;
6180             }
6181             final Phylogeny species7 = Test.createPhylogeny( "(((((((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
6182                     + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])" + "),[&&NHX:S=x]),(" + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
6183                     + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
6184                     + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2])" + ")),(" + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
6185                     + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2])" + ")),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
6186             species7.setRooted( true );
6187             final Phylogeny gene7_1 = Test
6188                     .createPhylogeny( "((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6189             gene7_1.setRooted( true );
6190             final SDI sdi7 = new SDIse( gene7_1, species7 );
6191             if ( sdi7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
6192                 return false;
6193             }
6194             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6195                 return false;
6196             }
6197             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6198                 return false;
6199             }
6200             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6201                 return false;
6202             }
6203             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6204                 return false;
6205             }
6206             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6207                 return false;
6208             }
6209             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6210                 return false;
6211             }
6212             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6213                 return false;
6214             }
6215             if ( !Test.getEvent( gene7_1, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6216                 return false;
6217             }
6218             final Phylogeny gene7_2 = Test
6219                     .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
6220             gene7_2.setRooted( true );
6221             final SDI sdi7_2 = new SDIse( gene7_2, species7 );
6222             if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
6223                 return false;
6224             }
6225             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
6226                 return false;
6227             }
6228             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
6229                 return false;
6230             }
6231             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
6232                 return false;
6233             }
6234             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
6235                 return false;
6236             }
6237             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
6238                 return false;
6239             }
6240             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
6241                 return false;
6242             }
6243             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
6244                 return false;
6245             }
6246             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
6247                 return false;
6248             }
6249             if ( !Test.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
6250                 return false;
6251             }
6252         }
6253         catch ( final Exception e ) {
6254             return false;
6255         }
6256         return true;
6257     }
6258
6259     private static boolean testSDIunrooted() {
6260         try {
6261             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6262             final Phylogeny p0 = factory.create( "((((A,B)ab,(C1,C2)cc)abc,D)abcd,(E,F)ef)abcdef", new NHXParser() )[ 0 ];
6263             final List<PhylogenyBranch> l = SDIR.getBranchesInPreorder( p0 );
6264             final Iterator<PhylogenyBranch> iter = l.iterator();
6265             PhylogenyBranch br = iter.next();
6266             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6267                 return false;
6268             }
6269             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) ) {
6270                 return false;
6271             }
6272             br = iter.next();
6273             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6274                 return false;
6275             }
6276             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6277                 return false;
6278             }
6279             br = iter.next();
6280             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6281                 return false;
6282             }
6283             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) ) {
6284                 return false;
6285             }
6286             br = iter.next();
6287             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6288                 return false;
6289             }
6290             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6291                 return false;
6292             }
6293             br = iter.next();
6294             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6295                 return false;
6296             }
6297             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6298                 return false;
6299             }
6300             br = iter.next();
6301             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6302                 return false;
6303             }
6304             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) ) {
6305                 return false;
6306             }
6307             br = iter.next();
6308             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6309                 return false;
6310             }
6311             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6312                 return false;
6313             }
6314             br = iter.next();
6315             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6316                 return false;
6317             }
6318             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C1" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6319                 return false;
6320             }
6321             br = iter.next();
6322             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6323                 return false;
6324             }
6325             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "C2" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6326                 return false;
6327             }
6328             br = iter.next();
6329             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6330                 return false;
6331             }
6332             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "cc" ) ) {
6333                 return false;
6334             }
6335             br = iter.next();
6336             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6337                 return false;
6338             }
6339             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abc" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6340                 return false;
6341             }
6342             br = iter.next();
6343             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "D" ) ) {
6344                 return false;
6345             }
6346             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "D" ) ) {
6347                 return false;
6348             }
6349             br = iter.next();
6350             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6351                 return false;
6352             }
6353             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "abcd" ) ) {
6354                 return false;
6355             }
6356             br = iter.next();
6357             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "E" ) ) {
6358                 return false;
6359             }
6360             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "E" ) ) {
6361                 return false;
6362             }
6363             br = iter.next();
6364             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "F" ) ) {
6365                 return false;
6366             }
6367             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ef" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "F" ) ) {
6368                 return false;
6369             }
6370             if ( iter.hasNext() ) {
6371                 return false;
6372             }
6373             final Phylogeny p1 = factory.create( "(C,(A,B)ab)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6374             final List<PhylogenyBranch> l1 = SDIR.getBranchesInPreorder( p1 );
6375             final Iterator<PhylogenyBranch> iter1 = l1.iterator();
6376             br = iter1.next();
6377             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6378                 return false;
6379             }
6380             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6381                 return false;
6382             }
6383             br = iter1.next();
6384             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6385                 return false;
6386             }
6387             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6388                 return false;
6389             }
6390             br = iter1.next();
6391             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6392                 return false;
6393             }
6394             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6395                 return false;
6396             }
6397             if ( iter1.hasNext() ) {
6398                 return false;
6399             }
6400             final Phylogeny p2 = factory.create( "((A,B)ab,C)abc", new NHXParser() )[ 0 ];
6401             final List<PhylogenyBranch> l2 = SDIR.getBranchesInPreorder( p2 );
6402             final Iterator<PhylogenyBranch> iter2 = l2.iterator();
6403             br = iter2.next();
6404             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "C" ) ) {
6405                 return false;
6406             }
6407             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "C" ) ) {
6408                 return false;
6409             }
6410             br = iter2.next();
6411             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "A" ) ) {
6412                 return false;
6413             }
6414             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "A" ) ) {
6415                 return false;
6416             }
6417             br = iter2.next();
6418             if ( !br.getFirstNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getFirstNode().getName().equals( "B" ) ) {
6419                 return false;
6420             }
6421             if ( !br.getSecondNode().getName().equals( "ab" ) && !br.getSecondNode().getName().equals( "B" ) ) {
6422                 return false;
6423             }
6424             if ( iter2.hasNext() ) {
6425                 return false;
6426             }
6427             final Phylogeny species0 = factory
6428                     .create( "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B]),[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D]),([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F]))",
6429                              new NHXParser() )[ 0 ];
6430             final Phylogeny gene1 = factory
6431                     .create( "(((((A:0.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6432                              new NHXParser() )[ 0 ];
6433             species0.setRooted( true );
6434             gene1.setRooted( true );
6435             final SDIR sdi_unrooted = new SDIR();
6436             sdi_unrooted.infer( gene1, species0, false, true, true, true, 10 );
6437             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6438                 return false;
6439             }
6440             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 0 ) {
6441                 return false;
6442             }
6443             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.4 ) ) {
6444                 return false;
6445             }
6446             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 1.0 ) ) {
6447                 return false;
6448             }
6449             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6450                 return false;
6451             }
6452             final Phylogeny gene2 = factory
6453                     .create( "(((((A:2.6[&&NHX:S=A],B:0.1[&&NHX:S=B])ab:0.1,C:0.1[&&NHX:S=C])abc:0.3,D:1.0[&&NHX:S=D])abcd:0.2,E:0.1[&&NHX:S=E])abcde:0.2,F:0.2[&&NHX:S=F])",
6454                              new NHXParser() )[ 0 ];
6455             gene2.setRooted( true );
6456             sdi_unrooted.infer( gene2, species0, false, false, true, true, 10 );
6457             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6458                 return false;
6459             }
6460             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6461                 return false;
6462             }
6463             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6464                 return false;
6465             }
6466             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 2.0 ) ) {
6467                 return false;
6468             }
6469             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6470                 return false;
6471             }
6472             final Phylogeny species6 = factory
6473                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6474                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6475                              new NHXParser() )[ 0 ];
6476             final Phylogeny gene6 = factory
6477                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6478                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6479                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6480                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6481                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6482                              new NHXParser() )[ 0 ];
6483             species6.setRooted( true );
6484             gene6.setRooted( true );
6485             Phylogeny[] p6 = sdi_unrooted.infer( gene6, species6, false, true, true, true, 10 );
6486             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6487                 return false;
6488             }
6489             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6490                 return false;
6491             }
6492             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6493                 return false;
6494             }
6495             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6496                 return false;
6497             }
6498             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6499                 return false;
6500             }
6501             if ( !p6[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6502                 return false;
6503             }
6504             if ( !p6[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6505                 return false;
6506             }
6507             if ( !p6[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6508                 return false;
6509             }
6510             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6511                 return false;
6512             }
6513             if ( p6[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6514                 return false;
6515             }
6516             if ( p6[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6517                 return false;
6518             }
6519             if ( p6[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6520                 return false;
6521             }
6522             if ( p6[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6523                 return false;
6524             }
6525             p6 = null;
6526             final Phylogeny species7 = factory
6527                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6528                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6529                              new NHXParser() )[ 0 ];
6530             final Phylogeny gene7 = factory
6531                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6532                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6533                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6534                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6535                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6536                              new NHXParser() )[ 0 ];
6537             species7.setRooted( true );
6538             gene7.setRooted( true );
6539             Phylogeny[] p7 = sdi_unrooted.infer( gene7, species7, true, true, true, true, 10 );
6540             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6541                 return false;
6542             }
6543             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6544                 return false;
6545             }
6546             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6547                 return false;
6548             }
6549             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6550                 return false;
6551             }
6552             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != 17 ) {
6553                 return false;
6554             }
6555             if ( !p7[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6556                 return false;
6557             }
6558             if ( !p7[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6559                 return false;
6560             }
6561             if ( !p7[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6562                 return false;
6563             }
6564             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6565                 return false;
6566             }
6567             if ( p7[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6568                 return false;
6569             }
6570             if ( p7[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6571                 return false;
6572             }
6573             if ( p7[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6574                 return false;
6575             }
6576             if ( p7[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6577                 return false;
6578             }
6579             p7 = null;
6580             final Phylogeny species8 = factory
6581                     .create( "(((1:[&&NHX:S=1],5:[&&NHX:S=5])1-5,((4:[&&NHX:S=4],6:[&&NHX:S=6])4-6,2:[&&NHX:S=2])4-6-2)1-5-4-6-2,"
6582                                      + "((9:[&&NHX:S=9],3:[&&NHX:S=3])9-3,(8:[&&NHX:S=8],7:[&&NHX:S=7])8-7)9-3-8-7)",
6583                              new NHXParser() )[ 0 ];
6584             final Phylogeny gene8 = factory
6585                     .create( "((5:0.1[&&NHX:S=5],6:0.1[&&NHX:S=6])5-6:0.05[&&NHX:S=6],(4:0.1[&&NHX:S=4],"
6586                                      + "(((1:0.1[&&NHX:S=1],2:0.1[&&NHX:S=2])1-2:0.1[&&NHX:S=2],3:0.25[&&NHX:S=3])1-2-3:0.2[&&NHX:S=2],"
6587                                      + "(7:0.1[&&NHX:S=7],(8:0.1[&&NHX:S=8],"
6588                                      + "9:0.1[&&NHX:S=9])8-9:0.1[&&NHX:S=9])7-8-9:0.1[&&NHX:S=8])"
6589                                      + "4-5-6-7-8-9:0.1[&&NHX:S=5])4-5-6:0.05[&&NHX:S=5])",
6590                              new NHXParser() )[ 0 ];
6591             species8.setRooted( true );
6592             gene8.setRooted( true );
6593             Phylogeny[] p8 = sdi_unrooted.infer( gene8, species8, false, false, true, true, 10 );
6594             if ( sdi_unrooted.getCount() != 1 ) {
6595                 return false;
6596             }
6597             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalDiffInSubTreeHeights(), 0.0 ) ) {
6598                 return false;
6599             }
6600             if ( !Test.isEqual( sdi_unrooted.getMinimalTreeHeight(), 0.375 ) ) {
6601                 return false;
6602             }
6603             if ( sdi_unrooted.getMinimalDuplications() != 3 ) {
6604                 return false;
6605             }
6606             if ( sdi_unrooted.getMinimalMappingCost() != Integer.MAX_VALUE ) {
6607                 return false;
6608             }
6609             if ( !p8[ 0 ].getRoot().isDuplication() ) {
6610                 return false;
6611             }
6612             if ( !p8[ 0 ].getNode( "4-5-6" ).isDuplication() ) {
6613                 return false;
6614             }
6615             if ( !p8[ 0 ].getNode( "7-8-9" ).isDuplication() ) {
6616                 return false;
6617             }
6618             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2" ).isDuplication() ) {
6619                 return false;
6620             }
6621             if ( p8[ 0 ].getNode( "1-2-3" ).isDuplication() ) {
6622                 return false;
6623             }
6624             if ( p8[ 0 ].getNode( "5-6" ).isDuplication() ) {
6625                 return false;
6626             }
6627             if ( p8[ 0 ].getNode( "8-9" ).isDuplication() ) {
6628                 return false;
6629             }
6630             if ( p8[ 0 ].getNode( "4-5-6-7-8-9" ).isDuplication() ) {
6631                 return false;
6632             }
6633             p8 = null;
6634         }
6635         catch ( final Exception e ) {
6636             e.printStackTrace( System.out );
6637             return false;
6638         }
6639         return true;
6640     }
6641
6642     private static boolean testSplit() {
6643         try {
6644             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
6645             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
6646             //Archaeopteryx.createApplication( p0 );
6647             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
6648             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6649             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6650             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6651             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6652             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6653             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6654             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6655             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6656             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6657             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
6658             // System.out.println( s0.toString() );
6659             //
6660             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6661             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6662             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6663             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6664                 return false;
6665             }
6666             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6667             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6668             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6669             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6670             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6671             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6672             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6673             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6674             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6675                 return false;
6676             }
6677             //
6678             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6679             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6680             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6681             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6682             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6683                 return false;
6684             }
6685             //
6686             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6687             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6688             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6689             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6690             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6691             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6692                 return false;
6693             }
6694             //
6695             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6696             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6697             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6698             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6699             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6700             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6701                 return false;
6702             }
6703             //
6704             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6705             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6706             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6707             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6708             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6709                 return false;
6710             }
6711             //
6712             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6713             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6714             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6715             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6716                 return false;
6717             }
6718             //
6719             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6720             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6721             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6722             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6723             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6724             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6725             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6726                 return false;
6727             }
6728             //
6729             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6730             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6731             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6732             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6733             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6734                 return false;
6735             }
6736             //
6737             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6738             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6739             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6740             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6741             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6742             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6743                 return false;
6744             }
6745             //
6746             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6747             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6748             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6749             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6750                 return false;
6751             }
6752             //
6753             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6754             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6755             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6756             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6757             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6758             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6759                 return false;
6760             }
6761             //
6762             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6763             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6764             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6765             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6766             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6767             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6768             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6769                 return false;
6770             }
6771             //
6772             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6773             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6774             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6775             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6776             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6777                 return false;
6778             }
6779             //
6780             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6781             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6782             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6783             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6784                 return false;
6785             }
6786             //
6787             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6788             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6789             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6790             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6791                 return false;
6792             }
6793             //
6794             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6795             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6796             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6797             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6798                 return false;
6799             }
6800             //
6801             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6802             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6803             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6804             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6805                 return false;
6806             }
6807             //
6808             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6809             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6810             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6811             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6812                 return false;
6813             }
6814             //
6815             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6816             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6817             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6818             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6819                 return false;
6820             }
6821             //
6822             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6823             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6824             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6825             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6826             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6827                 return false;
6828             }
6829             //
6830             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6831             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6832             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6833             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6834             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6835                 return false;
6836             }
6837             //
6838             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6839             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6840             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6841             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6842             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6843                 return false;
6844             }
6845             //
6846             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6847             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6848             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6849             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6850             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6851             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6852                 return false;
6853             }
6854             /////////
6855             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6856             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6857             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6858             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6859             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6860             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6861             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6862             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6863             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6864             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6865             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6866             //                return false;
6867             //            }
6868             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6869             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6870             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6871             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6872             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6873             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6874             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6875             //                return false;
6876             //            }
6877             //            //
6878             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6879             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6880             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6881             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6882             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6883             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6884             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6885             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6886             //                return false;
6887             //            }
6888             //            //
6889             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6890             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6891             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6892             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
6893             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
6894             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
6895             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
6896             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6897             //                return false;
6898             //            }
6899             //            //
6900             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6901             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6902             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6903             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
6904             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6905             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6906             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6907             //                return false;
6908             //            }
6909             //            //
6910             //            query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6911             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
6912             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
6913             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
6914             //            query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
6915             //            if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
6916             //                return false;
6917             //            }
6918             //
6919             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6920             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6921             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6922             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6923             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6924             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6925                 return false;
6926             }
6927             //
6928             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6929             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6930             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6931             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6932             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6933             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6934                 return false;
6935             }
6936             ///////////////////////////
6937             //
6938             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6939             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6940             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6941             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6942             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
6943             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6944                 return false;
6945             }
6946             //
6947             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6948             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6949             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6950             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6951             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
6952             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6953                 return false;
6954             }
6955             //
6956             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6957             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6958             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6959             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6960             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
6961             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6962                 return false;
6963             }
6964             //
6965             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6966             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6967             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6968             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6969             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
6970             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6971                 return false;
6972             }
6973             //
6974             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6975             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6976             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6977             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6978             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6979             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6980                 return false;
6981             }
6982             //
6983             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6984             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6985             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6986             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6987             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6988                 return false;
6989             }
6990             //
6991             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
6992             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
6993             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
6994             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
6995             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
6996             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
6997             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
6998                 return false;
6999             }
7000             //
7001             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7002             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7003             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7004             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7005             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7006             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7007             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7008                 return false;
7009             }
7010             //
7011             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7012             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7013             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7014             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7015             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7016             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7017             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7018                 return false;
7019             }
7020             //
7021             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7022             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
7023             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
7024             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7025             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7026             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7027             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7028             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7029                 return false;
7030             }
7031         }
7032         catch ( final Exception e ) {
7033             e.printStackTrace();
7034             return false;
7035         }
7036         return true;
7037     }
7038
7039     private static boolean testSplitStrict() {
7040         try {
7041             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7042             final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
7043             final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
7044             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7045             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7046             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7047             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7048             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7049             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7050             ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7051             final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
7052             Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7053             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7054             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7055             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7056                 return false;
7057             }
7058             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7059             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7060             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7061             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7062             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7063             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7064             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7065             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7066             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7067                 return false;
7068             }
7069             //
7070             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7071             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7072             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7073             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7074             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7075                 return false;
7076             }
7077             //
7078             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7079             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7080             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7081             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7082             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7083             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7084                 return false;
7085             }
7086             //
7087             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7088             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7089             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7090             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7091             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7092             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7093                 return false;
7094             }
7095             //
7096             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7097             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7098             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7099             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7100             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7101                 return false;
7102             }
7103             //
7104             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7105             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7106             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7107             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7108                 return false;
7109             }
7110             //
7111             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7112             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7113             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7114             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7115             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7116             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7117             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7118                 return false;
7119             }
7120             //
7121             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7122             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7123             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7124             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7125             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7126                 return false;
7127             }
7128             //
7129             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7130             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7131             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7132             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7133             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7134             if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
7135                 return false;
7136             }
7137             //
7138             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7139             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7140             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7141             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7142                 return false;
7143             }
7144             //
7145             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7146             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7147             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7148             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7149             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7150             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7151                 return false;
7152             }
7153             //
7154             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7155             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7156             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7157             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7158             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7159             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7160             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7161                 return false;
7162             }
7163             //
7164             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7165             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7166             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7167             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7168             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7169                 return false;
7170             }
7171             //
7172             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7173             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7174             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7175             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7176                 return false;
7177             }
7178             //
7179             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7180             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7181             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7182             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7183                 return false;
7184             }
7185             //
7186             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7187             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7188             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
7189             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7190                 return false;
7191             }
7192             //
7193             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7194             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7195             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7196             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7197                 return false;
7198             }
7199             //
7200             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7201             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7202             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7203             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7204                 return false;
7205             }
7206             //
7207             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7208             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7209             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7210             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7211                 return false;
7212             }
7213             //
7214             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7215             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7216             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
7217             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7218             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7219                 return false;
7220             }
7221             //
7222             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7223             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7224             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
7225             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7226             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7227                 return false;
7228             }
7229             //
7230             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7231             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7232             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7233             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7234             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7235                 return false;
7236             }
7237             //
7238             query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
7239             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
7240             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
7241             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
7242             query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
7243             if ( s0.match( query_nodes ) ) {
7244                 return false;
7245             }
7246         }
7247         catch ( final Exception e ) {
7248             e.printStackTrace();
7249             return false;
7250         }
7251         return true;
7252     }
7253
7254     private static boolean testSubtreeDeletion() {
7255         try {
7256             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7257             final Phylogeny t1 = factory.create( "((A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7258             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "A" ), false );
7259             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7260                 return false;
7261             }
7262             t1.toNewHampshireX();
7263             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "E" ), false );
7264             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 4 ) {
7265                 return false;
7266             }
7267             t1.toNewHampshireX();
7268             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "F" ), false );
7269             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7270                 return false;
7271             }
7272             t1.toNewHampshireX();
7273             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "D" ), false );
7274             t1.toNewHampshireX();
7275             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7276                 return false;
7277             }
7278             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "def" ), false );
7279             t1.toNewHampshireX();
7280             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 2 ) {
7281                 return false;
7282             }
7283             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "B" ), false );
7284             t1.toNewHampshireX();
7285             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7286                 return false;
7287             }
7288             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "C" ), false );
7289             t1.toNewHampshireX();
7290             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7291                 return false;
7292             }
7293             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "abc" ), false );
7294             t1.toNewHampshireX();
7295             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7296                 return false;
7297             }
7298             t1.deleteSubtree( t1.getNode( "r" ), false );
7299             if ( t1.getNumberOfExternalNodes() != 0 ) {
7300                 return false;
7301             }
7302             if ( !t1.isEmpty() ) {
7303                 return false;
7304             }
7305             final Phylogeny t2 = factory.create( "(((1,2,3)A,B,C)abc,(D,E,F)def)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7306             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "A" ), false );
7307             t2.toNewHampshireX();
7308             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 5 ) {
7309                 return false;
7310             }
7311             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "abc" ), false );
7312             t2.toNewHampshireX();
7313             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 3 ) {
7314                 return false;
7315             }
7316             t2.deleteSubtree( t2.getNode( "def" ), false );
7317             t2.toNewHampshireX();
7318             if ( t2.getNumberOfExternalNodes() != 1 ) {
7319                 return false;
7320             }
7321         }
7322         catch ( final Exception e ) {
7323             e.printStackTrace( System.out );
7324             return false;
7325         }
7326         return true;
7327     }
7328
7329     private static boolean testSupportCount() {
7330         try {
7331             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7332             final Phylogeny t0_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E))", new NHXParser() )[ 0 ];
7333             final Phylogeny[] phylogenies_1 = factory.create( "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((C,B),A),(D,E))"
7334                                                                       + "(((A,B),C),(D,E)) " + "(((A,B),C),(D,E))"
7335                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7336                                                                       + "(((E,B),D),(C,A))" + "(((C,B),A),(D,E))"
7337                                                                       + "(((A,B),C),(D,E))" + "(((A,B),C),(D,E))",
7338                                                               new NHXParser() );
7339             SupportCount.count( t0_1, phylogenies_1, true, false );
7340             final Phylogeny t0_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))", new NHXParser() )[ 0 ];
7341             final Phylogeny[] phylogenies_2 = factory.create( "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7342                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),((F,G),X))"
7343                                                                       + "(((((A,Y),B),C),D),((F,G),E))"
7344                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7345                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7346                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7347                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G),Z)"
7348                                                                       + "(((((A,B),C),D),E),(F,G))"
7349                                                                       + "((((((A,B),C),D),E),F),G)"
7350                                                                       + "(((((X,Y),F,G),E),((A,B),C)),D)",
7351                                                               new NHXParser() );
7352             SupportCount.count( t0_2, phylogenies_2, true, false );
7353             final PhylogenyNodeIterator it = t0_2.iteratorPostorder();
7354             while ( it.hasNext() ) {
7355                 final PhylogenyNode n = it.next();
7356                 if ( !n.isExternal() && ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( n ) != 10 ) ) {
7357                     return false;
7358                 }
7359             }
7360             final Phylogeny t0_3 = factory.create( "(((A,B)ab,C)abc,((D,E)de,F)def)", new NHXParser() )[ 0 ];
7361             final Phylogeny[] phylogenies_3 = factory.create( "(((A,B),C),((D,E),F))" + "(((A,C),B),((D,F),E))"
7362                     + "(((C,A),B),((F,D),E))" + "(((A,B),F),((D,E),C))" + "(((((A,B),C),D),E),F)", new NHXParser() );
7363             SupportCount.count( t0_3, phylogenies_3, true, false );
7364             t0_3.reRoot( t0_3.getNode( "def" ).getId() );
7365             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "ab" ) ) != 3 ) {
7366                 return false;
7367             }
7368             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "abc" ) ) != 4 ) {
7369                 return false;
7370             }
7371             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "def" ) ) != 4 ) {
7372                 return false;
7373             }
7374             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "de" ) ) != 2 ) {
7375                 return false;
7376             }
7377             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "A" ) ) != 5 ) {
7378                 return false;
7379             }
7380             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "B" ) ) != 5 ) {
7381                 return false;
7382             }
7383             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "C" ) ) != 5 ) {
7384                 return false;
7385             }
7386             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "D" ) ) != 5 ) {
7387                 return false;
7388             }
7389             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "E" ) ) != 5 ) {
7390                 return false;
7391             }
7392             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_3.getNode( "F" ) ) != 5 ) {
7393                 return false;
7394             }
7395             final Phylogeny t0_4 = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7396             final Phylogeny[] phylogenies_4 = factory.create( "((((((A,X),C),B),D),E),F) "
7397                     + "(((A,B,Z),C,Q),(((D,Y),E),F))", new NHXParser() );
7398             SupportCount.count( t0_4, phylogenies_4, true, false );
7399             t0_4.reRoot( t0_4.getNode( "F" ).getId() );
7400             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "1" ) ) != 1 ) {
7401                 return false;
7402             }
7403             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "2" ) ) != 2 ) {
7404                 return false;
7405             }
7406             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "3" ) ) != 1 ) {
7407                 return false;
7408             }
7409             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "4" ) ) != 2 ) {
7410                 return false;
7411             }
7412             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "A" ) ) != 2 ) {
7413                 return false;
7414             }
7415             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "B" ) ) != 2 ) {
7416                 return false;
7417             }
7418             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "C" ) ) != 2 ) {
7419                 return false;
7420             }
7421             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "D" ) ) != 2 ) {
7422                 return false;
7423             }
7424             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "E" ) ) != 2 ) {
7425                 return false;
7426             }
7427             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( t0_4.getNode( "F" ) ) != 2 ) {
7428                 return false;
7429             }
7430             Phylogeny a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7431             final Phylogeny b1 = factory.create( "(((((B,A)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7432             double d = SupportCount.compare( b1, a, true, true, true );
7433             if ( !Test.isEqual( d, 5.0 / 5.0 ) ) {
7434                 return false;
7435             }
7436             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7437             final Phylogeny b2 = factory.create( "(((((C,B)1,A)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7438             d = SupportCount.compare( b2, a, true, true, true );
7439             if ( !Test.isEqual( d, 4.0 / 5.0 ) ) {
7440                 return false;
7441             }
7442             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)", new NHXParser() )[ 0 ];
7443             final Phylogeny b3 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)", new NHXParser() )[ 0 ];
7444             d = SupportCount.compare( b3, a, true, true, true );
7445             if ( !Test.isEqual( d, 2.0 / 5.0 ) ) {
7446                 return false;
7447             }
7448             a = factory.create( "(((((A,B)1,C)2,D)3,E)4,F)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7449             final Phylogeny b4 = factory.create( "(((((F,C)1,A)2,B)3,D)4,E)r", new NHXParser() )[ 0 ];
7450             d = SupportCount.compare( b4, a, true, true, false );
7451             if ( !Test.isEqual( d, 1.0 / 5.0 ) ) {
7452                 return false;
7453             }
7454         }
7455         catch ( final Exception e ) {
7456             e.printStackTrace( System.out );
7457             return false;
7458         }
7459         return true;
7460     }
7461
7462     private static boolean testSupportTransfer() {
7463         try {
7464             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7465             final Phylogeny p1 = factory.create( "(((A,B)ab:97,C)abc:57,((D,E)de:10,(F,G)fg:50,(H,I)hi:64)defghi)",
7466                                                  new NHXParser() )[ 0 ];
7467             final Phylogeny p2 = factory
7468                     .create( "(((A:0.1,B:0.3)ab:0.4,C)abc:0.5,((D,E)de,(F,G)fg,(H,I)hi:0.59)defghi)", new NHXParser() )[ 0 ];
7469             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) >= 0.0 ) {
7470                 return false;
7471             }
7472             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) >= 0.0 ) {
7473                 return false;
7474             }
7475             support_transfer.moveBranchLengthsToBootstrap( p1 );
7476             support_transfer.transferSupportValues( p1, p2 );
7477             if ( p2.getNode( "ab" ).getDistanceToParent() != 0.4 ) {
7478                 return false;
7479             }
7480             if ( p2.getNode( "abc" ).getDistanceToParent() != 0.5 ) {
7481                 return false;
7482             }
7483             if ( p2.getNode( "hi" ).getDistanceToParent() != 0.59 ) {
7484                 return false;
7485             }
7486             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "ab" ) ) != 97 ) {
7487                 return false;
7488             }
7489             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "abc" ) ) != 57 ) {
7490                 return false;
7491             }
7492             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "de" ) ) != 10 ) {
7493                 return false;
7494             }
7495             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "fg" ) ) != 50 ) {
7496                 return false;
7497             }
7498             if ( PhylogenyMethods.getConfidenceValue( p2.getNode( "hi" ) ) != 64 ) {
7499                 return false;
7500             }
7501         }
7502         catch ( final Exception e ) {
7503             e.printStackTrace( System.out );
7504             return false;
7505         }
7506         return true;
7507     }
7508
7509     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
7510         try {
7511             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",
7512                                                                                                  10 );
7513             if ( results.size() != 1 ) {
7514                 return false;
7515             }
7516             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7517                 return false;
7518             }
7519             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7520                 return false;
7521             }
7522             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7523                 return false;
7524             }
7525             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7526                 return false;
7527             }
7528             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7529                 return false;
7530             }
7531             results = null;
7532             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( "Nematostella vectensis", 10 );
7533             if ( results.size() != 1 ) {
7534                 return false;
7535             }
7536             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7537                 return false;
7538             }
7539             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7540                 return false;
7541             }
7542             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7543                 return false;
7544             }
7545             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7546                 return false;
7547             }
7548             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7549                 return false;
7550             }
7551             results = null;
7552             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( "45351", 10 );
7553             if ( results.size() != 1 ) {
7554                 return false;
7555             }
7556             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7557                 return false;
7558             }
7559             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7560                 return false;
7561             }
7562             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7563                 return false;
7564             }
7565             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7566                 return false;
7567             }
7568             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7569                 return false;
7570             }
7571             results = null;
7572             results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( "NEMVE", 10 );
7573             if ( results.size() != 1 ) {
7574                 return false;
7575             }
7576             if ( !results.get( 0 ).getCode().equals( "NEMVE" ) ) {
7577                 return false;
7578             }
7579             if ( !results.get( 0 ).getCommonName().equalsIgnoreCase( "starlet sea anemone" ) ) {
7580                 return false;
7581             }
7582             if ( !results.get( 0 ).getId().equalsIgnoreCase( "45351" ) ) {
7583                 return false;
7584             }
7585             if ( !results.get( 0 ).getRank().equalsIgnoreCase( "species" ) ) {
7586                 return false;
7587             }
7588             if ( !results.get( 0 ).getScientificName().equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7589                 return false;
7590             }
7591             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 1 ).equals( "Eukaryota" ) ) {
7592                 return false;
7593             }
7594             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( 2 ).equals( "Metazoa" ) ) {
7595                 return false;
7596             }
7597             if ( !results.get( 0 ).getLineage().get( results.get( 0 ).getLineage().size() - 1 )
7598                     .equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7599                 System.out.println( results.get( 0 ).getLineage() );
7600                 return false;
7601             }
7602         }
7603         catch ( final IOException e ) {
7604             System.out.println();
7605             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7606             e.printStackTrace( System.out );
7607             return true;
7608         }
7609         catch ( final Exception e ) {
7610             return false;
7611         }
7612         return true;
7613     }
7614
7615     private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
7616         //The format for GenBank Accession numbers are:
7617         //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
7618         //Protein:    3 letters + 5 numerals
7619         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
7620         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
7621             return false;
7622         }
7623         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
7624             return false;
7625         }
7626         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
7627             return false;
7628         }
7629         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
7630             return false;
7631         }
7632         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
7633             return false;
7634         }
7635         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
7636             return false;
7637         }
7638         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
7639             return false;
7640         }
7641         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
7642             return false;
7643         }
7644         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
7645             return false;
7646         }
7647         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
7648             return false;
7649         }
7650         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7651             return false;
7652         }
7653         if ( !SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
7654             return false;
7655         }
7656         if ( SequenceIdParser.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
7657             return false;
7658         }
7659         return true;
7660     }
7661
7662     private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
7663         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7664             return false;
7665         }
7666         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
7667             return false;
7668         }
7669         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
7670             return false;
7671         }
7672         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
7673             return false;
7674         }
7675         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
7676             return false;
7677         }
7678         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
7679             return false;
7680         }
7681         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
7682             return false;
7683         }
7684         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
7685             return false;
7686         }
7687         if ( SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
7688             return false;
7689         }
7690         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7691             return false;
7692         }
7693         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7694             return false;
7695         }
7696         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
7697             return false;
7698         }
7699         if ( !SequenceDbWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
7700             return false;
7701         }
7702         try {
7703             final SequenceDatabaseEntry entry = SequenceDbWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
7704             if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
7705                 return false;
7706             }
7707             if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
7708                 return false;
7709             }
7710             if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
7711                 return false;
7712             }
7713             if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
7714                 return false;
7715             }
7716             if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
7717                 return false;
7718             }
7719         }
7720         catch ( final IOException e ) {
7721             System.out.println();
7722             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7723             e.printStackTrace( System.out );
7724             return true;
7725         }
7726         catch ( final Exception e ) {
7727             return false;
7728         }
7729         return true;
7730     }
7731
7732     private static boolean testWabiTxSearch() {
7733         try {
7734             String result = "";
7735             result = TxSearch.searchSimple( "nematostella" );
7736             result = TxSearch.getTxId( "nematostella" );
7737             if ( !result.equals( "45350" ) ) {
7738                 return false;
7739             }
7740             result = TxSearch.getTxName( "45350" );
7741             if ( !result.equals( "Nematostella" ) ) {
7742                 return false;
7743             }
7744             result = TxSearch.getTxId( "nematostella vectensis" );
7745             if ( !result.equals( "45351" ) ) {
7746                 return false;
7747             }
7748             result = TxSearch.getTxName( "45351" );
7749             if ( !result.equals( "Nematostella vectensis" ) ) {
7750                 return false;
7751             }
7752             result = TxSearch.getTxId( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7753             if ( !result.equals( "536089" ) ) {
7754                 return false;
7755             }
7756             result = TxSearch.getTxName( "536089" );
7757             if ( !result.equals( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" ) ) {
7758                 return false;
7759             }
7760             final List<String> queries = new ArrayList<String>();
7761             queries.add( "Campylobacter coli" );
7762             queries.add( "Escherichia coli" );
7763             queries.add( "Arabidopsis" );
7764             queries.add( "Trichoplax" );
7765             queries.add( "Samanea saman" );
7766             queries.add( "Kluyveromyces marxianus" );
7767             queries.add( "Bacillus subtilis subsp. subtilis str. N170" );
7768             queries.add( "Bornavirus parrot/PDD/2008" );
7769             final List<RANKS> ranks = new ArrayList<RANKS>();
7770             ranks.add( RANKS.SUPERKINGDOM );
7771             ranks.add( RANKS.KINGDOM );
7772             ranks.add( RANKS.FAMILY );
7773             ranks.add( RANKS.GENUS );
7774             ranks.add( RANKS.TRIBE );
7775             result = TxSearch.searchLineage( queries, ranks );
7776             result = TxSearch.searchParam( "Homo sapiens", TAX_NAME_CLASS.ALL, TAX_RANK.SPECIES, 10, true );
7777             result = TxSearch.searchParam( "Samanea saman", TAX_NAME_CLASS.SCIENTIFIC_NAME, TAX_RANK.ALL, 10, true );
7778         }
7779         catch ( final Exception e ) {
7780             System.out.println();
7781             System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
7782             e.printStackTrace( System.out );
7783             return false;
7784         }
7785         return true;
7786     }
7787
7788     private static boolean testAminoAcidSequence() {
7789         try {
7790             final Sequence aa1 = BasicSequence.createAaSequence( "aa1", "aAklm-?xX*z$#" );
7791             if ( aa1.getLength() != 13 ) {
7792                 return false;
7793             }
7794             if ( aa1.getResidueAt( 0 ) != 'A' ) {
7795                 return false;
7796             }
7797             if ( aa1.getResidueAt( 2 ) != 'K' ) {
7798                 return false;
7799             }
7800             if ( !new String( aa1.getMolecularSequence() ).equals( "AAKLM-XXX*ZXX" ) ) {
7801                 return false;
7802             }
7803             final Sequence aa2 = BasicSequence.createAaSequence( "aa3", "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZOJU" );
7804             if ( !new String( aa2.getMolecularSequence() ).equals( "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVX*-BZXXU" ) ) {
7805                 return false;
7806             }
7807             final Sequence dna1 = BasicSequence.createDnaSequence( "dna1", "ACGTUX*-?RYMKWSN" );
7808             if ( !new String( dna1.getMolecularSequence() ).equals( "ACGTNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7809                 return false;
7810             }
7811             final Sequence rna1 = BasicSequence.createRnaSequence( "rna1", "..ACGUTX*-?RYMKWSN" );
7812             if ( !new String( rna1.getMolecularSequence() ).equals( "--ACGUNN*-NRYMKWSN" ) ) {
7813                 return false;
7814             }
7815         }
7816         catch ( final Exception e ) {
7817             e.printStackTrace();
7818             return false;
7819         }
7820         return true;
7821     }
7822
7823     private static boolean testCreateBalancedPhylogeny() {
7824         try {
7825             final Phylogeny p0 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 6, 5 );
7826             if ( p0.getRoot().getNumberOfDescendants() != 5 ) {
7827                 return false;
7828             }
7829             if ( p0.getNumberOfExternalNodes() != 15625 ) {
7830                 return false;
7831             }
7832             final Phylogeny p1 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 2, 10 );
7833             if ( p1.getRoot().getNumberOfDescendants() != 10 ) {
7834                 return false;
7835             }
7836             if ( p1.getNumberOfExternalNodes() != 100 ) {
7837                 return false;
7838             }
7839         }
7840         catch ( final Exception e ) {
7841             e.printStackTrace();
7842             return false;
7843         }
7844         return true;
7845     }
7846
7847     private static boolean testFastaParser() {
7848         try {
7849             if ( !FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) ) ) {
7850                 return false;
7851             }
7852             if ( FastaParser.isLikelyFasta( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) ) ) {
7853                 return false;
7854             }
7855             final Msa msa_0 = FastaParser.parseMsa( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "fasta_0.fasta" ) );
7856             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "ACGTGKXFMFDMXEXXXSFMFMF" ) ) {
7857                 return false;
7858             }
7859             if ( !msa_0.getIdentifier( 0 ).equals( "one dumb" ) ) {
7860                 return false;
7861             }
7862             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "DKXASDFXSFXFKFKSXDFKSLX" ) ) {
7863                 return false;
7864             }
7865             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "SXDFKSXLFSFPWEXPRXWXERR" ) ) {
7866                 return false;
7867             }
7868             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 3 ).toString().equalsIgnoreCase( "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA" ) ) {
7869                 return false;
7870             }
7871             if ( !msa_0.getSequenceAsString( 4 ).toString().equalsIgnoreCase( "DDDDDDDDDDDDDDDDDDDDAXF" ) ) {
7872                 return false;
7873             }
7874         }
7875         catch ( final Exception e ) {
7876             e.printStackTrace();
7877             return false;
7878         }
7879         return true;
7880     }
7881
7882     private static boolean testGeneralMsaParser() {
7883         try {
7884             final String msa_str_0 = "seq1 abcd\n\nseq2 efgh\n";
7885             final Msa msa_0 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_0.getBytes() ) );
7886             final String msa_str_1 = "seq1 abc\nseq2 ghi\nseq1 def\nseq2 jkm\n";
7887             final Msa msa_1 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_1.getBytes() ) );
7888             final String msa_str_2 = "seq1 abc\nseq2 ghi\n\ndef\njkm\n";
7889             final Msa msa_2 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_2.getBytes() ) );
7890             final String msa_str_3 = "seq1 abc\n def\nseq2 ghi\n jkm\n";
7891             final Msa msa_3 = GeneralMsaParser.parse( new ByteArrayInputStream( msa_str_3.getBytes() ) );
7892             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7893                 return false;
7894             }
7895             if ( !msa_1.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7896                 return false;
7897             }
7898             if ( !msa_1.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7899                 return false;
7900             }
7901             if ( !msa_1.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7902                 return false;
7903             }
7904             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7905                 return false;
7906             }
7907             if ( !msa_2.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7908                 return false;
7909             }
7910             if ( !msa_2.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7911                 return false;
7912             }
7913             if ( !msa_2.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7914                 return false;
7915             }
7916             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdef" ) ) {
7917                 return false;
7918             }
7919             if ( !msa_3.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "ghixkm" ) ) {
7920                 return false;
7921             }
7922             if ( !msa_3.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "seq1" ) ) {
7923                 return false;
7924             }
7925             if ( !msa_3.getIdentifier( 1 ).toString().equals( "seq2" ) ) {
7926                 return false;
7927             }
7928             final Msa msa_4 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_1.txt" ) );
7929             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7930                 return false;
7931             }
7932             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7933                 return false;
7934             }
7935             if ( !msa_4.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7936                 return false;
7937             }
7938             final Msa msa_5 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_2.txt" ) );
7939             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefxx" ) ) {
7940                 return false;
7941             }
7942             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixyy" ) ) {
7943                 return false;
7944             }
7945             if ( !msa_5.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxpzz" ) ) {
7946                 return false;
7947             }
7948             final Msa msa_6 = GeneralMsaParser.parse( new FileInputStream( PATH_TO_TEST_DATA + "msa_3.txt" ) );
7949             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 0 ).toString().equalsIgnoreCase( "abcdefeeeeeeeexx" ) ) {
7950                 return false;
7951             }
7952             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 1 ).toString().equalsIgnoreCase( "efghixffffffffyy" ) ) {
7953                 return false;
7954             }
7955             if ( !msa_6.getSequenceAsString( 2 ).toString().equalsIgnoreCase( "klmnxphhhhhhhhzz" ) ) {
7956                 return false;
7957             }
7958         }
7959         catch ( final Exception e ) {
7960             e.printStackTrace();
7961             return false;
7962         }
7963         return true;
7964     }
7965
7966     private static boolean testMafft( final String path ) {
7967         try {
7968             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
7969             opts.add( "--maxiterate" );
7970             opts.add( "1000" );
7971             opts.add( "--localpair" );
7972             opts.add( "--quiet" );
7973
7974
7975             Msa msa = null;
7976             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( path );
7977             msa = mafft.infer( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "ncbi_sn.fasta" ), opts );
7978             if ( ( msa == null ) || ( msa.getLength() < 20 ) || ( msa.getNumberOfSequences() != 19 ) ) {
7979                 return false;
7980             }
7981             if ( !msa.getIdentifier( 0 ).toString().equals( "a" ) ) {
7982                 return false;
7983             }
7984         }
7985         catch ( final Exception e ) {
7986             e.printStackTrace( System.out );
7987             return false;
7988         }
7989         return true;
7990     }
7991
7992     private static boolean testNextNodeWithCollapsing() {
7993         try {
7994             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
7995             PhylogenyNode n;
7996             List<PhylogenyNode> ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
7997             final StringBuffer sb0 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
7998             final Phylogeny t0 = factory.create( sb0, new NHXParser() )[ 0 ];
7999             t0.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8000             t0.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8001             n = t0.getFirstExternalNode();
8002             while ( n != null ) {
8003                 ext.add( n );
8004                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8005             }
8006             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8007                 return false;
8008             }
8009             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8010                 return false;
8011             }
8012             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8013                 return false;
8014             }
8015             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "f" ) ) {
8016                 return false;
8017             }
8018             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "g" ) ) {
8019                 return false;
8020             }
8021             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "h" ) ) {
8022                 return false;
8023             }
8024             ext.clear();
8025             final StringBuffer sb1 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8026             final Phylogeny t1 = factory.create( sb1, new NHXParser() )[ 0 ];
8027             t1.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8028             t1.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8029             t1.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8030             n = t1.getNode( "ab" );
8031             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8032             while ( n != null ) {
8033                 ext.add( n );
8034                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8035             }
8036             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8037                 return false;
8038             }
8039             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8040                 return false;
8041             }
8042             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8043                 return false;
8044             }
8045             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "g" ) ) {
8046                 return false;
8047             }
8048             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "h" ) ) {
8049                 return false;
8050             }
8051             //
8052             //
8053             ext.clear();
8054             final StringBuffer sb2 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8055             final Phylogeny t2 = factory.create( sb2, new NHXParser() )[ 0 ];
8056             t2.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8057             t2.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8058             t2.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8059             t2.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8060             t2.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8061             t2.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8062             t2.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8063             n = t2.getNode( "ab" );
8064             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8065             while ( n != null ) {
8066                 ext.add( n );
8067                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8068             }
8069             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8070                 return false;
8071             }
8072             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8073                 return false;
8074             }
8075             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "f" ) ) {
8076                 return false;
8077             }
8078             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8079                 return false;
8080             }
8081             //
8082             //
8083             ext.clear();
8084             final StringBuffer sb3 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8085             final Phylogeny t3 = factory.create( sb3, new NHXParser() )[ 0 ];
8086             t3.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8087             t3.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8088             t3.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8089             t3.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8090             t3.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8091             t3.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8092             t3.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8093             t3.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8094             n = t3.getNode( "ab" );
8095             ext = new ArrayList<PhylogenyNode>();
8096             while ( n != null ) {
8097                 ext.add( n );
8098                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8099             }
8100             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8101                 return false;
8102             }
8103             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8104                 return false;
8105             }
8106             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8107                 return false;
8108             }
8109             //
8110             //
8111             ext.clear();
8112             final StringBuffer sb4 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8113             final Phylogeny t4 = factory.create( sb4, new NHXParser() )[ 0 ];
8114             t4.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8115             t4.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8116             t4.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8117             t4.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8118             t4.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8119             t4.getNode( "e" ).setCollapse( true );
8120             t4.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8121             t4.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8122             t4.getNode( "abcdefgh" ).setCollapse( true );
8123             n = t4.getNode( "abcdefgh" );
8124             if ( n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() != null ) {
8125                 return false;
8126             }
8127             //
8128             //
8129             final StringBuffer sb5 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8130             final Phylogeny t5 = factory.create( sb5, new NHXParser() )[ 0 ];
8131             ext.clear();
8132             n = t5.getFirstExternalNode();
8133             while ( n != null ) {
8134                 ext.add( n );
8135                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8136             }
8137             if ( ext.size() != 8 ) {
8138                 return false;
8139             }
8140             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8141                 return false;
8142             }
8143             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8144                 return false;
8145             }
8146             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8147                 return false;
8148             }
8149             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8150                 return false;
8151             }
8152             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8153                 return false;
8154             }
8155             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8156                 return false;
8157             }
8158             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "g" ) ) {
8159                 return false;
8160             }
8161             if ( !ext.get( 7 ).getName().equals( "h" ) ) {
8162                 return false;
8163             }
8164             //
8165             //
8166             final StringBuffer sb6 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8167             final Phylogeny t6 = factory.create( sb6, new NHXParser() )[ 0 ];
8168             ext.clear();
8169             t6.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8170             n = t6.getNode( "ab" );
8171             while ( n != null ) {
8172                 ext.add( n );
8173                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8174             }
8175             if ( ext.size() != 7 ) {
8176                 return false;
8177             }
8178             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8179                 return false;
8180             }
8181             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8182                 return false;
8183             }
8184             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8185                 return false;
8186             }
8187             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8188                 return false;
8189             }
8190             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8191                 return false;
8192             }
8193             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8194                 return false;
8195             }
8196             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8197                 return false;
8198             }
8199             //
8200             //
8201             final StringBuffer sb7 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8202             final Phylogeny t7 = factory.create( sb7, new NHXParser() )[ 0 ];
8203             ext.clear();
8204             t7.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8205             n = t7.getNode( "a" );
8206             while ( n != null ) {
8207                 ext.add( n );
8208                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8209             }
8210             if ( ext.size() != 7 ) {
8211                 return false;
8212             }
8213             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8214                 return false;
8215             }
8216             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8217                 return false;
8218             }
8219             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8220                 return false;
8221             }
8222             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8223                 return false;
8224             }
8225             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8226                 return false;
8227             }
8228             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8229                 return false;
8230             }
8231             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8232                 return false;
8233             }
8234             //
8235             //
8236             final StringBuffer sb8 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h))fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8237             final Phylogeny t8 = factory.create( sb8, new NHXParser() )[ 0 ];
8238             ext.clear();
8239             t8.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8240             t8.getNode( "c" ).setCollapse( true );
8241             t8.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8242             n = t8.getNode( "a" );
8243             while ( n != null ) {
8244                 ext.add( n );
8245                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8246             }
8247             if ( ext.size() != 7 ) {
8248                 return false;
8249             }
8250             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8251                 return false;
8252             }
8253             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8254                 return false;
8255             }
8256             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "cd" ) ) {
8257                 System.out.println( "2 fail" );
8258                 return false;
8259             }
8260             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8261                 return false;
8262             }
8263             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "f" ) ) {
8264                 return false;
8265             }
8266             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "g" ) ) {
8267                 return false;
8268             }
8269             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "h" ) ) {
8270                 return false;
8271             }
8272             //
8273             //
8274             final StringBuffer sb9 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8275             final Phylogeny t9 = factory.create( sb9, new NHXParser() )[ 0 ];
8276             ext.clear();
8277             t9.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8278             n = t9.getNode( "a" );
8279             while ( n != null ) {
8280                 ext.add( n );
8281                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8282             }
8283             if ( ext.size() != 7 ) {
8284                 return false;
8285             }
8286             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8287                 return false;
8288             }
8289             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8290                 return false;
8291             }
8292             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8293                 return false;
8294             }
8295             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8296                 return false;
8297             }
8298             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8299                 return false;
8300             }
8301             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8302                 return false;
8303             }
8304             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8305                 return false;
8306             }
8307             //
8308             //
8309             final StringBuffer sb10 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8310             final Phylogeny t10 = factory.create( sb10, new NHXParser() )[ 0 ];
8311             ext.clear();
8312             t10.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8313             t10.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8314             t10.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8315             n = t10.getNode( "a" );
8316             while ( n != null ) {
8317                 ext.add( n );
8318                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8319             }
8320             if ( ext.size() != 7 ) {
8321                 return false;
8322             }
8323             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8324                 return false;
8325             }
8326             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8327                 return false;
8328             }
8329             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8330                 return false;
8331             }
8332             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8333                 return false;
8334             }
8335             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8336                 return false;
8337             }
8338             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "f" ) ) {
8339                 return false;
8340             }
8341             if ( !ext.get( 6 ).getName().equals( "gh" ) ) {
8342                 return false;
8343             }
8344             //
8345             //
8346             final StringBuffer sb11 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8347             final Phylogeny t11 = factory.create( sb11, new NHXParser() )[ 0 ];
8348             ext.clear();
8349             t11.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8350             t11.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8351             n = t11.getNode( "a" );
8352             while ( n != null ) {
8353                 ext.add( n );
8354                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8355             }
8356             if ( ext.size() != 6 ) {
8357                 return false;
8358             }
8359             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8360                 return false;
8361             }
8362             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8363                 return false;
8364             }
8365             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8366                 return false;
8367             }
8368             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8369                 return false;
8370             }
8371             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8372                 return false;
8373             }
8374             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8375                 return false;
8376             }
8377             //
8378             //
8379             final StringBuffer sb12 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8380             final Phylogeny t12 = factory.create( sb12, new NHXParser() )[ 0 ];
8381             ext.clear();
8382             t12.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8383             t12.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8384             t12.getNode( "g" ).setCollapse( true );
8385             t12.getNode( "h" ).setCollapse( true );
8386             t12.getNode( "f" ).setCollapse( true );
8387             n = t12.getNode( "a" );
8388             while ( n != null ) {
8389                 ext.add( n );
8390                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8391             }
8392             if ( ext.size() != 6 ) {
8393                 return false;
8394             }
8395             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "a" ) ) {
8396                 return false;
8397             }
8398             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "b" ) ) {
8399                 return false;
8400             }
8401             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "c" ) ) {
8402                 return false;
8403             }
8404             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "d" ) ) {
8405                 return false;
8406             }
8407             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "e" ) ) {
8408                 return false;
8409             }
8410             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8411                 return false;
8412             }
8413             //
8414             //
8415             final StringBuffer sb13 = new StringBuffer( "((a,b)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h)gh)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8416             final Phylogeny t13 = factory.create( sb13, new NHXParser() )[ 0 ];
8417             ext.clear();
8418             t13.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8419             t13.getNode( "b" ).setCollapse( true );
8420             t13.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8421             t13.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8422             n = t13.getNode( "ab" );
8423             while ( n != null ) {
8424                 ext.add( n );
8425                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8426             }
8427             if ( ext.size() != 5 ) {
8428                 return false;
8429             }
8430             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8431                 return false;
8432             }
8433             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8434                 return false;
8435             }
8436             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8437                 return false;
8438             }
8439             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8440                 return false;
8441             }
8442             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8443                 return false;
8444             }
8445             //
8446             //
8447             final StringBuffer sb14 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8448             final Phylogeny t14 = factory.create( sb14, new NHXParser() )[ 0 ];
8449             ext.clear();
8450             t14.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8451             t14.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8452             t14.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8453             t14.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8454             n = t14.getNode( "ab" );
8455             while ( n != null ) {
8456                 ext.add( n );
8457                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8458             }
8459             if ( ext.size() != 5 ) {
8460                 return false;
8461             }
8462             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8463                 return false;
8464             }
8465             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8466                 return false;
8467             }
8468             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8469                 return false;
8470             }
8471             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8472                 return false;
8473             }
8474             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8475                 return false;
8476             }
8477             //
8478             //
8479             final StringBuffer sb15 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8480             final Phylogeny t15 = factory.create( sb15, new NHXParser() )[ 0 ];
8481             ext.clear();
8482             t15.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8483             t15.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8484             t15.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8485             t15.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8486             n = t15.getNode( "ab" );
8487             while ( n != null ) {
8488                 ext.add( n );
8489                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8490             }
8491             if ( ext.size() != 6 ) {
8492                 return false;
8493             }
8494             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8495                 return false;
8496             }
8497             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "c" ) ) {
8498                 return false;
8499             }
8500             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "d" ) ) {
8501                 return false;
8502             }
8503             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "e" ) ) {
8504                 return false;
8505             }
8506             if ( !ext.get( 4 ).getName().equals( "x" ) ) {
8507                 return false;
8508             }
8509             if ( !ext.get( 5 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8510                 return false;
8511             }
8512             //
8513             //
8514             final StringBuffer sb16 = new StringBuffer( "((a,b,0)ab,(((c,d)cd,e)cde,x,(f,(g,h,1,2)gh,0)fgh)cdefgh)abcdefgh" );
8515             final Phylogeny t16 = factory.create( sb16, new NHXParser() )[ 0 ];
8516             ext.clear();
8517             t16.getNode( "ab" ).setCollapse( true );
8518             t16.getNode( "a" ).setCollapse( true );
8519             t16.getNode( "fgh" ).setCollapse( true );
8520             t16.getNode( "gh" ).setCollapse( true );
8521             t16.getNode( "cd" ).setCollapse( true );
8522             t16.getNode( "cde" ).setCollapse( true );
8523             t16.getNode( "d" ).setCollapse( true );
8524             t16.getNode( "x" ).setCollapse( true );
8525             n = t16.getNode( "ab" );
8526             while ( n != null ) {
8527                 ext.add( n );
8528                 n = n.getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes();
8529             }
8530             if ( ext.size() != 4 ) {
8531                 return false;
8532             }
8533             if ( !ext.get( 0 ).getName().equals( "ab" ) ) {
8534                 return false;
8535             }
8536             if ( !ext.get( 1 ).getName().equals( "cde" ) ) {
8537                 return false;
8538             }
8539             if ( !ext.get( 2 ).getName().equals( "x" ) ) {
8540                 return false;
8541             }
8542             if ( !ext.get( 3 ).getName().equals( "fgh" ) ) {
8543                 return false;
8544             }
8545         }
8546         catch ( final Exception e ) {
8547             e.printStackTrace( System.out );
8548             return false;
8549         }
8550         return true;
8551     }
8552
8553     private static boolean testMsaQualityMethod() {
8554         try {
8555             final Sequence s0 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABAXEFGHIJ" );
8556             final Sequence s1 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "ABBXEFGHIJ" );
8557             final Sequence s2 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXCXEFGHIJ" );
8558             final Sequence s3 = BasicSequence.createAaSequence( "a", "AXDDEFGHIJ" );
8559             final List<Sequence> l = new ArrayList<Sequence>();
8560             l.add( s0 );
8561             l.add( s1 );
8562             l.add( s2 );
8563             l.add( s3 );
8564             final Msa msa = BasicMsa.createInstance( l );
8565             if ( !isEqual( 1, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 0 ) ) ) {
8566                 return false;
8567             }
8568             if ( !isEqual( 0.5, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 1 ) ) ) {
8569                 return false;
8570             }
8571             if ( !isEqual( 0.25, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 2 ) ) ) {
8572                 return false;
8573             }
8574             if ( !isEqual( 0.75, MsaMethods.calculateIdentityRatio( msa, 3 ) ) ) {
8575                 return false;
8576             }
8577         }
8578         catch ( final Exception e ) {
8579             e.printStackTrace( System.out );
8580             return false;
8581         }
8582         return true;
8583     }
8584
8585     private static boolean testSequenceIdParsing() {
8586         try {
8587             Identifier id = SequenceIdParser.parse( "gb_ADF31344_segmented_worms_" );
8588             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8589                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8590                 if ( id != null ) {
8591                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8592                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8593                 }
8594                 return false;
8595             }
8596             //
8597             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms|gb_ADF31344" );
8598             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8599                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8600                 if ( id != null ) {
8601                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8602                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8603                 }
8604                 return false;
8605             }
8606             //
8607             id = SequenceIdParser.parse( "segmented worms gb_ADF31344 and more" );
8608             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8609                     || !id.getValue().equals( "ADF31344" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8610                 if ( id != null ) {
8611                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8612                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8613                 }
8614                 return false;
8615             }
8616             //
8617             id = SequenceIdParser.parse( "gb_AAA96518_1" );
8618             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8619                     || !id.getValue().equals( "AAA96518" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8620                 if ( id != null ) {
8621                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8622                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8623                 }
8624                 return false;
8625             }
8626             //
8627             id = SequenceIdParser.parse( "gb_EHB07727_1_rodents_" );
8628             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8629                     || !id.getValue().equals( "EHB07727" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8630                 if ( id != null ) {
8631                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8632                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8633                 }
8634                 return false;
8635             }
8636             //
8637             id = SequenceIdParser.parse( "dbj_BAF37827_1_turtles_" );
8638             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8639                     || !id.getValue().equals( "BAF37827" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8640                 if ( id != null ) {
8641                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8642                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8643                 }
8644                 return false;
8645             }
8646             //
8647             id = SequenceIdParser.parse( "emb_CAA73223_1_primates_" );
8648             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8649                     || !id.getValue().equals( "CAA73223" ) || !id.getProvider().equals( "ncbi" ) ) {
8650                 if ( id != null ) {
8651                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8652                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8653                 }
8654                 return false;
8655             }
8656             //
8657             id = SequenceIdParser.parse( "mites|ref_XP_002434188_1" );
8658             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8659                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8660                 if ( id != null ) {
8661                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8662                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8663                 }
8664                 return false;
8665             }
8666             //
8667             id = SequenceIdParser.parse( "mites_ref_XP_002434188_1_bla_XP_12345" );
8668             if ( ( id == null ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getValue() ) || ForesterUtil.isEmpty( id.getProvider() )
8669                     || !id.getValue().equals( "XP_002434188" ) || !id.getProvider().equals( "refseq" ) ) {
8670                 if ( id != null ) {
8671                     System.out.println( "value   =" + id.getValue() );
8672                     System.out.println( "provider=" + id.getProvider() );
8673                 }
8674                 return false;
8675             }
8676             //
8677             id = SequenceIdParser.parse( "XP_12345" );
8678             if ( id != null ) {
8679                 return false;
8680             }
8681             // lcl_91970_unknown_
8682         }
8683         catch ( final Exception e ) {
8684             e.printStackTrace( System.out );
8685             return false;
8686         }
8687         return true;
8688     }
8689 }